Genome

Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche

Université ‘‘Salah Boubnider’’ Constantine 3
Faculté de médecine Belkacem Bensmain
Département de médecine
Laboratoire de biochimie
CHU de Constantine

Cours de génétique de 2ème année Médecine

Organisation des génomes

Elaboré par le Pr Sifi Karima

Responsable du module : Pr K Sifi

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 Organisation des génomes

Objectifs pédagogiques du cours

Au terme de ce cours, l’étudiant doit être capable de :

Ø Préciser l’organisation de l’ADN procaryotique

Ø Enumérer les caractéristiques du nucléoïde
Ø Préciser les caractéristiques du plasmide
Ø Classer l’ADN eucaryotique nucléaire en fonction de sa structure et sa fonction
Ø Décrire les caractéristiques de l’ADN répétitif, de l’ADN unique ou dupliqué, de
l’ADN unique ou quasi unique et de l’ADN intercalaire
Ø Enumérer les caractéristiques des gènes eucaryotes
Ø Décrire la structure d’un gène de classe II codant une protéine
Ø Décrire l’organisation moléculaire et fonctionnelle de la famille de gènes de la béta
globine
Ø Préciser les caractéristiques de l’ADN mitochondrial
Ø Comparez les ADN eucaryote et procaryote

Plan du cours
Introduction
I. Génome procaryote
I.1. Nucléoïde
I.2. Plasmide
II. Génome eucaryote
II.1. ADN nucléaire
II. 1.1. Classification proprement dite de l’ADN eucaryotique
II.1.1.1 ADN répétitif
II.[Link] ADN hautement répétitif
II.[Link] ADN moyennement répétitif
[Link] à copie unique ou quasi unique
II.[Link]. Définition d’un gène
II.[Link]. Caractéristiques des gènes eucaryotes
II.[Link]. Les différents types de gènes de classe II codant des protéines
II .[Link]. Structure d’un gène de classe II codant une protéine.
II .[Link]. Organisation moléculaire et fonctionnelle de la famille de gènes de la béta globine
II.1.1.3 ADN intercalaire
II.2 ADN mitochondrial
III. ADN procaryotique
IV. Comparaison ADN eucaryote ADN procaryote

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 Organisation des génomes
Introduction :
Le génome représente l’ensemble du matériel génétique d’un organisme. C’est aussi le contenu en ADN
ou en ARN d’un organisme. Chez la majorité des organismes, le génome est composé d’ADN.
Cependant, chez certains virus tel que les rétrovirus (SARS-CoV2 et VIH) le matériel génétique est fait
l'ARN.

La taille des génomes varie en fonction des espèces, elle est définie comme la quantité d’ADN présente
dans les gamètes haploïdes d’une espèce donnée = Valeur C,
Elle est mesurée +++ sur le spermatozoïde chez l’homme, exprimée en nombre de paires de base +++
(1 pg correspond à 978 Mb).
Cette taille varie de quelques milliers de paires de bases à plusieurs milliards
de paires de bases à plusieurs milliards : Homme : 3,2 milliards de pb, Blé : 16 milliards de pb,
Bactéries : quelques millions de pb. Il n’y a pas de corrélation simple entre la taille du génome et la
complexité d’un organisme.
I. Génome procaryote :
Le génome des procaryotes est localisé au niveau d’une région cytoplasmique particulière qu’on appelle
le nucléoïde.
[Link]éoïde :
Le nucléoïde est localisé dans une région cytoplasmique de forme irrégulière, habituellement composé
d’une seule molécule d’ADN, associée à des ARN et des protéines (surtout des facteurs de
transcription).
Il contient le chromosome, une molécule circulaire, unique d’ADN double-brin. Habituellement 1 par
cellule. Il n’est pas délimité par une membrane.
Certains procaryotes ont plus de 1 chromosome et d’autres ont des chromosomes composés d’ADN
linéaire double-brin.
Certaines cellules procaryotes peuvent aussi contenir une ou plusieurs molécules d’ADN surnuméraires,
généralement circulaires, appelées plasmides.

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[Link] :
-Ce sont des molécules d’ADN extra-chromosomiques, bicaténaires, superenroulées, généralement
circulaires. Distinctes de l’ADN chromosomique et ne sont pas nécessaires à la survie de la cellule
procaryote.
•Taille : de 1 à 400 Méga daltons (kilobases);
Types : Plusieurs types de plasmides peuvent coexister dans une même cellule.
Nombre : Une copie, pour les grands plasmides et 10 à 20 copies pour les petits plasmides.
Rôle : Ils codent pour une information génétique non-indispensable. Et peuvent apporter pour la cellule
des avantages évolutifs sélectifs comme la résistance à un antibiotique.
Propriétés :
• Douées de réplication autonome, Transmissibles de façon stable à la descendance,
• Certains plasmides sont capables de s'intégrer aux chromosomes ; on appelle ces plasmides des
Episomes.
• Ils peuvent infecter des bactéries ou être échangés entre elles.
II. Le génome eucaryote :
II.1. Génome nucléaire :
• Formé de chromosomes linéaires en nombre variable.
• Le nombre de chromosomes n’est pas relié à la complexité́ de l’organisme et à la taille du génome.
Exemple : 46 chromosomes chez l’homme ,16 chez la levure et 6 chez la drosophile.
II.1.1. Classification de l’ADN eucaryotique :
Le génome humain est constitué d’environ 3,5 milliards de paires de bases. Les gènes, dont on estime le
nombre entre 50 000 et 100 000, ne représentent que 3 à 5% de l’ADN nucléaire.
Le reste de l’ADN est constitué de séquences de régulation de l’expression des gènes, de séquences
répétées et de séquences de fonction inconnue.
II. [Link] répétitif :
ADN hautement répétitif
ADN moyennement répétitif
II .[Link]. ADN hautement répétitif :
-Microsatellites
-Répétition de 2 à 6 pb en tandem.
-Au niveau de centaines de milliers de sites le long du chromosome. Se trouvent dans les régions
centromériques des chromosomes.

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 Répétition en tandem dans cet exemple 2pb

-Minisatellites : VNTR : Variable Number of Tandem Repeat

- Il s’agit souvent de séquences de 9 à 100 pb répétées en tandem au même site, Le nombre de
répétitions varie d’un individu à l’autre et constitue un allèle. Ils sont très polymorphes, tant du point de
vue du nombre de répétitions que de la taille des unités répétées.

-Microsatellites :
-Répétition de centaines de Kb en tandem.
-Se trouvent dans les régions centromériques des chromosomes.
-Cet ADN satellite correspond à l’hétérochromatine constitutive.
II [Link]. ADN moyennement répétitif :
Les séquences moyennement répétitives sont des séquences nucléotidiques constituées de motifs dont la
taille varie de 100 à 1000 bp, répétées des centaines voire des millions de fois dans le génome. On
distingue deux groupes de séquences moyennement répétées :
-L’ADN répété en tandem : ADN codant
-L’ADN répété dispersé : ADN non codant
L’ADN répété en tandem codant : Comporte :
-les gènes de classe I ou les gènes des ARNr 28S, 18S et 5,8S, ces gènes sont regroupés en Clusters de
200 copies, localisés sur les chromosomes :13, 14, 15, 21 et 22.
-les gènes de classe III : codant l’ARNt et l’ARN 5 S. Il y a environ 1200 copies d’ADNt par génome
humain.
L’ADN répété dispersé non codant :
Comprend les éléments génétiques mobiles capables de transposition à de nouveaux sites.
Ce sont des séquences répétées de 100 à 6 000 pb, dispersées dans tout le génome.
Les éléments mobiles les plus abondants peuvent être classés en 2 groupes :

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Petits éléments disséminés ou SINE : Short Interspersed Repetitive Element.
Ex : séquence Alu : séquences de 300 pb, avec 900.000 copies/génome humain. 5% du génome humain
Longs éléments disséminés ou LINE : Long Interspersed Repetitive Element.
Ex : séquence line de 5 à 7 kb, environ 5.000 à 10.000 copies /génome humain

II. [Link] à copie unique: constitué de gènes de classe II codant pour des protéines
II .[Link]. Définition d’un gène :
-Unité de l’information génétique. Il est constitué d’une séquence d’acides désoxyribonucléique codant
pour la synthèse d’une protéine pour les gènes de classe II et pour un ARN pour les gènes de classe I et
III .
II.[Link]. Caractéristiques des gènes :
-Les gènes sont des entités stables, ils se transmettent des parents à leur descendance sans subir de
modification dans leur séquence. Mais occasionnellement, ils peuvent subir des changements dans leur
séquences: un tel changement est appelé: mutation.
- Un organisme portant le gène normal est dit de type sauvage.
- Un organisme portant le gène altéré est un mutant.
-Pour chaque gène nous héritons de deux allèles, chacun est porté par un des deux chromosomes reçus
de nos parents cad par la paire de chromosomes homologues et occupe toujours le même locus.
.

II.[Link] .Les différentes types de gènes de classe II codant des protéines :

Les gènes uniques ou quasi uniques :
La très grande majorité des gènes appartient à cette classe.
Les familles de gènes:
Toute une série de gènes codant pour des protéines grossièrement analogues.
-La famille des gènes globine.
-La famille des gènes actine.
-La famille des gènes myosine
Les gènes domestiques: (House – Keeping genes)
Ce sont des gènes qui ne s’expriment que dans certains tissus.
Ils codent pour des protéines domestiques comme par exemple les gènes des enzymes de la glycolyse,
de la respiration et des métabolismes intermédiaires indispensables à la survie de chaque cellule.
Les pseudogènes
§ Ce sont des séquences nucléotidiques non fonctionnelles, car elles sont ni transcrites ni traduites.
§ Leur non fonctionnalité peut résulter :
Soit de l’absence d’un cadre de lecture suffisant (excès de codons stop).
Soit de l’absence de codon Méthionine initiateur ou de région promotrice
II.[Link]. Exemple: Famille des gènes de la b globine :
L’hémoglobine, durant les premiers mois de la gestation est de type embryonnaire z2 e2 (xeta2
epsilon2). Puis dès les premiers mois, des chaines g et a sont synthétisées, ce qui se traduit par
l’apparition d’Hb fœtale (a2, g2). Enfin, immédiatement après la naissance, une diminution brutale de la
synthèse des chaines g et une augmentation parallèle de la synthèse des chaines b induisent le
remplacement de l’Hb fœtale par l’Hb A (a2, b2). Cette transition Hb F ®Hb A porte le nom de switch.

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Pour le fœtus, le fait de posséder une hémoglobine différente de celle de sa mère est un avantage; en
effet l’Hb F ayant une plus forte affinité pour l’oxygène que l’Hb A, les transferts de l’oxygène entre la
mère et le fœtus sont facilités.
II.[Link]. Anatomie d’un gène codant pour une protéine ou gène classe II :
Ø Le gène commence en 5‘ par des séquences régulatrices non transcrites, dont la présence est
nécessaire pour le déroulement de la transcription.
Ø Vers - 100 par rapport au site d’initiation de la transcription commence la région dite
“PROMOTRICE”.
-Vers - 70 à - 80 se trouve très souvent une séquence CAAT, où se fixent un ou plusieurs facteurs
protèiques de la transcription.

-Vers -25 à -30 pb: on retrouve la séquence TATA appelée TATA box ou se fixent la RNA polymérase
II et certains facteurs de la transcription.
Ø Vient ensuite le site d’initiation de la transcription, la base correspondant à ce site est
le plus souvent: une purine, suit une partie non codante de longueur variable et ce jusqu’à la séquence
ATG, codon Méthionine qui signale le lieu d’initiation de la traduction.
Ø Suivent ensuite une alternance de séquences présentes (Exons) ou non (Introns) dans la version
finale de l’ARNm cytosolique.

• On appelle "Exon“ toutes les séquences transcrites retrouvées dans le messager cytosolique
final.
• On appelle “Intron” toute séquence transcrite mais éliminée après par épissage au cours de la
maturation du transcrit primaire, donc non retrouvée dans le messager cytosolique final mûr.
Le signal pour l’arrêt de la traduction est donné par l’un des codons stop: UAA, UGA et UAG.
Enfin 10 à 20 bases avant la fin du dernier exon est retrouvée une séquence AATAAA ou séquence de
polyadénylation : site de la fixation de la poly A polymérase.
Le gène se termine par une région 3’ parfois par des séquences régulatrices.
Les limites des gènes sont imprécises, leurs tailles sont très variables pouvant atteindre jusqu’à 2
millions de pb ; il n’y a pas de relation directe entre la taille de la protéine et la longueur du gène.

II. 1.1.3. ADN intercalaire non classé: espaceur:

Il constitue 75% du génome humain de fonction inconnue.
II.2. Le génome des mitochondries :
L`ADN mitochondrial
Bien que chez les eucaryotes, la majeure partie de l’ADN soit présente dans le noyau, une partie de cette
ADN est située dans les mitochondries.
• L’ADN mt est situé dans la matrice mitochondriale.
• Il contient 4 à 6 molécules de DNA bicaténaire.
• Organisé en nucléoïde et non associé à des histones
• 1 à 2% de la masse totale d ’ADN de la cellule.

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 • Il code certaines des protéines constituant le système de phosphorylation oxydative et des ARNt,
ARNr et certaines protéines, utilisés dans la synthèse des protéines mitochondriales.
• L’ADN mt humain, une molécule circulaire a été entièrement séquencée, Il contient 16 569 pb
• Contrairement à l’ADN nucléaire, il est dépourvu d’introns et ne contient pas de longues
séquences codantes. Code sur les deux brins des gènes qui sont sans introns

III - ADN procaryotique :

• Les gènes sont continus (pas d’introns). operon is a functioning unit of DNA
• Organisés sous forme d’opérons. containing a cluster of genes under the
• Le messager correspondant est polycistronique. control of a single promoter

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Eucaryotes Procaryotes

• Dans le noyau • Dans le cytoplasme

• Plusieurs chromosomes • Un chromosome circulaire + plasmide
• G • Fraction codante élevé > 90%
• rande taille >> procaryotes • Génome compact
• 98% est non codant • Séquence des gènes continue
• Grande région intergénique de (pas d’introns)
fonction méconnue • Génome organisé en opérons
• Gènes disloqués (exons, introns) • Un opéron est une unité d'ADN fonctionnelle
• Dans mitochondrie regroupant des gènes qui opèrent sous le
• ADN mitochondriale signal d'un même promoteur.

Références bibliographiques
- Précis de Génomique" (2004) G. Gibson & S. Muse - Ed. De Boeck - ISBN : 2-8041-4334-1
- Biologie moléculaire du gène, Watson J. (2012) Pearson éducation
- Biologie moléculaire de Christian Moussard
- Biologie moléculaire de Simon Beaumont.