Dossier scientifique

Diagnostic biologique de l’infection

à Sars-CoV-2 : stratégies et interprétation
des résultats
Sébastien Hantz
Laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, Centre de biologie et de recherche en santé François-Denis, CHU Limoges,
rue Bernard-Descottes, 87000 Limoges, France
Adresse e-mail : [Link]@[Link] (S. Hantz).

RÉSUMÉ
Pour faire face à l’émergence du Sars-CoV-2 responsable d’une pan-
démie mondiale, de très nombreux tests diagnostiques ont été déve-
loppés et mis sur le marché dans un délai très court. La RT-PCR sur
prélèvement rhino-pharyngé est la méthode de référence pour le
diagnostic et le dépistage de l’infection à Sars-CoV-2 mais les tests
développés présentent de grande variabilité en termes de sensibilité
et de délai de rendu des résultats. Les tests antigéniques présentent
en général une sensibilité plus faible mais présentent l’avantage d’une
mise en œuvre plus simple et plus rapide. Devant des tableaux évoca-
teurs de Covid-19 avec un résultat de RT-PCR négatif, une sérologie
peut être recommandée avec le dosage des IgM et des IgG. La sérolo-
gie est également un outil pertinent pour les études épidémiologiques.
Néanmoins il est important de rappeler que le taux d’anticorps anti-
Sars-Cov-2 décroit avec le temps et peut ainsi impacter les résultats

© Science Source / BSIP

d’études séro-épidémiologiques. Malgré la nécessité de répondre rapi-
dement à un besoin diagnostique urgent, il demeure indispensable de
valider les méthodes choisies sur un panel d’échantillons bien carac-
térisé, les performances de certains tests étant parfois insatisfaisantes
pour assurer un diagnostic fiable.

ABSTRACT
Biological diagnosis of Sars-CoV-2 infection: strategies and
interpretation of results
MOTS CLÉS In response to the emergence of Sars-CoV-2 responsible for a global pandemic,
a large number of diagnostic tests have been developed and brought to market
◗ Covid-19
in a very short period of time. RT-PCR on nasopharyngeal swab samples is the
◗ Sars-CoV-2
◗ RT-PCR
reference method for the diagnosis and screening of Sars-CoV-2 infection, but
◗ sérologie
the tests developed are highly variable in terms of sensitivity and turnaround
◗ tests rapides time. Antigenic tests generally have lower sensitivity but have the advantage
of simpler and faster implementation. In front of Covid-19 symptoms with
KEYWORDS negative RT-PCR results, serology can be recommended with IgM and IgG
◗ Covid-19 assays. Serology is also a relevant tool for epidemiological studies. However, it is
◗ Sars-CoV-2 important to remember that the level of anti-Sars-Cov-2 antibodies decreases
◗ RT-PCR over time and can therefore impact the results of sero-epidemiological studies.
◗ serology immunoassays Despite the need to respond rapidly to an urgent diagnostic need, it remains
◗ rapid tests essential to validate the methods chosen on a well-characterized panel of
samples, as the performance of certain tests is sometimes unsatisfactory to
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Introduction Les performances et les limites des tests diagnostiques

doivent être maîtrisées pour aider à l’interprétation
En décembre 2019, de nombreux cas de pneumonie des résultats et la gestion clinique des patients infectés.
d’étiologie inconnue ont été signalés à Wuhan (Chine) [1].
En janvier, un nouveau virus identifié comme le Sars-CoV-2 Tests de diagnostic direct
s’est propagé à d’autres régions chinoises puis à d’autres
pays, causant une pandémie mondiale [2,3]. La présen- de l’infection à Sars-CoV-2
tation clinique de cette maladie, appelée « coronavirus
infectious disease 2019 » (Covid-19), varie de formes Tests d’amplification des
asymptomatiques ou de symptômes modérés de type acides nucléiques (Taan)
pseudo-grippal à une pneumonie bilatérale sévère avec
détresse respiratoire aiguë pouvant aller jusqu’au décès. Trois des défis majeurs du diagnostic moléculaire sont
Une réplication rapide du virus dans les 24 premières (a) de détecter de petites quantités d’ARN viral pour
heures suivant l’infection et un nombre de reproduction réduire le nombre de faux négatifs, (b) de différencier
relativement élevé (environ 3) ont été décrits [4]. le signal positif parmi différents pathogènes pour dimi-
Ce virus appartient à la famille des Coronaviridae et pos- nuer le nombre de faux positifs et (c) avoir un débit
sède un génome composé d’un ARN simple brin dont important, afin de tester rapidement un grand nombre
la réplication est assurée par une 3’-5’ exoribonucléase de patients avec la meilleure fiabilité. Des tests molécu-
codée dans le gène de la protéine non structurale 14 laires et sérologiques ont été précédemment comparés
(nsp14-ExoN). Sa réplication étant considérée fidèle au cours de l’épidémie de Sars-CoV-1, montrant une
chez les autres coronavirus, la capacité de mutation du sensibilité et une spécificité accrues pour les méthodes
Sars-CoV-2 est encore débattue [5]. moléculaires. Pour cette raison et compte tenu de la
Suite à l’infection se met en place une réponse immuni- physiopathologie de l’infection à Sars-CoV-2, la PCR en
taire. Plus de 90 % des patients guérissant naturellement, temps réel après transcription inverse (RT-PCR) est le
la maladie est donc immunisante pour l’immense majo- test validé pour le diagnostic précoce chez les patients
rité des patients avec la production d’anticorps neutra- suspectés d’infection par le Sars-CoV-2 [7].
lisants et la mise en place d’une réponse cellulaire. Les
anticorps détectés par des tests sérologiques après la Quels prélèvements
maladie témoignent du contact avec le virus et de cette
immunisation mais ne doivent pas être assimilés aux anti- Le test de référence de dépistage du Sars-CoV-2 repose
corps protecteurs que seuls les tests de neutralisation sur la détection de l’ARN viral par RT-PCR sur prélève-
peuvent mettre en évidence. Cependant, ces derniers ments rhino-pharyngés dont les performances seraient
ne sont pas adaptés au diagnostic biologique de routine. meilleures que sur prélèvements oro-pharyngés
Fin septembre, plus de 33 millions de cas de Covid-19 (figure 1). Les prélèvements salivaires ont été envisagés
ont été déclarés, dont plus
d’un million de décès (don-
nées du Center for Systems Figure 1. Coupe sagittale des voies aériennes supérieures
Science and Engineering de la illustrant les modalités de réalisation d’un prélèvement
John Hopskins University) [6]. rhino-pharyngé avec un écouvillon.
En raison de la propagation
rapide et fatale de la pandé- La procédure comprend
les étapes suivantes :
mie, la recherche mondiale
- Patient assis, dos contre le
a été mobilisée sur tous les dossier du siège, inclinaison
fronts. En un temps record, de la tête en arrière ;
des avancées majeures ont - soulever la pointe du nez
été réalisées dans le domaine pour dégager l’orifice nari-
de la physiopathologie de la naire ;
maladie, de la mise au point - tenir l’écouvillon par
l’extrémité distale de la tige
de vaccins, de traitements et et l’insérer perpendiculaire-
pour le développement de ment au plan de la face, sans
tests diagnostiques. Disposer toucher l’orifice narinaire ;
de tests diagnostiques per- - suivre le plancher de la fosse
formants et en quantité suffi- nasale ;
sante a été établi comme une - tourner l’écouvillon avant le
retrait ;
priorité pour les mesures de
© S. Hantz

- décharger l’écouvillon dans le

lutte contre les infections milieu de transport.
et les soins aux patients.

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car moins désagréables mais leur sensibilité variable juste avant et pendant les trois premiers jours qui
selon les études ne permet pas encore de les suivent apparition des symptômes. Elle diminue ensuite
recommander de façon large [8]. Cependant, la Haute lorsque la réponse immunitaire (IgM puis IgG) apparaît
Autorité de santé (HAS) a rendu, le 18 septembre 2020, (figure 2). Au-delà de la première semaine, on observe
un avis favorable à l’utilisation et au remboursement des une meilleure détection au niveau des prélèvements
tests salivaires RT-PCR dans le cadre du dépistage de la profonds et des selles.
Covid-19 chez des personnes symptomatiques. Cet avis
s’appuie sur l’analyse intermédiaire de l’étude Covisal Quels tests utiliser ?
menée en Guyane et porte sur les données obtenues à
Les premières publications ont montré que le diagnos-
partir de 700 individus. Il devra néanmoins être réservé
tic était possible en ciblant le gène spike (S) du virus
en priorité aux personnes pour lesquelles la pratique du avec une bonne spécificité (différenciant le Sars-CoV-2
prélèvement nasopharangé est difficile, voire impossible du Sars-CoV-1), mais une sensibilité limitée [10]. La sen-
(chez les jeunes enfants, chez des personnes présentant sibilité a été encore améliorée lors de l’intégration
des troubles psychiatriques…) [9]. Les performances du d’autres gènes viraux spécifiques, tels que les gènes
test salivaire sont en revanche trop insuffisantes pour RNA dependant RNA polymerase (RdRp), nucléocapside (N)
envisager son utilisation chez les personnes asympto- et enveloppe (E) [11]. Une comparaison entre tous les
matiques (trois cas positifs sur cinq non détectés). gènes ciblés a révélé que les meilleurs résultats ont été
Quant aux prélèvements plus profonds (expectorations, obtenus avec les gènes RdRp [12], et les recommanda-
lavages broncho-alvéolaires), ils ne peuvent être envi- tions de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) pré-
sagés qu’en cas d’hospitalisation. Une excrétion virale conisent l’utilisation des gènes RdRp, E, N et S dans diffé-
a été démontrée dans les selles mais le lien entre la rentes combinaisons [13]. En France, le Centre national
positivité dans les selles et le risque de contamination de référence (CNR) des virus respiratoires dont la
n’a pas été établi. grippe a fourni un protocole pour les laboratoires de
virologie dérivé du test recommandé par l’OMS décrit
Quand prélever ? par Corman et al. [12]. En pratique deux couples
Le prélèvement doit prendre en compte la dynamique d’amorces/sonde IP2 et IP4 ont été sélectionnées dans
de l’excrétion respiratoire. Elle atteint son maximum le gène RdRp (nt 12621-12727 et 14010-14116 ; posi-
à la fin de la première semaine après contamination, tions en référence à la souche Sars-CoV, NC_004718)

Figure 2. Cinétique des marqueurs diagnostiques en fonction du stade de l’infection.

Sars-CoV-2
© S. Hantz

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Tableau 1. Principaux avantages et inconvénients

des méthodes de détection moléculaires du Sars-CoV-2.
Méthodes Principaux avantages Principaux inconvénients

Méthode de référence, sensibilité et spécificité élevées, TAT long, temps technicien élevé sans
rRT-PCR compatibilité avec l’automatisation et les panels multiples automatisation

RT-LAMP TAT court Sensibilité plus faible, débit limité

TMA Automatisation complète, sensibilité élevée, haut débit TAT long

Genexpert® TAT court, automatisation complète Coût élevé, débit limité

rRT-PCR : real-time reverse transcription polymerase chain reaction TMA : transcription mediated amplification
RT-LAMP : reverse transcription loop-mediated isothermal amplification TAT : turn-around-time

et un couple d’amorces/sonde dans le gène E (nt Parallèlement à la RT-PCR, un test reposant sur une
26141-26253 ; souche Sars-CoV, NC_004718 ). approche moléculaire de type RT-LAMP (amplification
Les PCR IP2 et IP4 sont réalisables en multiplexage et isotherme médiée par boucle de transcription inverse)
proposées en stratégies de dépistage, la confirmation ciblant le gène RdRp a également été validé par la Food
étant réalisée par l’amplification du gène E. L’amplifi- and Drug Administration (FDA) aux États-Unis permet-
cation est réalisée à l’aide d’un kit de qRT-PCR en une tant d’obtenir des premiers résultats en cinq minutes
étape. La PCR en une étape utilisant un tube de réaction en cas de positivité et un résultat final en 13 minutes
unique pour l’étape de reverse transcription et l’étape pour les négatifs (ID NOW™ Covid-19). Au-delà de
d’amplification, elle minimise le risque de contamination cette validation de la FDA, plusieurs évaluations ont
(et donc de résultats faussement positifs). Une alterna- mis en évidence une sensibilité insuffisante de l’ordre
tive consiste à synthétiser de l’ADNc puis de réaliser de 70 % pour recommander ce test en dépistage.
une qPCR sans étape de reverse transcription. La limite de Les échantillons faussement négatifs présentaient des
cette approche était d’une part la nécessité de réaliser valeurs de cycle seuil (cycle threshold :Ct) supérieur à 35
deux PCR et d’autre part l’absence de contrôle cellu- ce qui suggère que la quantité de virus était faible dans
laire ou d’inhibition, nécessitant alors le recours à une ces prélèvements. Mais une équipe a souligné que 18 %
troisième PCR ciblant un gène de ménage (albumine, des résultats d’un panel de plus de 5 000 échantillons
beta-globine,…). Par ailleurs, cette stratégie nécessite positifs au Sars-CoV2 présenteraient un Ct supérieur
de disposer d’un laboratoire avec un circuit de PCR, les à 35 (données non publiées).
différentes étapes étant manuelles.
Il existe différentes stratégies de détection des ARN Limites de la stratégie diagnostique
viraux (tableau 1), avec des sensibilités et/ou des TAT par Taan
(turn-around-time) variables. À ce jour, plus de 370 tests
Malgré les bonnes performances des Taan validés, il
moléculaires commerciaux sont disponibles sur le
existe toujours un risque de résultats faussement
marché, ce qui rend le choix du biologiste parfois très
négatifs. La plupart d’entre eux concernent le cadre
délicat ne sachant quel est le niveau de validation de
pré-analytique, comme le moment de la collecte des
chaque test. La grande majorité sont des trousses de
échantillons (trop tôt ou trop tard dans l’évolution de
qRT-PCR nécessitant une extraction d’acides nucléiques
préalables et adaptables sur de nombreux thermo- l’infection, y compris la limite de détection due aux
cycleurs. D’autres systèmes sont plus intégrés et donc infections tardives avec des manifestations atypiques),
plus automatisés. Cependant, il faut garder à l’esprit la qualité du prélèvement (matériel insuffisant) et enfin
qu’un système automatisé permet certes une meilleure le transport de l’échantillon (récipient inapproprié,
traçabilité et évite de potentielles erreurs humaines exposition à des températures, etc.). Selon des travaux
mais souvent ne réduit pas le TAT. Quelques systèmes effectués aux États-Unis, le taux de faux négatifs des
néanmoins présentent les avantages de l’ensemble des Taan serait de 38 % le jour de l’apparition des symp-
systèmes automatisés mais avec un TAT de moins d’une tômes, et de 20 % trois jours plus tard [15]. Quant aux
heure. De format simplex ou multiplex, ils permettent faux positifs, notamment lors des premiers tests, il y en
d’améliorer la prise en charge des patients, notamment aurait moins de 1 %. D’autres causes peuvent diminuer
en ce qui concerne les procédures d’isolement mais la performance d’un test moléculaire comme la capacité
ils restent cependant difficilement utilisables pour un du virus à muter (changement de séquence des régions
grand nombre d’échantillons et leur coût est souvent dans lesquelles les amorces s’hybrident), ou l’inhibition
beaucoup plus élevé [14]. de la PCR [16].

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Taan et contagiosité Tests sérologiques

Environ 10 à 20 % des patients ayant été infectés et
guéris gardent une PCR positive dans les semaines Cinétique des anticorps
et jusqu’à plusieurs mois après l’infection. La majo-
rité d’entre eux sont asymptomatiques mais certains L’un des inconvénients des tests sérologiques est la sen-
présentent des symptômes à type d’asthénie ou des sibilité limitée à un stade précoce, lorsque l’hôte n’a pas
manifestations respiratoires ou digestives sans que l’on encore développé d’anticorps spécifiques. Dans le cas
puisse affirmer que le Sars-CoV-2 en soit responsable. spécifique du Sars-CoV-2, les données de la littérature
Ces patients ne sont très probablement pas ou peu ont montré une production d’anticorps commençant
contagieux et ne témoignent pas d’une circulation virale. après la première semaine d’infection et généralement
La réalisation de Taan permettant l’analyse des Ct met en détectable à partir de la seconde [21,22]. Les anticorps
évidence une quantité très faible d’ARN viral, ces tests de type IgM apparaissent à partir de J7 et les anticorps de
présentant alors des valeurs de Ct supérieures à 38. Une type IgG à compter de J10. La détection de ces anticorps
évaluation précise de la charge virale par RT-PCR de réfé- témoigne donc d’une exposition au Sars-CoV-2 mais on
rence peut être recommandée dans ce type de situation. ignore à ce jour si la présence de ces anticorps détectés
est corrélée à une protection (anticorps neutralisants)
Tests rapides de détection et quelle est la durée de persistance de cette protection
d’antigènes éventuelle sachant que plusieurs études ont rapporté
une décroissance du titre d’anticorps avec le temps
Plusieurs solutions de tests rapides permettant [23]. Cette décroissance est variable d’un indi-
la détection d’antigènes sont apparues sur vidu à l’autre et dépend de l’antigène. Une
le marché. Le principe repose en géné- étude a montré que la demi-vie des
ral sur l’immunochromatographie Seuls des tests anticorps anti-nucléoprotéine serait
avec une lecture qui peut être soit de 52 jours avec 50 % des patients
manuelle soit automatisée. Leur présentant une négatifs en six mois tandis que la
principal avantage est le délai sensibilité supérieure demi-vie des anticorps anti-spike
de rendu de résultats (environ serait de 85 jours [24]. Enfin, les
10-15 minutes), bien inférieur à la à 95 % et une spécificité concentrations d’anticorps sont
plus rapide des solutions de PCR. supérieure ou égale plus faibles pour les asymptoma-
Cependant, avec une sensibilité de tiques et les pauci-symptomatiques
moins de 70 %, les performances
à 98 % devraient être
que les patients ayant présenté des
de certains tests de détection utilisés formes cliniques sévères (différence
d’antigène sont inférieures à celles statistiquement significative pour les
de la PCR [17]. Ces tests peuvent être IgG ; p = 0,005) [25]. L’ensemble de ces
néanmoins envisagés dans une stratégie éléments concernant la quantité et la ciné-
de dépistage des individus contagieux (avec une tique des anticorps représentent des limites pour
excrétion virale importante) et pour diagnostiquer plus les études séro-épidémiologiques. Par ailleurs, les don-
tôt les clusters. Ce type de test pourrait par ailleurs nées sérologiques dépendent également des principes
être largement diffusable auprès des praticiens (doctor de détection utilisés.
test) selon une stratégie de dépistage de première ligne
si leur performance s’avère corrélée à la contagiosité Principes de détection
des patients. des immunoglobulines
anti-Sars-CoV-2
Autres approches
Le test de référence pour doser les anticorps antivi-
Parallèlement à ces techniques de diagnostic moléculaire, raux est le test de neutralisation du virus. Il permet de
le séquençage et la phylogénie sont essentiels pour l’iden- mesurer si les anticorps dans un échantillon de sérum
tification et la confirmation correctes de l’agent viral cau- peuvent empêcher les cellules sensibles d’être infec-
sal. Par ailleurs, elles sont également utiles pour établir tées lorsque l’anticorps est mélangé avec une dose
les liens avec les isolats et séquences précédents, ainsi d’épreuve standardisée de virus, ce que l’on définit
que pour déterminer, en particulier pendant une épi- comme un anticorps neutralisant. Cependant, l’utilisa-
démie, les mutations nucléotidiques ou d’acides aminés tion de ce test pour le Sars-CoV-2 nécessite de tra-
et évaluer ainsi la divergence moléculaire. Récemment, vailler dans des laboratoires à haute sécurité (NSB3)
ces approches ont permis d’identifier trois situations utilisant des virus infectieux. Une alternative consiste à
de recontamination chez des patients ayant développé réaliser un test de neutralisation utilisant des pseudo-
une Covid-19 plusieurs semaines ou mois auparavant à particules virales (PV) qui portent la protéine spike du
Hong Kong, au Névada et en Belgique [18-20]. Sars-CoV-2. Les dosages de neutralisation des PV

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peuvent ainsi être effectués à des niveaux de confine- Lors du développement de tests sérologiques, une des
ment inférieurs mais restent du domaine des labora- problématiques consiste à éviter la réactivité croisée
toires de recherche de par la technicité à mettre en entre des anticorps contre différents virus, apparte-
œuvre. nant à la même famille ou à des familles différentes.
Il existe actuellement un grand nombre de tests sur La plupart des coronavirus humains étant étroite-
le marché. Plus de 350 sont référencés sur le site ment apparentés sur le plan antigénique, cela pour-
[Link] courant sep- rait générer de potentielles fausses positivités entre
tembre 2020. Idéalement, seuls des tests présentant une le Sars-CoV-2 et les coronavirus saisonniers [28]. Fait
sensibilité supérieure à 95 % et une spécificité supé- intéressant, la haute spécificité de la protéine S a été
rieure ou égale à 98 % devraient être utilisés comme corroborée par une étude sur les épitopes de la pro-
le recommande la HAS dans son cahier des charges en téine spike du Sars-CoV-2 montrant que, même en
date du 16 avril 2020 [26]. De façon générale, la sensi- considérant les homologies avec le Sars-CoV-1, le
bilité et la spécificité des dosages sérologiques peuvent Sars-CoV-2 présente de nouveaux épitopes d’anti-
être affectées par l’antigène cible choisi dans le test. corps [29]. Cela se traduit par le manque d’efficacité
La nécessité de développer des dispositifs pour réduire des anticorps anti-Sars-CoV-1 contre le Sars-CoV2
le TAT et augmenter le nombre de tests quotidiens [30], mais en même temps, cela renforce la confiance
a stimulé la recherche vers des kits plus rapides et dans la spécificité des tests sérologiques ciblant les
plus simples. De nombreux fabricants ont rapidement protéines S. Malgré ce risque de réactivité croisée,
développé des tests de dosages à flux latéral (LFA) la plupart des tests sérologiques actuels (ciblant les
basés sur un principe immunochromatographique. Les protéines N ou S) présentent une spécificité supé-
dosages à flux latéral (LFA) présentent souvent une rieure à 98 %.
sensibilité plus faible que les dosages immunoenzy-
matiques (Elisa) et les dosages immunitaires chimio- Indication des tests sérologiques
luminescents (Clia) mais certains démontrent néan-
moins une sensibilité proche de 90 % avec un rendu Il est essentiel de rappeler que l’information apportée
de résultat dans des délais très court. Des études par les tests sérologiques va dépendre de façon étroite
ont montré que la sensibilité des tests LFA peut être de leurs performances intrinsèques mais également de
liée au profil des patients infectés (supérieure chez la prévalence de la maladie. En effet, cette dernière
les patients symptomatiques hospitalisés que chez conditionne le calcul de la valeur prédictive positive
les patients asymptomatiques) [27]. Cependant, ils (VPP) du test. À titre d’exemple, en considérant un
nécessitent une prise en charge manuelle de chaque test présentant d’excellentes performances avec une
échantillon et une saisie de tous les résultats dans le sensibilité à 98 % (et une spécificité à 98 %), sa valeur
système informatique du laboratoire ce qui représente prédictive positive ne sera que de 70 % si la prévalence
toujours un risque d’erreur plus important qu’avec de la maladie est de 5 % (valeur estimée après la pre-
des systèmes automatisés. Les tests LFA présentent la mière vague en France), voire chuter à 30 % en cas de
capacité théorique de discriminer la détection des IgG prévalence à 1 %.
et des IgM. En pratique, les profils de cinétique des IgM Dans l’avis du 1er mai 2020, la HAS a précisé les indi-
et IgG sont assez similaires pour certains tests tra- cations suivantes pour la réalisation des tests séro-
duisant des difficultés de différenciations des isotypes logiques automatisables, et étendu aux tests de dia-
d’immunoglobulines. Ainsi, il apparaît important devant gnostic rapide (TDR) dans le rapport du 14 mai 2020
cette situation de ne pas tenir compte de l’isotype [31,32] :
rendu pour dater l’infection mais uniquement de la ◗ enquêtes séro-épidémiologiques dans le cadre de la
présence ou non d’anticorps (quel que soit l’isotype) surveillance épidémiologique ;
témoignant d’un contact avec le virus (données non ◗ diagnostic initial de patients symptomatiques graves
publiées). hospitalisés, si tableau clinique ou scanographique évo-
Les tests Elisa et Clia sont souvent préférables dans cateur et RT-PCR négative ;
une stratégie de diagnostic à large échelle, permettant
◗ diagnostic de rattrapage de patients symptomatiques
des séries plus importantes en moins de temps. Les
graves hospitalisés mais n’ayant pas été en mesure de
principaux fabricants disposent d’une trousse validée
réaliser un test RT-PCR avant sept jours ;
CE et évaluée par le CNR des virus respiratoires dont
la grippe. Certains ont pris le choix d’une détection ◗ diagnostic initial de patients symptomatiques sans

des anticorps totaux tandis que d’autres ont déve- signes de gravité suivis en ville si tableau clinique évo-
loppé une trousse de détection des IgG et une trousse cateur et test RT-PCR négatif ;
de détection des IgM distinctes. Plus rarement, des ◗ diagnostic de rattrapage chez des patients symptoma-
trousses détectant les IgA sont également disponibles tiques avec suspicion clinique sans signes de gravité
chez certains fabricants. Leur intérêt n’est pas évident mais n’ayant pas été en mesure de réaliser un test
à ce jour. RT-PCR avant sept jours ;

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◗ diagnostic étiologique à distance chez des patients Tableau 2. Interprétation clinique

symptomatiques sans signes de gravité diagnostiqué des résultats des tests diagnostiques.
cliniquement mais n’ayant pas fait l’objet d’une RT-
PCR et ce depuis la mise en place de la phase 2 (à Symptômes RT-PCR IgM IgG Interprétation
partir de la semaine 10 2020) ; + + - - Infection aigüe
◗ détection d’anticorps chez les professionnels soi- - + + + Infection aigüe
gnants non symptomatiques lors de dépistage et
détection de personne-contact par RT-PCR selon + + +/- -/+ Infection aigüe
recommandations en vigueur après une RT-PCR - + +/- -/+ Infection aigüe
négative, uniquement à titre individuel sur prescrip-
+ - + + Infection récente
tion médicale ;
◗ détection d’anticorps chez les personnels d’héberge- + - +/- + Infection tardive
ment collectif non symptomatiques lors de dépistage - - - + Infection ancienne
et détection de personne-contact par RT-PCR selon
les recommandations en vigueur après une RT-PCR - - - - Absence d’infection
négative, uniquement à titre individuel sur prescription
médicale. Conclusion
En laboratoire de biologie médicale, à performance
diagnostique équivalente, la HAS préconise de réaliser Devant le scénario complexe que nous observons
préférentiellement un test automatisable (Elisa) plutôt au cours de cette pandémie avec des vagues succes-
qu’un TDR compte tenu du caractère semi-quantita- sives de contaminations, non seulement les diagnostics
tif des tests automatisables et de l’absence à ce jour doivent être opportuns et précis, mais le dépistage doit
d’évaluation formelle des performances cliniques sur parallèlement être le plus efficace possible, nécessitant
sang total des TDR. des tests de laboratoire pertinents et performants en
Quant à la réalisation des tests rapides d’orientation fonction des situations. Par ailleurs, ces tests doivent
diagnostiques (Trod), elle est réservée aux mêmes également fournir des informations épidémiologiques,
indications que celles des TDR à l’exception des afin d’évaluer l’ampleur de la situation et le taux de
deux indications relatives aux patients symptoma- propagation.
tiques graves hospitalisés et avec les quatre nuances Dans ce contexte, les tests de détection directe du
suivantes : virus restent la norme de référence pour le diagnostic
en raison de leur sensibilité élevée aux stades précoces
◗ il s’agit ici d’orientation diagnostique et non du dia-
de la maladie. Le choix s’est rapidement porté sur les
gnostic, contrairement aux TDR ;
Taan dès le début de la pandémie pour détecter tout
◗ pour les patients symptomatiques sans facteur de individu porteur du Sars-CoV-2 mais la détection sur de
gravité, le recours aux Trod n’est indiqué que pour très longue durée de patients positifs pose la question
les populations ayant des difficultés d’accès à un de la corrélation entre cette positivité et la contagiosité
laboratoire de biologie médicale ; potentielle.
◗ l’orientation diagnostique de rattrapage par Trod est Suivre la quantification de la charge virale au fil du temps
également indiquée pour les personnels soignants et et l’intégrer avec des informations sur la technique de
les personnels d’hébergements collectifs symptoma- prélèvement des échantillons et le délai depuis l’appa-
tiques sans signe de gravité ; rition des symptômes pourrait être utile pour différen-
◗ la traçabilité des résultats au sein des enquêtes séro-
cier les différents stades de la maladie. La quantification
virale fournira également des informations sur l’intérêt
épidémiologiques doit être assurée dans le cadre du
de tester différents échantillons provenant de diffé-
protocole de l’enquête.
rentes localisations anatomiques.
Enfin, en cas de résultat positif, le résultat du Trod En raison du tropisme respiratoire principal du Sars-CoV-2,
devra toujours être confirmé par un test sérologique les meilleurs échantillons (pour la sensibilité) pro-
réalisé en laboratoire de biologie médicale. Le recours viennent des voies respiratoires : en particulier, les
au Trod doit donc être limité compte tenu de l’ab- écouvillons naso-pharyngés ont montré des charges
sence de données suffisantes sur leur performance et virales persistantes plus élevées et plus longues que
de l’absence de traçabilité des résultats. les écouvillons oro-pharyngés [33]. En raison de la
Dans le tableau 2, les résultats des tests microbio- concentration plus élevée du virus dans les voies respi-
logiques diagnostiques sont interprétés en fonction ratoires inférieures, notamment à un stade plus avancé
du moment de l’infection, de la présence ou de de la maladie, la sensibilité des écouvillons naso-pha-
l’absence de symptômes et du type de test diagnos- ryngés décroit avec l’évolution de la maladie condui-
tique utilisé. sant à ce stade à des résultats faussement négatifs.

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 Dossier scientifique
Covid-19

Les prélèvements des voies respiratoires inférieures, De par le niveau de sécurité exigé (niveau de sécu-
tels que les BAL ou les aspirations bronchiques, néces- rité biologique 3) et le délai nécessaire pour rendre
sitent des procédures invasives, et peuvent être déli- un résultat, la culture virale n’est pas utilisée pour le
cats à réaliser notamment chez les sujets souffrant déjà diagnostic de la Covid-19. Cependant, elle garde tout
d’insuffisance respiratoire sévère. son intérêt pour isoler les souches virales à des fins
Enfin, la décision de se fier à un résultat négatif sur de recherche, déterminer l’infectiosité et réaliser des
écouvillon naso-pharyngé doit toujours être corrobo- essais antiviraux pour tester différentes stratégies
rée par la présentation clinique du patient [34] et, si thérapeutiques. Elle s’effectue à l’aide de cellules Vero
possible, complétée par des tests sérologiques. En cas et permet d’isoler le virus en quelques jours. Elle est
de forte suspicion clinique, la répétition du test est à réservée aux laboratoires de virologie disposant d’un
envisager car le test sur prélèvement naso-pharyngé laboratoire NSB3.
peut être faussement négatif suite à un prélèvement Malgré la nécessité de mettre en œuvre rapidement les
de qualité insuffisante. La répétition du test avec un tests diagnostiques (TAAN, tests antigéniques ou tests
échantillon des voies respiratoires inférieures sera sérologiques), l’introduction de ces tests doit être faite
recommandée pour les patients admis à l’hôpital, donc avec des critères de qualité pour évaluer la performance
avec une symptomatologie plus sévère, mais suffisam-
des tests afin d’éviter trop de faux positifs et de faux
ment stables pour être soumis à des procédures inva-
sives. Si le patient est asymptomatique mais toujours négatifs. Pour optimiser la validation de ces tests, des
considéré à risque d’infection en raison d’une exposi- études multicentriques sur un panel plus large et plus
tion spécifique, un diagnostic sérologique entre 10 et varié d’échantillons permettraient d’obtenir des données
15 jours après l’exposition pourrait aider à documenter plus fiables quant aux performances réelles des tests. QQ
une infection asymptomatique.
L’analyse d’autres échantillons tels que le sang et l’urine Déclaration de liens d’intérêts : l’auteur déclare ne pas
n’a pas permis de détecter le Sars-CoV-2 alors que le avoir de liens d’intérêts.
virus a été trouvé dans les fèces et les prélèvements
périnéaux de patients présentant des symptômes gas-
tro-intestinaux [35,36]. À ce jour, l’intérêt de recher- Points à retenir
cher le virus dans ces autres localisations n’apparaît pas
◗tLa RT-PCR sur prélèvement rhinopharyngé est le
pertinent ni dans le contexte du dépistage ou ni dans
celui du diagnostic. Il conviendra également de savoir test de référence pour diagnostiquer une infec-
si le microbiote local (respiratoire, gastro-intestinal) tion à Sars-CoV-2 avec une sensibilité de 95 % et
joue un rôle contre la diffusion du virus, qui, avec la une spécificité de 99,9 %.
diversité des réponses immunitaires, pourrait contri- ◗tLe prélèvement salivaire pour recherche de
buer à la variété des présentations cliniques et affecter Sars-CoV-2 par RT-PCR présente une sensibilité
la charge virale détectable dans les différentes localisa- inférieure au prélèvement rhino-pharyngé.
tions [37,38]. ◗tLes tests antigéniques ont une sensibilité plus
Les tests sérologiques peuvent néanmoins être utiles à faible que la RT-PCR et leur place est encore à
la fois pour compléter le diagnostic étiologique lorsque évaluer.
les résultats des tests moléculaires sont négatifs et ◗tLes tests sérologiques doivent comprendre la
pour les études épidé[Link], il faut bien recherche d’IgM et d’IgG lorsque le prélèvement
prendre en compte leurs limites et seule la poursuite est réalisé à moins de 14 jours du début des
des études sur la réponse immune post-infectieuse sur symptômes.
une longue durée nous permettra de définir le délai
◗tLes anticorps produits lors de l’infection par
précis dans lequel ces tests sérologiques peuvent être
utilisés tant pour le diagnostic de rattrapage que pour le Sars-CoV-2 peuvent disparaître à distance de
les études épidémiologiques. l’infection.

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