Génétique
Réparation de l’ADN
Introduction :
L’ADN est en permanence exposé à différents types d’agression exogènes et endogènes
pouvant conduire à des mutations.
La cellule possède une machinerie de réparation, qui corrige la plupart des erreurs
et des
modifications touchant la séquence d’ADN. Mais un échappement au système de
réparation est possible, à l’origine des mutations.
Les systèmes de réparation de l’ADN :
La réparation des erreurs survenus au cours de la réplication de l’ADN, ou
affectant la
séquence de l’ADN sous l’effet d’agents mutagènes, est effectuée par des enzymes
protéiques dites les nucléases. Ces enzymes sont généralement associées au complexe
de
l’ADN polymérase.
Ces erreurs survenues au cours de la réplication conduisent souvent à des erreurs
d’appariements, dont la modification tridimensionnelle conséquente est reconnue par
ces
nucléases. Il en résulte ainsi un ralentissement de l’activité de l’ADN polymérase
jusqu’à
ce que l’erreur soit réparée.
Les nucléases ont plusieurs mécanismes d’action en fonction des erreurs à réparer.
On
distingue :
1- Réparation directe :
Les erreurs sont réparées directement. On distingue deux voies :
1-1-
Réparation par l’ADN polymérase :
L’ADN polymérase possède une activité 3’-5’ exonucléasique qui reconnait les
mésappariements au cours de la réplication.
1-2-
Réparation par réversion directe :
C’est le mécanisme de réparation le plus simple, il s’agit d’une simple inversion
de
l’erreur survenue, en régénérant la base d’origine. Des enzymes spécifiques sont
impliquées en fonction du type de l’erreur.
Les erreurs corrigées par ce mécanisme sont :
1-2-1- Pontages intra-brins
Le pontage intra-brin est une erreur qui touche un brin d’ADN sous l’effet d’une
photoexcitation électronique exercée par les rayons ultraviolet (200-300nm).
Elle conduit à l’apparition de dimères de pyrimidine et de photo-produits 6-4.
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-
Dimères de pyrimidine :
Dans ce cas, deux liaisons covalentes sont créées entre les deux carbones 5 et 6
respectivement de deux molécules de thymine adjacentes sur le brin d’ADN.
Des dimères C-C et C-T sont aussi possibles (figure 1).
Figure 1 : formation d’un dimère de pyrimidine sous l’effet des rayons UV.
La formation de ce dimère entraine une distorsion locale et stable de la double
hélice
d’ADN, s’opposant à sa réplication et même à sa transcription.
-
Photo-produits 6-4
Dans ce cas, une liaison covalente se forme entre les carbones 6 et 4 de deux
pyrimidines
adjacentes sur le brin d’ADN (figure 2).
On distingue des photo-produits 6-4 : C-C, T-T et T-C. ils ont les mêmes effets que
les
dimères de pyrimidine sur le brin d’ADN.
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Figure 2 : photo-produit 6-4
entre deux pyrimidines
Mécanisme de réparation :
Ces erreurs sont réparées par photo-réactivation, il s’agit d’un mécanisme qui fait
intervenir des enzymes spécifiques, photo-absorbantes : les photo-lyases.
Ces enzymes sont présentes chez les microorganismes, les plantes et certains
animaux
mais absentes chez l’homme et les mammifères.
Cette enzyme possède comme coenzyme une molécule de FADH2, qui absorbe l’énergie
UV et l’utilise pour casser la liaison covalente du pont.
1-2-2- Alkylation :
L’alkylation est une réaction de transfert d’un groupement alkyle (exemple :
méthyle)
d’une molécule à une autre.
L’exposition de l’ADN à des agents chimiques alkylants conduit à la formation des
bases
alkylées :
Exemple : méthylation de la guanine en 6-O- méthyle guanine (figure 3).
La conséquence de cette méthylation est expliquée ainsi : à l’état naturel, la G se
lie par
trois liaisons hydrogène avec la C du brin complémentaire, dont l’une fait
intervenir l’O
en position 6 de la G.
Avec la méthylation de ce dernier, la G n’est capable que de deux liaisons H, et va
donc
s’apparier avec la T (et non avec la C) au cours de la réplication (G-6-OM=T). Dans
ce
cas, ce mésappariement sera réparé en remplaçant la G par une A. Il apparait donc
une
mutation A=T qui remplace G-C. il s’agit d’une transition.
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Figure 3 : mécanisme d’Alkylation et mésappariement G-T
Mécanisme de réparation :
Le mécanisme de réparation est simple, il fait intervenir une enzyme dite : O6
Méthyl
Guanine Methyle Transférase.
Cette enzyme transfère le groupement méthyle de la G vers un résidu cystéine
spécifique
de sa séquence protéique.
2-
Réparation par excision de base (système BER) :
Ce mécanisme de réparation est présent chez les procaryotes et les eucaryotes, il
est
essentiellement impliqué dans les réparations de mutations qui ne dépassent pas 4
nucléotides de longueur.
2-1-
Les erreurs réparées par le système BER :
Les erreurs reconnues et réparées par le système BER sont de de deux catégories :
réparation des bases anormales (modifiées) et réparation des sites abasiques (AP) :
2-1-1- Les bases modifiées :
Normalement, la structure chromatinienne protège la molécule d’ADN contre les
différents types d’agressions, mais cette protection n’est pas équivalente sur
toute la
longueur de l’ADN, ni à tout moment du cycle cellulaire.
En effet, dans certaines conditions, les bases, puriques et pyrimidiques, peuvent
subir
des modifications chimiques : oxydation, alkylation et désamination.
Oxydation :
Les agents responsables de l’oxydation des bases sont les espèces oxygénées
réactives
(H2O2, ion superoxyde O2-…etc.). Produits au cours du métabolisme aérobie
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mitochondrial, au cours des réactions inflammatoires, ou au cours d’une exposition
excessives aux radiations ionisantes (Ex : rayons X).
Normalement ces espèces oxygénées sont éliminés par des systèmes antioxydants
cellulaires (glutathion, enzymes à NADPH…etc.). Mais un échappement à ce système
antioxydant est possible en cas de production excessive de ces espèces oxygénées.
Parmi les bases, la guanine est la plus sensible à l’oxydation : Exemples de
produits
d’oxydation des bases : 8-oxo-guanine, 8-oxo-adénine, glycol de thymine, glycol de
cytosine, ce dernier peut être transformé en di-hydro-uracile.
La conséquence de ces oxydations est une perturbation des appariements hydrogènes
avec les bases du brin complémentaire. Exemple : la 8-oxoG (figure 4). La 8-oxoG
est
incapable de former trois liaisons hydrogène avec la cytosine, elle va donc
s’apparier lors
de la réplication à une Adénine, conduisant ainsi, lors de la réplication suivante
à un
remplacement de la 8-oxo-G par une thymine. Il s’agit d’une Transversion GC en TA.
Figure 4 : appariement 8-OxoGuanine-Adénine par deux liaisons
hydrogène
Alkylation :
Exemple : alkylation de la guanine en O-6-méthyle-G (figure 3).
L’alkylation est provoquée par certains composés chimiques endogènes (exemple
Sadenosyle-méthionine). Ou exogènes (exemple certains anticancereux comme le
cisplatine).
Conséquences : dépendent de la base alkylée : exemples :
-
L’alkylation de la guanine en 6-O-méthyle-G perturbe les appariements
complémentaires, provoquant des transitions (figure 3).
L’alkylation de la guanine en N-7-méthyle-G, provoque une dépurination avec
création d’un site abasique (effet mutagène).
L’alkylation de l’adénine en 3-méthyle-A bloque la réplication : effet
cytotoxique :
mort cellulaire.
Déasmination des bases :
Elle peut être spontanée, ou induite par des agents chimiques notamment des agents
oxydants. Elle concerne l’amine extracellulaire de l’A, G et C qui donnent
respectivement : hypoxanthine, xanthine, et uracile (figure 5):
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Figure 5 : structure de
l’hypoxanthine et de la
xanthine, produits de
déamination de l’adénine et de
la guanine respectivement
Conséquences : comme pour l’alkylation, la désamination expose à un risque de
mutation
par transition lors des cycles ultérieurs de réplication. Exemples :
-
Désamination de la cytosine en Uracile: formation d’une paire U-G dans l’ADN. Dans
la réplication suivante, l’uracile qui ne peut pas s’apparier que par deux liaisons
H,
va donc s’apparier avec une Adénine, on aura une transition GC AT.
L’hypoxanthine s’apparie avec cytosine au lieu de la T transition (AT GC)
La xanthine s’apparie avec une thymine au lieu de la C transition GC AT
2-1-2- Les sites abasiques
Un site abasique, est par définition une zone de l’ADN qui a perdu une base purique
ou
pyrimidique (site AP), suite à une hydrolyse de la liaison glycosidique entre le
désoxyribose et la base.
Il s’agit d’une lésion très fréquente. Les bases les plus susceptibles d’être
hydrolysées
sont: les bases puriques.
Le site abasique est créé suite à l’élimination soit d’une base déjà modifiée par
oxydation, méthylation ou désamination, soit à l’élimination d’un uracile
mésincorporé,
soit de l’élimination d’une base normale.
L’hydrolyse de la liaison glycosidique peut être soit spontanée, soit catalysée par
une
ADN glycosylase.
Conséquences : le site AP crée une région non codante, qui peut être mutagène ou
cytotoxique :
-
Il peut provoquer un arrêt de la réplication : mort cellulaire.
Si l’erreur n’est pas réparée, il conduit à des délétions.
La réparation du site peut conduire à des transitions et des transversions.
Si l’erreur est correctement réparée : aucun effet.
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2-2-
Mécanisme de la réparation par le système BER :
La réparation par le système BER passe par les étapes suivantes :
-
Création d’un site AP :
L’ADN glycosylase coupe la liaison N-glycosidique entre la base anormale et le
désoxyribose, entraînant l’apparition d’un site AP.
Il y a uniquement extraction de la base sans coupure de liaison phosphodiester.
-
Coupure de la liaison nucléotidique :
Une endo-nucléase 3’-5’ coupe la liaison phosphodiester adjacente au site AP, elle
va
donc éliminer le sucre du site AP.
-
Synthèse de l’ADN manquant :
La lacune créée par l’endonucléase est alors comblée par l’ADN polymérase qui se
positionne en 3’OH pour ajouter par polymérisation le nucléotide complémentaire.
-
Ligature des deux brins :
L’ADN-ligase met en place la liaison Phosphodiester manquante.
Figure 6 : mécanisme de la
réparation par excision de base.
On distingue :
Short patch repair : un seul
nucléotide touché
Long patch repair : un
fragment de quelques
nucléotides.
Remarque : pour réparer un site AP, les mêmes étapes interviennent mais sans
intervention de la glycosylase.
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3-
Réparation par excision de nucléotides (système NER) :
Ce mécanisme, contrairement aux systèmes précédents, permet d’effectuer la
réparation
en éliminant et en remplaçant les régions d’ADN endommagées d’une longueur pouvant
atteindre 30 nucléotides.
Ce système intervient sur les erreurs de l'ADN qui créent des distorsions de la
doublehélice, le blocage de la réplication et de la transcription : exemple : les
dimères de
pyrimidine induits par les rayons UV.
Il est présent aussi bien chez les procaryotes que chez les eucaryotes.
3-1-
Système NER chez les procaryotes :
Ce mécanisme de réparation fait intervenir le système protéique UVR. Les étapes
sont
les suivantes (figure 7) :
Figure 7 : mécanisme de réparation NER chez les procaryotes
Un complexe moléculaire constitué de 2 molécules UVR-A associées à une molécule
d’UVRB, glisse sur la molécule d’ADN et reconnait la lésion. Sa fixation sur l’ADN
nécessite une molécule d ATP.
Le dimère d’UVR-A est ensuite libéré nécessitant également une molécule d’ATP.
Fixation d’une molécule d’UVR-C sur l’UVR-B.
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Le complexe UVR-B-C présente une activité endo-nucléase, il coupe le brin d’ADN
qui contient le dimère de pyrimidine, la coupure a lieu de part et d’autre de la
lésion
environs 4 bases en 3’ et 7 bases en 5’.
Fixation de l’UVR-D, qui possède une activité hélicase, va dérouler le brin de 13
nucléotides, situé entre les 2 points de coupure, qui sera ainsi éliminé.
Libération des protéines UVR.
La brèche ainsi créée est comblée par l’ADN polymérase et une ligase.
3-2-
Système NER chez les eucaryotes :
Le système NER est plus complexe et met en jeu plus de 15 protéines incluant la
protéine XP. Il fonctionne selon un mécanisme semblable à celui des procaryotes :
- Reconnaissance de la lésion par des protéines spécifiques (XP).
- Réparation de la lésion : un clivage du brin d'ADN de chaque côté de la lésion
par des
endonucléases. La polymérase complète ensuite la zone manquante, une ligase
intervient pour la ligature
Pathologies liées à des mutations du système NER :
Chez l’homme, des mutations très rares du système protéique impliqué dans la
réparation NER ont été identifiées.
Les sujets qui ont ces mutations se caractérisent par une sensibilité accrue aux
rayonnements ultraviolets (UV). Exemples :
Le Xeroderma pigmentosum (XP) :
Une maladie rare, autosomique récessive, connue sous le nom de la maladie des
enfants
de la lune (figure 8). Elle est due à une mutation des gènes qui codent pour les
protéines
XP. Les sujets ne peuvent pas réparer les dommages créés par les rayons UV, d’où
les
signes de la pathologie :
-
hypersensibilité aux UV du soleil,
un vieillissement accéléré,
des troubles de la pigmentation de la peau,
des anomalies ophtalmologiques et neurologiques,
des risques accrus d’apparition de tumeurs.
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Figure 8 : maladie des enfants de la lune
Trichothiodystrophie
C’est une maladie autosomique, récessive, rare, caractérisées par des cheveux
cassants
courts, et fragiles, pauvres en soufre et une ichtyose (figure 9). Les cas plus
graves
provoquent des retards de développement et une déficience intellectuelle
importante.
Figure 9 : Trichothiodystrophie
4-
Réparation par recombinaison :
Ce système de réparation est dit également système de réparation post-réplicative.
Il
intervient lorsque les systèmes précédents sont dépassés.
Exemple : dans le cas de la présence d’un dimère de pyrimidine. Si les systèmes de
réparation sont débordés, ceci conduit à un arrêt de la réplication. Mais cette
dernière va
reprendre dans la fourche de réplication suivante, à environ 1000 nucléotides plus
loin
de la lésion : c'est une initiation post dimérique. Ce processus de reprise de la
réplication
est dit : processus translésionnel de la réplication (TLS).
Cependant, ce processus de réplication translésionnel va engendrer des molécules
d'ADN
qui posséderait :
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Un Brin parental qui contient un dimère T.
Un Brin fils qui contient une lacune.
L'information sur un court fragment de l'ADN est donc totalement perdue pour chacun
des deux brins. Dans ce cas, seul le système de réparation par recombinaison
permettra
de surmonter cette lésion.
Pour effectuer la réparation, ce système restaure l’information en utilisant les
séquences
identiques non endommagées, situées sur les chromatides sœurs (donc sur un même
chromosome) ou les copies maternelles ou paternelles d’une même région de deux
chromosomes homologues. C’est la recombinaison homologue. Les étapes sont décrites
dans la figure 10.
de resynthèse
D’excision et de resynthèse
Figure 10 : mécanisme de réparation par recombinaison homologue
-
Un segment d’ADN simple brin sans défaut est excisé du brin correct sur le segment
homologue et inséré dans la brèche créée face aux dimères.
L’action combinée de l’ADN polymérase et de la ligase permet de lier ce segment
échangé aux régions adjacentes et de combler la brèche.
On obtient ainsi une molécule qui comporte toujours le brin parental endommagé
mais il est maintenant apparié à un brin normal qui peut servir de matrice.
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La molécule donneuse se trouve composé d’un brin néosynthétisé normal faisant face
à une brèche provoquée par le départ d’un fragment du brin complémentaire.
Cette brèche peut être comblée normalement par une synthèse réparatrice et une
molécule double brin normale est alors constituée.
Remarque :
Chez les procaryotes ce système fait intervenir des protéines enzymatiques
recombinases
(REC). Chez les eucaryotes les protéines qui interviennent sont de type RAD et BRCA
1
et 2.
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