La biochimie, une approche moléculaire du vivant

(Moodle : KSVX1AHU - Biochimie 1)

Fascicule d’exercices
de travaux dirigés

A chaque séance de travaux dirigés vous seront proposés une série d’exercices :
- d’application directe du cours
- d’entraînement
- de perfectionnement

Les exercices d’application directe du cours sont à faire avant la séance de TD considérée
et ne seront pas corrigés en séance. Le corrigé sera à disposition sur Moodle. Vous pourrez
demander des éclaircissements à votre enseignant lors de la séance si vous n’avez pas
compris le corrigé.
Les exercices d’entraînement sont à faire avant la séance de TD considérée et seront
corrigés en séance par l’enseignant avec votre participation active.
Les exercices de perfectionnement peuvent être faits avant la séance de TD considérée,
mais l’enseignant vous laissera du temps pour faire ces exercices en séance et sera là pour
vous aider. Ces exercices seront corrigés en séance avec votre participation active.

Bon travail !!

Séance n°1 : Notions de base et lipides

Séance n°2 : Lipides Membranaires

Séance n°3 : Acides aminés et protéines

Séance n°4 : Protéines

1
Données :
* molécules à connaitre

2
Tableau des 20 acides
aminés représentés sous
leur forme majoritaire à
pH 7,4 (structures à
connaître, les valeurs de
pKa seront données)

3
 Séance 1 : Notions de base et lipides

Exercices d’application directe du cours

Exercice 1 :
Ecrire avec une écriture différente les molécules suivantes :

Exercice 2 :
Parmi les molécules suivantes, reconstituer les paires de molécules identiques mais écrites
différemment et choisir dans la liste la ou les fonctions chimiques présentes sur ces
molécules.
Liste des fonctions chimiques (à connaitre) : Alcool, acide, amine, amide, ester, thiol.

O H 3C (C H 2)10C O O H SH

A OH B C

O NH O
N H 3+
C H 3C H 2S H
-
D O O
E G
F

O +
H 3N C OO- O
H 3C (C H 2)2C O C H 3 CH
H 3C (C H 2)3C N H (C H 2)3C H 3
I J
H C H3

4
Exercices d’entrainement

Exercice 3 :
Le glucose, l’adénosine monophosphate, la glycine, l’ocytocine, l’acide stéarique, la taurine,
le cholestérol, l’urée, le tripalmitoylglycérol, les vitamines C et E sont des biomolécules aux
propriétés et fonctions variées.
A partir des structures chimiques de ces biomolécules classer les molécules en 2 catégories :
a- solubles dans l’eau
b- peu ou pas solubles dans l’eau.
Justifier vos choix.

Exercice 4 :
Les bactéries sont entourées d’une enveloppe composée de constituants, dont certains sont
particuliers au monde bactérien et qui sont reconnus par le système immunitaire (SI) inné des
organismes eucaryotes.
1) Pourquoi certains constituants bactériens sont reconnus par le SI ? A quoi sert cette
reconnaissance ?
2) Comment le SI inné reconnaît-il une bactérie ? (Donner le nom de la famille, et deux
exemples, de partenaires moléculaires impliqués dans cette reconnaissance)
L’enveloppe des bactéries renferme des lipides et notamment des acides gras spécifiques à
certaines espèces bactériennes.
Ainsi Mycobacterium tuberculosis, l’agent responsable de la tuberculose, synthétise l’acide
tuberculo-stéarique et des acides mycoliques.
3) Ecrire, en structures semi-développée et topologique (schématique), la structure de
l’acide stéarique.
4) Numéroter les atomes de carbone de l’acide stéarique.
5) Sachant que l’acide tuberculo-stéarique est un acide stéarique portant une ramification
méthyl sur le carbone 10, écrire la structure de cet acide gras en structure topologique.
6) Les acides mycoliques sont des acides gras, à nombre élevé d’atomes de carbone, α
ramifié et β hydroxylé. Ecrire la structure semi-développée d’un acide mycolique C60:0
portant une ramification alkyl de 22 atomes de carbone.

5
Exercices de perfectionnement :

Exercice 5 :
Les bactéries diderme (Gram-) synthétisent le lipide A dans lequel on peut trouver des acides
gras particuliers tels que l’acide 3-hydroxy tétradécanoïque. Cet acide est lié, par liaison
amide, à une fonction amine et il forme également une liaison ester avec un autre acide gras,
l’acide laurique.
1) Ecrire la structure topologique (schématique) de l’acide 3-hydroxy tétradécanoïque.
2) Donner deux autres noms possibles pour cet acide gras.
3) Ecrire l’acide 3-hydroxy tétradécanoïque lié à une fonction amine puis sa liaison à
l’acide laurique.

Exercice 6 :
La nature des acides gras joue un rôle important dans la fluidité des membranes biologiques.
En effet la cohésion entre les lipides membranaires dépend en partie de la nature des acides
gras entrant dans la composition de ces lipides.
Les acides gras possèdent parfois des insaturations (double liaison) qui modifient de manière
significative leurs propriétés physico-chimiques. Le tableau ci-dessous contient 4 acides gras
à 18 atomes de carbone à pH 7,4 (acylates) mais ayant un nombre décroissant d’insaturations.

Nom de Nomenclature Masse molaire Point de fusion à pression

l’acylate Cx :yΔa,b,c [Link]-1 atmosphérique
°C
Linolénate 277 -11,0
Linoléate 279 -5,0
Oléate 281 13,4
Stéarate 283 69,6

1) Compléter la colonne « Nomenclature » du tableau ci-dessus et écrire les formules

semi-développées des 4 acylates à pH7,4.
2) Rappeler la définition d’un point de fusion.
3) Quelle conclusion peut-on tirer de l’évolution du point de fusion de ces acides gras
insaturés en fonction du nombre d’insaturations retrouvées dans ces molécules ?
4) Pouvez-vous proposer une justification rationnelle à cette observation ?
5) Sous quel état se trouvent ces acides gras à température ambiante (25 °C).
Exercice 7 :
On dispose de bactéries capables d’incorporer dans leurs membranes des acides gras
exogènes fournis par le milieu de culture. Ceci leur permet d’adapter ou de maintenir la fluidité
de leur membrane, et donc de survivre à des variations de température.
1) Si les bactéries sont cultivées dans un milieu contenant un mélange d’acides gras
saturés et insaturés de même longueur, quelle différence dans la composition en
acides gras des lipides membranaires peut-on s’attendre à observer après
plusieurs générations si la culture est maintenue à 18°C ou à 40°C ?
2) Même question si le milieu de culture contient un mélange d’acides gras saturés à
chaîne courte et longue.

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 Séance 2 : Lipides membranaires

Exercices d’application directe du cours

Exercice 1 :
Certains lipides sont issus de la réaction d’acides gras sur un polyol à trois carbones. On
nomme cette réaction, réaction d’estérification. C’est une réaction de déshydratation.
1) Donner le nom de ce polyol à trois carbones. Ecrire sa structure semi-développée plane.
2) Combien de fonction alcool trouve-t-on sur cette molécule ?
3) Ecrire la structure du composé A qui consiste en une molécule de ce polyol ayant réagi
avec une molécule d’acide palmitique en position 1, une molécule d’acide oléique en
position 2 et une molécule d’acide linoléique en position 3.
A quelle famille de lipides appartient le composé A ?
4) Ecrire la molécule B qui consiste en une molécule de ce polyol ayant réagi avec une
molécule d’acide palmitique en position 1, une molécule d’acide oléique en position 2 et
une molécule de phosphoéthanolamine en position 3. A quelle famille de lipides appartient
cette molécule B ?
5) Ecrire la molécule C qui consiste en une molécule de sphingosine ayant réagi avec une
molécule d’acide linoléique et une molécule de phosphocholine. A quelle famille de lipides
appartient le composé C ?
6) Entourer et nommer les fonctions chimiques présentes sur chacun de ces composés.

Exercices d’entraînement

Exercice 2 :
Les membranes bactériennes et eucaryotes se différencient notamment par leur composition.
En effet les membranes des cellules eucaryotes renferment en plus des
glycérophospholipides, des sphingolipides et des stérols.
1) A partir des composés B et C écrits dans l’exercice d’application, expliquer comment ces
molécules peuvent s’organiser dans une membrane biologique ? Les représenter en
distinguant bien les parties hydrophile(s) et hydrophobe(s). Expliquez pourquoi le
composé A n’est pas retrouvé au niveau des membranes biologiques.
2) Les phospholipases A1, A2, C et D peuvent-elles agir sur les 3 composés A, B et C écrits
dans l’exercice d’application ?

Exercice 3 :
Le cholestérol est une molécule retrouvée dans les membranes
biologiques des cellules eucaryotes animales mais qui sert également
de précurseur à des molécules essentielles au fonctionnement normal
de l’organisme.

1) A partir du schéma ci-contre, expliquer comment le cholestérol

s’insère dans une biomembrane lipidique.
2) Citer deux familles de molécules dont le cholestérol est le
précurseur.
3) Dans le sang, le cholestérol est présent sous forme d’ester de cholestérol. Ecrire la
réaction de formation d’un cholestéryl stéarate.

7
Exercices de perfectionnement :

Exercice 4 :
Les bactéries sont entourées d’une enveloppe composée de constituants, dont certains sont
particuliers au monde bactérien et qui sont reconnus par le système immunitaire des
organismes eucaryotes.
Les lipoprotéines bactériennes sont des protéines membranaires ayant diverses fonctions, de
la physiologie cellulaire à la virulence en passant par la division cellulaire. Chez les bactéries
pathogènes, elles peuvent jouer un rôle dans l’adhérence aux cellules hôtes, la modulation
des phénomènes inflammatoires ou la translocation des facteurs de virulence dans les cellules
hôtes. Ces molécules sont exprimées aussi bien par les bactéries didermes (Gram-) que
monodermes (Gram+).
Les lipoprotéines sont synthétisées sous la forme de pré-prolipoprotéines qui seront ensuite
modifiées par des enzymes pour donner les lipoprotéines matures (figure 1).

Figure 1 : Biosynthèse des lipoprotéines bactériennes. Ces molécules sont synthétisées sous
la forme de pré-prolipoprotéine comportant un peptide signal (SP) permettant l’ancrage de la
protéine à la membrane plasmique de la bactérie. Une première enzyme, la Lgt permet le
transfert d’un diacyl glycerol (DAG) sur le groupement thiol de la cystéine, générant ainsi une
prolipoprotéine. Une deuxième enzyme, la Lsp clive le peptide signal donnant naissance à une
lipoprotéine mature. Chez les bactéries didermes (Gram-) et certaines bactéries monodermes
(Gram+), un résidu acyl est ajouté sur la cystéine grâce à l’enzyme Lnt.
La lettre X représente la chaîne polypeptidique de la lipoprotéine.

L'enzyme Lnt catalyse le transfert d'un acyl, le palmitoleyl, de la position 2 d’une phosphatidyl
éthanolamine sur la fonction amine de la cystéine N-terminale de la partie protéique.

1) Ecrire la structure de la 1-stéaroyl, 2-palmitoleyl phosphatidyl éthanolamine.

2) Ecrire la réaction catalysée par la Lnt à partir de cette phosphatidyl éthanolamine. On
symbolisera la fonction amine de la cystéine de la lipoprotéine par R-NH2.
3) Comment appelle-t-on le produit de la réaction issue de la phosphatidyl éthanolamine ?
Quelle propriété possède-t-il par rapport à la phosphatidyl éthanolamine ?
4) A l’aide d’un schéma représentant une membrane bactérienne expliquer comment une
lipoprotéine est ancrée dans la membrane, en précisant les parties hydrophiles et
hydrophobes de la lipoprotéine et des constituants de la membrane. Vous vous aiderez
pour cela des informations contenues dans la légende de la figure.

Séance 3 : Acides aminés et protéines

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Exercices d’application directe du cours

Exercice 1 :
Les pKa des fonctions amine et acide carboxylique de la glycine sont respectivement de 9,8 et
2,4 (cf tableau des acides aminés).
1) Sur un axe gradué en pH, représenter en structure topologique les formes majoritaires
des espèces acido-basiques relatives à cet acide aminé en précisant la charge globale
des différentes espèces.
2) Donner la définition du point isoélectrique (pI ou pHi).
3) Calculer le point isoélectrique de la glycine.
4) Rappeler l’équation d’Henderson-Hasselbach. Les formes protonées et déprotonées
d’une fonction représentent 100% des formes possibles quel que soit le pH ([forme
acide] + [forme basique] =100% des molécules). A partir de ces 2 équations à 2
inconnues, calculer les pourcentages des différentes formes de la glycine à pH 1,4 puis
à 7,4.

Exercice 2 :
Sur un axe gradué en pH, représenter les domaines de prédominance des espèces acido-
basiques de l’acide aspartique en précisant la charge globale des différentes espèces.
Calculer son point isoélectrique (pI ou pHi).

Exercices d’entraînement

Exercice 3 :
Sur un axe gradué en pH, représenter en structure topologique les formes majoritaires des
espèces acido-basiques de la lysine en précisant la charge globale des différentes espèces.
Calculer son point isoélectrique (pI ou pHi).

Exercice 4 :
Les staphylocoques dorés, Staphylococcus aureus, deviennent résistants aux antibiotiques.
De nouvelles stratégies sont recherchées pour lutter contre ces infections bactériennes. L’une
d’entre elles consiste à détourner PepA1, une toxine sécrétée par ces bactéries et capable de
lyser la bactérie elle-même dans certaines conditions. Grâce à la connaissance de la séquence
totale de la toxine PepA1 constituée de 31 résidus d’acides aminés, le peptide nommé Pep11
de séquence Phe-Phe-Trp-Arg-Arg-Thr-Lys a pu être synthétisé chimiquement : ce peptide est
dépourvu de propriété hémolytique mais conserve sa capacité à lyser les staphylocoques
dorés. Pour l’ensemble des questions, on se trouve à pH 7,4.
1) Écrire la réaction (avec les structures semi-développées) entre une molécule de
Thréonine et une molécule de lysine qui donne le dipeptide Thr-Lys.
2) Comment se nomme la fonction chimique apparue lors de la réaction entre les deux
acides aminés ? Quelle caractéristique particulière possède cette fonction chimique ?
Expliquer pourquoi.
3) Représenter ce dipeptide à pH 2 et à pH 13
4) Indiquer où se trouvent les parties N-ter et C-ter du dipeptide.
5) Ecrire la formule semi-développée du peptide Pep11. Indiquer la nature hydrophile ou
hydrophobe des chaines latérales des résidus constituant ce peptide.

Rq : Les pKa des extrémités N et C terminales d’un peptide ont des valeurs proches
de 7,8 et 3,8 respectivement.

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Exercices de perfectionnement :

Exercice 5 :
Les staphylocoques dorés, Staphylococcus aureus, sont des bactéries pathogènes pour
l’espèce humaine. Elles sont notamment responsables d’infections cutanées et alimentaires
graves.
Les staphylocoques dorés sont à l’origine du syndrome de choc toxique qui peut apparaitre
après une opération chirurgicale ou lors de l’utilisation prolongée de tampons hygiéniques. En
effet, les staphylocoques dorés produisent une protéine de 195 résidus d’acides aminés
nommée TSST-1, pour Toxic Shock Syndrome Toxin 1, qui interagit avec les complexes
majeurs d'histocompatibilité de classe II et déclenche une réponse immunitaire accompagnée
d’une inflammation violente. TSST-1 contient une quantité importante de résidus d’acides
aminés hydrophobes et est pourtant caractérisée par une solubilité importante dans l’eau.
TSST-1 a un pI de 7,2.
1) Calculer la masse moléculaire de la TSST-1 (masse moyenne d’un résidu 115 Da).
2) Citer 4 résidus hydrophobes qui peuvent constituer l’essentiel de la séquence peptidique
de TSST-1 ?
3) Comment expliquer que la protéine TSST-1 soit soluble dans l’eau ?
4) Que signifie la phrase : « TSST-1 a un pI de 7,2 » ? Quels types d’interactions peuvent
s’établir avec des biomolécules présentes dans le voisinage de TSST-1 à pH7,4 ?

Une infection aux staphylocoques dorés est traitée à l’aide de l’oxacilline, un

antibiotique de la famille de la pénicilline qui inhibe l’action de la protéine PLP,
enzyme activant la synthèse du peptidoglycane bactérien. Le traitement curatif
est administré en perfusion intraveineuse à raison de 150 mg/kg/jour réparties
en 6 injections journalières. L’oxacilline est vendu sous la forme d’une solution
tampon phosphate de 25 mL contenant 5 g d‘antibiotique.
5) Repérer sur la molécule les groupements hydrophiles sur la formule semi-
développée de l’oxacilline.
6) Vérifier que la masse quotidienne ne dépasse pas la dose maximale préconisée de 12
g/jour pour une personne de 70kg.
7) Calculer le volume d’une injection.

10
 Séance 4 : Protéines

Exercices d’application directe du cours

Exercice 1 :
Une protéine est composée de 382 résidus d’acides aminés. Son rayon hydrodynamique est
estimé à 3,4 nm (détermination par une technique de filtration sur gel dont le principe sera vu
au semestre prochain). Cette même technique permet d’évaluer sa masse moléculaire en
solution à 88 kDa.
1) Citer les divers types de structures secondaires qui existent dans les protéines.
2) Comment ces structures sont-elles stabilisées ?
3) Si la protéine était entièrement sous forme d'une hélice  unique, quelle taille (en nm)
aurait- elle ?
4) Même question si la protéine était entièrement sous forme d’un brin  unique.
5) Comment expliquer alors sa taille relativement compacte ?
6) D’après le nombre de résidus qui la composent quelle masse moléculaire doit avoir cette
protéine ?
7) Comment expliquer que sa masse moléculaire en solution soit mesurée
expérimentalement égale à 88 kDa ?

Exercice 2 :
Le site catalytique d’une enzyme possède deux résidus d’acides aminés (Asp et Ser)
essentiels pour son activité. Reproduire le schéma ci-dessous, en faisant apparaître les
structures semi-développées des deux résidus d’acides aminés indiqués à pH 7,4. Indiquer
les extrémités N et C terminales de la séquence schématisée.

Données : les pKa des extrémités N- et C-terminales d’un peptide ont des valeurs proches de 7,8 et
3,8 ; pKRAsp = 3,9.

Asp 176

Ser 152

11
Exercices d’entraînement

Exercice 2 :
Nous avons vu lors de la séance 2, exercice 4 que les lipoprotéines sont synthétisées sous la
forme de pré-prolipoprotéines qui seront ensuite modifiées par des enzymes pour donner les
lipoprotéines matures (figure 1). Toutes les pré-prolipoprotéines ont une séquence très
conservée appelée lipobox.

Figure 1 : Biosynthèse des lipoprotéines bactériennes. Ces molécules sont synthétisées sous
la forme de pré-prolipoprotéine comportant un peptide signal permettant l’ancrage de la
protéine à la membrane plasmique de la bactérie. A l’intérieur du peptide signal, un
enchaînement de 5 résidus d’acides aminés constitue la lipobox qui est reconnue par les
enzymes qui génèrent la lipoprotéine mature. La Lgt permet le transfert d’un diacyl glycérol
(DAG) sur le groupement thiol de la cystéine, générant ainsi une prolipoprotéine. La Lsp clive
le peptide signal donnant naissance à une lipoprotéine mature. Chez les bactéries didermes
(Gram-) et certaines bactéries monoderme (Gram+), un résidu acyl est ajouté sur la cystéine.
1) Ecrire, en formule topologique, la structure de la lipobox en précisant l’extrémité N-
terminale et l’extrémité C-terminale de cette lipobox.
2) Ecrire la réaction catalysée par la Lipoprotein Signal Peptidase (Lsp) en ne faisant
apparaître que les deux résidus d’acides aminés de la lipobox (substrat de Lsp) impliqués
dans la réaction (formules semi-développées).
3) Quelle doit être la nature des résidus d’acides aminés constituant le peptide signal (SP).
Citer les acides aminés répondant à ce critère.
4) Le peptide signal (SP) possède, à son extrémité N-terminale, un résidu dont la chaine
latérale est chargée positivement au pH physiologique. Quels résidus d’acides aminés
pourraient constituer cette partie du peptide signal ?

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Exercices de perfectionnement :
Exercice 3 :
Les lipoprotéines sont reconnues par le récepteur TLR2. Ce récepteur est un hétérodimère qui
peut être constitué de l’assemblage de TLR1 et TLR2 ou de TLR2 et TLR6 (Fig1A). TLR1-
TLR2 reconnaît des lipoprotéines triacylées et également un ligand synthétique, qui mime les
lipoprotéines, le Pam3CSK4 (Fig1B à D).

Figure 1 : Représentations du récepteur TLR2

(A) Représentation schématique des deux formes hétérodimériques de TLR2, TLR2-TLR1 et
TLR2-TLR6.
(B) Représentation ruban de l’hétérodimère TLR2-TLR1 (partie extracellulaire)
(C) Détail de la zone de reconnaissance des lipoprotéines par TLR2-TLR1
(D) Résidus d’acides aminés impliqués dans la reconnaissance des lipoprotéines par TLR2-TLR1
(E) Représentation du volume des deux poches permettant l’accueil des résidus acyl des
lipoprotéines dans le récepteur TLR2-TLR1.

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1) Définir ce qu’est une protéine hétérodimérique.
2) En vous aidant des figures 1C et 1D déduire la signification de l’acronyme Pam3CSK4.
Ecrire la structure semi-développée du Pam3CSK4 à partir de la structure topologique de
cette molécule.
3) Pourquoi le Pam3CSK4 est reconnu par TLR1-TLR2 de la même façon que les
lipoprotéines triacylées étudiées dans l’exercice précédent? .
4) Repérer sur la figure 1B les différentes structures secondaires rencontrées dans ces
protéines. Quelles sont leurs caractéristiques ?
5) Quelle est la nature de la majorité des résidus d’acides aminés composant les poches
permettant l’accueil des résidus acyl des lipoprotéines dans le récepteur TLR2-TLR1
(Figure 1C et D). Pourquoi ?

L’acylation des lipoprotéines bactériennes est différente de celle des protéines eucaryotes.
Chez ces dernières on trouve des protéines N-myristoylées et S-palmitoylées.

6) Ecrire la structure topologique de la N-myristoylation et de la S-palmitoylation.

7) Quel est l’intérêt biologique de ces modifications post-traductionnelles ?
8) Définir ce qu’est une protéine intrinsèque et une protéine extrinsèque. Quelles sont leurs
caractéristiques ?

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