Faculté de Médecine de Tunis

CEC Biologie médicale 2022-2023

Module: Microbiologie

Sepsis

Pr Ag Yosra Chebbi
Microbiologie Médicale
Service des Laboratoires, Centre National de Greffe de Moelle Osseuse
Objectifs éducationnels

1. Définir les entités sepsis-choc septique

2. Décrire la physiopathologie des bactériémes

3. Décrire les modalités de réalisation d’une hémoculture

4. Interpréter les résultats d’une hémoculture en fonction du

contexte clinique et le germe isolé
Définitions (1)

• Bactériémie: présence de bactéries viables dans le sang

• Transitoire, asymptomatique
• Associée à un sepsis ou choc septique
➔ Urgence diagnostique et thérapeutique
Définitions (2)
• Sepsis:
• Dysfonction d’organe menaçant le pronostic vital et causé par une
réponse inappropriée de l’hôte à une infection

• Augmentation du score SOFA (Sequential Organ Failure Assessment)

d’au moins 2 points lié à l’infection.

3ème réunion internationale de consensus du sepsis JAMA 2016(Journal of the American Medical Association)
Définitions (2)

Sepsis:
• Score utilisé en routine en réanimation, d’application difficile dans les
autres situations

➔ quick SOFA (qSOFA)≥ 2:

• Pression artérielle systolique ≤ 100 mm Hg

• Fréquence respiratoire ≥ 22/mn

• Confusion
Définitions (3)

Choc septique
• Défini par l’association de :
• Sepsis

• Besoin de drogues vasopressives pour maintenir une PAM ≥ 65 mm Hg

• Lactates > 2 mmol/l malgré un remplissage adéquat

Physiopathologie des
bactériémies
Physiopathologie

• 3 types de bactériémies en fonction du point de départ:

• Origine thromboembolique

• Origine lymphatique

• Origine endocarditique
Bactériémies à point de départ thrombo-embolique

•Coques à Gram positif : les staphylocoques (S. aureus+++), les streptocoques, le pneumocoque
•Bacilles à Gram négatif : les entérobactéries, Pseudomonas aeruginosa
•Coque à Gram négatif : Neisseria meningitidis
•Bactéries anaérobies strictes : Bacteroides fragilis++.
Bactériémies à point de départ lymphatique

• Salmonella Typhi, Salmonella Paratyphi A, B

• Brucella sp
Bactériémies à point de départ endocarditique

Physiopathologie des endocardites infectieuses

© Marielle Maye-Lasserre
Diagnostic bactériologique
Diagnostic des bactériémies
• Diagnostic est bactériologique: Hémoculture
• Mise en culture du sang pour recherche de bactérie et/ou de champignon
• Prélèvement le plus fréquent en milieu hospitalier
• Prélèvement de réalisation complexe mais souvent banalisé
• 3 étapes:
• Pré-analytique: prélèvement de bonne qualité
• Analytique
• Post-analytique: interprétation délicate des résultats
Diagnostic bactériologique
• Phase pré-analytique
• Phase analytique
• Phase post-analytique
Diagnostic bactériologique
• Phase pré-analytique
• Phase analytique
• Phase post-analytique
Difficultés de détection d’une bactériémie
Moment optimal pour prélever difficile à déterminer
• En cas de décharge intermittente:
➔ Au pic fébrile, au moment de frissons
➔signes non spécifiques et non discriminants
➔PVT au moment du pic fébrile n’améliore pas la sensibilité de l’examen

• En cas de décharge constante: à n’importe quel moment

• Avant toute antibiothérapie … sans jamais la retarder

• Après une fenêtre thérapeutique (si possible) 1)
Difficultés de détection d’une bactériémie
Faible concentration en micro‐organismes:
• Bactériémie faible et très variable
• Médiane 1 bactérie/ ml de sang

• Forte variation 0,1‐100 bactéries/ml

Difficultés de détection d’une bactériémie
Taux de contamination élevé
• 6 – 12,5% dans certains services

• Contamination à partir des bactéries de la flore du patient, du préleveur ou de

l’environnement

• Espèces souvent en cause (même si parfois elles peuvent être pathogènes !)

• Staphylocoques à coagulase négative

• Bacillus sp

• Corynébactéries

• Propionibacterium acnes
Réaliser un prélèvement de qualité

Eviter les faux positifs Eviter les faux négatifs

Eviter les Prélever une quantité

contaminations de sang suffisante et
au bon moment

L’étape prélèvement = étape primordiale

Précautions avant prélèvement

• Vérifier la prescription et préparer le bon de demande

• Respecter les règles d’identitovigilance

• Vérifier la limpidité et la date de péremption des flacons

• Pratiquer une désinfection des mains (du préleveur) par

friction avec une SHA (ou à défaut un lavage antiseptique
des mains)
 Choix du site de ponction
• Ponction veineuse directe périphérique = seule méthode validée pour prélever le sang en
vue d’une culture microbienne

• Le prélèvement via un CVC doit être banni

• Même si patient est difficile à piquer !!!

• Augmentation de la fréquence des contaminants (souvent colonisé par la flore cutanée)

• Exception = diagnostic d’une infection liée à un CVC ‘’matériel en place’’➔ hémocultures

appariées

• Préférer l’avant-bras (ou à défaut, le dos de la main)

• Après repérage de la ‘’bonne’’ veine ➔réaliser une désinfection des mains avec une SHA

• Enfiler des gants propres à usage unique

Asepsie rigoureuse +++

• Désinfection de l’opercule des flacons = désinfectant approprié

(exemple: alcool isopropylique à 70% )
➔laisser la compresse de désinfection sur le flacon jusqu’au prélèvement

• Désinfection de la peau du patient = Antiseptiques alcooliques (exemple

bétadine alcoolique)
Asepsie rigoureuse +++

• Antisepsie cutanée
• Etape essentielle pour détruire la flore cutanée +++

• Antisepsie cutanée large du site de ponction choisi sans repasser sur la

zone déjà traitée

• Respecter le temps de contact

➔Séchage de l’antiseptique (≈30 secondes)
de haut en bas en escargot
 Volume total mis en culture
• Paramètre fondamental ➔ détecter la bactérie responsable

• Recommandé : 40 – 60 mL

• Dépend du :
• volume de sang/flacon
• ni trop ➔faux positif (activité des globules blancs)
• ni trop peu ➔ faux négatif
• volume optimal : 8 à 10 mL
• nombre de flacons/épisode : 4 à 6 flacons/24h
Volume total mis en culture

• 2 à 3 hémocultures échelonnées sur 24 heures (à renouveler si température > 38,5°C)

• Ou 2 à 3 hémocultures espacées de 30 à 60 minutes si l’antibiothérapie doit être

débutée rapidement

• Prélèvement unique: Chez l’adulte, prélever en un seul geste (1 ponction veineuse)

• 4 à 6 flacons bien remplis : 8 à 10 mL de sang / flacon

• Volume total optimal de sang de 40 à 60 mL (2 à 3 flacons aérobies & 2 à 3 flacons

anaérobies)

• Commencer toujours par le flacon aérobie

Prélèvement unique
• Avantages :
•  Sensibilité de détection
•  Risque de contamination
• Confort du patient : 1 seule ponction
• Capital veineux préservé
• Antibiothérapie plus précoce
• Charge de travail ↓

• Inconvénients:
• Impraticable en cas d’endocardite infectieuse
Cas de bactériémie liée au cathéter veineux central

• Méthode des hémocultures appariées (matériel en place)

en 1er : en périphérique en 2ème : via le DIV (sans purge préalable)

< 10 mn

• Volume de sang prélevé/flacon via le CVC = volume prélevé/flacon en périphérie

• Flacons correctement numérotés, identifiés : heure + mode de prélèvement
• Acheminés sans délai au laboratoire et incubés en même temps dans l’automate
En pédiatrie et néonatologie

• Concentration bactérienne
plus élevée, diminuant avec
l’âge

• Volume à adapter en
fonction du poids
 [Link]

Types de flacons
• Flacons pour systèmes automatisés:
• Bouillon: Trypticase soja
Flacons Bactec®
• Ratio sang/bouillon compris entre 1/5 et 1/10

➔Dilution des substances inhibitrices présentes dans le sang

(complément, lysosymes, cellules phagocytaires, antibiotiques….)

• Anti-coagulants: polyanéthol-sulfonate de sodium

• Mise en évidence de la croissance bactérienne grâce à un

indicateur coloré

Flacons Bact Alert®

Transport

• Acheminement le plus rapidement possible au laboratoire

• En cas de délai:
• Maintien à T° ambiante avant l’introduction dans l’automate

➔ Eviter le risque de faux négatifs ou une augmentation du délai de

positivité
Diagnostic bactériologique
• Phase pré-analytique
• Phase analytique
• Phase post-analytique
Incubation
• Détection manuelle: n’est plus recommandée

• Détection automatisée:
• Augmentation de la sensibilité:
➔Agitation permanente des flacons : augmentation de la vitesse de la croissance bactérienne
➔Détection continue de la croissance (toutes les 10 min)

• Durée d’incubation
• 5 jours
• Mêmes microorganismes à croissance lente (HACCEK, Brucella spp,
champignons…)
• Bactéries détectées au-delà = souvent contaminants

 Incubation à 35°C
Détection de la croissance
• Principe = détecteur de CO2 au fond du flacon contenant un indicateur de pH,
séparé du bouillon par une membrane ½ perméable au CO2
CO2 =  pH (indicateur coloré) mesurée par réflectométrie (BacT ALERT) ou fluorimétrie
(Bactec)
En cas de détection de croissance

• Port de gants.

• Ne pas ouvrir les flacons d’hémoculture.

• Après désinfection de l’opercule des flacons, prélever le

bouillon à l’aide d’une aiguille stérile transperçant l’opercule

• Attendre le dégazage avant de prélever.

Examen microscopique

• État frais: forme, mobilité+++

• Coloration de Gram

• Si HC positive ➔ informer le clinicien

Exemples de coloration de Gram
Subcultures
• Flacon d’hémoculture aérobie positif:
• gélose chocolat enrichie et gélose au sang
• Ensemencement par épuisement
• Incubation à 35°C en atmosphère enrichie en CO2.

• Flacon d’hémoculture anaérobie positif:

• Deux géloses au sang : une est incubée en atmosphère enrichie en
CO2, l’autre en anaérobiose.
• Ensemencement par épuisement
Identification bactérienne

• Méthodes conventionnelles

• Spectrométrie de masse

• Biologie moléculaire
Antibiogramme

• Direct à partir du bouillon

• A partir de la subculture
Antibiogramme Direct
Diagnostic bactériologique
• Phase pré-analytique
• Phase analytique
• Phase post-analytique
Interprétation
• Éléments pris en compte
• Critères de pathogénicité

• Nombre d’hémocultures positives

Prélèvement multiple

Signification de positivité d’un ou plusieurs flacons

Nature du µ-organisme Nb de Nb total Renseignements cliniques Conduite à tenir
isolé ou identifié flacons d’hémoc
positifs réalisées
S. aureus
S. pneumoniae
Strepto β-hémolytique
Enterococcus spp
Entérobactéries
P. aeruginosa
C. albicans
Anaérobies ≥1 Quel que soit Quel que soit le contexte Ident + ATB sans
N. meningitidis le nombre restriction
Haemophilus spp total
Groupe HACCEK
Brucella spp
Pasteurella spp
Campylobacter spp
Prélèvement multiple
Signification de positivité d’un ou plusieurs flacons
Nature du µ-organisme Nb de flacons Nb total Renseignements cliniques Conduite à tenir
isolé ou identifié positifs d’hémoc
réalisées
Pas d’orientation clinique Conta probable
Service d’oncohémato, réa, Ident + ATB avec la
cathéter central, infection mention « à interpréter en
associée aux soins fonction de la clinique et
SCN 1 ou 2 d’une même ≥2
du prélèvement
P. acnes paire
Streptocoque α
hémolytique 1 Quel que soit le contexte Ident + ATB avec la
Bacillus spp mention « à interpréter en
fonction de la clinique et
du prélèvement

1 Service de néanatologie Ident + ATB sans

restriction

2 ou 3 de deux ≥2 Quel que soit le contexte Ident + ATB sans

paires différentes restriction
Prélèvement unique

Signification de positivité d’un ou plusieurs flacons

Nature du µ-organisme Nb de Nb total de Renseignements cliniques Conduite à tenir
isolé ou identifié flacons flacons
positifs réalisées
S. aureus
S. pneumoniae
Strepto β-hémolytique
Enterococcus spp
Entérobactéries
P. aeruginosa
C. albicans
Anaérobies ≥1 Quel que soit Quel que soit le contexte Ident + ATB sans
N. meningitidis le nombre restriction
Haemophilus spp total
Groupe HACCEK
Brucella spp
Pasteurella spp
Campylobacter spp
Prélèvement unique
Signification de positivité d’un ou plusieurs flacons
Nature du µ- Nb de Nb total de Renseignements cliniques Conduite à tenir
organisme flacons flacons
isolé ou positifs prélevés
identifié
Pas d’orientation clinique Conta probable
Service d’oncohémato, réa, Ident + ATB avec la mention « à interpréter
cathéter central, infection associée en fonction de la clinique et du pvt
aux soins
SCN 1 4à6
P. acnes 2 Quel que soit le contexte Ident + ATB avec la mention « une seule
Streptocoque HC positive, VPP faible, à interpréter en
α hémolytique fonction de la clinique et du pvt
Bacillus spp
1 ou 2 Service de néonatologie Ident + ATB sans restriction

2-3 4à6 Quel que soit le contexte Ident sur tous les flcs+ ATB (1 seul flacon,
2 si SCN) avec la mention « à interpréter
en fonction de la clinique et du pvt »
>3 4à6 Quel que soit le contexte
Ident sur tous les flcs+ ATB (1 seul flacon,
2 si SCN)
Cas particuliers: HC polymicrobienne
• 10% chez l’enfant, 30% chez les malades immunodéprimés

• Si les micro-organismes isolés font tous partie des pathogènes

spécifiques/pouvoir pathogène évident ➔Bactériémie polymicrobienne

• Si parmi les micro-organismes isolés, il existe un germe contaminant fréquent

des hémocultures:
• Si plusieurs hémocultures positives avec les mêmes germes➔ Bactériémie
polymicrobienne
• Si le contaminant n’est retrouvé que dans une seule hémoculture➔ Bactériémie mono-
microbienne avec une hémoculture souillée
Cas particuliers: Bactériémie liée au CVC

• En cas de positivité des 2 flacons (sur sang périphérique et sur

CVC) au même germe, calculer le délai de positivité
• Si DDP>2H, HC sur CVC se positive en premier

➔Bactériémie liée au CVC

Conclusion
• Bactériémies: complications graves, 3 types.
• Hémocultures : examen de choix

• Qualité du prélèvement+++

• Règles d’interprétation++