Biochimie structurale

Les α-AMINO-ACIDES
ET
PROTEINES
Dr BENHELAL
Faculté de Médecine de Blida
 INTRODUCTION
Les protéines (du mot grec protos, qui signifie « premier ») sont des molécules
biologiques de première importance, nécessaire à la vie.

- Les protéines le sont en effet du point de vue quantitatif :

par exemple, elles entrent pour plus de la moitié dans la composition des cellules
animales (par rapport au poids sec).

- Toutefois, l’importance des protéines vient surtout de l’extrême diversité de leurs

Fonctions biologiques (tableau I).
 Catégorie Fonction générale Exemple Rôle biologique

Enzymes Catalyse des réactions Anhydrase Accélération des

biochimiques carbonique échanges de CO2

Protéines Organisation et Collagène Constituant des

de structure consolidation des cellules tendons, du cartilage,
et tissus des os

Protéines de Faciliter le transport des Albumine Contribue au transport

transport ions ou des molécules des acides gras libres
ou de certaines
vitamines (notamment
liposolubles)

Hémoglobine Permet le transport du

dioxygène et contribue
à celui du CO2

GLUT Transporteurs
spécifiques du glucose
Protéines de Neutralisation des Immunoglobulines Fixent spécifiquement
défense structures étrangères (anticorps) les structures
étrangères (antigènes)
et favorisent leur
élimination

Protéines de Nutrition palliative de la Ovalbumine Protéine principale de

réserve descendance (graines, œufs) l’œuf

Récepteurs Détection et transduction de Rhodopsine Captage des photons

signaux chimiques, dans les disques
électrique, lumineux rétiniens

Régulateurs de Modulation de l’expression Gcn4p Contrôle du

transcription des gènes métabolisme
Des molécules azotées
chez Saccharomyces
cerevisiae

Hormones Communication chimique Insuline Entrée et

entre les tissus et les consommation du
organes glucose dans les tissus
des vertébrés
 INTRODUCTION
Comment les êtres vivants arrivent-ils à créer une telle variété ?
En premier lieu, les protéines sont constituées d’enchaînements linéaires d’acides aminés ;
ces enchaînements sont de longueur variable – quelques dizaines à quelques milliers – et les
acides aminés sont au nombre de (vingt).
Les possibilités de combinaison sont donc considérables (théoriquement, 20n pour des
chaines constituées de n aminoacides).

Ensuite, ces protéines peuvent être modifiées après leur synthèse par l’association avec
d’autres types de molécules, ce qui multiplie encore la diversité potentielle des structures.

On distinguera donc les holoprotéines composées uniquement d’aminoacides, des

hétéroprotéines comprenant également des molécules non protéiques (groupement
prosthétiques), glucides, lipides, acides nucléiques, ion métalliques (Figure1).
L’étude des protéines commence par la description de leurs constituants de base, les α-acides
aminés.
 LES α-AMINO-ACIDES
Les acides aminés (ou amin-oacides) sont principalement connus

pour être Les Unités structurales de base des protéines.

Les 20 acides aminés qui entrent dans la constitution de toutes les

protéines naturelles sont les acides aminés standards. On dit qu’ils

sont protéinogènes : ils sont incorporés dans les protéines

au cours de la traduction.
 LES α-AMINO-ACIDES
1- Le rôle biologique des acides aminés

Le rôle des acides aminés est multiple:

1.1 Le rôle de structure

Vingt acides aminés distincts entrent dans la composition des protéines. La synthèse
protéique a lieu dans le cytoplasme des cellules au cours de la traduction des ARN messagers.

1.2 Le rôle métabolique

Les acides aminés, par leur fonction amine, sont les éléments de base du métabolisme azoté.
Différents acides aminés exercent un rôle dans le transport de l’azote (glutamine, alanine) ou dans son
élimination sous forme d’urée (ornithine et citrulline). Certains acides aminés interviennent aussi dans le
métabolisme énergétique puisque leur catabolisme alimente le cycle de Krebs ; ils constituent des substrats
de la néoglucogenèse (acides aminés glucoformateurs).
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1.3. Les rôles de médiateurs chimiques et de neurotransmetteurs

- L’acide glutamique et l’acide aspartique sont des neurotransmetteurs excitateurs,

stimulant la transmission de l’influx nerveux.

- L’acide γ-aminobutyrique (GABA), dérivé du glutamate, est présent comme

neuromédiateur dans tout le cerveau.

- La glycine est un neuromédiateur inhibiteur que l’on trouve essentiellement dans la moelle
épinière.

- Les « amines biogènes » sont produites par décarboxylation des acides aminés et
regroupent des composés divers dont certains sont des neurotransmetteurs.
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2- Structure des acides aminés
Ils ont pour structure moléculaire commune :
- Une fonction carboxylique
- Une fonction amine
- Un radical (R) dont la composition détermine la nature de l’acide aminé
 LES α-AMINO-ACIDES
La fonction carboxylique est portée par le carbone α qui est par définition, le carbone voisin
direct de la fonction acide carboxylique des acides aminés. La fonction amine est aussi
portée par le carbone α dans les acides α-aminés, elle est portée par le carbone β dans les
acides β-aminés et le carbone γ dans les acides γ-aminés (Figure 2)
 LES α-AMINO-ACIDES
Exemples d’acides α-, β-, et γ-aminés (Figure 3)
• L’alanine (ou α-alanine) est un acide α-aminé (R=CH3) protéinogène (standard)
• La β-alanine est un acide β-aminé ( R=H) qui entre dans la constitution d’un coenzyme,
le coenzyme A
• L’acide γ-aminobutyrique (ou GABA) est un acide γ-aminés (R=H). C’est un
neuromédiateur : il participe à la transmission de l’influx nerveux.
 LES α-AMINO-ACIDES
Les 20 acides aminés standard qui entrent dans la composition des protéines naturelles sont
tous des acides α-aminés.

Les acides α-aminés standard à l’exception de la proline (qui possède une fonction amine
secondaire), ont pour formule générale :
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Ce sont des molécules caractérisées par une fonction amine primaire (-NH3+) et une fonction

acide carboxylique (-COO-) portées par un même atome de carbone, le carbone α.

Ils diffèrent entre eux par la nature du radical R (chaîne latérale), aussi porté par le carbone α.
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3- Classification des acides aminés standards :

De nombreuses classification sont proposées, toutes font intervenir le radical R appelé aussi
chaîne latérale spécifiques des acides aminés.

• Classification selon la nature chimique de la chaîne latérale(R).

• Classification selon la polarité de leurs chaînes latérales

• Classification selon l’essentialité des acides α-aminés.

 LES α-AMINO-ACIDES
3.1. Classification selon la nature chimique de la chaîne latérale(R).
⮚ Acides aminés aliphatiques
Dans ce cas, le radical est uniquement constitué d’atomes de carbone et hydrogène.
o Acides aminés linéaires :
• Glycine ou glycocolle, son radical est constitué d’un atome d’hydrogène
• Alanine, son radical est composé d’un groupement méthyl.
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o Acides aminés ramifiés :
• La valine, isoleucine et la leucine
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o Acides aminés alcools

• Il existe deux (2) acides aminés standards présentant une fonction alcool au niveau de leur
radical : la sérine et la thréonine
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o Acides aminés soufrés

Deux acides aminés standards dans les protéines contiennent du soufre dans leur chaîne latérale.
Ce sont Cystéine et la méthionine.
• La cystéine, qui possède un groupement thiol (-CH2-SH).
• La méthionine qui a un groupement thio-éther (CH3-S-CH2-)
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⮚ Acides aminés dicarboxyliques

• Il s’agit de l’acide aspartique et de l’acide glutamique

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⮚ Acides aminés Amides
• Très proche des acides aminés dicarboxyliques, ils présentent néanmoins une fonction amide
au niveau du radical. Il s’agit de l’asparagine et la glutamine
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⮚ Acides aminés dibasiques
Ces acides aminés présentent une deuxième fonction amine au niveau du radical.
• La lysine porte une fonction amine primaire
• L’arginine une fonction guanidium
• L’histidine un groupe imidazole
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⮚ Acides aminés aromatiques
Trois aminoacides aromatiques
• La phénylalanine possède un noyau phényle.
• La tyrosine est la forme hydroxylée de la phénylalanine avec un noyau phénol.
• Le tryptophane possède un noyau indole.
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⮚ Acide aminé hétérocyclique (acide α-iminé)
• La proline est un acide aminé atypique car la chaîne latérale forme un cycle avec la fonction amine
(qui devient du coup secondaire) du carbone α.
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3.2. Classification selon la polarité de leurs chaînes latérales (Figure …).
On peut ainsi distinguer
⮚ Les acides α-aminés apolaires ou hydrophobe

- Neuf (09) acides α-aminés possèdent une chaîne latérale apolaire (non polaire).
• Sept (7) possèdent une chaîne latérale aliphatique
Le plus simple d’entre eux est la glycine (ou glycocolle) dont la chaîne latérale est un unique
atome d’hydrogène qui fait de cet acide aminé un cas à part, ici classé par défaut dans les
acides aminés à chaîne latérale aliphatique.
Par ordre croissant de complexité, apparaissent ensuite l’alanine, la valine, l’isoleucine, la
leucine. Plus la chaîne latérale aliphatique est longue, plus elle est apolaire et hydrophobe. La
méthionine et la proline
• Deux ( 2)possèdent une chaîne latérale aromatique : la phénylalanine et le Tryptophane
 LES α-AMINO-ACIDES
⮚ Les acides α-aminés polaires neutres,
- Six (6) acides α-aminés possèdent une chaîne latérale polaire neutre, c’est-a-dire non chargée,
à pH neutre. Ces acides aminés sont relativement plus soluble dans l’eau, R renferme des
groupements fonctionnels neutres, polaires, qui peuvent contracter des liaisons hydrogène
avec les molécules d’eau et augmentent la solubilité de l’acide aminé.
• Trois (3)d’entre eux possèdent une fonction hydroxyle (-OH) : la sérine, la thréonine et la
tyrosine caractérisée par un groupe phénol.
• Un (1) possède une fonction thiol (-SH) : la Cystéine
• Deux (2) possèdent une fonction amide (-CO-NH2) : L’asparagine et la glutamine qui sont
les formes amidées de l’aspartate et du glutamate, respectivement.
 LES α-AMINO-ACIDES
⮚ Les acides α-aminés polaires ionisables
- Cinq (5) acides α-aminés possèdent une chaîne latérale polaire ionisable, c’est-a-dire chargée,
à pH neutre.
• Deux (2) d’entre eux possèdent une chaîne latérale chargée négativement à pH neutre
(acides aminés acides) :
l’aspartate et le glutamate qui portent une fonction acide carboxylique à l’extrémité de leurs
chaînes latérales.
• Trois (3) possèdent une chaîne latérale chargée positivement à pH neutre (acides aminés
basiques) : la lysine, l’histidine et l’arginine
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3.3. Classification selon l’essentialité des acides α-aminés.

Parmi les 20 acides α-aminés standard, huit sont essentiels pour l’organisme humain, car il ne
peut les synthétiser. Il s’agit de la valine, l’isoleucine, la leucine, la méthionine, la phénylalanine,
le tryptophane, la thréonine, la lysine. A ces huit acides aminés essentiels, s’ajoutent deux acides
aminés parfois essentiels (semi-essentiels) : l’histidine et l’arginine. Ces derniers ne sont
essentiels que dans certaines périodes de la vie ; chez le nourrisson et l’enfant.
Les acides aminés essentiels doivent être apportés par l’alimentation afin de garantir le bon
fonctionnement de l’organisme. Les acides aminés essentiels sont fournis à notre organisme par
une alimentation équilibrée contenant des protéines, d’origine animale ou végétale.
Un moyen mnémotechnique pour les retenir :
 LES α-AMINO-ACIDES
4- Nomenclature des acides aminés standards:
Pour nommer les acides aminés, on peut utiliser un code à 3 lettres ou un code à une lettre.
- Le code à trois lettres fait référence aux trois premières lettres du nom de chaque acide aminé.
- Le code à une lettre (majuscule).C’est en principe la première lettre du nom de l’acide aminé
sauf lorsque deux ou plusieurs acides aminés commencent par la même lettre.
• Quand il n’existe qu’un acide aminé commençant par une lettre donnée, on utilise cette lettre :
C = cystéine, H = histidine, I = isoleucine, M = méthionine, S = sérine, et V = valine.
• Si plusieurs acides aminés commencent par la même lettre, cette lettre est attribuée à l’acide
aminé le plus abondant : A = alanine, G = glycine, L = leucine, P = proline et T = thréonine.
• La plupart des autres lettres sont choisies car suggestives du point de vue phonétique :
D = aspartate (asparDate), F = phénylalanine (Fénylalanine), N = asparagine
(asparagiNe), R = arginine (aRginine), W = tryptophane (tWyptophane), et Y = tyrosine
(tYrosine).
• Celles qui restent sont attribuées comme suit: E = glutamate (proche de D = l’aspartate), K =
lysine et Q = glutamine (proche de N = asparagine).
Nom Code à Code à Nom Code à Code à
3 lettres 1 lettre 3 lettres 1 lettre

Alanine Ala A Leucine Leu L

ARginine Arg R Lysine Lys K

AsparagiNe Asn N Méthionine Met M

Acide aspartique Asp D Phénylalanine Phe F

Acide glutamique Glu E Proline Pro P

Cystéine Cys C Sérine Ser S

Glutamine Gln Q Thréonine Thr T

Glycine Gly G Tryptophane Trp W

Histidine His H Tyrosine Tyr Y

Isoleucine Ile I Valine Val V

Sélenocystéine Sec U
 LES α-AMINO-ACIDES
5- Structure des acides α-aminés « non standard »
5.1- Les acides aminés rares constitutifs de quelques protéines
• En plus des 20 acides α-aminés standard protéinogènes, certains acides α-
aminés non standard peuvent être incorporés lors de la traduction des protéines.
Par exemple, la sélénocystéine (abréviation Sec, symbole U), analogue de la
cystéine dans lequel un atome de sélénium remplace l’atome de soufre, est
incorporé dans les sélénoprotéines, protéines qui participent à la défense de
l’organisme contre le stress oxydant.
 LES α-AMINO-ACIDES
• Peuvent être présent dans des protéines des dérivés de ces 20 acides α-aminés standards :
ce sont des acides aminés qui ont subit des modifications post-traductionnelles
comme la 5-hydroxylysine et la 4-hydroxyproline présentes dans le collagène ou
le γ-carboxy-glutamate présent dans certains facteurs de la coagulation.
 LES α-AMINO-ACIDES
5.2- Les acides aminés non constitutifs des protéines
Il existe de nombreux autres acides aminés, en plus des acides α-aminés que l’on retrouve dans les
protéines. Certains, comme l’ornithine et citrulline, sont rencontrés dans des voies métaboliques.
 6- Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
6.1- Propriétés physiques des acides α-aminés:
6.1.1- Solubilité :
Les acides aminés sont solubles dans l’eau, mais cette solubilité est variable :
⮚ Selon la nature du radical R :
• Les plus solubles sont les plus petit (glycine), la présence sur le radical R de fonction polaires
(groupes –NH2, COOH), ou hydrophiles (groupes OH) augmente cette solubilité ;
(Hydrophiles : qui ont de l’affinité pour l’eau. Ils ont la capacité de créer des liaisons
hydrogènes avec l’eau).
• Les moins solubles sont les acides aminés à longue chaîne carbonée (hydrophobes : qui n’ont
pas d’affinité pour l’eau. Ils n’ont pas la capacité de créer des liaisons hydrogènes avec
l’eau).Les chaînes les plus hydrophobes étant celles de l’isoleucine, de la leucine, de la valine,
de la phénylalanine et du tryptophane.
⮚ Selon le pH :
• Solubilité minimale lorsque le pH du milieu = pHi (point isoélectrique)
• A pHi, la charge nette de l’acide aminé est la plus faible et l’association de l’acide aminé avec
les molécules d’eau est nulle.
 6- Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
Il existe plusieurs échelles d’évaluer l’hydrophobicité et l’hydrophilicité, on peut citer l’échelle
de Kyte & Doolittle(1982) [Link], 157,[Link] échelle est basée sur un modèle
informatique pesant les valeurs d’hydrophilicité et d’hydrophobicité de chaque résidu.

Echelle d’hydrophobicité de Kyte et Doolittle

Acide aminé R K N D E Q H P Y W S T G A M C F LVI

Echelle - 4.5
- 3.9
D’hydrophobicité - 3.5
Kyte & Doolittle - 3.5
- 3.5
- 3.5
- 3.2
- 1.6
- 1.3
- 0.9
- 0.8
- 0.7
- 0.4
+ 1.8
+ 1.9
+ 2.5
+ 2.8
+ 3.8
+ 4.2
 Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
6.1.2- Configuration et isomérie optique :
o Notion de carbone asymétrique C*
A l’exception de la glycine (Gly), tous les acides aminés possèdent un carbone α (Cα)
asymétrique (ou chiral), carbone lié à 4 substituants (atomes ou groupes d’atomes) différents :
-H, -NH3+, -COO- et la chaîne latérale –R. La glycine est un cas à part : son carbone α n’est pas
asymétrique car les quatre substituants de ce carbone ne sont pas tous différents. Il y a, parmi eux,
deux atomes d’hydrogène (-H) dont un correspond à la chaîne latérale.
Il existe donc deux configurations possibles ou 2 stéréo-isomères (D ou L).
Ces 2 stéréo-isomères sont appelées “énantiomères” (non superposables; images l’un de l’autre
dans un miroir), qui ont la même formule brute mais des formules développées différent au niveau
de la position dans l’espace du groupe amine porté par le C*α.
Selon la projection de Fischer si le groupe amine porté par le Cα de l’acide aminé est situé à :
• Droite du C*α : acide aminé appartiendra à la Série D (du latin dexter, du côté droit)
• Gauche du C*α : acide aminé appartiendra à la Série L (du latin laevus, du côté gauche)
Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
 6- Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
Tous les acides aminés constitutifs des protéines appartiennent à la série L sauf la glycine (sans
série). En effet la glycine ne possède pas de carbone asymétrique, elle n’appartient ni à la série D,
ni à la série L.

Il existe seulement quelques représentants des acides aminés de la série D, par exemple dans des
antibiotiques, c’est-à-dire qu’ils peuvent être utilisés pour détruire des bactéries ayant envahi
l’organisme humain (exemple gramicidine) ou dans les constituants des parois cellulaires
bactériennes (peptidoglycane).

La thréonine et l’isoleucine possèdent deux carbones asymétriques, Il y a 2n structures

isomériques (n = nombre de carbones asymétriques), ce qui correspondent à 2 paires
d’énantiomères et peuvent donc exister sous la forme de quatre diastéréoisomères ;
 Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
Pour la thréonine
 Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés

L-thréonine est diastéréoisomères de L-allo-thréonine et D-allo-thréonine.

Et L-allo-thréonine est diastéréoisomères de L-thréonine et D-thréonine

On affecte le préfixe "allo" à l'acide aminé que l'on trouve pas dans les protéines.
 Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
Pour l’isoleucine
 Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
o Pouvoir rotatoire des Acides aminés
Les deux énantiomères d’un acide α-aminé possèdent les mêmes propriétés physico-chimiques à
l’exception de leur activité optique (pouvoir rotatoire), c’est-a-dire la propriété de faire tourner le
plan de polarisation de la lumière polarisée.
 Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
• Si la rotation s’effectue dans le sens des aiguilles d’une montre, on dit que la molécule est
dextrogyre (+)
• Si la rotation s’effectue dans le sens inverse des aiguilles d’une montre, on dit que la molécule
est lévogyre (-)
Remarques
1- Il n’existe aucune relation entre L’appartenance d’un acide aminé à la série D ou L
(énantiomérie) et le sens du pouvoir rotatoire.
Ainsi, un D-acide aminé peut être dextrogyre ou lévogyre. Il en est de même pour L-acide aminé.
Avec les exemples de la L-Ala et la L-Phe.

• [α] 20D L-Ala = + 1.8 L-Phe = - 34.5

• D-Ala = - 1.8 D-Phe = + 34.5
2- Un mélange racémique, c’est-a-dire comportant une quantité égale des 2 formes énantiomères
(D et L) est optiquement inactif sur la lumière polarisée.
 6- Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
6.1.3- Propriétés spectrales : Absorption dans l’ultraviolet
Les acides aminés présentent une absorption en générale inférieur à 230 nm.
Cependant les acides aminés aromatiques (Phe, Tyr, Trp) absorbent dans le proche ultraviolet
entre 240 et 300 nm.

pH= 7, T° =25°C Trp Tyr Phe

λ max (nm) 280 274 257
 6- Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
6.1.4- Propriétés ioniques des acides aminés : Caractère amphotère
a- Propriétés amphotères des acides aminés
Les acides α-aminés possèdent tous au moins deux groupements ionisables :
La fonction acide carboxylique (acide faible) et la fonction amine (base faible) liées au carbone α.
Ils sont par conséquent, amphotères et existent dans différent états d’ionisation en fonction du
pH.
Remarque : Quelques notions indispensables
- Un acide, selon Brönsted, est un donneur de protons.

- Une base est un accepteur de protons.

 6- Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
Le pH est défini par la relation : pH = - log [H3O+] = - log [H+]
Dans le cas des acides faibles, on définit la constante d’équilibre de dissociation de l’acide ou
constante d’acidité. Elle est notée Ka : Ka = ([A-][H+]/[AH]
A partir de Ka on définit le pKa qui s’écrit pKa = - log Ka
On utilise généralement le pKa plutôt que le Ka pour déterminer la force d’un acide.
Plus l’acide est fort plus le pKa est petit.
Une molécule amphotère se comporte comme un acide (donneur de protons) et comme une
base (accepteur de protons) lorsqu’elle est en solution.
• Le pK (ou pKa) est le pH de demi-dissociation d’une fonction ionisable, c’est-a-dire le pH
auquel une fonction ionisable existe à 50% sous sa forme protonée et 50% sous sa forme
déprotonée.
• Pour les acides aminés, le pK1 est le pK de la fonction α-carboxyle, le pK2 est le pK de la
fonction α-amine et si la chaîne latérale (ou radical R) est ionisable, le pKR (ou pK3)
correspond à son pK.
On peut encore écrire d’après l’équation d’Henderson-Hesselbalch :
pH= pKa + log ([base conjuguée] / [acide]),
 6- Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
Le pHi (pH isoionique) aussi nommé pI (point isoélectrique) d’une molécule en solution est le pH
auquel cette molécule possède une charge globale nulle (zwitterion de l’allemand « zwitter »
hybride).
La charge des groupements acides/bases obéit à la règle suivante :

Si pH < pKa Si pH > pKa

Fonction chimique
La fonction est protonnée La fonction est déprotonnée

Acide (COOH/COO-) COOH (charge neutre) COO-(charge négative)

Basique (NH3+/NH2) NH3+ (charge positive) NH2 (charge neutre)

Par conséquent, l’état d’ionisation d’un acide aminé varie de la manière suivante, en fonction du
pH de la solution.
 6- Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
b- Courbes de titration des acides aminés

Si l’on place notre acide aminé dans une solution à pH= 1 (donc avec une concentration en H+

saturante), tous les groupements sont sous la forme la plus protonée. On fait ensuite remonter

progressivement le pH (en ajoutant de la soude par exemple), et que chaque addition est suivie

de la mesure du pH, on peut construire la courbe pH= f (équivalents de NaOH).

Comme nous l’avons expliqué, la première à perdre son proton est celle qui a le comportement

le plus acide donc le pK le plus faible.

• Cas des acides α-aminés à chaine latérale non ionisable : Prenons l’exemple de l’alanine
C’est à des pH voisins des pK des fonctions ionisables (pK+/- 0,5 unité de pH) que les acides aminés
exercent un pouvoir tampon, c’est-à-dire qu’ils s’opposent aux brusques variations de pH malgré l’ajout
constant de NaOH (voir, les deux zones colorées dans la courbe de titration de l’alanine)

pH= pKa + log ([base conjuguée] / [acide]), puisque nous somme à la demi titration de la fonction (α-COOH)

avec [-COO-] = [-COOH] dans ce cas le pH devient :

pH = pK1+ log ([-COO-] / [-COOH], d’où le pH = pK1

Une zone tampon s’obtient également pour les valeurs de pH voisines de pK2(9,69) ; dans cette zone, la

valeur du pH est donnée par l’équation d’Henderson-Hesselbalch :

pH = pK2+ log ([-NH2] / [-NH3+].

• Cas des acides α-aminés à chaîne latérale ionisable: Prenons l’exemple de l’acide glutamique
• Cas des acides α-aminés à chaîne latérale ionisable : Prenons l’exemple de la lysine
La capacité tampon de l’histidine.

L’histidine est un acide aminé particulièrement important parce que Son groupement imidazole n’est que
faiblement basique (pKa = 6).
A pH 7,2 – 7,4 c’est-à-dire au pH physiologique, les solutions d’histidine sont donc constituées d’un mélange
de forme protonée et de forme dissociée. C’est pourquoi la contribution de cet aminoacide au pouvoir tampon
des protéines est si importante. La courbe de titration de l’histidine
est présentée sur la figure ….
Remarque

• Le pHi d’un acide aminé acide (à chaîne latérale acide = aspartate ou glutamate) est alors égal

à la moyenne des pKa des 2 fonctions acides ;

• Le pHi d’un acide aminé basique (à chaîne latérale basique = lysine, arginine ou histidine) est
égal

à la moyenne des pKa des 2 fonctions basiques.

 6- Propriétés physico-chimiques des
acides α-aminés
6.2- Propriétés chimiques des acides α-aminés:
A-Propriétés de la fonction carboxylique (-COOH)
• Estérification par un alcool
• Formation d’amide (liaison peptidique)
• Réaction de décarboxylation
B-Propriétés générales liées au groupe (-NH2)
• Formation d’imine « base de Schiff »: réaction avec un aldéhyde
• Désamination, transamination
• Réaction avec la ninhydrine : désamination oxydative
C-Propriétés des chaines latérales.
 A-Propriétés de la fonction carboxylique (COOH)

- Estérification par un alcool: en présence d’un acide fort ( Formation d’ester)

Réaction utilisée pour séparer les aminoacides en phase gazeuse (et même en phase
liquide) en produisant des dérivés esters butyliques.
- Formation d’amide ( Réaction avec une fonction amine)

Quand le groupement amine est fourni par un autre α Aa, il se forme une liaison
peptidique.
 - Réaction de décarboxylation: Formation d’amine

La fonction carboxylique (du carbone α) peut faire l’objet d’une réaction de

décarboxylation conduisant à la formation d’amine, que l’on qualifie de biogène
lorsqu’elle a un rôle biologique.

Certaines de ces amines sont douées d’activité physiologique ou pharmacodynamique :

 CO2
Sérine éthanolamine (précurseur de la
choline)
Décarboxylation de l’acide Glutamique

Le GABA ou γ-amino-butyrate, neuromédiateur inhibiteur, est issu de la

décarboxylation du glutamate par la glutamate décarboxylase (noter l’inversion de

l’ordre d’identification des carbones α, β et γ).

 Décarboxylation de Sérine

Trois méthylations successives de l’azote de l’éthanolamine donne la choline

 B-Propriétés liées au groupe NH2

Formation d’imine « base de Schiff »: réaction avec aldéhyde:

Addition de carbonyle

Sauf la proline qui contient une fonction amine secondaire.

 Désamination

Réaction au cours de laquelle, l’acide aminé perd son groupement sous forme de NH3

Pour maintenir la réserve intracellulaire des 20 aminoacides servant à la synthèse

protéique, le métabolisme passera par des désaminations avec oxydation qui
produiront des acides α cétoniques, source principale, sinon la seule, à partir de
laquelle les aminoacides sont synthétisés.
 Transaminatio
n

La transamination, catalysée par une aminotransférase (AT) ou anciennement, transaminases

Est une réaction de transfert réversible du groupement aminé entre un acide aminé et un
acide α-cétonique:

L’acide aminé donneur du groupement aminé est transformé en acide α-cétonique, l’acide α-
cétonique accepteur du groupement aminé est transformé en acide α-aminé.

L’acide α-cétonique accepteur est presque toujours l’α-cétoglutarate, qui est transformé
en glutamate
 La réaction avec la ninhydrine
donne un produit
violet pour les amines primaires
jaune pour les amines secondaires

Ninhydrine + AA désamination et décarboxylation simultanée de l’AA

AA devient un dérivé aldéhyde et la ninhydrine devient l’hydrindantine par réduction.

Hydrindantine formée réagit avec la ninhydrine en excès pour former le pourpre de

Ruhemann (coloration bleue-violette à 570 nm)

Attention la proline est le seul AA qui devient jaune (440nm) avec la ninhydrine
car il réagit partiellement du fait de sa fonction amine secondaire.
 C-Propriétés de la chaine latérale
Ces propriétés sont celles des fonctions portées par la chaine latérale.
• Groupements thiols
Oxydation des SH: Formation de ponts disulfures .

Les résidus de cystéine dans les séquences polypetidiques peuvent former des ponts disulfures.
Ces liaisons covalentes participent à la stabilisation de la structure tertiaire des protéines
Structure de l’insuline
 • Fonctions alcool

fonctions alcool de la sérine et la thréonine, la fonction phénol de la tyrosine aussi

Phosphorylation par l’acide phosphorique: formation d’un ester phosphate

Phosphorylation de la tyrosine
Les hormones thyroïdiennes comprennent deux dérivés de la tyrosine auxquels la peroxydase
thyroïdienne fixe 3 ou 4 atomes d’iode (tri-iodothyronine ou T3, tétra-iodothyronine ou T4).
T3 et T4 sont nécessaires pour la croissance de l’organisme et stimulent la production de
chaleur.
• O-Glycosylation
liaison entre 1 ose et 1 acide aminé ( Sérine, thréonine)
Fonctions amide

• N-Glycosylation : liaison entre 1 ose et l’asparagine

 B- Les peptides
1- Définition de la liaison peptidique

La réaction du groupe α-carboxylique d’un acide aminé avec le groupement α-aminé d’un acide

aminé suivant, permet de former un amide secondaire avec élimination d’une molécule d’eau.

Cette liaison, s’appelle liaison peptidique ( car elle permet la formation d’un peptide qui est

définit comme un enchainement d’Aa reliés par des liaisons peptidiques).

La liaison peptidique; permet la formation:

- d’un dipeptide avec deux amino-acides,

- Un tripeptide avec trois amino-acides

- Un polypeptide avec plus de quatre amino-acides.

- Un oligopeptide (peptides contenant peu d’amino-acides) ,Une chaine de 2 à 10 acides

aminés

- Un polypeptide. Des chaines de 10 à 100 acides aminés

- Les chaines encore plus longues sont désignées comme des protéines (au-delà de 100)

- Parfois deux ou plusieurs chaînes polypeptidiques peuvent être reliées par des ponts
disulfure.
2- Mode de représentation d’une séquence peptidique:
La chaîne qui comprend les liaisons amides est appelée la chaîne principale, alors que les
substituants, R constituent les chaînes latérales.
Les peptides ont toujours une extrémité amine libre ou extrémité N- terminale, et une
extrémité carboxyle libre ou extrémité C- terminale.
Par convention, le nom du peptide commence toujours par la gauche, c'est-à-dire par
l'extrémité N terminale, chaque acide aminé étant affecté du suffixe -yl, sauf pour le
dernier qui garde son nom complet, sans suffixe.
L'adjectif peptidique se rapporte aux peptides et notamment les liaisons des acides
aminés qui les constituent.

Exemple: leucyl- glycyl- alanine.

3- Caractéristiques de la liaison peptidique
La liaison peptidique a deux caractéristiques fondamentales
- Les atomes qui participent à cette liaison (les 6 atomes Cα, C, O, N, H et Cα) se trouvent
dans un même plan
- Les atomes de Cα des amino-acides sont en position trans par rapport à la liaison C-N
- La liaison peptidique est une liaison qui a les caractéristiques d’une double liaison partielle
ce qui a trois conséquences (stable, rigide et plane).
- La fonction imino (NH) de la liaison peptidique n’a pas tendance à s’ioniser ou être
protonisée dans un intervale de pH de 1 -14

- La libre rotation autour de la liaison C-N est impossible

(importance pour la conformation des protéines).
4- Propriétés physiques des peptides

Ils sont chargés : ils contiennent un groupement NH3+ (N-terminale) et un groupement

COO- (C-terminal) et des groupements ionisables sur les chaines latérales des résidus
acides aminés, on définit ainsi des pHi.

5- Propriétés chimiques :

Les peptides présentent les réactions chimiques de radicaux portés par les chaines latérales
des résidus d’acides aminés (les fonctions alcool peuvent être estérifiées par un phosphate ou
un sulfate)
Si le peptide contient des résidus de cystéine il peut former des liaison S-S : pont disulfure.
6- Propriétés biologiques

La plupart des peptides sont formés comme les protéines par le système de synthèse
protéique.
Certains peptides de petite taille se forment par réaction directe entre acides aminés
grâce à la peptidyltransférase
Hydrolyse enzymatique des peptides se fait par les peptidases (digestives).

Les rôles sont nombreux, mais on peut citer :

Les peptides hormonaux
Les peptides de structure
Les peptides antibiotiques : Tous les pénicillines contiennent la D penicillamine qui
est le dérivé du diéthyle de la D- cystéine.

Beaucoup d’antibiotiques utilisés en thérapeutique sont des peptides synthétisés en

laboratoire.
 Quelques exemples de peptides

Tripeptide : Glutathion : γ-glutamyl-cystéinyl-glycocolle.

Liaison avec la fonction γ carboxylique.

Il est présent dans presque toutes les cellules et lutte contre l'oxydation cellulaire.
GSH (-SH : fonction thiol de la cystéine)
Hormones hypothaliques:

9 AA L’AA C-ter est de la

glycinamide
 Insuline et glucagon
Ces deux hormones sont synthétisées par les îlots de Langhérans du pancréas :
les ilôts β synthétisent l'insuline et les ilôts a, le glucagon.

⮚ L'insuline est hypoglycémiante (favorise la pénétration du glucose dans les

cellules périphériques),

⮚ le glucagon à l'effet inverse: hyperglycémiant. L'équilibre entre ces deux hormones

régule le taux de glucose sanguin.
Insuline
Elle présente une structure ramifiée :
deux chaînes peptidiques : A (21 AA) et B(30 AA), réunies par des ponts disulfures
(liaisons covalentes)
Glucagon: 29 AA. Hormone pancréatique: Chaine monocaténaire

Il s’agit d’une hormone plus courte (29

AA),
avec un effet hyperglycémiant
 Etude de la structure des peptides
A- STRUCTURE PRIMAIRE
Dans un premier temps, il s’agit de déterminer la composition en Aa du peptide, puis
le mode d’agencement des différents Aa ( la séquence des acides aminés dans ce
Peptide) .
La structure primaire d’un peptide ou d’une protéine est représentée par la
composition et la séquence ( l’ordre) de ses Aa constitutifs.
A-1: Composition en Acides amines :
Cette détermination se fait en trois étapes

- Hydrolyse des liaisons peptidiques , libérant tous les Aa constitutifs.

- Séparation et identification des Aa libérés
- Dosage des différents Aa
1- : Hydrolyse des liaisons peptidiques
1.1: Voie chimique : par les acides forts et à chaud,

en général on utilise HCl 6N à 120 °C pendant 18-24 H sous vide, c’est la méthode la plus
utilisée.
Inconvénients: détruit le Tryptophane et transforme la Glutamine en Glutamate et
l'Asparagine en Aspartate.
H2O
- Gln et Asn Glu et Asp + NH3
Le dosage de NH3 formé au cours de l’hydrolyse acide permet l’estimation de Gln et Asn.
- Ser et Thr sont partiellement détruit (un temps d'hydrolyse plus faible permet de résoudre le
problème).
- Trp Totalement détruit
Le dosage de Trp necessite une hydrolyse alcaline (NaOH 2 à 4 N pendant 4 à 8 H à
100°C).
Mais l’hydrolyse alcaline détruit Ser, Thr et Cys et entraine la racémisation de tous les
Aa( L D)
1.2: Voie enzymatique : par des peptidases bactériennes ou par des endopetidases ( Trypsine)
Cette hydrolyse enzymatique est lente, longue rarement complète
2- : Séparation et identification

Plusieurs méthodes biochimiques sont disponibles pour effectuer cette analyse

Qualitative

⮚ Méthodes basées sur la solubilité:

- Chromotagraphie sur Papier
- Chromotagraphie sur Couche Mince

⮚ Méthodes basées sur la charge

- Electrophorèse
- Chromatographie échangeuse d’ion
Chromatographie sur papier
La chromatographie est une méthode physique de séparation basée sur les différences
d’affinités des substances à analyser à l’égard de deux phases, l’une stationnaire ou fixe,
l’autre mobile.

Partage entre «phase hydrophile» et « phase hydrophobe ».

• Migration par capillarité: Les Aa hydrophobes migrent le plus

• Coloration par la ninhydrine

• L'identification des différents Aa du mélange se fait par comparaison avec des

témoins, en calculant le Rf (rapport au front) de chaque soluté, ou le Rt (rapport à un
témoin).
Rapport frontal : ou référence front, coefficient de migration

Rf = Y/X Distance parcourue par le soluté / Distance parcourue par le solvant

 Electrophorèse

- Un pH donné, les Aa chargées électriquement peuvent exister en solution comme

cations
(+) ou anions (-).

- Un dépôt de l’Aa est placé au milieu du papier absorbant (humecté par une solution
tampon).

- Le papier est connecté à deux électrodes (- et +).

- Lorsque le courant électrique est établi,

Les cations se déplacent vers la cathode (-) et les anions se déplacent vers l’anode (+).

- La vitesse de chaque espèce migrante dépend du pH de la solution tampon et du point

isoélectrique de l’acide aminé.

- Coloration (ninhydrine)
pH=6
 Electrofocalisation (IEF -IsoElectric Focussing)

- La migration est effectuée dans un gradient de pH; chaque Aa migre jusqu'à l'endroit
où le pH est égal à son pHi.

- Ces molécules migrent rapidement dans le gel jusqu'à atteindre une zone où leur charge
devient nulle.
 La chromatographie d'échange d'ions
Dans ce procédé, une colonne de chromatographie est remplie d’une résine synthétique
contenant des groupements chargés .
Il existe deux classes de résines échangeuses d’ions
- Résines échangeuses de cations ( - )

Résine échangeuse de cations : chargés –

retiennent les cations

- Résines échangeuses d’anions ( + )

Résine échangeuse d’anions : chargées +
retiennent les anions.
 Sur colonne échangeuse d’anion

- Solution d’Aa (à séparer) à ce pH alcalin (Aa = sous forme d’anion).

- Solution versée en haut d’une colonne rempli d’une résine chargé positivement.
- Plus l’Aa est chargé négativement, plus il est retenu par cette résine.
- Elution en diminuant le pH.
- Les AA se « décrochent » lorsque le pH atteint leur pHi.
- les AA séparés selon leur pHi « Les plus basiques» sortent en premier

• Le pHi du peptide P1 =10 - Le pHi du peptide P2= 4 - Le pHi du peptide P3= 6

A pH=13, les 3 peptides sont chargés négativement et sont donc retenus par la colonne
(colonne échangeuse d’anions porte des charges positives).
On fait abaisser le pH, quant celui-ci atteint la valeur de pH= 10,
on atteint le pHi du P1 qui est donc éluée en premier.
A pH= 6, on atteint le pHi du P3 qui est donc éluée en deuxième positon.
A pH= 4, on atteint le pHi du P2 qui est élué en troisième positon..
.
L’ordre de sortie est : P1, puis P3, puis P2
 Sur colonne échangeuse de cation

• Le pHi du peptide P1 =10 - Le pHi du peptide P2= 4 - Le pHi du peptide P3= 6

Au début à pH=1, les 3 peptides sont chargés positivement et sont donc retenus par la
colonne (colonne échangeuse de cations porte des charges négatives).
On augmente le pH, quant celui-ci atteint la valeur de pH= 4, on atteint le pHi du P2
qui est donc éluée (il sort de la colonne) en premier.
A pH= 6, on atteint le pHi du P3 qui est donc éluée en deuxième positon.
A pH= 10, on atteint le pHi du P1 qui est élué en troisième positon.
L’ordre de sortie est : P2, puis P3, puis P1.
Remarque :

Lors d’une chromatographie échangeuse de cations l’élution se fait dans l’ordre croissant du pHi.

Lors d’une chromatographie échangeuse d’anions l’élution se fait dans l’ordre décroissant du

pHi.
 3- : Analyse quantitative

Dosage des acides aminés Nous avons vu auparavant que les acides aminés réagissent avec
la ninhydrine et que cela aboutit à un produit violet pour les amines primaires et à un autre
dérivé de couleur jaune pour les amines secondaires (la proline).
On obtient finalement une estimation du pourcentage de chaque acide aminé contenu dans
la chaîne.

A-2: Détermination de la séquence

Le séquençage des protéines est destiné à connaître le nombre, la nature chimique et l’ordre de
tous les résidus d’acides aminés.
 Détermination de l’Aa N-terminal
Quatre (4 ) méthodes sont disponibles
• Méthode de Sanger
• Méthode de dansylation
• Méthode récurrente d'Edman
• Méthode Enzymatique
Méthode de Sanger : utilisation de 2,4 Di-Nitro-Fluoro-Benzène ( DNFB)
Inconvénients: Cette technique ne permet de connaitre que le premier acide aminé.
Méthode de dansylation : Action de chlorure de Dansyle
 Méthode récurrente d'Edman

- L'isothiocyanate se fixe sur l'acide aminé N-terminal du peptide en milieu basique, et après une

réaction de cyclisation, se décroche en milieu acide, en formant une hydantoïne qu'on peut

identifie par son temps de rétention sur une colonne de chromatographie.

- Le reste du peptide peut recommencer la réaction avec une nouvelle molécule

d'isothiocyanate pour identifier l'acide aminé suivant.

- Cette opération est applicable environ 60 fois de suite et permet de déterminer la séquence de
peptides courts.
Méthode récurrente d'Edman
Méthode Enzymatique : Exopeptidase

Amino-peptidase : Enzyme spécifique qui hydrolyse la liaison peptidique impliquant

l’acide aminé N-terminale
 Détermination de l’Aa C-terminal
Trois ( 3) méthodes sont disponibles
• Réduction par LiBH4
• Hydrazynolyse
• Méthode Enzymatique
Réduction par LiBH4

LiBH4 ou NaBH4 réduit la fonction carboxylique en fonction alcool primaire ,

on obtient un alcool α-aminé

Après hydrolyse du peptide l’hydrolysat renferme un mélange d’Aa libres + un

alcool aminé qui sera aisément identifié par chromatographie.
Hydrazynolyse : Traitement par l’ Hydrazine H2N-NH2

Par cette méthode toutes les liaisons

peptidiques sont rompues,
Les acides aminés
sont convertis en Acyl-hydrazides
à l’exception de l’Aa C-terminal
Méthode Enzymatique :

Deux ( 2 ) carboxypeptidases sont utilisées pour la détermination de l’Aa C-terminal

- La carboxypeptidase A : Elle coupe les liaisons C-terminales sauf celles

du glycocolle et des acides aminés basiques à condition que le (Rn-1) ne soit pas une
proline

- La carboxypeptidase B : Elle libère les acides aminés basiques à condition que (Rn-1) ne
soit pas une proline.
 Fragmentation des chaînes
peptidiques
Si la chaîne peptidique est trop longue, il faut au préalable la fragmenter en chaînes
plus courtes qui seront analysées séparément.
La fragmentation des chaines peptidiques peut être réalisée par
- BrCN : Bromure de cyanogène: spécifique de la Met
Coupe la liaison peptidique impliquant le –CO– d’une Met et transforme le résidu Met
en HSL (homosérine lactone).
A quel niveau se fera la coupure par le bromure de cyanogène( BrCN)
P1 : Asp-Cys-Tyr-Pro-Lys-Cys-Met
P2 : Asp-Cys-Tyr-Met-Pro-Lys-Cys
- Endopeptidases :

La trypsine est une endopeptidase qui hydrolyse les liaisons peptidiques dont le groupent
carbonylé provient d’ acide aminé basique la lysine ou de l’arginine.

R1= Lys ou Arg

A quel niveau se fera la coupure par la trypsine
• La chymotrypsine est aussi une endopeptidase qui hydrolyse les liaisons peptidiques dont le
groupement carbonylé provient d’acides aminés aromatiques :
Phénylalanine, Tyrosine, Tryptophane

R1= Phe, Tyr, Trp

A quel niveau se fera la coupure par la chymotrypsine

EXO2 : Soit le peptide suivant :
Gly-Arg-Lys-Glu-Val-Ser-Trp-Ala-Leu-Phe
Parmi les composés suivants :
A- Gly-Arg-Lys-Glu-Val-Ser-Trp + Ala-Leu-Phe
B- Gly-Arg + Lys + Glu-Val-Ser-Trp-Ala-Leu-Phe
C- Gly + Arg-Lys-Glu-Val-Ser-Trp-Ala-Leu-Phe
D- Gly-Arg-Lys-Glu-Val-Ser + Trp-Ala-Leu-Phe
E- Phe + Gly-Arg-Lys-Glu-Val-Ser-Trp-Ala-Leu
Quels sont ceux qui sont produits par action de l’une des enzymes
digestives suivantes ?
Trypsine ; Carboxypeptidase ; aminopeptidase ; chymotrypsine
A : sont obtenus par action de la chymotrypsine sur le peptide :

La chymotrypsine est une endopeptidase qui hydrolyse les liaisons peptidiques dont

le groupement carbonylé provient d’acides aminés aromatiques :

Phénylalanine, Tyrosine, Tryptophane.

A : sont obtenus par action de la chymotrypsine sur le peptide :

La chymotrypsine est une endopeptidase qui hydrolyse les liaisons peptidiques dont

le groupement carbonylé provient d’acides aminés aromatiques :

Phénylalanine, Tyrosine, Tryptophane.

B : sont obtenus par action de la trypsine sur le peptide :
La trypsine est une endopeptidase qui hydrolyse les liaisons peptidiques dont le groupent
carbonylé provient de la lysine ou de l’arginine.
E : sont obtenus par action d’une carboxypeptidase sur le peptide :
La carboxypeptidase est une exopeptidase qui libère spécifiquement l’acide aminé,
à l’extrémité COOH terminale.
C : sont obtenus par action d’une aminopeptidase sur le peptide :

L’aminopeptidase est une exopeptidase qui libère spécifiquement l’acide aminé,

à l’extrémité NH2-terminale.
LES PROTEINES
 LES PROTEINES
Définition
Caractéristiques des protéines
Structure tridimensionnelle des protéines
⮚ Structure primaire
⮚ Structure secondaire
• Hélice α
• Feuillet plissé β
• Coude β

⮚ Structure tertiaire
⮚ Structure quaternaire

Les différents types de liaisons ou forces impliquées dans la structuration

des protéines
 Définition
Les protéines sont une classe de molécules biologiques «de première importance» (du
grec proteios).

- Ce sont des macromolécules de type polymère composée d’une ou plusieurs chaînes

d'acides aminés (chaines polypeptidiques).

- Les protéines (ou les protides) sont des éléments essentiels car elles ont des rôles très
variés au sein d’une cellule et au sein d’un organisme:
 Caractéristiques des protéines

• Chaque protéine, présente dans les cellules, a une structure qui est déterminée
génétiquement et donc, possède une taille prédéfinie (modifiée parfois après
traduction).

• Dans une cellule, chaque protéine joue un rôle particulier.

• Les protéines sont synthétisées et dégradées en permanence dans les cellules.

 Caractéristiques des protéines
Une protéine est
• Monomérique= une seule chaîne peptidique
• Multimérique= plusieurs chaînes peptidiques.

- Homomultimèrique= plusieurs chaînes peptidiques identiques

- Hétéromultimèrique= plusieurs chaînes peptidiques différentes.

• Une holoprotéine quand elle ne fournit que des acides aminés, après hydrolyse.
• Une hétéroprotéine quand elle fournit des acides aminés et d’autres molécules
différentes, après hydrolyse
- La partie protéique: apoprotéine
- La partie non protéique: groupement prosthétiques

Les protéines peuvent être liées à d’autres molécules:

- à un lipide; on parle de lipoprotéine,
- à un glucide; on parle de glycoprotéine
- si c’est à un métal; on parle de métalloprotéine
Structure tridimensionnelle des
protéines
• Les protéines diffèrent les unes des autres parce qu’elles ont un nombre distinct et
une séquence distincte de résidus d’acides aminés.

•Une séquence donnée d’acides aminés s’enroule en une structure

tridimensionnelle
unique et complexe désigné sous le terme de conformation;
Structure tridimensionnelle des
protéines
• Cette conformation est classée par ordre de complexité croissante en structure
primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire.

• La structure tridimensionnelle des protéines renseigne sur le rôle qu'elles jouent

dans la vie de la cellule(relation structure-activité).
Structure tridimensionnelle des
protéines
• La structure primaire est la structure chimique (covalente):
quels acides aminés et dans quel ordre.
• La structure secondaire correspond aux structures spatiales régulières
(hélices α, feuillets β etc.…).
• La structure tertiaire concerne l’arrangement dans l’espace de ces structures
secondaires, c’est à dire la position dans l’espace de chaque atome.
• La structure quaternaire est une association de structures tertiaires :
certaines protéines existent sous forme de complexes comportant alors plusieurs
sous-unités (exemple: l’hémoglobine).
Les niveaux structuraux des protéines
 Structure primaire
• Décrit la séquence ou l’ordre d’enchaînement des acides aminés qui
constituent la protéine.
• Cette séquence est fixée et traduit l’information contenue dans le gène qui code
cette protéine.
• Les AA sont numérotés en allant du N-terminal vers le C-terminal.
• La structure primaire s’écrit en utilisant le code à 1 lettre ou le code à 3 lettres.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
M V H L T P E E K S A V T A L…
Met Val His Leu Thr Pro Glu Glu Lys Ser Ala Val Thr Ala Leu …

N-term C-term
 Structure secondaire
• 1er stade de l’organisation dans l’espace d’une chaîne peptidique.

• Une chaine d’AA possède au niveau des liaisons peptidique de nombreux

groupements –CO- et –NH- ceux-ci peuvent établir en eux dans l’espace des
liaisons hydrogène et former une structure secondaire.
• Elle est due au relation dans l’espace des résidus proche les uns des autres dans
la chaîne polypeptidique
• Elle est stabilisée par des liaisons hydrogènes entre –CO- et –NH-
• Les structures secondaires (stables) les plus fréquentes sont l’hélice α, le feuillet
plissé β et les coudes β.
 C-ter

L’hélice α

• La chaîne principale s’enroule en spirale, vers la droite.

• Structure stabilisée par des liaisons hydrogènes
(intramoléculaires) entre les résidus n et n+4.
• Elle compte 3,6 résidus par tour. N-ter
• Les plans des liaisons peptidiques sont parallèles à l’axe de l’hélice.
• Les chaînes latérales R et liaisons C-H pointent vers l’extérieur.
L’hélice droite est la structure secondaire la plus répandue.
L’hélice gauche est très rare dans les protéines
 Stabilisation :
liaisons hydrogène intra-chaîne entre
le O d’un CO de l’acide aminé n°N
et le H d’un NH de l’acide aminé n°N+4 :
- C=O vers le haut - NH vers le bas

Pas de l’hélice:
3,,6 résidus
 L’hélice α
- Pour former une hélice α les Aa doivent posséder des R courts et non chargés.
- L’hélice α est déstabiliser par :
• Les Aa avec R chargés (Asp, Glu, Arg et Lys).
• Les Aa avec R volumineux ( VIT : Val, Ile, Thr )
• Pro et OH Pro détruisent L’hélice α car –N- au lieu de –NH- dans la liaison
peptidique
• Glycine et proline sont des acides aminés rares dans l’hélice alpha
• Alanine = acide aminé fréquent dans l’hélice alpha

Il en résulte que le polypeptide ne peut être dans sa totalité sous forme d’hélice α .
On définit un taux d’hélicité : c’est le % d’Aa engagé dans l’hélice α
Hélices α de la Ferritine (protéine de stockage).
 Feuillet plissé β
• Les liaisons hydrogène des atomes d'oxygène (C=0) et d'hydrogène (N-H) d'une
liaison peptidique se répètent non plus sur une portion continue de la chaîne
peptidique mais entre des segments différents qui peuvent appartenir à la même
chaîne ou à des chaînes différentes.

• La chaine peptidique se trouve sous forme en zigzag.

• La chaîne principale est étirée et deux segments de la protéine se placent côte à côte,
unis par des liaisons hydrogènes entre les groupements C=O et NH.

• Si les segments sont orientés dans le même sens, on parle de feuillets parallèles.

• Si les segments sont orientés dans le sens contraire, on parle de feuillets

antiparalléles.

• Les chaînes latérales, R, se dressent au sommet des arêtes.

 Feuillet de 3 brins β parallèles,

Feuillet de 3 brins β antiparallèles,

 Feuillet plissé β
- Dans le feuillet β anti-parallèle , les brins peptidiques sont orientés en sens opposé, les
liaisons hydrogènes ne sont pas déformées, donc plus stable.
- Dans le feuillet β parallèle, , les brins peptidiques sont orientés dans le même sens et
parallèle entre elle les liaisons hydrogènes sont alors déformés

Les feuillet β anti-parallèle sont plus stable que Les feuillet β parallèle
 Le coude β
• Le coude ou tour β est un coude serré impliquant 4 résidus et qui permet à la chaîne de changer de
direction ( 180° ).
• La chaîne principale de la protéine fait un tour en U; retrouvé souvent à la jonction de deux
segments de la chaîne formant un feuillet β antiparallèle.
•Ces coudes contiennent en général une glycine ou une proline.
- c'est un court segment peptidique de 2 à 4 résidus
- une ou deux liaisons hydrogène se forment entre le premier et le dernier résidu du coude
- la configuration de la proline est telle qu'elle provoque un changement de direction et peut
donc être presque à elle seule un coude.
 Structure tertiaire
• La structure tertiaire consiste en une organisation des structures secondaires
entre elles.

• Elles est due aux relation dans l’espace des résidus éloignés les un des autres
dans la chaîne polypeptidique

• Elles est stabilisée par des liaisons hydrogènes, ioniques, de forces

hydrophobes et parfois de ponts disulfure

• La structure tertiaire correspond à la structure tridimensionnelle de la

protéine.
Exemple de structure tertiaire

Myoglobine Carboxypeptidase
 Structure quaternaire
Exemple: L’hémoglobine
• Un transporteur d’oxygène,
• Possède une structure quaternaire,
• Formée de quatre sous-unités (2 et 2).