mise au point

PCR en microbiologie :
de l’amplification de l’ADN
à l’interprétation du résultat
L’amplification des acides nucléiques (PCR) permet le diag-
nostic rapide des infections causées par des micro-organismes
fastidieux pour lesquels la culture est difficile, voire impos-
sible. Ainsi, la PCR a largement amélioré notre capacité à dia-
gnostiquer les infections dues à Chlamydia trachomatis. De plus,
la PCR est attractive en raison de sa rapidité, sensibilité et
reproductibilité. Cependant, il est utile de connaître les
limites des analyses PCR afin d’interpréter correctement les
Rev Med Suisse 2007 ; 3 : 931-8
résultats obtenus. L’interprétation est fonction de la fiabilité
des tests utilisés, des pathogènes recherchés, du site d’infec-
K. Jaton tion, et de la présentation clinique. Il est essentiel que les cli-
niciens et les microbiologistes partagent leurs expériences,
G. Greub afin que les niveaux analytiques et cliniques d’interprétation
Drs Katia Jaton et Gilbert Greub puissent être combinés.
Institut de microbiologie
Université de Lausanne
CHUV, 1011 Lausanne
[Link]@[Link]
[Link]@[Link] INTRODUCTION
Les techniques d’amplification des acides nucléiques (PCR),
sont de plus en plus utilisées en microbiologie pour le diag-
nostic étiologique des maladies infectieuses. Le but de cet
PCR in microbiology : from DNA amplifica- article est de rappeler quelles sont les techniques moléculaires disponibles pour
tion to results interpretation détecter un agent pathogène et de proposer un algorithme d’interprétation d’un
Nucleic acid amplification (PCR) allows a re-
résultat de PCR englobant les niveaux analytiques et cliniques.
latively rapid and accurate diagnosis of infec-
tion caused by intracellular bacteria and other

ficult or impossible. Thus, Chlamydia tracho-

fastidious pathogens for which culture is dif-
TECHNIQUES D’AMPLIFICATION MOLÉCULAIRE
matis PCR largely improved our ability to dia- La PCR permet d'obtenir d'importantes quantités d'un fragment d'ADN spé-
gnose chlamydial infection. PCR also exhibits cifique de longueur définie. Pratiquement, la PCR consiste en une succession de
a high sensitivity and a high reproductibility.
réactions de réplication d'une matrice double brin d'ADN. Chaque réaction met
However PCR has limitations that have to be

L’amplification se fait grâce à une enzyme, la Taq polymérase, capable de syn-

en œuvre deux amorces qui définissent, en la bornant, la séquence à amplifier.
taken into consideration to appropriately
interpret the results. Such interpretation is
difficult and should take into account the thétiser de l’ADN à partir des nucléotides présents dans la réaction en utilisant
characteristics of the test, the microbial agent les produits de chaque étape de synthèse comme matrice pour les étapes sui-
identified, the sample tested, and the clini- vantes. Ainsi, l'amplification obtenue est exponentielle, et à partir d’une molé-
cal presentation. It is therefore essential that cule d’ADN, il est possible d’obtenir un milliard de copies de cette même molé-
clinical microbiologists and clinicians share
cule. Après électrophorèse, les molécules amplifiées (amplicons) peuvent être
their knowledge and expertise to interpret
PCR results at both clinical and analytical
visualisées sur un gel d’agarose à l’aide de molécules fluorescentes (bromure
levels. d’éthidium ou Sybr Green). Les amplicons peuvent aussi être détectés, en continu
pendant la PCR, grâce à des sondes nucléiques spécifiques marquées avec des
molécules fluorescentes (PCR en temps réel). Plusieurs systèmes de PCR en temps
réel existent. Les plus utilisés actuellement dans les laboratoires de diagnostic
suisses sont les systèmes «Light Cycler» (Roche) et «TaqMan» (Applied Biosystem).

organismes difficiles à cultiver (par exemple: Mycoplasma, Chlamydia), poussant len-

Les PCR se sont révélées particulièrement utiles pour détecter l’ADN de micro-

tement (par exemple : Mycobacterium tuberculosis), ne supportant que très mal la des-
siccation (par exemple : Neisseria gonorrhoeae, Bordetella) ou présents en faible quanti-
té dans l’échantillon clinique (par exemple: Listeria monocytogenes dans le liquide
céphalorachidien). De plus, contrairement à la culture, la détection de l’agent infec-
tieux par PCR n’est que peu influencée par quelques doses d’antibiotiques.

0 Revue Médicale Suisse – [Link] – 11 avril 2007 Revue Médicale Suisse – [Link] – 11 avril 2007 931
 Il existe deux principales approches de PCR (tableau 1) :1 en temps réel présente les avantages suivants :
• une approche ciblée pour un micro-organisme avec des • une quantification est possible, ce qui peut être utile à
amorces spécifiques ; l’interprétation clinique (figure 2) ;
• une approche «large spectre» capable de détecter l’ADN • moins de faux positifs car il n’est plus nécessaire d’ou-
de presque n’importe quelle bactérie (ou champignon), vrir les tubes après amplification ;
avec des amorces ciblant un gène présent et conservé chez • une sensibilité augmentée car généralement les seg-
de nombreux agents microbiens (PCR eubactérienne par ments amplifiés sont très courts ;
exemple). • une spécificité augmentée du fait de la spécificité de la
sonde qui s’ajoute à celle des amorces.
Détection spécifique de l’agent microbien dans
l’échantillon clinique (PCR spécifique) Détection à large spectre de l’ADN d’un agent
En utilisant une PCR spécifique, seulement l’ADN d’une microbien dans un échantillon clinique (PCR
ou de quelques espèces de micro-organismes seront ampli- eubactérienne)
fiés. Par conséquent, plusieurs amplifications spécifiques Il est possible de détecter l’ADN de presque n’impor-
séparées, ou des PCR multiplex (permettant d’amplifier plu- te quelle bactérie (ou champignon) à l’aide d’amorces ci-

exemple Mycoplasma pneumoniae et Chlamydia pneumoniae),2-4

sieurs micro-organismes dans un même tube comme par blant un gène très conservé (16S rRNA par exemple pour
les bactéries). Cependant, ce type de PCR large spectre
doivent être effectuées si l’on recherche des micro-orga- ne peut s’effectuer qu’à partir d’un échantillon physiolo-
nismes d’espèces différentes.
Les gènes ciblés sont soit des gènes connus comme

gènes présents sur le plasmide cryptique de C. trachomatis,

étant spécifiques aux micro-organismes (par exemple : les

absents du génome des autres Chlamydiaceae),5 soit des

gènes suffisamment divergents pour que des amorces
spécifiques puissent être utilisées.
A l’Institut de microbiologie (Lausanne), les PCR spéci-
fiques se font actuellement en utilisant la technologie
TaqMan (figure 1 ; tableau 2).4-7 Outre sa rapidité, la PCR

Tableau 1. Comparaison entre la PCR spécifique et

la PCR à large spectre

PCR spécifique PCR à large spectre

Amorces Spécifiques, ciblant un Universelles, ciblant un
gène présent que dans gène conservé et commun
une espèce ou ciblant
un gène très variable
Technologiea PCR en temps réel PCR traditionnelleb
(TaqMan par exemple) (visualisation des amplicons
sur gel d’agarose et séquen-
çage en cas de positivité)
Indications – Infection probable à – Infection à un germe
un germe déterminé indéterminé
(par exemple : Myco- Pas de PCR spécifique dispo-
plasma pneumoniae) nible pour le germe suspecté Figure 1. Schéma de la PCR en temps réel

Le principe de la chimie Taqman repose sur la fonction exonucléase 5’ → 3’

– Echec des autres ap- – Echec des autres approches
proches diagnostiques diagnostiques (cultures
(cultures négatives) négatives) de la Taq polymérase. La sonde est un oligonucléotide spécifique d’une zone
– Traitement préalable – Traitement préalable par un interne à la séquence amplifiée et donc capable de s’hybrider dans cette
par un antibiotique antibiotique région. Cet oligonucléotide d’environ 20 à 30 paires de bases possède à son
extrémité 5’ un «reporter» (flurochrome émetteur) et à son extrémité 3’
Avantages Rapide, sensible, Large spectre de pathogènes un «quencher» (flurochrome supresseur). Le reporter est détaché grâce à
spécifique détectés l’activité exonucléasique de la Taq polymérase. L’augmentation du signal
Limites de Ne détecte que le Ne peut être effectuée que émis par le «reporter» lorsqu’il s’éloigne du «quencher» est proportion-
la méthode pathogène recherché sur un prélèvement physiolo- nelle au nombre de copies polymérisées à chaque cycle de la PCR.
giquement stérile A. Dénaturation de l’ADN double brin du gène cible sous l’effet de la cha-
leur. La sonde, spécifique à une partie interne du fragment d’ADN amplifié,
Inconvénients Spectre étroit Moins sensible,b risque de est en solution et grâce à sa proximité, le suppresseur absorbe la fluores-
faux positifs c cence du reporter. B. Lors de la phase d’hybridation, les amorces et la
sonde spécifiques se fixent sur le brin complémentaire de l’ADN monobrin.
a Utilisée dans notre laboratoire ; b une nouvelle PCR eubactérienne de C. Au cours de la polymérisation, la Taq polymérase va hydrolyser la sonde,
sensibilité accrue et utilisant la technologie TaqMan est en développement libérant le reporter. D. Après le passage de la Taq polymérase, le reporter
dans notre laboratoire ; c contamination des réactifs commerciaux fréquente n’est plus relié physiquement au suppresseur et il y a émission de fluores-
avec des bactéries présentes dans l’eau (Aeromonas, Sphingomonas, etc.) cence.
PCR : amplification des acides nucléiques. F : reporter ; Q : quencher.

932 Revue Médicale Suisse – [Link] – 11 avril 2007 Revue Médicale Suisse – [Link] – 11 avril 2007 0
 Tableau 2. Analyses effectuées au laboratoire de diagnostic de biologie moléculaire de l’Institut de microbiologie
du CHUV, Lausanne

Pathogènes Echantillons les plus fréquents

Bactéries Bartonella henselae/quintana Biopsies, pus, adénopathies, valves cardiaques
Bordetella pertussis/parapertussis Aspirations nasopharyngées, frottis nasopharyngées
Chlamydia trachomatis 3 Urines, prélèvements urogénitaux
Chlamydophila pneumoniae 2 Prélèvements respiratoires
Coxiella burnetii 2 Prélèvements respiratoires, biopsies, valves cardiaques
Haemophilus influenzae type B1 Liquides céphalorachidiens
Legionella pneumophila 2 Prélèvements respiratoires
Listeria monocytogenes1 Liquides céphalorachidiens
M. tuberculosis complex Prélèvements respiratoires, biopsies (toute origine)
Mycoplasma hominis 4 Confirmations de culture
Mycoplasma pneumoniae 2 Prélèvements respiratoires
Neisseria gonorrhoeae 3 Urines, prélèvements urogénitaux
Neisseria meningitidis1 Liquides céphalorachidiens
PCR eubactérienne * Liquides ou tissus normalement stériles
Rickettsia spp. *** Biopsies cutanées
Staphylococcus aureus- gène fem A 5 Confirmations de culture
Staphylococcus aureus- gène mec A 5 Confirmations de culture
Streptococcus pneumoniae1 Liquides céphlorachidiens
Ureaplasma hominis 4 Confirmations de culture
Virus Adénovirus Prélèvements respiratoires, sang-EDTA
BK virus Urines, sang-EDTA
CMV Sang-EDTA, urines, liquides céphalorachidiens
EBV Sang-EDTA, liquides céphalorachidiens, biopsies
Enterovirus Liquides céphalorachidiens
HHV6 Liquides céphalorachidiens, sang-EDTA
HSV1, 2 Liquides céphalorachidiens, frottis
Influenzae A, B Frottis nasopharyngés, prélèvements respiratoires
Papillomavirus – HPV Frottis col, biopsies
Parvovirus B19 Sang-EDTA, moelles, plasma
Polyomavirus – JC ** Liquides céphalorachidiens
RSV A, B Prélèvements respiratoires
VZV Liquides céphalorachidiens, frottis
Champignons Aspergillus fumigatus Prélèvements respiratoires, sang-EDTA, biopsies
PCR panfungique * Sang-EDTA, prélèvements respiratoires, biopsies
Pneumocystis jiroveci – PCP ** Prélèvements respiratoires
Parasites Plasmodium spp. (screening) Sang-EDTA
Plasmodium falciparum 6 Sang-EDTA
Plasmodium malariae 6 Sang-EDTA
Plasmodium ovale 6 Sang-EDTA
Plasmodium vivax 6 Sang-EDTA
Toxoplasma gondii Liquides amniotiques ; liquides céphalorachidiens

1 multiplexméningite bactérienne ; 2 multiplex pneumonies atypiques ; 3 multiplex maladies sexuellement transmissibles ; 4 multiplex confirmation de culture
pour mycoplames urogénitaux ; 5 multiplex de confirmation de souches de Staphylocoques suspectes d’être des MRSA ; 6 multiplex malaria ; * PCR large spectre ;
** PCR encore effectuée avec les méthodes classiques nécessitant un visualisation des produits de PCR après électrophorèse sur gel d’agarose ; *** en déve-
loppement.

giquement stérile.8-10 Ces PCR sont appelées PCR eubac- mens microbiologiques classiques n’ont pu détecter
tériennes lorsque les amorces permettent la détection l’agent causal et pour lesquels des prélèvements prove-
des bactéries (figure 3) et PCR panfongiques pour les nant de sites normalement stériles sont disponibles. Les
champignons. Il n’existe actuellement pas de test équi- endocardites à hémocultures négatives représentent
valent pour les virus, leur variabilité génétique étant trop une bonne indication pour la PCR eubactérienne
importante. puisque l’antibiothérapie préalable et les germes fasti-
En cas de PCR positive, les zones amplifiées sont sé- dieux en sont les principales causes.9,11
quencées et comparées à des millions de séquences pré-
sentes dans des banques de données afin d’identifier le
micro-organisme. En conséquence, par comparaison avec INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS DE LA PCR
les PCR spécifiques, les PCR à large spectre présentent un L’interprétation des résultats de PCR est difficile
risque accru de contamination par les amplicons, une sensi- (figure 4). Par conséquent, il est important que le cli-
bilité moindre et un délai plus long pour obtenir un résultat nicien connaisse les caractéristiques des méthodes
(24-72 heures), en tout cas lors de positivité. PCR utilisées par le laboratoire effectuant l’analyse ou
Ces PCR sont utilisées généralement pour identifier qu’il dispose d'un résultat accompagné d'un commen-
l’étiologie d’un syndrome infectieux pour lequel les exa- taire.

934 Revue Médicale Suisse – [Link] – 11 avril 2007 Revue Médicale Suisse – [Link] – 11 avril 2007 933
 Echantillon

Extraction de l’ADN
Fluorescence

Région variable
Région
conservée
PCR
Amorce forward Amorce reverse
Visualisation des
amplicons sur gel

Témoin positif ++ – Témoin négatif

PCRs PCR
Nombre de cycles effectués positives négative Transmission du résultat

Figure 2. Exemple de résultat de la PCR en temps

réel spécifique de C. trachomatis
La fluorescence (axe Y) est représentée avec une échelle logarithmique en Séquençage
fonction du nombre de cycles de PCR (axe X). Un seuil de positivité est
calculé et on définit le Ct (cycle threshold) au moment où la fluorescence
atteint le seuil de positivité. La fluorescence augmente de manière expo-
nentielle à chaque cycle de PCR. Dans cet exemple, les témoins positifs, 1,
10, 100, 1000 et 10 000 copies, croisent le seuil de détection après 38,6,
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
37,1, 32,8, 27,9 et 24,8 cycles, respectivement. Le témoin négatif de mélange (par exemple sur base de données : [Link]/)

(aucune fluorescence détectée). Les deux cupules testant l’échantillon (5 µl

réactionnel et le témoin négatif d’extraction sont négatifs dans cet exemple

ron 27 cycles. Le témoin d’inhibition (4 µl d’ADN et 1 µl de plasmide) est

d’ADN) et ne contenant pas de témoin inhibiteur sont positives après envi- Identification de la bactérie présente dans l’échantillon

positif dans cet exemple après 27,2 cycles. L’échantillon testé, en l’occur-
rence une urine de 1er jet provenant d’une jeune femme asymptomatique, Figure 3. Etapes de la PCR en temps réel
est donc positif. Le résultat a été communiqué au médecin et cette infection
asymptomatique a pu être traitée (azithromycine), avant qu’elle n’occasionne Après avoir extrait l’ADN bactérien potentiellement présent dans l’échan-
des complications majeures (infertilité d’origine tubaire, grossesse extra- tillon, une portion d’environ 800 paires de bases du gène codant pour
utérine, etc.). l’ARN ribosomal (sous-unité 16S) est amplifiée grâce à des amorces con-
servées (en vert). Si l’amplification est positive (visualisation sur gel après
électrophorèse), le produit de PCR sera séquencé. La séquence des zones
variables (en rouge) de cet amplicon sera ensuite comparée (analyse
Interprétation des PCR spécifiques BLAST) aux séquences connues de souches types présentes dans une base
Importance de l’échantillon de données (par exemple : celle disponible sur le site web NCBI : www.
[Link]).
Toute PCR doit être effectuée sur un prélèvement de

l’on souhaite détecter C. trachomatis, les urines du premier

bonne qualité et adapté à l’indication (tableau 3). Ainsi, si
ratoire diagnostique. Les kits commerciaux ont l’avantage

des Chlamydiae et du plus grand nombre de cellules épi-

jet sont préférables en raison de la nature intracellulaire d’être homologués. Cependant, les caractéristiques de ces
kits sont souvent décrites de manière succincte et la sé-
théliales présentent dans les urines du permier jet, par quence des amorces utilisées n’est la plupart du temps
rapport aux urines du deuxième jet.12 Lors d’endocardite à pas mentionnée. Ce manque d’informations peut s’avérer

pour Bartonella spp., ou Coxiella burnetti peuvent être effec- miques (en Suède, des souches de C. trachomatis présentant
hémocultures négatives par exemple, les PCR spécifiques crucial, lorsque de nouvelles souches deviennent épidé-

tuées non seulement sur les valves, mais également sur le une délétion d’une partie du plasmide cryptique viennent
sérum ou le sang complet.13,14 Généralement, la sensibili- d’être décrites et ne sont pas reconnues par certains tests

organisme en extrayant l’ADN à partir de 200 µl d’échan-

té de la PCR est suffisante pour détecter l’ADN du micro- commerciaux). De même, il est également essentiel de con-

tillon natif. Cependant, dans certains cas, (par exemple : C.

naître les limites de spécificité d’un test. Dans notre labo-

trachomatis dans les urines, Toxoplasma gondii dans le liquide

ratoire accrédité pour le développement de tests diag-
nostiques, de nombreuses PCR en temps réel ont été dé-
amniotique) une concentration du spécimen est effectuée veloppées ces dernières années (tableau 2).4-7 Pour chaque
afin d’augmenter la sensibilité du test. test développé, nous avons déterminé la sensibilité ana-
lytique, c’est-à-dire la limite de détection exprimée en
Performance du test nombre de copies de plasmides détectées par réaction
La connaissance de la performance du test est également (figure 2). Nous avons également déterminé la spécificité
essentielle pour l’interprétation analytique, qu’il s’agisse analytique, c’est-à-dire la capacité du nouveau test à ne
d’un kit commercial ou d’une PCR développée par le labo- détecter que l’agent pathogène recherché, ainsi que la

934 Revue Médicale Suisse – [Link] – 11 avril 2007 Revue Médicale Suisse – [Link] – 11 avril 2007 935
 variabilité intra et intersérielle. De plus, ces tests ont fait Interprétation des PCR à large spectre
l’objet de validations sur des échantillons cliniques. Lors- Importance de l’échantillon
que appliqués sur des prélèvements cliniques, des témoins Les PCR à large spectre sont effectuées à partir de pré-
doivent être testés en parallèle afin 1) d’assurer la qualité lèvements de ponction provenant de sites normalement
du mélange réactionnel (témoin positif) ; 2) d’exclure un stériles. En effet, lorsque plusieurs germes sont présents,
faux négatif dû à la présence dans l’échantillon de molé- soit le séquençage direct est impossible, soit la quantité
cules inhibitrices de l’amplification (témoin d’inhibition) d’ADN d’une espèce est prédominante et l’espèce mino-
et 3) d’exclure un résultat faussement positif (témoins né- ritaire reste non détectée.
gatifs). Toute contamination de l’échantillon par de l’ADN bac-
térien peut entraîner des réactions faussement positives.
Interprétation clinique Ces contaminations peuvent survenir lors du prélèvement
L’interprétation clinique doit tenir compte de : au lit du malade, lors de la préparation de l’échantillon, lors
• la probabilité prétest, qui dépend du tableau clinique de l’extraction de l’ADN ou lors de la PCR. Elles peuvent
et de la prévalence de la maladie dans la population tes- être dues à un autre échantillon positif dans la même série

contamination des réactifs (eau par exemple). Le Pseudo-

tée (figure 4) ; de PCR, à des amplicons d’une série précédente ou une

monas, l’Aeromonas et le Sphingomonas 9,10 sont de fréquents

• la présence d’un deuxième résultat concordant ;
• la sensibilité et la spécificité du test sur un échantillon
donné ; contaminants des réactifs. De ce fait, lors de chaque extra-
• l’identification d’un autre agent étiologique pouvant ction, un témoin négatif d’extraction subit les mêmes pro-
expliquer le syndrome. cédures que le prélèvement.

La spécificité du test dépend du gène ciblé et des amorces,

Performance du test
Résultat d’une PCR
• le témoin positif est positif qui sont dites universelles, puisque capables d’amplifier
• le témoin négatif est négatif
• le témoin d’inhibition n’est pas inhibé
une zone très conservée. Malgré ce haut degré de conser-
vation, certaines espèces, dont le gène ribosomal est très

systèmes à large spectre n’amplifient pas les Chlamydia).

divergent, ne peuvent pas être amplifiées (la plupart des

La sensibilité de la PCR à large spectre est souvent moin-

OUI, NON,
fiable anomalie
dre que celle d’une PCR spécifique, en raison de l’utilisation
Résultat négatif Résultat positif d’amorces dégénérées (bases remplacées par une inosine
ou mélange d’amorces), de la longueur de l’amplicon (500
à 800 pb afin de pouvoir séquencer une zone discriminante),
Probabilité prétest Probabilité prétest ainsi que de la technique de détection (la visualisation sur
basse élevée
gel est moins sensible que la détection par laser d’une
sonde fluorescente du système TaqMan). Pour pallier à ce
Oui Non Oui Non manque de sensibilité, une méthode de PCR eubactérienne
basée sur la technique TaqMan est en développement
dans notre laboratoire.
Vrai négatif ? Vrai positif ?
Au vu de cette faible sensibilité lorsqu’un germe précis
est suspecté, une PCR spécifique devrait être demandée
Est-ce qu’une deuxième analyse (culture, sérologie, antigénémie) à la place ou en plus de la PCR eubactérienne. De plus du
confirme le résultat ? fait de cette faible sensibilité, de la complexité du test et
Quel est le résultat d’une deuxième PCR ciblant une autre cible ?
Quel est le résultat de la PCR effectuée après une deuxième extraction ? du risque de faux positifs dus aux contaminations, une PCR
Est-ce un germe classiquement contaminant ? à large spectre ne devrait être demandée que lors d’une
infection hautement probable à germe indéterminé, lors-
Figure 4. Algorithme pour l’interprétation d’un résul-
qu’un prélèvement physiologiquement stérile est dispo-
tat de PCR
nible et lors d’échec des autres approches diagnostiques
(Adapté d’après réf. 9). (cultures stériles).
En premier, il est nécessaire de s’assurer que le test est valide sur un plan
analytique (témoins). En cas d’anomalie, la PCR sera refaite. Lorsque le
Interprétation clinique
résultat est fiable et négatif, mais que la probabilité prétest est élevée, il est
nécessaire que d’autres résultats corroborent la négativité du test. Lorsque Outre une démarche identique à celle décrite pour in-
le résultat est fiable et positif, mais que la probabilité prétest est faible, il est terpréter les PCR spécifiques, il est essentiel de confron-
souhaitable que d’autres résultats corroborent la positivité du test. Dans ces ter le résultat à la présentation clinique et d’essayer de
deux situations, des PCR supplémentaires devraient être refaites à partir
d’un nouvel aliquot de l’échantillon (autre extraction d’ADN) ou sur un
le confirmer par un autre test s’il est disponible (par
autre échantillon. Une PCR ciblant un autre gène, mais capable de détecter exemple : une sérologie ou une PCR spécifique). Dans
le même agent infectieux, peut être également effectuée. Pour les PCR à une série de 64 valves provenant de patients avec endo-
large spectre, en fonction du germe identifié, la validité du résultat sera plus cardites et pour lesquelles une PCR eubactérienne était
ou moins grande. En effet, certaines bactéries comme Sphingomonas sont
des classiques contaminants des réactifs de PCR. positive, 58 (90%) avaient un résultat positif confirmé par
la positivité d’une sérologie, d’une culture de valve ou

936 Revue Médicale Suisse – [Link] – 11 avril 2007 Revue Médicale Suisse – [Link] – 11 avril 2007 0
 Tableau 3. Questions à se poser avant de demander une analyse de PCR, car nécessaire à la bonne conduite de
l’analyse et à l’interprétation du résultat

Au niveau préanalytique
Est-ce la méthode de choix ? Oui, puisque la sérologie n’apporte qu’une réponse rétrospective (à la phase de
convalescence)*
Quel est le prix du test ? 170 points OFAS soit CHF 158.–*
Prélèvements habituels Prélèvements respiratoires (expectorations)*
Quels autres prélèvements sont adéquats ? Frottis nasopharyngé, aspiration nasopharyngée en cas de toux non productive*
Quelle quantité de prélèvement est nécessaire ? 500 µl au minimum*
Faut-il un milieu de transport ? Non, les sécrétions peuvent être mises simplement dans un récipient stérile. Pour le frottis
nasopharyngé, un écouvillon sec convient très bien*
Dans quel délai faut-il acheminer les prélèvements ? Envoyer les prélèvements au laboratoire dans les 24 heures. En cas de délai,
Comment les conserver dans l’intervalle (par ex. : nuit) ? conserver à 4°C*
Au niveau analytique
Quelle est la sensibilité analytique du test ? Détecte la présence d’une copie (une seule molécule d’ADN) par réaction de 5 µl ce qui
correspond à 100 copies/ml de sécrétions respiratoires(4)*
Quelle est la spécificité du test ? Elevée, proche de 100%*
Une quantification du germe est-elle nécessaire Non, dans le cas de Mycoplasma pneumoniae
pour l’interprétation ? Cependant, dans le cadre de certaines infections virales comme Cytomégalovirus,
Epstein-Barr virus, une PCR positive n’est pas synonyme de maladie et les PCR quantitatives
permettent de définir des seuils ou d’observer la cinétique de la charge virale
Puis-je suivre l’évolution de la maladie après initiation L’ADN bactérien reste détectable pendant une période parfois prolongée, même lorsqu’il ne
du traitement ? reste plus de bactéries viables après un traitement bien conduit. Les PCR quantitatives du
type TaqMan donnent une notion quantitative qui peut être utile pour suivre l’évolution de la
maladie

* La réponse à ces questions est fonction de l’agent infectieux recherché et de la présentation clinique. A cet égard, le dialogue entre le clinicien et le micro-
biologiste est primordial. Dans ce tableau, les réponses sont fournies à titre d’exemple pour le diagnostic des infections respiratoires basses dues à
Mycoplasma pneumoniae.

d’une hémoculture. Les six PCR restant ont pu toutes liers, ou PCR effectuées sur des échantillons inhabituels
être confirmées par une PCR spécifique pour le germe pour l’agent en question) devrait faire idéalement l’objet
identifié et ciblant un autre gène.9 d’un contact téléphonique préalable.

CONCLUSIONS Implications pratiques

Pour interpréter le résultat d’une PCR, il est essentiel
> Les PCR permettent la détection d’agents infectieux qui pous-
que les cliniciens et les microbiologistes partagent leurs sent difficilement sur les milieux conventionnels et après trai-
expériences, afin que les niveaux analytiques et cliniques tement antibiotique
d’interprétation puissent être combinés. Pour des con-
traintes de temps, et vu le nombre d’analyses de biologie > Les PCR à large spectre ne peuvent être effectuées qu’à par-
moléculaire effectuées dans un laboratoire comme le tir de prélèvements physiologiquement stériles
nôtre (쏜 10 000 analyses en 2006), il est extrêmement utile
> Les PCR doivent être interprétées aux niveaux analytiques et
que les données cliniques accompagnent les demandes cliniques. Il est donc essentiel que les microbiologistes et les
d’examens. De plus, toute demande d’analyse particulière cliniciens discutent ensemble de tout résultat particulier
(large spectre, PCR pour la recherche de germes particu-

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