TP R

Sarah Fritesse Clément Elie-Mourguye

Q1- On constate que toutes les données sont bien complétées. Pour cela, on utilise le view
et on conclut en lisant dans les tableaux.

CALCULS PRÉLIMINAIRES

Q1- Valeur moyenne de chaque espèce:

dfs : 188.2333333 ele :481.5666667 slo : 3.4966667 dis:22.2010000 pH :8.0500000

har:86.1000000 pho : 0.5576667 nit:1.6540000 amm :0.2093333 oxy:9.3900000 bod :
5.1166667

Q2-De même avec la fonction apply, on détermine les écarts types de la manières suivante
et on obtient:

dfs :139.2433428 ele :271.3511128 slo :8.6564500 dis :8.6564500

pH:8.6564500 har: 18.1018586 pho :0.1737021 nit : 16.8652878 amm: 0.8764453
oxy :1.4133784 bod :3.8640771

Q3- Interprétation des données obtenues aux deux questions précédentes:

Au vu de la différence de distance des prélèvements, on peut déduire que les lieux de

prélèvement sont situés loin de la source. De même pour l’altitude qui est très variable,
indiquant aussi un fort espace entre chaque lieu de prélèvement. Grâce à l’écart type très
important on déduit que l’évolution de l’altitude est loin d’être constante. Quant au débit, on
constate qu’il est important.
D’autres part, pour les données chimiques, on constate que le pH est très peu
variable, justifiant une forte stabilité du cours d’eau ( même si un débit très important permet
d’atténuer l’effet de certains phénomènes) , on peut dire de même pour la dureté de l’eau.
De plus, le phosphate ainsi que la concentration en nitrate et en ammonium semble
concentré de manière assez faible même si on pourrait supposer qu’il y a des valeurs
importantes sur certains endroits au vu de la valeur assez élevée de l’écart type.
Pour l’oxygène dissous on a une concentration moyenne élevée ce qui traduit une bonne
oxygénation de la rivière. Finalement pour la DBO5 on a une valeur moyenne modérée,
mais la forte variabilité indique des zones avec des niveaux plus élevés de matière
organique dégradable.

q4-boxplot(env[,c(1,2)])
boxplot(env[,c(4,6)])
boxplot(env[,c(3,5,7,8,9,10,11)])

Grâce à cela, on a un diagramme à moustache visible et clair qui permet de bien

comprendre l’étendue de chaque donnée.

Exemple ici pour les données les plus faibles dont la variation n’était pas visible
précédemment..

ANALYSE DES DONNÉES ENVIRONNEMENTALES

q1-
Du point de vue de la distance à la source, l’évolution est cohérente, de même que
l’[Link] à la pente (slope), on constate clairement qu’elle est forte au début puis est
nettement plus faible ensuite pour évoluer de manière linéaire. Enfin, pour les données
géographiques, on a le débit qui augmente ce qui est logique car l’eau s’accumule au fil du
cours d’eau avec toutes les sources qui se rejoignent.
Ensuite, au niveau des données physico-chimiques, on voit que le pH est très stable, la
dureté garde une valeur faible et augmente légèrement par la suite. La concentration en
phosphate et en ammonium et DBO5 est stable sauf à deux stations, ce que l’on peut
expliquer par des pics de pollutions à ces endroits .Quant aux nitrates, leur concentration
augmente au fil des stations et finit par diminuer de manière non négligeable.

Ici, on peut clairement corréler l’évolution de l’altitude qui baisse de manière linéaire et le dfs
qui représente la distance à la source qui elle évolue de manière linéaire dans le sens
opposé. De même, à un facteur 2 près, l’évolution de la concentration en ammonium et en
phosphate est la même.

On construit donc de manière logique un graphe bivarié entre chaque binôme de variable:

On voit que la teneur en

DBO5 évolue de manière complémentaire à la concentration en oxygène ce qui est logique
au vu des phénomènes biologiques qui ont lieu dans les cours d’eau.

De même, on a ici une claire opposition entre la distance à la source et l’altitude, clairement
visible sur ce graphe bivarié, en effet la logique est aussi présente car plus on s’éloigne
d’une source plus on se rapproche du niveau de la mer, donc l’altitude diminue.
Ici, on a tracé la concentration en ammonium en fonction de la concentration en phosphate,
et on voit bien le caractère linéaire qui relie ces deux [Link] peut faire le graphe
suivant pour confirmer d’une manière différente la corrélation entre ces deux variables.
 On constate
bien la relation linéaire entre la concentration en ammonium et la concentration en
phosphates.

Q3- affichage pertinent car il permet d’avoir toutes les variables présentes sur un même
graphique, cela apporte lisibilité et clarté, et on justifie clairement grâce à cette méthode une
relation entre les espèces désirées.

Q4-

env$amm
W = 0.56066, p-value = 2.497e-08

Pour l’ammonium,on constate clairement que la p-value est nettement inférieure à

0.1 donc la distribution n’est pas normale. Ceci reste vrai pour toutes les autres
variables.
env$pho
W = 0.58591, p-value = 4.934e-08
env$dfs
W = 0.94144, p-value = 0.09943

env$ele
W = 0.85245, p-value = 0.000698
env$oxy
W = 0.94027, p-value = 0.09249

env$bod
W = 0.74104, p-value = 6.546e-06
Corrélation validée.

Q5-
oxy et bod: -0.86
ele et dfs: -1
amm et pho:0.72

Q6- On a bien corrélation confirmée entre chaque binôme de variable au vu des p-values

QUESTION 2

RICHESSE SPÉCIFIQUE:

Q1-Showing 1 to 19 of 27 entries
On constate qu’il y a 27 espèces présentes donc la richesse spécifique vaut 27. Cette valeur
est très élevée, et représente une bonne qualité des cours d’eau.

Q2-En ajoutant ce graphique, on obtient l’importance de chaque station en fonction de leur

richesse spécifique.
Tracé du cours d’eau et de la diversité en espèce dans chaque station

DISTRIBUTION INDIVIDUELLE:
Q1-

Grâce à ce tableau, on obtient la répartition des espèces pour déterminer en quelle quantité
est présente chaque espèce.

QUESTION 3:
Agrégation des données des zones écologiques

Q1-Truite: 1 à 7 ; Ombre:11 à 15; Barbeau:14 à 21; Brême: 26 à 30

Q 2 et 3- on obtient un tableau ressemblant à:

df el sl di pH ha ph nit am ox bo
s e o s r o m y d

1 0.3 934 48.0 0.84 7.9 45 0.01 0.20 0.00 12.2 2.7

2 2.2 932 3.0 1.00 8.0 40 0.02 0.20 0.10 10.3 1.9

3 10.2 914 3.7 1.80 8.3 52 0.05 0.22 0.05 10.5 3.5
4 18.5 854 3.2 2.53 8.0 72 0.10 0.21 0.00 11.0 1.3

5 21.5 849 2.3 2.64 8.1 84 0.38 0.52 0.20 8.0 6.2

6 32.4 846 3.2 2.86 7.9 60 0.20 0.15 0.00 10.2 5.3

7 36.8 841 6.6 4.00 8.1 88 0.07 0.15 0.00 11.1 2.2

11 123.4 483 4.1 19.90 8.1 96 0.30 1.60 0.00 11.5 2.7

12 132.4 477 1.6 20.00 7.9 86 0.04 0.50 0.00 12.2 3.0

13 143.6 450 2.1 21.10 8.1 98 0.06 0.52 0.00 12.4 2.4

14 152.2 434 1.2 21.20 8.3 98 0.27 1.23 0.00 12.3 3.8

15 164.5 415 0.5 23.00 8.6 86 0.40 1.00 0.00 11.7 2.1

16 185.9 375 2.0 16.10 8.0 88 0.20 2.00 0.05 10.3 2.7

17 198.5 349 0.5 24.30 8.0 92 0.20 2.50 0.20 10.2 4.6

18 211.0 333 0.8 25.00 8.0 90 0.50 2.20 0.20 10.3 2.8

19 224.6 310 0.5 25.90 8.1 84 0.60 2.20 0.15 10.6 3.3

20 247.7 286 0.8 26.80 8.0 86 0.30 3.00 0.30 10.3 2.8

21 282.1 262 1.0 27.20 7.9 85 0.20 2.20 0.10 9.0 4.1

22 294.0 254 1.4 27.90 8.1 88 0.20 1.62 0.07 9.1 4.8
 26 356.9 214 0.5 39.10 7.9 94 1.43 3.00 0.30 6.2 8.9

27 373.2 206 1.2 39.60 8.1 90 0.58 3.00 0.26 7.2 6.3

28 394.7 195 0.3 43.20 8.3 100 0.74 4.00 0.30 8.1 4.5

29 422.0 183 0.6 67.70 7.8 110 0.45 1.62 0.10 9.0 4.2

30 453.0 172 0.2 69.00 8.2 109 0.65 1.60 0.10 8.2 4.4

Showing 1 to 20 of 24 entries, 11 total columns

CARACTÉRISATION DES DONNÉES ÉCOLOGIQUES

Q1-
Si la p-value est inférieure à 0.001, alors on peut qualifier la distribution normale.

truite
$dfs

p-value = 0.6278

$ele

p-value = 0.02832

$slo

p-value = 2.767e-05

$dis

p-value = 0.708

$pH
p-value = 0.3069

$har

p-value = 0.566

$pho

p-value = 0.06652

$nit
p-value = 0.0009671

$amm
p-value = 0.01258

$oxy
p-value = 0.3592

$bod
p-value = 0.4047

barbeau
$dfs
p-value = 0.56

$ele
p-value = 0.7828

$slo
p-value = 0.2153

$dis
p-value = 0.01148

$pH
p-value = 0.09945

$har
p-value = 0.8525
$pho
p-value = 0.01111

$nit
p-value = 0.6113

$amm
p-value = 0.6851

$oxy
p-value = 0.01764

$bod
p-value = 0.1299

breme
$dfs
p-value = 0.8784

$ele
p-value = 0.8996

$slo
p-value = 0.3454

$dis
p-value = 0.03809

$pH
p-value = 0.754

$har
p-value = 0.4529

$pho
p-value = 0.09347

$nit
p-value = 0.304
$amm
p-value = 0.04133

$oxy
p-value = 0.8254

$bod
p-value = 0.08651

ombre
dfs
p-value = 0.9688

$ele
p-value = 0.6716

$slo
p-value = 0.5172

$dis
p-value = 0.3247

$pH
p-value = 0.6786

$har
p-value = 0.03228

$pho
p-value = 0.3627

$nit
p-value = 0.5067

$oxy
p-value = 0.305

$bod
p-value = 0.7785