Université MOULOUD MAMMERI de Tizi-Ouzou

CHU NEDIR MOHAMED

Laboratoire de microbiologie

ECBU: Examen cytobactériologique des urines

Réalisé par:
Encadré par: - Chebri Fatima
-Dr Boubrit -Zerrouki Mohamed Rafik

2022/2023
SOMMAIRE

1. Introduction ………………………………………………………………………… 3
2. Renseignements utiles à l’interpréation de l’ECBU……………………………….4
3. Conditions de recueil des urines…………………………………………………….4
4. Prélèvement…………………………………………………………………………..6
5. Acheminement………………………………………………………………………..7
6. Techniques d'analyse au laboratoire……………………………………………….8
6.1 Examen macroscopique …………………………………………………..8
6.2 Examen microscopique …………………………………………………...8
6.2.1 Examen cytologique…………………………………………………………..8
6.2.2 Examen bactériologique………………………………………………………9
7. Uroculture …………………………………………………………………………...10
8. Identification………………………………………………………………………...11
9. Interprétation………………………………………………………………………..12
10. Conclusion………………………………………………………………………………………...13

1. Introduction :

4
Un grand nombre de personnes dans le monde auront déjà donné un échantillon d'urine à un moment de leur
vie pour réaliser un test sur leurs urines. Que ce soit pour un dosage d'albumine ou de glucose, en cas de
suspicion d’infection urinaire ou pour un test de grossesse, les tests urinaires sont très populaires parmi les
analyses de biologie médicale.

L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est l’analyse la plus demandée au laboratoire de
microbiologie médicale. L’ECBU consiste à analyser les urines d’une personne pour déceler une
éventuelle infection urinaire et pour déterminer quels sont les microorganismes en cause (bactéries ou
levures). Le but est d’adapter ensuite au mieux le traitement antibiotique.

L’infection urinaire (IU) se caractérise par la multiplication de micro-organisme au sein de l’arbre urinaire
(bactériurie) s’accompagnant d’une réaction inflammatoire avec afflux de leucocytes dans
l’urine( leucocyturie). L’ IU se fait quasi exclusivement par voie ascendante et les bactéries responsables d’
IU sont presque toujours d’origine digestive. L’appareil urinaire est normalement stérile, bien que s’ouvrant
vers l’extérieur, et la présence de bactéries dans l’urine suffirait donc à définir l’ IU. Mais l’urine est
contaminée physiologiquement lors de son émission par les germes du méat et du tiers inférieur de l’urètre
ou du périnée.

L’ IU peut être limitée à la vessie (cystite) ou se compliquer d’une atteinte rénale (pyélonéphrite). L’atteinte
du parenchyme rénal fait toute la gravité potentielle de l’infection urinaire. À court terme, elle peut se
compliquer de bactériémie avec localisation secondaire ou de choc infectieux. À long terme et en cas de
récidive, elle peut indiquer soit une anomalie anatomique ou fonctionnelle de l’appareil urinaire.

L’IU est plus fréquente chez la femme et la jeune fille en raison d’un urètre court, s’ouvrant à la vulve au
voisinage du vagin et de l’anus. Chez le jeune nourrisson avant 3 mois, le sexe ratio est inversé. Cette
colonisation bactérienne du prépuce à cet âge. Cette colonisation rend compte de la difficulté du
prélèvement chez le jeune nourrisson masculin. Le risque d’infection serait moindre chez les garçon
circoncis.
La colonisation bactérienne des voies urinaires est limitée par l’effet de rinçage par les mictions. Ce rinçage
périodique est le mécanisme principal naturel de défense contre l’infection des voies urinaires.

L’ECBU permet le diagnostic de ces différentes infections chez les adultes, les enfants et les nourrissons.

Il peut être prescrit :

 en cas de symptômes de cystite (brûlures lors de la miction, douleurs, envies fréquentes, etc.) ou de
pyélonéphrite (mêmes symptômes avec fièvre et douleurs lombaires)
 en cas de symptômes de prostatite chez l’homme (fièvre, douleurs pelviennes, troubles urinaires etc.)
 lors d’une fièvre élevée chez un nourrisson (plus de 39°C)
 si une analyse d’urine par bandelette est positive, ou en présence de sang dans l’urine
 ou encore pour un contrôle, par exemple en cas de grossesse, chez un patient diabétique ou ayant un
déficit immunitaire, etc.
 2. Renseignements utiles à l’interpréation de l’ECBU

Une fiche de renseignements doit accompagner le prélèvement mentionnant :

 les indications de l’ECBU : les symptômes cliniques, le contexte de prescription (suspicion d’IU,
contrôle préopératoire et postopératoire en urologie, contrôle après traitement d’une infection
urinaire…) ;
 le mode de recueil de l’urine ;
 le port d’une sonde urinaire ;
 les particularités du patient : âge, sexe, notion d’hospitalisation actuelle ou récente, grossesse
éventuelle en précisant la date des dernières règles ;
 la présence de pathologies préexistantes : diabète, immunodépression, anomalie de l’appareil
urinaire, infection urinaire récidivante ;
l’existence d’un traitement antibiotique ou chimiothérapeutique récent ou en cours.

3. Conditions de recueil des urines :

4. Prélèvement :

Le mode de prélèvement idéal des urines et ponction vésicale sus-pubienne (PSP) qui permet d’éviter
toute contamination par la flore de l’urètre. Toutefois, cette technique est trop invasive pour être utilisée
en première intention. En pratique, le recueil d’urine se fait par voie naturelle selon la technique dite
« milieu de jet » et selon des règles strictes qui conditionne la qualité de l’UCBU. Les urines sont
recueillies dans un récipient stérile.

 La ponction sus-pubienne
Exceptionnellement utilisé, ce geste consiste à prélever l’urine, de manière stérile directement dans la
vessie au travers de la paroi abdominale. La qualité bactériologique de ce mode de prélèvement est
évidemment excellente, mais il présente l’inconvénient pour le malade d’être inconfortable. La ponction
sus-pubienne permet :
de savoir s’il y a infection, dans le cas d’un faible nombre de germes ;
de connaître l’identité du ou des germes présents dans la vessie, dans le cas d’une urine polymicrobienne
ou chez un patient sondé.

 Chez un porteur de sonde urinaire

Il existe sur la sonde urinaire, une zone dédiée au prélèvement. Après désinfection de cette zone à
l’alcool iodé, l’urine est prélevée à l’aide d’une seringue montée d’une aiguille fine. Il ne faut jamais
recueillir les urines dans le sac collecteur car les germes y prolifèrent.
4
On peut aussi recueillir l’urine à partir d’une sonde neuve lors d’un changement de dispositif pour
éliminer toute possibilité de souillure par des bactéries adhérentes à la paroi interne de la sonde.

 Chez l’adulte et l’enfant, le recueil est dit « à la volée » ou « du milieu du jet » :

Le patient réalise lui-même le prélèvement en respectant les consignes suivantes :
- recueil dans un flacon stérile (20-30mL) ;
- de préférence le matin car il faut que les urines aient séjourné au moins 3 ou 4 heures dans la vessie
(temps nécessaire pour permettre la multiplication des germes) ;
- après lavage des mains et nettoyage soigneux du pourtour de l’orifice urinaire, à l’aide d’une
compresse stérile imprégnée d’un soluté de Dakin ou de savon antiseptique ;
- recueil des urines en milieu de jet afin d’éliminer les bactéries de la flore commensale de l’urètre
antérieur (donc éliminer le 1er jet urinaire) ;
- ne pas toucher le bord supérieur du flacon avec les doigts ou les parties génitales.
Il faut préciser l’heure du recueil sur le flacon.

 Chez le nourrisson et le jeune enfant jusqu’à 3 ans :

Le prélèvement à la volée est réalisable.
Cependant le prélèvement le plus fréquent mais aussi le plus critiqué utilise un collecteur d’urine. Après
une désinfection soigneuse du méat urinaire, on place, autour de l’orifice urinaire, une poche plastique
stérile adhésive. Dans tous les cas, la poche ne doit pas rester en place plus de 30 minutes. On transvase
ensuite les urines dans un pot stérile.
 Fig.7 : Collecteur d’urine

5. Acheminement :

Afin d’éviter toute prolifération bactérienne, le transport au laboratoire se fera en moins de 2 heures. Au-
delà de ce délai, le flacon d'urine sera placé dans un récipient contenant de la glace (les urines pourront
être gardées 24 heures à 4 °C, en sachant toutefois que la réfrigération ne préserve pas les leucocytes Un
autre moyen permettant d'empêcher toute prolifération bactérienne est de mettre l'urine en présence d’un
agent bactériostatique sous forme de poudre comme l'acide borique. Ce système permet une conservation
des urines à température ambiante pendant 24 heures sans modification notable du taux de bactérie et
sans altération des leucocytes.

6. Techniques d'analyse au laboratoire :

6.1 Examen macroscopique :

Il a peu d’intérêt ; il se fait après avoir homogénéisé l’urine par retournement du tube, on note son
aspect (trouble, légèrement trouble et clair) et sa couleur (jaune citron, ambrée, ictérique, hématique)
(éventuelle hématurie ou colorée par des médicaments)

Caractères Etat normal Etat anormal

Couleur Jaune citron plus au moins - Jaune paille ou incolore.

foncé - Brun acajou dans le cas d’un
ictère.
- Rouge sanglant dans
l’hématurie.
Odeur Peu prononcée. Odeur de pomme au cours de
l’acétonurie.

Tableau 1 : Caractères macroscopiques de l’urine

6.2 Examen microscopique :

Cet examen donne une double réponse : cytologique et bactériologique.

6.2.1 Examen cytologique :

Il est à la fois qualitatif et quantitatif :

- Examen qualitatif (à l'état frais) :

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Cet examen permet de préciser les cellules présentes dans l'urine.
- Technique opératoire
Après avoir bien homogénéisé l'échantillon, une goutte d'urine est déposée au centre d'une lame de verre
bien propre, puis recouverte d'une lamelle.
L'observation microscopique est immédiate à l'objectif x 40.
- Lecture :
La présence des éléments ci-dessous doit être notée :
 Leucocytes
Les leucocytes se divisent, selon l'aspect du noyau, en deux catégories : les cellules mononuclées et les
polynucléaires. Ils sont souvent isolés, groupés en amas ou altérés (pus).
 Hématies
Elles ont plusieurs aspects : intacts, en oursin ou à aspect fantomatique.
 Cellules épithéliales
Elles proviennent des tubules rénaux ou des vois excrétrices. Elles sont 0.5 à 3 fois plus grandes qu'un
leucocyte et ont noyau de grande taille et arrondi. Leur présence est le résultat du renouvellement normal
de l'épithélium. Les cellules d'origine vaginale signent une contamination.
 Cylindres
Ils représentent des agglomérats de protéines et de cellules rénales (tubules rénaux), il s'agit des
cylindres hyalins. Dans cette structure peuvent s'agréger des hématies, des leucocytes, des globules
graisseux ce qui constituent des cylindres hématiques, granuleux, graisseux qui sont pathologiques.
 Cristaux
Ils ne sont pas pathologiques quand ils sont constitués de substances normalement présentes dans l'urine
(acide oxalique, acide urique ou urate, sels de calcium).seuls les cristaux de phosphate ammoniaco-
magnésien ont un intérêt dans le diagnostic d'une infection urinaire car ils sont en faveur d'une infection
par une bactérie réastique

 Levures bourgeonnantes
 Œuf de parasites, Trichomonas vaginalis…

- Examen quantitatif (dénombrement) :

Plusieurs méthodes ont été proposées pour les dénombrer d'une façon précise. Parmi lesquelles la
numération par champ microscopique sur cellule de Malassez.
- Technique opératoire :
 Sur des urines entières (non centrifugées)
 HOMOGÉNÉISER l’échantillon en l’agitant doucement
 Remplir un hématimètre ou un puits de comptage.
 Observer au microscope au grossissement X 400
 Dénombrer les leucocytes et exprimer le résultat en nombre de leucocytes / mL d’urine
- Matériel et méthodes
L'observation microscopique est immédiate à l'objectif x 40.
La cellule de Malassez est constituée de 10 bandes verticales de 0.25 mm de large et de 10 bandes
horizontales de 0,2 mm de large. On obtient dès lors 100 rectangles. La profondeur entre la lame et la
lamelle est de 0,2 mm.
Le volume de la cellule est de 1 mm3 soit 1 µL. Chaque rectangle représente 0,01 mm3.
Le volume sur lequel sont comptés les leucocytes dépend de la leucocyturie. Ainsi avec une urine très
concentrée, on compte dans un rectangle. Alors qu’avec des urines peu concentrées, on compte dans la
cellule entière.

- Lecture :
Il faut quantifier les résultats : rares, quelques, assez nombreuses, nombreuses, très nombreuses.

- Interprétation :
 Une leucocyturie < 104/mL indique qu’il n’y a pas de réaction inflammatoire ce qui permet souvent
d’exclure une infection urinaire sauf chez le sujet neutropénique ou s’il s’agit d’une infection
débutante.
 Une urine normale contient moins de 1 000 hématies/mL
 Une hématurie > 104/mL est anormale. Les hématies intactes ont une forte probabilité de provenir
de la vessie ou de l’urètre. Les hématies altérées viennent du rein.
L’hématurie s’observe dans les cas suivants :
- formes hémorragiques des néphrites : on peut alors découvrir des cylindres hématiques à l’examen du
sédiment ;
- atteinte glomérulaire ;
- cystites hémorragiques qu’elles soient tuberculeuses, gonococciques ou à germes banals ;
-tuberculose rénale ;
L’hématurie peut être associée aussi à d’autres affections d’étiologie non infectieuse : lithiase rénale,
tumeurs de la vessie.

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  Signification d’une cristallurie
-La plupart des cristaux faits de substances normalement présentes dans l’urine n’ont pas de valeur
diagnostique. C’est le cas des cristaux d’oxalate de calcium, de phosphate de calcium, de sulfate de calcium,
d’acide urique et urates, de leucine, de tyrosine, de médicaments, de cholestérol. On pourrait penser que la
présence de cristaux urinaire est un facteur de risque de lithiase et pourtant la plupart des personnes avec une
cristallurie ne formeront jamais de calculs.
-Seule la présence en abondance et à plusieurs examens de cristaux de même nature est en faveur d’une
lithiase rénale en formation. En France l’incidence des calculs est de 2 à 5 % de la population générale ce
qui représente de 1 à 2 % du total des entrées aux urgences.
-Cas particuliers :

 La présence de cristaux de phosphates ammoniaco-magnésien (encore appelés struvite ou

phosphates triples), est un indice d’infection urinaire à germes ammoniogènes (germes uréase
+ et donc producteur de NH3) comme Proteus, Klebsiella, Corynebacterium
urealyticum, Ureaplasma urealyticum etc. On les retrouve dans les urines alcalines. (voir
paragraphe 3.2). La struvite représente seulement 1,3 % des calculs.
 Les cristaux de cystine sont présents chez des patients atteints de cystinurie : maladie
génétique responsable de troubles de la réabsorption des acides aminés dibasiques (lysine,
arginine, ornithine, cystine). Seul un faible nombre de ces patients formeront des calculs

6.2.2 Examen bactériologique :

- Examen qualitatif :
- Examen direct à l'état frais :
Une goutte d'urine est mise entre lame et lamelle, et observée à l'objectif x 40.
- Examen après coloration de Gram :
Si la présence de germes est notée, une coloration de Gram sur une fraction de l’urine centrifugée
permet de différencier les bactéries selon leurs formes et leur affinité tinctoriale.

- Examen quantitatif :
Cet examen est représenté par la mise en culture de l'urine.
 7. Uroculture :

- La mise en culture doit rependre à un double objectif : isolement et numération de l'espèce

bactérienne et c'est la seule qui permettra une identification exacte des microorganismes qui
colonisent l'urine.
- La plupart des infections urinaires sont monomicrobiennes et dues à des entérobactéries donc à des
bactéries non exigeantes; Un milieu de base NON SÉLECTIF suffit le plus souvent.
- Si ces milieux sont ensemencés selon la technique de l’anse calibrée alors les opérations isolement et
dénombrement des germes urinaires seront simultanées.

 Principe :
- Sur une gélose nutritive (GN). Après 24 heures à 37°C d'incubation, on compte le nombre de
colonies visibles à l'œil nu.
- Réalisation: (Méthode de l’anse calibrée de 10 µL) :
1. Déposer 10 µL d’urine bien homogénéisée sur un rayon de la boite à l’aide d’une anse calibrée
stérile (a).
2.Étaler le dépôt en stries perpendiculaires au rayon sur toute la surface de la gélose (b).
3. Incuber 18 à 24 heures à 37°C.

 Lecture :
Le DGU repose sur une comparaison de la densité des colonies présentes sur la partie supérieure de la
gélose à celle du schéma fourni avec la fiche technique.
Rendre le résultat en nombre UFC / mL d’urine.
Planches étalons :

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  Interprétation :
- Une leucocyturie >104 par mI signe l'existance d'une réaction inflammatoire.
- Une bacteriurie < 103 par ml avec une leucocyturie < 104 par mI excluent l'infcction urinaire
- Une bacteriurie >= 105 Une leucocyturie > 104 par mI ; infection urinaire certaine
- En principe une bactériurie élevée s'accompagne d'une leucocyturie élevée : cependant dans
certains cas, on observe des dissociations enire ces 2 paramètres:
 Bactériurie sans leucocyturie :
- infection récente;
- infection sur un terrain particulier : femme enceinte, nourisson, diabetique on aplasique,
immunodéprimé
- une souillure.
- un nouveau prélevement est nécessaire
 Leucocyturie sans bactériurie
- Infection par une bactérie non mise en évidence par les techniques standards
(mycobactérium tuberculosis).
- Urétrite (chlamydia, mycoplasme) donnant signes de cystite chez la femme
- Infection urinaire décapitée par traitement antibiotique précoce avant prélèvement
- Foyer infectieux n’ensemençant par l’urine
- Réaction inflammatoire d’origine non infectieuse (traumatisme ou tumeur)
Un ECBU de contrôle être pratiqué dans tous les cas d’interprétation difficile.

8. Identification :
- C'est l'étape qui précède toujours l'antibiogramme.
- Elle n'est effectuée que si on est devant une infection urinaire confirmée
- L'identification est entreprise à partir des cultures pures sur GN représentées par des colonies que
l'on peut différencier par leur aspect, taille, bord et surface.
- Une culture poly-microbienne est généralement signe d'une contamination. Si on a culture avec
un seul ou deux types de microorganismes on procède à l'identification.
- Si on observe plusieurs germes à l’examen microscopique, la suite de l’analyse sera facilitée en
ajoutant des milieux SELECTIFS.
- Ensemencer une Gélose Nutritive (GN) : qui permet la culture des bactéries les plus
fréquemment rencontrées ‘’c.à.d. les entérobactéries, les Pseudomonas, les Staphylocoques et les
Entérocoques ‘’ qui sont toutes des bactéries peu exigeantes à culture rapide.
- Un milieu lactosé non sélectif (BCP).
- Une gélose au sang ou chocolat (s’il y a présomption de streptocoques ou de bactéries
exigeantes) ;
- Une gélose Sabouraud+ chloramphénicol (présence de levure à l’état frais) ;
- Un milieu LOWENSTEINS JENSEN (pour la recherche des mycobactéries devant toute pyurie
avec uroculture négative ou devant des présomptions cliniques de tuberculose).
- L'identification est orientée par l'examen des frottis colorés au Gram effectué à partir des
différents types de colonies pures isolées sur GN.
 Examen direct Famille Espèce %
(Coloration de Gram)

Bacille Gram négatif Entérobacteries Escherichia coli 68

Proteus mirabilis 8
Klebslella 5
[Link]
K. oxytoca
Autres enterobactéries 3
Pseudomonaceae Pseudomonas aeruginosa 1
Cocci Gram positif en Streptococcie Enterococcus 5
Chainettes ([Link], [Link])

Cocci Gram positif en Micrococcaceae Staphylococcus aureus 3

amas [Link] 3

Autres bactéries 1

9. Interprétation :

Il faut particulièrement tenir compte :

 des symptômes ;
 de la présence d’un facteur de risque (sondage urinaire, intervention sur les voies urinaires) ;
 d’un éventuel traitement antibiotique en cours ;
 d’une grossesse.
La présence de symptômes permet de distinguer une infection urinaire d’une colonisation. On
parle de colonisation lorsque l’urine présente des critères d’infection urinaire pour un patient sans
symptôme.

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10. Conclusion :

 L'examen cytobactériologique des urines (ECBU) est une analyse couramment

utilisée pour diagnostiquer les infections urinaires. Cette procédure consiste à prélever
un échantillon d'urine et à l'examiner pour détecter la présence de bactéries, de
globules blancs et de cellules épithéliales.

 L'ECBU est une méthode fiable pour diagnostiquer une infection urinaire, mais il est
important de noter que les résultats ne sont pas toujours concluants. Il est possible que
des résultats faussement positifs ou faussement négatifs puissent se produire.
 Dans l'ensemble, l'ECBU reste une méthode importante pour diagnostiquer les
infections urinaires et permet de déterminer le traitement approprié. Il est
recommandé de discuter avec votre médecin si vous avez des symptômes d'une
infection urinaire ou si vous avez des questions sur l'ECBU.