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COURS DE MICROBIOLOGIE

1. INTRODUCTION

1.1. DEFINITION

La microbiologie est une étude d’organisme vivant de taille

microscopique. Ses organismes de petite dimension sont appelées
microorganismes

Ces microorganismes possèdent une distribution toxionomique

très larges. Le monde de microorganismes comprend 5 groupes à savoir :

- Le mycètes (champignon microscopique)

- Les bactéries
- Les virus
- Les protozoaires
- Les algues microscopiques

Étant donné que l’étude des protozoaires et des mycètes sont

traités en parasites et que les algues microscopiques présentes une
moindre importance médicale. Ce cours s’articulera plus sur les bactéries,
les virus et dans une moindre mesure les myquetes….. L’existence de ce
monde microbien est inconnue avant l’éventions du microscope,
instrument optique permettant l’agrandissement des objets des petites
dimensions. Cet appareil à permis la découverte de l’unité de la vie la
différence et ses inclusions cytoplasmiques.

0.2. Rôle des microorganismes

Le monde microbien joue un rôle remarquable dans la nature,

dans la vie de l’homme, ainsi que dans l’industrie.

1° Dans la nature

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Les microorganismes assurent la transformation

(décompositions) des matières organiques animales ou végétales par les
processus (de Putréfaction ou de Fermentation :

- La putréfaction : est un processus de décomposition

conduisant à la formation des produits des mauvaises odeurs et se
produisant d’une façon caractéristique dans la viande.
Elle est une conséquence directe de la distribution des protéines,
constituants principaux de la viande
- La fermentation : quant en elle est un processus de
décomposition qui conduit à la formation d’alcool et d’acides organiques.
Elle se produit d’une manière caractéristique dans les matériels
des plantes et elle est une conséquence de la destruction des hydrates de
carbone (sucre) composés organiques prédominant le tissus de la plante.
Le rôle de transformation s’explique bien par le cycle de la
matière telle que l’indique le schéma ci-dessous.

Végétaux Animaux +Hommes Débous végétaux

Sol

Eléments simples urinexadavres Sol

minéraux fèces

Microorganismes

Putréfaction

Fermentation

2° Dans l’organisme

La flore bactérienne intestinale contrubut à la nutrition de l’hôte

(l’homme) en lui apportant des quantités appréciables des vitamines (K,
groupes B, pydoxime…..), C’est le cas des certaines anterabactrie.

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Par ailleurs certaines bactérie et autres microorganismes sont

nuisible à la vie de l’homme en lui transmettant toute une ganse de
méthodologie telles que :

- La tuberculose Mycrobacterium tuberculosis Fièvre

typhoïdes Salmonella typhi et salmonella paratyphi A,B

3° Dans l’industrie

Les microorganismes sont exploités dans l’industrie agros

alimentaire pour l’enrichissement des aliments des animaux (nourriture
pour l’homme) la préparation des boissons alcooliques (ex : les levures qui
sont des mycètes) dans l’industrie laitière pour la fabrication de fromage
et yaourt (yoghourt) ladabacillus casei, strepococcus thermophilus….)

Elles sont aussi utilisés dans l’industrie pharmaceutique pour la

production d’antibiotiques (ex : penicilium notatum, ….).

A partir des certains microorganisme ont fabrique des vaccins.

CHAPITRE 1 : LE MONDE MICROBIEN

1.1. LA DIFERENCE ENTRE CELLULE D’EUCARYOTE ET

CELLULE PROCARYOTE
Ethymologiquement « eu » signifie vrai et « karryo » noyau ;
« Pro » signifie primitif.

Anciennement les organismes vivants étaient classés suivants

les deux reignes, animale et végétale. L’amélioration des techniques
d’observation microscopiques des microorganismes a montré que certains
microorganismes n’appartenaient pas à ceux deux reignes.

C’est HOEKEL qui a proposé un troisième reigne ne comprenant

que des microorganismes qu’il a appelant reigne des protistes.

Ce dernier renferme le bactérie, les protozoaires, les mycetes, et

les Algues mais pas les virus car, ne sont pas des organismes cellulaires.

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L’existence des ressemblasses entre cellules végétale, animale

et protetiste permet de distinguer deux catégories des protistes, à chaque
correspondant un type de cellule :

- Le protiste supérieur ou eucaryote

- Le protiste inferieur ou procaryotes

1.1.1. Les protistes supérieurs ou Eucaryotes

Dans ce groupe on retrouve les organismes dont la cellule

comporte un noyau vrai avec une membrane nucléaire bien définie de
nombreux chromosomes, un appareil de mytose assurant lors de la
réplication l’équipartition chromosomique parmi les cellules filles et une
structure cellulaire analogue à celle des animaux et des plantes.

Dans ces groupes o trouve les animaux supérieurs, les plantes,

les protozoaires, les champignons et les algues vertes.

1.1.2. Les protistes inferieurs ou procaryotes

Ils ont des petites cellules dans lesquelles le noyau est un unique
chromosome nu, dépourvue de membrane nucléaire pouvant le séparer du
cytoplasme.
La matière nucléaire chromatique et sous forme d’une masse
irrégulière appelée nycloïde. Parmi les protistes inferieur les bactéries
constituent le groupe le plus étendu et le plus divers.

1.2. Caracteur différenciel entre protiste et virus

Rappelons que les virus sont acellulaire des différences entre

virus et protistes se résumes dans le tableau N°1 ci- dessus

1.3. SYSTEMATIQUE DE MICROORGANISME

La classification approfondie des microorganismes obéit à

certaines règles :

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- La taxonomie : et la science de la classification et disposition

systématique des organismes dans les groupes ou catégorie appelés
Taxons.
Ce pendant pour voir leur arrangement systématiques il faut les
nommés et les identifiées. Toutes ces activités font parties de la
systématique microbienne.
La taxonomie ou classification c’est à quelque sorte
l’arrangement ordonné d’unité dans le groupe plus grand. La
nomenclature c’est l’appellation des unités caractérisées et déscrites dans
la classification.
L’identification emploi les criteurs utilisés pour la classification et
la nomenclature et permet d’établir l’identité des microorganismes
inconnus en le comparant aux microorganisme connus.
L’objectif d’un système de classification est de grouper les
microorganismes de façon à tenir compte de leurs différences et de leurs
simultide.
A l’aide de la classification on établit les critères nécessaires à
l’identification des microorganismes.

1.3.1. Groupes taxonomiques (taxons)

Un système de classification biologique est basé sur une

hiérarchie taxonomique des groupes qui place l’espèce à une extrémité et
le reigne à l’autre dans l’ordre suivant :
- Espèce : c’est un groupe d’organisme fortement apparenté ou
des individus possèdent en commun le plus grand nombres des
caractéristiques semblables.
- Le genre : c’est un groupe d’espèces semblables
- Famille : groupe des genres semblables
- L’ordre : groupe des familles semblables
- Classe : groupe d’ordre semblable
- Embranchement ou division : groupe des classes
semblables
- Reigne : il regroupe tous les organismes de cette hiérarchie.

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Les genres et les espèces sont les seuls catégories qui puissent
être reconnues et définies avec une précision acceptable.

La façon dont se chevauchent les caractéristiques des espèces

bactériennes empêche d’établir les frontières précises entre les taxons.

L’espèce est le groupe le plus important dans ce modèle de

classification, elle est l’assise de la structure hiérarchique entière.

1.3.2. Système binomial de nomenclature

On désigne les microorganismes selon les règles du système

binomial de nomenclature.

On désigne chaque organisme par son nom du Genre et aussi par

un terme courant ou descriptif utilisé comme qualificatif.

Ces deux noms, sont à latin ou latinisés celui du genre

commence toujours par une majuscule et le qualificatif par une
minuscule.

Le genre et le qualificatif forment le nom scientifique et on l’écrit

toujours en Italique ou bien on le souligne (séparément).

Ex : Neisseria gonorrhoeae.

Souvent les microorganismes qui nous sont familiers et auxquels

nous nous référons souvent ont des noms communs.

Il est parfois pratique d’utiliser ces noms, ils permettent une

communication par exemple entre le laborat oire et le prophane. Ainsi
l’on parlera de Bacille de KOCH ou lieu de Mycobacterum tuberculosis.

1.3.3. Taxonomie Numérique

Elle requiert une grande quantité d’information sur un

microorganisme, des informations sur le plus grand nombre possible des
caractéristiques.

Toutes ces caractéristiques sont d’égale importance pour former le taxon.

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Une ressemblasse globale se fonde sur la proportion des

possédés en commun avec l’aide de l’ordinateur on compare les résultats
de chaque microorganisme avec ceux d’autre cultures. Le microbiologiste
peut finalement calculer et exprimer en chiffre le degré de ressemblance
entre les cultures différentes.

Celle permet d’établir des taxons sur la base des degrés de simultides
accepté par tous.

1.3.4. Taxonomie génétique

Il existe des techniques qui permettent de déterminer les bases

de l’ADN bactérienne, principalement le pourcentage de guanine et
cytosine ou GC.

Enfin l’ADN est un polymère de poids moléculaire élevé composé

d’unités appelées nucléotides.

Chaque nucléotide est constitué d’un petite phosphore, d’un sucre de 5

atomes de carbones et d’une base pyrique et pyrimidique.

Les bases pyriques sont l’Adénines (A) et la Guanine (G) et les

bases pyrimidiques sont la cytosine (C) et la tynine (T). L’uracite (U) se
trouve U de l’ARN.

Deux constatations majeures se dégagent de la structure de

l’ADN :

- Dans tout les ADN il existe autant des molécules de cytosines

que de molécules Guanines.
On peut établir des égalités suivantes :

A
A=T→ =1
T

C
G=C→ =1
G

C’est le grand principe de l’équivalence ou de la

complémentanté selon lesquels à une Adénine correspond toujours une

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thymine et à une cytosine vient s’apparier toujours une Guanine tel que le
montre les figures ci-dessus (1) et (2)

1) A G A G A G A

T C T C T C T

2) G A G A G A G

C T C T C T C

A+T
- En revanche le rapport = GC% connu sous le nom de
C+G
coefficient de SHARGRAFF varie considérablement selon les espèces, mais
reste constant chez toutes les souches s’une même espèce.
Le GC % est une information de grand intérêt de taxonomie qui
comporte des limites que l’on pourrait résumer de la manière suivante :
- Deux espèces microbiennes ayant des coefficients de
SHARGRAFF très différentes n’ont pas de communauté génétique entre
elles.
- Deux bactéries qui possèdent les même séquences
nucléotidiques sur leurs même génome ont nécessairement les mêmes
contenus G+C dans leurs ADN, en l’inverse deux bactéries ayant un %
G+C identique ne présente pas obligatoirement la même séquence
nucléotidique. Ils peuvent être génétiquement très éloignés l’une de
l’autre.
Les bactéries appartenant à une même espèce doivent avoir le
même coefficient de SHARGRAFF, de % GC varie très largement chez les
bactéries.

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CHAPITRE 2. LES METHODES D’ETUDES EN

MICROBIOLOGIE
Les microorganismes sont si microscopiques e telle point que
l’information qu’en peut obtenir de leur propriété à partir de l’examen
d’individus isolés est très limités. Ainsi les microbiologistes étudient les
populations contenant des millions d’individus. Des telles populations sont
obtenues en faisant pousser de microorganismes dans des conditions bien
définies connues sous le nom de cultures comme une culture qui contient
seulement une espèce de microorganisme est appelée culture pure. Et
une culture contenant plus d’une espèce de microorganisme est dite
mixte. En microbiologie il existe deux opérations fondamentales:

- Isolement ou séparation d’un microorganisme particulier

présent dans des populations mixtes qui existent dans la nature.
- La culture, l’indifférence des populations microbiennes dans un
environnement artificiel dans les conditions de laboratoire.
Ces deux opérations ont permis de connaitre les caractéristiques
morphologiques et physiologiques des différents microbes.

2. 1. TECHNIQUE DE LA CULTURE PURE

2. 1.1. Précaution à prendre et outils de W

La place de W sera nettoyée complètement à la fin de chaque

journée de W ou même au cour de celle-ci. On peut utiliser à cette fin de
l’eau additionnée de peut d’eau de JAVEL
Parmi les outils de travail 3 forment l’équipement fondamental :
le fil droit ou bouclé, la boite de pétri et la pipette.

Pipette Anse de plastique

fil Boite de pétri

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2.1.2. La culture

Les microorganismes sont rencontrés partout ainsi la préparation

d’une culture pure implique nom seulement l’isolement d’un
microorganisme donné a partir d’une population microbienne naturelle
mélangée mais aussi le maintient de cet individu isolé et de sa progéniture
dans un environnement artificiel auquel l’axcès des autres est interdit.

Un environnement artificiel peut être crées à l’intérieur d’un tube

à essai, d’une boîte de pétri et d’un flacon. Ce sont des instruments les
plus communément utilisées pour la culture des microorganismes.

Ces 3 récipients doivent être stériles et après l’introduction d’un

type microorganismes désiré le récipient doit être protégé contre la
contamination externe. La 1ere source de contamination externe est
l’atmosphère qui contient toujours des microorganismes flottant, ainsi les
boîtes de pétries doivent être fermées, tube et flacon bouchés avec du
coton bien que aujourd’hui le bouchons métalliques et plasties sont
largement utilisés.

La surface externe du récipient contenant une culture pure est

sujette à des contaminations et l’intérieur du tube ou flacon peut devenir
contaminé quant il est ouvert pour introduire ou enlever les matériels. Ce
danger est minimisé en passant l’orifice ait été enlevé ou avant qu’il n’y
soit remis.

L’inoculum ou ensemencement de ce qui est inoculé au milieu de

culture est communément introduit à l’aide d’une Anse qui est rapidement
stérilisée juste avant sont utilisation par chauffage à la flamme.

Les cultures peuvent être transformées par pipettes. Ces

derniers doivent être emballées dans les papiers ou mise dans un
récipient cylindrique aménagé à cette fin et stérilisé. Elles doivent être
gardées dans cet état jusqu’à leur utilisation. Les risques des
contaminations accidentelles peuvent encore être réduits en opérant ce

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transfert dans une salle bien entretenue ou en traitant l’air spécialement

pour réduire les nombres des microorganismes.

2.1.3. ISOLEMENT DES CULTURES PURES

L’obtention d’une culture pure a partir d’une population mixte
est réalisée en cultivant les microorganismes sur les milieux liquides ou
solides.

Les milieux solides sont constitués de la gélose ou Agar qui est

un extrait d’une algue marine. La 1 ère
technique d’isolement est
d’ensemencer une quantité connue d’échantillons sur le milieu solide

Ex : La gélose nutritive.

En suite une colonie donnée est prélevée et ensemencé encore

(repiquage) sur le milieu solide.

Les microorganismes seront en suite dispersé sur le milieu solide,

ces microorganismes bien isolés constituent des colonies pures.

La plus simple procédure de l’isolement dans le milieu liquide est

la méthode de dilution, l’inoculum est soumis à une série des dilutions
dans un milieu stérile, ainsi un grand nombre de tube du milieu sont
inoculés avec des aliquotes (petite quantité) de chaque dilution
successive.

Les différentes techniques de la culture sont :

-Inoculation sur boîte de pétri (ensemencement par épuisement)

-Méthode d’étalement à la spatule

-Méthode d’étalement à l’Anse

- Méthode d’ensemencement par piqure

-Méthode d’ensemencement par incorporation.

(4)11 pure

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1) Ca (4)11pure
Cb

Culture Mixte (2) Cc (4)2 pure

(Milieu solide) (4) Pure

(4)3 mixte

(3)

(4)4 mixte

2.2. EVOLUTION MICROBIENNE DANS UN MILIEU

DE CULTURE

Nombre des

numéro ------------------------III

organisme ---------------------------------IV

--------------II---------------------

Temps

L’évolution des cultures microbiennes et leurs existences si favorables que

soient les conditions du milieu de culture ne s’accomplie pas de façon
uniforme, mais comporte une succession d’étapes pouvant se ramener à 4
phases fondamentales dont la durée dépend des nombreuses conditions
(Espèces microbiennes), milieu de culture, nombre des microbes et âge
des microbe ensemencer température, P,H……..).

2.2.1. Phase initiale ou latente (I)

La multiplication microbienne ne suit pas immédiatement

l’ensemencement du milieu. Elle est précédée d’une période de croissance
faible ou nulle au cours de laquelle elles doivent d’abord s’adopter au
nouveau milieu.

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2.2.2 Phase de multiplication logarithmique(II)

A cette phase d’accélération ou de prolifération la rapidité de

division atteint son apogée. Aussi le nombre des bactéries vivants
s’accroit-il régulièrement en progression géométrique et
proportionnellement au temps.

2.2.3. Phase stationnaire (III)

La nourriture se raréfiant, les produits toxiques s’accumulant et

les déséquilibre ioniques défavorable s’installant dans le milieu, le rythme
de division se ralentit et le nombre de bactéries vivantes devient à peu
près constant.

2.2.4. Phase de déclin (IV)

Le nombre total des bactéries vivants ou mortes demeure

sensiblement les mêmes mais la proportion des vivants diminue
progressivement, il ne reste que les rare survivants qui se mentient
pendant 2 semaines, deux mois voire des années.

2.3. LA STERILISATION

C’est un T3 qui enlève de l’objet traité tout microorganisme

vivant. Elle peut être accomplie en exposant l’objet traité aux agents
chimiques ou physiques, l’étaux ou dans le cas spécial des solutions par
filtration.

Un produit est biologiquement stérile lorsqu’il ne contient aucune

forme de microorganisme revivifiables.

L’exposition à la chaleur est souvent employée pour l’obtenir

certains microorganismes sont cependant hautement thermorésistantes,
en particulier les bactéries sporulées comme Bacillus Spp, Bacteridium
Spp, lostridium Spp et Plectridium Spp. Des genres habituellement
thermosensibles peuvent être anormalement thermorésistants dans
certains produits comme les corps gras.

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Le mode de stérilisation dépend des produits à stériliser. Il existe

des substances qui ne résistent pas ou perdent certaines de leurs qualités
au cours du chauffage, alors il faut le soumettre à d’autre procédés de
stérilisation tel que la Filtration.

2.3.1. La stérilisation par la chaleur

La chaleur peut être utilisée sous forme sèche ou humide.

a) La chaleur sèche

On emploi des enceintes métallique calorifugées bigeuses

chauffées par un gaz combustible ou par des résistances électriques. Elle
est appelée étuve ou porte le nom de Four PASTEUR. Elle donne des bons
résultats si l’airs chaud est régulièrement repartie dans l’enceinte par un
système de ventilation.

On stérilise uniquement à la chaleur sèche les matériels

métalliques ou en verres (tube à essai, boite de pétri, pipette
graduée, agitateur, pinces hémostatiques) peuvent tolérer dans leur
emballage ou en dehors de celui-ci de T° de 180°c pendant 30 minutes.

La stérilisation se réalise à 180°c pendant le minutes ou 175°c à

35 minutes ou 170°c pendant 90 minutes. Les températures de 175 et
180°c sont voisines de celle de la carbonisation de la matière organique.

A la sortie du Four le coton et le papier d’emballages doivent être

teintés au jaune très clair, mais ne doivent pas être brun.

Ce dernier aspect coïncide avec la formation de goudron pouvant

avoir une propriété bactéricide et pouvoir la transmettre aux matériels
stérilisés, alors impropres aux usages bactériologiques.

b) Chaleur humide

La stérilisation par vapeur d’eau sous pression est obtenue dans

des autoclaves. Quand la pression augmente la T° d’ébullition de l’eau

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s’élève et atteint 120°c à 1,5 atmosphère, 121°c à 2 atmosphère et 135°c

à 3 atmosphère.

L’autoclave est utilisé pour la stérilisation de touts les milieux de

culture tolérant sans altération de leurs qualités les T°(s) de 115°c à
120°c.

Il convient pour celle des objets ne pouvant pas supporter les

hauts effets thermiques du Four PASTEUR.

2.3.2. Stérilisation par voie chimique

Certaines substances utilisées dans la préparation des milieux

des cultures sont parfois très sensibles à la chaleur pour être stériliser par
autocolage. Pour de telles substances, une méthode de stérilisation par T3
chimique peut être utilisée. Ces produits chimiques sont volatiles et
toxique doivent être éliminée de l’objet stérilisé après T3. Le produit le
plus utiliser est l’oxygène qui est liquide en dessous de 8°c et s’évaporise
à des T° >. Il est actuellement moins utilisé.

2.3.3. Stérilisation par filtration

Elle est applicable seulement au T3 des liquides ne supporte pas

de haute T° et passe dont une viscosité relativement faible. Elle consiste à
les placer sur une parois poreuse (avec de pare) dont les pares ont des
dimensions suffisante pour en permettre le passage mais un diamètre < à
celui de former les plus petites des microorganisme. Ceux-ci sont retenus
à leurs surfaces et le liquides filtré en est finalement exemple.

2.4. Désinfection ou Antisepsie

La désinfection est une opération aux résultats momentanés
permettant d’éliminer ou de tuer les microorganismes et ou d’inactiver les
virus indésirables supportés par les milieux contaminés.

L’antiseptique est une opération aux résultant momentanés

permettent d’éliminer ou de tuer les microorganismes et ou d’inactiver les
virus indésirables au niveau des tissus vivants dans la limite de leur

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tolérance. Les désinfectants et les antiseptiques en raison de leur toxicité

ne peuvent pas même administrés à l’homme par voie génital.

Désinfectant : on donne le nom désinfectant aux agents

chimiques capables de détruire les germes pathogènes dans les milieux
extérieurs à l’homme.

Ex : l’eau, l’air, le sol, les objest et les matériaux les plus divers. On
réserve ce terme uniquement aux substances que l’on fait agir sur les
objets inamis. Pour cette raison elles peuvent utilisées aux T° les plus
élevées avec un temps de contact prolongé. Les matériaux et le locaux
soumis à leur action sont désinfectés.

Antiseptiques sont des substances chimiques capables de

détruire les microorganismes ou d’arrêter leur développement ou leur
action, leur signification est très générale. Mais sereve pourtant l’usage de
terme pour désigner des substances qui exerce une action locale chez les
êtres vivants au niveau d’une plaie que l’on veut débarrasser de toute
infection ou une muqueuse que l’on désire rendre aseptique.

1° Les pipeaux d’agents chimiques antimicrobiens sont les suivants :

(désinfectants)

1) Le phénol et les composés phénoliques :

Phénol, O-crésol, m- crésol, p- crésol, O-phényle phénol, hexyl

résorcine, hexachlorophène.

Tous on composées agissent d’abord ou dénaturant les protéines et en

endommageant les membranes cellulaires. Tous des composées sont
bacterides certaines sont aussi d’excellents fongicides, les virus et les
Apres sont plus résistants que les cellules végétatives bactériennes. Les
composées phénoliques sont parmi les meilleurs désinfectants pour les
surfaces solides.

2) Les alcools

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L’éthanol en T° de 50 à 70% est efficace contre les

microorganismes végétatifs ou asporulés. Mais c’est un sporicide faible le
méthanol est moins bon bactéricide que l’éthanol, il est aussi toxique. Ses
vapeurs peuvent même endommager les yeux de façon permanente. On
ne l’utilise pas généralement comme désinfectant. Les alcools plus lourds
comme le propanol et le butanol sont aussi germicides. Mais le propanol et
les alcools de poids moléculaires plus élevé sont immiscibles dans l’eau,
on les utilise peu souvent. L’éthanol (alcool éthylique) est efficace pour
diminuer la flore microbienne sur la peau et pour désinfecter les
thermomètres oraux.

3) Les halogènes et leurs composés

La famille des halogènes comprend le F, ol, Br et I. le cl et I sont

les plus utilisé comme agent antimicrobien.

Iode : on utilise l’I comme germicide sous les forme courante de

teinture d’iode, une de 2% d’iode plus 2% d’iodure de Na, dans 50%
d’alcool environ. L’iode est un agent très efficace et il est actif contre touts
les variétés de bactéries des spores, des mycètes et de virus. On utilise les
$ d’I surtout pour désinfecter la peau particulièrement avant les
interventions chirurgicales.
Le cl et ses composés : le cl est l’un des désinfectants les plus
utilisés, le gaz comprimé est presque universellement utiliser pour purifier
les eaux de consommation. Le chlore est dangereux et difficile à
manipuler à moins de ses servir d’appareil spéciaux. Il ya beaucoup de
composés de cl qui sont plus faciles à manipuler que le cl lui-même. Il
s’agit :
- Des hypochlorites de calcium ou le calcium, ou chlorure de
chaux Ca (Ocl)2 et l’hypochlorure de Na NaOcl (eau de javel)
sont utiliser de façon domestique ou industrielle.
- Chloramine, caractéristique des chloramines est d’avoir du
chlore à la place de ou plusieurs atomes d’H, du groupement
amine. Le monochloramine est le plus simple de ses

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composés : la chloramine et l’azochloramide sont deux

germicides de cette catégorie

H CH 3

N Cl Ncl N-cl

H Na H2N -C -N=N-C-NH 2

Monochloramine SO2N Azochloramide

Cl

Chloramine T

La stabilité des chloramines plus grande que celle des

hypochlorites constitue l’un de leurs avantages, en effet ils libèrent du cl
graduellement et pendant une longue période. L’action germicide de
chlore et de ces composés vient du fait qu’il ya formation d’acides
hypochloreux au moment ou le chlore se mélange à l’eau. Cl +H 2O Hcl -
Hclo

Les hypochlorites et les chloramines subissent tous deux

l’hydrolyse pour former de l’acide hypochloreux, ce dernier est ensuite
décomposés en l’acide chloridique. Hclo Hcl+O.

L’O2 libéré au cours de cette 1x est un oxydant fort qui détruit le

microorganisme en agissant sur leurs constituants cellulaires. Le chlore et
ses composés tuent aussi les organismes en combinant directement avec
les protéines cellulaires.

4) Les métaux lourds et leurs sels

Certains métaux ont un effet bactéricide sur les

microorganismes, ce pouvoir qui s’exerce à des doses infinies est appelées
olizodynamique. La majorité des métaux lourds sons formé libre ou dans
certains composés sont mocifs pour les microorganismes. Les plus
efficaces sont le Hg, l’Az et le Cu. On utilise plusieurs composés
organiques de mercure comme antiseptique.

Ex : le mercurachrome, le métaphen.

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On emploie des composés de Cu comme fongicide en agriculture. C’est le

composant

5) Le formaldéhyde

Est un gaz stable seulement en forte T° et à des T° élevées. Le

formol est une solution de 37 à 40% de formaldéhyde, est un produit avec
activité antimicrobienne très élevée : stérilisation d’instruments
conservation de tissus.

2.5. Les antibiotiques

Idéalement un antibiotique doit posséder les pipetés suivantes :

1° Pouvoir inhiber ou détruire les pathogènes, il est souhaitable qu’il soit à

large spectre c.à.d. efficace contre un grand nombre d’espèces
différentes.

2° Ne doit pas entrainer des résistances chez les organismes infectieux.

3° Ne doit pas provoquer d’inconvénient chez l’hôte comme des réactions

allergiques ou des lésions ni irinité les reins ou les voies digestives.

4° Ne doit pas éliminer la flore microbienne normale de l’hôte, cela

provoquerait un déséquilibre qui permettrait à des microbes
habituellement non pathogènes ou à des formes pathogènes normalement
contrôler par la flore de causer une nouvelle infection.

5° On doit pouvoir l’administrer par os sans qu’il inactivé par le suc

gastrique ou encre l’injecter sans qu’il se fixe aux protéines du sang.

6° Doit être soluble dans le liquide organiques et on doit pouvoir le

concentrer dans le tissu ou le sang suffisamment pour qu’il inhibe ou
détruise les microorganismes.

[Link]. Les pénicillines

Elles possèdent toutes un noyau commun formé par deux cycles

accolés. Un cycle B- lactame et un cycle thiazolidine.

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a) Les pénicillines naturelles

Ce sont des produits métaboliques de certains mycètes comme

le pénicillium notatum et pénicillines chrysogenum.

Les pénicillines naturelles sont converties entre autres en sel sodium et de

potassium.

Ces sels sont facilement hydrolubles. Ces pénicillines sont

inactivés par la chaleur, la cystéine, l’hydroxyde de sodium, la
pénicillinase et Hcl.

b) Les pénicillines semi-synthétiques

On soit que les pénicillines naturelles produisent un noyau

commun fait d’acide 6 amino pénicillinique.

On a mis au point les techniques des cultures permettant de

produire ce noyau en grande quantités et d’y fixer de chaînes latérales
variées pour obtenir des pénicillines semi synthétiques.

Ex : la pheniticilline, l’ampicilline.

c) Mode d’action
La pénicilline inhibe la formation de la paroi bactérienne en
empêchant l’incorporation de l’acide N-acétyle muromique dans la
molécule peptidoglycane.
La pénicilline n’agit que sur les bactéries en croissances actives
et son action entraine la formation de trou au niveau de la paroi d’où
s’écoule le cytoplasme et la cellule bactérienne se lyse ainsi facilement.
Les pénicillines sont efficaces contre les bactéries gram positif
surtout les pneumocoques streptocopales et staphylocoques.

2. 5.2.2. Les céphalosporines

Les céphalosporines forment un groupe d’antibiotiques produit

par céphalosporium aire monium qui est un mycètes d’eau marine. Ils sont

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 Page 21 sur 93

efficaces contre les grams + et les grams -. Elles ne sont pas inactivé par
la pénicillinase et certaines sont stables au pH acide.

Mode d’action

Comme les pénicillines, le cyphalosporines inhibe la synthèse de

la paroi bactérienne, elles sont bactéricide (tue le bactérie). Inhibe
l’élaboration de la paroi bactérienne en interférant avec la synthèse du
peptidoglicane ou murène, par un mécanisme d’inhibition comitatif des
transpeptidases extracytoplasmique (2), (3).

[Link]. La streptomycine

Elle est produite par streptomyces griseus. Elles est parmies les
meilleures médicaments pour traiter la tuberculose car son action contre
le bacille de HOCH est prouvée.

L’usage prolongé rend le produit toxique et entraine la

chimiorésistance. Elle fait partie du groupe d’antibiotique appelée
Aminiosides ou Aminoglucosides.

Dans ce groupe nous avons par exemple la dihydro

streptomycine, la spectimamycine, Néomycine, kamamycine,
gentamycine, tobramycine.

La strepto est recommandée pour traiter la gonor (blenoragie, ou

O30) chez les individus allergiques à la pénicilline.

La kamomycine et gentamycine sont efficace contre les gram +

et gram -. La gentamycine est particulièrement active contre certaines
sources de pseudomonas.

La néomycine est utilisée dans les lotions ou onguents

(pommade) pour usage contre les infections de la peau ou des eaux.

Mode d’action

La streptomycine se fixe aux sous unités ribosomiales et les

déformes, ce qui perturbe la synthèse des protéines.

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 Page 22 sur 93

Les autres aminosides agissent de la même façon.

2.5.4. Les tétracyclines

Tétracyclines, chlorotétracycline et Oxytetracyline sont les

principaux antibiotiques de la classe des tétracyclines.

Ont des propriétés biologiques et chimiques semblables et sont

produits par le streptomycète. Sont à large spectre et utilisés contre
Gram-et Gram+.

Mode d’action

Bloque la synthèse des protéines.

2.5.5. L’érythromycine

L’érythromycine provient de stretomyces érythréen. Il appartient

au groupe macrolides qui comprend aussi :

- L’oléandomycine et
- La spiromycine

Les macrolides comprennentle cycle lactone. L’érythromycine est

efficace contre les grams + et grams – ainsi que les spirochètes
pathogènes. Son spectre est à peu près le même que celui de la
pénicilline, mais en plus elle est efficace contre les résistants à la
pénicilline et à la streptomycine. On la prescrit souvent aux patients
allergiques à la pénicilline.

Mode d’action

Réagie avec le sous unités ribomisomiale pour inhiber la

synthèse des protéines.

2.5.6. Les chloramphénicol

Large spectre efficace contre beaucoup de bactéries G+ et G –

même si il est relativement non toxique peut causer des anomalies

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 Page 23 sur 93

sérieuses dans le sang de certains patients d’où prescription seulement

quand les autres antibactériens ce sont révélé inefficace.

Mode d’action

Bloque la synthèse de protéine.

2.5.7. Polymixine et bacitracine

Les polymixines sont fabriqués par bacillus polymixa et

bacitracine par bacillus subtilus. Ce sont des antibiotiques
polypeptidiques.

Polymycine efficace contre beaucoup de G- incluant

pseudomonas souvent présent dans les infections urinaires et dans les
brulures importantes.

Bacitracine agit sur le G+, et très toxiques et seulement à

l’usage externe. Le polymixines sont aussi toxiques quand les utilisent âr
voie générale.

Mode d’action

Inhibe la synthèse de la parois (bacitrocine) ou endomage

l’engyne cytoplasmique (polymixine)

2. 5.8. Antibiotique Antifongiques

a) La nystatine
Est produit par une souche de streptomyces nourri et est
employé pour traiter les mycoses non systémique (superficielles) est
efficace contre la levure et les autres mycètes, particulièrement les
infections cutanée et es ongles.
Elle attaque les cellules de mycètes en se combinant avec le
stérols de la membrane cellulaire (son mode d’action)
b) La griséofulvine

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 Page 24 sur 93

Produit par penicillium griseofulvium elle est utilisée pour traiter

de nombreux dermatomycose comme la teigne.

c) L’amphotericine

Il est l’un des rares antibiotiques pour traiter des mycoses

systémiques.

2.6. LES AGENTS CHIMIO-THERAPEUTIQUES DE

SYNTHESES

Ce sont des produits chimiques entièrement synthétisés au

laboratoire et qui sont efficace pour traiter certaines maladies.

Ce sont :

2.6.1. Les sulfamides

On utilise beaucoup plus la sulfadiazine et la sulfamerazine à

cause de leurs larges spectres à leur faible toxicité.

Les sulfamides sont plus efficaces contre les infections

respiratoires causées par streptocoque et les staphylocoques et contre les
infections urinaires causées par le bactéries G-.

Mode d’action

Beaucoup des bactéries ont besoin d’acide para amina-

benzoïque pour synthétiser l’acide pholique (vit B complexe).

Le sulfamide inhibe les cellules qui fond la synthèse de leurs propre acide
fobique et non celles qui est besoin d’acide préformé.

L’acide folique joue un rôle dans la synthèse de base pyrique et

pyrimidique chez les bactéries. Ainsi ce rôle ne plus joué.

2. 6.2. Les nitrofuranes

Les dérivés de nitrofuranes sont synthétisés à partir d’un noyau

de furfural qu’on tire d’épis ou des tiges de maïs, de pulpe de betterave ou

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 Page 25 sur 93

d’autres produits végétaux. Ils sont habituellement efficace contre un

grand nombre des bactéries G+ et G-, plusieurs protozoaires pathogènees
et certaines mycètes agents d’infection superficielles chez l’homme.

2.6.3. L’hydracide isonicotimique (isoniazide)

Joue un rôle important, moins limités, excellent pour combattre

la tuberculose et plus efficace quand on l’utilise avec la streptomycine.
Son analogie avec la pyridoxine (B6) lui confert la capacité d’inhiber les
réactions catalysées par cette vitamine chez certains microorganismes.

2.6.4. Acide malidixique

C’est un agent puissant qui combat les infections urinaires

causées par les Gram- et son activité antimicrobienne est due en partie à
l’inhibition de la synthèse de l’ADN bactérien.

2.6.5. Détermination de la sensibilité des

bactéries aux antiseptiques

Les microorganismes ne réagissent pas tous de la même façon

aux antibiotiques. D’autres parts la sensibilité de l’organisme à un
antibiotique donné peut varier au cours d’un T3. Il est donc important pour
le microbiologiste de bien connaitre l’identité du microbe ainsi que
l’antibiotique qui donnera le meilleur résultat. Le laboratoire de
microbiologie doit donc rendre un diagnostic exact et déterminer la
sensibilité des microorganismes en différentes antibiotiques.

On peut évaluer la sensibilité d’un microorganisme aux ABT et à

d’autres agents chimio thérapeutiques par la technique de dilution en tube
ou par l’antibiogramme.

La méthode d’antibiogramme est la plus couramment utilisée :

On place sur la surface d’une gélose ensemencée d’un

microorganisme donné des disques des papiers imprégné d’agents
différents en concentration connue.

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 Page 26 sur 93

Après incubation on observe la gélose ensemencée afin d’y

découvrir des zones d’inhibition autour des disques. Une zone d’inhibition
indique que la différence de l’organisme a été inhibée par la présence de
l’agent qui a diffusé dans la gélose comme l’indique le schéma ci-dessous.

S Utiliser pour le 1 ere fois a cause de

Au sa
résistances aux microbes

Seconde fois
A
A

2.7. LES PRINCIPES DE LA NUTRITION

MICROBIENNE

2. 7.1. Les microorganismes et les divers

éléments

Pour se développer les microorganismes doivent puiser de

l’environnement toutes les substances dont ils ont besoin pour la synthèse
de leur matière cellulaire.

Ces substances appelées nutriments. Un milieu de cellule doit

des lors contenir les nutriments nécessaires en quantités appropriées et
spécifiques des microorganismes pour lesquels il est conçu. µ

Cependant les microorganismes sont extraordinairement

différents par leur propriété physiologiques et spécifiques et leurs
exigences nutritionnelles.

Beaucoup de milieu des cultures ont été proposé pour leurs

cultures.

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 Page 27 sur 93

La composition chimique de différence généralement constante

pour tous les organismes vivants indique leur exigence majeure pour
l’existence.

Les études nutritionnelles montre que le K, Mg, Ca, Fer, Cb, Cu,
Mo, Zn, sont indispensables pour l’existence de tout les microorganismes.

Le K, Mg, Fe, Ca, sont demandés en quantités relativement large

et doivent toujours être ajouté comme sel dans un milieu de culture. Les
besoin en Mn, Cu, Mo, Cb, Zn, sont relativement faibles et sont souvent
considérés comme elles traces ou micronutriments.

Les bessons en carbone, Azote, soufre et oxygène. Selon les

microorganismes et leurs sources varient beaucoup.

2. 7.2. Besoins en carbone

Les microorganismes capables de la photosynthèse et ceux qui

obtient l’énergie a partir de l’oxydation des composés organiques utilisent
le Co2 comme seule source de carbone, tous les autres obtiennent les
carbones de composés organiques.

Les microorganismes sont différents concernant la nature et le

nombre des composés organiques qu’ils peuvent utiliser comme source
principale de carbone et d’énergie.

- Déshydrate de et se dérivé (ribose, xylose, orabinose,

glucose, saccharose, glycérol….)
- Les acides gras (acétate, proprianate, caproate,
heptanoate….)
- Les acides idicarboxyliques (analonate, suginate, fumarate,
glutamate….)
- Autres acides organiques (citrate, pyruvate, glycolate,
tartrate…)
- Les alcools primaires (éthanol, prapanel, bithanel)
- Les A.A= Acides amines (alanine, sérine, proline, tréonine…)

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 Page 28 sur 93

2. 7. 3. Besoins en azote et soufre

L’azote et le soufre sont représentés dans les composés

organiques de la différence principalement sous la forme réduite comme
groupe aminé et sulfidrique. La plus part d’organismes
photosynthètiques assimulent ce deux éléments à l’état inorganique
oxydé comme nitrate et sulfate.
Beaucoup des bactéries et champignons non photosynthétiques
peuvent aussi utiliser les nitrates et les sulfates comme source d’azote et
de soufre. D’autres consomment le sel d’amonium et les composés
organiques contenant le groupe sulfidrique tels que les acides aminés et
le produit de dégradation de protéines (peptone).
Certaines bactéries consomment directement l’azote
atmosphérique (bactéries phototrophe). Ce procédé d’assimilation d’azote
est appelé féxation d’azote et exige une réduction préliminaire d’azote
en ammoniaque. Comme le montre le cyclé de l’azote.

2.7.4. Facteurs de croissance

Les facteurs de croissance est un composé organique dont un

microorganisme à besoin comme précurseur ou constituant de son
materiel organique cellulaire mais qu’il ne peut pas synthétiser a partir de
simple source de carbone. Il doit être apporté comme nutriment.

Les nutriments organiques de ce type sont appelés facteurs

d’existences et appartiennent à 3 classes :

- Les acides aminés qui sont des constituants principaux des

protéines ;
- Les pyrines et pyrimidines qui sont des constituants d’acide
nucléique (l’adénine pour plusieurs anaérobies) ;
- Les vitamines (ex : l’anenine ou tyamine B1 pour staphyloccus
aureus et streptoccocus salivari, la biothine (vit H) precurseur
de cystéine (acide aminé) et l’acide pymelique pour beaucoup
d’anaérobie comme clostridium).

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 Page 29 sur 93

Les trois composés sont ajoutés au milieu de culture à petites

quantités.

2. 7.5. Construction d’un milieu de culture

Au cour de la construction d’un milieu de culture d’un

microorganisme le but principal est de fournir un mélange équilibré de
nutriments à des concentration qui permettent une bonne existence.

La composition du milieu peut avoir été conçue de façon

empirique. Elle peut être déduite aussi d’étude approfondie définissant la
quantité et qualité exacte de composés chimiques pures indispensables à
la vie du germe.

Dans le 1e cas (son étude) il s’agit de milieu empirique et dans le

second du milieu synthétique.

Les milieux naturels ou empiriques ont une composition

complexe et mal définie. Ils peuvent être d’origine animale (lait, sérum,
bouillon et gélose nutritive, gélatine, sérum) ou d’origine végétale
(peptone de soja, pomme de terre….) Les milieux synthétiques sont des
solution des corps chimiques purs dans l’eau distillée, leur composition cte
est donc strictement définie et peut être théoriquement adaptée aux
exigences nutritives de chaque espèces bactérienne. On incorpore à côté
des substances nutritives des produits inhibant la xce de certaines
espèces et exaltant celle d’une autre. On a dans ce cas un milieu colectif
ou d’enrichissement. Dans certains milieux ce trouvent des révélateurs
des propriétés caractéristiques de telle ou telle espèces. Ce sont les
milieux d’identification qui peuvent être en même temps sélectifs. Les
principales opération de la préparation de milieux de culture et les
précautions à observer au cours de celle-ci, sont :

- La pesée des ingrédients doit être précise il en est ainsi pour

les milieux synthétiques le facteur de xce, les inhibassent la
sélectivité, la dissolution se fait toujours dans l’eau distillée et
parfois de l’eau bidistilée.

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 Page 30 sur 93

Il pouvait semple en 1e lieu raisonnable de faire un milieu aussi

riche que possible en fournissant des ingrédients en grand excès.
Cependant cette approche n’est pas une bonne façon de travailler. En
effet beaucoup d’ingrédients deviennent inhibiteurs ou toxiques pour le
xce des microorganismes lorsque la T° . Ceci est vrai pour les composés
organiques tels que les sels d’acide gras et même des sucres lorsque le T°
est assez élevée. Quelques composés inorganiques aussi peuvent devenir
inhibiteurs s’ils sont apposités en excès. De plus même si la xce peut se
produire dans un milieu ;;;;; les activités métaboliques de la xce de la
population microbienne changeront éventuellement la nature de
l’environnement au point ou il devient défavorables la xce de
microorganismes et la population devient anormale et meut. Ce ci peut se
produire lorsqu’il a une changement brusque de la T° en ions At, le PH
pour l’accumulation des métabolites toxiques organiques et ou dans les
cas de microorganisme aérobies stricts par le changement ou la de l’O 2.

Ainsi le but du microbiologiste est d’étudier les propriétés et les

comportements des microorganismes sains et de préparer les milieux
avec des ingrédients équilibrés,

- Le contrôle du PH.

Bien qu’un milieu peut être convenable pour l’initiation de la

différence des microorganismes. Le développement ultérieur de la
population bactérienne peut être arrêté par la différence et le
métabolisme des microorganismes eux-mêmes.

Par ex : dans un milieu contenant de glucose, les acides

organiques qui peuvent être produits après la fermentation peuvent
devenir inhibiteurs pour la croissance. D’autre part l’utilisation des
composés anioniques d’un milieu. Tend à rendre ce milieu plus alcalin. La
décalin en produisant l’ammoniac. Pour prévenir ce changement excessif
en T° ion H+ les tampons, les carbonates sont utilisés. Les tampons
phosphates qui consistaient un mélange de mono hydrogène et de
dihydrogène phosphate sont les plus employés K 2H P04 et KH2 P04. Se

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 Page 31 sur 93

mono hydrogène phosphate de K(K2HP04) est légèrement basique et le

dihydrogène phosphate de K(KH2PO4) est un sel acide.

- Le rôle de l’02 en nutrition

L’02 est un élément constituant de l’eau. Il est un composé

universel de ;;;;;; cependant beaucoup d’organismes ont besoin aussi de
l’02 (moléculaire) pour leur respiration. Ils sont appelés microorganismes
aérobies stricts ou obligatoires. Pour d’autres microorganismes l’O
moléculaire (O2) est une substance toxique qui les tue et inhibe leur
croissance. Ils sont appelés microorganismes anaérobies obligatoires ou
stricts. Quelques microorganismes sont aérobies et anaérobies facultatifs
se multipliant à l’absence ou présence de l’oxygène.

2.7.6. Méthode d’observation de solution

microbienne

A l’aide d’un instrument appelée microscope optique de

microscope électronique moderne rend possible de grossissement qui
dépasse 150 mille fois.

Dans un microscope simple on distingue les parties suivantes :

- La potence assise sur une base

- La platine laquelle repose la préparation
- L’ensemble objectif et oculaire supporté par le tube et assure
la mis au point par un déplacement rapide par un epignen
crémaillère et
- Une mise au point fine généralement baptisé du nom de mvt
micrométrique.

La lumière joue un grand rôle pour obtenir une image.

L’utilisation du microscope optique est simple et facile, mais exige une
prudence comme vous le montrera la série de travaux pratiques.

1) Mécanique du staff.

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 Page 32 sur 93

a) Dans l’ensemble on peut diviser la mécanique d’un staff du

microscope en un certain nombre des constituants essentiels.
- La base
- La potence qui supporte la plupart de tous le revolver le porte
objet, le tube porte oculaire et quelque fois la platine
- La platine destinée à supporter l’objet. Sur cette platine un
certain nombre de petites dispositions mobiles permettent de
déplacer l’objet dans les 3 directions de l’espace par rapport à
l’objectif considéré comme fixe.
- Le dispositif support du condensateur et de ses annexes.
2) Les objectifs

On a coutume, en négligeant le fait que microscope est un

instrument optique complexe dont toutes les parties forment un ensemble
de considérer l’objectif comme la partie essentielle du système optique.

Les 2 caractéristiques d’un objectif sont :

 Son ouverture numérique qui exprime l’existence maximum sous

lequel les rayons issus de l’objet peuvent pénétrer à l’intérieur du
système optique.
 Son agrandissement qui exprime l’agrandissement que l’objet
introduit dans le système optique.
a) Utilisation du microscope

La lame porte objet est placée sur la platine et le microscope est

convenablement éclairé. Pour l’examen à sec on rapproche lentement
l’objectif en utilisent un mouvement rapide à crémaillère et en observant
l’image des l’oculaire. Des que celle-ci apparait on arrête la mise au point
en se servant la vis commun dont le mvt micrométrique. Avec les objectifs
en immersion, on place une goutte d’huile sur la préparation ou mieux sur
la tentille de l’objectif, on met en contact avec précaution la préparation
ou la tentille avec la goutte d’huile en agissant sur la crémaillère et on
met au point l’œil placé sur l’oculaire en entourant unpeu la vis

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 Page 33 sur 93

micrométrique. Quelques grandeurs qui permettent de définir les qualités

des microscopes :

- A côté de sa luminosité et de son pouvoir définissant ou la

faculté de données les images aux contours mets, d’autres
caractéristiques doivent être mentionnées.

On appelle pouvoir pénétrant du microscope, la facilité avec

laquelle il permet l’observation simultanée de plusieurs plan de l’objet
étudié. Sa puissance correspond au produit de celle de l’oculaire par
l’agrandissement de son objectif.

Le grossissement du microscope sera obtenu en multipliant sa

puissance par distance minimale de vision sistincte.

2. 8. Méthode d’observation de différente

microbienne

2. 8.1. Microscopie optique

L’observation de si petits objets nécessite qu’on les

agrandissents, opération réalisée en général a l’aide d’un instrument
appelée microscope optique composé.

Depuis le 1e microscope simple du 18 , des instruments au

e siècle

pouvoir grossissant de plus en plus élevé sont fabriques. Alors que les
loupes initialement utilisées ne permettaient que de voir des détails au-
delà de 0,1 mm. Le microscope énuque moderne rend possible des
grossissements qui dépassent 150 000 fois.

La lumière joue un grand rôle pour obtenir une image. En effet la

lumière comme tout rayonnement permettant d’obtenir une image
présente d’où aspects. Un aspect corpusculaire et un aspect ondulatoire.
Pour former une image on peut faire appelle à tous les rayonnements
présentant un aspect ondulatoire, ce rayonnement dans la pratique sont
désignés sous le nom par ordre décroissent de longueur d’onde, de
lumière infra-rouge, lumière visible, lumière ultra-violette des es et des

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 Page 34 sur 93

protons. Conventionnellement pour les besoins de la pratique on peut

distinguer une première catégorie de la microscopie :

- La microscopie appelée classiquement photomique (ou

optique) qui s’étend de l’infrarouge à l’ultra violet en passant
par la lumière visible. Dans ces 3cas ce sont les photons des
rayonnements lumineux qui sont utilisées.
- Pour former les images une 2 e catégorie d’instrument
appartient à la microscopie énique qui fat appelle aux
électrons pour former une image.

Le microscope est essentiellement constitué d’un dispasif

d’éclairage des objets d’une part et un dispositif d’observation séparés en
deux constituants.

Objectifs et oculaire :

L’examen au grossissement élevé avec un pouvoir résolvant de

l’onde de quelque dixième de microscopie impose au microscope une
caractéristique essentielle qui est la stabilité.

Dans un microscope simple on distingue les parties suivants : la

potence assise sur une base, la plastique sur laquelle réponse la
préparation, la mise au point de l’ensemble objectif et oculaire supporté
par le tube est assuré par un déplacement rapide par pignon crémaillère
et une mise au point fine généralement baptisé du nom de mvt
micrométrique. La lumière joue un grand rôle pour obtenir une image.

1° Mécanique du statif

Dans l’ensemble on peut diviser la mécanique d’un statif du microscope

en un certains nombre des constituants essentiels.

- La base
- La potence qui supporte la plupart de tous les revolvers, le
porte objet, le tube porte oculaire et quelque fois la platine ;

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 Page 35 sur 93

- La platine destinée à supporter l’objet. Sur cette platine un

certain nombre de petit dispositif mobile permettent de
déplacer l’objet dans les 3 directions de l’espace par rapport à
l’objectif considéré comme fixe.
- Le dispositif support du condensateur et de ses annexes.
b) Les objectifs

On a coutume, en négligeant le fait que microscope et un

instrument optique complexe dont toutes les partis forment un ensemble,
de considéré l’objectif comme la partie essentielle du système optique.
Les 2 caractéristiques d’un objectif sont :

 Son ouverture numérique qui exprime l’existence maximum sous

lequel les rayons issus de l’objet peuvent pénétrer à l’intérieur du
système optique.
 Son agrandissement qui exprime l’agrandissement que l’objet
introduit dans le système optique.
c) Utilisation du microscope

La lame porte objet est placée sur la platine et le microscope est

convenablement éclairé. Pour l’examen à sec on rapproche lentement
l’objectif en utilisent un mouvement rapide à crémaillère et en observant
l’image des l’oculaire. Des que celle-ci apparait on arrête la mise au point
en se servant la vis commun dont le mvt micrométrique. Avec les objectifs
en immersion, on place une goutte d’huile sur la préparation ou mieux sur
la tentille de l’objectif, on met en contact avec précaution la préparation
ou la tentille avec la goutte d’huile en agissant sur la crémaillère et on
met au point l’œil placé sur l’oculaire en entourant unpeu la vis
micrométrique. Quelques grandeurs qui permettent de définir les qualités
des microscopes :

- A côté de sa luminosité et de son pouvoir définissant ou la

faculté de données les images aux contours mets, d’autres
caractéristiques doivent être mentionnées.

Dr VYAMBWERA K.G.C
 Page 36 sur 93

On appelle pouvoir pénétrant du microscope, la facilité avec

laquelle il permet l’observation simultanée de plusieurs plan de l’objet
étudié. Sa puissance correspond au produit de celle de l’oculaire par
l’agrandissement de son objectif.

Le grossissement du microscope sera obtenu en multipliant sa

puissance par distance minimale de vision distincte.

2. 8.2 La coloration

La coloration est d’une grande importance pour la

reconnaissance des bactéries. En effets leur protoplasme clair est si
faiblement réfringent qu’il est difficile de les observer sans même colorés.
Plusieurs techniques de colorations sont utilisées.

[Link]. La coloration simple

Pour accomplir une coloration simple on peut utiliser n’importe

quelle dérivée de l’aniline ; le vert de malachite, le bleu de méthylène, le
….

Il s’agit d’étendre une goutte d’une suspension bactérienne sur

une chauffent légèrement et finalement d’appliquer le solution de
coloration sur la lame ;

Technique :

1e se servir des lames propres et les flamber légèrement avant

l’usage puis la laisser refroidir.

2e des étapes à franchir pour faire un frottis et le fixer.

a) Stériliser l’anse de platine en la flambant jusqu’à ce qu’elles

deviennent ou rouge et laissons refroidir. ;
b) Prélèvement de la suspension bactérienne à l’aide de l’anse
stérilisée ;
c) Déposer le prélèvement sur une lame propre et l’étendre
délicatement en impriment un mvt circulaire à l’anse de

Dr VYAMBWERA K.G.C
 Page 37 sur 93

platine. Ajouter une goutte d’H 2O si le prélèvement est

obtenue à partir d’un milieu solide, reflamber le fil de platine
avant de le déposer sur un support.
d) Laisser séchés à l’air
e) Fixer le frottis en passant 2 ou 3 fois la lame à travers la
flamme.

3e Laissé refroidir et colorer comme suite :

a) Déposer la lame sur le support qui se trouve sur le band de

levier ;
b) Inonder la lame avec la différente de bleu de méthylène
pendant 60 seconds (1’)
c) Laver en suite sous un filet d’eau ;
d) Sécher complètement la lame colorée à l’aide du papier
buvard

4e Déposer une goutte d’huile à immersion sur la lame et

examiner celle-ci avec l’objectif à immersion. La composition de
la solution alcaline de bleu de méthylène de Lôffer.

Solution A

Bleu de méthylène ………………….0,3 jr.

Ethanol 95%............................30 ml.

Solution B

100ml de KOH dilué 0,01%.

Les 2 solutions sont ensuite mélangées.

2. 8.2.3. La coloration de ziehl neelsen

a) Principe

Les mycobactéries (bacille tuberculeux) se colorent difficilement

avec les procédés couramment employés. Une fois colorés cependant,

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 Page 38 sur 93

elles retiennent de colorant et ne se laisse pas décolorés ni par les aides

minéraux ni par l’alcool. Pour cette raison elles sont nommées bactéries
acido-alcoolorésistantes (A AR). Dans la coloration ziehl neelsen on se sert
de fuchsine phéniquée à chaud pour colorer les bactéries.

b) Technique

Xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
xxxxxxx

Dissoudre la sulfamine dans l’éthanol et puis la gouté d’H 2O.

c) Technique

La coloration gram est fait sur des bactéries, vacille de 24

heures. On dépose une ôse de ces bactéries dans l’eau, déposée au par
avant sur une lame de verre et on mélange soigneusement. On sèche et
fixe la soupesions de bactéries sur la lame de verre en faisant poser la
lame 3 fois à travers la flamme. La préparation est ensuite colorée avec la
solution de cristal violet oxalate d’ammonium. On lave le verre avec de
l’H2O de robinet, on colore la préparation après avec la solution de lugol et
on laisse pendant une minute. On lave la préparation de nouveau avec de
l’eau du robinet et on sèche la préparation avec du papier filtre. On
décolore pendant 30 secondes avec agitation légère dans l’éthanol 95% et
on sèche du papier filtre. On couvre la préparation avec la solution de
safranine pendant 30 secondes. On lave avec de l’eau de robinet et on
sèche avec du papier filtre. La préparation est observée au microscope.
On utilise l’objectif huile à immersion. Les bactéries gram- ont une
coloration rose de la salfanine, tandis que la les bactéries gram+ ont une
coloration violette.

[Link].3. Coloration gram

a) Principes

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Cette méthode de coloration a été mis au point par Christian

Gram en 1884 et se réalise à 4 étapes :

1°) Première coloration avec le cristal violet : contenant l’oxalate

d’Ammonium

2°) Application d’une solution diluée d’iode : Lugol

3°) Décoloration avec l’alcool éthylique 95%

4°) Utilisation de safranine pour la microscopie.

Les bactéries colorés par cette méthodes sont separés en deuxx

groupes :

- Les Gram+ qui ont retenu la 1 ere coloration se présente en

violet et les Gram- sont colorées en rose, couleur de safranine.
b) Composition de réactif

1°) Solution d’Ammonium occalate cristal violet ou solution de HUCHER ;

Solution A Solution B
-Cristal violet 2g -Oxalate d’Ammonium 0,8g
-Ethanol -Eau distillée 80ml

Mélanger le deux solution en proportion décrite.

2°) Solution de lugol : Iode 1g, Iodyle de potassium 2g eau distillée 300 ml.

3°) Solution d’éthanol : 95%

4°) Solution de safranine : 0,5 g éthanol 8510 ml, eau distillée 100ml
dissoudre la safranine dans l’éthanol puis ajouté la quantité d’eau.

c) Technique

La coloration de gram est faite sur les bactéries vielles de 24

heures ;

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-On dépose un Öse de ces bactéries dans l’eau déposée au paravent

sur une lame de verre et on mélange soigneusement.
-On sèche et fixé la suspension des bactéries sur la lame de verre en
faisant passer la lame 3 fois à travers la flamme.
-La préparation est ensuite colorée avec la solution de cristal- violet
oxalate d’Ammonium
-On lave le verre avec de l’eau de robinet,
-On colore après la solution de lugol pendant une minute
-On lave la préparation de nouveau avec de l’eau de robinet et on
sèche avec du papier filtre
-On décolore pendant 30 secondes ave agitation légère dans l’éthanol
95% et on sèche du papier filtre
-On couvre la préparation avec la solution de safranine pendant 30
secondes
-On lave avec de l’eau de robinet et on sèche avec du papier filtre ;
-La préparation est ainsi prête à l’examen à l’objectif à immersion :
les Gram – ont une coloration rose de la safranine tandis que le Gram +
ont une coloration violet (cristal violet).

CHAPITRE 3. DESCRIPTION DES PRINCIPAUX

GROUPES DES MICROORGANISMES

3.1. Les bactéries

3.1.1. Définition

Selon PREVOT (1961) les bactéries sont les êtres microscopiques

unicellulaires dont la taille varies de quelques fractions de micro à quelque
micro, vivant partout dans la nature (sol ou cavité naturelle de l’homme et
des animaux, atmosphère ….) parasitant les organes de l’homme et des
animaux, en vahissant les plantes, métabolisant les matières organiques
et les minéraux et assurant des nombreux cyles biochimiques.

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 Page 41 sur 93

3.1.2. Caractéristiques biochimiques des

bactéries (étude des microorganismes)

La tâche primordiale d’un micro biologiste est l’isolement et

l’identification d’une bactérie présente dans un milieu donné.

Ce milieu est généralement les fèces, l’urine, le sang, l’aliment et

le sol :

Ce milieu est rarement infesté par un reste de bactérie et

renferme plusieurs sortes des microorganismes. Des lors la 1 ere étape est
d’isolée une bactérie recherchée et soupçonnée responsable d’une
maladie.

La deuxième exigent l’utilisation de milieu de culture. Le

comportement de bactéries vis-à-vis de ce milieu de culture et le resultat
de réactions chimiques qui se produisent au niveau de la bactérie
interviennent dans le sens de la dégradation ( catabolisme) ou dans le
sens de la synthèse (anabolisme).

D’une part la bactérie transforme les aliments (nutriments) du

milieu de culture qu’elle reçoit en molécules organiques simples ou en
métabolites lites intermédiaires.

D’autres parts elle réunit ces métabolismes constituants

élémentaires en substance complexe, les macromolécules.

Cette biosynthèse cellulaire nécessite à la fois des matériaux

organiques simples et l’énergie assurant leur union.

Beaucoup de substance sont dégradées notamment les hydrate de

carbone, le liquides, les protéines par les bactéries.

Les composés provenant de ces dégradation sont détectés d’une

manière tinctoriale (suivant la couleur) permettent de distinguer les
bactéries.

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Ainsi beaucoup de tests biochimiques sont réalisés et parmis eux nous

décrirons quelques uns suivants :

a)La réaction de Kligler –Hajna

Elle indique si le glucose est fermenté, mais à côté de cette

propriété essentielle, elle permet de distinguer d’autres propriétés telles
que la formation de H2S. La mobilité, la production de gaz et la
fermentation de lactose. Pour distinguer ces propriétés on utilise le milieu
lactose-glucose H2S ou le milieu Kligler-Hajna ou le milieu gélose-glucose,
lactose, saccharose ou gélose 3 sucres et au Fer (ISI= Triple sugar iron)

Dans le premier milieu deux sucres sont présents, le glucose et

lactose, dans le second on trouve en plus de ce deux sucres le saccharose.
Ce dernier permet de dépister les coliformes qui fermentent le lactose très
lentement vu que beaucoup microorganismes fermentent plus facilement
le saccharose que le lactose.

N.B : En général la fermentation de sucre acidifie le milieu. Cette

fermentation peut être suivie de production des gaz et l’acidification fait
viré au jaune l’indicateur de pH.

Noter aussi que la dégradation des acides aminés entraine la

production des substances alcalines et 24 heures après incubation en
observe une coloration rouge.

b)Réduction de nitrates en nitrites

Certaines bactéries sont capables de réduire les nitrates en

nitrites par ce qu’elles possèdent l’enzyme nitrate réductase.

c)Recherche de l’oxydase et du cytochrome oxydase

On entend le plus souvent sous le vocable oxydase, l’enzyme

intervenant dans divers groupe d’oxydante réduction.

La recherche de la phenillène diamine oxydase qui, en agissant

sur un substrat incolore, entraine la fermentation d’une semi quinone

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rouge. Cette dernière très instable s’oxyde rapidement en donnant un

composé noirâtre.

d)Test d’indole

L’indole est un catabolite de dégradation de tryptophane, acide

aminé présent dans la plus part des protéines. Certains microorganismes
sont capables de produire l’indole à partir de tryptophane grâce à une
tryptophonase.

e)Test d’urease

Toutes les bactéries hydrolysent l’urée suivant cette réaction :

NH2

CO +H2O COOH-NH2+ NH3

NH2

Seule une urease très active abouti finalement) la réaction

COOH-NH2 CO2+ NH3. Le CO2 et l’ammoniac se combinent en donnant
du carbonate d’Ammonium : CO2+2NH2+H2O CO3 (NH4).

Le carbonate d’Ammonium formé alcalinise le milieu. La

recherche d’une urease consiste donc à constater l’alcalinisation d’un
milieu contenant de l’urée.

f)Réaction au rouge de méthyle et de voges proskauer (V.P)

Certaines bactéries peuvent former par transformation

enzymatique fermentative à partir du glucose, l’acide et/ou l’acétyle
méthyle carbinol (acétoine). La mise en évidence de l’acidification du
milieu est réalisée à l’aide du rouge de méthyle (RM).

Le test V.P sert à détecter l’acétyle-méthyle carbinal et utilisation

des citrates.

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La gélose eu milieu de citrate de SIMMON est utilisé pour ce test. Dans ce

milieu synthétique la seule source d’azote est le phosphate d’Ammonium
et la source de carbone est le citrate de sodium.

Seules les bactéries possédant un citrate oxydase (citrate

oxydase) sont capables de se développer sur c milieu avec alcalinisation.

g)Test de décarboxylase

Les bactéries sont capables de réaliser la décarboxylation des

acides aminés en produisant des amines et du CO 2 tel que le montre la
réaction générale ci-dessous.

COOH

R-CH décarboxylation R-CH 2-NH2-CO2

NH2

Les milieux d’études sont peptones et ne renferment qu’un seul

acide aminé, celui dont on veut chercher la décarboxylation.

h)Recherche de phénylalanine désaminase

Cet enzyme transforme la phénylalanine en acide phényle

pyruvique. Cet acide forme avec un ion ferrique un composé donnatune
couleur verte.

i)La réaction de Mac Kenzie, Windle taylar et Gilbert

Les Escherichia coli, d’origine fécale peuvent être recherchés

suivant la technique de Mac Kenzie, en utilisant le milieu de culture
Brillant Grun bile 2% et de l’eau tryptonée. Les deux milieux sont en suite
incubés en 44°C, les autres membres de la famille des enter bactériacea
ne se développent pas à cette t°.

j)Recherche de la catalase

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La catalase c’est une enzyme bactérienne qui détruit le peroxyde

d’hydrogène (H2O2) avec formation d’eau et d’oxygène moléculaire (O 2)
suivant la réaction ci-dessous :

2H2O4 catalose 2H2O+O2

Cette enzyme empêche l’accumulation de H2O2 dans la cellule

dont l’action serait létale pour la cellule bactérienne canalisant la réaction.
L’oxygène libéré se dégage sous forme gazeuse.

3.1.3. Les tests sérologiques (méthodes en

microbiologie)

Un individu qui a déjà eu une maladie d’enfance comme la

rougeole, la varicelle, résiste habituellement à une seconde infection.

En effet, il a développé une résistance à une microbiologie

causée par un pathogène spécifique. Cette résistance s’appelée immunité.

Comme cette immunité s’acquiert lors d’un 1 e contacte avec un

agent infectieux on parle d’immunité acquise.

L’immunité peut s’acquérir à la suite d’une vaccination ou d’une infection

naturelle.

Le vaccin et le microorganisme stimulent le mécanisme de

résistance de l’hôte càd son système immunitaire.

Ce dernier permet à l’hôte de différencier les cellules ou

substance de leur propre organisme de celles qui leur sont étrangères.

Ces produits étrangers sont principalement les cellules d’autres

A§ des virus, de toxine bactérienne et de vaccin.

Quand ces produits pénètrent dans l’organisme, ce lui ci les considère

comme des substances étrangères càd les Antigènes.

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Ces derniers provoquent la synthèse des substances humorales,

les Anticorps, qui réagissent avec les antigènes pour les éliminer ou les
neutraliser.

[Link]. Les Antigènes

Un antigène est toute substance qui provoque chez un hôte une

réponse immunitaire qui entraine une immunité acquise. Au court de
cette réponse il ya formation d’anticorps spécifiques qui circulent dans le
sang (immunité humorale) et/ou augmentation du nombre des cellules
réactives spécifiques, lymphocyte (immunité à médiation cellulaire). Ces
lymphocytes ont une grande capacité de détruire d’autres cellules.

Anticorps et lymphocyte spécifiques réagissent à même temps

avec l’antigène qui est l’agent immunisant. L’immunité acquise de cette
manière permet à l’organisme de détruire ou neutraliser les
microorganismes ou leurs toxines.

C’est le principe mécanisme de défense interne de l’organisme

contre le microorganisme pathogène.

Deux groupes seulement des composés naturels sont

immunigène càd capable de provoquer une réaction immune.

Ce sont les protéines et les polysaccharides. Les protéines sont

plus efficaces que les polysaccharides. Les oligo saccharides, les lipides,
les acides nucléiques, stimulent la production d’anticorps seulement
quand ils sont couplés aux protéines. C’est sont des haptènes càd des
substances qui ne sont pas antigènes mais qui le deviennent quand ils ont
fixées à des molécules porteuses des protéines.

Les antigènes bactériens sont des exotoxines, des enzymes extra

cellulaires ou des éléments structuraux de la cellule. La partie la plus
extérieure de la bactérie et la capsule quand elle existe.

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Toute fois, les antigènes peuvent aussi provenir d’autres couches

structurelles du corps bactérien (Flagelle, parois, membrane
cytopasmique, pili).

[Link]. Les anticorps

Sont des substances spécifiques formés par l’organisme en

réponse à une stimulation antigénique. Tous les anticorps appartiennent à
une classe particulière des produits protéiques sériques (du sang) appelée
globulines.

On appelle les anticorps des immunoglobulines (Ig) ou globuline

lesquels on peut citer le IgG, IgM, IgD, IgE, IgA.

On peut identifier les bactéries ou microorganisme inconnus

grâce à des réactions d’aplitination avec de sérum contenant des
anticorps connus comme dessiné ci-dessous.

Suspension

bactérien+

Antigène Antiserum Anglutination

Spécifique

(Anticorps)

3.1.4. Structure d’anatomie fonctionnelle de la

cellule bactérienne

[Link]. Morphologie bactérienne

Du morphologique les bactéries sont généralement très simples.

On distingue principalement :

1°) Des formes sphériques appelée coques ou coccies

Ex :- staphylococcus aureus

-stroptococcus spp.

2°) Des formes bâtonnets ou bacilles

Ex : - bactéridium arthracis

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3°) Des formes en virgule ou vibrion

Ex : vibrion cholérae

4°) Des formes spiralée ou spirille ou spirochètes

Ex : -trepnema palidum

-Mycoplasme mucoides

Ces formes fondamentales peuvent présenter des variétés

ovoïdes chez les coques cylindriques chez le bacilles et alcoidales chez les
spirilles.

[Link]. Anatomie bactérienne

Sa structure est variable et comporte la parois, la membrane

cytoplasmique, les constituants internes facultatifs (flagelles, pili et
capsule) et facultativement aussi la spore.

Voici le schéma

Mésosome

Membrane cytoplasmique

Pili Flagelles ou cils

Parois

Ribosomes Cytoplasme

Appareil nucléaire

A. LA PAROIS BACTERIENNE

Elle constitue en enveloppe obligatoire se la cellule bactérienne

et couvre la membrane cytoplasmique qui limite le cytoplasme.

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A.1. Constitution chimique de la parois

a. Chez les bactéries Gram+

Le Glucopeptide ou peptidoglycane ou micocomplexe de PARK

est fondamentale. C’est une molécule entourant la bactérie et formée par
des longues chaines polysaccharidiques relies entre elles par des
peptidiques.

Les chaines polysaccharidiques sont constitués par les sucres

suivants : le N-acétyl glucosamine et le N-acétyl miramique.

Les peptides sont sourtout constitués des acides aminées

suivants :

- La L et D-alomines
- Acide D-glutamique
- La lysine selon les espèces et
- L’acide diaminopimelique.
- Chez certains bactéries Gram + on rencontre des acides
teycoique.

b. Chez le Gram –

La parois est plus fine et est formée de lipo polysaccharide et de

lipo protéines ainsi que des lipides libres.

A.2. Rôle de la parois

Elle joue le rôle de soutier morphologique, protège la bactérie

contre les agressions extérieur et la pression interne, joue le rôle
antigénique et est responsable de la spécificité immunologique à cause de
sa composition chimique, elle est le siège d’action de nombreux
antibiotiques et le siège des récepteurs des bactériophages.

B. LA MEMBRANE CYTOPLASMIQUE

C’est une membrane vraie entourant le cytoplasme en lui

adhérant de façon indissoluble alors qu’elle est nettement séparée de la

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parois. Elle limite le cytoplasme de la bactérie et est composées des

protéines et de lipides.

Elle joue comme rôle :

- L’osmorégulation entre le milieu ambiant et intracellulaire

assurant ainsi la semi perméabilité permettent l’entrée et la
sortie des divers ions et métabolites, et substances nutritives ;
- Elle intervient dans la respiration (cytochrome oxydase)
bactérienne ;
- Avec le mésosome elle intervient dans la division bactérienne
sous l’injonction de l’ADN.

N.B : La pénétration au niveau de la membrane sont sous la

régulation enzymatique de perméase

C. CONSTITUANTS INTERNES

C.1. Le cytoplasme

Il est très dense et les organites y sont rares. Il contient les

ribosomes, les substances organiques dissoutes (lipide, glucide, protéine),
les substances numérales dissoutes (K, Mg, phosphore, soufre). Il contient
l’ARN sous ces trois formes, à savoir : messagé, transfert, ribosomien.

Ces ARN interviennent dans la synthèse de protéines.

C.2. Appareil nucléaire

Le noyau bactérien, sans membrane nucléaire est libre dans le

cytoplasme et constitué d’un unique chromosome formé d’une longue
molécule d’ADN enfermée sur elle-même un anneau.

L’ADN se divise par simple cission sans figure rappelont un

appareil mitotique.

D. LES ELEMENTS EXTERNES FACULTATIFS

D.1. Les flagelles ou cils

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Les cils ou flagelles sont des organes locomoteurs en Anatomie.

Ce sont des organites……… flexibles sinueux, non ramifiées, attachés au
cytoplasme et se terminant en général par un crochet. De là ils traversent
la parois et, quand elle existe, la capsule. Le flagelle peut s’insérer au pôle
du corps bactérien (ciliature polaire), seul (monotriche) ou en attoufle
(plusieurs cils ) (lomphotriche) ou un cil par pôle (cephalotriche ou
amphitriche)

Il peut être seul (monotriche parapolaire ou peuvent

être nombreux en dehors des pôles (peritriche) .

Grâce à la protéine qu’il contiennent, la flagelline, le flagelle joue

un rôle antigénique de fixation de bactériophage.

D.2. Le pili

Plus fin que le flagelle, le pili ne joue pas le rôle de l’ocomotion et

y a deux types :

- Le pili commun
- Le pili sexuel.

Ils sont composés d’une protéine, la piline, grâce à laquelle ils

sont responsables de l’hemaglutination (nutrition, protection).

D.3. La capsule

C’est la couche qui entoure la parois, elle n’est pas visible chez
les bactéries. Elle est chimiquement constituée de polysaccharides,
polypeptide couplé ou non avec des sucrés aminés.

Protège la bactérie contre la phagocytose, les attaques des

protozoaires, bactériophage (passant par le pili pour l’entre ou sortie) elle
est une réserve carboné énergétique et prend part à la constitution des
endotoxines et des agressines. Elles a une rôle Antigénique et donc
immunogène.

[Link] spore bactérienne

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1°) Définition : la spore bactérienne est un organite facultatif thermo

résistant caractérisant le bactérie de l’ordre de spiroïdale, sphérique ou
élepsoidale, refregente, incolorable par les méthodes usuelles, résistant
aux conditions défavorables de vie telles la déficience nutritionnelle,
mauvaises conditions physiques et chimiques. Elle présente donc chez
certaines espèces bactériennes, surtout les Gram+, la forme de résistance
aux conditions défavorables de vie.

Sa morphologie se résume par le schéma ci-dessous :

Exosporium

Cartex

Matériel Parois sporate

Nucléaire Couche externe lexine Muraille

Couche interne lintine

La spore sphérique ou ovalaire peut se situer au centre du corps

bactérien, vers l’une des extrémités ou à l’extrémité. Selon le cas, elle
sera appelée spore centrale subterminal ou terminale
.

Elle est appelée déformante ou non déformante selon qu’elle

déforme ou pas le corps bactérien

2°) Compositions chimiques et propriétés de la spore

L’ARN méssager est absent, il ya les protéines riche en soufre et

en acide lipycolinique au A du cortex. Cet acide est absent dans la forme
végétative et c’est de lui que la spore hélute ses propriétés qui sont :

- Longévité indéfinie,
- Thermorésistance extrême (60 à 80°C à 100°C pendant 20
minutes ou plus, voire 5 à 6 heure)

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- Résistance à la déficience nutritionnelle, aux agent chimiques

ou physiques (ex : rayau X, U.V et F, acide antibiotiques,
antiseptiques) pourtant actifs pour la forme végétative.
- A de propriétés antigéniques propres avec une partie des
antigènes des bactéries mères.

N.B : la déshydratation complète du cytoplasme, l’imperméabilité, la

richesse des protéines en soufre des enveloppes et la teneur de ses
membranes en acide dipicolinique explique la thérmo résistance de la
spore.

Certaines substances peuvent être utilisées pour detruire la

spore comme le phormole ou l’oxyde de pleine à des hautes
consentration, l’hozone à plus de 25% et l’exposition prolongée à e très
haute T° ou aux radiations X et U.V.

La sporulation est donc la transformation de la forme bactérienne

végétative (normale) prolifèrent entre en une forme résistante, dormante,
non prolifère entre appelée spore.

La transformation inverse est appelée germination.

3.1.5. Action des agents extérieurs sur les

bactéries

De part leur composition chimique et leur constitution physique

les bactéries sont sensibles à toutes les modifications survenant dans le
milieu ou elles vivent. Les agents extérieurs susceptibles d’influencer la
vie bactérienne peuvent se ramener en deux groupes (Fac. Physico-
chimique et les le Fac biologiques).

[Link]. Facteurs physico-chimiques

[Link].1. La température

La T° ambiante conditionne la biochimique au sein de l

bactérie. Ces bactéries comme toute vivant ne mènent leur vie activer que

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dans 1centi gramme de T° délimité par le minimum et le maximum

thermique. Dans cet intervalle, il joue une T° ou zone qui porte l’activité
des bactéries à son apagé :

L’optimum thermique :

Cet optimum thermique peut varier pour une bactérie donnée

suivant la fonction choine. Ainsi l’optimum pour la différence ne
correspond nécessairement pas à celui de l’activité enzymatique.

Du point de vue biologique, il est intéressant de noter que

l’optimum est plus proche du maximum que du minimum. D’après leur
valeur thermométrique lehmann et Neumann distinguent 3 groupes dans
le monde bactérien :

- Les bactéries psychrophiles t°

- Les bactéries mésophiles x t°
- Les bactéries thermophiles t°
a)Les bactéries pypsychrophiles

Elles vivent à des t° relativement basses et leur point thermique

cardinaux sont :

Min : -5 à 0°C opt 10 à 20°C et Max : 25 à 30°C. C’est le cas pour

la plus part des bactéries des eaux et pour beaucoup de bactérie
lumineuses ou phosphoressantes. Celle-ci sont fréquentes dans la mer et
se développement activement à 0°C. Elles sont responsables de
l’altération des alts conservés aux voisinages de 0°C.

b)Les bactéries Mésophiles

Elles recherchent les t° x , leur minimum se trouvent entre 10 et

25°C, l’optimum qui varie les espèce se trouve entre 20 et 40°C le max est
entre 40 et 45°C. La majorité des bactéries connues réside dans ce
groupes et plus spécialement toutes les bactéries pathogènes de l’homme
et elle a se qui sont acclimatées à la t° corporelle (36 à 38 voire plus pour
les mammifères et les oiseaux.

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c)Les bactéries thermophiles

Elles supportent et exigent ni des t° relativement élevées. Leur

point thermique cardinaux varient avec les espèces : min 25 à 45°C
optimum 50 à 65 et max 60 à 75°C. d’abord signaler dans les endroits
chaud (couche superficielle des sols tropicaux, source thermactes, fumer,
etc…..) elles se rencontrent partout sous les climats. Elles prennent une
part importante à la dégradation de la cellulose. C’est à ce titre qu’elles
interviennent dans le phénomène de combustion spontanée de cette
substances organique humides disposées en tas (foin, coton, tabac, etc…)
et qu’elle trouvent des opplications industrielles dans l’extraction des
huites végétales, de degomage de la porc etc.

En fin les industries alimentaires s’es préoccupent vivement car

elles sont responsable de l’altération des conserves et du lait pastenrisé.
Ces 3 groupes de bactéries ne sont pas nelt et distincts mais reunis par
des espèces de passage.

En concluant, chez les bactéries pathogènes le max thermique

est assez voisin de l’optimum et ne dépasse guerre 40 à 45°C. En
revanche, le minimum s’en écarte d’avantage, en générale beaucoup chez
les espèces pathogènes facultatives (ex colibacilles) que chez les espèces
pathogènes obligées (Bacille tuberculeux).

CHOE VEAU repartit en 3 catégorie, les t° comprises dans

l’échelle thermique de la vie bactérienne :

1. Les T° eugénésiques

Les T° Eugenesiques favorisant la vie bactérienne active (multipliant,

croissance et forment une zone unique entourant l’optimum qu’est la t°
eugenesiques par excellence.

2. Les t° dysgénésiques

Elles contraient la vie bactérienne active et se repartissent en deux zones,

une supro optimale assez réduit et une autre infra optimal plus étendue. A

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ces t° les bactéries s’affaiblissent dans leur diverses fonction et notament

dans leur pouvoir pathogène. A ce titre des application comme la
vaccination ou la production de vaccin u ont été tirées. Il est néanmoins
possible d’habituer progressivement les bactéries de suivre normalement
à des t° dysgénésique.

3. Les t° agénésiques

Elle comportent 2 zones, l’une immédiat et nolescent du min et l’autre

immédiate au-delà du max. ces t° suspendent la vie active des bactéries
mais n’amènent pas nécessairement la mort. Pour obtenir un effet
bactéricides il faut recouvrir ou des t° inframinimales càd le froid soit
supra maximale càd la chaleur :

Le froid : il n’est guerre bactéricide, il n’aboutit généralement qu’à

engourdir les bactéries et les places dans 1 état de vie lutente. C’est
pourquoi PATRUSCHKI recommande la glaisière (4°C à 6°C) pour la
conservation prolongée des cultures bactériennes. La plus part des
bactéries supportent la congélation à la condition que celle-ci soit
suffisamment rapide que pour éviter la formation de gros cristaux des
glace préjudiciable à l’intégrité du cytoplasme bactérien. La conservation
des bactéries est meilleure au dessus de 30°C.
La chaleur : contrairement au froid la chaleur est nette bactéricide. Ces
effets détecterais s’accusent déjà dès qu’on franchi l’optimum. Beaucoup
des bactéries surtout pathogènes sont tuées par simple chauffage ou bain.
Marine à 65 à 70° pendant 5 minutes. L’action bactéricide de la chaleur
est fonction de sa durée d’action, de son humidité (chaleur humide et ou
ai chaud) la vie humide et la réaction du milieu (acide diminue beaucoup
la thermorésistante des bactéries alors qu’il n’en st pas ainsi pour la
basicité. La basicité n’est pas ainsi.

[Link].2. La pression

a)La pression atmosphérique :

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D’un la nature les bactéries supportant des pressions fortes. On a

remarquer qu’une pression de 700 atm pouvait entraver la vie de la
bactéries ) la vie libre. Cependant les bactéries non sporulés comme
Eschirichia coli, mucarbactérium tuberculosis et les streptocoques exigent
une pression de 3000 à 6000 atm pour être tuée alors que les bactéries
sporulées telles que plectridium tetani échappent à cette très forte
pression.

b)La pression osmotique :

La plus part des bactéries sauf celles qui vivent dans les eaux
marines, se développent en présence des faibles ( )° en sel. Certaines
bactéries dites Halophiles s’accommodent à la forte ( )° en ou sel (10 à
15% de Nacl) et une ( )° de 2,5%/100ml est 1 ( )° critique définir les
halophiles.

[Link].3. Les radiations

Les radiations ont une action lethale ou bactéricide selon leur

intensité et leur durée d’action. Elles ont aussi une action mutogène
variable avec la radiation elle-même, son intensité, sa durée d’action et
l’espèce bactérienne. Le plus souvent on utilise les radiations UV et X qui
ont une réaction stérilisatrices et sont dangereuses à la vie humaine.

[Link].4. Le potentiel hydrogène

Les bactéries se développent dans les milieux ou PH alcolin ou

voisin de la neutralité (7 à 7,2) contrerait aux champignons qui exigent un
PH acide. Pour chaque bactérie ils exigent une PH optimum. (les plus part
des bactéries pathogène exigent un PH entre 6,2 et 7,5. Cependant
Escherichia coli et frotens se développent à 4,5 ; 8,5 voir 9,5 et le bacille
de la peste humaine se développent à un PH entre 5 et 9.

D’une façon générale on peut retenir un optimum de PH entre

6,8 et 7,2 pour le développement des bactéries, toute fois beaucoup des

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bactéries font appel à des mécanismes de neutralisation (Aerobacter

aérogènes) on milieu acide grâce à des enzymes catalysant la
transformation d’une substance acide en une substance neutre.

3. [Link]. Facteur biologiques

Certaines souches bactériennes tant à des espèces comme

Escherichia coli, bacille pyocyanique, staphylocoque, bacille pesteux, le
B.K etc…. élaborant des substances antagonistes à l’égard d’autres
souches de la même espèce ou des espèces voisines. On les nome
« bactériocines » ou plus spécifiquement selon l’origine, «pyocine »
colosehicine, staphylococcine, pesticine, muco-bactériocine.

Les bactériocines sont de substance de nature protéique ou

glucido-lipidique organisée dépourvus d’ADN et T° de phages
(bactériophages) agissant sur les bactéries sensible et pouvant y
provoquer des mutants résistants à leur action. Ces bactéries tuent donc
les souches sensibles. « L’antibiose est e règle entre protozoaire et
bactérie pour la raison majeures que ces dernières servent de nourriture
aux 1e ;

- Des rapports antagonistes s’observent aussi entre bactéries et

moisissures. Les 1e préférant le milieu légèrement alcalin ou
alcalin et les secondes les milieux acides.
- Les relations vitales entre levure et bactéries sont moins bien
établies ; toute fois à côté des cas d’antibiose il ya d’autres ou
les bactéries et levures vivent en association étroite.
- A part la production des bactériocine par contres bactéries
tels que précédemment évoquée, l’épuisement du milieu de
culture ainsi que sa modification par les bactéries relèvent de
l’antibiose entre elles ».

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3.1.6. Pouvoir pathogène et relation hôte –

bactéries

[Link]. Différents types de relation hôte-

bactéries et monde de vie bactérienne

Dans le monde bactérien nous distinguons d’une part les

bactéries saprophytes et d’autre part les bactéries parasites.

1 ) Les bactéries saprophytes

Elles mènent une vie indépendante d’un autre organisme vivant.

Elles vivent dans la nature sur les déchets dont elles assurent la
destruction. Elles sont ainsi responsable des cycles biologique de de
l’azote et de carbone. Dans un organisme vivant une bactérie saprophyte
peut s’y développent sans être pathogène.

2)Les bactéries parasites

Contrairement aux précédentes, les parasites trouvent les

conditions nécessaires à leur existence à la surface ou à l’intérieur d’un
autre organisme.

Dès lors diverses relations biologiques peuvent s’établir entre le

parasite et son hôte. La symbiose, le parasitisme et le comme salisme.

a)La symbiose

La symbiose c’est le mode de relation au cour du quel parasite et

hôte profitent de manière réciproque de leur association.

b)Le parasitisme

Dans ce type de relation le piste tire un bénéfice substantiel de

l’hôte qui, leur, ,’en tire aucun profit.

- Les parasites facultatifs peuvent en dehors de l’hôte tandis

que les parasites obligatoires (ex : les virus et contre ricketsis)
sont incapable de vivre en dehors de leurs hôtes.

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c)Le commensalisme

C’est le type de relation dans lequel hôte et parasite vivent ou

association étroite sans bénéfices ni désavantages.

[Link]. Pouvoir pathogène de virulence de

bactéries

Pour qu’une bactérie soit pathogène il faut qu’elle parvienne à

s’implanter chez l’hôte quelque soit les moyens de défense que celui-ci
oppose, qu’elle cru chez l’hôte des trouble mordîtes.

La virulence d’une bactérie est l’aptitude qu’a cette bactérie de

se développement dans les tissus de l’hôte et d’y produire des troubles
morbides.

Elle est d’une fonction de la relation bactérie à l’hôte. La maladie

infectieuse est la résultant entre le pouvoir agressif du germe pathogène
et les divers mécanismes que l’hôte va opposer à cette agression. Plus
facteurs entrant en jeu quand à ce qui est du pouvoir pathogène de la
bactérie. Il s’agit des facteurs non toxiques, trouvés à la surface
bactérienne et capable d’inhiber la phagocytose (polyacconale capsulaire
chez les pneumocoques. Ex : les protéines chez les streptococcus
jugogenes, les complexes glycoprotéique chez pastourelle pesti).

- Les facteurs antigéniques (ex : l’acide -2- polyglutamique des

bacillus ;
- Les facteurs non antigénique (ex : l’acide hyaluronique des
strep. a etc . fibrine issue de l’action de la coagulose chez
staphylococcus).
- Les facteurs toxiques antigéniques présents à la surface des
bactérie Gram - ;
- Les facteurs perturbants les physiologique de l(hôte (ce sont
les toxines bactériennes)
- Les facteurs de la virulence qui sont soit liés aux mcrobes soit
liés à l’hôte lui-même.

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[Link]. Mécanisme du pouvoir pathogène

Le pouvoir pathogène d’une bactérie peut être dû entre deux

raisons majeurs qui sont :

- La multiplication bactérienne à l’intérieur de l’hôte

- La production par la bactérie des toxines dangereuses pour
l’hôte

1. La multiplication bactérienne à l’intérieur de l’hôte

Le pouvoir pathogène peut résulter de :

a)La possession par la bactérie des facteurs de surface empêchant la

phagocytose. Ex : la capsule de streptococcus pneumoniac leur
accorde un pouvoir invensif car la même souche sous capsule perd
le pouvoir pathogènes ;
b)La production d’enzymes bactérienne intra cellulaire mais qui fais
leurs action sur le Tss de l’hôte peuvent intervenir dans le
mécanisme du pouvoir pathogène. Tel est le cas de la collagénose,
l’hyaluronidase et la pinase, etc….
c)Les produits résultats du métabolisme bactérien peuvent perturber le
métabolisme des tissus de l’hôte (ex : attaque du glucose avec
production des gazs par les clostridies, libération des nucleo-
protéines pour la lysebactérienne ;
2. Elaboration des toxines (pouvoir toxique)

Des nombreuses bactéries élaborent des poisons d’une extrême

hétérogénéité chimiques. Ces substances sont des macromolecules
essentielle protéiques, d’autre sont des substances de masse moléculaire
faible, des structures très diverses dont certaines très originales et unique
à l’esp. Qui les produit.

L’idée que les maladies provoquées par les bactéries pouvais

résulter de la production de la toxine bactérienne secrétée dans
l’organisme s’est logiquement imposée aux bactériologistes dès la
découverte 1e bactéries pathogène.

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La découverte des toxines majeurs (diphtériques, tétanique,

botulique) dont le rôle était indiscutable comme cause de la microbiologie,
semblait confirmer ce point de vue renforcé par la découverte
simultanément de la sérothérapie antitoxiques, mais malheureusement la
théorie toximique ne peuvent pas être généraliser à l’ensemble de toute
les maladies bactériennes car bon nombres d’entre elles (tuberculose,
pneumonie, brucellose) s’étaient révélé n’est pas être provoquée par
l’action des toxines même dans le cas ou les formes produisent des
substances inhibant un vitro une activité indéniablement.

3.1.7. Manifestations du conflit hôte –Bactéries

[Link]. Réactions de défense de l’organisme

Malgré le contact permanent entre les bactéries et l’homme ou

l’animal, les maladies infectieuses sont rares.

En effet, l’organisme s’oppose à l’agression microbienne par une

résistance naturelle ou une résistance acquise.

a)La résistance naturelle

Elle s’oppose à la pénétration et au développement des bactéries

dans le tissu. Elle peut fléchir en cas de modification du terrain.

Les facteurs de la résistance naturelle sont :

- Les barrières cutanéamuqueuse : leurs intégrité est la conditin

première de la protection de l’organisme. A ce niveau la
résistance s’exprime avec le concourt de la salive, de larme,
des sueurs et des enzymes qui y sont secrétées, sans oublier
les secrétions sébacées c’est grâce à l’effet antiseptiques.
- Les réactions inflammatoires : elles sont des deux ordres dans
la résistance naturelle :
 Les réactions vasculaires : par l’intermédiateur chimique de la
grande activité pharmaco dynamique comme l’hiamine, la
serotonine et la bradykinine.

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 Les réactions cellulaires qui s’expriment par une excavation des

leucocytes, une multiplication de dictyocyte et de monocyte au 1
du foyer et élaboration d’un réseau de fibrine entourent le foyer
infectieux a fin la phagocytose qui demeure la propriété majeure
de polynucléaire et de monocytes.

Bref : ce sont lymphocyte qui agissent à ce moment. Non obstat cette

action peut être annulée par :

- La toxine bactérienne tuant les leucocytes ;

- L’existence d’une inhibant l’action des médiateur chimiques ;
- Les enzymes bactériennes ;
- La survie de la bactérie phagocytée suivie de sa multiplication
avec mort des macrophages ;
- Barrières lymphatiques :

Les bactéries ayant traversés les 1e barrières et passant dans la

lymphe sont tempérament arrêtées par les différentes phagocytaires et le
gonglions lymphatiques telle que nous venons de l’évoquer ci-dessus ;

Si elles passent dans la circulation sanguine elles seront arrêtés

par les macrophages.

b)Résistance acquise ou artificielle

Elle est des deux ordres :

- L’immunité spécifique active : elle a apparait quelques jours

après le début d’une infections, 4 jours environs.

Les réactions spécifiques de l’organisme à une infection

déclenchent l’élaboration d’anticorps (mécanisme humorale) mise à place
par les plasmocytes (ou les lymphokines) ;

L’immunité spécifique passive : elle est conferte passivement par

la transformation d’anticorps déjà produit par un organisme immunisé.
Cette immunité est immédiate chez le receveur. Mais malheureusement
éphémère.

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Ex : l’ors de la sérothérapie et de la séroprevention les anticorps que

reçoit le bébé par le lait maternel qui contient des immunoglobulines.

[Link]. La maladie infectieuse

La rupture d’un équilibre entre la bactérie et le moyen de

défense de l’organisme engendre la maladie infectieuse. Le début de ce
conflit c’est d’abord la contamination suivie de la pénétration des
l’organisme ainsi que celle de leurs produits anaboliques entrainent
l’apparition des signes cliniques suivis du déclanchement de moyens de
défense spécifiques ou non spécifiques.

Ainsi une maladie infectieuse évolue selon le schéma suivant :

1°) Une période d’incubation, cliniquement silencieuse ou le loyer

infectieux est de très faible volume pour entrainer des manifestations
importants.

2°) Une période d’invasion ou apparaissent rapidement les signes de la

maladie et où la bactérie rencontre peu d’opposition de la part de l’hôte.
Le T° est bactéries et le g en nombre.

3°) Une période d’état où les signes de la microbiologie sont établis et se

heurtent aux moyens de défense de l’organisme que s’opposent à leurs
progression.

4°) Une période de déclin ou le détermination de la bactérie pendant

laquelle l’hôte peut guérir ou mourir ou enfin la bactérie persiste dan
l’organisme sans terrible ni manifestation cliniques. Ici on a à faire à un
porteur sain.

3.1.8. Les bactéries de forme sphériques (cques)

[Link]. La famille des néisseriaceae

Ce sont de microcoques aplatis avec une face légèrement

convexe selon les espèces. Sont aérobies, non capsulé, non sporulées,
immobile et grame négatif. Possèdent une oxydare et une catalase.

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Néisseria gonorrhoeae (Gonocoque) est une bactérie pathogène

parictodose de l’homme chez qui elle cause la Gonococcie (Blenoragie).

Néisseria intracellularis ([Link]) entraine la méningite

cérébro-spinale et cobgonitivité purulent, des rhinites ainsi que les
septicémies chez l’homme.

Ces méningocoques peuvent se rencontrer dans le rhinopharynx

de sujet apparemment sain.

[Link]. La famille de micrococcaceae

a) Genre staphylococcus

Ce sont de cques Gram+, immobile, a capsule qu’on peut

retrouvé isoler, en diplocoques, en amas ou en chainette courte de 4
bactéries.

Sont catalases positifs, Aeronaérobie font fermenter les glucides.

Très rependu dans la nature, se rencontrent dans l’air, le sel et l’eau,
commensaux de la peau et des cavités naturels de l’hôte, surtout les
fosses nasales. La plus part des variétés sont commensales et d’autres
pathogènes.

Peuvent être agents de suppurations (abcès, arthrites…..) à

caractères nécrosant, des septicémies, trombe-embolique grâce à la
staphilo coegulase, parfois vaxulaire (endocardite, atteintes intestinales,
d’origine alimentaire ou survenant après antibiothérapie (entérocolites)

b) Genre streptococcus

Ce sont des coques Gram +, insolemment ou en diplocoque ou

groupés ou en longue chainettes sont Aéroanaérobie. Sont catalase-
contrairement aux staphylocoques. Se trouve dans l’eau, l’air ou le sol à
(en saprophyte). Peuvent être commensale, avec passibilité de devenir
pathogène (ex : streptocoque B des voie génitales féminines). Certains
d’entre eux sont nettement pathogènes (streptocoque A et B) chez
l’homme ou ils entrainent des angines (mabeto) des affections

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cutanéomuqueuse, néphrite, pleuresie purulente septicémie avec

endocardite.

3.1.9. Les bactéries de formes allongée (Bacilles)

A. Famille des entérobactériaceae

Les caractères communs aux entérobactéries sont les suivants :

- Bacilles Gram – immobile ou mobile dans ce cas toujours

grâce à une ciliature peritrice.
- Ce développement sur milieu ordinaire (Gélose, Bouillon, ou
Gélose viande foie) en 24 heures en PH voisin de 7 et à 37°C.
- Sont aérobies facultatifs, n’ont pas l’enzyme oxydase
(oxydase-) fermentent le glucose avec ou sans production des
Gazs.
- Réduisent le nitrates en nitrites (nutrate réductase enzyme
réducteur).
- Elles sont polymorphes, parfois coccoîdes (sous forme des
coques) mais pseudofilementeuse.
- Très rependu, se retrouvent dans le sol, l’eau et certains
aliments (lait) chez l’homme ce microbes sont commensaux
de l’intestin surtout du côlon et du rectum, jouant ainsi un
dans la digestion.

Ex : E. coli

Klebsiella pneumoniae sont présentes dans les selles de nouveau né dès la

48e heure de la vie extra-uterine.

A1. Le Genre salmonella

Nombreuse espèces animal hébergent les salmonelles

pathogènes commensale sont rencontrés chez le porteur de genre, surtout
les convalescents, localisés surtout dans la vésicule biliaire (salmonelle
typhi) on peut les retrouvés aussi dans l’eau et divers produits
alimentaires.

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Sont responsables de la fièvre typhoïde ( salmonella s typhi) ou

des fièvres paratyphoïde (salmonella paratyphie A, B, et rarement C).

L’isolement des salmonelles se fait par hémoculture atteints ou

suspects êtres atteints. Il de fait aussi par coproculture pour le sujet
atteint d’une toxi infection alimentaires.

Les salmonelles sont très sensibles ou chloramphénicol qui se

montre puissamment bactéricide à leurs égard, mais la grande quantités
de médicament détruit beaucoup de salure et entraine la libération de
l’endotoxine mortel pour (le foie) donc l’homme. Elles sont aussi sensibles
à la plus part d’antibiotiques en large spectre. Les cas de resistances sont
rares.

A2. Le Genre citrobacter

Ces sont des entrerobactéries mobiles produisant une odeur

particulièrement noseabonde de culture. Les citrobacteries sont
commensales de l’intestin humain et peuvent intervenir dans des gastro
enterites humaines généralement infentiles. Elles sont H 2S+ et nombreuse
souches alcalisent en 24 heures ou 48 heures les milieux à l’urée de
Christensen.

A3. Le Genre Arizona

Mobiles, le nombres de ce genre sont parfois isolés d’animaux en

sang chaud et peuvent déterminer de gastro-entérites chez l’homme

A4. Le Genre Escherichia

Escherichia coli est un normal de l’intestin de l’homme, souvent

retrouvée dans les urines raines mais semble y mené une vie de courte
durée. D’où sa présence en quantité importante témoigne d’une
contamination récente.

Chez l’homme elle est à la base de certaines affections urinaires

(métrites=inflammation de la matrice) cystite= inflammation de la vessie,
pyélonéphrite= inflammation du bassin du rein, orchites=inflammation ou

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testicules) des syndromes digestifs, Appendicite, péritonite, lithiase

biliaire) circulatoire (endocardite, septicémie) pulmonaires
( bronchopneunomie), pleuresi purilente pastroenterite redoutable chez
les jeunes enfants.

C’est une entérobactérie mobile, lactose+ et indole +.

A5. Le Genre shigella

Il s’agit des entérobactéries toujours immobiles agent de la

disantéries bacillaire caractérisée par une diarrhée suraiguë (plus de 50
selles par jours avec épreintes et ténesmes. Elles sont également
responsable de gastro-entérites.

Shigella dysenteriae et les autres espèces du même genre ne

sont jamais s’approphyte (toujours parasite) on le trouve dans le gros
intestin des Xes et dans leurs déjection ou elles ne survivent que pendant
quelques jours.

Terre, eau et produits alimentaires peuvent être

accidentellement souillés. En culture les colonies sont souvent bleutées.

A6. Genre Klebsiella

Ces sont des Entérobactéries, immobile, en diplobacille

généralement a capsulé. Klebsiella pneumoniae ou Bacille de
FRIEDLANDER est commensale de l’intestin et des respiratoire de l’homme
chez ce dernier il est agent de pneumopathie aigue d’angine, d’otite, de
cystite et d’affections reinales. Très rependus dans la nature, les
entérobactéries de ce genre sont Gram- avec des formes coccoîdes ou
diplobacillaires ou en courte chainettes en robées dans la même capsule.

Il a un pouvoir glucido lytique intense (culture).

A7. Le Genre entérobactérie (Aerobactérie)

Se rencontre souvent dans le sol et les eaux d’égouts (usées) ; ce

sont des commensaux du tube digestif de l’homme et des animaux. Il est

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rarement pathogène, mais il peut exceptionnellement se révéler agent de

pleurésie, méningites ou pyélonéphrites.

Ces sont des entérobactéries mobiles cultivées sur gélose et

fomentant le glucose avec production de gaz.

A8. Le Genre serratia

Serratia marcescens (Bacillus prodigiosus) est sa prophyte dans

l’eau et les cavités naturelles (intestin, rhinopharynx) de l’homme. Très
peu pathogènes et mobiles, elle peut cependant provoquer des
septicémies graves si on l’introduit par sondage ou cathéter dans un
organisme d’ébilité.

Serratia kilienesis se différencie de serratia marcescens par son

caractère VP-.

A9. Le Genre protes et providencia

Ce bactéries sont très rependus dans la nature où elles putréfient

les déchets d’origines animale. Hôtes normaux du tube digestif de
l’homme et animaux, ces microorganisme peuvent certaines occasions se
montrer pathogènes et provoques les entérites, cystites, otites
méningites.

Ces infection sont de plus à plus fréquentes protes étant

résistant a bien d’antibiotiques.

Sont Gram- , mobiles avec possibilité des souches actilisés

(immobiles).

B. La famille des pseudomonadaceae

- Pseudomonas aeruginose ou bacille pyocianique : Elle est

s’aprophyte de l’air, de l’eau ou du sol, commensale des téguments peau
et muqueuse) de l’homme et des animaux. Elles possèdes un pouvoir
pathogènes étendus et provoque chez l’homme de suppuration diverses,
la septicémie primitive ou secondaire n’étant pas rare.

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C’est un bacille sporulé, acapsulé, très mobile (suliature polaire

monotriche) rectiligne Gram-.

Le dioxyde carbone, ammoniaque et glucose servent des sources

respectives d’azotes et de carbone. Pousse facilement en 24heures à 37°C
en PH 6,5 à 7,5 l’optimun= 7,2. Elle est Aérobies strict.

- Pseudomonas pseudomallei (bacille de whitmore) est

agent de la mélioïdose chez l’homme dans les pays tropicaux ou elle est
caractérisée par de suppuration localisées aigues. Elles est mobile (cil
polaire) rectiligne ou légèrement courbé, Gram-, non sporulée et capsulé
cultive entre 20 et 42°C et aérobie strict.
- Pseudomonas mallei est immobile avec des formes
variables selon l’âge de la culrure, court trapue en culture jeune,
filamenteux en culture âgée. Gram- peut accidentellement transmettre la
morve du cheval à l’homme.

Genre alcaligenes (A. foecalis)

Saprophyte de l’eau et du sol, elle est commensale du tube

digestif humain où on lui attribue des infections localisées (urinaires,
pleurales, méningées, respiratoire…), des infections généralisées affectant
sur tout le terrains débilités et sont redoutable par résistance au T3
antibiotiques.

Elle est mobile, Aérobie strict, Gram- sans spore ni capsule.

c)Famille des vibrionaceae

- Genre vibrio comprend de bacilles virgulaire incurvés,
isolés et parfois groupées ou en chainette extrêmement mobiles (1 cil
polaire) asporulé, acapsulé, Gram-, aérobie facultatif, oxydase +,
catalase+, glucide+ sans gaz.
Vibrio cholerae et vibrio eltor sont agents du cholera humain,
maladie généralement mortelle caractérisée par une diarrhée suraiguë
(selles afecaales avec grain riziforme) avec vomissement et
déshydratation.

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La bactérie pathogène est retrouvée dans l’intestin des Xies, des

convalescences, des porteurs des germe de là, elle peut polluée l’eau, la
terre et certains aliments à l’origine de l’épidémie.
d)Famille des parvobactériaceae

d) 1. Genre pasteurella

Sont des bactéries coccoîdes ou coccobacillaires, immobiles, non

spoulées pouvant être capsulée, Gram- acronaerobie.

Pasteurella multocida (pasteurella spitico) entraine la

basteurelose chez les animaux, l’homme se contaminant toujours à partir
des animaux microbiologiques soit par contact direct soit indirectement
par souillure d’une plaie par des mouches ou un matériel médical.

d) 2. Genre yersinia

Espèces 1 : y pertis

Coccobacille, Gram-, asporillée, anaérobie facultatif immobile,

capsulée en 37°C cette bactérie est l’agent de la peste humaine transmise
par piqûre de puces vivants sur des rongeurs porteurs.

Espèces 2 : y. pseudotuberculosis (y. malassezii)

La bacille de MALASSER et VIGNAL est agent de la pseudo

tuberculose de diverses espèces animales (rongères, surtout cobaye),
l’homme se contamine à partir des animaux malades ou indirectement en
absorbant crus des aliments souiller par des défections animales (urines et
fecès). Il s’agit d’un coccovacilles mobile, acapsulé, et asporullé, Gram-,
aéroanaérobie cultivant en 24 heures sur milieu ordinaire, optimum 37°C.

d) 3. Genre francisella

francisella tularensis est un coccobacille très petit, immobile,

asporulée, polymorphe (plusieurs forme) Gram- mais se colorant
difficilement. Elle est agent de la tularémie chez l’homme et nombreuse
espèces animales. La bactérie vie longtemps dans le cadavre de microbe

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et la contamination de l’homme se fait par simple contact de la peau saine

avec un animal microbiologique ou un cadavre, les contaminations
digestives (eau) ou par piqûre de tiques ou taons ne sont pas exclus.

d) 4. Le Genre hémophilus

Il renferme des petits bacilles immobiles asporullées,

généralement capsulé, Gram-, présentant parfois des formes
filamenteuses. Ils ont besoins des facteurs d’existences pour leur culture.

Plusieurs espèces sont commensales ou pathogènes chez

l’homme :

- Hemophilus influenzae est incriminé dans nombreuse

infections humaines,
- H. aegyptius entraine les conjonctivites humaines
- H. haemolyticus ………………………
- H. vaginalus vaginites humaines
- H. ducreyi chancremou humaines microbiologiques
vénérienne.

d) 5. Genre bordetella

Ces sont des petits coccobacilles, aérobie strict Gram-, responsable des
microbiologie humaines, le ryntrome coquelucheux par bordetella
pertussis et syndrome para coquelucheux par bordetella parapertussis.
Ces sont des bactéries mobiles grâces à une cilléature péritriche.

d) 6. Le Genre brucella

Ce genre est formé de petits coccobacilles immobiles esporileux,

Gram-, aérobie strict, responsable de la brucellose animale et humaine.
(Fièvre de malte ou sudoroalgique ou melithococcie) l’homme se
contaminé par contact avec l’animal malade ou en consomment les
produits laitier contaminés.

d) 7. Le Genre maroxcelent

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Ces sont des bactéries immobiles, par fois capsulé, Gram-

variable. Certaines espèces se rencontrent dans des septicémies,
suppurations et infections diverses chez l’homme. Cultive en 24 heures
sur milieu ordinaire additionné de sérum

3.1.10. Bacilles Gram+ sporulés

A. Famille de bacillaceae

Elle comprend des bactéries sporulés mobiles ou immobiles,

Gram +, aérobie ou facultative. Elle est divisée en deux genres :

- Le genre bacillus comprenant les bacilles miboles (cil

penitrithe), le plus souvent saprophytes du sol, de l’air et
commençante relatives de l’homme et de l’animal, aéro-
anaérobie ou aérobie strict. Ce multiplie en 24 heures sur
milieux usuels, PH en neutralité où elle joue un rôle pathogène
inconnu.
- Le genre bactéridium il comprend les baciles immobiles
représentés par bactéridium anthracis (bacille de davaine) qui
entraine la charbon bactérien (pustule maligne) chez
l’homme. Celui-ci se contamine a partir des animaux
microbiologique et de leurs cadavres.

3.1.11. Les bacilles Gram +, Asporulée, non AAR

Comme groupe rassemble deux familles :

A. La famille des Bactériaceae

Bien que son importance médicale les bactéries du genre

lactobacillus vivent d’habitudes dans les cavités naturelles des animaux et
des hommes. Lactobacillus acidophilus protège la muqueuse vaginale de
la femme.

B. Famille des Actinomycetaceae

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Ces sont des bactéries filamenteuses parfois ramifies, G+ avec

quelques formes pouvant être partiellement AAR. Elles sont mobiles.

- Listeria manoxytogènes est parfois pathogènes chez l’homme,

où elle peut provoquer la méningite et l’avortement chez la femme.
- Erysipelothoux insidiosa entraine parfois des placards cutanés
chez l’homme, forme erisipeloîde avec réaction omiglionaire et siggnes
généraux disparaissant en quelques semaines. L’homme se contamine par
voie cutonorée (piqûre)
- Corynebactérium disphteriae est agent de la dispherie chez
l’homme et produit une toxine protéique qui est transformée en industrie
pharmaceutique en Anatoxine pour la fabrication du vaccin anti
diphtérique (sous l’action conjugée du formol et de la chaleur).

La bactérie est G+, rectiligne ou incurvée, mobile, asporulée et aérobie

strict pouvant se présenter isolé, en pts amas ou en lettres d’alphabets.

- Nocardia astéroïdes est agent de la Mycetum chez l’homme.

C’est un filament G+ pouvant se fragmenter en éléments coccoîdes ou
Bacilloîdes.

3.1.12. Bacilles A.A.R (Acide Alcolo Résistant)

Cet ensemble est représenté par la famille de Mycobacteriaceae.

Il s’agit des bacilles qui ne se décolorent ni par l’acide ni par l’alcool après
coloration par certains colorants. Ce sont des bâtonnets fins, immobiles,
non sporulées, souvent rectiligne avec extrémités arrondies, G+ prenant
bien la coloration des Ziehl Neelsen.

Mycobactérium tuberculosis et M. bovis sont de mycobactéries

déterminent les tuberculoses pulmonaires, digestives, osseuses, génitales
urinaire nerveuses et sous cutanées chez l’homme.

La 1e espèce frappe surtout l’homme et la 2 e spécifique à la

vache frappe aussi l’homme.

Myrobactérium leprae est l’agent de la lèpre humaine.

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3.1.13. Les bactéries de forme Hélicoïdale

Ce groupe renferme l’ordre des spirilales et l’ordres de

spirochetales avec comme familles respectives les spirillaceae, les
ceptorpiraceae et les treponemataceae.

Dans la famille spirillaceae le genre spirillum, l’espèce spirillum

morsus muris est l’agent du sodoku chez l’homme, microbe transmise par
le rat.

3.1.14. Les bactéries anaérobies stricts

A. Les anaérobies sporulés telluriques

Elles sont incapables de se développer en présence de l’oxygène

qui est bactéricide ou bactériostatiques pour elles. Elles sont s’aprophytes
du sol et interviennent dans le cycle de la matière.

Elles sont commensales du tube digestif dès herbivores et y

interviennent dans la digestion et la synthèse de vitamine B12.

Ce pendant certaines espèces peuvent être pathogène :

- Clostirdium botulimum entraine le botulisme chez l’homme qui

peut se contaminer en consommant les aliments contenant la toxine
bactérienne et la spore.
- Pletridium tetani responsable du tétanos chez l’homme et les
animaux. L’homme peut s’infecter par souillures d’une plaie avec la terre
contenant la spore. Celle-ci peut persister très longtemps dans le sol mais
une fois dans l’organisme par une plaie souillée la bactérie se multiplie
après germination et la toxine responsable de la maladie.

B. Les anaérobies non sporulés non tellurique

Dans ce groupe on peut signaler le genre sphaerophorus dont

l’espèce sphaerocorus necropherus, commensales de cavités naturelles en
particulières les organes génitaux de la femme, intervient dans des
infections gangréneuses et le panaris chez l’homme.

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N.B : il faut que la plus part des gangréneux gazeuses sont dû aux
anaérobies telluriques.

3.1.15. Les exigent un milieu cellulaire pour leurs

cultures

Ces bactéries des petits tailles, en forme des coques des

bâtonnets ou irrégulières, sont G-, mais se colorent par le Giemsa.

Ces sont les Rickehsiales (ordre) et le chlomydiales (ordre) qui

sont des parasites obligatoires souvent à l’intérieur des …… de leurs
hôtes.

La famille de reckehsiaceae comprend des bactéries pathogènes

pour l’homme et divers animaux. Elles entrainent des maladies appelées
Kickhsioses.

Dans la famille de chlomydiaceae on a aussi de bactéries

pathogènes pour l’homme et elles appartiennent au genre chlornrydia.

3.1.16. La famille de Mycoplasmataceae

Les bactéries du genre Mycoplasma comprennent certaines

espèces, comme c’est le cas certaines du genre chlamydia, incriminées
dans certaines conjonctivites chez l’homme.

Parmi ces bactéries il ya en a qui sont commensales des organes

génitaux chez la femme.

3.2. LES VIRUS

3.2.1. DEFINITION

La virologie est la science qui étudie les virus.

LWOFF (1953) et LURIA (1967) définissant les virus comme état

des éléments dont le génome est un acide nucléique ADN ou ARN qui se

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 Page 77 sur 93

multiplie seulement quand il est à l’intérieur d’une cellule vivante et utilise

le mécanisme de synthèse de … hôtes pour leur faire la synthèse des
virions qui contiennent le génome viral et le transfert à d’autres cellules.
Ce qui fait que quand le génome du virus a pénétré la cellule hôte, il se
comporte comme une partie de la cellule mais s’en différentie par le fait
qu’il induit la formation de ses propres protéines.

Les virion est donc la forme extra cellulaire du virus infectieux et

qui transporte les génomes des cellules à … cellule. Ce génome est
étroitement inclus dans les protéînes qui constitue la capside et dont
l’arrangement spaciale détermine une symétrie définie, cubique
hélicoïdale ou mixte.

3.2.2. STRUCTURES DU VIRUS

Les techniques d’observation des virus par le rayaux permettent

de distinguer 2 grands types des structures définies par la du virion.

[Link]. La capside à symétrie cubique

Constitue par l’’ensemble des molécules protéiques identiques

entre elles, ces molécules ou unités de structures se groupent par 5 ou par
6 pour former des capsomères.

Ces capsomères sont disposés symétriquement de façon à

s’assembler pour former un icosaèdre régulier (=polyèdre à 20 faces,
chacune d’elles formée par un triangle équilatérale). Il possède 20
sommets, 20 faces et 30 arrêtes dont la disposition constitue selon la
représentation spaciale, des axes de symétrie passant par deux sommets
opposés, soit par des arrêtes opposés.

La distribution de ces capsomères et leur disposition sur l’unité

de couverture permettent de classer les virus en fonction de la
constitution spaciale de son enveloppe de couverture (capsulée). A
l’intérieure de cette enveloppe ainsi constitué on rencontre soit l’ADN soit
l’ARN.

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[Link]. Capside en symétrie hélicoïdale

Les (virus à) capsides à symétrie hélicoïdale sont disposées selon

un modèle plus différent des polygones réguliers. Le modèle le plus simple
est celui du virus de la mosaïque du tabac dont le virion est constitué
d’une molécule d’ARN de masse moléculaire de 2.10 6. Il se présente en
microscopie électronique sous la forme d’un bâtonnet rigide cylindrique de
3.103 A° de long et de 150 A° de diamètre. Le virus de la mosaïque du
tabac est constitué des sous unités protéiques d’une masse de 17000
toutes identiques entre elles et arrangées en hélice de telle manière que
chaque tour d’hélice comporte 16s-unités. L’acide nucléique présente avec
la protéine virale des interactions très étroites, 2200 S-U protéiques
entrent dans la constitution.

Les capsomères sont enroulés en hélice autour d’un centre creux

contenant un filament d’ARN enroulé en hélice aussi.

Figure : schéma de la structure du virus de la mosaïque du tabac

au microscope électronique.

3.2.3. Classification des virus

L’amélioration des techniques d’étude des virus permet de les

diviser en 2 catégories selon que leur acide nucléique est de type
ribonucléique ( R) ou désoxyribonucléique (D).

Les virions R et D sont classés selon l’architecture de leur

capside qui possède une symétrie soit hélicoïdale (H), soit cubique ( C).

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Les virions R et D, qu’ils soient H ou C peuvent être entouré

d’une enveloppe d’origine membranaire des cellules hôtes (E) ou nus
dépourvus d’une enveloppe d’origine membranaire (N).

Les virus à symétrie cubique sont subdivisés en fonction du

nombre de leurs capsomères. Chez tous les virus à symétrie hélicoïdale,
les unités de structures ne sont pas assemblées en capsomères et ces
virions sont seulement divisés selon le diamètre de leur hélice.

A l’intérieur de chaque groupe ainsi défini par un ensemble des

caractères de structures, les différents virus sont définis par des différents
caractères, en particulier leur pouvoir pathogène et leur antigenicité. Les
virus antigénique à des groupes différents ne possèdent pas l’immunité
croisée càd ne possèdent pas d’Az commun mais à l’intérieur d’u même
groupe, des virus peuvent posséder un ou plusieurs Az commun, cela
n’étant pas une règle absolue).

CLASSIFICATION DES VIRUS

Acide Symétrie Enveloppe Capsomère : Virus Groupe

nucléique (capside) O de l’hélice
E 100-130 A° Virus des vgtx
(Mosaïque du -
H tabac)
90A°, Virus de la grippe
N Enveloppe (A, B, C) A, B, C.
sphérique
180 A° Virus de la Myxo virus type
influenza, I, II

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Myxovirus de la
microbiologie de
New castle,
R microbiologie de
carré, peste
bovine, grippe,
rougeole.
180 A°, Virus de la rage Rhabdo virus
enveloppe en virus des
forme d’obus stomatites
32 capsomères Virus cox zaki, Antero virus
polyovirus, de la (Picorna virus)
N rhinovirus,
C Echovirus
92 capsomères Reo virus
E - Virus des Arbovirus
encéphalites
90-100 A° Cawpox, pox virus Pox virus
H E Host pox. Virus de
variable
72 capsomères Virus de verru, Shizo ou
D polyoma Papova virus
Adeno virus Adeno virus
N 252 (infection
C capsomères respiratoires,
hépatite et kératite
du chien)
Virus herpe Herpes virus
(inclusions
E 162 cytomegalique),
capsomères virus de
lymphosarcome,
des encéphalites.
B N - Bactériophage -
avec queue

3.2.4. Multiplication des virus (Réplication)

Plusieurs différences séparent les principaux phénomènes

survenant lors de la multiplication des phages d’une part et des virus des
animaux d’autres parts. La traversée de la membrane cytoplasmique
d’une cellule animale ne pose pas le même problème que celle de la paroi

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bactérienne. Le virion s’attache à la membrane de la cellule sensible

( cellule possédant un récepteur), généralement au niveau du récepteur
spécifique et pénètre dans le cytoplasme pour être dé capside dans le
cytoplasme même ou dans le noyau.

L’acide nucléique du virus ainsi libéré va d’une part se reproduire

(réplication) et d’autre part servir de source d’information pour la
synthèse des deux types de protéines.

- Des enzymes nécessaires à la multiplication virale ;

- Des protéines constitutives de la capside et éventuellement de
certains constituants de l’enveloppe.

Dès qu’une quantité suffisante d’acides nucléiques virals et de

constituant de la capside sont décumulé l’assemblage des virons,
commence. Ces synthèses se poursuivrant pendant plusieurs heures, puis
généralement la cellule hôte meurt, libérant des quelques centaines à
quelques milliers de virions.

D’une manière générale, bien que variant selon le type des virus
(ARN ou ADN, cubique ou hélicoïdale), la multiplication virale se résume en
trois phases :

- La phase d’absorption et pénétration : le virus se fixe sur la

membrane de la cellule hôte au niveau du récepteur, pénètre la cellule, se
dé-capside dans le cytoplasme ou dans le noyau et libère l’acide
nucléique.
- La phase d’éclipse : durant cette phase on ne retrouve plus de
virion dans la cellule infectée, l’acide nucléique virale s’étant rapidement
associé aux ribosomes de la cellule hôte, il commende la synthèse
d’enzymes indispensables pour la réplication de son acide nucléique ainsi
que la synthèse des protéines de la capside.
- Phase de maturation : à cette phase les unités de structures de
la capside s’assemble selon les types des virus (en capsomères ou en
hélice) et vont entourer la molécule virale formée : c’est la capsidation.
Les virions s’accumulent dans le cytoplasme pendant que les synthèses

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des nouveaux acides nucléiques viraux et des protéines de capsides

continuent.
Enfin la cellule se lyse en libérant plusieurs virions qui vont
chercher d’autres cellules à parasiter.

3.2.5. Quelques groupes de virus

Il existe plusieurs groupes ou familles de virus à importance

médicale. Parmi elle nous avons :
a) Les virus du groupes Pox ou Pox viridés

Ils comprennent par exemple : le virus de la variale, de virus de

la dermatose pustuleuse contagieuse (ORF), le Mankey-pox, …..

b) Les Adenovirus (Adenoviridés)

Ce sont de virus nus, en ADN dont la plupart des sérotype

humains, 47, ont un pouvoir oncogène (provoque de concert).

c) Les herpers virus

Sont des virus à ADN dont environs 50 sont humains. 4 herpes

virus sont strictement humaines :

1°) H.V bassinis regroupant les virus responsables de gengivo-stamatives,

de herpes labiales, de kerato-conjonctivite, de herpes cutané de meningo
encéphalite, des infections uro-génitales, de herpes néonatales et ont un
rôle thératogène possible (toxique pour la fœtus)

2°) Le H.V. Varicellae agent de la viricelle et dû zona

3°) Le H.V. Cytomegaliae ou cytomegalovirus : agent de la maladie à

inculsions cytomegalique.

4°) Le virus Epstein Barr agent de la mononucléose, infection bénigne

pouvant être grave encéphalite, infection des nouveaux et des sujets
immuno-déffiscients.

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On a 3 sous familles dans les groupes des herpes virus :

- Le &- herpes virus (Alpha-herpes virus)

- Le β- herpes virus (Beta-herpes virus)
- Le £-herpes virus (Gama-herpes virus)

Le 1e s’attaque aux muqueuses et aboutit à la virémie (virus dans

le sang),

Le second cause des infections subcliniques et parfois

respiratoires ou généralisées,

Le 3e provoque des maladies généralisée et les tumeurs,

N.B : Le second groupe cause aussi des infections généralisées chez les
jeunes et des avortements.

d) Les picorna virus

Cette famille comprend 5 genres et plus de 200 s’érotypes

différents. Ces sont de virus nus à ARN icosaédriques et comprennent par
exemple :

1°) Des entérovirus : dans lesquels on a les poliovirus (I, II, et III) où
l’homme est le seul réservoir et la contamination est oro-fécale ;

- Les virus coxsackis ; les Echovirus et les Entérovirus

proprement dit.

2°) Des rhinovirus : responsable du rhume qui est une microbe très
contagieuse se transmettant par voie aérienne (secretion nasale, sales
éternuement, les objets inerties avec une courte incubation de 1 à 4 jours.

3°) Les heparnavirus (HAV) se transmettant oro-fécalement par contact

direct par les aliments et l’eau contaminer et sont responsable d’infections
asymptomatiques chez les enfants (de moins de 5 ans), les adultes
possèdent des anticorps.

Les virus atteindre le foie.

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4°) Les Aphtovirus et les cardiaux virus.

e) Le parvo virus (virus à ADN)

Ils comprennent :

- Le virus autonomes B19 comme c’est le virus humain

responsable de l’érythème infectieux, de la crise aplasique transitoire, de
l’hdropisie fœtale (Anasarque) et parfois des malformations fœtales et ses
conséquences. Les infections fœtales sont plus importantes aucour du 1 e
trimestre de la grossesse.
- Les depondovirus (AAV)
f) Les togavirus

Il s’agit de virus de la rubéole qui peut êtres :

- Soit une microbe éruptive de l’enfant ou de l’adulte (bénigne)

- Soit congénitale consécutive à l’infection primaire pendant le 1 e
trimestre de la gestation, traverse la barrière placentaire et peut aboutir à
des mals formations ou à la mort fœtale.
g) Les Myxovirus

Ce sont des virus à ARN et comprennent :

- Les authomyxovirus comprenant les virus influenza A,B,C, et D.

- Les paramyxovirus : virus para influenza, pneumo virus
(syncitia) et les rubulovirus et le rubulo virus ainsi que le morobalivirus :
virus de la rougeole qui est considéré par certains auteurs comme un
paramixovirus, mais s’en distingue surtout par capacité d’hèmaglutination.
h) Les virus de l’hépatite

1°) les hépatites entériques.

- Virus de l’hépatite A (HAV) : c’est un picornaviridé du genre

héputovirus.
- Le virus de l’hépatite E(HEV) : il est proche des calcivirus qui
sont des virus à ARN.
Les hépatavirus sont encore appelée Héparnavirus.

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2°) Les hépatites tranfusionnelles :

Ils comprennent :

- Les virus de l’hépatite B qui est un Hepadnavirus à ADN et

cubique. L’homme est le seul réservoir, entraine l’insuffisance hépatique
chronique jusqu’à la cirrhose ou à l’hépatocarcinime.
- L’hépatite S ou D : (HDV), l’hépatite D est une coïnfection VDH
ou VHB ou une sur infection VHD chez un porteur chronique VHB.
- L’hépatite C elle est due à un flavivirus Cfr arbovirus.
i) Les virus de a rage (virus rabic)

La rage est une meningo encéphalite primitive des mammifères

(animaux) qui la transmette accidentellement à l’homme : c’est une
Zoonose.

j) les arbovirus

Plus de 300 arbovirus sont actuellement détruit dont environ 50

sont capable d’infecter l’homme. Les arbovirus Arthropod-leorne virus sont
des virus transmis par les arthropod et comprennent :

1°) Le togaveridé

2°) Le flaviridé ou on a les flavivirus et le virus de la fièvre jaune et le

zika virus, ce dernier est transmis par les moustiques aldes mais aussi,
selon certains recherches par voie sexuel.

3°) Bunyaviridé qui regroupe : le virus de la microbe du rifti et les virus

Hantaan agent des fièvre hémorragiques.

4°) Les orbivirus

5°) Les Filoviride qui comprend le virus de margourg, le virus Ebola. Ces
sont des virus de fièvres héragiques ils sont en ARN et hélicoïdale.

6°) Les Arenavididae : parmi ces virus on peut citer les virus lassa fièvre
hémorragique.

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k) Les fièvres hémorragiques

Les fièvres hémorragiques Africaines sont des affections acquis

d’origine virale caractérisé par un syndrome hémorragique d’intensité
variable elles sont causés par :

1°) Les virus de Marbourg :

il appartient à la famille de Floride et a été isoler des reins des

singes provenant de l’Uganda. Réservoir inconnu se transmet par contacte
direct avec le produits pathologiques contaminés (selles, sang et leurs
dérivés, urines du microbe ou par transmission sexuelle.

Ni To ni vaccin

2°) Virus Ebola :

Morphologiquement identique au Marbourg avec le quels il forme

la famille de F……….. et comprend 5 types antigéniques :

- Ebo zaîre,
- Ebo Soudan
- Ebo Gabon
- Ebo cote d’ivoire
- Eboreston (Asiatique)

Les virus tire son nom d’une rivière proche de la mission

yambouku en équateur (RDC) d’où provenez la patiente chez qui a été
isoler pour la 1e fois le virus. Chez l’homme diverses activités peuvent
favoriser les contactes (chasse, pêche, agriculture, cérémonies funéraires,
consommation des viandes des animaux trouvés morts.

3°) Virus Lassa

Le virus lassa a été isolé pour la première fois de la localité de

lassa au Nigeria. C’est un ARN virus. Le réservoir du virus est le rat
Mastomus matalensis chez qui une infection persistante entrainant une
transmission horizontale et verticale. L’urine, la salive, les excréments des

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rongeurs infectés contaminent l’eau et les Alt. Le virus se propage aussi

de personne en personne par contact direct ou par les produits
biologiques du malade. Il n’y ni trois curatif ni vaccin.

4. Le virus de la fièvre de la vallée du Riff

C’est un virus appartenant à la famille de Bunyaviridae, la fièvre

de la vallée du riff est une zoonose. C’est une maladie du bétail : bovin,
ovin, caprin. Ces fièvres explosent de la suite des perturbations
écologiques naturelles ou les épidémies surviennent souvent à la suite des
fortes pluies qui entrainent les inondations massives tous les 15 ans. La
persistance du virus chez le vecteur s’explique par une transmission
transavorienne. La transmission à l’homme se fait par contact avec le
sang d’Ax infectés, par la consommation de fait cru par aérosol. Il y a de
médicament mais un vaccin inactivé d’usage humain et 2 vaccins
atténués à usage V et.

5. Les virus Hantaan

C’est un virus à RNA monocaténaire de polarité enveloppé, à

symétrie hélicoïdale. C’est un virus tri segmenté il ya des nombreux
sérotypes dont certains sont pathogènes de l’homme chez qui certains
sont transmis par les athrodes à partir des réservoirs rongeurs, herbivores,
d’autres par aérosolisation à partir des excrétions urines et matières
fécales ou de la salive.

Pour provenir les fièvres hémorragiques il faut la :

- La protection du professionnel soignant

- L’isolement du malade
- L’assainissement du milieu
- Le ramassage à domicile et inhumation des cadavres par de
personnels spécialisés
- Sensibilisation de la population et proscrire la consommation
des gibiers trouvés morts.
- Usage unique des sériques et aiguilles Dr Mapenzi

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- Dépistage de porteur et de contact.

e) Les virus lents

Les virus lents sont des virus lequel la mode d’un cubation est
extrêmement longue : plusieurs années ce concept est la longueur
d’incubation peut être aussi le fait du temps mis par le virus à atteindre
les cellule cibles.

Ex : cas de la rage. Ce concept est également infidèle car tel virus lent
chez un A’ peut être rapide chez un autre. Enfin a concept est à lui-même
imprécis car me temps d’incubation, à partir du quel un virus est déclaré
lent est arbitraire.

Parmi les virus lents, on peut citer chez l’homme :

- Le virus du sida

Le sida est une maladie mortelle provoquée par le virus VIH il ya

deux variantes de ce virus : VIH 1 l’agent ppal et VIH 2. Cependant, il ya
un très grand de variantes VIH. Chez un même sujet infecté, on peut
retrouver un nombre élevé de différentes variante de virus le VIH est un
retro virus. Actuellement il ya au moins 4 rétrovirus humains K nus
et bien
caractérisées : HTL V1, HTL V2, VIH 1, VIH 2. Ces virus induisent
ppalement une maladie immunosuppressive qui incluse mais n’est pas
limité au sida. C’est le cas de leucémie et des microbes neurologiques.

La transmission du VIH peut se faire par contact sexuel, par

contact direct avec le sang dérivé du sang et de bris sanguins. La
transmission périnatale d’une mère infectée à son fœtus ou au nouveau
né. Ce virus infectent les même population de cellule dans le corps
humains les lymphocytes helpes T. Ces virus peuvent aussi infectée les
macrophages et les cellules dure.

Un porteur sain peut garder le virus jusqu’à 10 ans après

comptage. La pénétration du virus se réalise comme suit :

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- Fixation par la micro protéine d’enveloppe gp120 au récepteur

glycoprotéine CD de la membrane plasmique des cellules CD +4,
des lymphocytes T, des macrophages, des monocytes.
- La pénétration se fait par fusion d’enveloppe grâce au gp 41
suivie de la libération dans le cytoplasme, des protéines internes
et des 2chaines d’ARN infectieux.
- Au cour de la phase d’éclipse il y formation dans le cytoplasme
d’un ADN proviral et de l’enzyme intégrasse le quel se deplace
vers le noyau suivie de l’intégration de l’ADN proviral à l’ADN de
la cellule. Le provirus intégré peut rester latent sans donner
signe de sa présence.
Par moment, le provirus peut foncer la cellule à synthétiser l’ARN
messager viral pour ensuite produire les protéines virales. Les protéines
virales et le génomes ARN d’HIV complet sont alors rassemblés pour
former des visions, qui bourgeonnant à la surface de la cellule hôte
infectée sont libérée et en fin de compte la cellule hôte est lissée.
Le mécanisme de la pathogénie du sida n’est pas très élucidés,
les hypothèses envasées avancent :
- La destruction directe des cellules T, absence d’immunité
cellulaire responsable des infections opportunistes.
- L’effet cytoplasmique de virus du fait de la perte de la
perméabilité et de la fonction de la membrane plasmique par
bourgeonnement excessif des virus.
- Les protéines gp 120 libres se fixe aux protéines CD +4 sur des
cellules non infectées, les transformant en cibles pour l’attaque
de cellules du système immunitaire. Enfin la formation des
symétries et des syncytia qui, par la suite meurent.
L’intervalle moyen entre une infection pour HIV et le debut du
sida semble être de 8 à 10 ans avec une variation individuelle
considérable. Le sida est un microbe grave. Pour sa prévation il faut :
- Une info à tous les animaux de la population.
- Une extension des test de dépistages et info et formation des
porteur asympt.

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- Une sensibilisation des prostituées et des toxicomanes

- Un développement de la prévention sexuelle par l’usage des
préservatifs masculins et si possibles complété par des niciceles
actifs contre le virus.
Information des foe séropositive sur le risque encouru pour
l’enfant en cas de grossesse.
Cette microbe n’a pas de t3 spécifique mais actuellement
certains … peuvent la soulager. Trithérapie Azéte,…. Le meilleur moyen de
prévention demeure la fidélité et l’abstinence à toute épreuve.
Certains microbes sont classées à tord parmi les virus lents. Il
s’agit de :
- La microbiologie de Grect feld jacob, de l’encéphalite
cyphalopathie de la scrapie ou tremblantes du mouton. L’infectivité est
associée pour ces maladies à des fractions du cerveau des sujets atteints.
La protéine modifiée semble être le ppal agent de la maladie. Cela tout le
mystère qui demeure encore en ce qui concerne la connaissance de divers
agents infectieux et de leur mécanisme.

Table des matières

COUR DE MICROBIOLOGIE............................................................................................................1

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0. INTRODUCTION.....................................................................................................................1
0.1. DEFINITION.....................................................................................................................1
0.2. Rôle des microorganismes...........................................................................................1
CHAPITRE 1 : LE MONDE MICROBIEN........................................................................................3
1.1. LA DIFERENCE ENTRE CELLULE D’EUCARYOTE ET CELLULE PROCARYOTE....3
1.1.1. Les protistes supérieurs ou Eucaryotes...................................................................4
1.1.2. Les protistes inferieurs ou procaryotes...................................................................4
1.2. Caracteur différenciel entre protiste et virus............................................................4
1.3. SYSTEMATIQUE DE MICROORGANISME.......................................................................4
1.3.1. Groupes taxonomiques (taxons)................................................................................5
1.3.2. Système binomial de nomenclature.........................................................................6
1.3.3. Taxonomie Numérique..................................................................................................6
1.3.4. Taxonomie génétique....................................................................................................7
CHAPITRE 2. LES METHODES D’ETUDES EN MICROBIOLOGIE..........................................8
2. 1. TECHNIQUE DE LA CULTURE PURE..............................................................................9
2. 1.1. Précaution à prendre et outils de W........................................................................9
2.1.2. La culture...........................................................................................................................9
2.1.3. ISOLEMENT DES CULTURES PURES.........................................................................10
2.2. EVOLUTION MICROBIENNE DANS UN MILIEU DE CULTURE................................12
2.2.1. Phase initiale ou latente (I)........................................................................................12
2.2.2 Phase de multiplication logarithmique(II)..............................................................12
2.2.3. Phase stationnaire (III).................................................................................................12
2.2.4. Phase de déclin (IV)......................................................................................................13
2.3. LA STERILISATION.............................................................................................................13
2.3.1. La stérilisation par la chaleur....................................................................................13
2.3.2. Stérilisation par voie chimique.................................................................................14
2.3.3. Stérilisation par filtration............................................................................................15
2.4. Désinfection ou Antisepsie............................................................................................15
2.5. Les antibiotiques...............................................................................................................18
[Link]. Les pénicillines...........................................................................................................19
2. 5.2.2. Les céphalosporines................................................................................................20
[Link]. La streptomycine.......................................................................................................20
2.5.4. Les tétracyclines............................................................................................................21
2.5.5. L’érythromycine.............................................................................................................21

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2.5.6. Les chloramphénicol....................................................................................................22

2.5.7. Polymixine et bacitracine...........................................................................................22
2. 5.8. Antibiotique Antifongiques.......................................................................................23
2.6. LES AGENTS CHIMIO-THERAPEUTIQUES DE SYNTHESES....................................23
2.6.1. Les sulfamides................................................................................................................23
2. 6.2. Les nitrofuranes............................................................................................................24
2.6.3. L’hydracide isonicotimique (isoniazide)................................................................24
2.6.4. Acide malidixique..........................................................................................................24
2.6.5. Détermination de la sensibilité des bactéries aux antiseptiques.................24
2.7. LES PRINCIPES DE LA NUTRITION MICROBIENNE...................................................25
2. 7.1. Les microorganismes et les divers éléments.....................................................25
2. 7.2. Besoins en carbone.....................................................................................................26
2. 7. 3. Besoins en azote et soufre......................................................................................27
2.7.4. Facteurs de croissance................................................................................................27
2. 7.5. Construction d’un milieu de culture......................................................................28
2.7.6. Méthode d’observation de solution microbienne...............................................30
2. 8. Méthode d’observation de différente microbienne..............................................32
2. 8.1. Microscopie optique....................................................................................................32
2. 8.2 La coloration..................................................................................................................35
[Link]. La coloration simple.................................................................................................35
2. 8.2.3. La coloration de ziehl neelsen.............................................................................36
[Link].3. Coloration gram......................................................................................................37
TROISIEME CHAPITRE. DESCRIPTION DES PRINCIPAUX GROUPES DES
MICROORGANISMES......................................................................................................................39
3.1. Les bactéries.......................................................................................................................39
3.1.1. Définition..........................................................................................................................39
3.1.2. Caractéristiques biochimiques des bactéries (étude des
microorganismes)......................................................................................................................40
3.1.3. Les tests sérologiques (méthodes en microbiologie).......................................44
[Link]. Les Antigènes..............................................................................................................44
[Link]. Les anticorps...............................................................................................................45
3.1.4. Structure d’anatomie fonctionnelle de la cellule bactérienne.......................46
[Link]. Morphologie bactérienne........................................................................................46
[Link]. Anatomie bactérienne..............................................................................................47
3.1.5. Action des agents extérieurs sur les bactéries...................................................52

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[Link]. Facteurs physico-chimiques..................................................................................52

[Link].1. La température.......................................................................................................52
[Link].2. La pression...............................................................................................................55
[Link].3. Les radiation............................................................................................................56
[Link].4. Le potentiel hydrogène........................................................................................56
3. [Link]. Facteur biologiques..............................................................................................56
3.1.6. Pouvoir pathogène et relation hôte –bactéries...................................................57
[Link]. Différents types de relation hôte-bactéries et monde de vie bactérienne
.........................................................................................................................................................57
[Link]. Pouvoir pathogène de virulence de bactéries.................................................58
[Link]. Mécanisme du pouvoir pathogène......................................................................59
3.1.7. Manifestations du conflit hôte –Bactéries.............................................................60
[Link]. Réactions de défense de l’organisme................................................................60
[Link]. La maladie infectieuse.............................................................................................62
3.1.8. Les bactéries de forme sphériques (cques).........................................................63
[Link]. La famille des néisseriaceae..................................................................................63
[Link]. La famille de micrococcaceae...............................................................................63
3.1.9. Les bactéries es formes allongée (Bacilles).........................................................64
3.1.10. Bacilles Gram+ sporulés..........................................................................................71
3.1.11. Les bacilles Gram +, Asporulée, non AAR..........................................................71
3.1.12. Bacilles A.A.R (Acide Alcolo Résistant)................................................................72
3.1.14. Les bactéries anaérobies stricts............................................................................73
3.1.15. Les exigent un milieu cellulaire pour leurs cultures.......................................74
3.1.16. La famille de Mycoplasmataceae..........................................................................74
3.2. LES VIRUS............................................................................................................................75
3.2.1. DEFINITION......................................................................................................................75
3.2.2. STRUCTURES DU VIRUS..............................................................................................75
[Link]. La capside à symétrie cubique.............................................................................75
[Link]. Capside en symétrie hélicoïdale..........................................................................76
3.2.3. Classification des virus................................................................................................77
3.2.4. Multiplication des virus (Réplication).....................................................................79
3.2.5. Quelques groupes de virus........................................................................................80

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