Travaux Pratiques de Bio-informatique
Par M. OUNISSI
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TP04 : La structure de L’A.D.N.
Avec le logiciel Pymol
La structure de L’A.D.N. (logiciel Pymol)
Malgré la puissance des microscopes modernes, les images des molécules de la
matière vivante ne sont pas assez détaillées. Par contre, on parvient, en combinant les
résultats des analyses expérimentales (chimiques, cristallographiques et de résonance
magnétique nucléaire (RMN)) à fournir suffisamment d’informations à de puissants
ordinateurs pour qu’ils puissent calculer un modèle moléculaire en 3D que l’on peut
ensuite manipuler grâce aux fonctions d’un logiciel de visualisation comme le Pymol.
Vous trouvez la version gratuite dans le site ([Link]
[Link]/)décompresser le fichier et installer le logiciel.
On commence :
Lancer le programme Pymol .
Ouvrir le fichier [Link] pour charger le modèle de la molécule d’acide
désoxyribonucléique ou A.D.N..
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Par M. OUNISSI
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I. L’ORGANISATION DANS L’ESPACE DE
LA MOLÉCULE D’A.D.N.
Choisir la représentation en bâtonnets
(Stick)
La faire tourner dans tous les sens.
Colorer les Atomes par Chaîne.
1. De combien de chaînes est constituée la
molécule d’ADN ?
Changer la présentation moléculaire en ruban
2. Quelle est la forme en trois
dimensions de cette molécule ?
3. Schématise-la de manière simplifiée
(légende à mettre : chaîne ou hélice a,
chaîne ou hélice b).
4. Changer la présentation moléculaire en surface
Pouvez-vous localiser le grand et le
petit sillon.
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Par M. OUNISSI
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II. LES ATOMES CONSTITUTIFS DE LA
MOLÉCULE D’A.D.N.
Changer la présentation moléculaire en
ball and stick
1. Quels sont les atomes présents dans
la molécule (ne tenir compte que de la
1ère lettre) ?
2. Cette molécule est-elle d’origine organique ? Justifie.
III. LES NUCLÉOTIDES
Chaque chaîne de la molécule d’A.D.N. est constituée d’une polymérisation d’unités
répétitives : les nucléotides. En cliquant sur n’importe quel atome de la molécule
d’A.D.N., la lettre de la base du nucléotide sélectionné apparaît dans la fenêtre blanche.
1. Combien existe-t-il de bases différentes ?
2. Lesquelles ?
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