République du Cameroun Republic of Cameroon

Paix-Travail-Patrie Peace-Work-Fatherland
Ministère des enseignements supérieurs Ministry of higher education
Université de Douala The University of Douala
Faculté des sciences Faculty of sciences
Département de BIOCHIMIE Departement of BIOCHEMISTRY

MASTER 2

Noms et prénoms des matricules filière

participants
MOMO TCHOFFO Vannick J. 17S89425 BMC
SANDJO NTENFA Manuella I. 19S33700 BMC
EBOA Laetitia Pascale 23S29063 BCC
NGOUNOU Ange Judith 19S33974

Sous la coordination de : Pr TAMGUE O.

 Plan du devoir

INTRODUCTION

I- PLATEFORMES DE TRANSCRIPTOMIQUE UTILISÉES DANS LA RECHERCHE

DE VACCINS
II- PLATEFORMES ET PROTOCOLES UTILISES DANS LES RECHERCHES
VACCINALES

1- CAS DU VIH/SIDA

2- CAS DE LA TUBERCULOSE
3- CAS DU PALUDISME
4- CAS DE LA LISTÉRIOSE

5- CAS DE LA SCHISTOSOMIASE

6- CAS DE LA TRYPANOSOMIASE

CONCLUSION

REFERENCES
 INTRODUCTION
La biologie moléculaire s’est depuis plusieurs années consacrée à la compréhension des mécanismes
biologiques et fonctionnels se déroulant dans une cellule et des acteurs qui y sont associés. Les organismes
étant très complexes et différents dans leur fonctionnement les uns des autres, l’on a dû scindé la biologie
moléculaire en plusieurs disciplines étudiant chacune une partie des acteurs impliqués dans les processus
biologiques et les mécanismes fonctionnels d’une cellule. Ainsi, LA GENOMIQUE est la branche qui se
penche sur l’étude du genome, sa constitution, son organisation et son fonctionnement, la
TRANSCRIPTOMIQUE elle, s’intéresse à l’étude de l’ensemble des ARN produits dans une cellule, la
PROTEOMIQUE, étudie toutes les protéines issues du processus de traduction, et la METABOLOMIQUE
qui s’intéresse à tous les acteurs impliqués dans les réactions de métabolisme cellulaire. La
TRANSCRIPTOMIQUE s’avère ainsi être une discipline clé car celle-ci se penche sur l’étude des ARN totaux
d’une cellule, véritable point de passage du code génétique aux protéines fonctionnelles.

La TRANSCRIPTOMIQUE est donc cette branche de la biologie moléculaire qui se penche sur l’étude
de l’ensemble des ARN produits dans une cellule. De par sa définition, l’on se rend donc compte que ses
applications sont variées et rentrent dans tous les domaines scientifiques notamment celui de la recherche de
vaccins contre des maladies. Le cas particulier de notre contexte socioéconomique nous interpelle ici en ce
sens où, la recherche de vaccins contre les maladies tropicales négligées (NTDs) s’avère aujourd’hui être d’une
importance capitale. Pour la recherche de vaccins, les biologistes auront donc recours à plusieurs plateformes
de TRANCRIPTOMIQUE et a des protocoles tout aussi variés leur permettant d’atteindre leur but. Nous nous
pencherons donc préférentiellement sur les plateformes et protocoles utilisés pour les recherches vaccinales
concernant sept maladies dont certaines sont des NTDs, notamment le VIH/SIDA, la tuberculose, le
paludisme, la listériose, la schistosomiase, la lèpre, et la trypanosomiase.
 I- PLATEFORMES DE TRANSCRIPTOMIQUE UTILISÉES
DANS LA RECHERCHE DE VACCINS
Dans la recherche de vaccins, les plateformes de transcriptomique utilisées sont nombreuses et variées. Ce
sont des outils et techniques de manipulation de l’ARN. Dans le cadre de la recherche de vaccins contre
certaines pathologies, ces techniques sont utiles pour analyser le degré d’expression de certains gènes d’intérêt,
multiplier des séquences d’ARN ou encore les séquencer tout simplement. L’utilisation d’une plateforme
prendra donc en compte la nature de l’agent pathogène, le matériel génétique ciblé, ou encore la protéine
d’intérêt pour la conception du vaccin. Il existe donc plusieurs plateformes de transcriptomique qui sont
utilisées dans la recherche vaccinale notamment :

 Les puces à ADN : c’est un ensemble de molécules d’ADN fixées en rangées ordonnées sur une
surface permettant d’analyser le niveau d’expression des gènes dans une cellule, un tissu, un organe,
un organisme ou encore un mélange complexe à un moment donné et dans un état donné par rapport à
un échantillon de référence. Le principe de ces puces à ADN repose sur la propriété que possède l’ADN
simple brin dénaturé de s’hybrider spontanément lorsqu’il est en présence d’un brin complémentaire.
Ces puces sont utilisées pour mesurer et détecter les ARN qui seront traduits ou non en protéine. Ainsi,
on appellera sonde le fragment d’ADN synthétique fixé de façon covalente à la surface de la biopuce
et cible l’ARNm que l’on cherche à identifier ou à quantifier.

 La RT-PCR : encore appelée la réaction en chaine par polymérase a transcription inverse, c’est
une variante de la PCR classique. C’est une technique de laboratoire couramment utilisée pour générer
un grand nombre de copies de l’ADN par un processus appelé amplification. Dans le cas particulier de
la RT-PCR, un brin ou une bande d’ARN est retro-transcrit en ADN complémentaire à l’aide d’une
enzyme (la transcriptase inverse) et le résultat est amplifié par la PCR traditionnelle.

 Le RNA-Seq : encore appelée séquençage aléatoire du transcriptome entier, c’est une technique
qui utilise les méthodes moléculaires dites de nouvelle génération telle que le Shotgun sequencing afin
de séquencer les différents ARN (préférentiellement ceux polyadenylés) extraits d’un échantillon. Ces
ARN extraits pourront ensuite être convertis en ADN complémentaire afin de créer une librairie de
séquençage. Cette technique permet d’évaluer l’abondance des transcrits de chaque gènes (le nombre
de fois qu’un même transcrit a été séquencé et ainsi de déterminer l’expression relative des gènes dans
une condition physiologique de référence.

 Le séquençage unicellulaire de l’ARN : cette technique examine le niveau d’expression

génique de cellules individuelles dans une population donnée en mesurant simultanément la
concentration d’ARN de milliers de gènes. Elle permet de démêler des populations cellulaires
hétérogènes, de reconstruire les voies de développement cellulaire et de modéliser la dynamique
transcriptionnelle, chose qui est impossible à faire avec le séquençage massif de l’ARN vu plus haut.
 Ces différentes plateformes sont donc utilisées de diverses manières et chacune suivant un protocole bien
précis dans la recherche de vaccins contre plusieurs maladies infectieuses.

II- PLATEFORMES ET PROTOCOLES UTILISES DANS LES

RECHERCHES VACCINALES
La recherche de vaccin a connu depuis de nombreuses années une avancée spectaculaire et des succès
retentissants. La technologie vaccinale se base essentiellement sur la mémoire immunitaire acquise après
exposition a un antigène. En effet, après une première exposition a un antigène, une partie des lymphocytes
CD4+ du système immunitaire ayant neutralisé l’antigène se constitueront en lymphocytes mémoires afin
d’induire une réponse spécifique beaucoup plus rapide et plus ciblée en cas d’une seconde infection par le
même antigène. C’est sur ce principe donc que depuis de nombreuses années, sont formulés des vaccins basés
soit sur une protéine portée par un agent infectieux spécifique, soit sur des agents infectieux atténués. Pour ce
faire, plusieurs plateformes de transcriptomique sont aujourd’hui utilisées, chacune ayant un protocole bien
défini.

1) Dans le cas du VIH/SIDA

Le VIH (Virus de l'Immunodéficience Humaine) est un virus à ARN appartenant à la famille des rétrovirus.
Il est le virus responsable du Syndrome d'Immunodéficience Acquise (SIDA), une maladie qui affaiblit
progressivement le système immunitaire de l'organisme.

Le VIH infecte principalement les lymphocytes T CD4, qui sont des cellules clés du système immunitaire.
Une fois à l'intérieur de la cellule hôte, le virus utilise son enzyme inverse transcriptase pour transformer son
ARN en ADN, qui est ensuite intégré dans le génome de la cellule. Le virus peut alors se répliquer en utilisant
les machineries de la cellule infectée.

Plusieurs plateformes de transcriptomique sont utilisées dans la recherche de vaccins contre le VIH/sida.
Ces plateformes de transcriptomique permettent aux chercheurs de mieux comprendre les mécanismes
immunitaires en jeu lors de l'infection par le VIH, et ainsi de développer de nouveaux vaccins prometteurs
contre cette maladie. Ce sont :

 RNA sequencing (RNA-Seq) : Cette technologie permet de séquencer l'ARN messager pour
quantifier l'expression génique et identifier les gènes d'intérêt impliqués dans la réponse
immunitaire contre le VIH.
  Microarrays : Les puces à ADN permettent de mesurer de manière simultanée l'expression de
milliers de gènes, ce qui est utile pour étudier les modifications de l'expression génique en réponse
à une infection par le VIH.
 qPCR (quantitative polymérase Chain reaction) : Cette technique est utilisée pour quantifier
l'expression de gènes spécifiques impliqués dans la réponse immune au VIH.
Les plateformes utilisées lors d’une étude publiée en 2004 était les biopuces à ADN et la RT-PCR. Le but
de cette étude était d’analyser les interactions entre le VIH de type 1 et les lymphocytes T CD4+ primaire.
Pour ce faire, L’on a préalablement construit un virus rapporteur permettant l’isolation de cellules infectées.
Ce virus a été utilisé pour quantifier le profil transcriptomique des LT CD4+ infectés à l’aide de puces à ADN
de dernière génération. Les puces à ADN contenaient des sondes dirigées vers chaque exon connu, ce qui leur
a permis de détecter des changements au niveau de l’épissage alternatif de certains gènes. Pour confirmer les
résultats obtenus par les biopuces à ADN, l’on a fait ensuite une qRT-PCR

- Puces à ADN : l’ARN a été extrait des échantillons de lymphocytes préalablement exposés au virus à
l’aide du kit RNAeasy mini kit (QIAGEN) puis dose au spectrophotomètre à 260 nm. On a ensuite
reconverti cet ARN en ADNc grâce au kit Invitrogen et on l’a purifié par phénol/chloroforme à l’aide
du kit Phase Lock Gel. On a ensuite converti cet ADNc en ARNc qui a ensuite été fractionné en
fragments de tailles comprises entre 20 et 200 bases par chauffage à 95°C dans un tampon contenant
des cations divalents. Puis, ce cocktail a été injecté dans les puces HG-U95v2 et l’hybridation s’est
faite à 40°C après marquage a la phycoérythrine.
- RT- PCR : un microgramme d’ARN a préalablement été traité à la DNase, puis soumis à l’action de
la transcriptase inverse en présence des amorces spécifiques et des dinucléotides triphosphate. La
réaction a été incubée a 42°C pendant 1h puis diluée. L’on a ensuite rajouté dans la réaction une
polymérase thermorésistante et le cocktail est passé par 40cycles classiques de PCR comprenant : une
Dénaturation (20s à 94°C), une hybridation (20s à 55°C) et une élongation (20s à 72°C).
Dans le cas de la recherche de vaccins contre le VIH/SIDA, la RNA-Seq a été utilisée pour étudier la
réponse immunitaire des patients infectés par le virus. Les chercheurs ont pu identifier les gènes et les voies
de signalisation impliqués dans la réponse immunitaire, ainsi que les différences entre les patients qui
contrôlent naturellement l'infection et ceux qui progressent vers le SIDA.

Les résultats de ces études ont permis de mieux comprendre la réponse immunitaire contre le VIH et
d'identifier de nouvelles cibles pour le développement de vaccins et de thérapies. Par exemple, certaines études
ont montré que les patients qui contrôlent naturellement l'infection ont une réponse immunitaire plus forte et
plus diversifiée que les patients qui progressent vers le SIDA. Ces résultats ont été utilisés pour développer
des stratégies de vaccination plus efficaces contre le VIH/SIDA.
 2) Cas de la tuberculose
La tuberculose est une maladie infectieuse causée par la bactérie Mycobacterium tuberculosis. Elle affecte
principalement les poumons, mais peut également toucher d'autres parties du corps. La transmission se fait par
voie aérienne, par l'inhalation de gouttelettes contenant la bactérie.

En biologie moléculaire, la tuberculose est étudiée notamment par l'analyse du génome de la bactérie pour
mieux comprendre sa pathogénicité et développer de nouveaux traitements. Les avancées dans le séquençage
du génome ont permis d'identifier des gènes impliqués dans la résistance aux antibiotiques et dans la virulence
de la bactérie.

Voici quelques-unes des plateformes de transcriptomique utilisées dans la recherche de vaccins contre la
tuberculose :

 RNA-Seq : Cette technique de séquençage de l'ARN permet d'analyser de manière exhaustive le

transcriptome d'un échantillon biologique. Elle est largement utilisée pour étudier les réponses
immunitaires induites par des vaccins contre la tuberculose.
 Puces à ADN : Les puces à ADN sont des outils de transcriptomique qui permettent de mesurer
l'expression des gènes à grande échelle. Elles sont utilisées pour identifier les gènes qui sont activés
ou réprimés en réponse à un vaccin contre la tuberculose.
 qRT-PCR : La PCR en temps réel quantitative (qRT-PCR) est une technique de transcriptomique qui
permet de quantifier l'expression des gènes de manière précise et sensible. Elle est souvent utilisée
pour valider les résultats obtenus par d'autres techniques de transcriptomique.
Ces plateformes de transcriptomique permettent aux chercheurs d'identifier les gènes impliqués dans la
réponse immunitaire contre la tuberculose et de caractériser les mécanismes moléculaires associés à l'efficacité
des vaccins contre cette maladie. Dans un article publié en juin 2010 par exemple, l’on a appliqué la
technologie des puces à ADN pour définir les bio-signatures par analyse du transcriptome par micropuce dans
des échantillons de poumon et de rate après vaccination par le BCG et infection par M. bovis de souris BALB/c.

- Les cellules de la rate et du poumon ont été préparés de manière identique et mis en pellets puis remis
en suspension dans du trizol et conservés à 80°C.
- L’ARN a ensuite été isolé de ces cellules pour produire de l’ADNc qui a ensuite été marqué.
- Cet ADNc a ensuite été fragmenté puis hybridé dans des puces à ADN
- Apres hybridation, les micropuces ont été lavées grâce à un tampon pour récupérer l’ADNc d’intérêt

3) Cas du paludisme
Le paludisme est une maladie infectieuse causée par des parasites multiples du genre Plasmodium. Elle
est transmise à l’être humain par les piqures de moustique chez lesquels le plasmodium vit une partie de son
cycle reproductif. Les symptômes peuvent être bénins ou engager le pronostic vital, toutefois la maladie ne
peut se transmettre d’une personne à l’autre. Dans la recherche de vaccins contre le paludisme, Plusieurs
plateformes de transcriptomique sont utilisées dans la recherche de vaccins contre le paludisme telle que :

 Les Puces à ADN

Cette technique permet d’analyser les profils de l’expression génique de parasites du paludisme et des cellules
hôtes infectées.

 RNA sequencing
C’est une technique utilisée pour déterminer la séquence des acides nucléiques afin de d’étudier l’expression
génique des parasites responsable du paludisme notamment Plasmodium falciparum…

Ces techniques permettent d’analyser les profils d’expression génique des parasites du paludisme et des
cellules hôtes infectées, ce qui peut aider à comprendre les mécanismes d’infections et à identifier des cibles
potentielles pour les vaccins. L’un des protocoles utilises dans la recherche de vaccin est le suivant :

 Puces à ADN
Collecte d’échantillons, collecter les échantillons des patients infectés par le paludisme et de personne
non infectées pour étudier la réponse immunitaire.
Isolation des cellules immunitaires, isoler les cellules immunitaires du sang en utilisant des techniques
de séparation cellulaire.
Stimulation des cellules immunitaires, stimuler ces dernières avec des antigènes du paludisme ou des
vaccins expérimentaux pour induire une réponse immunitaire.
Extraction de l’ARN, extraire l’ARN des cellules stimulées à l’aide des kits d’extraction d’ARN
Préparation des échantillons pour analyser par puce à ADN, convertir l’ARN extrait en ADN
complémentaire et le marquer avec des fluorochromes pour l’analyser par puce à ADN
Hybridation sur la puce à ADN, hybrider les échantillons marqués sur une puce à ADN contenant des
sondes complémentaires à des milliers de gènes du parasite du paludisme et du système immunitaire
humain.
Analyse des données, analyser les données de l’expression génique obtenues à partir de la puce à ADN
pour identifier les gènes différemment exprimés entre les échantillons infectés, ainsi que ceux régulés
par la vaccination
Validation des résultats, valider les résultats en utilisant des techniques complémentaires telles que la
PCR quantitative ou immunofluorescence pour confirmer les changements d’expression génique
observés
Interprétation des résultats, interpréter les données pour identifier les voies biologiques impliquées
dans la réponse immunitaire au paludisme et évaluer l’efficacité des vaccins expérimentaux
• RNA sequencing

L’utilisation du RNA sequencing dans le contexte du développement de vaccins contre le paludisme

peut être très prometteuse pour identifier les antigènes candidats, comprendre les réponses immunitaires
induites par les vaccins et évaluer l’efficacité des vaccins.

Ici, nous devons collecter les échantillons de sang ou des tissus pertinents, extraire l’ARN total,
préparer les bibliothèques d’ARN, séquencer ces derniers en utilisant une plateforme de séquençage à haut
débit ensuite faire une analyse bio-informatique des données de séquençage pour identifier les gènes
différentiellement exprimés entre les échantillons pré et post vaccination.

En utilisant cette approche, les chercheurs peuvent mieux comprendre les mécanismes immunologiques
sous-jacents à la réponse vaccinale contre le paludisme et ainsi contribuer au développement de vaccins plus
efficaces.

 qPCR {quantitative Polymerase Chain Reaction}

Tout d’abord extrayez l’ARN à partir des cellules souches de Plasmodium falciparum ou des tissus infectés
par le parasite, réaliser une synthèse de l’ADNc à partir de l’ARN extrait en utilisant une enzyme de
transcription inverse ensuite, faire une conception des amorces spécifiques ciblant les gènes d’intérêt liés à la
réponse immunitaire du paludisme tels que les gènes codant pour les antigènes parasitaires ou des protéines
dans la réponse immunitaire. Préparation des réactions qPCR en mélangeant l ADNc avec les amorces
spécifiques et les réactifs PCR{ inclure des témoins négatif et positifs pour contrôler la spécificité et
l’efficacité de l’amplification, lancer ensuite les réactions de qPCR dans un thermocycleur en suivant les
paramètres de réaction appropriés et enfin analyser les données de qPCR pour comparer l’expression des gènes
d’intérêt entre différents échantillons, tels que des échantillons traités avec des vaccins expérimentaux ou des
échantillons témoins non traités. Utilisez des analyses statistiques pour interpréter les résultats.

On peut ainsi quantifier l’expression des gènes impliqués dans la réponse immunitaire au paludisme et
évaluer l’efficacité des vaccins expérimentaux en modulant la réponse, qui peut contribuer au développement
de vaccins plus efficaces contre le paludisme.

4) Cas de la listériose :
La listériose est une infection bactérienne causée par la bactérie Listeria monocytogènes. Cette bactérie
peut être présente dans différents aliments notamment les produits laitiers non pasteurisés, les viandes crues
ou peu cuites, les fromages et pâte molle.

• Puce à ADN

Ici, il faut identifier les gènes spécifiques de listeria monocytogènes qui pourraient être utilisés comme
cible de détection ensuite concevoir des sondes d’ADN complémentaires à ces gènes pour être utilisées dans
la puce et enfin tester la spécificité et la sensibilité des sondes d’ADN sur des échantillons connus de listeria
monocytogènes ;identifier les antigènes de listeria qui pourraient induire une réponse immunitaire protectrice
ensuite concevoir un vaccin contenant ces antigènes, éventuellement sous forme de protéines recombinantes
ou de vecteurs viraux et enfin tester l’efficacité du vaccin sur des modèles animaux pour évaluer la réponse
immunitaire induite et la protection contre l’infection.

Réaliser des études cliniques pour évaluer l’efficacité du vaccin chez les humains et surveiller les effets
indésirables éventuels

• RNA sequencing

C’est une technique puissante pour analyser l’expression des gènes à l’échelle de transcriptome.
Dans ce contexte, le RNA sequencing peut être utilisée pour étudier la réponse immunitaire induite par
l’infection et pour identifier les cibles potentielles pour le développement de vaccins. Pour ce faire, l’on passe
par ces étapes :

Infection des cellules ou des animaux avec listeria monocytogènes pour induire une réponse
immunitaire.
Collecte d’échantillons de tissus ou de cellules à différents moments après l’infection.
Extraction de l’ARN total des échantillons
Préparation des bibliothèques d’ARN sur une plateforme de séquençage à haut débit
Analyse bio-informatique des données de séquençage pour identifier les gènes différemment exprimés
en réponse à l’infection par listeria
Validation des gènes candidats par les techniques expérimentales telles que l’immunohistochimie
Sélection des antigènes potentiels pour le développement de vaccins contre la listériose.

• qPCR {quantitative Polymerase Chain Reaction}

C’est une technique utilisée pour quantifier l’expression des gènes de manière précise et sensible. Dans le
contexte de développement de vaccins contre la listériose, la qPCR peut être utilisée pour valider les résultats
du RNA sequencing en mesurant l’expression des gènes candidats.

Conception des amorces spécifiques pour les gènes candidats identifiés par RNA sequencing.
Extraction de l’ARN total des échantillons de tissus ou de cellules.
Synthèse de l’ADNc à partir de l’ARN total.
Réalisation des réactions de qPCR avec les amorces spécifiques pour quantifier l’expression des gènes
candidats.
Analyse des données de qPCR pour les échantillons infectés par listeria et les échantillons témoins non
infectés.
Validation des résultats de qPCR par des analyses statistiques appropriées.
 5) Cas de la schistosomiase
La schistosomiase est une maladie aigue et chronique provoquée par des trématodes parasites du sang du
genre Schistosoma. L’infection chez l’être humain se fait lorsque les larves du parasite, libérées par les
gastéropodes d’eau douce, pénètrent dans la peau lors d’un contact avec de l’eau infestée. Dans l’organisme,
les larves se développent et passent au stade adulte. Les vers adultes vivent dans les vaisseaux sanguins ou les
femelles pondent leurs œufs. Certains des œufs, évacués dans les selles ou l’urine, iront infecter d’autres
organismes, tandis que les autres sont piégés dans les tissus causant des réactions immunitaires et des lésions
organiques.

La recherche de vaccins contre cette pathologie fait intervenir plusieurs plateformes de transcriptomique
notamment :

 La RT-PCR : c’est une technique d’amplification de l’ADN après retro transcription d’un ARN. Dans
le cadre de la schistosomiase, des ARN messagers codant pour les chaines légères de la dynéine
(protéine portée par le pathogène et nécessaire à sa survie) ont été amplifiés après retro transcription,
puis, ceux-ci ont été clonés afin d’être introduits dans une bactérie du genre E. coli qui a servi de
transporteur plasmidique pour pouvoir induire une réponse immunitaire spécifique contre ces gènes-
là chez l’individu hôte.
 Le RNA-seq : c’est une technique de nouvelle génération permettant de séquencer non plus l’ADN
mais l’ARN. Cette technique a été utilisée dans le cadre de la recherche vaccinale contre la
schistosomiase pour séquencer les différents ARN codant pour les chaines légères de la dynéine avant
leur amplification par RT-PCR comme décrite plus haut.
Les différentes techniques ici décrites ont permis en 2014 dans une étude de fabriquer un vaccin potentiel
contre la schistosomiase en se basant sur les chaines légères de dynéine, avec une di munition de la charge
parasitaire allant jusqu’à 51% par rapport aux non vaccines.

6) Cas de la trypanosomiase
La trypanosomiase humaine africaine également connue sous le nom de maladie du sommeil, c’est une
parasitose à transmission vectorielle. Causée par des parasites protozoaires du genre Trypanosoma, elle est
transmise à l’homme par des piqures de mouches tsé-tsé infectées à partir d’êtres humains ou animaux porteurs
du pathogène. Elle est endémique en Afrique subsaharienne et potentiellement mortelle.

La recherche vaccinale sur la trypanosomiase fait intervenir plusieurs plateformes de transcriptomique. Dans
le cadre d’une étude publiée en 2021, ou l’on a effectué le profilage du transcriptome unicellulaire des
trypanosomes, la technique utilisée était :

Single cell RNA sequencing ou le séquençage de l’ARN unicellulaire : des homogénats de cellules de
rate ont été préparés à trois moments différents. Après la lyse des globules rouges, le séquençage a été
réalisé sur une plateforme NovaSeq6000 en utilisant les amorces TruSeq Illumina. La matrice de
 données de chaque cellule a été analysée à l’aide des pipelines Cell Ranger et les données recueillies
ont ensuite été analysées.
Une autre étude fait usage d’une autre technique : la RT-PCR pour produire un vaccin efficace contre cette
pathologie. Certaines espèces de trypanosomes possèdent une cystéine protéase appelle cruzipaïne qui joue
un rôle clé dans le développement intracellulaire des amastigotes. Dans cette étude, le gène codant pour la
cruzipaïne a été séquencé, puis converti en ADNc avant d’être amplifié par PCR pour enfin être introduit
dans une bactérie (Salmonella) à laquelle on a inséré un plasmide codant pour le gène de la cruzipaïne.
Cette bactérie une fois introduites dans l’organisme des souris, elle a permis de les immuniser.
 CONCLUSION
La transcriptomique est aujourd’hui devenue la science incontournable pour comprendre, diagnostiquer et
trouver des médicaments et vaccins contre certaines pathologies infectieuses. Avec ses techniques variées et
précises basées sur l’ARN, ciblant directement des modèles moléculaires d’intérêt, elle est d’une importance
capitale dans la formulation de vaccin et pourrait à long terme permettre de trouver des vaccins contre des
maladies encore incurables à ce jour. Les plateformes telles que la PCR et ses sous types, le séquençage de
l’ARN total ou unicellulaire, les biopuces à ADN constituent de véritables outils pouvant s’adapter aux
différents protocoles mis en jeu pour la recherche de vaccins contre les maladies infectieuses. Toutefois, les
applications de la transcriptomique ne se résument pas simplement à la recherche de vaccins contre les
maladies, elle permettrait aussi de mieux comprendre, voire guérir des cancers.
 REFERENCES
Cours de BMC 519 partie transcriptomique par le Pr TAMGUE O.
Soares, Edson Luiz Gustavo & Brandão, Lucy. (2014). VIH et Sida.
Li H, Bar KJ, Wang S, et al. High-dimensional analysis reveals a distinct systemic immune signature
of persistent HIV-1 control. J Clin Invest. 2012;122(5):1636-1646.
Kwong PD, Mascola JR. HIV-1 Vaccines Based on Antibody Identification, B cell Ontogeny, and
Immune Focus. Immunity. 2018;48(5):855-871
Xu, Y., Zhou, Y., Grunewald, K., Kalinkiey, A., & Filiba, B. (2018). RNA-seq deconvolution of gene
expression in cells infected by HIV. PLoS ONE, 13(9), e0200454.
[Link]
Johnston RE, Walker BD. Influence of HLA class I molecules on HIV-1. HIV Molecular Immunology
Database. Los Alamos National Laboratory. 2002.
Coovadia H et al. "Safety and immunogenicity of the HVTN 204 DNA vaccine prime - Ad35 vaccine
boost regimen for inducing HIV-1-specific T-cell responses." Vaccine. 2014.
Gray GE et al. "Safety and immunogenicity of the HVTN 503/Phambili Study of a clade-B-based
HIV-1 vaccine in South Africa: a double-blind, randomised, placebo-controlled test-of-concept phase
2b study." Lancet Infect Dis. 2014.
Behr, M. A., Divangahi, M., Schurr, E. (2018). Immunity against Tuberculosis. Cold Spring Harbor
Perspectives in Medicine, 9(1), a031662. doi: 10.1101/cshperspect.a031662
Berry et al. (2010). Global gene expression profiling of monocyte-derived macrophages from red-
haired donors. Journal of Immunology, 185(6), 4015-4027.
Achkar et al. (2011). Transcriptomic analysis of Mycobacterium tuberculosis-infected monocytes
reveals specific and novel immune pathways. PLoS One, 6(4), e25866.
Kaushal D, Foreman TW, Gautam US, et al. Mucosal vaccination with attenuated Mycobacterium
tuberculosis induces strong central memory responses and protects against tuberculosis. Nat Commun.
2015;6:8533. doi:10.1038/ncomms9533
Khader SA, Gaffen SL, Kolls JK. Th17 cells at the crossroads of innate and adaptive immunity against
infectious diseases at the mucosa. Mucosal Immunol. 2009;2(5):403-411. doi:10.1038/mi.2009.100.
otto TD, wilinskinD, Assefa S, et al new insights into the blood stage transcriptome of plasmodium
falciparum
westenberger SJ, Cui L, Dharia N, et al
Tran TM, et al transcriptomic evidence for modulation of host inflammatory responses during febrile
plasmodium falciparum
Villasis E, et al
Balasubramanian, S., Panigrahi, S. jaiswal, A. K. Singh 2018 quantitative PCR a tool for early
detection of listeria monocytogene in food