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Les marqueurs et techniques de la génétique moléculaire utilisé pour l'études des organismes
marins:
Introduction:
Tout les organismes vivant sont sujet à des variations génétiques dans leur génome (mutation) à
cause des activités cellulaires ou des interactions avec l'environnement conduisant à une variation /
diversité génétique (Polymorphisme).
La variation génétique d'une espèce améliore la capacité de l'organisme pour s'adapter à l'évolution de
l'environnement et est nécessaire pour la survie de l'espèce.
En conjonction avec d'autres forces évolutifs comme la sélection de la dérive génétique + la
selection naturel la variation génétique survient entre les individus conduisant à la différenciation au
niveau de la population, des espèces et des groupes taxonomique d'ordre superieurs.
Ex: chez le dauphin 6 a 10 acide aminé (peptide pour régulé la réspiration et qui peut faire l’objet
d’une étude)
Endogamie = lesindividus d’un meme groupe se couplent entre eux
Hétérozyosité = forte biodiversité mélangé
Homozygosité =/ Hétérozygosité
La systématique de zoologie: basée sur l’anatomique et la physiologie
Un génome: c'est l'ensemble Adn compris dans le chromosome
Génétique mendélienne à rechercher
Thèse majestere Djamal Eddine Alilé 1986-1987
En génétique moléculaire les marqueurs sont des outils puissant pour détecter l'unicité génétique
d'individus, populations ou d'espèces. Ces marqueurs on révolutionné le pouvoir analytique nécessaire
pour explorer la diversité génétique.
Les données sur la diversité génétique on une application variée dans la recherche sur l'évolution, la
conservation et la gestion des ressources naturelles, et programme d'amelioration génétique.
Les premiers marqueurs génétique sont des poteines Isoenzymes depuis les année 1980. l'utilisation
des marqueurs d'ADN sont largement utilisés aujourd'hui dans la génétique des populations.
Avec les marqueurs d'adn, il est théoriquement possible d'observ é et d'exploit é la variation
génétique dans l'ensemble du génome.
L'adn génomique mitochondrial et nucléaire sont utilisés dans des applications variées
Les techniques couramment utilisé sont :
-Analyse des alloenzymes et isoenzymes (1980).
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-La technique RFLP ( restriction fragments length polymorphism): Met en évidence les
variations de langueur des fragments obtenus par digestion avec les enzymes de restrictions.
adn recombinant, cite palindromique, cite de restriction: BSL1 , HIND III , ECORI
-RAG restriction amplification génomique polymorphism(random) : c'est une technique qui
permet d'analysé le polymorphisme génomique et qui vas être amplifié au hasard.
-AFLP Polymorphisme de langueur de fragment amplifi é: la langueur vas être différente entre les
individus.
Les techniques d'aujourd'hui:
le typa par micro satellites (adn non codant): des séquence qui se répètes en générale sont
spécifique de l'individu de l'espace dans l'adn nucléaire les plus utilisé.
Les SNPs single nucleotides polymorphisme (adn codant) ou SNV single nucleotides variable* :
variation nucléotidique ponctuelle
Les EST expression sequence tag (ADN codant):
Les marqueurs de la génétique moléculaire (good marqueurs):
Doit être:
-Neutre: Les différents allèles du marqueurs n’ont pas d'effet sur le phénotype de l'individu.
-Polymorphe: Possédé de nombreux allèles permettant de caractérisé les différents individus de la
population.
-Codominant: L'individu hétérozygote(A/B) doit être distingué car il présente simultanément les
caractères de ses parents homozygotes (A/A)(B/B).
-Insensible au milieux
-Non épistatique
-Multi alléliques
Les alloenzymes:
Sont des formes alternatifs d'enzyme codé par différents allèles du meme locus génétique.
Ce concept est inclus dans un sens plus large les isoenzymes qui contraint tout les formes alternatives
de la meme activité enzymatique dans le meme organisme quelque soit sont origine.
RLFP :
se sont des fragments d'ADN de langueur différentes obtenues par l'action d'enzyme de restriction et
permettant de distinguer des individus. Et les résultats de variation dans la séquences d'ADN.
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Random amplified polymorphique DNA:
C'est une technique de révélation par PCR de variation génétique au niveau des sites d'appariement
des amorces oligo-nucléotidiques (primers de la PCR)
ALFP :
Basée sur la mise en évidence conjointe des sites de polymorphisme de site de restriction et de
polymorphisme d'hébridation d'une amorces de séquence arbitraire.
Les micro satellites:
Se sont des répétition en tandeme de motif mono, di, tri, et tétra nucleotidique à différent locus.
Quelles sont les microsatelites les plus courants?:
-A(n)
-TC(n)
-TAT (n)
-GATA (n)
Ces séquences répétés en tandem ou SimpleSequenceRepete sont très abondant et très polymorphe
dans le génome.
Les caractéristiques des microSatelites:
Les microsatellites sont spécifique du locus, une sonde RFLP elle vas révélé un locus qui peut être
polymorphe ou pas, de meme les amorces des micros satellites n'emplifie qu'un seule microsatelite.
Pour les autres techniques tel Random amplification polymorphisme ou AMFP : il y a amplification
aléatoire d'une séquence est révèle conjointement à plusieurs locus.
Les marqueurs R...sont co dominant il est possible de différencier les indivis hétérozygotes du type
homozygote.
Les hétérozygotes sont visualisé par deux bande.
Les homozygotes sont visualisé par une bande.
En revanche pour la Random AMFP révèle un polymorphisme de présence ou d'absence de site
d'hybridation et non un polymorphisme de langueur (y a, ou, ya pas d'amplification).
La présence de bande signifie que l'individu possède un ou deux allèles.
L'absence de bande signifie sans ambiguïté l'absence d'allèle (homo ou hétéo).
Caractéristique d'utilisation:
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Les deux premiers technique RFMp et microsatelite:
Deux part leurs caractéristiques, ils sont utilisés pour réaliser les cartographies et une génétique
quantitative pour la détection QTL (quantitative trait Loci).
Un locus de caractère quantitatif LCQ ou QTL( quantitive frait Lou):
c'est une regions du génome plus ou moins grand qui est étroitement associé à un caractère
quantitative c'est à dire c’est une region chromosomique où sont localisés un ou plusieurs gènes à
l'origine du caractère en question. Par ex : couleur des yeux.
Technique d'amplification de polymorphisme au hasard serve à saturer fortement une region
particulière du génome, mais comment? Elle vont Permettre d'ancifier (éclairé, rapproché) le
marquage au voisinage du gène d'intéré.
-Clonage positionné
-Rétro-croisement (teste back cross) : appelé aussi croisement recourt. C'est quand on croise un
hybride (deux allèles) avec l'un des parements, ou avec un individu similaire sur le plant génétique
avec l'un des parents de manier à avoir un descendant avec identitié génétique plus proche de l'un des
parents.
Chapitre : les marqueurs et techniques de la génétique moléculaire utilisés pour les études des
organismes marins
Méthodologie:
-Analyse de quelques articles scientifiques de recherche, de littérature scientifique internationalle sur
l'utilisation de la génétique moléculaire pour les etudes des organismes marins.
Remarque importante:
Toutes les études analysées dans ce séminaire ont était publiés Dans des revues scientifiques
internationalles intégrés dans le web of science (clarivate [Link]) toutes possédant un facteur
d'impact IF
Good science =/ Junk science ; predatory papers.
Factor Impact ou IF doit être présent sur papers = good science
Quelle sont les contraintes / obstacles / limites qui nous empêche de comprendre la biologie des
organismes marins?
-Les chercheurs analysent un pourcentage infime de la biosphère de l'ocean et des mers, ce qui veux
dire que la diversité et l'abondance des organismes marins dans la majorité des oceans, ne sont pas
échantillonés, mesurés, et ne sont pas étudiés.
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-Dans la plus part des ças, même les espèces familliaires: oursin ou crustacé ne sont observés que
dans une petite partie de leurs cycle de vie. Des millions oeufs fértilisés qui se développent et qui sont
dispersés dans les eaux des oceans ne sont pas étudiés et nous ne comprenons pas leur cycle de vie.
-Les oeufs et les larves des espèces les plus connus sont difficile à identifié uniquement en se basant
sur la morphologie.
L'utilisation des techniques de la Biologie moléculaire:
En écologie et océanographies biologique couvrent un grand nombre de sujets et de problèmatiques.
Nous allons dans ce simélnaire analyser et donner des exemples simples, de l'utilisation de l'adn et arn
pour l'estimation de variation génétique entre les espèces nous allons aussi analyser des génomes
d'organismes marins pour comprendre leurs adaptation à la vie marine.
Que pouvons nous étudier avec les outils de la biomoléculaire en océanographie biologique et
écologie marine: (Champs de connaissance:)
-Identifications des espèces.
-Nous étudiant les différence entre les populations et les espèces.
-Le niveau de diversité génétique intra et inter population vas nous éclairer sur la démographie et la
taille de la population.
Identification des espèces:
Par définition, les espèces diffèrent au niveau de leurs séquences d'ADN
Les analyses de la génétique évolutif ont clairement démontré que la grandeur de la différence et la
variation de séquence d'ADN est corrélée avec le temps chez le taxa (taxonomie) qui avait un encetre
commun MRCA: the Most Recent Commun Incester
Les gènes orthologus: sont très conservés chez toutes les espèces, ils faut les chercher pour faire
l'ancêtre.
Les gènes paralogues: ils différent origine gene ancestral sans spéciation ils se dupliquent, mais y a
pas de spéciation.
Arrivé jusqu'a l'ancêtre de 93 million d'année
Taux de substitution :10-9 le gene change
Gène ancestral :
A1 (gene orthrologues) + spéciation
A2 (gene orthrologues) + spéciation
Les séquence d'ADN vont nous permettre d'identifier les espèces et nous révéler leurs relations
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phylogénétiques.
L'utilisation du séquençage d'ADN pour l'identification des espèces a eux un gros impact sur
l'écologie marine.
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