Biologie Moléculaire

Bases moléculaires des maladies génétiques (Notions de base)

1- Le génome humain :

Le Génome : Combinaison des mots « gène » et « chromosome ». Ensemble de

l'information génétique d'un organisme contenu dans chacune de ses cellules sous la
forme de chromosomes.

Le génome humain possède 23 paires de chromosomes. C’est le caryotype. Pour chaque

paire, un chromosome provient du père et l’autre provient de la mère.

Les 22 premières paires sont appelées chromosomes autosomiques, la 23e paire

détermine le sexe d’un individu. Il s’agit des chromosomes sexuels X et Y.

Le génome humain comprend au moins 3 milliards de paires de bases (A, C, G, T).

2- Notion de Gène et Polymorphisme :

Le gène est l'unité physique et fonctionnelle de base de l'hérédité.

C’est un fragment d’ADN (double hélice) localisé sur le chromosome, il contient

l’information nécessaire à la synthèse des protéines.

La taille des gènes varie de quelques centaines de bases à plus de 2 millions de bases.

Le site physique où se situe un gène sur le chromosome est dénommé locus.

Figure 1 : locus, localisation des gènes sur les chromosomes

Dans chaque cellule, chaque gène existe en deux exemplaires ou deux copies càd sur les
2 chromosomes d’une même paire de chromosomes à l’exception des gènes situés sur la
paire de chromosomes sexuels males.

Chaque copie (qui est héritée chacune d’un parent) est appelée « allèle ».

Les allèles sont les différentes formes que peut prendre un même gène à un locus donné.
Ces allèles diffèrent entre eux par mutation (variation nucléotidique ou Polymorphisme).

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Figure 2 : gènes et allèles.

En se basant sur cette notion de polymorphisme, un gène peut avoir plusieurs allèles.
Exemples :

1- Un seul gène couleur des yeux, avec 2 allèles :

 Allèle responsable des yeux bleus.
 Allèle responsable des yeux marrons.
2- Un seul gène du groupe sanguin avec 3 allèles, qui déterminent 4 groupes
sanguins: A, B, AB, O
 Allèle A,
 Allèle B
 Allèle O

Figure 3 : Exemples de gènes avec leurs allèles.

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3- Notion d’homozygotie et d’hétérozygotie :

Un individu qui possède deux allèles identiques à un même locus est dit homozygote.
Exemples : Sujet ayant le groupe O ou A (AA) ou B (BB).

Un individu qui possède deux allèles différents à un même locus est dit hétérozygote:
Exemples : Sujet qui a le groupe AB ou A (AO) ou B (BO).

Figure 4 : Groupes sanguins, notion d’homozygotie et d’hétérozygotie

NB : Un chromosome est constitué de deux chromatides sœurs, exactement identiques,

de même provenance (mère ou père), ce qui signifie que les deux chromatides possèdent
le même allèle (la même séquence en nucléotide), une hétérozygotie ne signifie pas que
les deux chromatides portent des allèles différents, mais que les deux chromosomes
portent deux allèles différents.

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4- Notions de dominance et de récessivité :

Les allèles d’un même gène peuvent s’influencer par une relation de dominance et de
récessivité:

 Si les deux allèles sont différents (sujet hétérozygote) et qu’au moins un de ces
allèles est dominant, c’est lui qui sera exprimé, c’est-à-dire qu’on pourra observer
ce caractère chez l’individu (phénotype).
 À l’inverse, un allèle récessif (non dominant) ne sera exprimé chez l’individu que
si ses deux parents lui ont transmis le même allèle (sujet homozygote).

Exemple : le gène du groupe sanguin : l’allèle A est dominant, l’allèle O est récessif, par
conséquent, les sujets de « phénotype » A, peuvent être soit homozygotes pour l’allèle A
(A, A), soit hétérozygotes (A, O). Par contre, les sujets O sont obligatoirement
homozygotes pour l’allèle O (O, O).

Il existe une autre forme de transmission de gènes qui sont co-dominants, les 2 allèles
ont le même taux d’expression, et contribuent à donner un phénotype particulier.
Exemple du groupe sanguin AB, les deux allèles A et B sont co-dominants, ces sujets
sont hétérozygotes A, B.

Les Mutations

1- Définition :

Le terme « mutation » désigne n’importe quel changement touchant la séquence de

l’ADN, à l’échelle du gène ou du chromosome.

Les mutations peuvent survenir dans les régions qui codent les protéines (séquence
codantes) ou en dehors de ces séquences codantes, par exemple dans la région qui régule
l’expression de ce gène.

Le terme « mutation » ne désigne pas obligatoirement un processus pathologique. Des

variations non pathogènes de l’ADN, appelées « polymorphismes », sont par définition
également des mutations.

Les mutations sont donc le moteur de l’évolution, et source de la diversité entre

individus. Mais elles sont aussi à l’origine des maladies génétiques mono-géniques et des
prédispositions génétiques aux maladies poly-factorielles. Le caractère pathogène d’une
mutation pourra être précisé en parlant de « mutation délétère » ou « mutation
pathogène ».

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2- Conséquences des mutations :

Les conséquences des mutations dépendent essentiellement de leurs localisations. Elles

peuvent être :

o Neutres, sans aucune modification phénotypique apparente.

o Conduire à l’amélioration d’une fonction, dans ce cas, il s’agit d’une mutation non
pathogène, ou polymorphisme, qui participe dans la diversité et l’évolution des
espèces.
o Conduire à l’altération d’une fonction, il s’agit de mutations pathogènes ou
délétères. Elles touchent généralement les zones codantes, et conduisent à une
modification de la séquence d’acides aminés.

3- Classification des mutations :

Différents critères sont utilisés pour classer les mutations :

o Selon le mode de survenu : spontanée ou induite.

o Selon le type cellulaire : cellules somatiques ou gamètes
o Selon la localisation chromosomique.

3-1- Selon le mode de survenu :

o Mutations spontanées :

Elles apparaissent spontanément, sans l’implication d’aucun agent mutagène. Il s’agit

généralement d’erreurs de recombinaison survenues au cours de la réplication.

La cellule possède une machinerie de réparation, qui corrige la plupart des anomalies.
Mais un échappement au système de réparation est possible, à l’origine de mutations
dites spontanées. Ces mutations peuvent être pathogènes si elles surviennent au niveau
des zones codantes.

o Mutations induites :

Dans une cellule vivante, l’ADN est en permanence exposé à différents types d’agression
pouvant conduire à l’apparition de mutations. Ces agressions peuvent être exogènes
(chimiques ou physiques) ou endogènes. Tout facteur pouvant induire une mutation est
appelé : agent mutagène.

Exemples d’agents mutagènes :

 Endogènes : les radicaux libres : super-oxyde (O2-), OH°…

 Exogènes chimiques : Très nombreux, parmi lesquels : agents alkylants
(éthylméthane et sulfotane), les agents désaminant (acide nitreux et bisulfite) et les
analogues des nucléotides (5- bromouracile, 2 amino purine)
 Exogènes physiques : rayons ultra-violets du soleil ou artificiels (bronzage artificiel),
radiations ionisantes : rayons X, rayons γ…

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3-2- Selon le type cellulaire :

On distingue :

o Au niveau des cellules somatiques : mutations acquises :

Une mutation apparue dans une cellule somatique d’un tissu est appelée « mutation
somatique » ou « mutation acquise », puisqu’elle n’était pas présente initialement dans le
génome de la cellule. Il s’agit d’une mutation nouvellement apparue dite aussi : mutation
« de novo » ou « néo-mutation »

Les mutations somatiques sont héritables par les cellules issues de la cellule mutée, elles
peuvent être donc à l’origine d’un clone cellulaire porteur de cette mutation, ne touchant
qu’un seul ou quelques tissus, mais ne sont en revanche pas transmissibles à la
descendance.

Les effets de ces mutations peuvent être pathogènes ou non selon les cas, on cite deux
cas :

 Souvent, les mutations qui surviennent dans les cellules somatiques de tissus
adultes sont masquées par les millions de cellules non mutantes du même tissu ;
les fonctions tissulaires sont alors normales.
 Les mutations somatiques pathogènes sont notamment impliquées dans la
formation de cellules tumorales.

o Au niveau des gamètes : mutations constitutionnelles :

Ces mutations peuvent être déjà présentes dans les gamètes des parents (transmises de
génération en génération), ou nouvellement apparues dans les gamètes avant la
fécondation ou lors des premières divisions du zygote.

Dans les deux cas elles sont dites « mutation constitutionnelle », car elles seront
présentes dans toutes les cellules somatiques de l’individu issu de ce gamète, et
également dans ses cellules germinales, donc transmissibles à la descendance.

3-3- Selon la localisation chromosomique :

On distingue 3 grandes classes de mutations :

 Génomiques : Il s’agit d’une altération du nombre total des chromosomes.

 Chromosomiques : Il s’agit d’une altération de la structure d’un ou de plusieurs
chromosomes.
 Géniques : il s’agit d’une altération d’une séquence d’ADN ou du gène.

Ces trois types de mutations peuvent être de localisation :

 Autosomique : sur les autosomes.

 Sur des chromosomes du sexe : souvent sur le chromosome X (mais parfois aussi
sur le chromosome Y).

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Ces mutations peuvent être :

 Homozygotes : si elle est localisée sur les deux allèles du même gène.
 Hétérozygotes simples : si elle est localisée sur l’un des deux allèles du même
gène. Le deuxième allèle est normal.
 Hétérozygotes composites : si les deux allèles du même gène sont porteurs de
deux mutations différentes.

4- Les principales mutations géniques :

Selon la taille, les mutations sont divisées en 2 grandes catégories :

 Les mutations micro-lésionnelles : soit ponctuelles ou instables.

 Les mutations macro-lésionnelles : concernent plusieurs gènes voire même tout
un fragment chromosomique.

4-1- Les mutations macro-lésionnelles :

4-1-1- Définition :

Ce sont des mutations de grande taille : elles touchent un grand nombre de nucléotides
(quelques kilo-bases à plusieurs méga-bases).

Elles peuvent provoquer une perte ou un gain d’un chromosome appelées mutations
chromosomiques. Elles sont généralement de diagnostic facile car décelables au
Caryotype.

4-1-2- Mécanismes de survenue :

Les macro-lésions sont en général la conséquence de remaniements chromosomiques

par délétions, duplications, inversions ou translocations survenant lors de :

- Accident de réplication.
- Accidents de recombinaison méiotique entre chromosomes homologues (dans les
cellules germinales)
- Accidents de recombinaisons somatiques entre chromatides sœurs, voire au sein
d’une même chromatide
- Insertion d’éléments mobiles (transposons et rétro-transposons qui peuvent se
déplacer d’une molécule d’ADN à un autre locus de la même molécule ou d’une autre
molécule).

4-1-3- Exemples :

- Les macro-délétions :

Impliquent qu'il y a perte d’au moins quelques gènes, elles sont le plus souvent non
viables à l'état homozygote. Cependant certains cas pathologiques sont connus :

 Maladie du cri du chat : Délétion du bras court du chromosome 5.

 Délétion du bras court d’un des chromosomes X chez les femmes.

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Figure 5 : maladie du cri de chat

- Translocations Robertsoniennes :

Elles se produisent entre chromosomes acrocentriques (13, 14, 15, 21 et 22) par fusion
centrique ou, le plus souvent, par cassures dans les régions juxta-centromériques,
donnant un caryotype à 45 chromosomes.

Elles peuvent être équilibrées : sans retentissement phénotypique. Mais les gamètes
sont souvent anormaux, avec risque de monosomie ou de trisomie pour la descendance.
En effet, la méiose est perturbée et aboutit à la formation de gamètes dont le nombre de
chromosomes est déséquilibré (Ex : si t (14,15), les gamètes anormaux produits
présenteront l'unique chromosome 14 ou l'unique chromosome 15, ou l'un de ces
chromosomes en plus du chromosome der(14,15) qui est le produit de la translocation).

Cas particulier : translocation entre homologues t (21,21) : tous les enfants sont viables,
trisomiques 21. Les monosomies responsables de fausses couches.

Figure 6 : Caryotype d’un sujet présentant une translocation 14, 15 [45,XY, rob(14;15)]

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Figure 7 : Mécanisme de formation des

cellules monosomiques et trisomiques.

Remarque : Pour l'espèce humaine, toute

monosomie autosomique totale ou
gonosomique 45,Y0 est létale in utero,
l'embryon est éliminé dans les premiers
stades de la vie embryonnaire. Seule la
monosomie 45,X0 (monosomie gonosomique)
est viable et est responsable du syndrome de
Turner.

- Translocations réciproques :

Impliquent un échange de segments chromosomiques entre deux chromosomes.

Elles sont équilibrées dans la plus part des cas sans retentissement phénotypique, mais
exposent la descendance à des déséquilibres chromosomiques de type monosomies et
trisomies partielles à l’origine de : stérilité, fausses couches à répétition, ou enfants
viables malformé.

Dans certains cas, elles sont déséquilibrées, à l’origine de micro-délétions avec

interruption de la continuité d’un gène : Exemple : Leucémie myéloïde chronique LMC,
due à une translocation entre les chromosomes 22 et 09 : le chromosome 22 étant
raccourci, appelé également chromosome Philadelphie. La translocation conduit à
l’apparition d’un nouveau gène de fusion dit BCR-ABL1, qui code pour une protéine
oncogénique.

Figure 8: chromosome Philadelphie.

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4-2- Les mutations micro-lésionnelles (ponctuelles) :

4-2-1- Classification des mutations micro-lésionnelles :

Plusieurs types existent en fonction du mécanisme de la mutation. On distingue :

 Les substitutions :

Il s’agit d’un remplacement d’un nucléotide par un autre nucléotide. Il s’agit du type le
plus fréquent des microlésions, et globalement de loin le plus fréquent des remaniements
affectant le génome, puisqu’elles représentent environ 70% des mutations.

On distingue :

 Les transitions : remplacement d’une des purines (Adénine ou Guanine) par l’autre
purine, ou d’une des pyrimidines (Cytosine ou Thymine) par l’autre pyrimidine.
 Les tranversions : remplacement d’une des purines par une pyrimidine, ou d’une
pyrimidine par une purine.

Plusieurs mécanismes peuvent être mis en jeu dans la survenue des substitutions, et
notamment :

 Des erreurs de réplication ayant échappé au système de réparation,

 Des erreurs du système même de réparation,
 Des perturbations biochimiques dues à des agents physiques ou chimiques exogènes
ou produits par le métabolisme endogène.

 Les petites insertions et délétions :

 L’insertion : il s’agit d’une addition d’un ou de quelque nucléotide

 La délétion : il d’agit d’une perte d’un ou de quelque nucléotides.

Au cours du phénomène de réplication, des accidents de « dérapage réplicatif »,

impliquant les ADN polymérases, peuvent survenir, notamment au niveau de certaines
séquences répétées. Ceci peut conduire à l’insertion (gain) et/ou à la délétion (perte) d’un
ou de quelques nucléotides supplémentaires par rapport à la séquence initiale.

Si ces délétions et/ou insertions concernaient un nombre de nucléotides qui n’est pas un
des multiples de 3, elles entraînent un décalage du cadre de lecture et conduisent à des
protéines incomplètes, rapidement dégradées.

4-2-2- Conséquences des microlésions :

Les conséquences délétères des microlésions du génome dépendent essentiellement de

leur localisation et de leur type.

Il est important de souligner que l’effet délétère d’une microlésion peut consister en un
impact fonctionnel au niveau de l’ARN messager et/ou de la protéine codée par le gène
muté.

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En effet, l’exemple le plus « classique » d’une microlésion est une anomalie de la

séquence codante d’un gène, conduisant à une anomalie de la séquence en acides aminés
de la protéine codée par ce gène, responsable d’une altération qualitative et/ou
quantitative de la protéine.

Mais les effets délétères possibles des microlésions sont multiples et complexes,
dépassant largement la linéarité directe entre la séquence codante au niveau du gène et
la séquence en acides aminés au niveau de la protéine.

 Conséquence des substitutions en séquence codante :

 Mutation de type « faux-sens » :

Dans ce cas, le codon muté code pour un acide aminé différent.

Dans certains cas, elle n’est pas pathogène. En effet, la modification d’acide-aminé au
niveau de la protéine peut être tolérée par la cellule sans conséquence délétère.

Mais en fonction de la localisation de l’acide-aminé touché, les mutations faux-sens

peuvent avoir des effets délétères (altération du repliement protéique, de la stabilité
protéique, de domaines fonctionnels, de sites d’interaction avec d’autres protéines, etc.).

Exemple : La drépanocytose résulte de la substitution d'une seule base nucléique dans le

gène HBB codant la chaîne β de l'hémoglobine A, ce gène est situé sur le bras court du
chromosome 11 : la mutation est une substitution d’un résidu d'adénine par une thymine
dans le codon du brin d'ADN sens correspondant au glutamate en position 6, qui se
trouve de ce fait remplacé par une valine.

Figure 9 : Mutation par substitution sur le gène de l’HBB, à l’origine de la

drépanocytose.

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 Mutation de type « non-sens »:

Dans ce cas, le codon muté code pour un codon stop.

Ce type de mutation est généralement pathogène, responsable de la synthèse d’une

protéine tronquée, qui sera instable et dégradée (effet perte de fonction).

 Mutations de type « iso-sémantique » ou « synonyme » :

Dans ce cas, le codon muté code pour le même acide aminé, il s’agit de mutation
silencieuse.

En effet, le code génétique étant « dégénéré » (plusieurs codons pouvant coder un même
acide-aminé), certaines substitutions au niveau de la séquence génomique ne modifient
théoriquement pas la séquence en acides-aminés de la protéine correspondante, donc
seraient sans effet pathogène.

Cependant, il a été clairement démontré que certaines mutations « iso-sémantiques »

peuvent avoir un effet délétère, résultant non d’une modification directe de la séquence
protéique, mais d’un effet délétère de la mutation génomique sur un motif de séquence
nucléotidique (par exemple effet sur un motif impliqué dans l’épissage, sur un motif
impliqué dans la régulation du niveau d’expression, etc.)

Ce type de mutation est donc le meilleur exemple soulignant que pour toute microlésion,
il faut prendre en compte l’impact fonctionnel non seulement au niveau de la protéine
codée, mais aussi au niveau de l’ARN messager.

 Conséquence des insertions et/ou délétions de nucléotides en séquence

codante :

La conséquence des insertions et/ou délétions de nucléotides dépend schématiquement

de la conséquence sur le cadre de lecture. Puisque chaque codon comporte trois
nucléotides, deux situations sont possibles :

 Les insertions et/ou délétions de multiples de trois nucléotides :

Ces mutations n’entraînant pas de décalage du cadre de lecture. La conséquence au

niveau protéique pourra être un gain ou une perte en acides-aminés, avec
éventuellement un changement d’acide-aminé par rapport à la séquence initiale.

Le retentissement fonctionnel est variable selon la localisation au niveau de la protéine :

l’insertion et/ou la délétion de nouveau(x) acide(s)-aminé(s) peut être « tolérée », ou
délétère.

 Les insertions et/ou délétions de non-multiples de trois nucléotides :

Ces mutations sont responsables d’un décalage du cadre de lecture, qui entraînera la
survenue prématurée d’un codon stop (ou dans de rares cas un décalage du codon stop en
aval).

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L’effet délétère sera donc semblable à l’effet des mutations non-sens: synthèse d’une
protéine tronquée, qui sera instable et dégradée (effet perte de fonction).

Il y a donc un retentissement fonctionnel sévère expliquant que ce type de mutation est

généralement pathogène.

Figure 10 : Les différents types de mutations ponctuelles et leurs conséquences

4-2-3- Conséquences des microlésions en fonction du mode de

transmission :

 Cas de la transmission récessive :

Dans le cas de mutations de type perte de fonction touchant un gène autosomique de

transmission récessive :

 A l’état hétérozygote, la production de la protéine par l’allèle normal suffit pour

maintenir une fonction normale. Par exemple la plupart des enzymes peuvent être
diminuées de moitié sans conséquence sur le métabolisme : les erreurs innées du
métabolisme sont généralement récessives.
 La pathologie est phénotypiquement apparente si les deux allèles sont mutés, et
seulement dans les cas suivants :
- Soit identiquement : homozygotie.
- Soit différemment : hétérozygotie composite.
- Si le gène est porté par le chromosome X seuls les sujets de sexe masculin,
étant haploïde pour ce chromosome sont atteints : hémizygotie. Les femmes
hétérozygotes sont par la suite de l’inactivation aléatoire de l’un des X
(Lyonisation), constituées par une mosaïque de cellules normales et de cellules
déficientes.

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 Cas de la transmission dominante :

Les mutations de type perte de fonction, touchant un gène autosomique de transmission

dominante :

 A l’état hétérozygote, la production de la protéine par l’allèle normal ne suffit pas

pour maintenir une fonction normale, la pathologie se manifeste à l’état
hétérozygote par un « effet de dose ».

5- Nomenclature des mutations :

L’identification de variations de séquence dans un échantillon, en comparaison à une

séquence de référence, nécessite dans un premier temps une description précise de ces
variations. La « Human Genome Variation Society » a établi une nomenclature officielle
internationale pour la description des données mutationnelles.

Cette nomenclature permet une description précise de variations de séquences d’un gène,
sur le plan génomique, transcriptionnel (ARNm) et protéique.

De manière simplifiée, la règle consiste à décrire la localisation de la variation de

séquence, par rapport à la séquence codante du gène, et le changement induit.

La description est faite par rapport à la séquence codante :

 Sur le plan génomique (ADN) : indiquée par « c. »

 Sur le plan trascriptionnel (ARN messager) : indiqué par « r. ».
 L’effet théorique attendu au niveau protéique est indiqué entre parenthèses,
précédé de « p. ».
 Des codes sont utilisés, parmi lesquels : > : substitution, del : délétion, * : codon
stop, fsX : décalage du cadre de lecture…etc.
 La séquence de référence utilisée doit être indiquée.

Exemples :

- Exon 9 : c.895G>T (p.Gly299Trp) : il s’agit d’une substitution d’une guanine par une
thymine dans l’exon 9 du gène, responsable théoriquement du remplacement d’un
acide-aminé glycine par un acide-aminé tryptophane en position 299 de la séquence
protéique, donc une mutation de type faux-sens.

- Exon 18 : c.1617C>G (p.Tyr539*) : il s’agit d’une substitution d’une cytosine par une
guanine dans l’exon 18 du gène, responsable théoriquement du remplacement d’un
acide-aminé tyrosine par un codon STOP en position 539 de la séquence protéique,
donc une mutation de type non-sens.

- c.35delG (p.Ala397del) : perte d’une guanine en position 35 du gène, responsable

d’une perte de l’acide aminé Alanine en position 397 de la protéine.

- Dans le cas où la protéine formée est complètement différente, elle ne sera pas
représentée dans le code de la mutation.

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