8 Modules

8 Modules
8.1 Définition
Les modules sont des programmes Python qui contiennent des fonctions que l’on est amené
à réutiliser souvent (on les appelle aussi bibliothèques ou libraries). Les développeurs de Python
ont mis au point de nombreux modules qui effectuent une quantité phénoménale de tâches.
Pour cette raison, prenez le réflexe de vérifier si une partie du code que vous souhaitez écrire
n’existe pas déjà sous forme de module. La plupart de ces modules sont déjà installés dans les
versions standards de Python. Vous pouvez accéder à une documentation exhaustive sur le site
de Python. Surfez un peu sur ce site, la quantité de modules est impressionante.

8.2 Importation de modules

Jusqu’à maintenant, nous avons rencontré une fois cette notion de module lorsque nous
avons voulu tirer un nombre aléatoire.

>>> import random

>>> [Link](0,10)
4

Regardons de plus près cet exemple :

– L’instruction import permet d’accéder à toutes les fonctions du module random
– Ensuite, nous utilisons la fonction (ou méthode) randint(a,b) du module random. At-
tention cette fonction renvoie un nombre entier aléatoirement entre a inclus et b inclus
(contrairement à range() par exemple). Remarquez la notation objet [Link]()
où la fonction randint() peut être considérée comme une méthode de l’objet random.
Il existe un autre moyen d’importer une ou des fonctions d’un module :

>>> from random import randint

>>> randint(0,10)
7

À l’aide du mot-clé from, vous pouvez importer une fonction spécifique d’un module
donné. Remarquez que dans ce cas il est inutile de répéter le nom du module, seul le nom
de ladite fonction est requis.

On peut également importer toutes les fonctions d’un module :

>>> from random import *

>>> x = [1, 2, 3, 4]
>>> shuffle(x)
>>> x
[2, 3, 1, 4]
>>> shuffle(x)
>>> x
[4, 2, 1, 3]
>>> randint(0,50)
46
>>> uniform(0,2.5)
0.64943174760727951

Comme vous l’avez deviné, l’instruction from random import * importe toutes les fonc-
tions du module random. On peut ainsi utiliser toutes ses fonctions directement, comme par
exemple shuffle(), qui permute une liste aléatoirement.

Cours de Python / Université Paris Diderot - Paris 7 / UFR Sciences du Vivant 37

8 Modules 8.3 Obtenir de l’aide sur les modules importés

Dans la pratique, plutôt que de charger toutes les fonctions d’un module en une seule fois
(from random import *), nous vous conseillons de charger le module (import random)
puis d’appeler explicitement les fonctions voulues ([Link](0,2)).

Enfin, si vous voulez vider de la mémoire un module déjà chargé, vous pouvez utiliser
l’instruction del :

>>> import random

>>> [Link](0,10)
2
>>> del random
>>> [Link](0,10)
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in ?
NameError: name 'random' is not defined

Vous pouvez constater qu’un rappel d’une fonction du module random après l’avoir vidé de
la mémoire retourne un message d’erreur.

Enfin, il est également possible de définir un alias (un nom plus court) pour un module :

>>> import random as rand

>>> [Link](1, 10)
6

Dans cet exemple, les fonctions du module random sont accessibles via l’alias rand.

8.3 Obtenir de l’aide sur les modules importés

Pour obtenir de l’aide sur un module rien de plus simple, il suffit d’invoquer la commande
help() :

>>> import random

>>> help(random)
...

On peut se promener dans l’aide avec les flèches ou les touches page-up et page-down
(comme dans les commandes Unix man, more ou less). Il est aussi possible d’invoquer de
l’aide sur une fonction particulière d’un module de la manière suivante help([Link]).

La commande help() est en fait une commande plus générale permettant d’avoir de l’aide
sur n’importe quel objet chargé en mémoire.

>>> x = range(2)
>>> help(x)
Help on list object:

class list(object)
| list() -> new list
| list(sequence) -> new list initialized from sequence's items
|
| Methods defined here:
|
| __add__(...)

38 Cours de Python / Université Paris Diderot - Paris 7 / UFR Sciences du Vivant

8.4 Modules courants 8 Modules

| x.__add__(y) <==> x+y

|
...

Enfin, si on veut connaître en seul coup d’oeil toutes les méthodes ou variables associées à
un objet, on peut utiliser la commande dir :

>>> import random

>>> dir(random)
['BPF', 'LOG4', 'NV_MAGICCONST', 'RECIP_BPF', 'Random', 'SG_MAGICCONST', 'SystemR
'TWOPI', 'WichmannHill', '_BuiltinMethodType', '_MethodType', '__all__', '__built
'__doc__', '__file__', '__name__', '_acos', '_ceil', '_cos', '_e', '_exp', '_hexl
'_inst', '_log', '_pi', '_random', '_sin', '_sqrt', '_test', '_test_generator',
'_urandom', '_warn', 'betavariate', 'choice', 'expovariate', 'gammavariate', 'gau
'getrandbits', 'getstate', 'jumpahead', 'lognormvariate', 'normalvariate',
'paretovariate', 'randint', 'random', 'randrange', 'sample', 'seed', 'setstate',
'shuffle', 'uniform', 'vonmisesvariate', 'weibullvariate']
>>>

8.4 Modules courants

Il existe une série de modules que vous serez probablement amenés à utiliser si vous pro-
grammez en Python. En voici une liste non exhaustive. Pour la liste complète, reportez-vous à
la page des modules sur le site de Python :
– math : fonctions et constantes mathématiques de base (sin, cos, exp, pi...).
– sys : passage d’arguments, gestion de l’entrée/sortie standard...
– os : dialogue avec le système d’exploitation (e.g. permet de sortir de Python, lancer une
commande en shell, puis de revenir à Python).
– random : génération de nombres aléatoires.
– time : permet d’accéder à l’heure de l’ordinateur et aux fonctions gérant le temps.
– calendar : fonctions de calendrier.
– profile : permet d’évaluer le temps d’exécution de chaque fonction dans un programme
(profiling en anglais).
– urllib2 : permet de récupérer des données sur internet depuis python.
– Tkinter : interface python avec Tk (permet de créer des objets graphiques ; nécessite d’ins-
taller Tk).
– re : gestion des expressions régulières.
– pickle : écriture et lecture de structures Python (comme les dictionnaires par exemple).
Nous vous conseillons vivement d’aller surfer sur les pages de ces modules pour découvrir
toutes leurs potentialités.
Vous verrez plus tard comment créer votre propres modules lorsque vous êtes amenés à
réutiliser souvent vos propres fonctions.
Enfin, notez qu’il existe de nombreux autres modules qui ne sont pas installés de base dans
Python mais qui sont de grand intérêt en bioinformatique (au sens large). Citons-en quelques-
uns : numpy (algèbre linéaire, transformée de Fourier), biopython (recherche dans les banques
de données biologiques), rpy (dialogue R/Python)...

8.5 Module sys : passage d’arguments

Le module sys contient (comme son nom l’indique) des fonctions et des variables spéci-
fiques au système, ou plus exactement à l’interpréteur lui-même. Par exemple, il permet de
gérer l’entrée (stdin) et la sortie standard (stdout). Ce module est particulièrement intéressant
pour récupérer les arguments passés à un script Python lorsque celui-ci est appelé en ligne

Cours de Python / Université Paris Diderot - Paris 7 / UFR Sciences du Vivant 39

8 Modules 8.6 Module os

de commande. Dans cet exemple, oublions l’interpréteur et écrivons le script suivant que l’on
enregistrera sous le nom [Link] (n’oubliez pas de le rendre exécutable) :
#!/usr/bin/env python

import sys
print [Link]
Ensuite lancez [Link] suivi de plusieurs arguments. Par exemple :
poulain@cumin> python [Link] salut girafe 42
['[Link]', 'salut', 'girafe', '42']
Dans l’exemple précédent, poulain@cumin> représente l’invite du shell, [Link] est le
nom du script Python, salut, girafe et 42 sont les arguments passés au script.
La variable [Link] est une liste qui représente tous les arguments de la ligne de com-
mande, y compris le nom du script lui même qu’on peut retrouver dans [Link][0]. On
peut donc accéder à chacun de ces arguments avec [Link][1], [Link][2]...

On peut aussi utiliser la fonction [Link]() pour quitter un script Python. On peut don-
ner comme argument un objet (en général une chaîne de caractères) qui sera renvoyé au mo-
ment ou Python quittera le script. Par exemple, si vous attendez au moins un argument en ligne
de commande, vous pouvez renvoyer un message pour indiquer à l’utilisateur ce que le script
attend comme argument :
#!/usr/bin/env python

import sys

if len([Link]) != 2:
[Link]("ERREUR : il faut exactement un argument.")

#
# suite du script
#
Puis on l’exécute sans argument :
poulain@cumin> python [Link]
ERREUR : il faut exactement un argument.
Notez qu’ici on vérifie que le script possède deux arguments car le nom du script lui-même
est le premier argument et [Link] constitue le second.

8.6 Module os
Le module os gère l’interface avec le système d’exploitation.
Une fonction pratique de ce module permet de gérer la présence d’un fichier sur le disque.

>>> import sys

>>> import os
>>> if [Link]("[Link]"):
... print "le fichier est présent"
... else:
... [Link]("le fichier est absent")
...
le fichier est absent

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8.7 Exercices 8 Modules

Dans cet exemple, si le fichier n’est pas présent sur le disque, on quitte le programme avec
la fonction exit() du module sys.

La fonction system() permet d’appeler n’importe quelle commande externe.

>>> import os
>>> [Link]("ls -al")
total 5416
drwxr-xr-x 2 poulain dsimb 4096 2010-07-21 14:33 .
drwxr-xr-x 6 poulain dsimb 4096 2010-07-21 14:26 ..
-rw-r--r-- 1 poulain dsimb 124335 2010-07-21 14:31 [Link]
-rw-r--r-- 1 poulain dsimb 4706057 2010-07-21 14:31 NC_000913.fna
-rw-r--r-- 1 poulain dsimb 233585 2010-07-21 14:30 NC_001133.fna
-rw-r--r-- 1 poulain dsimb 463559 2010-07-21 14:33 NC_001133.gbk
0

La commande externe ls -al est introduite comme une chaîne de caractères à la fonction
system().

8.7 Exercices

Conseil : pour les trois premiers exercices, utilisez l’interpréteur Python. Pour les exercices
suivants, écrivez des scripts dans des fichiers, puis exécutez-les dans un shell.

1. Affichez sur la même ligne les nombres de 10 à 20 (inclus) ainsi que leur racine carrée
avec 3 décimales (module math). Exemple :

10 3.162
11 3.317
12 3.464
13 3.606

2. Calculez le cosinus de pi/2 (module math).

3. Affichez la liste des fichiers du répertoire courant avec le module os. N’utilisez pas la
fonction [Link]() mais la fonction [Link]() (lisez la documentation pour
comprendre comment l’utiliser).

4. Écrivez les nombres de 1 à 10 avec 1 seconde d’intervalle (module time).

5. Générez une séquence aléatoire de 20 chiffres, ceux-ci étant des entiers tirés entre 1 et 4
(module random).

6. Générez une séquence aléatoire de 20 bases de deux manières différentes (module ran-
dom).

7. Déterminez votre jour (lundi, mardi...) de naissance (module calendar).

8. Exercice +++. Évaluation du nombre π par la méthode Monte Carlo.

Soit un cercle de rayon 1 (en rouge) inscrit dans un carré de coté 2 (en bleu).

Cours de Python / Université Paris Diderot - Paris 7 / UFR Sciences du Vivant 41

8 Modules 8.7 Exercices

L’aire du carré vaut (2R)2 soit 4. L’aire du cercle vaut πR2 soit π.
En choississant N points aléatoires (à l’aide d’une distribution uniforme) à l’intérieur du
carré, la probabilité que ces points se trouvent aussi dans le cercle est

aire du cercle π
p= =
aire du carré 4
Soit n, le nombre points effectivement dans le cercle, il vient alors
n π
p= = ,
N 4
d’où
n
π =4× .
N
Déterminez une approximation de π par cette méthode. Pour cela, vous allez, pour N ité-
rations, choisir aléatoirement les coordonnées d’un point entre -1 et 1 (fonction uniform()
du module random), calculer la distance entre le centre du cercle et ce point et détermi-
ner si cette distance est inférieure au rayon du cercle. Le cas échéant, le compteur n sera
incrémenté.
Que vaut l’approximation de π pour 100 itérations ? 500 ? 1000 ?
Conseil : pour les premiers exercices, utilisez l’interpréteur Python.

42 Cours de Python / Université Paris Diderot - Paris 7 / UFR Sciences du Vivant

 9 Plus sur les chaînes de caractères

9 Plus sur les chaînes de caractères

9.1 Préambule
Nous avons déjà abordé les chaînes de caractères dans le chapitre variables et écriture. Ici
nous allons un peu plus loin notamment avec les méthodes associées aux chaînes de carac-
tères. Notez qu’il existe un module string mais qui est maintenant considéré comme obsolète
depuis la version 2.5 de Python.

9.2 Chaînes de caractères et listes

Les chaînes de caractères peuvent être considérées comme des listes.

>>> animaux = "girafe tigre"

>>> animaux
'girafe tigre'
>>> len(animaux)
12
>>> animaux[3]
'a'

Nous pouvons donc utiliser certaines propriétés des listes comme les tranches :
>>> animaux = "girafe tigre"
>>> animaux[0:4]
'gira'
>>> animaux[9:]
'gre'
>>> animaux[:-2]
'girafe tig'
A contrario des listes, les chaînes de caractères présentent toutefois une différence notable,
ce sont des listes non modifiables. Une fois définie, vous ne pouvez plus modifier un de ses
éléments. Le cas échéant, Python renvoie un message d’erreur :
>>> animaux = "girafe tigre"
>>> animaux[4]
'f'
>>> animaux[4] = "F"
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
TypeError: 'str' object does not support item assignment
Par conséquent, si vous voulez modifier une chaîne, vous êtes obligés d’en construire une
nouvelle. Pour cela, n’oubliez pas que les opérateurs de concaténation (+) et de duplication (*)
(cf chapitre variables et écriture) peuvent vous aider. Vous pouvez également générer une liste,
qui elle est modifiable, puis revenir à une chaîne.

9.3 Caractères spéciaux

Il existe certains caractères spéciaux comme le \n que nous avons déjà vu (pour le retour à la
ligne). Le \t vous permet d’écrire une tabulation. Si vous voulez écrire un guillemet simple ou
double (et que celui-ci ne soit pas confondus avec les guillemets de déclaration de la chaîne de
caractères), vous pouvez utiliser \' ou \" ou utiliser respectivement des guillements doubles
ou simple pour déclarer votre chaîne de caractères.

Cours de Python / Université Paris Diderot - Paris 7 / UFR Sciences du Vivant 43

9 Plus sur les chaînes de caractères 9.4 Méthodes associées aux chaînes de caractères

>>> print "Un retour a la ligne\npuis une tabulation\t, puis un guillemet\""

Un retour a la ligne
puis une tabulation , puis un guillemet"
>>> print 'J\'imprime un guillemet simple'
J'imprime un guillemet simple
>>> print "Un brin d'ADN"
Un brin d'ADN
>>> print 'Python est un "super" langage'
Python est un "super" langage

Lorsqu’on souhaite écrire un texte sur plusieurs lignes, il est très commode d’utiliser les
guillemets triples permettant de conserver le formatage (notamment les retours à la ligne) :

>>> x = '''souris
... chat
... abeille'''
>>> x
'souris\nchat\nabeille'
>>> print x
souris
chat
abeille

9.4 Méthodes associées aux chaînes de caractères

Voici quelques méthodes spécifiques aux objets de type string :

>>> x = "girafe"
>>> [Link]()
'GIRAFE'
>>> x
'girafe'
>>> 'TIGRE'.lower()
'tigre'

Les fonctions lower() et upper() passent un texte en minuscule et en majuscule respecti-

vement. On remarque que l’utilisation de ces fonctions n’altèrent pas la chaîne de départ mais
renvoie la chaîne transformée.
Pour mettre en majuscule la première lettre seulement, vous pouvez faire :

>>> x[0].upper() + x[1:]

'Girafe'

ou encore plus simple avec la fonction Python adéquate :

>>> [Link]()
'Girafe'

Il existe une méthode associée aux chaînes de caractères qui est particulièrement pratique,
la fonction split() :

>>> animaux = "girafe tigre singe"

>>> [Link]()
['girafe', 'tigre', 'singe']

44 Cours de Python / Université Paris Diderot - Paris 7 / UFR Sciences du Vivant

9.4 Méthodes associées aux chaînes de caractères 9 Plus sur les chaînes de caractères

>>> for animal in [Link]():

... print animal
...
girafe
tigre
singe

La fonction split() découpe la ligne en champs, en utilisant comme séparateur les es-
paces ou les tabulations. Il est possible de modifier le séparateur de champs, par exemple :

>>> animaux = "girafe:tigre:singe"

>>> [Link](":")
['girafe', 'tigre', 'singe']

La fonction find() recherche une chaîne de caractères passée en argument.

>>> animal = "girafe"

>>> [Link]('i')
1
>>> [Link]('afe')
3
>>> [Link]('tig')
-1

Si l’élément recherché est trouvé, alors l’indice du début de l’élément dans la chaîne de
caractères est renvoyé. Si l’élément n’est pas trouvé, alors la valeur -1 est renvoyée.
Si l’élément recherché est trouvé plusieurs fois, seul l’indice de la première occurence est
retourné :

>>> animaux = "girafe tigre"

>>> [Link]("i")
1

On trouve aussi la fonction replace(), qui serait l’équivalent de la fonction de substitu-

tion de la commande Unix sed :

>>> animaux = "girafe tigre"

>>> [Link]("tigre", "singe")
'girafe singe'
>>> [Link]("i", "o")
'gorafe togre'

Enfin, la fonction count() compte le nombre d’occurences d’une chaîne de caractères pas-
sée en argument :

>>> animaux = "girafe tigre"

>>> [Link]("i")
2
>>> [Link]("z")
0
>>> [Link]("tigre")
1

Cours de Python / Université Paris Diderot - Paris 7 / UFR Sciences du Vivant 45

9 Plus sur les chaînes de caractères 9.5 Conversion de types

9.5 Conversion de types

Dans tout langage de programmation, on est souvent amené à convertir les types, c’est-à-
dire passer d’un type numérique à une chaîne de caractères ou vice-versa. En Python, rien de
plus simple avec les fonctions int(), float() et str(). Pour vous en convaincre, regardez
ces exemples :

>>> i = 3
>>> str(i)
'3'
>>> i = '456'
>>> int(i)
456
>>> float(i)
456.0
>>> i = '3.1416'
>>> float(i)
3.1415999999999999

Ces conversions sont essentielles lorsqu’on lit ou écrit des nombres dans un fichier. En effet,
les nombres dans un fichier sont considérés comme du texte par la fonction readlines(), par
conséquent il faut les convertir si on veut effectuer des opérations numériques dessus.

9.6 Conversion d’une liste de chaînes de caractères en une chaîne de caractères

La conversion d’une liste de chaînes de caractères en une chaîne de caractères est un peu
particulière puisqu’elle fait appelle à la fonction join().

>>> seq = ["A", "T", "G", "A", "T"]

>>> seq
['A', 'T', 'G', 'A', 'T']
>>> "-".join(seq)
'A-T-G-A-T'
>>> " ".join(seq)
'A T G A T'
>>> "".join(seq)
'ATGAT'

Les éléments de la liste initiale sont concaténés les uns à la suite des autres et intercalés par
un séparateur qui peut être n’importe quelle chaîne de caractères (ici, nous avons utilisé un
tiret, un espace et rien).
Attention, la fonction join() ne s’applique qu’à une liste de chaînes de caractères.

>>> maliste = ["A", 5, "G"]

>>> " ".join(maliste)
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
TypeError: sequence item 1: expected string, int found

Nous espérons qu’après ce petit tour d’horizon vous serez convaincu de la richesse des
méthodes associées aux chaînes de caractères. Pour avoir une liste exhaustive de l’ensemble
des méthodes associées à une variable particulière, vous pouvez utiliser la commande dir().

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9.7 Exercices 9 Plus sur les chaînes de caractères

>>> dir(animaux)
['__add__', '__class__', '__contains__', '__delattr__', '__doc__', '__eq__', '__g
'__getattribute__', '__getitem__', '__getnewargs__', '__getslice__', '__gt__',
'__hash__', '__init__', '__le__', '__len__', '__lt__', '__mod__', '__mul__', '__n
'__new__', '__reduce__', '__reduce_ex__', '__repr__', '__rmod__', '__rmul__',
'__setattr__', '__str__', 'capitalize', 'center', 'count', 'decode', 'encode',
'endswith', 'expandtabs', 'find', 'index', 'isalnum', 'isalpha', 'isdigit', 'islo
'isspace', 'istitle', 'isupper', 'join', 'ljust', 'lower', 'lstrip', 'partition',
'replace', 'rfind', 'rindex', 'rjust', 'rpartition', 'rsplit', 'rstrip', 'split',
'splitlines', 'startswith', 'strip', 'swapcase', 'title', 'translate', 'upper',
'zfill']
Pour l’instant vous pouvez ignorer les méthodes qui commencent et qui se terminent par
deux tirets bas (underscores) « __ ».
Vous pouvez ensuite accéder à l’aide et à la documentation d’une fonction particulière avec
help() :
>>> help([Link])
Help on built-in function split:

split(...)
[Link]([sep [,maxsplit]]) -> list of strings

Return a list of the words in the string S, using sep as the

delimiter string. If maxsplit is given, at most maxsplit
splits are done. If sep is not specified or is None, any
whitespace string is a separator.
(END)

9.7 Exercices
Conseil : pour ces exercices, écrivez des scripts dans des fichiers, puis exécutez-les dans un
shell.
1. Soit la liste ['girafe', 'tigre', 'singe', 'souris']. Avec une boucle, affichez
chaque élément ainsi que sa taille (nombre de caractères).
2. Soit la séquence nucléique ATATACGGATCGGCTGTTGCCTGCGTAGTAGCGT. Calculez la fré-
quence de chaque base dans cette séquence.
3. Soit la séquence protéique ALA GLY GLU ARG TRP TYR SER GLY ALA TRP. Trans-
formez cette séquence en une chaîne de caractères en utilisant le code une lettre pour les
acides aminés.
4. Distance de Hamming.
La distance de Hamming mesure la différence entre deux séquences de même taille en
sommant le nombre de positions qui, pour chaque séquence, ne correspondent pas au
même acide aminé. Calculez la distance de Hamming pour les séquences AGWPSGGASAGLAIL
et IGWPSAGASAGLWIL.
5. Palindrome.
Un palindrome est un mot ou une phrase dont l’ordre des lettres reste le même si on le lit
de gauche à droite ou de droite à gauche. Par exemple, « ressasser » et « Engage le jeu que
je le gagne » sont des palindromes.
Écrivez un script qui détermine si une chaîne de caractères est un palindrome. Pensez à
vous débarasser des majuscules et des espaces. Testez si les expressions suivantes sont des
palindromes : « Radar », « Never odd or even », « Karine alla en Iran », « Un roc si biscornu ».

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9 Plus sur les chaînes de caractères 9.7 Exercices

6. Mot composable.
Un mot est composable à partir d’une séquence de lettres si la séquence contient toutes
les lettres du mot. Comme au Scrabble, chaque lettre de la séquence ne peut être utilisée
qu’une seule fois. Par exemple, coucou est composable à partir de uocuoceokzefhu.
Écrivez un script qui permet de savoir si un mot est composable à partir d’une séquence
de lettres. Testez le avec différents mots et séquences.
Remarque : dans votre script, le mot et la séquence de lettres seront des chaînes de carac-
tères.
7. Alphabet et pangramme.
Les codes ASCII des lettres minuscules de l’alphabet vont de 97 (lettre a) à 122 (lettre z).
La fonction chr() prend en argument un code ASCII sous forme d’une entier et renvoie
le caractère correspondant. Ainsi chr(97) renvoie 'a', chr(98) renvoie 'b' et ainsi
de suite.
Écrivez un script qui construit une chaîne de caractères contenant toutes les lettres de
l’alphabet.
Un pangramme est une phrase comportant au moins une fois chaque lettre de l’alphabet.
Par exemple, « Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume » est un pangramme.
Modifiez le script précédent pour déterminer si une chaîne de caractères est un pan-
gramme ou non. Pensez à vous débarasser des majuscules le cas échéant. Testez si les
expressions suivantes sont des pangrammes : « Monsieur Jack vous dactylographiez bien
mieux que votre ami Wolf », « Buvez de ce whisky que le patron juge fameux ».
8. Téléchargez le fichier pdb 1BTA dans votre répertoire. Faites un script qui récupère seule-
ment les carbones alpha et qui les affiche à l’écran.
9. En vous basant sur le script précédent, affichez à l’écran les carbones alpha des deux
premiers résidus. Toujours avec le même script, calculez la distance inter atomique entre
ces deux atomes.
10. En vous basant sur le script précédent, calculez les distances entre carbones alpha consé-
cutifs. Affichez ces distances sous la forme
numero_calpha_1 numero_calpha_2 distance
À la fin du script, faites également afficher la moyenne des distances. La distance inter
carbone alpha dans les protéines est très stable et de l’ordre de 3,8 angströms. Observez
avec attention les valeurs que vous avez obtenues. Expliquez l’anomalie détectée.

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