I. La biodiversité, c’est quoi ?
La biodiversité correspond à la diversité biologique c’est-à-dire à la
diversité du monde vivant.
Elle est définie à 3 niveaux différents : la génétique, les espèces et les
écosystèmes :
– la biodiversité génétique caractérise les diversité génétique au sein
d’une espèce, les individus d’une même espèce pouvant se distinguer par
leurs allèles.
– la biodiversité spécifique caractérise la diversité des espèces
occupant un milieu.
– la biodiversité écosystémique caractérise la diversité des « milieux
naturels » (rivières, forêts, déserts, littoral …).
Ces trois niveaux sont interdépendants, puisque la diversité
écosystémique favorise la diversité des espèces par exemple.
II. L’estimation de la biodiversité
L’étude de la biodiversité peut s’effectuer par la détermination de la
diversité spécifique dans un écosystème. Cette étude repose sur
différentes méthodes d’échantillonnage basées sur l’observation, la
capture ou l’analyse de l’ADN lorsque l’identification est compliquée à
réaliser. La détermination d’espèces à partir de l’ADN est alors basée sur
l’identification de séquences d’ADN spécifiques à chaque espèce.
Mission TARA : biodiversité et séquençage d’ADN
L’estimation de la biodiversité peut aussi consister à évaluer l’abondance
d’une population, c’est-à-dire à estimer le nombre d’individus d’une
population. Elle se réalise souvent par la méthode de « capture-
marquage-recapture » selon laquelle on suppose que la proportion
d’individus marqués dans l’échantillon étudié est identique à celle dans la
population totale (cf Activité 1). L’effectif total de la population est donc
une estimation et non pas une mesure réelle en sachant que l’estimation
est d’autant plus précise que la taille de l’échantillon (effectif de
l’échantillon prélevé) est grande. L’estimation peut être définie par un
intervalle de confiance.
Les données actuelles ont ainsi permis d’identifier environ 1,4 millions
d’espèces mais des estimations envisagent qu’il pourrait exister
aujourd’hui plus de 8 millions d’espèces sur Terre aujourd’hui.
III. L’évolution génétique des populations
Une population naturelle présente une diversité génétique qui s’explique
par la diversité des allèles de chacun des gènes portés par les individus
formant cette population. On décrit alors la population par la fréquence
des allèles et des génotypes qui constituent cette population. Or, au cours
du temps, les caractéristiques génétiques des populations (fréquence des
génotypes et des allèles) peuvent évoluer.
Le modèle mathématique de Hardy-Weinberg prédit que les
fréquences alléliques et génotypiques d’une population seront
stables au cours du temps. Cela ne peut se vérifier que pour des
populations de grand effectif qui se trouvent dans des conditions
théoriques particulières : reproduction aléatoire entre les individus,
absence de migration, de mutation et de sélection naturelle.
Contrairement à ce modèle théorique, les populations naturelles ont une
composition génétique qui peut évoluer au cours des générations. Cela
s’explique par l’influence de différentes forces sélectives qui vont conduire
à l’évolution de la fréquence de certains allèles et donc des génotypes
associés. Ainsi, la sélection naturelle favorise la transmission d’allèles
conférant un avantage dans un environnement particulier (cas des
phalènes et des moustiques). L’apparition de mutations et donc de
nouveaux allèles modifie également la fréquence des allèles dans une
population.
IV. Les impacts des activités humaines sur l’évolution de la
biodiversité
L’évolution des populations animales et végétales est également soumise
à l’influence de différentes activités humaines. Certaines d’entre elles
(pollutions, émissions de GES, artificialisation des sols, surexploitation des
ressources et d’espèces, introduction d’espèces invasives) contribuent à
la dégradation des conditions environnementales et donc des
écosystèmes et de la biodiversité. Ces effets négatifs affectent les
différents niveaux de la biodiversité, mais aussi l’abondance des individus
dans une population ce qui peut conduire à l’extinction d’espèces. Il existe
cependant différentes activités humaines qui reposent sur une meilleure
connaissance et une meilleure gestion des écosystèmes et qui
permettent de maintenir voire d’améliorer la biodiversité.
La biodiversité est la diversité du vivant. Elle se définit à l’échelle des écosystèmes, des
espèces et de la génétique. La biodiversité actuelle correspond à la diversité qui existe
aujourd’hui dans le monde vivant. Celle-ci varie au cours du temps : des espèces
apparaissent, se diversifient et disparaissent pour laisser la place à d’autres !
[Link] outils pour quantifier la biodiversité
L’importance de la biodiversité peut être décrite par :
-la richesse spécifique : Sur Terre, le nombre d’espèces est estimée à environ 10 millions !
Actuellement, seulement 1,9 milions de ces espèces sont connues et recensées.
-l’abondance d’une population : on peut parler d’effectif d’une population (nombre
d’invididus) ou par -l’abondance relative de différents groupes d’espèces : cad en proportion
du nombre total d’échantillons.
On effectue ainsi un inventaire de la biodiversité.
1-1 Evaluer l’importance de la biodiversité : les méthodes de mesure SVT_01 Evaluer la
biodiversité
Il existe plusieurs méthodes permettant d’évaluer la biodiversité. Le choix de la méthode
utilisée dépend évidemment de ce que l’on recherche :
-Les quadrats ou les transects : Un quadrat est une surface carrée ou rectangulaire au sol,
dans laquelle un relevé exhaustif des espèces présentes est réalisé. Il peut être en bois, en
métal ou en plastique et permet donc d’isoler un é[Link] quadrat est adapté à
l’échantillonnage des plantes,ou des animaux lents (myriapodes ou insectes). Un transect
est un trajet suivi dans un écosystème : on relève tous les êtres vivants observés en suivant
ce transect.
-Le dragage, la récolte à vue, l’aspiration sous-marine : Ces techniques permettent de
collecter des échantillons d’espèces marines. Ces méthodes sont utilisées suivant le lieu de
vie et la taille des espèces marines à étudier. Une fois récoltés, certains échantillons sont
ensuite triés, photographiés et traités , ou peuvent être utilisés pour identifier les allèles
présents.
-Le barcoding : Cette technique moléculaire consiste à identifier une espèce en comparant
une courte séqeunce de son ADN à toutes les séquences connues d’ADN rassemblées dans
une banque de données , comme si l’on scannait son code –barres génétique. En comparant
toutes les séquences d’ADN retrouvées dans un échantillon d’eau ou de sol à cette banque
de données, les chercheurs peuvent identifier les espèces qui se trouvent dans cet
échantillon : c’est le métabarcoding. Méthodes cependant coûteuses et qui ne peuvent pas
remplacer complètement les reconnaissances sur le terrain!
Pour en savoir plus :
Comment évaluer la biodiversité : [Link]
comment-la- mesurer_mmpzzx
La bioacoustique , une méthode en plein essor ! : [Link]
ecoute Les techniques d’échantillonnage en Martinique : [Link]
id=10118
[Link] l’abondance d’une population : la méthode de « capture-marquage-recapture »
1-3 Evaluer les fluctuations: l’intervalle de confiance pour estimer la proportion d’un
caractère
A partir d’un échantillon, on peut estimer la proportion d’individus au sein d’une population
portant un caractère phénotypique donné, avec une certaine incertitude. Cette dernière est
précisée par un intervalle de confiance. Plus la taille de l’échantillon est grande, plus
l’estimation est précise.
La méthode : Calcul en MATHS
« On étudie un caractère dans une population (par exemple le caractère mâle ou femelle).
On cherche la probabilité p de rencontrer un individu possédant ce caractère, Pour cela, on
extrait un échantillon de n individus de la population, puis on dénombre le nombre d’individus
possédant le caractère spécifique donné, puis on calcule la fréquence f pour ce caractère
à l’intervalle : (f- 1/√𝑛;𝑓+1√𝑛)...)
L’intervalle de confiance pour la proportion p au niveau de confiance à 0.95 correspond alors
L’intervalle ainsi calculé a 95% de chance de contenir la valeur qui aurait été déterminée en
analysant l’ensemble des individus de la population .
Pour utiliser l’intervalle de confiance on vérifie toujours que :
-n sup ou égal à 30. Le nombre d’individus compris dans l’échantillon doit être supérieur ou
égale à 30.
-nxf sup ou égal à 5
-n x(1-f) sup ou égal à 5. »
La méthode de « capture-marquage-recapture » ou CMR repose sur des calculs effectués
sur un échantillon. Si on suppose que la proportion d’individus marqués est identique dans
l’échantillon de recapture et dans la population totale, l’effectif de celle-ci s’obtient par le
calcul d’une quatrième
proportionnelle.
Schéma illustrant la méthode CMR pour estimer l’abondance d’une population :
SCHEMA BILAN : Evaluer la biodiversité :
Voir FICHE 1 EXERCICES : Révisions et applications
II l’évolution génétique des populations SVT_03 L’évolution génétique des populations
Des modèles mathématiques permettent de suivre la composition génétique d’une
population pour
identifier l’action des forces évolutives.
Un modèle de référence: le modèle d’Hardy-Weinberg
Le modèle mathématiques et ses conditions d’application :
Le modèle de Hardy-Weinberg est un modèle mathématiques théorique qui permet de
décrire, sous certaines conditions, l’évolution génétique d’une population.
Ces conditions sont :
-les mâles doivent s’accoupler au hasard avec les femelles
-la population doit être de grande taille
-absence de forces évolutives comme la migration, la dérive génétique , les mutations ou la
sélection naturelle.
L’équilibre de Hardy-Weinberg : Sous les conditions précédentes, les fréquences alléliques
restent stables au cours des générations . Cet équilibre est régit par des formules
mathématiques :
P2+ 2PQ + Q2
Conclusion : Ainsi, le modèle mathématique de Hardy-Weinberg utilise la théorie des
probabilités pour décrire le phénomène aléatoire de transmission des allèles dans une
population. En assimilant les probabilités à des fréquences pour des effectifs de grande taille
(loi des grands nombres), le modèle prédit que la structure génétique d’une population de
grand effectif est stable d’une génération à l’autre sous certaines conditions (absence de
migration, de mutation et de sélection). Cette stabilité théorique est connue sous le nom
d’équilibre de Hardy-Weinberg.
L’écart de l’équilibre de Hardy-Weinberg : Contrairement à ce que prédit le modèle d’Hardy-
Weinberg, la composition génétique des populations d’une espèces change de génération
en génération ! Ceci est expliqué par le fait que les conditions du modèle sont rarement
respectées. En effet, les populations subissent le plus souvent les effets de forces évolutives
(sélection naturelle, dérive génétique, mutations, migration).
III Une biodiversité à protéger SVT_04 L’impact des activités humaines
Certaines activités humaines ont des conséquences néfastes sur la biodiversité (pollution,
changement
climatique, surexploitation..) peuvent ainsi conduire à l’extinction d’espèces.
La fragmentation des habitats : Certaines actions humaines comme les constructions, les
champs et les routes modifient les habitats et les fragmentent ! Cette fragmentation d’un
habitat en plusieures zones isolées , réduit la surface disponible pour les espèces.
L’appauvrissement de la diversité génétique : Aussi, les populations fragmentées sont de
plus petit effectif, ce qui provoque une dérive génétique plus importante et une perte de
diversité génétique. Cela entraîne un risque d’extinction des espèces !
Des mesures pour préserver la biodiversité : Des mesures de gestion durable comme la
mise en place de réservoirs de biodiversité ou des corridors écologiques, ainsi que les
données recueilliées par les scientifiques, permettent de limiter les effets de cette
fragmentation.
Schéma bilan :
Voir exercice d’application : TRAVAIL MAISON La fragmentation de l’habitat : effet sur la
biodiversité.+ FICHE 2 EXERCICES
Connaissances associées :
La conservation des génomes : stabilité génétique et évolution clonale
En enseignement de spécialité de la classe de première, les élèves ont appris que la
succession de mitoses produit un clone, c’est-à-dire un ensemble de cellules, toutes
génétiquement identiques, aux mutations près. Ces clones sont constitués de cellules
séparées (cas des nombreuses bactéries ou de nos cellules sanguines)ou associées de
façon stable (cas des tissus solides).
En l’absence d’échanges génétiques avec l’extérieur, la diversité génétique dans un
clone résulte de l’accumulation de mutations successives dans les différentes cellules.
Tout accident génétique irréversible (perte de gène par exemple)devient pérenne pour
toute la lignée (sous-clone)qui dérive du mutant.
Le brassage des génomes à chaque génération : la reproduction sexuée des
eucaryotes
La f é c o n d a t i o n e n t r e g a m è t e s h a p l o ï d e s r a s s e m b l e , d a n s u n e
m ê m e c e l l u l e d i p l o ï d e , d e u x g é n o m e s d’origine indépendante apportant
chacun un lot d’allèles. Chaque paire d’allèles résultant est constituée de deux allèles
identiques (homozygotie) ou de deux allèles différents (hétérozygotie). En fin de méiose,
chaque cellule produite reçoit un seul des deux allèles de chaque paire avec une
p r o b a b i l i t é é q u i v a l e n t e . P o u r d e u x p a i r e s d ’a l l è l e s , q u a t r e c o
m b i n a i s o n s d ’a l l è l e s s o n t p o s s i b l e s , équiprobables ou non en cas de
gènes liés.
Le nombre de combinaisons génétiques possibles dans les gamètes est d’autant plus
élevé que le nombre de gènes à l’état hétérozygote est plus grand chez les parents.
Comprendre les résultats de la reproduction sexuée : principes de base de la
génétique
L’analyse génétique peut se fonder sur l’étude de la transmission héréditaire des
caractères observables (phénotype) dans des croisements issus le plus souvent de
lignées pures (homozygotes) et ne différant que par un nombre limité de caractères.
Dans le cas de l’espèce humaine, l’identification des allèles portés par un individu
s’appuie d’abord sur une étude au sein de la famille, en appliquant les principes de
transmission héréditaire des caractères.
Le développement des techniques de séquençage de l’ADN et les progrès de la
bioinformatique donnent directement accès au génotype de chaque individu comme à
ceux de ces ascendants et descendants. L’utilisation de bases de données informatisées
permet d’identifier des associations entre certains gènes mutés et certains phénotypes.
Génétique et évolution :
L’inéluctable évolution des génomes au sein des
populations
Connaissances associées :
Dans les populations eucaryotes à reproduction sexuée, le modèle théorique de Hardy-
Weinberg prévoit la stabilité des fréquences relatives des allèles dans une population.
Mais, dans les populations réelles, différents facteurs empêchent d’atteindre cet équilibre
théorique : l’existence de mutations, le caractère favorable ou défavorable de celles-ci, la
taille limitée d’une population (effets de la dérive génétique), les migrations et les
préférences sexuelles. Les populations sont soumises à la sélection naturelle et à la
dérive génétique.
Àcause de l’instabilité de l’environnement biotique et abiotique,une différenciation
génétique se produit obligatoirement au cours du temps. Cette différenciation peut
conduire à limiter les échanges réguliers de gènes entre différentes populations. Toutes
les espèces apparaissent donc comme des ensembles hétérogènes de populations,
évoluant continuellement dans le temps.
Génétique et évolution :
D’autres mécanismes contribuent à la diversité
du vivant
Connaissances associées :
La diversification phénotypique des êtres vivants n’est pas uniquement due à la
diversification génétique. D’autres mécanismes interviennent :
-associationsnon héréditaires(pathogènesou symbiotes;casdu microbioteacquis);
- recrutement de composants inertes du milieu qui modulent le phénotype (constructions,
parures...).
Chez certains animaux, les comportements acquis peuvent être transmis d’une
génération à l’autre et constituer une source de diversité : ainsi du chant des oiseaux, de
l’utilisation d’outils dans des
p o p u l a t i o n s a n i m a l e s , d e l a c u l t u r e n o t a m m e n t d a n s l e s s o c i é
t é s h u m a i n e s . Ce s t r a i t s s o n t transmis entre contemporains et de génération
en génération, et subissent une évolution (apparition de nouveaux traits, qui peuvent
être sélectionnés, contre-sélectionnés ou perdus par hasard).
Objectifs et compétences associées :
Il s’agit de comprendre, en s’appuyant sur des exemples variés dans le monde vivant,
que la diversification des êtres vivants n’est pas toujours liée à une diversification
génétique ou à une transmission d’ADN.
Espèce (définition philologie génique) : ensemble d'êtres vivants Qui se ressemblent, peuvent
se reproduire entre eux et dont la descendance est fertile
Taxon : ensemble d'organismes qui possèdent en commun certains caractères (une espèce est
donc un taxon)
Population : ensemble des organismes d'une même espèce qui vivent dans un endroit donné
Abondance relative : nombre d'individus d'une population ou d'un groupe rapporté au nombre
total d'individus
groupe : ensemble d'espèces possédant des caractères communs du fait de leur parenté
richesse spécifiques : nombre d'espèces présentes dans un écosystème
l'abondance d'une population correspond au nombre d'individus on peut également parler
d'effectifs
fréquence allélique : fréquence d'un allèle par rapport aux autres allèles d'un même gène dans
une population
Fréquence génotypique fréquence d'un génotype par rapport aux autres génotypes d'un même
gène dans une population
Le dénombrement du nombre d'individus dans un quadrat permet d'estimer
l'abondance de certains taxons, comme les plantes. Mais cette méthode n'est pas
adaptée pour les espèces mobiles, comme les oiseaux.
Principe de la méthode de capture-marquage-recapture (CMR)
En supposant que la population ne se modifie pas entre les deux échantillonnages,
la proportion d'individus marqués dans la population reste la même. Cette méthode
permet alors d'estimer l'abondance de la population totale par proportionnalité.
La fréquence f d'un caractère dans un échantillon n peut être calculée à partir de cet
échantillon de la population. La valeur de f permet ensuite d'estimer la
proportion p de ce caractère dans la population avec une incertitude. On précise
cette incertitude avec un intervalle de confiance (IC). Ainsi l'intervalle de confiance a
95 % de chance de contenir p, exprimé selon le théorème de Moivre-Laplace :
La diversité des allèles au sein d'une espèce est l'un des niveaux de la biodiversité.
Les caractères ont ainsi des proportions qui peuvent être estimés et modélisés.
La mesure de la biodiversité
ABiodiversité spécifique et abondance
De nombreuses espèces sont présentes sur le globe, mais seul un faible pourcentage est connu
grâce à différentes méthodes d'échantillonnage.
La biodiversité spécifique correspond au nombre d'espèces vivant dans un milieu. Mais la
biodiversité n'est pas qu'une collection d'espèces, elle est aussi génétique et écosystémique.
La méthode de capture-marquage-recapture (CMR) est l'une des techniques d'échantillonnage
permettant d'estimer l'abondance d'une population.
BProportion d'un caractère
À partir d'un échantillon, on peut estimer la proportion d'individus au sein d'une population
portant un caractère phénotypique donné, avec une certaine incertitude. Cette dernière est
précisée par un intervalle de confiance. Pour un niveau de confiance donné, plus la taille de
l'échantillon est grande, plus l'estimation est précise.
2 L'évolution génétique des populations
Le modèle de Hardy-Weinberg prédit que, sous certaines conditions (taille infinie de la
population, absence de migration, de mutation et de sélection, panmixie), la structure
génotypique d'une population de grand effectif est stable. Pour un gène à deux allèles A et a,
les fréquences f(A)=p et f(a)=q restent constantes au cours des générations. La distribution
génotypique de la population est ainsi stable : f(AA)=p (au carré) , f(aa)=q (au carré),
f(Aa)=2pq. Cette stabilité est appelée équilibre de Hardy-Weinberg.
Un écart à l'équilibre de Hardy-Weinberg s'explique par les effets des forces évolutives
(mutation, sélection naturelle, dérive génétique, migration, etc.) et se manifeste par une
variation des fréquences alléliques et génotypiques au fil des générations.
3 L'impact des activités humaines sur la biodiversité
Certaines activités humaines ont des conséquences néfastes sur la biodiversité (pollution,
changement climatique, surexploitation, etc.) et peuvent ainsi conduire à l'extinction
d'espèces.
Les actions humaines peuvent fragmenter un écosystème et donc les populations qui s'y
trouvent en plusieurs échantillons de plus faible effectif. Ce phénomène peut provoquer une
dérive génétique, qui à son tour diminue la diversité génétique des populations et les rend plus
vulnérables.
Les données recueillies par les scientifiques sur les écosystèmes permettent de mieux les gérer
et donc d'y préserver la biodiversité.
La biodiversité peut être estimée de différentes manières point la richesse spécifique
correspond au nombre d'espèces présentes dans un milieu alors que l'abondance représente le
nombre d'individus de la même espèce dans un milieu contenant plusieurs espèces ou
plusieurs populations l'équité habilité estime si l'abondance entre chaque espèce est équilibrée
par exemple 2 zones différentes peuvent contenir autant d'espèces mais l'équité habilité de
l'une peut être supérieure à celle de l'autre, si les abondances de chaque espèce sont répartis
équitablement, on parle d'une biodiversité plus importante
De l'ADN pour détecter la biodiversité invisible:
tous les organismes vivants laissent dans leur milieu des cellules (cellules de peau, gamète) et
l'a DN environnemental est un mélange d'adn intracellulaire provenant de cellules vivantes et
d'adn extracellulaires issues des cellules dégradées. Dans un milieu aquatique la DN se
dégrade en quelques jours et témoigne de la présence actuelle ou très récente d'une espèce
dans le milieu échantillonné point cette technique permet de détecter la présence d'espèces
rares ou difficiles à observer
en prélevant un échantillon du milieu de vie, cela va permettre d'extraire de l'ADN qui sera
ensuite soumis à une amplification permettant un séquençage point ce séquençage permettra
ensuite d'identifier les espèces présentes.