UNIVERSITE CHEIKH ANTA DIOP DE DAKAR

ECOLE DOCTORALE: SCIENCES DE LA VIE, DE LA SANTE ET DE L’ENVIRONNEMENT

FACULTE: SCIENCES ET TECHNIQUES

THESE DE DOCTORAT
Année: 2016 N° N° d’ordre: 219

Spécialité: Génétique des Populations

Présentée par M. Tidiane DIEYE

Diversité génétique, structure et activité des

communautés microbiennes des sols sous l’influence
de Jatropha curcas L., évaluation de son potentiel de
stockage du carbone dans les sols

Soutenue le 12 Mai 2016 devant le jury composé de :

Président: M. Kandioura NOBA Professeur titulaire FST– UCAD

Rapporteurs: M. Tahir DIOP Professeur titulaire FST– UCAD

M. Edmond HIEN Maître de Conférences Université Ouaga I Pr JKZ
M. Saliou FALL Maître de Recherche LCM-ISRA

Examinateur: M. Ibrahima DIÈDHIOU Maître Assistant ENSA-Université de Thiès

Directeurs de thèse : M. Dominique MASSE Directeur de Recherche IRD- Montpellier

M. Mbacké SEMBENE Professeur titulaire FST– UCAD
 Remerciements
Je rends tout d’abord grâce à Dieu le tout puissant pour la vie, la santé et la force qu’il m’a
octroyé et de m’avoir permis de réaliser cette thèse. Ces travaux de thèses ont été menés au
Laboratoire d’Ecologie Microbienne des Sols et Agrosystèmes Tropicaux (LEMSAT) à Dakar.
Le LEMSAT est un laboratoire mixte (IRD-ISRA-UCAD) qui s’insère actuellement dans le
LMI IESOL (Laboratoire Mixte International Intensification Ecologique des sols cultivés en
Afrique de l’Ouest).
J’exprime ma profonde gratitude au Dr Dominique MASSE, directeur de cette thèse qui m’avait
accueilli dans son laboratoire depuis mes travaux de Master, m’a fait confiance et m’a
encouragé à poursuivre la recherche à travers cette thèse.
Mes sincères remerciements au professeur Pape Mbacké SEMBENE, co-directeur de cette
thèse, pour ses enseignements, son ouverture, sa disponibilité et ses conseils qui m’ont toujours
été très utiles.
Mes remerciements vont également à l’endroit du Dr Komi ASSIGBETSE, mon responsable
scientifique et encadrant, qui à travers le projet Jatropha-UA a rendu ces travaux de thèse
possibles ; il n’a ménagé aucun effort pour la réussite de ces travaux.
Je remercie le président du jury, le Pr Kandioura NOBA, l’ensemble des rapporteurs : Pr Tahir
DIOP, Dr Edmond HIEN et Dr Saliou FALL et le Dr Ibrahima DIEDHIOU (examinateur et
coordonnateur du projet Jatropha-UA) pour l’honneur qu’ils m’ont fait d’avoir accepté de juger
ce travail, qui à travers leurs remarques, critiques et suggestions pertinentes sera amélioré.
J’exprime ma reconnaissance aux bailleurs du projet Jatropha-UA que sont l’Union Européenne
et l’Union Africaine.
Je tiens aussi à remercier le Dr Laurent COURNAC, Directeur du LEMSAT et co-directeur du
Laboratoire Mixte International IESOL, mais aussi les autres chercheurs tels que le Dr Yacine
B NDOUR, Dr Moussa NDIENOR, Dr Jonathan VAUSSIERES, Dr Farma NDIAYE CISSE,
Dr Frédéric FEDER, Dr Lydie LARDY, Dr Laure TALL, Dr Cathy C DAUPHIN, Dr Hassna
FOUNOUNE, Dr Ndjido KANE, Dr Samuel LEGROS et Jean M MEDOC.
Mes remerciements à tous les enseignants et au personnel administratif de la faculté des
sciences et techniques.
Je remercie Amadou Lamine DIENG et Mariama GUEYE pour leur initiation et assistance dans
la réalisation des analyses en biologie moléculaire ; à coté de cette plate-forme, il y’a celle de
l’enzymologie dirigée par Mahécor DIOUF qui, non seulement m’a formé et assisté dans les
mesures des activités enzymatiques des sols, m’a également formé aux techniques
d’extractions des fibres au Van Soest. A Moustapha Sané, Lamine Sagna, Amadou Diop (TRA)
et Omar Faye, je dis merci ; sans eux les analyses en biochimie n’auraient été possibles. Je
remercie Pourmera GASSAMA, Pape SARR, Aissatou DIOUF et l’ensemble du personnel du
LAMA, je cite Alain PLENNECASSAGNE (ancien directeur), Luc FINNOT (Actuel
directeur), Blaise MANE, Eli J DIATTA, Marie P TINE, Jacques H DIEME, M. SARR et
Demba FAYE pour leur sympathie. Je remercie également l’ensemble du personnel du
Laboratoire Mixte International (LMI) « Adaptation des Plantes et microorganismes associés
aux Stress Environnementaux » (LAPSE), du Laboratoire National de Recherches sur les
Productions Végétales (LNRPV) et de l’Ecole Nationale Supérieure d’Agriculture (ENSA) en
particulier Moustapha Diéré SAGNA pour l’acquisition des données morphologiques sur les
plantations de Kaffrine.
Un grand merci à mes ainés, Dr Sidy DIAKHATE et Dr Abdoulaye BADIANE pour leurs
conseils et apports scientifiques dans cette thèse, mais aussi à mes collègues étudiants, Richard
HODOMIOU, Sitor NDOUR, Banna MBAYE (Mme SECK), Souleymane Ben Daouda
DIATTA (Dr Stat), Rachel NTOMA, Christian NADIELINE, Oscar P MALOU, Fallilou
i
DIALLO, Esther LATTIN, Aby CISSE, Habibatou SAMB, Arona SONKO, Awa SY, Habibou
ASSOUMA, Abdoulaye NDOUR, Diamé TINE, Adama TOUNKARA, Gorgui B TOURE,
Joël SAMBOU , Donatien SAMBOU, Jean Noël W SENE, Paul D CISS, Moussou
CISSOKHO, Rokhaya NDIAYE, Sophie DJIBA, Abdoulaye MARICO, Babacar D YOUM et
Sénéba MAR (Mme NDIAYE) avec qui j’ai partagé des moments inoubliables remplis de
discussions fructueuses ; je les remercie également pour leur soutiens, aides et conseils
précieux.
A mes camarades de promotion du Master de BA (Union 2010) et de l’école doctorale ED-SEV
et à Fama DIOP, je leur dis merci.
Je remercie tous mes amis, en particulier Mamadou Lamine NIASSE, pour leurs conseils et
leur soutien.

Je rends hommage à tous ceux qui, de près ou de loin, ont eu à éclairer ma voie dans cette
longue quête du savoir….

A mon très cher père, à ma très

chère mère et à toutes les
familles Dièye, Séne, Niasse et
Fall, je leur dédie ce travail.

ii
 UNIVERSITE CHEIKH ANTA DIOP DE DAKAR
ECOLE DOCTORALE : SCIENCES DE LA VIE, DE LA SANTE ET DE L’ENVIRONNEMENT
FACULTE : SCIENCES ET TECHNIQUES
THESE DE DOCTORAT UNIQUE
Spécialité : Génétique des Populations

Nom et prénom du Candidat : Tidiane DIEYE

Titre de la thèse : Diversité génétique, structure et activité des communautés microbiennes des sols sous
l’influence de Jatropha curcas L., évaluation de son potentiel de stockage du carbone dans les sols

Date et lieu de soutenance : 12 Mai 2016 à l’Agence Universitaire de la Francophonie (AUF)

Jury : Président: M. Kandioura NOBA Professeur titulaire FST– UCAD

Rapporteurs: M. Tahir DIOP Professeur titulaire FST– UCAD
M. Edmond HIEN Maître de Conférences Université Ouaga I Pr JKZ
M. Saliou FALL Maître de Recherche LCM-ISRA
Examinateur: M. Ibrahima DIEDHIOU Maître Assistant ENSA-Université de Thiès
Directeurs de thèse : M. Dominique MASSE Directeur de Recherche IRD- Montpellier
M. Mbacké SEMBENE Professeur titulaire FST– UCAD
Résumé :

Jatropha curcas L. (JCL) est une plante pouvant être utilisée à la fois comme productrice de biocarburant, un outil
permettant la séquestration du carbone et un moyen pour réhabiliter les sols. Jatropha curcas est la seule plante
productrice de biocarburant qui permet une réduction rapide des gaz à effet de serre. Cependant, les effets à long
terme de cette culture sur les autres caractéristiques environnementales et surtout sur les composantes biologiques
du sol ne sont pas clairement établis. C’est ainsi que nous nous sommes intéressés à l’impact de la culture de
Jatropha sur l’activité et la diversité microbienne des sols ainsi que sur la disponibilité des nutriments. De plus,
notre étude cherche à modéliser la dynamique du carbone dans des sols cultivés avec Jatropha pour mieux
comprendre l’impact de Jatropha dans le stockage du carbone. Pour atteindre nos objectifs, des expérimentations
ont été menées; d’abord dans des conditions de laboratoire, nous avons examiné l’impact de feuilles (fraîches et
sénescentes) de différentes provenances de Jatropha sur les cycles du carbone et de l’azote ainsi que sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols. Dans cette expérimentation, les feuilles sénescentes jaunes et
fraîches de quatre provenances de Jatropha dont deux originaires du Sénégal : Banfadjiré (Ban) et Madiop Boye
(MB) ; une provenant de Mozambique (MOZ) et une de Tanzanie (TZ) ont été apportées à du sol et incubées
pendant 120 jours (avec six sorties d’incubation : 0, 3, 28, 56, 90 et 120 jours). Cette expérimentation nous a
montré que l’apport de feuilles de Jatropha au sol entraîne une augmentation de la diversité alpha et que la
composition chimique des feuilles de Jatropha varie en fonction de la diversité phénotypique des provenances; ce
qui impacte la diversité et la richesse spécifique de la communauté bactérienne totale. Les pourcentages de carbone
récalcitrant des feuilles de Jatropha varient entre 70,01% et 73,33% du carbone total pour les feuilles fraîches et
entre 72% et 77,33% pour les feuilles sénescentes. Ainsi, Jatropha joue un rôle important dans le stockage du
carbone dans les sols. Afin d’étudier les paramètres biologiques et chimiques des sols en réponse directe avec la
culture de Jatropha, d’autres expérimentations ont été réalisées sur des sols rhizosphériques de six provenances de
Jatropha dont trois locales (Kamonghone, Fois 1 et Lompoul) et trois exotiques (Inde, Tanzanie et Mozambique),
mais aussi des systèmes de culture de Jatropha en association avec la culture du mil. Ces plantations de Jatropha
ont été installées dans le village de Ngoui (13°59'44.07"N ; 15°35'52.15"O) de la région de Kaffrine (Sénégal).
Cette étude a montré que la culture de Jatropha améliore la qualité biologique et chimique des sols. La communauté
bactérienne rhizosphérique est façonnée par la diversité phénotypique de Jatropha. Les sols cultivés avec les
provenances exotiques de Jatropha ont eu des diversités de Shannon relativement supérieures aux sols cultivés
avec les provenances locales. Cependant, la culture de la provenance Lompoul qui est une provenance locale donc
mieux adaptée aux conditions locales, entraîne une meilleure amélioration des teneurs en azote total et en nitrates
et de la diversité de Shannon des communautés bactériennes nitrifiantes et dénitrifiantes. Les activités
enzymatiques de la Béta-glu et de la phosphatase acide ainsi que la biomasse microbienne sont également plus
élevées avec la culture de la provenance Lompoul. Jatropha curcas L., une plante pérenne productrice de
biocarburant, ne présente pas d’influence négative sur les cultures annuelles associées telles que le mil.

Mots-clés : Jatropha curcas L. ; diversité alpha ; activité microbienne ; rhizosphère ; litière ; DGGE ;
pyroséquençage ; métagénomique ; stockage du carbone.

iii
Title: Genetic diversity, structure and activity of microbial communities in soil
cultivated with Jatropha curcas L., evaluation of its soil carbon storage potential
Abstract:

The non eddible biofuels production plant, Jatropha curcas L. (JCL) or pourghere, is an excellent tool
for carbon sequestering and marginal land rehabilitation. It is the only biofuel producer that allows an
immediate greenhouse gas reduction. However, low informations are available on the effect of this plant
on soil biological component. Therefore our study is focusing on microbial activity, biodiversity and
nutrients availability in soils cultivated with J. curcas. We are also studying the potential of this plant
to sequester carbon in soil by modeling soil JCL litter carbon dynamic. Firstly, laboratory experimental
was conducted to determine the impact of fresh and senescent leaves coming from on different J. curcas
origin on carbon and nitrogen cycles and on soil bacteria community dynamic. Two of origin used in
this study are local plants coming from to Senegal (Ban: Banfadjiré and MB: Madiop Boye) and the two
others origin are exotic plants, one coming from to Mozambique (MOZ) and one from Tanzania (TZ).
All leaf litter types of all origin were mulching on soil and incubated fours month with six sampling
dates (0, 3, 28, 56, 90 and 120 days). This experimentation shows that Jatropha leaf litter increase soil
bacterial alpha diversity which varied among phenotypic Jatropha diversity of origin. JCL green leaves
recalcitrant carbon content was estimated between 70.01% and 73.33% of total C content and senescent
leaf litter between 72% and 77.33%. This finding suggests that Jatropha litter can contribute to a large
part to soil carbon storage. The second experiment was conducted on field (Ngoui village of Kaffrine
located at 13°59'44.07"N; 15°35'52.15"O in Senegal) for studying biological and chemical characteristic
of soil rhizospheric of local (Kamonghone, Fois 1 and Lompoul) and exotic (Inde, Tanzanie and
Mozambique) J. curcas plants but also of association of Jatropha with millet. Results of this study show
that Jatropha cultivation increase biological and chemical soil quality. Like litter, Jatropha phenotypic
diversity impact bacterial soil rhizospheric diversity which is relatively superior in soil cultivated with
exotic than local plant. However soil parameter such as nitrogen, nitrates, microbial biomass,
betaglucosidase and phosphatase activity but also nitrifying and denitrifying bacterial diversity are
increased by Lompoul origin which is better adapted to local conditions. Jatropha curcas, perennial
plant biocarburant producer may be associated with edible annual plants.

Keywords: Jatropha curcas L.; alpha diversity; microbial activity; rhizosphere; litter; DGGE;
pyrosequencing; metagenomics; carbon storage.

iv
Table des matières
INTRODUCTION GENERALE ............................................................................................................. 1
Chapitre I : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE .................................................................................... 5
I-La culture de Jatropha curcas L (JCL) ............................................................................................ 5
I-1-Caractéristiques de JCL : botanique, écologie, productivité et biocarburant ............................ 5
I-2-La promotion de la culture de JCL au Sénégal........................................................................ 10
II-Le sol : propriétés et fonctions ...................................................................................................... 10
II-1-Propriétés physico-chimiques du sol ...................................................................................... 10
II-2-Fonctionnement du sol ........................................................................................................... 11
II-2-1-Fonction de transit du sol ................................................................................................ 11
II-2-2- Fonction de séquestration du carbone ............................................................................ 11
III-Processus de décomposition des litières ...................................................................................... 12
III-1-Le flux entrant de litière........................................................................................................ 12
III-2-La composition chimique initiale des litières ....................................................................... 13
III-3-Modification chimique de la litière et de la composition microbienne lors de la
minéralisation ................................................................................................................................ 14
III-4-Les conditions environnementales ........................................................................................ 15
IV- Dynamique, diversité et caractérisation moléculaire des communautés microbiennes des sols . 16
IV-1-Caractérisation moléculaire des communautés microbiennes des sols ................................. 16
IV-2-Diversité microbienne des sols ............................................................................................. 18
IV-3-Dynamique des communautés microbiennes dans les sols ................................................... 19
Chapitre II : Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de
l’azote et sur la dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées ............ 21
I-Introduction..................................................................................................................................... 21
II-Matériel et Méthodes ..................................................................................................................... 22
II -1-Echantillonnage ..................................................................................................................... 22
II -1-1-Le sol ............................................................................................................................. 22
II -1-2-Les feuilles de Jatropha.................................................................................................. 22
II -2-Analyse physico-chimique .................................................................................................... 22
II -2-1-Caractéristiques physico-chimiques du sol .................................................................... 22
II -2-2- Caractérisation biochimique des feuilles ...................................................................... 23
II-3- Incubation.............................................................................................................................. 24
II -4-Détermination de la minéralisation du carbone..................................................................... 25
II -5-La minéralisation de l’azote .................................................................................................. 26

v
 II -6-Extraction de l’ADN génomique et purification ................................................................... 27
II -7-La réaction de polymérisation en chaine ou PCR ................................................................. 27
II-8-Etude de la structure génétique des communautés bactériennes par PCR-DGGE ................. 28
II -9- Analyses statistiques ............................................................................................................ 29
III-Résultats ....................................................................................................................................... 30
III-1- Composition biochimique des feuilles ................................................................................. 30
III-2-Flux de CO2 et perte de carbone des litières pendant la décomposition ............................... 32
III-3-La minéralisation de l’azote .................................................................................................. 39
III-3-1-La Minéralisation nette de l’azote ................................................................................. 39
III-3-2-La nitrification ............................................................................................................... 40
III-3-3-L’ammonification .......................................................................................................... 41
III-4-Structure des communautés bactériennes ............................................................................. 43
III-5-Analyse en Composante Principale (ACP) ........................................................................... 45
IV-DISCUSSION .............................................................................................................................. 45
IV-1- Composition chimique des litières de Jatropha ................................................................... 45
IV -2-Minéralisation du carbone et de l’azote ............................................................................... 46
IV-3-Activité et structure des communautés microbiennes au cours des processus de
minéralisation ................................................................................................................................ 47
V-Conclusion..................................................................................................................................... 48
Chapitre III : Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha
curcas L. au champ ............................................................................................................................... 50
I-Introduction..................................................................................................................................... 50
II-Matériel et méthodes ..................................................................................................................... 51
II-1-Site d’étude et échantillonnage .............................................................................................. 51
II-2-Analyse physico-chimique des sols ....................................................................................... 54
II-3-Détermination de la biomasse microbienne ........................................................................... 54
II-4-La Respiration basale ............................................................................................................. 54
II-5-Mesure des activités enzymatiques des microorganismes des sols ........................................ 55
II-5-1- Dosage de l’activité de la béta-glucosidase ................................................................... 55
II-5-2-Dosage de l’activité de la phosphatase acide .................................................................. 55
II-5-3-Dosage de l’activité de l’Uréase ..................................................................................... 55
II-6-Etude de la structure des communautés microbiennes de la rhizosphère de Jatropha ........... 56
II-6-1- Extraction d’ADN .......................................................................................................... 56
II-6-2-Amplification d’ADN ou réaction de polymérisation en chaine (PCR) ......................... 56

vi
 II-6-2-1 Etude de la structure de la communauté bactérienne totale ..................................... 56
II-6-2-2-Etude de la structure de la communauté fongique ................................................... 57
II-6-2-3 Etude de la structure des communautés nitrifiantes avec le gène CTO ................... 57
II-6-2-4-Etude de la structure des communautés dénitrifiantes avec le gène NirK ............... 58
II-6-2-5-Etude de la structure des communautés diazotrophiques ou fixatrices d’azote. ...... 58
II-6-3-La migration sur gel à gradient dénaturant (DGGE) ...................................................... 60
II-7-Analyses statistiques .............................................................................................................. 60
III-Résultats ....................................................................................................................................... 61
III-1-Caractérisation des sols cultivés avec différentes provenances de Jatropha ......................... 61
III-1-1- Caractéristiques chimiques et biomasse microbienne des sols ..................................... 61
III-1-2-Les activités microbiennes ............................................................................................ 63
III-1-2-1-Respiration basale .................................................................................................. 63
III-1-2-2-Activité enzymatique ............................................................................................. 63
III-1-3-Structure des communautés microbiennes .................................................................... 64
III-1-3-1-Structure de la communauté bactérienne totale ...................................................... 64
III-1-3-2-Structure de la communauté fongique .................................................................... 66
III-1-3-3-Structure des communautés bactériennes associées au cycle de l’azote : CTO, NirK
et NifH ................................................................................................................................... 68
III-2-Influence de l’association de la culture de Jatropha avec celle du mil sur les caractéristiques
des sols .......................................................................................................................................... 73
III-2-1-Caractéristiques chimiques des sols .............................................................................. 73
III-2-2-Activité microbienne ..................................................................................................... 73
III-2-2-1-Respiration basale .................................................................................................. 73
III-2-2-2-Activité enzymatique ............................................................................................. 74
III-2-3-Structure des communautés bactériennes impliquées dans le cycle de l’azote ............. 75
III-2-3-1-Structure des communautés nitrifiantes ................................................................. 75
III-2-3-2-Structure des communautés dénitrifiantes.............................................................. 77
III-2-3-3-Structure des communautés fixatrices d’azote (diazotrophiques) .......................... 78
III-2-3-4-Structure de la communauté fongique .................................................................... 80
IV-Discussion .................................................................................................................................... 81
IV-1-Influence des différentes provenances de Jatropha sur les sols ............................................ 81
IV-1-1-Composition chimique des sols ..................................................................................... 81
IV-1-2-Biomasse et activité microbienne ................................................................................. 82
IV-1-3-Diversité et structure des communautés microbiennes ................................................. 83

vii
 IV-2-Influence de l’association Jatropha-mil sur les caractéristiques chimiques et biologiques des
sols ................................................................................................................................................. 84
V-Conclusion..................................................................................................................................... 85
Chapitre IV : Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes
des sols sous l’influence de Jatropha curcas L. par une approche métagénomique ............................. 86
I-Introduction..................................................................................................................................... 86
II-Matériel et Méthodes ..................................................................................................................... 87
II-1-Description des échantillons .................................................................................................. 87
II-2-Utilisation des Nouvelles Technologies de Séquençage ou NTS........................................... 88
II-3-Analyse de la diversité et de la richesse spécifique................................................................ 89
II-4-Analyse de la structure taxonomique ..................................................................................... 89
III-Résultats ....................................................................................................................................... 90
III-1-Diversité taxonomique et dynamique bactérienne au cours de la décomposition de la litière
foliaire de Jatropha ........................................................................................................................ 90
III-1-1-Diversité taxonomique................................................................................................... 90
III-1-2- Dynamique taxonomique : une évolution r/K stratégistes entre Protéo et Actinobactéria
vs Firmicutes et Acidobactéria .................................................................................................. 92
III-1-3-Les méthodes d’ordination ............................................................................................ 94
III-1-3-1-Méthode d’ordination DCA ................................................................................... 94
III-1-3-2-Méthode d’ordination MDS ................................................................................... 95
III-2-Influence de la diversité phénotypique de Jatropha sur la diversité taxonomique des
bactéries rhizosphériques............................................................................................................... 99
III-2-1-Diversité alpha ............................................................................................................... 99
III-2-3-Structure des phyla en fonction des sols rhizosphériques des différentes provenances
................................................................................................................................................. 101
IV-Discussion .................................................................................................................................. 104
IV-1- Structure, dynamique et diversité génétique des communautés bactériennes impliquées
dans la minéralisation des litières foliaires de Jatropha .............................................................. 104
IV-1-1-Diversité alpha............................................................................................................. 104
IV-1-2-Dynamique des communautés bactériennes au cours du processus de minéralisation des
résidus de Jatropha. ................................................................................................................. 106
IV-1-3-Structuration des communautés bactériennes.............................................................. 106
IV-2-Diversité phénotypique de Jatropha et diversité bactérienne rhizosphérique ..................... 107
V-Conclusion................................................................................................................................... 108
CONCLUSION GENERALE ET PERSPECTIVES .......................................................................... 110
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ............................................................................................ 113

viii
Liste des abréviations

ACP : Analyse en composante principale

ADN: Acide Désoxyribonucléique
ANOVA : Analyse de variance
BET: Bromure d’éthidium
DGGE: Denaturing Gradient Gel Electrophoresis
dNTPs : Désoxyribonucléotide TriPhosphate
EDTA : Ethylène Diamine Tétra-Acétique
ITS : Internal Transcribed Spacer
PCR : Réaction de Polymérisation en Chaîne
Pb : Paire de base
pH : Potentiel Hydrogène
p/v : poids par volume
rpm : Rotation par minute
UPGMA : Unweighted Pair Group Method Algorithm
UV : Ultraviolet
v/v : volume par volume
μl : Microlitre
μM : Micromole

ix
Liste des Figures

Figure 1: Possibilités d‘exploitation de la plante Jatropha curcas L. et de ses produits d'après Domergue
et Pirot (2008).......................................................................................................................................... 9

Figure 2 : Le sol : interrelation plante-communauté microbienne-atmosphère ..................................... 16

Figure 3 : Flux de CO2 en mg.g (sol) -[Link]-1 des sols amendés avec les feuilles de Jatropha des
provenances Tanzanie (TZ1 : vert ; TZ2 : jaune), Mozambique (MOZ1 : vert ; MOZ2 : jaune), Banfadjiré
(Ban1 : vert ; Ban2 : jaune) et Madiop Boye (MB1 : vert ; MB2 : jaune) et des sols non amendés (TEM :
Témoin). ................................................................................................................................................ 33

Figure 4: Perte de carbone (%) des feuilles vertes et jaunes de la provenance Banfadjiré ; les points
représentent les valeurs observées (les barres sont les écart-types) et les lignes représentent les valeurs
attendues par le modèle. ........................................................................................................................ 35

Figure 5: Perte de carbone (%) des feuilles vertes et jaunes de la provenance Madiop Boye ; les points
représentent les valeurs observées (les barres sont les écart-types) et les lignes représentent les valeurs
attendues par le modèle. ........................................................................................................................ 36

Figure 6: Perte de carbone (%) des feuilles vertes et jaunes de la provenance Mozambique ; les points
représentent les valeurs observées (les barres sont les écart-types) et les lignes représentent les valeurs
attendues par le modèle. ........................................................................................................................ 37

Figure 7: Perte de carbone (%) des feuilles vertes et jaunes de la provenance Tanzanie ; les points
représentent les valeurs observées (les barres sont les écart-types) et les lignes représentent les valeurs
attendues par le modèle. ........................................................................................................................ 38

Figure 8 : Minéralisation nette de l'azote des sols amendés avec les feuilles de Jatropha des différentes
provenances (TZ=Tanzanie ; MOZ=Mozambique ; Ban=Banfadjiré ; MB=Madiop Boye ; 1=feuilles
vertes ; 2=feuilles jaunes ; pour chaque sortie d’incubation, les lettres différentes indiquent des valeurs
significativement différentes : p < 0,05)................................................................................................ 40

Figure 9 : Nitrification des sols amendés avec les feuilles de Jatropha des différentes provenances
(TZ=Tanzanie ; MOZ=Mozambique; Ban=Banfadjiré; MB=Madiop Boye ; 1=feuilles vertes ;
2=feuilles jaunes ; pour chaque sortie d’incubation, les lettres différentes indiquent des valeurs
significativement différentes : p < 0,05)................................................................................................ 41

Figure 10 : Ammonification des sols amendés avec les feuilles de Jatropha des différentes provenances
(TZ=Tanzanie ; MOZ=Mozambique ; Ban=Banfadjiré ; MB=Madiop Boye ; 1=feuilles vertes ;
2
=feuilles jaunes ; pour chaque sortie d’incubation, les lettres différentes indiquent des valeurs
significativement différentes : p < 0,05)................................................................................................ 42

Figure 11 : Dendrogramme UPGMA des communautés bactériennes à 0, 3, 28, 56, 90 et 120 jours
(Ban=Banfadjiré ; MB= Madiop Boye ; MOZ=Mozambique ; Ctrl=témoin ; TZ=Tanzanie ; 1=résidu
vert et 2=résidu jaune). .......................................................................................................................... 44

x
Figure 12: Analyse en composante principale des variables azote minéral, ratio C/N, le cumul des
dégagements de CO2 et la diversité de Shannon des différents traitements au cours du temps. .......... 45

Figure 13: Localisation du site d'étude (Village de Ngoui de la région de Kaffrine) ............................ 53

Figure 14 : Gel DGGE (haut) et dendrogramme de similarité (bas) des communautés bactériennes de la
rhizosphère de Jatropha des différentes provenances (IN : Inde, TZ : Tanzanie, MOZ : Mozambique, FO
: Fois 1, KAM : Kamonghone, LOMP : Lompoul, TEM : Témoin). .................................................... 65

Figure 15 : Gel DGGE (haut) et dendrogramme de similarité (bas) des communautés fongiques de la
rhizosphère de Jatropha des différentes provenances (IN : Inde, TZ : Tanzanie, MOZ : Mozambique, FO
: Fois 1, KAM: Kamonghone, LOMP : Lompoul, TEM : Témoin). ..................................................... 67

Figure 16 : Gel DGGE (haut) et dendrogramme de similarité (bas) des communautés bactériennes
nitrifiantes de la rhizosphère de Jatropha des différentes provenances (IN: Inde, TZ: Tanzanie, MOZ:
Mozambique, FO : Fois 1, KAM : Kamonghone, LOMP : Lompoul, TEM : Témoin). ....................... 70

Figure 17 : Gel DGGE (haut) et dendrogramme de similarité (bas) des communautés bactériennes
dénitrifiantes de la rhizosphère de Jatropha des différents provenances (IN: Inde, TZ: Tanzanie, MOZ:
Mozambique, FO : Fois 1, KAM: Kamonghone, LOMP : Lompoul, TEM : Témoin). ........................ 71

Figure 18 : Gel DGGE (haut) et dendrogramme de similarité (bas) des communautés bactériennes
fixatrices d’azote de la rhizosphère de Jatropha des différentes provenances (IN: Inde, TZ : Tanzanie,
MOZ : Mozambique, FO : Fois 1, KAM : Kamonghone, LOMP : Lompoul, TEM : Témoin). ........... 72

Figure 19 : Activités enzymatiques de la béta-glucosidase, de la Phosphatase acide et de l'Uréase des

sols rhizosphériques des plantes et du témoin (JAPure= culture pure de Jatropha, JA-MIL= Jatropha en
association avec le mil, MIL=culture pure de mil)................................................................................ 75

Figure 20 : Gel DGGE (droite) et dendrogramme de similarité (gauche) des communautés nitrifiantes
de la rhizosphère de Jatropha des différents systèmes de culture (JAP=culture pure de Jatropha,
JAM=Jatropha en association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non cultivé (TEM). ....... 76

Figure 21 : Diversité de Shannon des communautés bactériennes nitrifiantes de la rhizosphère de

Jatropha des différents systèmes de culture (JAPure=culture pure de Jatropha, JA-MIL=Jatropha en
association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non cultivé. ................................................. 76

Figure 22 : Diversité de Shannon des communautés bactériennes dénitrifiantes de la rhizosphère de

Jatropha des différents systèmes de culture (JAPure=culture pure de Jatropha, JA-MIL=Jatropha en
association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non cultivé. ................................................. 77

Figure 23 : Gel DGGE (droite) et dendrogramme de similarité (gauche) des communautés dénitrifiantes
de la rhizosphère de Jatropha des différents systèmes de culture (JAP=culture pure de Jatropha,
JAM=Jatropha en association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non cultivé (TEM). ....... 78

Figure 24 : Diversité de Shannon des communautés bactériennes fixatrices d’azote (Diazotrophiques)

de la rhizosphère de Jatropha des différents systèmes de culture (JAPure=culture pure de Jatropha, JA-
MIL=Jatropha en association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non cultivé. .................... 79

xi
Figure 25 : Gel DGGE (droite) et dendrogramme de similarité (gauche) des communautés fixatrice
d’azote de la rhizosphère de Jatropha des différents systèmes de culture (JAP=culture pure de Jatropha,
JAM=Jatropha en association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non cultivé (TEM). ....... 79

Figure 26 : Diversité de Shannon des communautés fongiques de la rhizosphère de Jatropha des

différents systèmes de culture (JAPure=culture pure de Jatropha, JA-MIL=Jatropha en association avec
le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non cultivé. ............................................................................ 80

Figure 27 : Gel DGGE (droite) et dendrogramme de similarité (gauche) des communautés fongiques de
la rhizosphère de Jatropha des différents systèmes de culture (JAP=culture pure de Jatropha,
JAM=Jatropha en association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non cultivé (TEM). ....... 81

Figure 28: Richesse spécifique et diversité de Shannon des sols en fonction des provenances (A:
TRUE=provenances locales, FALSE=provenances exotiques), du type de litière foliaire apportée (B :
TRUE=apport de feuilles, FALSE=sans apport) et du temps d'incubation (C : TRUE= début
d’incubation, FALSE=fin d’incubation). .............................................................................................. 91

Figure 29 : Corrélation entre les abondances relatives des Protéobactéria et les abondances relatives des
Acidobactéria, des Actinobactéria et des Firmicutes............................................................................. 93

Figure 30: DCA des sols en fonction de la durée de l’incubation, du type de litière et de la provenance.
............................................................................................................................................................... 94

Figure 31: MDS pour le Phylum des Firmicutes en fonction des provenances de Jatropha, du degré de
maturité des feuilles (type de litière) et du temps d’incubation (Sample Type). ................................... 96

Figure 32: MDS pour le phylum des Acidobacteria en fonction des provenances de Jatropha, du degré
de maturité des feuilles (type de litière) et du temps d’incubation (Sample Type). .............................. 97

Figure 33: MDS pour le phylum Protéobactéria en fonction des provenances de Jatropha, du degré de
maturité des feuilles (type de litière) et du temps d’incubation (Sample Type). ................................... 98

Figure 34 : MDS pour le phylum des Actinobactéria en fonction des provenances de Jatropha, du degré
de maturité des feuilles (type de litière) et du temps d’incubation (Sample Type). .............................. 99

Figure 35 : Estimation de la diversité alpha : richesse spécifique (Chao1) et indice de diversité de

Shannon des communautés bactériennes de la rhizosphère des différentes provenances (Sample Type)
de Jatropha........................................................................................................................................... 100

Figure 36 : Richesse spécifique (Chao1) et indice de diversité de Shannon des communautés

bactériennes de la rhizosphère des différentes provenances de Jatropha : provenances locales à droite et
provenances exotiques à gauche (TRUE= provenances locales, FALSE=provenances exotiques). ... 101

Figure 37 : MDS pour les Firmicutes de la rhizosphère de Jatropha des provenances Fois 1,
Kamonghone, Lompoul, Inde, Mozambique et Tanzanie. .................................................................. 102

Figure 38 : MDS pour les Protéobactéria de la rhizosphère de Jatropha des provenances Fois 1,
Kamonghone, Lompoul, Inde, Mozambique et Tanzanie. .................................................................. 102

Figure 39 : MDS pour les Acidobactéria de la rhizosphère de Jatropha des provenances Fois 1,
Kamonghone, Lompoul, Inde, Mozambique et Tanzanie. .................................................................. 102

xii
Figure 40 : MDS pour les Actinobactéria de la rhizosphère de Jatropha des provenances Fois 1,
Kamonghone, Lompoul, Inde, Mozambique et Tanzanie. .................................................................. 102

Figure 41 : NMDS des rhizosphères des différentes provenances de Jatropha et des 5 phyla les plus
abondants (Acidobactéria, Actinobactéria, Chloroflexi, Firmicutes et Protéobactéria). ..................... 103

Figure 42 : Analyse en correspondance pour les 5 phyla les plus abondants des 200 OTU les plus
abondantes de la rhizosphère des différentes provenances de Jatropha. ............................................. 104

xiii
Liste des Photos
Photo 1 : Culture de Jatropha curcas (Crédit photo : T. Dièye, Kaffrine 2013)..................................... 7

Photo 2 : Jatropha curcas, un candidat potentiel pour la production de biodiesel et de développement

durable : (a) capacité de se développer dans diverses conditions (rocheuse) avec (b, d) des graines
contenant une grande quantité d’huile et un grand potentiel de séquestration du carbone dans les sols (c)
(source : Abhilash et al., 2011). .............................................................................................................. 7

Photo 3 : Extracteur de fibres (Crédit photo : [Link]èye 2013) ............................................................... 24

Photo 4 : Chromatographie à phase gazeuse (Crédit photo : [Link]èye 2013) ........................................ 26

Photo 5 : Cuve électrophorèse « Ingeny phorU » à gauche et coulage du gel DGGE à droite (Crédit
photo : [Link]èye 2013) ........................................................................................................................... 29

xiv
Liste des Tableaux
Tableau 1 : Caractéristiques biochimiques des feuilles de Jatropha...................................................... 31

Tableau 2: ANOVA à deux facteurs (origine et degré de maturité des feuilles) sur les teneurs en C et N
et le ratio C/N ........................................................................................................................................ 32

Tableau 3 : Paramètres du modèle de décomposition des feuilles avec k1, le taux de décomposition du
carbone labile et k2, le taux de décomposition du carbone récalcitrant des résidus verts et jaunes (les
écart-types sont mis entre parenthèse). .................................................................................................. 34

Tableau 4 : Granulométrie des sols des parcelles « association » et « provenance » ............................ 52

Tableau 5: Paramètres morphologiques des différentes provenances de Jatropha à 27 mois après levée
(24 mois après transplantation à Ngoui)................................................................................................ 53

Tableau 6 : Description des amorces utilisées dans les réactions de polymérisation en chaine. ........... 59

Tableau 7 : Caractéristiques chimiques et biologiques des sols de la rhizosphère des différentes

provenances de Jatropha. ....................................................................................................................... 62

Tableau 8 : Activités enzymatiques de la Béta-glucosidase, de la Phosphatase acide et de l'Uréase de la

rhizosphère des différentes provenances de Jatropha. ........................................................................... 64

Tableau 9 : Diversité de Shannon des communautés bactériennes totales et communautés bactériennes

impliquées dans le cycle de l'azote (nitrifiantes, dénitrifiantes et diazotrohiques) ainsi que celle des
communautés fongiques. ....................................................................................................................... 69

Tableau 10 : Caractéristiques chimiques et biologiques des différents systèmes de culture (JAP culture
pure de Jatropha, JAM : culture de Jatropha associé avec du mil, MIL : culture de mil). .................... 74

Tableau 11 : Tableau récapitulatif des échantillons utilisés pour l’identification et l’étude de la diversité
et de la dynamique des communautés bactériennes associées à la décomposition de feuilles de Jatropha.
............................................................................................................................................................... 88

Liste des annexes

ANNEXE 1 : Systématique de Jatropha curcas L.

ANNEXE 2 : Réactifs utilisés pour le Van Sœst

ANNEXE 3 : Abondances relatives des phyla au cours du temps

ANNEXE 4 : Amorces et codes-barres utilisés pour le pyroséquençage

ANNEXE 5 : Valorisation des travaux de thèse

xv
INTRODUCTION GENERALE
 Introduction générale

INTRODUCTION GENERALE

Une agriculture basée sur les plantes productrices de biocarburant offre un double
avantage. Premier avantage, une production de carburant permettant la réduction de l’utilisation
des énergies fossiles. Secondairement, elle permet de stocker du carbone dans la biomasse de
la plante et dans le sol (Woomer et al., 2004). Le stockage du carbone dans les sols est un
processus qui permet une amélioration de la qualité de l’eau, une restauration des sols et des
écosystèmes dégradés et une augmentation de la productivité (Lal, 2004).

Dans les pays en voie de développement, la production de bioénergie est une filière
prometteuse du fait des nombreuses opportunités auxquelles elle est associée. Par exemple les
filières des bioénergies pourraient participer aussi bien à l’amélioration du secteur agricole et
énergétique de ces pays (Archer, 2015), mais aussi à la réduction des gaz à effet de serre (Sims,
2003 ; Tomaschek et al., 2012 ; Maltsoglou et al., 2013 ; Yang et al., 2014) à travers la
séquestration du carbone. Ces gaz à effet de serre participent au piégeage des rayonnements
infrarouges émis par la terre, impliquant ainsi un réchauffement de l’atmosphère (Noble and
Scholes, 2001). Dans le contexte du lancement officiel du programme « 4 pour 1000 » lors de
la Conférence de Paris sur le climat (COP21 : du 30 novembre 2015 au 12 décembre 2015),
Jatropha curcas L. pourrait constituer une solution pour l’atténuation du réchauffement
climatique. Le programme « 4 pour 1000 » a pour objectif d’augmenter les stocks de carbone
de 4 kg de carbone par hectare par an dans un sol ayant déjà stocké une tonne de carbone à
l’hectare (RFI, 2015).

L’intérêt particulier porté sur les biocarburants fait ressortir ainsi l’importance
environnementale associée à leur utilisation (Lin et al., 2011). La production de biocarburant
comme source d’énergie renouvelable (Wani et al., 2012), dans beaucoup de pays africains, est
principalement due à la nécessité de lutter contre l’augmentation des prix du carburant et de
booster l’économie rurale (Behera et al., 2010 ; Amigun et al., 2011 ; Jumbe et Mkondiwa,
2013). Ces dernières années, on a assisté, dans ce continent à une promotion de la culture du
pourghère (Jatropha curcas L.) pour la production de biocarburant (Ndong et al., 2009). Cette
plante constitue la principale ressource non comestible pour la production de biodiesel en
Afrique (Yang et al., 2014). Jatropha participe au stockage du carbone lorsqu’il est cultivé sur
des terrains incultes et dans des conditions de dégradation avancée (Romijn, 2011). La culture

1
 Introduction générale

de ces plantes productrices de biocarburants sur les terres marginales peut également participer
à leur restauration et réduire d’éventuelles compétitions avec les cultures vivrières dans les
milieux fertiles (Yang et al., 2014). Ainsi, plusieurs pays ont adopté la politique de promotion
de Jatropha pour atténuer la compétition entre la culture des biocarburants et des cultures
vivrières (Maltsoglou et al., 2013). De plus, Les plantations de Jatropha apportent une quantité
importante de litière ce qui constituent une source de matière organique donc de carbone et de
différents nutriments pour des sols soudano-sahéliens qui sont généralement de fertilité réduite
(Bationo et al., 2007).

La diversité phénotypique intraspécifique des plantes influe sur La composition

chimique des litières (Lecerf et Chauvet, 2008). La transformation de ces litières dans le sol,
sous l’influence de la composition biochimique des litières elles-mêmes, des types de sols et
des communautés microbiennes (Sall, 2004), détermine le bilan des nutriments. La composition
de ces communautés microbiennes ainsi que leurs activités dans le sol dépendent des plantes
parce que : (1) ces dernières constituent pour les communautés microbiennes une source
énergétique (carbohydrates) et nutritive (azote, phosphore, etc..), (2) produisent des composés
de qualité différente pouvant stimuler ou inhiber le développement de micro-organismes
(Hartmann et al., 2008) et enfin (3) les plantes peuvent elles-mêmes concurrencer les micro-
organismes dans l’utilisation des éléments nutritifs (Kuzyakov et Xu, 2013). Acteurs de la
décomposition et de la minéralisation de la matière organique, les communautés microbiennes
jouent un rôle essentiel dans les cycles biogéochimiques (Rincon-Florez et al., 2013) tels que
ceux du carbone, de l’azote (Yang et al., 2013) et du phosphore (Jones et Oburger, 2011). Ces
communautés microbiennes participent ainsi à l’amélioration de la qualité des sols ainsi qu’à la
productivité des plantes (Hill et al., 2000) car permettant une augmentation de la disponibilité
des nutriments qui sont essentiels à la croissance de ces plantes (Rincon-Florez et al., 2013).
Le sol rhizosphérique est le siège d’échanges de nutriments entre plante et les différentes
communautés vivant aux alentours des racines ; ces transferts de nutriments entraînent une
augmentation de la densité microbienne (Rincon-Florez et al., 2013).

Des études antérieures ont montré une modification de la composition des communautés
microbiennes avec la culture de Jatropha (Chaudhary et al., 2012). Cependant, dans les études
de Dieng et al. (2014), la structure de la communauté bactérienne totale n’a pas été affectée par
la culture de Jatropha. De plus, l’impact de la culture de Jatropha sur les communautés
bactériennes spécifiques impliquées dans le cycle de l’azote ainsi que l’impact de sa litière sur

2
 Introduction générale

la structuration de la communauté bactérienne totale restent mal connus. A notre connaissance,

aucune étude n’a encore été réalisée sur l’identification des communautés microbiennes
impliquées dans la minéralisation des litières de Jatropha et une seule étude métagénomique
s’est penchée sur les sols cultivés avec Jatropha (Agarwal et al., 2015).

L’étude des communautés microbiennes des sols est capitale car ces communautés sont
des organismes très sensibles face aux perturbations et ont une grande capacité à donner des
informations immédiates sur la santé des sols (Rincon-Florez et al., 2013). L’utilisation des
techniques moléculaires dans les études de la diversité des communautés microbiennes des sols
permet d’améliorer nos compréhensions sur la distribution et la diversité des organismes dans
les sols (Hill et al., 2000).

Au Laboratoire LMI IESOL (Laboratoire Mixte International Intensification

Ecologique des sols cultivés en Afrique de l’Ouest), dans le cadre du projet Jatropha Union
Africaine ("Mise au point de technologies de production et d’utilisation durable de biocarburant
de Jatropha curcas pour une réduction de la pauvreté rurale en Afrique de l’Ouest"), nous nous
sommes intéressés à l’impact de la culture de Jatropha sur l’activité, la diversité et la dynamique
des communautés microbiennes et sur la disponibilité des nutriments dans les sols. Ce travail
de cette thèse a pour but d’étudier l’influence de la diversité phénotypique de Jatropha sur la
disponibilité des nutriments et sur l’activité et la diversité des communautés microbiennes des
sols.

Le premier objectif spécifique (OS1) de cette thèse est de déterminer l’impact de la

diversité phénotypique de Jatropha sur la qualité des litières et ainsi sur les cycles du carbone
et de l’azote. Comme deuxième objectif spécifique (OS2), nous devions étudier l’influence de
ces litières de Jatropha sur la qualité biologique des sols et spécifiquement sur les communautés
bactériennes.

Ces deux objectifs spécifiques devaient nous permettre d’évaluer l’influence de Jatropha
sur les paramètres biologiques et chimiques des sols indirectement via sa litière foliaire. Ainsi,
nous nous sommes fixés comme troisième et quatrième objectifs spécifiques de déterminer
l’influence directe (sol rhizosphérique) de la diversité de Jatropha et de l’introduction de plantes
exotiques sur le fonctionnement des sols (OS3) et d’étudier l’influence que pourrait avoir cette
plante sur la fertilité des sols des cultures vivrières associées (OS4).

3
 Introduction générale

Ce manuscrit de thèse se subdivise ainsi en quatre chapitres. Le premier chapitre fait

une synthèse bibliographique sur la culture et les caractéristiques de Jatropha curcas
notamment dans la production de biocarburant, la promotion de la culture de cette plante au
Sénégal et de sa productivité. La synthèse bibliographique relate aussi les caractéristiques
physico-chimiques et biologiques des sols ainsi que les processus de minéralisation des litières
dans le sol.

Le deuxième chapitre est consacré à la modélisation de la dynamique du carbone des

litières de Jatropha et à l’étude de la minéralisation de l’azote et de la dynamique de la structure
des communautés bactériennes associées à la décomposition de ces litières.

Dans le troisième chapitre de la thèse, l’influence de la rhizosphère de Jatropha de

provenances différentes et des systèmes de culture de Jatropha associé avec le mil sur la
structure des communautés bactériennes impliquées dans le cycle de l’azote à savoir les
communautés nitrifiantes, dénitrifiantes et des communautés fixatrices d’azote atmosphérique
est mise en évidence. Dans ce troisième chapitre, l’impact de la culture de Jatropha sur les
propriétés chimiques du sol ainsi que sur les communautés fongiques est également étudié.

Une analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés

bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha curcas L. par une approche métagénomique
fait l’objet du quatrième et dernier chapitre.

Cette thèse est terminée par une conclusion générale constituée d’une synthèse de nos
résultats, d’une formulation de quelques recommandations et de quelques perspectives d’étude.

4
Chapitre I : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

Chapitre I : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

I-La culture de Jatropha curcas L (JCL)

I-1-Caractéristiques de JCL : botanique, écologie, productivité et

biocarburant

Jatropha curcas L. est une plante buissonnante de la famille des Euphorbiaceae

(Hammer et Heller, 1998 ; Assogbadjo et al., 2009). Il est résistant à la sécheresse et peut être
cultivé même en dessous de 200 mm/an. Cette plante est bien adaptée aux conditions semi-
arides et aux terres marginales, perd ses feuilles pendant la saison sèche ou lorsque la
pluviométrie est réduite (Hammer et Heller, 1998 ; Achten et al., 2007 ; Abugre et al., 2011 ;
Ong et al., 2011 ; Singh et Ghoshal, 2011). Cependant, de bonnes conditions environnementales
sont nécessaires pour une bonne productivité de Jatropha (Achten et al., 2007). Les sols
profonds, de texture sableuse à structure grumeleuse où son système racinaire peut se
développer de manière optimale (Domergue et Pirot, 2008) semblent mieux convenir à la
culture de Jatropha et une pluviométrie d’au moins 500 mm est nécessaire pour une bonne
productivité. La plantation de Jatropha peut se faire par semis direct, pépinière ou propagation
par bourgeonnement végétatif (Eijck et al., 2012). Cette plante développe un excellent système
racinaire (Behera et al., 2010) ; avec une racine pivotante et des racines latérales en semis direct
(Achten et al., 2007). La méthode de propagation par bourgeonnement végétatif permet à la
plante de se développer plus vite ; cependant, la plante ne développe pas de racine pivotante.
Ainsi, la mise en place d’une plantation de Jatropha par propagation végétative serait inadéquate
sur des sols arides (Eijck et al., 2012).

La culture de Jatropha (photos 1 et 2) n’exige pas de grands investissements ni de

grandes machineries (Pandey et al., 2012), ne demande pas beaucoup d’intrants (engrais,
pesticides) et n’entre pas en compétition avec les cultures vivrières annuelles (Hammer et
Heller, 1998 ; Singh et Ghoshal, 2011). Cette plante produit des graines dès la première ou la
deuxième année de plantation (Dia et al., 2010). La fertilisation organique semble mieux
adaptée pour la culture de Jatropha par rapport à l’engrais minéral (Varadharajan et al., 2008).
De plus, les cultures de J. curcas peuvent être amendées par les tourteaux issus de l’extraction
de l’huile de J. curcas lui-même (Behera et al., 2010) pour l’augmentation des rendements de
cultures dans le cadre d’une production de biocarburant. Ces tourteaux constituent un excellent
5
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

fertilisant organique, donnant de meilleurs rendements comparés à l’engrais chimique (apport

de NPK commercial). L’utilisation de ces tourteaux comme amendement organique sur les
cultures vivrières fait l’objet de controverses du fait de sa toxicité (présence de curcine et de
phorbol-esters) ; ainsi, leur utilisation sur les cultures de J. curcas pourrait être conseillée aux
agriculteurs et aux producteurs de cette filière. Les rendements en culture pure de Jaropha ne
dépassent pas 500 kg ha-1 au Sénégal dans la vallée du fleuve (Terren et al., 2012), 300 kg ha-1
au Burkina, mais pouvant atteindre 1.250 kg ha-1 dans une situation de mise culture sur des sols
fertiles dans ce pays (Derra, 2014) et 875 kg ha-1 en Tanzanie (Wahl et al., 2009).

Les études de Augustus et al. (2002) ont montré que les graines de Jatropha contiennent
19 % d’huile, 4,7 % de polyphénol et 3,9 % d’hydrocarbone. Cette huile est composée
principalement d'acides gras insaturés (acide oléique et acide linoléique ; autour de 80 %)
(Martínez-Herrera et al., 2006 ; Domergue et Pirot, 2008) et d’acides gras saturés (acide
palmitique et stéarique). Cette forte proportion d'acides gras insaturés rend l’huile instable et
facilite son oxydation et son acidification (Domergue et Pirot, 2008). L’huile non comestible
issue des graines de Jatropha (Ong et al., 2011) est considérée comme une alternative au diesel
(Openshaw, 2000 ; Behera et al., 2010 ; Ong et al., 2011) conforme aux standards
internationaux (Daudet et al., 2011). Les biodiesels sont de longues chaines d’esters d’acide
gras mono-alkyl produits à partir des ressources biologiques renouvelables telles que les huiles
végétales et les graisses animales (Yang et al., 2014). Les biodiesels sont biodégradables, non
toxiques et n’ont pas d’effet néfaste sur l’environnement comparés aux pétro-diesels et peuvent
être utilisés sur des moteurs diesels (Silitonga et al., 2011). La trans-ésterification permet de
réduire la viscosité des huiles végétales permettant ainsi l’amélioration de sa qualité avec des
proportions similaires (Lin et al., 2011) ou meilleures (Silitonga et al., 2011) que le diesel.

6
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

Photo 1 : Culture de Jatropha curcas (Crédit photo : T. Dièye, Kaffrine 2013)

La popularité de cette plante vient du fait qu’en plus de la production d’huile, les
tourteaux peuvent être utilisés pour la production de biogaz (Eijck et al., 2012) et plusieurs
parties de la plante sont utilisées en médecine traditionnelle et pour la fabrication de savon
(Hammer et Heller, 1998 ; Varadharajan et al., 2008 ; Behera et al., 2010).

Photo 2 : Jatropha curcas, un candidat potentiel pour la production de biodiesel et de

développement durable : (a) capacité de se développer dans diverses conditions (rocheuse) avec
(b, d) des graines contenant une grande quantité d’huile et un grand potentiel de séquestration
du carbone dans les sols (c) (source : Abhilash et al., 2011).

7
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

Les études de Reddy et al. (2015) menées dans un climat semi-aride dans le sud de
l’Inde montrent que les plantations de Jatropha apportent une grande quantité de litière au sol
avec des valeurs annuelles de 2,74 tonnes ha-1, 2,48 tonnes ha-1, 2,41 tonnes ha-1, 1,81 tonnes
ha-1, 1,79 tonnes ha-1 respectivement avec des écartements de 2mx2m, 3mx2m, 3mx3m,
4mx2m, 4mx3m. La majeur partie de ces litières est d’origine foliaire et assure le retour des
composants biologiques au sol dont la décomposition est essentielle pour le flux des nutriments
(Patrício et al., 2012). Les résidus de Jatropha curcas L. (JCL) ont une faible valeur nutritive
donc non utilisés comme aliment de bétail (Openshaw, 2000). Les plantations de Jatropha
apportent ainsi une grande quantité de litière donc de matière organique aux sols (Reddy et al.,
2015) qui constituent une excellente source de carbone organique pour ces sols (Zhang et al.,
2013).

8
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

JATROPHA CURCAS L.

Prévention et contrôle de l’érosion des sols grâce à son

architecture racinaire
Lutte contre la désertification par la restauration d’un couvert
végétal dans les sols marginaux
Séquestration de carbone
Haies vives défensives
Bois de taille

Fruits Feuilles
Usage médicinal

Graines Pulpes

Insecticides Combustibles
Alimentation Production de biogaz
(variétés non toxiques) Fertilisant

Huile Tourteaux Coques

Carburant (huile pure ou Engrais organique Biocombustible

biodiesel après Alimentation animale Synthèse de charbon actif
transestérification) Production de biogaz
Production de savon Biocombustible
Insecticide
Usage médicical
Pétrole lampant

Figure 1: Possibilités d‘exploitation de la plante Jatropha curcas L. et de ses produits d'après

Domergue et Pirot (2008).

9
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

I-2-La promotion de la culture de JCL au Sénégal

Comme la plupart des pays africains, le secteur énergétique sénégalais se caractérise par
une forte dépendance vis-à-vis des importations de pétrole pour faire face aux besoins du pays
en énergie et particulièrement pour la production d’énergie électrique (Dia et al., 2010). Par
exemple, la production d’électricité de ce pays est essentiellement dépendante de l’importation
du pétrole (Thiam et al., 2012). Cette dépendance vis-à-vis de l’importation de pétrole fait que
le secteur énergétique de ce pays éprouve d’énormes difficultés. L’insertion des biocarburants
dans les espaces agricoles sénégalais pourrait permettre de lutter contre la dépendance
énergétique du Sénégal (Dia et al., 2010).

Au Sénégal, Jatropha curcas a été considéré comme biocarburant prometteur du fait de

sa grande adaptabilité aux conditions climatiques et socio-économiques du pays (Archer, 2015).
Ainsi, la plante est retrouvée dans presque toutes les régions du pays surtout à travers
d’anciennes plantations, sous forme de haies vives (Enda ENERGIE, 2010) pour la délimitation
des parcelles (Domergue et Pirot, 2008). Cependant, Jatropha curcas peut être cultivé en
association avec les cultures vivrières telles que le mil, le sorgho, le maïs et l’arachide (Diédhiou
et al., 2012). Pour la mise en place d’une culture intercalaire, il est préférable que les plants de
Jatropha soient issus de graines et non de boutures, car le système racinaire des plants semés
directement entre moins en compétition avec le système racinaire des cultures associées
(Hammer et Heller, 1998 ; Domergue et Pirot, 2008) pour l’eau et les nutriments. Pour éviter
une compétition pour la lumière solaire, une distance de plantation de trois à cinq mètres est
nécessaire pour l’association de Jatropha avec d’autres cultures (Eijck et al., 2012).

II-Le sol : propriétés et fonctions

II-1-Propriétés physico-chimiques du sol

Partie superficielle meuble de l’écorce terrestre, le sol est situé à l’interface de

l’atmosphère, de la lithosphère, de l’hydrosphère et de la biosphère (Mostajir et al., 2012). Il
est considéré comme un lieu dans lequel interagissent les parties solides, liquides, gazeuses et
les éléments biologiques (Schmidt et al., 2011) et constitue un important lieu pour les cycles
biogéochimiques tels que ceux de l’eau, du carbone, de l’azote et du phosphore (Mostajir et al.,
2012).

10
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

L’une des composantes essentielles du sol est la matière organique (MO) ; cette dernière
assure la cohésion des autres constituants du sol contribuant à sa structure et sa stabilité
(Balesdent, 1996). Elle provient principalement des résidus de plantes (litière, exsudats
racinaires) dont l’apport et la transformation varient en fonction des végétations, du sol et du
type de climat (Metay et al., 2009). La MO a de nombreuses propriétés qui lui confèrent des
fonctions essentielles dans les agroécosystèmes et en font un élément important dans la fertilité
des sols (Balesdent, 1996).

II-2-Fonctionnement du sol

Le sol se comporte à la fois comme un lieu de stockage et comme un lieu de

transformation (Calvet, 2003). Il participe à la régulation du climat en contrôlant les flux des
gaz à effet de serre, mais aussi de la séquestration du carbone (Lavelle et al., 2006). Les sols
jouent un rôle important dans la fourniture de services et biens aux êtres humain (Mostajir et
al., 2012).

II-2-1-Fonction de transit du sol

Le sol, un lieu de transit, constitue une plaque tournante (Figure 2) dans les cycles
biogéochimiques notamment dans les cycles de l’azote, du carbone, du soufre et du phosphore
(Calvet, 2003). Ainsi, dans le sol, la matière organique est source d’éléments nutritifs. La
matière organique est une importante source d’énergie pour les microorganismes hétérotrophes
(Staelens et al., 2011 ; Wani et al., 2012). La décomposition de cette MO produit du CO2 et
d’autres nutriments (Mostajir et al., 2012) tels que l’azote, un élément important pour la
croissance des plantes et souvent limitant pour la productivité agricole (Barrios, 2007). La MO
augmente d’une certaine manière la qualité des sols ; c'est-à-dire leur capacité à fonctionner
(Karlen et al., 1997).

II-2-2- Fonction de séquestration du carbone

La séquestration du carbone dans le sol doit être considérée comme le résultat du bilan
net, de tous les flux directs et indirects de gaz à effet de serre à l’interface sol-plante-atmosphère
(Bernoux et al., 2004). Ainsi, le stockage de carbone dans le sol est fonction du temps de transit
du carbone dans le sol (Couteaux et al., 1995 ; Balesdent, 1996). Ce stockage du carbone dépend
en partie de la décomposition de la litière, mais aussi du type et de la profondeur du sol. Une
baisse de la teneur en carbone est observée avec la profondeur du sol (Jobbágy et Jackson, 2000
11
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

; Arrouays et al., 2003) du fait que le carbone organique provenant principalement de la litière
et des mécanismes permettant l’enfouissement ont lieu dans la couche supérieure du sol. Ainsi,
la biomasse et la respiration microbienne diminuent avec la profondeur du sol (Scheu et
Parkinson, 1995). Les exsudats racinaires contribuent également au stockage du carbone ; un
autre facteur expliquant la diminution de la teneur en carbone en fonction de la profondeur est
le type de végétation lié à la longueur des racines et de la quantité des exsudats. Le taux de
carbone varie considérablement avec la texture du sol ; Jobbágy et Jackson (2000) ont constaté
une corrélation négative entre le carbone organique du sol et la texture sableuse et une
corrélation positive entre carbone organique du sol et la texture argileuse.

III-Processus de décomposition des litières

La grande quantité de matière organique apportée au sol par les feuilles mortes et autres
tissus (Figure 2) constitue une source d’énergie pour les microorganismes stimulant ainsi
l’activité biologique (Wani et al., 2012). La litière est progressivement décomposée par les
microorganismes et par la faune du sol impliquant deux processus simultanés et fondamentaux
: (1) la minéralisation concomitante et l’humification de la lignine, de la cellulose et d'autres
composés par une succession de microorganismes et (2) le lessivage de composés solubles dont
le carbone (C) et l'azote (N ) qui sont progressivement minéralisés ou immobilisés (Couteaux
et al., 1995). Arriaga et Maya (2007), montrent que les processus de décomposition et la
libération des éléments nutritifs sont contrôlés par des interactions entre le climat, la qualité de
la litière et les communautés décomposeurs (bactéries, champignons et macro et microfaune du
sol). Ainsi, trois facteurs tels que : les processus biologiques, chimiques et physiques régulent
la vitesse de décomposition de la litière. Cette dernière varie en fonction de la composition
chimique de la litière (composition chimique initiale et évolution au cours de la décomposition)
qui influe sur l’activité biologique (la colonisation et la décomposition par les micro-
organismes). L’activité biologique modifie la composition chimique. Ainsi, ces deux facteurs
ont un impact l’un sur l’autre. Les processus chimiques et biologiques de la décomposition des
litières sont sous le contrôle des processus physiques (pH, température, humidité etc..).

III-1-Le flux entrant de litière

La plupart des études sur la décomposition de la litière (Bernhard-Reversat, 1972 ;

Fioretto et al., 2000 ; Allison et Vitousek, 2004 ; Torres et al., 2005 ; Lummer et al., 2012) ne

12
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

prennent pas en compte le flux entrant (la chute des feuilles, exsudats racinaires) ; alors que la
chute de feuilles augmente non seulement la quantité de la litière, mais change aussi
constamment la composition chimique de la litière. Ce changement s'accompagne d'un
changement de la dynamique des communautés microbiennes et en même temps des vitesses
de décomposition. Ainsi, les modèles classiques de la succession de microorganismes, la
production d'enzymes ainsi que ceux de la décomposition de la matière organique pourraient
être insuffisants pour expliquer l'évolution des MO dans les sols et la décomposition de la litière
dans les agroécosystèmes à long terme.

III-2-La composition chimique initiale des litières

La composition chimique initiale des litières joue un rôle important dans les vitesses de
minéralisation. Ces litières (résidus de végétaux) ont des compositions complexes allant de
composés solubles à des composés récalcitrant en passant par des composés labiles (Sall, 2004).
Le taux de minéralisation des composés récalcitrants joue un rôle fondamental dans la
séquestration de la MO. Un taux élevé en lignine réduit de façon significative le taux de
décomposition de la litière (Allison, 2012) ; ce qui a pour conséquence une augmentation de la
teneur en MO dans le sol.

Les compositions chimiques des résidus de végétaux varient en fonction des organes et
de l’âge; les résultats des travaux de Diack et al. (2000) sur la décomposition de la litière de
Piliostigma reticulatum (D.C.) Hochst montrent une décomposition plus rapide des feuilles par
rapport aux racines. La biomasse microbienne sous l’influence des litières est plus élevée avec
des résidus jeunes qu’avec des résidus matures (Baumann et al., 2011). Cette différence de
biomasse microbienne pourrait s'expliquer par une diminution des ressources disponibles dans
les résidus sénescents et deviennent ainsi un milieu hostile pour le développement des
microorganismes d’où la diminution de la biomasse microbienne.

Les travaux de Arriaga et Maya (2007) montrent que la litière de Jatropha cuneata
Wiggins & Rollins, ayant des teneurs en fibres et un rapport C/N relativement faible, se
décompose plus rapidement que celle de Cyrtocarpa edulis (Brandegee) Standl. qui possède
une teneur en fibres et un ratio C/N plus élevés. Ainsi, les litières ayant des taux élevés en
lignine, en carbone, en ratio lignine/ N et C/N se dégradent lentement par contre, des teneurs
élevées en azote et en phosphore augmentent les vitesses de décomposition (Barbhuiya et al.,
2008 ; Bray et al., 2012).
13
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

La composition en fraction soluble, en hémicellulose, en cellulose et en lignine

renseigne sur la vitesse de décomposition des résidus de carbone (Mary et Guérif, 1994). Les
composés tels que les polyphénols sont généralement considérés comme un groupe de
métabolites secondaires des plantes qui inhibent généralement la décomposition
(Hättenschwiler et al., 2005).

III-3-Modification chimique de la litière et de la composition

microbienne lors de la minéralisation

A l’instar de la composition chimique initiale de la litière, l’évolution de cette

composition chimique au cours de la décomposition influence le déroulement de ce processus.
La composition chimique des résidus organiques à un stade donné de la décomposition peut
être considérée comme une composition chimique initiale selon le système considéré puisque
les litières sont déjà dans un processus de transformation. Donc, le taux de décomposition varie
au cours du processus ; Diack et al. (2000) montrent que la décomposition des résidus est un
processus dans lequel le taux de décomposition est proportionnel à la quantité de résidus
disponibles pour les microorganismes. Dans les travaux de Hunter et al. (2003), les
compositions en lignine, en composés phénoliques, en cellulose, en hémicellulose, en azote et
en carbone des litières changent au cours de la décomposition.

Au cours du processus de décomposition de la litière, la composition de la communauté

microbienne est fortement influencée par les interactions entre les groupes fonctionnels et la
composition chimique de la litière (Torres et al., 2005). Une augmentation de la diversité
microbienne et une diminution de l'activité des microorganismes pendant la décomposition de
la litière ont été trouvées par Dilly et al. (2004). Durant les premiers stades du processus de
minéralisation des litières, la communauté microbienne pourrait être stimulée par la
disponibilité des éléments nutritifs facilement accessibles et accroître premièrement leur
activité. L’activation ou l’inhibition d'une fonction des microorganismes pourrait dépendre de
l'étape de décomposition, donc de la composition chimique. La diversité bactérienne est plus
élevée avec les litières à décomposition lente qu’avec les litières à décomposition rapide (Dilly
et al., 2004). Dans le cas d’une litière à décomposition rapide, les microorganismes utiliseraient
rapidement les nutriments disponibles de sorte que les autres formes de microorganismes
n’aient pas le temps de coloniser cette litière, ainsi, la diversité microbienne est réduite, mais la

14
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

biomasse et l'activité augmentent. Cependant, plusieurs formes de microorganismes colonisent

les litières à décomposition lente entraînant ainsi une augmentation de la diversité.

III-4-Les conditions environnementales

Les facteurs physico-chimiques comme la température, le pH, la pluviométrie et

l'humidité influencent les taux de décomposition de la litière. La vitesse de décomposition varie
donc selon les saisons et selon les milieux ; elle est plus élevée en saison chaude et humide
qu’en saison sèche et froide (Wall et Moore, 1999 ; Torres et al., 2005 ; Barbhuiya et al., 2008
; Abugre et al., 2011) ; cela pourrait être attribué à l'augmentation de l'activité microbienne suite
à l’augmentation de l’humidité (Schimel et al., 1999 ; Fierer et Schimel, 2002 ; Sardans et
Peñuelas, 2005) et de la température. Les activités enzymatiques catalysant une transformation
donnée dépendent de la température ; nous savons alors que la vitesse d’une réaction est
fonction de la température. La siccité réduit l'épaisseur de films d’eau du sol , empêchant ainsi
la diffusion d'enzymes extracellulaires et réduisant la disponibilité du substrat carboné
organique (Davidson et Janssens, 2006). Ainsi, dans ces conditions arides, les microorganismes
sont stressés par le manque d'eau et les enzymes peuvent être produites, mais restants inactives
et les substrats éloignés des bactéries ne seront pas dégradés et les microorganismes n'auraient
pas d'éléments nutritifs. Dans leurs études sur les taux de décomposition, Austin et Vivanco
(2006) et Arriaga et Maya (2007) ont montré que les effets directs du rayonnement solaire sur
la décomposition de la litière de feuilles sont plus importants que ceux des processus
biologiques. Comme nous l’avons dit plus haut, les composés polyphénoliques réduisent
significativement le taux de décomposition, mais au cours des précipitations, ces composés sont
lessivés et devrait contribuer à augmenter le taux de décomposition.

15
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

Apport de litières
par la plante

Rhizosphère

Exsudats
racinaires

Figure 2 : Le sol : interrelation plante-communauté microbienne-atmosphère

IV- Dynamique, diversité et caractérisation moléculaire des

communautés microbiennes des sols
Les processus de l’écosystème qui contribuent à la fourniture de la plupart des services
écosystémiques sont sous l’influence des organismes du sol qui sont des membres à part entière
de ce dernier (Barrios, 2007). Le fonctionnement biologique des sols regroupe l’ensemble des
fonctions assurées par les organismes vivants qui, en interaction avec les composantes
physiques et chimiques, permettent la dynamique de la matière organique, le recyclage des
nutriments et la circulation de l’eau. Ces fonctions sont assurées par des organismes de tailles
variables comprenant les microorganismes (archées, bactéries, eucaryotes unicellulaires
hétérotrophes) et les invertébrés (Mostajir et al., 2012). Les microorganismes sont les membres
les plus abondants et les plus diversifiés des sols (Mostajir et al., 2012). Ces communautés
microbiennes jouent un rôle essentiel dans la qualité des sols ainsi que dans la productivité des
plantes (Hill et al., 2000).

IV-1-Caractérisation moléculaire des communautés microbiennes

des sols

Il existe plusieurs méthodes classiques de caractérisation des communautés

microbiennes telles que les études microbiologiques ; par exemple l’enrichissement qui favorise
le développement d’un type d’organisme par rapport à d’autres ou bien l’isolement d’un

16
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

individu. Ceci suppose que ce n’est qu’une partie des microorganismes qui est visée par ces
méthodes. De plus, la proportion de bactéries cultivables dans les milieux naturels est très
faible. Les raisons de cette « non cultivabilité » sont multiples. Il peut s’agir d’un état
physiologique viable non cultivable ou de l’inadéquation des milieux de culture conventionnels
à la physiologie de la bactérie. Ainsi, lorsque les bactéries sont à l'état de viabilité, mais non
cultivable, elles échappent à la détection lorsque l’on applique des tests microbiologiques
conventionnels (Lleò et al., 2001). Les approches moléculaires peuvent potentiellement
permettre de détecter une plus grande proportion des communautés bactériennes que la
microbiologie classique. Les approches moléculaires basées sur l'ADNr 16S comme ARDRA
(Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis), DGGE (électrophorèse sur gel à gradient
dénaturant), ou TGGE (électrophorèse sur gel à gradient de température), peuvent être utilisées
pour augmenter la vitesse de collecte des données, en permettant l'analyse de l’ensemble des
produits de l’amplification de l'ADNr, ou la simplification du criblage de clones (McCaig et
al., 2001). L’ensemble de ces approches débutent par une amplification de l’ADN par PCR
ciblant des marqueurs génomiques. La PCR (Mullis et al., 1986) consiste en une amplification
enzymatique in vitro d’un segment d’ADN à l’aide d’amorces oligonucléotidiques qui sont
complémentaires des séquences en 5’ et 3’ du segment à amplifier. Les méthodes qui utilisent
la PCR peuvent conduire à l'identification d'un isolat dans les heures et peuvent être utilisées
sur de petites quantités de cellules, y compris celles qui ne sont pas viables ou qui sont non
cultivables (Tarr et al., 2007).

La technique de gel électrophorèse en conditions dénaturantes (DGGE) est un outil

pratique pour analyser la diversité des communautés microbiennes (Muyzer et al., 1993). Décrit
par Fischer et Lerman (1979), la DGGE est une technique d’empreinte moléculaire visant à
séparer des molécules d’ADN de même longueur, mais qui se différencient par leurs séquences
nucléotidiques. La séparation est effectuée sur un gel d’acrylamide contenant un gradient
supposé linéaire et croissant de substances dénaturantes. Les variations de séquences entre les
différents amplifiâts vont influencer leur dénaturation et par conséquent leur distance de
migration électrophorétique. Ainsi, les séquences d’ADN ayant une plus forte concentration en
bases G et C vont migrer plus loin dans le gel avant d’atteindre leur domaine de dénaturation,
c'est-à-dire la concentration en dénaturant nécessaire pour rompre les liaisons hydrogènes qui
unissent les deux brins. La dissociation des deux brins d’ADN n’est pas totale du fait de
l’addition d’une courte région d’ADN riche en GC, appelée « queue GC » ou « clamp GC ».

17
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

La DGGE permet ainsi d’obtenir et de comparer les profils des communautés microbiennes
présentes dans un environnement.

Cependant, ces techniques ne permettent pas l’identification des communautés

microbiennes et de mettre en évidence leurs fonctions et leur organisation taxonomique. Par
contre, les techniques de séquençage de l’ADN constituent des méthodes dont le but est de
déterminer la succession linéaire des bases A, C, G et T prenant part à la structure de l’ADN.
La lecture de cette séquence permet d’étudier l’information biologique contenue par celle-ci
(Lamoril et al., 2008). Les nouvelles générations de séquençage ou NGS (Next Generation
Sequencing) telles que le séquençage des amplicons de l’ARN ribosomal 16S ou la
métagénomique permettent de déterminer rapidement la biodiversité et l’abondance de
plusieurs espèces et l’organisation taxonomique simultanément (Rincon-Florez et al., 2013).

Les analyses métagénomiques et protéomiques sont des approches globales qui

permettent d’identifier les membres d’une communauté microbienne et qui donnent un aperçu
du potentiel physiologique de la communauté (Knief et al., 2012). La métagénomique constitue
ainsi un outil puissant pour étudier les capacités fonctionnelles des communautés microbiennes
individuelles (Fierer et al., 2012). La diversité taxonomique au niveau génétique des
microorganismes est communément étudiée par la détermination des gènes codant l’ARN
ribosomal. Les gènes codant pour de l’ARN ribosomal 16S et 18S sont utilisés pour les études
phylogénétiques respectivement des bactéries et des champignons (Sharma et al., 2011). Les
nouvelles technologies telles que le pyroséquençage 454 Roche, Illumina Miseq et PGM Ion
Torrent réduisent considérablement les coûts de séquençage, à un niveau tel que les analyses
métagénomiques deviennent une alternative viable pour une évaluation plus ciblée de la
phylogénie et de la diversité fonctionnelle des communautés microbiennes (Wommack et al.,
2008). Les NGS ont révolutionné les recherches microbiologiques environnementales et ont un
grand potentiel pour faire la lumière sur des questions pertinentes en agriculture et en biologie
des sols (Rincon-Florez et al., 2013).

IV-2-Diversité microbienne des sols

Les microorganismes sont des composantes de « l’appareil biologique de la terre » et

permettent une mesure intégrative de la qualité des sols, un aspect qui ne peut être toujours
obtenue avec des analyses physiques et chimiques de même qu’avec l’analyse des macro-
organismes (Sharma et al., 2011). Plusieurs études ont montré que la composition et la
18
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

structure des communautés microbiennes des sols dépendent en grande partie de la disponibilité
des nutriments tels que le carbone, l’azote et le phosphore (Lauber et al., 2008 ; Li et al., 2014),
du pH et du rapport C/N (Högberg et al., 2007 ; Lauber et al., 2008), donc de la composition
chimique intrinsèque des sols (Girvan et al., 2003). La composition des communautés
microbiennes des sols dépend aussi de la structure et de la texture du sol (Girvan et al., 2003 ;
Lauber et al., 2008). Les teneurs élevées en lignine (DeAngelis et al., 2011), de même que la
fertilisation phosphatée (Tan et al., 2012) entraînent une amélioration de la diversité des
communautés microbiennes du sol.

Les communautés bactériennes jouent un rôle important dans la santé des plantes et la
fertilité des sols (Chaudhary et al., 2012). C’est le cas par exemple des bactéries PGPR (Plants
Growth Promoting Rhizobactéria), qui stimulent directement la croissance des plantes en
augmentant le prélèvement des éléments nutritifs du sol, en induisant et produisant des
régulateurs de croissance végétale et en activant les mécanismes de résistance induits chez les
végétaux. Les champignons possèdent une grande capacité de production d’une large gamme
d’enzymes extracellulaires qui décomposent la matière organique (Mostajir et al., 2012).

En fonction du système considéré, on distingue les diversités alpha, béta et gamma. La

diversité alpha représente la diversité des organismes dans un échantillon ou dans un
environnement donné (Navas-Molina et al., 2013). La diversité béta représente la différence de
diversité entre échantillons ou entre environnements et la diversité à grande échelle représentée
par la résultante des diversités alpha et béta est définit comme étant la diversité gamma
(Whittaker, 1960).

IV-3-Dynamique des communautés microbiennes dans les sols

L’évolution des communautés microbiennes dans les sols est sous l’influence des
conditions abiotiques, mais aussi de la composition de ces communautés microbiennes elles-
mêmes. L’activité et la structure de ces populations microbiennes sont influencées par les
changements physico-chimiques des sols (Spedding et al., 2004). Des changements pouvant
être dus à une dynamique de la qualité des résidus provenant des plantes cultivées sur ces sols.
La modification de la composition chimique de ces résidus au cours du processus de
décomposition entraîne une modification de la structure des communautés bactériennes au
cours du temps (Bray et al., 2012). Les microorganismes s’adaptent ainsi en fonction de la
qualité des sols ; certains s’adaptent et se développent rapidement dans les environnements
19
 Chapitre 1: Synthèse bibliographique

riches en nutriments facilement accessibles. Ces types de microorganismes sont dits

copiotrophes (Koch, 2001) ou r-stratégistes. Les communautés microbiennes r-stratégistes se
développent rapidement dans des milieux riches en nutriments car ce sont des organismes qui
allouent la plus grande part de leur énergie à la multiplication. A l’inverse, les K stratèges ou
oligotrophes sont des organismes qui s’adaptent mieux dans des milieux où la disponibilité des
nutriments est réduite (Koch, 2001), allouant une grande quantité d’énergie à la production
d’enzymes capables de dégrader les macromolécules. Ces communautés microbiennes à
stratégie K permettent une transformation de l’azote organique en une forme assimilable par
les plantes, accomplissant ainsi un rôle d’une importance capitale dans la fertilité des sols
(Fontaine et al., 2003). Le carbone contenu dans les résidus nouvellement apportés au sol
stimule la croissance aussi bien des organismes copiotrophes que des organismes oligotrophes
(Hu et al., 1999). Cependant, pendant les premières semaines des processus de minéralisation
des litières dans les sols, les communautés microbiennes dites r stratégistes dégradent les
métabolites facilement disponibles (Aneja et al., 2006) et se développent rapidement. Ensuite,
les K stratégistes spécialisés dans la décomposition des composés plus ou moins récalcitrant
colonisent les litières dans les dernières étapes de décomposition (DeAngelis et al., 2013).

L’augmentation des vitesses de décomposition des résidus organiques correspondant à

l’utilisation des composés facilement minéralisables entraîne une augmentation de l’abondance
des membres du phylum des Protéobactéria qui adoptent ainsi une stratégie r (Fierer et al.,
2007). A l’inverse, une diminution des vitesses de décomposition est associée à l’augmentation
des abondances relatives des Acidobactéria (Fierer et al., 2007) et à long terme avec une faible
disponibilité des composés facilement dégradables (DeAngelis et al., 2013), les Firmicutes
montrent des abondances relatives élevées.

20
Chapitre II : Influence des litières foliaires de Jatropha curcas
sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en
conditions contrôlées

Les résultats de ce chapitre ont été publiés dans la revue Journal of Soil Science and Environmental
Management (JSSEM) :
Titre : The effect of Jatropha curcas L. leaf litter decomposition on soil carbon and nitrogen status
and bacterial community structure (Senegal)

Auteurs : DIEYE Tidiane, ASSIGBETSE Komi, DIEDHIOU Ibrahima, SEMBENE Mbacké, DIENG
Amadou Lamine, GUEYE Mariama et MASSE Dominique

Accepté le 26 Novembre 2015, publié en Mars 2016

Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

Chapitre II : Influence des litières foliaires de Jatropha curcas

L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en
conditions contrôlées

I-Introduction
La lutte contre la désertification, l’amélioration de la productivité agricole et
l’atténuation du réchauffement climatique par la séquestration du carbone sont les principaux
objectifs des plans d’action et politiques nationales, environnementales et agricoles sénégalais
(Tieszen et al., 2004). De plus, le Sénégal, pays non encore producteur de pétrole, avait adopté
la politique des énergies renouvelables. C’est ainsi que depuis 2007, Jatropha curcas L. a été
massivement introduit dans ce pays plus particulièrement dans les zones rurales. Dans cette
région soudano-sahélienne, les sols ont une fertilité réduite (Bationo et Buerkert, 2001). La
culture de cette plante participerait à l’amélioration de la qualité des sols par une augmentation
de la matière organique ; pouvant contribuer ainsi à une amélioration globale de la fertilité des
sols et à un stockage du carbone. Cependant, les processus de décomposition des litières de
Jatropha et leur rôle dans les sols ne sont pas clairement établis. Des différences intraspécifiques
en compositions chimiques de résidus de plantes ont été observées par Lecerf et Chauvet (2008)
; à notre connaissance, peu d’études ont été effectuées sur la variation intraspécifique de la
composition biochimique des résidus de Jatropha. Un facteur important de la qualité des résidus
est la résorption des nutriments avant l’abscission des feuilles qui pourrait différer selon les
provenances de Jatropha. Ainsi, les mécanismes de minéralisation de feuilles fraîches et
sénescentes de plantes de Jatropha ayant des provenances différentes et leur capacité à restituer
les nutriments aux sols et ainsi participer aux fonctions des agroécosystèmes et leurs impacts
sur les communautés microbiennes de ces sols doivent être élucidés d’autant plus que la
diversité et la structure des communautés microbiennes constituent des indicateurs de la qualité
des sols (Sharma et al., 2011).

L’objectif de cette étude est, dans des conditions de laboratoire, d’examiner l’impact de
feuilles fraîches (vertes) et sénescentes (jaunes) de différentes provenances de Jatropha sur les
cycles du carbone, de l’azote ainsi que sur la dynamique des communautés bactériennes des
sols.

21
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

II-Matériel et Méthodes

II -1-Echantillonnage

II -1-1-Le sol

Le sol utilisé dans cette expérimentation a été collecté à Goudiry en février 2010 ; cette
localité est située au Sud-Est du Sénégal (14°11'15.27"N ; 12°42'44.79"O). Le sol provenant de
l’horizon 0-20 cm a été séché au laboratoire à l’air libre puis tamisé à 2 mm avant toute
expérimentation et analyse. Il s’agit d’un sol de type ferrugineux tropial lessivé (Khouma, 2002)
contenant 6 à 9 % d’argile, 9 mg/g de carbone total, 0,8 mg/g d’azote total et 7,9 mg/g de
phosphore. Le pH du sol a été estimé à 6,17.

II -1-2-Les feuilles de Jatropha

Les feuilles de Jatropha utilisées dans cette étude proviennent de la plantation de

Jatropha de l’Ecole Nationale Supérieure d’Agriculture (ENSA) de Thiès (14°42’52’’N ;
16°28'64"O). Il s’agit d’une plantation expérimentale en quatre blocs complètement randomisés
avec des distances de plantation de deux mètres et n’ayant reçu aucune fertilisation. Les feuilles
ont été collectées sur les plantes et sont de deux types : des feuilles sénescentes jaunes et des
feuilles jeunes directement récoltées sur les arbres et ayant toujours la couleur verte. Ces feuilles
proviennent de quatre provenances dont deux originaires du Sénégal : Banfadjiré (Ban) et
Madiop Boye (MB) ; un provenant de Mozambique (MOZ) et le quatrième est originaire de
Tanzanie (TZ) (Ndir et al., 2013; Diédhiou et al., 2016). Pour chaque type de feuille de chaque
provenance, nous avions prélevé un échantillon composite composé de quatre sous-échantillons
provenant de quatre plantes différentes. Les échantillons de feuilles ont été par la suite séchés
à température ambiante au laboratoire pendant trois semaines puis broyés et tamisés à 2 mm.

II -2-Analyse physico-chimique

II -2-1-Caractéristiques physico-chimiques du sol

La détermination des propriétés physico-chimiques des sols a été effectuée au

Laboratoire des Moyens Analytiques (LAMA ; US 122 de l’IRD Dakar, certifié ISO 9001).

Les dosages du carbone et de l’azote total ont été effectués par combustion sèche à
l’aide d’un analyseur élémentaire CHN EA1112 Thermo finnigan Series à une température de

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dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

1800°C. Les composés obtenus après combustion passent successivement dans le catalyseur
d’oxydation (900°C) et dans la colonne de réduction (750°C). Le carbone est alors transformé
en gaz carbonique et l’azote en monoxyde d’azote. Ils sont ensuite séparés dans une colonne de
chromatographie en phase gazeuse utilisant l’hélium et équipé de deux détecteurs. Les quantités
de carbone et d’azote sont obtenues grâce au logiciel EAGER 300 for EA 1112.

La granulométrie, analyse de la répartition des particules minérales en fonction de leur

taille, a été déterminée par tamisage, sédimentation et prélèvement à la pipette de Robinson
(Aubert et al., 1954). Dix grammes de sol tamisés à 2 mm ont été soumis à une attaque par l’eau
oxygénée (H2O2 ; 50 ml diluée à 30%) afin d’éliminer la matière organique. Les particules
minérales ont ensuite été dispersées par ajout de 25 ml d’une solution diluée de pyrophosphate
de sodium (65 g/l). Puis, le mélange a été agité pendant 4 heures puis transvasé dans une
allonge, ajustée à un litre et bouchée. La solution obtenue a été tamisée sous flux d’eau à 200
et à 50 μm pour obtenir les fractions les plus grossières (sables et limons grossiers) et les
particules les plus fines (limons fins et argiles) ont été prélevées après sédimentation dans une
allonge. Enfin, les fractions obtenues ont été pesées après séchage à l’étuve et la proportion
relative de chaque fraction granulométrique a été calculée afin de déterminer la texture des
échantillons de sol.

Le pHeau du sol a été mesuré selon le ratio 1:2,5 (sol : solution) à l’aide du pH-mètre
(Mettler Toledo, 320).

La teneur en phosphore total a été déterminée, sur une chaine d’analyse

colorimétrique par flux continu (Technicon, AutoAnalyseur III) après ajout d’un mélange
d’acide nitrique et d’acide chlorhydrique concentrés, selon la méthode de Murphy et Riley
(1962).

II -2-2- Caractérisation biochimique des feuilles

Les teneurs des composés solubles, d’hémicellulose, de cellulose et de lignine ont été
déterminées par la méthode de Van Soest et al. (1991). Les produits utilisés sont détaillés dans
l’ANNEXE 2 ; brièvement, tous les échantillons de feuille ont été préalablement broyés et
tamisés à 2 mm. Pour chaque échantillon, trois pesées de 1 g ont été effectuées dans des
creusets. Les creusets ont été par la suite placés sur l’extracteur (photo 3) et les échantillons
traités à chaud avec de l’eau, puis avec une solution au détergent neutre NDF (Neutral Detergent
Fiber) pour l’obtention de la teneur en composé soluble et des composés organiques insolubles
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Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

(hemicellulose, cellulose et lignine). Les résidus insolubles ont été filtrés et lavés. Un des trois
résidus a été mis de côté pour des opérations ultérieures de séchage et de calcination. Les deux
autres résidus ont été hydrolysés à chaud par une solution de détergent acide (ADF : Acid
Detergent Fiber), filtrés et lavés pour l’obtention des composés organiques insolubles dans le
détergent (Cellulose et Lignine) après solubilisation de l’hemicellulose. Après cette étape, l’un
des deux résidus a également été mis de côté pour des opérations ultérieures de séchage et de
calcination. Le résidu restant a été traité à froid par une solution d’acide sulfurique à 72 %, filtré
et lavé pour la solubilisation de la cellulose et l’obtention de la lignine (ADL : Acid Detergent
Lignine). Tous les résidus (NDF, ADF, ADL) ont été séchés, pesés, calcinés, puis pesés à
nouveau.

Photo 3 : Extracteur de fibres (Crédit photo : [Link]èye 2013)

Les teneurs en carbone total et en azote total ont été déterminées par combustion
sèche à l’aide d’un analyseur élémentaire LECO FP 428 CHN (LECO corporation, St. Joseph,
Mich.) et la teneur en phosphore total a été déterminée par colorimétrie (Murphy et Riley,
1962).

II-3- Incubation

Les feuilles sénescentes et jeunes de chaque provenance de Jatropha ont été utilisées
pour l’incubation au laboratoire. Dans cette expérimentation nous avions utilisé deux types de

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Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

pots de diamètre connu (calcul de la surface de sol). Dans le premier jeu de pots servant à l’étude
de la minéralisation du carbone, 20 g de sol ont été introduits dans chaque pot. Dans le second
jeu de pots, nous avions introduit 40 g de sol pour l’étude de la minéralisation de l’azote et des
communautés microbiennes. Les sols ont été pré-incubés à 28°C pendant une semaine pour
réactiver les microorganismes. L’humidité du sol a été ajustée à 60 % de la capacité de rétention
au champ (CRC) puis à 80 % pour l’incubation. Avant l’incubation des sols, nous avions
effectué un mulching des feuilles à la surface des sols contenus dans les pots. Les mêmes
traitements ont été appliqués dans les deux types de pots avec trois répétitions. La quantité de
litière foliaire apportée est de 508 kg ha-1 (Abugre et al., 2011). Cette quantité de litières
apportée au sol correspond à la quantité maximale de litière de Jatropha récoltée en saison sèche
dans une plantation de 1m x 1m de distance de plantation dans une région où la pluviométrie et
la température moyenne sont respectivement de 1300 mm et 26°C. Les pots ayant servi à l’étude
de la minéralisation du carbone et un sol témoin sans apport de feuille (trois répétitions) ont été
introduits dans des flacons à plasma scellés. Les échantillons du deuxième jeu de pots (avec des
témoins sans apport de feuille) ont été introduits dans des bocaux fermés hermétiquement
contenant des flacons de NaOH (15 ml à 1M) pour capturer le CO2.

L’ensemble des échantillons ont été incubés à 28°C pendant 120 jours. Pour l’étude de
la minéralisation du carbone, les mesures ont été effectuées régulièrement alors que pour la
minéralisation de l’azote et l’étude des communautés microbiennes nous avions choisi six
sorties d’incubation : 0, 3, 28, 56, 90, 120 jours (162 échantillons). Pour chaque sortie
d’incubation un triplet d’échantillon témoin (sans apport de feuille) a été utilisé. A chaque sortie
d’incubation, les échantillons ont été bien mélangés puis les teneurs en ions ammoniums
(NH4+) et nitrates (NO3-) ont été dosées par colorimétrie (Technicon, AutoAnalyseur III) au
LAMA après extraction dans une solution de KCl 1M (Bremner, 1965). Les teneurs en carbone
et en azote total de chaque échantillon de chaque sortie d’incubation ont été également dosées
au LAMA. Pour chaque échantillon, une aliquote de sol a été gardée à -20°C en attendant
l’extraction d’ADN.

II -4-Détermination de la minéralisation du carbone

Pour l’étude de la minéralisation du carbone nous avions mesuré le flux de CO2 de l’air
ambiant des flacons à plasma (incubation de sol+feuilles) par injection directe dans un
chromatographe à phase gazeuse de type SRA Analytical Instruments (MTI P200 Microsensor

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Technology Inc., Fremont, CA, USA) équipé d’un détecteur à thermo-conductibilité (TCD) et
d’une colonne Poraplot (photo 4). L’hélium est utilisé comme gaz vecteur. Le chromatographe
est couplé à un ordinateur pourvu du logiciel Windows-based EZChrom 200, MTI.

Photo 4 : Chromatographie à phase gazeuse (Crédit photo : [Link]èye 2013)

Le dégagement de CO2 net provenant des feuilles a été obtenu relativement par rapport
au sol témoin et les données en CO2 ont été transformées en carbone net. Les pertes de carbone
des feuilles au cours du temps ont ensuite été calculées par rapport aux teneurs initiales en
carbone de ces mêmes feuilles. Les données d’évolution du carbone en fonction du temps ont
été bien ajustées au modèle de décomposition double exponentiel (équation 1) de Wider et Lang
(1982) utilisé par plusieurs auteurs (Beyaert et Paul Voroney, 2011 ; Staelens et al., 2011 ;
Patrício et al., 2012).

Equation 1 : 𝐶𝑡 = 𝐶1𝑒 −𝑘1𝑡 + 𝐶2𝑒 −𝑘2𝑡

Où Ct représente le pourcentage de carbone restant au temps t, C1 le pourcentage initial

de carbone labile, k1 le coefficient de décomposition spécifique du carbone labile, C2 le
pourcentage initial de carbone récalcitrant et k2 le coefficient de décomposition spécifique du
carbone récalcitrant.

II -5-La minéralisation de l’azote

Les teneurs en azote minéral total net, en ions ammoniums et nitrates au cours du temps
ont été déterminées relativement par rapport au sol témoin et à l’azote minéral contenu
initialement dans les échantillons (Equations 2, 3 et 4).

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Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

Equation 2 : Nnet(t)=Nt - N0net

Equation 3 : N0net=N(litière+sol)0 - N(sol nu)0

Equation 4 : Nt= N(litière+sol)t - N(sol nu)t

Où Nnet(t)=est l’azote minéralisé net, Nt = azote minéral obtenu à la sortie d’incubation

et N0net =azote minéral initial.

II -6-Extraction de l’ADN génomique et purification

L’ADN contenu dans chaque échantillon de sol a été extrait. Cette extraction a été
réalisée à partir de 0,25 g de sol avec le kit « Fast spin SpinTM kit for soil » (MP biomedicals,
Santa Ana, CA, États-Unis). Brièvement, les échantillons de sol ont été introduits dans des tubes
(Lysing Matrix E tube) puis les tampons Sodium Phosphate Buffer et MT Buffer ont été ajoutés
dans les tubes. Les échantillons de sol ont été ensuite broyés avec le broyeur MP FastPrep®-24
(deux fois pendant 30 s à une vitesse de 6 m.s-1). Pour récupérer le surnageant, les tubes ont été
centrifugés pendant 5 min à 14.000 g à une température de 4°C. Le surnageant a ensuite été
placé dans des tubes eppendorfs de 1,5 ml et ajouté d’une solution de PPS (Protein Precipitation
Solution) permettant une précipitation des protéines. Le surnageant a été récupéré après une
nouvelle centrifugation. Puis, l’ADN a été fixé à une résine (DNA Binding matrix) puis purifié
par ajout de 500 μL de guanidine thiocyanate 5,5 M. Ensuite L’ADN a été lavé (ré-suspension
dans du SEWS + éthanol 100%) et élué dans 100 μL d’eau ultra pure. L’ADN a été récupéré
après une dernière centrifugation. Le rendement de l’extraction (qualité et quantité) a été
déterminé par la suite au Nanodrop (ND- 1000 UV-Vis Spectrophotomètre, Labtech).

II -7-La réaction de polymérisation en chaine ou PCR

Pour l’étude des communautés bactériennes nous avions choisi la région V3 du gène
codant l’ARN ribosomal 16S. Ce gène a la particularité d’être présent chez toutes les bactéries,
conservé et hyper-variant. L’amplification par PCR de la région V3 (16S) a été effectuée en
utilisant le couple d’amorces : 338f (5’-CCTACGGGAGGCAGCAG-3’) muni d'un GC
« clamp » (5’-CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGG-3’) et 518r (5’-
ATTACCGCGGCTGCTGG-3’) décrites par Muyzer et al. (1993). Ces amorces produisent des
amplicons de 220 paires de bases. Le mélange réactionnel de 25 µl était composé de 5 ng

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d’ADN, 1 µM de chaque amorce et de la Taq polymérase Ready- to-go (PuRe taqTM Ready-
to-goTM). La Taq se présente sous forme de bille lyophilisée composée de Taq DNA
polymérase 2,5U ; dNTP 200 μM ; Tris-HCl 10 mM à pH 9 ; KCl 50 mM ; MgCl2 1,5 mM et
de BSA. Les amplifications ont été effectuées à l’aide du thermocycleur Gene AmpR PCR
system 9700 (Applied, biosystem, Courtboeuf, France) avec les cycles thermiques suivants :
dénaturation 94° C pendant 2 min suivie de 20 Cycles : 94°C pendant 30 s, 65°C pendant 30 s
avec une diminution de la température d’hybridation de 0,5°C à chaque cycle (PCR
‘Touchdown’) suivie d’une élongation à 72°C pendant 1 min et de 10 cycles : 94°C pendant
30 s, 55°C pendant 30 s, 72°C pendant 1 min et d’une élongation finale à 72°C pendant 15 min.

II-8-Etude de la structure génétique des communautés bactériennes

par PCR-DGGE

Les produits issus de l’amplification par PCR ont été séparés en utilisant une
électrophorèse en gradient de dénaturation (DGGE). Ces produits PCR ont été déposés sur un
gel à 8% d’acrylamide-Bis acrylamide (ratio 37,5:1) constitué d’un gradient dénaturant compris
entre 45% et 70% et des solutions d’APS (Persulfate d’ammonium) à 10% (w:v) et de TEMED
(Tetramethyl ethylène Diamine) qui catalysent la réaction de polymérisation du gel acrylamide.
Une solution contenant 100% de substances dénaturantes est composée d’une solution d’urée
7M et de formamide déionisée à 40% (v:v).

La migration a été effectuée dans un tampon TAE 1X (40 mM Tris, 20 mM acétate de

sodium, 1 mM EDTA) à une température constante de 60°C à l’aide d’un système « Ingeny
phorU » pendant 18 heures à 100V (photo 5). A la fin de la migration, le gel a été coloré au
Bromure d’éthidium (BET) à 1 mg.l-1 pendant 30 minutes sous une légère agitation puis rincé
à l’eau déminéralisée pendant 10 min (sous une légère agitation). Les profils DGGE ont été
révélés grâce à une chambre à UV reliée à un ordinateur muni du logiciel Bio-Capt (Vilbert
Lourmat, France).

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Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

Photo 5 : Cuve électrophorèse « Ingeny phorU » à gauche et coulage du gel DGGE à droite
(Crédit photo : [Link]èye 2013)

La structure des communautés bactériennes a été mise en évidence à travers l’analyse

des gels DGGE à l’aide du logiciel d’analyse de gel Phoretix 1D v10. 2009. Ce logiciel permet
d’identifier les bandes et de comparer les différents profils DGGE en termes de
présence/absence des bandes. Les degrés de similitude entre les profils des échantillons ont été
calculés selon le coefficient de Dice. La méthode de l’algorithme UPGMA (Unweighted Pair-
Group Method Algorithm) a par la suite été utilisée pour construire le dendrogramme de
similarité. La diversité structurale des communautés bactériennes a été estimée en calculant
l’indice de diversité de Shannon H pour chaque profil DGGE. L’indice de Shannon est un indice
de richesse basé sur les théories de l’information ; il est calculé par l’équation suivante:

Equation 5 : H= -Σpi*log pi avec pi = ni/N

Où pi représente l’abondance relative de l'espèce ; ni = nombre d'individus d'une espèce

dans l'échantillon basé ici sur l’intensité des bandes ; N = nombre total d'individus de toutes les
espèces dans l'échantillon (intensité de toutes les bandes).

L’indice de Shannon décrit la diversité en prenant en compte à la fois le nombre

d’espèces, mais également la distribution (importance) des individus au sein de chaque espèce.
Plus cet indice est élevé, plus la diversité est grande.

II -9- Analyses statistiques

Une ANOVA à deux facteurs (origine et degré de maturité des feuilles) a été réalisée
pour comparer les teneurs en azote, en carbone et des ratios C/N des feuilles de Jatropha. Le

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Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

test de Fisher à 95 % a ensuite été réalisé pour classer les moyennes. Toutes les corrélations
effectuées dans cette étude ont été réalisées par le test de corrélation de Pearson. Les analyses
statistiques ont été effectuées grâce au logiciel XLStat-Pro (2011.2.04 AddinSoft).

Une Analyse en Composante Principale (ACP) a également été réalisée avec le logiciel
XLStat-Pro (2011.2.04 AddinSoft). Les variables analysées sont : teneur en azote minéral, le
ratio C/N, le cumul de CO2 et la diversité de Shannon des différents traitements au cours du
temps.

III-Résultats

III-1- Composition biochimique des feuilles

La composition biochimique des litières est reportée dans le tableau 1. L’origine, le

degré de maturité des feuilles et l’interaction origine* degré de maturité des feuilles ont eu un
effet significatif sur la teneur en azote et sur le ratio C/N (Tableau 2 ; p<0,0001). Quelle que
soit l’origine des plantes, les résidus verts ont eu des teneurs en azote plus élevées que les
résidus jaunes (p < 0,0001) ; à l’inverse, le rapport C/N a été plus élevé avec les résidus jaunes
qu’avec les résidus verts (p < 0,0001). Les résidus jaunes des provenances Banfadjiré et
Tanzanie ont eu des teneurs similaires en azote, cependant, les résidus verts de la provenance
Banfadjiré présentaient des teneurs en azote largement supérieures aux résidus verts de la
provenance Tanzanie (p < 0,0001). Les feuilles vertes des provenances Mozambique et
Banfadjiré ont montré les teneurs en azote les plus élevées. Cependant, les teneurs les plus
faibles en azote ont été observées avec les résidus jaunes de la provenance Mozambique
(p < 0,0001). Les ratios C/N des feuilles vertes, qui variaient entre 14 et 15 ont été
significativement inférieurs (p < 0,0001) aux ratios C/N des feuilles jaunes qui variaient entre
26 et 32. Les ratios C/N les plus élevés ont été observés avec les résidus jaunes de la provenance
Mozambique (32,78) suivis des résidus jaunes de la provenance Madiop Boye (30,75). Le degré
de maturité des feuilles et l’interaction origine*degré de maturité des feuilles n’ont pas eu
d’effet significatif sur les teneurs en carbone, cependant, l’origine des plantes a impacté les
teneurs en carbone (Tableau 2 ; p < 0,05). Les feuilles de Jatropha des provenances Banfadjiré
et Tanzanie ont eu des teneurs en carbone plus élevées que celles des provenances Madiop Boye
et Mozambique (p < 0,05). L’analyse des teneurs en fibres des feuilles a révélé que les teneurs
en composés solubles et en hémicellulose ont été plus élevées avec les résidus frais alors que
les teneurs en lignine ont été plus élevées avec les feuilles sénescentes à l’exception des résidus
30
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

de la provenance Mozambique. La même tendance a été observée sur les teneurs en cellulose
qui ont été plus élevées dans les feuilles jaunes (sénescentes), cependant, la provenance Madiop
Boye a montré des teneurs en cellulose similaires avec les deux types de résidus. Parmi les
résidus verts de Jatropha, la provenance Mozambique semblait contenir des teneurs en lignine
plus élevées et des teneurs faibles en cellulose et en hémicellulose comparées aux autres
provenances. Nos résultats ont montré aussi des teneurs élevées en lignine et en cellulose et des
teneurs faibles en composés solubles et en hémicellulose dans les feuilles sénescentes de
Jatropha de la provenance Mozambique par rapport aux provenances Tanzanie et locales
(Banfadjiré et Madiop Boye).

Tableau 1 : Caractéristiques biochimiques des feuilles de Jatropha

Degré de % de matière organique

N total C total
provenances maturité des Traitement C/N Composés
(mg g-1) (mg g-1) HEM CEL
feuilles solubles LIG

Jeunes 30,9 446,6 14,44

Ban1 52,73 12,12 21,21 13,94
(vertes) (0,9) (6,8) (0,24)
Banfadjiré
(Sénégal) Sénescentes 16,9 453,4 26,75
Ban2 43,45 4,65 23,99 27,91
(Jaunes) (0,2) (5) (0,51)
Jeunes 28,5 432,7 15,19
MB1 53,94 12,56 20,07 13,42
MadiopBoye (vertes) (0,9) (3,7) (0,54)
(Sénégal) Sénescentes 14,6 448,1 30,75
MB2 44,90 8,16 20,15 26,79
(Jaunes) (0,5) (9,4) (0,48)
Jeunes 31,1 442,2 14,24
MOZ1 50,25 6,86 13,48 29,41
(vertes) (0,2) (4,6) (0,11)
Mozambique
Sénescentes 13,3 436 32,78
MOZ2 33,33 4,39 30,41 31,87
(Jaunes) (0,2) (1,5) (0,63)
Jeunes 29,5 448,7 15,19
TZ1 55,60 12,42 17,96 14,02
(vertes) (0,7) (10,1) (0,07)
Tanzanie
Sénescentes 17 451,6 26,52
TZ2 44,74 8,44 21,15 25,67
(Jaunes) (0,5) (6,3) (0,54)
Les valeurs de C, N et C/N sont des moyennes de trois répétitions et l’écart-type est mis
entre parenthèse ; HEM=hémicellulose ; CEL=cellulose ; LIG=lignine

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Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

Tableau 2: ANOVA à deux facteurs (origine et degré de maturité des feuilles) sur les teneurs
en C et N et le ratio C/N

Paramètres N total C total

Sources de variation C/N
statistiques (mg g-1) (mg g-1)

R² 0,995 0,624 0,998

Modèle F 478,920 3,794 965,156

Pr > F < 0,0001 0,013 < 0,0001

F 17,883 4,983 65,693

Origine
Pr > F < 0,0001 0,013 < 0,0001

Degré de maturité des F 3240,771 3,144 6314,537

feuilles 0,095
Pr > F < 0,0001 < 0,0001

Interaction origine* F 19,341 2,822 81,492

Degré de maturité des
feuilles Pr > F < 0,0001 0,072 < 0,0001

III-2-Flux de CO2 et perte de carbone des litières pendant la

décomposition

Le flux de CO2, exprimé en mg.g-1(sol).jour-1, est représenté par la figure 3. Juste après
l’incorporation des feuilles (étapes précoces de décomposition), nous avions noté un flux de
CO2 élevé dans tous les traitements par rapport au témoin (p<0,0001). Les résidus verts ont
entraîné des flux de CO2 plus élevés que les résidus jaunes de toutes les provenances à trois
jours après leur incorporation au sol. Au-delà de trois jours d’incubation ; il n’y avait plus de
différence entre les flux de CO2 dans les traitements avec incorporation de feuilles. Le flux de
CO2 à trois jours d’incubation a été corrélé positivement avec les teneurs initiales en azote des
litières (p<0,0001 ; R2=0,946) et corrélé négativement avec le rapport C/N (p=0,0003 ;
R2=0,90). A la fin de l’incubation (120 jours), les flux de CO2 n’étaient plus significativement
différents entre les sols amendés avec des feuilles et les sols témoins (p<0,0001).

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Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

0,30

0,25
C-CO2 flux (mg.g-1(sol).jour-1)

0,20 TZ1
TZ2
MB1
0,15 MB2
Ban1
Ban2
0,10 MOZ1
MOZ2
TEM

0,05

0,00
0 20 40 60 80 100 120
Jours

Figure 3 : Flux de CO2 en mg.g (sol) -[Link]-1 des sols amendés avec les feuilles de Jatropha des
provenances Tanzanie (TZ1 : vert ; TZ2 : jaune), Mozambique (MOZ1 : vert ; MOZ2 : jaune),
Banfadjiré (Ban1 : vert ; Ban2 : jaune) et Madiop Boye (MB1 : vert ; MB2 : jaune) et des sols
non amendés (TEM : Témoin).

Les données de perte de carbone des feuilles de Jatropha sur les sols ont été bien ajustées
au modèle de décomposition double exponentiel (Figures 4, 5, 6 et 7) avec des coefficients de
détermination variant entre 99% et 99,9% (Tableau 3). Le carbone labile de même que les
coefficients de décomposition k1 des feuilles n’ont pas été significativement différents entre
origines, mais significativement plus élevés avec les résidus verts qu’avec les résidus jaunes
(p <0,05).

Le carbone récalcitrant, lentement décomposé, a eu des coefficients de décomposition

k2 qui ont été globalement les mêmes dans tous les types de résidus de toutes les provenances
excepté la provenance Madiop Boye qui se différentiait légèrement de la provenance Tanzanie
(p=0,044) et celle de Mozambique (p=0,04). Les teneurs initiales en cellulose des feuilles ont
été corrélées négativement avec les taux de décomposition k1 (p <0,05 ; R2=0,707). Le
coefficient de décomposition k2 n’a été corrélé avec aucun paramètre chimique initial des
feuilles.

33
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

Tableau 3 : Paramètres du modèle de décomposition des feuilles avec k1, le taux de

décomposition du carbone labile et k2, le taux de décomposition du carbone récalcitrant des
résidus verts et jaunes (les écart-types sont mis entre parenthèse).
Degré de
maturité k2 Carbone
Provenances k1 (jour-1) Equations R2
des (jour-1) labile (%)
feuilles
0,23 0,001 29,39
Banfadjiré 𝐶𝑡 = 29,39𝑒 −0,23𝑡 + 70,61𝑒 −0,001𝑡 0,995
(0,019) (0,0002 (1,70)

0,24 0,002 29,99

Madiop Boye 𝐶𝑡 = 29,99𝑒 −0,24𝑡 + 70,01𝑒 −0,002𝑡 0,998
(0,001) (0,0002) (1,09)
Résidus
verts 0,25 0,001 26,67
Mozambique 𝐶𝑡 = 26,67𝑒 −0,25𝑡 + 73,33𝑒 −0,001𝑡 0,99
(0,009) (0,0002) (1,92)

0,25 0,002 29,77

Tanzanie 𝐶𝑡 = 29,77𝑒 −0,25𝑡 + 70,23𝑒 −0,002𝑡 0,997
(0,012) (0,0001) (1,65)

0,19 0,002 28,00

Banfadjiré 𝐶𝑡 = 28𝑒 −0,19𝑡 + 72𝑒 −0,002𝑡 0,999
(0,015) (0,0003) (0,43)

0,26 0,006 22,67

Madiop Boye 𝐶𝑡 = 22,67𝑒 −0,26𝑡 + 77,33𝑒 −0,006𝑡 0,991
(0,073) (0,005) (4,58)
Résidus
jaunes
0,18 0,001 27,80
Mozambique 𝐶𝑡 = 27,8𝑒 −0,18𝑡 + 72,2𝑒 −0,001𝑡 0,990
(0,008) (0,0002) (1,14)

0,19 0,001 27,26

Tanzanie 𝐶𝑡 = 27,26𝑒 −0,19𝑡 + 72,74𝑒 −0,001𝑡 0,998
(0,006) (0,0002) (0,47)

34
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

Banfadjiré
100
Perte de carbone (%)

75

50

25

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

valeurs observées-résidus verts valeurs observées-résidus sénescents

valeurs attendues-résidus verts valeurs attendues-résidus sénescents

Figure 4: Perte de carbone (%) des feuilles vertes et jaunes de la provenance Banfadjiré ; les points représentent les valeurs observées (les barres
sont les écart-types) et les lignes représentent les valeurs attendues par le modèle.

35
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

Madiop Boye
100
Perte de carbone (%)

75

50

25

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

valeurs attendues-résidus verts valeurs attendues-résidus sénescents

valeurs observées-résidus verts valeurs observées-résidus sénescents

Figure 5: Perte de carbone (%) des feuilles vertes et jaunes de la provenance Madiop Boye ; les points représentent les valeurs observées (les
barres sont les écart-types) et les lignes représentent les valeurs attendues par le modèle.

36
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

Mozambique
Perte de carbone (%) 100

75

50

25

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

valeurs observées-résidus verts valeurs attendues-résidus verts

valeurs observées-résidus sénescents valeurs attendues-résidus sénescents

Figure 6: Perte de carbone (%) des feuilles vertes et jaunes de la provenance Mozambique ; les points représentent les valeurs observées (les
barres sont les écart-types) et les lignes représentent les valeurs attendues par le modèle.

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Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

Tanzanie
100
Perte de carbone (%)

75

50

25

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

valeurs observées-résidus verts valeurs observées-résidus sénescents

valeurs attendues-résidus verts valeurs attendues-résidus sénescents

Figure 7: Perte de carbone (%) des feuilles vertes et jaunes de la provenance Tanzanie ; les points représentent les valeurs observées (les barres
sont les écart-types) et les lignes représentent les valeurs attendues par le modèle.

38
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

III-3-La minéralisation de l’azote

III-3-1-La Minéralisation nette de l’azote

La minéralisation nette de l’azote est représentée par la figure 8. A trois jours

d’incubation, nous avions observé une immobilisation de l’azote dans les traitements TZ1, TZ2
et MB2 ; les taux d’immobilisation ont été significativement (p<0,0001) plus élevés avec le
traitement MB2 (-16,5 µg (NO3- + NH4+) g-1 sol) qu’avec les traitements TZ1 et TZ2 qui n’ont
pas montré de différences significatives. Cependant, une minéralisation de l’azote a été
observée avec les autres traitements ; les valeurs les plus élevées significativement ont été
obtenues avec Ban1 (40,5 µg (NO3- + NH4+) g-1 sol) et Moz1 (34,2 µg (NO3- + NH4+) g-1 sol)
qui ont été significativement différentes (p<0,0001) et significativement différentes des autres
traitements.

A 28 jours d’incubation, le taux d’immobilisation a augmenté avec TZ2 qui passe de -

8,95 µg (NO3-+NH4+) g-1 sol d’azote à -28,8 µg (NO3-+NH4+) g-1 sol d’azote qui a été
significativement différent des taux observés avec les autres traitements entraînant une
immobilisation (MB1, MB2 et Ban2). Le Traitement Ban1 a entraîné les taux de minéralisation
les plus élevés significativement (36,6 µg (NO3-+NH4+) g-1 sol ; p<0,0001). Entre 28 jours et
56 jours d’incubation, nous avions observé une minéralisation de l’azote dans tous les
traitements à l’exception de TZ2 (-12 µg (NO3-+NH4+) g-1 sol).

Le Traitement Ban1 a montré les taux de minéralisation les plus élevés à 56 jours
(p<0.0001). Cependant, à 90 jours, une baisse de la minéralisation avec ce traitement a été
observé dont les teneurs en azote minéral sont passées de 37,6 µg (NO3-+NH4+) g-1 sol à 18,6
µg (NO3-+NH4+) g-1 sol. La minéralisation nette de l’azote à 90 jours a été corrélée négativement
avec la teneur initiale en lignine des feuilles (R2=0,54 ; p<0,05).

La minéralisation de l’azote induite par le traitement Ban1 a augmenté à 120 jours (40,4
µg (NO3-+NH4+) g-1 sol qui a été significativement différente de la minéralisation induite par
les autres traitements (p<0,0001). A 120 jours également nous avions observé des taux de
minéralisation de l’azote élevés avec TZ1 (28,3 µg (NO3-+NH4+) g-1 sol), mais une
immobilisation avec TZ2 (-22,5 µg (NO3-+NH4+) g-1 sol) et MB2 (-2,6 µg (NO3-+NH4+) g-1 sol)
a également été notée.

39
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

50 e
Azote minéral net ((µg.g (Sol)-1) f e f
f
40

g d
30 e
e
d f cc
20 cd c e TZ1
d c c
cd de bc TZ2
10 c cd
b c cd d
MB1
0
MB2
c bc b
-10 b b
Ban1
b b a Ban2
-20
a a a M0Z1
-30
a MOZ2
-40

3 28 56 90 120
Jour de sortie d'incubation

Figure 8 : Minéralisation nette de l'azote des sols amendés avec les feuilles de Jatropha des
différentes provenances (TZ=Tanzanie ; MOZ=Mozambique ; Ban=Banfadjiré ; MB=Madiop
Boye ; 1=feuilles vertes ; 2=feuilles jaunes ; pour chaque sortie d’incubation, les lettres
différentes indiquent des valeurs significativement différentes : p < 0,05).

III-3-2-La nitrification

La nitrification est représentée par la figure 9. A 3 jours d’incubation, une

immobilisation des nitrates a été observée avec les traitements TZ1, TZ2 et MB2 qui n’ont pas
montré de différences significatives (p<0,0001) ; alors que les autres traitements ont entraîné
une nitrification avec des valeurs significativement élevées avec les traitements Ban1 (26,8 µg
N-NO3- g-1 sol) et MOZ1 (23,2 µg N-NO3- g-1 sol).

Tout comme l’azote minéral net, l’immobilisation des nitrates à 28 jours d’incubation
a augmenté avec le traitement TZ2 avec des valeurs qui sont passées de -5,6 µg N-NO3- g-1 sol
(3 jours) à -21,8 µg N-NO3- g-1 sol et le traitement Ban1 a entraîné les taux de nitrification les
plus élevés (29,7 µg N-NO3- g-1 sol ; p<0,0001) suivi des traitements Moz1 (17,9 µg N-NO3- g-
1
sol) et MOZ2 (13,3 µg N-NO3- g-1 sol).

A 56 jours d’incubation, la même tendance que la minéralisation nette de l’azote a

également été observée avec la nitrification. En effet, tous les traitements à l’exception de TZ2
(-1,7 µg N-NO3- g-1 sol) ont entraîné une nitrification et les valeurs les plus élevées ont été

40
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

obtenues avec les feuilles de Banfadjiré (Ban1 : 34,8 µg N-NO3- g-1 sol et Ban2 : 28,7 µg N-
NO3- g-1 sol).

La même tendance observée à 56 jours a été notée à 90 et à 120 jours, cependant, la

nitrification a diminué avec tous les traitements à 90 jours et l’immobilisation des nitrates avec
le traitement TZ2 a augmenté au fur et à mesure (-11,2 µg N-NO3- g-1 sol à 90 jours et -15,1 µg
N-NO3- g-1 sol à 120 jours).

f
f
N-NO3- net mineralisé (µg.g-1 (Sol))

35,0 ef
e e
e de
d d d d d cd TZ1
d cd f ef
bc de TZ2
d bc
15,0 b cd MB1
b bc
c b bc b MB2
c
Ban1
bc Ban2
-5,0 a
bb M0Z1
a a a
a MOZ2
a
-25,0 a
3 28 56 90 120
Jour de sortie d'incubation

Figure 9 : Nitrification des sols amendés avec les feuilles de Jatropha des différentes
provenances (TZ=Tanzanie ; MOZ=Mozambique; Ban=Banfadjiré; MB=Madiop Boye ;
1=feuilles vertes ; 2=feuilles jaunes ; pour chaque sortie d’incubation, les lettres différentes
indiquent des valeurs significativement différentes : p < 0,05).

III-3-3-L’ammonification

L’ammonification est représentée par la figure 10. Au début de l’incubation (3 jours),

nous avions noté une immobilisation de l’ammonium avec les traitements TZ2 (-3,3 µg N-
NH4+ g-1 sol) et MB2 (-9,4 µg N-NH4+ g-1 sol) qui dont les valeurs ont été significativement
différentes. Par contre, les autres traitements ont entraîné une ammonification avec des valeurs
faibles avec les traitements TZ1 (0,9 µg N-NH4+ g-1 sol) et Ban2 (1,1 µg N-NH4+ g-1 sol).
Cependant, nous avons noté les valeurs les plus élevées significativement (p<0,0001) avec les
traitements Ban1 (13,8 µg N-NH4+ g-1 sol) et MOZ1 (11 µg N-NH4+ g-1 sol).

41
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

A partir de 28 jours, les traitements Ban2 (-6,1 µg N-NH4+ g-1 sol) et MOZ1 (-13,9 µg
N-NH4+ g-1 sol) ont commencé à entraîner une immobilisation de l’ammonium et un faible taux
d’ammonification a été observé avec MOZ2 (0,1 µg N-NH4+ g-1 sol). Les taux
d’ammonification les plus élevés ont été induits par les traitements TZ1 (9,7 µg N-NH4+ g-1
sol), Ban1 (6,9 µg N-NH4+ g-1 sol) et MB1 (3,1 µg N-NH4+ g-1 sol).

De 56 à 120 jours, seuls les traitements TZ1 et MB1 ont entraîné une ammonification
et pendant cette période, le traitement MOZ1 a induit les taux d’immobilisation les plus élevés
significativement (-20 µg N-NH4+ g-1 sol à 56 jours et -20,8 µg N-NH4+ g-1 sol à 90 et 120
jours ; p<0,0001).

20 d
d
15
N-NH4+ net mineralisé (µg.g -1(Sol))

e
10 e d
c d d
c de d
5 bc d cd
bc cd
0
TZ1
TZ2
-5 c bc bc
b bcd MB1
c bc bc
-10 b bc b MB2
bc bc b b
b b b
-15 a bc Ban1
Ban2
-20
M0Z1
-25 a MOZ2

-30 a a a
3 28 56 90 120
Jour de sortie d'incubation

Figure 10 : Ammonification des sols amendés avec les feuilles de Jatropha des différentes
provenances (TZ=Tanzanie ; MOZ=Mozambique ; Ban=Banfadjiré ; MB=Madiop Boye ;
1
=feuilles vertes ; 2=feuilles jaunes ; pour chaque sortie d’incubation, les lettres différentes
indiquent des valeurs significativement différentes : p < 0,05).

L’ammonification a été négativement corrélée (p<0,05) à la teneur en lignine à 28 jours

(R2=0,62), à 56 jours (R2=0,53) et à 90 jours (R2=0,62) alors qu’en début d’incubation (3 jours)
l’ammonification a été positivement corrélée à la teneur initiale en azote total des litières
(p<0,05 ; R2=0,53).

42
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

III-4-Structure des communautés bactériennes

L’analyse de la dynamique de la structure génétique bactérienne durant la

décomposition des feuilles de Jatropha par l’analyse des gels DGGE utilisant la méthode de
l’UPGMA (Unweighted Pair Group Method for Arithmetic average) a montré que les
communautés bactériennes étaient structurées en fonction du temps, mais pas en fonction des
provenances ni en fonction du type de résidu (Figure 11). En effet, le dendrogramme de
similarité généré a été subdivisé en groupe ou cluster en fonction du temps d’incubation. Sur
ce dendrogramme, les clusters I et II se distinguaient avec 72 % de similarité. Le cluster I a été
subdivisé en deux sous-clusters (76% de similarité) : le sous-cluster A qui regroupait les temps
d’incubations 0 et 3 jours et le sous cluster B était constitué des sorties 28 et 56 jours. Le
deuxième cluster regroupait les temps 90 et 120 jours d’incubation.

43
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

120 jours

Cluster II

90 jour

56 jours

Sous-cluster B

28 jours

Cluster I

3 jours

Sous-cluster A

0 jour

Figure 11 : Dendrogramme UPGMA des communautés bactériennes à 0, 3, 28, 56, 90 et 120

jours (Ban=Banfadjiré ; MB= Madiop Boye ; MOZ=Mozambique ; Ctrl=témoin ; TZ=Tanzanie
; 1=résidu vert et 2=résidu jaune).

44
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

III-5-Analyse en Composante Principale (ACP)

Pour l’analyse en composante principale, le plan factoriel composé des axes F1/F2 a été
retenu car expliquant 85,89 % de la variance (Figure 12). Cette ACP nous a montré que les
étapes avancées de la décomposition ont été caractérisées par une diversité de Shannon et un
cumul de CO2 élevés à l’exception du sol témoin. Ainsi, l’apport de feuilles de Jatropha au sol
a eu un impact positif sur la diversité bactérienne totale. La diversité de Shannon de même que
le cumul de CO2 ont été négativement corrélés avec le ratio C/N sur l’axe F1 (52,84%) de
l’analyse en composante principale. L’analyse en composante principale nous a également
montré que les teneurs en azote minéral des sols pendant la décomposition ont été négativement
corrélées avec le ratio C/N des sols sur l’axe F2 (33,05%).

Variables (axes F1 et F2 : 85.89 %) Observations (axes F1 et F2 : 85.89 %)

1
4
MOZ1-t3
0,75 AZOTE
MINERAL
3
MOZ1-t0
0,5
2
F2 (33.05 %)
F2 (33.05 %)

0,25 MOZ2-t3
MOZ2-t0
Ban2-t3 MOZ1-t28
Ban2-t0 MOZ1-t56 MOZ1-t90
0 1
TZ2-t0 MOZ2-t28 MOZ2-t90
TZ2-t3 Ban1-t3Ban2-t56
MB1-t0 MOZ2-t56
Diversité de ctrl-t3
-0,25 ctrl-t0
MB2-t0
Shannon 0 Ban1-t0 MB1-t3Ban2-t28
Ban1-t28
MB2-t56
MB1-t56
Ban1-t56
MB2-t3 Ban1-t90
-0,5 C/N Cumul de TZ1-t0 TZ2-t56 Ban2-t90
MB1-t90
TZ1-t3 TZ1-t90
CO2 ctrl-t56TZ1-t28
TZ1-t56
MB1-t28 Ban1-t120
TZ1-t120
-1 TZ2-t28 TZ2-t120 TZ2-t90
MB1-t120
-0,75 ctrl-t90 MB2-t90
MB2-t28
ctrl-t28 MB2-t120
-2
-1
-4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4
-1 -0,75 -0,5 -0,25 0 0,25 0,5 0,75 1
F1 (52.84 %)
F1 (52.84 %)

Figure 12: Analyse en composante principale des variables azote minéral, ratio C/N, le cumul
des dégagements de CO2 et la diversité de Shannon des différents traitements au cours du
temps.

IV-DISCUSSION

IV-1- Composition chimique des litières de Jatropha

Les teneurs en carbone, en azote et le ratio C/N varient en fonction de l’origine des
plantes de Jatropha, Lecerf et Chauvet (2008) ont montré une diversité intraspécifique des
caractéristiques des litières en fonction de leur origine géographique. Les teneurs en lignine, en
carbone et en azote des feuilles de Jatropha trouvées dans notre étude sont similaires à celles
trouvées chez différentes plantes dans les études de Hättenschwiler et al. (2008). Les teneurs

45
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

en lignine des feuilles vertes sont similaires aux teneurs en lignine de Jatropha des travaux de
Abugre et al. (2011) à l’exception des feuilles vertes de la provenance Mozambique. Cependant,
les études de Chaudhary et al. (2014) révèlent des teneurs en lignine de 5,48 %, des teneurs
faibles par rapport à notre étude. La diversité phénotypique des plants de Jatropha pourrait
expliquer les différences de composition chimique des litières de Jatropha. Les feuilles vertes
de Jatropha ont des compositions en azote plus élevées que les feuilles jaunes ; ceci résulte de
la résorption des nutriments contenus dans les feuilles avant l’abscission. La résorption, un
processus pendant laquelle les nutriments sont réabsorbés par la plante avant la chute des
feuilles (Wright et Westoby, 2003), semble dépendre de l’origine des plants de Jatropha. En
effet, chez cette plante qui perd toutes ses feuilles pendant la saison sèche ou quand la
pluviométrie est réduite, la résorption est plus accentuée avec la provenance exotique
Mozambique comparée aux provenances locales. Ce qui suggère une adaptation locale des
plantes aux divers climats (Ramírez-Valiente et al., 2010).

IV -2-Minéralisation du carbone et de l’azote

Nos données de minéralisation du carbone des feuilles de Jatropha dans les sols ont été
bien ajustées au modèle de décomposition double exponentiel. Ce modèle assume en moyenne
un taux de 28% de carbone labile et 72 % de carbone récalcitrant. Les vitesses de décomposition
du compartiment labile sont plus élevées que les vitesses de décomposition du compartiment
récalcitrant ; ce qui est en adéquation avec les cinétiques de décomposition des litières des
études de Patrício et al. (2012). La décomposition des composés récalcitrants joue un rôle
important dans le stockage de la matière organique. Les feuilles de Jatropha peuvent être
considérées comme étant des feuilles à décomposition lente avec 72 % de carbone récalcitrant.
Ainsi, la décomposition lente des litières des plantes natives peut augmenter le stockage du
carbone et améliorer la fertilité des sols (Vauramo et Setälä, 2011).

Dans cette présente étude, le taux de carbone labile des feuilles de même que leurs
coefficients de décomposition k1 ont été significativement plus élevés avec les résidus frais
qu’avec les résidus sénescents (p <0,05). De plus, les teneurs initiales en cellulose ont été
corrélées négativement avec les taux de décomposition k1 (p <0,05 ; R2=0,707). Ainsi, la
composition chimique des litières est le principal facteur expliquant les variations de
minéralisation du carbone de ces résidus de plantes (Cleveland et al., 2013). Dans plusieurs
études, cette décomposition des matières organiques a été négativement corrélée à la

46
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

composition en cellulose, hémicellulose, lignine et au ratio C/N (Madritch and Hunter, 2003 ;
Arriaga et Maya, 2007 ; Lecerf et Chauvet, 2008 ; Pascault et al., 2010 ; Beyaert et Paul
Voroney, 2011 ; Li et al., 2011 ; Allison, 2012 ; Bray et al., 2012). L’évolution de la
composition chimique des litières au cours des processus de transformation biochimique tout
comme leur composition chimique initiale influence la cinétique de décomposition du fait que
la décomposition des résidus organiques est proportionnelle à la quantité de résidu disponible
pour les microorganismes (Diack et al., 2000).

Dans notre étude, la minéralisation nette de l’azote montre la même tendance que la
nitrification ; ce qui est en adéquation avec les études de Azeez and Van Averbeke (2010). Cette
similarité entre la minéralisation de l’azote organique et la nitrification implique que
l’ammonium est rapidement transformé en nitrates (Azeez et Van Averbeke, 2010). Les teneurs
en ammonium des sols sont négativement corrélées (p<0,05) avec les teneurs en lignine des
feuilles à 28, 56 et 90 jours alors qu’en début d’incubation (3 jours) l’ammonification est
positivement corrélée à la teneur initiale en azote total des litières. Ceci suppose que
l’ammonification est sous le contrôle de la teneur en azote des feuilles de Jatropha dans les
étapes précoces de la décomposition alors que dans les étapes avancées de la décomposition,
l’ammonification est contrôlée par la teneur initiale des feuilles en lignine.

L’immobilisation de l’azote minéral pourrait s’expliquer par une utilisation de cette

forme minérale de l’azote par les communautés microbiennes et que l’azote est limitant dans le
milieu. Les phases de minéralisation correspondraient à une phase de décomposition de l’azote
organique par les communautés microbiennes ayant acquis l’énergie nécessaire pour pouvoir
fournir des enzymes impliquées dans la minéralisation de l’azote.

IV-3-Activité et structure des communautés microbiennes au cours

des processus de minéralisation

Notre étude montre une élévation du flux de CO2 durant les premières semaines
d’incubation de sols amendés avec les résidus de Jatropha ; cette augmentation du flux de CO2
des sols en réponse à l’apport de résidus organiques a été observée dans des études antérieures
(Sall et al., 2003 ; Dossa et al., 2009 ; Cleveland et al., 2013). L’augmentation du flux de CO2
suggère une augmentation de l’activité microbienne correspondant à l’utilisation des composés
facilement minéralisables contenus dans les litières (Esperschütz et al., 2013).

47
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

Dans les dernières étapes du processus de décomposition des litières, nous avions noté
une diminution de l’activité des communautés microbiennes due au fait que durant ces étapes,
ce sont les composés récalcitrants dont la décomposition est lente (Esperschütz et al., 2013) qui
sont présents dans les milieux.

La différence de composition chimique entre les feuilles fraîches et sénescentes n’ont

pas d’effets visibles sur la structure des communautés bactériennes étudiée par la DGGE.
Cependant, une structuration des communautés bactériennes au cours du temps a été observée.
Cette structuration au cours du temps s’expliquerait par l’influence de la modification de la
composition chimique des résidus au cours du processus de décomposition (Bray et al., 2012).

Les litières de Jatropha sont des litières à décomposition lente avec des teneurs en
lignine et des ratios C/N élevés. D’après Pfeiffer et al. (2013), les litières avec de faibles taux
de lignine et des ratios C/N bas, donc à décomposition rapide, impacteraient moins la
communauté bactérienne du sol que les litières à décomposition lente comme les litières de
Jatropha. D'où l’importance de ces résidus de Jatropha sur la composition des communautés
bactériennes des sols.

V-Conclusion
L’origine des plants de Jatropha et le type de résidu (frais ou sénescent) ont un effet
significatif sur la teneur en azote et sur le ratio C/N des feuilles. Quelle que soit l’origine des
plantes, les résidus verts (frais) présentent des teneurs en azote élevées et des rapports C/N
faibles par rapport aux résidus sénescents. L’incorporation de ces feuilles de Jatropha au sol
entraîne une augmentation de l’activité microbienne ; une activité plus élevée avec les feuilles
fraîches jusqu’à trois jours d’incubation au laboratoire. Jatropha curcas L. est une plante qui
modifie la structure des communautés bactériennes du sol à travers sa litière foliaire avec une
dynamique de la structure génétique bactérienne au cours de la décomposition de cette litière
de Jatropha. Cet apport de feuilles de Jatropha au sol a un impact positif sur la diversité
bactérienne totale. Le modèle de décomposition double exponentiel est bien ajusté à nos
données de minéralisation du carbone des feuilles de Jatropha en conditions contrôlées. Ce
modèle indique que les pourcentages de carbone récalcitrant des litières de Jatropha varient
entre 70,01% et 73,33% du carbone total pour les feuilles fraîches et entre 72% et 77,33% pour
les feuilles sénescentes. Ainsi, à long terme, une accumulation du carbone dans les sols est

48
Chapitre 2: Influence des litières foliaires de Jatropha curcas L. sur la minéralisation du carbone et de l’azote et sur la
dynamique des communautés bactériennes des sols en conditions contrôlées

observée montrant ainsi l’importance des résidus foliaires de Jatropha dans le stockage du
carbone dans les sols.

49
Chapitre III : Structure et activité des communautés
microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha
curcas L. au champ
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Chapitre III : Structure et activité des communautés

microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au
champ

I-Introduction
Les agrocarburants continuent de susciter l’intérêt de certains acteurs en Afrique pour
l’amélioration des secteurs énergétique et agricole. La plante productrice de biocarburant,
Jatropha curcas L. (JCL), en tant que culture génératrice de revenus, pourrait constituer un
atout supplémentaire pour l’amélioration de la sécurité économique des ménages (Bruggeman
et al., 2010). Jatropha curcas est une plante qui peut être utilisée comme biocarburant tout en
offrant des bénéfices liés à une afforestation de zones dont le couvert végétal est fortement
dégradé voire offrir des possibilités de séquestration du carbone (Srivastava et al., 2014). Dans
la zone soudano-sahélienne Ouest africaine, JCL est traditionnellement présent dans les
villages, implanté sous forme de haies vives protégeant ainsi les champs et utilisé
principalement pour des vertus médicinales (Diédhiou et al., 2012). De plus, Jatropha curcas
est souvent cultivé en association avec les cultures du mil, du maïs, du sorgho, de l’arachide et
du niébé (Diédhiou et al., 2012).

La culture de Jatropha entraîne une augmentation de la biomasse microbienne du sol

(Singh et al., 2013 ; Srivastava et al., 2014). L’augmentation de la biomasse microbienne du
sol par la culture d’une plante est due à la disponibilité des nutriments dans la rhizosphère de
cette plante favorable à la croissance de ces communautés microbiennes (Srivastava et al.,
2014). Cette disponibilité des nutriments, plus précisément du carbone dans les sols, est liée à
une augmentation de l’activité enzymatique de la béta-glucosidase des sols (Lagomarsino et
al., 2009 ; Moscatelli et al., 2012 ; Chaudhary et al., 2015). Les études de Singh et al. (2013)
ont montré une augmentation de l’activité enzymatique de la béta-glucosidase et de la protéase
qui sont respectivement impliquées dans les cycles du carbone et de l’azote avec la culture de
Jatropha. L’activité enzymatique de la phosphatase acide (cycle du phosphore) et l’activité
respiratoire microbienne (respiration basale) sont significativement élevées dans les sols
cultivés par rapport aux sols non cultivés (Brzostek et al., 2013).

L’activité enzymatique extracellulaire, un paramètre étroitement lié aux propriétés

physiques du sol et à sa teneur en matière organique de même qu’à l’activité et à la biomasse

50
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

microbienne, constitue un bon indicateur biologique de la qualité des sols (Moscatelli et al.,
2012). Les activités enzymatiques de la béta-glucosidase, de la phosphatase acide et de l’uréase
(cycle de l’azote) font partie d’une large gamme d’activités enzymatiques donnant des
indications rapides sur les changements de fertilité du sol (Caravaca et al., 2005).

Plusieurs études ont été menées sur l’impact de Jatropha sur les communautés
microbiennes et les caractéristiques des sols (Ogunwole et al., 2008 ; Chaudhary et al., 2011,
2012, 2015 ; Wani et al., 2012 ; Dieng et al., 2014, 2015 ; Srivastava et al., 2014), sur sa
diversité génétique (Ndir et al., 2013 ; Ouattara et al., 2014) et phénotypique (Diédhiou et al.,
2012) de provenances locales et exotiques au Sénégal ; mais à notre connaissance peu d’études
se sont intéressées à l’influence de la diversité des plants de Jatropha sur la diversité des
microorganismes et sur les propriétés chimiques du sol.

Les communautés microbiennes des sols jouent un rôle d’une importance capitale dans
le maintien des fonctions du sol et contribuent à la formation de sa structure, à la décomposition
des résidus organiques et à la disponibilité des éléments minéraux pour les plantes (Paterson,
2003 ; Chaudhary et al., 2015). Ces communautés microbiennes jouent ainsi un rôle important
dans la dynamique du carbone (Srivastava et al., 2012) et de l’azote (Yang et al., 2013), mais
aussi dans la qualité des sols ainsi que dans la productivité des plantes (Hill et al., 2000).

Dès lors qu’il existe une grande variabilité phénotypique entre les populations de J.
curcas au Sénégal (Diédhiou et al., 2012), il serait donc nécessaire de déterminer l’influence
de la diversité des plants de Jatropha et de l’introduction de plantes exotiques sur le
fonctionnement des sols.

Ainsi, nous avons comme objectif d’étudier la biomasse, l’activité et la structure des
communautés microbiennes des sols ainsi que les paramètres chimiques de ces mêmes sols sous
la culture de six provenances de Jatropha dont trois locales et trois exotiques, mais aussi des
systèmes de culture de Jatropha en association avec la culture du mil dans des plantations
expérimentales implantées dans la région de Kaffrine sur le site pilote du projet Jatropha-UA.

II-Matériel et méthodes

II-1-Site d’étude et échantillonnage

Les échantillons de sols utilisés proviennent du village de Ngoui (13°59'44.07"N ;

51
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

15°35'52.15"O ; Figure 13) dans la région de Kaffrine. Le sol est de type ferrugineux tropical
léssivé (Lixisol) selon la classification de la FAO (Khouma, 2002). Sur ce site de plantation
expérimentale de Jatropha, deux principales parcelles ont été choisies ; la granulométrie des
sols est représentée dans le tableau 4. La première parcelle est une plantation expérimentale,
dite parcelle « association », avec différents facteurs étudiés dont les modalités sont réparties
aléatoirement dans des blocs de culture avec des écartements de 4mx4m. On distingue ainsi un
traitement de Jatropha pure (JAP), un traitement avec une association Jatropha-mil (JAM) et
enfin un traitement de culture pure de mil. Pour chaque traitement, le sol rhizosphérique de
trois pieds de plants a été prélevé aléatoirement à l’horizon 0-20 cm. La deuxième parcelle est
une plantation expérimentale, dite parcelle « provenance » constituée de la culture de Jatropha
provenant de différentes origines géographiques avec des écartements de 3mx3m. Nous avions
trois provenances locales : Kamonghone, Fois 1 et Lompoul et trois provenances exotiques
(Inde, Mozambique et Tanzanie). Pour chaque provenance, le sol rhizosphérique (horizon 0-20
cm) de trois plants a été prélevé. Dans chaque parcelle, un sol nu non cultivé a été prélevé
comme sol témoin. Les sols ont ensuite été séchés au laboratoire à l’air libre puis tamisés à 2
mm avant toute expérimentation et analyse. Une aliquote de tous les échantillons de sol a été
gardée à -20°C en attendant les analyses moléculaires.

La teneur en huile et les autres caractéristiques des graines des provenances de Jatropha ont
été décrites dans les travaux de Ndir et al. (2013) et de Diédhiou et al. (2016) et les autres
paramètres morphologiques sont reportés dans le tableau 5.

Tableau 4 : Granulométrie des sols des parcelles « association » et « provenance »

Limons % sables %
Parcelles argiles % Total (%)
limons limons sables
sables fins
fins grossiers grossiers

Parcelle
7,47 2,37 11,10 45,50 32,13 98,57
Association

Parcelle
4,77 1,17 7 39,67 47,17 99,77
Provenance

La granulométrie des sols a été déterminée au LAMA (Laboratoire des Moyens Analytiques ; US 122
de l’IRD Dakar, certifié ISO 9001) par la méthode de Robinson (Aubert et al., 1954).

52
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Figure 13: Localisation du site d'étude (Village de Ngoui de la région de Kaffrine)

Tableau 5: Paramètres morphologiques des différentes provenances de Jatropha à 27 mois après

levée (24 mois après transplantation à Ngoui)

Nombre de
Diamètre du Diamètre du
Provenances collet (mm) houppier (cm)
Hauteur (cm) branches par
pied

LOMPOUL 81,30 a 180,29 a 152,35 a 13,51a

KAMONGHONE 74,19 a 134,15 ab 133,75 ab 10,98 a

FOIS 1 77,75 a 171,06 ab 141,50 ab 12,83 a

INDE 73,01 a 149,82 ab 132,75 ab 11,24 a

MOZAMBIQUE 77,42 a 161,23 ab 140,75 ab 11,79 a

TANZANIE 69,44 a 105,73 b 125,37 b 9,16 a

53
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

II-2-Analyse physico-chimique des sols

La détermination des teneurs en carbone total, en azote (total et minéral) et en phosphore

total et de la texture des sols a été effectuée au LAMA (Laboratoire des Moyens Analytiques ;
US 122 de l’IRD Dakar, certifié ISO 9001) avec les mêmes protocoles utilisés dans le chapitre
2. Le pH du sol a également été mesuré selon le ratio 1:2,5 (p:v) à l’aide du pH-mètre (Mettler
Toledo, 320).

II-3-Détermination de la biomasse microbienne

La biomasse microbienne a été déterminée par la méthode de fumigation-extraction

(Amato and Ladd, 1988). Cette méthode repose sur le dosage colorimétrique de l’azote α-aminé
des parois microbiennes libéré après lyse cellulaire. Le sol a été incubé pendant 10 jours dans
une atmosphère saturée en chloroforme (fumigation). L’azote α-aminé du sol, avant et après
incubation, a été extrait dans une solution de KCl 1M selon la méthode de Bremner (1965) puis
dosé par colorimétrie. La réaction colorimétrique est basée sur la formation d’un composé de
couleur pourpre qui apparaît lorsque l’azote est mis en présence de réactifs à la ninhydrine. La
lecture de la densité optique du produit a été effectuée à 570 nm à l’aide d’un spectromètre
(SpectrAA 220FS, Varian Inc., Buc, France). La biomasse est exprimée en μg C g-1 de sol sec
en multipliant par un facteur de 21 la différence de concentration en azote α-aminé d’un
échantillon de sol avant et après les 10 jours de fumigation (Amato and Ladd, 1988).

II-4-La Respiration basale

Pour l’étude de l’activité respiratoire microbienne, les échantillons de sol ont été
introduits dans des flacons à plasma et humidifiés à 80% de leur capacité de rétention au champ.
Les flacons contenant les échantillons de sol ont été par la suite scellés et incubés à 28°C
pendant 15 jours. Le CO2 libéré par l’activité respiratoire microbienne a été mesuré pour chaque
échantillon régulièrement par prélèvement de l’air ambiant des flacons à plasma puis injection
directe dans un chromatographe en phase gazeuse de type SRA Analytical Instruments (MTI
P200 Microsensor Technology Inc., Fremont, CA, USA) équipé d’un détecteur à thermo-
conductibilité (TCD) et d’une colonne Poraplot. Les résultats ont été exprimés en μg CO2 jour
−1 g sol−1.

54
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

II-5-Mesure des activités enzymatiques des microorganismes des

sols

II-5-1- Dosage de l’activité de la béta-glucosidase

L’activité de la béta-glucosidase (béta-glu) a été dosée à partir de la méthode

colorimétrique décrite par Hayano (1973) modifiée. La réaction enzymatique produit du para-
nitrophénol (de couleur jaune en milieu alcalin) dont la concentration en solution est
proportionnelle à l’activité de l’enzyme. Les essais ont été constitués de 100 mg de sol frais,
0,1 ml de tampon citrate de phosphate à pH 5,8 et 100 μl de para-nitrophenyl β D-
Glucopyranoside (p-NPG : concentration 5 mM ; Sigma) mélangés dans des tubes puis mis en
incubation sous agitation, à 37°C pendant 2 h. La réaction a ensuite été stoppée par
alcalinisation du milieu en ajoutant 3 ml de carbonate de sodium (0,2 M Na2CO3). Puis, le
mélange a été centrifugé à 10 000 rpm pendant 5 minutes. La densité optique du surnageant a
par la suite été mesurée au spectrophotomètre (Thermo Scientific, GENESYS 20) à une
longueur d’onde de 400 nm. Pour chaque échantillon de sol, la concentration moyenne en para-
nitrophénol de trois répétitions de l’essai est soustraite de celles du témoin et du blanc.
L’activité de la β-glucosidase a été exprimée en μg p-NP g(sol)-1h-1 après étalonnage du
spectromètre à partir d’une solution de concentration connue en p-NPG.

II-5-2-Dosage de l’activité de la phosphatase acide

L’activité de la phosphatase acide a été mesurée en incubant 100 mg de sol pendant 1h

à 37°C avec 100 µl de para-nitrophenyl phosphate (p-NPP) et 400 μl de tampon citrate de
phosphate (Mac Ilvain) à pH 5,8 (Tabatabai and Bremner, 1969). La réaction a été arrêtée par
alcalinisation du milieu avec 400 µl de NaOH et 100 μl de CaCl2. Le CaCl2 permet de
complexer les substances humiques qui sont présentes dans le milieu réactionnel. Le NaOH
permet de rendre le milieu basique afin d’obtenir la coloration jaune correspondant à la
libération du para-nitrophenol. Ensuite, la densité optique a été mesurée au spectrophotomètre
(Thermo Scientific, GENESYS 20) à la longueur d’onde de 400 nm. Les résultats ont été
exprimés en µg p-NP g(sol)-1 h-1 après étalonnage du spectromètre à partir d’une solution de
concentration connue en p-NPP.

II-5-3-Dosage de l’activité de l’Uréase

L’activité enzymatique de l’Uréase a été mesurée par la méthode de Kandeler et Gerber

(1988). Les essais ont été constitués de 1 g de sol mélangé avec 1,4 ml de tampon phosphate à
55
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

pH 7 et 100 μl d’urée (de concentration 1,2 M). Les tubes ont été agités pendant 2 h à 37°C. La
réaction a été arrêtée par alcalinisation, en ajoutant 3 ml de chlorure de potassium 2 M. Ensuite,
les tubes ont été à nouveau agités pendant 30 minutes à la température ambiante puis centrifugés
à 10 000 rpm pendant 5 min. La coloration due à la présence du produit de la réaction
enzymatique a été révélée en ajoutant à 1 ml du surnageant, 9 ml d’eau déminéralisée, 5 ml
d’un mélange de salycilate de sodium et de nitroprussiate de sodium (1,06 M) et 2 ml d’une
solution de dichloroisocyanurate de sodium (39,1 M). Ce mélange a été agité pendant 30 min
et enfin la densité optique a été mesurée à 660 nm à l’aide d’un spectromètre (Thermo Scientific,
GENESYS 20). Les résultats ont été exprimés en μg N-NH4+g(sol)-1h-1 après étalonnage du
spectromètre à partir d’une solution de concentration connue en NH4+.

II-6-Etude de la structure des communautés microbiennes de la

rhizosphère de Jatropha

II-6-1- Extraction d’ADN

L’ADN de chaque échantillon de sol a été extrait, une extraction réalisée à partir de 0,25
g de sol avec le kit « Fast spin SpinTM kit for soil » (MP biomedicals, Santa Ana, CA, États-
Unis). Les extraits ont été purifiés par ajout de 500 μl de guanidine thiocyanate 5,5 M.

II-6-2-Amplification d’ADN ou réaction de polymérisation en chaine

(PCR)

Toutes les réactions de polymérisation en chaine (PCR) ont été effectuées à l’aide du
thermocycleur Gene AmpR PCR system 9700 (Applied, biosystem, Courtboeuf, France). Les
amorces (couple d’amorces) utilisées sont reportées dans le tableau 6.

Les produits issus des amplifications ont été contrôlés en faisant migrer 3 μl dans un gel
d’agarose à 2 % (p/v) à 100 V pendant 30 minutes. Le gel a ensuite été coloré dans du bromure
d’éthidium (BET ; 1 mg.L-1) pendant 30 min puis rincé dans de l’eau déminéralisée pendant 10
min avant d’être photographié grâce à la chambre à UV à l’aide du logiciel BIO-Capt™.

II-6-2-1 Etude de la structure de la communauté bactérienne totale

L’amplification par PCR de la région V3 (16S) a été effectuée en utilisant un couple

d’amorces universel : 338f flanquée d'une queue poly-GC (GC « clamp ») et 518r décrites par
Muyzer et al. (1993). Ces amorces produisent des amplicons de 220 paires de bases. Le mélange

56
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

réactionnel de 25 µl était composé de 5 ng d’ADN, 1 µM de chaque amorce et de la Taq

polymérase Ready- to-go (PuRe taqTM Ready- to-goTM). La Taq se présente sous forme de
bille lyophilisée composée de l’ADN polymérase 2,5U ; dNTP 200 μM ; Tris-HCl 10 mM à pH
9 ; KCl 50 mM ; MgCl2 1,5 mM et de BSA. Les amplifications ont été effectuées avec les cycles
thermiques suivants : dénaturation à 94° C pendant 2 min suivie de 20 cycles : 94°C pendant
30 s, 65°C pendant 30 s avec une diminution de la température d’hybridation de 0,5°C à chaque
cycle (PCR ‘Touchdown’) suivie d’une élongation à 72°C pendant 1 min et de 10 cycles : 94°C
pendant 30 s, 55°C pendant 30 s, 72°C pendant 1 min et d’une élongation finale à 72°C pendant
15 min.

II-6-2-2-Etude de la structure de la communauté fongique

Pour l’étude de la structure de la communaté fongique, la région ITS a été amplifiée par
la méthode de la PCR emboitée (Nested PCR). La première PCR utilise les amorces ITS1F et
ITS4 décrites respectivement par Gardes et Bruns (1993) et White et al. (1990). Dans le
mélange réactionnel de 25 μl, 1 μM de chaque amorce, la Taq polymérase Ready- to-go (PuRe
taqTM Ready- to-goTM) et 5 ng d’ADN ont été utilisés. L’amplification a été réalisée avec les
cycles thermiques suivants: une dénaturation initiale à 95°C pendant 5 min, suivie de 30 cycles
caractérisés par une dénaturation à 95°C pendant 30s, une hybridation à 55°C pendant 30s et
d’une élongation à 72°C pendant 1 min. Le cycle thermique est terminé par une élongation
finale à 72°C pendant 10 min. Ces produits d’amplification ont servi de matrice (dilués au
500ème) pour la deuxième PCR. La deuxième amplification s’est effectuée avec les amorces
ITS1F-GC et ITS2 décrites respectivement par Gardes et Bruns (1993) et White et al. (1990).
Les conditions de la seconde PCR ont été identiques à celles de la première réaction
d’amplification.

II-6-2-3 Etude de la structure des communautés nitrifiantes avec le gène CTO

Le gène CTO a été amplifié par la méthode de la PCR emboitée. La première

amplification cible la communauté bactérienne totale avec le couple d’amorces fd1/rd1 décrit
par Weisburg et al. (1991) qui amplifie le gène 16S (1600 paires de bases). Le mélange
réactionnel de 25 µl était composé de 5 ng d’ADN, 0,5 µM de chaque amorce et de la Taq
polymérase Ready- to-go (PuRe taqTM Ready- to-goTM). Les cycles thermiques suivants ont
été appliqués : dénaturation à 94° C pendant 2 min suivie de 20 cycles à 94°C pendant 30 s,
55°C pendant 30 s et 72°C pendant 1 min et d’une élongation finale à 72°C pendant 15 min.

57
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Les produits de la première PCR ont servi de matrice (dilués au 200ème) pour la seconde
PCR avec le couple d’amorces spécifiques : CTO189f-GC et CTO654r décrit par Kowalchuk
et al. (1997) donnant des fragments d’environ 465 paires de bases avec les cycles thermiques
suivants : dénaturation à 94° C pendant 2 min suivie de 20 cycles à 94°C pendant 30 s, 57°C
pendant 30 s et 72°C pendant 1 min et d’une élongation finale à 72°C pendant 15 min.

II-6-2-4-Etude de la structure des communautés dénitrifiantes avec le gène

NirK

La structure des communautés dénitrifiantes a été étudiée grâce au gène NirK, amplifié
par le couple d’amorce R3Cu-GC et F1aCu décrit par Throbäck et al. (2004). Le mélange
réactionnel de 25 µl était composé de 5 ng d’ADN, de 0,8 µM de chaque amorce et de la Taq
polymérase Ready- to-go (PuRe taqTM Ready- to-goTM). Les cycles thermiques suivants ont
été appliqués : dénaturation initiale à 94°C pendant 2 mn suivie de 10 cycles à 94°C pendant
30 s, 62°C pendant 30 s avec une diminution de la température d’hybridation de 0,5°C à chaque
cycle (PCR ‘Touchdown’) et 72°C pendant 45 s suivie de 25 cycles : 94°C pendant 30 s, 57°C
pendant 30 s, 72°C pendant 45 s et d’une élongation finale à 72°C pendant 15 min.

II-6-2-5-Etude de la structure des communautés diazotrophiques ou

fixatrices d’azote.

La structure des communautés fixatrices d’azote atmosphérique ou diazotrophes a été

étudiée en ciblant le gène nifH par une méthode de PCR emboitée. La première amplification
qui utilise le couple d’amorces FGPH19/PolR décrit par Poly et al. (2001) donne des amplifiâts
de 429pb. Pour chaque amorce 0,5 µM ont été utilisés et 0,5 µl de BSA dans le mélange
réactionnel de 25 µl avec la Taq polymérase Ready- to-go (PuRe taqTM Ready- to-goTM). Les
cycles thermiques suivants ont été appliqués : dénaturation à 94° C pendant 5 mn suivie de 10
cycles à 94°C pendant 1 mn, 55°C pendant 1 mn et 72°C pendant 2 mn et enfin d’une élongation
finale à 72°C pendant 15 min. Les produits PCR ont servi de matrice (dilués au 100ème) pour la
seconde PCR. Cette seconde PCR utilise les amorces AQER/PolF (clampée d’une queue poly-
GC) décrites respectivement par Simonet et al. (1991) et Poly et al. (2001) donnant des produits
PCR de 320 pb. Le mélange réactionnel de 25 µl était composé de 5 ng d’ADN, 0,5 µM de
chaque amorce et de la Taq polymérase Ready- to-go (PuRe taqTM Ready- to-goTM). Les
amplifications ont été effectuées avec les cycles thermiques suivants : une dénaturation à 94° C
pendant 5 mn suivie de 10 cycles à 94°C pendant 1 mn, 57°C pendant 1 mn, 72°C pendant 2
mn et d’une élongation finale à 72°C pendant 15 min.

58
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Tableau 6 : Description des amorces utilisées dans les réactions de polymérisation en chaine.

Taille de
Amorces Séquences Gènes Références
l’amplifiât

Queue poly 5’-

Muyzer et al.
GC ou GC- CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGG
(1993)
Clamp GCGGGGGCACGGGGGG -3’

5’-Clamp- CCTACGGGAGGCAGCAG -
338f-GC
3’
Muyzer et al.
16S (V3) 220pb
(1993)
518r 5’-ATTACCGCGGCTGCTGG- 3’

Gardes et Bruns
ITS1 f 5’CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3’
(1993)
ITS1, 5,8S,
650pb
ITS2
White et al.
ITS4 5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’
(1990)

5’-Clamp- Gardes et Bruns

ITS1f-GC
CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3’ (1993)
ITS1 350pb

White et al.
ITS2 5’-GCTGCGTTCTTCATCGATGC-3’
(1990)

5’-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’
fd1
Weisburg et al.
16S 1600pb
5’- (1991)
rd1 AAGCTTAAGGAGGTGATCCAGCC-
3’

CTO189f- 5’-clamp-
GC GGAGRAAAGYAGGGGATCG-3’
Kowalchuk et al.
CTO 465pb
(1997)
CTO 654r CTAGCYTTGTAGTTTCAAACG-3’

5’Clamp-
R3Cu-GC
GCCTCGATCAGRTTGTGGTT-3’
Throbäck et al.
nirK 472 pb
(2004).
F1aCu 5'-ATCATGGTSCTGCCGCG- 3'

59
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Taille de
Amorces Séquences Gène Référence
l’amplifiât

FGPH19 5'-TAC GGC AAR GGT GGN ATH G-3'

nifH 429pb Poly et al. (2001)

PolR 5'-ATS GCC ATC ATY TCR CCG GA3'

5'-Clamp-GTG CGA YCC SAA RGC

PolF-GC Poly et al. (2001)
BGA CTC-3’
NifH 320pb
Simonet et al.
AQER 5'-GAC GAT GTA GAT YTC CTG-3’
(1991)

II-6-3-La migration sur gel à gradient dénaturant (DGGE)

Les produits PCR ont été séparés en utilisant une électrophorèse en gradient de
dénaturation (DGGE) avec le même protocole utilisé dans le chapitre 2. Les gradients de
dénaturation utilisés sont : 45-70% pour les gènes 16S (V3), CTO, nirK et nifH et 22-58% de
dénaturant pour les champignons (ITS).

La structure des communautés microbiennes a été mise en évidence à travers l’analyse

des gels DGGE à l’aide du logiciel d’analyse de gel Phoretix 1D v10. 2009. Les dendrogrammes
de similarité ont été construits en utilisant la méthode de l’algorithme d’UPGMA (Unweighted
Pair-Group Method Algorithm). La diversité structurale des communautés microbiennes a été
estimée en calculant l’indice de diversité de Shannon H pour chaque profil DGGE.

II-7-Analyses statistiques

Une ANOVA à un facteur a été réalisée pour comparer les variables chimiques et
biologiques des sols des systèmes de culture de Jatropha en association avec le mil et de la
culture de différentes provenances. Le test de Fisher à 95% a ensuite été réalisé pour classer les
moyennes. Toutes les corrélations effectuées dans cette étude ont été réalisées avec le test de
corrélation de Pearson à 95%. Toutes les analyses statistiques ont été effectuées grâce au
logiciel XLStat-Pro (2011.2.04 AddinSoft).

60
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

III-Résultats

III-1-Caractérisation des sols cultivés avec différentes provenances

de Jatropha

III-1-1- Caractéristiques chimiques et biomasse microbienne des sols

Les caractéristiques chimiques des sols, la biomasse microbienne et la respiration basale

sont reportées dans le tableau 7. Les sols cultivés avec les provenances Lompoul, Kamonghone,
Fois 1 et Tanzanie de Jatropha ont présenté des teneurs en azote supérieures aux sols non
cultivés alors que les provenances exotiques Inde et Mozambique n’ont pas entraîné
statistiquement d’amélioration de ces caractéristiques. Les sols rhizosphériques de la
provenance Lompoul avec ceux de Mozambique et de Kamonghone ont présenté les teneurs en
phosphore les plus élevées (p=0,001). La culture de Jatropha (l’ensemble des provenances) a
entraîné une augmentation du pH des sols (p=0,007) dans cette présente étude.

La teneur en phosphore a été positivement corrélée avec les teneurs en ammoniums (p<
0,05 ; R2=0,74) et en nitrates (p<0,05 ; R2=0,76); cette teneur en nitrates a été corrélée
positivement avec la teneur en ammoniums (p<0,05 ; R2=0,69) et avec la biomasse microbienne
(p<0,05 ; R2=0,75).

61
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Tableau 7 : Caractéristiques chimiques et biologiques des sols de la rhizosphère des différentes provenances de Jatropha.

Azote total Carbone total Phosphore NH4+ NO3- Biomasse

Respiration basale
Provenances (g / kg) (g / kg)
C/ N
( mg/kg) (µg N g sol-1) (µg N g sol-1) microbienne (µg CO2 jour-1 g sol-1)
pHeau
(µg C g sol-1)

LOMPOUL 0,47 c 5,27 b 11,244 a 159 cd 2,37 bc 7,85 d 10,39 b 39,279c 6,79 b

KAMOGHONE 0,35 bc 4,06 b 11,514 ab 117,5 bc 1,47 ab 1,87 ab 2,36 a 19,219b 6,87 b

FOIS 1 0,36 bc 4,20 b 11,772 ab 64 a 1,67 ab 2,00 ab 3,62 a 22,798b 6,77 b

TANZANIE 0,35 bc 4,09 b 11,592 ab 87,5 ab 2,2 abc 2,45 b 5,065 a 21,991b 6,55 b

INDE 0,32 ab 3,81 ab 11,790 ab 77 ab 1,367 ab 1,533 ab 3.82 a 17,105b 6,65 b

MOZAMBIQUE 0,30 ab 3,75 ab 12,176 ab 196 d 3,17 c 4,70c 4,55 a 19,039b 6,80 b

TEMOIN 0,20 a 2,41 a 12,275 b 46,333 a 1,200 a 0,60 a 2,170 a 9,588a 5,76 a

Pr > F 0,024 0,076 0,344 0,001 0,017 <0,0001 0,005 0,000 0,007

Significatif Oui Non Non Oui Oui Oui Oui Oui Oui

62
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

III-1-2-Les activités microbiennes

III-1-2-1-Respiration basale

Les activités respiratoires des sols cultivés avec les provenances Fois 1, Kamonghone,
Lompoul, Inde, Mozambique et Tanzanie de Jatropha curcas L. et des sols non cultivés
(témoin) sont représentées dans le tableau 7. Les sols rhizosphériques des différentes
provenances de Jatropha ont eu des activités respiratoires significativement plus élevées que
celles des sols non rhizosphériques. Les sols rhizosphériques de la provenance Lompoul ont
présenté les activités les plus élevées (39,28 µg CO2 jour-1 g sol-1). Alors que les sols sous
culture des autres provenances n’ont pas eu d’activités respiratoires rhizosphériques différentes.

III-1-2-2-Activité enzymatique

Les mesures des activités enzymatiques ont montré que celles de la béta-glucosidase et
de la phosphatase acide (Tableau 8) ont été significativement plus élevées dans les sols
rhizosphériques que dans les sols non rhizosphériques (p<0,05). Cependant, les activités
enzymatiques de l’uréase des sols rhizosphériques des provenances Fois 1 et Mozambique ont
été plus faibles que celles des sols témoins (p<0,05). Ces sols témoins ont eu des activités
enzymatiques de l’uréase qui n’ont pas été significativement différentes de celles des sols
rhizosphériques des provenances Kamonghone, Inde et Tanzanie. Les sols rhizosphériques de
la provenance Lompoul de Jatropha ont eu les activités enzymatiques de la béta-glu, de la
phosphatase acide et de l’uréase les plus élevées (55,38 μg p-NP g(sol)-1h-1, 47,22 μg p-NP
g(sol)-1h-1 et 194,319 µg N-NH4+ g-1 h-1 respectivement).

L’activité enzymatique de la béta-glucosidase a été corrélée positivement avec la teneur

en azote du sol (p<0,0001 ; R2=0,98), avec la teneur en carbone (p<0,0001 ; R2=0,98), avec la
biomasse microbienne (p<0,05 ; R2=0,69) et à l’activité de la phosphatase acide (p<0,01 ;
R2=0,84). Cette activité de la béta-glucosidase a été négativement corrélée avec le rapport C/N
(p<0,05 ; R2=0,8). L’activité enzymatique de la phosphatase acide des sols a également été
corrélée positivement avec la teneur en azote (p<0,05 ; R2 =0,75), avec la teneur en carbone
(p<0,01 ; R2 =0,82), avec la biomasse microbienne (p<0,01 ; R2=0,85), mais aussi avec les
teneurs en nitrates (p<0,05 ; R2=0,67).

63
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Tableau 8 : Activités enzymatiques de la Béta-glucosidase, de la Phosphatase acide et de

l'Uréase de la rhizosphère des différentes provenances de Jatropha.

Béta-Glucosidase Phosphatase acide Uréase

Origine
(µg p-PN g(sol)-1 h-1) (µg p-PN g(sol)-1 h-1) (µg N-NH4+ g-1 h-1)

LOMPOUL 55,380 c 47,225 d 194,319 c

KAMONGHONE 31,067 b 25,785 b 107,423 b

FOIS 1 30,440 b 25,599 b 47,006 a

TANZANIE 35,356 b 37,646 c 117,060 b

INDE 28,699 b 28,292 b 103,933 b

MOZAMBIQUE 25,642 b 30,373 bc 37,468 a

TEMOIN 4,923 a 17,663 a 124,475 b

Pr > F 0,000 0,000 0,000

Significatif Oui Oui Oui

III-1-3-Structure des communautés microbiennes

III-1-3-1-Structure de la communauté bactérienne totale

Le dendrogramme de similarité issu de l’analyse du gel DGGE a montré que les sols
non rhizosphériques se séparaient nettement des sols rhizosphériques avec environ 33% de
différence (Figure 14). De plus, la diversité de Shannon de la communauté bactérienne totale
(Tableau 9) a été plus élevée dans les sols rhizosphériques à l’exception de celui de la
provenance Mozambique. Cependant, les communautés bactériennes des sols rhizosphériques
n’ont pas été structurées en fonction des provenances des plantes de Jatropha. Cette diversité
de Shannon de la communauté bactérienne totale était positivement corrélée avec le pH des sols
(p<0,05 ; R2 =0,65).

64
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Figure 14 : Gel DGGE (haut) et dendrogramme de similarité (bas) des communautés

bactériennes de la rhizosphère de Jatropha des différentes provenances (IN : Inde, TZ :
Tanzanie, MOZ : Mozambique, FO : Fois 1, KAM : Kamonghone, LOMP : Lompoul, TEM :
Témoin).

65
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

III-1-3-2-Structure de la communauté fongique

La diversité de Shannon de la communauté fongique (Tableau 9) a été statistiquement

la même dans tous les sols (rhizosphériques et non rhizosphériques) à l’exception des sols
rhizosphériques de la provenance Tanzanie qui a montré une diversité supérieure à celle du sol
témoin (non rhizosphérique). Le dendrogramme (Figure 15) nous a montré que les sols
provenant de la rhizosphère des différentes provenances de Jatropha et le sol non rhizosphérique
ont eu environ 43% de dissimilarité. Les provenances Tanzanie et Inde ont montré des
regroupements nets, les provenances Mozambique et Lompoul ont été regroupées à 2/3 et il n’y
a pas eu de regroupement possible avec les provenances Fois1 et Kamonghone.

66
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Figure 15 : Gel DGGE (haut) et dendrogramme de similarité (bas) des communautés fongiques
de la rhizosphère de Jatropha des différentes provenances (IN : Inde, TZ : Tanzanie, MOZ :
Mozambique, FO : Fois 1, KAM: Kamonghone, LOMP : Lompoul, TEM : Témoin).

67
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

III-1-3-3-Structure des communautés bactériennes associées au cycle de

l’azote : CTO, NirK et NifH

Les dendrogrammes de similarité issus de l’analyse des communautés nitrifiantes et

fixatrices d’azote respectivement représentés par les figures 16 et 18, ont montré que les
bactéries nitrifiantes et fixatrices d’azote n’étaient structurées ni en fonction des types de sols
(rhizosphériques et non rhizosphériques) ni en fonction des provenances des plantes de
Jatropha. Les communautés bactériennes nitrifiantes ont eu des diversités plus élevées dans les
sols rhizosphériques des provenances Lompoul, Fois 1 et Inde, cependant, les autres sols
rhizosphériques présentaient des diversités de cette communauté qui ont été statistiquement
identiques à celles des sols témoins. Les diversités de Shannon des communautés bactériennes
fixatrices d’azote n’ont pas été significativement différentes entre sols rhizosphériques (de
toutes les provenances) et non rhizosphériques (Tableau 9).

L’analyse de la structure des communautés dénitrifiantes associées à la rhizosphère de

différentes provenances de Jatropha nous a montré que les sols rhizosphériques et non
rhizosphériques ont eu environ 45% de dissimilarité (Figure 17). La diversité de Shannon des
communautés dénitrifiantes a été plus élevée dans les sols cultivés avec Jatropha que dans les
sols non cultivés (p<0,0001 avec Fois 1, Lompoul, Tanzanie et Inde et p<0,01 avec
Kamonghone et Mozambique ; Tableau 9).

La diversité de Shannon des communautés bactériennes nitrifiantes (CTO) a

positivement été corrélée avec celles de la communauté bactérienne totale (p<0,05 ; R2=0,6) et
de la communauté bactérienne dénitrifiante (p<0,05 ; R2 = 0,57). Cette diversité des bactéries
nitrifiantes a également été corrélée positivement avec les teneurs en azote (p<0,05 ; R2 = 0,68)
et en carbone (p< 0,05 ; R2 = 0,69) et avec l’activité enzymatique de la béta-glu (p< 0,05 ;
R2 =0,62), mais corrélée négativement avec le rapport C/N (p<0,05 ; R2 = 0,65) des sols.

La diversité de Shannon des communautés dénitrifiantes (NirK) a été positivement

corrélée avec : la teneur en carbone (p=0,04 ; R2 = 0,6), la teneur en azote (p<0,05 ; R2 =0,62),
le pH du sol (p<0,01 ; R2 = 0,79), l’activité de la béta-glu (p< 0,05 ; R2 = 0,61) et avec la
diversité de Shannon de la communauté bactérienne totale (p< 0,01 ; R2 = 0,91). La diversité
de la communauté diazotrophique, quant à elle, a été positivement corrélée avec l’activité
enzymatique de l’uréase (p< 0,05 ; R2 =0,74).

68
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Tableau 9 : Diversité de Shannon des communautés bactériennes totales et communautés

bactériennes impliquées dans le cycle de l'azote (nitrifiantes, dénitrifiantes et diazotrohiques)
ainsi que celle des communautés fongiques.

Provenances CTO NirK NifH ITS 16S

LOMPOUL 2,948 b 3,047 bc 2,930 a 3,259 ab 3,532 bc

KAMONGHONE 2,759 ab 2,933 bc 2,796 a 3,314 ab 3,552 bc

FOIS 1 2,866 b 3,093 c 2,737 a 3,198 a 3,610 c

TANZANIE 2,735 ab 3,055 bc 2,908 a 3,351 b 3,572 bc

INDE 2,883 b 3,050 bc 2,851 a 3,237 ab 3,586 bc

MOZAMBIQUE 2,605 a 2,909 b 2,615 a 3,269 ab 3,465 ab

TEMOIN 2,556 a 2,341 a 2,919 a 3,186 a 3,309 a

Pr > F 0,026 0,000 0,427 0,217 0,064

Significatif Oui Oui Non Non Non

69
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Figure 16 : Gel DGGE (haut) et dendrogramme de similarité (bas) des communautés

bactériennes nitrifiantes de la rhizosphère de Jatropha des différentes provenances (IN: Inde,
TZ: Tanzanie, MOZ: Mozambique, FO : Fois 1, KAM : Kamonghone, LOMP : Lompoul, TEM
: Témoin).

70
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Figure 17 : Gel DGGE (haut) et dendrogramme de similarité (bas) des communautés

bactériennes dénitrifiantes de la rhizosphère de Jatropha des différents provenances (IN: Inde,
TZ: Tanzanie, MOZ: Mozambique, FO : Fois 1, KAM: Kamonghone, LOMP : Lompoul, TEM
: Témoin).

71
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Figure 18 : Gel DGGE (haut) et dendrogramme de similarité (bas) des communautés

bactériennes fixatrices d’azote de la rhizosphère de Jatropha des différentes provenances (IN:
Inde, TZ : Tanzanie, MOZ : Mozambique, FO : Fois 1, KAM : Kamonghone, LOMP : Lompoul,
TEM : Témoin).

72
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

III-2-Influence de l’association de la culture de Jatropha avec celle du

mil sur les caractéristiques des sols

III-2-1-Caractéristiques chimiques des sols

Les caractéristiques chimiques des sols sont reportées dans le tableau 10. Les teneurs en carbone
ainsi que les teneurs en azote ont été significativement différentes entre les sols des systèmes
de culture pure de Jatropha et les sols témoins et non significativement différentes entre les sols
rhizosphériques de Jatropha en association avec le mil et ceux du mil (p< 0,05). Les systèmes
de culture n’ont pas eu d’effet significatif sur le rapport C/N des sols. La teneur en azote a été
positivement corrélée à la teneur en carbone (p<0,01 ; R2=0,98) et le pH du sol a été
positivement corrélé à la teneur en NO3- (p<0,05 ; R2=0,92).

III-2-2-Activité microbienne

III-2-2-1-Respiration basale

La culture du mil, l’association de la culture de Jatropha avec celle du mil et la culture

pure de Jatropha ont entraîné une augmentation de l’activité respiratoire des communautés
microbiennes des sols avec des activités significativement supérieures à celles des sols non
cultivés (Tableau 10). Nos résultats ont également montré que l’association de la culture de
Jatropha avec celle du mil a contribué à une légère augmentation de l’activité respiratoire
microbienne des sols rhizosphériques de Jatropha (non significative). En effet, l’activité
respiratoire des sols rhizosphériques de Jatropha est passée de 18,52 µg CO2 jour-1 g sol-1 avec
la culture pure de Jatropha à 19,95 µg CO2 jour-1 g sol-1 avec la culture associée Jatropha-mil.

73
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Tableau 10 : Caractéristiques chimiques et biologiques des différents systèmes de culture (JAP

culture pure de Jatropha, JAM : culture de Jatropha associé avec du mil, MIL : culture de mil).

Azote Carbone Respiration

C org NH4+ NO3- basale
CULTURE total total C/N pH eau
(g / kg) (µg N/g) (µg N/g) (µg CO2 jour-1
(g / kg) (g / kg) g sol-1)

JATROPHA 0,35 b 4,26 b 12,053 a 3,684 b 6,657 bc 2,300 b 1,400 b 18,526b

JATROPHA-
0,28 ab 3,17 a 11,557 a 2,996 b 6,770 c 2,733 b 1,200 b 19,953bc
MIL

MIL 0,29 ab 3,30 ab 11,379 a 2,993 b 6,180 ab 2,300 b 0,300 a 23,980c

TEMOIN 0,20 a 2,41 a 12,275 a 2,246 a 5,760 a 1,200 a 0,600 a 9,588a

Pr > F 0,014 0,014 0,214 0,004 0,010 0,054 0,001 0,011

Significatif Oui Oui Non Oui Oui Non Oui Oui

III-2-2-2-Activité enzymatique

Les mesures de l’activité enzymatique (Figure 19) nous a montré que les sols cultivés
avec le mil ont eu des activités enzymatiques de l’uréase (267,66 µg N-NH4+ g(sol)-1 h-1), de la
phosphatase acide (41,59 µg p-NP g(sol)-1 h-1) et de la béta-glucosidase (35,06 µg p-NP g(sol)-
1
h-1) plus élevées que celles des sols cultivés avec Jatropha en culture pure ou en association
avec du mil ainsi que celles des sols non cultivés (p<0,05).

La culture pure de Jatropha et l’association Jatropha-mil ont eu un impact positif sur

l’activité de la béta-glu, en effet, les sols rhizosphériques de la culture de Jatropha (pure ou en
association avec le mil) ont eu des activités de la béta-glu significativement différentes des sols
non cultivés (p<0,05). L’activité enzymatique de la phosphatase des sols rhizosphériques de
Jatropha en culture pure a été significativement différente de celle du sol témoin. Les activités
enzymatiques de l’uréase ont été plus élevées (p<0,05) dans les sols témoins (124,47 µg N-
NH4+ g-1 sol h-1) que dans les sols rhizosphériques de JAP (59,06 µg N-NH4+ g-1 sol h-1) et JAM
(88,69 µg N-NH4+ g-1 sol h-1) qui n’ont pas été significativement différentes.

74
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Béta-Glucosidase Phosphatase acide

40 d
50
c
35 45
c

µg p-PN g -1 h -1
30 40
µg p-PN g -1 h -1

35 b
25 b
30 ab
20
25 a
15 20
10 15
a 10
5
5
0 0
JAPure JA-MIL MIL TEMOIN JAPure JA-MIL MIL TEMOIN

Uréase
300 c

250
µg N-NH4+ g -1 h -1

200
b
150

100 a
a
50

0
JAPure JA-MIL MIL TEMOIN

Figure 19 : Activités enzymatiques de la béta-glucosidase, de la Phosphatase acide et de

l'Uréase des sols rhizosphériques des plantes et du témoin (JAPure= culture pure de Jatropha,
JA-MIL= Jatropha en association avec le mil, MIL=culture pure de mil).

III-2-3-Structure des communautés bactériennes impliquées dans le

cycle de l’azote

III-2-3-1-Structure des communautés nitrifiantes

Le dendrogramme de similarité UPGMA de l’analyse du gel DGGE des communautés

nitrifiantes (Figure 20) a donné deux clusters avec environ 50% de similarité. Le premier a été
subdivisé en deux sous-clusters (A et B) qui ont eu 55% de similarité : le sous cluster A a été
constitué des profils des communautés nitrifiantes de la rhizosphère du mil et du sol témoin qui
ont eu des diversités de Shannon statistiquement identiques (Figure 21). Le sous-cluster B a été
constitué des communautés nitrifiantes associées à la culture pure de Jatropha. Le cluster II était
constitué des communautés nitrifiantes des sols rhizosphériques des plantes de Jatropha
cultivées en association avec la culture de mil.

75
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Figure 20 : Gel DGGE (droite) et dendrogramme de similarité (gauche) des communautés

nitrifiantes de la rhizosphère de Jatropha des différents systèmes de culture (JAP=culture pure
de Jatropha, JAM=Jatropha en association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non
cultivé (TEM).

Bactéries Nitrifiantes
3,5
bc c
3,0 ab
Diversité de Shannon

2,5 a

2,0

1,5

1,0

0,5

0,0
JAPure JA-MIL MIL TEMOIN

Figure 21 : Diversité de Shannon des communautés bactériennes nitrifiantes de la rhizosphère

de Jatropha des différents systèmes de culture (JAPure=culture pure de Jatropha, JA-
MIL=Jatropha en association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non cultivé.

76
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

III-2-3-2-Structure des communautés dénitrifiantes

Les sols rhizosphériques des plantes de Jatropha du système de culture JAM ont eu une
diversité de Shannon des communautés bactériennes dénitrifiantes (3,34) significativement la
plus élevée (p<0,05), suivie de celle de JAP (3,10). Notre étude n’a pas montré de différences
significatives entre les diversités de Shannon des communautés dénitrifiantes du sol témoin
(non rhizosphérique) et de la rhizosphère du mil qui ont eu les valeurs les plus faibles (Figure
22). Le dendrogramme de similarité (Figure 23) a montré une séparation, dans le cluster I, entre
les communautés dénitrifiantes du sol témoin et de celles de la rhizosphère du mil ; alors que
celles des cultures pures de Jatropha (sous cluster B) et association Jatropha-mil (sous cluster
A) ont été regroupées dans le cluster II. Les clusters I et II ont eu environ 60% de dissimilarité
et les sous-clusters A et B environ 30% de dissimilarité.

Bactéries dénitrifiantes
4,0
3,5 c
Diversité de Shannon

b
3,0
a
2,5 a
2,0
1,5
1,0
0,5
0,0
J APure J A -MIL MI L TEMOIN

Figure 22 : Diversité de Shannon des communautés bactériennes dénitrifiantes de la rhizosphère

de Jatropha des différents systèmes de culture (JAPure=culture pure de Jatropha, JA-
MIL=Jatropha en association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non cultivé.

77
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Figure 23 : Gel DGGE (droite) et dendrogramme de similarité (gauche) des communautés

dénitrifiantes de la rhizosphère de Jatropha des différents systèmes de culture (JAP=culture
pure de Jatropha, JAM=Jatropha en association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin
non cultivé (TEM).

III-2-3-3-Structure des communautés fixatrices d’azote (diazotrophiques)

Les tests de comparaisons n’ont montré aucune différence significative entre les
diversités de Shannon des communautés fixatrices d’azote des systèmes JAP, JAM, mil et des
sols témoins (Figure 24). Cependant, le dendrogramme de similarité présence-absence des
profils DGGE des communautés diazotrophiques (Figure 25) a montré deux clusters distincts
ayant environ 61% de dissimilarité. Le premier cluster a été composé des profils DGGE des
bactéries diazotrophiques de la rhizosphère du mil et du sol témoin qui ont eu 58% de
dissimilarité. Le deuxième cluster a été constitué des sols rhizosphériques de Jatropha en culture
pure et en association avec le mil.

78
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Bactéries fixatrices d'azote

3,5
a a
Diversité de Shannon
a a
3,0

2,5

2,0

1,5

1,0

0,5

0,0
J APure J A -MIL MI L TEMOIN

Figure 24 : Diversité de Shannon des communautés bactériennes fixatrices d’azote

(Diazotrophiques) de la rhizosphère de Jatropha des différents systèmes de culture
(JAPure=culture pure de Jatropha, JA-MIL=Jatropha en association avec le mil), celle du mil
(MIL) et du témoin non cultivé.

Figure 25 : Gel DGGE (droite) et dendrogramme de similarité (gauche) des communautés

fixatrice d’azote de la rhizosphère de Jatropha des différents systèmes de culture (JAP=culture
pure de Jatropha, JAM=Jatropha en association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin
non cultivé (TEM).

79
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

III-2-3-4-Structure de la communauté fongique

La diversité de Shannon de la communauté fongique a été positivement corrélée avec le

pH du sol (p<0,05 ; R2=0,95). Cette diversité des champignons a également été corrélée
positivement avec celle des communautés dénitrifiantes (p<0,05 ; R2=0,96). Les diversités de
Shannon des communautés fongiques comme celles des communautés fixatrices d’azote n’ont
montré aucune différence significative entre les systèmes de culture (Figure 26). Cependant, le
dendrogramme de similarité présence-absence des profils DGGE des champignons (Figure 27)
a montré deux clusters distincts ayant environ 42% de dissimilarité. Le premier cluster a été
constitué des profils DGGE des communautés fongiques de la rhizosphère du mil et du sol
témoin qui ont eu environ 38% de dissimilarité. Le deuxième cluster a été composé des sols
rhizosphériques de Jatropha en culture pure et en association avec le mil.

Champignons
4,0 a a
Diversité de Shannon

3,5 a a
3,0
2,5
2,0
1,5
1,0
0,5
0,0
J APure J A -MIL MI L TEMOIN

Figure 26 : Diversité de Shannon des communautés fongiques de la rhizosphère de Jatropha des

différents systèmes de culture (JAPure=culture pure de Jatropha, JA-MIL=Jatropha en
association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non cultivé.

80
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

Figure 27 : Gel DGGE (droite) et dendrogramme de similarité (gauche) des communautés

fongiques de la rhizosphère de Jatropha des différents systèmes de culture (JAP=culture pure
de Jatropha, JAM=Jatropha en association avec le mil), celle du mil (MIL) et du témoin non
cultivé (TEM).

IV-Discussion

IV-1-Influence des différentes provenances de Jatropha sur les sols

IV-1-1-Composition chimique des sols

Les teneurs en azote des sols augmentent avec la culture des provenances Lompoul,
Kamonghone, Fois 1 et Tanzanie de Jatropha. La rhizosphère est ainsi caractérisée par une
grande disponibilité de l’azote comparée au sol non rhizosphérique (Koranda et al., 2011). Les
sols rhizosphériques de la provenance Lompoul montrent globalement les teneurs en azote les
plus élevées ; ceci serait dû au fait que cette provenance présentait globalement les
performances agronomiques les plus élevées comparée aux autres provenances (Tableau 5). La
provenance Mozambique se distingue également avec une meilleure amélioration des teneurs
en phosphore. Quelle que soit la provenance, la culture de Jatropha n’a pas d’impact négatif sur
les sols. L’âge des plantations pourrait expliquer l’absence d’impacts de certaines provenances,
en effet, ce sont des plantations jeunes (24 mois après transplantation au champ). Ainsi, ces

81
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

jeunes plants de Jatropha ne permettraient pas foncièrement l’amélioration de la qualité des

sols ; de plus, l’accumulation de biomasse végétale de cette plante plafonne à 5 ans (I. Dièdhiou,
communication personnelle, 12 Mars 2014).

Toutes les provenances de Jatropha ont entraîné une augmentation du pH des sols.
Cependant, les études de Singh et al. (2013) sur la capacité de réhabilitation des sols salés de
Jatropha montrent une diminution du pH avec la culture de cette plante. L’exsudation racinaire
peut ainsi modifier considérablement le pH des sols rhizosphériques (Hartmann et al., 2008).

IV-1-2-Biomasse et activité microbienne

Notre étude semble identifier une provenance locale de Jatropha au Sénégal (Lompoul)
qui entraîne une augmentation de la biomasse microbienne des sols. Plusieurs travaux (Singh
et al., 2013 ; Srivastava et al., 2014) avaient montré une augmentation de la biomasse
microbienne du sol par la culture de Jatropha. Ceci pourrait être attribué à la sécrétion dans la
rhizosphère, par la plante de composés bénéfiques à la croissance des communautés
microbiennes (Srivastava et al., 2014). Herman et al. (2006) attribuent l’augmentation des
communautés microbiennes au stock d’azote labile dans la rhizosphère.

Dans cette présente étude, l’activité enzymatique de la béta-glucosidase est corrélée

positivement avec la teneur en carbone des sols ; une même tendance a été observée dans
plusieurs études (Lagomarsino et al., 2009 ; Moscatelli et al., 2012 ; Chaudhary et al., 2015).
Ainsi, l’augmentation de l’activité enzymatique de la béta-glucosidase avec la culture de
Jatropha pourrait être expliquée par la disponibilité du carbone dans le sol rhizosphérique
(Singh et al., 2013). L’activité enzymatique de la béta-glucosidase est ainsi un indicateur
approprié pour prédire les taux de carbone organique dans les sols (Lagomarsino et al., 2009).
L’activité de cette enzyme est également positivement corrélée avec la teneur en azote
(Lagomarsino et al., 2009). La culture de la provenance locale Lompoul entraîne une
augmentation de l’activité enzymatique de l’uréase ; les études de Singh et al. (2013) ont
également montré une augmentation de l’activité d’une autre enzyme impliquée dans le cycle
de l’azote (protéase) avec la culture de Jatropha.

Toutes les provenances de Jatropha ont entraîné une augmentation de l’activité

enzymatique de la phosphatase acide et de l’activité respiratoire microbienne (respiration
basale) des sols ; ce qui est en adéquation avec les travaux de Brzostek et al. (2013). En effet,
dans ces études de Brzostek et al. (2013), l’activité de la phosphatase acide et l’activité

82
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

respiratoire microbienne (respiration basale) étaient significativement plus élevées dans la

rhizosphère que dans le sol non rhizosphérique.

IV-1-3-Diversité et structure des communautés microbiennes

Notre étude a montré une modification de la structure de la communauté bactérienne

totale par la culture de Jatropha curcas. L’apport de substrats par les racines dans la rhizosphère
(Paterson, 2003) pourrait expliquer ce changement dans la composition de la communauté
bactérienne totale. Cependant, les études de Dieng et al. (2014) n’ont pas montré d’influence
de la culture de Jatropha sur la structure de la communauté bactérienne totale, mais cette étude
avait montré un impact de Jatropha sur la communauté fongique. Dans cette présente étude,
Jatropha entraîne une modification de 43% de la communauté fongique et 33% de la
communauté bactérienne totale. L’effet de l’origine des plantes sur les champignons pourrait
être attribué à la diversité phénotypique de ces plants de Jatropha. Les champignons sont ainsi
plus sensibles à la culture de Jatropha que les bactéries. Cette sensibilité de la communauté
fongique vis-à-vis de la culture de Jatropha serait due au fait que Jatropha est une plante qui
peut être fortement mycorhizée (Charoenpakdee et al., 2010).

Les communautés bactériennes nitrifiantes et fixatrices d’azote n’ont pas été influencées
par la culture de Jatropha, par contre, les communautés dénitrifiantes montrent des
dissimilarités de 45% entre sols cultivés avec Jatropha et sols non cultivés. De plus, la diversité
de Shannon des communautés dénitrifiantes est plus élevée avec la culture de Jatropha et
pourrait être expliquée par les teneurs en azote et en carbone qui augmentent dans la rhizosphère
de Jatropha. En effet, la diversité de Shannon des communautés dénitrifiantes (NirK) est
positivement corrélée avec les teneurs en carbone et en azote. L’abondance des gènes nirK et
la dénitrification sont positivement liées à la disponibilité de l’azote et du carbone dans le sol
(Clark et al., 2012 ; Miller et al., 2012). En étudiant les communautés bactériennes
dénitrifiantes par DGGE, Ma et al. (2008) montrent une augmentation de la complexité de ces
communautés dans les sols cultivés. Nos résultats montrent également une corrélation positive
entre la diversité de Shannon des communautés dénitrifiantes (NirK) et celle de la communauté
bactérienne totale ; les études de Clark et al. (2012) avaient déjà montré une relation positive
de ces deux communautés en termes d’abondance.

Les diversités de Shannon des communautés bactériennes nitrifiantes (CTO) et

dénitrifiantes sont positivement corrélées ; ce qui pourrait expliquer la relation linéaire positive

83
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

entre la nitrification et la dénitrification trouvée dans des études antérieures (Abbasi et Adams,
2000 ; Frank et al., 2000 ; Brankatschk et al., 2011).

IV-2-Influence de l’association Jatropha-mil sur les caractéristiques

chimiques et biologiques des sols

Les teneurs en carbone total et en azote total sont significativement différentes entre les
sols rhizosphériques de la culture pure de Jatropha et les sols témoins et non significativement
différentes entre les sols rhizosphériques du mil, les sols rhizosphériques de Jatropha en
association avec le mil et les sols témoins. Ceci semble indiquer que la culture de Jatropha
améliore mieux les teneurs en carbone et en azote que la culture du mil dans cette présente étude
et cela pourrait être expliqué soit par la période d’échantillonnage soit par la nature des cultures.
En effet, De Raissac et al. (1998) avaient trouvé un changement de la quantité des substances
libérées dans les sols en fonction des saisons ; de plus, le mil est une culture annuelle et Jatropha
une culture pérenne. Les études de DuPont et al. (2014) ont montré que les sols cultivés avec
les cultures annuelles ont des teneurs en carbone plus faibles que les sols cultivés avec des
plantes pérennes du fait de la biomasse racinaire qui est plus élevée chez les plantes pérennes.
Les quantités de substances excrétées par les racines sont déterminées par l'état de
fonctionnement et par l'état de croissance (De Raissac et al., 1998).

La culture de Jatropha n’a pas eu d’influence sur la composition rhizosphérique du mil.

Des études antérieures n’ont pas montré d’effet allélopathique de Jatropha sur la croissance des
acacias et du niébé en culture intercalaire (Dieng et al., 2015) et sur le rendement du blé lorsque
cette plante est utilisée comme haie vive (Sahoo et al., 2009). Jatropha peut ainsi être cultivé
en association avec les cultures saisonnières ou fruitières (Gour, 2006). La promotion de
l’association Jatropha avec les cultures vivrières permet de réduire le labourage (Favretto et al.,
2014) qui n’est pas nécessaire avec la culture de Jatropha permettant ainsi une amélioration de
la qualité des sols par le stockage de carbone organique (Razafimbelo et al., 2006).

Nos résultats montrent que les communautés bactériennes nitrifiantes et dénitrifiantes

(impliquées dans le cycle de l’azote) sont plus sensibles à la culture de Jatropha qu’à la culture
du mil. Cependant, l’activité des enzymes impliquées dans les cycles du carbone, de l’azote et
du phosphore, quant à elle, est plus élevée avec la culture du mil qu’avec la culture de Jatropha
dont la rhizosphère contient des teneurs en azote plus élevées, mais non significatives. Les
composés exsudés par les racines de Jatropha pourraient être moins minéralisables par les

84
Chapitre 3: Structure et activité des communautés microbiennes dans les sols cultivés avec Jatropha curcas L. au champ

communautés microbiennes que ceux libérés par les racines du mil. Ainsi, l’activité des
communautés microbiennes va être plus importante dans la rhizosphère du mil que dans la
rhizosphère de Jatropha du fait de la dégradation rapide des composés relativement labiles de
la rhizosphère du mil. Le caractère relativement moins dégradable des exsudats racinaires de
Jatropha par rapport à ceux du mil fait que les communautés microbiennes seront relativement
plus diversifiées avec la culture de Jatropha. Paterson (2003) note que la plante peut contrôler
l’effet bénéfique que peut avoir les communautés microbiennes sur la plante elle-même en
affectant directement l’expression des gènes de ces communautés microbiennes à travers la
qualité des substances exsudées.

V-Conclusion
Notre étude a identifié une provenance locale de Jatropha nommé Lompoul, donc, bien adaptée
aux conditions locales qui entraîne une meilleure amélioration des teneurs en azote total et en
nitrates et de la diversité de Shannon des communautés bactériennes nitrifiantes et
dénitrifiantes. Les activités enzymatiques de la Béta-glu et de la phosphatase acide ainsi que la
biomasse microbienne sont également plus élevées avec la culture de cette provenance
Lompoul. Toutefois, une amélioration des teneurs en phosphore et en ammonium par la culture
de la provenance Mozambique et une diversité de Shannon de la communauté bactérienne totale
qui semble être plus sensible à la culture de la provenance locale Fois 1 ont été observées.
Jatropha est une plante pérenne pouvant être cultivé en association avec la culture du mil. Dans
cette étude, les communautés bactériennes nitrifiantes et dénitrifiantes sont plus sensibles à la
culture de Jatropha qu’à la culture du mil. Cependant, les activités enzymatiques impliquées
dans les cycles du carbone, de l’azote et du phosphore sont plus élevées avec la culture du mil
qu’avec la culture de Jatropha.

85
Chapitre IV : Analyse de la diversité, de la structure et
de la dynamique des communautés bactériennes des
sols sous l’influence de Jatropha curcas L. par une
approche métagénomique
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Chapitre IV : Analyse de la diversité, de la structure et de la

dynamique des communautés bactériennes des sols sous
l’influence de Jatropha curcas L. par une approche
métagénomique

I-Introduction
Dans les chapitres précédents, la diversité et la dynamique structurale des communautés
bactériennes totales et spécifiques impliquées dans les cycles de l’azote sous l’influence de la
culture de Jatropha ont été étudiées avec des techniques d’empreintes génétiques telles que la
DGGE. Cependant, à l’issue de ces expérimentations, la diversité phénotypique de Jatropha ne
semble pas influencer la diversité des communautés bactériennes au niveau rhizosphérique et
avec l’incorporation de litière de cette plante dans les sols. Il est donc nécessaire d’identifier les
différentes unités taxonomiques concernées pour mieux comprendre leur structuration, leur
interaction ainsi que leur dynamique sous l’influence de la rhizosphère et de la litière de
Jatropha. L’identification des unités taxonomiques au niveau de l’espèce permet d’évaluer les
diversités alpha par les indices de richesse spécifique et de diversité de Shannon. La diversité
alpha représente la diversité des organismes dans un échantillon ou dans un environnement
donné (Navas-Molina et al., 2013). Les avancées technologiques en matière de séquençage
d’ADN et la disponibilité d’outils bio-informatiques rendent plus faciles la caractérisation des
communautés microbiennes de différents environnements (Navas-Molina et al., 2013)
permettant ainsi de déterminer rapidement la diversité et l’abondance de plusieurs espèces et
leur organisation taxonomique simultanément (Rincon-Florez et al., 2013). La diversité
génétique au niveau taxonomique des microorganismes est communément étudiée par la
détermination des gènes codant l’ARN ribosomal. A notre connaissance, peu d’études
métagénomiques ont été effectuées sur les sols cultivés avec Jatropha et aucune étude n’a encore
été menée sur l’influence de la variabilité phénotypique de cette plante sur la diversité
taxonomique bactérienne. De plus, les dynamiques taxonomiques bactériennes au cours des
processus de minéralisation de la litière de Jatropha n’ont pas encore été élucidées. Comparées
aux champignons, peu d’informations sont disponibles sur les communautés bactériennes
intervenant dans les processus de décomposition des litières (Kim et al., 2014). Les nouvelles
techniques de séquençages fournissent des informations quantitatives et taxonomiques plus

86
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

détaillées que l’approche basée sur la DGGE (Schreiter et al., 2014). Ainsi, les techniques
d’empreintes génétiques (DGGE) ont une résolution inférieure à celles des nouvelles techniques
de séquençage à haut débit (Gobet et al., 2014).

L’objectif de ce chapitre est d’étudier la dynamique et la diversité alpha des

communautés bactériennes des sols rhizosphériques et issus de la décomposition de feuilles de
différentes provenances (phénotypiquement différentes) de Jatropha dans les sols à travers une
étude métagénomique par séquençage à haut débit et utilisation d’outils bio-informatiques
performants.

II-Matériel et Méthodes

II-1-Description des échantillons

Les échantillons qui ont servi à l’identification et à l’étude de la diversité et de la

dynamique des communautés bactériennes associées à la décomposition des feuilles de Jatropha
sont constitués des sols mélangés avec des feuilles de Jatropha et incubés pendant 120 jours
avec les sorties d’incubations de 0, 3, 28, 56, 90, 120 jours (Tableau 11). Les détails de ces
échantillons ont été décrits dans le chapitre 2 de cette thèse et dont les « résultats ont fait l’objet
d’une publication scientifique » (Dieye et al., 2016). Les feuilles utilisées sont des feuilles
jeunes de couleur verte (1) et des feuilles sénescentes de couleur jaune (2) des provenances
Madiop Boye (MB), Banfadjiré (Ban), Mozambique (Moz) et Tanzanie (TZ).

Pour l’étude de la structure et de la diversité alpha des communautés bactériennes

associées à la diversité phénotypique de Jatropha curcas L., nous avions utilisé les échantillons
de sols provenant de la rhizosphère de six provenances de Jatropha dont trois provenances
locales : Kamonghone, Fois 1 et Lompoul et trois provenances exotiques provenant d’Inde, de
Mozambique et de Tanzanie cultivés dans la région de Kaffrine (la description du site d’étude
et les caractéristiques des échantillons sont fournis dans le chapitre 3). Le protocole d’extraction
d’ADN est également le même que ceux des chapitres précédents ; cependant, les répétitions
d’échantillons ont été mélangées avant l’extraction d’ADN cette fois-ci.

87
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Tableau 11 : Tableau récapitulatif des échantillons utilisés pour l’identification et l’étude de la

diversité et de la dynamique des communautés bactériennes associées à la décomposition de
feuilles de Jatropha.

Degré de Sorties d’incubation

Origine maturité des Traitrments
feuilles 0 3 28 56 90 120

Fraîches
Ban1(LB1) Ban10 Ban13 Ban128 Ban128 Ban128 Ban128
Banfadjiré (Vertes)
(Senegal) Sénescentes
Ban2 (LB2) Ban20 Ban23 Ban228 Ban256 Ban290 Ban2120
(Jaunes)
Fraîches
MB1 MB10 MB13 MB128 MB156 MB190 MB1120
Madiop Boye (Vertes)
(Senegal) Sénescentes
MB2 MB20 MB23 MB228 MB256 MB290 MB2120
(Jaunes)
Fraîches
MOZ1 MOZ10 MOZ13 MOZ128 MOZ156 MOZ190 MOZ1120
(Vertes)
Mozambique
Sénescentes
MOZ2 MOZ20 MOZ23 MOZ228 MOZ256 MOZ290 MOZ2120
(Jaunes)
Fraîches
TZ1 TZ10 TZ13 TZ128 TZ156 TZ190 TZ1120
(Vertes)
Tanzanie
Sénescentes
TZ2 TZ20 TZ23 TZ228 TZ256 TZ290 TZ2120
(Jaunes)
Témoin T T0 T3 T28 T56 T90 T120

II-2-Utilisation des Nouvelles Technologies de Séquençage ou NTS

Après extraction, les échantillons d’ADN ont été envoyés à MR DNA

([Link]://[Link]/) pour un séquençage à haut débit de la région variable V4 du gène
codant pour de l’ARN ribosomal 16S avec la technologie de Ion Torrent PGM suivant les
instructions du fabricant. Brièvement, le couple d’amorces 515/806 (Caporaso et al., 2011) avec
les codes-barres (annexe 4) accrochés à l’amorce « forward » et le kit HotStar Taq Plus Master
Mix (Qiagen, USA) ont été utilisés pour amplifier la région V4. Le séquençage a été effectué
sur un seul brin d’ADN avec 30 cycles d’amplification dans les conditions suivantes : une
dénaturation à 94°C pendant 3 minutes, suivie de 28 cycles de 94°C pendant 30 s, 53°C pendant
40 s et 72°C pendant 1 minute et enfin une élongation finale à 72°C pendant 5 minutes.

Les données de séquençage ont été traitées avec le pipeline d’analyse de MR DNA (MR
DNA, Shallowater, TX, USA). Après filtration des séquences, les unités taxonomiques
opérationnelles (OTU) ont été définies par regroupement à 97% de similarité et l’OTU finale
est classée en utilisant une base de données organisée dérivant de GreenGenes, RDPII et de
NCBI ([Link], DeSantis et al. (2006), [Link] La

88
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

composition bactérienne a ainsi été déterminée du niveau taxonomique du phylum à celui de

l’espèce.

II-3-Analyse de la diversité et de la richesse spécifique

La différence de diversité alpha (diversité des organismes dans un échantillon ou dans

un environnement donné) entre échantillons est l’une des premières questions que l’on se pose
dans une étude d’analyse phylogénétique (McMurdie and Holmes, 2013). Cette diversité alpha
est estimée dans cette étude en utilisant l’indice de richesse spécifique Chao1 et l’indice de
diversité de Shannon. La richesse spécifique Chao1 est le nombre d’unités taxonomiques pour
chaque échantillon. La diversité de Shannon prend en compte le nombre d’espèces et la
répartition des individus au sein d’une espèce. Ces indices de diversité et de richesse spécifique
ont été estimés en utilisant le package phyloseq (version 1.10.0) du logiciel R version 3.1.2. La
richesse spécifique et la diversité de Shannon sont représentées sur un graphe et chaque
échantillon est représenté par une couleur spécifique avec la commande «plot_richness »
(McMurdie et Holmes, 2013) disponible sur le site suivant : [Link]
Phyloseq, développé par McMurdie et Holmes (2013), est un package open-source permettant
des analyses statistiques sur des données phylogénétiques de séquençage avec l’environnement
et le langage R ; les graphes obtenus sont visualisés à l’aide du package ggplot2 (Version 1.0.1).

II-4-Analyse de la structure taxonomique

Les méthodes d’ordination peuvent être utilisées pour l’exploration des données
phylogénétiques complexes de séquençage à haut débit (McMurdie and Holmes, 2012). Une
analyse MDS (Multidimensional scaling) a été réalisée pour visualiser la structuration
spécifique des phyla en fonction des provenances des plantes de Jatropha, du type de résidu et
du temps d’incubation. L’ordination avec la méthode MDS est utilisée pour réduire la
complexité des données permettant ainsi une visualisation de la relation structurale entre ces
données par une estimation de similarités entre groupes d’éléments (Hout et al., 2013).

Une NMDS basée sur les distances de similarité de Bray-Curtis (Galimanas et al., 2014)
a été réalisée avec phyloseq (R package) pour visualiser la structuration des communautés
bactériennes totales et la distribution des phyla à travers les échantillons. L’analyse
multidimensionnelle NMDS est une méthode d’ordination utilisant un algorithme itératif

89
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

prenant les données multidimensionnelles d’une matrice de similarité et les présente sur un
espace à dimension réduite généralement au nombre de deux (D’Anteo et al., 2015).

Une analyse DCA (Detrended correspondence analysis), une méthode similaire à l’ACP
(Leland et al., 1986) a également été réalisée ; il s’agit d’une méthode très sensible aux
différences entre échantillons et fournit une ordination des espèces (ou des OTU en général)
très significative.

La méthode d’ordination de l’Analyse en Correspondance (AC) a été utilisée pour

pouvoir fournir les informations sur les unités taxonomiques qui expliquent les différences entre
échantillons, des informations additionnelles non fournies par une analyse en coordonnées
principales (PCoA) ou par une analyse Non-metric Multi-Dimentional scaling (McMurdie et
Holmes, 2012). Ainsi, cette méthode d’ordination (AC) permet une analyse simultanée des
échantillons et des unités taxonomiques (Giraudel and Lek, 2001).

III-Résultats
Dans ce chapitre, combinant l’étude de l’effet des feuilles et de la rhizosphère de
différents phénotypes de Jatropha curcas L. sur la composition des communautés bactériennes
du sol, 38.029 séquences bactériennes ont été identifiées et réparties en 1.979 espèces, 755
genres, 238 familles, 108 ordres, 51 classes et 22 phyla.

III-1-Diversité taxonomique et dynamique bactérienne au cours de

la décomposition de la litière foliaire de Jatropha

III-1-1-Diversité taxonomique

L’apport de feuilles de Jatropha au sol a entraîné une augmentation de la diversité alpha

(Figure 28) avec une richesse spécifique de l’ordre de 24.000 dans les sols témoins et 33.000
pour les sols amendés avec les feuilles fraîches et sénescentes qui ont montré une même
tendance. La diversité de Shannon (Figure 28), quant à elle, était plus élevée dans les sols
amendés avec les feuilles sénescentes.

Les analyses de diversité alpha avec phyloseq ont également révélé une diminution de
la diversité de Shannon et de la richesse spécifique au cours du temps à l’exception du 28ème
jour d’incubation dont les sols ont eu la diversité de Shannon la plus faible (Figure 28).

90
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Les feuilles de Jatropha de la provenance Tanzanie ont entraîné les diversités de

Shannon les plus élevées suivies de celles des provenances Banfadjiré (locale), Madiop Boye
(locale) et Mozambique. Cependant, la richesse spécifique était similaire entre sols amendés
avec les feuilles des provenances Madiop Boye et Tanzanie (Figure 28).

A B

Figure 28: Richesse spécifique et diversité de Shannon des sols en fonction des provenances
(A: TRUE=provenances locales, FALSE=provenances exotiques), du type de litière foliaire
apportée (B : TRUE=apport de feuilles, FALSE=sans apport) et du temps d'incubation (C :
TRUE= début d’incubation, FALSE=fin d’incubation).

91
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

III-1-2- Dynamique taxonomique : une évolution r/K stratégistes

entre Protéo et Actinobactéria vs Firmicutes et Acidobactéria

Parmi les 22 phyla, les plus abondants ont été les Firmicutes, les Protéobactéria, les
Actinobactéria et les Acidobacteria. Les Firmicutes ont eu des abondances relatives qui
variaient entre 34,46 % avec les feuilles de MB2 à 3 jours et 64,39 % dans les sols incorporés
des feuilles MOZ1 à 90 jours. Les Protéobactéria venaient en seconde position avec des
abondances variant entre 11,34 % avec le traitement MOZ1 à 120 jours et 40,5 % avec MB2 à
3 jours d’incubation (ANNEXE 3).

Les abondances relatives des Protéobactéria ont été positivement corrélées avec celles
des Actinobactéria (p<0,0001) et négativement avec celles des Firmicutes (p<0,0001) et des
Acidobactéria (p<0,001 ; Figure 29). En effet, les Firmicutes et les Acidobactéria ont eu des
abondances relatives qui ont diminué dans les premières semaines (jusqu’à 28 jours) puis une
augmentation de ces abondances a été observée jusqu’à 120 jours. Les abondances relatives des
Protéobactéria et des Actinobactéria ont eu des tendances inverses.

92
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

12
y = -0.1961x + 8.6667
10
R² = 0.215
Acidobactéria
8

0
0 10 20 30 40
Protéobactéria

25 y = 0.3091x + 6.9301
R² = 0.320
20
Actinobactéria

15

10

0
0 10 20 30 40
Protéobactéria

70 y = -1.2996x + 79.406
65 R² = 0.858
60
55
Firmicutes

50
45
40
35
30
25
20
0 10 20 30 40 50
Protéobactéria

Figure 29 : Corrélation entre les abondances relatives des Protéobactéria et les abondances
relatives des Acidobactéria, des Actinobactéria et des Firmicutes.

93
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

III-1-3-Les méthodes d’ordination

III-1-3-1-Méthode d’ordination DCA

La méthode d’ordination DCA a montré que la structure de la communauté bactérienne

totale a été influencée par la durée de l’incubation et non par le type de résidu ni par la
provenance des plants de Jatropha (Figure 30). En effet, la DCA nous a montré une séparation
entre le début de l’incubation (0 et 3 jours) et les étapes avancées (28, 56, 90 et 120 jours).
Cependant, les distances entre ces étapes avancées ont été faibles. Ainsi, à partir de 28 jours les
communautés bactériennes ont présenté une faible évolution (ou variabilité).

Figure 30: DCA des sols en fonction de la durée de l’incubation, du type de litière et de la
provenance.

94
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

III-1-3-2-Méthode d’ordination MDS

L’étude de la structure de la communauté bactérienne totale par la DCA n’ayant pas

montré d’influence du degré de maturité des feuilles ni de la provenance des plants de Jatropha
; nous avions étudié la structuration des phyla les plus abondants (Firmicutes, Actinobactéria et
Protéobactéria) afin de déceler d’éventuels effets du degré de maturité des feuilles (fraîches ou
sénescentes) ou de diversité phénotypique de Jatropha sur la structuration des bactéries au
niveau taxonomique du phylum. La méthode d’ordination MDS a ainsi été utilisée à cet effet.

Parmi les phyla les plus abondants (Firmicutes, Actinobactéria, Acidobactéria et

Protéobactéria), seule la structure des Firmicutes a été impactée par l’apport de feuilles de
Jatropha curcas, mais aussi par le degré de maturité des feuilles avec l’analyse MDS (Figure
31). Cependant, la structure des Firmicutes dans les sols n’a été impactée ni par le temps
d’incubation ni par la provenance. Les Acidobactéria (Figure 32) et les Protéobactéria (Figure
33) ont montré deux clusters en fonction du temps d’incubation ; un premier regroupement
formé par les étapes initiales de l’incubation (0 et 3 jours) et un second formé par les étapes
avancées de l’expérimentation (28, 56, 90 et 120 jours). Par rapport aux Acidobactéria et aux
Protéobactéria, les Actinobactéria ont montré une structuration moins nette en fonction du
temps (Figure 34).

95
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Figure 31: MDS pour le Phylum des Firmicutes en fonction des provenances de Jatropha, du
degré de maturité des feuilles (type de litière) et du temps d’incubation (Sample Type).

96
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Figure 32: MDS pour le phylum des Acidobacteria en fonction des provenances de Jatropha,
du degré de maturité des feuilles (type de litière) et du temps d’incubation (Sample Type).

97
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Figure 33: MDS pour le phylum Protéobactéria en fonction des provenances de Jatropha, du
degré de maturité des feuilles (type de litière) et du temps d’incubation (Sample Type).

98
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Figure 34 : MDS pour le phylum des Actinobactéria en fonction des provenances de Jatropha,
du degré de maturité des feuilles (type de litière) et du temps d’incubation (Sample Type).

III-2-Influence de la diversité phénotypique de Jatropha sur la

diversité taxonomique des bactéries rhizosphériques

III-2-1-Diversité alpha

Les estimations de la diversité alpha (richesse spécifique et diversité de Shannon) sont

représentées par les figures 35 et 36. Les sols rhizosphériques des provenances exotiques de
Jatropha (Inde, Mozambique et Tanzanie) ont eu des diversités de Shannon supérieures à celles
des provenances locales (Fois 1, Kamonghone et Lompoul). La rhizosphère de la provenance
Mozambique a présenté la diversité de Shannon la plus élevée suivie de celle de Tanzanie et
d’Inde. Parmi les provenances locales, la rhizosphère de la provenance Lompoul a présenté la

99
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

diversité la plus faible suivie de Fois 1 et de Kamonghone qui ont eu des diversités pas très
éloignées avec celle de la provenance Inde. La provenance Mozambique a également induit la
richesse spécifique la plus élevée des sols, cependant, les provenances Kamonghone et
Tanzanie ont présenté les indices de Chao1 les plus faibles et que le sol rhizosphérique de la
provenance Lompoul a présenté une richesse spécifique similaire à celle de Fois 1.

Figure 35 : Estimation de la diversité alpha : richesse spécifique (Chao1) et indice de diversité

de Shannon des communautés bactériennes de la rhizosphère des différentes provenances
(Sample Type) de Jatropha.

100
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Figure 36 : Richesse spécifique (Chao1) et indice de diversité de Shannon des communautés

bactériennes de la rhizosphère des différentes provenances de Jatropha : provenances locales à
droite et provenances exotiques à gauche (TRUE= provenances locales, FALSE=provenances
exotiques).

III-2-3-Structure des phyla en fonction des sols rhizosphériques des

différentes provenances

Le phylum des Firmicutes a montré une forte similarité entre les sols rhizosphériques
des provenances Fois 1, Kamonghone, Inde et Mozambique et une dissimilarité entre les sols
rhizosphériques de ces provenances, celui de Tanzanie et de Lompoul (Figure 37). Les
Actinobactéries ont également montré la même tendance, mais avec une similarité moins
marquée entre les sols rhizosphériques des provenances Fois 1, Kamonghone, Inde et
Mozambique (Figure 40). La structure du phylum des Protéobactéria (Figure 38) et celle du
phylum des Acidobactéria (Figure 39) ont montré des dissimilarités entre les sols
rhizosphériques des différentes provenances de Jatropha.

101
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Figure 37 : MDS pour les Firmicutes de la Figure 39 : MDS pour les Acidobactéria de
rhizosphère de Jatropha des provenances la rhizosphère de Jatropha des provenances
Fois 1, Kamonghone, Lompoul, Inde, Fois 1, Kamonghone, Lompoul, Inde,
Mozambique et Tanzanie. Mozambique et Tanzanie.

Figure 38 : MDS pour les Protéobactéria de Figure 40 : MDS pour les Actinobactéria de
la rhizosphère de Jatropha des provenances la rhizosphère de Jatropha des provenances
Fois 1, Kamonghone, Lompoul, Inde, Fois 1, Kamonghone, Lompoul, Inde,
Mozambique et Tanzanie. Mozambique et Tanzanie.

102
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Les méthodes d’ordinations NMDS (Figure 41) et CA (Figure 42) nous ont montré que
la structure des communautés bactériennes rhizosphériques a été façonnée par la diversité
phénotypique de Jatropha. Cependant, la similarité entre les communautés bactériennes de la
rhizosphère des provenances Inde, Kamonghone et Fois 1 a été forte alors que la similarité entre
les communautés bactériennes des sols rhizosphériques de ces provenances, ceux de Lompoul,
de Mozambique et de Tanzanie a été faible.

Figure 41 : NMDS des rhizosphères des différentes provenances de Jatropha et des 5 phyla les
plus abondants (Acidobactéria, Actinobactéria, Chloroflexi, Firmicutes et Protéobactéria).

103
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Figure 42 : Analyse en correspondance pour les 5 phyla les plus abondants des 200 OTU les
plus abondantes de la rhizosphère des différentes provenances de Jatropha.

IV-Discussion

IV-1- Structure, dynamique et diversité génétique des communautés

bactériennes impliquées dans la minéralisation des litières foliaires de
Jatropha

IV-1-1-Diversité alpha

Les litières foliaires des provenances locales (Banfadjiré et Madiop Boye) et exotiques
(Mozambique et Tanzanie) entraînent une augmentation de la diversité alpha des sols qui est
plus élevée avec l’apport des feuilles sénescentes. Dans le chapitre 2, nous avions observé que
les feuilles sénescentes (jaunes) ont eu des teneurs en lignine supérieures à celles des feuilles
fraîches (vertes) et pourraient donner une explication à la différence des diversités alpha
provoquée par ces deux types de résidu. Dans les travaux de DeAngelis et al. (2011),
l’augmentation de la lignine a entraîné une augmentation de la diversité de Shannon des
communautés microbiennes, mais cette augmentation de la lignine n’a eu aucun effet sur la
richesse spécifique.

104
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

L’analyse des données métagénomiques des sols amendés avec les feuilles de Jatropha
avec le package phyloseq de R montre une diminution de la diversité de Shannon et de la
richesse spécifique (Chao1) au cours du temps. La diminution de la diversité alpha au cours de
la minéralisation des feuilles, pourrait s’expliquer par l’augmentation de la dominance des
Firmicutes au cours du temps. En effet, la dominance d’un groupe dans une communauté a pour
effet une diminution de la diversité de cette communauté (Grall et Coïc, 2006), car la diversité
prend en compte le nombre d’espèces et la répartition des individus dans chaque espèce.

Dans notre étude, l’analyse de la dynamique de diversité des communautés bactériennes

par les méthodes de séquençage à haut débit et celle de la méthode d’empreinte génétique de la
DGGE au cours des processus de minéralisation des litières foliaires de Jatropha semblent être
en contradiction. En effet, les méthodes de la DGGE utilisées dans le deuxième chapitre de
cette thèse avaient montré une augmentation de la diversité de Shannon avec le temps
d’incubation. De plus, les diversités de Shannon sont plus élevées avec les méthodes de
séquençage d’ADN à haut débit. Cette tendance a été observée dans plusieurs études sur la
diversité des communautés microbiennes combinant l’utilisation des NTS et des approches
basées sur les empreintes génétiques (Nam et al., 2012 et Delgado et al., 2013). La méthode
d’analyse moléculaire de la DGGE est limitée par sa faible capacité de détection des espèces
rares, alors que les NTS offrent une bien plus grande résolution. Ainsi, cette différence de
diversité observée entre l’étude métagénomique et les techniques d’empreinte génétique serait
due à une détection continue de diverses rares espèces par le séquençage à haut débit dont la
composition n’est pas mise en évidence par la méthode de la DGGE.

Les diversités de Shannon sont plus élevées dans les sols amendés avec les feuilles de
Jatropha de la provenance Tanzanie suivies de celles de Banfadjiré (locale), de Madiop Boye
(locale) et enfin de Mozambique. Cependant, la richesse spécifique des sols amendés avec les
résidus de Madiop Boye est similaire à celle de Tanzanie. Les différences de la composition
chimique des feuilles des différentes provenances de Jatropha ont ainsi un impact sur la
diversité bactérienne des sols amendés avec ces résidus de Jatropha. En effet, les feuilles de
Jatropha des provenances Banfadjiré et Tanzanie ont des teneurs en carbone plus élevées que
celles des provenances Madiop Boye et Mozambique. De plus, les résidus sénescents des
provenances Banfadjiré et Tanzanie ont des teneurs similaires en azote (Tableau 1).

105
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

IV-1-2-Dynamique des communautés bactériennes au cours du

processus de minéralisation des résidus de Jatropha.

Les abondances relatives des Protéobactéria et des Actinobactéria augmentent dans les
premières semaines de la minéralisation des résidus de Jatropha et une augmentation de celles
des Firmicutes et des Acidobactéria pendant les étapes avancées de la décomposition a été
observée. Dans notre étude, l’abondance relative des protéobactéria augmente au début des
processus de minéralisation due à la disponibilité des composés facilement dégradables des
résidus. A l’inverse, les Firmicutes ont des abondances relatives élevées à long terme avec une
faible disponibilité des composés facilement dégradables (DeAngelis et al., 2013). Ainsi,
l’augmentation des vitesses de décomposition des litières entraîne une augmentation de
l’abondance des membres des Protéobactéria et une diminution de celle des membres des
Acidobactéria (Fierer et al., 2007).

Les membres des groupes des Protéobactéria ainsi que ceux des Actinobactéria dont les
abondances augmentent dans les premières semaines de la décomposition des litières foliaires
de Jatropha font partie des communautés bactériennes dénitrifiantes possédant les gènes NosZ
et NarG respectivement (Enwall et al., 2005). Les abondances relatives des Protéobactéries sont
positivement corrélées avec la disponibilité de la matière organique (Fierer et al., 2007) et
l’apport de résidus de Jatropha (matière organique) a entraîné une augmentation de l’activité
respiratoire microbienne des sols. Ainsi, les abondances relatives des Protéobactéria sont
positivement corrélées avec la respiration microbienne (Cleveland et al., 2006). Les
Acidobactéria (oligotrophes) sont négativement associées à la disponibilité de la matière
organique (Fierer et al., 2007), donc à la respiration microbienne (Cleveland et al., 2006).

Les Firmicutes, dans notre étude sont négativement corrélées à l’activité respiratoire
microbienne, cependant, les études de Cleveland et al. (2006) classent les Firmicutes parmi les
copiotrophes (corrélés positivement avec la respiration). Ainsi, une identification au niveau
taxonomique du genre pourrait nous édifier sur les membres du phylum des Firmicutes qui sont
associés à la minéralisation des composés labiles ou récalcitrants des feuilles de Jatropha.

IV-1-3-Structuration des communautés bactériennes

Les communautés bactériennes totales sont structurées en fonction du temps

d’incubation qui s’expliquerait par une structuration au niveau taxonomique du phylum. En

106
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

effet, dans cette étude, le phylum des Actinobactéria, celui des Acidobactéria et celui des
Protéobactéria sont structurés en fonction des étapes du processus de décomposition.
Cependant, le phylum des Firmicutes est structuré en fonction de la qualité biochimique des
feuilles de Jatropha. La diversité phénotypique de Jatropha curcas L. impacterait à travers les
litières foliaires, la diversité bactérienne, ce qui ne se reflète pas sur la structuration bactérienne
au niveau taxonomique du phylum car les phyla les plus abondants sont influencés soit par le
temps d’incubation (Protéobactéria, Actinobactéria et Acidobactéria) soit par la qualité
biochimique des litières (Firmicutes).

IV-2-Diversité phénotypique de Jatropha et diversité bactérienne

rhizosphérique

Parmi les phyla identifiés dans notre étude sur les sols rhizosphériques de différentes
provenances de Jatropha, les Protéobactéria constituent le phylum le plus abondant. A notre
connaissance, la seule étude métagénomique des sols cultivés avec Jatropha (Agarwal et al.,
2015) montre une augmentation significative de ces Protéobactéria avec la culture de Jatropha.
D’autres études ont également montré la dominance des Protéobactéries dans différents types
des sols (Dorr de Quadros et al., 2012 ; Kim et al., 2014). Les Protéobactéria constituent avec
les Bacteroidetes les phyla les mieux améliorés par la culture du maïs (Li et al., 2014). Cette
augmentation des Protéobctéria avec la culture de Jatropha pourrait être expliqué par le pH du
sol, en effet, la culture de Jatropha a entraîné une augmentation significative du pH du sol (pH
compris entre 5 et 7). Rousk et al. (2010) montrent une augmentation de l’abondance de certains
membres des Protéobactéria avec l’augmentation du pH des sols.

Les sols rhizosphériques des plantes exotiques de Jatropha provenant d’Inde, de

Mozambique et de Tanzanie ont des diversités de Shannon supérieures à ceux des provenances
locales. Ceci pourrait s’expliquer par l’effet de sélection des provenances locales sur les
communautés bactériennes du sol, ce qui entraîne ainsi une diminution de la diversité. En effet,
les plantes peuvent influer directement les communautés microbiennes bénéfiques à la
croissance des plantes elles-mêmes (Paterson, 2003).

Une similarité élevée a été observée entre les communautés bactériennes de la

rhizosphère de la provenance Inde et celles des provenances locales (Kamonghone et Fois 1) ;
ceci pourrait s’expliquer par les caractéristiques phénotypiques de cette provenance qui sont

107
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

proches de celles des provenances du Sénégal (provenances locales) trouvées dans les travaux
de Ndir et al. (2013).

La rhizosphère de la provenance Lompoul présente la diversité la plus faible, mais une

bonne amélioration des paramètres chimiques et biologiques tels que la teneur en azote, la
biomasse microbienne et les activités de la Béta-glu et de la Phosphatase acide a été observée
avec la culture de cette provenance locale de Jatropha au Sénégal. Ainsi, cette provenance
entraîne une augmentation rhizosphérique de l’activité microbienne, mais aussi une diminution
de la diversité bactérienne étudiée par les techniques de séquençage à haut débit. La dominance
des Protéobactéria dans les sols pourrait expliquer la diminution de la diversité bactérienne avec
cette provenance locale alors que les autres propriétés chimiques et biologiques sont améliorées,
car une communauté dominée par une seule espèce aura une diversité moindre qu’une
communauté dont toutes les espèces sont co-dominantes (Grall et Coïc, 2006).

Les diversités de Shannon et les richesses spécifiques élevées, observées dans les sols
rhizosphériques de la provenance Mozambique pourraient être expliquées par les teneurs en
phosphore. En effet, les sols rhizosphériques de cette provenance ont les teneurs en phosphore
les plus élevées confirmant les travaux de Tan et al. (2012) qui montrent une augmentation de
l’abondance et de la diversité des communautés bactériennes avec la fertilisation phosphatée.

V-Conclusion
Les litières foliaires de Jatropha entraînent une augmentation de la diversité alpha des
communautés bactériennes (diversité de Shannon et richesse spécifique) des sols. A travers la
litière foliaire, la variabilité phénotypique de Jatropha impacte cette diversité de la communauté
bactérienne totale ; cependant, elle n’influence pas la structuration taxonomique des phyla les
plus abondants. La différence de la qualité biochimique initiale des feuilles fraîches et
sénescentes influence la structure du phylum des Firmicutes. Au-delà de 28 jours d’incubation
de sols amendés avec les feuilles de Jatropha, les communautés bactériennes présentent une
faible variabilité. Le phylum des Protéobactéria est la principale communauté présente dans les
sols rhizosphériques de Jatropha. Contrairement à la litière, la structure au niveau taxonomique
du phylum de la communauté bactérienne rhizosphérique est façonnée par la diversité
phénotypique de Jatropha. Les sols cultivés avec les provenances exotiques de Jatropha ont des
diversités de Shannon relativement supérieures aux sols cultivés avec les provenances locales.

108
Chapitre 4: Analyse de la diversité, de la structure et de la dynamique des communautés bactériennes des sols sous l’influence de Jatropha
curcas L. par une approche métagénomique

Cependant, la provenance locale nommée Lompoul entraîne une bonne amélioration des
paramètres chimiques tels que la teneur en azote et les activités enzymatiques de la Béta-glu et
de la Phosphatase acide ainsi que de la biomasse microbienne.

109
CONCLUSION GENERALE ET PERSPECTIVES
 Conclusion générale et perspectives

CONCLUSION GENERALE ET PERSPECTIVES

La minéralisation du carbone des litières foliaires de Jatropha en condition contrôlée

suit le modèle de décomposition double exponentiel. Les pourcentages de carbone récalcitrant
des feuilles de Jatropha varient entre 70,01 % et 73,33 % du carbone total pour les feuilles
fraîches et entre 72 % et 77,33 % pour les feuilles sénescentes. Ainsi, une grande partie du
carbone provenant des résidus de Jatropha se décompose très lentement et pourraient fournir un
carbone relativement stable au sol. Cependant, nos expérimentations sur la minéralisation des
litières foliaires de Jatropha ont été effectuées dans des conditions de laboratoire et mériteraient
d’être approfondies par une étude en serre et sur le terrain. Les teneurs en azote des feuilles de
Jatropha contrôlent la disponibilité de l’ammonium dans les sols dans les étapes initiales de la
décomposition. Cependant, la teneur en lignine explique les variations des ions NH4+ à long
terme. Les feuilles de Jatropha montrent des différences de composition biochimique entre les
différentes provenances. Les litières foliaires de Jatropha des provenances Banfadjiré et
Tanzanie ont ainsi des teneurs en carbone plus élevées que celles des provenances Madiop Boye
et Mozambique.

La différence de la qualité biochimique entre feuilles fraîches et sénescentes de Jatropha

n’influence que la structure du phylum des Firmicutes. Cependant, la diversité et la richesse
spécifique des communautés bactériennes sont influencées par la provenance des plants de
Jatropha. Dans les étapes avancées du processus de minéralisation des feuilles de Jatropha dans
les sols, nous avions observé une augmentation de la dominance des Firmicutes entraînant ainsi
une diminution de la diversité avec le temps. Dans notre étude, la décomposition rapide des
composés facilement dégradables (élevés avec les feuilles fraîches) des résidus de Jatropha est
assurée par les membres des phyla des Protéobactéria et des Actinobactéria et explique
l’augmentation de l’activité respiratoire observée aussi par d’autres auteurs durant les premières
semaines qui suivent l’incorporation des résidus organiques dans les sols. Cependant, les
Firmicutes sont plus abondants dans les étapes avancées du processus de décomposition des
litières foliaires de Jatropha. L’analyse de la dynamique, de la diversité et de la structure des
communautés microbiennes par les méthodes de séquençage à haut débit est plus appropriée
que celles utilisant les méthodes d’empreinte génétique. Les diversités de Shannon sont plus
élevées avec les méthodes de séquençage d’ADN à haut débit. Cette diversité augmente avec
la teneur en lignine des feuilles quelle que soit la provenance de Jatropha.

110
 Conclusion générale et perspectives

La rhizosphère de la provenance Lompoul présente la diversité alpha la plus faible, mais

une amélioration de la teneur en azote et des autres paramètres biologiques
(biomasse microbienne et activités de la Béta-glu et de la Phosphatase acide) est obtenue avec
la culture de cette provenance. Ainsi, la provenance Lompoul entraîne une augmentation
rhizosphérique de l’activité microbienne, mais une diminution de la diversité bactérienne
étudiée par les techniques de séquençage à haut débit. Les sols rhizosphériques des plantes
exotiques de Jatropha provenant d’Inde de Mozambique et de Tanzanie ont des diversités de
Shannon supérieures à ceux des provenances locales.

Jatropha curcas L. est une plante qui n’exerce pas d’influence négative sur les
propriétés biologiques des sols, mais au contraire améliore ces caractéristiques. En revanche, il
ne faut pas s’attendre à d’importants effets d’amélioration comme on pourrait l’avoir avec
d’autres plantes.

*PERSPECTIVES

Nos analyses métagénomiques se sont limitées à la communauté des bactéries identifiant

les principaux phyla intervenant dans la décomposition des litières foliaires de Jatropha et
présents dans sa rhizosphère. Cependant, le rôle des champignons sur la décomposition de la
litière de Jatropha reste à être élucidé surtout dans la minéralisation des parties récalcitrantes.
Ainsi, il conviendrait d’effectuer une étude métagénomique des communautés fongiques des
sols cultivés avec Jatropha.

Un approfondissement de l’exploration de nos données de séquençage pour la détection

d’espèces bactériennes d’intérêt surtout des espèces rares sera effectué. Nous envisageons aussi
d’effectuer une étude sur la diversité, la structure et l’activité des communautés microbiennes
aux différents stades de développement de Jatropha (après semis, à la montaison, à la floraison
et à la récolte) pour mieux comprendre la dynamique des caractéristiques biologiques durant le
cycle de développement de la plante.

Une étude sur l’impact des tourteaux et de leur association avec les litières de Jatropha
sur les paramètres agronomiques de Jatropha lui-même ainsi que sur les caractéristiques
chimiques des sols et sur la dynamique microbienne est également envisagée. Les résultats dans
ces expérimentations pourraient contribuer à une meilleure valorisation des tourteaux de

111
 Conclusion générale et perspectives

Jatropha pour leur utilisation à long terme sur des plantations à grande échelle de Jatropha lui-
même pour une production de biocarburant.

*RECOMMANDATIONS

Dans notre étude, les sols cultivés avec la provenance locale de Jatropha nommée
Lompoul présentent les meilleures qualités ; nous recommandons ainsi une utilisation de cette
provenance et des provenances locales mieux adaptées aux conditions pédoclimatiques locales
dans les champs de plantation de Jatropha. Cependant, la productivité des plantes est également
à prendre en compte dans le cadre de plantations à grande échelle pour d’éventuelles
productions de biocarburant.

Nous suggérons également l’utilisation de litières foliaires de Jatropha en tant que

paillage car ces litières permettent une amélioration de la qualité des sols et participent
également au stockage du carbone.

112
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
 Références bibliographiques

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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124
ANNEXES
 Annexes

ANNEXES
ANNEXE 1 : Systématique de Jatropha curcas L.

Règne Plantae

Sous-règne Tracheobionta

Division Magnoliophyta

Classe Magnoliopsida

Sous-classe Rosidae

Ordre Euphorbiales

Famille Euphorbiaceae

Genre Jatropha

ANNEXE 2 : Réactifs utilisés pour le Van Sœst

- Sodium dodecyl sulfate, sel monosodique (lauryl sulfate de sodium), (C12H25NaO4),

- Ethylène-diamine-tétra-acétate, sel disodique dihydraté (EDTA-Na), (C10H14N2Na2O8, 2H2O)
- Tétraborate de sodium décahydraté, (Na2B4O7, 10H2O).
- Hydrogénophosphate, sel disodique anhydre, (Na2HPO4).
- Triéthylèneglycol, (C6H14O4).
- Bromure d’Hexadécyltriméthylammonium bromure (C19H42NBr), (C.T.A.B).
- Acide sulfurique concentré, (H2SO4), d = 1,84.
- Acétone pur, (C3H6O).
- Octanol, anti-mousse reconnu sans influence sur la valeur des résultats.
Préparation des solutions
Solution au détergent neutre (NDF)
Dans un bêcher de 1 litre
- mettre 30 g de dodecyl sulfate de sodium dans 400 ml d’eau déminéralisée,
- agiter à l’aide d’un agitateur magnétique jusqu'à dissolution complète,
- ajouter à la solution 18,61 g d’EDTA-Na,
- ensuite 6,81 g de tétraborate de sodium,
- et enfin 4,56 g d’hydrogénophosphatede sodium,
- agiter le tout jusqu'à dissolution complète,

a
 Annexes

- transvaser dans une fiole jaugée de 1litre,

- ajouter 10 ml de trièthylèneglycol,
- compléter à 1 L, mélanger pour bien homogénéiser
- vérifier que le pH se situe bien entre 6,9 et 7,1
Solution au détergent acide (ADF)
Dans une fiole jaugée de 1 L,
- mettre 800 ml d’eau déminéralisée,
- dissoudre dans l’eau 20 g de hexadecyltriméthylammonium bromure (CTAB),
- ajouter 26,7 ml d’acide sulfurique concentré,
- agiter à l’aide d’un agitateur magnétique jusqu'à dissolution complète,
- compléter à 1litre et homogénéiser.
Réactif d’extraction acide ADLorg (H2SO4 72%)
Dans un bêcher de 2 litres réfrigéré,
- mettre 440 ml d’eau déminéralisée (il est préférable que l’eau utilisée soit aussi réfrigérée),
- ajouter 750 ml d’acide sulfurique (densité =1,634),
- l’ajout de l’acide doit se faire de façon lente et progressive (afin d’éviter le choc thermique),
- le mélange doit être utilisé lorsqu’il est revenu à température ambiante.

b
 Annexes

ANNEXE 3: Abondance relative des phyla au cours du temps

Ban1
70
Abondance relative en pourcentage

60

50

40 firmicutes

30 proteobacteria
acidobacteria
20
actinobacteria
10

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

Ban2
70
Abondance relative en pourcentage

60

50

40 firmicutes

30 proteobacteria
acidobacteria
20
actinobacteria
10

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

c
 Annexes

MB1
Abondance relative en pourcentage 70

60

50

40 firmicutes

30 proteobacteria
acidobacteria
20
actinobacteria
10

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

MB2
70

60
Abondance relative en pourcentage

50

40 firmicutes

30 actinobacteria

proteobacteria
20
acidobacteria

10

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

d
 Annexes

Moz1
70
Abondance relative en pourcentage

60

50

40 firmicutes
30 proteobacteria
acidobacteria
20
actinobacteria
10

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

Moz2
70
Abondance relative en pourcentage

60

50

40 firmicutes

30 proteobacteria
acidobacteria
20
actinobacteria
10

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

e
 Annexes

TZ1
Abondance relative en pourcentage 70

60

50

40 firmicutes

30 actinobacteria
proteobacteria
20
acidobacteria
10

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

TZ2
70
Abondance relative en pourcentage

60

50

40 firmicutes

30 proteobacteria
acidobacteria
20
actinobacteria
10

0 Jours
0 20 40 60 80 100 120

f
 Annexes

ANNEXE 4 : Amorces et codes-barres utilisés pour le pyroséquençage

Echantillons BarcodeSequence LinkerPrimerSequence BarcodeName SampleType Description

FOI ACTCGTCT AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit100 Rhizo FOI1
IND ACTCCTGT AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit97 Rhizo INDE
KAM ACTCGAGT AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit99 Rhizo KAMOGHONE
LOMP ACTCGTGA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit101 Rhizo LOMPOUL
MOZ ACTCGACA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit98 Rhizo MOZAMBIQUE
TANZ ACTCCTCA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit96 Rhizo TANZANIE
LB10 AATTCGCG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit17 Incub0 Ban1 à 0 jour
LB1120 ACTCACTC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit91 Incub120 Ban1 à 120 jours
LB128 ACACTGTG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit37 Incub28 Ban1 à 28 jours
LB13 ACACCTCT AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit28 Incub3 Ban1 à 3 jours
LB156 ACCTCAAG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit46 Incub56 Ban1 à 56 jours
LB190 ACGTGAAG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit82 Incub90 Ban1 à 90 jours
LB20 AATTGCCG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit19 Incub0 Ban2 à 0 jour
LB2120 ACTCAGAC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit92 Incub120 Ban2 à 120 jours
LB228 ACAGACAG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit38 Incub28 Ban2 28 jours
LB23 ACACCTGA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit29 Incub3 Ban2 à 3 jours
LB256 ACCTCATC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit47 Incub56 Ban2 à 56 jours
LB290 ACGTGATC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit83 Incub90 Ban2 à 90 jours
MB10 AATAGGCG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit15 Incub0 MB1 à 0 jour
MB1120 ACGTTGGT AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit89 Incub120 MB1 à 120 jours
MB128 ACACTCTC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit35 Incub28 MB1 à 28 jours
MB13 ACACCACA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit26 Incub3 MB1 à 3 jours
MB156 ACCTAGCA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit44 Incub56 MB1 à 56 jours
MB190 ACGTCTAG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit80 Incub90 MB1 à 90 jours
MB20 AATTCCGG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit16 Incub0 MB2 à 0 jour
MB2120 ACTCACAG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit90 Incub120 MB2 à 120 jours
MB228 ACACTGAC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit36 Incub28 MB2 à 28 jours

g
 Annexes

Echantillons BarcodeSequence LinkerPrimerSequence BarcodeName SampleType Description

MB256 ACCTAGGT AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit45 Incub56 MB2 à 56 jours
MB290 ACGTCTTC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit81 Incub90 MB2 à 90jours
Moz10 AATTGGCC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit21 Incub0 Moz1 à 0 jours
Moz1120 ACTCAGTG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit93 Incub120 Moz1 à 120 jours
Moz128 ACAGACTC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit39 Incub28 Moz1 à 28 jours
Moz13 ACACGACT AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit30 Incub3 Moz1 à 3 jours
Moz156 ACCTCTAC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit48 Incub56 Moz1 à 56 jours
Moz190 ACGTGTAC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit84 Incub90 Moz1 à 90 jours
Moz20 ACACACAC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit22 Incub0 Moz2 à 0 jours
Moz2120 ACTCCACT AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit94 Incub120 Moz2 à 120 jours
Moz228 ACAGAGAC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit40 Incub28 Moz2 à 28 jours
Moz23 ACACGAGA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit31 Incub3 Moz2 à 3 jours
Moz256 ACCTCTTG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit49 Incub56 Moz2 à 56 jours
Moz290 ACGTGTTG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit85 Incub90 Moz2 à 90 jours
T0 ACACACTG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit23 Incub0 Témoin à 0 jour
T120 ACTCCAGA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit95 Incub120 Témoin à 120 jours
T28 ACAGAGTG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit41 Incub28 Témoin à 28 jours
T3 ACACGTCA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit32 Incub3 Témoin à 3 jours
T56 ACGTAGGA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit77 Incub56 Témoin à 56 jours
T90 ACGTTCCT AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit86 Incub90 Témoin à 90 jours
TZ10 AATACGCC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit13 Incub0 TZ1 à 0 jour
TZ1120 ACGTTCGA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit87 Incub120 TZ1 à 120 jours
TZ128 ACACGTGT AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit33 Incub28 TZ1 à 28 jours
TZ13 ACACAGAG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit24 Incub3 TZ1 à 3 jours
TZ156 ACCTACCT AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit42 Incub56 TZ1 à 56 jours
TZ190 ACGTCAAC AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit78 Incub90 TZ1 à 90 jours
TZ20 AATAGCGG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit14 Incub0 TZ2 à 0 jour
TZ2120 ACGTTGCA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit88 Incub120 TZ2 à 120 jours
TZ228 ACACTCAG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit34 Incub28 TZ2 à 28 jours

h
 Annexes

Echantillons BarcodeSequence LinkerPrimerSequence BarcodeName SampleType Description

TZ256 ACCTACGA AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit43 Incub56 TZ2 à 56 jours
TZ290 ACGTCATG AGRGTTTGATCMTGGCTCAG 27Fmodtit79 Incub90 TZ2 à 90 jours

i
 Annexes

Annexe 5 : Valorisation des travaux de thèse

 Article accepté pour publication dans la revue Journal of Soil Science and
Environmental Management (JSSEM) :

Titre : The effect of Jatropha curcas L. leaf litter decomposition on soil carbon and nitrogen status and
bacterial community structure (Senegal)

Auteurs : DIEYE Tidiane, ASSIGBETSE Komi, DIEDHIOU Ibrahima, SEMBENE Mbacké, DIENG
Amadou Lamine, GUEYE Mariama et MASSE Dominique

Accepté le 26 Novembre 2015, publié en Mars 2016

 Communications

Communication 1: DIEYE Tidiane, ASSIGBETSE Komi, DIEDHIOU Ibrahima, SEMBENE

Mbacké et MASSE Dominique, 2014. Structure génétique des communautés bactériennes et
activité microbienne des sols sous l’influence de différents types de litière de Jatropha curcas L.
Poster présenté lors des doctoriales de l’ED-SEV (5ème édition).

Communication 2: DIEYE Tidiane, MASSE Dominique, DIEDHIOU Ibrahima, SEMBENE

Mbacké et ASSIGBETSE Komi, 2015. Structure, diversité génétique et dynamique des
communautés bactériennes et activité microbienne des sols sous l’influence de la culture de
Jatropha curcas L. Formation SENEBIO 2015.

j
 Annexes

Article :

k
 Annexes

Communication 1:

l
 Annexes

Communication 2 :

m
Titre : Diversité génétique, structure et activité des communautés microbiennes des sols sous l’influence de Jatropha curcas
L., évaluation de son potentiel de stockage du carbone dans les sols

Résumé :
Jatropha curcas L. (JCL) est une plante pouvant être utilisée à la fois comme productrice de biocarburant, un outil permettant
la séquestration du carbone et un moyen pour réhabiliter les sols. Jatropha curcas est la seule plante productrice de biocarburant
qui permet une réduction rapide des gaz à effet de serre. Cependant, les effets à long terme de cette culture sur les autres
caractéristiques environnementales et surtout sur les composantes biologiques du sol ne sont pas clairement établis. C’est ainsi
que nous nous sommes intéressés à l’impact de la culture de Jatropha sur l’activité et la diversité microbienne des sols ainsi
que sur la disponibilité des nutriments. De plus, notre étude cherche à modéliser la dynamique du carbone dans des sols cultivés
avec Jatropha pour mieux comprendre l’impact de Jatropha dans le stockage du carbone. Pour atteindre nos objectifs, des
expérimentations ont été menées; d’abord dans des conditions de laboratoire, nous avons examiné l’impact de feuilles (fraîches
et sénescentes) de différentes provenances de Jatropha sur les cycles du carbone et de l’azote ainsi que sur la dynamique des
communautés bactériennes des sols. Dans cette expérimentation, les feuilles sénescentes jaunes et fraîches de quatre
provenances de Jatropha dont deux originaires du Sénégal : Banfadjiré (Ban) et Madiop Boye (MB) ; une provenant de
Mozambique (MOZ) et une de Tanzanie (TZ) ont été apportées à du sol et incubées pendant 120 jours (avec six sorties
d’incubation : 0, 3, 28, 56, 90 et 120 jours). Cette expérimentation nous a montré que l’apport de feuilles de Jatropha au sol
entraîne une augmentation de la diversité alpha et que la composition chimique des feuilles de Jatropha varie en fonction de la
diversité phénotypique des provenances; ce qui impacte la diversité et la richesse spécifique de la communauté bactérienne
totale. Les pourcentages de carbone récalcitrant des feuilles de Jatropha varient entre 70,01% et 73,33% du carbone total pour
les feuilles fraîches et entre 72% et 77,33% pour les feuilles sénescentes. Ainsi, Jatropha joue un rôle important dans le stockage
du carbone dans les sols. Afin d’étudier les paramètres biologiques et chimiques des sols en réponse directe avec la culture de
Jatropha, d’autres expérimentations ont été réalisées sur des sols rhizosphériques de six provenances de Jatropha dont trois
locales (Kamonghone, Fois 1 et Lompoul) et trois exotiques (Inde, Tanzanie et Mozambique), mais aussi des systèmes de
culture de Jatropha en association avec la culture du mil. Ces plantations de Jatropha ont été installées dans le village de Ngoui
(13°59'44.07"N ; 15°35'52.15"O) de la région de Kaffrine (Sénégal). Cette étude a montré que la culture de Jatropha améliore
la qualité biologique et chimique des sols. La communauté bactérienne rhizosphérique est façonnée par la diversité
phénotypique de Jatropha. Les sols cultivés avec les provenances exotiques de Jatropha ont eu des diversités de Shannon
relativement supérieures aux sols cultivés avec les provenances locales. Cependant, la culture de la provenance Lompoul qui
est une provenance locale donc mieux adaptée aux conditions locales, entraîne une meilleure amélioration des teneurs en azote
total et en nitrates et de la diversité de Shannon des communautés bactériennes nitrifiantes et dénitrifiantes. Les activités
enzymatiques de la Béta-glu et de la phosphatase acide ainsi que la biomasse microbienne sont également plus élevées avec la
culture de la provenance Lompoul. Jatropha curcas L., une plante pérenne productrice de biocarburant, ne présente pas
d’influence négative sur les cultures annuelles associées telles que le mil.

Mots-clés : Jatropha curcas L. ; diversité alpha ; activité microbienne ; rhizosphère ; litière ; DGGE ; pyroséquençage ;
métagénomique ; stockage du carbone.

Title: Genetic diversity, structure and activity of microbial communities in soil cultivated with Jatropha curcas L.,
evaluation of its soil carbon storage potential

Abstract:
The non eddible biofuels production plant, Jatropha curcas L. (JCL) or pourghere, is an excellent tool for carbon sequestering
and marginal land rehabilitation. It is the only biofuel producer that allows an immediate greenhouse gas reduction. However,
low informations are available on the effect of this plant on soil biological component. Therefore our study is focusing on
microbial activity, biodiversity and nutrients availability in soils cultivated with J. curcas. We are also studying the potential
of this plant to sequester carbon in soil by modeling soil JCL litter carbon dynamic. Firstly, laboratory experimental was
conducted to determine the impact of fresh and senescent leaves coming from on different J. curcas origin on carbon and
nitrogen cycles and on soil bacteria community dynamic. Two of origin used in this study are local plants coming from to
Senegal (Ban: Banfadjiré and MB: Madiop Boye) and the two others origin are exotic plants, one coming from to Mozambique
(MOZ) and one from Tanzania (TZ). All leaf litter types of all origin were mulching on soil and incubated fours month with
six sampling dates (0, 3, 28, 56, 90 and 120 days). This experimentation shows that Jatropha leaf litter increase soil bacterial
alpha diversity which varied among phenotypic Jatropha diversity of origin. JCL green leaves recalcitrant carbon content was
estimated between 70.01% and 73.33% of total C content and senescent leaf litter between 72% and 77.33%. This finding
suggests that Jatropha litter can contribute to a large part to soil carbon storage. The second experiment was conducted on field
(Ngoui village of Kaffrine located at 13°59'44.07"N; 15°35'52.15"O in Senegal) for studying biological and chemical
characteristic of soil rhizospheric of local (Kamonghone, Fois 1 and Lompoul) and exotic (Inde, Tanzanie and Mozambique)
J. curcas plants but also of association of Jatropha with millet. Results of this study show that Jatropha cultivation increase
biological and chemical soil quality. Like litter, Jatropha phenotypic diversity impact bacterial soil rhizospheric diversity which
is relatively superior in soil cultivated with exotic than local plant. However soil parameter such as nitrogen, nitrates, microbial
biomass, betaglucosidase and phosphatase activity but also nitrifying and denitrifying bacterial diversity are increased by
Lompoul origin which is better adapted to local conditions. Jatropha curcas, perennial plant biocarburant producer may be
associated with edible annual plants.

Keywords: Jatropha curcas L.; alpha diversity; microbial activity; rhizosphere; litter; DGGE; pyrosequencing; metagenomics;
carbon storage.