STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE

ET
ANTIBIOTIQUES

[Link]-SAIDI
[Link]

EPU 02/12/2016
INTRODUCTION

 Cocci à Gram + en diplocoques

 Famille des Streptococcaceae
(CG+ catalase-, oxydase-, Glc+/[Link])

 Capsule : Facteur de virulence essentiel

 90 sérotypes (polysaccharides capsulaires)
Pneumocoques
Habitat
 Commensale des voies aériennes supérieures

 Très fragile (n’est pas retrouvé dans l’environnement)

 Colonisation du rhinopharynx très précoce:

1/2 des enfants de 2 ans porteurs – 10%
chez l’adolescent

 pic hivernal
 Enfants:20 - 40%
 Adultes: 5 - 25% (60% collectivités)
 Pneumocoques
Pouvoir pathogène naturel
 Infections broncho-pulmonaires
 pneumonies  : +++
 septicémies  : +++

Mortalité:
 5% population générale
 15-20% +bactériémie
 30 -50% [Link] risque, vieillard, méningite

 Pneumonie franche lobaire aiguë

 Pleurésie
Pneumocoques
Pouvoir pathogène naturel

 Infections ORL
 Bronchite, sinusites, otites

 Méningites
 3 mois-3 ans
 Après 50 ans

 Infections plus rares

 Arthrites, conjonctivites, endocardites,
péritonites
Pneumocoques
Structure antigénique

 Antigènes pariétaux
 Protéines M et R
 Antigènes capsulaires
 Polysaccharide 90 types capsulaires
Pneumocoques
Morphologie
 Aspect lancéolé « flamme de bougie »
 Diplocoques à Gram positif (quelquefois en
chaînettes)
 Capsules dans infections graves
Pneumocoques
Culture
 Milieu riche « gélose au sang »
 a-hémolyse

Diamètre optochine >14mm

Lyse par les sels biliaires

Agglutination

Capsule - test de Quelling ou de Neufeld

 test à la vancomycine
PNEUMOCOQUE ET ATB
 Résistance naturelle:
 Aminosides BNR
 Pefloxacine

 Résistances acquises+++:
 Pénicilline G
 Macrolides
 Te; C
Pneumocoque: Antibiogramme (2013)

 Milieu: MH +5% sang de mouton

 SXT: MH+5%sang de cheval hémolysé
 INOCULUM: 0.5McF - eau phy. ou Bouillon MH:
108UFC/ml ( à partir d’une culture de 18H)
 Suspension ensemencée par écouvillonnage (sans
dilution) ou par inondation (après dilution) au 1/10
Lecture après 18-24H à 35-37°C 5% de CO2
 Pour tester le cotrimoxazole : Gélose MH + 5% de
sang de mouton hémolysé
Pneumocoque: Antibiogramme
CA-SFM/ EUCAST2015

• Méthode par diffusion en milieu gélosé

• Milieu: MH-F

• Inoculum : 0,5 McFarland en écouvillonnage

• Incubation: 18-24H à 35-37°C , + 5% CO2

 DETERMINATION DE LA SENSIBILITE
AUX ANTIBIOTIQUES-
Milieux utilisés pour les méthodes de diffusion en milieu gélosé
(CA-SFM/EUCAST)
Liste standard : S. pneumoniae
2013 2015

Pas de grands changements de la liste standard

2013: Oxa-5µg (Lecture interprétative)
2015: Oxa-1µg (lecture interprétative) 14

NORFLO: lecture interprétative

Liste complémentaire : S. pneumoniae
2013 2015

2013: 3 aminosides testés

2015: Gentamicine -500 µg seul aminoside testé 15
Contrôle de qualité des antibiogrammes
Pneumocoque & B-LACTAMINES
 PNEUMOCOQUE ET RESISTANCE A LA
PENICILLINE G

 Naturellement très sensible à la PG TTT de référence

(CMI: 0.004-0.006mg/l)
 PSDP: 1967 Australie
 CMI Péni G : 0.1-1mg/l (PLP2x)
fortes cc° d’ATB

 PRP: 1977 Afrique du Sud (méningites)

 CMI Péni G > 1mg/l (PLP2x,2b,1a,2a)
 Echecs thérapeutiques
Pneumocoque: mécanisme de
résistance aux β-lactamines

 Résistance chromosomique
 Modifications quantitatives et qualitatives des
PLP (sites d’action des ß- Lactamines)
  ° affinité de l ’antibiotique

  activité de l ’antibiotique
 Expression variable
 Résistance croisée autres ß -lactamines
 Pneumocoque: mécanisme de
résistance aux β-lactamines
 Pneumocoque: 6 PLP
 5 de haut PM: 1a, 1b, 2a (classe A), 2x,2b(classeB)
 1 de bas PM: PLP3
 Affinité Péni.G: PLP3> PLP1a> PLP1b> PLP2x> PLP2a>
PLP2b*
 *Modificat° de ces PLP responsables /Rce PG

 Le séquençage des gènes(pbp1a,2x,2b) des PLP1a,

2x,2b:
 PLP altérées sont le produit de gènes «mosaîques»
où des blocs de séq. Sbles sont remplacés par des
blocs de Séq. Rtes provenant de Streptocoques oraux

 Transformation génétique étant un phénomène naturel

chez le pneumocoque
Support génétique de la résistance
 4PLP parmi les 5 de haut PM sont impliquées

 Une ° de l’affinité des PLP2x et PLP2b

résistance bas niveau
 Une ° de l’affinité de la PLP1a (pneumo
ayant PLP2x ou 2b modifiées)  Haut niv de
Rce
 Rce aux C3G: modification de PLP2x et 1a
(PLP3)
Résistance croisée aux autres ß-lactamines

 Rce à PG croisée à toutes les B-lactamines

mais à des niveaux variables

Moins actives
Plus actives PG
Pipéracilline
Cefuroxime
IMP Am Céfopérazone
AMX Cefpodoxime Oxacilline
CTX Céfixime
CRO Céfaclor
céfotétan
 CMI de 10 B-lactamines vis à vis des PSP
et des PSDP
CMI 90 mg/l Péni S Péni I Péni R
Imipénem 0.008 0.125 0.25
Amoxicilline 0.032 1 2
Céfotaxime 0.032 1 2
Ceftriaxone 0.032 1 2
Péni .G 0.032 1 4
Ampicilline 0.032 2 4
Cefpodoxime 0.064 4 4
Céfuroxime 0.032 4 8
Céfixime 0.25 32 32
Céfaclor 1 64 128
S. pneumoniae: Détection de la résistance à la
Pénicilline G

 Antibiogramme:
 Pénicilline G / D peu diminuée
 Oxacilline 5µg  D< 26mm
 Oxacilline 1µg  D< 20mm
 sensibilité diminuée

 CMI
 => S. Intermédiaire
 => S. Résistante
Détection de la sensibilité
diminuée à la pénicilline G

Test de dépistage:

Sensible PSDP
Oxacilline  26mm < 26mm
(5ug) CMI
Pneumocoque et β-lactamines CA-SFM /EUCAST
PSDP
S. pneumoniae: souche de référence peni I
apport du disque d’oxa à 1ug

30
 Détection d’un Pneumocoque de sensibilité
diminuée à la pénicilline
Brut: Interprétation:
Oxacilline R PSDP CMI en
cours
AM CFM CTX Ampicilline S
Céfixime S
Céfotaxime S

CPO Ceftriaxone S

OX

CRO
 Détermination de la CMI

 Méthode de référence: Dilution en

milieu gélosé de MH additionné de 5%
de sang et d’AB. (Technique difficilement
applicable au coup par coup dans un
laboratoire de bactériologie médicale).
 Micro-méthodes réalisées à l’aide de
galeries commercialisées.
 E-test: Bandelettes imprégnées d’un
gradient de concentrations
d’antibiotiques
E-Test pneumocoque

12mg/l

Interprétation:
6mg/l Pénicilline G R
2mg/l
Ampicilline R
Céfotaxime I
E-Test pneumocoque

0.75mg/l
0.75mg/l Interprétation:
1mg/l

Pénicilline G I
Ampicilline I
Céfotaxime I
CMI β-lactamines
brut:

Pénicilline G I
Amoxicilline I
Céfotaxime I

0.75mg/l
0.75mg/l
RC: Patient hospitalisé
1mg/l
en réanimation
Pour PFLA
Sous Peni G 2,4g x 4

CMI peni G ≤ 1 mg/l

Interpréter S
CMI β-lactamines

CTX: 0,5

[Link] isolé d’un LCR

OXA : R
Interpréter :
AMX: 0,75 Peni G :R
AMX > 0,5 : R
CTX :S

PG: 0,75
Pneumocoque et β-lactamines 2013
Concentrations critiques:
Méningite ?
Pneumonie?
Dose ?

S R

Pénicilline G
Méningite ≤ 0.06 > 0.06
Pneumonie : interpréter en fonction de ≤ 0.06 >2
la dose
AMX ≤ 0.5 >2

Méningite ≤ 0.5 > 0,5

Autres β-lactamines ≤ 0.5 >2

PNEUMOCOQUE
&
MACROLIDES et APPRENTES
 MACROLIDES

 L’érythromycine(1952): ATB naturel (Saccaropolyspora

erythraea)
 Dérivés hémisynthétiques
 cycle lactone à 14 atomes de
C:oléandomycine,clarithromycine
 15 atomes de C: azithromycine
 16 atomes de C: josamycine, spiramycine
 propriétés pharmacocinétiques améliorées
 moins d’effet secondaires
 Les macrolides ont pour cible la ss-u ribosomale 50S et inhibent la
synthèse protéique en favorisant la dissociation du complexe tARN
/ peptide synthétisé, du ribosome pendant la phase d’élongation

Arrêt réversible de la synthèse proteique.

Illustration des mécanismes de résistance des
macrolides chez le pneumocoque

Macrolide

S
R R

Efflux mef E

Ribosome

Modification de cible
par méthylase ermB
Pneumocoque & macrolides
Résistance de type MLS B :
La modification de la cible :
gènes erm (Tn conjugatifs/Tn1545)

méthylase rARN 23S

diméthylat° d’une adénine .
l’affinité de l’E pour sa cible.

► Rce croisée entre E et autres apparentés  MLS B.

► Pr et Quinupristine-dalfopristine ne sont pas
touchées.
► MLS B constitutive/inductible
 Résistance aux MLS chez S. pneumoniae
Modification de la cible par méthylase MLSB

 Dans la grande majorité des cas, la résistance est

inductible mais ce phénomène est difficile à caractériser
chez S. pneumoniae (son phénotype a l’air d’être constitutif , en fait
génétiquement il est inductible; cette distinction est importante pour les kétolides qui
n’induisent pas la résistance

Macrolides C14, C15, C16

Lincosamides sont inducteurs de la méthylase
Streptogramines B

Résistance de haut niveau aux macrolides

et croisée aux MLSB
Pneumocoque & macrolides:
Résistance par efflux

Efflux actif via une protéine hydrophobe

incorporée à la membrane cytoplasmique codée
par le gène mef (macrolide efflux).
effet de pompe qui va chasser les
macrolides à 14 et 15 atomes hors du
cytoplasme bactérien

► phénotype M : (CMI E= 8-16mg/l)

► macrolides à 16 C, lincosamides, streptogramines et
kétolides RESTENT actifs
 Résistance acquise aux MLSK

Mécanisme génotype phénotype E Sp L Pr KET

14-15C 16C

Aucun - Sensible 0.03 0.25 0.06 0.06 0.08

- - - - -
0.06 0.5 0.12 0.25 0.03

Modificat° Erm(B) MLSB R R R S S

de la cible >128 >128 >128 0.06- 0.12-05
0.25

Efflux mef (A) M R S S S S

4-16 0.12-0.5

MLSB: inductible ou constitutif

Phénotype MLSB inductible
Expression à bas niveau

Interprétation

E R
L R
SP R
CM R
AZY R
PT S
TEL S
Phénotype MLSB inductible
Expression à haut niveau

Interprétation

E R
L R
SP R
CM R
AZY R
PT S
TEL S
Phénotype MLSB constitutif

Interprétation

E R
L R
SP R
CM R
AZY R
PT S
TEL S
Pneumocoque, macrolides et apparentés
Brut interprété
Erythromycine R R
Clarythromycine S R
Spiramycine S R
Josamycine S R
Lincomycine S R
Clindamycine S R
Pristinamycine S S
Telithromycine S S
Phénotype M
Pneumocoque & Fluoroquinolones
(FQ):
 Pneumocoque est naturellement résistant aux
quinolones de 1ère génération et peu sensibles
à la pefloxacine, l’ofloxacine et la ciprofloxacine
 La lévofloxacine, moxifloxacine, gémifloxacine
sont actives sur le pneumocoque: FQ-
antipneumococciques

 Emergence de souches résistantes aux

fluoroquinolones (<5%):
 Mutations de la gyrase et/ou topo-isomérase IV.
 Par efflux actif.
Pneumocoque & Fluoroquinolones
(FQ):

 Il existe des mutants de bas niveau de

résistance.

 Un traitement par FQ dans les 3 mois

précédents, expose au risque de sélection de
telles souches.
 Mutations de la gyrase et/ou topo-isomérase IV

 Mutation dans l’une et/ou l’autre de la sous-unité C de

la topo-isomérase IV (ParC), rarement de la sous-
unité E(ParE) ou de la sous unité A de la gyrase(GyrA)

 Les mutations siégent dans une région appelée QRDR

(quinolone resistance determining region)

 La modification d’une seule des 2 cibles: bas niveau

de résistance aux fluoroquinolones: Risque de
sélection de mutants résistants.

 Addition d’une mutation dans la 2éme cible: haut

niveau de résistance.
 Mécanisme d’efflux

 Pompe(s) empêchant certaines FQ

(ciprofloxacine et la norfloxacine) d’accéder à
leurs cibles.

 Ne concerne aucune autre FQ anti-

pneumococcique.

 Pompes: Inhibées par la réserpine.

 Phénotype de résistance aux
fluoroquinolones

phénotype NOR CIP SPX LVX MXF GAT

ParC/E 0 ↓ → → → →
BNR
GyrA → → ↓ → ↓ ↓

efflux 0 ↓ → → → →

HNR ParC/E 0 0 ↓↓ ↓↓ ↓↓ ↓↓
+ Gyr A
Détection de la résistance aux
Fluoroquinolones (2013)

Disque de Norfloxacine (5µg)

D<7 mmPneumocoque de sensibilité

diminuée aux FQ

Risque+++de sélection de MRFQ

 Détection de la résistance aux FQ
(2015)
Disque de Norfloxacine (10µg)

D < 12mm D ≥ 12mm

CMI > 16 mg/ L CMI ≤ 16 mg/ L

Déterminer la sensibilité de la LVX et MXF

LVX: S
LVX S: BNR LVX R : HNR
Intérpréter:
Moxifloxacine : S
sensibilité diminuée aux FQ CIP : I
Risque élevé de sélection in OFX: I
vivo de MRFQ et d’échec
clinique
Pneumocoque et fluoroquinolones

Norfloxacine: pas d’intérêt

in vivo mais témoin
révélateur qu’au moins un
mécanisme de résistance
est en jeu (mutation des
topoisomérase ou efflux

Brut: LVX Sensible

Interprété: existence d’un
risque élevé de sélection in
NORFLO
vivo de mutants résistants
aux FQ et d’échec clinique
Phénotype sauvage
Phénotype ParC

Risque de sélection de mutants résistants

Phénotype GyrA

Risque de sélection de mutants résistants

Phénotype ParC+GyrA
Phénotype d’efflux

Risque de sélection de mutants résistants

 Pneumocoque & Aminosides:

 Les pneumocoques sont naturellement résistants à bas

niveau à l’ensemble des aminosides.

 Effet synergique bactéricide entre un aminoside et une

pénicilline ou un glycopeptide.

 Exceptionnellement résistant à la gentamicine et

fréquemment résistant à la kanamycine.
 RHN Km (APH3’III Tn1545)

 Sur l’antibiogramme, le pneumocoque ne doit pas être

catégorisé « S » ou « R » mais «BNR » ou « HNR ».
 Pneumocoque & Aminosides:

 Détection des « HNR »: disques fortement

chargés:
S (500 µg), K (1000µg) et G (500µg)
Depuis 2014:G (500µg) uniquement

 S HNR: la S ne peut être utilisée

 K HNR: K, AN, ISEP ne peuvent être utilisées
 S+ K HNR
Pneumocoque et Aminosides (2015):
G-500 µg

D ≥ 17mm D <17mm
Ou CMI ≤ 250 mg/L Ou CMI > 250 mg/L

BNR à la G HNR à la G
Profil de sensibilité HNR : kana, tobra,
aux autres aminosides? dibékacine, amikacine,
sisomicine, netilmicine

Association synergique
Synergie abolie
avec les b-lactamines
avec les b-lactamines
ou les glycopeptides
ou les glycopeptides
 La résistance aux tétracyclines

 2 gènes de résistance aux

tétracyclines/Pneumocoque
 tet M (RPP pour "ribosomal protection proteins")+
 tet O
 Résistance croisée à toutes les cyclines
 Résistance inductible: tétracycline>>minocycline
 La résistance aux tétracyclines
 Production de protéines empêchant l'action inhibitrice de ces
antibiotiques sur le fonctionnement du ribosome.
 Ces protéines, nommées RPP pour "ribosomal protection
proteins" agiraient grâce à leur homologie de séquence en
acides aminés avec les facteurs d'élongation de la synthèse
protéiques. Le mécanisme précis est encore l'objet de
discussions.
 Au moins deux gènes responsables de la résistance aux
tétracyclines ont été trouvés chez le pneumocoque:tet M et tet O
 tet M est le gène le plus souvent rencontré même si tet O a
parfois été mis en évidence dans des souches d'origine sud-
africaine ou nord-américaine.
 La résistance touche surtout les molécules de première
génération (tétracycline) // seconde génération (minocycline,
doxycycline).
 Cette résistance est inductible : la tétracycline est le composé le
plus inducteur et la minocycline le moins inducteur .
Résistance au chloramphénicol :

 Le mécanisme responsable de la résistance

au chloramphénicol pour le pneumocoque est
une inactivation enzymatique via la
production d’une
Chloramphénicol Acétyl Transférase (CAT).
 Résistance au Cotrimoxazole :
Triméthoprime-sulfaméthoxazole

 Rce au triméthoprime>> Rce aux sulfamides.

 Rce au triméthoprime : mutations du gène de la
dihydrofolate réductase cible de cet ATB.
 Rce aux sulfamides: diverses insertions aboutissant à
une ou deux duplications ou insertions d’acides aminés au niveau
de sulA, gène codant pour la dihydroptéroate synthétase.

 Le test du cotrimoxazole n’est pas fiable sur

gélose au sang. Ce milieu contient de la
thymidine (un inhibiteur des sulfamides). 
utiliser des géloses contenant 5% de sang de
cheval hémolysé.
 Autres Résistances
 Rifampicine: rare
Mutation du gène rpoB codant pour la RNA
polymérase DNA dépendante cible de la Rif

 Oxazolidones/ linézolide -Synthèse protéique

précoce
Pas de Rce croisée avec autres ATB / MLSK
La Rce doit être vérifiée par un test en
absence de CO2
 Antibiogramme d’un PSDP
Brut Interprété
Oxacilline R
Pénicilline S PSDP CMI
en cours
Ampicilline R
Céfotaxime S
Erythromycine R R
G K1000 G500
Lincomycine S R
Pristinamycine S S
Gentamycine S BNR
E L PT Kanamycine R HNR
EPIDEMIOLOGIE DES PSDP

 Fréquence variable selon:

 les pays/ régions
 site infectieux
 Age: enfant/adulte
 sérotypes
 Taux de résistance
 Multirésistance
Résistance du pneumocoque

Fréquence des PSDP

 Tunisie 33,2 – 53,7%
 Algérie 34,6%
 Afrique du sud 4,5%
 France 48, 3%
 Italie 5%
 Usa 34,2%
 [Link] et B-lactamines:
Evolution des PSDP de 2000 à 2014
300

33,2
250

25
25 46,5
200
43,7
36,5 50,6 55,4
R
150 40,1
I
36,4 41,6 45,3 54,3
S
100 47,8 54,3

50

0
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014
 Résistance comparée des souches PSDP et PSP vis-à-
vis des différentes classes d’antibiotiques

100
91,5
90

80

70
62,9
61,2
60

50 PSP
PSDP
40 36,4
31,8
29,4
30

20 16,2

10 7,7

0
E TE SXT C
Données du Sce de Microbiologie-Hôpital [Link] -Ariana
Résistance comparée des souches PSDP et PSP
vis-à-vis des différentes classes d’antibiotiques
Sérotypes et PSDP
 90% des PSDP 6 sérotypes:
 23F - 9 - 6A- 6B - 14 - 19F
 23F 50% des PSDP + multirésistant
 Vaccins antipneumocciques
 Vaccins conjugués=> portage naso-
pharyngé enfant
Distribution de la résistance aux antibiotique en
fonction des sérotypes

JMM 2011
Traitement

 Epidémiologie de la résistance
 Facteurs de risque /pneumococcies; PSDP
 PSP: privilégier toujours la PG et aminoP
 PSDP: B-lactamine 1er choix tant que niv de Rce
compatible avec efficacité thérapeutique(CMI PG<
4mg/l)
Mais posologie +élevée

 Méningite à pneumocoques si souches à sensibilité

diminuée (CMI< 1 mg/l)
 Traitement : céfotaxime ou ceftriaxone à dose élevée
+/- vancomycine (rifampicine ou fosfomycine)
 TRAITEMENT
Pneumocoque S et PSDP PRP (CMI AMX ≥ 2)
Traitement alternative TTT alternative
Pneumonie Pr, telithromycine, LVX (si AMX 2gx3/j CTX 3-6g/j
AMX: 3g/j FR associé avec absence CRO 1-2 g/j
de pré-exposition aux
quinolones)
(PG:
Fortement déconseillées:
200000Ui/kg/j cephalosporines orales

Otite AMX Peni S: Céfuroxime axétil CRO IM 50 Pr

Peni S: 8mg/kg/j mg/kg/j
(OMA)
80mg/Kg/j Cefpodoxime proxétil
PSDP: 30mg/kg/j
150 mg/KG/j
Peni S/ PSDP: Pr
TRAITEMENT

CMI AMX < 0,1mg/l CMI AMX ≥ 0,1 mg/l

Traitement alternative Traitement
Méningite AMX Si CMI C3G < 0,5 mg/l : Si CMI C3G < 0,5 mg/l
200mg/kg/j CTX 200 mg/kg/j CTX 300mg/kg/j
Ou Ceftriaxone 100mg/kg/j
Ceftriaxone 75 mg/kg/j

allergie aux b-lactamines :

Vancomycine 60 mg/kg/j + fosfomycine 200mg/kg/j +/- Rifampicine 20 mg/kg/j
PROPHYLAXIE
 Vaccin polyosidique polyvalent: Pneumo 23®
 Sujets fragiles
 Age
 Bronchitiques chroniques
 Immunodéprimés
 Splénectomisés
 Drépanocytaires homozygotes
 Vaccin conjugué :
 Enfant < 2 ans : 2 doses à 2 mois d’intervalle et rappel après un an
 7-valent: Prevenar®: Sérogroupes et Sérotypes présents
dans «Prévenar » : 4, 6B, 9V, 14, 18C, 19F, 23F.
 13-valent:Prevenar-13®: 1, 2, 4, 5, 6A, 6B, 7F, 9V, 14, 18C,
19A, 219F,3F)