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Infections urinaires
H. Leroy, P. Tattevin

Les infections urinaires (IU) sont caractérisées par leur fréquence mais aussi par leur variété, allant de la
simple colonisation au choc septique. Il est fondamental de distinguer les situations d’IU simples des IU
compliquées où le terrain physiologique (enfant, homme, grossesse, sujet âgé), le terrain pathologique
(diabète, immunodépression, insuffisance rénale) ou l’existence d’une anomalie fonctionnelle de l’arbre
urinaire peuvent conduire à des tableaux cliniques graves. Il s’agit de la deuxième cause d’infections
bactériennes communautaires et elles touchent surtout la femme avec des pics de fréquence au début
de l’activité sexuelle, au moment de la grossesse et en postménopause. Les entérobactéries, majoritai-
rement Escherichia coli (E. coli), sont les principaux micro-organismes responsables des IU, avec une
augmentation actuelle de la résistance de celles-ci aux antibiotiques dont la pénicilline A, le cotrimoxazole
mais aussi les fluoroquinolones avec 10 % de souches résistantes. En conséquence, les céphalosporines
de 3e génération parentérales sont devenues le traitement probabiliste de 1re intention pour les infections
parenchymateuses. L’infection urinaire basse ou cystite associe brûlures mictionnelles, pollakiurie, pesan-
teur pelvienne et urines troubles, sans syndrome infectieux. S’il y a hyperthermie, on parle d’atteinte
parenchymateuse (pyélonéphrite ou prostatite), aiguë ou chronique. La bandelette urinaire est suffisante
pour le diagnostic de cystite aiguë simple de la femme jeune, mais dans les autres cas, l’examen de choix
est l’examen cytobactériologique des urines (ECBU). L’échographie des voies urinaires, voire l’uroscanner,
sera réalisée en cas d’atteinte parenchymateuse à la recherche d’une obstruction des voies urinaires ou
d’une complication à type d’abcès. La prise en charge thérapeutique associe des mesures hygiénodiété-
tiques, un drainage des urines si obstacle et une antibiothérapie probabiliste adaptée secondairement à
l’examen direct, à la bactérie isolée et à l’antibiogramme. En cas d’infection sur sonde urinaire, c’est une
indication à retirer la sonde ou à la changer pour se débarrasser des bactéries du biofilm à la surface de
la sonde.
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Mots clés : Infections urinaires ; Cystite ; Prostatite ; Pyélonéphrite ; Bactériurie asymptomatique

Plan  De la physiopathologie
■ De la physiopathologie à la clinique 1 à la clinique
■ Épidémiologie 2 L’arbre urinaire est physiologiquement stérile et seul l’urètre dis-
Agents en cause 2 tal est colonisé par la flore fécale, cutanée et génitale. L’organisme
Accroissement de l’antibiorésistance 2 a des moyens de défense contre le développement d’une infection
■ Présentation clinique 2 « ascendante » à partir de cette flore (longueur de l’urètre, fré-
Signes cliniques communs 2 quence des mictions, flux mictionnel constant au niveau urétéral,
Formes topographiques 2 composition de l’urine, rôle bactéricide du mucus vésical).
Complications 2 L’IU communautaire est majoritairement de mécanisme
Formes particulières 2 « ascendant » avec invasion soit de la vessie, on parle alors de cys-
■ Prise en charge en pratique 3 tite, soit du rein ou de la prostate, et l’on parle de pyélonéphrite
Examens complémentaires : lesquels et dans quelles aiguë (PNA) ou de prostatite. On parle d’IU compliquée quand
circonstances ? 3 il existe des facteurs de risques comme la stase urinaire (liée à
Prise en charge thérapeutique 4 l’hypertrophie de la prostate ou les prolapsus urogénitaux de la
femme âgée), la sténose urétrale, les anomalies de l’arbre urinaire,
les modifications urodynamiques liées à la grossesse, les sondages
urinaires, ou la glycosurie en cas de diabète mal contrôlé. Pour
certains experts, toute IU chez l’homme et l’enfant sont des IU
compliquées. Quand il n’y a pas de facteur favorisant, seule la
pathogénicité du germe est en cause et il s’agit d’une IU simple.

EMC - Traité de Médecine Akos 1

Volume 7 > n◦ 2 > avril 2012
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 4-0880  Infections urinaires

Rarement, l’IU est d’origine hématogène et l’on peut voir des

abcès rénaux dans le cadre de bactériémie ou d’endocardite à sta-
 Présentation clinique
phylocoque doré. Signes cliniques communs
La cystite associe brûlures mictionnelles, pollakiurie, pesanteur
 Épidémiologie pelvienne et urines troubles, sans syndrome infectieux. On peut
observer une hématurie macroscopique, en fin de miction. S’il
y a hyperthermie, on parle d’atteinte parenchymateuse (pyélo-
Il s’agit de la deuxième cause d’infections bactériennes
néphrite ou prostatite), parfois associée à des frissons évocateurs
communautaires, après celles de l’arbre respiratoire. Elles sont plus
d’une bactériémie.
fréquentes chez la femme avec une répartition inégale tout au
long de leur vie : il existe un pic de fréquence au début de l’activité
sexuelle, au moment de la grossesse et en période postménopause. Formes topographiques
Chez la femme jeune, la prévalence de la bactériurie est de 1 %-3 %
contre 0,1 % chez l’homme [1] . La courte distance féminine urètre- La cystite aiguë simple est l’infection de la femme jeune
anus explique en partie cette différence de fréquence. L’incidence sans comorbidité. Le début est généralement brutal. Les cystites
des IU chez l’homme augmente après 50 ans parallèlement aux simples et ne se compliquent que rarement de PNA. Les cystites
problèmes d’obstruction prostatique et à la perte de l’action bac- sont dites récidivantes quand il y a au moins quatre épisodes par
téricide des sécrétions de la prostate. an. En général, les récidives ne sont pas liées à des uropathies mais
plutôt à des facteurs favorisants comme les relations sexuelles, les
boissons ou mictions insuffisantes et la constipation. Il n’y aurait
Agents en cause pas de cystite chez les filles de moins de trois ans. Par contre,
les PNA surviennent à n’importe quel âge [6] . La PNA simple asso-
Leur pathogénicité est liée à la présence de facteurs d’adhérence
cie les signes vésicaux et le syndrome infectieux à des douleurs
à la muqueuse et à la production d’hémolysines détruisant les
de la fosse lombaire majorées à la palpation/percussion, irradiant
cellules épithéliales du tractus urinaire. L’obstruction des voies
vers les organes génitaux externes. Chez le nourrisson, le tableau
urinaires ou le cathétérisme vésical sont également des éléments
clinique peut se réduire à une fièvre nue ou des troubles diges-
favorisant la colonisation urinaire. Par ailleurs, certaines bactéries
tifs. La PNA compliquée est plus à risques d’abcès périrénal, de
peuvent s’adapter au pH acide des urines en libérant de l’uréase
sepsis sévère, ou de chronicité. Enfin, dans le cas de la prostatite
qui alcalinise les urines.
aiguë, on observe une dysurie voire une rétention aiguë d’urines
Les entérobactéries sont les principales responsables des IU, et
liées à l’obstacle prostatique ainsi que des douleurs pelviennes et
E. coli serait à l’origine de 70 % à 95 % des cystites et des PNA non
urétrales. Au toucher rectal, la prostate est douloureuse et aug-
compliquées. Les autres entérobactéries, notamment Proteus sp.,
mentée de volume. Les complications sont le sepsis sévère, la
sont impliquées dans 15 % à 25 % des cas. Chez les patients hospi-
rétention d’urines, l’abcès prostatique ou l’orchiépididymite par
talisés ou ayant des anomalies des voies urinaires, l’épidémiologie
extension locale. Comme pour la pyélonéphrite, il existe une
est différente avec des IU à Pseudomonas aeruginosa, entérocoque
forme chronique (prostatite chronique) non nécessairement pré-
ou staphylocoque. Le Staphylococcus saprophyticus, contrairement
cédée d’épisodes aigus et souvent moins symptomatique.
aux S. aureus ou S. epidermidis, est capable d’adhérer aux cel-
lules uroépithéliales et est à l’origine de 5 %-10 % des cystites
simples de la femme jeune, mais reste exceptionnel dans les IU Complications
hautes. On retrouve les mêmes uropathogènes pour les prostatites
communautaires, à l’exception des infections sexuellement trans- En cas de mauvaise évolution à 48 heures-72 heures d’une PNA
missibles à gonocoque, Chlamydia trachomatis ou Mycoplasma bien traitée, on doit rechercher un abcès périnéphrétique ou
hominis. intraparenchymateux. Les facteurs de risques sont l’obstruction
des voies urinaires et le diabète. Parmi ces formes abcédées, la
pyélonéphrite emphysémateuse qui touche principalement la
Accroissement de l’antibiorésistance femme diabétique est une forme grave avec une mortalité élevée
(70 % malgré l’antibiothérapie et le traitement souvent radical par
La prévalence de la résistance aux antibiotiques chez les enté- néphrectomie) [1] . On peut également évoquer une nécrose papil-
robactéries est en augmentation, compliquant l’antibiothérapie laire [7] d’origine ischémique, de diagnostic radiologique, favorisée
probabiliste. En 2009, d’après l’Observatoire national de l’épidé- par le diabète, la prise d’anti-inflammatoires non stéroïdiens
miologie et de la résistance bactérienne aux antibiotiques (AINS), l’obstruction ou la drépanocytose.
(ONERBA) en France, 43 % des E. coli sont résistants à l’amoxi-
cilline, 27 % à l’association amoxicilline-acide clavulanique, 18 %
au cotrimoxazole, 10 % aux fluoroquinolones (FQ), moins de 5 %
aux céphalosporines de 3e génération (C3G) (3 %), aux amino- Formes particulières
sides, aux furanes et à la fosfomycine [2] .
Depuis 1996, la résistance aux FQ n’a fait que croître : 18 % des IU de l’enfant : rechercher une malformation
souches d’E. coli responsables de bactériémies sont résistantes aux urogénitale
FQ en 2008 contre 4 % en 1996, alors que la résistance à la genta- Excepté dans le cas de la cystite de l’adolescente pubère, une
micine et au céfotaxime ne concerne respectivement que 5 % et uropathie doit être recherchée par une échographie des voies uri-
7 % des souches. Les souches d’E. coli résistantes aux C3G sont en naires voire une cystographie rétrograde, à distance de l’épisode,
général productrices d’une béta-lactamase à spectre élargi (BLSE) après stérilisation des urines. Un reflux vésico-urétéral est retrouvé
et sont également résistantes aux FQ. Les recommandations amé- chez 30 % à 50 % des enfants traités pour IU [1] .
ricaines de 2010 conseillent de ne plus utiliser les FQ en première
intention dans les régions où la résistance d’E. coli est supérieure
à 10 % [3] . Bactériurie asymptomatique : traitement ou non ?
Concernant la différence ville-hôpital, pour les souches d’E. coli Les colonisations urinaires (terme préféré à bactériuries
à l’origine de bactériémies, 14 % sont résistantes à l’acide nali- asymptomatiques) correspondent aux situations de portage de
dixique en 2008 en communautaire contre 31 % en milieu micro-organismes sans manifestation clinique. Le traitement n’est
hospitalier [4] . Pour les IU communautaires, un facteur de risque pas recommandé même en cas de diabète, de paraplégie, de son-
majeur de résistance aux FQ est un antécédent de traitement dage à demeure ou d’institutionnalisation [8, 9] . Seuls la grossesse,
par FQ au cours des 6 derniers mois : le taux de résistance les gestes urologiques ou chirurgicaux avec mise en place de pro-
passe de 3 % en l’absence de prise à 22 % en cas d’exposition thèse et la neutropénie sont des indications. C’est également le
préalable [5] . cas pour les greffés rénaux, en raison de l’immunosuppression et

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 Infections urinaires  4-0880

du risque anatomique d’évolution vers la pyélonéphrite en raison ou conserver les urines jusqu’à 24 heures à + 4 ◦ C. Pour la prosta-
d’un uretère post-implantation court (risque 7 fois plus élevé que tite aiguë, le massage prostatique pour sensibiliser l’ECBU n’est
chez les greffés sans colonisation) [10] . pas recommandé à cause du risque de dissémination hématogène
mais il reste possible en cas de prostatite chronique.
IU de la femme enceinte : dépister et traiter En cas de rétention urinaire chez l’homme, le choix entre
sondage urétral et cathéter sus-pubien est débattu car sonder
Il s’agit de l’infection la plus fréquente chez la femme enceinte favoriserait l’apparition d’abcès prostatiques. Certains préfèrent le
à cause des modifications anatomiques, hormonales et physico- sondage urétral car les complications du cathéterisme ne sont pas
chimiques de l’urine. L’IU expose à un risque de prématurité et de rares (perforation digestive ou de l’artère iliaque) [12, 13] . Le cathéter
retard de croissance intra-utérin. Le risque est majoré par l’âge sus-pubien est contre-indiqué en cas de troubles de l’hémostase,
de la mère, la parité, l’activité sexuelle, le diabète, les antécé- d’anticoagulants, de cicatrice sus-pubienne, d’hématurie, de
dents d’IU [1] . On recommande un dépistage systématique de la tumeur vésicale, ou de pontage fémoral croisé.
colonisation à partir du 4e mois de grossesse et un traitement sys- Chez l’enfant, on utilise soit une poche stérile autocollante
tématique, réduisant ainsi le risque de PNA de 75 % (risque estimé après toilette antiseptique de la zone périnéale (maintenue moins
à 20 %-30 % en l’absence de traitement de la colonisation) [9] . de 30 minutes), soit un sondage aller-retour chez la petite fille.
Cas particuliers des patients sondés
IU nosocomiales : au premier rang des infections
La leucocyturie n’est pas significative chez le patient sondé et
liées au soin
la BU n’a d’intérêt que pour infirmer l’absence d’IU si elle est
En 2001, les IU représentaient en France 43 % des infec- négative. Les experts américains définissent une IU sur matériel
tions nosocomiales [11] . Le sondage en est la principale cause. lorsqu’il y a des symptômes compatibles avec une infection, sans
L’acquisition peut survenir par voie endoluminale, hématogène, autre cause, avec une bactériurie ≥ 103 UFC/ml sur un échantillon
ou plus fréquemment extraluminale. Les bactéries d’origine diges- recueilli par du matériel ayant été changé dans les 48 heures [14] .
tive colonisent le périnée, et migrent vers la vessie par capillarité
Interprétation de l’ECBU
dans le film muqueux ou biofilm bactérien protecteur à la surface
externe de la sonde. Le sondage entraîne également une altération Le tableau 1 décrit les différents cas de figure et l’interprétation
des moyens de défense de l’épithélium vésical et perturbe le transit en fonction des résultats de l’ECBU. Toute leucocyturie aseptique
urinaire en créant un résidu. L’incidence journalière d’acquisition doit faire suspecter une tuberculose rénale et il faut réaliser des pré-
d’une IU sur sonde a diminué avec les systèmes clos, variant de 3 % lèvements sur la première miction du matin, trois jours de suite,
à 10 % par jour de sondage, mais le risque cumulé après 30 jours à la recherche de bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR).
est de 100 %. Il faut donc limiter le sondage aux situations indis- La détection de C. trachomatis se fait par PCR sur les urines du
pensables et ôter les sondes le plus rapidement possible. 1er jet sans toilette préalable. Si l’on suspecte une urétrite, il faut
également réaliser un prélèvement urétral à l’écouvillon.
ECBU de contrôle, sous traitement ou à distance de
 Prise en charge en pratique l’infection
Dans le cadre de la cystite et de la PNA simple, il n’est pas
Examens complémentaires : lesquels nécessaire de contrôler par un ECBU, sauf si l’évolution est défa-
vorable après 72 heures d’antibiothérapie. On réalisera un ECBU
et dans quelles circonstances ? à 48 heures-72 heures de traitement et quatre à six semaines après
Bandelettes urinaires l’arrêt pour les pyélonéphrites compliquées. Pour la prostatite
aiguë, l’ECBU prélevé quatre à six semaines après le traitement
Les bandelettes urinaires (BU) réactives recherchent la présence est également conseillé alors que celui à 48 heures-72 heures ne
de leucocytes et de nitrites dans les urines. La sensibilité de la l’est qu’en cas d’évolution défavorable.
détection de la leucocyturie est bonne (entre 75 % et 90 %, faux
négatifs en cas de glycosurie ou protéinurie importantes). Le seuil
de détection de la leucocyturie est de 104 /ml et la spécificité est
Autres examens biologiques
excellente (≥ 95 %) [11] . La détection des nitrites est basée sur la En cas de syndrome infectieux, il faut prélever une numération
transformation des nitrates en nitrites par les entérobactéries et le formule sanguine et doser les marqueurs de l’inflammation et la
seuil est de 105 UFC/ml (unité formant colonie). La sensibilité est créatininémie car les infections parenchymateuses compliquées
moyenne (35 % à 85 %), car certaines bactéries ne produisent pas peuvent être à l’origine d’une insuffisance rénale. On réalisera
de nitrites (staphylocoques, entérocoques ou Pseudomonas sp.). également des hémocultures pour authentifier une bactériémie
La spécificité est estimée à 95 %. La combinaison des deux tests a qui constitue un facteur de risque d’évolution péjorative.
une très bonne valeur prédictive négative, supérieure à 95 % : une L’élévation des antigènes spécifiques de prostate (PSA) est
BU avec absence de nitrite et de leucocyte élimine en pratique le inconstante et leur dosage ne doit pas être réalisé lors d’un épisode
diagnostic d’IU, sauf pour le nourrisson de moins de trois mois infectieux aigu. Par contre, on les dosera à distance (six mois) chez
et le patient neutropénique, pour lesquels la BU a une valeur pré- l’homme de plus de 50 ans pour rechercher un adénocarcinome
dictive négative insuffisante [6] . Le prélèvement d’urine doit être de prostate.
réalisé sur le deuxième jet d’urines fraîchement émises, dans un
récipient non stérile propre et sec, sans toilette préalable. Dans le Imagerie
cadre de la cystite simple, la BU est le seul examen recommandé.
Pour les PNA simples et les prostatites aiguës, une échographie
doit être réalisée dans les 24 heures pour exclure une obstruc-
Examen cytobactériologique des urines tion [15] . L’urgence de l’imagerie se justifie d’autant plus qu’il existe
et antibiogramme un antécédent de lithiase urinaire, un pH urinaire supérieur à 7
L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est indispen- ou une clairance de la créatinine inférieure à 40 ml/min [16]. Une
sable pour toute IU en dehors de la cystite simple de la femme échographie normale n’exclut pas le diagnostic de PNA. Le scan-
jeune. L’examen direct en urgence est primordial pour les cas ner n’est pas recommandé en première intention contrairement
d’urosepsis pour choisir la meilleure antibiothérapie probabiliste aux pyélonéphrites compliquées où l’uroscanner est à privilé-
en urgence. gier car plus sensible pour rechercher des foyers de néphrite, des
abcès (Fig. 1) ou une pyélonéphrite emphysémateuse (Fig. 2).
Recueil des urines Cependant, il est parfois inutile (sujet âgé sans facteur de risque
Il doit être réalisé dans un flacon stérile après toilette périnéale de complication) ou dangereux (insuffisance rénale favorisée par
au Dakin suivie d’un rinçage, sur des urines du deuxième jet et l’iode, PNA gravidique, allergie à l’iode). L’urographie intravei-
acheminé dans l’heure au laboratoire. On peut utiliser un milieu neuse n’a plus d’indication depuis l’utilisation du scanner. Pour la
de conservation qui inhibe la croissance bactérienne (tube boraté), recherche d’abcès prostatique, l’IRM est à préférer à l’échographie

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 4-0880  Infections urinaires

Tableau 1.
ECBU d’après [11] .
Symptômes Leucocytes Concentration Nombre Interprétation
≥ 104/ml bactérienne en d’espèces
UFC/ml
Non – ≤ 104 ≥0 Pas d’infection urinaire
Non ± ≥ 10 5
1 Colonisation urinaire ou souillure du prélèvement
± – ≥ 105 ≤2 Souillure. Refaire ECBU
± – ≥ 10 5
≤2 Colonisation urinaire ou souillure. Refaire. Infection possible si débutante, greffe,
immunodépression, chimiothérapie
Oui + < 103 ≤2 Infection possible
– Décapitée
– Tuberculose, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis, Neisseria gonorrhoeae
– Urétrite, prostatite
Oui + Entre 103 et 105 ≤2 Cystites : infection possible
– Seuil de 103 suffisant pour E. coli, autres entérobactéries et S. Saprophyticus
– Autres germes : refaire un ECBU
Pyélonéphrites et prostatites : seuil = 104 UFC/ml
Urétrite, prostatite chronique
Oui + ≥ 105 >2 Infection possible ou souillure. Refaire ECBU
Oui + ≥ 105 ≤2 Infection urinaire certaine

ECBU : examen cytobactériologique des urines ; UFC : unité formant colonie.

endorectale car elle est plus sensible, indolore et évite le risque

de dissémination de l’infection. Un bilan urodynamique plus
complet sera réalisé à distance.

Prise en charge thérapeutique

Règles hygiénodiététiques pour les IU récidivantes
La prévention en matière d’IU repose sur une bonne diurèse per-
mettant une clairance bactérienne, notamment après les rapports
sexuels. La consommation de canneberge inhiberait l’adhésion
bactérienne sur l’épithélium vésical. On limite la pullulation
microbienne avec des sous-vêtements en coton et des habits
amples. Les facteurs favorisants comme les prolapsus vésicaux et le

B
Figure 2. Tomodensitométrie d’une pyélonéphrite emphysémateuse.
Figure 1. Tomodensitométrie d’un abcès rénal compliquant une A. Présence d’air dans l’espace périrénal, le parenchyme rénal, voire la
pyélonéphrite aiguë retrouvant une hypodensité volumineuse avec effet voie excrétrice (flèche).
de masse sur les cavités pyélocalicielles, à contenu liquide hétérogène B. Cet air peut aussi être détecté par échographie ou par l’abdomen sans
(flèche). préparation s’il est en quantité abondante (flèches).

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Tableau 2. norfloxacine et la loméfloxacine ont également l’AMM mais leur

Traitements probabilistes des infections urinaires de l’adulte d’après la efficacité est probablement inférieure dans cette indication.
conférence de consensus de 2008 [12] . Les C3G ont l’avantage de la rareté des souches d’E. coli résis-
Cystite simple Fosfomycine trométamol : 3 g (1 j) tantes, mais ils nécessitent la voie parentérale tant que l’infection
Nitrofurantoïne : 100 mg × 3/j (5 j) n’est pas maîtrisée. Le céfixime oral, mal absorbé, doit être réservé
Norfloxacine : 400 mg × 2/j (3 j) au traitement de relais. La durée de traitement recommandée est
Ciprofloxacine : 500 mg ou ofloxacine : 400 mg (1 j) de 10 jours à 14 jours.
Ciprofloxacine : 250 mg × 2/j ou ofloxacine : Les aminosides peuvent être associés en cas de sepsis grave pen-
200 mg × 2/j (3 j) dant 1 jour à 3 jours.
Les traitements de relais par voie orale envisageables après
Cystite Nitrofurantoïne : 100 mg × 3/j
obtention de l’antibiogramme sont l’amoxicilline ± acide clavula-
compliquée Norfloxacine : 400 mg × 2/j ou lomefloxacine :
nique, le céfixime, une FQ ou le cotrimoxazole. Pour les souches
400 mg/j
Ciprofloxacine : 500 à 750 mg × 2/j ou ofloxacine :
multisensibles, on peut préférer l’amoxicilline du fait de son
200 mg × 2/j spectre étroit ou les FQ qui permettent un traitement court. Les
Céfixime : 200 mg × 2/j PNA compliquées avec abcès ou bactéries multirésistantes seront
traitées 21 jours.
PNA et prostatite C3G : ceftriaxone (1 à 2 g/j) ou céfotaxime
simples (1 à 2 g × 3/j) Prostatite
FQ : ciprofloxacine (per os : 500 à 750 mg × 2/j ou Le choix du traitement de la prostatite aiguë est guidé par la
i.v. : 400 mg × 2 à 3/j), ofloxacine (per os ou i.v. : diffusion des molécules dans le tissu prostatique : moyenne pour
200 mg × 2/j) les ␤-lactamines et les sulfamides ; bonne pour le cotrimoxazole et
les FQ. Ainsi, on utilise en probabiliste une C3G (± aminoside si
PNA et prostatite Biantibiothérapie initiale : C3G ou FQ
compliquées + aminosides
tableau septique sévère) et en relais une FQ ou le cotrimoxazole,
même en cas de sensibilité à l’amoxicilline. La durée est de 14 jours
PNA : pyélonéphrite aiguë ; C3G : céphalosporines de 3e génération ; FQ : fluoro- pour les formes aiguës évoluant rapidement favorablement, de
quinolones ; i.v. : par voie intraveineuse. 21 jours dans le cas contraire.
Le problème majeur du traitement de la prostatite chronique
est la diffusion des antibiotiques à cause de la fibrose et des cal-
résidu vésical postmictionnel chez la femme ménopausée doivent
cifications. Les FQ et le cotrimoxazole sont à privilégier. La durée
être pris en charge.
du traitement est mal codifiée et varie de 4 semaines à 6 semaines
en fonction de la bactérie, de sa sensibilité et de l’ancienneté des
Hospitalisation ou traitement ambulatoire ? signes. Pour les formes réfractaires, on peut proposer un traite-
Les infections parenchymateuses peuvent être traitées en ambu- ment antibiotique au long cours ou une chirurgie prostatique
latoire si un traitement efficace par voie orale ou simple comme (Tableau 2).
l’injection de ceftriaxone est envisageable. Certaines situations
nécessitent une hospitalisation : sepsis grave, forme hyperalgique, Gestes radiologiques et urologiques
impossibilité de réaliser le bilan en ambulatoire, vomisse-
Dérivation des urines [11]
ments, conditions socioéconomiques défavorables et doutes sur
l’observance [12] . Il est nécessaire de lever en urgence un obstacle : drainage par
pose endoscopique d’une sonde pyélovésicale JJ (double J), par
pose percutanée d’une sonde de néphrostomie ou par abord chi-
Traitement antibiotique (Tableau 2) rurgical direct.
Cystite Drainage des abcès
L’antibiothérapie probabiliste doit tenir compte de l’évolution Pour les abcès volumineux (> 5 cm), le drainage radiologique par
des résistances. Ainsi, le cotrimoxazole, l’amoxicilline ± acide cla- voie percutanée est le traitement de première intention, efficace
vulanique, les céphalosporines de 1re et 2e générations, et le dans 90 % des cas. Les abcès < 5 cm évoluent favorablement sous
pivmecillinam ne sont plus recommandés en 1re intention [12] . antibiotiques dans 92 % des cas [1] . Les pyélonéphrites emphy-
Le fosfomycine-trométamol est le traitement de 1re intention en sémateuses nécessitent une prise en charge chirurgicale et la
monodose. Les FQ doivent n’être utilisées qu’en 2e intention (en néphrectomie est exceptionnellement réalisée dans le cadre des
prise unique ou sur trois jours) afin de réduire la pression de fontes purulentes rénales.
sélection des résistances et la péfloxacine est à éviter du fait du
risque de tendinopathie. La nitrofurantoïne sera préférée aux FQ
Cas particuliers
en cas de prise récente de celles-ci. En cas d’infection à S. sapro-
phyticus, on utilise la nitrofurantoïne pendant 5 jours ou une FQ IU sur sonde
pendant 3 jours. La cystite compliquée est traitée 5 jours à 7 jours L’IU est une indication à retirer une sonde urinaire ou à la
(si nitrofurantoïne). changer, ceci permettant l’éradication des bactéries colonisant la
PNA sonde au sein du biofilm. Dans le cas des vessies neurologiques,
le sondage intermittent (auto- ou hétéro-sondages) a montré sa
Les antibiotiques doivent être bactéricides, couvrir les bacté-
supériorité, avec un nombre suffisant de sondages (4/j à 6/j).
ries présumées responsables en fonction des résistances et avoir
Le traitement monodose est insuffisant, mais un traitement de
une concentration dans le parenchyme rénal élevée ainsi qu’une
3 jours est possible chez les femmes ayant moins de 65 ans, sans
bonne biodisponibilité s’ils sont administrés par voie orale.
signes de PNA et chez qui la sonde a pu être retirée [17] .
L’efficacité doit être jugée cliniquement à 48 heures et par un
ECBU pour les formes compliquées. Le traitement probabiliste IU nosocomiales
repose sur les FQ et les C3G. La nitrofurantoïne et la fosfomycine Le traitement empirique doit être réservé aux infections paren-
trométamol ne sont pas indiquées vu leurs faibles concentrations chymateuses sévères et doit être réévalué dès l’obtention de
sériques. l’antibiogramme. Il repose sur l’examen direct des urines et sur
Les fluoroquinolones ont des avantages indéniables : concen- la connaissance de l’écologie locale. Face à un bacille Gram néga-
trations parenchymateuses élevées, excellente biodisponibilité tif, on peut débuter par la ceftazidime, le céfépime, l’association
permettant un relais oral précoce, voire d’emblée dans les formes pipéracilline-tazobactam, l’aztréonam ou une carbapénème.
peu sévères et possibilité d’un traitement court de 7 jours. Néan- Il n’y a pas d’indication de traitement antifongique systéma-
moins, on observe une augmentation des souches d’E. coli tique des colonisations urinaires à Candida. Le remplacement ou
résistantes aux FQ notamment en cas de prescription récente (< 6 l’ablation de la sonde est préconisé. En réanimation, la candidurie
mois). Depuis 2005, la lévofloxacine a obtenu l’autorisation de peut être un marqueur de candidose disséminée et doit inciter à
mise sur le marché (AMM) dans cette indication en France. La rechercher d’autres sites infectés [1, 14] .

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 4-0880  Infections urinaires

IU de l’enfant  Références
L’hospitalisation est recommandée chez tout enfant de moins
de 3 mois et en cas de signes d’infection sévère. La cystite aiguë de
la fille de plus de 3 ans doit être traitée par 3 jours à 5 jours de cotri- [1] Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of
moxazole ou de céfixime. Pour les PNA, le traitement comprend Infectious Diseases. London: Churchill Livingstone; 2004. p.
un traitement d’attaque par une C3G suivi par un traitement 875-905.
oral par cotrimoxazole ou céfixime (AMM à partir de 6 mois), [2] Poster ONERBA : Résistance aux antibiotiques en France. Résultats
adapté à l’antibiogramme. L’amoxicilline est recommandée pour 1998-2009 des réseaux fédérés dans l’ONERBA, JNI 2010, poster
N-01.
les infections à entérocoque. Dans les formes compliquées (enfant
[3] Gupta K. International Clinical Practice Guidelines for the Treatment
de moins de 3 mois, uropathie malformative connue, syndrome
of Acute Uncomplicated Cystitis and Pyelonephritis in Women: A 2010
septicémique, immunodéprimé), on peut associer un aminoside. Update by the Infectious Diseases Society of America and the Euro-
La durée totale de traitement est de 10 jours à 14 jours. En cas de pean Society for Microbiology and Infectious Diseases. Clin Infect Dis
résistance aux autres familles d’antibiotiques, les FQ peuvent être 2011;52:e103–20.
envisagées chez l’enfant prépubère [6] . [4] ONERBA, rapport d’activité 2008. Edition décembre 2010.
Femme enceinte [Link] rapport2008 [Link].
La colonisation doit être traitée 2 jours à 3 jours par [5] De Lastours V, Fantina B. Résistance aux fluoroquinolones en
l’amoxicilline ± acide clavulanique, le céfixime, la nitrofuran- 2010 : quel impact pour la prescription en réanimation ? Réanimation
toïne, le pivmécillinam ou le cotrimoxazole. Le traitement 2010;19: 347–53.
[6] AFSSAPS. Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires
probabiliste des cystites repose sur le céfixime ou la nitrofuran-
bactériennes communautaires du nourrisson et de l’enfant. Recom-
toïne, alors que celui des PNA repose sur une C3G.
mandations. Med Mal Infect 2007;37:637–44.
IU récidivantes [7] Guillausseau PJ. Infections urinaires et diabète sucré. Rev Prat 2003;
L’antibiothérapie au long cours est à réserver aux cas de réci- 53:1790–6.
dives invalidantes car elle expose aux risques de résistance et de [8] Harding GK, Zhanel GG, Nicolle LE. Antimicrobial treatment in dia-
toxicité des antibiothérapies au long [Link] cotrimoxazole et le betic women with asymptomatic bacteriuria. N Engl J Med 2002;347:
nitrofurantoïne sont les traitements de choix, avec, pour ce der- 1576–83.
nier la réserve actuelle de l’Agence française de sécurité sanitaire [9] Nicolle LE. Asymptomatic bacteriuria: review and discussion of
des produits de santé (AFSSAPS) concernant la toxicité pulmonaire the IDSA guidelines. Int J Antimicrob Agents 2006;28(suppl):
ou hépatique des traitements prolongés [18]. S42–8.
[10] Foriente S. Systematic screening and treatment of asymptoma-
tic bacteriuria in renal transplant recipients. Kidney Int 2010;78:
774–81.
“ Points essentiels [11]
[12]
Pilly E. Maladies infectieuses et tropicales. Paris: Vigot; 2010.
AFSSAPS. Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bacté-
riennes communautaires chez l’adulte. Med Mal Infect 2008;38(suppl):
• Les IU sont la deuxième cause d’infections bactériennes 203–52.
[13] Bruyère F, Faivre d’Arcier B. Rétention aiguë d’urine sur prostatite
communautaires, après celles de l’arbre respiratoire. aiguë : sonde vésicale ou cathéter sus-pubien ? Prog Urol 2009;19:
• Elles sont plus fréquentes chez la femme, notamment F123–5.
au début de l’activité sexuelle, au moment de la grossesse [14] AFSSAPS. Infections urinaires nosocomiales de l’adulte : conférence
et en postménopause. de consensus 2002. Med Mal Infect 2003;33:370–5.
• Il existe des formes cliniques très variées allant de la [15] Doco-Lecompte T, Letranchant L. Infections urinaires de
simple colonisation urinaire au choc septique souvent l’enfant et de l’adulte. Leucocyturie. Rev Prat 2010;60:
857–63.
favorisé par des comorbidités liées au terrain. [16] van Nieuwkoop C, Hoppe BP, Bonten TN, Van’t Wout JW, Aarts
• Les entérobactéries, dont E. coli, sont les principaux NJ, Mertens BJ, et al. Predicting the need for radiologic imaging in
micro-organismes responsables des IU et l’augmentation adults with febrile urinary tract infection. Clin Infect Dis 2010;51:
de la fréquence des souches résistantes aux antibiotiques 1266–72.
fait recommander les céphalosporines de 3e génération [17] Hooton TM, Diagnosis. prevention, and treatment of catheter-
parentérales en 1re intention pour les infections parenchy- associated urinary tract infection in adults: 2009 International Clinical
Practice Guidelines from the Infectious Diseases Society of America.
mateuses.
Clin Infect Dis 2010;50:625–63.
• Dans le cadre d’infections parenchymateuses, l’imagerie [18] AFFSAPS. Nitrofurantoïne et risque de survenue d’effets indésirables
est nécessaire : échographie des voies urinaires, voire l’uro- hépatiques et pulmonaires lors de traitements prolongés, février 2011.
scanner pour les formes compliquées. [Link]
• Une IU associée à une obstruction des voies urinaires est de-sante/Nitrofurantoine-et-risque-de-survenue-d-effets-indesirables-
une urgence urologique nécessitant un drainage. hepatiques-et-pulmonaires-lors-de-traitements-prolonges-Lettre-aux-
professionnels-de-sante.

H. Leroy, CCA ([Link]@[Link]).

P. Tattevin, PHU.
Services de maladies infectieuses et de réanimation médicale, Centre hospitalier universitaire régional de Rennes, 2, rue Henri-Le-Guilloux, 35033 Rennes
cedex 09, France.

Toute référence à cet article doit porter la mention : Leroy H, Tattevin P. Infections urinaires. EMC Traité de Médecine Akos 2012;7(2):1-6 [Article 4-0880].

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Tomodensitométrie d'une pyélonéphrite aiguë (PNA) : le foyer infectieux est hypodense et déforme peu le contour rénal.
a. La lésion est irrégulière avec un centre inhomogène (flèche).
b. La PNA peut être plurifocale avec un syndrome de masse diffus (flèches).
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