Le monde microbien selon le diapo de Dr.

AMMARI
Définition:

 La microbiologie médicale: branche de la médecine s’attelant à rechercher des microbes dans les
prélèvements d’origine humaine dans le but de diagnostiquer des pathologies infectieuses associées
(Dc bactério et viro).
 Spécialité regroupant la bactériologie et la virologie.

Historique:
Introduction:
Les microbes (bactéries, virus, parasites, levures champignons et algues microscopiques …..)sont des êtres
vivants invisibles à l’œil nu car leur dimension est inférieure à 0,1 mm.
 1676 : Van Leeuwenhoek : microscope
 « Génération spontanée »
 Début XIXè siècle : Pasteur, (1) notion de micro-organisme, (2) ces micro-organismes peuvent
provoquer des maladies
 Milieu XIXè : Lister, sterilization
 1876 : Koch, notion de maladie bactérienne, 4 postulats de Koch
Les 4 postulats de Koch (1876) pour apporter la preuve formelle de l’origine microbienne d’une maladie
infectieuse:
1. Le microbe doit être présent dans chaque cas de maladie mais absent des organismes sains
2. Le microbe suspect doit être obtenu en culture pure à partir d’un animal infecté
3. La culture pure de ce microbe est introduite dans un animal sain, la maladie spécifique doit se
reproduire
4. A partir de l’hôte expérimentalement infecté, il faut pouvoir réisoler le même microbe spécifique.
« age d’or de la microbiologie » :
 Koch : charbon (Bacillus anthracis), tuberculose (Mycobacterium tuberculosis), choléra (Vibrio
cholerae)
 Klebs/Loeffler : diphtérie (Corynebacterium diphtheriae)
 Shiga : dysenterie (Shigella dysenteriae)
 Kitasato/Yersin : peste (Yersinia pestis)
Vaccins :
 Jenner : variole/vaccine
 Pasteur : choléra des poules, rage
 Von Behring/Kitasato : antitoxine (diphtérie)
 Anatoxine

Agents des maladies infectieuses

 Prions : maladies dégénératives du système nerveux (maladie de Creutzfeldt Jakob)
 Virus : 20 – 200 nm
 Bactéries
 Champignons
 Parasites

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Définition d'une bactérie:
 Une bactérie est un être unicellulaire (procaryote) de petite taille, de morphologie variable qui
présente des caractéristiques propres.
 Sa taille varie entre 1 à 10 μm.
 Le poids d’une bactérie est d’environ 10-12 g.
 Elle contient 70% d’eau.
 Elle est constituée de protéines, de lipides, de lipopolysaccharides , de peptidoglycane, de
ribosomes, d’ARN et d’ADN (3%).
Définition d’un virus:
Les virus sont 1000 fois plus petits que les bactérie,
possèdent un seul type d’acides nucléiques (ARN
ou ADN)s et sont parasites stricts des cellules,

Qu’est ce qu’une bactérie ?

 Bactérie = être vivant, unicellulaire
 Poids d’une cellule = 10 puissance-12 g (poids sec = 3x10-13 g)
 Découverte du monde bactérien : début du 18ème siècle grâce au microscope
 Étude des bactéries : Louis Pasteur (1822-1895) découverte du rôle des bactéries dans les
fermentations et les maladies
 Classement des micro-organismes :
Eucaryotes : membrane nucléaire (algues, champignons, protozoaires)
Procaryotes : un seul chromosome, pas de membrane nucléaire
 toujours unicellulaire (bactéries, algues bleues)

Domaines de la microbiologie
 Science médicale : pathologie infectieuse
 Science fondamentale : bactéries et virus = outils en génétique et biologie moléculaire
 Science extra-médicale concernant :
- L’agriculture : bactéries interviennent dans cycles naturels de C, N, S
- L’industrie alimentaire :
. rôle dans les fermentations (Fermentation is a process in which sugars are used to generate energy for
living cells. Besides, this energy is obtained without the need of O2, since it uses an anaerobic pathway)
. contamination des aliments (Salmonelles, Listeria)
- L’industrie chimique et pharmaceutique :
. production d’antibiotiques
. armes de guerre

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La classification des bactéries:
Introduction:
 Diversité du monde microbien
 Répartir les microorganismes en groupes significatifs avec noms précis (taxonomie)
 En microbiologie médicale, la taxonomie est essentielle: identification précise des bactéries
pathogènes pour l’instauration du traitement approprié.
Définitions :
 Classification: arrangement des organismes en groupes (ou taxons) selon leurs similitudes ou leur
parenté évolutive.
La taxonomie ou la taxinomie est la science de la classification biologique.
 La systématique: étude scientifique des organismes dans le but de les caractériser et de les arranger
de manière ordonnée, elle englobe des disciplines (morphologie, biochimie, physiologie,
épidémiologie, écologie=Étude des milieux où vivent les êtres vivants, ainsi que des rapports de ces
êtres avec le milieu, biologie moléculaire).
 La nomenclature: branche de la taxonomie qui s’occupe de donner des noms aux groupes
taxonomiques selon des règles publiées.
 La phylogénie: système basé sur des relations évolutives.
La phylogénèse est l’étude de l’histoire évolutive ou généalogique d’un groupe de microorganismes.
Caractéristiques principales utilisées en taxonomie:
Classification des bactéries: repose sur l’étude de leurs caractères morphologiques, tinctoriaux,
biochimiques et moléculaires.
 C. morphologiques: forme, groupement, mobilité (ou immobilité), taille
 C. tinctoriaux ou coloration différentielle: 1ère étape du processus d’identification d’une bactérie
-La coloration de Gram: permet de classer la majorité des bactéries en bactéries à Gram(+)ou Gram(-)
-Coloration de Ziehl-Neelsen: permet d’identifier un groupe de microorganismes (les Mycobactéries)
 C. biochimiques: regrouper les bactéries étroitement apparentées et constituent une étape dans
leur processus d’identification.
 C. moléculaires: utilisation des techniques moléculaires (composition de l’ADN bactérien en bases
guanine et cytosine ou GC, hybridation des acides nucléiques, et leur séquençage).

Principaux groupes bactériens d’intérêt médical:

Classés:
 En familles, genres et espèces
 Selon leurs caractères morphologiques, tinctoriaux et biochimiques

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Classification des organismes vivants:

 Règne animal
 Règne végétal
 Règne des protistes (HAECKEL 1866)= organisme uni ou pluricellulaire qui ne forment pas de tissus
differenciés.
 Protistes superieurs = eucaryotes
 Protistes inferieurs = procaryotes (pas de membrane nucléaire pas de noyau et pas de chromosome)
+ les virus : 1000 fois plus petit 1 seul type d'acides nucléiques parasites obligatoires.

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 Physiologie Bactérienne Pr [Link]

INTRODUCTION:
-La physiologie bactérienne consiste à étudier la nutrition, le métabolisme et la croissance des bactéries en
fonction des variations (naturelles ou controlées) du milieu dans lequel elles vivent.
-L'étude de la nutrition est l'analyse des besoins élémentaires et énergétiques nécessaires à la croissance de la
bactérie, ainsi que des facteurs physico-chimiques susceptibles d'influencer cette croissance.
-Dans un environnement optimal la cellule bactérienne grace à son systeme enzymatique très développé va
donner naissance en peu de temps à deux bactéries filles: on parle de croissance bactérienne. Elle se manifeste
par une augmentation numérique des cellules bactériennes et non pas une augmentation de taille comme chez
les organismes sup (homme animal plante).
-En définitive une bactérie se forme se développe vit et se reproduit puis dépérit meurt.
-Il faut savoir que la bactérie est composée à 75~90% d’eau, le reste étant de la matière sèche représentée
par des minéraux ou des oligoéléments (50% de carbone, 20% d’O2 ,8 à 15% d'Azote , 10% d’hydrogène, 1
à 6 % de Phosphore 0,1 à 1 % de Soufre Autres : Potassium , Calcium, Magnésium, Chlore,Sodium, Zinc,
Cobalt , Manganèse …..: 0,3 % (traces)
1-NUTRITION:
Les bactéries (comme tous les êtres vivants) ont besoin de se nourrir pour se développer. Elles ont d’abord des
besoins élémentaires (l’eau, le carbone etc...), les besoins énergétiques (lumière ou oxydoréduction) ainsi que
les substances spécifiques aux bactéries auxotrophes.
[Link] élémentaires:
 H20:
 Besoin majeur
 composition de tous les milieux de culture
 source d’H2 et d’O2.
 A fournir en grandes quantités:
 Carbone ,
 Azote ,
 Phosphore ,
 Soufre
 En plus faible quantité, les éléments minéraux :
 équilibre physico-chimique de la bactérie : Na ,K , Mg et Cl.
 enzymes ou coenzymes : Fe (pour la synthese du cytochrome de la chaine resperatoire ) .
 Oligo-éléments (indispensables en quantité infime) : Ca, Mg, Co Cu , Mn….
(0.14 mg de Fer/l pour synthèse de la toxine diphtérique ,Fer+Magnésium pour production de
Prodigiosine chez Serratia marcescens.)
[Link] énergétiques:
 soit l'énergie lumineuse (bactéries Phototrophes),
 soit l'énergie fournie par les processus d'oxydo-réduction (bactéries Chimiotrophes).

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Selon le type de substrat oxydable utilisé pour la synthèse énergétique, chacun de ces deux types de
bactéries peut être subdivisé en deux sous-types:
Pour les bactéries phototrophes,
si le substrat est un composé minéral, elles seront dites photolithotrophes (photo = lumière,
litho = roche ou minerai, trophos = croissance), elles peuvent se développer dans un milieu purement
minéral comme les plantes vertes, c’est le cas des bactéries pourpres ou vertes sulfureuses.
si le substrat est organique, elles seront dites photoorganotrophes, c’est le cas des bactéries
pourpres non sulfureuses.
Pour les bactéries chimiotrophes,
si le substrat est un composé minéral, elles seront dites chimiolithotrophes, comme Acidthiobacillus
ferrooxydans, qui utilise le fer comme substrat oxydable et bactérie oxydant l’hydrogène .
si le substrat est organique, elles seront dites chimioorganotrophes, c’est le cas de la majorité des
bactéries pathogènes d'intérêt médical, d’intérêt industriel, de contamination alimentaire..
3. Substances spécifiques ou facteurs de croissance:
-Ce sont des métabolites essentiels dont certaines bactéries ont besoin et qu'elles sont incapables de
synthetiser par défaut enzymatique et qui peuvent appartenir à la classe des acides aminés, bases
puriques et pyrimidiques ou des vitamines
-Besoins quantitatifs: Selon le type de facteur de croissance, les besoins seront différents :

-Caractères communs:
 actifs à concentration infime
 étroitement spécifiques
-Les bactéries exigeant (qui a besoin) des facteurs de croissance sont appelées : bactéries auxotrophes.
- Les bactéries non exigeant des facteurs de croissance sont appelées : bactéries prototrophes.

Exemples :

[Link]: n'exige aucun facteur de croissance, se multiplie

sur milieu minimum.
Haemophilus influenzae : bactérie auxotrophe (exige
facteur V (coenzyme I et II) et facteur X (Hémine)).

4- Facteurs physico-chimiques: ce sont surtout des facteurs physiques :

A. Température :
Selon leur affinité à la température, l’on distingue 4 types de bactéries :
 Les bactéries cryophiles : croissent de manière optimale dans des températures inférieures à
0°C. Ce sont les bactéries des fonds océaniques et des glaciers.
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  Les bactéries psychrophiles : croissent de manière optimale dans des températures comprises
entre 0°C et 10 ou 20°C. elles sont d’intérêt biologique car elles peuvent se développer sur des
produits conservés dans le réfrigérateur (notamment les produits laitiers)(et sang ou dérivés sanguins).
L’on citera comme exemple: les Pseudomonas, Acinetobacter, Aeromonas.
 Les bactéries mésophiles : croissent de manière optimale dans des températures comprises
entre 20°C et 40°C. Les bactéries pathogènes font partie de cette catégorie. L’on y trouve
également les bactéries commensales (c'est-à-dire celles qui vivent normalement sur notre peau
ou dans nos cavités naturelles).
 Les bactéries thermophiles : croissent de manière optimale dans des températures comprises
entre 45°C et 65°C, le plus souvent autour de 55°C. Ce sont les bactéries des geysers et des
sources thermales. L’on citera par exemple les genres Bacillus ou Clostridium.
B. Le pH:
La plupart des bactéries vivent dans un pH neutre ou légerement alcalin (7 à 7.5). Il existe des exceptions :
 Escherichia coli : elle cultive dans un intervalle de pH entre 4.4 et 8.
 Lactobacillus acidophilus : préfère les pH acides (d’où son nom) autour de 6.
 Vibrio cholerae : se multiplie dans un pH avoisinant 9.
Certaines bactéries non-toxiques et produisant du phosphore préfèrent se multiplier dans une solution
tampon. Cette solution est faite d’un mélange entre un acide faible (KH2PO4) et son anion (KHPO4-).
Son pH est un large intervalle autour de 7 est ne change pas même si l’on ajoute un acide ou une base.
C. La Pression Osmotique:
-Les bactéries tolèrent des variations de concentrations ioniques .
-Certaines bactéries tolèrent mieux que d’autres les variations de pression osmotiques (liées à une
variation de concentration de sel). Staphylococcus aureus par exemple tolère une concentration saline de
(7.5% Nacl), Enterococcus lui ne tolère que 6.5%. Ces bactéries sont dites halophiles.
D. La Pression partielle d’Oxygène:
Certaines bactéries peuvent se développer en présence d’air, ou en son absence, ou indifféremment de
sa présence. Pour les identifier, l’on dépose dans un tube rempli d’une gélose VF (viande-foie) un
inoculum de bactéries et l’on regarde où est-ce que les colonies vont se situer sur la longueur du tube.
1-Bactérie aérobie stricte : elles ont besoin d’oxygène pour survivre. Elles se développent en haut
du tube, au contact de l’air. ex : Pseudomonas aeruginosa
2-Bactérie Microaérophile : elles se développent à une pression partielle d’oxygène de 10%.
Elles apparaissent en haut du tube mais pas à sa surface. ex: Campylobacter jejuni
3-Bactérie aérobie-anaérobie facultative : elles se développent indifféremment de la présence
d’oxygène ou de son absence. Elles apparaissent uniformément le long du tube. ex. les Entérobactéries
4-Bactérie anaérobie stricte : elles se développent uniquement en absence d’oxygène, il leur est
toxique. Elles se concentrent au fond du tube. [Link] fragilis.

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5- Généralités sur les Milieux de culture: Connaissant l’ensemble des besoins nutritifs de
la bactérie, nous pouvons introduire la notion de culture bactérienne.
 CRITERES de Classification:
1-Composition chimique:

2- Consistance:
 Milieu liquide (ex. bouillon de Clark Lubs)

 Milieu solide ou gélosé (ex. gélose Chapman)

 Milieu semi-liquide ou faiblement gélosé (ex. milieu Mannitol-mobilité).
3- Utilisation:
 Les milieux usuels ou de base (ex. gélose nutritive, bouillon nutritif)

 Les milieux enrichis: ils contiennent des inhibiteurs spécifiques de certaines espèce bactériennes
donc favorisant la multiplication d'espèces données (ex. gélose au sang, Bouillon pour
Hémoculture)
 Les milieux sélectifs ou électifs: ils permettent l'isolement d'une espèce bactérienne tout en inhibant
les autres espèces éventuellement présentes dans un prélèvement (ex. gélose Hektoen)
 Les milieux d’identification: (ex. milieu TSI)
 Les milieux de conservation
 Les milieux de transport: qui est utilisé pour le transport des prélèvements. (milieu T.G.V.)
Afin d’étudier leur croissance, les bactéries doivent être ensemencées dans une boite de Pétri remplie
d’un milieu de culture contenant des éléments nutritifs. La boite sera ensuite incubée dans un incubateur
à étuve ou dans un incubateur sous jarre (pour les bactéries anaérobies) à température adéquate pour
favoriser leur culture.

Ensemencement Incubation à l’étuve Incubation sous jarre

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2-CROISSANCE BACTERIENNE:
1.Définition: Dédoublement à intervalle régulier de la masse bactérienne et du nombre de cellules d’une
culture bactérienne. (scissiparité ).
 Temps de génération: c’est le temps nécessaire à une bactérie pour se diviser en deux (Temps
requis pour un dédoublement) ex. [Link]: TG= 20mn [Link]: TG= 20 h
 Taux de croissance : nombre de divisions par unité de temps (ex. 3 pour [Link])
[Link]étique de la croissance:
La croissance d’une bactérie évolue en 6 phases successives dans un milieu de culture non renouvelé
(c'est-à-dire où tout nutriment consommé ne sera pas renouvelé).
Phase A: Phase de latence; Durant cette phase, la courbe est plate et le taux de croissance est nul. Les
bactéries ont besoin de temps pour s’adapter à leur milieu en synthétisant les enzymes nécessaires à leur
métabolisme.
Phase B: Phase d'accélération
Phase C: Phase de croissance exponentielle; Le taux
de croissance atteint la valeur maximale.
Phase D: Phase de ralentissement
Phase E: Phase stationnaire; La masse bactérienne
est maximale.
Phase F: Phase de déclin; La masse bactérienne
décroît du fait de la lyse accélérée des bactéries.
(La population bactérienne commence à diminuer à cause de l’accumulation de déchets et la baisse des
nutriments qui deviennent insuffisants).
[Link] de la courbe de croissance :
a-Croissance continue: c’est une méthode utilisée en industrie pour obtenir des bactéries de même âge
(même génération). Elle consiste essentiellement à renouveler le milieu de culture. Elle est utilisée pour
fabriquer des vaccins bactériens ou des anatoxines (toxines bactériennes) en grandes quantités, mais
également des
métabolites (pour fabriquer des vitamines ou des hormones de synthèse).
b-La diauxie: on fournit à la bactérie 2 sources de carbone et d’énergie.

3-METABOLISME BIOCHIMIQUE BACTERIEN:

-Il est défini comme l'ensemble des transformations chimiques (réactions de biosynthèse et de
dégradation), qui assurent l'élaboration des constituants bactériens et leur fonctionnement.

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-Il permet de définir des caractères d'identification biochimique qui représentent des critères
essentiels dans la classification (ou Taxonomie) bactérienne.
En pratique, on étudie le métabolisme d'une bactérie à travers 2 types de tests:
 La bactérie est mise en présence d'une série de nutriments et on détermine la gamme de produits
qu'elle utilise pour assurer son métabolisme.
 La bactérie est mise en présence d'un substrat déterminé et on détecte le ou les catabolites
accumulés dans le milieu de culture à la suite de l'action de la bactérie sur le subsrat. Ceci nous
permet d'identifier la voie enzymatique empruntée par la bactérie.

Les réactions énergétiques des bactéries:

L'énergie libérée par le catabolisme bactérien est
emmagasinée de manière progressive au niveau d'une série de
réactions de phosphorylation productrices d'ATP.
La phosphorylation se produit au cours d'une réaction
d'oxydoréduction couplant l'oxydation d'un substrat
énergétique SH2 à la réduction d'un composé d'A.
L'énergie E libérée est emmagasinée dans une molécule d'ATP.

Les systèmes producteurs d'énergie:

Les réactions redox productrices d’énergie sont intégrées dans 2 types de processus énergétiques :
 La fermentation
 La respiration
Exemple du métabolisme du glucose:
-Le glucose est le substrat le plus
couramment utilisé comme source
de carbone et d'énergie.
-A partir d'une molécule de glucose 3
voies fermentaires les plus
importantes aboutissent au
pyruvate.
-Le pyruvate, plaque tournante du
métabolisme énergétique, peut
s'engager dans différents voies
métaboliques selon que la bactérie
étudiée est aérobie ou anaérobie.

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Fermentation du Glucose:
Chez les bactéries (et notamment les anaérobies strictes et les aéro-anaérobies facultatives) la
fermentation revêt une importance capitale, étant une voie alternative de production d’énergie à partir
d’un substrat organique (dans notre cas le glucose). Il existe quatre voies principales de fermentation :
 Fermentation alcoolique : production d’éthanol (alcool) à partir du pyruvate, elle se voit surtout
chez les champignons, très peu chez les bactéries.
 Fermentation butyrique : production d’acide butyrique à partir du pyruvate, elle se voit par
exemple chez Clostridium butyricum (surtout utilisée dans l’industrie).
 Fermentation lactique : production d’acide lactique à partir du pyruvate, elle se retrouve chez les
bactéries du genre Streptococcus.
 Fermentation d’acides complexes: concerne les entérobactéries, elle possède deux voies possibles:
 Voie des acides mixtes : par production d’acides comme chez Escherichia coli.
 Voie du butanédiol : par production de 2,3-butylène glycol, c’est le cas des bactéries dites KES
(Klebsiella, Entérobactéries, Serratia), elle est mise en évidence par le test VP.
La respiration:
-Voies métaboliques au cours desquelles
l’oxygène moléculaire ou des composés oxygénés
inorganiques ou ioniques jouent le rôle d’accepteur
d’électrons et d’H2 dans les réactions redox.
-Ces voies sont liées à la membrane cytoplasmique de
la bactérie. (étant-donnée l’absence de mitochondries,
la bactérie possède sa chaine respiratoire directement
implantée sur sa membrane plasmique).
-L’énergie est produite par phosphorylation dite
oxydative et libérée par paliers via le cycle
tricarboxylique de KREBS et la CHAINE RESPIRATOIRE ;
Le bilan énergétique est élevé.
La chaîne respiratoire:
 Chaîne cytochromique de transfert des électrons
 y sont associés des phosphorylations oxydatives
 Font intervenir des transporteurs d’électrons et de protons
 Chez les bactéries, on distingue 2 types possibles de chaines respiratoires selon L’accepteur final de
protons et d’électrons:

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APPLICATIONS DE LA PHYSIOLOGIE BACTERIENNE:
1-Le diagnostic bactériologique: culture et identification des germes à partir du prélèvement pathologique
(urine, selle, sang, LCR…)
Données de Implications sur
physiologie bactérienne le diagnostic bactériologiqe
Besoins nutritifs Choix des milieux de culture
Exigences environnementales Choix de la T° et de l’atmosphère
(facteurs physico- chimiques) d’incubation
Temps de génération, taux de croissance Délais de culture et rendu du résultat
Croissance bactérienne Dénombrement des bactéries
dans un prélèvement
Type métabolique Caractères Identification bactérienne
biochimiques
Effets des antibiotiques sur la croissance antibiogramme
bactérienne
HEMOCULTURE: Il est possible de cultiver des bactéries directement dans le sang selon deux méthodes :

 Systèmes non-automatisés : c’est un système de détection par indication colorée. Le CO2 qui s’échappe à
cause de la respiration bactérienne va activer une réaction colorimétrique. C’est l’exemple de
l’hémoculture signal « OXOID ».

(Signe de croissance bactérienne = Gaz dégagé par le

métabolisme bactérien et détecté par l’Indicateur)

 Systèmes automatisés : la croissance bactérienne sera détectée par ordinateur, de façon

automatique. Croissance bactérienne détectée via un produit du métabolisme biochimique ;
Exemple : Détection du CO2 d’origine bactérienne (Automate BACT/ALERT et Automate BACTEC)
2-ANTIBIOGRAMME: évaluation in vitro, de la sensibilité d’une souche bactérienne donnée , à une
gamme d’antibiotiques différents.
3- L’antibiothérapie:
Les modifications de la courbe de croissance (bactéricidie) permettent de mesurer l'activité antibactérienne
des antibiotiques sur une souche bactérienne donnée.
4- L’efficacité de la stérilisation ou de la désinfection par le contrôle microbiologique:
L'étude de la courbe de croissance permet de vérifier la vitesse de destruction des bactéries par la
chaleur, les UV, ou d'autres agents physiques ou chimiques. Application au contrôle de la stérilité ou de la
densité microbienne dans certains locaux: air des blocs opératoires, décontamination des surfaces..,
application au contrôle de qualité microbiologique des aliments, des médicaments , des produits
cosmétiques…
5- Biofilm et infections nosocomiales : les bactéries s’organisent en biofilms à la surface du matériel
implanté tel cathéter vasculaire , sonde urinaire , sonde de dérivation. ….Pour éliminer ces bactéries
inaccessibles à l’antibiothérapie , il faut procéder à l’ablation du matériel mis en place.

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Aptitude à l’adhérence: Formation d’un Aptitude à l'adhérence: voies de colonisation d'un
biofilm sur la surface interne d’un cathéter (ME) cathéter vasculaire

Aptitude à l’adhérence: Micro- organismes fréquemment associés aux biofilms sur matériel médical
implanté :

Conclusion:
Les notions de physiologie bactérienne nous permettent de mieux comprendre les conditions dans
lesquelles les bactéries se multiplient pour donner de la croissance . Ceci permet , en reproduisant ces
conditions in vitro, de cultiver et d’identifier à partir d’un produit pathologique , et de tester aux
antibiotiques, les bactéries impliquées dans un processus infectieux.

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 Génétique bactérienne 2023

Définition:
-Science de la variation et de l'hérédité, née de l'étude chez les organismes doués de reproduction
sexuée, du croisement ou hybridation entre races ou variétés de la même espèce.
-La génétique étudie les caractères héréditaires et les variations accidentelles.
-L’approche de la génétique nécessite la connaissance de termes propres à cette discipline :
 Le génome d’un organisme : Ensemble des gènes qu’il possède. C’est son patrimoine génétique.
 Le phénotype d’un organisme : Ensemble des caractères que peut déceler l’expérimentateur. Il
résulte de l’expression du génotype.
-Tous les gènes ne sont pas exprimés en même temps et l’environnement influence profondément
l’expression phénotypique.
-Un phénotype peut correspondre à différents génotypes.
Rappels:
Les bactéries:
-Elles sont partout (aérobies et anaérobies)
-Elles font parties des organismes procaryotes, c-à-d des organismes
unicellulaires dont l’ADN n’est pas confiné dans un vrai noyau.
-Taille: 1um (levure 10um cellule humaine 100um)
-Culture facile et économique.

Pour se diviser, les bactéries n’ont pas recours à la mitose comme pour nos cellules, mais à un mode de
division binaire particulier: la scissiparité: (réplication de l’ADN, transcription, traduction)≈ 20 min(17 min-33h)
Etant donné que la bactérie réplique son ADN avant de se diviser en deux cellules filles identiques, l’on est
surs que l’intégralité du génome bactérien sera transmis, moyennant quelques mutations génétiques
spontanées.
Structure du génome bactérien:
Les acides nucléiques : Structure chimique des acides nucléiques:
L’ADN est un polymère formé d’unités élémentaires appelés nucléotides.

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-Nucléotide est composé d’une base azotée (adénine, cytosine, guanine,
thymine), d’un sucre (désoxyribose) et d’un groupement phosphates.
-Les deux brins antiparallèles d'ADN sont toujours étroitement reliés entre-eux
par des liaisons hydrogène formées entre les bases complémentaires A-T et G-C.
Ces deux brins d'ADN sont dits complémentaires.
Deux brins d'une double hélice sont complémentaires et antiparallèles,
(l'extrémité 5' de l'un est en contact avec l'extrémité 3' de l'autre et inversement)
-Caractères héréditaires sont conservés et transmis de génération en
génération.
-Elles Sont inscrits dans la structure de fragments de molécules d’ADN qu’on appelle « gènes »
-Gène: contient l’information nécessaire à la synthèse d’une protéine spécifique.
La synthèse des protéines s’effectue en deux étapes :
 La transcription de l’ADN en ARNm.
 Puis la traduction du messager en protéine.
-Chez les eucaryotes, les protéines sont maturées dans l’appareil de Golgi.
-Un seul des deux brins de la double hélice du gène contient l’information codante. Ce brin est appelé brin
codant.
Les variations génétiques:
La mutation:
Définition : changement du nombre ou de la séquence des bases nucléotidiques de l'ADN, spontanée ou
provoquée par un agent mutagène (Acide nitreux, Rayons X, Rayons Gamma).
-Certaines mutations sont incompatibles avec la vie: « mutations létales »
Mécanismes moléculaires des mutations :
La variation génotypique héréditaire peut résulter :
 Soit d’une modification du mécanisme de traduction de l’information,
 Soit le plus fréquemment d’une modification du texte génétique par:
- Suppression de toute une séquence (délétion)
- Insertion d’une séquence étrangère (macro-insertion)
- Remplacement d’un nucléotide par un autre (mutation ponctuelle)
- Suppression ou l’insertion d’un nucléotide (micro-délétion ou micro-insertion).
Caractères de la mutation :
Les mutations bactériennes (comme celles observées à partir des autres organismes) se caractérisent par
leur spontanéité, leur rareté, leur spécificité et leur stabilité .
1. Spontanéité :
Lorsqu’il s’agit d’un mutant isolé pour un agent sélecteur la mutation se produit toujours indépendamment
de cet agent. C’est ainsi qu’un mutant résistant à un ATB isolé à l’aide d’un milieu contenant, cet ATB est
considéré comme ayant acquis son caractère de résistance avant tout contact avec l’ATB.
Ceci est très important sur le plan médical car les ATB ne déterminent pas la résistance mais sélectionnent
les bactéries déjà résistantes. La spontanéité de la mutation a été prouvée par l’expérience des répliques
de Lederberg.

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Les différentes étapes de l’expérience
sont décrites sur la figure 5. Le fait
essentiel qui est démontré dans
l’expérience de Lederberg est que,
à chacune des étapes, le nombre de
mutants augmente sur les milieux
dépourvus d’antibiotique pour donner
finalement une culture pure (même
nombre de colonies sur milieu sans et
avec antibiotique), colonie qui ont la
même position sur les boîtes. Les milieux
contenant de la streptomycine ont servi
uniquement au repérage des mutants
qu’ils ont sélectionné. Mais la population
que nous avons obtenue n’a jamais été
elle, au contact de l’antibiotique, ce qui
démontre sans aucune ambigüité
possible que la mutation se produit
spontanément, en l’absence de l’agent
sélecteur, en l’occurrence de la
Streptomycine. Figure 6 : Expérience de LEDERBERG ou test des répliques au tampon de velours
[Link]é:
-Mesurable par le taux de mutation: probabilité pour une bactérie de muter pendant une unité de temps
définie (souvent le temps de génération); Taux de mutation: 10-6 à 10-8.
-Considérablement augmentée par les agents mutagènes (agents physiques ou chimiques qui modifient la
structure d’une molécule d’ADN, et augmentent le taux de mutation pour l’ensemble des caractères).
Exemple : Rayons UV, RX, acridines etc..
3. Stabilité:
-Le caractère acquis par la mutation: transmissible à la descendance de génération en génération.
-Le retour au caractère d’origine par mutation reverse avec un taux de mutation spécifique différent de
celui de la mutation initiale est possible.
4. Spécifique et indépendante:
Survient indépendamment d’autres mutations éventuelles, la probabilité d’apparition d’une mutation
double portant sur deux caractères indépendants est très faible (10-7 X 10-6 = 10-13).
 Spécificité - Indépendance : la probabilité pour une bactérie de subir simultanément deux mutations
distinctes est le produit des probabilités individuelles de ces mutations. Cette notion est
d'importance, afin d'éviter la sélection d'un mutant résistant, dans l'antibiothérapie, antituberculeuse
par exemple. L'instauration d'une monothérapie est suivie de la sélection d'une souche résistante. En
effet, une caverne évolutive de 2 cm de diamètre peut contenir une population bacillaire de l'ordre
de 108 bacilles tuberculeux. Si le taux mutation est de 10-5 pour l'isoniazide (INH) et de 10-7 pour la
rifampicine (RIF), la probabilité d'isoler un double mutant résistant à INH-RIF est de 10-12.
 Une telle émergence sera évitée par une antibiothérapie associant, au-moins deux antituberculeux.
Conclusion (mutation)
La mutation: mécanisme mineur d'évolution bactérienne car:
 La probabilité d'obtention de mutants spontanés est faible
 Souvent sans avantage sélectif pour la forme variante, à l'exception de la résistance aux antibiotiques.

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Les recombinaisons génétiques:
-La bactérie peut être l’objet de variations génétiques autres que la mutation.
-Peuvent résulter de transfert de matériel génétique d’une bactérie à une autre par 4 processus :
 La transformation,
 La conjugaison,
 La transduction
 La conversion.
-Les deux premiers ne mettent en jeu que des éléments bactériens, les deux derniers font intervenir en
plus le bactériophage (Les bactériophages sont des virus naturels très répandus dans l'environnement qui
ciblent spécifiquement les bactéries)
La transformation:
Définition : processus qui correspond au transfert d’une molécule d’ADN « nu » et à son intégration dans le
chromosome de la cellule receveuse.
- Pour qu’une cellule puisse être transformée par de l’ADN exogène, elle doit être en état de
compétence, c'est-à-dire capable de capter et d’intégrer l’ADN exogène (l'état de compétence de la
bactérie dépend de la tampérature du milieu, du PH et des éléments nutritifs présents)
 Transfert partiel du chromosome limité à quelques espèces bactériennes
 Entraîne l’acquisition par la bactérie réceptrice de nouveaux caractères génétiques stables et
transmissibles.
 Phénomène découvert par Griffith (1928), n’a été compris qu’en 1944 à la suite des expériences
d’Avery, Mac Leod et Mac Carthy.
 Phénomène a été décrit par Griffith chez le pneumocoque: ces bactéries se présentent sous deux
types morphologiques:
 La forme S (Smooth): elles sont encapsulées et virulentes (injection chez la souris déclenche
une septicémie mortelle en 24 à 48 heures)
 Formes R (Rough): non virulentes.
Elles peuvent par mutation, se transformer en forme R (Rough) non capsulées et dénuées de tout pouvoir
pathogène. La virulence du pneumocoque est associée à la substance polysaccharidique de la capsule.
Cette substance antigénique permet de distinguer près de 90 sérotypes.
- L’expérience de Griffith est schématisée sur la figure ci-dessous, par injection intra péritonéale à la
souris, Griffith a constaté :
 Que les pneumocoques vivants de types S provoquent une septicémie mortelle
 Que les pneumocoques de types S tués par la chaleur laissent les souris vivantes
 Qu’un mutant non capsulé de type R n’entraîne pas la mort des souris quel que soit le sérotype capsulé
dont il provient.
 Qu’un mélange de pneumocoques de types S tués et de pneumocoques de types R vivants tue les
souris par septicémie et dans le sang de la souris on retrouve des pneumocoques de type S encapsulé.
 Qu’un mélange de pneumocoques tués sans ADN du type S et de pneumocoques de types R vivants
n’entraîne pas la mort des souris.
 Qu’un mélange de pneumocoques de types R vivants et de l’ADN extrait de pneumocoques du type S
tue les souris par septicémie et dans le sang de la souris on retrouve des pneumocoques de type S
encapsulé.

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Conclusion:
Les cultures de pneumocoque de type S tués contiennent un principe transformant qui modifie les
bactéries R vivantes en les rendant Smooth.
Avery et ses collaborateurs démontrent que la substance responsable de la transformation n’est autre que
l’ADN. C’est l’ADN des bactéries S tuées qui est responsable chez les bactéries R vivantes de la synthèse
d’une capsule de type S.
Les étapes de la transformation : Elle s’effectue en 4 étapes :
1. La fixation de l’ADN exogène bicaténaire à la surface de la cellule compétente.
2. La dégradation d’un brin de l’ADN par une nucléase et pénétration de l’autre dans la cellule.
3. L’association du brin intact avec une protéine de compétence.
4. L’intégration par recombinaison de l’ADN dans le chromosome de la cellule compétente au niveau
d’une zone d’homologie.

Ce transfert naturel d'ADN bactérien est limité à quelques espèces bactériennes à GRAM (+) telles
Streptococcus dont S. pneumoniae, ou à GRAM (-) telles Neisseria, Haemophilus…
Applications scientifiques:
En bactériologie médicale, son intérêt est lié à l'émergence d'espèces résistantes aux ATB comme le
pneumocoque ou récemment, le méningocoque.
Cette émergence de la résistance, à la pénicilline G par ex, a été lente depuis l'introduction des ATB. En
fait, ce phénomène n'a été possible qu'après sélection de mutants résistants (streptocoques buccaux) lors
d'antibiothérapie puis de transfert du ou des gènes de cette résistance par transformation naturelle à
l'espèce pathogène potentielle en situation de portage.

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La conjugaison:
Définition: Processus sexuel strict qui permet le transfert du matériel génétique entre des bactéries
"sexuellement" différenciées avec la formation d'un pont cytoplasmique permettant les échanges
bactériens dont celui du chromosome (nécessite un contact étroit entre une bactérie donatrice (ou mâle)
et une bactérie réceptrice (ou femelle)).
Le matériel transféré: chromosomique ou extra chromosomique (plasmide).
Découverte du phénomène : Pour étudier les phénomènes de conjugaison, Lederberg et Tatum (1946)
utilisèrent deux souches d’[Link] K12 poly-auxotrophes :
 Souche A : Thr+ Leu+ Thi+ Met- Bio-
 Souche B : Thr- Leu- Thi- Met+ rBio+
(Thr= Thréonine, Leu= Leucine, Met=Méthionine, Bio= Biotine (vitB8), Thiamine= vit B1)
- Dans un premier temps, ils étalent 108 bactéries A et 108 bactéries B sur deux géloses séparées
dépourvues de facteurs de croissance indispensables. Après un temps habituel d’incubation, aucune
colonie n’a poussé.

- Par contre, s’ils étalent un mélange de 108 bactéries A et 108 bactéries B, une centaine de colonies
deviennent visibles.
- Ces colonies sont Thr+ Leu+ Bio+ Met+ Thi+ : ce sont des recombinants.
- La possibilité d’apparition de mutants doit être, ici, exclue car si elle survient avec une fréquence de
10-7 pour un caractère, la mutation double ou triple apparaîtrait avec une fréquence respective de
10-14 ou de 10-21, ce qui ne correspond pas au résultat observé.
- Les colonies apparues proviennent donc bien de recombinants, càd de bactéries réceptrices qui ont
acquis un ou plusieurs caractères nouveaux appartenant à une bactérie donatrice.

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Le facteur de sexualité ou de fertilité (F): permet la synthèse de pili sexuels (extension de cytoplasme)
chez la bactérie donatrice ou mâle et donne la polarité au chromosome (c.a.d va orienter le transfert de la
1ere bactérie à la 2e et non pas le contraire)
Caractéristiques:
• Spécificité - Fréquence :
 Le transfert d'ADN chromosomique suivi de recombinaison est spécifique (intra espèces), mais
limité, en particulier aux espèces à Gram (-) telles E. coli, Salmonella, Pseudomonas aeruginosa et
Streptocoques.
 Différenciation sexuelle : transfert d'ADN à sens unique ou orienté (croisements fertiles (F) que dans
un sens), met en évidence la différenciation sexuelle entre le donneur et le receveur.
 Porte sur la présence du facteur sexuel ou facteur de fertilité (F): donne la polarité à la bactérie
donatrice ou mâle (F+).
 Facteur de fertilité (F): premier plasmide connu. Son potentiel d'information génétique (de l'ordre de
2 % de celui du chromosome bactérien) code pour la biosynthèse d'appendices ou pili sexuels, pour
son insertion possible au chromosome bactérien, pour la mobilisation ou le transfert partiel ou non
de ce dernier dans la bactérie réceptrice (F-).
 La conjugaison: dénommée sexualité des bactéries.
• Contact ou appariement : Cette phase individualise ce mode de transfert. En effet, le transfert de gènes du
donneur au receveur n'est possible qu'après la formation de paires ou couples de bactéries donatrice-
réceptrice. Le rôle des pili sexuels, flexibles ou non (2 à 3 par donneur).
• Transfert de l'ADN chromosomique : La mobilisation du chromosome de la bactérie donatrice peut alors
débuter à travers le pont cytoplasmique sous la forme monocaténaire (un des deux brins transmis). Ce
transfert est à sens unique, orienté et progressif, quelquefois total, durant alors une centaine de minutes
à 37° C.
Caractères transférés - fréquence :
 N'importe quel gène bactérien peut être transféré comme l'aptitude à biosynthétiser un acide aminé
(thréonine, leucine, sérine).
 La fréquence de recombinaison est faible, de l'ordre de 10-6.
 Rencontré lors d'échange d'ADN non chromosomique
comme l'ADN plasmidique (plasmides conjugatifs).
 Principal facteur d'évolution des bactéries, en particulier
pour l'acquisition de la résistance aux ATB.

Différenciation sexuelle et facteur de fertilité:

Les deux souches parentales ne jouent pas le même rôle au cours
du croisement, d’où la notion de différenciation sexuelle.
 Bactérie F+
 Le facteur F est constitué d’ADN.
 Sa longueur représente 2% de celle du
chromosome d’[Link].
 La présence du facteur F entraine la synthèse
spécifique du pili appelée pili F ou pili sexuel.
 Ces pili F servent de « câbles d’amarrage »
permettant l’accouplement.
 Ce n’est que par la suite qu’un véritable pont
cytoplasmique se constitue en vue du
transfert.

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  Mutants Hfr: (Haute fréquence de recombinaison) Se distinguent par le produit de leur croisement
avec les bactéries F-:
 Dans le croisement F+ X F- les bactéries femelles
deviennent mâles c.a.d contient de plasmide, mais on
isole très peu de recombinants.
 Dans le croisement Hfr X F-, on obtient 100 fois plus
de recombinants mais par contre très peu de bactéries F-
deviennent males.

Remarque :
- Au cours de la conjugaison: possibilité de transfert de matériel génétique extra-chromosomique ou
plasmidique.
- Chez les Hfr, le facteur F est intégré dans leur ADN chromosomique, ce qui implique que les bactéries
donatrices doivent d’abord subir une réplication d’ADN avant la conjugaison.
- Ces plasmides peuvent intervenir dans les phénomènes de résistance aux ATB.
La transduction:
Définition: transfert de matériel génétique d’une bactérie (ADN chromosomique ou
extra-chromosomique) à une autre par l’intermédiaire d’un bactériophage à ADN
bicaténaire. (le bactériophage est un virus des bactéries composés d’une capside
protéique renfermant une molécule d’ADN double brin).
Au moment de la multiplication végétative d’un phage tempéré (c'est le virus dont
le génome peut s'intégrer dans l'ADN de la cellule hôte et en transformer les
propriétés) un fragment d’ADN bactérien est incorporé dans la capside avec l’ADN
viral et transmis à une bactérie sensible à ce phage.
On distingue:
1. Transduction généralisée :
Les phages possèdent une nucléase qui fragmente le chromosome bactérien et n’importe quel gène d’une
bactérie donatrice peut être intégré dans la capside du phage et transféré à une bactérie réceptrice.

2. Transduction restreinte :
Ce phénomène très particulier, découvert avec le phage d’[Link] qui transfère uniquement la propriété de
métaboliser le galactose.

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Cycle lytique et cycle lysogène des bactériophages :
Après infection, les bactériophages peuvent adopter deux types de comportements :
 Le cycle lytique (dangereux et tué la bactérie):
- Dégradation de l’ADN de l’hôte.
- Réplication de l’ADN phagique en de nombreuses copies.
- Encapsidation de l’ADN phagique.
- Libération des phages complets après lyse cellulaire.
 Le cycle lysogène (plus gentil que l'autre):
- L’ADN phagique s’intègre dans le chromosome bactérien
pour former un prophage.
- Le prophage est répliqué avec le chromosome bactérien.
- Le prophage reste silencieux jusqu’à ce qu’un
phénomène inducteur provoque sa libération.
- Le phage libre peut déclencher un cycle lytique.
La conversion lysogénique :
-Dans certains cas, l’ADN viral s’intègre dans le chromosome de la bactérie sans provoquer la lyse de la
cellule hôte (ADN intégré = prophage).
-L’ADN viral apporte de nouveaux caractères génétiques stables transmissibles à la descendance. C’est la
conversion lysogénique.
Exemples :
 La scarlatine: infection par streptocoque du groupe A possédant dans leur chromosome de l’ADN viral
codant pour la toxine érythrogène.
 La diphtérie: infection par Corynebacterium diphteriae possédant dans leur chromosome de l’ADN viral
codant pour la toxine diphtérique.
Pour bien faire la différence une bonne fois pour toutes :
- La transduction est le transfert de matériel génétique d’UNE BACTERIE A UNE AUTRE, par l’intermédiaire
d’un bactériophage.
- La conversion est l’acquisition d’un nouveau caractère issu du matériel génétique DU PHAGE LUI-MÊME.
Les éléments génétiques mobiles:
1. Plasmides:
Définition:
 Fragments d’ADN à double brin, extra-chromosomiques, cytoplasmique doués de réplication
autonome et de taille variable.
 Se présentent sous forme d’une structure circulaire surenroulée et peuvent être plusieurs dans une
même bactérie.
 Plusieurs types de plasmides: les plus connus sont les plasmides F ou facteur de fertilité et les
plasmides R dits plasmides de résistance aux ATB.
Autres types de plasmides:
 Médiateurs de nombreuses propriétés permettant une meilleure adaptation des bactéries, non
indispensables au métabolisme normal de la cellule-hôte.
Principales caractéristiques:

On notera l'addition de ces propriétés par une

même souche.

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Autres propriétés :
 Réplication autonome, assurant sa survie ou son existence.
 Transmission d'une cellule à l'autre s'effectue habituellement par conjugaison (codent pour des pili
sexuels), ou encore transduction ou transformation, mais souvent sans spécificité d'hôte, d'où une
diffusion entre espèces bactériennes différentes.

 Eléments de l'hérédité extrachromosomique, ils donnent aux nombreuses espèces qui les hébergent
de nouveaux caractères. Il s'agit du principal processus d'évolution rapide des bactéries.
2. Transposon ou élément transposable:
La découverte du transposon au début des années 1950.
 Séquence d’ADN capable de se déplacer et de se multiplier de manière autonome dans un génome
 Permet également au gène de sauter d’une position chromosomique à une position plasmidique.
3. Intégrons :
 Eléments génétiques retrouvés exclusivement chez les bactéries
 Constituent un système naturel de capture, d'expression et de dissémination des déterminants de
résistances aux ATB
 Le plus souvent portés par des plasmides ou des transposons.
 Structure qui permet à des gènes de s’intégrer et de s’exprimer.
Applications pratiques:
 Les techniques de biologie moléculaire pour l’identification d’espèce bactérienne ou d’une mutation
responsable de résistance à un ATB, reposent sur la connaissance d’un ou plusieurs fragments
(séquences) d’ADN bactérien.
 La PCR (amplification d’un fragment d’ADN in vitro)
permet d’augmenter le nombre de copies de ce
fragment en plusieurs exemplaires, ce qui permet de
l’identifier facilement au laboratoire.
 La détection d’une ou plusieurs mutations sur le gène
responsable de la résistance à un ATB est obtenue en
quelques heures.
 Avantage mis à profit dans la détection des résistances
chez des bactéries à multiplication lente ou difficile
comme M. tuberculosis, mycoplasme, chlamydia
Ex: La détection de la résistance de [Link] à la
rifampicine peut être obtenue en quelques heures au lieu
de 2 mois par les techniques classiques.
Conclusion:
-Les bactérie utilisent tous les outils génétiques dont elles disposent pour évoluer dans un environnement
hostile.
-Amplification des risques de transmission de gènes de résistance entre les souches due à l’association de
plusieurs mécanismes de transfert génétique : la conjugaison, la transposition, l’intégration.
-Emergence de souches multirésistantes.

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 Microbiotes humains2023
RELATIONS HOTE – BACTERIES FLORES NORMALES:
INTRODUCTION:
-La plupart des bactéries mènent dans la nature, une vie complètement indépendante d’un autre organisme
vivant. Elles vivent sur les déchets dont elles assurent la destruction en y puisant leur énergie et en y effectuant
leurs synthèses. Elles sont appelées : saprophytes.
-Les bactéries d’intérêt médical trouvent des conditions favorables à leur croissance à la surface ou à l’intérieur
d’un organisme vivant.
-En fonction des diverses relations biologiques qui peuvent s’établir entre ces bactéries et leur hôte, on
distingue divers groupes de micro-organismes :
 Micro-organismes symbiotiques :
La symbiose est un mode de relation dans lequel la bactérie et l’hôte profitent tous deux de leur association.
Ex : les bactéries qui vivent dans le tube digestif (ex : Escherichia coli.) interviennent dans la protection contre
l’infection dans le tube digestif et dans les synthèses vitaminiques.
 Micro-organismes commensaux :
Ce sont des micro-organismes vivant à la surface ou dans les cavités naturelles de l’hôte sans nuire=faire mal à
celui-ci. Ces bactéries peuvent devenir pathogènes (pathogènes occasionnels ou opportunistes).
Il existe des commensaux de la peau et des commensaux des muqueuses.
 Micro-organismes pathogènes :
Ce sont des bactéries douées d’un pouvoir agressif chez l’hôte entraînant chez celui-ci une maladie infectieuse
On distingue :
o Micro-organismes pathogènes stricts ou à fort potentiel de pathogénicité: Elles sont appelées bactéries
parasites: en principe, toujours pathogènes pour un hôte donné ex : Mycobacterium tuberculosis.
o Micro-organismes pathogènes occasionnels ou opportunistes : Ces micro-organismes déterminent des
maladies lorsque des conditions particulières se trouvent réalisées (sujets immunodéprimés,
antibiothérapie à large spectre, prolongée, âges extrêmes de la vie ...)
FLORES NORMALES DE L’ORGANISME:
 A la naissance, le nouveau-né est stérile. Il acquiert, en quelques heures, une flore microbienne constituée
surtout par les bactéries transmises lors de l’accouchement, puis par celles provenant de son alimentation.
 Cette flore bactérienne joue un rôle important dans l’équilibre physiologique.
 Elle est quantitativement très importante mais varie qualitativement en fonction de l’état physiologique
de l’hôte et de son environnement.
 Implantation des micro-organismes sur la peau et les muqueuses : Il existe un certain nombre
d’obstacles à l’implantation des germes à la surface des tissus en contact avec l’extérieur.
-Tout d’abord, la peau et les muqueuses sécrètent des substances chimiques variées qui inhibent ou détruisent
les bactéries : acides gras du sébum de l’épiderme, lysozyme, bile, acide chlorhydrique (HCl), IgA sécrétoires..
-Les micro-organismes qui atteignent les cellules épithéliales sont de plus drainés en permanence par la
desquamation de ces cellules, mais aussi par les mouvements péristaltiques du tube digestif ou les réflexes
des voies respiratoires (toux, éternuements).
-De même, le mucus où les bactéries sont engluées est éliminé par l’action des cils vibratiles des cellules de
l’épithélium respiratoire.
Malgré les mécanismes qui, ainsi, s’opposent à l’implantation des bactéries, certaines souches bactériennes
sont capables de coloniser la surface des tissus et de persister indéfiniment. Cela est rendu possible par le
phénomène de l’adhésion des bactéries aux cellules épithéliales.

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  Adhésion des bactéries aux cellules épithéliales :
-Certaines bactéries s’accrochent de façon spécifique aux cellules épithéliales grâce à
des projections filamenteuses péri -bacillaires appelées pili ou fimbriae.
-Ces pili, par l’intermédiaire d’adhésines, s’attachent à des récepteurs glyco-protéiques
de la membrane des cellules épithéliales.
-Cela explique que de nombreuses souches bactériennes s’implantent uniquement chez
certaines espèces animales et sont incapables de coloniser d’autres espèces.
-Il existe ainsi des espèces de E. coli pathogènes uniquement chez l’homme (E. coli CFA +), d’autres pour le porc
(E. coli K88).
-D’autres mécanismes d’attachement non spécifique aux cellules épithéliales sont possibles : certaines
bactéries sécrètent des polymères de sucre ou glycocalix qui leur permettent de coller aux cellules, d’autres
peuvent à leur tour s’engluer dans le ciment ainsi synthétisé par les bactéries.
 Persistance des bactéries implantées :
-Après cette phase initiale d’attachement, les bactéries peuvent utiliser les nutriments et les macromolécules
qui tendent à se concentrer à la surface des cellules épithéliales.
-Elles se multiplient ainsi dans le micro-environnement des cellules épithéliales dans la mesure où les
conditions locales de compétition avec les autres bactéries le leur permettent.
-Les bactéries persistent souvent très longtemps à la surface des muqueuses et de la peau sauf si des facteurs
physiologiques ou pathologiques viennent favoriser l’implantation d’autres micro-organismes mieux adaptés
aux nouvelles conditions.
 Facteurs influençant la flore endogène :
❖ L’alimentation :
▪ C’est l’un des facteurs les plus importants.
▪ Elle assure un apport constant de bactéries, éventuellement pathogènes.
▪ Le régime alimentaire lui-même peut faire varier considérablement la flore du tube digestif, en particulier en
fonction de l’apport en sucres et en protéines. Ex : un régime carencé en sucres entraîne une diminution du
nombre de streptocoques commensaux implantés dans la sphère buccale et prévient l’apparition de la plaque
dentaire (film bactérien adhérant à l’émail dentaire).
❖ Facteurs physiologiques :
▪ Le cycle menstruel ou la grossesse entraîne des modifications importantes de la flore vaginale, l’apparition
des dents modifie la flore buccale en permettant à certaines bactéries de s’attacher au support solide de
l’émail dentaire. (L'émail est la couche dure à la surface de la dent)
❖ Facteurs pathologiques :
▪ En cas de diabète, alcoolisme, et certaines maladies chroniques (mucoviscidose).
▪ Certaines infections virales, par les désordres qu’elles entraînent sur la membrane cellulaire, favorisent
l’implantation de bactéries pathogènes (Ex : grippe et infection à Haemophilus influenzae).
❖ L’antibiothérapie :
Elle entraîne une destruction de la flore commensale et favorise l’implantation de bactéries multi-résistantes
responsables d’infections nosocomiales
 Rôle de la flore commensale :
Résistance à l’infection :
-Un des rôles majeurs de la flore commensale est de créer un état de résistance contre l’implantation de
bactéries pathogènes sur la peau et les muqueuses.
-La présence d’une énorme quantité de bactéries au contact des muqueuses stimule en permanence le
système immunitaire disséminé le long de ces muqueuses en particulier digestive et respiratoire. En plus, cette
flore, par l’effet barrière qu’elle oppose, empêche l’implantation des bactéries exogènes.

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Contribution nutritionnelle :
-La flore du tube digestif contribue en partie à la digestion en détruisant les déchets ou en hydrolysant
certaines substances qui ont résisté à la digestion par les sucs intestinaux.
-De plus, cette flore est capable de synthétiser des vitamines (vit K, B12) qui seront utilisées par l’hôte en
appoint à l’apport alimentaire.
 Composition de la flore bactérienne :
La flore cutanée :
-Les germes établis sur la peau vivent sur les couches les plus superficielles de l’épiderme et sur la partie
supérieure des follicules pileux et des conduits des glandes sébacées.
-Cette flore cutanée est variable en qualité et en quantité (102 à 106/ cm2) selon la topographie.
 La flore résidente est formée de germes Gram+ potentiellement peu pathogènes;
-Staphylocoques à coagulase négative
-Corynébactéries
 La flore transitoire est plus polymorphe et peut comporter des germes potentiellement pathogènes,
provenant du tube digestif ou du rhinopharynx :
-Entérobactéries
-Staphylocoque doré
- Les mains portent souvent une flore transitoire abondante (rôle dans la transmission croisée).
La flore digestive :
 Flore buccale :
-Il existe schématiquement deux écosystèmes dans la bouche : la flore de la muqueuse buccale et celle de la
plaque dentaire.
 Muqueuse buccale : cette flore est essentiellement constituée de certaines espèces de Streptocoques qui
adhèrent aux cellules de l’épithélium jugal et lingual (Streptococcus salivarius, Streptococcus mitor,
Streptococcus milleri ...). D’autres espèces anaérobies leur sont associées. La salive est le reflet de cette
flore de la muqueuse buccale contient un nombre élevé de bactéries (105 à 106 bactéries/ml) avec une
nette prédominance de S. salivarius.
 Plaque dentaire : il s’agit d’un film bactérien adhérant à l’émail des dents.
- Au microscope électronique, elle apparaît constituée de très nombreuses bactéries insérées dans une
matrice organique composée de glycoprotéines provenant de la salive et de polymères bactériens
localement sécrétés. Cette plaque se constitue en quelques heures et peut se calcifier donnant le
tartre ou se compliquer de carie dentaire ou de parodontite.
- Les bactéries retrouvées sont le streptocoque avec un rôle particulier de Streptococcus mutans et des
bactéries anaérobies dans la genèse des caries dentaires.
 sillon gingival : cette flore est très abondante (1011/g) surtout constituée de germes anaérobies stricts
(80%)
 La flore gastrique :
-En dehors des germes de transit apportés par les aliments, il n y a pas de bactéries dans l’estomac (pH acide).
 La flore de l’intestin grêle :
-Il possède une flore pauvre en raison du péristaltisme et de l’abondance des sécrétions.
-Les germes présents sont essentiellement des streptocoques, staphylocoques et lactobacilles.
 La flore colique :
-Elle est extrêmement variée et abondante. Elle renferme 1011 à 1012 bactéries/g avec une nette prédominance
des anaérobies stricts (99,9 %), surtout Bacteroides, Bifidobacterium et Clostridium.
- Les germes aérobies sont principalement les Entérobactéries (Escherichia coli), Entérocoques et
Staphylocoques. Cette flore est habituellement stable et limite l’implantation d’espèces pathogènes et le
développement de bactéries commensales potentiellement dangereuses.

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-Elle peut varier avec le type d’aliments, l’âge, l’environnement et l’antibiothérapie.
Flore des voies respiratoires (VR) :
 VR supérieures :
-La flore est variable et abondante au niveau du rhinopharynx (108/ml de sécrétion pharyngée). Elle contient
de nombreux opportunistes majeurs :
 Staphylocoque doré (orifices narinaires)
 Streptocoques (groupables ou non)
 Haemophilus
 Neisseria (éventuellement N. meningitidis dont le portage est transitoire)
 Branhamella catarrhalis
 Anaérobies, Corynébactéries,
 VR inférieures :
-Au niveau de la trachée, la flore est minime et activement combattue par le mucus, les cils, les macrophages..
L’arbre respiratoire inférieur est normalement stérile
Flore des voies génitales :
 Flore de l’urètre :
-Elle est retrouvée à l’extrémité du canal urétral chez l’homme et chez la femme, sur une zone peu étendue.
-Elle est composée de Staphylocoques, Microcoques, entérobactéries, Corynébactéries et Streptocoques non
groupables.
 Flore vaginale :
-Elle joue un rôle de protection essentiel chez la femme. Les Lactobacilles acidophiles ou bacilles de
Doderlein, par leur sécrétion d’acide lactique, entretiennent un pH bas qui limite la flore commensale.
-Cette flore commensale est réduite à :
 Streptocoques (Streptocoque B essentiellement)
 Corynébactéries
 Bifidobacterium
-Après la ménopause, les anaérobies et Entérobactéries sont plus abondants.

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 INTERACTION HÔTE- BACTÉRIE [Link]
Ι- Introduction:
Le conflit hôte- bactérie met en présence deux adversaires la bactérie caractérisée par son pouvoir
pathogène et l’hôte caractérisé par sa réceptivité ou son pouvoir de défense. La maladie infectieuse
résulte donc de la rupture de l’équilibre en faveur de la bactérie. Elle est liée à la pénétration et à la
multiplication d’un agent microbien virulent capable d’entraîner des troubles dans l’organisme infecté.

Π – Définitions:
1-Bactéries saprophytes : une bactérie est saprophyte lorsqu’elle vit et se nourrit dans
l’environnement (sol, eaux, surfaces)

2-Bactéries commensales : une bactérie est commensale lorsqu’elle vit au contact du revêtement
cutanéo –muqueux d’un hôte sans entraîner de désordres. L’exposition de tout individu aux bactéries est
inévitable (Qu'on ne peut éviter).
 Dés la naissance, une flore bactérienne (ensemble des especes bacteriennes) s’installe au niveau de la
peau et des muqueuses et cette association constante de bactéries avec les surfaces durera tout au
long de la vie.
 Au cours de l’évolution, un système complexe de défense se met en place pour éviter l’envahissement
de l’individu par les bactéries.
 Un équilibre s’installe entre l’individu et les différentes flores commensales de la peau et des
muqueuses.
 La flore est variable dans le temps en fonction de l’âge, de l’alimentation, de l’état de santé, de
l’antibiothérapie,……).
 Cette flore est source de certains nutriments et vitamines nécessaires à l’hôte est constitue une
barrière écologique contre l’implantation de germes virulents.

3-Bactéries pathogènes :
Bactéries capables de provoquer une maladie chez un sujet sain (ex :Tuberculose, choléra) . Les bactéries
pathogènes peuvent (pneumocoque, staphylococcus aureus) ou non (Salmonella typhi ,Vibrio cholerae)
appartenir à la flore humaine commensale.

4-Virulence :
Capacité de la bactérie à déclencher une maladie infectieuse. Elle est définie par la dose infectante.
Parfois pour un même pouvoir pathogène, il peut y avoir des souches plus ou moins virulentes (ex : Shigella
dysenteriae est beaucoup plus virulente que Shigella flexneri , donnant une maladie plus sévère pour des
doses infectantes très faibles).

5-Bactéries opportunistes :
Certaines bactéries peuvent devenir pathogènes lorsque les défenses de l’hôte sont affaiblies mais ne
donnent pas habituellement de maladie chez le sujet sain.

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Ces bactéries sont souvent des bactéries commensales (ex : Enterocoque , Escherichia coli) , ou bien des
bactéries saprophytes de l’environnement (ex : Pseudomonas aeruginosa)

III- MOYENS DE DEFENSE DE L’HÔTE CONTRE L’INFECTION:

A- BARRIERES ANATOMIQUES:
a-Barrières cutanéo-muqueuses :
C’est au niveau des épithéliums (peau et muqueuses) que se fait la rencontre hôte-bactérie .
1-Barrière physique :
-Kératinisation : présence de kératinocytes produisant de la kératine, protéine difficilement dégradée par
les microorganismes.
-Desquamation superficielle (élimination mécanique) des germes en surface.
2-Barrière chimique :
-pH acide et sécheresse de la peau inhibent la croissance bactérienne
-sécrétion de lipides toxiques et de lysozymes : dégrade le peptidoglycane de la paroi bactérienne
3-Barrière biologique :
-la flore commensale cutanée normale (staphlococcus épidermidis ,corynébactéries ,
propionibactérium acnes ……) empêche la colonisation par des bactéries pathogènes .
Parfois, il y a colonisation transitoire de la peau par des bactéries pathogènes Staphylococcus aureus,
entérobactéries) souvent chez le malade hospitalisé d’où l’importance du lavage des mains.
NB:
L’infection est possible lorsqu’il y a des lésions telles que excoriation, plaies, brûlure (sensibilité des
grands brûlés aux infections cutanées)ou lors de l’introduction de matériel étranger : infections iatrogènes
liées à une agression bactérienne au niveau d’une porte d’entrée inhabituelle (infection sur cathéter).
b-Défenses des muqueuses :
1 -Barrière physique :
-rôle du mucus : emprisonnement et élimination des bactéries avec le mucus
2-Barrière chimique :
-Le pH acide du milieu inhibe la multiplication bactérienne au niveau de l’estomac et de l’urine.
-Sécrétion de produits antibactériens dans le mucus : lysozyme ,lactoferrine, IgA Sécrétoires
3-Barrière biologique :
Existence d’une flore microbienne commensale sauf au niveau des voies respiratoires basses, voies
génitales hautes ,utérus, et tractus urinaire.
IL faut savoir qu’il existe un équilibre écologique qui s’oppose naturellement à l’implantation de bactéries
pathogènes, et qu’une antibiothérapie à large spectre entraine un dysmicrobisme et permet la
prolifération d’espèces pathogènes.
4-Barrière mécanique :
Mouvement des cils vibratiles, toux au niveau de l’appareil respiratoire, écoulement des liquides
biologiques (urine, bile, sécrétions bronchiques), mouvements péristaltiques de l’intestin entrainent un
drainage permanent et l’élimination de micro-organismes potentiellement pathogenes.
NB:
les muqueuses faite d’épithélium simple contrairement à la peau faite d’épithélium stratifié (plus
résistant) constituent de nombreuses porte d’entrée plus facile à franchir que la peau.
c-Autres facteurs anatomiques :
La rate joue un rôle important dans l’élimination des bactéries véhiculées par voie sanguine. Une
splénectomie, ou une asplénie fonctionnelle augmente le risque d’infections graves à bactéries capsulées
(pneumocoque, méningocoque).

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d- La nutrition : Dans les populations défavorisées, la malnutrition favorise les infections.
B-L’immunité innée:
Lorsque les bactéries franchissent le revêtement cutanéo-muqueux , l’organisme dispose de moyens
permettant de les détruire :
1-Activation du complément :
Les bactéries présentent souvent des polymères contenant des sucres (LPS des BGN= lipopolysaccharides des
bacterie gram negatif) qui activent le complément avec, comme conséquences :
- une réaction inflammatoire: (par l’intermédiaire des mastocytes) et afflux des leucocytes.
- une opsonisation: le dépôt sur les bactéries
des produits de dégradation du complément
permettant leur ingestion par les phagocytes
qui possèdent des récepteurs pour le
complément c’est l’effet opsonisant, tels le
complexe substance microbienne activatrice-
opsonine-récepteur pour l’opsonine (ex : paroi
bactérienne-C3b du complément-RC3b du
neutrophile).
L'opsonisation est un processus par lequel une
molécule dite opsonine recouvre la menbrane
d'une cellule cible (bactérie) pour favoriser sa
phagocytose par une cellule dotée d'un récepteur pour l'opsonine.
-formation d’un complexe d’attaque membranaire (CAM): au niveau de la membrane externe BGN et lyse
bactérienne. Les déficits en complément peuvent se traduire chez l’homme par une sensibilité accrue à
certaines infections.
2- Réponses inflammatoire:
Son but est l’élimination rapide d’agents pathogènes présent dans un tissu normalement stérile, il s’agit
d’une réponse immédiate de l’hôte basée sur la reconnaissance d’antigènes bactériens très conservés. Le
recrutement des cellules phagocytaires et l’action des protéines de l’inflammation entrainent une réaction
inflammatoire rapide au niveau du site infecté, avec hyperleucocytose neutrophile et augmentation des
protéines de l’inflammation du sang (CRP ou C réactive protéin). Parfois, la réaction inflammatoire exagérée
entraîne un choc septique.

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3-Phagocytose :
Ingestion et la destruction intracellulaire de microorganismes .
Les phagocytes sont de deux types :
 Polynucléaires
 phagocytes mononucléaires (monocytes, macrophages de la rate
et des organes lymphoïdes, macrophages alvéolaires
des poumons).
C-l’immunité acquise :
Elle est tardive, elle se traduit par la production d’anticorps (actifs
surtout contre les pathogènes extracellulaires) et une réponse
cellulaire (active contre les pathogènes intracellulaires), il faut savoir
que l’immunité acquise comporte une mémoire qui est à la base de la
vaccination.
IV-Réservoir et transmission :
1- Réservoir des bactéries :
Il est constitué par l’homme, les animaux ou l’environnement. Une
maladie peut être strictement humaine (infection à méningocoque,
pneumocoque) ou animale, l’homme est accidentellement infecté : on parle d’Anthropozoonose
(brucellose, peste)
2-Différents modes de transmission :
-Transmission directe : contamination par contact avec le réservoir qui peut être un individu ou un animal
infecté.
-Transmission indirecte : contamination par l’intermédiaire d’objets infectés, aliment contaminé, eau, etc.
La survie de la bactérie est possible dans l’environnement pendant un certain temps.
-Transmission verticale : elle se fait in utero, de la mère au fœtus.
3-Différentes voies de contamination :
 Voie digestive : ingestion d’eau ou aliments souillés (ex : choléra , typhoïde)
 Voie respiratoire : contamination par inhalation d’aérosols contaminés (ex : légionellose, coqueluche).
 Voie cutanée : inoculation par contact (plaie souillée) (ex : tétanos, surinfection de plaie).
 Voie transcutanée : inoculation iatrogène (injection, cathéter) ou par piqûre d’insecte vecteur de
bactéries (ex peste, maladie de Lyme).
 Voie sexuelle : infections sexuellement transmissibles (ex : syphilis, urétrite gonococcique)
V-Physiopathologie :
A- Etapes de l’infection bactérienne :
1- La Colonisation : Première étape du processus infectieux correspond à l’implantation des bactéries sur le
revêtement cutanéo-muqueux.
2- L’invasion : (bactéries invasives) : franchissement de la barrière cutanéo- muqueuse associée au
développement d’une inflammation non spécifique au niveau de la porte d’entrée qui est secondaire à la
multiplication bactérienne à ce niveau, réalisant ainsi une infection localisée (pneumonie ,infection
urinaire , …………….)
3-La dissémination : peut suivre l’étape d’invasion ayant comme point de départ la porte d’entrée via la
voie sanguine (bactériémie) ou lymphatique entrainant des localisations secondaires dites métastases
septiques à plusieurs niveaux (ex : endocardite ,osteite, méningite ,………).Parmi ces bactéries invasives il
existe des bactéries à multiplication extracellulaire et des bactéries à multiplication intracellulaire

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B-DIFFERENTS MODES D’INFECTION :
1- toxi-infection simple :
Bactéries à l’extérieur de l’organisme ou en transit dans le tube digestif (pas de colonisation de l’hôte)
sécrétion de toxine par la bactérie. La toxine ingérée ou produite dans la lumière intestinale est seule
responsable du pouvoir pathogène (ex : Toxi-infection alimentaire à Staphylococcus aureus ou
Clostridium botulinum).
2 -Colonisation suivie d’une toxi-infection :
-adhésion de la bactérie suivie d’une multiplication bactérienne (colonisation)
-absence de pénétration au-delà du revêtement cutanéo-muqueux
-sécrétion de toxines responsables du pouvoir pathogène ex : Clostridium tetani (Tétanos) et
Corynebacterium diphteriae (Diphtérie).
3- Colonisation suivie d’une invasion bactérienne :
adhésion de la bactérie, colonisation de la peau ou muqueuse puis invasion du tissu sous épithélial ( les
bactéries responsables en pathologie infectieuses se trouvent dans cette catégorie)
VI-Facteurs de pathogénicité:
Les bactéries ont su développer de nombreuses stratégies pour contrer les mécanismes de défense de leur
hôte
A-Facteurs facilitant la colonisation et l’invasion des surfaces de l’hôte :
1- Pénétration à travers la peau intacte:
-par l’intermédiaire d’un insecte vecteur : agent de la fièvre boutonneuse, est inoculé par la morsure d’une
tique.
-infections cutanées iatrogènes (plaies chirurgicales, cathéters….)
2- Pénétration au niveau des muqueuses:
-mobilité des bactéries, les flagelles permettent aux bactéries de traverser la couche de mucus en luttant
contre le flux urinaire ou le péristaltisme du tube digestif.
-sécrétion d’IgA protéases : le clivage des IgA sécrétoires évite à la bactérie de rester bloquée dans le
mucus.
-Entrée par les cellules M au niveau de la muqueuse du tube digestif (plaques de Payer). il existe à
ce niveau une fine couche de mucus le passage à travers cette dernière permet le contournement des
cellules épithéliales, pour accéder au tissu sous-jacent ou le sang .
3- Adhésion bactérienne :
fait intervenir des constituants superficiels de la bactérie (adhésines) et des récepteurs cellulaires de
l’hôte. Cette interaction cellule –hôte et bactérie est spécifique .
-pili ou fimbriae : adhésines filamenteuses ancrées à la surface de la bactérie. ces adhésines reconnaissent
des récepteurs glycoprotéiques à la surface des cellules. Les pili sont retrouvés à la surface de nombreuses
bactéries à Gram négatif (Neisseria gonorrhoeae)
-adhésines non fimbriales : protéines de surface de la paroi bactérienne permettant un contact étroit
entre la bactérie et la cellule, existent chez les BGN et les Gram positif (Staphlococcus aureus)
-Biofilms : Certaines bactéries sécrètent dans le milieu extérieur, des polysaccharides impliqués dans
l’adhésion des bactéries entre elles et à la surface cellulaire ,
il ya formation d’un biofilm qui met les bactéries à l’abri (on peut dire loin) des cellules phagocytaires et
des antibiotiques . IL existe un biofilm physiologique au niveau des muqueuses, vaginale, buccale ou
digestive secrété par la flore commensale.
La formation d’un biofilm est une caractéristique du pouvoir pathogène pour certaines bactéries,
Streptococcus mutans (fait partie de la flore commensale de la cavité buccale, il est le plus souvent en
cause dans les caries dentaires) est impliqué dans la formation de la plaque dentaire ; Staphylococcus

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epidermidis a la faculté de coloniser les biomatériaux tels les cathéters, sondes, prothèses, etc ….ce qui est
à l’origine des infections iatrogènes sur matériel étranger.
4-Mécanismes d’acquisition du fer :
Synthèse de chélateurs de fer avec compétition avec les chélateurs de fer de l’hôte (lactoferrine) qui
privent la bactérie de la multiplication.
Remarque: (Un chélateur est une substance organique qui se lie à des minéraux ou des métaux lourds présents
dans l'organisme, formant des complexes qui peuvent ensuite être facilement éliminés par les urines.)
B- Facteurs d’échappement aux défenses de l’hôte :
 Capsule bactérienne :
-c’est l’enveloppe externe de la bactérie, le plus souvent de nature polysaccharidique, elle à un rôle
protecteur contre l’activation du complément.
-Cette capsule est en général immunogénique (intérêt pour le vaccin anti- Haemophilus influenzae type b
ou vaccin anti- pneumococcique), mais d’autre fois la nature de cette capsule ressemble aux
polysaccharides de l’hôte (ex : acide hyaluronique chez Streptococcus pyogenes, acide sialique chez
Neisseria meningitidis type B) cette dernière est non immunogène cette similitude entraine une absence
de réponse humorale et donc une protection contre la phagocytose
-Les bactéries pathogènes qui échappent à la phagocytose sont dites bactéries pathogènes extra-
cellulaire.
 Modification du LPS (antigène O):
-C’est un autre facteur d’échappement ou de résistance au complément prévient la formation du CAM
(ex : BGN dites sérum –résistantes) .
-L’intérêt principal du LPS est sont effet toxique qui explique son appellation d’endotoxine des bactéries a
Gram négatif. C’est la richesse en lipides qui explique le caractère à Gram négatif de ces bactéries
 Variations antigéniques :
-Certaines bactéries sont capables de faire varier leurs antigènes de surface et d’échapper à la réponse
immunitaire, c’est le cas de variations de phase intéressant les flagelles de Salmonella (les Salmonelles
peuvent fabriquer 2 types très différents d’antigènes flagellaires mais seul l’un d’entre eux est exprimé à
un moment donné, des bases génétiques sont à l’origine de l’expression de l’un ou l’autre).
-C- Facteurs endommageant l’hôte :
1-Enzymes hydrolytiques : la sécrétion de ces dernières par les bactéries pathogènes entraine la
destruction des tissus, la dissémination et la production de pus (ex : Staphylococcus aureus, streptococcus
pyogenes)
2-Toxines protéiques bactériennes (exotoxines):
Après libération, les toxines vont diffuser dans l’organisme et venir agir sur les cellules-cible elles peuvent
donc agir à distance du foyer infectieux où elles sont produites, parfois le pouvoir pathogènes d’une
bactéries s’exprime que par ces toxines rôle majeur dans l’expression clinique de la maladie (ex Tétanos,
Diphtérie).
a-Toxines de type A-B :
La pluparts des toxines protéiques sont dans cette catégorie, elles ont deux portions,
 B: qui permet la liaison avec le récepteur de la cellule cible,
 A: qui possède l’activité enzymatique responsable de la toxicité, cette dernière devient active
qu’une fois dans le cytoplasme de la cellule et exerce alors son activité toxique.
Ces toxines sont souvent responsables de toute la symptomatologie clinique sans multiplication de la
bactérie dans l’organisme on parle de toxi-infection. Ces dernières sont responsable de synthèse
d’anticorps neutralisant, d’où protection efficace contre la maladie. Cette propriété d’immunogénicité est
utilisée dans la production de vaccin <<anatoxines>> (Vaccin anti-tétanique, vaccin anti-diphtérique).

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-Une anatoxine est une substance qui a perdu tout pouvoir toxique par détoxification par le formol mais
conserve son pouvoir immunogène.
-Utilisation d’antitoxine: Ig spécifique humaine, qui confère une protection immédiate, transitoire, peu
efficace sur la toxine déjà fixée sur les récepteurs cellulaires.
b-Cytolysines ou hémolysines :
Toxines provoquant une rupture membranaire de la cellule cible. Elles sont:
 soit des protéines venant s’intégrer dans la membrane de la cellule entraînant une formation de pores
puis lyse cellulaire (Streptolysine O du Streptococcus pyogenes).
 soit des enzymes déstabilisant la membrane plasmique par action au niveau des phospholipides
membranaire: phospholipases ou lécithinases (ex : toxine de Clostridium perfringens)
c-Superantigènes :
substances qui entrainent une hyperstimulation des CD4 + helper induisant une réaction inflammatoire
importante évoluant parfois vers un état de choc (ex: toxine du Toxic shock syndrome de Staphylococcus
aureus et la toxine pyrogénique de Streptococcus pyogenes)
3-Composants de la paroi bactérienne à l’origine de la réaction inflammatoire :
structures moléculaires microbiennes très conservées à l’origine de la réaction inflammatoire
-Chez les bactéries à Gram négatif :
LPS ou endotoxine, est un constituant de la membrane externe de la paroi. il est composé de : lipide A ,
partie lipidique qui possède les propriétés toxiques identiques pour toutes les bactéries et responsable du
choc septique et d’une portion polysaccharidique antigénique faite d’un core central et de chaines
polysaccharidiques support de l’antigénicité c’est l’antigène O ou Ag somatique.
-Chez les bactéries à Gram positif :
Acides (lipo) teichoïques, et peptidoglycane ont rôle équivalent au LPS des bactéries à Gram négatif dans
la genèse du choc septique.
NB : une réponse inflammatoire excessive peut avoir des conséquences néfastes soit
 en altérant le fonctionnement d’un organe (poumons, SNC),
 en entrainant un désordre circulatoire systémique (choc septique).
VII-Manifestations cliniques de l’infection:
1- localisée :
Le germe se multiplie au niveau de la porte d’entrée sur les téguments ou les muqueuses (furoncle= Abcès
fermé, volumineux et douloureux, dû à un staphylocoque, abcès localisé). La bactérie peut rester localisée
au niveau de la porte d’entrée mais produit une toxine diffusible responsable de la maladie (diphtérie,
tétanos) ou atteindre directement ou secondairement un tissu profond réalisant un foyer infectieux
(abcès profonds)
2- Généralisée :
-Quand l’organisme se défend mal contre un germe particulièrement virulent ; la bactérie atteint alors la
circulation sanguine. Il peut s’agir d’un passage éphémère sans gravité particulière, c’est la bactériémie, ou
de passages répétés permanents et s’accompagnent de signes infectieux graves c’est la septicémie.
-La présence, dans l’organisme infecté, de germes entraine l’apparition de signes cliniques d’infection mais
suscite aussi la stimulation des moyens de défense (production d’anticorps)
a-l’infection apparente aiguë généralisée : elle évolue en quatre étapes:
1- période d’incubation : cliniquement silencieuse, le nombre de germes présents dans l’organisme est
trop faible pour induire des manifestations cliniques visibles. La durée de cette période dépend de la
virulence des germes et du temps de multiplication des germes.

2- Période d’invasion : marquée par l’apparition de premiers signes cliniques.

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3- période d’état : les signes cliniques sont à leur maximum, à cette phase, l’infection se heurte aux
moyens de défense de l’organisme qui empêchent sa progression.

4- Période de convalescence : correspond à la phase terminale de la maladie qui peut évoluer : soit vers la
guérison totale spontanée ou après traitement avec disparition des germes soit vers la guérison
apparente avec persistance bactérienne silencieuse, la maladie évoluant vers la chronicité.
b-L’infection latente :
Ces infections correspondent à des foyers infectieux méconnus=inconnu. Le réveil de ces infections peut
se faire après des mois ou des années à la faveur d’une baisse des moyens de défense de l’organisme.
c-Les infections inapparentes :
Aucun signe clinique n’est perceptible. Dans ce types d’infection, il est possible d’isoler l’agent infectieux,
il ya apparition d’anticorps spécifiques et l’infection est suivie d’une immunité durable (rubéole, rougeole,
hépatite virale A).

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 Classification des antibiotiques
Généralités:
Définition: Il s’agit de toute substance chimique élaborée par un organisme vivant ou produit par synthèse, et
douée d’une :
- Activité antibactérienne
- Activité en milieu organique
- Bonne absorption et bonne diffusion dans l’organisme
Les antibiotiques ont la propriété d’interférer directement avec la prolifération des micro-organismes à des
concentrations tolérées par l’hôte. (c.a.d l'ATB peut tuer la bacterie sans faire des dégats sur l'organisme).
Mode d'action: Les antibiotiques agissent à l’échelon moléculaire au niveau d’une ou de plusieurs étapes
métaboliques indispensables à la vie de la bactérie. Ils agissent par Toxicité sélective au niveau de la :

- Synthèse de la paroi bactérienne

- Membrane cytoplasmique
- Synthèse des protéines
- Acides nucléiques
❖ Inhibition compétitive

Critères de classification: La classification des antibiotiques peut se faire selon :

❑ Origine : élaboré par un organisme (naturel) ou produit par synthèse (synthétique ou semi synthétique)
❑ Mécanisme d’action : paroi, membrane cytoplasmique, synthèse des protéines, synthèse des acides
nucléiques
❑ Spectre d’activité : liste des espèces sur lesquelles les antibiotiques sont actifs (spectre étroit ou large)
❑ Nature chimique : très variable, elle est basée souvent sur une structure de base (exple : cycle β lactame) sur
laquelle il y a hémisynthèse.
❑ Mode d’action :
➢ BACTERICIDIE : destruction avec mort accélérée des bactéries: ATB bactéricide (B- lactamines, aminosides)
➢ BACTERIOSTASE : ralentissement de la croissance bactérienne : ATB BACTERIOSTATIQUE (chloramphénicol,
macrolides)
FAMILLE D’ATB : deux critères: Structure chimique, Mécanisme d’action moléculaire.

Il existe actuellement 10 familles d’antibiotiques : les béta-lactamines, les aminosides, les macrolides, les
tétracyclines, les quinolones, les phénicolés, les rifamycines, les glycopeptides, les polymixines, molécules
orphelines

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1ere cible: La paroi
1. β lactamines:
Les béta-lactamines sont des antibiotiques à mode bactéricide. Ils sont appelés ainsi car leurs molécules
comportent toutes un noyau commun : le cycle béta-lactame, dont l’intégrité est nécessaire à leur action. Les
béta-lactamines agissent sur la bactérie en inhibant la synthèse du peptidoglycane de la paroi bactérienne par
toxicité sélective. En effet, les ponts protéiques pentacycliques responsables de la structure réticulée de la paroi
bactérienne sont reliés par une enzyme appelée transpeptidase. Cette dernière est en fait la molécule cible des
béta-lactamines (si bien qu’elle a été renommée PLP pour Protéine Liant la Pénicilline).Lorsque l’antibiotique
pénètre dans l’espace périplasmique, il va s’attacher à la PLP et inhiber son action. On obtient ainsi des formes
bizarroïdes (rondes ou filamenteuses) qui aboutissent à la lyse bactérienne.
Il s’agit d’une famille qui comprend 4 groupes majeurs:
 les pénames (pénicillines)
 les pénèmes
 les céphèmes (céphalosporines, céphamycines et
oxa1céphèmes
 les monobactames (β lactamines monocycliques)

A. . PENAMES: L’on y trouve les pénicillines, les méthoxypénames et les oxapénames.

 PENICILLINES: Trois sous-familles : pénicilline G, pénicilline M et pénicilline A (Aminopénicillines- Carboxy-
pénicillines- Acyl-amino-pénicillines- Amidino-pénicillines- Inhibiteurs de βlactamases) , classées selon leur
spectre d’action. les pénicillines peuvent être extraites à partir de nombreuses espèces de pénicillum et
aspergillus (champignons).
Pénicilline G et ses dérivés : Benzyl pénicilline=pénicilline G cet antibiotique a été découvert en 1921 par
[Link] , il a été introduit en thérapeutique humaine en [Link] est produit par fermentation d’un
champignon (pénicillum notatum ou pénicillum chrysogenum).
Spectre d’activité : Etroit
 Cocci Gram + : Streptocoques surtout groupe A , C, G et B, Pneumocoques (souches sensibles).
Staphylocoques: sont résistants à un pourcentage supérieur à 99% en Algérie.
 Cocci Gram- : Neisseria (surtout le méningocoque).
60% des [Link] sont résistants en milieu militaire en Algérie (NGPP)
 Bacilles Gram+ : Corynebacterium diphteriae, Listeria monocytogenes, Bacillus, anthracis ,Anaérobies……

La pénicilline G est inactive sur les bacilles à Gram – et sur les souches productrices de pénicillinases (enzymes
produites par certaines souches bactériennes et qui inactivent les pénicillines).

PENICILLINE M : (méthicilline, oxacilline, cloxacilline…)

SPECTRE D'ACTION: étroit Antistaphylococcique majeure
MRSA = résistance à toutes les bétalactamines ( Methicillin Resistant Staphylococcus Aureus)

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! La staphylocoque fait une 2eme résistance pour la penicilline de type M
PENICILLINE A:
1- Aminopenicillines :(ampicilline,amoxicilline):
Bonne diffusion méningée et une élimination biliaire et urinaire
SPECTRE D’ACTION : large
 CG +( Strepto y compris Spn)
 CG – (Neisseria) / BG+ ( Listeria)
 BGN (Enterobacteries, Haemophilus) Résistances
Inactif sur Staphylocoques
2- CARBOXYPENICILLINES (carbénicilline, ticarcilline):
SPECTRE D’ACTION: ENTEROBACTERIES et PSEUDOMONA
3- UREIDOPENICILLINES (mezlocilline, pipéracilline)
SPECTRE D'ACTION: Entérobactéries multi résistantes et Pseudomonas aeruginosa
4- Amidinopénicillines : Mécillinam actif sur les Cocci à Gram négatif.
 Méthoxypénames:
Témocilline : actif sur les entérobactéries, Haemophilus influenzae et Neisseria gonorrhoae
 Oxapénames:
INHIBITEURS DE BETALACTAMASES=Clavams (contient l'acide clavulanique)
 ENTEROBACTERIES,
 HAEMOPHILUS
 STAPHYLOCOQUE SECRETEUR DE BETALACTMASE
 PSEUDOMONAS
B. CEPHEMES: L’on y trouve les céphalosporines, les céphamycines et les oxacéphames.
 CEPHALOSPORINES:
Ce sont des dérivés semi-synthétiques de la
céphalosporine C, antibiotique naturel produit par
Céphalosporium acrémonium. Ce sont tous des
produits à large spectre mais dont l'intérêt réside
surtout dans leur activité sur les bacilles à Gram -.
➢ C1G (1er génération):
-Céfalotine, Céfalexine, Céfaloridine, Céfazoline..
-Actives sur MSSA, Streptocoques sauf Entérocoque, Haemophilus influenzae et certaines entérobactéries.
Inactifs sur Pseudomonas

➢ C2G: Céfamandole, Céfuroxime SPECTRE =C1G AVEC UN LEGER GAIN (ERC1G)

➢ C3G: Céfotaxime, Ceftriaxone Excellente diffusion méningée
Spectre d’activité : Large spectre Ce sont des antibiotiques à large spectre, ils agissent aussi bien sur les
bactéries à Gram- que sur les bactéries à Gram+ :
- Bacilles à Gram- (Enterobacteries, Haemophilus
- Cocci à Gram +: Pneumocoque, Streptocoque sauf Enterocoque

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- Certains sont actifs sur Pseudomonas, Acinetobacter (Ceftazidime, Cefsulodine). 
➢ C4G: Céfépime, Cefpirome
ACTIVES : Entérobactéries multirésistantes pseudo / PSDP / MRSA / entérocoques
 CÉPHAMYCINES: Céfoxitine, Céfotétan, Cefmétazole
Spectre d’activité = celui des C2G + anaérobies (Bacteroides fragilis) et ERC3G (BLSE).
 Oxacephèmes:
Latamoxef: Spectre d’activité = C3G + élargi en plus aux bactéries à Gram négatif anaérobies strictes
C. Carbapénèmes:
- Imipénème =N-formimidoyl-thiénamycine (1993)
- Méropénème (actif surtout in vitro)
Spectre d’activité : large Bactéries à Gram-, aérobies et anaérobies y compris Pseudomonas aeruginosa. Grande
stabilité vis à vis de diverses β lactamases (pénicillinases, céphalosporinases, β lactamases à spectre élargi...)
Administration: parentérale(par injection)
D. Monobactames:
Aztréonam
ACTIF : uniquement sur BGN y compris [Link]
Effets secondaires des βlactamines: Allergies, effet convulsivant de certaines molécules.
2. GLYCOPEPTIDES:
Ce sont des antibiotiques bactéricides qui agissent en inhibant la synthèse du peptidoglycane. En effet, les
glycopeptides agissent sur la paroi bactérienne en bloquant la polymérisation du peptidoglycane par un
mécanisme complexe (liaison avec D-Ala-D-Ala)
Spectre étroit : CG+ ( MRSA, entérocoques et streptocoques multi résistants )
TRT des infections sévères
! Néphrotoxique et risque d’allergie
3. FOSFOMYCINE:
Spectre large : CG+,CG-,BG+ et BG-, Toujours en association
-Inhibe la pyruvyl-transférase, 1ère étape de la synthèse du peptidoglycane.
-Monodose peros dans la cystite aigue de la femme jeune (uridoz, monuril)
2eme cible: La membrane
Mode d’action === Membrane cellulaire
Les antibiotiques polypeptidiques possèdent une charge positive et agissent comme des agents tensio-actifs. Ils
agissent sur la membrane cellulaire en se fixant sur les phospholipides membranaires. Ceci aboutit à la mort
cellulaire par rupture de la barrière osmotique, fuite de composants intra cytoplasmiques essentiels et libération
d’enzymes lytiques. Désorganisent la membrane cytoplasmique.
Effets secondaires: Toxicité rénale, neurologique et risque de bloc neuromusculaire.
1-POLYMYXINES E: Actifs sur les BGN (colistine) Antibiotiques polypeptidiques.
2- GRAMICIDINES ET TYROCIDINE (bacitracine,tyrothricine) Spectre étroit : les G+, Usage local
3eme cible: La synthèse protéique
• Aminosides:
• Phénicolés

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• Macrolides
• Synergistines
• Acide fusidique
1-AMINOSIDES: Bactéricides
-Mode d'action : Les aminosides sont des inhibiteurs de la synthèse des protéines, ils agissent au niveau de la
s/unité 30S du ribosome. Pendant la traduction des protéines il y a erreur de lecture de certains triplets (erreur
de lecture du code génétique) ce qui aboutit à la synthèse de protéines inutilisables par la bactérie (mort de la
bactérie).
- Se fixent sur la s/unité 30s inhibition de l’initiation erreurs de lecture
- Spectre : large : CG+, BG+, CG-, BG- et mycobactéries
Inactifs sur les anaérobies, streptocoques, et [Link] (mauvaise diffusion méningée)
! Oto et néphrotoxique.
2-Groupe M L S:
- Mode d’action:
▪ Anciens macrolides : (Erythromycine Spiramycine(Rovamycine)…) bactériostatiques, spectre étroit
▪ Nouveaux macrolides : (Clarythromycine, Azithromycine ) bactéricides , spectre large
▪ Lincosamides : ( Lincomycine, Clindamycine) Bactériostatiques
▪ Streptogramines: ( Pristinamycine , Virginamycine)
- Mécanisme d’action: Les MLS sont des inhibiteurs de la synthèse des protéines, ils agissent au niveau de la
s/unité 50S du ribosome. inhibe la translocation d’où arrêt de l'élongation de la chaîne polypeptidique.
- Spectre d’action :
▪ Anciens macrolides: les bactéries G+ ( Streptococcus, Staphylococcus, Listeria..,) Anaérobies, Campylobacter,
Helicobacter, Mycoplasmes, Légionelles et Chlamydiae
▪ Nouveaux macrolides: large les G+ et les G- (Haemophilus, certaines entérobactéries), mycobactéries
atypiques
▪ Lincosamides : - Cocci Gram + (staphylocoque, streptocoque, pneumocoque...).
! les lincosamides sont inactifs sur les entérocoques(CG+) et les Neisseria (CG-)

▪ Streptogramines : Les streptogramines sont Utilisés essentiellement comme anti-staphylococcique majeurs ils
sont actifs sur les bactéries à Gram+ (streptocoques, entérocoques vanco R…..)
! TOXICITE : troubles digestifs, céphalées, colite pseudomembraneuse(lincosamides).
3- Phénicolés (Chloramphénicol,Thiamphénicol) Bactériostatiques
- Agit sur s/u 50S inhibe la polymérase d’où arrêt de la synthèse protéique
- Spectre large: CG+, BGN (entérobactéries) Chlamydiales et rickettsies
- Une bonne diffusion lymphatique (en DZ TRT de la fièvre typhoïde) et hématoméningée.
! Toxicité : hématopoïèse: aplasie médullaire(C)
4-Tétracyclines: Bactériostatiques
Les tétracyclines sont des inhibiteurs de la synthèse des protéines, ils agissent au niveau de la s/unité 30S du
ribosome. Ce sont des inhibiteurs de la phase d'élongation de la chaîne polypeptidique, ils empêchent la fixation
de l'aminoacyl-ARNt

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-Spectre large: mais résistance fréquentes TRT des Rickettsies, Chlamydiales et Mycoplasmes,Gardnerella
vaginalis…
- Excellente diffusion tissulaire
! Contre Indications : enfant de moins de 8ans et femme enceinte(depot sur les os et dents)
5-Acide fusidique (Fucidine)
- Spectre : ATB antistaphylococcique
- Inhibe l’élongation de la st protéique
6- Oxazolidinones( linézolide):Bactériostatiques
- Spectre : réservés aux TRt des infections à G+ résistants aux TRT habituels(ex:MRSA)
4eme cible: Acides nucléiques
1 – Rifamycines: Bactéricides
- Inhibition de la transcription de l’ADN en ARN messager (ARNm) par inhibition de l’ARN polymérase
- Spectre : CG+( antistaph si multiR), CG- , BG+ et BGN(Brucella) , les germes intracellulaires (Légionnelle...) les
mycobacteries ( Mycobacterium tuberculosis)
- Toxicité : hépatiques, Interactions médicamenteuse( contraceptifs)  TRT tuberculose
2 – Quinolones: Bactéricides
- Blocage de l’ADN gyrase (Inhibent la transcription de l’ADN) Les quinolones exercent une inhibition sélective
de la synthèse de l’ADN bactérien en agissant sur deux enzymes impliqués dans cette synthèse: l’ADN gyrase et
l’ADN topo- isomérase IV.
-Spectre Q1G: étroit : BGN(entérobactéries), diffusion urinaire Q2G: large : G+/G- (enterob, psd, staph,strepto,
chlamydia, mycoplasmes et mycobacteries atypiques) activité sur Mycobacterium tuberculosis.
-Bonne diffusion tissulaire.
-CI : enfant moins de 15ans (Photosensibilisation, Cartilages de conjugaison) Toujours en association (taux de
résistance élevé).
3 – Novobiocine: Bactériostatique Inhibe la réplication de l’ADN
-Spectre: CG+(staph),CG- et haemophilus.
4 – Nitroimidazolés (Métronidazole:flagyl): Bactéricides - se fixe sur l’ADN et coupe les brins
- Spectre: antiparasitaires, bactéries anaérobies surtout les bacilles à Gram - et les bacilles à Gram + sporulés.
5 – Nitrofuranes: Bactériostatiques Nifuroxazide(Ercéfuryl), Nitrifurzide(furadoine)
- Mécanisme : Coupure + substitution de bases sur l’ADN
- Spectre: BGN(enterob), CG+
- Indiquées ds [Link] et [Link]
5eme cible: Synthese des folates: sulfamides et association
Mode d’action : Inhibiteurs de la synthèse des folates
-Les sulfamides et trimethoprime agissent par inhibition compétitive et interfèrent avec la synthèse des acides
nucléiques.
- Sulfamides: Ces antibiotiques sont des analogues structuraux de l’acide para-amino-benzoïque (PAB). Ils
inhibent la synthèse des folates, acides puriques et acides nucléiques en se fixant sur la dihydroptéroate
synthétase (DHPS) qui catalyse cette synthèse à partir du PAB et de la ptéridine.
La bactérie ne peut pas utiliser des folates exogènes

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Bactériostatiques : Sulfamides ou trimethoprime Bactéricide : Association (Bactrim*)
Spectre : agissent sur les bactéries G+ et les G-, mais taux élevé de résistance
Mécanisme : folates interviennent dans le métabolisme des AA, des purines et des pyrimidines (constituants de
l’ADN)
! Toxicité: Risque d’allergie et troubles digestifs.
ATBs antituberculeux:
ATBS bactéricides sur le BK, strictement réservé au TRT de la tuberculose en DZ:
Streptomycine: premier antibiotique à large spectre utilisé dans le traitement de la tuberculose.
Rifampicine : (mycobactéries du complexe tuberculosis mais aussi mycobactéries atypiques ([Link]). BK
extra-cellulaires et BK intra-macrophagiques, bacilles en métabolisme actif et sur les bacilles en métabolisme
ralenti.
-Isoniazide : actif sur [Link] et les autres espèces du complexe tuberculosis par inhibition de la
synthèse de la paroi bactérienne. Deux mécanismes d’action : le premier action de l’INH sur l’enzyme catalase-
peroxydase codée par le gène katG. Le deuxième mécanisme concerne l’inhibition de la synthèse de la protéine
InhA codée par le gène InhA.
Pyrazinamide: actif sur [Link] mais inactif sur [Link].
Ethambutol: actif sur [Link] et mycobactéries photochromogènes tel que [Link]
ATB actif SI :
1 - Diffuse dans:
➢ le site infecté:
Bonne diffusion: phenicolés, cyclines, macrolides et fluoroquinolones.
Diffusion médiocre: aminosides,polymyxines et vancomycine.
Diffusion moyenne: betalactamines.
Poumon: assez bonne diffusion des ATBS
LCR: diffusion limitée(1/10des tx sang); PeniG, ampi et C3G diffusent un peu mieux
➢ la bactérie : membrane externe des G-
2 - Ni modifié ni détruit :
➢ Dans l’organisme
➢ Dans la bactérie (Enzymes détruisant L’ATB, BGN Espace périplasmique).
3 - Se fixe à une cible.

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 La résistance bactérienne aux antibiotiques Pr. N. Benamrouche
Introduction-Définitions:
-Découverte des antibiotiques: est une révolution dans le domaine des maladies infectieuses MAIS :
 Apparition et extension rapide de la résistance des bactéries aux antibiotiques (dés la découverte de la
pénicilline G)
 Préoccupation sur le plan national et international
 Mise en place de réseaux de surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques
 Actuellement, très peu de nouveaux antibiotiques
-La résistance bactérienne: désigne le fait qu’une bactérie soit capable de supporter une concentration élevée
d’antibiotiques, qui serait normalement inhibitrice pour la majorité des autres bactéries de la même espèce.
À différencier de la résistance clinique qui, représente l’échec thérapeutique dû à l’expression de la résistance
in vivo.
Exemple: résistance acquise aux pénicillines (amoxicilline ou AMX et
ticarcilline ou TIC) chez E. coli (à droite souche sauvage)
Exemple: résistance clinique à la pipéracilline (PIP) lors de
pneumopathie à Klebsiella pneumoniae de phénotype "pénicillinase de
bas niveau", résistante à l'amoxicilline (AMX) et à la ticarcilline (TIC).
- Mutation:
-Modification brusque au niveau du chromosome ou du plasmide d’un caractère transmissible héréditairement
-Phénomène spontané, rare, touchant un seul caractère à la fois et transmissible de génération en génération
-Taux de mutation de 10-6 à 10-9
-Plasmide: ADN double brin extra-chromosomique de taille variable (0,5 à 500 kb) capable de s’auto- répliquer
et de se transférer d’une bactérie à une autre. Peut véhiculer la résistance à plusieurs antibiotiques à la fois.
-Transposon: Gène mobile (gène « sautant ») codant pour une résistance aux ATB et qui possède des
séquences d’insertion ce qui lui confère la capacité de se transférer du plasmide vers le chromosome, d’un
chromosome vers un autre chromosome. Peut véhiculer plusieurs gènes de résistance. Ne peut pas se répliquer
mais code pour des éléments de transposition (la transposition est un phénomène qui consiste à additionner
des gènes de taille définie au sein du chromosome bactérien ou du plasmide)
Exemple: Contenu plasmidique d'une souche de P. aeruginosa (à gauche) et
de E. coli réceptrice avant (à droite) et après transfert (au milieu) par
conjugaison. Le plasmide de plus de 150 kD confère la résistance à plusieurs
familles d'antibiotiques ou encore aux antiseptiques

Exemple: Mobilisation d'un transposon (Tn) d'une bactérie donatrice à

gauche à une réceptrice par conjugaison (schéma selon Poyart C.)

-Intégron: Systèmes d’éléments génétiques (ou des régions) capables d’acquérir ou de perdre des gènes.
Système de capture et d’expression de gènes (cassettes). Ce sont des éléments mobiles capables d’être
intégrés ou excisés par une intégrase.
Les intégrons sont véhiculés par un chromosome, un plasmide ou un élément transposable.
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-Résistance croisée: Spectre d'inactivation lié à un même mécanisme de résistance vis-à-vis de divers
antibiotiques appartenant à la même famille ou sous-groupe.
-Résistance associée: Résistance acquise par un plasmide à des antibiotiques de familles différentes.
-Protéine de liaison aux pénicillines (PLP): Protéines bactériennes qui partagent la propriété de se lier de
manière universelle aux β-lactamines.
Les PLP sont principalement des enzymes impliquées dans la synthèse de la paroi bactérienne.
-Porines: sont des protéines membranaires formant des canaux permettant la diffusion de petites molécules
hydrophiles à travers la membrane cytoplasmique des bactéries.
-Β-lactamases: sont des enzymes d'inactivation dont les substrats sont des ß-lactamines (Les bêta-lactamines
sont une vaste famille d'antibiotiques bactéricides, temps-dépendants, à spectre antibactérien plus ou moins large et
recommandés dans de nombreuses indications). L'inactivation enzymatique (perte de l'activité antibiotique)
survient lors de l'ouverture du cycle ß-lactame (structure de base des ß-lactamines retrouvée dans tous les
sous-groupes) aboutissant à la formation d'un complexe enzyme-substrat. Le produit de la réaction aboutit à
la formation de composés acides inactifs tels acide pénicilloïque ou céphalosporoïque...
-L'efflux: est un mécanisme par lequel les bactéries rejettent à l'extérieur des composés toxiques tels
antibiotiques, métaux lourds et autres. L'efflux est un mécanisme de transport actif, énergie-dépendant,
assuré par des protéines transmembranaires appelées pompes d'efflux. Ces protéines sont spécifiques
d'une classe d'antibiotiques ou au contraire responsables de phénotypes de multirésistance.
-Pompes d’efflux: sont des transporteurs protéiques localisés dans la membrane cytoplasmique des
bactéries. Ce sont des transporteurs actifs. Pour fonctionner ils utilisent l'énergie fournie par dissipation
d'un gradient de protons (familles MFS, RND et SMR) ou d'ions sodium (famille MATE) ou encore par
hydrolyse d'ATP (famille ABC). Chez les bactéries à Gram négatif, les systèmes d'efflux sont souvent
des complexes protéiques ternaires avec une pompe transmembranaire, une protéine périplasmique
de jonction et une porine de la membrane externe. Les pompes les plus fréquemment rencontrées sont
de type RND comme AcrB chez Escherichia coli ou MexB chez Pseudomonas aeruginosa. Chez les
bactéries à Gram positif, les systèmes d'efflux ne sont constitués que de la pompe. Les plus étudiés
sont les pompes MFS comme NorA ou QacA chez Staphylococcus aureus et PmrA chez Streptococcus
pneumoniae.
Principales caractéristiques de la résistance bactérienne:
 Émergence rapide: la première souche résistante apparait souvent un an après la mise sur le marché de
l’antibiotique.
 Fréquence du mécanisme de résistance rapidement en augmentation: c'est-à-dire que le nombre de
bactéries possédant le même mécanisme de résistance augmente rapidement.
 Résistance transférable: par plasmides ou transposons par exemple.
 Possibilité de diffusion épidémique: cela peut engendrer la dissémination de milliers de souches
résistantes à travers la population.
 Addition de mécanismes de résistance: d'où l'appellation de BMR pour Bactérie MultiRésistante c'est-à-
dire une même bactérie peut acquérir des résistances à plusieurs antibiotiques.
Intérêt de l’étude de la résistance aux antibiotiques:
- Cliniques : éviter les échecs thérapeutiques.

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- Microbiologiques : choisir un antibiotique adéquat afin de prévenir l’apparition de nouvelles souches
résistantes.
- Epidémiologiques : poser des études statistiques sur les résistances, et adapter l’antibiothérapie à la bactérie
responsable de l’infection.
Mécanismes de résistance: Il existe deux types de résistance : la résistance acquise, et naturelle.
 Résistance naturelle:
-Résistance innée à un ATB donné. Définit le spectre clinique de cet ATB.
-Elle est Spécifique d’espèce c.à.d qu'elle concerne toutes les bactéries de la meme espèce.
-La bactérie ne fait pas partie du spectre d'action de cet ATB.
-les mécanismes de cette résistance peuvent etre l'imperméabilité de la paroi bactérienne ou la synthèse
d’enzymes naturelles chromosomiques.
Exemple: résistance en cocarde à la colistine de Serratia marcescens.
 Résistance acquise:
-Acquisition d’une résistance à l’ATB pour une souche d’une espèce bactérienne au départ sensible à l’ATB
parce qu'elle fait partie de son spectre d’activité.
-le Support de la résistance peut etre:
• Chromosomique : suite à une mutation, entrainant une modification de structure bactérienne.
– Synthèse d’une nouvelle porine inefficace dans le transport de la molécule ATB.
– Modification de la cible, qui peut etre pariétale(cas de la PLP ou protéine liant la pénicilline) ou intracellulaire
(cas de ribosome ou ADN gyrase)
• Plasmides ou transposons : acquisition de gènes
– Ces élément génétique rendent la bactérie résistante à l'ATB par la synthèse de nouvelles protéines, qui vont
soit modifier la perméabilité soit inactiver l’ATB lui-même.
• Résistance par plusieurs mécanismes possible: cas des bactéries multirésistantes

Résistance bactérienne par famille d’antibiotiques:

1. ß-lactamines: Les bêta-lactamines sont une vaste famille d'antibiotiques bactéricides, temps-dépendants, à spectre
antibactérien plus ou moins large et recommandés dans de nombreuses indications, certains bactéries résistent à
ces ATB par:

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A. Production de β-lactamase: enzyme qui inactive les β-lactamines, de Support
génétique plasmidique elle concerne :
-Staphylococcus spp: production de pénicillinase qui inactive la pénicilline G,
aminopénicillines, carboxy-pénicillines, uréido-pénicillines et C1G (Plus de 90% des souches sont R à la
pénicilline G, non utilisée en thérapeutique.)
-Haemophilus spp: β-lactamase inactivant les pénicillines A. ATB actifs, associations β-lactamines-inhibiteurs de
β-lactamase et C3G (10 à 30% R)
-Neisseria gonorrhoeae: est résistant aux pénicillines A dans 60% des cas
-Entérobactéries:
 Contre la pénicilline A (50% chez [Link])
 Contre les C3G par sécrétion de béta-lactamase à spectre élargi ou BLSE,
par acquisition d’un plasmide
ayant subi une mutation ponctuelle.
• Fréquente en milieu hospitalier
• Acquisition d’un plasmide ayant subi une mutation ponctuelle codant pour la BLSE
B. Modification ou altération de la cible PLP: protéine de liaison aux pénicillines, elle concerne:
-Streptococcus pneumoniae:
• Résistance à la pénicilline par modification de la PLP. Lorsque plusieurs PLP sont
altérés, il y a résistance aux pénicillines A et aux C3G pneumocoque de sensibilité
diminuée à la pénicilline (PSDP)
• Acquisition de gènes intégrés dans le chromosome par transformation
-Neisseria meningitidis:
• Résistance à la pénicilline A par modification de PLP
C. Nouvelle PLP: elle concerne:
-Staphylococcus aureus:
• Support chromosomique
• Il en résulte une acquisition d’une nouvelle PLP, appelée PLP2a
• Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) résistance croisée à toutes les β-lactamines
• En milieu hospitalier, les résistances aux pénicillines M sont fréquentes
• À ce jour, aucune résistance à la pénicilline G, Streptococcus du groupe A, C, G et Treponema pallidum.
D. Modification de porine:
• Les porines (Omp ou Opr) sont des canaux hydrophiles constitués de trois protéines qui
laissent diffuser diverses molécules de faible masse moléculaire
• Le dysfonctionnement ou la perte de l'une d'entre elles peut entrainer une augmentation
de CMI (concentration minimale inhibitrice) de divers antibiotiques comme β-lactamines, acide
nalidixique (NA), triméthoprime (TMP), fosfomycine, tétracycline (TE) ou encore chloramphénicol (C).
E. Efflux:
-De nature différente (famille MFS, SNR, RDN....), en particulier chez P. aeruginosa où ont été
individualisés les systèmes entrainant des augmentations variables de CMI vis-à-vis de divers
antibiotiques dont les β- lactamines avec les protéines MexA-B/OprM, MexC- D/OprJ, MexE-
F/OprN.

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Exemple: d'activation du système d'efflux MexA-B/OprM chez [Link]
avec la sensibilité diminuée à la ticarcilline (TIC) associée ou non à l'acide
clavulanique (TCC) comparée à celle de la pipéracilline (PIP).
2. Aminosides:
• Résistance naturelle:
-Streptococcus spp: résistance de bas niveau aux aminosides. Conservent leur
activité uniquement en association avec les β-lactamines (détruisent la paroi).
• Résistance acquise plasmidique:
• Synthèse d’une enzyme qui détruit l’ATB ou d’une nouvelle sous-unité
ribosomale 30S non reconnue par l’aminoside
-Enterococcus spp: résistance de haut niveau aux aminosides. Dans ce cas, l’association avec les β-lactamines
est innéficace
• Résistance fréquemment retrouvée également chez les EBLSE et les SARM
• Résistance acquise par mutation:
-Mycobacterium tuberculosis et streptocmycine association de plusieurs ATB anti-tuberculeux recommandée
3. Macrolides:
-Staphylococcus spp: ARN ribosomal altéré par une méthylase ou MLSB codée par un plasmide, peut etre:
- MLSB constitutive (c'est-à-dire synthétisée en permanence)
- MLSB inductible (en présence de l’ATB)
-Streptococcus pneumoniae et Streptococcus du groupe A, C et G
4. Sulfamides:
-Neisseria meningitidis et Neisseria gonorrhoeae, production d’enzyme codée par un plasmide
5. Cyclines:
• Résistance fréquente chez les bactéries à Gram + et –
• Imperméabilité d’origine plasmidique
6. Quinolones:
-Mutation à l’origine de modification de cible, l’ADN gyrase ou de défaut de transport de quinolones
-Efflux, refoulement de l’ATB par des pompes à ions membranaires
-Taux de mutations élevé, l’association à une autre molécule ATB est recommandée lors de traitement
prolongé
-Chez les entérobactéries, acquisition de gènes plasmidiques "qnr" codant pour des protéines protégeant la
cible (ADN gyrase) contre l’action des quinolones.
7. Glycopeptides:
-Enterococcus spp: mécanisme chromosomique, diminution de la perméabilité des bactéries à cet ATB
Cas particulier de Mycobacterium tuberculosis:
• Résistance naturelle:
-M. tuberculosis est résistant naturellement à la plupart des ATB décrits plus haut par défaut de perméabilité
ou de cible spécifique sauf les aminosides, les rifamycines et les quinolones
• Résistance chromosomique:
• Mutation spontanée caractérisée par sa fréquence d’apparition
-Isoniazide : 1 bacille pour une population de 106 bactéries

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-Rifampicine : 1 bacille pour une population de 108 bactéries
Afin de préserver l’efficacité thérapeutique et éviter la sélection de mutants multi-résistants, il est impératif
d’associer plusieurs antibiotiques pour le traitement de la tuberculose.
Conclusion:
• La résistance bactérienne aux ATB est un problème de santé publique engendré par la prescription
anarchique des ATB
• Les bactéries possèdent une grande capacité d’adaptation aux molécules ATB
• Pour cela, elles utilisent leur matériel génétique qu’elles peuvent le transférer entre elles
• Le seul moyen de lutte contre la résistance aux ATB est une prescription judicieuse et réfléchie des ATB

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 Rôle du laboratoire dans le suivi du traitement antibiotique
Pr. [Link]
Rappel sur les critères de prescription d'une antibiothérapie:
Avant la prescription d'un traitement antibiotique, le clinicien doit répondre à un certain nombre de questions:
[Link]-je prescrire un antibiotique?
[Link] oui, quel antibiotique?
[Link]?
[Link] juger de l’efficacité?
Une prescription correcte et judicieuse doit répondre aux 4 critères énumérés ci-dessous:
1-Infection bactérienne:
Le clinicien s'aidera d'arguments cliniques et bactériologiques en se basant sur les résultats du laboratoire et
notamment l'identification du germe responsable de l'infection.
La connaissance de l'épidémiologie des agents étiologiques des infections ainsi que de leur sensibilité aux ATB
permettent de guider vers un choix d'ATB adapté.
2-Choix de l'ATB: doit tenir compte du :
 Bactérie en cause(spectre),
 Site infectieux (biodisponibilité),
 Terrain du patient (la présence d'une pathologie sous-jacente: immunodépression,diabàte)
Le laboratoire intervient pour identifier le germe, apprécier sa sensibilité aux ATB, et étudier l'efficacité d'une
antibiothérapie.
3-L'administration de l'ATB: nécessitent des connaissances sur:
 Terrain du patient,
 Pharmacocinétique,
 Type d’infection (locale/disséminée)
[Link] suivi du TRT ATB: il est nécessaire et permet de juger de son efficacité et de sa toxicité.
"Rôle du laboratoire à chacune des étapes"
Bactéricidie/Bactériostase: Interaction antibiotique / bactérie
[Link] létal(mortel)de l’antibiotique= bactéricidie quantifiée par la concentration minimale bactéricide « CMB ».
[Link] de la croissance bactérienne: bactériostase; quantifiée par la concentration minimale
Inhibitrice « CMI ».
I . Tests de sensibilité aux antibiotiques:
- Le test doit être pratiqué sur une souche pure.
- Culture bactérienne jeune de 18-24h
- Inoculum bactérien : 0.5MF
- Le milieu de culture utilisé : Mueller Hinton liquide ou solide, simple ou additionné de sang.
- Le choix de la technique se fera selon une chronologie: de la plus simple à la plus élaborée
- Conditions d’incubations variables selon la bactérie.
1. Antibiogramme:
- La méthode utilisée est la méthode de diffusion en gélose avec des disques.
- Le principe du test: consiste à utiliser des disques en papier buvard imprégnés d'une concentration fixe d'ATB.
- Ces disques sont déposés à la surface d'une gélose inoculée par une suspension bactérienne contenant une
quantité fixe de bactéries (inoculum).
- Après une incubation à 35 degré pendant 18-24 heures, il s'établit un gradient de concentration entre la
culture bactérienne et la diffusion du disque et qui s'exprime par un diamètre d'inhibition de la culture.

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La mesure de ce diamètre permet de classer la bactérie après comparaison des diamètres à une table de lecture
dans 3 catégories :
 Sensible : les souches S sont celles pour lesquelles la probabilité de succès thérapeutique est forte, à
condition de respecter les autres conditions pharmacodynamiques.
 Intermédiaire : les souches I sont celles pour lesquelles le succès thérapeutique est imprévisible. La valeur
de la CMI pour ces souches n'est pas prédictive.
 Résistante: les souches R sont celles pour lesquelles il existe une forte probabilité d'échec thérapeutique.
On ne peut s'attendre à un effet thérapeutique quel que soit le traitement.
 Avantages: rapidité et reproductibilité.
 Inconvénients: étude de bactériostase, manque de précision, tient compte des doses mais pas du site
infectieux.

2. Tests rapides:
2.1. Chromatographiques:
- Test complémentaire à l’antibiogramme
- Obligatoire pour certaines espèces bactériennes (Haemophilus, Neisseria gonorrohoeae)
- Test à la nitrocéfine: est une céphalosporine (ATB) chromogène
qui scindée par une ß-lactamase, libère une substance
chromogène (colorée).
- Principe: déposer une colonie sur un disque imprégné de
nitrocéfine, lorsqu’il y a production de β-lactamase par la bactérie,
il y a apparition d’une coloration rouge sur le disque.
2.2. Moléculaires:
Détection des gènes de résistance aux antibiotiques.
- Techniques utilisées : hybridation avec des sondes nucléiques ou l’amplification par PCR .
Exemples :
 Gène mecA: Résistance à l’oxacilline chez Staphylococcus aureus
 Gènes vanA, vanB et vanC: Résistance aux glycopepetides chez Enterococcus spp.
 Avantages:
- Rapide, spécifiques et sensibles.
- Complètent les méthodes phénotypiques
- Intérêt pour les bactéries à croissance lente ou difficilement cultivables
- Appliquées directement sur les produits pathologiques, réponse plus rapide, notamment en cas
d’infection sévère.
 Inconvénients:
- Détection des gènes non exprimés par la bactérie (c.a.d qu'on peut détecter des gènes de résistance
alors que la bactéries a un phynotype sensible)
- Ne permettent pas la détection de nouveaux mécanismes de résistance, à la différence de

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 l’antibiogramme « classique ».
3. Etude des concentrations minimales inhibitrices (CMI):
-C'est la plus faible concentration d’antibiotique qui inhibe une culture visible à l’œil nu. Elle définit la
bactériostase. CMI plus précise qu’avec les disques d’antibiotiques.
 Indications:
- Infections sévères,
- étude de la sensibilité de Streptococcus pneumoniae aux β-lactamines,
- étude de la sensibilité des Staphylocoques et Entérocoques aux glycopeptides,....etc.
- Méthode par dilution:
Principe :consiste à mettre un inoculum bactérien fixe (105 UFC/ml) dans une série de dilution de l’antibiotique.
-Un tube sans antibiotique servira de témoin.
-Elle se pratique en:
-Milieu liquide: (en tubes ou en microplaques)
-Milieu solide: l’antibiotique est incorporé dans la gélose; chaque boîte de Pétri correspond à une
concentration donnée d’antibiotique. Il est possible de tester plusieurs souches déposées sous forme de
spot sur la même série de boîtes.
-La CMI déterminée, permet de classer la bactérie en S, I ou R
 Avantages : technique précise,
- Donne un résultat quantitatif en mg/l ou en μg/ml.
- Utile dans les infections sévères ou quand les foyers infectieux sont peu accessibles.
 Inconvénients: technique longue, lourde et coûteuse.
-Détermination automatisée de la CMI:
- Certains automates utilisés pour l’étude de la sensibilité aux antibiotiques rendent des résultats de CMI.
- Des galeries contenant une gamme de concentration par antibiotique sont inoculées avec une suspension de la
bactérie à étudier.
- Après incubation dans l’automate, des CMI seront déterminées.
- Trois automates : le Phoenix (Becton Dickinson), le Vitek 2 (bioMérieux) et le Microscan (Siemens).

-Méthode par diffusion:

- Pour alléger cette technique, des bandelettes de plastique imprégnées d’un
gradient prédéfini de concentrations croissantes d’antibiotique sont utilisées.
- Les bandelettes E-Tests® (bioMérieux) et MICE® Tests (Oxoid) sont commercialisées.
- La technique d’ensemencement est identique à celle de l’antibiogramme.
- Après une incubation à 35° pendant 18-24 heures, une ellipse d’inhibition
symétrique centrée le long de la bandelette se forme.
- La lecture de la CMI est effectuée au point d’intersection de l’ellipse d’inhibition et
de la bandelette.
 Avantages: technique facile à réaliser,
 Inconvénient : coût élevé

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4. Etude de la concentration minimale bactéricide (CMB):
-C'est la plus faible concentration de l’antibiotique bactéricide c'est-à-dire qui lyse les bactéries (≤0,01% de
survivants). Elle définit la bactéricidie.
-Principe :
-dénombrer le nombre de bactéries survivantes à partir de la dilution de l’ATB correspondant à la CMI.
-Une gamme de concentration est réalisée comme pour la détermination de la CMI. Le même jour, une
numération de l’inoculum de départ (tube témoin sans antibiotique) est effectuée en réalisant 4 dilutions de 10
en 10 qui seront chacune ensemencées en strie sur une gélose.
-Après incubation à 35°C pendant 18 h, les colonies seront dénombrées et le nombre d’UFC(unité formatrice de
colonie) à la dilution 1/10000 correspondra à 0,01% de l’inoculum de départ.
-Après 18 h d’incubation à 35°C, tous les tubes qui ont une concentration d’antibiotique ≥ à la CMI seront
repiqués sur gélose en stries. Après 18 h d’incubation à 35°C, les colonies présentes sur chaque strie sont
comptées et comparées à la numération de l’inoculum de départ.
-La CMB est la plus faible concentration d’antibiotique pour laquelle le nombre de colonies bactériennes est ≤ au
nombre de colonies présentes sur la dilution de l’inoculum de départ (≤0,01%).

Une vidéo très utile pour bien comprendre: [Link]

-Un antibiotique est bactéricide: rapport CMB/CMI <2 (la valeur de sa CMB est proche de celle de la CMI ).
-Antibiotique est bactériostatique : CMB/CMI < 32,
-Souche dite tolérante: s’il s’agit d’un antibiotique
bactéricide avec un rapport CMB/CMI >32.
Indication CMB: infection grave telle que
l’endocardite infectieuse
Cinétique de bactéricidie : vitesse de bactéricidie,
consiste en un dénombrement dynamique au cours
du temps (2, 4, 6 heures) de bactéries survivantes à
partir de bouillons contenant l’antibiotique à étudier.
 Inconvénient : méthode lourde, non réalisée en routine.
5. Etude des associations des antibiotiques:
Indications:
- Elargir le spectre
- Obtenir une synergie
- Augmenter l’effet bactéricide lors d’infections sévères (endocardites, bactériémies, arthrites, infections sur matériel...)
- Couvrir une infection polymicrobienne.
- Les infections à BMR, BHRe
- Eviter l’apparition de mutants résistants
- Diminuer la durée du traitement
J0 : Gamme étalon (100; 10; 1; 0.1; 0.01 %), ensemencement, incubation.
J0 : Incubation avec les ATB seuls et associés 2 à 2.

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J1 : ensemencement des bouillons, incubation avec des repiquages sur milieu solide après
2H, 4H, 6H et 18H
J2 : comparaison avec les témoins
Pouvoir bactéricide des associations:
Une association est dite bactéricide; si le nombre de bactéries survivantes est ≤ à 0,01% de l’inoculum de départ.
Elle est précoce si la bactéricidie est observée à partir de 2H.
Cinétique de la bactéricidie:
Association synergique : effet des deux antibiotiques est supérieur à celui de l’antibiotique utilisé seul.
Elle est antagoniste: son effet est inférieur à celui de l’antibiotique utilisé seul.
Elle est indifférente: son effet est égal à celui de l’antibiotique utilisé seul.
Intérêt : Permet de suivre l’efficacité de l’association d’antibiotique utilisée et d’étudier l’association
d’antibiotique la plus efficace pour le traitement.
 Avantages:
- Pertinence du test : moyennement reproductible.
- Bonne corrélation avec l’efficacité des antibiotiques in vivo.
- Appréciation de la bactéricidie quantitative et de la vitesse de bactéricidie.
 Inconvénients:
- Surestime l’effet des antibiotiques sur les bactéries fragiles.
- Contraintes techniques (souche du malade, rigueur et temps).
- Absence de standardisation.
Contrôle de qualité:
- Le contrôle de qualité permet d’assurer la fiabilité des réactifs, la reproductibilité du test et de
valider la technique utilisée.
- Obligatoire.
- Il est réalisé en utilisant des souches témoins dites : souches de référence, qui sont testées dans les mêmes
conditions que la souche test.
- La pratique du contrôle de qualité doit être régulière (une fois par semaine au moins).
II. Tests de suivi:
Dosage des ATBs dans le sérum:
Intérêt :
- Apprécier le risque toxique d’un antibiotique ayant un index thérapeutique étroit: la dose efficace est
proche de la dose toxique (The therapeutic index is a comparison of the amount of a therapeutic agent that
causes the therapeutic effect to the amount that causes toxic effects), ex : aminosides et glycopeptides
- Surveiller et prédire l’efficacité d’une thérapeutique
- Dosage de la teicoplanine « à la vallée » (un antibiotique de la famille des glycopeptides)
- Adapter les posologies des antibiotiques toxiques
- Vérifier la compliance des patients
- Foyers où les antibiotiques ne diffusent pas ou peu : foyers enkystés, collection purulente, anaérobiose et
acidité pour les aminosides.
Principe du test : on effectue deux prélèvements de sérum le 1er au pic de la plus forte concentration
sérique (entre 1 et 2 h après injection) et le 2eme à la vallée au moment de l’élimination de l’antibiotique
(avant une nouvelle injection).

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-Méthodes très diverses (microbiologiques, immuno-enzymatiques...)
-Pour être actif, la concentration locale de l’antibiotique doit être >CMI
Le pouvoir bactériostatique /bactéricide d’un liquide biologique:
Le pouvoir bactériostatique:
-Indiqué pour apprécier l’efficacité d’un traitement d’infection sévère ou compliquée, et se pratique le plus
souvent sur le sérum.
-Il est nécessaire d’avoir la souche responsable de l’infection.
Principe : consiste à mettre en contact différentes dilutions du sérum avec un inoculum de la bactérie pathogène
responsable de l’infection. On note la dernière dilution où il n’y a pas de croissance bactérienne.
L’effet bactériostatique est valable si la plus grande dilution est ≥1/16ème ou 1/32ème
Le pouvoir bactéricide d’un liquide biologique:
-Consiste à dénombrer les bactéries survivantes à partir de la dernière dilution du pouvoir bactériostatique et
permet de noter si le sérum est suffisamment bactéricide.
L’effet bactéricide est valable si la plus grande dilution est ≥1/8ème
[Link]: tests de sensibilité:
- Le principe de l'antibiogramme d'une souche de [Link]: évaluer la proportion de bacilles résistants qui
existent dans le nombre total de bacilles ensemencés.
- Déterminer la proportion critique de mutants résistants dans la population totale au delà de laquelle la souche
peut être considérée comme résistante.
- Pour chacun des antibiotiques majeurs entrant dans le traitement de la tuberculose, cette proportion critique
est de 1% de la population totale.
- Si la proportion de la population bacillaire résistante dépasse 1% de la population totale, la souche est
déclarée résistante.
- Le milieu utilisé est le milieu de Löwenstein-Jensen sans antibiotique (milieu témoin) et le milieu de
Löwenstein-Jensen contenant une concentration bien déterminée d'un antibiotique donné.
- Les milieux sont ensemencés avec la même population bacillaire afin de pouvoir comparer le nombre de
bacilles poussant sur chaque tube contenant un antibiotique (bacilles résistants à l'antibiotique) au nombre de
bacilles poussant sur le milieu témoin (bacilles sensibles et bacilles résistants).
- Les colonies de [Link] ne devenant visibles à l'œil nu qu'au bout de 21 à 28 jours d'incubation à 37°, la
lecture du test de sensibilité est faite après 4 semaines (28e j) et 6 semaines (42e j) d’incubation.
- La lecture consiste à compter le nombre de colonies apparues dans les tubes témoins et celles ayant poussé
éventuellement sur les tubes contenant l’antibiotique et d’en déduire la proportion de bacilles résistants
existant dans population totale.

Indications: échec thérapeutique, résistance primaire ou secondaire, tuberculose extrapulmonaire?

Conclusion:
-Importance de la communication et collaboration clinicien-microbiologiste pour la transmission des résultats et
pour le choix des techniques.
-Aider et orienter la prise en charge thérapeutique.
-Amélioration des pronostics.

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 Antiseptiques, Désinfectants et Stérilisation Dr Ferrad
HISTORIQUE:
-L’Antisepsie, la désinfection et la stérilisation, tiennent une place prépondérante dans l’hygiène hospitalière et
la lutte contre les infections nosocomiales (Une infection nosocomiale ou infection associée aux soins est une infection
contractée au cours d'un séjour dans un établissement de soins. Elle peut être directement liée aux soins ou survenir
durant l'hospitalisation, en dehors de tout acte médical). L’antisepsie et la désinfection sont connues depuis
l’antiquité, dans la lutte contre le phénomène de putréfaction grâce aux épices, essences et huiles végétales.
-Les Égyptiens ont utilisés les essences et les huiles contre la putréfaction des plaies.
-les Perses ont utilisé les récipients en cuivre et en argent pour conserver leur eau potable.
-Hippocrate a utilisé le vinaigre de vin pour soigner les infections cutanées.
-Semmelweis en 1843, a utilisé l’hypochlorite de sodium pour le lavage des mains.
-La stérilisation quand à elle doit son origine à:
 Raymond Chevalier, physicien qui a fabriqué la machine: autoclave(is a machine that uses steam under
pressure to kill harmful bacteria, viruses, fungi, and spores on items that are placed inside a pressure vessel).
 Louis Pasteur, père de la microbiologie moderne qui a fait progresser les notions de stérilisation.
-Depuis la stérilisation par autoclave est devenu une pratique courante.
-Le 30 Avril 1878 lors d’une communication à l’Académie française de médecine, Louis Pasteur déclarait :
« Si j’avais l’honneur d’être chirurgien, prévenu comme je suis des dangers auxquels exposent les germes
répandus à la surface des objets, je ne voudrais opérer qu’avec un matériels stérile.
Et après avoir nettoyé mes mains avec le plus grand soin, je les soumettrais à un flambage
rapide, ce qu’il est aisé de faire sans abîmer l’épiderme ».
II/-Définitions :
Selon les normes AFNOR (Agence française des Normes)
- Asepsie : l’ensemble de mesures propres à empêcher tout apport exogène de micro-organismes ou virus. (bloc,
champs opératoires stériles).
-Antisepsie : Mise en œuvre des moyens physico-chimiques de lutte contre l ‘infection pour la destruction
systématique des germes pathogènes qui souillent un organisme vivant.
C’est une opération au résultat momentané(non durable), permettant dans la
limite de leur tolérance, d’éliminer ou tuer les micro-organismes et/ou d’inactiver
les virus en fonction des objectifs fixés.
Le résultat de cette opération est limité aux micro-organismes présents au moment de l’opération.(antisepsie
de la peau, du site opératoire).
-La désinfection: est vis-à-vis des milieux inertes (surfaces, matériels) ce qu’est l’antisepsie
vis-à-vis des milieux vivants.
-Antiseptiques et désinfectants(ATS et DSF) : sont des produits ou procédés utilisés pour l’antisepsie ou la
désinfection, selon le cas dans des conditions définies.
Selon que tel antiseptique ou désinfectant aura la propriété de tuer les bactéries, les virus ou les champignons
ou les spores, on le dira bactéricide, virucide, fongicide ou sporicide.
-Critères de qualité:
 posséder une activité antimicrobienne.
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 venir en contact avec les microorganismes à détruire.
 respecter le support sur lequel ils sont appliqués.
 être adaptés à l’usage prévu sans risque pour le personnel soignant ni pour l’environnement.
-La présentation:
 Les antiseptiques: doivent être présentés dans leur forme d’utilisation.
 Les désinfectants: sont présentés soit prêts à l’emploi, soit en solution concentrée qu’il faut diluer au
moment de l’emploi.

-La composition:
1. un ou plusieurs principes actifs
2. un ou plusieurs excipients ou adjuvants
3. un solvant
-La conservation:
1. Dans l’emballage d’origine ,fermé et à l’abri de la lumière : la conservation jusqu’à la date d’expiration
2. Ouverts, ils doivent être utilisés dans les délais recommandés par les fournisseurs (DSF-ASP)
3. Les solutions antiseptiques aqueuses sont rapidement contaminées, elles sont déconseillées en milieu
hospitalier Ex: éosine aqueuse utilisée beaucoup plus pour son caractère asséchant.
-Les règles d’utilisation:
1. Indiquer le date d’ouverture du flacon (une bouteille).
2. Fermer le flacon après chaque manipulation.
3. Commencer toujours par nettoyer la surfaces avant d’appliquer l’antiseptique ( peau et muqueuse ) ou le
désinfectant (surface inerte).
4. Respecter la durée de conservation après ouverture / dilution du produit.
5. Ne pas mélanger les produits (DSF) entre eux car risque d’incompatibilité.
-Les principes actifs:

III/-Mode d’action des Antiseptiques et des Désinfectants :

La principale caractéristique est l’absence de spécificité. Ils ont une action globale sur les différentes structures
de la cellule bactérienne par mécanisme physico-chimique. Interaction ATS/DSF et la bactérie :
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1) Fixation sur la surface cellulaire
2) Altération de la membrane cellulaire d’où fuite des électrolytes et constituants intracellulaires.
3) Dénaturation et coagulation des constituants cytoplasmiques de la bactérie (Phénomènes brutaux).
IV- Les Antiseptiques :
Un antiseptique est utilisé pour éliminer, tuer ou inactiver les micro-organismes, présents sur la peau ou les
muqueuses afin de :
-Permettre la réalisation de soins aseptiques.
-Réduire la transmission des germes de malades par les mains de soignants ou des patients(solution hydro-
alcoolique).
-Traiter les infections locales cutanées.
Un antiseptique est réservé à l’usage externe car il est toxique par voie générale.
Classification:
-Les antiseptiques sont des solutions aqueuses ou alcooliques de principes actifs appartenant à différentes
classes chimiques.
-Ne seront étudiés que les antiseptiques qui ont un intérêt médical. Ils sont regroupés dans six familles.
1/-Halogènes chlorés:
Soluté de Dakin
 Délai d’action rapide, dès la 1ere mn de contact
 Bactéricide, fongicide, virulicide et sporicide.
 Utilisation: sondage vésical
2/-Halogènes iodés:
-iode et dérives: Solution Alcoolique: alcool iodé
-iodophores: Bétadine : antiseptique iodé non alcoolique
 Bactéricide, fongicide, virucide et sporicide
 Utilisation :
-Alcool iodé : injection, prélèvements sanguins, préparation locale (chirurgie, cathétérisme).
-Betadine : préparations locales.
3/-Alcools:
-L’alcool absolu a un faible pouvoir bactéricide.
-Seul l’alcool éthylique à 70° est à usage antiseptique.
-Le propanol-2 ou isopropanol entre dans la composition d’autres antiseptiques: SHA ou
comme solvant d’autres ATS qu’il potentialise (alcool iodée, hexamidine, chlorhexidine)
 Bactéricide, fongicide, virucide sur quelques virus.
 Utilisation : injection, prélèvements, antisepsie des mains.
4/-Diamidines:
Hexamidine : agent antibactérien cationique (propriétés tensio-actives), bactéristatique sur les Gram+
Hexomedine transcutanée: Bactéricide sauf sur certaines souches Gram négatif, fongicide
 Utilisation : injection, prélèvements, traitement des infections dermatologiques
5/-Biguanides :
solutions moussantes (tensio-actif), acqueuses et alcooliques.
Chlorhexidine en solution alcoolique (Hibitane)

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  Bactéricide (Gram+) moindre sur les Gram-, fongicide (candida albicans).
 Une résistance acquise a été décrite
 Utilisation : injection, prélèvements, préparations locales.
6/-Mercuriels:
Mercryl laurylé, merfène, mercurochrome.
 Bactéricides, sauf certaines souches Gram négatif, fongicide.
 Produit à éviter à l’hôpital, interdit en pédiatrie.
-Agents oxydants (depuis env.1945)
Eau oxygénée.
Permanganate de potassium.
 Bactéricide (Gram +: +++, Gram -: +++, Mycobactéries: ++), sporicide
(Spores: +++), Virucide (Virus: +), fongicide (Champignons: +)
 Utilisation : Eau oxygénée: désinfection des plaies.

V/-Les Désinfectants:
-Un désinfectant est utilisé pour éliminer, ou inactiver les micro- organismes
qui se trouvent sur des supports inertes : sol, murs tables matériel medico-
chirurgicale afin de prévenir les infections Hospitalières.
-Les désinfectants sont destinés à être utilisés uniquement sur les matières
inertes à cause de leur forte concentration et de leur toxicité.
Classification:
1/-Dérivés Halogénés:
Solutés d’hypochlorite de sodium
Extrait de javel (48° chlore : titre chlorometrique) utilisée diluée au ¼: berlingot de 250ml dans 750ml d’eau :Eau
de javel (12° de chlore) Eau de javel diluée au 1/8 (6° de chlore)(labo)
 Bactéricide, sporicide, virucide et fongicide.
 Utilisation : Désinfection des sols, sanitaires, excréta, matériel.
 Corrosif pour les métaux.‫ﺗﺘ ﻞ‬

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 2/-Aldéhydes:
A/-Formaldéhydes :
-Formol gazeux
-Formol en solution (associé à d’autres principes actifs)
-Lysoformine : produit détergent désinfectant.
-Formol solution à 1%
 Bactéricide(Gram-), virucide (+/- virus nus), fongicide et sporicide (temps de contact prolongé),
 inactif sur les prions.
 Utilisation : Désinfection des locaux après nettoyage hors présence humaine, du matériel, du sol, des
surfaces sanitaires, instruments.
 Produit toxique.
B/-Glutaraldehyde:
 Bactéricide, fongicide, sporicide et virucide
 (inactif sur les prions)
 Utilisation : désinfection par trempage du matériel thermo-sensible.
 Produit irritant : le port de gants est obligatoire.
3/-Biguanides: Chlorhexidine
Solution aqueuse à 0.50%
Solution alcoolique à 0.50%
Hibitane (déjà dilué à 20%)
 Bactéricide et fongicide.
 Utilisation : pré-désinfection du matériel thermo-sensible,désinfection des locaux
 Produit neurotoxique, allergissant.
4/-Ammoniums quaternaires:
Chlorure de benzalkonium : Sanibon
 Bactéricide, fongicide, virucide. Mais nombreux germes hospitaliers résistants.
 Utilisation : Insuffisant seul pour la désinfection. Il est surtout utilisé comme désodorisant un produit
utilisé pour désodoriser un local (salle de bain, toilette, chambre, etc. ).
-Agents oxydants (depuis env.1945)
Acide peracétique:
 Bactéricide (Gram +: +++, Gram -: +++, Mycobactéries: ++), sporicide (Spores: +++),
Virucide (Virus: +), fongicide (Champignons: +)
 Inconvénients: Corrosif pour les métaux. Explosif.
 Utilisation : Acide peracétique: désinfection des filtres d’hémodialyse.
Permanganate de potassium: désinfection de l’eau
V/-La stérilisation:
1-Définition :
-La stérilisation est la mise en œuvre d’un ensemble de méthodes et moyens visant à éliminer les micro-
organismes vivants de quelque nature et sous quelque forme que ce soit, porté par un objet parfaitement
nettoyé ( on ne stérilise que ce qui est propre).
-Les procédés et les précautions à prendre doivent être tels que qu’un niveau théorique de contamination

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correspondant au plus à 1 micro-organisme pour 106 unités soumises à la stérilisation (ex seringues) soit
atteint dans le produit fini.
-L’état stérile est défini par l’absence de micro-organisme vivant.
-La stérilité n’est possible que dans le cadre de la protection de cet état.
-La stérilité est un état éphémère.
2-Que doit-on stériliser ?
Stériliser est une nécessité pour éviter l’introduction du germe (pathogène ou non) dans l’organisme. Aussi
doit-on stériliser :
Le matériel :
- Utilisé au cours d’intervention chirurgicales (instruments, lingerie opératoire).
- Restant en place après une intervention chirurgicale (drain, prothèse).
- Qui servira à protéger la plaie (pansement)
- Utilisé au cours d’acte non chirurgicale (sondage vésical).
- Utilisé pour les malades particulièrement sensibles à l’infection (greffés, Brûlés, prématurés,
immunodéprimés.)
Les solutés et les médicaments administrés par voie parentérale
Les aliments pris par voie entérale : nourriture des immunodéprimés, conserverie.
3-Place de la stérilisation dans l’hygiène hospitalière:
La stérilisation est un des aspects de l’hygiène hospitalière, elles sont rigoureusement indissociables.
On ne conçoit pas l’utilisation de matériels stériles dans de mauvaises conditions d’asepsie ou de propreté
générale. Réciproquement, l’hygiène hospitalière ne peut se passer de la stérilisation.
4-Méthodes de stérilisation:
La stérilisation par la vapeur est le procédé recommandé. Mais comme tous les produits ne peuvent subir
l’action de la chaleur sans être endommagés, d’autres procédés sont décrits. Selon les produits à stériliser, on
distingue 2 classes:
A/ Produits qui peuvent être stérilisés dans leur conditionnement définitif :
1- Stérilisation par la chaleur:
1-1- La stérilisation par la vapeur d’eau ou chaleur humide : Autoclave
Elle occupe la première place, en particulier à l’hôpital, mais aussi dans
les industries pharmaceutiques pour la stérilisation des médicaments.
C’est la méthode la plus sure, la plus économique et qui devrait être
appliquée systématiquement aux produits thermorésistants.
Dans ce procédé, l’opération de stérilisation est obtenue par l’emploi de vapeur saturée à une pression
supérieur à la pression atmosphérique.
Mode d’action :
Dénaturation des macromolécules (noyau, paroi) entraînant une lyse partielle des chaînes peptidiques et lyser
de la bactérie.
Matériel à stériliser :
-Milieux de culture.
-Caoutchouc ou plastique autoclavable (sondes).

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-Verrerie. -
Instruments médicochirurgicaux (pinces, ciseaux,...).
-Tissu (champs opératoires, camisoles, bavettes...).
-Matériel de prélèvements.
*Temps théoriques pour la phase de stérilisation dans les conditions idéales sont :
-20’ -> 121°
-15’ -> 126°
-10’ -> 134°
1-2-La stérilisation par la chaleur sèche : Poupinel
Utilisée surtout pour la verrerie et le matériel chirurgical. Ne convient pas aux objets en plastiques, ni les
liquides, ni même les compresses, car la température à 180°C les brûle et elles perdent leur effet absorbant.
mode d’action : ce procédé utilise comme agent stérilisant, l’O2 de l’air porté à une Température élevée et
provoquant la dénaturation des protéines bactériennes par coagulation. Depuis 2 années, cette méthode de
stérilisation est proscrite par le ministère de la santé algérien et remplacée par les autoclaves de paillasse.
Temps de stérilisation :
-30’ ->180°
-2h30 ->160°
-4h _ 140°
2-Stérilisation par les gaz :
Procédé à basse température pour tout matériel qui ne supporte pas la chaleur.
2-1-Le formaldéhyde:
Gaz incolore, forte odeur caractéristique et irritante, inflammable pour des concentrations dans l’air >3%
Mode d’action : action bactéricide par dénaturation des protéines et alkylation c’est-à- dire transformation
en alcool de l’hydrogène actif de certaines fonctions (sulfhydrile, Hydroxyle, amine, carboxyle) des
macromolécules bactériennes.
Avantage : non coûteux
2-2-L’oxyde d’éthylène :
Epoxy-éthane, oxyranne, gaz incolore, odeur d’éther, plus lourd que l’air.
Mode d’action : Agent alkylant aboutissant à la dénaturation des protéines bactériennes. C’est un produit
inflammable quand sa concentration est supérieure à 3% dans l’air.
Inconvénient : coûteux.
3-Stérilisation par les rayons ionisants:
C’est une méthode de stérilisations industrielle. Elle n’est pas employée à l’hôpital en raison de la complexité
et du coût d’installation qui est 100 fois supérieur à celui d’un autoclave usuel.
Matériel stérilisé : surtout le matériel jetable (aiguilles, seringues...)
Mode d’action : l’action bactéricide est due aux réactions d’ionisation qui altèrent les molécules constitutives
des protéines et des acides nucléiques.
Rayons utilisés : cobalt, césium 137, faisceaux d’électrons.
B)-Procédés ne permettant pas de stériliser dans l’emballage définitif :
1-La filtration stérilisante :
Technique qui consiste à séparer par passage à travers d’un poreux, sous l’influence d’une différence de

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 pression, certains constituants d’un mélange (solide/liquide, solide/gazeux) sans modifier la matière des
phases.
-Elle permet soit de collecter un échantillon, soit de purifier un produit. La filtration est caractérisée par la
taille de particules :
Filtration Micro filtration Ultrafiltration
I-------------------------I----------------------------------I--------------------------I
10μm 0,02μm
-Ce procédé est utilisé pour purifier un produit (élimination par rétention de bactéries éventuellement
présentes dans un liquide ou un gaz).
-La stérilisation nécessite l’utilisation de membranes de porosités nominales inférieures ou égales à 0.22μm
ou tout autre type de filtre reconnu posséder les propriétés d’un filtre retenant les bactéries, il s’agit d’une
micro filtration.
-La porosité de 0.22μm, permet d’arrêter toutes les bactéries pathogènes pour l’homme, y compris les plus
petites (Pseudomonas, rickettsies).
2-La préparation dans des conditions aseptiques :
Ce mode d’obtention de produits stériles est réservé aux produits qui ne peuvent subir aucun traitement de
stérilisation dans leur conditionnement définitif. C’est le cas de :
 Certains vaccins.
 Certaines ligatures résorbables.
 De certains réactifs de laboratoire.
La préparation de ces produits doit se faire dans les conditions d’asepsie les plus rigoureuses (salle stérile,
système de ventilation avec filtre, tenue stérile : camisole, calot, masque gants et bottes stériles).
C)-Autres procédés de stérilisation autrefois utilisés, mais non retenus actuellement :
1-Flambage :
-Désinfection à la flamme du bec bunsen ou d’une lampe à alcool (petits instruments).
-On flambe à l’alcool les instruments plus gros (mortier...).
-Procédé peu fiable, à abandonner si les instruments ne sortent pas chauffer au rouge.
2-Ebullition :
-L’eau portée à 100° C ne détruit que les formes végétatives. Elles est dépourvue d’action sur les spores.
3-Tyndallisation:
-Opération décrite par Tyndall (1850) met en œuvre 3 périodes successives de chauffage que séparent des
intervalle de 2h.
-Procédé peu fiable.

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 VACCINS BACTERIENS Pr. A. Benslimani
I. Introduction:
• Maladies infectieuses : Gros problème de santé publique en Algérie et dans le monde
• Rôle des antibiotiques : curatif
• Rôle des vaccins : préventif
L’OMS estime que la vaccination prévient chaque année 25 millions de décès.
II. Infections bactériennes : Ampleur du problème
1. Tuberculose : ‫اﻟﺴﻞ‬
- Infection endémique dans les pays à niveau socio-économique faible
- agent : Mycobacterium tuberculosis
- mode de contamination: respiratoire
- formes pulmonaires et extra-pulmonaires
- problème de résistance (souches MDR et XDR)
- maladie à déclaration obligatoire (MDO)
- maladie endémique en Algérie malgré programme national de lutte contre la tuberculose
2. Diphtérie :
- maladie toxi-infectieuse
- agent : Corynebacterium diphteriae
- Mode d’action : exotoxine protéique (toxine diphtérique)
- affecte essentiellement les voies respiratoires
- angine à fausses membranes- asphyxie par croup diphtérique.
- complications : paralysies- myocardite
- mortalité de 10%
- MDO
- Ré émergente en Algérie en 1993-1994 (pas de rappels chez l’adulte), diminution progressive des cas aucun cas
déclaré depuis 2007.
3. Tétanos: ‫اﻟ ﺰاز‬
- toxi-infection aiguë
- agent : Clostridium tetani (bactérie anaérobie stricte sporulée)
- mode de contamination :
• Reservoir tellurique (sol, végétal)
• par l’intermédiaire d’une plaie cutanée, d’une blessure ou d’une piqûre, de la plaie ombilicale chez le
nouveau-né.
• germination des spores au niveau du site de la plaie,
• libération d’une exotoxine protéique
- Mode d’action : Toxine tétanique
- Atteinte neuromusculaire +++: contractures, spasmes, convulsions – Tétanos néonatal (généralisé)
- Mortalité : 30%
- MDO
- En Algérie : nombreux cas
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4. Coqueluche: ‫اﻟﺴﻌﺎل اﻟﺪ‬
- Maladie infectieuse très contagieuse.
- Due à Bordetella pertussis (bacille de Bordet-Gengou)
- Largement répandue dans le monde
- Touche adolescents et adultes anciennement vaccinés, nouveau-nés et nourrissons non ou incomplètement
vaccinés
- Gravité : complications (bronchopneumonies, complications neurologiques), mortalité élevée surtout chez le
nourrisson <6 mois. Formes bénignes chez l’adulte et l’adolescent.
- MDO
- Vaccination instituée depuis 1969
- En Algérie : résurgence de la maladie en 2000 et 2001, puis en 2009 et en 2012. Atteinte surtout de nourrissons
de moins d’1 an. Les contaminateurs sont des adolescents ou de jeunes adultes qui font des formes bénignes
méconnues (fratrie, parents).
5. Infections méningococciques : ‫اﻟﻤﻜﻮرات اﻟﺴﺤﺎﺋ ﺔ‬
- Méningite cérébrospinale, septicémie à méningocoque, (purpura fulminans)
- Agent : Neisseria meningitidis
- Sérogroupes capsulaires : 12 sérogroupes capsulaires (A, B, C, E, H, I, K, L, W, X, Y, Z). Parmi les 6 groupes
majeurs (A, B, C, Y, W, X), 4 sont endémiques (A, W, Y et X).
- cette bactérie est l’agent de la MCS, seule forme de méningite purulente pouvant causer des épidémies dans
la communauté.
- Algérie : les méningites sont des MDO depuis 1963. les principales épidémies : 1979 (Blida) , 1989 (Alger) , 1997
(Médéa)
- Actuellement cas sporadiques : sérogroupes rapportés B, C, Y, W, X
6. Infections pneumococciques : ‫اﻟﻤﻜﻮرات اﻟﺮﺋ ﺔ‬
- Pneumonies, méningites purulentes , infections de la sphère ORL (otites, sinusites) .
- Surtout jeune enfant (0-2 ans) et immunodéprimé
- Terrains : drépanocytaires, splenectomisés, VIH au stade de SIDA, éthylisme
- Agent : Streptococcus pneumoniae
- Grande diversité antigénique : env 100 sérotypes capsulaires
- Résistance croissante aux β-lactamines, liée à des modifications de PLP, retrouvée surtout pour certains
sérotypes (23F, 9V, 19F...)
- MDO
7. Infections à Haemophilus influenzae:
- Fréquentes chez nourrisson et avant 5 ans (3 mois à 3 ans)
- Manifestations invasives (méningite purulente, épiglottite, bactériémie...) et manifestations non invasives
(otites, sinusites)
- Haemophilus influenzae avec 6 types antigéniques capsulaires a,b,c,d,e,f
- Gravité des infections liée à la capsule de type b
- Capsule : PRP ou Polyribosyl-ribitol-phosphate (an exopolysaccharide produced by Haemophilus influenzae type b)
-Agent : Haemophilus influenzae (Hib dans les formes invasives, Hi non b dans les formes non invasives)
- MDO

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III- La vaccination:
1-Definition:
- une des mesures préventives les plus efficaces pour lutter
contre les maladies infectieuses .
- administration de préparation à base d’antigènes (vaccin)
provenant du microorganisme contre lequel on lutte.
- antigène= bactérie (atténuée ou tuée) ou fragments de la
bactérie ou anatoxine (une molécule dérivée d'une toxine de
micro-organisme caractérisée par la perte de ses propriétés
toxiques tout en ayant conservé sa structure et des propriétés immunisante)
- administré à un sujet réceptif = Réponse immunitaire artificielle (immunité active)
- adjonction d’un adjuvant : substance qui a pour rôle de stimuler la réponse immunitaire.
Ex: Hydroxyde ou Phosphate d’aluminium
2- Rappels sur les bases immunologiques de la vaccination :
L'immunité active: c l'immunité acquise par des moyens
artificiels tels que l'injection de vaccins ou d'AC.
L'immunité passive: c l'immunité acquise par des processus
naturels tels que le transfert d'AC maternels au fœtus ou
l'infection préalable par un germe pathogène.
L'immunité spécifique: le but de l'immunité active créée par
la vaccination est de susciter à la fois une immunité
protectrice (neutralisation de l'agent pathogène) et une
mémoire immunitaire (reconnaissance de l'agent infectieux):
cette immunité est dite spécifique.
La spécificité fait appel aux lymphpcytes B et T. On distingue deux types d'immunité spécifique; l'immunité à
médiation humorale et l'immunité à médiation cellulaire.

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3- Réponse immunitaire au vaccin :
3-1-La réponse primaire:
La réponse immunitaire a un premier contact avec
un Ag est dite primaire. Ainsi l'introduction du vaccin
pour la première fois dans l'organisme n'est pas
suivie d'une réponse immédiate. Une partie des LB et
des LT se transforme en L mémoires.
3-2-La réponse secondaire:
-Si l'on introduit une 2ème fois le meme vaccin dans l'organisme, les L mémoires qui ont gardé le souvenir du 1 er
contact avec l'agent étranger, se réactivent pour donner une réponse secondaire plus rapide, plus forte et plus
durable.
-Cette notion explique l'intérêt des rappels en vaccination.
-L'administration répétée de certains vaccins (diphtérie,tétanos,coqueluche) a pour but de les rendre efficaces et
permettre une immunité de longue durée.
IV- Les différents types de vaccins bactériens:

Vaccins vivants atténués :

BCG ou Bacille de Calmette et Guérin (1921) ( anti-tuberculose)
- Prévention contre les formes graves de tuberculose, les méningites tuberculeuses et les miliaires.
- Caractéristiques: dérive d’une souche de Mycobacterium bovis par atténuation de la virulence (230 passages
sur pomme de terre biliée et glycérinée)
- Population à vacciner : à la naissance et l’enfant sans cicatrice vaccinale.
- Effets secondaires: rares (abcès , adénopathies, Bécégite généralisée.)
- Contre-indications : corticothérapie, traitement immunosuppresseur, cancer, immunodépression, infection par
le VIH ou nouveau-né de mère VIH+.
- Protection : plusieurs décennies
- Présentation: flacon multidoses (10, 20 ou 50), poudre lyophilisée à reconstituer avec 1ml de solvant.
- Injection par voie intradermique: (0.1 ml chez enfant > 1 an et adulte,0.05ml chez nourrisson <1 an)
- Site recommandé : avant-bras

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- Après reconstitution, à utiliser dans les 2h.
- Conservation entre 2°- 8°C , pas de congélation
Vaccins inactivés:
* Vaccins à agents complets inactivée :
1. Vaccin anticoquelucheux inactivé :
- Prévention contre la coqueluche.
- introduction de la vaccination pour la première fois entre 1950 et 1960.
- Caractéristique: préparation à partir d’une culture de Bordetella pertussis, suspension de bactéries tuées et
inactivées par le formaldéhyde.
- mélange de plusieurs souches différant par leurs agglutinogènes.
- Agglutinogènes: sont des Ag situés à la surface de la bactérie qui induisent la synthèse des agglutines, c.a.d des
Ac agglutinant les bactéries, ils correspondent aux:
• Protéines fimbriales (FIM2 et FIM 3 )
• Pertactine (Protéine de membrane externe)
• Lipopolysaccharide (LPS)
-Conservation à +4°C , pas de congélation
-Utilisation: combiné avec anatoxines diphtérique et tétanique + anti -Hib
-Tolérance: réactions locales , hyperthermie , convulsions..
2-Vaccin anticoquelucheux acellulaire :
- caractéristiques: préparation faite d’antigènes purifiés
- Antigènes : toxine pertussique ( PT) + Fimbriae (FIM2 et FIM 3 ) + Pertactine
- Adjuvant : Sels d’Aluminium
- Conservation à +4°C ,pas de congélation
- Meilleure tolérance mais moins bonne immunisation.
* Vaccins à anatoxines:
1. Vaccin antidiphtérique :
- prévention contre la diphtérie
- introduction de la vaccination : fin des années 1930
- caractéristique : préparation antigénique d’anatoxine diphtérique traitée par le formol
- Adjonction d’un adjuvant : Hydroxyde d’Aluminium
- utilisation: à 3, 4, 5 mois , rappel à 18 mois, 11-13ans, 16-18 ans , tous les 10 ans
- Utilisation en association avec Tétanos et coqueluche DTCoq
-Conservation entre 2°C et 8°C , pas de congélation
- Tolérance : réactions locales , hyperthermie , malaise...
- Contre-indication: Allergie ou hypersensibilité lors de la 1ère dose
2. Vaccin antitétanique:
- Prévention du tétanos et tétanos néonatal par vaccination des femmes enceintes ou en âge de procréer.
- Caractéristiques: préparation antigénique d’anatoxine tétanique traitée par le formol
- Adjonction d’un adjuvant : Hydroxyde d’Aluminium
- Utilisation à 3, 4, 5 mois , rappel à 18 mois, 11-13ans, 16-18 ans , tous les 10 ans
- Conservation à +4°C ,pas de congélation

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-Utilisation en association avec DTPolio oral Hib
-Tolérance : réactions locales , douleur , rougeur
* Vaccins Polysaccharidiques:
A- Les vaccins méningococciques:
1. Vaccins méningococciques non conjugués :
- prévention contre les infections à Méningocoque.
- Caractéristique du vaccin : composé de polyosides purifiés de la capsule de Neisseria meningitidis, on
distingue 2 formes :
 Vaccin méningococcique sérogroupe A+C, qui contient les 2 polyosides
 Vaccin méningococcique sérogroupe Tétravalent A, C, Y, W135, qui contient les 4 polyosides :
recommandé chez le personnel de laboratoire et les pèlerins.
-Vaccin anti méningocoque B : son problème est l’acide sialique contenu dans le polysaccharide du
ménincocoque B et qui est similaire à un antigène du soi : le NCAM ( Neuronal Cell Adhesion molecule) d’où
risque d’immunogénicité . La solution trouvée est le vaccin fabriqué à partir de vésicules de la membrane
externe de [Link] B
- Utilisation :
-vacciner les sujets contact de malade (A+C)
-vacciner le personnel soignant (Tétravalent)
-vacciner en cas d’épidémie (A+C)
-vacciner les pèlerins (Tétravalent A,C,Y,W135) et les voyageurs séjournant en zones à risque (Afrique)
-enfant en bas âge : à partir de 2 ans sauf si contact avec malade
- Limites : peu immunogènes avant l’âge de 2 ans.
-Nécessitent des doses de rappel tous les 3 à 5 ans. ne diminuent pas le taux de portage
-Conservation entre 2°- 8°C , pas de congélation
- Tolérance : réactions locales
2. Vaccins méningococciques conjugués : Ils sont liés à une protéine , ce qui permet une immunisation plus
durable et une vaccination précoce.
* Vaccin méningococcique A ou C et tétravalent (A+C+Y+W135)
- conjugué à la protéine CRM197 de l’anatoxine diphtérique ou de l’anatoxine tétanique.
- immunisation possible à un âge <2ans
- réduisent le taux de portage
- vaccination recommandée pour les groupes à risque : Asplénie, déficits immunitaires, sujets contact , sujets
résidant en zones d’endémie.
B- Vaccin anti-Haemophilus influenzae b :
- Virulence liée au Polyribosyl-ribitol phosphate (PRP)
- vaccin composé du PRP conjugué à une protéine ( 4 formes)
a) PRP-T : immunogène, fait de PRP conjugué à l’anatoxine tétanique; introduit dans le calendrier vaccinal
algérien depuis 01/01/2008.
Recommandé en association avec DTCoq polio oral (3ème, 4ème, mois et rappel à 18 mois).
b) PRP-D : peu immunogène, fait de PRP conjugué à l’anatoxine diphtérique
c) PRP-OMP : immunogène, fait de PRP conjugué à la protéine de membrane externe de méningocoque B.

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d) PRP- HbOC : immunogène , fait de PRP conjugué à la protéine CRM197 (toxine diphtérique mutante non
toxique).
C-Vaccins anti-pneumococciques :
1. vaccin polyosidique non conjugué 23 valents:
- composé de polyosides capsulaires
- non immunogène avant 2 ans (immaturité immunologique à cet âge).
- renferme 23 valences.
- 1 injection SC ou IM , rappel après 3-5 ans
- chez les sujets ≥ 5 ans : splénectomisés, drépanocytaires homozygotes, insuffisants respiratoires et cardiaques,
syndrome néphrotique...
2. vaccins polyosidiques conjugués :
-plusieurs selon le nombre de sérotypes inclus dans le vaccin 5 valences, 7 , 9, 10,13
- le choix du vaccin dépend de la prévalence des sérotypes , qui est variable d’un pays à l’autre.
- ex : le vaccin polyosidique conjugué 13 valences – introduit dans le calendrier vaccinal algérien à partir de 2016
( Journal Officiel De La République Algérienne, Arrêté fixant le calendrier de vaccination obligatoire contre
certaines maladies transmissible J.O.R.A. N°75 : 28/12/2014)
Le calendrier vaccinal algérien: Historique:
1966 : 1ère mesure d'envergure nationale: la généralisation de la vaccination par le BCG.
1969 : La vaccination est obligatoire et gratuite contre :la poliomyélite, la tuberculose ,la diphtérie, le tétanos,
la coqueluche et la variole.
1985: Introduction du vaccin anti
rougeoleux (≈1 million d'enfants < 4 ans
ont été vaccinés).
1997: Introduction de rappels vaccinaux
contre la rougeole, la diphtérie, le
tétanos et la poliomyélite.
2000: Introduction du vaccin contre
l'Hépatite virale B.
2007: Introduction du vaccin contre
Haemophilus influenzae.
2014: Actualisation du calendrier vaccinal
par le comité technique national
consultatif de vaccination (CTNCV) selon
les recommandations internationales et
les données épidémiologiques du pays
.Traduite par l'introduction de 4 nouveaux vaccins contre :la rubéole, les oreillons, les infections à
pneumocoque et celui de la poliomyélite inactivé en forme injectable .
2018 : Actualisation du calendrier vaccinal (voir tableau) avec les modifications suivantes:
- Réduction des doses du VPO de 6 à 2 doses à 4 mois et à 12 mois.
- Introduction de l'Anticoquelucheux acellulaire.

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-Réduction du nombre d'injections par un vaccin combiné contenant 6 valences.
L’application de ce calendrier s’est faite à la rentrée sociale 2019.

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Vaccinations introduites à compter de 2016 (J.O.R.A. N°75 : 28/12/2014)
• anti poliomyélitique injectable
• anti ourlien (oreillons)
• anti pneumococcique conjugué
• anti rubéoleux
• 2016 : suite au retrait du vaccin pentavalent DTC-Hib-HB , il a été remplacé jusqu’à nouvel ordre par le
vaccin tétravalent DTC-Hib, le vaccin HB étant donné séparément .
Le vaccin anti-pneumo 13V est donné 1 semaine après l’administration du vaccin DTC-Hib et la dose de
vaccin HB.
VI. Conclusion:
- Le développement des vaccins bactériens a été retardé par l’avènement des antibiotiques en particulier la
pénicilline.
-L’émergence de souches invasives de plus en plus résistantes aux antibiotiques a suscité de nouveau l’intérêt
d’une immunoprophylaxie active.
- L’élaboration de ces vaccins se heurte, comme tout autre vaccin antibactérien, à certains problèmes : faible
immunogénicité, hyper-variabilité antigénique et problème de mémoire immunologique.
- L’introduction de ces vaccins dans le calendrier vaccinal national nécessite une connaissance pointue des
caractéristiques épidémiologiques des pathologies infectieuses posant un problème de santé publique.

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 HYGIÈNE HOSPITALIÈRE [Link], F/Z .HENNICHE/ S. AZZOUG
INTRODUCTION:
L’hygiène à l’hôpital est une notion extrêmement importante. Elle englobe, en tant que discipline médicale, un
grand nombre de concepts:
 La lutte contre les infections nosocomiales/ IAS (infection associée aux soins) : une infection qui n'était
ni présente ni en incubation à l'admission du malade à l'hopital.
 ’antisepsie,
 La stérilisation.
1/HYGIENE HOSPITALIERE DE BASE:
L’hygiène hospitalière prend en compte l’ensemble:
 Des aspects cliniques.
 Microbiologiques
 Epidémiologiques
des infections nosocomiales/ IAS mais également:
 l’organisation des soins
 maintenance des équipements hospitaliers
 la gestion de l’environnement et la protection du personnel
HYGIENE HOSPITALIERE DE BAS: Elle consiste à prévenir la transmission d’agents pathogènes entre patients, de
patient à soignant et de soignant à patient. Elle constitue un indicateur de qualité des soins et de sécurité.
Mesures concernant le personnel:
-Douche quotidienne avant la prise de fonction afin de réduire la flore microbienne.
-Tenue professionnelle changée quotidiennement et à chaque fois qu’elle est souillée.
-Cheveux propres et attachés.
-Port de bijoux non autorisé (ni bague, ni montre, ni bracelet....)
-Ongles propres, courts et sans vernis.
-Lavage des mains avant de se revêtir et après avoir enlevé la tenue professionnelle.
-Pour la prise des repas, la tenue est remplacée par la tenue de ville afin de la protéger des souillures et limiter
les voies de transmission des micro-organismes dont elle est porteuse.
-Vaccination contre les infections potentiellement transmissibles en milieu de soins (en particulier l’hépatite B).
Mesures concernant les locaux et l’environnement:
L’architecture des services de santé doit répondre à des normes de qualité. La séparation physique des locaux se
fait en fonction du risque d’acquisition d’une infection :
A/ secteur à faible risque : exemple service administratif
B/ secteur à risque modéré : services de patients ordinaires
C/ secteur à haut risque : unités d’isolement, unité de soins intensifs
D/ secteur à très haut risque : salles d’opération
Parmi les autres mesures :
- Séparation spatiale appropriée des patients.
-Nettoyage et désinfection soigneux et quotidiens des locaux en commençant par les chambres les moins

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contaminées.
-Dans chaque chambre, nettoyage des objets les moins sales avant les plus sales.
-Des systèmes d’eau potable appropriés de façon à limiter la présence de Legionella (Les principales sources
d'exposition humaine connues à ces bactéries sont d'origine environnementale, notamment les réseaux d'eau
chaude sanitaire ou les tours aéro-réfrigérantes humides).
-Accès adéquat aux installations de lavage des mains
-L’air doit être filtré pour diminuer la contamination aéroportée
-Ventilation appropriée pour les salles d’isolement et les structure de soins spéciaux
Mesures concernant le linge :
-Tri du linge avec utilisation de sacs en plastique de couleurs différentes pour séparer le linge propre du linge
sale ou contaminé.
-Nettoyage et désinfection réguliers des chariots de transport du linge.
-Protection des employés en contact avec le linge sale (vaccination, tenue de protection....)
Mesures concernant le tri des déchets:
-Les déchets d’activité de soins (DAS) constituent un véritable réservoir de microorganismes pathogènes et
nécessitent une manipulation appropriée.
-Pour prévenir le risque infectieux, les déchets hospitaliers doivent être éliminés selon certaines procédures :

2/INFECTIONS ASSOCIEES AUX SOINS:

-Les infections associées aux soins (IAS) et les infections nosocomiales (IN) constituent un problème de santé
publique majeur.
-Ce sont des infections fréquentes notamment dans les services à risques (réanimation**), et coutent beaucoup
à la santé (morbidité, absentéisme, séquelles et parfois mortalité).
-Les IN sont dues à des bactéries de plus en plus résistantes, posant ainsi un véritable problème thérapeutique.
-Elles peuvent survenir sous forme épidémique, et elles constituent un indicateur de la qualité des services de
santé.
-La prise en charge de ces infections est multidisciplinaire, et a pour objectif de les prévenir.
Définitions:
-Infection nosocomiale ou infection hospitalière est une infection contractée à l'hôpital qui affecte:

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 Soit le malade, du fait de son admission à l'hôpital ou des soins qu'il a reçu en tant que patient hospitalisé
ou en traitement, "Infections Associées aux Soins ambulatoire" ( Les soins ambulatoires (ou soins de ville)
sont les soins effectués en cabinets de ville, dispensaires, centres de soins, lors de consultations externes
d'hôpitaux publics ou privés)
 Soit le personnel soignant du fait de son activité ; accident par exposition au sang (AES) avec
contamination voire infection : virale (VIH, hépatite B et C), bactérienne ou fongique.
- Un délai d'au moins 48h après l'admission est communément accepté pour distinguer une infection
d'acquisition communautaire d'une infection nosocomiale.
- Ce délai est prolongé à 30 jours si une chirurgie a été pratiquée, et à 1 an si un matériel a été mis en place au
cours de l'acte chirurgical (prothèse).
Modes de transmission:
a. Voie endogène : le malade s'infecte avec ses propres germes à la faveur d'un acte invasif (porte d'entrée)
et/ou en raison d'une fragilité particulière. .
b. Voie exogène : il peut alors s'agir :
-d'infections croisées: transmises d'un malade à l'autre par les mains ou les instruments de travail du
personnel.
-d'infections provoquées: par les micro-organismes du personnel porteur d'infections, liées à la contamination
de l'environnement hospitalier : eau (ex : légionellose), air, matériel, alimentation.

Facteurs favorisants les infections nosocomiales:

Plusieurs facteurs interviennent dans la survenue des IN:
- La concentration importante des germes en milieu hospitalier.
- La gravité des pathologies sous-jacentes (défaillances multi- viscérales, polytraumatisme, plaies opératoires)
car elle diminue les moyens de défense de l'organisme.
- Les procédures invasives à visées diagnostiques ou thérapeutiques (acte ou dispositifs invasifs) .
- Personnes âgées
- Défaut d'application des règles d'hygiène et d'asepsie (manque de formation, problème de matériel,
conception architecturale des services).

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 Agents infectieux impliqués:
-Les micro-organismes responsables des infections nosocomiales sont:
a. Les bactéries : dans 2/3 des cas, les plus souvent en cause:
 Entérobactéries: Eschérichia Coli, [Link], Enterobacter cloacae, ...
 Staphylococcus aureus ; Enterococcus,..
 Pseudomonas aeruginosa; Acinetobacetr baumanii,...
-La majorité des agents infectieux impliqués dans les infections nosocomiales sont des commensaux=
colonisent l'organisme (généralement la peau ou les muqueuses) sans provoquer de maladie (E. Coli,
Staphylococcus aureus).
-De plus en plus, dans les IN, on assiste à une augmentation de la fréquence des Bactéries multi résistantes aux
antibiotiques (BMR), en particulier:
 Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM),
 Entérobactéries productrices de BLSE (EBLSE=beta-lactamase à spèctre élargi),
 Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumanii résistants à l'imipénème,
 Enterococcus résistants aux glycopéptides (vancomycine).
Actuellement, on assiste à l'apparition de bactéries hautement résistantes émergentes (BHRe), représentées par
les Entérobactéries productrices de carbapénèmases et Enterococcus faecium résistant aux glycopéptides.
b. Les virus: on peut avoir
 IN respiratoires virales : virus de la grippe, Virus Respiratoire Syncytial, Corona Virus (SARS-CoV-2), virus
de la rougeole,...
 Gastro-entérites nosocomiales virales: Norovirus, Rotavirus,...
 Hépatites virales nosocomiales: HBV, HCV
 Autres : Enterovirus,
Les principales infections nosocomiales:
a. Infections urinaires (IU):
-L'IU représente 40% des infections nosocomiales (1er rang).
-E. Coli reste la cause prédominante, suivi par les Entérocoques, P. aeruginosa et les autres Entérobactéries.
-Le principal facteur de risque de l'infection urinaire nosocomiale est l'existence d'une sonde urétrale qui
multiplie par plus de 10 le risque d'IU.
b. Pneumopathies nosocomiales (PN):
-La fréquence des PN est de 10 à 15%.
-En réanimation, elles sont très fréquentes, car représentent 30% des IN.
-La source principale est la flore oropharyngée et les bactéries d'origine digestive qui colonisent les voies
respiratoires par voie ascendante et rétrograde.
-Le décubitus favorise les micro-inhalations par reflux, l'existence d'une sonde gastrique et les antiacides
altèrent la barrière gastrique et favorisent cette colonisation.
-La ventilation artificielle représente le facteur de risque principal, car multiplie par 20 le risque de cette
infection (X20).
c. Infections du site opératoire (ISO):
-Les ISO sont définies comme des infections survenant dans les 30 jours après l'intervention ou dans l'année
qui suit l'intervention s'il y a mise en place d'une prothèse ou d'un implant.

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-L'infection du site opératoire survient chez 3 à 7% des opérés. Les ISO sont superficielles dans 50 à 60% des cas,
mais dans 20 à 30% des cas, elles sont profondes et nécessitent une reprise chirurgicale.
d. Bactériémies / septicémies:
-Elles représentent environ 6% des IN. C'est une cause fréquente de mortalité attribuable à l’IN.
-Les dispositifs intra vasculaires sont la source principale.
e. Infections sur KT=cathéter vasculaire:
-Elles représentent environ 4% des IN.
-En réanimation, les patients ont un ou plusieurs dispositifs intra vasculaires :
 Voie veineuse périphérique,
 Voie veineuse centrale,
 KT artériel.
-Les dispositifs intra-vasculaires représentent des portes d'entrée aux infections du fait de la rupture de la
barrière naturelle cutanée.
Conséquences des infections nosocomiales:
Les infections nosocomiales ont un coût à la fois humain et économique
-les IN augmentent la morbidité et la mortalité chez les patients.
-Les infections nosocomiales les plus souvent associées au décès sont les bactériémies et les pneumopathies.
- La charge de travail du personnel s'en trouve augmentée (soins, TRT lourd, isolement technique et parfois
géographique)
- La lourdeur du traitement et les précautions employées majorent l'angoisse du patient et de ses proches.
- Le coût élevé de la prise en charge de ces infections.
Moyens de prévention des Infections associées aux soins:
-Lavage des mains: eau + savon:
a. simple: eau +savon (quand les mains
sont sales)
- avant début de travail, de manger, de
quitter le travail
- après : toilette, examen d’un patient,
avoir fait le lit
b. Hygiénique : eau+ savon+ solution
alcoolique / Friction alcoolique
- avant tout geste à haut risque ou invasif
(kt, sondage urinaire)
- après tout contact avec patient infecté
ou matériel ou équipement contaminés
c. Chirurgical: eau + savon+ alcool /Friction
hydro-alcoolique avant toute chirurgie
-Nettoyage (savon +détergent): mobilise les bactéries des surfaces
-La désinfection: par la chaleur ou chimique: tue les bactéries ou autre microorganismes, particulièrement les
formes végétatives. Il existe plusieurs désinfectants.
-La stérilisation: destruction totale de toute forme de vie bactérienne par:

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  chaleur sèche: abandonnée,
 chaleur humide : autoclavage, technique de référence
 chimique: glutaraldéhyde, formaldéhydes
-Vaccination du personnel: contre l'hépatite B, la grippe, ...
-Isolements des patients: soit géographique ou technique
3/PROTECTION DU PERSONNEL SOIGNANT:
-Les professionnels de soins et les personnels de laboratoire sont exposés à des risques infectieux variables selon
l’activité.
-La contamination peut se produire par voie respiratoire (par inhalation de particules infectieuses véhiculées par
des aérosols) ou digestive (directe : par ingestion accidentelle ou indirecte : par portage à la bouche d’objets
souillés).Elle peut également survenir par voie cutanéo-muqueuse (en cas d’accident exposant au sang (AES)).
-Les accidents exposant au sang (AES): on appelle AES tout contact accidentel avec :du sang ou un liquide
biologique contenant du sang et comportant:
 une effraction cutanée (piqûre, coupure)
 projection sur une muqueuse (œil, bouche) ou une peau lésée.
Risques infectieux:
-Agents infectieux : le risque de transmission lors d'un AES concerne l'ensemble des microorganismes
véhiculés par le sang ou les liquides biologiques (bactéries, virus, parasites et champignons). L’essentiel du
risque infectieux après un AES est représenté par les 3 principaux virus hématotropes : VHB, VHC et VIH.
-Les professionnels exposés aux AES : sont les infirmiers, les sages femmes, les chirurgiens dentistes, les
médecins pratiquant souvent des infiltrations ou anesthésies sous-cutanées (rhumatologues,
dermatologues), les biologistes, les radiologues pratiquant des actes de radiologie interventionnelle, les
anatomopathologistes et les techniciens de laboratoire,...
-Facteurs favorisants : le risque de contamination après un AES dépend de :
- La prévalence de l’infection dans la population.
- La fréquence d’un portage chronique de l’agent infectieux chez les malades infectés.
- La quantité d’agent pathogène présente dans le sang des porteurs chroniques.
- L’inoculum injecté au cours de l’AES.
Prévention des AES:
Les mesures préventives reposent essentiellement sur Trois précautions « standards » capitales qui sont :
1– ne jamais recapuchonner les aiguilles.
2– avoir toujours à portée de mains un conteneur pour instruments piquants ou tranchants.
3– porter des gants pour tout geste à risque de contact avec du sang.

D’autres précautions sont utiles :

-port de surblouses, lunettes, masques si risque de contact avec le sang ou les produits biologiques

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(intervention chirurgicale, gestes de réanimation)
-décontamination, stérilisation ou élimination des matériels souillés (bloc opératoire, salle
d’accouchement...)
-nettoyage et désinfection des surfaces souillées par du sang
-respect des règles de transport de prélèvements biologiques
-vaccination du personnel soignant contre l’hépatite B.
Conduite à tenir en cas d’AES:
La conduite à tenir après un AES doit être connue de tous et faire l’objet d’une procédure écrite, affichée
dans les locaux de soins.
1-Nettoyer et désinfecter immédiatement (dans les 5 minutes):
 En cas de piqûres, blessures ou contact direct du liquide biologique sur une peau lésée :
- nettoyage immédiat de la zone cutanée lésée à l’eau et au savon puis rinçage abondant
- antisepsie avec de l’eau de javel à 12° diluée au 1/10 ou à 2,6°, ou à défaut de la Bétadine® en
solution ou de l’alcool à 70°.
 En cas de projection sur une muqueuse : rinçage abondant à l’eau ou au sérum physiologique
2- Obtenir un avis médical :
- évaluation des risques de transmission virale.
- prescription éventuelle d'une prophylaxie.
3- Evaluer le risque infectieux chez le patient source :
Rechercher les sérologies : VIH, VHC, VHB, la notion d’antécédents transfusionnels (sérologies déjà
réalisées ou à réaliser en urgence après accord du patient).
4- Poser l'indication du traitement post-exposition :
-L'indication du traitement post-exposition dépend:
 du risque,
 de la nature de l'exposition
 du statut sérologique du patient source.
Risque et nature de l'exosition Patient source
Connu infecté par le VIH et test Sérologie inconnue
rapide positif
Important Prophylaxie recommandée Prophylaxie recommandée
Piqure profonde, aiguille creuse, uniquement si patient source ou
dispositif intraveineuse (artériel situation à risque.
ou veineux)
Intermédiaire Prophylaxie recommandée Prophylaxie non recommandée
-coupure avec bistourie.
-piqure avec aiguille IM ou sous-
cutanée.
-piqure avec aiguille pleine.
-exposition cutanéomuqueuse
avec temps de contact sup à 15
min (nrmlm "regarde le diapo")
Minime Prophylaxie non recommandée Prophylaxie non recommandée
-autres cas
-Piqures avec seringues
abandonnées
-morsures ou griffures

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-La prophylaxie VIH doit être débutée dans les 4 heures qui suivent l'AES et au plus tard dans les 48H
(trithérapie=consiste à associer trois classes d'antirétroviraux (ARV), qui agissent en bloquant certaines
étapes du cycle de réplication du virus pendant 1mois).
- Pour l'hépatite B, la prophylaxie débute dans les 48 h.
5-Reconnaitre l’origine professionnelle :
Déclaration de l'accident du travail dans les 24 à 48 heures après .
6. Suivi sérologique et clinique :
Surveillance ultérieure adaptée aux risques : sérologies initiales avant le 8 ème jour puis au 1er, 3ème et au
6ème mois.
CONCLUSION:
-La lutte contre les IAS concerne tous le personnel de l’hôpital (soignants, patients, administratifs, et les
visiteurs)
-La compréhension des bases microbiologiques des infections nosocomiales ou IAS aident à la maitrise des
principes impliqués dans son contrôle.
-La formation et l'information sont nécessaires dans la lutte des IAS/IN.
-Une stratégie de lutte contre les IAS/IN doit être rationnelle, réfléchie et multidisciplinaire.

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 Cocci Gram+ et Gram-
Généralités sur les cocci à Gram positif :
-Les cocci à Gram positif sont des bactéries de forme sphérique, d’apparence violette sous le microscope après
coloration de Gram. Ils s’organisent le plus souvent soit en amas, ce sont les staphylocoques, soit en chaînette,
ce sont les streptocoques et les entérocoques.
-Les cocci à Gram positif peuvent être différenciés, mise à part en microscopie, par leurs caractéristiques
biochimiques. En effet, certains d’entre eux produisent une enzyme : la catalase, capable de dégrader l’eau
oxygénée H2O2 en eau et en oxygène. Un test est rapidement effectué en laboratoire pour vérifier la présence
ou pas de cette enzyme chez la souche étudiée, c’est le test à la catalase. L’on dépose une goutte d’eau
oxygénée sur une lame, et l’on dépose par-dessus également un petit inoculum bactérien. Le test est positif si
des bulles apparaissent. Les bactéries qui produisent cette enzyme sont dites catalase positives, ce sont les
staphylocoques. Celles qui ne la produisent pas sont à l’inverse dites catalase négatives, ce sont les
streptocoques et les entérocoques.

A – Staphylococcus:
Introduction:
-Les staphylocoques sont des cocci à Gram positif qui tendent à se grouper en amas dits en grappes de raisin
nets dans des préparations faites à partir de cultures sur milieux solides.
-Ils poussent aisément sur milieux usuels (c.a.d peut se développer facilement sur des milieux couramment
utilisés en laboratoire pour cultiver des microorganismes)

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-Ils sont catalase positifs et oxydase négatifs, aérobies-anaérobies facultatifs (peuvent survivre et se développer
dans des environnements à la fois aérobies (en présence d'oxygène) et anaérobies (en absence ou en présence
limitée d'oxygène). Ces bactéries sont dites "facultatives" car elles peuvent passer d'un métabolisme aérobie à un
métabolisme anaérobie en fonction des conditions environnementales), fermentant le glucose sans gaz (c.a.d
capables de métaboliser le glucose par fermentation, mais elles n'émettent pas de gaz comme sous-produit de ce
processus métabolique. La fermentation est une voie métabolique anaérobie dans laquelle les bactéries
dégradent les glucides en l'absence d'oxygène pour produire de l'énergie).
-Une espèce, Staphylococcus aureus (staphylocoque doré), tient une place très importante dans les infections
communautaires et nosocomiales.
-Les staphylocoques sont différenciés entre eux par la fabrication ou non d’une enzyme : la coagulase. Elle a la
capacité de « coaguler » le plasma sanguin par fibrinogenèse. Un test rapide permet de mettre en évidence sa
présence : le test à la coagulase. L’on dépose un inoculum bactérien sur une lame qui a été imbibée de plasma
sanguin. Le test est dit positif s’il y a agglutination. Si le test est positif, le staphylocoque est dit à coagulase
positive, il s’agira de Staphylococcus aureus. S’il est négatif, le staphylocoque est dit à coagunase négative (SCN)
et il pourrait s’agir de Staphylococcus epidermidis ou de Staphylococcus saprophyticus.
I – Staphylococcus aureus:
La bactérie cultive facilement sur les milieux usuels et aussi sur des milieux riches en NaCl. Elle doit son nom
d’espèce à l’aspect pigmenté de ses colonies. Elle possède une coagulase (enzyme provoquant la coagulation du
plasma), ce qui la distingue de la plupart des autres espèces de staphylocoques, et peut produire de nombreuses
toxines.
1 – Habitat :
La bactérie est très répandue chez l’homme et dans de nombreuses espèces animales. Chez l’homme, environ
un tiers des sujets sont des porteurs sains qui hébergent la bactérie au niveau des muqueuses (principalement
les fosses nasales) et des zones cutanées humides (périnée, aisselles).
2- Transmission :
la transmission interhumaine s’opère généralement par contact direct (manu portage=par les mains). Elle peut
aussi être indirecte par les vêtements, la literie ou les aliments.
Des épidémies à caractère nosocomial peuvent survenir.
3 - Pouvoir pathogène: panaris
a- Lésions suppurées :
Les plus fréquentes sont cutanées et sous-cutanées : folliculite (follicule pileux:
papulo-pustule), furoncle (infection bactérienne profonde d’un follicule pileux),
anthrax (résultant de groupement de plusieurs furoncles), impétigo bulleux,
panaris, surinfection de plaies traumatiques ou postopératoires, mastites chez
les femmes qui allaitent.
S. aureus tient également une place dominante dans les
infections osseuses primitives (ostéomyélite) ou post-
chirurgicales, ainsi que dans les arthrites suppurées. Des
atteintes pulmonaires peuvent s’observer chez le
nourrisson et chez les malades sous ventilation assistée,
elles peuvent parfois se compliquer de pleurésie purulentes.

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 b- Septicémies et endocardites :
Les lésions suppuratives peuvent se compliquer de septicémie.
-Une forme particulière est la staphylococcie maligne de la face. Elle a pour origine un furoncle de la lèvre ou de
la narine.
-En milieu hospitalier, les septicémies à [Link] représentent une proportion importante des septicémies
d’origine nosocomiale. La porte d’entrée est souvent un cathéter intra vasculaire. Toutefois certaines
septicémies surviennent sans porte d’entrée apparente.
-Les septicémies à S. aureus se compliquent volontiers de métastases septiques notamment au niveau du
poumon et de l’appareil ostéo-articulaire, plus rarement au niveau de l’appareil urinaire ou du système
nerveux central.
La complication le plus redoutée est l’endocardite infectieuse, apparaissant sur une valve préalablement lésée,
et aboutissant à une destruction complète de la valve atteinte. Si le traitement antibiotique n’est pas prescrit à
temps, la chirurgie est inévitablement envisagée.
c- Manifestations d’origine toxinique :
-S. aureus est responsable d’intoxications alimentaires à incubation courte (quelques heures). Ces intoxications
sont dues à l’ingestion d’aliments contaminés par le personnel les manipulant et conservés trop longtemps à
température ambiante.
-L’infection à S. aureus est parfois à l’origine d’un syndrome dit de choc toxique staphylococcique. Ce syndrome
associe une fièvre élevée, un rash scarlatiniforme (éruption cutanée), de la diarrhée et une hypotension
accompagnée de signes de défaillance polyviscérale. Il est parfois cause de mortalité. Le point de départ peut
être d’une suppuration localisée à S. aureus.
-Dans certains cas, l’infection staphylococcique peut s’accompagner d’une éruption scarlatiniforme sans état de
choc associé.
-L’infection cutanée à S. aureus peut se traduire chez le nouveau-né par une dermite exfoliatrice (maladie de
Ritter) et chez le nourrisson par un syndrome sévère dû à un décollement étendu de la couche superficielle
de l’épiderme (aspect de peau ébouillantée).
Maladie de Ritter von Rittersheim Ou dermatite exfoliatrice du nouveau-né, est une maladie
infectieuse due au Staphylococcus aureus. C’est une staphylococcie dite toxinique, où c’est
l’exotoxine seule qui est là cause des symptômes, qui touche plus volontiers les bébés à la
naissance, surtout en cas d’épidémie dans les maternités. Elle se manifeste par un décollement
épidermique accompagné d’une intense altération de l’état général. La mortalité est de 15%.
Ce syndrome est aussi appelé syndrome de la peau ébouillantée.
4 – Facteurs de pathogénicité :
a- Protéine A :
La paroi de S. aureus contient un constituant, la protéine A, qui a la propriété de fixer les
immunoglobulines G par leur région Fc, ce qui pourrait interférer avec leur action
opsonisante (La bactérie échappera à l’opsonisation par les anticorps (qui rappelons-le
nécessite la reconnaissance et la liaison à l’antigène par le fragment Fab).
b- Adhésines :
La bactérie possède des adhésines et un récepteur pour la fibronectine qui jouent un rôle dans son adhésion
aux tissus (en particulier aux valves cardiaques) et au matériel étranger. Elle possède aussi un récepteur pour le
fibrinogène (Clumping Factor)

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C- Enzymes :
S. aureus produit différentes enzymes qui peuvent favoriser sa diffusion et une coagulase qui favorise la
constitution de thrombophlébites septiques.
D- Toxines :
S. aureus peut produire de nombreuses toxines :
1-hémolysines : toxines à action cytolytique
2- leucocidine : cytolytique pour les cellules phagocytaires, elle est habituellement présente dans les
souches provoquant des furoncles et joue un rôle important dans la formation de pus.
3-Entérotoxines : il existe 6 variétés ayant des spécificités immunologiques différentes (désignées par les
lettres A à F) mais possédant les mêmes activités biologiques. Ces exotoxines protéique sont
thermostables et résistent aux enzymes digestives. Ces dernières libérées dans les aliments sont
responsables d’intoxications alimentaires. Une toxine particulière, TSST-1 (Toxic Shock Syndrome Toxin),
est impliquée dans la majorité des cas de syndrome de choc toxique staphylococcique.
4-l’exfoliatine (il existe 2 variétés A et B) est responsable du décollement intra-épidermique observé au
cours de l’impétigo bulleux (infection cutanée superficielle bactérienne très contagieuse ).
5 – Diagnostic bactériologique:
a- Diagnostic direct:
Il repose sur l’isolement de la bactérie au niveau des lésions ou par hémoculture en cas de septicémie. Des
milieux sélectifs (milieux chapman) peuvent être utilisés pour des prélèvements portant sur des régions où la
flore commensale est abondante.
-Dans des cas très particuliers, des laboratoires spécialisés peuvent rechercher si la bactérie isolée possède ou
non des toxines pouvant expliquer le tableau clinique.
-L’étude de la sensibilité aux antibiotiques est indispensable, en particulier la recherche du caractère méti-R
(résistantance à la méticilline) qui nécessite des techniques particulières.
b- Diagnostic indirect:
Le dosage des anticorps antistaphylococciques n’est réalisé qu’exceptionnellement : intérêt dans certaines
infections d’évolution subaiguë décapitées par une antibiothérapie mal adaptée. Il ne remplacera jamais le
diagnostic direct qui reste le meilleur moyen d’identification des germes.
6 – Traitement et prévention:
-Le choix de l’antibiothérapie sera guidé par l’antibiogramme et le contexte clinique.
-Les souches communautaires sont généralement résistantes aux pénicillines G et A mais sensibles aux
pénicillines M (et aux céphalosporines).
-Elles sont souvent sensibles aux macrolides, aux synergistines et aux fluoroquinolones.
-Parmi les souches isolées en milieu hospitalier, environ un tiers sont résistantes à toutes les bêta-lactamines
(souches méti-R) et sont en règle multirésistantes. Souvent seuls les glycopeptides restent actifs sur ces
souches.
7-Prévention:
La prévention des infections nosocomiales repose sur un strict respect des règles d’hygiène et en particulier le
lavage des mains. Il n’existe pas de vaccination efficace.
II – Autres staphylocoques:
Ils sont parfois désignés sous le nom de staphylocoques à coagulase négative. Leur identification repose sur des
caractères biochimiques. L’espèce la plus couramment isolée est S. epidermidis.

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S. epidermidis:
-C’est un commensal de la peau et des muqueuses. Il peut contaminer des prélèvements superficiels et même
des prélèvements obtenus par ponction transcutanée (comme les hémocultures).
-S. epidermidis peut se comporter comme une bactérie opportuniste et provoquer des infections chez les sujets
porteurs de matériel étranger (cathéter intravasculaire, dérivation ventriculaire, prothèse ostéo-articulaire). -
Cette bactérie a en effet la propriété de former des biofilms sur du matériel étranger.
-L’infection locale peut être le point de départ d’une septicémie.
-S. epidermidis peut aussi être responsable de péritonite chez les sujets en dialyse péritonéale
prolongée et d’endocardite chez des sujets présentant des lésions cardiaques. Les souches acquises en milieu
hospitalier sont souvent très résistantes aux antibiotiques.
-Ce qui permet de faire la différence entre une infection à S. epidermidis et une simple contamination du
prélèvement, c’est l’isolement répété d’une souche
ayant les mêmes caractères, ainsi que le contexte
clinique.
B – Streptococcus:
1- Introduction:
Les bactéries appartenant au genre Streptococcus sont
des cocci à Gram positif se disposant en chaînettes plus
ou moins longues. Elles ont un métabolisme anaérobie
mais peuvent cultiver en présence d’oxygène, on dit qu’elles sont anaérobies aérobies tolé[Link] culture
nécessite habituellement des milieux riches.
Toutes les espèces se caractérisent par l’absence de catalase et l’utilisation de la voie fermentaire pour la
dégradation de certains sucres sans production de gaz.
2- Classification:
Pour classer les streptocoques, un premier élément
d’orientation est le caractère d’hémolyse entourant les
colonies sur une gélose au sang frais.
On distingue les streptocoques β-hémolytiques produisant
une hémolyse complète (lyse totale des globules rouges),
les streptocoques α-hémolytiques, transformant l’hémoglobine en biliverdine, leurs colonies sont entourées
d’un halo verdâtre produisant une hémolyse incomplète, d’où leur nom courant de sreptococcus viridans et les
streptocoques gamma hémolytiques enfin ne produisent aucune modification et sont donc en réalité non
hémolytiques.
La caractérisation d’un antigène polysaccharidique « C » de la paroi permet ensuite de situer les streptocoques
parmi les groupes sérologiques de Lancefield (A, B, C, etc.).
-L’identification est complétée au besoin par l’étude de caractères biochimiques.
 Les streptocoques alpha et gamma hémolytiques sont ceux que l’on trouve dans la bouche, l’arrière du nez et
la gorge et sont donc commençaux normaux.
Si toutefois ils sont introduits dans le sang, ce qui est le cas lors d’extractions dentaires et amygdalectomies,
ils peuvent s’implanter au niveau des valves cardiaques, surtout si elles sont lésées entrainant une
endocardite subaiguë (maladie d’OSLER).

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 Certaines variétés de ces streptocoques buccaux interviennent dans la genèse des caries dentaires
notamment streptocoque mutants (notamment streptococcus mutans) transforment les sucres en dextrans
(substance gélatineuse qui colle aux dents).
 Les streptocoques béta hémolytiques ne sont pas présents en règle générale, mais (5 à10%) d’individus
normaux surtout les enfants peuvent être porteurs de germes et le rester longtemps plus ou moins 02ans et
les transmettre ce qui explique l’assez longue durée et la persistance des épidémies.
Le genre Streptococcus comprend de nombreuses espèces dont l’habitat et le pouvoir pathogène diffère
considérablement. Plusieurs espèces tiennent une place importante dans la pathologie infectieuse
communautaire.
1 – Streptococcus pyogenes (ou streptocoque du groupe A): C’est un streptocoque bêta-hémolytique.
Ils appartiennent au groupe A de Lancefield. Ils sont anaérobies préférentiels aérotolérants.
a – Habitat :
La bactérie est présente essentiellement chez l’homme. Son habitat habituel est le pharynx mais on peut la
trouver également sur la peau. Beaucoup de sujets sont porteurs sains.
b – Transmission :
Elle se fait surtout par voie aérienne, ou par contact direct.
c – Pouvoir pathogène :
S. pyogenes est responsable d’une part d’infections courantes (angines, impétigo) généralement bénignes et
d’autre part d’affections pouvant être graves.
♦ Angines et scarlatine:
les streptocoques du groupe A sont responsables d’angines érythémateuses ou érythémato-pultacées. Elles
surviennent surtout chez l’enfant d’âge scolaire.
Au cours de la scarlatine, l’angine s’accompagne d’une éruption cutanée en nappe prédominant aux plis de
flexion et de modifications caractéristiques de la langue (aspect framboisé).
L’éruption est suivie d’une desquamation plus ou moins prononcée.

♦ Infections cutanées superficielles :

-S. pyogenes est la cause d’une partie des impétigos de l’enfant ; il est parfois associé à Staphylococcus aureus.
L’impétigo est une affection contagieuse touchant surtout les milieux défavorisés.
-S. pyogenes est aussi responsable de l’érysipèle, dermo-épidermite
d’extension rapide, accompagnée d’un syndrome infectieux sévère,
survenant volontiers chez les sujets âgés, siégeant à la face ou à la
jambe.
-Enfin, S. pyogenes peut surinfecter des plaies ou des brûlure
♦ Autres localisations : elles sont plus rares. La bactérie peut
provoquer des endométrites (dans les suites de couches) ou des pneumonies.
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♦ Infections invasives :
S. pyogenes peut provoquer, à partir d’une lésion initiale souvent
minime, une cellulite ou un syndrome de haute gravité appelé
fasciite nécrosante ou gangrène streptococcique.
♦ Syndrome de choc toxique streptococcique :
il est secondaire à une infection streptococcique localisée, le plus souvent sous-cutanée. Il ressemble au choc
toxique staphylococcique et s’accompagne d’une défaillance polyviscérale. Son pronostic est sévère.
♦ Septicémie : elle peut compliquer une infection cutanée (érysipèle ou plaie infectée) ou une infection invasive.
♦ Complications post-streptococciques : elles surviennent surtout chez l’enfant et l’adulte jeune.
Une angine streptococcique peut être suivie d’un rhumatisme articulaire aigu; il survient après un intervalle
libre de quatre semaines, elle se traduit par un rhumatisme inflammatoire et dans certains cas par une atteinte
cardiaque pouvant laisser des séquelles valvulaires. Les lésions ne contiennent pas de bactéries.
Une angine ou un impétigo peuvent être suivis d’une glomérulo-néphrite aiguë (GNA) plus rarement d’une
chorée.(une maladie infectieuse neurologique secondaire à une infection streptococcique. Elle est caractérisée
par des mouvements involontaires des muscles du tronc et des membres supérieurs)
d – Facteurs de pathogénicité :
♦ Protéine M de la paroi : Elle a une action antiphagocytaire et une fonction d’adhésine.
♦ Toxines : S. pyogenes produit deux hémolysines, les streptolysines O et S. ce sont des toxines cytolytiques. La
streptolysine O (SLO) est antigénique ; les infections à S. pyogenes sont suivies d’une élévation des anticorps
anti-SLO (ASLO) qui permettent un diagnostic rétrospectif.
Certaines souches de S. pyogenes produisent des toxines érythrogènes (gène porté par un prophage), ces
toxines sont impliquées dans la scarlatine et le syndrome de choc toxique streptococcique.
♦ Enzymes : S. pyogenes excrète diverses enzymes qui pourraient favoriser sa diffusion (hyaluronidases, DNAses,
protéases, streptokinase).
e – Diagnostic bactériologique :
♦ Diagnostic direct :
 en cas d’angine, le prélèvement doit porter sur la loge amygdalienne.
-La culture sur gélose au sang permet de détecter les streptocoques bêta-hémolytiques et de caractériser
l’antigène spécifique du groupe A.
- En effet l’identification de l’espèce se fait par sérogroupage des colonies hémolytiques qui doivent
agglutiner des particules de latex sensibilisées avec des anticorps anti-streptocoques du groupe A.
-La croissance des colonies de streptococcus pyogenes est inhibée autour d’un disque de bacitracine.
 Pour les autres localisations, le prélèvement portera sur le site de l’infection et sera au besoin associé à des
hémocultures.
♦ Diagnostic indirect ou sérologique :
Les anticorps antistreptolysine O (ASLO) et les anti-hyaluronidase peuvent être recherchés ils donnent des
indications sur l’infection. Les ASH augmentent plus dans les infections cutanées. Le taux des ASLO n’augmente
pas après une infection cutanée à streptococcus pyogènes
.On peut rechercher les anticorps contre SLO ou des enzymes comme la streptokinase, la DNAse, le taux de ces
anticorps augmente au décours d’une infection streptococcique ce qui peut être utilisé pour un diagnostic
rétrospectif.
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f – Traitement :
S. pyogenes est resté très sensible à la pénicilline G (et aux aminopénicillines). En cas d’allergie à la pénicilline on
peut recourir aux macrolides. Le traitement des angines à [Link] vise à prévenir les complications post-
streptococciques. Pour la prévention des rechutes de rhumatisme articulaire aigu, on dispose de formes de
pénicilline retard.
2 – Streptococcus agalactiae (ou streptocoque du groupe B):
S. agalactiae est un streptocoque bêta-hémolytique appartenant au groupe B de Lancefield.
Beaucoup de sujets sont porteurs de la bactérie au niveau de leurs muqueuses (intestinales et vaginales
surtout). La colonisation vaginale est présente chez 10 à 20 % des femmes et entraîne souvent une
colonisation du nouveau-né.
a – Pouvoir pathogène :
-Le nouveau-né, contaminé avant ou pendant l’accouchement, peut développer une infection précoce
(dans les premiers jours) ou tardive (dans les premières semaines). Dans le premier cas, l’infection entraîne
habituellement une septicémie accompagnée souvent de pneumopathie. Dans les formes tardives, on
observe surtout des méningites et parfois d’autres localisations (ostéo-articulaires en particulier).
-Chez l’adulte, les infections sont plus rares et se rencontrent surtout sur des terrains particuliers :
grossesse et post-partum, ou bien terrain fragilisé (diabète).
L’infection peut porter sur les tissus cutanés et sous-cutanés, l’appareil ostéo-articulaire, les voies
urinaires. On peut observer aussi des septicémies, des méningites et des endocardites.
b – Facteurs de pathogénicité :
S. agalactiae possède une capsule polysaccharidique qui possède un effet antiphagocytaire.
c – Diagnostic bactériologique :
Il repose sur l’isolement de la bactérie au niveau des zones normalement stériles (sang, LCR). La recherche
d’antigènes solubles dans le LCR permet un diagnostic rapide mais sa sensibilité est limitée. La recherche de la
colonisation chez la femme enceinte (au niveau vaginal), chez le nouveau-né (prélèvements superficiels et
gastriques) peuvent apporter des éléments aidant à la décision thérapeutique.
d – traitement :
S. agalactiae est très sensible à la pénicilline G
3 – Streptococcus pneumoniae: (non groupable selon Lancefield)
-Il tient une place à part dans le genre Streptococcus et
conserve la dénomination commune de pneumocoque.
-Sa morphologie le distingue des autres membres du genre
Streptococcus, car il a plus souvent un aspect de
diplocoque qu’un groupement en courtes chaînettes. Les
colonies ont un aspect souvent caractéristique et sont
α-hémolytiques. C’est une bactérie fragile, ayant tendance à s’autolyser facilement dans les cultures.
Les pneumocoques pathogènes sont entourés d’une capsule bien visible. Ne possède pas de catalase.
Sensible à l’optochine (culture inhibée par un disque d’optochine déposé sur la gélose).
a-Habitat :
C’est une bactérie spécifiquement humaine, souvent présente à l’état commensal dans les voies aériennes
supérieures (rhino-pharynx).
b- Transmission :
Elle est interhumaine et se fait par voie aérienne

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c- Pouvoir pathogène :
Le pneumocoque est la bactérie qui est responsable du plus grand nombre de décès parmi les infections
communautaires. Les infections à pneumocoques sont plus fréquentes pendant la saison froide.
♦ Infections des voies respiratoires :
Le pneumocoque tient une place prédominante parmi les infections bactériennes des voies respiratoires.
Il est l’agent de la pneumonie franche lobaire aiguë et d’une façon générale de la majorité des
pneumonies bactériennes. La pneumonie à pneumocoques est fréquente chez l’enfant et chez le sujet âgé.
Elle peut s’accompagner de bactériémie. Elle entraîne une mortalité importante sur les terrains fragilisés.
Le pneumocoque est aussi l’agent le plus souvent impliqué dans les infections ORL bactériennes, surtout
chez l’enfant.
♦ Méningites :
Le pneumocoque est l’un des principaux agents responsables de méningites bactériennes. L’atteinte
méningée est parfois liée à une infection de voisinage (mastoïdite) ou une fracture de la base du crâne qui
peut être méconnue. Dans ce dernier cas des récidives sont possibles.
La méningite à pneumocoques entraîne une mortalité élevée (de l’ordre de 20%).
♦ Autres localisations :
Le pneumocoque est responsable de bactériémies au cours desquelles diverses séreuses peuvent être
atteintes, ce qui peut entraîner arthrite, péritonite, péricardite ou pleurésie. Une endocardite peut
également survenir.
Les infections à pneumocoque sont d’une fréquence ou d’une sévérité anormale lorsqu’il existe des
anomalies du système immunitaire (agammaglobulinémie, déficit en complément, infection par le VIH,
splénectomie, myélome).
d- Facteurs de pathogénicité :
♦ Capsule:
Le pneumocoque possède une capsule polysaccharidique qui exerce une action antiphagocytaire. La perte de la
capsule entraîne la perte de la virulence.
♦ Autres facteurs:
Diverses adhésines permettent la colonisation. L’hémolysine (pneumolysine) joue aussi un rôle dans le pouvoir
pathogène.
e - Diagnostic bactériologique:
Les prélèvements porteront sur le site de l’infection et seront complétés par des hémocultures en cas de
syndrome infectieux sévère (pneumonie, méningite).
L’examen direct peut apporter un élément d’orientation en montrant des diplocoques à Gram positif.
Le diagnostic repose sur l’isolement de la bactérie par culture
f – Traitement:
-Le traitement de choix est habituellement la pénicilline G (ou la pénicilline A) mais un nombre croissant de
souches de sensibilité diminuée aux -lactamines sont apparues.
Le traitement des méningites à pneumocoques de sensibilité diminuée aux -lactamines pose un problème
difficile et nécessite la détermination de la CMI (concentration minimale inhibitrice) vis à vis des
différentes -lactamines afin de choisir celle qui a la CMI la plus basse.
-Il existe un vaccin de nature polysaccharidique recommandé chez les sujets fragiles.
C – Enterococcus:
Le genre Enterococcus est constitué de cocci à Gram positif groupés par paires ou en courtes chaînettes. Il se
distingue du genre Streptococcus: par des caractères génotypiques , par sa capacité à cultiver sur des milieux de
culture ordinaires (non enrichis), et même hostiles (concentration élevée de NaCl), ceci explique d’ailleurs leur
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persistance dans l’environnement. Et par leur résistance aux antibiotiques
habitat et leur résistance aux antibiotiques expliquent que les entérocoques soient responsables de plus de
10% des infections nosocomiales.
2 – Pouvoir pathogène :
Les entérocoques peuvent être impliqués dans les infections urinaires et les endocardites.
On les trouve dans les suppurations intra abdominales, en général associés à d’autres bactéries. Les infections
localisées peuvent être à l’origine de bactériémies. La place des entérocoques dans les infections nosocomiales
tend à augmenter.
3 – Diagnostic bactériologique: Il repose sur l’isolement de la bactérie au site de l’infection ou par
hémoculture.
4 – Traitement :
Les entérocoques sont peu sensibles aux pénicillines et présentent une résistance naturelle vis-à-vis des
céphalosporines. La synergie des pénicillines avec les aminosides n’existe que lorsque la résistance aux
aminosides est de bas niveau. Ces dernières années, la résistance aux glycopeptides est apparue.
Généralité sur COCCI A GRAM NEGATIF:
Les cocci à Gram négatif sont des bactéries aéro-anaérobies facultatifs de forme ovalaire, de coloration
rose sous le microscope après la coloration de Gram. Ils s’arrangent le plus souvent en diplocoques. L’on
distingue deux genres principaux de diplocoques à Gram négatif : le genre Neisseria et le genre Moraxella.
On ne peut clairement pas distinguer entre ces deux genres bactériens visuellement, pour ce faire, il faut
avoir recours aux tests biochimique : le genre Neisseria métabolise le saccharose tandis que le genre
Moraxella en est incapable. Le cours va se concentrer sur le genre Neisseria uniquement.
Il comprend différentes espèces dont deux sont pathogènes : N. meningitidis et N. gonorrhoeae.
A – Neisseria meningitidis [Link], ou méningocoque: est une bactérie fragile ne cultivant que sur
des milieux riches, sous une atmosphère enrichie en CO2. Elle possède une capsule polysaccharidique
dont il existe plusieurs variétés permettant la classification en sérogroupes. Les groupes les plus fréquents
sont les groupes A, B, C, Y et W135.
Le groupe A est largement prédominant en Afrique, le groupe B en Europe.
1 – Habitat :
La bactérie est présente dans le rhinopharynx d’un grand nombre de sujets (porteurs sains). Elle est
spécifiquement humaine.
2 – Transmission :
La transmission se fait par voie aérienne. Elle peut être rapide dans les collectivités (milieu militaire ou
scolaire).
3 – Pouvoir pathogène :
Chez un petit nombre d’individus, la bactérie franchit la barrière muqueuse et gagne les méninges par voie
hématogène ou bien produit une septicémie (méningococcémie).
Méningite :
La méningite à méningocoque (ou méningite cérébro-spinale) survient surtout chez
l’enfant et l’adulte jeune. Elle s’accompagne parfois d’un purpura pétéchial. La maladie
peut provoquer des épidémies dans certaines collectivités (en milieu scolaire ou militaire)
mais des cas sporadiques peuvent exister. De grandes épidémies peuvent survenir dans les
pays en voie de développement, en particulier en Afrique sub-saharienne.
Septicémie :
Elle se traduit par un syndrome infectieux plus ou moins sévère et souvent la présence de pétéchies. Une

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forme particulière est le purpura fulminans où le
purpura est rapidement extensif et s’accompagne
d’un état de choc et de signes de coagulation intra-
vasculaire disséminée. Son pronostic est très
sévère.

4 – Facteurs de pathogénicité :
♦ Adhésines : Elles permettent l’adhésion de la bactérie aux muqueuses et sont donc impliquées dans le
processus de colonisation.
♦ Capsule : Elle permet de résister à l’action du complément et à la phagocytose. Les anticorps dirigés
contre la capsule (spécifiques de sérogroupe) permettent au complément d’exercer une action
bactériolytique. Les anticorps anticapsulaires sont donc protecteurs. Ils peuvent apparaître en réponse à
un portage au niveau du rhinopharynx ou à une vaccination. La capsule du sérogroupe B est très peu
immunogène.
♦ Lipopolysaccharide : il est impliqué dans les phénomènes de choc qui peut survenir au cours des
infections à méningocoques et dans leur forme majeure, le purpura fulminans.
♦ Autres facteurs : Le méningocoque possède une IgA protéase.
5 – Diagnostic bactériologique :
-Le diagnostic repose sur l’isolement de la bactérie à partir du LCR ou du sang. Les prélèvements doivent être
acheminés rapidement au laboratoire, en évitant leur exposition au froid.
L’examen direct du LCR montre des diplocoques à Gram négatif. La culture permet de confirmer l’identification,
de préciser le sérogroupe et de vérifier la sensibilité aux antibiotiques notamment la mesure de la CMI de la
pénicilline G.
-La recherche du méningocoque au niveau du pharynx n’a que peu de valeur.
6 – Traitement :
Le méningocoque est sensible aux bêta-lactamines. Ces dernières années, des souches ayant une sensibilité
diminuée aux pénicillines sont apparues (modification des gènes des PLP). Leur sensibilité aux céphalosporines
de 3ème génération n’est pas modifiée.
7 – Prévention :
-Méningite et septicémie à méningocoque sont à déclaration obligatoire.
-La chimioprophylaxie de l’entourage immédiat du malade doit être entreprise. Elle est à base de spiramycine
(5 jours).
- Il est possible d'utiliser la vaccination contre les groupes A, C, Y, W135 (deux vaccins disponibles : bivalent A-C
et tétravalent A-C-Y-W135). Elle est particulièrement utile dans les cas épidémiques.
- Il n’existe pas actuellement de vaccin efficace contre le méningocoque du groupe B.
B – Neisseria gonorrhoeae:
N. gonorrhoeae ou gonocoque est une bactérie très fragile, ne cultivant que sur un milieu riche, spécifique et
sous atmosphère enrichie en CO2.
1 – Habitat :
La bactérie est strictement humaine, présente dans les voies génitales.
2 – Transmission :
La transmission est sexuelle.

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3 – Pouvoir pathogène:
♦ Infection urogénitale : appelée aussi blennorragie, c’est une des infections sexuellement transmises (IST) les
plus fréquentes.
a – Chez l’homme : la blennorragie est une urétrite antérieure aiguë avec écoulement de pus parfois abondant
et une dysurie (chaude pisse). Elle survient après une incubation de 1 à 15 jours (3 à 5jours en général). Cette
urétrite peut être subaiguë et parfois asymptomatique. Des complications sont possibles : infections
ascendantes (orchite, épididymite, prostatite).
b – Chez la femme : les symptômes sont moins évocateurs. L’infection peut se traduire par une cervicite
(pouvant entraîner des leucorrhées) ou plus rarement par une urétrite, une bartholinite (une inflammation de la
glande vestibulaire majeure ou de ses canaux excréteurs). Dans près de la moitié des cas, l’infection passe
inaperçue. Des complications ascendantes peuvent survenir : salpingite (Inflammation de l'une ou des deux
trompes utérines dont les séquelles peuvent être cause de stérilité ou de grossesse extra-utérine), inflammation
pelvienne.
♦ Localisations extragénitales : on peut observer des infections pharyngées, rectales ou conjonctivales. Ces
dernières peuvent survenir chez le nouveau-né lorsque la mère est infectée entraînant une ophtalmie qui peut
causer la cécité. Des bactériémies peuvent parfois survenir entraînant volontiers des arthrites septiques.
4 – Facteurs de pathogénicité :
♦ Pili : ils jouent un rôle important dans l’adhésion du gonocoque aux muqueuses génitales et sont
indispensables à l’expression du pouvoir pathogène.
♦ Protéines de la membrane externe : certaines de ces protéines interviennent dans l’adhésion et l’invasion
des cellules épithéliales.
♦ Autres facteurs : IgA protéase, lipopolysaccharide qui joue un rôle dans les lésions cellulaires provoquées par
la bactérie.
5 – Diagnostic bactériologique :
Le diagnostic est direct, basé sur l’isolement de la bactérie par culture sur des milieux spécifiques.
Chez l’homme, le prélèvement porte habituellement sur l’écoulement urétral.
Chez la femme, les prélèvements portent sur l’urètre, l’endocol et la marge anale.
En fonction du contexte, les prélèvements pourront porter sur d’autres localisations.
Le gonocoque étant une bactérie très fragile, il est impératif d’ensemencer immédiatement les prélèvements ou
bien de les acheminer au laboratoire dans un milieu de transport adapté.
L’examen direct du prélèvement permet souvent un diagnostic présomptif chez l’homme, en mettant en
évidence des cocci à Gram négatif dans certains polynucléaires.
6 – Traitement :
Le gonocoque est devenu résistant aux pénicillines (Pénicilline G, Pénicilline A) par production d’une bêta-
lactamase plasmidique. Des résistances à la spectinomycine et aux tétracyclines sont également apparues. Le
traitement habituel repose sur les céphalosporines de 3ème génération ou les fluoroquinolones.
7 – Prévention :
-Elle consiste à identifier et traiter le ou les partenaires afin d’éviter les récidives. Par ailleurs, l’usage du
préservatif est un moyen de prévention classique.
-L’administration systématique d’un collyre antibiotique au nouveau-né permet de prévenir une éventuelle
contamination conjonctivale.

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 LES BACILLES à GRAM POSITIF Pr. N. BENAMROUCHE
PRINCIPES GENERAUX:
Les bacilles à Gram positif regroupent un très petit nombre de bactéries
d’intérêt médical. Ils prennent la forme de bâtonnets de couleur violette
sous le microscope optique après coloration de Gram.
Les bacilles à Gram positif aérobies d’intérêt médical sont toutes catalase positives. Certaines peuvent même
sporuler lorsque les conditions sont défavorables. Les espèces les plus connues sont Listeria monocytogenes,
agent de la Listériose, Bacillus anthracis, agent de la maladie du charbon, et Corynebacterium diphteriae agent
de l’angine diphtérique.
CLASSIFICATION SOMMAIRE:

A/Listeria :
Introduction:
-La listériose est une zoonose (maladie commune à l’homme et l’animal) due à Listeria monocytogenes
-Maladie professionnelle (contact avec les animaux).
Taxonomie:
-Listeria est une bactérie classée parmi les bacilles à Gram(+)
-Le genre Listeria comprend plusieurs espèces, seule Listeria monocytogenes est pathogène pour l’homme et
l’animal.
-Listeria ivanovii est pathogène seulement Chez les bovins
Caractères morphologiques:
 Bacilles à Gram (+),
 de forme régulière,
 non sporulés,
 non capsulés,
 mobiles à 20-25°C

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Caractères culturaux:
-Température optimale de culture : 30 à 37°C mais possible de 1 à 45°C
-L. monocytogenes est une bactérie non exigeante (nécessite des éléments nutritifs spéciaux dans son milieu de
culture), elle pousse sur milieux usuels simples, les colonies sont petites, arrondies et translucides.
Pouvoir pathogène:
Chez l’homme:
L. monocytogenes atteint préférentiellement les sujets fragilisés : femme enceinte, nouveau-né, sujet âgé et
sujets immunodéprimés.
Listériose maternofoetale :
-Chez la femme enceinte: l’infection peut passer inaperçue ou se manifester par une fièvre ou un syndrome
pseudo grippal, elle peut être responsable d’avortement ou d’accouchement prématuré.
-La transmission au fœtus se fait soit pendant la grossesse par voie transplacentaire ou transmembranaire, ou
bien durant l’accouchement
-Chez le nouveau né :
 La forme précoce : survient durant les 7 premiers jours de vie, elle se manifeste par une septicémie avec
atteinte respiratoire
 La forme tardive : l’infection se manifeste de la 2ème à la 8ème semaine de vie, par une atteinte
méningée plutôt que septicémique
Listériose de l’adulte :
Chez l'homme:
-Elle survient chez des sujets à risque : personnes âgées, immunodéprimées, cancéreux, diabétiques,
cirrhotiques. Il s’agit de méningo-encéphalites ou Septicémies
Chez l’animal (bovins et ovins) :
 Avortement
 Mortinatalité (l'expulsion d'un fœtus mort après 22 semaines de gestation)
 Septicémie
 Encéphalite
 Conjonctivites
 Mammites (favorisant la contamination humaine)
Epidémiologie:
Transmission :
L’homme se contamine:
-soit par voie digestive par ingestion d’aliments contaminés d’origine animale (lait, fromage, charcuterie, viande,
volaille) ou d’origine végétale (crudité, choux)
-ou plus rarement en étant en contact avec la bactérie présente dans le milieu extérieur (sol, eau, excrétions
animales) pour les sujets exposés (éleveurs, vétérinaires)
-La listériose s’observe surtout en Europe et l’Amérique du nord
-Elle survient généralement sous forme sporadique
-Mais lors d’ingestion de produits alimentaires contaminés, de véritables épidémies ont été observées
-En Algérie, la listériose est rare, survient uniquement sous forme sporadique essentiellement chez les sujets à
risque (femme enceinte, nouveau-né, sujet âgé, patient immunodéprimé)

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Diagnostic bactériologique:
Prélèvements:
Différents prélèvements peuvent servir pour la mise en évidence de la bactérie :
 LCR
 Hémoculture
 Méconium (Le méconium est un excrément accumulé dans les intestins du foetus des mammifères (dont l'humain)
durant sa gestation et constitue les premières selles du nouveau-né)
 Prélèvements cutanés chez le nouveau-né
 Placenta, lochies et liquide amniotique
-Le diagnostic bactériologique repose sur l’isolement de la bactérie par culture.
-Les principaux caractères d’identification de Listeria monocytogenes sont la morphologie de la bactérie, sa
mobilité à 20-25°C et ses caractères biochimiques en particulier la dégradation rapide de l’esculine.
Traitement:
-Listeria monocytogenes présente une résistance naturelle aux céphalosporines de 3ème génération (céfotaxime),
quinolones et colistine. Elle est sensible aux autres antibiotiques.
-Le traitement de choix est l’association ampicilline et gentamicine
Prophylaxie:
La prévention comprend :
-Le contrôle rigoureux des aliments industriels (chaîne du froid, contrôle du lait et des animaux, hygiène des
pratiques, des locaux et des infrastructures)
-L’éducation des groupes à risques (femmes enceintes et sujets immunodéprimés), en évitant de manger les
végétaux crus, lait cru ou mal pasteurisé, des fromages frais ou à pâte molle.
B/Bacillus:
Introduction:
-Le genre Bacillus est constitué de nombreuses espèces, dont la plus part sont saprophytes (vit aux dépens de
matières organiques inertes).
-Les infections humaines à Bacillus sont rares, deux espèces ont un pouvoir pathogène bien caractérisé : Bacillus
anthracis (est l’agent du charbon ou anthrax (zoonose et maladie professionnelle)) et Bacillus cereus.
Habitat – Epidémiologie:
-Les Bacillus sont des germes de l’environnement que l’on trouve partout (sol, air, poussière, surfaces)
-La thermo résistance de leur spore explique que l’on puisse les trouver comme contaminants
-Le charbon animal touche les ovins ‫ﻏﻨﻢ‬, caprins ‫ ﻣﻌﺰ‬et bovins. Après ingestion de spores, l’animal développe une
septicémie mortelle.
-La contamination humaine est presque toujours professionnelle à la suite de manipulation de laines ‫ﺻﻮف‬,
peaux ou cuirs. Elle peut aussi se faire par ingestion de viande contaminée ou par inhalation de spores
-Il n’existe pas de transmission interhumaine
-Bacillus anthracis a été utilisée comme arme Biologique
Caractères morphologique:
Ce sont des bacilles à bouts carrés, à Gram (+), sporulés, mobiles par ciliature péri triche à l’exception de Bacillus
anthracis qui est toujours immobile.
Caractères culturaux:
-Ce sont des bactéries aéro-anaérobies mais préfèrent l’aérobiose
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-Elles se développent sur gélose ordinaire
-Température optimale de croissance est de 30 à 37°C
-Elles donnent des colonies blanchâtres de 3 à 4mm de diamètre à contours irréguliers et surface chagrinée
Antigènes et produits élaborés:
Bacillus anthracis possède :
-Antigène capsulaire: polypeptidique.
-Antigènes somatiques: polysaccharidiques.
-Toxine protéique: douée d’une activité létale œdémateuse : elle est antigénique et entraîne la formation
d’anticorps neutralisants.
-Certaines espèces de Bacillus synthétisent des antibiotiques Ex : bacitracine, polymixine.
Pouvoir pathogène:
Bacillus anthracis:
-Le charbon cutané: est la forme habituelle
-La lésion initiale est une pustule siégeant sur les parties découvertes, elle se
transforme en quelques jours en escarre noirâtre caractéristique
-La mort peut survenir par diffusion bactériémique.
-Le charbon pulmonaire: est mortel, il est lié à certaines professions (lainiers) et également évoqué lors de
bioterrorisme ; il se manifeste par des symptômes d’infection respiratoire haute évoluant rapidement vers une
médiastinite hémorragique puis dyspnée, toux et mort en 03 jours
-Les formes intestinale et méningée sont Exceptionnelles
Bacillus cereus:
-Il est responsable de toxi-infections alimentaires collectives caractérisées par des diarrhées et des
vomissements.
-Le maintien des aliments à une température favorable à la germination des spores permet la multiplication
des germes et la production d’une entérotoxine.
Les autres espèces:
-Elles sont normalement dépourvues de pouvoir pathogène.
-Exceptionnellement quelques espèces ont été incriminées dans des infections survenant chez des patients
fragilisés ou immunodéprimés.
Diagnostic bactériologique:
-Dans le charbon les prélèvements sont fonction de la forme clinique de la maladie (pus, sérosités, hémoculture),
le diagnostic repose sur l’isolement de la bactérie à partir de ces prélèvements et son identification biochimique
-Cas particuliers: contexte de bioterrorisme ; éventuelle contamination ou attaque réelle par inhalation (poudre
suspecte) les prélèvements se font au niveau des narines, front et mains, le diagnostic doit se faire dans un
laboratoire spécialisé (bactérie appartenant à la classe biologique 3)
-La sérologie n’a pas d’intérêt
-Lors d’une infection digestive à Bacillus cereus, le diagnostic bactériologique repose sur la mise en évidence de
la bactérie en quantité suffisante ≥ 105 bactéries/gram de selle puis la détection de la toxine à partir des colonies
-L’analyse bactériologique de l’aliment suspect doit être systématique
Traitement:
-Bacillus anthracis est très sensible aux antibiotiques, la pénicilline G est l’antibiotique de choix

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-Bacillus cereus produit des β-lactamases et résiste aux pénicillines et aux céphalosporines y compris celles de
3ème génération
-Un traitement antibiotique n’est pas justifié dans les intoxications alimentaires.
Prophylaxie:
Bacillus anthracis:
-Surveillance des importations d’animaux.
-Vaccination du cheptel.
-La prophylaxie de la maladie humaine est liée à celle de la maladie animale.
Bacillus cereus:
-Règles d’hygiène alimentaire.
-Hygiène industrielle dans le domaine agroalimentaire.
C/Corynebacterium:
Introduction:
Le genre Corynebacterium regroupe de très nombreuses espèces bactériennes, on distingue :
 Corynebacterium diphtheriae : agent de la diphtérie
 Les autres espèces sont commensales de la peau et des muqueuses, elles peuvent exceptionnellement se
comporter comme des pathogènes opportunistes chez les patients immunodéprimés.
Habitat:
Corynebacterium diphtheriae est rencontré uniquement chez l’homme, généralement localisé au rhino et
oropharynx.
Caractères Morphologie :
Ce sont des bacilles à Gram(+), immobiles, de disposition caractéristique en palissades ou en lettres
d’alphabet.
Caractères bactériologiques:
-C’est une bactérie aéro-anaérobie facultative, exigeante nécessitant pour sa croissance l’apport de sang, de
sérum ou de sérum de bœuf coagulé dans les milieux de culture.
-Les colonies sont petites hémolytiques, crémeuses et lisses en tâches de bougie
-L’étude des caractères biochimiques permet d’individualiser Corynebacterium diphtheriae des autres
corynébactéries commensales.
Produits élaborées:
La toxine diphtérique
-Exotoxine de nature protéique (polypeptide de 58 K Da), constituée de 2 fragments :
 fragment B non toxique permettant la fixation
 fragment A responsable de l’activité toxique.
-La toxine est codée par le gène tox porté par le phage ß, acquis par lysogénie. Seules les souches lysogènes sont
toxinogènes
-La production de la toxine est contrôlée par le gène dtxR localisé sur le chromosome bactérien et codant pour
une protéine, répresseur actif uniquement en présence de fer (> 100 μg/L). En l’absence de fer, la toxine est
produite en fortes quantités, d’où sa localisation de prédilection dans les sécrétions oro-pharyngée où le fer
disponible est en très faible quantité.
-C’est une toxine très puissante, elle agit comme une enzyme inhibant les synthèses protéiques provoquant ainsi
la mort de la cellule.

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Pathogénicité:
-La transmission se fait par voie aérienne (gouttelettes de salive)
-Les bactéries restent localisées au niveau du pharynx et s’y multiplient donnant une angine avec fausses
membranes. Par contre la toxine excrétée diffuse dans le sang et sera responsable des signes généraux
toxiniques, son action s’exerce sur le système nerveux (paralysies), sur le cœur, le rein et les surrénales
Plusieurs formes cliniques peuvent se voir :
 Angine diphtérique pseudomembraneuse : c’est la forme la plus fréquente, angine avec fausses
membranes recouvrant les amygdales.
 Angine maligne : angine avec signes de choc toxinique.
 Angine grave : signes locaux plus importants que les signes généraux
Diagnostic bactériologique:
-Le diagnostic de la diphtérie est avant tout clinique et doit entrainer en urgence un traitement spécifique. Les
résultats du laboratoire amènent seulement la confirmation du diagnostic
-Le diagnostic bactériologique repose sur :
L’isolement du Corynebacterium diphteriae :
-Le prélèvement se fait au niveau de la gorge en détachant les fausses membranes
-Ensemencer des milieux appropriés (milieu Loeffler, milieu Tinsdale)
-Identification biochimique.
La mise en évidence de la toxine diphtérique:
Par le test d’Elek : la toxine est recherchée par immuno-précipitation en milieu gélosé avec un sérum
antitoxinique.
Par la détection du gène tox: qui code pour la toxine par PCR.
Traitement:
-Corynebacterium diphtheriae est sensible à la majorité des antibiotiques : pénicilline G, macrolides, aminosides,
vancomycine et cotrimoxazole.
-Urgence thérapeutique dés suspicion de la maladie, à base de pénicilline G et de sérothérapie pour neutraliser
la toxine.
La prévention:
 La prévention repose sur la vaccination selon le schéma du nouveau calendrier vaccinal :
DTC-HIB-HBV + VPO + anti pneumococcique :
2 injections au 2ème et 4ème mois, 1er rappel à 12 mois, 2ème rappel DTC + VPO à 6 ans puis rappel Dt
à 11-13 ans, rappel dT à 16-18 ans puis des rappels tous les 10 ans

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 Les principaux groupes bactériens en pathologie humaine BGN:
Entérobactéries, Pseudomonas, Vibrionaceae
I. Introduction – Généralités :
-Les bactéries sont des microorganismes procaryotes dépourvus de noyau, possédant un ADN
chromosomique circulaire situé dans le cytoplasme. Elles sont entourées d’une paroi.
-Les bacilles à Gram négatif représentent un groupe de bactéries dont l’intérêt médical est avéré. Ils
prennent la forme de petits bâtonnets apparaissant en rose sous le microscope optique après coloration
de Gram.
-Les bacilles à Gram négatif se caractérisent par la présence d’une membrane externe comprenant le
fameux antigène O, impliqué notamment dans les chocs toxiques, mais également dans l’identification de
souches génétiquement différentes appartenant à la même espèce.

CLASSIFICATION GENERALE:

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II – Enterobacteriaceae :
Elle représente une vaste famille de bactéries qui comporte plusieurs genres, espèces et sérotypes (plus de
30 genres et 140 espèces).
 Sont en général des hôtes du tube digestif de l’homme et des animaux.
La famille d’Entérobactéries se définit par les caractères suivants :
 BGN
 Dépourvus d’Oxydase
 Se développent sur milieux ordinaires
 Aéro-anaérobie facultatif (AAF)
 Réduction des NO3- en NO2-
 Fermentation du glucose
 Souvent mobiles grâce à une ciliature péritriche sauf Klebsiella et Shigella.
Répartition en genres:
La distinction entre les genres se fait par l’étude des caractères biochimiques : fermentation du lactose,
production d'indole, production d'uréase, production d'acétoïne …
Caractérisation des espèces :
Au sein de chaque genre, on individualise des espèces, par l'étude des caractères biochimiques ou
antigéniques. Les entérobactéries possèdent toutes des antigènes de paroi «somatiques» ou antigènes O.
Les entérobactéries mobiles possèdent en plus des antigènes de flagelle « flagellaires » ou antigènes H.
Enfin, certains possèdent un antigène d'enveloppe ou antigène K.
 Antigène O : est l'endotoxine des bactéries à Gram négatif. Les antigènes O ou somatiques
correspondent aux polyosides fixés sur les lipopolysaccharides (LPS), il est très toxique.
 Antigène H : il n'est pas toxique, de nature protéique (flagelles).
 Les antigènes de surface comprenant : Les antigènes K, Vi ou capsulaires (de nature polyosidiques),
les antigènes d'adhérence ou adhésines de nature protéique, portés par des pili communs (encore
appelés fimbriae).
1- Escherichia coli :
Principaux caractères bactériologiques :
Mobile, indole (+), lactose (+), et citrate (-)
Il existe différents sérotypes selon :
- Ag somatique O et flagellaire H (ex: E. coli O157:H7)
- Ag capsulaire K (ex: E. coli K1)
Habitat :
-hôte normal (commensale) du tube digestif (Homme et animaux).
-Espèce dominante de la flore aérobie colique.
Pouvoir pathogène :
 Infections extra-intestinales:
-Infections urinaires Souches dites Uropathogènes
-Infections intra-abdominales : cholécystites, péritonites, appendicites
-Infections osteo-articulaires
-Bactériémies
-Méningites néonatales (dues a E. coli K1)
-Infections de plaies chirurgicales
 Infections intestinales:
Diarrhées infectieuses:
-Par sécrétion d'entérotoxine (E. coli entérotoxinogénes ETEC), ils peuvent provoquer des diarrhées
aiguës, « cholera-like ».

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-Par fixation sur la surface des cellules de la muqueuse, abrasion de la bordure en brosse des villosités
intestinales et production de cytotoxines (E. coli entérohémorragiques EHEC), les EHEC provoquent une
diarrhée aiguë, acqueuse, puis hémorragique, sans pus ni fièvre SLT Shigella like Toxine
-Par invasion de la muqueuse colique, certains colibacilles (E. coli entéroinvasifs EIEC) provoquent des
diarrhées aiguës, « dysenterie-like »
-Certaines souches d'E. coli sont associées à des diarrhées et sont clairement entéropathogènes (E. coli
entéropathogènes EPEC) grâce à des propriétés d'adhésion particulières. Elles ne sont ni sécrétrices
d'entérotoxine, ni entéro-invasives.
Diagnostic bactériologique
-Prélèvements : urines, hémocultures, LCR, pus, selles…
-Diagnostic bactériologique direct: repose sur l’isolement et l’identification de la bactérie.
-Recherche d’antigènes solubles ([Link] K1)
-Recherche des entérotoxines .
Résistance aux antibiotiques, Traitement:
-[Link] est sensible de façon naturelle à toutes les ß lactamines .
-La résistance acquise est surtout enzymatique par sécrétion d’une pénicillinase, cephalosporinase,
ß-lactamase à spectre étendu.
-La résistance aux aminosides: inactivation enzymatique
-La résistance aux quinolones est chromosomique (diminution d’affinité de l’ADN gyrase ou imperméabilité
par porines modifiées.
-Elles sont résistantes aux macrolides, lincosamides et synergistines.
2- Salmonella:
-Les salmonelles sont ubiquitaires, ce sont des hôtes habituels du tube digestif, mobiles qui se
disséminent dans la nature par les excréments (Matière évacuée du corps par les voies naturelles ;
spécialement matières fécales évacuées par le rectum).
-Le genre Salmonella comprend deux espèces :
 Salmonella enterica
 Salmonella bongori.
-Les salmonelles sont subdivisées sur la base de leurs antigènes O, H et K en 2500 sérovars ↔Classification
de Kaufmann et white (Sérotypage)
Pouvoir pathogène :
-Les sérovars Typhi, Paratyphi A, Paratyphi B, et plus rarement Paratyphi C: ne sont isolés que chez
l'homme et sont responsables de fièvres typhoïdes.
-Les salmonelles non typhoidiques: sont des pathogènes zoonotiques alimentaires transmises à l’homme
par des produits alimentaires d’origine animale:
 responsables de gastro-entérites
 infections extraintestinales : urinaires , méningites , articulaires
Diagnostic bactériologique:
Prélèvements :
 Selles, Hémocultures , autres ….
 Identification biochimique , Sérotypage (tableau de kaufmann et white)
 Sérodiagnostic de fièvre typhoïde
Traitement:
-Les Salmonelles sont généralement sensibles aux antibiotiques actifs contre les bacilles à Gram négatif.
-Certaines résistances sont possibles et impliquent la pratique d'un antibiogramme.
-Les fièvres typhoïdes sont traitées par une céphalosporine de troisième génération et les
fluoroquinolones. En Algérie Les phenicolés : chloramphenicol.
-Les gastro-entérites relèvent essentiellement d'un traitement symptomatique comprenant régime et
réhydratation.

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 3- Shigella :
Les Shigella sont des entérobactéries toujours immobiles ne fermentant pas le lactose. Les caractères
biochimiques et antigéniques permettent de distinguer 4 espèces:
 Shigella dysenteriae (10 sérotypes) dont le bacille de shiga sérotype 1
 Shigella flexneri (6 sérotypes)
 Shigella boydii (15 sérotypes)
 Shigella sonnei (1 sérotype).
-Elle est strictement humaine, la transmission est féco-orale.
-Elles sont responsables de "la dysenterie bacillaire" (Shigella dysenteriae), elles sont la cause:
 Chez l'adulte, de colites infectieuses.
 Chez l'enfant, de gastro-entérites sévères avec diarrhée mucopurulente et sanglante, fièvre et
déshydratation.
Diagnostic bactériologique:
Coproculture: isolement sur milieux sélectifs, identification biochimique, identification antigénique par
l’agglutination à l’aide de sérums spécifiques.
Traitement:
Les shigelles sont sensibles aux antibiotiques mais la possibilité de résistances acquises impose un
antibiogramme.
4-Proteus –Providencia
la tribu des Proteeae ( mobiles , Tryptophane Désaminase + souvent Urée +)
1- Proteus : espèces mirabilis, vulgaris et penneri
2- Morganella: espèce morganii
3- Providencia : espèces stuartii, rettgeri.
-Toutes ces bactéries produisent des désaminases (tryptophane désaminase et phénylalanine désaminase).
-Les Proteus produisent en outre une uréase
-Ce sont des bactéries de l'environnement et des commensaux de l'intestin de l'homme et des animaux,
qui peuvent etre responsables de divers infections
5- Klebsiella-Enterobacter- Serratia
 Klebsiella (Enterobactérie immobile capsulé VP+) : K. pneumoniae et K. oxytoca
 Enterobacter (Enterobactérie mobile VP+) : E. cloacae et E. aerogenes
 Serratia (Enterobactérie mobile VP+) : S. marcescens et [Link].
-Très répandues dans l'environnement (eau, sol, poussière), Commensales du tube digestif, et orifices
naturels.
-Responsables diverses affections (notamment nosocomiales chez des patients fragilises) :
infections broncho-pulmonaires, urinaires, post-chirurgicales, bacteriemies.
Souvent résistantes aux antibiotiques (antibiogramme indispensable)
6- Yersinia
Ce sont de petits bacilles à Gram négatif, à coloration bipolaire, immobiles, cultivant sur milieux ordinaires
ou sur milieux spéciaux pour entérobactéries (gélose SS) mais en donnant des petites colonies. Elles
possèdent une uréase mais pas de désaminases, à la !!!!!
Les principales espèces du genre sont: Yersinia pestis, Yersinia pseudotuberculosis, Yersinia enterocolitica.
A-Yersinia pestis :
-Agent de la peste découvert par Yersin a Hong Kong en 1894
-Maladie des rongeurs transmise a l'homme par la puce du rat (Pulex irritans)
-Elle provoque :
 La peste bubonique : adénite réactionnelle (2-7 j) avec bactériémie et atteinte pulmonaire
 La peste pulmonaire : transmission interhumaine par voie aérienne
-Diagnostic bactériologique par ponction ganglionnaire, hémoculture, crachats
-Traitement: Souvent résistante aux antibiotiques : streptomycine, cyclines

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B/ Yersinia pseudotuberculosis:
-Souvent désigné sous le nom de "bacille de Malassez et Vignal", Yersinia pseudotuberculosis est un germe
qu'on trouve dans la nature, potentiellement pathogène pour de nombreuses espèces animales et pour
l'homme.
-La contamination est digestive. Il est responsable d'adénite mésentérique (Inflammation d'un ou de
plusieurs ganglions lymphatiques du péritoine abdominal) ou d'iléite terminale (inflammation de l'iléon)
donnant lieu à des syndromes appendiculaires.
-A l'intervention, l'appendice est normal mais on trouve un ou plusieurs ganglions congestifs.
-Les infections à Yersinia pseudotuberculosis sont une des étiologies de l'érythème noueux (inflammation
de la couche graisseuse sous-cutanée) caractérisée par l’apparition de nodules rouges ou violets douloureux
sous la peau)
C/ Yersinia enterocolitica:
Bactérie ubiquitaire contaminant l'homme et les animaux par voie digestive.
- Y. enterocolitica est surtout responsable de gastro-entérites, mais occasionne aussi des syndromes
appendiculaires, des polyarthrites ou un érythème noueux.
Elle est résistante aux bêtalactamines mais sensible aux aminosides, au triméthoprime-sulfaméthoxazole
et aux tétracyclines.
III- Pseudomonas:
1-Pseudomonas aeruginosa (Bacille pyocyanique):
Le genre Pseudomonas de la famille des Pseudomonaceae comprend plusieurs espèces.
a/ Caratères bactériologiques :
- Bacilles à Gram négatif
- aérobies stricts
- capables de se multiplier sur milieux usuels
- mobiles par ciliature polaire
- possédant une oxydase
- incapables de fermenter le glucose
- pouvant produire des pigments diffusibles.
b-Habitat et épidémiologie :
o Il est répandu dans l’eau, le sol et l'environnement hospitalier (siphons de lavabos, Savons; liquides,
humidificateurs, solutions d'antiseptiques)
o Il fait partie de la flore de transit de l'homme (tube digestif)
o Il existe différents sérotypes selon AgO typage lors d'épidémies.
c-Pouvoir pathogène :
Agent responsable de nombreuses infections opportunistes nosocomiales :
 Infections locales : oculaires, cutanées (brulures), urinaires
 Pulmonaires, (osteo-articulaires, méningées)
 Bactériémies
Diagnostic bactériologique:
 Prélèvements : en fonction du site, les signes d’appel.
 Pseudomonas se développe facilement sur milieux ordinaires en aérobiose stricte Sur les milieux
électifs pour entérobactéries, il forme des colonies "lactose -"
 Caractères biochimiques :
 La production d'oxydase est un caractère d'orientation important. Les autres caractères biochimiques.
Aérobiose stricte, mobilité, pigment vert, oxydase + et non fermentation de sucres sont des éléments
d'identification importants .
Traitement :
Naturellement résistant a de nombreux antibiotiques (mauvaise perméabilité de la membrane externe),

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Les résistances acquises avec de nombreux mécanismes de résistance peuvent coexister et posent des
problèmes thérapeutiques.

Vibrionaceae:
 La famille des Vibrionaceae regroupe les genres Vibrio, Aeromonas et Plesiomonas. Elle réunit des
bacilles Gram négatif, mobiles à ciliature polaire ou immobiles, se développant sur milieu nutritif
ordinaire, réduisant les nitrates en nitrites, présentant une réaction à l'oxydase positive, fermentant
les glucides.
1/ Vibrio :
 Le genre Vibrio rassemble des bacilles Gram négatif, non sporulés, à la forme de bâtonnets droits et
incurvés, très mobiles grâce à un ou plusieurs cils polaires. Les Vibrio possèdent une oxydase.
 Trois espèces sont pathogènes pour l'homme : V. cholerae, V. parahaemolyticus, V. alginolyticus.
A-Principaux caractères bactériologiques :
 BGN incurves en virgule, très mobiles (flagelle polaire) Oxydase (+)
 Aero-anaerobie facultatifs, fermente le glucose
 2 sérotypes O 1 et O 139 sont responsables du Choléra.
B- Habitat :
 L’homme est le réservoir et le disséminateur : dans les selles des malades convalescents et porteurs
sains
 La transmission par l'eau de boisson, les aliments et les mains sales.
C-Pouvoir pathogène :
Cholera = toxi-infection intestinale aigue a début brutal (incubation 1-5j)
 Due a la sécrétion de la toxine cholérique
 Diarrhée aqueuse abondante (10-20l/j), selles incolores ≪ eau de riz ≫
 Vomissements mais sans fièvre
 Déshydratation aigue avec acidose métabolique et anurie.
D-Diagnostic bactériologique :
-L’isolement par coproculture sur milieu sélectif TCBS (Thiosulfate-Citrate- Bile-Saccharose) : colonies
jaunes.
L’enrichissement par passages successifs (4h) en eau peptonée alcaline
-L’agglutination avec immun sérums anti-O:1 anti O139
E-Traitement :
- En urgence = rehydratation parenterale et corrections des troubles hydro-electriques
- Antibiotiques : cyclines, cotrimoxazole, fluoroquinolones, macrolides
2-Autres vibrions:
2-1 Vibrio alginolyticus (eau de mer) :
Isolés de pus divers, otites, conjonctivites, lésions cutanées
2.2-Vibrio parahaemolyticus :
Responsable de gastro-entérites.
Aeromonas hydrophila :
Proche des Vibrionaceae, fréquemment isolé d'eau douce (sol, aliments)
Responsable de septicémies (immunodéprimé), suppurations de plaies, gastro-entérites ou autre
(méningite, Péritonite, endocardite, pneumonie, ostéomyélite, cholécystite).
Plesiomonas: Le genre Plesiomonas à une unique espèce «Plesiomonas shigelloides».
-Chez l’homme et chez les mammifères domestiques,
-Plesiomonas shigelloides est isolée de l'intestin de sujets sains et lors de diarrhées.
-Plesiomonas shigelloides est sensible au triméthoprime, aux céphalosporines, au chloramphénicol et aux
quinolones.

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 BACTERIES ANAEROBIES STRICTES Dr [Link]
I)Définition et généralités:
Une bactérie anaérobie stricte est une bactérie incapable de se multiplier en présence de l’air atmosphérique
car l’oxygène lui est nocif.
Les bactéries anaérobies strictes font partie , soit de la flore exogène , soit de la flore endogène.
- Dans la flore exogène: c’est-à-dire dans l’environnement, on retrouve les bactéries anaérobies strictes
sporulées telles les Clostridium.
- Dans la flore endogène (flore de Veillon): les bactéries anaérobies strictes sont largement prédominantes par
rapport aux bactéries aérobies , surtout dans la flore intestinale, la flore bucco-dentaire et la flore vaginale.
Les bactéries anaérobies strictes sont commensales mais peuvent devenir pathogènes dans 2 situations :
1) lorsqu'elles se multiplient de façon exagérée et remplacent la flore normale.
2) lorsqu’elles envahissent les tissus ou les cavités stériles de l'organisme.
II) Physiologie:
1) Rapport avec l’oxygène :
1- Bactérie aérobie stricte : ex : Pseudomonas aeruginosa
2- Bactérie Microaérophile : ex: Campylobacter jejuni
3- Bactérie aérobie-anaérobie facultative : ex. Entérobactéries
4- Bactérie anaérobie stricte : ex. Bacteroides fragilis
Du fait qu’elles ne tolèrent pas l’oxygène , les bactéries anaérobies strictes mises en culture dans un tube étroit
renfermant une gélose VF (Viande-Foie), vont se multiplier UNIQUEMENT AU FOND DU TUBE.
2) Métabolisme énergétique :
-Les bactéries anaérobies strictes produisent leur énergie par fermentation.
-Il y a oxydation d’un substrat organique SH2 en S , conjugué à une réduction d’un
composé organique A en AH2.
-La bactérie anaérobie stricte ne possèdent ni cytochrome oxydase, ni catalase, ni cycle de Krebs, ni chaîne
respiratoire.
III) Classification:

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IV)Habitat et pouvoir pathogène:
1) Habitat : on distingue :
- les bactéries anaérobies strictes de l’environnement (ou de la flore exogène): Ce sont les Clostridium (sous
forme sporulée).
- les bactéries anaérobies strictes de la flore endogène (ou flore de VEILLON). On les retrouve des les flores
intestinale, buccodentaire, génitale , du CAE, conjonctivale , nasale et cutanée. Ce sont : des cocci Gram+ et
cocci Gram-, des bacilles Gram-, des bacilles Gram+ non sporulés, des bacilles Gram + sporulés.
2) Pouvoir pathogène:
-Les bactéries anaérobies strictes sont des bactéries commensales mais douées d’un pouvoir pathogène
qui s’exprime lorsqu’elles se multiplient excessivement au sein de la flore endogène ou lorsqu’elles
envahissent un tissu (cerveau, poumon...) ou une cavité normalement stérile (plèvre, péritoine).
-Leur pouvoir pathogène s’exprime par la production de toxines (exotoxine de Clostridium tetani) , la
libération d’enzymes qui facilitent leur diffusion au sein des tissus (Protéases) , ou encore la libération du
LPS de la paroi des anaérobies Gram négatif.
-Les infections à bactéries anaérobies strictes sont souvent polymicrobiennes car elles s’associent souvent
entre elles et avec des bactéries aéro-anaérobies facultatives , pour entretenir une faible pression
d’oxygène dans les tissus et pouvoir se multiplier à l’abri de l’oxygène.
3) Formes cliniques :
-infections abdominales : péritonites post-perforation intestinale, suppurations profondes (abcès hépatique,
abcès rénal)
-infections ORL et bucco-dentaires : otite chronique, sinusite chronique
-infections pulmonaires : abcès du poumon, pneumonies (post inhalation)
-empyèmes cérébraux: une collection purulente entre la dure-mère et l'arachnoïde sous-jacente.
-infections gynécologiques (endométrites , abcès pelviens)
-gangrènes surtout chez le diabétique ( sur troubles circulatoires )
-diarrhées (colite pseudo-membraneuse à Clostridium difficile)
-sepsis à anaérobies strictes (post-ovortement)
-Tétanos (Clostridium tetani ) , Botulisme (Clostridium botulinum)

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V) Diagnostic bactériologique:
1) Fiche de renseignements cliniques : noter les circonstances cliniques évoquant une infection à anaérobies :
- le foyer infectieux (ou le prélèvement) dégage une odeur fétide (gaz produit par la fermentation)
- il y a ischémie , nécrose tissulaire , gangrène , crépitements des tissus.
- l’infection est survenue suite à une chirurgie abdominale ou gynécologique.
- notion de morsure ou de piqure.
- il y a des grains jaunes au niveau du pus.
- le prélèvement est un pus de suppuration profonde (hépatique, cérébral, rénal, pulmonaire)
- l’infection s’est développée au voisinage de la cavité buccale, de l’anus ou de l’appareil génital
- le patient est un immunodéprimé , surtout le diabétique et l’infection du pied.
- l’infection est une otite qui évolue depuis plusieurs mois avec tympan perforé.
2) Les prélèvements bactériologiques : dans la majorité des cas, les prélèvements sont :PUS et HEMOCULTURES.
Les prélèvements devront être acheminés RAPIDEMENT au laboratoire , qui doit être INFORMÉ DE CETTE
ANALYSE.
• Précautions à prendre lors de la ponction d’une collection fermée :
a) Désinfection soigneuse , du centre vers la périphérie , de l’abcès avec un antiseptique.
b) Ponction avec une seringue stérile.
c) Aspirer le pus.
d) Retirer l’aiguille et chasser l’air du piston de la seringue.
e) Recapuchonner avec précaution.
f) Adresser rapidement la seringue au laboratoire avec la fiche de renseignements
• Précautions à prendre lors d’un prélèvement d’abcès fistulisé ou d’une otite :
a) il faut que le prélèvement soit effectué au laboratoire par le bactériologiste car la mise en culture doit être
immédiate.
b) si l’écoulement purulent est abondant , on peut l’aspirer à l’aide d’une poire et le mettre dans un tube stérile,
à adresser rapidement au laboratoire.
c) on peut utiliser un écouvillon spécial pour recherche d’anaérobie : c’est la CULTURETTE-ANAEROBIE (voir IPA)
• Prélèvement pour hémoculture : Prélever un flacon AEROBIE et un flacon ANAEROBIE
3) Les techniques bactériologiques :
a) Gram : permet de visualiser les bactéries anaérobies à partir du prélèvement.
b) Culture anaérobie:
- il faut utiliser des milieux de culture désoxygénés par ébullition.
- il faut mettre en culture rapidement.
- après ensemencement, il faut incuber les milieux de culture en atmosphère dépourvue d’oxygène .
- il faut incuber les milieux de culture 48h à 5 jours car la plupart des anaérobies strictes cultivent lentement.
- Parallèlement , on effectue une culture avec incubation en aérobiose : les bactéries anaérobies strictes ne
cultivent pas en aérobiose.
- Dans les prélèvements polymicrobiens (pus d’oreille , pus de gangrène...), les bactéries anaérobies strictes sont
associées à une flore aéro-anaérobie qui cultive rapidement et risque de gêner leur culture :on utilise pour ces
prélèvements, des milieux additionnés d’agents sélectifs tels des antibiotiques ou des produits chimiques.

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c) tests rapides :
- technique des particules de latex sensibilisées , pour détection de Clostridium difficile dans les selles filtrées
- technique de PCR pour détection d’espèces pathogènes directement à partir d’un prélèvement
- recherche de toxines par inoculation chez l’animal (Clostridium tetani, Clostridium botulinum) ou par
technique ELISA (Clostridium difficile).
4) Sensibilité aux antibiotiques :
1) Bêtalactamines :
- Pénicillines : Actives sur les Gram+ (sauf [Link]) , inactives sur les Gram-
- Céphalosporines : activité inconstante
- Imipenem : Bonne activité
A noter que les Bacteroïdes produisent des bétalactamases qui inactivent toutes les Bêtalactamines sauf les
Cephamycines.
2) Aminosides : PAS D’ACTIVITE
3) Fluoroquinolones : MAUVAISE ACTIVITE
3) Imidazolés : Bonne activité sur Bacteroïdes et les Gram-
4) Clindamycine : Actif sauf sur les Clostridium

VI) Conclusion:
-Les bactéries anaérobies strictes représentent un vaste groupe de micro-organismes souvent négligés en raison
de leurs exigences gazeuses.
-Si l’on ne met pas en place les techniques de culture et d’identification qui leur sont spécifiques, on ne pourra
que suspecter leur présence à l’examen direct.
-Commensales pour la plupart, ces bactéries sont impliquées dans un grand nombre d’infections qui se
développent à la faveur de troubles circulatoires ou de problèmes d’immunodépression et dont la prise en
charge thérapeutique est souvent complexe.

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 LES MYCOBACTERIES Dr. N. BENAMROUCHE
INTRODUCTION:
Le terme général de mycobactéries désigne les espèces appartenant au genre Mycobacterium seul représentant
de la famille des Mycobacteriaceae.
-Le genre Mycobacterium regroupe les espèces aérobies, à paroi riche en lipides, acido-alcoolo résistantes et à
croissance lente.
CLASSSIFICATION MEDICALE DES MYCOBACTERIES:
Les mycobactéries sont classées en 03 groupes :

• 1er groupe : Mycobactéries responsables de la tuberculose (complexe tuberculosis)

-M. tuberculosis : bacille tuberculeux ou bacille de Koch, responsable de la majorité des tuberculoses humaines.
-M. bovis : responsable de la tuberculose bovine mais l’homme peut être contaminé.
-M. africanum : responsable de la tuberculose en Afrique, il n’a jamais été isolé en Algérie.
-M. microti : responsable de tuberculose chez la souris.
• 2ème groupe : Mycobactéries responsables de mycobactérioses, mycobactéries de l’environnement,
mycobactéries opportunistes ou mycobactéries atypiques (environ 70 espèces)
-Mycobacterium avium : responsable de mycobactériose chez l’immunodéprimé (SIDA)
-Mycobacterium fortuitum, etc.........
• 3ème groupe : mycobactérie responsable de la lèpre
-Mycobacterium leprae : bacille de Hansen
MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS:
Habitat: C’est l’agent de la tuberculose humaine. Il n’est pas retrouvé à l’état saprophyte ou commensal (Les
bactéries commensales sont celles qui ont besoin d'un hôte pour vivre, elles sont normalement non pathogènes,
mais peuvent le devenir si certaines conditions favorisent leur multiplication (immunosuppression, ATB). Les
saprophytes sont celles qui vivent dans l'environnement, elles n'ont pas besoin d'hôte.); c’est un germe qu’on
retrouve dans les organismes infectés.

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Caractères bactériologiques:
 Morphologie :
-C’est un bacille à extrémités arrondies, acapsulé, asporulé et immobile. Il se colore mal par les colorations
usuelles telles que le Gram ou le bleu de méthylène. Par contre, il se colore par la coloration de Ziehl-Neelsen
-Après coloration, ces bactéries apparaissent au microscope optique comme des bâtonnets rouges isolés
ou en petits amas.

 Culture :
-Aérobie strict (a besoin d'O2)
-Température optimale de croissance : 35 à 37°C
-PH optimal est de 6.9
-M. tuberculosis est un germe exigeant, il nécessite pour sa culture
des milieux à base d’œuf (milieu de Lowenstein-Jensen)
-[Link] se caractérise par sa lenteur de croissance ; le temps
de croissance est de 20 heures (celui de E. coli est de 20 minutes).
-les colonies apparaissent après 21 à 28 jours jusqu’à 42 jours. Ce sont de petites colonies rondes opaques, de
couleur crème. En se développant, elles prennent un aspect rugueux, verruqueux en « choux fleurs » de
couleur crème beige à chamois.
 Biochimie :
Le caractère essentiel permettant de différencier M. tuberculosis des autres mycobactéries est la production
d’acide nicotinique.
Viabilité de [Link]:
[Link] est très sensible à la chaleur, à la lumière solaire, aux rayons X, aux rayons ultraviolets, à l’eau
de javel et à l’alcool. Il résiste au froid (+4°C), vit plusieurs années à -70°C et résiste à la dessiccation.
Habitat et épidémiologie:
-M. tuberculosis est un agent pathogène strictement humain
-on peut l’isoler de façon transitoire dans l’environnement, car il peut survivre au froid et à la dessiccation
-La transmission inter-humaine par les gouttelettes de Flügge à partir des sécrétions bronchiques drainant les
lésions pulmonaires cavitaires.
Les autres localisations restent closes et ne participent à la transmission du bacille qu’au stade de fistulisation.
-La transmission alimentaire concerne la tuberculose à M. bovis par le cheptel non contrôlé et le lait non
pasteurisé.

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-C’est une maladie à déclaration obligatoire
-En Algérie, la maladie reste endémique avec un taux d’incidence de 49.46 en 2008 et de 30.02 en 2009
(données du MSPRH).
Pouvoir pathogène:
-Le pouvoir pathogène naturel de [Link] est pratiquement limité à l’homme, qui est le seul réservoir
-Dans la majorité des cas, il s’agit d’une tuberculose pulmonaire.
-Il peut s’agir également de localisations extra pulmonaires : génito-urinaire, ganglionnaire, pleurale, ostéo-
articulaire, méningée, péritonéale et autres.
Diagnostic bactériologique:
Prélèvements:
 Dans la forme pulmonaire:
- expectoration matinale ou crachats.
- tubage gastrique chez l’enfant ou la femme (prélèvement de sécrétions gastriques effectué le matin, afin
d'analyser les crachats ingérés pendant la nuit).
-Répéter les prélèvements pendant 03 jours
 Dans la forme génito-urinaire:
-Un prélèvement d’urine (50 ml) pendant 03 jours consécutifs.
 Dans les autres formes, le prélèvement dépend de la localisation : ponction, biopsie....
Le diagnostic repose sur :
L’examen microscopique après coloration de Ziehl-Neelsen (bacilloscopie): permettant la mise en évidence des
bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) et leur dénombrement.
La culture sur milieu spécifique de Lowenstein Jensen:
-Les résultats (pour les colorations) sont appréciés en nombre de bacilles /champ, par/100 champs ou /300
champs microscopiques
-En cas de culture positive, un résultat quantitatif est donné en comptant le nombre de colonies par tube de LJ
Traitement:
-Le traitement de la tuberculose repose sur une association de plusieurs antibiotiques antituberculeux selon
des schémas bien codifiés(OMS)
-En cas de tuberculose pulmonaire :
 Rifampicine + isoniazide+ pyrazynamide + etambutol* pendant 2 mois
 Rifampicine + isoniazide pendant 4 mois
*Chez l’enfant de moins de 5 ans, l’etambutol est remplacé par la streptomycine
Prévention:
Selon le Programme Elargi de Vaccination, administration du vaccin BCG à la naissance. Le vaccin protège
contre les formes compliquées de la maladie (méningite, miliaire) et non contre la tuberculose maladie.
MYCOBACTERIES ATYPIQUES:
-Habituellement saprophytes du sol, de l’eau ou des aliments.
-Parfois elles sont commensales de l’homme ou des animaux.
-Certaines espèces (M. avium, M. fortiutum, M. marinum, [Link]...........) ont un pouvoir pathogène
potentiel surtout en cas d’immunodépression (sida) avec des localisations pulmonaire, ganglionnaire,
cutanée.....
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-Leur culture est souvent plus rapide (moins de 12 jours) que celle de M. tuberculosis avec des colonies
pigmentées et lisses.
-Certaines souches de Mycobactéries atypiques sont résistantes aux antibiotiques et le traitement est parfois
Difficile.

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 Diagnostic des infections bactériennes
1/Définition :
Le Dc bactériologique regroupe l’ensemble des étapes de laboratoire qui apportent la preuve directe ou
indirecte de l’infection bactérienne suspectée cliniquement.
On distingue :
1. Dc direct : qui permet d’isoler et d’identifier l’agent responsable, à partir d’un produit pathologique.
2. Dc indirect : qui permet de détecter les Ac anti-bactériens spécifiques, dans le sérum du malade.
Intérêt:
Le Dc bactériologique permet de:
1. Confirmer une infection suspectée cliniquement (ex. E.C.B. du LCR pour le Dc d’une méningite bactérienne)
2. Identifier l’agent incriminé dans l’infection (ex. identifier Streptococcus pneumoniae comme agent d’une
méningite.
3. Rectifier ou de prescrire un trt ATB sur la base d’un antibiogramme.
4. Dépister des infections cliniquement asymptomatiques (E.C.B. des urines chez la femme enceinte, sérologie
syphilitique).

II- Le Diagnostic Direct :

Il apporte la preuve directe de l’infection en révélant, dans le prélèvement :
- soit la bactérie par microscopie et /ou culture.
- soit des Ag bactériens.
- soit de l’ADN bactérien.
1-Principes généraux des prélèvements bactériologiques :
En biologie, le prélèvement doit répondre à des critères de qualité car, de la qualité du prélèvement dépend la
valeur et la fiabilité du résultat de l’analyse.

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Ces critères de qualité sont :
A/Concernant le prélèvement proprement dit :
1. Prélever avant toute antibiothérapie sinon sous fenêtre thérapeutique de 4 jours. (Arret temporaire de
traitement).
2. Effectuer une désinfection correcte du site de prélèvement ainsi que des mains du personnel chargé du
prélèvement.
3. Utiliser du matériel stérile pour réaliser et collecter le prélèvement.
4. Respecter un volume suffisant du prélèvement destiné à l’analyse.
B/Transport et conservation :
- Le prélèvement doit être transporté rapidement au laboratoire d’analyse.
- Le délai de transport ne doit pas dépasser une heure en moyenne.
Température et atmosphère de conservation du prélèvement en attendant l’analyse, on distingue :

C/Précautions supplémentaires (préserver la viabilité des germes délicats):

• LCR : les agents de méningite purulente (S. pneumoniae , N. meningitidis et [Link]) sont fragiles et ne
supportent pas les variations de température . Il faut envelopper les tubes dans du coton pendant le transport.
• Hémoculture : les flacons d’hémoculture transportés dans du coton afin de les conserver à une T° voisine de
37°C.
• Prélèvements génitaux : certains germes nécessitent un milieu de transport :
Ex : Milieu de STUART pour [Link].
• Pus d’abcès non fistulisés : Après ponction de l’abcès à la seringue, le pus est aspiré puis l’air est totalement
éliminé du piston. On adresse ensuite la seringue au laboratoire d’analyse.
• Pus d’abcès fistulisés : le pus est prélevé à l’aide d’un écouvillon stérile. Pour préserver la viabilité des
bactéries anaérobies strictes, on utilise une Culturette-anaérobie.
2- Exemples de prélèvements:
a- Urines :
1. Prélever les urines avant toute antibiothérapie.
2. Prélever les urines ayant séjourné au moins 4 h dans la vessie.
3. Le prélèvement est précédé d’un lavage soigneux des organes génitaux externes, d’avant en arrière, à l’eau
et au savon ou au dakin, suivi d’un rinçage à l’eau.
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4. Le malade élimine le 1er jet d’urine, puis prélève 20 ml du milieu du jet, directement dans un flacon stérile
fourni par le laboratoire.
5. Les urines doivent être transportées au laboratoire d’analyse en moins d’1 h.
6. Les urines peuvent être conservées à +4°C pendant une durée ne dépassant pas 2h.
b- Selles :
1. Prélever les selles avant antibiothérapie.
2. Prélever les selles fraîches du matin, la quantité de selles doit être suffisante pour l’analyse.
3. Le récipient utilisé est un flacon stérile ou, à défaut très propre.
4. Conservation < 2h à +4°C en attendant l’analyse.
c- Prélèvement pour hémoculture (se désinfecter les mains à la bétadine et porter des gants stériles):
1. Prélever le sang avant toute antibiothérapie.
2. Prélever au moment des pics fébriles ou des frissons.
3. Désinfecter la veine du centre vers la périphérie (alcool iodé Bétadine ou alcool à 70°, 2
fois).
4. Désinfecter (à la Bétadine) le bouchon du flacon d’hémoculture.
5. Utiliser du matériel de prélèvement stérile.
6. Prélever 3 à 4 hémocultures espacées d’au moins 30 mn.
7. Prélever 10 ml de sang/flacon chez l’adulte, 5 ml/flacon chez l’enfant, 1 ml/flacon chez le NRS.
8. Homogénéiser les flacons et les incuber à 37°C –.
Ne jamais mettre au réfrigérateur !
d- Suppurations :
1. Prélever avant toute antibiothérapie.
2. Désinfecter la peau du centre vers la périphérie.
3. Ponctionner l’abcès à l’aiguille montée sur une seringue stérile.
4. Aspirer le pus.
5. Une fois l’aiguille retirée, chasser l’air de la seringue.
6. Adresser la seringue au laboratoire d’analyse.
e- LCR : ( porter des gants stériles)
1. Désinfecter l’espace inter-vertébral L4-L5 ou L5-S1 du centre vers la périphérie à la bétadine.
2. Ponctionner avec une aiguille avec mandrin stérile.
3. Laisser s’écouler 2 à 5 ml de LCR dans un tube stérile.
4. Envelopper le tube dans du coton et le transporter rapidement au laboratoire d’analyse.
Ne jamais mettre au réfrigérateur !
3- Fiche de renseignements cliniques :
- Elle est primordiale
- Elle accompagne obligatoirement tout prélèvement destiné à une analyse microbiologique et Elle doit
comprendre :
• Nom, prénom, âge.
• Si le malade est hospitalisé, le nom du service.
• Date de prélèvement
• Nature du prélèvement
• Dc clinique ou à défaut : un résumé clinique
• Trt ATB en cours ou datant de moins de 7 jours

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Traitement des prélèvements au laboratoire:
• Chaque prélèvement reçu doit être accompagné d’une fiche de renseignements correctement remplie.
• Les prélèvements sont enregistrés dans un registre de laboratoire.
• Un numéro d’ordre interne au laboratoire leur est attribué (numéro inscrit sur la FR et sur le prélèvement).
Examen macroscopique:
Il fournit des informations importantes et a une valeur d’orientation:
Exemples:
• Urine: claire, trouble, hématique…
• LCR: clair, purulent, eau de riz…
• Selle: normale, moulée, diarrhéique, glaireuse…
• Pus: couleur, odeur…

a-Examen cytologique :
- Apprécie la réaction inflammatoire et la chiffrer par mm3 (ex. examen d’un LCR : 500 leucocytes / mm3).
- Précise le caractère des cellules inflammatoires (PN altérés ou non, lympho).
b-Etat frais :
Examen d’une goutte de prélèvement entre lame et lamelle ; détecte les bactéries à l’état vivant, leur
morphologie et mobilité.

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 c- Les examens après coloration :

Colorations spéciales:

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 -Immuno-Fluorescence Directe (IFD):
- Utilisée pour révéler la présence de certaines bactéries de culture difficile,
directement à partir du prélèvement, en mettant en évidence les Ag
bactériens grâce à un Ac monoclonal marqué à la fluoresceine.
- ex: Chlamydia , Legionella , Mycoplasma
5- Cultures :
a- Milieux d’isolement : ce sont des milieux de culture utilisés pour isoler le ou les agents infectieux à partir du
prélèvement.
Le choix de ces milieux est guidé par la nature du prélèvement et les germes recherchés.
Ils peuvent être des:
- Milieux ordinaires (ex: la gélose nutritive)
- Milieux enrichis par du sang, du sérum ou autre (ex: gélose au sang cuit)
- Milieux sélectifs d’isolement (ex: milieu de Chapman)
- Milieux sélectifs d’enrichissement (ex: Eau peptonée alcaline)
Après ensemencement, ces milieux sont incubés à 37°C.
Le délai d’incubation dépend de la nature des germes recherchés. ex :
• [Link] : 48 h
• Enterobactéries, Staphylococcus : 24h
L’atmosphère d’incubation dépend des germes recherchés : Ex:
• [Link] , [Link] , [Link] : incuber sous CO2
• Anaérobies stricts : incuber en anaérobiose.
b-Milieux d’identification :
Après incubation, on examine les milieux de culture :
les colonies bactériennes sont reconnues par leurs
caractères culturaux (aspect, pigmentation, odeur).
• Tests biochimiques permettent de déterminer la
famille, le genre et l’espèce de la bactérie étudiée.
• Des milieux d’identification biochimique sont utilisés pour déterminer le type respiratoire ou fermentaire, les
caractères métaboliques ….
• L’identification peut prendre 24h à plusieurs jours.

A partir des colonies bactériennes, on peut également effectuer l’identification antigénique par agglutination à
l’aide de sérums spécifiques préparés chez l’animal.
Ex: sérotypie des Salmonelles et de [Link].
6- L’antibiogramme :
Il consiste à mettre en contact le germe avec des disques de papier buvard imprégnés d’un ATB donné.
Pour cela, on étale une suspension microbienne du germe étudié, sur la surface d’un milieu Mueller-Hinton et
on place les disques d’ATB sur la gélose.
Après 24 h d’incubation à 37°C, des zones d’inhibition apparaissent autour de chaque disque.
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Le diamètre de chaque zone est comparé à un diamètre critique, ce qui permet de classer la bactérie dans la
catégorie R, I ou S.
Exemple de Dc bactério : L’ECBU = examen cytobactériologique des urines
Dc:
-Numération des germes urinaires ou bactériurie
-Infection urinaire si la bactériurie ≥ 105 bactéries / ml d’urine (bactériurie significative) avec ou sans
leucocyturie.
Dans ce cas:
-Identification de la bactérie responsable
-Antibiogramme.

8- Autres diagnostics directs :

a- Recherche des Ag solubles bactériens : appliquée dans le Dc des infections méningées et respiratoires.
On peut utiliser :
- Agglutination de Latex sensibilisé aux Ac anti-microbiens spécifiques :
([Link] , de [Link] , d’[Link], [Link] , dans un prélèvement de LCR).
- La CIE : une technique de migration électrophorétique sur gel.
([Link] ,[Link] , d’[Link] ,Listeria monocytogenes , dans LCR (ou de liquide pleural).
- Immunochromatographique sur membrane:
Legionella pneumophila et [Link] dans les urines du patient

b- Recherche des Ag bactériens par :

Technique ELISA-SANDWICH :
• Les puits d’une microplaque sont sensibilisés avec un Ac spécifique de la bactérie recherchée.

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• Un échantillon de prélèvement est ajouté dans les puits.
• Le complexe Ag-Ac formé est révélé par addition d’un Ac monoclonal marqué à
une enzyme, puis du substrat spécifique à l’enzyme.
• La DO ou densité optique, mesurée au niveau des puits, permet d’incriminer la
bactérie correspondante.
Applications : recherche de Chlamydia trachomatis, Chlamydia pneumoniae,
Legionella pneumophila, Mycoplasma…
Techniques d’Immunofluorescence Directe et techniques Radio-Immunologiques :
• L’Ac spécifique de la bactérie recherchée, est fixé sur un support ;
• On met en contact cet Ac avec le prélèvement du patient.
• Si ce prélèvement renferme les microorganismes recherchés, il y a réaction Ag-Ac.
• On révèle cette réaction en ajoutant un Ac monoclonal marqué soit par la fluorescéine (IFD), soit par un
isotope radioactif (technique radio-immunologique).
NB: Actuellement, on emploie dans le Dc biologique, les techniques d’IF ou les techniques immuno-
enzymatiques (moins nocives que les techniques radio-immunologiques).

III- Diagnostic Indirect ou Sérologique :

1- Définition et intérêts :
Le Dc indirect: la mise en évidence chez le patient, d‘Ac spécifiques développés suite à une infection bactérienne.
Deux (02) prélèvements de sérum:
-1er : au début de la maladie
-2ème :2 à 3 semaines.
- sur tube sans anticoagulant (tube sec).
Les sérums peuvent être conservés à – 20°C.
On détecte une augmentation significative du titre des Ac entre le sérum précoce (J1-J2) et le sérum tardif (J15-
J21).
Intérêts du diagnostic sérologique:
Intérêt diagnostique : si la bactérie incriminée est difficilement cultivable ou s’il s’agit d’une infection décapitée
par un traitement.
Suivi thérapeutique : l’évolution de la cinétique des Ac spécifiques est utile dans le suivi de plusieurs infections
(Syphilis, Brucellose).
Appréciation de l’efficacité d’une vaccination: ex: Diphtérie, Tétanos
Réalisation d’enquêtes épidémiologiques : évaluer le statut immunitaire d’une population (séroprévalence).
2- Les techniques sérologiques :
Les techniques sérologiques sont nombreuses et variées. Elles diffèrent par :
 La méthode opératoire
 La sensibilité : elle est évaluée par le seuil de sensibilité ou seuil de lecture, qui est la valeur au dessous de
laquelle le test est considéré comme négatif. Cette valeur est généralement égale à 2 ou 2,5 fois la
moyenne des valeurs retrouvées pour des sérums négatifs (sujets sains).
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  La spécificité: Elle est étudiée en comparant des sérums connus, positifs ou négatifs.
 La reproductibilité: elle est évaluée en étudiant plusieurs fois par une technique donnée, un même sérum
positif de titre connu.
Les techniques sérologiques utilisent le principe de la réaction immunologique antigène-anticorps :
Ag + Ac Complexe Ag-Ac
La présence d’Ac sériques spécifiques est révélée par contact entre le sérum du malade et un Ag bactérien
connu.
Les principales méthodes utilisées sont :
• Immunofluorescence
• Enzyme-linked Immunosorbent Assay (ELISA)
• Agglutination passive
Immunofluorescence Indirecte :
• Le sérum du malade est déposé sur une lame portant l’Ag connu fixé.
• Incubation
• on dépose sur chaque spot une goutte d’anti-Ig (anti IgG ou anti IgM ou
anti-IgA ) marquée par un Fluorochrome
• Incubation puis lavages
• Lecture au Microscope à Fluorescence détectant une fluorescence
caractéristique permet de doser l’Ac sérique spécifique.
Applications:
Infections à bactéries à multiplication intra-cellulaire ou à croissance complexe (Chlamydia, Mycoplasma,
Legionella, Brucella …)
- Les techniques Immuno-enzymatiques (ELISA) :
• Ag bactérien fixé au fond des puits d’une microplaque.
• On dépose chaque dilution du sérum de malade dans un puits.
• Après incubation et lavages, on dépose dans chaque puits une anti-Ig (Anti-IgG , ou anti-IgM) couplée à une
Enzyme .
• Après une 2ème période d’incubation et des lavages, on rajoute un substrat dans chaque puits.
• Si présence d’Ac sériques spécifiques, l’enzyme agit sur le substrat qui est hydrolysé et change de couleur
(Densité optique).
Ces techniques très sensibles, automatisées et permettent de différencier les classes d’Ig (IgG , IgM ,IgA).

-L’agglutination passive :
-une agglutination bactérienne directe en tubes (EX: Technique du SéroDc de Widal et Felix).
-Ou une agglutination utilisant des Ag fixés sur un support de particules inertes.
Techniques rapides, simples, souvent sensibles et spécifiques.
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En résumé:
Dans toutes les techniques, l’Ag est mis en contact avec le sérum (Ac) du malade:
IV- Les techniques de biologie moléculaire :
La PCR, ou réaction de polymérisation en chaîne (CARRY MULLIS ,1985) est une technique qui permet d’amplifier
une région bien précise du génome.
Applications:
• Infections dues à des bactéries à croissance difficile ou très lente.
Même si le germe est présent dans le prélèvement à de très faibles concentrations, on peut ainsi détecter sa
présence.
Ex: Dc des tuberculoses paucibacillaires, des infections génitales et des endocardites à hémoculture négative.
• Détection des gènes de résistance aux ATB.
Intérêt de la PCR: rapidité, sensibilité et spécificité.
Inconvénient: prix de revient élevé (réservée à certains laboratoires équipés).

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