LEÇON SUR L'EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DES URINES
INTRODUCTION
1. Définition
o L'examen cytobactériologique des urines (ECBU) est un
examen de laboratoire qui permet d'analyser les urines pour
rechercher des agents pathogènes (bactéries, levures,
parasites) ainsi que des anomalies cellulaires (globules
rouges, globules blancs, épithéliums) qui peuvent indiquer
une infection urinaire ou d'autres pathologies rénales et
urinaires. C’est un outil essentiel pour le diagnostic et le suivi
des infections urinaires (IU).
2. Intérêt de la leçon
o L'examen cytobactériologique des urines est primordial pour
la détection des infections urinaires (cystites, pyélonéphrites,
infections urinaires asymptomatiques) et pour guider le
traitement antibiotique. De plus, l'ECBU permet de surveiller
l’évolution de ces infections et d’évaluer l’efficacité du
traitement, tout en aidant à prévenir les résistances
bactériennes.
1. RAPPELS CLINICO-BIOLOGIQUES
Les infections urinaires représentent l'une des pathologies les plus
courantes en médecine, en particulier chez les femmes. Elles
peuvent être causées par divers types de bactéries, principalement
des bactéries Gram-négatives comme Escherichia coli (E. coli), mais
aussi des bactéries Gram-positives, des champignons ou encore des
parasites dans certains cas rares.
L'ECBU est recommandé dans les situations suivantes :
o Symptômes cliniques d'infection urinaire (brûlures
mictionnelles, dysurie, pollakiurie, fièvre).
o Fièvre inexpliquée chez une personne hospitalisée.
o Surveiller les infections urinaires chez les patients à risque
(immunodéprimés, diabétiques, cathétérisés, personnes
âgées).
o Suivi après traitement antibiotique pour éviter la rechute.
2. DIAGNOSTIC (par syndrome)
2.1 Prélèvement
1. Produits pathologiques
o L’urine est le produit pathologique principal dans le cadre de
l'ECBU. Les urines doivent être obtenues de manière stérile
pour éviter toute contamination par des germes commensaux
de la peau ou du tractus génital.
o Types d'urines :
Urines de premier jet : Le premier jet d'urine élimine
les bactéries présentes à l'entrée de l'urètre, offrant
ainsi un échantillon plus propre.
Urine de milieu de jet : La plus adaptée pour l’ECBU,
car elle limite la contamination du prélèvement par les
bactéries de la peau.
Urine de cathéter : Utilisée en cas de cathétérisme
urinaire. Le prélèvement doit être fait de manière
aseptique pour éviter la contamination.
2. Transport
o L'échantillon d'urine doit être transporté rapidement au
laboratoire pour éviter la prolifération bactérienne, qui
pourrait fausser les résultats. Si le transport prend plus de
deux heures, l'échantillon doit être conservé au réfrigérateur à
une température de 4°C.
3. Conservation
o Si l’urine ne peut pas être traitée rapidement, elle doit être
conservée à une température de 4°C pour ralentir la
croissance bactérienne. Cependant, les analyses doivent être
réalisées dans les 24 heures suivant le prélèvement pour
obtenir des résultats fiables.
2.2 Diagnostic bactériologique direct
1. Regarder, isoler, identifier et étudier la sensibilité aux
antibiotiques
2.2.1 Examen bactériologique direct
1. Examen macroscopique
o L’urine peut présenter des signes visibles de contamination,
comme une turbidité (indiquant une présence de pus ou de
bactéries), une coloration anormale (rouge en cas de présence
de sang, foncée en cas de myoglobinurie ou hémoglobinurie).
2. Coloration
o Coloration de Gram : La coloration de Gram permet de
visualiser rapidement le type de bactérie (Gram-positif ou
Gram-négatif) dans un échantillon d'urine. Ce test est
essentiel pour orienter le traitement antibiotique, en
particulier dans les cas de suspicion d'infection à E. coli
(Gram-négatif) ou d'autres bactéries spécifiques.
3. Culture
o La culture d'urine est l'élément clé de l'ECBU. Elle permet
d'isoler et d’identifier les bactéries responsables de l'infection.
Milieux de culture : Les milieux courants pour la
culture des urines incluent des milieux gélosés comme
l’agar-sang et l’agar MacConkey.
Incubation : L’échantillon d’urine est incubé à 37°C
pendant 24 à 48 heures. Si une croissance bactérienne
est observée, elle est ensuite analysée pour identifier
les souches bactériennes.
4. Identification
o L’identification des germes est réalisée par des méthodes
biochimiques (tests de fermentation des sucres, tests
d'oxydase, tests catalase) ou par l'utilisation de systèmes
automatisés (par exemple, VITEK ou MALDI-TOF).
o Les bactéries les plus fréquemment isolées dans les infections
urinaires sont des espèces d'Escherichia coli, Klebsiella
pneumoniae, Proteus mirabilis, Enterococcus faecalis, et
d’autres espèces Gram-positives ou Gram-négatives.
5. Antibiogramme
o Une fois que la souche bactérienne est identifiée, un
antibiogramme est réalisé pour déterminer la sensibilité de
la bactérie aux antibiotiques. Cela permet de choisir un
traitement antibiotique adapté et de limiter les risques de
résistance bactérienne.
o Méthodes de test : Les tests de diffusion en milieu solide
(disques antibiotiques) ou les tests de dilution en milieu
liquide permettent de mesurer la concentration minimale
inhibitrice (CMI) des antibiotiques.
6. Interprétation des résultats
o Positif : Un nombre de colonies supérieur à 100 000 unités
formant colonies (UFC) par millilitre d’urine suggère une
infection urinaire.
o Négatif : Moins de 100 000 UFC/ml est généralement
interprété comme négatif pour une infection, sauf en présence
de symptômes cliniques marqués.
2.2.2 Examen immunologique direct
L’examen immunologique direct repose sur la détection rapide
d’antigènes bactériens dans les urines, comme ceux des E. coli
producteurs de fimbriae. Ces tests peuvent être réalisés en utilisant
des réactifs spécifiques de l'antigène, souvent sous forme de tests
rapides immunochromatographiques (dipsticks). Ces tests ne
remplacent pas la culture, mais peuvent fournir une réponse rapide
en cas de suspicion d'infection bactérienne.
2.2.3 Biologie moléculaire
PCR (Polymerase Chain Reaction) : La PCR est utilisée pour
identifier l'ADN bactérien dans les urines, permettant une détection
spécifique des agents pathogènes, même en faible quantité. Cette
méthode est particulièrement utile pour détecter des infections
urinaires non bactériennes (comme les infections par Chlamydia
trachomatis ou Mycoplasma) ou pour identifier des souches
résistantes.
2.3 Diagnostic indirect (immunologique indirect)
1. Caractériser les traces de la réponse de l’hôte à l’agent infectieux
o En complément des examens directs, le diagnostic indirect
consiste à rechercher les signes de l'infection par l'analyse
des marqueurs biologiques liés à la réponse de l'hôte (par
exemple, la présence d'anticorps spécifiques contre des
agents pathogènes urinaires).
2. Marqueurs (au besoin)
o Les tests sérologiques peuvent être utilisés pour détecter des
anticorps contre certaines infections urinaires à Chlamydia ou
Mycoplasma. Cependant, ces tests sont moins utilisés que les
examens directs, car ils ne permettent pas de diagnostic
rapide en cas d'infection aiguë.
3. Méthodes et résultats
o Les tests sérologiques sont interprétés en fonction du titre
d'anticorps. Un titre élevé suggère une infection récente,
tandis qu'un titre faible peut signifier une exposition
antérieure ou une infection latente.
4. Interprétation des résultats
o En l’absence d’éléments cliniques spécifiques, un diagnostic
indirect n’est pas toujours fiable pour confirmer une infection
urinaire. Les tests immunologiques directs et les cultures
restent les examens de référence.
CONCLUSION
L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est un examen fondamental dans le
diagnostic et le suivi des infections urinaires. Grâce à la culture des bactéries, l’identification
des agents pathogènes et l’étude de leur sensibilité aux antibiotiques, cet examen permet de
poser un diagnostic précis et de choisir le traitement le plus approprié. Les tests
immunologiques et moléculaires apportent également un complément utile, surtout dans les
cas de infections difficiles à diagnostiquer. Il est essentiel de réaliser cet examen avec une
technique appropriée de prélèvement et de transport pour éviter toute contamination et
garantir des résultats fiables.