UNE CLASSIFICATION PHYLOGENETIQUE DES EUCARYOTES ?

M.-A. SELOSSE - Version 14.5, juin 2009

SOMMAIRE

Avant propos 1

Rappels utiles 2

Tableau général : les trois domaines 3

Taxon 1 : Excavés (anciens Archéozoaires, pour partie) 6

Taxon 2 : Discicristés (Euglènes, Trypanosomes et groupes amiboïdes alliés) 6
Taxon 3 : Alvéolobiontes (Ciliés, Dinoflagellés, Sporozoaires…) 7
Taxon 4 : Hétérocontes (Diatomées, Phaéophytes, Oomycètes…) 8
Taxon 5 : Lignée Verte 9
Rhodophytes 10
Chlorobiontes 10
Archégoniates 11
Taxon 6 : Cercozoaires (dont Foraminifères et groupes amiboïdes alliés) 12
Taxon 7 : Amibozoaires (Myxomycètes et groupes amiboïdes alliés) 12
Taxon 8 : Opisthocontes 14
Eumycètes (Champignons) 14
Métazoaires (Animaux) 16

Termes vieillis à surveiller 19

CONVENTIONS IMPORTANTES Les groupes monophylétiques sont en caractères DROITS

Les groupes polyphylétiques figurent en ITALIQUE SOULIGNE
Les groupes paraphylétiques figurent en ITALIQUE SIMPLE
Les groupes importants à retenir sont marqués en GRAS

AVANT-PROPOS

La classification des organismes a longtemps reposé sur des critères morpho-anatomiques, puis biochimiques :
toutefois, une classification basée sur de telles ressemblances, souvent adaptatives, ne réunit pas nécessairement
des organismes partageant une origine évolutive commune. En accumulant lentement des modifications, des
gènes universels (ADN ribosomique, tubulines, facteurs d’élongation de la traduction…) ont pu davantage
fossiliser les liens de parenté. Je présente ici une classification basée largement sur des comparaisons de
séquences d’ADN et bâtie selon une méthode phylogénétique, c’est-à-dire, constituée autant que possible de
groupes monophylétiques1. La microscopie électronique et la biochimie avaient discerné, dans les années 1950,
à de nombreux groupes qui s’avèrent monophylétiques, notamment parmi les "Protozoaires". Ces dernières

1 - Pour la signification de ces termes, voir les rappels qui suivent.

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années ont contribué à cerner davantage les groupes monophylétiques et à proposer des relations entre eux. Les
phylogénies moléculaires ne résolvent cependant pas toutes les questions, et suggèrent parfois des relations de
parenté différentes selon les gènes utilisés2 (voir le cas de l’ADN ribosomique, plus bas). Actuellement
apparaissent des phylogénies plus robustes : elles comprennent de nombreux taxons, analysent simultanément
plusieurs gènes ou bien ne retiennent que les parentés démontrées par plusieurs gènes séparément (consensus) ;
elles sont néanmoins encore en pleine évolution. Les groupes obtenus sont fondés sur de multiples
apomorphies1 moléculaires : ce polycopié rappelle ici les quelques traits morpho-anatomiques ou biochimiques
qui, a posteriori, s’avèrent être des apomorphies (il ne faut pas croire que ce sont eux qui fondent les taxons !).

Ce polycopié est une tentative de synthèse personnelle, à la date de rédaction, d’un suivi de la littérature
scientifique. Elle est bâtie comme un aide-mémoire pour les étudiants préparant l’Agrégation. Puisque les
recherches continuent, il faudra rejeter ce document avant deux ans, ou le mettre à jour (me contacter par
courrier électronique). Les termes retenus sont autant que possible équivalents à ceux de l’ouvrage de Le
Guyader et Lecointre paru chez Belin. Comme certains termes ont perdu leur sens taxonomique (Algues,
Cryptogames, Protozoaires…) et que de nouveaux termes apparaissent (Alvéolobiontes, Hétérocontes), un
lexique à la fin du polycopié propose des réflexions et des correspondances plus intemporelles. Suivant le
consensus actuel3, j’ai divisé les Eucaryotes en 8 taxons, au sein desquels figurent les groupes de position
incertaine (Incertae sedis) qui semblent s’y rattacher. Les Eucaryotes sont devenus un vrai foisonnement
d’amibes et de flagellés (sans doute, des caractéristiques retenues de l’état ancestral) ! Afin de faciliter la
compréhension de cette classification, une visualisation fait l’objet de la figure 2 ; des notes indiquent les
synonymies anciennes4 (voir aussi le lexique) et les caractères utilisés pour les noms de groupes indiquent :
EN CARACTERES DROITS, les groupes monophylétiques,
1
EN ITALIQUE SOULIGNE, les noms de groupes polyphylétiques ,
1
EN ITALIQUE SIMPLE, les noms de groupes paraphylétiques ,
EN GRAS, les noms qui me paraissent importants à connaître.

M.-A. SELOSSE ([Link]@[Link])

RAPPELS UTILES

1. - On appelle taxon (plur. taxa ou, mieux, taxons) tout groupe d’organismes reconnu et nommé par les
taxonomistes, sans niveau précis (ce peut être une variété, une espèce, un ordre, ou même un règne).

2. - Les plastes (organites effectuant la photosynthèse) sont en fait d’anciens organismes photosynthétiques libres,
vivant continûment en symbiose dans la cellule autotrophe. Ils dérivent de l’internalisation de cyanobactéries
(plastes entourés de 2 membranes - endosymbiose primaire) ou d’eucaryotes eux-mêmes déjà photosynthétiques
(plastes "ré-utilisés" entourés de 3 ou 4 membranes - endosymbioses secondaire et tertiaire)5.

3. - Supposons 5 taxons A, B, C, D et E, reliés entre eux par des relations de parenté (supposées vraies) représentées
sur la figure 1a : 1, 2, 3 et 4 sont des ancêtres éteints. On peut regrouper de différentes façons ces 5 taxons.
∞ Certains regroupements sont constitués d’organismes ayant un ancêtre commun (ici, l’ancêtre 2) et contenant tous
les descendants de cet ancêtre commun. Ce sont des groupes monophylétiques. On les définit sur le partage de
caractères communs et acquis par cet ancêtre, les synapomorphies. Sur la figure 1b, les groupes x (descendants
de 2), A+B (descendants de 1) et D+E (descendants de 3), sont monophylétiques.
∞ D’autres regroupements comprennent des organismes ayant un ancêtre commun mais excluent au moins un sous-
groupe monophylétique descendant de cet ancêtre. Ce sont des groupes paraphylétiques, comme le groupe y sur la
figure 1b (il comporte des descendants de l’ancêtre 4, mais pas les descendants de 1, c’est-à-dire A et B).
A+B+C+D est aussi paraphylétique.
∞ Un troisième type n’est ni mono-, ni para-phylétique, et regroupe plusieurs groupes monophylétiques et/ou des espèces
indépendantes. Dans ce cas, à l’inverse des regroupements paraphylétiques, le dernier ancêtre commun à tous
les membres n’est pas dans le groupe. Ce sont des groupes polyphylétiques, sans ancêtre commun exclusif.
Sur la figure 1b, le groupe z est polyphylétique (C descend de 2 et D descend de 3 ; certes, tous deux

2 - Phillippe & Adoutte (1998) in Evolutionnary relationships among Protozoa, Chapman & Hall, Londres.
3 - S. Baldauf et al., Science, 300, p. 1703 (2003) et références incluses.
4 - On distinguera parfois plusieurs sens pour un seul terme. Il arrive qu’il y ait des définitions étroites (sensu
stricto, notées s.s.) et plus larges (sensu lato, notées s.l.).
5 - Voir l’ouvrage de B. De Reviers sur les Algues (Tome 1, Belin) ou mon ouvrage sur "La symbiose" (Vuibert).
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descendent de 4, mais de nombreuses autres lignées également : A, B et E). A+D+E est par exemple aussi
polyphylétique. Les groupes polyphylétiques sont souvent fondés sur des caractères communs, mais ceux-ci
sont apparus à plusieurs reprises dans l’évolution, dans des lignées indépendantes : ce sont des homoplasies
(= convergence et réversion, voir lexique).

Figure 1 : Arbre fictif (a) avec illustration (b) de groupes monophylétique (x), paraphylétique (y) et polyphylétique (z).

Les regroupements polyphylétiques sont fréquents dans les classifications traditionnelles, car la convergence
évolutive est fréquente. Ainsi, l’état filamenteux hétérotrophe rapproche les Oomycètes des Champignons vrais
(Eumycètes) : mais c’est une convergence car il n’existe pas d’ancêtre commun proche (il y en a bien sûr un, mais
très lointain, et dont descendent de nombreuses autres lignées également). Les Amibes et les Flagellés sont aussi des
groupes polyphylétiques. Nous exclurons ces groupes de ce polycopié.

Les regroupements paraphylétiques sont aussi fréquents dans les classifications traditionnelles, car les membres
d’un tel groupe ont pu conserver des traits de leur ancêtre commun. Ces traits ancestraux (aussi appelés
plésiomorphies) excluent certains descendants qui ont modifié ou perdu ceux-ci. Exemple 1 : les poissons
possèdent tous des nageoires, ce qui en exclut les tétrapodes ; mais, sans les tétrapodes, c’est un groupe
paraphylétique. Exemple 2 : les Algues Vertes (phototrophes aquatiques à chlorophylle a et b) sont
paraphylétiques : définies comme aquatiques, elles excluent les végétaux verts terrestres qui pourtant sont un
groupe-frère des Algues Vertes. (Dans cet exemple, reprenez la figure 1b avec A= Bryophyte, B= Trachéophytes, C=
Charophytes, D et E étant d’autres groupes d’algues parmi les Chlorophytes s.s.). Certains groupes paraphylétiques
restent néanmoins pratiques en langage courant : d’où leur utilisation (mesurée, et en caractères italiques soulignés)
dans ce polycopié.

TABLEAU GENERAL : LES TROIS DOMAINES ET LA RACINE DES EUCARYOTES

Il existe trois grands domaines du vivant, hormis les virus ; les liens entres ces domaines restent encore incertains6.

◊ ADN souvent circulaire lié à l'enveloppe membranaire, ribosomes 70S, pas de cytosquelette ni de flux
membranaire bien qu’il puisse y avoir des endomembranes : PROCARYOTES, dont la monophylie reste discutée,
non développés ici. Deux domaines : Domaine des EUBACTERIES ou EUBACTERIA
Domaine des ARCHEES ou ARCHAEA = ARCHEBACTERIES

◊ ADN en chromosomes linéaires contenu dans un noyau, présence d'un cytosquelette et d'endomembranes
développées avec flux membranaire (endo- et exocytose), présence d’endosymbioses (au moins mitochondries) :
Domaine des EUCARYOTES ou EUKARYOTA, (ce polycopié).

6 - La topologie de l’arbre universel du vivant reste discutée – voir La Recherche, mars 2003 (tome 362, p. 48 ;
republié avec modifications dans Les Dossiers de La Recherche, tom 19, p. 42-45).
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Les premières phylogénies moléculaires des Eucaryotes basées sur le seul ADN ribosomique distinguaient une
"couronne terminale" (plusieurs lignées divergeant au même moment, ce qui se représente par un râteau sur l’arbre) et
des branches basales (elles divergent précocement). Hélas, il apparut vite que d’autres gènes (tubulines, actines…),
quoique donnant des arbres avec couronne et branches basales, ne comportaient pas les mêmes groupes dans la
couronne : des groupes apparaissaient basaux selon certains gènes, mais tardifs selon d’autres !

Dans le scénario lié à l’ADNr, le premier disponible historiquement, on a proposé que la couronne terminale reflète une
radiation simultanée de la lignée eucaryote. Diverses lignées seraient apparues au même moment, trop vite pour que
l’évolution de l’ADN fossilise les relations entre elles. Ce scénario n’est plus guère en vogue : on considère que, si
l’ADN n’a pas fossilisé les relations, c’est plutôt du fait de sa propre vitesse d’évolution, trop lente, que par suite de la
rapidité du processus. L’étude d’autres gènes suggère d’ailleurs qu’une chronologie d’apparition peut être retrouvée.
Quant aux groupes qui se placent à la base de la couronne, on discute que cela soit dû à leur antériorité réelle. Ils
peuvent en effet se placer ainsi artificiellement, par "attraction de longues branches". Si le gène étudié a évolué plus
vite dans une lignée, celle-ci ressemble peu à ses parents sur ce critère. Dans un arbre phylogénétique, cette lignée se
placera au bout d’une longue branche, reflétant le grand nombre de différences avec les autres lignées. Cette branche,
au lieu de se placer parmi les lignées parentes, est attirée à la base de l’arbre, hors des lignées parentes auxquelles elle
ressemble peu. Les branches longues tendent donc à donner l’impression qu’on a affaire à des groupes basaux. En
tenant compte des vitesses d’évolution, et en utilisant plusieurs gènes, on limite actuellement ces artéfacts.

Or, les premiers arbres basés sur l’ADNr (racine R1 sur la figure 2) avaient suggéré qu’un ensemble de lignées basales
avait des caractéristiques "primitives" : unicellularité, pas d’intron ni de mitochondrie, petits ribosomes aux
caractéristiques quasi-bactériennes… Il est vite apparu que ces caractéristiques n’étaient pas générales dans ces lignées
et que certaines étaient clairement mal placées dans l’arbre (voir la discussion dans le taxon 1). Etant pour la plupart
parasites, elles ont été l’objet d’évolutions régressives plus ou moins accélérées – expliquant probablement leur position
basale par une attraction de longue branche, et leurs ressemblances par des convergences. Toutefois, la position basale
de certaines d’entre elles reste plausible – on trouve par exemple un Jakobide (taxon 1) des mitochondries de structure
génomique très archaïque (= eu-bactérienne). La racine des eucaryotes serait alors en R1 sur la figure 2.

Les travaux récents, impliquant de plus nombreux gènes, conduisent à proposer des liens entre les lignées7 – et sont
résumés, avec mention des groupes les plus connus, sur la figure 2. Une racine possible a été proposée, sur la base de
l’étude d’une fusion de deux gènes, ceux de la Dihydrofolate réductase et de la Thymidylate réductase. Ils sont
fusionnés chez tous les Eucaryotes sauf les Amibozoaires et les Opisthocontes (Métazoaires et Eumycètes), ils ne sont
pas fusionnés chez les Procaryotes. Retenant l’état bactérien, supposé ancestral, ces deux groupes seraient en position
basale – et la racine des eucaryotes serait en R2 sur la figure 2. Le reste des Eucaryotes est, dans ce modèle, regroupé au
sein des Bikontes (groupe au sein du duquel l’état biflagellé est présumé ancestral).

On attend beaucoup des travaux d’écologie moléculaire (voir lexique), qui permettent de révéler, par séquençage de
fragments de leur ADN, des organismes de l’environnement. On découvre actuellement de nouvelles lignées (elles sont
mentionnées dans ce polycopié, cf. par exemple figure 3), notamment dans le pico- (moins de 2 µm) et le nano-plancton
(2 à 20 µm). Ces lignées nouvelles permettent de préciser la topologie des arbres phylogénétiques et l’importance
écologique des taxons. Topologie de l’arbre et position de la racine restent en discussion : mais certains regroupements
anciennement reconnus et robustes méritent déjà, selon moi, d’être retenus. C’est au moins le cas des Alvéolobiontes,
des Hétérocontes, de la Lignée Verte et des Opisthocontes (noter que, même petits, tous les autres taxons comportent
des espèces connues).

Figure 2 (ci-contre). Arbre phylogénétique des Eucaryotes7, avec les principaux taxons adoptés dans le texte. La
figure mentionne les acquisitions de plastes par endosymbiose primaire (cercles blancs), secondaire (cercles noirs,
noter certaines incertitudes matérialisées par un "?") ou tertiaire (cercle gris), et les deux racines possibles des
Eucaryotes (notées R1 et R2). Abréviations : "n" indique la persistance d’un nucléomorphe (noyau vestigial de
l’algue internalisée), "p" indique la perte du plaste.

7 - on en retrouvera une variante largement commentée dans le dossier sur les "limites floues" de Pour la Science
(décembre 2006 ; t. 350, p. 66-72) et aussi dans D. Prat et al., 2008 (Peut-on classer le vivant ? Linné et la systématique
aujourd’hui, Belin; p. 225-233).
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TAXON 1 – LES EXCAVES (ANCIENS ARCHEOZOAIRES, POUR PARTIE)

Les Excavés regroupent des organismes unicellulaires souvent flagellés, parasites ou symbiontes du tube digestif
d'animaux, dont beaucoup ont un sillon nutritif ventral profond. L’existence de 4 flagelles (trois antérieurs, un
postérieur) est peut-être une synapomorphie de ce groupe, secondairement perdue par certains membres. Les Excavés
se trouvent en position basale de l’arbre des Eucaryotes dans les phylogénies basées sur l’ADN ribosomique : on a donc
souvent proposé que ces organismes descendent directement des eucaryotes primitifs, mais on ignore s’il ne s’agit pas
d’un artéfact de longues branches (voir p. 4). Ils sont souvent dépourvus de mitochondries, ce qui a conduit, à la fin des
années 1980, à les regrouper avec d’autres organismes sans mitochondries vraies, comme les Microsporidies, dans le
groupe des Archéozoaires – un groupe sensé être un lien entre Eucaryotes et Procaryotes. (Les Microsporidies sont en
fait placées auprès des Champignons vrais (taxon 8) sur la base de critères moléculaires et cellulaires : paroi chitineuse,
modalités de la mitose ; elles possèdent des mitochondries régressées.) Or, la plupart des Excavés ont possédé des
mitochondries, comme en témoignent l’existence d’hydrogénosomes(1), de gènes d’origine mitochondriale dans leurs
noyaux transférés acquis avant la perte des mitochondries, et parfois d’un saccule dérivé de la mitochondrie. Leur vie
anaérobie a pu conduire à la perte secondaire des mitochondries (au moins en tant qu’organite énergétique).
Ce groupe, représenté par peu d’espèces dans les phylogénies, pourrait éclater prochainement. Selon d’autres études, il
serait un groupe-frère des Discicristés. La liste qui suit n'est pas limitative (les Oxymonadines(2) sont peut-être inclus
dans ce taxon, les Hétérolobosés ont ici été réunis aux Discicristés, taxon 2) :
◊ Avec hydrogénosomes(1) : PARABASALIENS (= PARABASALIA ou AXOSTYLATA)
◊◊ sans Golgi, 0-6 flagelles : TRICHOMONADINES (Trichomonas)
◊◊ avec Golgi, nombreux flagelles : HYPERMASTIGOTES (symbiontes du TD des Termites : Joenia)
◊ Ni hydrogénosome , ni mitochondrie : METAMONADINES(2) (= RETORTAMONADINES s.l.)
(1) (3)

◊◊ : RETORTAMONADINES s.s. (Retortomonas)

◊◊ : DIPLOMONADINES (Giardia)
◊ Des mitochondries vraies : JAKOBIDES (Jakoba, Reclinomonas)(4)
(1)
Les hydrogénosomes sont des organites limités par deux membranes, réalisant des décarboxylations oxydatives
anaérobies et produisant de l’ATP, de l’acétate et du H2 à partir de pyruvate. Ils sont en fait dérivés de
mitochondries. Les groupes dotés d’hydrogénosomes auraient donc dérivé d’ancêtres pourvus de mitochondries.
(2)
Les OXYMONADINES (= Pyrsonymphidés, comme Oxymonas), aussi privés d’hydrogénosomes et de
mitochondries, sont parfois réunis aux Métamonadines, avec lesquels ils partagent un appareil cinétique fait de
2x2 flagelles (groupe des Tétramastigotes), mais cela pourrait être une convergence : les Tétramastigotes seraient
alors polyphylétiques. Proches d’un unicellulaire doté de mitochondries, Trimastrix, les Oxymonadines auraient
perdu leurs mitochondries secondairement.
(3)
Ces organismes possèdent des organites à deux membranes correspondant à des vestiges de mitochondries sans
rôle énergétique mais seulement quelques rôles biosynthétiques (« mitosomes »).
(4)
La monophylie et la position des Jakobides sont discutées – ils appartiennent peut-être aux Discicristés.

TAXON 2 – LES DISCICRISTES (EUGLENES, TRYPANOSOMES ET GROUPES AMIBOIDES ALLIES)

Les Discicristés sont un groupe d’unicellulaires qui partagent des mitochondries à crêtes discoïdes (= en forme de
raquettes de ping-pong, d’où leur nom) et un épiplasme, c’est-à-dire un cytosquelette formant une couche cytosolique
sous-membranaire rigide. Ce pourrait être un groupe-frère des Excavés. Noter que les Jakobides (Excavés, taxon 1)
appartiennent peut-être aux Discicristés.
◊ Organismes flagellés, à chromosomes toujours
condensés, une base azotée particulière (J(1)) : EUGLENOZOAIRES (=KINETOPLASTIDES)(1)
◊◊ Autotrophes facultatifs ou phagotrophes(2) : EUGLENOPHYTES (Euglena, Phacus)
◊◊ Parasites ou saprotrophes libres : TRYPANOSOMIDES(2) (Trypanosoma)
◊ Organismes amiboïdes à pseudopodes en lobes : HETEROLOBOSES s.l. (= PERCOLOZOAIRES s.l.)(3)
◊◊ Formation de pseudoplasmodes(3) : ACRASIOMYCETES s.s. (= ACRASIDES) (Acrasis)(4)
◊◊ Amibes sans plasmodes(3) à stade flagellé :
HETEROLOBOSES s.s. (= SCHIZOPYRENIDA, HETE-
ROLOBOSEA ou PERCOLOZOAIRES s.s.) (Naegleria)
(1)
Les Euglènozoaires possèdent une base azotée mineure particulière dans leur ADN, le ß-D-glycosyl-
hdroxyméthyl-uracile.
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Ce groupe comprennent aussi quelques unicellulaires évoquant des Ciliés (qui appartiennent quant à eux aux
Alvéolobiontes, taxon 3), les Pseudociliés comme Stephanopogon. Par ailleurs, des analyses de la diversité du
plancton par des moyens d’écologie moléculaire (voir ce mot dans le glossaire à la fin de ce polycopié) dans les
eaux marines indiquent que de nombreux picoeucaryotes (= de taille micrométrique) encore inconnus
appartiennent à des groupes proches des Euglènozoaires.
(2)
Plaste à 3 membranes et chlorophylles a et b, issu d’une algue verte endosymbiotique régressée, parfois
secondairement perdue (il a été acquis avant la divergence des Trypanosomides, qui l’ont secondairement perdu).
(3)
Un plasmode vrai est un ensemble de noyaux réunis dans un seul cytoplasme amiboïde : c'est un syncytium ou
coenocyte. Dans un pseudoplasmode, les noyaux sont encore séparés entre eux par des membranes plasmiques :
ce sont des cellules agrégées entre elles.
(4)
Autrefois les Acrasiomycètes s.s. étaient regroupés avec les Protostélides et les Dictyostélides (dans un groupe
nommé… Acrasiomycètes, au s.l.). Dans cette vision-là existait un groupe polyphylétique de Myxomycètes, au
sens très large de : Acrasiomycètes s.l. + Myxogastrides + Plasmodiophorales. Noter aussi que la position des
Hétérolobosés au sein de ce taxon n’est pas encore fermement assurée.

TAXON 3 - ALVEOLOBIONTES (ou ALVEOLOBIONTES, ALVEOLES, ALVEOLATA)

Groupe dont l'unité est apparue sur des caractères moléculaires. Certains de ces organismes présentent des saccules
sous la membrane plasmique, d'où leur nom d'Alvéolobiontes, et tous ont des mitochondries à crêtes tubulaires. Ce
groupe est un groupe-frère des Hétérocontes (qui ont des crêtes mitochondriales semblables), l’ensemble formant le
groupe des Chromalvéolés.

Figure 3. Principaux groupes des Alvéolobiontes - voir infra pour les taxa G1 et G2.
Les plastes des Dinophytes(1), des sporozoaires(2) comme l'agent du Paludisme, Plasmodium, et les chlorelles de certains
Ciliés montrent que des symbioses fixatrices de carbone ont souvent été acquises dans ce groupe (il est possible mais
non démontré que les plastes des deux premiers groupes dérivent de la même endosymbiose). L’existence de gènes
d’origine plastidiale dans le noyau des Ciliés suggère que l’ancêtre des Alvéolobiontes aurait eu un plaste (issu d’une
algue rouge). Par ailleurs, des travaux d’écologie moléculaire (voir ce mot dans le glossaire à la fin de ce polycopié)
dans les eaux marines indiquent que de nombreux picoeucaryotes (= de taille micrométrique) appartiennent à ce
groupe, soit dans des clades connus, soit dans des clades inconnus à ce jour (G1 et G2, figure 3).
◊ De nombreux flagelles courts (cils)
un macro- et un micro-nucleus : CILIES (= CILIOPHORA, CILIOBIONTES)
(Paramecium, Vorticella, Tetrahymena)
◊ Deux flagelles dans des sillons, autotrophes(1) ou non : DINOPHYTES(1) (= DINOZOAIRES s.s.,
DINOFLAGELLÉS) (Dinophysis et zooxanthelles)
◊ Ni flagellés ni ciliés, parasites :
◊◊ appareil apical s’attachant à l’hôte : SPOROZOAIRES(2) (= APICOMPLEXES)
(Babesia, Plasmodium, Toxoplasma)
◊◊ : PERKINSOZOAIRES (Perkinsus)…
(1)
Parfois secondairement non flagellés. Le terme "Dinoflagellés" est rejeté par ceux qui soulignent l’existence
d’espèces immobiles. Plaste typique à 3 membranes, issu d’une algue rouge, mais perdu et réacquis de
nombreuses fois – notamment une à partir d’haptophytes (Cf. taxon 4). Chez certaines espèces, des algues
eucaryotes ou des cyanobactéries endosymbiotiques remplacent le plaste vrai. Près de 50% des espèces sont
hétérotrophes (primitivement ou secondairement ?), ce qui amène certains à rejeter le terme "Dinophytes"
suggérant trop l’autotrophie.
Les Dinoflagellés contiennent les chlorophylles a et c, ce qui avait conduit à un regroupement, les Chromista ou
Chromophytes, avec les Ochrophytes (algues du taxon 2), les Cryptophytes, les Haptophytes voire certains
Choanoflagellés (taxon 4) : regroupement nettement polyphylétique.
(2)
Présence, par exemple chez Plasmodium, d’un organite dérivé d’un plaste : issu d’une algue rouge, il n’effectue
plus la photosynthèse, mais est impliqué dans d’autres synthèses pour la cellule.
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TAXON 4 - HETEROCONTES s.l. (ou HETEROCHONTES, STRAMENOPILES)

Groupe comprenant des hétérotrophes unicellulaires et filamenteux (ceux-ci étaient autrefois classés parmi les
champignons : Oomycètes) et des autotrophes unicellulaires ou multicellulaires. Ce groupe serait un groupe-frère des
Alvéolobiontes (qui ont comme eux des mitochondries à crêtes tubulaires, et forment avec eux les Chromalvéolés). Le
plaste à 4 membranes dérive, lorsqu’il est présent, d’une algue rouge endosymbiotique. La richesse en fucoxanthine de
certains membres vaut parfois à ce groupe le nom de "Lignée Brune". Les Hétérocontes possèdent : une paroi
cellulosique, des réserves sous forme de β-1-3 glucanes solubles (laminarines stockées dans les vacuoles), des
mitochondries à crêtes tubulaires et surtout un appareil cinétique à deux flagelles dissemblables, qui leur vaut leur
nom ("à poils différents"). Sur les cellules mobiles (gamètes ou spores), le flagelle antérieur est couvert de poils
tubulaires tripartites (mastigonème) et le postérieur est lisse, exception faite des Hypochytridiomycètes et des Opalines
notamment (perte secondaire d’un ou deux flagelle).
Haptophytes et Cryptophytes sont proches et ont un plaste de même origine que les hétérocontes photosynthétiques.
Ils ont sans doute une position plus basale : les CHROMISTA (hétérocontes photosynthétiques + ces 2 groupes) ne sont
pas monophylétiques. Le plaste aurait été perdu chez les autres hétérocontes. Des travaux d’écologie moléculaire (voir
glossaire) dans les eaux marines révèlent des picoeucaryotes (= de taille micrométrique) dans des clades connus ou
inconnus (notamment proches des Oomycètes, des Diatomées, des Labyrinthulides et des Haptophytes).

Figure 4. Principaux groupes des Hétérocontes ; * : acquisition du plaste (hypothèse "tardive").

◊ Hétérotrophes (2) : (ensemble sans doute polyphylétique, n’ayant pas ou plus de plaste ?)
◊◊ Unicellulaires : OPALINES (Opalina), BICOSOECIDES (Cafeteria),
Héliozoaires Actinophryidés (Actinophrys)
Et autres taxons (Blastocystis…)
◊◊ Unicellulaires formant un réseau : LABYRINTHULIDES(1) (Labyrinthula)
◊◊ Paroi formée d’écailles en galactanes : THRAUSTOCHYTRIDES (Thraustochytrium)
◊◊ Filamenteux (siphon coenocytique) : taxon polyphyl. autrefois classé parmi les champignons
(2)(4)
◊◊◊ Zoïdes hétérocontés, des oospores : OOMYCETES (Phytophtora, Plasmopara)
◊◊◊ Zoïdes à un seul flagelle antérieur : HYP(H)OCHYTRIDIOMYCETES (Rhizochytrium)
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◊ Autotrophes (chlorophylle a et c) : OCHROPHYTES(3) (= HETEROCONTOPHYTES)

◊◊ Pluricell., avec alginates et plasmodesmes : PH(A)EOPHYTES (= ALGUES BRUNES) (Fucus)
◊◊ Unicellaires à frustules siliceux : DIATOMOPHYTES (= DIATOMEES,
BACILLARIOPHYTES) (Navicula)
◊◊ Et autres unicell. ou filamenteux dont : XANTHOPHYTES (Vaucheria), CHRYSOPHYTES,
BOLIDOPHYTES, DICTYOPHYTES, EUSTI-
GMATOPHYTES, PEDINELLOPHYTES, PELA-
GOPHYTES, RAPHIDOPHYTES, TRIBOPHYTES, etc.
Incertae sedis d’affinité hétéroconte probable(4) :
◊◊ Phycobiliprotéines(5) en solution dans les thylakoïdes,
chlorophylles a et c, amidon, nucléomorphe(5) : CRYPTOPHYTES(5) (Cryptomonas)
◊◊ Chlorophylles a et c, pas d'amidon, haptonème(6) : HAPTOPHYTES (= PRYMNESIOPHYTES)
(dont les Coccolithophoridées de la craie)
(1)
Groupe d’amiboïdes dont les cellules forment un réseau ressemblant à un plasmode, ce qui les plaçait autrefois
parmi les Myxomycètes s.l. (voir taxon 7), sous le nom de Labyrinthulomycètes ou Hydromyxomycètes (terme à
éviter !). Un autre groupe, les Thraustochytridiomycètes, est aussi reclassé auprès des Labyrinthulides.
(2)
La position exacte des Opalines (affinités avec les Alvéolobiontes) reste incertaine ; les hétérocontes hétérotrophes
contiennent quelques Héliozoaires et des Champignons au sens classique, qui ne sont donc pas monophylétiques
(voir taxon 8.1). L’oospore est un zygote enkysté, diploïde (à opposer à la zygospore Zygomycètes, taxon 8.1).
(3)
La présence commune de chlorophylle c avait conduit à un regroupement avec les Dinophytes (taxon 3), les
Cryptophytes, les Haptophytes, voire certains Choanoflagellés (taxon 8), au sein des "Chromophytes" – groupe
nettement polyphylétique. On appelait "Chromista" l’ensemble Hétérocontes hétérotrophes + Chromophytes. A
éviter, car les Dinophytes (au moins !, voir taxon 3) sont indépendants évolutivement !
(4)
Si les Haptophytes et les Cryptophytes étaient des lignées basales (figure 4), alors l’acquisition du plaste des
Hétérocontes pourrait être antérieure à l’émergence des lignées non photosynthétiques, qui auraient donc perdu
leurs plastes. Ceci est soutenu par le génome nucléaire de Phytophthora, un oomycète, qui comporte des gènes
d’origine plastidiale : les oomycètes au moins ont perdu leur plaste.
(5)
Protéines pigmentées (hème tétrapyrolique) assurant la collecte de la lumière : phycoérythrine, phycocyanine,
allophycocyanine. Egalement présentes chez les Rhodobiontes et les Glaucocystophytes - taxon 5 -, proches
parents du plaste de ces organismes). Le nucléomorphe est le noyau vestigial de l’algue rouge internalisée. Les
Cryptophytes ont une position discutée, certains défendant un lien au taxon 5.
(6)
Haptonème : diverticule cellulaire filamenteux (contenant des microtubules entourés de réticulum), placé entre les
flagelles. Selon les cas, il sert à éviter les obstacles, adhérer au substrat ou capturer des proies pour les espèces
facultativement phagotrophes.

TAXON 5 – LIGNEE VERTE = ALGUES ROUGES + CHLOROBIONTES (= CHLOROPHYTES s.l.)

L’unité de ce groupe auquel appartiennent les Glaucocystophytes (voir ci-dessous et figure 2) a été démontrée à partir
de gènes nucléaires. Les eucaryotes dont les plastes dérivent d’endosymbiose primaire (= dérivés directement de
cyanobactéries) sont donc monophylétiques. Nous distinguerons deux taxons (parfois regroupés en "Métabiontes") :

◊ Chlorophylle a et phycobiliprotéines : 5.1. - ALGUES ROUGES (=RHODOBIONTES)

◊ Chlorophylle a et b : 5.2. - CHLOROBIONTES (= CHLOROPHYTES s.l.)

Figure 5.1. Principaux groupes du taxon 5 (Chlorobiontes + Rhodobiontes). Noter que

certains groupes d’algues vertes choisis, importants par leur écologie, diffèrent de ceux
retenus dans l’ouvrage de Le Guyader et Lecointre (p. 142, 2ème édition). Voir figure 5.2.
 10

Dans la Lignée Verte figurent aussi les GLAUCOCYSTOPHYTES, algues unicellulaires flagellées et les Picobiliphytes
(picoeucaryotes à phycobilisomes découvert par les méthodes de l’écologie moléculaire). Les plastes à 2 membranes de
ces organismes ressemblent tellement à des cyanobactéries (chlorophylle a et phycobiliprotéines, présence d’une mince
paroi de peptidoglycanes résiduelle) que beaucoup d’ouvrages les décrivent comme des "protozoaires" dotés de
cyanobactéries endosymbiotiques ou "cyanelles". Mais le génome réduit de ces "cyanelles" s’apparente à des génomes
de plastes et non à celui de cyanobactéries vraies.

5.1 - RHODOBIONTES (ou RHODOPHYTES, ALGUES ROUGES)

Groupe d'autotrophes à chlorophylle a et phycobiliprotéines, sans cellule flagellée et avec amidon extraplastidial
(appelé selon les auteurs rhodamidon, rhodamilon ou amidon floridéen) : les Algues Rouges. Quelques espèces
parasites ont secondairement perdu leurs plastes.
◊ Thalles simples à croissance diffuse, synapses(1) absentes
ou particulières, pas de tétrasporocyste(2) : BANGIOPHYTES (= BANGIOPHYCIDEES)(3) (Porphyra)
◊ Thalles souvent multicellulaires, à croissance localisée,
synapses typiques, tétrasporocystes(2) : FLORIDEOPHYTES (= FLORIDEOPHYCIDEES)
(Antithamnion, Chondrus)
(1)
Structure de communication intercellulaire (peu étudiée, analogue aux plasmodesmes des Archégoniates).
(2)
Cyste comportant les spores méiotiques.
(3)
Paraphylétiques, ils comprendraient peut-être les Prérhodophytes (Cyanidioschyzon) ; les Cyanidiales,
thermophiles également pourvus de phycobiliprotéines (Cyanidium), sont un groupe-frère des Rhodophytes.

5.2 - CHLOROBIONTES (ou CHLOROBIONTES, CHLOROPHYTES s.l., VIRIDIPLANTAE)

Autotrophes (sauf secondairement certaines espèces comme Neottia ou les Orobanches) qui possèdent de l'amidon
intraplastidial et les chlorophylles a et b. Ils ont souvent des cellules flagellées (2 ou 4 flagelles identiques, perdus chez
certains groupes comme les Angiospermes) et une paroi cellulosique. La classification repose sur l'appareil flagellaire et
la division cellulaire (critères non détaillés ici, qui subdivisent notamment les Chlorophytes s.s.).

◊ Spores et gamètes dans des cystes : ULVOBIONTES (CHLOROPHYTES de certains auteurs)(1)

◊◊ Dulçaquicoles : CHLOROPHYTES s.s. (Chlamydomonas, Volvox)
◊◊ Pluricellulaires marines : ULVOPHYTES (Ulva, Codium) et algues de certains lichens
◊◊ Avec thèque à écailles et chl. c : PRASINOPHYTES(1) (Tetraselmis de Convoluta roscoffensis)
◊◊ Algues souvent aériennes : TREBOUXIOPHYTES (dont les algues de certains lichens)
TRENTEPOHLIOPHYTES (Trentepohlia libres ou lichenisées)
◊◊… : PEDINOPHYTES
◊ Cellules stériles entourant les gamètes
voire les spores (= anges) : STREPTOPHYTES
◊◊ Algues dulçaquicoles : CHAROPHYTES s.l. (2)(3)
◊◊◊ Filamenteuses, fécond° par conjugaison : ZYGNEMATOPHYTES (Spirogyra, Zygnema)
◊◊◊ Ramifiées et calcifiées : CHAROPHYTES s.l. (= CHARACÉES) (Chara, Nitella)(2)
◊◊◊ Parenchymateuses : COLEOCHAETOPHYTES (Coleochaete)(2)(3)
◊◊◊ : KLEBSORMIDIOPHYTES (Klebsormidium),
CHLOROKYBOPHYTES (Chlorokybus)
◊◊ Terrestres, à archégones : ARCHEGONIATES (= EMBRYOPHYTES) (2)(3), page suivante
(1)
La monophylie des Ulvobiontes est parfois mise en doute : la position (et même la monophylie) des Prasinophytes
soulève des problèmes. Donc, peut-être paraphylétique.
(2)
Charophytes s.s., Coléochaetophytes et Archégoniates forment un groupe monophylétique, les
Plasmodesmophytes, avec pour synapomorphie des plasmodesmes reliant les cytoplasmes cellulaires entre eux et
des filaments branchés.
(3)
Deux phylogénies possibles : Coléochaetophytes + Archégoniates sont monophylétiques (= les
Parenchymophytes, avec pour apomorphie les vrais tissus ou parenchymes) ou bien Charophytes +
Archégoniates sont monophylétiques (unis par la possession de méristèmes). La seconde possibilité est le plus
souvent admise actuellement.
 11

Figure 5.2. Principaux groupes d’Embryophytes, avec détail des Trachéophytes = Polysporangiophytes(1).
Regroupements paraphylétiques : 1, Spermaphytes ; 2, Préspermaphytes ; 3, Ptéridophytes ; 4, Bryophytes. h,
apparition convergente de l’hétérosporie, limitée à certaines lignées lorsque la lettre est entre parenthèses. Des
résultats récents suggèrent que les Hépatiques seraient en position la plus basale –cela reste à clarifier. Noter la
position assez basale des Angiospermes !

Phylogénie des Archégoniates ou Embryophytes, limitée aux groupes actuels (figure 5.2) :
◊ Haplophase dominante, non vasculaires,
sporophyte sur le gamétophyte : BRYOPHYTES s.l. (= ATRACHAETAE)
◊◊ Sporophyte ± pédonculé à croissance définie : BRYOPHYTES (s.s. = MUSCI, Mousses)
◊◊ Sporophyte pédonculé avec méristème : ANTHOCEROTOPHYTES (Anthoceros)
◊◊ Sporophyte enveloppé dans le gamétophyte : HEPATOPHYTES (= MARCHANTIOPHYTES,
Hépatiques) (Marchantia)

◊ Diplophase dominante, sporophyte libre à

sporanges multiples, végétaux vasculaires : TRACHEOPHYTES (= POLYSPORANGIOPHYTES(1))
◊◊ Présence de microphylles (feuilles à
vascularisation absente ou non ramifiée) : LYCOPHYTES (= MICROPHYLLOPHYTES)(2)
◊◊◊ Homosporés, prothalles hermaphrodites : LYCOPODES (Lycopodium)
◊◊◊ Hétérosporés, prothalles sexués : SELAGINELLES (Selaginella) et ISOETES
◊◊ Présence d’euphylles (feuilles à
vascularisation importante et ramifiée) : EUPHYLLOPHYTES
◊◊◊ SPHENOPHYTES (= ARTHROPHYTES, EQUISETOPHYTES)(2)(3) Equisetum
(2)(3)(4)
◊◊◊ FILICOPHYTES (= FOUGERES) Fougères (dont Psilotum)
(5)(6)
◊◊◊ CYCADOPHYTES Cycas
 12

◊◊◊ GINKGOPHYTES(5)(6) Ginkgo

(6)(7)(8)
◊◊◊ PINOPHYTES (= CONIFEROPHYTES, GYMNOSPERMES s.s.) Pinus, Ephedra
◊◊◊ MAGNOLIOPHYTES (= ANGIOSPERMES)(6)(7)(8)
◊◊◊◊ Pollen à 1 aperture :
MAGNOLIOPSIDA(9) Magnolia, Piper
MONOCOTYLEDONES (= LILIOPSIDA) Lilium
◊◊◊◊ Pollen à 3 apertures :
EUDICOTYLEDONES(9) :
RANUNCULOPSIDA Ranunculus
ROSOPSIDA Rosa
ASTEROPSIDA Aster
(1)
L’appellation "Polysporangiophytes" insiste sur le fait que, par opposition aux Bryophytes, chaque sporophyte
porte ici plusieurs sporanges. Si tous les sporangiophytes actuels sont vasculaires, et appartiennent aux
Trachéophytes, il existe des exceptions fossiles (Aglaophyton de la flore de Rhynie, non vasculaire).
(2)
Les Ptéridophytes (Lycophytes + Sphénophytes + Filicophytes) sont paraphylétiques (figure 5.2).
(3)
Sphénophytes et Filicophytes forment un groupe monophylétique, les Moniliformopses, par opposition au reste
des Euphyllophytes, les Radiatopses = Phanérogames (figure 5.2). Des travaux placent les Equisétophytes au sein
des Fougères (en groupe frère du groupe des Marattioïdes, en un ensemble lui-même frère des Leptosporangiées).
(4)
Psilotum, contrairement à une idée très répandue, est en fait une filicophyte actuelle régressée(7) sans affinité avec
les fossiles du Primaire (Rhynia, etc…) : les Psilophytes qui regroupaient Psilotum à ces fossiles sont
polyphylétiques. Les Filicophytes seraient monophylétiques et constitués de deux lignées : les Fougères
leptosporangiées d’une part et Psilotum + les fougères eusporangiées (Botrychium, Ophioglossum) d’autre part
(figure 5.2 ; noter que les termes lepto- et eu-sporangiées ne recouvrent pas exactement leur sens ancien ici).
(5)
Les Cycadophytes et les Ginkgophytes, ainsi que divers groupes fossiles, forment les Préspermatophytes =
Préspermaphytes, groupe polyphylétique caractérisé par la prégraine (qui n’est pas nécessairement plésiomorphe !
figure 5.2).
(6)
Les Phanérogames (Cycadophytes + Ginkgophytes + Pinophytes + Gnétophytes + Magnoliophytes) sont les
plantes "à noces visibles" (étymologiquement) – à graines ou à pré-graines. On utilise maintenant le terme
synonyme "Radiatopses" (figure 5.2).
(7)
Les Pinophytes, Gnétophytes et Magnoliophytes forment les Spermatophytes = Spermaphytes, ou plantes à graines
vraies, souvent considérés comme monophylétiques. Des travaux récents suggèrent cependant que les
Angiospermes sont en position plus basale au sein des Radiatopses – la graine serait alors apparue de façon
convergente, et les Spermaphytes sont polyphylétiques !
(8)
Les Gnétophytes (Ephedra, Gnetum…) seraient en fait un groupe de Pinophytes, voisin des Pinacées ! Les
Gnétophytes étaient regroupés avec les Magnoliophytes dans les plantes à fleurs et à double fécondation,
également appelées Anthophytes. Ce groupe (qui inclut parfois aussi des taxons fossiles comme les Bennettitales),
est donc polyphylétique : fleur et double fécondation seraient apparues indépendamment chez les Angiospermes
et les Gnétophytes.
(9)
Si les Monocotylédones sont monophylétiques (apomorphie : fleurs de type 3, perte des formations
secondaires…), il n’en va pas de même des Dicotylédones. On distingue actuellement un groupe basal
paraphylétique (Magnoliopsida) d’où émergent deux ensembles monophylétiques : les autres dicotylédones
(Eudicotylédones) et les Monocotylédones. Voir dossier Pour La Science n°26 "De la graine à la plante".

TAXON 6 – CERCOZOAIRES = RHIZARIA (DONT FORAMINIFERES ET CHLORARACHNIOPHYTES)

Groupe d’unicellulaires amiboïdes et/ou flagellés, à pseudopodes souvent filiformes et allongés (filopodes), parfois
photosynthétiques (figure 2 ; deux acquisitions des plastes(2)(3)), sans aucune synapomorphie morphologique. Selon des
travaux d’écologie moléculaire (voir le glossaire à la fin de ce polycopié), de nombreux picoeucaryotes des eaux
marines non encore décrits appartiennent à un clade voisin des Radiolaires et de nombreux organismes des sols se
rattachent à ce taxon. Selon de récents résultats, ce taxon pourrait bien se placer en groupe-frère des Hétérochontes !

◊ A filopodes(1) en réseau, souvent avec test : FORAMINIFERES (= GRANULORETICULOSES) (Nummulites)

(1)
◊ A filopodes en réseau, souvent sans test : CERCOMONADES s.l. ou FILOSA
◊◊ Non photosynthétiques : CERCOMONADES(2) (Cercomonas)
& EUGLYPHINES(3) (Euglyphina, Paulinella)
 13

◊◊ Chlorophylles a et b, réserves amylacées : CHLORARACHNIOPHYTES(2) (Chlorarachnion)

◊ Avec axopodes(1) : RADIOLAIRES(4) (Hexacontium), HELIOZOAIRES(5)
Desmothoracidés (Clathrulina), voire Centrohélides ??
(Heterophrys)
◊ Parasites : ENDOMYXA, dont entre autres :
◊◊ Parasites de végétaux : PLASMODIOPHORIDES (= PLASMODIOPHORALES)
(Plasmodiophora) et PHYTOMYXEA (Phagomyxa)
◊◊ Parasites de bivalves : PARAMYXIDES et HAPLOSPORIDIES (Haplosporidium)

(1)
Filopodes : fines extensions cellulaires allongées, soutenues par le cytosquelette. Axopodes : expansions cellulaires
plus massives, formées autour d'un axe de microtubules (peut-être apparues plusieurs fois dans l’évolution ?).
(2)
Le plaste des Chlorarachniophytes possède 4 membranes et est une algue verte régressée dont il persiste encore
un noyau vestigial (nucléomorphe). Les Chlorarachniophytes émergeraient peut-être au sein des Cercomonades.
(3)
Groupe énigmatique et mal circonscrit (Paulinella a des plastes qui constitueraient un second cas d’endosymbiose
primaire impliquant des cyanobactéries, avec celui de la Lignée Verte), parfois classé parmi les Thécamoebiens (=
Testaceafilosea + Sarcomonadea) ou les Rhizopodes (terme très vague, voir lexique !).
(4)
Les Radiolaires comportent trois lignées : les Phaeodarea se placent au sein des Cercozoaires tandis que les
Acantharés et les Polycistinés forment un ensemble monophylétique indépendant. Ces derniers pourraient être
constituer un groupe-frère de l’ensemble des autres Cercozoaires. D’autres phylogénies les réunissent aux
Foraminifères, au sein des Retaria (qui serait aussi groupe-frère de l’ensemble des autres Cercozoaires).
(5)
Les Héliozoaires sont un groupe amiboïde polyphylétique. Certains sont rapportés aux Hétérocontes
(Actinophryidés, taxon 4), d’autres aux Cercozoaires (Desmothoracidés) – tandis que les Héliozoaires
Centrohélides, classiquement rapprochés des Radiolaires sans grandes raisons, constituent peut-être un groupe
indépendant d’eucaryotes à eux seul.

Figure 5.3. Relations phylogénétiques entre les principaux groupes du taxon 6.

TAXON 7 – AMIBOZOAIRES (= MYXOMYCETES POUR PARTIE, ET GROUPE ALLIES)

Groupe d’unicellulaires amiboïdes et/ou flagellés, sans test, à pseudopodes souvent en lobes, formant parfois des
plasmodes(1), avec mitochondries à crêtes tubulaires. Certains avaient été placés parmi les champignons, au sein des
Myxomycètes(2). Ce groupe serait un groupe-frère des Opisthocontes (résultat discuté, voir racine R2, figure 2).
◊ Amiboïdes formant des plasmodes(1)
formant des sporophores aériens: MYCETOZOAIRES = MYXOMYCETES s.l.(2)
◊◊ Plasmodes vrais, sporophores avec
péridium(3), stade amibe flagellé : MYXOGASTRIDES (= MYXOMYCETES s.s.) (Physarum)
(1)
◊◊ Pseudoplasmodes , faits de cellules
agrégées, stade amibe non flagellé : DICTYOSTELIDES (Dictyostelium)
◊◊ Petits plasmodes vrais, sporophores
à 1-2 spores, flagelle présent ou non : PROTOSTELIDES (Ceratiomyxa, Protostelium)
◊ Amiboïdes unicellulaires formant
des pseudopodes en lobes :
◊◊ Pas de mitochondries(4) : ARCHEAMIBES (= ARCHAMOEBA)
◊◊◊ : PELOBIONTES(4) (Mastigamoeba, Pelomyxa)
◊◊◊ : ENTAMIBES(4) (= ENTAMOEBA) (Entamoeba, Archamoeba)
◊◊ Des mitochondries : LOBOSES(5) s.s. (Amoeba, Acanthamoeba)
 14

(1)
Un plasmode vrai est un ensemble de noyaux réunis dans un seul cytoplasme amiboïde : c'est un syncytium ou
coenocyte, formé après fécondation entre deux cellules amiboïdes. Dans un pseudoplasmode, les noyaux sont
encore séparés entre eux par des membranes plasmiques : ce sont de multiples amibes qui s’agrégent.
(2)
Autrefois les Acrasides = Acrasiomycètes s.s. (taxon 2) étaient regroupés avec les Mycétozoaires et les
Plasmodiophorales, voire parfois même avec les Labyrinthulomycètes et les Thraustochytridiomycètes (taxon 4)
en un groupe de Myxomycètes s.l. (aussi appelé Myxomycétozoaires s.l.). Noter aussi que certaines phylogénies
rapprochent les Hétérolobosés des Mycétozoaires (ce dont je n’ai pas tenu compte ici !). Les Protostélides
pourraient être polyphylétiques.
(3)
Le péridium est une assise acellulaire limitant le sporophore et protégeant les spores.
(4)
Existence de mitosomes ou hydrogénosomes chez les Pélobiontes et de cryptons (= mitosomes) chez les
Entamibes, qui sont des dérivés des mitochondries.
(5)
Incluant les Vahlkampfiidés, monophylie douteuse.

TAXON 8 – OPISTHOCONTES (= CHITINOBIONTES = CHAMPIGNONS VRAIS + METAZOAIRES)

Les "Champignons vrais" et les Métazoaires forment le groupe monophylétique des Opisthocontes avec les
Choanoflagellés et quelques autres unicellulaires (voir ci-dessous). Ce groupe serait un groupe-frère des Amibozoaires
(résultat discuté, voir p. 4). Les Opisthocontes partagent entre eux : des mitochondries à crêtes aplaties, éventuellement
un flagelle unique et postérieur (propulsif = "pulselle", d’où leur nom signifiant "à flagelle postérieur"), la perte de la
voie de biosynthèse de la lysine (réinventée par une voie biochimique différente chez les champignons), le glycogène
comme forme de réserve et diverses ressemblances moléculaires. Ils possèdent également de la chitine, d’où le nom de
Chitinobiontes qui leur est parfois donné. Nous distinguerons :

◊ Osmotrophes, avec une paroi chitineuse 8.1. – EUMYCETES (= FUNGI)

◊ Phagotrophes, matrice intercellulaire collagénique 8.2. – METAZOAIRES (= ANIMAUX)

On mentionnera aussi ici deux groupes : les CHOANOFLAGELLES (figure 6.1) ; souvent coloniaux, parfois dotés de
plastes, ces organismes unicellulaires ont une collerette de pseudopodes autour du flagelle et ressemblent aux cellules
revêtant les cavités internes des éponges ; certains ouvrages les présentaient comme les "ancêtres" des animaux.
Choanoflagellés et animaux partagent une apomorphie, le choanocyte, qui fait parfois appeler cet ensemble
"Choanoorganismes" (monophylie à préciser). Il se pourrait que, dans leur délimitation actuelle, les Choanoflagellés ne
soient pas tout à fait monophylétiques. Le groupe des ICHTYOSPORES ("DRIPs" de certains auteurs, incluant les
Mésomycétozoaires) a émergé d’analyses phylogénétiques récentes : ce groupe-frère des Choanoorganismes comprend
divers unicellulaires, dont certains étaient auparavant traités comme des champignons (Trichomycètes, pour partie).
D’autres unicellulaires sont situés dans cet ensemble, comme certaines amibes (les Nucléariidées et les Ministériidés).

Figure 6.1. Principaux

groupes des Opisthocontes
s.l.

8.1 - EUMYCETES (ou EUMYCOTA, MYCOTA s.s., CHAMPIGNONS VRAIS)

Les Eumycètes (figure 6.2) présentent : une diplophase souvent réduite ou absente ; une voie de biosynthèse de la
lysine originale (voie de l’α-amino-adipate) ; de la chitine dans la paroi et du glycogène dans le cytoplasme ; une
hétérotrophie avec une nutrition absorbotrophe imposée par la paroi. Beaucoup de groupes anciennement rattachés en
sont donc exclus : les Oomycètes et groupes voisins, qui sont des Hétérocontes (paroi cellulosique et réserves sous
forme de β-1-3 glucanes solubles), les Mycétozoaires (= Myxomycètes s.l., sans chitine ni glycogène, voir taxon 7),
certains Trichomycètes reportés dans les Ichtyosporés (figure 6.1) et bien sûr les Actinomycètes (bactéries filamenteuses
Gram +). En revanche, certains unicellulaires parasites (les MICROSPORIDIES, comme Enterocytozoon, voir
commentaires du taxon 1 à ce propos) doivent être réunis aux Eumycètes pour que ceux-ci soient monophylétiques,
mais on ne sait encore où les placer avec exactitude. Les termes de Siphonomycètes et de Phycomycètes désignent des
groupes polyphylétiques, puisqu’ils incluaient les Oomycètes (appartenant aux Hétérocontes, taxon 4) avec certains
Eumycètes. Attention, les Lichens(4) et les Champignons Imparfaits(5) n’ont pas non plus de sens phylogénétique. Noter que
la terminaison –mycètes est ici équivalente aux désinences –mycota ou –mycotina.
 15

Chytridiomycètes

Zygomycètes

Gloméromycètes Amastigo-
mycètes
Ascomycètes Septo-
mycètes
Basidiomycètes

Acquisition d’une Sortie des eaux, Acquisition de cloisons,

voie de biosynthèse perte des flagelles de faux-tissus et de la
de la lysine et centrioles dicaryophase

Figure 6.2. Principaux groupes des Eumycètes (sauf Microsporidies dont la position exacte est incertaine).

◊ Fécondation normale (caryogamie

succédant à la plasmogamie),
hyphe non cloisonné à l'état jeune : Ensemble paraphylétique mal résolu
◊◊ Cellules nues et flagellées (= zoïdes)
pendant une courte période du cycle
souvent aquatiques : CHYTRIDIOMYCETES (Neocallimastix, symbionte du rumen)
◊◊ Jamais de zoïde : ZYGOMYCETES au sens ancien
◊◊◊ Fécondation formant une zygospore(1) : ZYGOMYCETES(0)(1) (Mucor, Rhizopus)
◊◊◊ Pas de sexualité connue, formant des
endomycorhizes vésiculo-arbusculaires : GLOMEROMYCETES (= GLOMALES) (Glomus)
◊ Fécondation dissociée en deux étapes
(caryogamie différée menant à un dicaryon(2)),
hyphe régulièrement cloisonné,
possibilité de faux-tissus : SEPTOMYCETES (= DICARYOMYCETES)(0)(2)
◊◊ Spores méiotiques contenues
dans le sporocyste (asque) : ASCOMYCETES(0)
◊◊◊ Asques non protégés : HEMIASCOMYCETES s.l.
◊◊◊◊ : ARCHIASCOMYCETES(3) (Pneumocystis,
Schizosaccharomyces, Taphrina)
◊◊◊◊ : SACCHAROMYCETES (= HEMIAS-
COMYCETES s.s.) (Saccharomyces)
◊◊◊ Asques dans une fructification(4)
± charnue corps de Woronin(5) : EUASCOMYCETES(6)
◊◊◊◊ Fructif° close (cléistothèce) : PLECTOMYCETES (Oïdium)
◊◊◊◊ Fructif° ouverte par un ostiole (périthèce) : PYRENOMYCETES (Ergot de Seigle, Xylaria)
◊◊◊◊ Fructif° nue (ascostroma) : LOCULOASCOMYCETES (le lichen Verrucaria)
◊◊◊◊ Fructif° ouverte (apothécie) ou
secondairement close (truffe) : DISCOMYCETES (Pyronema, Tuber)
◊◊ Spores méiotiques portées sur un
diverticule (stérigmate) du sporocyste,
la baside), incompatibilité tétrapolaires(5) : BASIDIOMYCETES(0)(7)
◊◊◊ Basides toujours cloisonnée, non
protégées, champignons parasites :
◊◊◊◊ Généralement dixènes : UREDINIOMYCETES (Rouilles, Puccinia)
◊◊◊◊ Généralement monoxènes : USTILAGINOMYCETES (Charbons p.p., Ustilago)
 16

◊◊◊ Basides à corps entier ou cloisonné,

sur un hyménium(4) parfois porté sur
une fructification(4), des dolipores(5) : HYMENOMYCETES (= BASIDIOMYCETES s.s)(8)
AGARICALES s.l. (= Euagaricales, Amanites,
Agaricus), RUSSULALES (Russules, Lactaires),
APHYLLOPHORALES (Polypores, Pied de mouton…),
AURICULARIALES (Ch. Chinois)…
◊◊ Pas de méiose, reproduction asexuée : DEUTEROMYCETES(9) (= CHAMPIGNONS
IMPARFAITS ou FUNGI IMPERFECTI)
(0)
Zygo-, Gloméro-, Asco- et Basidio-mycètes appartiennent aux Amastigomycètes, champignons terrestres sans
flagelle (ou secondairement aquatique). Centrosome remplacé par un centre organisateur des microtubules,
enchâssé dans l’enveloppe nucléaire ("spindle pole body"). La note(1) montre la polyphylie des Amastigomycètes.
(1)
Zygo- et Chytridio-mycètes sont probablement non monophylétiques, et mélangés entre eux (pertes multiples du
flagelle au cours de l’évolution). La conservation de ces taxons, qui forment un ensemble basal paraphylétique, est
provisoire. Un ancien groupe, les Trichomycètes, sont en partie fondus dans les Zygomycètes (tandis que les autres
Trichomycètes sont des Ichtyopsorés, voir figure 6.1). La zygospore est un zygote enkysté qui subit
immédiatement la méiose.
(2)
Ce groupe, les Septomycètes (les hyphes ont des cloisons transversales régulières ou septums) ou Dicaryomycètes
(présence d’un état dicaryotique = cellules abritant deux noyaux haploïdes différents), est aussi parfois appelé
maladroitement "Champignons supérieurs".
(3)
Ce groupe hétérogène est parfois exclu des Ascomycètes et considéré comme basal parmi les Septomycètes.
(4)
L’hyménium est une surface portant les asques ou les basides ; la fructification est un organe charnu (faux-tissus)
portant et protégeant l’hyménium (synonymes : carpophore, sporophore).
(5)
Il existe toujours un pore au milieu des cloisons transversales des hyphes des Septomycètes. Corps de Woronin et
dolipores sont des types d’ornementation de ce pore, gouvernant probablement les échanges entre compartiments
de l’hyphe. Il existe aussi des incompatibilités sexuelles : contrôlées par un seul gène chez les Ascomycètes (inc.
bipolaires), elles le sont par deux en général chez les Basidiomycètes (inc. tétrapolaires).
(6)
La plupart des champignons formant des Lichens (ascolichens) appartiennent à différents groupes
d’Euascomycètes (quelques basidiolichens existent aussi). Les lichens n'ont pas d'existence propre dans la
classification, mais les partenaires (algue ou cyanobactérie et champignon) doivent être classés chacun
séparément. Par convention, le nom donné au lichen est celui du champignon.
(7)
Autrefois, les basidiomycètes étaient divisés en deux groupes : les Hétérobasidiomycètes regroupaient les Rouilles,
les Charbons et divers champignons à fructifications gélatineuses, appelés Protobasidiomycètes (= Gélimycètes
comme le Champignon chinois), sur la base d’une baside cloisonnée (de façon variable, d’ailleurs) ; ce groupe
s’opposait aux Homobasidiomycètes (= Holobasidiomycètes), à basides entières. On éclate maintenant les
Hétérobasidiomycètes en séparant les Rouilles et les Charbons et en rapprochant les Protobasidiomycètes des
Homobasidiomycètes au sein des Hyménomycètes, qui ont des fructifications et donc un hyménium (surface fertile
portant les spores).
(8)
Ce groupe (contenant la majeure partie des espèces connues du public !) a été augmenté par rapport à son
acception traditionnelle. (1) On y a ajouté certains champignons à fructification et à basides cloisonnées (Ch.
Chinois) : la baside cloisonnée y est plésiomorphe et la baside entière apparaît à plusieurs reprises, avec des
réversions ! (2) On y a ajouté les Gastéromycètes (champignons à basides protégées dans une fructification close,
comme les Vesses de Loup, avec des spores sessiles sur leurs basides), qui sont apparus à de nombreuses reprises
parmi les Hyménomycètes. Ce groupe polyphylétique, auparavant individualisé (au sein des
"Homobasidiomycètes", on séparait Gastéromycètes et Hyménomycètes), doit maintenant être omis. L’évolution
morphologique, particulièrement rapide et homoplasique chez les Hyménomycètes, a débouché sur des
classifications morphologiques remarquablement contradictoires avec les phylogénies moléculaires ! Les
subdivisions sont encore discutées, et difficiles à caractériser sur la morphologie.
(9)
Groupe pratique et fréquemment utilisé, mais en réalité constitué de diverses lignées d'Asco- et Basidio-mycètes
n'effectuant plus leur cycle sexué : aucune réalité phylogénétique donc ! A proscrire, indiqué ici pour mémoire.

8.2 - METAZOAIRES (= ANIMAUX) s.l.

Noter que la mobilité n’est pas une caractéristique exclusive ou générale de ce groupe ! Synapomorphies :
spermatozoïde à flagelle postérieur, larves ciliées, desmosomes, molécules de la matrice extracellulaire (collagène,
fibronectines + intégrines) et certains gènes Hox. Les métazoaires (animaux au sens strict, figure 7) se caractérisent aussi
par un état pluricellulaire et une hétérotrophie basée sur la phagocytose (absence de paroi). La phagocytose est
secondairement perdue chez certains groupes, à digestion extracellulaire dans le tube digestif. Ce taxon, qui ne
représente qu’une faible partie de la diversité de l’arbre des eucaryotes (en nombre d’espèces, en diversité de plans
d’organisation et de stratégies trophiques), est l’objet d’ouvrages volumineux… souvent obsolètes quant à la
 17

classification ! En voici une brève synthèse actualisée, basée sur des données moléculaires (ADNr, gènes Hox) mais
aussi un ré-examen des données morpho-anatomiques et du développement embryonnaire.

Figure 7. Principaux groupes de Métazoaires.

Remarque très importante – un article paru en 2009 remet en question la base de l’arbre et retourne… aux anciens
schémas. Bien que non corroboré par ailleurs, il est méthodologiquement très soigné.
- Les éponges seraient monophylétiques, en groupe-frère des Eumétazoaires.
- les Cœlentérés seraient aussi monophylétiques, en groupe frère de l’ensemble des Triblastiques.
Il est donc un peu tôt pour adopter définitivement le traitement des diploblastiques ci-dessous ou bien celui évoqué
dans cette note : l’incertitude demeure sur la base de l’arbre.

◊ Deux feuillets embryonnaires : DIPLOBLASTIQUES (= DIBLASTIQUES)(1)

◊◊ Présence de choanocytes : SPONGIAIRES (= PORIFERES)(1) (Grantia)
◊◊◊ Squelette siliceux : EPONGES SILICEUSES s.l. (Hexactinellides,
Démospones = Eponges siliceuses s.s.)
◊◊◊ Squelette calcifié : EPONGES CALCAIRES (= CALCISPONGES)
◊◊ Présence de colloblastes : CTENAIRES(1)(2) (= CTENOPHORES)
◊◊ Présence de cnidocytes : CNIDAIRES(1)(2) (Hydra)

◊ Trois feuillets embryonnaires(3) : TRIPLOBLASTIQUES(4) (= TRIBLASTIQUES, BILATERIA)

◊◊ Bouche souvent dérivée du blastopore,
animaux souvent hyponeuriens,
clivage de l’oeuf souvent spiral et
coelome mis en place par schizocoelie : PROTOSTOMIENS s.l.(5)
◊◊◊ Animaux présentant des mues : ECDYSOZOAIRES
(Arthropodes, Tardigrades, Onychophores, **Nématodes,
**Nématomorphes, **Kinorhynches, **Priapulides…)(5)
◊◊◊ Animaux sans mue, larve
trochophore et/ou lophophore(6) : LOPHOTROCHOZOAIRES(6)
 18

(Annélides(7), Mollusques, *Plathelminthes(8), *Némertiens,

Brachiopodes, Bryozoaires entoproctes, **Bryozoaires
ectoproctes, **Rotifères, **Acanthocéphales, Mésozoaires(3)…)
◊◊ Bouche ne dérivant jamais du blastopore,
animaux épi-ou épithélio-neuriens, clivage de l’oeuf radiaire et
coelome mis en place par entero- ou schizo-coelie : DEUTEROSTOMIENS s.l.(5)(9)
(Vertébrés et Urochordés, d’une part, et Hémichordés et
Echinodermes d’autre part)

taxons marqués d’une étoile * autrefois classés parmi les Acoelomates

taxons marqués de 2 étoiles ** autrefois classés parmi les Pseudocoelomates
taxons non marqués autrefois classés parmi les Coelomates

(1)
Les Diploblastiques (= Diblastiques) sont paraphylétiques : Cténaires + Cnidaires + Triploblastiques forment un
groupe monophylétique (figure 7). Par ailleurs, les Spongiaires sont paraphylétiques, les éponges calcaires étant le
groupe-frère des Eumétazoaires (note ci-dessous). Les Diploblastiques incluent ou non les Spongiaires, selon les
auteurs, et le terme n'est plus employé pour désigner un taxon (qui serait paraphylétique avec ou sans ces
derniers, figure 7), mais un type d'organisation à deux feuillets épithéliaux distincts. On ne sait si cette
organisation est homologue entre Cnidaires et Spongiaires, et les Cténaires semblent même avoir un mésoderme !
Voir toutefois la remarque sous la figure 7 !
(2)
Les Coelentérés (= Radiés ) = Cténaires + Cnidaires forment un groupe paraphylétique (figure 7 ; Voir toutefois la
remarque sous la figure 7 !). L’ensemble Coelentérés + Triblastiques est monophylétique, constituant les
Eumétazoaires (synapomorphies : des junctions gap, des épithéliums vrais avec membrane basale, des cellules
musculaires et neuronales, des gènes Hox). En cas de paraphylie des Coelentérés, les Cnidaires seraient un groupe-
frère des Triploblastiques (les Cténaires étant plus basaux).
(3)
Parmi les triblastiques, les Mésozoaires (Orthonectides et Rhombozoaires) sont des parasites d’animaux marins,
très régressés et comprenant un unique feuillet épithélial cilié, entourant les cellules sexuelles (taille < 7 mm) : on
les a considérés à tort comme un "chaînon manquant monoblastique" avec les unicellulaires. Encore une
régression trompeuse ! Position encore incertaine, sans doute parmi les Cnidaires.
(4)
Des unicellulaires autrefois classés dans les "Protozoaires", les Myxozoaires (parasites d’animaux marins et d’eau
douce, qui n’ont rien à voir avec les Mycétozoaires, voir taxon 7) appartiendraient aux Triploblastiques (évolution
régressive), ou bien aux Cnidaires selon les auteurs.
(5)
Les phylogénies moléculaires ont profondément bouleversé notre vision traditionnelle des Triploblastiques, où
évolution régressive et évolution convergente ont effacé la phylogénie au niveau morphologique. On les divisait
autrefois sur la base du creusement d’une cavité dans le mésoderme, le coelome, séparant ainsi les Coelomates des
Acoelomates. Les Pseudocoelomates (ou Aschelminthes), où le mésoderme se dissocie partiellement, étaient
considérés comme intermédiaires dans l’évolution vers le coelome. Tout ceci est à rejeter : Pseudocoelomates et
Acoelomates sont en fait dérivés, par perte secondaire du coelome (voir note 8), et seuls trois grands taxons sont à
distinguer : Ecdyzoaires, Lophotrochozoaires et Deutérostomiens. Les Acoelomates (marqués d’une étoile*) et les
Pseudocoelomates (marqués de deux étoiles**) sont distribués parmi les Protostomiens s.l., témoignant de pertes
multiples du coelome. Noter la disparition des Articulés (Arthropodes + Annélides), qui sont polyphylétiques.
Proto- et Deutéro-stomiens étaient, au sens strict, des divisions des Coelomates sur la base du devenir du
blastopore (bouche ou anus, respectivement). On en propose ici une acception nouvelle, indépendante de
l’embryogenèse, qui devient redondante avec la position du système nerveux : Protostomiens = Hyponeuriens ;
Deutérostomiens = Epi- + Epithélio-neuriens.
Dans le détail, certains groupes ont été redivisés : c’est le cas des Bryozoaires, dont les deux divisions
(Endoproctes = Kamptozoaires et Ectoproctes = Bryozoaires s.s.) ne formeraient pas un groupe monophylétique.
(6)
Aucune caractéristique commune pour ce groupe, en dehors de signatures moléculaires : il y a cependant presque
toujours une larve trochophore et/ou un lophophore (organe disposé autour de la bouche, à rôle alimentaire et
respiratoire, cilié et contenant des extensions coelomiques), d’où le nom de Lopho/trocho-zoaires.
(7)
Les Annélides ne forment un groupe monophylétique que si on leur ajoute les embranchements para-annélidiens
classiques : Sipunculides, Echiurides, Vestimentifères,…
(8)
La monophylie des Plathelminthes reste discutée, car deux ordres taxons (les Némertodermatidés et les Acoeles,
comme Convoluta (=Synsagittifera) roscoffensis) sont situés à la base des Bilateria ; leur état acoelomate pourrait être
primitif ; les autres Plathelminthes leur ressembleraient par réversion.
(9)
Hémichordés et Echinodermes forment un taxon monophylétique, les Ambulacraires ; leur groupe frère (nom
proposé : Olfactores) est constitué des Urochordés et des Vertébrés.
 19

TERMES VIEILLIS A SURVEILLER

Quelques termes ont "pris un coup de vieux" et doivent être éliminés ou pris dans un sens légèrement différent : ci-après, les
termes dont je propose l’élimination figurent en italique.

Acoelomates : voir Coelomates.

Actinopodes : groupement d’unicellulaires dont l’envergure varie selon l’auteur, mais le plus souvent
polyphylétique.
Algues : organismes photosynthétiques pluricellulaires ou non, majoritairement aquatiques. Aucun sens
phylogénétique : il exclut les végétaux terrestres alors qu’il inclut les algues vertes qui sont un groupe-frère de ceux-
ci ; cependant, il réunit des lignées très diverses : Euglènes, algues rouges, algues vertes, Hétérocontes plastidiés…
(voir figure 2) - en fait, presque tout ce qui possède des plastes. Or, dans l’évolution, des endosymbioses ont mené
maintes fois à la mise en place de plastes, dans les organismes les plus variés, par internalisation de cyanobactéries
ou d’autres algues eucaryotes. Ce terme peut être néanmoins repris pour désigner une stratégie trophique :
acquisition d’endosymbiontes photosynthétiques, puis souvent d’une paroi (perte de la phagocytose), en milieu
aquatique. Toutefois, il existe diverses algues vertes terrestres (Pleurocoques, Diatomées, algues des lichens comme
Trentepohlia…). Enfin, certaines algues sont secondairement non chlorophylliennes (algues rouges parasites par
ex.) : il n’y a guère de bonne définition, car il n’y a pas de caractère complètement partagé ! Voir "Cyanobactéries".
Algues bleues : Voir "Cyanobactéries".
Algues vertes : terme particulièrement délicat d’emploi, correspondant à "Chlorophytes s.l." : il comprend les
Chlorophytes s.s. et les Charophytes, en excluant les Archégoniates. C’est donc un groupe paraphylétique, mais très
pratique d’usage… L’utiliser sans prétention phylogénétique, donc.
Amibes : organismes généralement unicellulaires et sans paroi, se déplaçant par des mouvements d’expansion-
rétraction cellulaire (pseudopodes). De très, très nombreux groupes affectent ce mode de déplacement, qui n’a
guère de valeur systématique ! La forme des pseudopodes est néanmoins intéressante pour distinguer certains
groupes (lobopodes, axopodes,… voir taxon 6 et 7).
Ancestral, ancêtre : employé à propos d’un organisme ou d’un groupe actuel, ce mot est à proscrire. Les Fougères
ne sont pas les ancêtres des plantes à fleurs – dont les ancêtres sont morts ! Eclaircissez ce que vous entendez par là :
tel ou tel caractère a été hérité sans variation de l’ancêtre commun (caractère dit plésiomorphe). Notez cependant
qu’il existe d’autres caractères pour lesquels l’espèce (ou le groupe) a pu varier : en ce sens, il ne peut y avoir de
fossiles vivants et aucun ancêtre vivant ne peut exister. Des réversions (voir "convergence") induisent aussi en
erreur (Psilotum ressemble aux premiers Archégoniates, mais ne leur est pas directement affilié).
Champignons : organismes généralement filamenteux, hétérotrophes et dotés d’une paroi (nutrition absorbotrophe
donc, pas de phagocytose). Polyphylétique, ce groupe comprend plusieurs lignées évolutives (champignons vrais et
Oomycètes, qui sont des Hétérocontes) et traduit une convergence évolutive. On peut selon le contexte soit le
réserver strictement aux Eumycètes, soit l’utiliser pour désigner une stratégie écologique en milieu terrestre,
caractérisée par la présence d’hyphe et l’hétérotrophie (conduisant dans toutes les lignées au saprophytisme, au
parasitisme ou au mutualisme).
Champignons imparfaits : septomycètes à reproduction purement asexuée, sans méiose. En fait, tous sont des asco-
ou basidio-mycètes : il faut donc proscrire ce groupe, polyphylétique. Terme dont l’usage est pratique pour
qualifier cette stratégie de reproduction (voire d’évolution) purement mitotique.
Chromista : au sens strict, regroupe les Chromophytes avec quelques organismes non photosynthétiques
(Oomycètes,…) : à proscrire comme Chromophytes (voir ce mot). Au sens large, regroupe tous les Hétérocontes
avec les Cryptophytes et les Haptophytes : on pourrait le tolérer sous cette forme si la preuve était faite de la
monophylie de ce regroupement (point en discussion actuellement, car ces groupes semblent avoir un plaste
d’origine unique, issu d’une algue rouge endosymbiotique) .
Chromophytes : regroupement d’algues variable selon les auteurs, comprenant les Ochrophytes (Hétérocontes
photosynthétiques), les Dinophytes, les Cryptophytes et les Haptophytes, voire certains Choanoflagellés, au vu de
particularités cytologiques semblables (chlorophylle c et flagellation par exemple). Ce groupe polyphylétique (qui
ratisse large !) est à proscrire, tout comme Chromista (voir ce mot).
 20

Coelomates : organismes animaux dont le mésoderme est creusé d’une cavité, le coelome : comme le montre
l’émergence répétée d’acoelomates au sein de taxons coelomates, ce critère ne fonde pas un groupe
monophylétique ! Ce terme peut être utilisé adjectivement, sans prétentions phylogénétiques (voir taxon 8.2).
Convergence : la clef de tous les mots en matière de systématique ! Une similitude entre deux caractères dans deux
espèces différentes (ce qui permet souvent de les apparenter) peut résulter soit d’une véritable homologie (ce
caractère est hérité d’un ancêtre commun), soit d’une homoplasie (ressemblance qui ne permet pas de les
apparenter). L’homoplasie peut avoir deux origines :
1° soit c’est une convergence vraie (apparition indépendante du même caractère dans deux lignées) : aile des
oiseaux et aile des poissons volants, par exemple.
2° soit elle résulte d’une évolution qui "bégaie" : l’évolution d’une espèce lui fait ré-inventer un état du
caractère présent chez ses ancêtres (réversion). Elle peut alors ressembler à certains autres descendants de
ces ancêtres (les microphylles et l’absence de racine de Psilotum sont de cet ordre, voir "Psilophytes").
Cormophytes : organismes végétaux verts dotés d’un axe (tige) dressé, ou cormus. Inclut la plupart des
Archégoniates, sauf certaines Hépatiques dites "à thalle" (voir "Thallophytes"). Aucune valeur phylogénétique :
peut être, au plus, utilisé comme qualificatif morphologique en langage pédagogique courant.
Cryptogames : organismes "à noces cachées", c’est-à-dire n’appartenant pas aux Phanérogames (Cf. taxon 5).
Comme "Thallophyte", c’est un terme "poubelle" créé par les botanistes il y a longtemps… et qui recouvre des
entités de différentes origines. A proscrire, tandis que "Phanérogames" (= Radiatopses), plus homogène, peut être
retenu.
Cyanelles : nom donné à des organites cellulaires considérés, sur la base de ressemblances en microscopie
électronique, comme des cyanobactéries endosymbiotiques dans des "Protozoaires" (voir "Cyanobactéries"). En fait,
ce sont très souvent d’authentiques plastes (comme en témoigne leur génome régressé) et les organismes les
abritant se rattachent à différents groupes : les Glaucocystophytes (taxon 5) surtout, mais aussi des Rhizopodes ou
des Rhodobiontes. Terme à éviter dans ces cas-là, mais qui peut être conserver pour les cyanobactéries
endosymbiotiques (Cf. chlorelles, xanthelles…).
Cyanobactéries, Cyanophycées : eubactéries photosynthétiques dotées de chlorophylle a et de phycobilisomes
(pour ce mot, voir taxon 5.1), parfois fixatrices d’azote. Ces procaryotes sont à l’origine des plastes des algues, mais
vivent aussi à l’état libre dans l’eau et sur terre. Mais sont-ce des algues, comme leurs anciens noms (Cyanophycées
ou Algues Bleues, à éviter aujourd’hui) le suggèrent ? Non, si l’on restreint le terme algue aux Eucaryotes (tendance
générale actuellement). Mais cette restriction paraît arbitraire à certains : les algologues définissent les algues
comme l’ensemble des organismes à chlorophylle a, et y incluent donc les cyanobactéries ! Les anglo-saxons les
comprennent, sans plus de subtilités, dans les "Algae". Querelle de définition, donc, qui ne doit pas laisser oublier
deux faits : écologiquement, les cyanobactéries ont un rôle de producteur primaire proche des algues eucaryotes ;
évolutivement, elles sont le "point commun" des algues eucaryotes, qui possèdent toutes un plaste… dérivant plus
ou moins directement d’une cyanobactérie ! Restez prudent face à votre auditoire et explicitez votre choix de
définition.
Ecologie moléculaire : branche de l’écologie qui utilise les outils de la biologie moléculaire. Dans le cadre de ce
polycopié, il faut signaler que ces méthodes ont permis la découverte de nombreux organismes, et même de
groupes entiers d’espèces non cultivables et non observables car trop petits. C’est le cas pour les bactéries (on a
découvert ainsi que les Archébactéries sont ubiquistes), mais aussi pour de nombreux petits eucaryotes du plancton
(picoeucaryote, de taille micrométrique, notamment dans les taxons taxons 2, 3, 4, et 6 et figure 3). L’amplification et
le séquençage des ADN ribosomiques à partir d’échantillons issus de l’environnement permet de placer les
organismes dans les arbres phylogénétiques – et de se rendre compte que des espèces méconnues existent.
Limitation majeure : ces espèces restent inconnues quant à leur physiologie, leur morphologie et leur écologie
exacte.
Evolué : toutes les espèces évoluent depuis aussi longtemps ! En quoi une espèce serait-elle plus évoluée ? C’est
souvent un mauvais synonyme de "complexe". Mais attention, toute évolution ne s’accompagne pas de
complexification apparente :
1° la complexité peut être cachée (par exemple, complexité métabolique de certaines bactéries ou complexité
des organites de certains unicellulaires) ;
2° l’évolution peut consister en une simplification de tel ou tel trait.
En cladistique, pour désigner une forme d’un caractère qui a existé d’abord dans l’évolution, on utilise
"plésiomorphe" ou "ancestral" (et non primitif) ; pour désigner un caractère apparu secondairement, "apomorphe"
ou "dérivé" : on préférera ces mots.
Flagellés : organismes généralement unicellulaires dotés d’un flagelle (undulipodia). De très nombreux groupes
affectent ce mode de locomotion, qui n’a guère de valeur systématique à cette échelle !
 21

Fossile vivant : terme à proscrire, car toute espèce évolue au moins par dérive, voir "ancestral" (voir "Les fossiles
vivants n’existent pas", par A. de Ricqlès dans le dossier hors-série Pour la Science "L'évolution", Janvier 1997,
p. 78).
Gastéromycètes : groupe polyphylétique d’Eumycètes, défini sur la base de d’un hyménium clos et massif (gléba),
par exemple la Vesse de Loup. Cette morphologie, maximisant la protection des spores, est apparue à plusieurs
reprises parmi les Hyménomycètes, auxquels les lignées de ce taxon doivent être incluses.
Gymnospermes : pour en faire un groupe monophylétique, exclure les "Gymnospermes natrices" (les
Cycadophytes et les Gynkgophytes, à spermatozoïde nageur dans la chambre micropylaire) pour le réduire aux
Pinophytes = Coniférophytes (les "Conifères").
Hémiascomyètes : Dans la définition ancienne, tous les Ascomycètes n’appartenant pas aux Euascomycètes (dont
Saccharomyces cerevisiae). Cette définition "poubelle", paraphylétique, est à proscrire. Au sens moderne (voir
taxon 8.1), on en exclut les Archiascomycètes afin d’établir un groupe probablement monophylétique.
Héliozoaires : Ensemble polyphylétique d’amibes comportant quatre lignées : les Actinophryidés sont rapportés
aux Hétérocontes (taxon 4) ; les Desmothoracidés appartiennent aux Cercozoaires (taxon 6) ; les Héliozoaires
Centrohélides constituent peut-être un groupe indépendant d’eucaryotes à eux seul ; enfin les Taxopodida se
placeraient avec les Acantharés et les Polycistinés (des Radiolaires, voir ce mot, encore dans les Cercozoaires).
Hétérobasidiomycètes (= Phragmobasidiomycètes ou Hémibasidiomycètes) : Basidiomycètes à basides cloisonnées
(dont les Rouilles et les Charbons - voir le taxon 8.1). Groupe poubelle, paraphylétique dans tous les cas, à proscrire,
mais dont l’usage risque de perdurer… voir Homobasidiomycètes.
Homobasidiomycètes (= Holobasidiomycètes) : Basidiomycètes à basides entières. Groupe peut-être
polyphylétique car la baside entière pourrait être apparue à plusieurs reprises, ou perdue par réversion chez
certains Basidiomycètes. Il semble préférable d’utiliser le terme d’Hyménomycètes pour y inclure les espèces à
basides cloisonnées proches (voir le taxon 8.1)… voir Hétérobasidiomycètes.
Homoplasie : voir convergence.
Inférieur : on qualifie souvent tel ou tel groupe d’inférieur : végétaux inférieurs, champignons inférieurs… Bien
garder en tête que, même si souvent les groupes ainsi qualifiés sont moins complexes, ou possèdent un
enregistrement fossile plus ancien, ils ne sont ni moins adaptés à leur milieu de vie, ni moins "évolués" (voir ce
mot). C’est un qualificatif maladroit, renvoyant à une vision obsolète de la classification.
Lichens : organismes chimériques, formés d’algues vertes, voire de cyanobactéries, et de champignons
basidiomycètes ou, le plus souvent, ascomycètes. Terme sans valeur phylogénétique (l’état lichénique est apparu au
moins 5 fois dans l’évolution des Septomycètes !).
Myxomycètes : groupe aux dimensions variables selon les auteurs, plus ou moins synonyme de Mycétozoaires. Il
comporte des organismes amiboïdes formant un plasmode (vrai ou fait d’une agrégation de cellules à un stade du
développement, voir taxon 7). Initialement réuni aux champignons (car leur cycle comporte souvent une étape de
sporulation végétative macroscopique), ce groupe est maintenant isolé et certaines lignées en ont été séparées
(Labyrinthulidomycètes = Labyrinthulides et Thraustochytridiomycètes dans les Hétérocontes, Acrasides dans les
Discicristés).
Nématophytes : groupe éteint de fossiles terrestres du Dévonien dont la taille atteignait plusieurs mètres de haut
(360-400 Ma). Rattachés à divers groupes d’algues selon les auteurs, voire à des Eumycètes ou des lichens, leur
affiliation systématique reste discutée.
Phycomycètes : "Champignons algues", c’est-à-dire à cellules flagellées à un stade du cycle. Regroupant autrefois les
Oomycètes (Hétérocontes) et les Chytridiomycètes (Eumycètes), ce groupe est polyphylétique et à proscrire (voir
"Siphomycètes" et taxon 8.1).
Plantes : à proscrire comme synonyme de "végétaux". Désigne, en toute rigueur, les végétaux plantés, c’est-à-dire
dotés de racines ou Rhizophytes (la plupart des Trachéophytes, donc). Attention, l’anglais "plant" est plus large et
comprend l’ensemble des végétaux photosynthétiques, dont les algues.
Pluricellulaires : noter que cet état est apparu à plusieurs reprises, comme le soulignent les différentes modalités de
communication intercellulaire : plasmodesmes des Chlorobiontes, synapses des Rhodobiontes, corps de Woronin
ou dolipores des Eumycètes, "plasmodesmes" des algues brunes (Hétérocontes), absentes chez les animaux (hormis
les gap-junctions, à une autre échelle).
Préspermaphytes, Préspermatophytes : (la seconde graphie, utilisée par Linnée dès 1753, est à préférer ; un ami un
peu rebelle, qui a corrigé ce polycopié, indique qu’en toute rigueur ce serait Préspermophytes qui conviendrait le
mieux) ce groupe comprenant les Cycadophytes et les Gynkgophytes est en fait polyphylétique ; d’ailleurs, les
 22

ressemblances de la reproduction de ces végétaux entre eux et avec les Spermaphytes cachent certainement des
convergences !
Primitif : voir "évolué". Un caractère "simple" peut être secondaire (comme l’unicellularité, voir "unicellulaire").
Attention donc à ce mot. En cladistique, pour désigner une forme d’un caractère qui a existé d’abord dans
l’évolution, on utilise "plésiomorphe" ou "ancestral" : on préférera ces mots.
Protistes (= Protoctistes) : organismes eucaryotes, à l’exception des champignons, des animaux et des végétaux
verts, selon Margulis et Corliss (1990, qui redéfinissent ainsi un terme remontant à Haeckel). "Règne" défini à
l’époque où on individualisait des règnes pour les champignons, les animaux et les végétaux verts. Il avait l’intérêt
de réunir Protophytes et Protozoaires (voir ces mots), qui ne constituent pas des groupes disjoints, et d’y relier des
pluricellulaires (dont les Algues Rouges et Brunes). C’est néanmoins une "poubelle", d’envergure souvent variable
selon les auteurs, polyphylétique : je propose d’éliminer ces termes.
Protophytes : anciennement, organismes unicellulaires ou coloniaux autotrophes (nommés avec le sous-entendu
discutable qu’ils "précèdent" les végétaux : proto-). C’est un groupe clairement polyphylétique ! La transition à l’état
pluricellulaire s’effectue à plusieurs reprises, dans plusieurs taxons, et certains unicellulaires le sont par régression.
Terme vieilli, tout au plus utilisable comme qualificatif en langage courant (unicellulaire phototrophe).
Protozoaires : anciennement, organismes unicellulaires voire coloniaux généralement hétérotrophes, classés auprès
des animaux (conçus avec le sous-entendu discutable qu’ils "précèdent les animaux dans l’évolution : proto-). En
fait, ces organismes appartiennent à des lignées diverses, dont certaines comprennent aussi des organismes
photosynthétiques (les anciens ouvrages discutent d’ailleurs les limites animal/végétal, autour de l’Euglène par
exemple). On y trouve des organismes dérivés d’ancêtres pluricellulaires : microsporidies dans le taxon 8.1 ou
myxozoaires dans le taxon 8.2. Groupe polyphylétique et terme vieilli, tout au plus utilisable comme qualificatif en
langage courant (unicellulaire hétérotrophe). On lui préférera le nom exact du groupe concerné !
Psilophytes, Psilopsides,… : groupe réunissant les genres actuels Psilotum (Psilote) et Tmesipteris à des fossiles du
Siluro-dévonien. Il semble que les premiers soient des Filicophytes (Fougères) régressés et qu’ils n’aient pas
d’affinités avec les seconds. A proscrire, c’est un piège lié à une évolution morphologique convergente !
Pyrrophytes : regroupement des Cryptophytes et des Dinophytes, qui n’ont rien à voir ensemble ! Polyphylétique, à
exclure.
Radiolaires : Ensemble polyphylétique d’amibes appartenant aux Cercozoaires (taxon 6), comportant trois lignées :
les Phaeodarea se placent au sein des Cercozoaires tandis que les Acantharés et les Polycistinés forment un ensemble
monophylétique indépendant, peut-être groupe-frère de l’ensemble des autres Cercozoaires.
Règne : grande division du monde vivant (voire du monde tout court, si l’on inclut le règne minéral). Le nombre de
règnes a augmenté avec l’étude de la phylogénie des eucaryotes. J’ai évité ce terme qui, au choix, correspond aux
trois domaines du tableau général (Eucaryotes, Eubactéries, Archébactéries) ou à leurs subdivisions. Si l’on veut
faire un règne de chaque groupe d’eucaryotes monophylétique, les Incertae sedis, s’ils constituent des groupes
autonomes, risquent de faire exploser ce nombre !
Réversion : voir convergence.
Rhizopodes : groupement d’unicellulaires dont l’envergure varie selon l’auteur, mais le plus souvent
polyphylétique (comporte notamment les Lobosés et Entamoebidés, taxon 6).
Sarcodines : groupe d’amibes au contenu très différent selon les auteurs, mais jamais clairement monophylétiques.
Il comporte notamment les Radiolaires et les Héliozoaires (voir ces mots) – taxon 6 - ainsi que les Rhizopodes (voir
ce mot).
Siphomycètes (= Siphonomycète) : "Champignons à siphon", c’est-à-dire à hyphes coenocytiques, dépourvus de
cloisons. Regroupant certains Hétérocontes comme les Oomycètes et certains Eumycètes (Chytridiomycètes et
Zygomycètes), ce groupe est polyphylétique et à proscrire (voir "Phycomycètes" et taxon 4).
Supérieur : voir "inférieur", qui s’y oppose.
Taxon : groupe d’organismes, sans indication de niveau hiérarchique dans la classification (espèce, ordre, famille,
classe, etc.). Pluriel : taxa ou plutôt taxons, si l’on francise le mot.
Thallophytes : organismes non cormophytes (voir ce mot) : leur appareil végétatif ne possède pas de cormus…
Terme poubelle regroupant, dans la bouche des botanistes souvent, des unicellulaires et divers pluricellulaires
(algues et champignons) : le thalle n’a donc aucune unité de structure ou d’origine (il est défini négativement). Cela
comprend de très nombreux groupes indépendants ! Terme à proscrire donc, sauf par commodité (mais votre
auditeur aura-t-il toujours en tête vos restrictions sur l’emploi du mot ?).
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Trichomycètes : groupe de champignons vivant à l’extrémité rectale du tube digestif d’arthropodes. Ce taxon
comporte deux lignées convergentes par la morphologie (d’ailleurs fort simple - évolution régressive) : l’un
appartient aux Ichtyosporés et l’autre aux Zygomycètes.
Unicellulaires : appartiennent à des groupes variés, où l’état unicellulaire peut être primitif ou secondaire dans
l’évolution (cas de Sacharomyces cerevisiae, la Levure de boulanger).
Végétaux : terme souvent difficile à définir dans un sujet ! Au sens large, englobe les organismes dotés de paroi et
de vacuole (deux caractéristiques allant souvent de pair), hétérotrophes (champignons - voir ce mot) ou autotrophes
(algues – voir ce mot - et végétaux terrestres) : ce sens large renvoie en fait aux "non-animaux", c’est le sens des
épreuves de "Biologie Végétale" à l’Agrégation. Au sens strict, englobe seulement les phototrophes (dotés de plaste
– alors, certains organismes sans paroi, comme les Euglènes, peuvent y être rattachés). En pratique, choisissez votre
camp en fonction du sujet et tenez-vous à votre définition ensuite ! On comprend bien que les végétaux ne sont
monophylétiques dans aucune des deux définitions (figure 2). Si l’on se limite au critère photosynthétique, on inclut
des organismes issus de divers taxons – car beaucoup de lignées sont dotées de plastes (ou d’associations
endosymbiotiques avec des algues existant à l’état libre, voire d’ectosymbiose lichénique pour les Eumycètes) et de
lignées non photosynthétiques.
Mais les végétaux définis sur le critère photosynthétique ont un point commun : la capacité d’effectuer la
photosynthèse et, de là, de nombreuses convergences évolutives s’opèrent. Ce terme caractérise donc surtout une
stratégie trophique (autotrophie par endosymbiose), apparue à plusieurs reprises. Voir aussi "Cyanobactéries".