Introduction à l'ECBU

L’ECBU est un examen microbiologique clé pour diagnostiquer les infections urinaires (IU), l’une des
infections les plus fréquentes. Il permet de détecter, quantifier et identifier les bactéries dans l’urine, ainsi
que d’évaluer la sensibilité aux antibiotiques.

Tableau récapitulatif : Objectifs de l’ECBU

Objectif Description

Détection bactérienne Identifier la présence de bactéries (bactériurie).

Quantification Mesurer la leucocyturie et les éléments anormaux (hématies, cristaux, etc.).

Identification Identifier les espèces bactériennes responsables.

Sensibilité Tester la sensibilité des bactéries aux antibiotiques.

2. Physiopathologie des infections urinaires

L’urine est normalement stérile, sauf dans l’urètre distal, colonisé par des bactéries. Les infections urinaires
peuvent survenir par plusieurs voies.

Tableau récapitulatif : Voies d’infection urinaire

Voie Description Fréquence Exemples de germes

Ascendante Bactéries digestives, cutanées ou génitales Très Escherichia coli, Proteus
remontent de l’urètre vers la vessie, les uretères, fréquente mirabilis
le rein ou la prostate.

Hématogène Bactéries véhiculées par le sang (bactériémie). Très rare Staphylococcus aureus,
Salmonella, Candida

Iatrogène Introduites par des interventions médicales Rare Variable selon la

(sondes, chirurgies). procédure

Facteurs favorisants

 Bactéries : Présence de facteurs de virulence (adhésines, uréase, sidérophores).

 Femmes : Urètre court, facilitant l’accès des bactéries à la vessie.

3. Espèces bactériennes responsables

Les bactéries impliquées dans les IU varient selon le contexte (communauté ou hospitalier).

Tableau récapitulatif : Principales bactéries des IU

 Type de Famille Espèce Fréquence Fréquence
bactérie communautaire hospitalière
Bacilles Gram Enterobactéries Escherichia coli +++++++ +++++
négatifs Proteus mirabilis ++ ++
Klebsiella sp. + ++
Autres entérobactéries + +
Pseudomonaceae Pseudomonas + ++
aeruginosa
Cocci Gram Streptococcaceae Enterococcus faecalis, + ++
positifs E. faecium
Streptococcus + +
agalactiae (SGB)
Staphylococcus Staphylococcus + +
saprophyticus
Staphylococcus aureus + +

4. Types d’infections urinaires

4.1 Cystite

 Symptômes : Pollakiurie, brûlures mictionnelles, absence de fièvre, pas de douleurs lombaires.

 Caractéristiques : Infection localisée à la vessie, souvent bénigne.

4.2 Pyélonéphrite aiguë

 Symptômes : Fièvre ≥ 38,5°C, douleurs lombaires/abdominales, signes de cystite.

 Complications possibles : Septicémie, choc septique, localisations secondaires.

4.3 IU masculines

 Caractéristiques : Symptômes très hétérogènes, de peu symptomatiques à un choc septique.

Tableau récapitulatif : Types d’IU

Type Symptômes Complications

Cystite Pollakiurie, brûlures mictionnelles, absence de Rarement grave
fièvre

Pyélonéphrite Fièvre, douleurs lombaires/abdominales, signes Septicémie, choc septique

de cystite

IU masculine Très variables (asymptomatique à choc septique) Anomalies anatomiques sous-jacentes

fréquentes

4.4 IU simples vs IU à risque de complication

 IU simples : Chez patients sans facteurs de risque.

 IU à risque : Présence d’au moins un facteur de risque.

Tableau récapitulatif : Facteurs de risque des IU compliquées

 Facteur Description
Anomalies urinaires Résidu vésical, reflux, lithiase, tumeur, acte récent

Sexe masculin Anomalies anatomiques/fonctionnelles fréquentes

Grossesse Risque pour la mère et le fœtus

Âge avancé > 65 ans avec fragilité ou > 75 ans

Immunodépression Grave (ex. : VIH, chimiothérapie)

Insuffisance rénale Chronique sévère

5. Outils diagnostiques : Bandelettes urinaires et ECBU

5.1 Bandelettes urinaires

 Prélèvement : 2e jet urinaire, récipient propre (non stérile), pas de toilette préalable nécessaire.
 Lecture : Après 1-2 min à température ambiante, respecter les conditions de conservation.
 Intérêt : Résultat rapide, limite le nombre d’ECBU si négatif.
 Limites : Résultats probabilistes, sensibilité/spécificité variables.

Tableau récapitulatif : Bandelettes urinaires (leucocytes et nitrites)

Paramètre Sensibilité Spécificité Faux positifs Faux négatifs

Leucocytes Relativement - Contamination vaginale, Infection précoce,
sensible inflammation non infectieuse neutropénie, glycosurie,
(sonde) antibiotiques

Nitrites Très spécifique - Très rares -

5.2 ECBU : Conditions de prélèvement

 Objectif : Éviter la contamination par les bactéries commensales (urètre, peau, vagin).
 Conditions générales :
o 1ères urines du matin (ou après 4h sans miction).
o Pas d’antibiotiques récents.
o Toilette génitale soigneuse (savon/antiseptique, rinçage à l’eau).
o Urine de milieu de jet (20 mL dans récipient stérile).

Schéma récapitulatif : Étapes du prélèvement ECBU

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1. Lavage des mains (savon).
2. Toilette génitale (savon/antiseptique, rinçage).
3. Ouvrir récipient stérile (sans toucher bords internes).
4. Recueillir urine de milieu de jet (~20 mL).
5. Refermer récipient sans contamination.
Cas particuliers

Population Méthode de prélèvement

Nourrisson Sac collecteur après nettoyage périnéal (max. 30 min).
Sujet sondé Clamper sonde 10 min, désinfecter, ponctionner avec seringue, transvaser dans
tube stérile.
Ponction sus- Aseptique, directement dans la vessie (rare, excellente qualité bactériologique).
pubienne

Transport et conservation

 Idéal : Ensemencement < 2h à température ambiante.

 Alternatives :
o Conservation à +4°C (max. 24h, leucocytes altérés après 12h).
o Tubes avec stabilisateur (acide borique) : conservation 48h à température ambiante.

6. Examens de l’ECBU
6.1 Examen macroscopique

 Urine normale : Jaune, limpide.

 Observations :
o Trouble : Souvent infection bactérienne (ou cristaux).
o Couleur anormale : Rose/rouge = suspicion hématurie (ou médicaments comme rifampicine).
o Urines limpides : Infectées dans seulement 5 % des cas.

6.2 Examen cytologique

 Éléments recherchés :
o Leucocytes (leucocyturie).
o Hématies (hématurie).
o Cellules épithéliales, cylindres, cristaux.
 Techniques :
o Cellule de Malassez (manuelle).
o Système Kova® slide (usage unique).
o Automates de cytologie (cytométrie en flux, analyse vidéo).

Tableau récapitulatif : Éléments cytologiques

Élément Seuil normal Seuil pathologique Signification

Leucocytes < 10^4/mL ≥ 10^4/mL Réaction inflammatoire (IU). Non
fiable si sonde/vessie neurologique.
Hématies < 10^3/mL > 10^4/mL Anormale, peut indiquer IU, lithiase,
tumeur.
Cellules Peu Nombreuses Exfoliation anormale (pathologie) ou
épithéliales nombreuses contamination vaginale.
Cylindres Rares Nombreux (hyalins, Néphrite grave (sauf hyalins en faible
(hyalins) leucocytaires, hématiques, nombre).
granuleux)
Cristaux Rares Nombreux Observés à l’état frais, peuvent
troubler l’urine.
Schéma récapitulatif : Cellule de Malassez

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- Grille : 10x10 rectangles (0,25 mm x 0,2 mm, profondeur 0,2 mm).
- Volume : 1 mm³ = 1 µL.
- Technique :
1. Homogénéiser urine.
2. Remplir puits.
3. Observer à x400.
4. Compter leucocytes (résultat en /mL).
- Urine concentrée : Compter 1 rectangle.
- Urine diluée : Compter cellule entière.

7. Examen bactériologique
7.1 Examen microscopique

 Objectif : Détecter bactéries/levures simultanément à la leucocyturie.

 Techniques :
o Coloration de Gram : Peu sensible, peu pratique.
o Coloration Ziehl-Neelsen : Si suspicion de mycobactéries.
o Observation des levures : Ensemencer milieux adaptés (Sabouraud, chromogénique).

7.2 Mise en culture

 Objectifs :
o Dénombrer bactéries (bactériurie).
o Identifier espèces.
o Tester sensibilité aux antibiotiques.
 Milieux :
o Non sélectifs : BCP (BromoCresol Purple), CLED (Cystine Lactose Electrolyte Deficient).
o Sélectifs : MacConkey (Gram négatifs), gélose au sang (Gram positifs).
o Chromogènes : Identification rapide (E. coli, Enterococcus, Proteus).

Tableau récapitulatif : Milieux chromogènes

Bactérie Enzyme CPS3 (couleur) URISELECT 4 (couleur)

E. coli β-glucuronidase, β-galactosidase Rose à bordeaux Rose
Enterococcus β-glucosidase Bleu turquoise Bleu turquoise

Proteus mirabilis TDA Vert à brun vert Bleu-violet

KESC β-galactosidase, β-glucosidase Vert à brun vert Bleu-violet

Schéma récapitulatif : Ensemencement à l’anse calibrée

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1. Déposer 10 µL d’urine homogénéisée (anse calibrée).
2. Étaler en stries perpendiculaires sur gélose.
3. Incuber 18-24h à 37°C (48h si germes lents).
4. Compter colonies (UFC/mL).

8. Interprétation des résultats

L’interprétation repose sur :

 Leucocyturie (≥ 10^4/mL = inflammation).

 Bactériurie (seuils variables selon bactérie/sexe).
 Uropathogénicité des espèces.
 Nombre d’espèces isolées.
 Contexte clinique.

Tableau récapitulatif : Seuils de bactériurie (patients symptomatiques, leucocyturie > 10^4/mL)

Espèce Seuil (UFC/mL) Sexe

E. coli, S. saprophyticus 10^3 Homme/Femme

Autres entérobactéries, Enterococcus, P. aeruginosa, S. aureus 10^3 Homme

Colonisation urinaire (femme enceinte, asymptomatique) 10^5 Femme

9. Schéma global de l’ECBU

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Prélèvement → Examen macroscopique → Examen cytologique → Examen bactériologique
1. Macro : Couleur, trouble.
2. Cyto : Leucocytes, hématies, cylindres, cristaux.
3. Bactério : Culture (quantitative/qualitative), identification, antibiogramme.

Introduction à l’antibiogramme
L’antibiogramme est une analyse microbiologique visant à déterminer la sensibilité d’une bactérie isolée à
différents antibiotiques, pour guider le choix thérapeutique. La méthode principale abordée est la diffusion
en milieu gélosé (méthode des disques).

Tableau récapitulatif : Objectifs de l’antibiogramme

Objectif Description
 Déterminer la Évaluer si une bactérie est sensible, résistante ou sensible à forte posologie à un
sensibilité antibiotique.
Aider au traitement Fournir des données pour un choix thérapeutique adapté.
Initiative du Décision de réaliser l’antibiogramme laissée au biologiste selon le contexte.
biologiste

2. Principe de l’antibiogramme par diffusion en milieu gélosé

La méthode repose sur la compétition entre la croissance bactérienne et la diffusion d’un antibiotique à partir
d’un disque imprégné, posé sur une gélose ensemencée avec une culture pure.

 Diffusion : L’antibiotique diffuse rapidement (en quelques secondes) dans la gélose, créant un
gradient de concentration décroissant autour du disque.
 Zone d’inhibition : Après incubation (18-24h à 35±2°C), une zone circulaire sans croissance
bactérienne apparaît autour du disque si la bactérie est sensible. Plus le diamètre de cette zone est
grand, plus la bactérie est sensible.

Schéma récapitulatif : Principe de la méthode

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1. Disque imprégné d’antibiotique posé sur gélose ensemencée.
2. Diffusion de l’antibiotique (horizontalement et verticalement).
3. Incubation (18-24h, 35±2°C, aérobiose).
4. Mesure du diamètre de la zone d’inhibition.
5. Comparaison avec diamètres critiques (selon CASFM/EUCAST).

Note : La méthode ne permet pas de mesurer directement la CMI (Concentration Minimale Inhibitrice), mais
les diamètres sont corrélés à des seuils de sensibilité.

3. Milieu de culture
Le choix du milieu est crucial pour garantir des résultats fiables.

3.1 Critères de choix du milieu

 Permet la croissance de nombreuses bactéries.

 Absence d’inhibiteurs d’antibiotiques.
 Teneur contrôlée en calcium/magnésium (excès inhibe polymyxines).
 pH 7.2-7.4 (pH acide augmente activité β-lactamines, pH alcalin favorise aminosides/macrolides).
 Reproductibilité entre lots.

Milieu recommandé : Mueller-Hinton (MH) pour la majorité des bactéries non fastidieuses.

Tableau récapitulatif : Milieu pour antibiogramme

Bactéries Milieu recommandé

 Enterobacterales, Pseudomonas spp., Acinetobacter spp., Gélose Mueller-Hinton
Staphylococcus spp., Enterococcus spp., Aeromonas spp., Vibrio spp.,
Bacillus spp., etc.

Bactéries fastidieuses (ex. Streptococcus) Mueller-Hinton + sang

(non détaillé ici)

3.2 Préparation et stockage du milieu MH

 Épaisseur : 4 mm ± 0,5 mm (25 mL pour boîte 90 mm, 40 mL pour boîte 120 mm).
o 4 mm : Fausse résistance.
o < 4 mm : Fausse sensibilité.
 Conservation :
o Boîtes préparées : 4-8°C, max. 7 jours (sachet plastique scellé au-delà).
o Boîtes prêtes à l’emploi : Suivre recommandations du fabricant, utiliser avant péremption.
 Avant utilisation :
o Laisser à température ambiante (pas d’inoculation directe après réfrigération).
o Surface sèche (pas de gouttelettes d’eau, sinon bords flous ou voile dans les zones).
o Séchage si nécessaire : 15 min à l’étuve (couvercle entrouvert) ou une nuit à température
ambiante.

Tableau récapitulatif : Préparation et stockage MH

Paramètre Recommandation Conséquence si non respecté

Épaisseur 4 mm ± 0,5 mm Trop épais : fausse résistance ; trop fin :
fausse sensibilité
Température avant Ambiante Froid : résultats altérés
inoculation
Surface Sèche, sans gouttelettes Humidité : zones floues/voile
Conservation 4-8°C, max. 7 jours (sachet Dégradation du milieu
scellé)

4. Préparation de l’inoculum
L’inoculum doit être standardisé pour garantir une culture confluente et des résultats reproductibles.

Schéma récapitulatif : Préparation de l’inoculum

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1. Prélever plusieurs colonies de même morphologie (culture pure, jeune).
2. Suspendre dans solution saline avec écouvillon/anse stérile.
3. Ajuster turbidité à 0,5 McFarland (~1,5 x 10^8 UFC/mL).
4. Utiliser dans les 15 min (max. 1h).

Tableau récapitulatif : Préparation de l’inoculum

 Étape Détails Erreur à éviter
Colonies Même morphologie, culture pure Mélange d’espèces → résultats erronés
Suspension Solution saline, turbidité 0,5 McFarland Turbidité incorrecte → zones d’inhibition faussées

Délai Utilisation < 15 min (max. 1h) Croissance prématurée → fausse résistance

5. Inoculation des géloses

L’ensemencement doit être homogène pour obtenir des zones d’inhibition circulaires.

Schéma récapitulatif : Inoculation

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1. Plonger écouvillon stérile dans suspension bactérienne.
2. Éliminer excès de liquide contre paroi du tube.
3. Étaler sur gélose en 3 directions (sans espaces entre stries).
4. Recharger écouvillon entre chaque boîte si plusieurs boîtes.

Tableau récapitulatif : Inoculation

Étape Recommandation Conséquence si non respecté

Écouvillon Stérile, éliminer excès Sur-inoculation → zones réduites
Étendage 3 directions, homogène Culture non confluente → zones irrégulières
Délai < 15 min après inoculum Croissance prématurée → fausse résistance

6. Dépôt des disques d’antibiotiques

Les disques doivent être placés rapidement après inoculation pour éviter une croissance bactérienne
prématurée.

6.1 Gestion des disques

 Conservation : 2-8°C, conteneur fermé avec dessiccateur, à l’abri de la lumière.

 Avant utilisation : Laisser à température ambiante (éviter condensation).
 Validité : Ne pas utiliser de disques périmés.
 Nombre : Max. 6 disques (boîte 90 mm), 16 (boîte 120 mm) pour éviter chevauchements.
 Contact : Disques en contact étroit avec gélose, non déplaçables après dépôt (diffusion rapide).

6.2 Antibiotiques à tester (CASFM/EUCAST 2023)

 Liste standard : Amoxicilline, amoxicilline-acide clavulanique, céfépime, ceftazidime,

ciprofloxacine, ertapénème, etc.
 Liste complémentaire : Aztréonam, céfidérocol, colistine, tigécycline, etc.
  Pour Enterobacterales : TZP (pipéracilline-tazobactam), CTX (céfotaxime), CAZ (ceftazidime),
ERT (ertapénème), IMP (imipénème), ATM (aztréonam).

Tableau récapitulatif : Antibiotiques pour Enterobacterales

Antibiotique Charge (µg) Utilisation

Pipéracilline-tazobactam (TZP) 30/6 Standard
Céfotaxime (CTX) 5 Standard
Ceftazidime (CAZ) 10 Standard
Ertapénème (ERT) 10 Standard
Imipénème (IMP) 10 Standard
Aztréonam (ATM) 30 Complémentaire

Schéma récapitulatif : Dépôt des disques

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1. Laisser disques à température ambiante.
2. Déposer max. 6 (90 mm) ou 16 (120 mm) disques.
3. Assurer contact étroit avec gélose.
4. Ne pas déplacer après dépôt.
5. Incuber < 15 min après dépôt.

7. Incubation
Les boîtes doivent être incubées rapidement pour éviter une croissance prématurée.

Tableau récapitulatif : Conditions d’incubation (Enterobacterales)

Paramètre Recommandation
Température 35 ± 2°C
Atmosphère Aérobiose
Durée 20 ± 4 heures
Délai avant incubation < 15 min après dépôt des disques (max. 60 min)

Règle des 15-15-15 :

1. Utiliser inoculum < 15 min après préparation.

2. Déposer disques < 15 min après inoculation.
3. Incuber < 15 min après dépôt des disques.

8. Lecture des zones d’inhibition

Après incubation, mesurer les diamètres des zones d’inhibition pour déterminer la sensibilité.

8.1 Technique de lecture

  Position : Boîte à 30 cm des yeux, fond sombre.
 Mesure : À l’œil nu, au niveau de l’inhibition complète de la croissance.
 Résultat : Comparer aux diamètres critiques (CASFM/EUCAST).

8.2 Règles particulières

 E. coli BLSE+ : Compter colonies dans la zone d’inhibition si culture pure.

 Proteus spp. (swarming) : Ignorer voile lié au swarming, lire inhibition réelle.

Tableau récapitulatif : Lecture des zones

Situation Action
Culture confluente Mesurer diamètres
Colonies isolées Refaire test (inoculum trop faible)
E. coli BLSE+ Inclure colonies dans zone d’inhibition
Proteus (swarming) Ignorer voile, lire inhibition

8.3 Catégorisation clinique (CASFM/EUCAST)

 Sensible : Sensible à posologie standard.

 Sensible à fortes posologies : Remplace la catégorie « intermédiaire ».
 Résistant : Non sensible.

Schéma récapitulatif : Catégorisation

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Diamètre mesuré → Comparer à diamètres critiques
- ≥ Seuil haut : Sensible (S)
- Entre seuils : Sensible à fortes posologies
- ≤ Seuil bas : Résistant (R)

9. Antibiogramme automatisé
Des systèmes comme Vitek 2, Phoenix, ou Microscan permettent une analyse automatisée.

Tableau récapitulatif : Avantages et inconvénients

Avantages Inconvénients
Gain de temps Risque de panne
Standardisation Coût élevé
Reproductibilité Pas de contrôle visuel
Rapidité Perte du plaisir de la bactériologie traditionnelle
Système expert Non visualisation des interactions
Exploitation informatique Dépendance fournisseur
Performances variables selon germes

9.1 Recommandations pour Vitek 2

  Souche : Pure, jeune (18-24h).
 Inoculum :
o Gram négatifs : ~0,5 McFarland.
o Gram positifs : ~0,6 McFarland (0,55-0,63 McF).
o Germes muqueux : Suspension dense, incubation 2-3h, ajuster avec surnageant.
o Utiliser < 30 min après préparation.
 Milieu : TSAB, CBA, MAC, CPS (selon carte).

Tableau récapitulatif : Paramètres Vitek 2

Carte Dilution Milieu Âge culture Incubation

AST-GN 145 µL/3 mL saline TSAB, CBA, MAC, CPS 18-24h 35-37°C, aérobiose
AST-GP 280 µL/3 mL saline TSAB, CBA, CPS ID 18-24h 35-37°C, 5-10% CO2/aérobiose
AST-Strep 280 µL/3 mL saline TSAB, CBA 18-24h 35-37°C, 5-10% CO2
AST-YS 280 µL/3 mL saline SDA, CBA, CHBA 18-96h 35-37°C, aérobiose

9.2 Limites des automates

 Problème : Impossibilité de vérifier pureté de l’inoculum.

 Solutions :
o Contrôler pureté manuellement (isolement à partir de suspension).
o Contrôle stérilité régulier (pissette d’eau).
o Autoclavage en cas de contamination.

10. Schéma global de l’antibiogramme par diffusion

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1. Préparer gélose MH (4 mm, sèche, température ambiante).
2. Préparer inoculum (0,5 McF, < 15 min).
3. Inoculer gélose (écouvillon, 3 directions, homogène).
4. Déposer disques (< 15 min, max. 6/90 mm, contact étroit).
5. Incuber (35±2°C, aérobiose, 20±4h, < 15 min après dépôt).
6. Lire zones d’inhibition (œil nu, fond sombre, comparer seuils).
7. Interpréter (S, sensible à fortes posologies, R).

. Besoins nutritifs des bactéries

Les bactéries ont des besoins variés pour leur croissance, qui dépendent de leur type (prototrophes ou
auxotrophes).

Tableau récapitulatif : Besoins nutritifs des bactéries

Élément Rôle Types de bactéries Exemples

80-90 % du poids
Eau Toutes -
cellulaire,
 Élément Rôle Types de bactéries Exemples
indispensable à la
survie.
Phototrophes :
Phototrophes (lumière),
Source Fournit l’énergie pour Cyanobactéries ;
Chimiotrophes (composés
d’énergie le métabolisme. Chimiotrophes : Escherichia
organiques/inorganiques)
coli
Autotrophes : Bactéries du sol
Source de Base pour la synthèse Autotrophes (CO₂), Hétérotrophes
; Hétérotrophes : E. coli,
carbone des molécules. (sucres, alcools, acides organiques)
Staphylococcus
Source Synthèse des protéines Composés inorganiques (ammoniac,
Enterobacterales, Bacillus
d’azote et acides nucléiques. nitrates), amines organiques
Équilibre physico-
Éléments Soufre, phosphore, sodium,
chimique, cofacteurs Toutes bactéries
minéraux potassium, magnésium, fer, zinc, etc.
enzymatiques.
Facteurs de Nécessaires pour Bases puriques/pyrimidiques, acides Haemophilus (facteurs X et
croissance bactéries auxotrophes. gras, acides aminés, vitamines, hème V), Streptococcus

Schéma récapitulatif : Besoins nutritifs

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Bactérie
├── Eau (80-90 %)
├── Énergie
│ ├── Phototrophes (lumière)
│ └── Chimiotrophes (organique/inorganique)
├── Carbone
│ ├── Autotrophes (CO₂)
│ └── Hétérotrophes (sucres, acides organiques)
├── Azote
│ ├── Inorganique (ammoniac, nitrates)
│ └── Organique (amines)
├── Minéraux (soufre, phosphore, Na⁺, K⁺, Mg²⁺, Fe²⁺, etc.)
└── Facteurs de croissance (auxotrophes : vitamines, hème, etc.)

2. Constituants d’un milieu de culture

Un milieu de culture doit répondre aux besoins nutritifs des bactéries pour permettre leur multiplication,
identification et étude de la sensibilité aux antibiotiques.

Tableau récapitulatif : Constituants principaux

Constituant Rôle Exemple

Hydrolysat enzymatique de viande, soja,
Peptones Source d’azote (acides aminés, peptides).
caséine
 Constituant Rôle Exemple
Extraits de Apportent sels minéraux, vitamines, protéines,
Extrait de bœuf
viande glucides.
Extraits de Source d’acides aminés, vitamines
Extrait de levure
levure hydrosolubles.
Agar-agar Agent solidifiant (milieux solides). Polygalactoside d’algues, 15-20 g/L
Œufs coagulés Milieu spécifique pour mycobactéries. Milieu Löwenstein-Jensen
Sérum coagulé Milieu spécifique pour diphtérie. Milieu de Löffler

Schéma récapitulatif : Composition d’un milieu

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Milieu de culture
├── Liquide (bouillon nutritif)
│ ├── Peptones
│ ├── Extraits de viande
│ └── Extraits de levure
└── Solide (gélose)
├── Agar-agar (15-20 g/L)
├── Œufs coagulés (ex. Löwenstein-Jensen)
└── Sérum coagulé (ex. Löffler)

3. Types de milieux selon la composition

Les milieux sont classés selon leur composition en deux grandes catégories.

Tableau récapitulatif : Milieux selon la composition

Type Description Utilisation Exemples

Étude des besoins Citrate de
Composition connue
Synthétiques/Définis nutritifs, bactéries Simmons, Urée
(qualitative/quantitative).
autotrophes, identification. Indole
Gélose Columbia,
Composition approximative Routine, bactéries
Empiriques/Complexes Trypticase-soja,
(dépend des matières premières). hétérotrophes.
Chocolat

Exemple : Composition du milieu Citrate de Simmons

Citrate_de_Simmons.txt
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4. Types de milieux selon la consistance

Les milieux sont classés selon leur état physique.
Tableau récapitulatif : Milieux selon la consistance

Type Description Utilisation

Liquides Bouillons sans agent solidifiant. Enrichissement, croissance rapide.
Semi-solides Peu gélosés (3-5 g/L agar). Mobilité bactérienne, cultures spécifiques.
Solides Gélosés (15 g/L agar). Isolement, séparation des germes.

Exemples :

 Liquides : Bouillon nutritif, bouillon cœur-cervelle.

 Semi-solides : Géloses molles.
 Solides : Gélose Columbia, Trypticase-soja.

5. Types de milieux selon le pouvoir sélectif

Les milieux sont classés selon leur capacité à favoriser la croissance de certaines bactéries.

5.1 Milieux non sélectifs

Permettent la croissance de toutes les bactéries dans les conditions d’incubation.

Tableau récapitulatif : Milieux non sélectifs

Type Caractéristiques Exemples

Gélose nutritive, Columbia,
Usuels Croissance bactéries non exigeantes.
Trypticase-soja
Gélose BCP (lactose+ : colonies
Différentiels Contiennent glucides/indicateurs de pH.
jaunes), CLED
Gélose au sang 5-10 % sang (mouton/cheval), facteurs de Columbia + sang, Trypticase-soja
frais croissance, hémolyse. + sang
Chocolat Polyvitex®
Gélose chocolat Sang cuit, libère facteurs X (hémine) et V (NAD).
(Haemophilus)
Liquides, favorisent croissance à partir de Bouillon nutritif, Schaedler, cœur-
Enrichissement
prélèvements pauci-microbiens. cervelle
Détectent enzymes bactériennes (β-glucosidases, β- Milieux urinaires (couleurs
Chromogènes
galactosidases). spécifiques)
Mueller-Hinton Standardisé (pH, épaisseur), pour antibiogrammes. Gélose Mueller-Hinton

Schéma récapitulatif : Hémolyse sur gélose au sang

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Gélose au sang frais
├── Bêta-hémolyse : Zone transparente (ex. Streptococcus groupe A)
├── Alpha-hémolyse : Zone verdâtre (ex. Pneumocoque)
└── Gamma-hémolyse : Pas d’hémolyse (ex. Staphylococcus non hémolytique)
5.2 Milieux sélectifs

Contiennent des inhibiteurs (sels, antibiotiques, colorants) pour isoler des bactéries spécifiques.

Tableau récapitulatif : Milieux sélectifs

Milieu Composition Inhibiteurs Caractéristiques Usage Lecture

Peptones,
Halophiles, attaque Isolement Jaune : S. aureus
mannitol, NaCl (75
Chapman NaCl mannitol (jaune si Staphylococcus (mannitol+) ; Rouge :
g/L), rouge de
pH↓) aureus SCN (mannitol-)
phénol
Peptones, lactose,
cristal violet, Sélectionne Gram-,
Cristal violet, Jaune : Lactose+ ;
Drigalski désoxycholate, lactose+ (jaune), Entérobactéries
désoxycholate Bleu-vert : Lactose-
bleu de lactose- (bleu-vert)
bromothymol
Peptones, lactose,
saccharose,
Saumon : E. coli,
salicine, citrate Sélectionne Gram-,
Salmonella, Klebsiella ; Bleu-vert :
Hektoën ferrique, sels Sels biliaires détecte H₂S,
Shigella Shigella/Salmonella ;
biliaires, bleu de aldéhydes
Centre noir : H₂S+
bromothymol,
fuchsine

Schéma récapitulatif : Lecture gélose Hektoën

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Gélose Hektoën
├── Saumon : Lactose+/Saccharose+ (E. coli, Klebsiella)
├── Saumon + centre noir : H₂S+ (Proteus vulgaris)
├── Bleu-vert : Lactose-/Saccharose- (Shigella, Salmonella)
└── Bleu-vert + centre noir : H₂S+ (Salmonella)

5.3 Milieux d’enrichissement sélectifs

 Rôle : Favorisent la croissance de bactéries pathogènes rares dans un prélèvement polymicrobien.

 Caractéristiques : Liquides, contiennent inhibiteurs (ex. bile, vert brillant).
 Exemple : Bouillon Mueller-Kauffmann (tétrathionate, bile, vert brillant) pour Salmonella.

6. Préparation des milieux

La préparation des milieux doit respecter des étapes précises pour garantir leur qualité.

Schéma récapitulatif : Préparation des milieux

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1. Reconstituer poudre déshydratée avec eau (volume préconisé).
2. Homogénéiser, chauffer (ébullition < 1-2 min).
3. Refroidir à 50-60°C.
4. Distribuer dans récipients.
5. Stériliser (autoclave, 15-20 min à 120°C).
6. Refroidir à 50°C dans autoclave (éviter dépression).
7. Conserver (vertical, incliné, ou boîtes de Petri).

Cas particuliers

 Additifs thermolabiles (sang, antibiotiques, vitamines) : Ajoutés stériles à 45-50°C.

 Régénération : Milieux comme VF ou Hugh-Leifson chauffés 20 min au bain-marie pour chasser
l’oxygène.
 Ensemencement en profondeur : Maintenir en surfusion (45-50°C) jusqu’à l’ensemencement.

Tableau récapitulatif : Préparation et cas particuliers

Étape Recommandation Précaution

Reconstitution Eau, homogénéisation, ébullition < 2 min Éviter surchauffe
Stérilisation Autoclave, 15-20 min, 120°C Petits volumes préférables
Refroidissement 50°C dans autoclave Éviter dépression
Additifs thermolabiles Ajout stérile à 45-50°C Stérilité par filtration/prélèvement
Régénération Bain-marie 20 min (ex. VF, Hugh-Leifson) Chasser oxygène
Ensemencement profond Maintenir 45-50°C Éviter solidification prématurée

7. Contrôle de qualité
Tous les milieux (préparés ou prêts à l’emploi) doivent être contrôlés.

Tableau récapitulatif : Contrôle de qualité

Paramètre Méthode Objectif

Incuber 1 tube/boîte par lot (35-37°C, 1
Stérilité Détecter contaminants
nuit)
Tester avec souches de référence (CIP,
Croissance Vérifier capacité à supporter croissance
ATCC)
Réactions Vérifier réactions spécifiques (ex. lactose,
Tester avec souches de référence
biochimiques H₂S)

8. Méthodes d’isolement
Les méthodes d’ensemencement varient selon le type de milieu et l’objectif.

Tableau récapitulatif : Méthodes d’isolement

 Milieu Méthode Objectif
Solides (boîtes de
Quadrants Isoler bactéries d’un mélange
Petri)
Stries (râteau) Dénombrement
Écouvillonnage Antibiogramme
Solides (tubes) Dépôt gouttes, stries sur pente Isolement, identification
Dépôt direct (enrichissement) ou gouttes Enrichissement, tests
Liquides
(identification) biochimiques

Schéma récapitulatif : Ensemencement en boîte de Petri

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1. Quadrants : Diviser boîte en 4, strier chaque quadrant pour isoler colonies.
2. Stries (râteau) : Étaler pour dénombrement (UFC/mL).
3. Écouvillonnage : Étaler uniformément pour antibiogramme.

9. Schéma global des milieux de culture

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Milieux de culture
├── Selon composition
│ ├── Synthétiques (connus, ex. Citrate de Simmons)
│ └── Empiriques (complexes, ex. Columbia)
├── Selon consistance
│ ├── Liquides (bouillons)
│ ├── Semi-solides (3-5 g/L agar)
│ └── Solides (15 g/L agar)
├── Selon pouvoir sélectif
│ ├── Non sélectifs (ex. Columbia, BCP, Mueller-Hinton)
│ ├── Sélectifs (ex. Chapman, Drigalski, Hektoën)
│ └── Enrichissement sélectif (ex. Mueller-Kauffmann)
└── Préparation
├── Reconstitution, stérilisation
├── Additifs thermolabiles
├── Contrôle qualité (stérilité, croissance, biochimie)

. Définition et objectifs des hémocultures

Les hémocultures consistent à prélever du sang, normalement stérile, pour détecter la présence de micro-
organismes pathogènes (bactériémie ou fongémie) et guider le traitement.

Tableau récapitulatif : Définition et objectifs

Aspect Description
Prélèvement sanguin effectué sur prescription médicale pour ensemencer sur des
Définition
milieux de culture adaptés.
- Diagnostique : Identifier l’agent pathogène (bactérie, champignon). - Thérapeutique
Objectifs
: Réaliser un antibiogramme pour guider le traitement.
- « Gold standard » pour diagnostiquer une bactériémie. - 10 % des admissions en
Contexte
USI. - Mortalité associée : 10-60 %.
Types de
- Bactériémie : Bactéries dans le sang. - Fongémie : Champignons dans le sang.
contamination

Schéma récapitulatif : Rôle des hémocultures

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Hémoculture
├── Prélèvement sanguin (milieu stérile)
├── Ensemencement sur milieux adaptés
├── Objectifs
│ ├── Diagnostique : Identifier agent pathogène
│ └── Thérapeutique : Antibiogramme
└── Résultat
├── Bactériémie (bactéries)
└── Fongémie (champignons)

2. Types de bactériémies
Les bactériémies se classent selon leur fréquence et leur origine.

Tableau récapitulatif : Types de bactériémies

Type Description Exemples

Décharges brèves et répétées, sans signes cliniques,
Transitoire Post-prandial, post-chirurgie.
résolutives spontanément.
Endocardites, brucellose, fièvre
Continue Décharges continues de bactéries.
typhoïde.
Infections localisées (abcès,
Intermittente Décharges répétées liées à diverses infections.
pneumonie).

Schéma récapitulatif : Types de bactériémies

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Bactériémie
├── Transitoire (brève, spontanément résolutive)
├── Continue (constante, ex. endocardite)
└── Intermittente (répétée, ex. abcès)

3. Physiopathologie des septicémies

Les septicémies sont des infections graves du sang, souvent associées à un syndrome de réponse
inflammatoire systémique (SRIS).

3.1 Définitions cliniques

Tableau récapitulatif : Définitions cliniques

Terme Définition Critères

≥ 2 signes : T > 38°C ou < 36°C, FC > 90/min, FR >
Syndrome de réponse inflammatoire
SRIS 20/min, GB > 12 000 ou < 4 000/mm³, pCO₂ < 32
systémique.
mmHg.
Sepsis SRIS + infection confirmée. SRIS + bactériémie.
Hypoxémie, diurèse < 0,5 mL/kg/h, acidose,
Sepsis Sepsis + dysfonction d’organe ou
coagulopathie, encéphalopathie, lactates > 2 mmol/L, TA
sévère hypotension.
< 90 mmHg.
Sepsis sévère + hypotension
Choc
persistante malgré remplissage Collapsus vasculaire, endotoxines.
septique
vasculaire.

Schéma récapitulatif : Progression clinique

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SRIS → Sepsis → Sepsis sévère → Choc septique

3.2 Types de septicémies

Tableau récapitulatif : Types de septicémies

Type Origine Mécanisme Agents étiologiques

Staphylococcus, Streptococcus,
Foyer infectieux → N. meningitidis, L.
Téguments vascularite → thrombus monocytogenes,
Thrombophlébitique
(peau/muqueuse). infecté → microemboles Enterobacterales, P. aeruginosa,
septiques. anaérobies (Bacteroides,
Fusobacterium).
Porte d’entrée
Endocarde (buccodentaire, cutanée, etc.)
Streptococcus, Enterococcus, S.
Endocarditique (valvulopathie, → coagulum (fibrine +
aureus, HACEK, levures.
prothèse). plaquettes) → colonisation
bactérienne → végétations.
 Type Origine Mécanisme Agents étiologiques
Phagocytose par
Follicules
macrophages → libération
Lymphatique lymphoïdes, Salmonella, Brucella.
endotoxines → choc
ganglions.
endotoxinique.

Schéma récapitulatif : Physiopathologie septicémie thrombophlébitique

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Porte d’entrée (peau/muqueuse)
→ Foyer infectieux
→ Vascularite + thrombus (fibrine + bactéries)
→ Fragmentation (enzymes protéolytiques)
→ Microemboles septiques
├── Phagocytés (guérison)
└── Septicémie/métastases

Schéma récapitulatif : Septicémie endocarditique

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Lésion endocarde (valvulopathie/prothèse)
→ Porte d’entrée (buccodentaire 35 %, cutanée 16 %, etc.)
→ Coagulum (fibrine + plaquettes)
→ Colonisation bactérienne
→ Végétation → Bactériémie

Tableau récapitulatif : Agents étiologiques des septicémies endocarditiques

Porte d’entrée Agents

Streptococcus α-hémolytiques, HACEK (Haemophilus, Actinobacterium,
ORL
Cardiobacterium, Eikenella, Kingella).
Dentaire Streptococcus, Enterococcus.
Urinaire Enterococcus, S. aureus, anaérobies.
Génitale S. aureus, levures.
Cutanée S. aureus, levures.
Chirurgie
BGN (bactéries Gram-négatives), levures.
cardiaque

4. Réalisation des hémocultures

Les hémocultures nécessitent un prélèvement rigoureux pour éviter les contaminations et maximiser la
détection.

4.1 Indications et moment du prélèvement

Tableau récapitulatif : Indications

Indication Détails
Symptômes Hyperthermie (> 38,5°C), hypothermie (< 36,5°C), frissons.
Malades hospitalisés, suspicion de bactériémie, avant antibiothérapie (ou à la vallée si ATB en
Contexte
cours).
Moment Le plus tôt possible, idéalement avant ATB ou au moins loin de l’injection.

4.2 Nombre et fréquence des prélèvements

Tableau récapitulatif : Nombre de prélèvements

Paramètre Recommandation
Nombre 2 à 3 séries à 30 min ou 1 h d’intervalle (4-6 flacons/24 h).
Série 1 série = 2 flacons (1 aérobie + 1 anaérobie).
Rationale Bactériémie souvent transitoire ou intermittente.

4.3 Technique de prélèvement

Tableau récapitulatif : Technique

Étape Recommandation Précaution

Éviter contamination
Antisepsie peau 2 antiseptiques (alcool 70° + alcool iodé), contact 1-2 min.
cutanée.
Désinfection Prévenir contamination du
Alcool 70° ou produit iodé, laisser sécher.
flacon flacon.
Adulte : 20 mL (10 mL/flacon, 2 flacons). Enfant : 1-5 mL Respecter dilution 1:10
Quantité sang
(flacon pédiatrique). (sang:milieu).

4.4 Milieux de culture

Tableau récapitulatif : Milieux de culture

Milieu Caractéristiques Utilisation

Trypticase-soja Bactéries aérobies strictes et aéro-anaérobies. Aérobie.
Cœur-cervelle Aérobies, aéro-anaérobies, anaérobies strictes (après régénération). Anaérobie.
Riches en peptones, pour aéro-anaérobies et anaérobies strictes,
Columbia/Schaedler Anaérobie.
déconseillés pour aérobies stricts.

Additifs :

 Anticoagulants : SPS (polyanéthol sulfonate de sodium, anticomplémentaire, antiphagocytaire)

préféré au citrate trisodique (inhibe Gram+).
 Inhibiteurs d’ATB : Acide para-benzoïque (sulfamides), pénicillinase (β-lactamines), citrate
(streptomycine), Mg²⁺ (cyclines), SPS (polymyxines, aminosides).

Tableau récapitulatif : Types de flacons

 Type Description Avantages Inconvénients
Hémoline aérobie/anaérobie, Isolator, Simples, observation Risque contamination
Manuels
biphasiques (Castaneda). directe (biphasiques). (Isolator).
BacT/Alert, Bactec, détection CO₂ Détection rapide,
Automatisés Coût élevé.
(colorimétrie/fluorimétrie). standardisée.

Schéma récapitulatif : Système Isolator

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8-10 mL sang
→ Saponine (lyse cellules sanguines, inhibe phagocytose)
→ Centrifugation
→ Culture culot
→ Mycobactéries, HACEK, Legionella

Tableau récapitulatif : Systèmes automatisés

Système Détection Fréquence lecture Volume bouillon

Bactec 9240 CO₂ fluorescence Toutes les 10 min 25 mL
BacT/Alert CO₂ colorimétrie Toutes les 10 min 40 mL
Vital CO₂/H₂/pH fluorescence Toutes les 15 min 40 mL
Bio-Argos CO₂ infrarouge 2-8 min 25 mL

5. Incubation et détection de la croissance

Tableau récapitulatif : Incubation

Système Durée Température Particularités

Manuels 7-10 j (30 j pour endocardites). 37°C Examen quotidien.
Automatisés 5 j 37°C Détection CO₂, agitation.

Tableau récapitulatif : Détection manuelle

Aspect flacon Interprétation Bactéries associées

Clair, culot rouge Absence de culture -
Trouble Bactéries aérobies -
Hémolyse Staphylococcus, Listeria, Clostridium, Bacillus -
Gaz Bactéries aéro-anaérobies -
Coagulum Staphylococcus aureus -

Note : Neisseria, Haemophilus, Campylobacter troublent peu → utiliser milieux biphasiques.

Schéma récapitulatif : Détection automatisée

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Flacon automatisé
→ Détecteur CO₂ (fond flacon, membrane semi-perméable)
→ ↑ CO₂ = ↑ pH (colorimétrie/fluorimétrie)
→ Algorithme : [CO₂ initial] + [vitesse production CO₂] + [variation vitesse]
→ Flacon positif

6. Examen bactériologique
Tableau récapitulatif : Étapes

Étape Description
Examen
Coloration Gram pour orienter diagnostic et choix des milieux.
microscopique
- GS (aérobiose/anaérobiose). - GSC (bactéries aérobies strictes exigeantes). -
Subcultures
Wilkins-Chalgren (anaérobies).
Identification Tests biochimiques, spectrométrie de masse.
Antibiogramme Déterminer sensibilité aux antibiotiques.

Note : Tout flacon négatif après délai doit être subculturé avant élimination.

7. Communication des résultats

Tableau récapitulatif : Communication

Situation Action
Communiquer urgemment résultats Gram au clinicien pour orienter
Hémoculture positive
traitement.
Identification/antibiogramme Transmettre résultats définitifs dès disponibles.

8. Interprétation des résultats

Tableau récapitulatif : Interprétation

Cas Résultat Interprétation

1 : Plusieurs HC+
Monomicrobienne Septicémie confirmée.
(même espèce)
Septicémie (immunodéprimé, brûlures,
Polymicrobienne
foyers digestifs).
2 : 1 HC+ sur Bactérie pathogène (Brucella, Salmonella,
Septicémie probable.
plusieurs méningocoque)
Bactérie non contaminante Septicémie si contexte clinique/foyer
(Enterobacterales, Streptococcus) infectieux.
Bactérie contaminante (SCN, Bacillus, Septicémie si même germe dans
Corynebacterium) foyer/porté d’entrée.
 Cas Résultat Interprétation
Si prélèvements corrects (moment,
3 : Toutes HC- Absence septicémie
nombre, volume).
ATB préalable, bactéries difficiles,
Faux négatif
foyer non libérateur.

Schéma récapitulatif : Interprétation

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Hémocultures
├── Plusieurs HC+ (même espèce)
│ ├── Monomicrobienne : Septicémie
│ └── Polymicrobienne : Septicémie (immunodéprimé, foyers)
├── 1 HC+
│ ├── Pathogène spécifique : Septicémie
│ ├── Non contaminante : Septicémie (si contexte)
│ └── Contaminante : Septicémie (si foyer)
└── Toutes HC-
├── Pas de septicémie (si prélèvements corrects)
└── Faux négatif (ATB, bactéries difficiles)

9. Schéma global des hémocultures

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Hémoculture
├── Indications : Fièvre, frissons, hospitalisation
├── Prélèvement
│ ├── 2-3 séries (4-6 flacons), 20 mL adulte, 1-5 mL enfant
│ ├── Antisepsie rigoureuse (peau, flacon)
├── Milieux
│ ├── Manuels : Trypticase-soja, cœur-cervelle, biphasiques
│ ├── Automatisés : BacT/Alert, Bactec (CO₂)
│ ├── Additifs : SPS, inhibiteurs ATB
├── Incubation
│ ├── Manuels : 7-10 j (30 j endocardites), 37°C
│ ├── Automatisés : 5 j, détection CO₂
├── Détection
│ ├── Manuels : Trouble, hémolyse, gaz, coagulum
│ ├── Automatisés : Colorimétrie/fluorimétrie
├── Examen bactériologique
│ ├── Gram, subcultures (GS, GSC, Wilkins-Chalgren)
│ ├── Identification, antibiogramme
├── Résultats
│ ├── Communiquer Gram urgemment
│ ├── Interprétation : Septicémie, contamination, négatif

1. Flore intestinale et rôles

Le tube digestif héberge une flore complexe qui joue des rôles essentiels, mais un déséquilibre peut entraîner
des diarrhées.

Tableau récapitulatif : Composition de la flore digestive

Type Description Exemples

Anaérobies strictes, 10¹⁴ bactéries, 450
Flore dominante Bacteroides, Clostridium.
espèces constantes.
Flore sous- Moins abondante, souvent aérobies ou aéro-
Escherichia coli, Enterococcus.
dominante anaérobies.
Corynébactéries (fromage),
Flore de passage Bactéries ingérées temporairement.
Lactobacillus (yaourt).

Tableau récapitulatif : Rôles de la flore intestinale

Rôle Description
Métabolique Dégrade substrats exogènes/endogènes (sucres, protéines).
Barrière Empêche implantation bactéries exogènes pathogènes.
Pathogénicité Déséquilibre (ex. post-antibiotiques) ou ingestion bactérie pathogène → diarrhée.

Schéma récapitulatif : Flore intestinale

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Flore digestive (10¹⁴ bactéries, 450 espèces)
├── Dominante : Anaérobies (Bacteroides, Clostridium)
├── Sous-dominante : E. coli, Enterococcus
└── Passage : Corynébactéries, Lactobacillus
Rôles
├── Métabolique : Dégradation substrats
├── Barrière : Protection contre pathogènes
└── Déséquilibre → Diarrhée

2. Diarrhées : Généralités
Les diarrhées sont définies par des selles fréquentes et liquides, avec des causes variées.
Tableau récapitulatif : Définition et causes des diarrhées

Aspect Description
≥ 3 selles molles/liquides/jour (< 14 jours) ou augmentation brutale
Définition
fréquence/volume (< 3 jours).
Causes infectieuses Bactéries, virus, protozoaires, helminthes.
Causes non
Inflammatoires (MICI), tumorales, post-antibiotiques.
infectieuses
Complication
Déshydratation.
majeure

Tableau récapitulatif : Micro-organismes responsables

Type Exemples
Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, E. coli (EPEC, ETEC, EHEC, EIEC), Vibrio,
Bactéries
Aeromonas, Staphylococcus, Bacillus, Clostridium.
Virus Rotavirus, Norovirus, Sapovirus, Astrovirus, Coronavirus, Adénovirus.
Protozoaires Entamoeba, Giardia, Isospora, Cryptosporidium, Balantidium, Cyclospora.
Helminthes Schistosoma, Strongyloides, Ancylostoma, Necator, Trichuris, Trichinella.

3. Types de diarrhées bactériennes

Les diarrhées bactériennes se classent selon leur présentation clinique.

Tableau récapitulatif : Types de diarrhées bactériennes

Type Caractéristiques Bactéries principales

Selles aqueuses profuses (« eau de riz »), Vibrio cholerae (O1, O139), E. coli ETEC,
Cholériforme déshydratation, douleurs abdominales, pas de Aeromonas hydrophila, certaines
fièvre. Campylobacter.
Selles glairo-sanglantes, syndrome rectal
Shigella dysenteriae, E. coli EIEC, certaines
Dysentérique (faux besoins, ténesme), douleurs diffuses,
Campylobacter.
fièvre.
Gastro- Diarrhée banale, douleurs abdominales, Salmonella non typhi, E. coli EPEC,
entéritique fièvre, vomissements. Campylobacter jejuni, S. aureus.

Schéma récapitulatif : Types de diarrhées

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Diarrhées bactériennes
├── Cholériforme : Aqueuses, déshydratation (V. cholerae, ETEC)
├── Dysentérique : Glairo-sanglantes, fièvre (Shigella, EIEC)
└── Gastro-entéritique : Banale, vomissements (Salmonella, EPEC)

4. Physiopathologie des diarrhées bactériennes

Les bactéries provoquent des diarrhées via différents mécanismes.

Tableau récapitulatif : Mécanismes des bactéries

Mécanisme Bactéries
Entéro-invasif EIEC, Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia.
Toxinique ETEC, S. aureus, C. difficile, C. perfringens, C. botulinum, V. cholerae.

4.1 Modèle entérotoxinique

Tableau récapitulatif : Modèle entérotoxinique

Bactérie Mécanisme Effet

V. Toxine (sous-unités A et B) fixe récepteur GM1 → activation adényl cyclase Diarrhée
cholerae → ↑ AMPc → fuite hydro-électrolytique (eau, NaCl, K⁺, HCO₃⁻). aqueuse profuse.
E. coli Diarrhée
Toxine similaire à V. cholerae.
ETEC aqueuse.

Schéma récapitulatif : Toxine cholérique

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Toxine V. cholerae
├── Sous-unité B : Fixation GM1
└── Sous-unité A : Entre cellule
→ Active adényl cyclase
→ ↑ AMPc
→ Fuite eau, NaCl, K⁺, HCO₃⁻
→ Diarrhée aqueuse

4.2 Modèle entéro-invasif

Tableau récapitulatif : Modèle Shigella/EIEC

Étape Description
Adhésion LPS fixe membrane apicale entérocyte.
Internalisation Formation vésicule endocytose, destruction par facteurs Ipa (A, B, C, D), virF, virG.
Multiplication Dans cytoplasme, envahissement cellules voisines via actine.
Destruction épithélium → fuite hydrique, abcès (selles purulentes), ulcérations,
Conséquences
inflammation.
Résultats Coproculture + (pus, glaires, sang), hémoculture -.

Tableau récapitulatif : Modèle Salmonella

Étape Description
Adhésion Récepteurs spécifiques (EGF).
Internalisation Vacuole endocytose, multiplication.
Migration Vacuole vers membrane latérobasale, expulsion bactéries.
 Étape Description
Prise en charge Macrophages (follicules lymphoïdes, ganglions mésentériques).
- Localisée : Coproculture +, hémoculture -. - Systémique : Coproculture +, hémoculture
Conséquences
+.
Inflammation Moins intense que Shigella, pas de destruction entérocytes.

Schéma récapitulatif : Shigella vs Salmonella

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Shigella/EIEC
├── Adhésion (LPS)
├── Endocytose (Ipa, virF, virG)
├── Multiplication cytoplasmique
├── Destruction entérocytes
└── Abcès, ulcérations (coproculture +)

Salmonella
├── Adhésion (EGF)
├── Vacuole endocytose
├── Multiplication
├── Expulsion via macrophages
├── Localisée (coproculture +) ou systémique (hémoculture +)

4.3 Modèle EPEC/EHEC

Tableau récapitulatif : Modèle EPEC/EHEC

Type Mécanisme Effet

EPEC Attachement-effacement, lésion entérocyte. Malabsorption sévère, diarrhée.
Attachement-effacement, vérotoxines (VT1, VT2, Shiga-like) Colite hémorragique, syndrome
EHEC
→ thrombose microcirculation intestinale/rénale. hémolytique urémique (SHU).

Schéma récapitulatif : EPEC/EHEC

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EPEC/EHEC
├── Attachement-effacement (lésion entérocyte)
├── EPEC : Malabsorption → diarrhée
└── EHEC : Vérotoxines → thrombose → colite hémorragique, SHU

5. Examen cytobactériologique des selles (Coproculture)

La coproculture vise à identifier l’agent bactérien responsable d’une diarrhée.
Tableau récapitulatif : Objectifs de la coproculture

Objectif Description
Identification Rechercher bactérie pathogène dans flore complexe.
Toxines Détecter toxines dans selles.
IAS Identifier bactérie responsable d’infection associée aux soins.
Épidémiologie Rechercher portage (entourage, soignants, cuisiniers).
Antibiogramme Étudier résistance aux antibiotiques.

5.1 Prélèvements

Tableau récapitulatif : Modalités de prélèvement

Type Description Précautions

Noix de selles (muco-purulent/sanglant), Acheminement rapide, sinon 4°C
Selles
récipient propre. (quelques heures) ou milieu glyceriné.
Écouvillonnage
Nouveau-né, enfant, enquête BMR. -
rectal
Rectale, colique, ganglions
Biopsie -
mésentériques.
Renseignements Âge, voyage, ATB récent, signes
-
cliniques associés, cas similaires entourage.

5.2 Examen macroscopique

Tableau récapitulatif : Examen macroscopique

Aspect Interprétation
Consistance Liquides (cholériforme), molles, solides.
Couleur verte Transit accéléré.
Couleur noire Méléna ou traitement martial.
Glaire/sang Syndrome dysentérique.
Aqueuse profuse Syndrome cholériforme.

5.3 Examen microscopique

Tableau récapitulatif : Examen microscopique

Type Observations Interprétation

> 5 leucocytes/champ : Processus invasif. Hématies. Mobilité :
État frais Invasif ou non.
Campylobacter (vol de mouche), V. cholerae (bande de poisson).
Flore normale : 60 % BGN, 40 % CGP. Perturbation équilibre Déséquilibre
Gram
bactérien. flore.
Morphotypes S. aureus, Salmonella, E. coli, B. cereus, Candida, Vibrio,
Intérêt limité.
spécifiques Campylobacter.

6. Culture et identification
La coproculture standard recherche des bactéries prédéfinies, orientée par contexte
clinique/épidémiologique.

Tableau récapitulatif : Bactéries recherchées par contexte

Contexte Bactéries
Standard Salmonella, Shigella, Campylobacter, EPEC.
Âge < 2 ans Salmonella, Shigella, Campylobacter, EPEC.
Dysenterie Salmonella, Shigella, Campylobacter, EIEC.
Intoxication alimentaire Salmonella, S. aureus, V. parahaemolyticus, C. perfringens, Yersinia.
Post-antibiotique C. difficile, S. aureus, K. oxytoca, P. aeruginosa.

6.1 Recherche de Salmonella/Shigella

Tableau récapitulatif : Recherche Salmonella/Shigella

Étape Description
Enrichissement Bouillons Mueller-Kauffmann/Sélenite, 3-6 h à 37°C.
Milieux sélectifs Hektoen, SS, XLD, BCP.
Repiquage Colonies suspectes (≥ 5) sur urée-indole.
Identification Urée - : Galeries identification, sérogroupage O, H. Urée + : Proteus.

Tableau récapitulatif : Lecture milieux sélectifs

Milieu Couleur/Aspect Bactéries Recherchées

E. coli, Citrobacter, Klebsiella, Enterobacter,
Hektoen Jaune saumon -
Serratia, V. cholerae, Aeromonas, Yersinia
Jaune saumon + centre
Proteus vulgaris -
gris-noir
Bleues + centre noir Proteus mirabilis, Salmonella Salmonella
Vertes Shigella, S. typhi, Pseudomonas Shigella
SS Lactose+ (rouges) Éliminées -
Shigella, Salmonella,
Lactose- (incolores) Shigella, Salmonella, Serratia, Yersinia
Yersinia
Lactose- + centre noir Proteus, Salmonella, Citrobacter Salmonella
XLD Jaunes Éliminées -
Rouges Shigella, Salmonella, Providencia Shigella, Salmonella
Rouges + centre noir Salmonella, Edwardsiella Salmonella

Schéma récapitulatif : Recherche Salmonella/Shigella

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Selles
→ Enrichissement (Mueller-Kauffmann/Sélenite, 3-6 h, 37°C)
→ Repiquage milieux sélectifs (Hektoen, SS, XLD)
→ Colonies suspectes → Urée-indole
├── Urée - : Salmonella/Shigella → Sérogroupage
└── Urée + : Proteus

6.2 Recherche de Campylobacter

Tableau récapitulatif : Recherche Campylobacter

Aspect Description
Contexte Enfants (< 2 ans), selles liquides (adultes sur demande).
Milieux sélectifs Skirrow, Karmali, Butzler.
Conditions Microaérophilie (5 % O₂, 10 % CO₂, 85 % N₂), 37°C (ou 42°C).
Incubation Lecture J2 à J8.
Caractères culturaux Colonies petites, brunâtres, muqueuses ou en voile.
Morphologie BGN spiralé, mobile, forme S ou longues spires.
Biochimie Catalase +, oxydase +.

Tableau récapitulatif : Caractéristiques phénotypiques Campylobacter

Espèce 25°C Catalase Hippurate Nalidixique Céfalotine

C. jejuni - + + S R
C. coli - + - S R
C. fetus + + - R S
C. upsaliensis - - - S S
C. lari - + - R R

Schéma récapitulatif : Recherche Campylobacter

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Selles
→ Milieux sélectifs (Skirrow, Karmali)
→ Microaérophilie, 37-42°C, J2-J8
→ Colonies brunâtres
→ Morphologie : BGN spiralé, mobile
→ Tests : Catalase +, oxydase +

6.3 Recherche de V. cholerae

Tableau récapitulatif : Recherche V. cholerae

Étape Description
Contexte Épidémie, porteurs sains (enrichissement).
Enrichissement Eau peptonée alcaline, 3-6 h à 37°C, 3-4 passages.
Milieu sélectif Gélose TCBS, 18-24 h à 35°C, aérobie.
Caractères Colonies jaunes, plates, 2-3 mm, oxydase +.
Identification Api 20E, agglutination anti-O1/O139, sensibilité O/129.
Tableau récapitulatif : Lecture TCBS

Couleur Bactéries
Jaunes V. cholerae, V. parahaemolyticus.
Vertes Pseudomonas, certaines Vibrio.
Petites jaunes Autres Vibrio.
Petites vertes Autres bactéries.

Schéma récapitulatif : Recherche V. cholerae

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Selles
→ Eau peptonée alcaline (3-6 h, 37°C, 3-4 passages)
→ Gélose TCBS (18-24 h, 35°C)
→ Colonies jaunes, oxydase +
→ Api 20E, agglutination O1/O139, O/129

6.4 Recherche de E. coli

Tableau récapitulatif : Recherche E. coli

Aspect Description
Milieux Non exigeant : SS, Hektoen, MacConkey, Drigalski.
Suspicion Selles monomorphes, culture pure BGN (E. coli pathogène).
Identification Tests biochimiques classiques.
Pathogénicité Toxines, facteurs adhésion, gènes (PCR, laboratoires spécialisés).
EHEC (O157:H7) Sorbitol -, agglutination sur lame.

Schéma récapitulatif : Recherche E. coli

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Selles
→ Milieux (MacConkey, Drigalski, Hektoen)
→ Culture pure BGN → E. coli pathogène suspecté
→ Tests biochimiques
→ Pathogénicité : Toxines, PCR (spécialisé)
→ EHEC : Sorbitol -, agglutination

7. Schéma global de la coproculture

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Coproculture
├── Prélèvement
│ ├── Selles (muco-purulent), écouvillon, biopsie
│ ├── Acheminement rapide ou 4°C
├── Examen macroscopique
│ ├── Consistance, couleur, glaire/sang
├── Examen microscopique
│ ├── État frais : Leucocytes, hématies, mobilité
│ ├── Gram : Flore normale (60 % BGN, 40 % CGP)
├── Culture
│ ├── Standard : Salmonella, Shigella, Campylobacter, EPEC
│ ├── Orientée : Contexte clinique/épidémiologique
│ ├── Milieux
│ │ ├── Salmonella/Shigella : Hektoen, SS, XLD, BCP
│ │ ├── Campylobacter : Skirrow, microaérophilie
│ │ ├── V. cholerae : TCBS, eau peptonée
│ │ ├── E. coli : MacConkey, Drigalski
├── Identification
│ ├── Biochimique : Api 20E, catalase, oxydase
│ ├── Antigénique : Sérogroupage, agglutination
└── Antibiogramme

8. Artefact : Exemple de protocole de coproculture standard

Protocole de coproculture standard

1. Prélèvement :
o Collecter une noix de selles (zones muco-purulentes ou sanglantes) dans un récipient stérile.
o Transporter rapidement au laboratoire (< 2 h) ou conserver à 4°C (max. 24 h) ou dans un
milieu de transport glyceriné.
o Fournir : âge, voyage récent, prise d’antibiotiques, symptômes (fièvre, douleurs), cas
similaires dans l’entourage.
2. Examen macroscopique :
o Évaluer consistance : liquide (cholériforme), molle, solide.
o Noter couleur : verte (transit accéléré), noire (méléna/traitement martial), glaire/sang
(dysentérie).
3. Examen microscopique :
o État frais : compter leucocytes (> 5/champ = invasif), hématies, observer mobilité
(Campylobacter : vol de mouche ; V. cholerae : bande de poisson).
o Coloration Gram : flore normale (60 % BGN, 40 % CGP), noter déséquilibre ou morphotypes
(S. aureus, Vibrio).
4. Culture :
o Enrichissement (Salmonella) : bouillons Mueller-Kauffmann ou Sélenite, incuber 3-6 h à
37°C.
o Milieux sélectifs :
 Hektoen, SS, XLD : Salmonella (bleues/noires, H₂S+), Shigella (vertes/incolores).
  Skirrow/Karmali : Campylobacter, microaérophilie (5 % O₂, 10 % CO₂), 37-42°C,
lecture J2-J8.
 MacConkey/Drigalski : E. coli (culture pure suspecte EPEC/EHEC).
 TCBS : V. cholerae (jaunes, oxydase +), si épidémie.
o Repiquage : ≥ 5 colonies suspectes sur urée-indole (urée - : Salmonella/Shigella ; urée + :
Proteus).
5. Identification :
o Salmonella/Shigella : galeries biochimiques (API 20E), sérogroupage (Ag O, H).
o Campylobacter : BGN spiralé, mobile, catalase +, oxydase +, tests (hippurate, nalidixique).
o V. cholerae : colonies jaunes (TCBS), API 20E, agglutination anti-O1/O139, O/129.
o E. coli : biochimie classique, PCR pour toxines/adhésines (EPEC/EHEC), sorbitol - pour
O157:H7.
6. Antibiogramme :
o Tester sensibilité aux antibiotiques pour guider le traitement.

Résumé du cours : Diagnostic bactériologique des

infections respiratoires
1. Introduction : Contexte des infections respiratoires
Les infections respiratoires sont très fréquentes, touchant particulièrement les enfants et les personnes
âgées. Elles surviennent dans divers contextes : immunodépression, mucoviscidose, intubation-ventilation,
ou chez des sujets sans facteurs de risque. Les agents responsables incluent :

 Virus (majoritaires)
 Bactéries (fréquentes)
 Champignons (plus rares)

Défenses des voies respiratoires

Les voies aériennes sous-glottiques (bronches, alvéoles) sont stériles grâce à trois mécanismes de défense :

Type de défense Mécanismes

Mécanique Réflexe de toux, épithélium cilié, division bronchique
Humoral IgA, IgG, lysozyme, surfactant, antiprotéases
Cellulaire Macrophages, lymphocytes, polynucléaires

Voies aériennes supérieures : non stériles, colonisées par une flore commensale.

2. Classification des infections respiratoires

Type Infections Localisation
Hautes Nez, gorge,
Angines, sinusites, otites
(ORL) oreilles
Bronchites, pneumonies, surinfections broncho-pulmonaires, exacerbations Bronches,
Basses
de bronchites chroniques, mucoviscidose poumons
Caractéristiques des infections hautes

 Étiologies : Majoritairement virales (diagnostic non systématique, traitement symptomatique), mais

aussi bactériennes selon la localisation.
 Prélèvements : Variés (écouvillons, frottis).

3. Infections ORL : Focus sur les angines

Angine aiguë bactérienne

 Agent principal : Streptococcus pyogenes (SGA, streptocoque bêta-hémolytique du groupe A).

 Autres agents : Streptocoques des groupes C et G (rôle probable).
 Diagnostic :
o Culture : Méthode de référence sur gélose au sang avec inhibiteur (ANC).
o Tests rapides : Dépistage de l’antigène SGA.
 Types cliniques :
o Angines érythémateuses (rouges).
o Angines érythémato-pultacées (rouges avec points blancs).

Autres types d’angines

Type d’angine Étiologie bactérienne Contexte Diagnostic

Association fuso-spirochétienne
Ulcéro-nécrotique Ulcération visible Examen microscopique
(angine de Vincent)
À fausses Corynebacterium diphtheriae, C. Culture, prélèvement sous
Suspicion de diphtérie
membranes ulcerans membranes
Culture avec milieu de
IST Neisseria gonorrhoeae Contexte d’IST
transport
Candidose oro- Immunodépression, Prélèvement langue/palais,
Candida spp.
pharyngée greffés culture

Prélèvements pour angines

 Technique : Écouvillonnage des amygdales ou piliers du voile du palais (avant antibiothérapie).

 Deux écouvillons :
1. Frottis pour examen microscopique.
2. Culture (milieu de transport si délai > 2 h).
 Spécificités :
o Diphtérie : Prélèvement sous ou à la périphérie des fausses membranes.
o N. gonorrhoeae : Milieu de transport obligatoire si culture différée.
o Candida : Prélèvement sur langue, palais, face interne des joues.

4. Infections respiratoires basses : Prélèvements

Types de prélèvements

Seuil
Prélèvement Description Indications Contamination
(UFC/ml)
 Non invasif, expectoration
Crachat Routine, facile +++ 10⁷
spontanée
Nourrissons,
Aspiration endo- Sonde via hypersécrétion, contre-
++ 10⁵
trachéale (AET) trachéotomie/intubation indication aux méthodes
invasives
Lavage broncho- Fibroscopie, exploration Réanimation, intubés-
+ 10⁴
alvéolaire (LBA) étendue ventilés
Brossage bronchique
Brosse via fibroscope
protégé (BBP) / Suspicion d’infection
(dispositif Wimberley), 0 10³
Prélèvement trachéale localisée
précis
protégé (PTP)

Directives pour prélèvements

 Crachat : À jeun, après rinçage bucco-dentaire à l’eau stérile, effort de toux (éventuellement avec
kinésithérapie).
 AET : Contaminé par la flore oro-pharyngée, fréquent chez les nourrissons.
 LBA/BBP/PTP : Invasifs, mieux adaptés pour infections graves (réanimation, Legionella,
anaérobies).
 Transport : Analyse rapide (< 2 h) pour éviter la prolifération des commensaux.

5. Examens diagnostiques
Examen microscopique

 Objectif : Évaluer la contamination (salive) et orienter la culture.

 Technique : Frottis coloré (Gram, bleu de méthylène), observation à x10, dénombrement des
cellules épithéliales et leucocytes (moyenne de 10 champs).
 Classes de crachats : 5 classes selon le ratio cellules épithéliales/leucocytes (non détaillé dans le
document).

Culture

 Préparation :
o Fluidification et vortexage des expectorations/aspirations.
o Dilutions : Crachats (10⁻⁵ à 10⁻⁷), AET (10⁻³ à 10⁻⁵), LBA/PTP (10⁻⁵).
 Milieux :
o Gélose au sang (germes usuels).
o Milieux sélectifs : Drigalski (BGN), Chapman (S. aureus), Sabouraud (Candida).
 Conditions : Incubation à 37°C, avec/sans 5 % CO₂, anaérobiose, 48 h à 5 jours (ou plus selon
germes recherchés).
 Interprétation :
o Flore dominante à l’examen direct = pathogène probable.
o Antibiogramme sur flore dominante.
o Anaérobies : Uniquement sur prélèvements in situ (LBA, PTP).

Détection antigénique

 Streptococcus pneumoniae :
 o Test urinaire : Sensibilité 77-89 % (avec bactériémie), 44-64 % (sans bactériémie) ;
spécificité 81-99 %.
o Positif même après 7 jours d’antibiotique, persistance 6 semaines à 3 mois.
 Legionella pneumophila sérogroupe 1 : Test urinaire (non détaillé dans le document).

6. Principaux agents pathogènes

Bactérie Contexte
Streptococcus pneumoniae Pneumonies communautaires
Haemophilus influenzae Bronchites, pneumonies, otites
Legionella spp. Pneumonies atypiques, réanimation
Staphylococcus aureus Surinfections, mucoviscidose
Moraxella catarrhalis Bronchites, otites
Bacilles Gram-négatif (Pseudomonas, entérobactéries) Mucoviscidose, immunodépression
Mycoplasma pneumoniae Pneumonies atypiques
Chlamydia pneumoniae Pneumonies atypiques

Virus : Majoritaires dans les infections hautes, moins recherchés en bactériologie.

7. Schéma récapitulatif : Diagnostic bactériologique

graph TD
A[Infection respiratoire] --> B{Hautes ou basses ?}
B --> C[Infections hautes]
B --> D[Infections basses]

C --> E[Angine aiguë]

C --> F[Autres : sinusites, otites]
E --> G[*S. pyogenes*]
E --> H[Culture sur gélose ANC<br>Tests rapides]

D --> I[Bronchites, pneumonies]

D --> J[Surinfections, mucoviscidose]
I --> K[Prélèvements : Crachat, AET, LBA, PTP]
J --> K

K --> L[Examen microscopique<br>Gram, bleu de méthylène]

K --> M[Culture<br>Gélose sang, Drigalski, Chapman]
K --> N[Détection antigénique<br>*S. pneumoniae*, *Legionella*]

L --> O[Évaluation contamination]

M --> P[Identification flore dominante<br>Antibiogramme]
N --> P

8. Conseils pour mémoriser

 Infections hautes : Pensez "ORL = nez, gorge, oreilles". Les angines à S. pyogenes sont les plus
testées (culture ou test rapide).
 Infections basses : Associez "poumons = prélèvements variés". Le seuil UFC/ml diminue avec la
précision du prélèvement (crachat > AET > LBA > PTP).
 Prélèvements : Mémorisez les seuils (10⁷, 10⁵, 10⁴, 10³) et le niveau de contamination (+++ à 0).
  Pathogènes : S. pneumoniae et H. influenzae sont les "classiques" ; Legionella et anaérobies
nécessitent des prélèvements protégés.
 Examens : Examen direct (Gram) + culture (milieux sélectifs) + antibiogramme = triade
diagnostique.

Résumé du cours : Diagnostic bactériologique des

infections génitales
1. Introduction
Les infections génitales féminines et masculines incluent des infections sexuellement transmissibles (IST)
et des infections endogènes dues à un déséquilibre de la flore commensale. Le diagnostic repose sur :

1. La connaissance de la flore normale cervico-vaginale.

2. Les indications et techniques de prélèvements.
3. L’identification des bactéries pathogènes pour orienter le traitement.

2. Rappel anatomique
Tractus génital féminin

Étage Structures Caractère bactériologique

Supérieur (haut) Ovaires, trompes, cavité utérine, endocol Stérile
Inférieur (bas) Exocol, culs-de-sac, cavité vaginale, clitoris, lèvres Non stérile, flore commensale

Tractus génital masculin

 Urètre antérieur : Flore saprophyte (non stérile).

 Reste du tractus : Stérile.

3. Flore commensale génitale féminine

Composition

Origine Bactéries
Téguments Bacillus, Staphylococcus, Micrococcus, Corynébactéries
Intestin Entérobactéries, Entérocoques, Anaérobies, Levures
Flore abondante et complexe (10⁸-10⁹ germes/mL), dominée par Lactobacillus acidophilus
Vaginal
(bacille de Döderlein)

Rôle des lactobacilles

 Formation d’un biofilm protecteur.

 Production d’acide lactique → pH acide (protection contre les infections).
 Anaérobies majoritaires, aérobies minoritaires.
Groupes de bactéries vaginales

Groupe Fréquence Espèces

1: Toujours
Lactobacillus, Corynébactéries, Streptocoques α-hémolytiques
Habituelles présentes
Streptocoques B et D, Entérobactéries, Anaérobies (Bacteroides,
2: Souvent
Prevotella, etc.), Gardnerella vaginalis, Candida, Mycoplasmes (M.
Fréquentes présentes
hominis, U. urealyticum)
3 : Rares Exceptionnelles Pneumocoques, Haemophilus influenzae, Streptocoques A

Facteurs de variation

Facteur Impact
Âge Imprégnation œstrogénique → dominance de Lactobacillus
Cycle ovarien Variations hormonales modifient la flore
Antibiotiques Déséquilibre (↓ Lactobacillus, ↑ anaérobies)
Ménopause pH augmente → flore variée
État immunitaire Immunodépression favorise les infections

Évolution dans le temps

Période Flore
Naissance Lactobacillus (influence maternelle)
Enfance → puberté Flore variée, peu abondante
Puberté → ménopause Lactobacillus dominant, polymorphisme post-règles
Ménopause pH ↑, flore variée

4. Types d’infections génitales

Type Origine Exemples
Pathogènes
IST N. gonorrhoeae, C. trachomatis, T. pallidum, HSV, HPV
spécifiques
Déséquilibre de la Vaginose bactérienne (G. vaginalis, anaérobies), vulvo-vaginite
Endogènes
flore candidosique, vaginite à T. vaginalis

Infections génitales basses

 Vulvo-vaginite, cervicite, urétrite.

Infections génitales hautes

 Endométrite, salpingite (extension d’une infection basse, post-chirurgie, accouchement).

5. Infections spécifiques
Infections sexuellement transmissibles (IST)
 Type Pathogène Manifestation
Ulcérations Treponema pallidum Syphilis (chancre)
Haemophilus ducreyi Chancre mou
C. trachomatis (L1-L3) Lymphogranulomatose vénérienne
HSV 1/2 Herpès génital
HPV Condylomes
Non ulcératives N. gonorrhoeae Urétrite, cervicite
C. trachomatis (D-K) Cervicite, salpingite
Mycoplasmes Urétrite

Infections endogènes

Infection Caractéristiques Étiologie

Vulvo-vaginite à T.
Leucorrhées, pH > 4,5 Trichomonas vaginalis
vaginalis
Vulvo-vaginite
pH < 4,5, absence d’odeur amine, filaments mycéliens Candida albicans
candidosique
Disparition des Lactobacillus, ↑ G. vaginalis,
Vaginose bactérienne Déséquilibre de la flore
Mobiluncus, anaérobies
Entérobactéries, S.
Vaginite bactérienne Rare en période fertile, sur vagin atrophique
aureus

Facteurs favorisant la vaginose

 Excès d’hygiène, carence œstrogénique, antibiotiques, stérilet, diabète.

6. Indications des prélèvements

Chez la femme

Contexte Infections/But
Signes cliniques Mycose, vaginose, vaginite, cervicite, infections hautes (endométrite, salpingite)
Grossesse Dépistage du streptocoque B, risque materno-fœtal
Dépistage Partenaire avec IST

Chez l’homme

 Urétrite, prostatite, épididymite, ulcérations génitales.

7. Techniques de prélèvements cervico-vaginaux

Modalités

Étape Recommandation
Timing Phase aiguë, sans antibiotiques, sans toilette/rapport sexuel (24 h)
Lieu Idéalement au laboratoire (germes fragiles)
Position Gynécologique, spéculum non lubrifié
Sites Vagin (cul-de-sac), endocol, ± vulve, glandes de Skène/Bartholin
Milieux spécifiques (Stuart pour gonocoque, A3 pour mycoplasmes, 2SP pour Chlamydia),
Transport
analyse rapide

Sites et cibles

Site Technique Pathogènes recherchés

Flore commensale, T. vaginalis, levures, N. gonorrhoeae,
Vagin Écouvillonnage cul-de-sac
streptocoque B
Cytobrosse après nettoyage
Endocol Cellules endocervicales, C. trachomatis
exocol

8. Examens bactériologiques
Examen direct (Jour 0)

Technique Observation
État frais T. vaginalis, levures, leucocytes, cellules épithéliales
Gram Flore bactérienne, N. gonorrhoeae (diplocoques Gram -)
Bleu de méthylène Polynucléaires (PNN)

Culture (Jour 0 à J2)

Milieu Pathogènes
Gélose sang cuit + VCN N. gonorrhoeae, Haemophilus
Gélose ANC Streptocoques (A, B), S. aureus
Gélose MH + sang humain G. vaginalis, germes banals
Sabouraud + chloramphénicol Levures
Milieu mycoplasmes M. hominis, U. urealyticum
Schaedler/Todd Hewitt Anaérobies

 Conditions : 37°C, aérobiose/anaérobiose, 24-48 h.

 Interprétation : Monomorphe (pathogène probable) ou polymorphe (flore mixte).

Score de Nugent (vaginose)

Morphotype Score Critères

Lactobacillus 0-4 Bacilles Gram +, abondance décroissante
Gardnerella/Bacteroides 0-4 Coccobacilles Gram -, abondance croissante
Mobiluncus 0-2 Bacilles incurvés, abondance croissante
Score total Interprétation
0-3 Flore normale (Lactobacillus dominant)
4-6 Flore intermédiaire
7-10 Vaginose bactérienne (G. vaginalis, anaérobies dominants)
9. Diagnostic des infections spécifiques
Urétrite (hommes)

Pathogène Prélèvement Examen

N. Goutte matinale, prélèvement urétral, 1er jet Gram (diplocoques), culture (gélose
gonorrhoeae urine chocolat)
C. trachomatis Prélèvement urétral, 1er jet urine IFD, culture (cellules McCoy)
Mycoplasmes Écouvillon urétral, 1er jet urine Culture (milieu acellulaire), PCR

Ulcérations génitales

Pathogène Prélèvement Examen

T. pallidum Exsudat profond Fond noir, Fontana-Tribondeau, IFD
C. trachomatis Pus/cellules IFD, culture (McCoy)
H. ducreyi Pus Gram, culture
HSV Lésion IFD, culture cellulaire

Vaginose/vaginite

 Examen direct : État frais (T. vaginalis, levures), Gram (flore).

 Score de Nugent : Diagnostic de vaginose.
 Culture : N. gonorrhoeae, C. trachomatis, mycoplasmes, streptocoques, Candida.

10. Tests d’amplification (TAAN/PCR)

Type Pathogènes Avantages
Duplex C. trachomatis, N. gonorrhoeae Dépistage rapide
Triplex + M. genitalium ou T. vaginalis Polyvalence
Multiplex Plusieurs pathogènes Épidémiologie, co-infections

Limites : Coût, interprétation (mycoplasmes), choix des panels.

11. Schéma récapitulatif : Diagnostic bactériologique

graph TD
A[Infection génitale] --> B{Type d'infection ?}
B --> C[IST]
B --> D[Endogène]

C --> E[Ulcérations]
C --> F[Non ulcératives]
E --> G[*T. pallidum*, *H. ducreyi*, *C. trachomatis* L1-L3, HSV]
F --> H[*N. gonorrhoeae*, *C. trachomatis* D-K, Mycoplasmes]

D --> I[Vaginose]
D --> J[Vaginite]
I --> K[*G. vaginalis*, anaérobies]
J --> L[*T. vaginalis*, *Candida*, entérobactéries]
 A --> M{Prélèvements}
M --> N[Vagin, endocol]
M --> O[Urètre, 1er jet]
M --> P[Ulcérations]

M --> Q{Examens}
Q --> R[État frais]
Q --> S[Gram, IFD]
Q --> T[Culture]
Q --> U[PCR/TAAN]

T --> V[Identification]
V --> W[Antibiogramme]

12. Conseils pour mémoriser

 Flore : Associez Lactobacillus à un pH acide protecteur. Pensez "3 groupes" (habituels, fréquents,
rares).
 Infections : IST = pathogènes stricts (N. gonorrhoeae, C. trachomatis). Endogènes = déséquilibre
(G. vaginalis, Candida).
 Prélèvements : Vagin + endocol = minimum. Sans antibiotiques, sans toilette.
 Score de Nugent : 0-3 (normal), 4-6 (intermédiaire), 7-10 (vaginose).
 Examens : État frais + Gram + culture = triade. PCR pour rapidité.

Résumé du cours : Les suppurations et liquides

d'épanchement
1. Introduction
Les suppurations sont des infections caractérisées par la formation de pus, signe d’un processus infectieux.
Le pus résulte de l’interaction entre :

 Cellules phagocytaires (polynucléaires neutrophiles - PNN, macrophages).

 Bactéries pyogènes (ex. : Staphylococcus, Streptococcus).
 Dégradation des tissus et phagocytes par des substances bactériennes (ex. : leucocidines).

2. Composition du pus
Composant Description
Cellules phagocytaires PNN, macrophages, attirés au foyer infectieux
Cellules épithéliales Issues du tissu infecté
Bactéries Vivantes ou mortes, pyogènes ou commensales
Substances bactériennes Mureine, peptidoglycane, polysaccharides

3. Microbiote cutané et infections

 Type de flore Caractéristiques Rôle
Microbiote Défense
Bactéries aérobies/anaérobies colonisant la peau
commensal naturelle
Microbiote Bactéries de l’environnement, flore digestive, génito-urinaire,
Contamination
transitoire buccale
Rupture d’équilibre Altération cutanée → Infection → Formation de pus

4. Bactéries des suppurations

 Diversité bactérienne : Infections souvent mixtes (aérobies + anaérobies).
 Proximité avec une flore commensale : Suppurations plurimicrobiennes (ex. : abcès du cou →
flore buccale, péritonites → flore intestinale).
 Éloignement des flores commensales : Suppurations monomicrobiennes (ex. : abcès du cerveau,
poumon, foie, os).

5. Principales localisations des suppurations

Localisation Germes impliqués Caractéristiques
S. pneumoniae, H. influenzae, streptocoques (A, C, G), Nouveau-né : H. influenzae,
Oculaire
entérobactéries (Klebsiella), Pseudomonas, Moraxella lacunata N. gonorrhoeae
S. pneumoniae, H. influenzae, streptocoques β-hémolytiques, S.
Sinusite Monomicrobienne
aureus, entérobactéries, corynébactéries, anaérobies
S. pneumoniae, H. influenzae, streptocoques β-hémolytiques, S.
Otite aureus, entérobactéries, Branhamella catarrhalis, P. Similaire aux sinusites
aeruginosa
Majorité des infections
Cutanée S. aureus, streptocoques groupe A
cutanées
Germes multirésistants en
Plaies S. aureus, streptocoques, Pseudomonas, entérobactéries
milieu hospitalier
Plurimicrobienne, flore
Abdominale E. coli, Bacteroides fragilis, autres anaérobies
intestinale
Autres Urines, expectorations, LCR, prélèvements génitaux, selles Selon le site

6. Classification des suppurations

Classe Profondeur Caractéristiques
Classe I Profonde, fermée Foyer isolé, monomicrobienne
Classe II Profonde, fermée ou ouverte Communique avec organe à flore commensale, fistules possibles
Classe III Superficielle, ouverte Forte contamination par flore commensale, mixte

7. Étapes de l’examen cytobactériologique du pus

Étape Description
Prélèvement Avant antibiotiques, asepsie, transport rapide, renseignements cliniques
Examen microscopique Coloration Gram (flore, morphologie), bleu de méthylène (PNN, cellules)
Culture Milieux orientés par examen direct, incubation aérobiose/anaérobiose
Identification Caractères morphologiques, culturaux, biochimiques
Antibiogramme Selon recommandations EUCAST

8. Techniques de prélèvement
Modalités générales

Condition Recommandation
Timing Avant antibiotiques
Asepsie Rigoureuse (désinfection, gants stériles)
Transport Rapide (<2 h), milieux adaptés
Renseignements Cliniques (contexte, site, ATB, immunodépression)

Types de prélèvements

Type Méthode Indications

Plaies superficielles, difficile pour
Écouvillonnage Écouvillon floqué, mouvement en Z, 1 cm²
anaérobies
Abcès, plaies profondes (ex. : pied
Aspiration Aiguille fine, ponction purulente
diabétique)
Oculaire Angle interne de l’œil, sans toilette Conjonctivite
Nettoyage CAE, incision tympan (OMA),
Auriculaire Otite moyenne/externe
écouvillons (OE)

Préparation de la plaie

Étape Action
Nettoyage Sérum physiologique, savon antiseptique, rinçage, séchage
Débridement Élimination des tissus nécrosés (curette, scalpel)

9. Examens microscopiques
Coloration Observation
Gram Présence, morphologie, position (intra/extracellulaire), flore dominante
Bleu de méthylène Nombre et état des PNN, autres cellules

10. Culture
Milieu Conditions Indication
Gélose sang Aérobiose Germes banals
Gélose chocolat CO₂ N. gonorrhoeae, H. influenzae
Gélose sang Anaérobiose Anaérobies
Bouillon thioglycolate Sites stériles Croissance mixte

Interprétation :

 Fermées : Germe isolé = pathogène.

 Fistulisées : Contamination possible, discuter la signification.

11. Liquides d’épanchement

Physiopathologie

Type Origine Exemple

Exsudat Inflammation (infection, cancer) Pleurésie tuberculeuse
Transsudat Mécanique (cirrhose, insuffisance cardiaque) Ascite non infectieuse

Test Rivalta

Critère Exsudat Transsudat

Rivalta Positif Négatif
Protéines >½ protidémie <½ protidémie
Densité >1,08 <1,08

12. Germes des liquides d’épanchement

Liquide Type Germes
Pleural Purulent Streptococcus, Staphylococcus, entérobactéries, H. influenzae, anaérobies
Sérofibrineux M. tuberculosis (lymphocytes), viral
Ascite Purulent Entérobactéries, Streptococcus D, Enterococcus, S. aureus, Acinetobacter
Sérofibrineux M. tuberculosis
Péricardique Purulent S. aureus, M. tuberculosis
Articulaire Purulent S. aureus, entérobactéries

13. Prélèvements des liquides d’épanchement

Condition Recommandation
Ponction Asepsie stricte
Anaérobiose Seringue sans air, bouchée hermétiquement
Tubes Stérile (bactéries), anticoagulant (cytologie)

14. Examens des liquides d’épanchement

Macroscopique
 Aspect Signification
Purulent Infection bactérienne
Hémorragique Tuberculose, cancer
Sérofibrineux Transsudat (non infectieux) ou exsudat (tuberculose, viral)

Microscopique

Examen Critères
Numération Ascite : 250 PNN/mm³, articulaire : 10 000/mm³, pleural : 5 000/mm³
PNN (infection bactérienne), lymphocytes (tuberculose, viral), PN acidophiles
Formule leucocytaire
(allergie)
Gram Oriente diagnostic et culture
Ziehl-
Mycobactéries
Neelsen/Auramine

Culture

Milieu Indication
Bouillon cœur-cervelle Aérobiose, 10 jours
Schaedler/Thioglycolate Anaérobies
Gélose BCYE Legionella
Sabouraud Levures
Löwenstein-Jensen Mycobactéries (8 sem), Nocardia (10 j)

15. Schéma récapitulatif : Examen cytobactériologique

graph TD
A[Suppuration] --> B{Prélèvement}
B --> C[Écouvillonnage]
B --> D[Aspiration]
B --> E[Ponction liquide]

B --> F{Examen}
F --> G[Macroscopique]
F --> H[Microscopique]
F --> I[Culture]

H --> J[Gram]
H --> K[Bleu de méthylène]
H --> L[Ziehl-Neelsen]

I --> M[Gélose sang]

I --> N[Gélose chocolat]
I --> O[Milieux anaérobies]
I --> P[Milieux spécifiques]

I --> Q[Identification]
Q --> R[Antibiogramme]

16. Conseils pour mémoriser

  Pus : Associez S. aureus et streptocoques aux infections cutanées, E. coli + B. fragilis aux
suppurations abdominales.
 Localisations : Oculaire/sinusite/otite → S. pneumoniae, H. influenzae. Cutanée → S. aureus,
streptocoque A.
 Prélèvements : Aspiration > écouvillonnage. Asepsie + transport rapide.
 Exsudat vs Transsudat : Rivalta positif = exsudat (infection), négatif = transsudat (mécanique).
 Cultures : Milieux multiples (aérobiose, anaérobiose, CO₂) pour couvrir la diversité bactérienne.

Résumé du cours : Les méningites et conduite à

tenir devant un LCR
1. Introduction
 Méningites : Infections graves du système nerveux central (SNC) touchant les méninges (dure-
mère, arachnoïde, pie-mère). Urgence diagnostique et thérapeutique.
 Types : Bactériennes, virales, fongiques. Contexte communautaire ou nosocomial.
 Pronostic : Mortalité élevée (1/10 décès, 1/5 séquelles graves). Retard antibiotique = risque accru.
 Diagnostic clé : Examen cytobactériologique du liquide céphalorachidien (LCR), réalisé en
urgence.

2. Épidémiologie des méningites communautaires

Population Germes principaux Facteurs de risque
Nouveau-né (<3 Streptococcus agalactiae, Escherichia coli K1, Listeria Portage maternel,
mois) monocytogenes prématurité
Nourrisson (>3 Non-vaccination,
S. pneumoniae, N. meningitidis, H. influenzae
mois) & enfant infections ORL
Immunodépression,
Adulte S. pneumoniae, N. meningitidis
alcoolisme
S. pneumoniae, N. meningitidis, L. monocytogenes,
Sujet âgé Âge, comorbidités
entérobactéries
S. pneumoniae (implants cochléaires, brèche dure-
Contexte Matériel prothétique,
mérienne), N. meningitidis (déficit complément), S. aureus
particulier immunodépression
(diabète, cancer, endocardite)

Risques accrus : Rassemblements, camps de réfugiés, surpopulation, tabagisme, VIH, immunodépression.

3. Physiopathologie
Voies d’invasion

Voie Exemple Germes

Bactériémie/virémie Portage pharyngé/digestif N. meningitidis, S. pneumoniae, L. monocytogenes
Contiguïté Foyer ORL (otite, sinusite) S. pneumoniae
Inoculation directe Brèche dure-mérienne S. pneumoniae

Mécanisme

1. Adhésion : Adhésines, IgA protéase, capture du fer.

2. Invasion : Capsule, traversée des cellules épithéliales/endothéliales.
3. Ensemencement LCR : Plexus choroïdes, capillaires méningés.
4. Multiplication/lyse bactérienne : Production de cytokines (TNFα, IL1, IL6).
5. Inflammation : Perméabilité barrière hémato-encéphalique, infiltration granulocytes, thrombose,
anoxie cérébrale.

4. Symptomatologie clinique
A. Syndrome méningé

Signe Description
Céphalées Intenses, diffuses, continues, aggravées par stimuli (photophobie, phonophobie)
Vomissements Spontanés, en jet, sans effort, favorisés par changement de position
Contracture paravertébrale, attitude « en chien de fusil » (tête en hyperextension,
Raideur méningée
membres fléchis)
Signe de Kernig Impossibilité de fléchir cuisses sans fléchir genoux
Signe de
Flexion membres inférieurs lors antéflexion nuque
Brudzinski

B. Syndrome infectieux

Signe Description Association

Variable, frissons, sueurs,
Fièvre Pneumopathie, ORL, infection urinaire, diarrhée, endocardite
myalgies
Urgence vitale (purpura fulminans : choc, CIVD,
Purpura Évoque N. meningitidis
hémorragies)

Formes atypiques

Population Signes
Fièvre, mains/pieds froids, position « chien de fusil », perte appétit, vomissements, fontanelle
Nourrisson
bombée
Sujet âgé Syndrome infectieux discret, troubles comportement, signes focaux

5. Examen du LCR : Conduite à tenir

Quand prélever ?

 Début maladie, avant antibiotiques (sauf urgence : méningocoque, herpès).

 Renouveler si : germe rare (mycobactéries), méningite chronique, absence amélioration après 48h.
Comment prélever ?

Méthode Détails
Ponction
Entre L3-L4 ou L4-L5, asepsie rigoureuse, dans l’heure post-admission
lombaire (PL)
Contre- Infection cutanée, instabilité hémodynamique/respiratoire, troubles hémostase, CIVD,
indications anticoagulants
3 tubes stériles (0,5 ml/tube : biochimie, bactériologie, cytologie) ; enfant : 1 ml ;
Volume
mycobactéries/Lyme : 1-2 ml supplémentaires

Acheminement

Condition Recommandation
Délai <30 min (lyse PNN 50% en 2h)
Température À l’abri du froid (bactéries fragiles)
Conservation +4°C ou -20°C (amplification génique)

6. Examen cytobactériologique du LCR

A. Examen macroscopique

Aspect Signification
Normal, méningite virale, bactérienne débutante/décapitée, non
Clair (eau de roche)
infectieuse
Jaune citrin
Hémorragie méningée (pigments hématogènes)
(xanthochromique)
Trouble Hyperleucocytose (>200 leucocytes/mm³)
Hémorragique Hémorragie méningée ou ponction traumatique

B. Examen cytologique

Analyse Méthode Normes

Quantitative Cellule comptage (Nageotte, Malassez), <5/mm³ (adulte), <20/mm³
(numération) objectif x40 (nouveau-né)
Cyto-centrifugation, coloration MGG/bleu Lymphocytes majoritaires
Qualitative (formule)
méthylène (normal)

C. Examens biochimiques

Paramètre Norme Pathologie

Glycorachie 2/3 glycémie Baisse : méningite bactérienne, tuberculose, Listeria
Protéinorachie 0,15-0,45 g/L >1 g/L : bactérienne ; <1,5 g/L : virale
Chlorurorachie 120-130 mEq/L Baisse : tuberculose
Lactate <3,2 mmol/L >3,2 mmol/L : bactérienne

D. Comparaison LCR
 Paramètre Normal Purulent Lymphocytaire Panaché Hémorragique
Aspect Clair Trouble Clair/trouble Clair/trouble Rose/sanglant
<5 (adulte), <20 >200, souvent 1 leucocyte/700
Leucocytes/mm³ 100-500 >100
(nouveau-né) >1000 hématies
Granulocytes +
Formule Lymphocytes Granulocytes Lymphocytes Comme sang
lymphocytes
Augmentée Augmentée (<1 0,01 g/L pour 1000
Protéinorachie 0,15-0,45 g/L Augmentée
(>1 g/L) g/L) hématies
Glycorachie 2/3 glycémie Basse Basse/normal Normale Augmentée
Ponction
Méningite Tuberculose, Listeria,
Orientation Pas infection traumatique,
bactérienne virale débutante
hémorragie

7. Examens bactériologiques
A. Examen direct

Coloration Utilité Limites

Diagnostic présomptif rapide, même si cytologie Sensibilité variable, réduite par
Gram
normale antibiotiques
Ziehl-
Méningite tuberculeuse (sur demande clinicien) Non systématique, rarement positif
Neelsen

B. Culture

Milieu Conditions Durée

Gélose sang cuit 37°C, 5-10% CO₂ 5 jours
Gélose sang 37°C, 5-10% CO₂ 5 jours
Bouillon cœur-cervelle 37°C, aérobiose 5 jours

 Identification : Morphologie, caractères culturaux, biochimiques, antigéniques.

 Antibiogramme : Selon EUCAST, CMI si nécessaire.

C. Antigènes solubles

Méthode Avantages Limites

Rapide (10 min), détecte H. influenzae (78-
Valeur prédictive négative
Agglutination latex 100%), S. pneumoniae (59-100%), S. agalactiae
faible
(69-100%), N. meningitidis (50-93%)
Positif si colonisation
Sensibilité/spécificité 95-100% (S.
Immunochromatographie nasopharyngée, persistance
pneumoniae), polysaccharide C
antigènes post-traitement

8. Méningites bactériennes
A. Méningites purulentes
 Germe Caractéristiques Terrain Clinique LCR
Diplocoque Gram-, Jeune <25 ans, non- Début brutal,
N. Purulent, PNN,
encapsulé, sérogroupes vacciné, déficit purpura, syndrome
meningitidis hypoglycorachie
A, B, C, Y, W complément méningé franc
Immunodépression, Début brutal,
S. Diplocoque Gram+, Purulent, PNN,
brèche dure-mérienne, convulsions, coma,
pneumoniae encapsulé, α-hémolyse hypoglycorachie
ORL séquelles (50%)
H. BGN, sérotype b, exige Nourrisson <5 ans, non- Otite, épiglottite, Purulent, PNN,
influenzae facteurs X/V vacciné arthrite hypoglycorachie
Cocci Gram+, β- Nouveau-né, diabète, Méningite Purulent, PNN,
S. agalactiae
hémolyse, 10 sérotypes immunodépression néonatale hypoglycorachie
Entérobactéries, S. Diabète, cancer, Purulent, PNN,
Autres Mortalité 20-50%
aureus endocardite hypoglycorachie

B. Méningites à liquide clair

Germe Caractéristiques Terrain Clinique LCR

Immunodépression, Début progressif, Lymphocytaire,
M. BAAR, culture 3-6
pays endémique, syndrome méningé hypoglycorachie,
tuberculosis sem
non-vacciné fruste, hyponatrémie protéinorachie >1 g/L
Bacille Gram+, β- Rhombencéphalite,
L. >50 ans, grossesse, Panaché/lymphocytaire,
hémolyse, atteinte nerfs
monocytogenes immunodépression hypoglycorachie
environnement crâniens
HSV, entérovirus, Syndrome méningé, Lymphocytaire,
Virales Tout âge
EBV, etc. fièvre normoglycorachie
T. pallidum, B. Érythème migrateur, Méningite chronique, Lymphocytaire,
Spirochètes
burgdorferi neurosyphilis nerfs crâniens normoglycorachie

9. Schéma récapitulatif : Diagnostic méningite

graph TD
A[Suspicion méningite] --> B{Ponction lombaire}
B --> C[Contre-indications]
B --> D[Prélèvement LCR]

D --> E{Examen LCR}

E --> F[Macroscopique]
E --> G[Cytologique]
E --> H[Biochimique]
E --> I[Bactériologique]

F --> J[Clair/Trouble/Hémorragique]
G --> K[Numération/Formule]
H --> L[Glycorachie/Protéinorachie/Lactate]

I --> M[Coloration Gram]

I --> N[Culture]
I --> O[Antigènes solubles]

N --> P[Identification]
P --> Q[Antibiogramme]

O --> R[Latex/Immunochromatographie]
10. Communication et déclaration
 Résultats : Transmis au clinicien dans l’heure (cytologie, biochimie, Gram, antigènes).
 Déclaration obligatoire : Méningites bactériennes (loi 92-71, 27 juillet 1992).
 Enquête épidémiologique : Cas groupés (N. meningitidis), prise en charge contacts.

11. Conseils pour mémoriser

 Méningites purulentes : Associez N. meningitidis (purpura, jeune), S. pneumoniae (séquelles,
ORL), H. influenzae (nourrisson), S. agalactiae (nouveau-né).
 Méningites claires : M. tuberculosis (progressif, immunodéprimé), L. monocytogenes (nerfs
crâniens, grossesse), virales (normoglycorachie).
 LCR : Purulent = bactérienne (PNN, hypoglycorachie), clair = virale/tuberculose/Listeria
(lymphocytes).
 PL : Urgence, asepsie, <30 min au labo, 3 tubes.
 Antigènes : Latex rapide mais non exclusif, immunochromatographie pour S. pneumoniae.