Micro-organismes du tube digestif : le microbiote intestinal
Le microbiote intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes qui composent le tube digestif
humain. Environ 1013 de micro-organismes sont hébergés dans l’intestin (4). Il est composé de
plusieurs centaines d’espèces de bactéries, plus ou moins diversifiées. Le microbiote intestinal
dominant présente trois phyla dominants parmi les bactéries fécales : les Firmicutes, les
Bacteroidetes et les Actinobactéria. Les Actinobactéria sont présentes en plus faible concentration
par rapport aux deux premiers phyla cités (3),(7), (8). Le phylum des Firmicutes est retrouvé en
quantité importante avec le phylum des Bacteroidetes. Le phylum des Firmicutes contient les espèces
bactériennes appartenant aux genres Eubacterium, Clostridium, Ruminococcus et Butyrovibrio (3).
Parmi ces genres, les espèces les plus courantes sont Ruminococus albus, Ruminococus flavefaciens
et Clostridium leptum (3). Le phylum des Bacteroidetes contient des espèces de bactéries appartenant
aux genres Bacteroides et à ses apparentés, Prevotella et Porphyromonas (3). Dans le phylum des
Actinobacteria, les Bifidobactéries et les bactéries du groupe Collinsella Atopobium sont
représentées (6) (3). Le microbiote sous-dominant est composé d’espèces bactériennes aéro-
anaérobies facultatives comme les genres Streptococcus, Enterococcus, Lactobacillus et la famille
des Enterobacteriaceae (surtout Escherichia coli) (9).
Figure 4: Composition et concentration du microbiote intestinal (3).
Œstradiol, 'intégrité intestinale et biome au cours de la vie des femelles
Les niveaux d'œstrogènes augmentent pendant la phase lutéale et diminuent pendant la phase
folliculaire du cycle menstruel/œstral, et sont à leur niveau le plus élevé pendant la grossesse. Les
niveaux diminuent à la ménopause lorsque la production d'œstrogènes par les ovaires cesse (Fig. 1).
Il est intéressant de noter qu'aucune différence n'a été signalée dans le microbiome intestinal au cours
du cycle œstral chez les souris femelles (Wallace et al., 2018), et que les informations sur les
modifications du microbiome intestinal tout au long du cycle menstruel humain sont rares. Les
femmes préménopausées ont des niveaux d'œstrogènes qui fluctuent rapidement, et aucune
corrélation entre les niveaux d'œstrogènes excrétés et la diversité du microbiome intestinal n'a été
observée (Fuhrman et al., 2014). Pendant la grossesse, on observe une augmentation globale de la
diversité et des Proteobactena et Actinobactena (Koren et al., 2012). Les niveaux d'œstrogènes chez
les femmes post-ménopausées sont notés comme ayant une composition différente du microbiome,
en particulier une augmentation de la classe Clostridia, y compris l'ordre Clostridiales et la famille
Ruminococcaceae, et une diminution du genre Bacteroides (Fuhrman et al., 2014). Aussi, il est
observé durant la ménopause, un ratio Firmicute/Bacteroidetes plus faible, une plus faible abondance
de la famille Lachnospiraceae et une plus grande abondance des genres Prevotella, Parabacteroides,
Bacteroides et Bilophila (Mayneris-Perxachs et al. 2020 ; Ozaki et al. 2021 ; Santos-Marcos et al.
2018). D'autres études ont rapporté que le microbiote intestinal post-ménopausique comptait peu de
Faecalibacterium, Bifidobacterium, Alistipes, Ruminococcus et Roseburia (Mayneris-Perxachs et al.
2020 ; Santos Marcos et al. 2018 ; Schreurs et al. 2021 ; Zhao et al. 2019).
Fig. 1. Représentation graphique de l'évolution des taux d'œstradiol, de l'intégrité intestinale et du
biome au cours de la vie des femelles (Korf et al., 2022).
Korf, J. M., Ganesh, B. P., & McCullough, L. D. (2022). Gut dysbiosis and age-related neurological
diseases in females. Neurobiology of disease, 168, 105695.
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