GÉNOME

Pr. Bettina Couderc

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN
SOMMAIRE

Définitions _____________________________________________________________________ 2

Les gènes et l’hérédité ____________________________________________________________ 2

Les acides nucléiques et les bases ___________________________________________________ 3

L’ADN _________________________________________________________________________ 16

La réplication ___________________________________________________________________ 27

La réparation ___________________________________________________________________ 38

La transcription _________________________________________________________________ 39

La traduction ___________________________________________________________________ 55

Les techniques : méthodes d’analyse des gènes ________________________________________ 65

Compléments d’informations (annales et TD) __________________________________________ 75

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 DÉFINITIONS
Génotype = ensemble des gènes (ou de l’ADN) d’un individu ≠ phénotype = ensemble des traits
observables, visibles, d’un individu. Un génotype peut expliquer un certain phénotype.

Maladie héréditaire = transmise via les gènes à la descendance ≠ maladie acquise = maladie apparue au
cours de la vie chez un individu et non-transmissibles à la descendance si ne touche pas les gamètes (ex :
cancers).

Thérapie Génique = remplacer un gène défectueux par un gène sain en construisant un « virus » capable
de transduire (= « infecter ») les cellules humaines et d’y amener une séquence d’acide nucléique (gène)
capable de suppléer à un manque.

Polymorphisme génétique = plusieurs allèles coexistent au sein d’une même population, il y a donc
plusieurs phénotypes différents.

Charge virale = nombre de copies de matériel génétique (ARN1) d’un virus dans le plasma d’un patient ;
permet d’évaluer l’activité du virus (se réplique-t-il ?).

LES GÈNES ET L’HÉRÉDITÉ

L’hérédité est la transmission, au sein d’une espèce vivante ou d’une lignée de cellules, de
caractéristiques d’une génération à la suivante. L’hérédité est universelle, elle concerne toutes les
cellules, des procaryotes (pas de noyau), aux eucaryotes (noyau), aux virus… Gregor Mendel est le premier
scientifique à en avoir parlé grâce à une expérience de croisement entre des pois jaunes et des pois verts.
Il en a conclu qu’une cellule vivante transmet des propriétés héréditaires. L’hérédité est contrôlée par les
chromosomes (porteurs des gènes).

Un gène est une unité de base d’hérédité qui régit un caractère observable du phénotype, un trait précis
d’un organisme vivant. Techniquement parlant, c’est un « morceau » d’ADN, une région spécifique de
l’ADN. Un organisme vivant hérite de deux « unités » différentes, « deux gènes différents », appelés
allèles, pour un même caractère, ce qui constitue un génotype unique. La plupart des gènes existent sous
deux différentes formes. Homozygote = les deux allèles sont identiques ≠ hétérozygotes = les deux allèles
sont différents. Lorsque la cellule se divise, les paires d’unités se séparent de façon indépendante les unes
des autres, c’est le côté aléatoire de la transmission. Une unité peut être dominante (= dominer par
rapport à l’autre, et donc s’exprimer au détriment de l’autre), récessive, ou co-dominante (= ni dominante,
ni récessive).

Attention aux confusions entre les paires de chromosomes et un même chromosome à deux branches :
ce qu’il faut retenir, c’est que si les deux branches ne sont pas attachées, ce sont deux chromosomes
distincts à une branche (= une chromatide). Si les deux branches sont attachées, c’est un même

1
Voir plus bas
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 2
chromosome à deux branches (= deux chromatides). Il ne faut pas confondre la paire de chromosome
homologue avant réplication (deux branches séparées) et un chromosome répliqué (deux branches
attachées). D’ailleurs, si les chromosomes sont par paires, on parle de cellule diploïde à 2n chromosomes,
sinon, les chromosomes sont seuls, on parle de cellule haploïde à n chromosomes (ex : cellules des
gonades). Dans une cellule diploïde « basique » (somatique par ex) hétérozygote, les chromosomes sont
par paires et portent chacun un allèle, une version du gène, différent, car un chromosome vient du père,
et l’autre de la mère (en absence de pathologie, chaque parent donne au moins une copie de chaque gène
(= au moins un allèle) pour les chromosomes 1 à 22). Par contre attention, lors de la réplication (voir plus
tard), les chromosomes se dédoublent à l’identique, donc les gènes sur les deux branches d’un même
chromosome sont forcément identiques.

Piège fréquent : « chaque gène est présent en au moins deux copies dans le génome », c’est FAUX,
l’exception étant les chromosomes sexuels ! Le chromosome X étant plus grand que le chromosome Y, il
existe des gènes du chromosome X qui n’ont pas d’homologues sur le chromosome Y.

LES ACIDES NUCLÉIQUES ET LES BASES

En 1869, Miescher précipite les noyaux des globules blancs (= leucocytes) et récupère le précipité, qu’il
nomme la nucléine, constituée de carbone, d’azote, d’hydrogène, d’oxygène et de phosphore (MM :
PHONC (foncé)). En 1889, Altmann réétudie cette nucléine et réussit à séparer des protéines d’une
substance acide, l’acide nucléique. En 1896, Kossel comprend que cet acide nucléique est constitué de 4
bases azotées et en 1928, Lévene et Jacobs identifient le désoxyribose, le sucre composant l’acide
nucléique. Et c’est ainsi qu’est découvert l’ADN = Acide DésoxyriboNucléique.

Pour comprendre le rôle de l’acide nucléique, Griffith réalise l’expérience suivante en 1928 sur des souris :
• Injection de pneumocoques S : mort
• Injection de pneumocoques R : survie
• Injection de pneumocoques S inactivés : survie
• Injection de pneumocoques S inactivés + pneumocoques R : mort. On retrouve des pneumocoques
virulents de type S dans le sang des animaux morts. Or les R sont inoffensifs et les S ont été
inactivés !

Le dernier point s’explique par la transformation, c’est-à-dire le transfert de matériel génétique d’une
bactérie à une autre. Dans cette expérience, le matériel génétique des S est entré dans les pneumocoques
R, qui se sont mis à produire les protéines virales des S provoquant la mort des souris. Le facteur
transformant est l’ADN de S (pas les protéines ou l’ARN) qui programme le métabolisme en provoquant
dans notre exemple la synthèse de polysaccharides de capsule chez des bactéries R qui en étaient
incapables. Les bactéries R transformées en S ont pour descendance des bactéries S : la transformation
est héréditaire. L’ADN contrôle la multiplication à l’identique.

Les acides nucléiques sont le support de l’information génétique. Ils peuvent prendre la forme d’ADN
(majoritairement) ou d’ARN (dans certains virus). Les acides nucléiques sont des poly-nucléotides, des
enchainements de nucléotides.

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La condensation d’un pentose2 avec une base nucléique donne un nucléoside. L’estérification3 de l’ose
d’un nucléoside par l’acide phosphorique (H3PO4)
donne un nucléotide.

Piège fréquent : souvent des pièges « à la Bettina »,

où tout l’item est correct, mais « nucléoside »
remplace « nucléotide » ou inversement, et rend
l’item faux ! Là, c’est une erreur d’inattention qui est pénalisée, il faut donc bien lire l’épreuve de
génome…
Nucléoside = ose + base
Nucléotide = ose + base + P
Acide nucléique = nucléotide + nucléotide + nucléotide…

Rôles des acides nucléiques = poly-nucléotides :

• Les poly-nucléotides biologiques sous la forme d’ADN (et d’ARN pour certains virus) sont le
support de l’information génétique et de l’hérédité et codent pour des ARN qui eux-mêmes codent
pour des protéines.
• Les poly-nucléotides sous la forme d’ARN sont les effecteurs de l’expression de l’ADN en peptides
(sortes de micro-protéines) et protéines.
• Ce sont des composés à « haut potentiel énergétique » dont dépendent l’activation de molécules
entrant dans des réactions endergoniques4 dans les réactions cellulaires. Les nucléotides peuvent
perdre un de leur phosphate et la lyse de la liaison libère de l’énergie (classiquement, on parlera
d’ATP hydrolysé en ADP, permettant l’activation de protéines ou autres).
• Ce sont des composés structuraux de coenzymes (voir Biologie moléculaire, chapitre enzymologie)
• Ce sont des seconds messagers intracellulaires de signaux et des médiateurs extracellulaires (voir
Biologie cellulaire), c’est-à-dire des « relayeurs » d’information dans une cascade de signalisation.
• Ce sont des régulateurs d’activité protéique lors de modifications covalentes.

Les bases sont des hétérocycles azotés (= des cycles comportant des atomes de carbone C et d’azote N).
Ce sont des composés aromatiques ! Il existe cinq bases majeures (mais pas que), partagées en deux
séries : les bases puriques et les bases pyrimidiques. Les bases pyrimidiques ont un seul cycle, les purines,
deux (MM : « pyrimidique » étant le mot le plus long, c’est le plus grand cycle, le cycle unique).

PURINES PYRIMIDINES
2 cycles 1 cycle
9 atomes, dont 5 atomes de carbone et 4 d’azote 6 atomes, dont 4 de carbone et 2 d’azote (piège
(piège fréquent) fréquent)
Numérotation des atomes dans le sens Numérotation des atomes dans le sens horaire
antihoraire (on considère le 1er cycle)

2
Pentose = ose = type de sucre ; voir Biologie moléculaire, chapitre glucides
3
Estérification = nom de la réaction chimique entre un acide et un alcool, formant un ester ; voir Chimie organique
4
Réaction endergonique = réaction nécessitant un apport d’énergie ; voir Biologie moléculaire, chapitre enzymologie
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Remarque : il faut savoir dessiner les deux types de bases (savoir où placer l’azote) mais aussi connaître
la numérotation (pour pouvoir nommer la base qui en dérive). Il faut savoir reconnaitre les bases qui vont
suivre pour les identifier dans les QCM.

Les bases pyrimidiques :

CYTOSINE (notée C) URACILE (notée U) THYMINE (notée T)

Retrouvée dans l’ADN et l’ARN Retrouvée uniquement dans Retrouvée dans l’ADN
l’ARN ! principalement, mais il peut y en
avoir dans l’ARN. C’est la forme
substituée ou méthylée de
l’uracile.
MM : PYCUT (PYrimidiques Cytosine Uracile Thymine).

Les bases puriques :

ADÉNINE (notée A) GUANINE (notée G)

Retrouvées dans l’ADN et l’ARN

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QCM du cours projeté :

Concernant les bases entrant dans la constitution des Concernant les bases azotées, donner le caractère vrai ou
acides nucléiques, donner le caractère vrai ou faux de faux de chaque proposition :
chaque proposition : a. Il existe cinq bases majeures organisées en 3 séries.
a. Les bases dérivées de la pyrimidine sont formées de b. Les bases azotées sont indispensables aux composés
deux cycles. biologiques.
b. L’uracile, l’adénine et la thymine sont trois bases c. Les bases azotées sont des composés hétérocycliques
pyrimidiques. et aromatiques comportant seulement du carbone et de
c. La thymine est une forme substituée de l’uracile. l'hydrogène.
d. Les bases dérivées de la purine présentent un caractère d. Le cycle purine comprend 9 atomes et le cycle
aromatique. pyrimidine 6.
e. La cytosine est un nucléoside pyrimidique. e. Les bases puriques sont au nombre de 3.

VRAI : CD VRAI : BD

Mais il n’existe pas que ces cinq bases. Si ce n’est pas une base A, T, U, G ou C, il s’agit alors d’une base
dite substituée (= modifiée). Dans les bases substituées, il y a les bases substituées naturelles (retrouvées
naturellement dans les organismes) et les bases substituées synthétiques (fabriquées industriellement) :

Bases substituées naturelles : minoritaires mais rôle physiologique extrêmement important (protection
de l’ADN, régulation de l’expression génique…) ou intermédiaires de synthèse de bases ; souvent
retrouvées dans les ARN, surtout dans les ARNt ; ex : 7-méthylguanine, 5-méthylcytosine…
• Dérivés hydrogénés
• Dérivés soufrés des pyrimidines : thio-uracile
• Dérivés oxygénés des purines : la xanthine
dérive de la guanine (c’est une désamination
de la guanine) et l’hypoxanthine dérive de
l’adénine (c’est une désamination de
l’adénine). L’acide urique est le terme ultime
du catabolisme des purines. Les méthylxanthines sont présentes dans les aliments et
correspondent aux produits de métabolisme des alcaloïdes végétaux.

Bases substituées synthétiques : des analogues des bases nucléiques sont utilisés comme…
• Molécules de marquage (ex : groupement fluor pour la fluorescence).
• Agents thérapeutiques bloquant la réplication, donc la division bactérienne : blocage de la mitose
des bactéries (la multiplication bactérienne), de la multiplication des cellules cancéreuses (ce sont
alors des anti-tumoraux), et de la multiplication de certains virus (ce sont des antiviraux).

Propriétés des bases :

• Elles sont susceptibles d’ionisation.
• La conjugaison de leurs double-liaisons permet d’acquérir une configuration plane très stable et
permet à la molécule d’exister sous différentes formes tautomères (voir Biologie moléculaire).
• Les bases, leurs dérivés, les nucléosides et les nucléotides absorbent dans l’ultraviolet. Ces
propriétés optiques sont utilisées pour la détection, le dosage et le contrôle de pureté des acides
nucléiques.

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Transformations chimiques des bases :
• Désamination : lente et spontanée dans les cellules ; ex : la cytosine qui devient l’uracile, la 5-
méthylcytosine qui devient la thymine, l’adénine qui devient l’hypoxanthine et la guanine qui
devient la xanthine.
• Altération par les radiations : pontage5 de deux bases adjacentes soumises à des rayonnements
UV et casse des cycles des bases soumises à des rayonnements ionisants (X ou gamma).
• Altération par des agents chimiques

QCM du cours projeté :

Indiquer le caractère vrai ou faux des affirmations suivantes :

a. La cytidine, l’uracile et la thymine sont 3 bases pyrimidiques.
b. Les bases puriques ou pyrimidiques présentent un spectre d’absorption dans l’ultraviolet.
c. Les bases synthétiques peuvent servir dans la génération de composés anti-mitotiques.
d. Il existe des bases dites « modifiées » dans les acides nucléiques. Elles sont en quantité minoritaire.
e. Les bases puriques et pyrimidiques sont sensibles aux radiations.

VRAI : BCDE (A : cytosine et non cytidine, piège fréquent).

L’ose des nucléosides (ou nucléotides ; voir avant Biologie moléculaire, chapitre glucides, pour
comprendre cette partie) : les nucléosides sont formés d’une liaison N-osidique covalente qui fixe une
base à un pentose. Le pentose des nucléosides (le sucre) est un ribose pour l’ARN et un 2-désoxyribose
pour l’ADN. Pour distinguer un ARN d’un ADN, il
suffit donc de regarder si le groupement
hydroxyle -OH est présent (ARN) ou absent (ADN)
du carbone numéro 2 de l’ose. Les
caractéristiques du pentose d’un nucléoside :
• L’énantiomère est de série D
• L’ose est sous forme hémi-acétalique
• L’anomère C1 est en conformation β
• L’ose est sous forme furanose

C’est ainsi que ADN = Acide Desoxy-riboNucléique = β-D-2-desoxyribofuranose et que ARN = Acide
RiboNucléique = β-D-ribofuranose. La forme 2-desoxy est la forme la plus stable car elle résiste à
l’hydrolyse ; c’est pourquoi l’ADN est plus stable que l’ARN.

Construction d’un nucléotide à partir du ribose : C1 permet la fixation de la base, C2 porte le -OH qui varie
selon que l’on soit ADN ou ARN, C3 relie le nucléotide suivant et C5 lie un ou plusieurs phosphates.

La liaison N-osidique des nucléosides : la liaison N-

osidique est la liaison covalente entre l’ose et une base,
précisément entre le carbone 1 du pentose et
• L’azote N1 des pyrimidines
• L’azote N9 des purines

5
Pontage chimique = création d’une liaison covalente.
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Comme les bases, il existe des nucléosides naturels et synthétiques. Les nucléosides naturels sont
retrouvés comme intermédiaires dans le métabolisme des nucléotides et en tant que cofacteur ou
coenzymes, comme la S-adénosylméthionine appelé aussi vitamine B12 (voir Biologie moléculaire,
chapitre enzymologie).

QCM du cours projeté :

Concernant la molécule suivante, indiquez le caractère vrai ou faux des affirmations suivantes :
a. Il s’agit d’une base substituée.
b. Il s’agit d’un nucléoside substitué.
c. Il s’agit d’une base pyrimidique.
d. Il s’agit d’un nucléoside qui peut avoir une activité.
e. Elle pourrait être intégrée dans un acide nucléique en voie de formation si elle faisait partie d’un
nucléotide.

VRAI : ACE (B : ce n’est pas un nucléoside mais une base ; D : pas d’activité, sert pour le marquage fluorescent).

Les nucléotides sont des nucléosides liant un ou plusieurs phosphates

(soit ribose + base + P). Un nucléotide de base a généralement 3
phosphates. La liaison entre le P et l’ose est une liaison ester-phosphate
entre le -OH du C5 du ribose et le groupement P (c’est donc bien une
liaison ester qui lie un alcool (-OH de l’ose) et un acide (acide
phosphorique H3PO4)). C’est une liaison riche en énergie (= qui libère
beaucoup d’énergie si elle est hydrolysée). S’il y a plus d’un P, la liaison
entre les P est une liaison anhydre d’acide.

Donc pour résumer, un phosphate inorganique (Pi) peut se lier à un jumeau et former un pyrophosphate
(PPi) par une liaison anhydre d’acide, ou bien il peut se lier à un alcool par une liaison ester-phosphate et
former par exemple un nucléotide.

Selon le nombre de P, on obtient différents nucléotides :

• 1 P : mononucléotide = nucléotide mono-phosphate. Ex : AMP, Adénine Mono-Phosphate. Un
mononucléotide porte une liaison ester.
• 2 P : dinucléotide = nucléotide diphosphate. Ex : ADP, Adénine Di-Phosphate. Attention,
« dinucléotide » ne signifie pas deux nucléotides mais bien deux phosphates. Un dinucléotide
porte une liaison ester et une liaison anhydre.
• 3 P : trinucléotide = nucléotide triphosphate. Ex : ATP, Adénine Tri-Phosphate. Un trinucléotide
porte une liaison ester et deux liaisons anhydres.

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Nomenclature :

Base Nucléoside Désoxynucléoside Nucléotide ou Désoxynucléotide ou

(base + (base + nucléoside 5-mono, di, désoxynucléoside 5-mono,
ribose) désoxyribose) triphosphate (base + di, triphosphate (base +
ribose + xP) désoxyribose + xP)
Cytosine Cytidine 2-desoxycytidine CMP, CDP et CTP dCMP, dCDP et dCTP
Uracile Uridine 2-desoxyruridine UMP, UDP et UTP
Thymine Thymidine 2-desoxythymidine TMP dTMP, dTDP et dTTP
Adénine Adénosine 2-desoxyadénosine AMP, ADP et ATP dAMP, dADP et dATP
Guanine Guanosine 2-desoxyguanosine GMP, GDP et GTP dGMP, dGDP et dGTP

Les noms des nucléosides ont comme suffixe « -osine » s’ils contiennent une base purine et « -idine » s’ils
contiennent une base pyrimidique. Piège fréquent : le nom de la base constituant le nucléoside est
souvent inversé avec le nom du nucléoside lui-même, et inversement (ex : thymine et thymidine).

Piège fréquent : il ne faut pas oublier que dans l’ADN, ce sont les nucléotides avec le préfixe (d) ou désoxy
qui sont corrects (et dans l’ARN, sans le préfixe) ! Ex : « l’ADN contient de l’AMP ». Faux, du dAMP !

Les unités nucléotidiques (les nucléotides) des acides nucléiques sont sous forme monophosphate (voir
plus bas). On peut aussi les appeler :
• (d)AMP = (d)-adénylate = acide (d)-
adénylique
• (d)GMP = (d)-guanylate = acide (d)-
guanylique
• (d)CMP = (d)-cytidylate = acide
(d)cytidylique
• UMP = uridylate = acide uridylique
• dTMP = d-thymidylate = acide ATP
désoxythymidylique

La phosphorylation, même si elle se fait en C5 généralement, peut concerner un ou plusieurs hydroxyles

(-OH) de l’ose.

Le groupe ester-phosphate peut être engagé soit :

• Avec d’autres acides phosphoriques (d’autres P) et former par exemple l’ADP et l’ATP.
• Avec un autre acide comme l’acide sulfurique (H2SO4) et former par exemple l’adénosine 3’-
phosphate 5’-phosphosulfate.
• Avec un autre hydroxyle (-OH) de l’ose par une 2ème liaison ester-phosphate dans les nucléotides
cycliques, dont le plus connu est l’AMPc (c pour cyclique), un médiateur cellulaire et second
messager (voir Biologie cellulaire). L’AMPc est une adénosine 3’,5’-monophosphate cyclique qui
comporte deux liaisons ester en C3 et C5 (aucune liaison anhydre d’acide et aucune liaison
phosphodiester (à venir)). Il est aussi retrouvé dans de nombreuses réactions du métabolisme.

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Les nucléotides monophosphates sont le plus souvent phosphorylés sur le C5 de leur ose. Les nucléosides
5’-monophosphates sont les éléments de base des polymères (des acides nucléiques que sont l’ADN et
l’ARN).

Rôles des nucléotides :

• Ce sont des transporteurs d’énergie, de lipides, d’acides aminés, de vitamines, de groupements
phosphates… En particulier, les nucléosides 5’-triphosphates servent de transport d’énergie : l’ATP
est la source centrale et ubiquitaire (= présente partout) d’énergie de la cellule, le GTP est la
source d’énergie pour la synthèse des protéines (voir Biologie cellulaire), le CTP est la source
d’énergie pour la synthèse des lipides et l’UTP est la source d’énergie pour le métabolisme des
sucres.
• Ce sont des précurseurs de base dans la biosynthèse des acides nucléiques. L’élément de base
est triphosphate, mais en s’incorporant à la chaine nucléique, il libère un pyrophosphate et devient
monophosphate (à venir).
• Ce sont des constituants de coenzymes (voir Biologie moléculaire, chapitre enzymologie).
• Ce sont des seconds messagers6, surtout l’AMPc impliqué dans la signalisation cellulaire.

QCM du cours projeté :

A propos des nucléosides, indiquez le caractère A propos du composé ci-dessous, indiquez le caractère vrai ou faux
vrai ou faux des affirmations suivantes : des affirmations suivantes :
a. Le sucre est un ribose pour les a. Il s’agit d’un nucléotide constitué d’un
ribonucléosides. désoxyribose, d’un phosphate et d’une
b. La liaison osidique avec la base est de type N- base purique.
osidique. b. Il s’agit de l’AMP cyclique.
c. La base azotée présente dans la molécule de c. Il existe un équilibre tautomère entre
GDP est la guanosine. les formes amino et imino de cette
d. Les nucléosides puriques ont pour suffixe « molécule.
idine ». d. Le C1’ du sucre est lié à l’azote N1 de la base via une liaison N-b-
e. Les nucléosides sont insensibles aux osidique
radiations. e. Il absorbe à 260 nm.

VRAI : AB (C : guanine ; D : « osine » ; E : ils le VRAI : CE (A : pas désoxy ; B : base guanine ; E : 260 nm : UV)
sont)

Les acides nucléiques sont des enchainements de nucléosides 5’-phosphate (= nucléotides) par une liaison
phosphodiester (voir plus bas). Il existe deux types d’acide nucléique : l’ADN et l’ARN. L’ADN, pour acide

6
Seconds messagers = molécule qui assure le relais intracellulaire d’un signal extracellulaire.
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 10
désoxyribonucléique, est composé de nucléotides comportant donc un ose, le 2-désoxyribose, une base
qui est une adénine, une guanine, une cytosine ou une thymine (pas d’uracile dans l’ADN pour rappel),
et d’un phosphate. L’ARN, pour acide ribonucléique, comporte des nucléotides composés d’un ose, le
ribose, d’une base qui est une adénine, une guanine, une cytosine, un uracile (propre à l’ARN) ou une
thymine, et d’un phosphate.

A noter que l’ADN peut contenir des bases méthylées, et que l’ARN contient de nombreuses bases
modifiées minoritaires.

Taille des acides nucléiques : la taille des polymères nucléiques est exprimée en trois unités : la longueur,
la masse moléculaire en Dalton, ou tout simplement le nombre de nucléotides ou le nombre de bases
(cela revient au même), noté b pour les molécules simple brin comme l’ARN. Pour les molécules double-
brin comme l’ADN, c’est le nombre de paires de bases et non pas le nombre de bases, noté pb.

Piège fréquent : « les ARN de transfert ont moins de 100 paires de bases », FAUX, pas de paires de bases !

Pour les ARN, le nombre de nucléotides varie de plusieurs dizaines à plusieurs milliers :
• ARN ribosomaux ou ARNr : de 100 à 5000 b (+ de 100 b)
• ARN de transfert ou ARNt : de 75 à 90 b (- de 100 b)
• ARN messagers ou ARNm : fonction du gène transcrit

Pour les ADN, le nombre de nucléotides varie de 5000 à plus de 100 millions pb. C’est très variable en
fonction des espèces : quelques dizaines de milliers de bases en moyenne pour le génome d’un virus,
quelques millions de bases pour celui d’une bactérie et 3 milliards de paires de bases pour le génome
humain ! (mais 16 milliards pour le génome du blé, la taille de l’ADN ne préjuge en rien du niveau
d’évolution de l’organisme vivant).

La liaison phosphodiester : la liaison phosphodiester relie les nucléotides entre eux pour former des
acides nucléiques. Il ne faut pas confondre 3 types de liaison dans un enchainement de nucléotides (dans
un acide nucléique), toutes trois des liaisons fortes (riches en énergie si elles sont hydrolysées) :
• La liaison ester-phosphate : une liaison ester condense un alcool et un acide ; donc ici, entre P et
-OH (du C5 généralement) de l’ose ; P-O-C
• La liaison anhydre d’acide : entre P et P
• La liaison phosphodiester : « di-ester », « deux esters » donc deux liaisons ester réalisées par le
même phosphate mais avec deux oses différents, le -OH du C3 de l’ose 1 et le P de C5 de l’ose 2 ;
C-O-P-O-C

La liaison phosphodiester est une liaison 3’→ 5’ (puisqu’elle relie le -OH porté par C3 du 1er nucléotide et
le P porté par C5 du 2ème nucléotide déjà incorporé à la chaine). Attention, l’ajout d’un nucléotide à la
chaine nucléique se fait toujours via un phosphate en α7 ! En effet, les nucléotides déjà incorporés à la
chaine sont tous les mononucléotides ne portant qu’un seul phosphate, sauf le premier de la chaîne, qui
est trinucléotide, c’est-à-dire avec 3 phosphates. Le nucléotide arrivant qui souhaite lui aussi faire partie

7
Le Pα désigne le 1er P, le plus proche de l’ose. Le Pβ est le 2nd P, pour les dinucléotides (ex : AMP) et les trinucléotides (ATP),
et le Pγ est le 3ème P, le plus éloigné, pour les trinucléotides (ATP).
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de la bande, arrive trinucléotide. Mais la liaison phosphate se réalisant sur le Pα, les deux autre P sont
éliminés lors de la liaison, et il y a libération d’un pyrophosphate (PPi).

Piège fréquent : attention, la liaison entre deux nucléotides est une liaison 3’→ 5’, mais l’acide nucléique
se lit et s’allonge de 5’ en 3’ (on dit que la chaine est vectorisée 5’ → 3’).

A noter également que l’ADN et l’ARN sont des polymères chargés négativement, grâce aux phosphates !

Formation d’un acide nucléique (récapitulatif) : le numéro un est triphosphate, toujours, le numéro deux
et trois sont monophosphates et on lit de 5’ en 3’. Cet acide nucléique de trois nucléotides a deux liaisons
anhydre d’acide, deux liaisons phosphodiester et cinq liaisons ester. A l’arrivée du nucléotide suivant, qui
est triphosphate, une liaison phosphodiester 3’-5’ se crée et un pyrophosphate (= diphosphate) est libéré.
L’acide nucléique s’allonge toujours en α.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 12

QCM du cours projeté :

Indiquez le caractère vrai ou faux des affirmations suivantes concernant le composé ci-
dessous :
a. On constate sur cette molécule des liaisons anhydre d’acide.
b. Des liaisons phosphodiester 3’-5’ sont représentées sur cette molécule.
c. L’ADN est une molécule chargée négativement, qui peut contenir des bases
méthylées.
d. Dans l’ARN la somme A+G est égale à la somme U+C.
e. L’ARNt est composé de 75 à 90 pb.

VRAI : BC (D : voir plus bas, dans l’ADN, A = T et C = G ; E : pas pb dans l’ARN).

Propriétés et caractéristiques de l’ADN : les résultats expérimentaux de E. Chargaff ont montré que dans
l’ADN (et pas dans l’ARN !), il y a autant de A que de T, et autant de C que de G. Cela s’explique par le fait
que l’adénine d’un brin se couple avec la thymine de l’autre brin, et que la cytosine d’un brin se couple
avec la guanine de l’autre brin : A = T et C = G.

Une autre caractéristique de l’ADN, c’est l’effet

hyperchrome ou hyperchromicité. L’effet
hyperchrome se traduit par le fait qu’en
chauffant l’ADN, en augmentation la
température, l’absorbance ou densité optique
DO augmente. C’est ainsi que le spectre
d’absorption de l’ADN natif est différent de
celui de l’ADN dénaturé par la chaleur (ou par
l’urée ou un pH très alcalin) : l’ADN dénaturé
absorbe à 260 nm, c’est-à-dire dans les UV, ce
qui est plus élevé que l’ADN natif (d’un facteur 1,6). Or d’après DO = ε x c x l (voir Biophysique),
l’absorbance augmente avec la quantité d’ADN, ce qui signifie qu’après dénaturation, l’ADN est en
quantité double. En fait, la dénaturation provoque la rupture des liaisons faibles entre les deux brins
d’ADN (entre les bases appariées), ce qui sépare les deux brins. Après dénaturation, l’ADN est sous forme
simple brin, donc en quantité double, d’où l’augmentation de la DO !
Donc à noter également qu’en augmentant la température :
• Augmentation de la DO car augmentation de la quantité d’ADN car séparation des deux brins
• Perte (ou diminution) de la viscosité !

Structure spatiale de l’ADN : un cliché aux rayons X de l’ADN sous forme B pris en 1952 par R.
Franklin révèle que l’ADN est sous forme hélicoïdale, c’est-à-dire qu’il est constitué d’au moins
deux chaines de polynucléotides associées et enroulées en hélice.

En 1953, Crick et Watson concluent que :

• L’ADN est une double hélice d’acides nucléiques dont les bases sont complémentaires.
• Les deux chaines sont antiparallèles.

Les enchainements oses-phosphates forment les squelettes hélicoïdaux parallèles extérieurs (les deux
barres de l’échelle). Les plans des oses sont presque perpendiculaires aux plans des bases, mais les plans
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 13
des bases sont perpendiculaires à l’axe de l’hélice. Chacune des bases d’une chaine est appariée à celle
de l’autre chaine par des liaisons hydrogènes (des liaisons dites faibles), deux bases étant situées dans
un même plan (les barreaux horizontaux de l’échelle). Les bases appariées sont complémentaires (A/T et
G/C) et sont à l’intérieur du cylindre central de l’hélice. On dit communément que l’ADN est double-brin,
complémentaire et antiparallèle.

A noter qu’il y a 3 liaisons hydrogènes entre G et C, et 2 liaisons hydrogènes entre A et T : G ≡ C et A = T.

Donc, plus la molécule est riche en GC, plus il y aura de liaisons hydrogènes à briser pour dénaturer l’ADN
et donc plus la température de fusion (Tm) sera élevée (ou en tout cas l’énergie à fournir sera grande).

La stabilité de la structure secondaire de ces

différentes doubles hélices d’ADN est essentiellement
due aux liaisons hydrogènes entre les bases
complémentaires de chacun des brins et aux
interactions hydrophobes et électrostatiques des
bases successives empilées dans la structure de
l’hélice, dont la distance des plans varie de 0,26 à 0,37
nm.

Les oses et phosphates sont à l’extérieur, et les bases

azotées sont parallèles entre elles.

Il faut savoir que l’ADN est irrégulier : parfois sous

conformation B, parfois A, Z, parfois tordu, parfois condensé… tout le long de la chaine. La conformation
B est la conformation majoritaire (A et Z minoritaires mais plus riches en GC). La conformation B, c’est le
modèle de Watson et Crick, le plus stable dans les conditions physiologiques, dont les caractéristiques
sont les suivantes :
• Enroulement droit
• Pas8 de 3,4 nm = 34 Å (angström)
• 10 pb par tour
• Rotation du plan des bases de 36°

La conformation de l’ADN a un impact direct sur l’expression génique. En effet,

elle peut réguler l’expression des gènes, car une conformation particulière de
l’ADN permet ou empêche l’interaction spécifique de certaines molécules avec
l’ADN (reconnaissance de séquences spécifiques). On verra plus tard par
exemple qu’un ADN condensé, tout resserré sur lui-même, n’est pas transcrit car
pas accessible aux protéines de transcription, donc pas traduit en protéine (on
dit que le ou les gène(s) concerné(s) ne s’expriment pas).

Les ARN (= acides ribonucléiques) : l’ARN est essentiellement simple brin (contrairement à l’ADN). Il est
constitué de polymères de ribonucléotides (et pas désoxy) puriques et pyrimidiques, liés entre eux par
des ponts 3’-5’ phosphodiester, tout comme l’ADN, à la différence qu’il porte des riboses (à la place des

8
Pas = distance parcourue pour que la molécule d’ADN fasse un tour (un enroulement)
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 14
désoxyriboses) et des uraciles à la place des thymines. Un ARN n’est jamais linéaire, mais toujours replié
sur lui-même selon de courts repliements internes et associé à des protéines. Ces courts repliements
internes sont tout simplement des interactions « non conventionnelles » complémentaires entre les
bases de la molécule, puisque l’ARN est simple brin, formant des structures typiques appelées « épingles
à cheveux ».

Les principales catégories d’ARN dans la cellule :

Correspond à l’acide nucléique

ARNm ARN messager transcrit à partir de l’ADN et qui
sera décodé en protéine.
Adaptateur ARNm / acide
ARNt ARN de transfert aminé lors de la synthèse des
protéines (voir ch. traduction).

Rentre dans la structure des

ARNr ARN ribosomaux ribosomes et catalysent la
synthèse protéique.

Se fixe sur l’ARNm par

complémentarité et inhibe sa
miARN et
ARN interférants traduction ou sa dégradation
microARN
car empêche la liaison de
protéines spécifiques. Ce sont
les plus petits !
Impliqué dans de nombreux
ARN nucléaire de
ARNsn processus nucléaires comme la
petite taille
maturation de l’ARNm.
ARNsno ARN nucléolaire de Impliqué dans la maturation et
petite taille la modification des ARNr.
Autres ARN des ribonucléoprotéines,
ARN non impliqué dans la synthèse des
codants télomères (télomérase), etc…

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 15

QCM du cours projeté :

Parmi les propositions suivantes relatives à la Concernant l’ADN, indiquez la ou les réponse(s) exacte(s) :
structure de l’ADN laquelle (ou lesquelles) est a. La dénaturation de l’ADN est réversible.
(sont) exacte(s) ? b. Lors de la dénaturation de l’ADN on a une augmentation de la
a. L’ADN adopte une structure en double hélice. densité optique.
b. Le pas de l’hélice (forme B) est d’environ 34 c. Un brin d’ADN dont la concentration GC est élevée sera moins
nanomètres. dénaturé lors d’un chauffage qu’un brin riche en AT.
c. L’ADN génomique est constitué de d. La séquence en nucléotides peut faire varier la conformation de
l’assemblage de deux chaînes l’ADN et donc peut faire varier la spécificité de fixation des
polynucléotidiques. protéines.
d. L’unité de base d’un brin d’ADN est e. Entre deux groupements phosphates il y a une liaison qui est plus
représenté par le nucléotide. riche en énergie qu’une liaison entre un ose et un phosphate.
e. L’ADN est riche en charges électriques +.
VRAI : ABCDE (A : les liaisons hydrogènes se font et se défont ; C :
VRAI : ACD (E : ADN chargé négativement) oui car trois liaisons hydrogènes donc plus d’énergie à fournir pour
dénaturer ; E : voir Biologie moléculaire, enzymologie)

L’ ADN
1. Introduction

Génome = ensemble du matériel génétique d’une cellule ou d’un individu = ensemble de l’information
héréditaire d’un organisme. L’information est présente en totalité dans chacune des cellules de
l’organisme. Lorsqu’une cellule se divise, l’information est copiée et transmise aux cellules filles. Attention,
le génome est présent dans toutes les cellules sauf dans les hématies (= globules rouges, voir Histologie
chapitre tissu sanguin), et les cellules gonosomiques9 des gamètes contiennent seulement ½ du génome
(voir MBDR). Le génome contient toutes les instructions nécessaires au développement, au
fonctionnement, au maintien de l’intégrité et à la reproduction des cellules de l’organisme. Ces
instructions sont nommées gènes. Le support matériel de l’information génétique est l’ADN ou l’ARN pour
les procaryotes et les eucaryotes. Au sens strict, le génome de chaque être humain est unique. Chez
l’homme, il y a environs 27 000 gènes.

Génome des procaryotes Génome des eucaryotes Génome des virus

Tout : ADN double brin ou ADN
ADN double brin ADN double brin simple brin ou ARN double brin
ou ARN simple brin

Piège fréquent : il n’y a pas de corrélation entre la complexité des organismes et le nombre de leurs
gènes ou la taille de leur génome.

Une forte proportion du génome chez les eucaryotes supérieurs est non-codant (= JUNK DNA), c’est-à-
dire que c’est de l’ADN qui ne code pas pour des protéines, qui est simplement là sans qu’on ne sache
encore trop pourquoi (probablement pour jouer un rôle dans la structure).

9
Cellules gonosomiques = contiennent les gonosomes, les chromosomes sexuels.
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 16
Diapositive déplacée : le séquençage consiste à lire l’enchaînement des nucléotides sur un génome ou
une partie du génome. On détermine alors une séquence, toujours exprimée de 5’ en 3’, qui correspond
au brin codant. Pour rappel, l’assemblage des nucléotides est orienté : dans l’ADN, le côté 3’ désigne
l’extrémité de la séquence polynucléotidique terminée par un ose (par le -OH du C3) et l’extrémité 5’
désigne l’extrémité de la séquence terminée par un phosphate. Comme les deux brins d’ADN sont
antiparallèles, l’extrémité 3’ d’un brin est en vis-à-vis de l’extrémité 5’ de son brin complémentaire. Le
brin codant est le brin qui se lit de 5’ en 3’, et le brin non-codant ou brin matrice est le brin lu dans le
sens 3’-5’ par la polymérase. A noter, pour la résolution des QCM, que le brin codant est de même
séquence que l’ARNm (à ceci près qu’on y retrouve des T au lieu des U).

Gène = unité d’hérédité contrôlant un caractère particulier. Cet élément génétique correspond à un
segment d’ADN ou d’ARN (virus), situé à un endroit bien précis appelé locus, sur un chromosome. En fait,
chaque région de l’ADN qui peut produire une molécule d’ARN fonctionnelle est un gène. Il faut savoir
qu’un gène n’est pas forcément transcrit, et/ou pas forcément traduit en protéine (ex : ARNt).

2. Localisation

Chez les procaryotes (= pas de noyau), le génome est localisé dans le nucléoïde (= zone irrégulière d’ADN
non délimitée par une membrane nucléaire). Le génome des procaryotes se divise en génome bactérien
et en génome épisomique (souvent un ADN plasmidique ou plasmide, un ADN circulaire particulier).

Chez les eucaryotes, le génome se trouve dans le noyau, mais attention, pas exclusivement ! On retrouve
de l’ADN dans les mitochondries10 (et parfois dans les chloroplastes) : 27 000 gènes pour le génome
nucléaire et 37 gènes pour le génome mitochondrial.

3. Organisation de l’ADN en chromosomes

3.1. Procaryotes

Chromosome bactérien ADN plasmidique = plasmide

Un plasmide est un ADN double brin circulaire
Le chromosome bactérien (il n’y en a qu’un seul) extra-chromosomique. C’est un élément
correspond à de l’ADN double brin circulaire (et génétique transposable entre cellules, trouvé
non linéaire). Il est visible comme un amas qui chez les bactéries qui se répliquent
prend le nom de nucléoïde. L’ADN, chargé indépendamment du chromosome bactérien. Il
négativement, est associé à des protéines est très utilisé dans les techniques de génomique
chargées positivement, dites des protéines pour faire exprimer un gène dans une cellule. Il
basiques, qui assurent son compactage. Il porte peut passer d’une bactérie à l’autre, on parle de
des gènes, une origine de réplication et un transfert horizontal. C’est une unité
système de partition (lors de la mitose). indépendante à côté du génome qui possède une
origine de réplication, un système de partition et
des gènes codants.

10
Mitochondrie : élément de la cellule (organite) essentiel à la production d’énergie cellulaire (voir Biologie cellulaire).
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 17
3.2. Eucaryotes

a. Génome nucléaire

Le génome nucléaire des eucaryotes est de l’ADN double brin

linéaire (et non circulaire !). Il s’organise en chromosomes et est
associé à des protéines basiques positives de structure favorisant sa
compaction, ce sont les histones.

Piège fréquent : les protéines basiques positives qui compactent

l’ADN procaryotes ne sont pas des histones, ce sont d’autres
protéines. Il n’y a pas d’histones chez les procaryotes !

Rôles des histones :

• L’ADN a besoin d’être organisé (d’être enroulé ou déroulé par les histones) pour réguler
l’expression génique, comme on l’a déjà évoqué. Plus l’ADN est compacté, plus il est lié aux
protéines et moins il est exprimé.
• L’ADN est aussi une molécule très instable et très fragile (comme l’ARN). Les histones le protègent.
• L’ADN doit être transmis aux cellules filles, pour cela il doit migrer aux pôles cellulaires (voir
Biologie cellulaire), ce qui est permit par la compaction de l’ADN en chromosomes, réalisée par
les histones.

Chromatine = ADN + histones (en masse égale). La chromatine est donc l’ensemble formé par l’ADN et
ces protéines basiques chargées positivement (riches en acides aminés positifs).

Il existe 5 types majeurs d’histones (voir Biologie cellulaire) : les histones H1, H2A, H2B, H3 et H4.
L’histone H1 est particulière car elle est extra-nucléosomale (on verra qu’elle compacte l’ADN sur
l’octamère). Mais il existe également d’autres protéines basiques, autres que les histones, mais dont on
parlera moins, comme la topoisomerase II.

Comment passe-t-on de la double hélice d’ADN de 2 nm à un chromosome ? Comment se condense la

chromatine ? En fait, les histones s’assemblent en octamères (= 8 unités), formant des billes contenant
chacune les histones 2 x H2A, 2 x H2B, 2 x H3 et 2 x H4. L’ADN s’incorpore en s’enroulant deux fois autour
de cette bille, qui prend le nom de nucléosome. A retenir que : nucléosome = octamère d’histones + ADN.
Entre chaque nucléosome, l’ADN est libre, on parle d’ADN intercalaire (à la façon d’un collier de perles
dont les perles sont espacées). L’histone H1 s’intercale entre chaque nucléosome. Ceci est le premier
niveau de compaction.

Piège fréquent : les histones sont en double dans un octamère.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 18

Niveaux de condensation de la chromatine :

1ER NIVEAU DE COMPACTION 2EME NIVEAU DE COMPACTION 3EME NIVEAU DE COMPACTION

Nucléosomes + ADN intercalaire Solénoïde = fibre de chromatine Le solénoïde s’attache à une
Aspect de la chromatine en de 30 nm avec des nucléosomes charpente protéique (lamine du
perles sur un fil (11 nm). empilés. Association de 6 noyau, voir Biologie cellulaire)
nucléosomes par tour. par des séquences d’ADN
appelées SAR.

Il existe deux types de chromatine (très important) :

• Euchromatine = ADN actif, transcrit, exprimé en protéines
• Hétérochromatine = ADN majoritairement inactif (sert à des fins structurelles durant les phases
chromosomiques (télomères)) divisé en :
o Hétérochromatine constitutive = jamais exprimée, située autour du centromère et
consiste en général en des séquences répétitives (Bettina enroule son fil électrique ;) )
o Hétérochromatine facultative = parfois exprimée. Ex : inactivation réversible de l’X ou de
gènes codant uniquement pour la vie embryonnaire (et la différenciation cellulaire qui lui
est liée) (Bettina enroule son fil électrique et le désenroule)

Gènes domestiques = gènes exprimés dans toutes les cellules et tout le temps. Ils sont toujours transcrits,
ils sont donc toujours sous forme d’euchromatine. Ex : gènes codant pour l’actine, la myosine… (voir
Biologie cellulaire ou Histologie). Ils servent souvent de marqueur témoin dans les QCM exercices.

EUCHROMATINE

A partir du solénoïde (30 nm), la compaction

devient trop forte et l’ADN n’est plus
accessible.

HÉTÉROCHROMATINE

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 19

Caryotype = ensemble des chromosomes d’une cellule. Par leur nombre, taille et forme, les
chromosomes sont spécifiques de chaque espèce. Chaque membre d’une même espèce a un caryotype
identique. Le caryotype d’un humain porte 46 chromosomes : 22 paires d’autosomes11 et une paire de
chromosomes sexuels.

L’analyse du caryotype est réalisée sur les chromosomes en métaphase à partir de n’importe quelle
cellule nucléée vivante capable de se diviser in vitro (on ne réalise pas de caryotype sur une cellule morte).
En effet, les chromosomes sont uniquement visibles en métaphase. Protocole :
• Mise en culture in vitro et incubation en présence de colchicine qui perturbe les fuseaux
mitotiques (voir Biologie cellulaire) et bloque les cellules en métaphase de la mitose, dans un
milieu hypotonique.
• Fixation puis coloration au Giemsa : le colorant ne colore que les zones condensées de l’ADN,
donc que de l’hétérochromatine, c’est pour cela que l’on parle de G-banding.
• Analyse au microscope de la taille, de la place du centromère et des bandes colorées des
chromosomes.

Un chromosome est constitué de :

• Télomères = extrémités des chromosomes
• Centromères = région centrale de contact entre les deux chromatides (branches) d’un même
chromosome ; zone d’assemblage au kinétochore et aux microtubules (voir MBDR)
• Origines de réplication

Les altérations chromosomiques peuvent être des cassures de chromosomes comme la délétion (= perte
de matériel génétique sur un chromosome) ou l’inversion (= renversement d’une portion d’ADN dans
l’autre sens), des échanges de fragments entre chromosomes comme la translocation (= échange
réciproque de matériel génétique entre deux chromosomes non-homologues (= pas de la même paire))
et l’insertion (= insertion de matériel génétique sur un chromosome, au détriment d’un autre), et la
duplication (= copie accidentelle de matériel génétique sur un même chromosome).

b. Génome mitochondrial

Le génome mitochondrial correspond à de l’ADN double-brin circulaire.

Circulaire, comme les procaryotes, car la mitochondrie aurait été à l’origine
une bactérie (un procaryote) qui se serait intégrée à l’intérieur d’une cellule
eucaryote pour y rester (théorie endosymbiotique).

C’est un ADN codant très petit puisqu’il contient seulement 37 gènes (pour
13 ARNm, 22 ARNt, et 2 ARNr). Il existe plusieurs milliers de copies d’ADN mitochondrial par cellule, mais
qu’un seul génome nucléaire ; c’est pour cela que l’on dit que le génome mitochondrial est beaucoup plus
fréquent. L’ADN mitochondrial n’a pas d’histones, comme tout procaryote, et pas de protéines associées.
Le génome mitochondrial est absolument nécessaire à la bonne santé, des mutations sur cet ADN sont
responsables de pathologies génétiques !

11
Autosome = chromosome non-sexuel ≠ gonosome = chromosome sexuel.
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 20
Une autre caractéristique, c’est que les mitochondries sont uniquement maternelles ! En effet, comme
cela sera revu en embryologie, les organites du spermatozoïde, dont les mitochondries, sont détruits lors
de sa pénétration dans l’ovocyte, et seules celles de l’ovocyte maternel perdurent. Ce qui signifie que
toutes nos mitochondries contiennent l’ADN mitochondrial maternel, et c’est ainsi que l’on peut identifier
des filiations entre femmes. Éthiquement parlant, se posent tout un tas de problèmes, quant à la
fécondation assistée notamment : le bébé « à trois parents » est interdit en France (interdiction d’avoir
plus de deux génomes, ce qui arrive lorsque l’on combine l’ovocyte d’une donneuse (ADN mitochondrial)
et le nucleus (= noyau) provenant d’un œuf fécondé (hémigénome paternel et hémigénome maternel)).

La transcription de gènes mitochondriaux peut donner des monocistrons et des polycistrons, comme on
le verra plus bas.

3 % du génome mitochondrial est non-codant, versus 93 % pour le génome nucléaire. Les génomes
mitochondriaux sont aussi très hétérogènes (fort taux de mutations) au sein d’une cellule et même au
sein d’une seule mitochondrie.

c. Lien génotype - phénotype

La plupart de nos caractères, comme la couleur de peau, la taille, le développement de telle ou telle
pathologie, dépend d’un grand nombre de gènes (et pas d’un seul). Seuls quelques caractères et quelques
maladies (environs 3000) ne dépend que d’un seul gène ; dans le cas des maladies, on parle de maladie
monogénique. Ex : la myopathie de Duchenne résulte d’une mutation du gène codant pour la
dystrophine ; une mutation du gène codant pour le CFTR provoque la mucoviscidose ; une
immunodéficience12 peut apparaitre suite à une mutation du gène codant pour la sous-unité gamma du
récepteur aux cytokines.

Précision transcrit / codant / non-codant : un gène est transcrit en pré-ARN. Le gène possède un
promoteur, un terminateur, et des éléments cis-régulateurs (tout cela sera revu dans le chapitre
transcription). Ce pré-ARN :
• Peut rester ainsi et être un ARN
codant un ou des ARNt et/ou ARNr
• Peut donner un pré-miARN, un ARN
codant un ou des miARN (RNA et DNA
en anglais)
• Peut donner un ARNm, un ARN codant
un ou des protéines

La proportion d’ADN codant et d’ADN non-

codant (= JUNK DNA) varie selon l’espèce.
Chez les procaryotes comme E. Coli, 88 % du
génome correspond à des régions codantes,
donc la majorité du génome code pour des protéines. Mais plus une espèce est évoluée, et plus elle
possède du JUNK DNA : chez les eucaryotes pluricellulaires comme l’Homme, seulement 2 % de l’ADN

12
Immunodéficience = état dans lequel un patient se trouve lorsque ses défenses immunitaires sont très affaiblies.
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 21
est codant pour des protéines ! Le JUNK DNA, les régions non-transcrites qui « ne servent à rien » (en
tout cas, nous n’avons pas encore découvert leur utilité), sont majoritaires !

4. Anatomie moléculaire du génome

4.1. Procaryotes

CISTRON = cadre de lecture ouvert (ORF) = partie traduite qui donne une protéine ; commence par un
codon d’initiation et se termine par un codon stop.

POLYCISTRON = l’ADN a plusieurs cadres de lecture ouverts ou plusieurs cistrons, donc il peut donner
plusieurs protéines. L’ADN polycistronique donne un ARN polycistronique codant plusieurs protéines.
L’ensemble formé par des gènes codants pour des protéines impliquées dans une même voie métabolique
prend le nom d’opéron.

TRANSPOSON = séquence d’ADN répétitive et mobile capable de se déplacer d’un point à un autre du
génome. Un transposon a une structure particulière : aux extrémités, il possède des zones répétées, et
entre, une région centrale d’ADN codant pour des protéines, dont le gène codant pour la transposase (ou
translocase) qui lui permet d’être mobile.

IS = transposon ne contenant que le gène codant pour la transposase (alors que les transposons codent
aussi pour d’autres protéines). Lorsque les IS et les transposons s’insèrent ailleurs dans le génome,
inexorablement dans un gène, ils inactivent son expression, systématiquement.

Chez les procaryotes, le chromosome bactérien et le plasmide contiennent des gènes « simples », c’est-
à-dire possédant un seul cadre de lecture ouvert (ou un cistron). Les gènes monocistroniques sont
retrouvés chez les procaryotes et chez les eucaryotes.

Chez les procaryotes et uniquement dans l’ADN mitochondrial eucaryote, on retrouve des gènes
« regroupés », c’est-à-dire possédant plusieurs cadres de lectures ouverts (ou cistrons) sous la
dépendance d’un seul et même promoteur. Les gènes polycistroniques ne sont pas retrouvés dans l’ADN
nucléaire eucaryote !
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 22
Chez les procaryotes, les transposons et les IS existent aussi bien dans le
chromosome bactérien que dans l’ADN plasmidique.

4.2. Eucaryotes

Chez les eucaryotes, on retrouve des cistrons, des polycistrons (opéron) uniquement dans l’ADN
mitochondrial, et des transposons.
L’ADN eucaryote s’organise en séquences solitaires, séquences moyennement répétées et en séquences
fortement répétées.

a. Gènes solitaires et famille de gènes

Un gène solitaire est un simple gène « de base » dont l’ADN est transcrit en un ARNm codant pour des
protéines. C’est un gène à copie unique, c’est-à-dire qu’il existe en un exemplaire dans un génome
haploïde et en deux copies (les deux allèles) dans un organisme diploïde. La plupart des gènes sont
solitaires (25 à 50% des gènes) et ce sont des gènes codants.

Piège fréquent : on ne peut pas faire d’empreinte génétique (voir plus bas) sur des gènes solitaires.

Mais les gènes solitaires peuvent dériver : lorsqu’un gène solitaire est dupliqué, s’il migre ailleurs dans
le génome, il va évoluer différemment du gène ancestral et finir par produire des protéines différentes
de celui-ci. Ce sont les gènes dupliqués et divergents, qui forme une famille de gènes fonctionnels et
afonctionnels (= pseudogène).

Pseudogène = copie d’un gène non-fonctionnelle, inactive, contenant la séquence d’un gène
partiellement ou fortement tronquée. Il peut être transcrit ou non (si la délétion est dans le promoteur
par exemple) et il pourrait être traduit mais pas de quelque chose de fonctionnel (nouvelle définition,
car anciennement, un pseudogène était défini dans ce cours comme un gène identique à un autre, mais
dont une mutation le rendrait inactif car non-traduit).

Le système de groupe sanguin ABO est un exemple de famille de gènes issus de gènes solitaires.

b. Gènes moyennement répétés

L’ADN codant pour des ARNr, des ARNt, des histones peut être répété en tandem : cela permet de
transcrire en grande quantité et rapidement un même gène codant des protéines importantes. X copies
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 23
identiques du gène sont à la file, souvent tête-bêche, sur une portion de génome. Ce type de gènes fait
partie des gènes moyennement répétés et prend le nom de cluster (= répétition en tandem sur des
portions de génome codant).

L’ADN répété dispersé est aussi une catégorie de gènes moyennement répétés. Il s’agit, chez les
eucaryotes, des transposons et des rétrotransposons. Un transposon est une séquence répétitive et
dispersée (mobile). La famille des transposons se divise en rétrotransposons et transposons simples.
Dans les deux cas, ce sont des portions d’ADN codant, portant des séquences d’ADN répétées en
extrémités et qui s’insèrent n’importe où dans le génome (et provoquent l’inactivation de gènes).

Remarque : a priori, cela n’a jamais été clair mais cela a été validé par une chargée de TD, les
transposons sont retrouvés chez les eucaryotes et les procaryotes, alors que les IS seraient retrouvés chez
les procaryotes et les rétrotransposons chez les eucaryotes. Cela reste à vérifier… Dans tous les cas, ils
provoquent une inactivation du gène.

Pour un transposon simple (à gauche du schéma) : la

séquence ADN d’insertion de l’ADN donneur se détache
pour simplement aller s’insérer sur une autre portion
d’ADN. Dans ce cas-là, l’intermédiaire est de l’ADN et il n’y
a pas d’augmentation de la quantité d’ADN.

Pour un rétrotransposon (à droite du schéma) : dans un

premier temps, la séquence ADN concernée est transcrite
en intermédiaire ARN (par une ARN polymérase, voir
chapitre transcription). On se retrouve donc avec un
intermédiaire ARN. Mais attention, de l’ARN ne s’insère
jamais dans de l’ADN ! Il faut donc que l’ARN redevienne
ADN, et ce mécanisme prend le nom de transcription
inverse (puisque l’on fait l’inverse de la transcription). Il est
réalisé par une reverse transcriptase 13 . Ensuite, cet
intermédiaire ADN reverse-transcrit est intégré dans l’ADN receveur. Là par contre, la quantité d’ADN
augmente, puisqu’il y a eu synthèse d’ADN et qu’à aucun moment un bout d’ADN s’est détaché d’un ADN
donneur pour aller voir ailleurs si j’y suis.

c. Gènes hautement répétés

Les séquences fortement répétées correspondent à de l’ADN de séquence simple répété en tandem. C’est
un ADN qui correspond en fait à du JUNK DNA, c’est-à-dire qu’il ne sert, a priori, à rien (il a peut-être un
rôle structural). Les gènes hautement répétés sont des séquences ADN toujours non-codantes. Il en existe
de trois sortes (taille croissante) :
• Microsatellites = courtes séquences d’ADN souvent en tandem répétées 100 000 fois dans le
génome. Ce sont généralement des points chauds de mutation, ce qui explique que les

13
Reverse transcriptase = est une reverse transcriptase une protéine ou une enzyme possédant l’activité de reverse
transcription, c’est-à-dire qu’elle est capable de synthétiser de l’ADN à partir d’ARN.
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 24
 empreintes génétiques se réalisent uniquement sur les microsatellites. Les dérapages réplicatifs
surviennent sur les zones hautement répétées puisqu’il est beaucoup plus facile pour l’ADN
polymérase de faire des erreurs de réplication lorsque les motifs s’enchainent et se ressemblent.
C’est pour cela que l’on identifie un génome sur le JUNK DNA et pas sur les gènes solitaires par
exemple : on étudie le nombre « d’erreurs » et de répétitions sur un locus donné et on les compare
à une séquence de référence. Les télomères (les extrémités des chromosomes) sont des
microsatellites (TTAGGG).
• Minisatellites = séquences d’ADN plus longues mais aussi répétées en tandem. Ce sont des points
chauds de recombinaison.
• Satellites = séquences d’ADN encore plus longues, proches des centromères (point de liaison
entre deux bras d’un chromosome). Les satellites ont un rôle structural très marqué.

Exemple des empreintes génétiques par détection du nombre de répétitions (VNTR) :

Pour savoir qui est le père (F) des quatre enfants (C1, C3, C3 et C4), on peut réaliser un test
de paternité en travaillant sur les empreintes génétiques. Il faut que l’enfant ait au moins
une barre de la même taille (donc au même niveau, car migration selon la taille) que la
mère (M) et une barre de la même taille (donc au même niveau) que le père. Ici, on peut
voir que l’enfant C1 est issu d’un autre père que celui testé, car la barre supérieure n’est
pas retrouvée chez le père (et ça craint).

5. Précisions (de Bettina)

Pas de pourcentages à apprendre, sauf 2 % du génome humain effectivement traduit en protéine versus
88 % chez les procaryotes.

Les polycistrons sont retrouvés chez les bactéries (ce sont des procaryotes) et dans l’ADN mitochondrial
eucaryote.

Intron = portion de gène transcrite en pré-ARN et qui sera ensuite éliminée par un processus d’excision
(= épissage). On ne retrouve pas d’intron dans l’ARN mature.
≠ Exon = portion de gène transcrite en pré-ARN et qui ne sera pas éliminée et qui sera conservée dans
l’ARN mature.
Attention, ceci est valable « en général ». En effet, comme on le verra plus tard, dans un épissage dit
épissage alternatif, certains exons peuvent être enlevés et certains introns conservés.

Éléments solitaires Éléments moyennement Éléments très répétés et de

répétés petite taille
Donnent des ARNm Donnent des ARNr, ARNt… pour Microsatellites
Pas totalement solitaires les clusters + les éléments Minisatellites
puisque comprend les répétés dispersés (transposons Satellites
« familles » de gènes et rétrotransposons)
Majoritairement codant mais Clusters = codant Toujours non-codant
quelques pseudogènes Transposons = codant ou non
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 25
L’extrémité 5’ d’un ADN simple brin a ses 3 phosphates SAUF si par exemple on nous parle de l’extrémité
d’un ADN synthétisé durant la réplication par l’ADN pol III ou I (allongement de l’amorce d’ARN ou de ce
qui a été synthétisé par l’ADN pol III) (voir chapitre sur la réplication).

L’ADN mitochondrial peut-être polycistronique.

QCM du cours projeté :

À propos du génome eucaryote : Un rétrotransposon dont une partie de séquence est : 5'
a. Le chromosome est composé d’opérons, ensemble ATGTGCTTTAAAGTC 3' s'insère dans le génome humain au
de gènes codant pour des protéines impliquées dans niveau de l'intron 2 du gène xvz, indiquez le caractère vrai
des différentes voies métaboliques. ou faux des affirmations suivantes :
b. Il existe des séquences moyennement répétées quia. La séquence du rétrotransposon est présente dans le pré-
codent par exemple pour les ARNt. ARNm du gène xvz .
c. Les séquences hautement répétées sont non b. Ce rétrotransposon a un génome fait d’ARN.
codantes. c. Pour que ce rétrotransposon s'insère dans l'intron 2, une
D. Les transposons peuvent inactiver l’expression d’un
ARN polymérase et une réverse transcriptase sont
gène. nécessaires.
E. Dans les séquences uniques il existe des gènes d. L'insertion de ce rétrotransposon dans le gène xvz
employés de maison, c’est à dire, exprimés entraîne une modification de la séquence de la protéine
spécifiquement par certains types de cellules. codée par xvz.
e. Dans la séquence entière du retrotransposon on peut
VRAI : BCDE (A : dans une même voie métabolique ; avoir une séquence codant une protéine fonctionnelle.
E : comptée juste, mais pour moi fausse, un gène
domestique (ou de ménage, ou d’entretien, ou VRAI : ACE (A : dans le pré-ARNm il y est encore puisqu’il n’y
housekeeping gene), est justement exprimé dans a pas encore eu épissage ; B : non, c’est un piège classique,
toutes les cellules car il assure les fonctions même s’il y a un intermédiaire ARN, le génome considéré est
indispensables à la vie de tous type cellulaire… à celui fait d’ADN car c’est celui-là qui s’insèrera ; D : une
vérifier !). inactivation du gène).

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 26

 LA RÉPLICATION
1. Introduction et généralités

La réplication est le processus au cours duquel une molécule d’ADN est copiée par une ADN polymérase,
dans le but d’obtenir non plus une, mais deux molécules d’ADN identiques. Un brin sert de matrice pour
la synthèse d’un autre brin dont les bases sont complémentaires : A-T et G-C. La synthèse se fait toujours
dans le sens 5’ → 3’ et ajoute des bases complémentaires au brin matrice par liaisons phosphodiesters.

Caractéristiques de la réplication :
- Complémentaire
- Antiparallèle
- Semi-conservative
- Bidirectionnelle
- Auto-correctrice
- Incomplète

La réplication précède la division cellulaire. Il n’y a pas de réplication s’il n’y a pas de division cellulaire
ensuite (couplage). Il n’y a qu’une seule réplication par division cellulaire.

La réplication est présente chez les procaryotes et les eucaryotes. Chez les eucaryotes, elle a lieu durant
la phase S du cycle cellulaire. On ne parle pas de cycle chez les procaryotes !

Chez les eucaryotes, la réplication commence simultanément pour tous les chromosomes d’une cellule,
mais à différents endroits du chromosome grâce aux nombreux sites d’initiation (plusieurs ARS sur un
chromosome).

Rappel du cycle cellulaire : en phase G0, les cellules sont quiescentes. Suite à un signal par GF, une
cytokine, elles rentrent en G1. Elles ont alors 2n chrm et n ADN. Puis, en phase S, l’ADN se réplique et on
obtient une cellule à 2n chrm et 2n ADN. Puis phase G2 (vérification : OK, mitose, sinon, apoptose, etc.
...), et entrée en mitose, marquée par la séparation des chromatides soeurs (et non pas des chromosomes
homologues, attention avec la méiose), et un retour à une cellule 2n chrm et n ADN.

La réplication dure :
- 20 minutes pour les procaryotes
- 8 heures pour les hommes !

La réplication consomme énormément d’énergie et se couple donc à un système exergonique14.

La réplication nécessite une amorce d’ARN, c’est-à-dire un petit morceau d’ARN.

14
Exergonique = qui libère de l’énergie (ex : de la chaleur).
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 27
Un défaut dans la mise en route de la réplication entraînerait soit une sur-réplication, soit une sous-
réplication. Globalement, la mise en place de la réplication se fait selon le modèle du réplicon : une
protéine « initiatrice » agit sur une séquence nucléotidique précise, le « réplicateur », nommée encore
l’origine de réplication (ori). Les mécanismes de reconnaissance des origines de réplication ont été
conservés.

La réplication est couplée à une synthèse d’histones (la quantité d’histones double, voir Biologie
cellulaire) :
- Les histones néo-synthétisées sont trouvées sur le brin discontinu/retardé/suiveur/tardif
- Les histones préformées sont trouvées sur le brin continu/précoce/leader

a. Complémentaire

Crick et Watson : à partir d’une photographie aux rayons X sur laquelle on voit l’ADN en
forme de croix, les deux chercheurs émettent l’hypothèse que l’ADN est sous forme de
double hélice enroulée sur elle-même autour d’un axe (structure).

b. Semi-conservative

L’expérience de Meselson et Stahl en utilisant la densité : chacune des deux nouvelles hélices est
constituée d’un brin néoformé et d’un brin issu de la double hélice d’origine.

Hypothèses de départ :
- RÉPLICATION CONSERVATIVE : à partir d’une molécule d’ADN bicaténaire « mère », on forme une
nouvelle molécule d’ADN bicaténaire totalement néoformée.
- RÉPLICATION SEMI-CONSERVATIVE : synthèse de deux molécules d’ADN bicaténaires constituées
chacune d’un brin parental et un brin nouvellement constitué.
- RÉPLICATION DISPERSIVE : aucun brin ne reste intact, les nouveaux brins sont constitués d’un
mélange de l’ADN mère et d’ADN néoformé.

Utilisation de l’ultracentrifugation. Plusieurs choix (à

titre informatif) :
- Centrifugation différentielle :
• Séparation selon la masse
• Surnageant / culot
• Après chaque centrifugation, le culot
est retiré et la force centrifuge
augmentée
- Centrifugation en gradient de densité :
• Centrifugation zonale :
o Gradient de densité continu
(un seul liquide de séparation
utilisé) ou discontinu
(plusieurs liquides de séparation utilisés, de densités différentes)
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 28
 o Les particules à séparer ont la même masse volumique mais sont de taille/masse
différentes : séparation selon la masse/taille ou selon le coefficient de
sédimentation
• Centrifugation isopycnique (= de même densité/masse volumique) :
o Gradient de densité continu non préformé : gradient de chlorure de Césium
o Les particules à séparer ont des densités différentes : séparation selon la densité
(de flottaison)
o Centrifugation à l’équilibre

Choix : utilisation de l’ultracentrifugation isopycnique, afin de séparer les molécules d’ADN de densité
différente.

Expérience : l’azote est un constituant majeur de l’ADN. L’azote 14 est l’isotope le plus répandu sur terre,
contrairement à l’azote 15, considéré comme lourd. Attention, ce dernier n’est pas radioactif, juste plus
lourd que l’isotope commun (car il contient un neutron supplémentaire) ! Les chercheurs cultivent des
cellules d’E. Coli dans un milieu contenant du N15. Ainsi, la base est rendue plus lourde, plus dense. Puis,
on fait un pulse-chase avec un lavage et on replonge les cellules dans un milieu normal contenant du N14
léger, qu’elles vont utiliser à présent pour leur réplication.

Résultats à la 1ère génération : 1 bande de densité intermédiaire. Si la réplication avait été conservative,
il serait apparu une quantité équivalente d’ADN lourd et d’ADN léger, mais pas d’ADN hybride de densité
intermédiaire : il y aurait eu deux bandes et non pas une. Conclusion : ce n’est pas une réplication
conservative.

Reste la réplication soit dispersive, soit semi-conservative, dans ces deux modèles, l’ADN étant constitué
d’une quantité équivalente Expérience
de N14 et de deN15.
vérification de l’hypothèse
Pour les départager, on fait une 2ème génération (deux
cycles cellulaires) que l’on cultive toujours dans un
Meselson etmilieu
Stahl normal contenant du N14 léger.
(1958)

14N 14N

Molécules
filles : ADN
de densité
intermédiaire
ou faible
ADN parental ayant
incorporé du 15N = ADN Molécules filles : ADN
de densité élevé de densité intermédiaire

Centrifugations de l’ADN en gradient de chlorure de Cesium !

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 29

Résultats à la 2ème génération : 2 bandes, une de densité intermédiaire, une de densité faible. La bande
de densité intermédiaire correspond à l’ADN retrouvé dans la 1ère génération (un brin N15, un brin N14),
l’autre correspond à un ADN contenant uniquement du N14. Si la réplication avait été dispersive, la
densité aurait été intermédiaire, mais inférieure à celle des cellules s’étant divisé une seule fois, et
supérieure à celle des cellules cultivées exclusivement avec du N14, la quantité de N15 étant répartie sur
de plus en plus de brins d’ADN. Conclusion : ce n’est pas une réplication dispersive.

c. Bidirectionnelle

C’est l’expérience de Cairns, qui utilise la radioactivité cette fois-ci : c’est un pulse-chase à la thymidine
tritiée sur des E. Coli au génome circulaire.

Expérience : Cairns cultive des bactéries dans un milieu contenant de thymidine tritiée pendant un temps
très court, pendant lequel les nucléotides radioactifs s’incorporent dans l’ADN en train d’être synthétisé.
Puis, il fait un lavage et cultive de nouveau les bactéries dans un milieu contenant des nucléotides
normaux. Enfin, il fait une observation de l’ADN au ME et une analyse photographique par
autoradiographie.

Résultats : il observe une incorporation de nucléotides radioactifs contenant la thymidine tritiée, de part
et d’autre d’un point.

Conclusion : ce point est l’origine de la réplication ORI et signifie que la réplication se fait dans les deux
sens en s’éloignant de cette origine : la réplication est bidirectionnelle.

Chez les procaryotes, il existe un seul site d’initiation, alors que chez les eucaryotes, il existe plusieurs
origines de réplication. La zone comprenant l’activité de réplication sur un ADN procaryote circulaire est
appelée l’oeil de réplication, dans lequel les fourches de réplication droite et gauche caractérisent
l’ouverture des deux brins, à droite, et à gauche.

Vocabulaire : un réplicon est une molécule entière ou une région d’ADN ou d’ARN pouvant se répliquer
à partir d’une seule et même origine de réplication. C’est tout ce qui est répliqué à partir d’une même
origine. Chez les procaryotes, le réplicon représente l’ensemble du chromosome (les plasmides sont des
réplicons à part entière). Chez les eucaryotes, il y a plusieurs réplicons par chromosome.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 30

 2. Protéines de la réplication

PROCARYOTES EUCARYOTES
INITIATION
Origine de OriC ARS
réplication Une seule Plusieurs
Protéine DnaA (x4) MCM
reconnaissant (ORC pour la levure)
l’origine
Hélicases (pour les deux fourches de Hélicases
réplication) :
Ouverture de la - Rep
double hélice - DnaB
+ 6 molécules DnaC (facteurs
d’initiation, PAS des hélicases !)
Maintien de SSB RP-A (ou RF-A)
l’ADN ouvert
Topoisomérases : Topoisomérases
Contrôle de la - Topoisomérase I : coupe 1
structure de brin
l’ADN - Topoisomérase II = Gyrase :
coupe les 2 brins
SYNTHESE
Primase = DnaG ADN Polymérase a
Amorce d’ARN

ADN Polymérase d : brin discontinu

Élongation et
synthèse de ADN polymérase III ADN Polymérase e : brin continu
l’ADN
ADN Polymérase g : mitochondrie

Élimination des RNase H : élimination des amorces

amorces ARN + ADN Polymérase I
comblement Trou bouché par ADN polymérase b

Relier les ADN ligase ADN ligase

fragments
FIN
Séquence TER
Fin de la Au niveau des télomères
réplication Reconnue par protéines TUS qui
inhibent l’hélicase DnaB

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 31

Hélicases :
- Hydrolysent de l’ATP
- Activité translocase (bougent une autre molécule)
- Bidirectionnelles
- Processives (= capacité d’une enzyme à catalyser des réactions successives sur une même
molécule sans la relâcher, par exemple les polymérases)
- Retrouvées dans la réplication, la transcription, la traduction, la réparation
- Un défaut des hélicases entraine des maladies génétiques

SSB ou protéine fixant l’ADN simple brin :

- Se fixe au Simple Brin procaryote
- Tétramère
- Retrouvée dans la réplication et la réparation (excision de nucléotides)

RP-A ou protéine de réplication A :

- Protéine de liaison à l’ADN simple brin eucaryote
- Réplication, réparation

Topoisomérases :
- Activité endonucléase (coupent)
- Activité ligase (réassemblent les nucléotides par synthèse de liaisons phosphodiesters)
- Elles détruisent les supertours positifs (torsions) et sont responsables de la relaxation/détorsion
de l’ADN
- Elles existent dans toutes les activités cellulaires et sont indispensables
- Elles agissent en amont et en aval de l’hélicase
- Elles hydrolysent de l’ATP
- Retrouvées dans la réplication, la transcription...
- Eucaryotes et procaryotes
- Un agent qui bloque la topoisomérase peut arrêter la réplication
- La topoisomérase II = Gyrase :
• Coupe 2 brins
• Est un tétramère constituée de 2 monomères A et de 2 monomères B
• Hydrolyse de l’ATP
• Transforme un supertour positif en supertour négatif
- La topoisomérase I :
• Coupe 1 brin
• Est un monomère
• Hydrolyse de l’ATP

Primase = Dna G :
- ARN polymérase ADN dépendante
- ARN polymérase qui synthétique des amorces d’ARN utilisés ensuite par l’ADN polymérase. En
effet, aucune ADN polymérase ne peut commencer une synthèse de novo, elles ne sont capables

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 32

 que d’allonger une région déjà partiellement double brin, en ajoutant un nucléotide à une
extrémité 3’OH déjà présente
- Capable de synthétiser une amorce d’ARN de novo à partir d’ADN
- Procaryotes, eucaryotes (et archées, bactéries...)
- Pas de site de reconnaissance spécifique
- Pas d’activité exonucléase (ne corrige pas ses erreurs, car l’ARN va être éliminé à la fin)
- Surtout sur le brin tardif (fragments d’Okazaki)

ADN polymérase III :

- Holoenzyme composée de 2 monomères
- Très processive (très rapide)
- ADN polymérase ADN-dépendante : synthétise de l’ADN à partir d’ADN
- Elle synthétise de façon continue sur le brin leader = brin avancé = brin précoce (dans la direction
de l’ouverture de l’ADN par l’hélicase)
- Elle synthétise de façon discontinue à partir des nombreuses amorces de la primase sur le brin
suiveur = brin retardé = brin tardif (vers l’ORI, en direction opposée de l’ouverture de l’ADN, au
fur et à mesure que l’hélicase ouvre) : synthèse de courts fragments appelés les fragments
d’Okasaki
- Activité polymérase 5’ → 3’ par la sous-unité alpha (complémentarité des bases avec le brin d’en
face et liaisons phosphodiesters entre les bases ajoutées + libération d’un pyrophosphate)
- Activité exonucléase 3’ → 5’ par la sous-unité epsilon : activité proof-reading (elle enlève ceux de
derrière elle si elle s’est trompée, mais s’il y a une erreur bien avant, elle ne peut pas enlever plus
loin car elle n’a pas d’activité endonucléase)

ADN polymérase I :
- Activité polymérase 5’ → 3’ : comble les brèches par de l’ADN à partir de l’extrémité 3’OH
- Activité exonucléase 5’ → 3’ : elle élimine les amorces de la primase
- Activité exonucléase 3’ → 5’ : proof reading
- Activité reverse transcriptase mais faible
- Processive
- ADN polymérase ADN dépendante
- Fragment de Klenow : la digestion de l’ADN polymérase I par une protéase donne deux
fragments : le plus gros possède encore les deux activités catalytiques 5’ → 3’ polymérase et 3’
→ 5’ exonucléase. Donc attention, il ne comprend par l’activité élimination d’amorces
(exonucléase 5’ → 3’). Ce fragment peut être utilisé pour synthétiser le 2ème brin à partir d’un
ADN simple brin et d’une amorce

ADN ligase :
- Forme des liaisons phosphodiesters entre l’extrémité 5’-phosphate de l’ADN synthétisé par l’ADN
pol III et l’extrémité 3’OH de l’ADN synthétisé par l’ADN pol I
- Retrouvée dans la réplication et la réparation (base, nucléotide et cassures double-brin)
- Elle hydrolyse de l’ATP ou du NAD+
- Ne peut pas liguer de l’ARN avec de l’ADN

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 33

ORC (Origin Recognition Complex) :
- S’associe spécifiquement aux origines de réplication de la levure
- Est associé aux origines tout au long du cycle cellulaire

MCM (Mini-Chromosome Maintenances) :

- Nécessaire au déclenchement de la réplication
- Chez tous les eucaryotes (contrairement à ORC)
- Participe à l’établissement des complexes de pré-réplication
- Indique à l’ADN polymérase les sections du génome qui ne sont pas encore répliquées
- S’associe à la chromatine juste avant la phase S puis s’en détache au cours de la phase S
- Son association à la chromatine dépend de la présence sur la chromatine des protéines ORC et Cdc

Cdc est nécessaire au déclenchement de la réplication : les phases S et M du cycle cellulaire eucaryote
sont contrôlées par l’activité de protéines kinases Cdk (Cyclin Dependent Kinase) et de cyclines. Il est fort
probable que les protéines Cdc contrôlent l’entrée en phase S directement au niveau des origines de
réplication : l’expression du gène Cdc est nécessaire à la formation des complexes de pré-réplication en
phase G1.

Le MPF (Mitosis Promoting Factor) contrôle la mitose et est composé de la protéine kinase Cdc2 associée
à une cycline B.

En amont de l’origine de réplication, une région, LCR (Locus Control Region) contrôle la réplication et la
transcription du locus : l’interaction entre des séquences éloignées les unes des autres est nécessaire
pour mettre en route la réplication de l’ADN.

ARS :
- La localisation des origines de réplication sur le génome peut être définie, soit par des
changements de structure de la chromatine qui déterminent les régions de transcription, soit par
le processus de transcription lui-même.

ADN polymérase alpha :

- ARN polymérase ADN dépendante
- C’est l’homologue de la primase
- Activité ARN polymérase 5’ → 3’ : synthétise des amorces d’ARN
- ARN polymérase réplicative
- Oligomère de 4 sous unités et holoenzyme (de nombreuses sous-unités), dont deux (les plus
petites) pour l’activité primase
- Pas d’activité exonucléase 3’ → 5’
- Faible processivité (elle s’arrête rapidement)

ADN polymérase delta :

- ADN polymérase ADN dépendante
- Activité polymérase 5’ → 3’ d’ADN sur le brin discontinu (delta, discontinu)
- ADN polymérase réplicative

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 34

 - Equivalent de la Pol III des procaryotes
- Activité 3’ → 5’ exonuclease
- Peu processive donc souvent associée à d’autres protéines, ce qui augmente sa processivité

ADN polymérase espilon :

- ADN polymérase ADN dépendante
- Activité polymérase 5’ → 3’ d’ADN sur le brin continu
- ADN polymérase réplicative
- Equivalent de la Pol III des procaryotes
- Activité 3’ → 5’ exonuclease
- Très processive

ADN polymérase gamma :

- ADN polymérase ADN dépendante
- Réplication de l’ADN mitochondrial !
- ADN polymérase réplicative
- Réplication particulière (réplication par déplacement, d’abord un brin, puis l’autre à partir d’une
autre origine)
- Activité 3’ → 5’ exonuclease

ADN polymérase béta :

- Impliquée dans la réplication mais aussi dans la réparation de l’ADN : c’est une ADN polymérase
translésionnelle, en plus d’être une ADN polymérase réplicative
- Elle comble les brèches crées par la RNase H qui a enlevé les amorces d’ARN : activité ADN
polymérase 5’ → 3’
- Elle se fixe à l’extrémité 3’ synthétisée par delta ou epsilon
- Activité 3’ → 5’ exonuclease

Remarque : il existe de nombreuses autres ADN polymérases chez les eucaryotes.

Télomères :
- Ce sont les extrémités des chromosomes eucaryotes (chez les procaryotes l’ADN est circulaire)
- A chaque division cellulaire, ils raccourcissent (la réplication est incomplète) : à partir d’un certain
seuil critique, la cellule ne se divise plus et devient sénescente. C’est ce qui fait que le nombre de
divisions d’une cellule est limité (il est lié à la longueur de ses télomères).
Exceptions :
• Pendant l’embryogenèse et la petite enfance
• Les cellules souches
• Les cellules cancéreuses
- Régions hautement répétitives, non-codantes, de motifs d’hexa-nucléotides en tandem riches en
G : TTAGGG
- Les cellules « exceptions » comportent des télomérases, des réverse-transcriptases, qui
rallongent les chromosomes en ajoutant un télomère. Les télomères sont aussi des
ribonucléoprotéines (ARN (complémentaire et antiparallèle de l’ADN des télomères) + protéines)

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 35

 et des ADN polymérases ARN dépendantes (puisque réverses transcriptases). Attention, les
télomérases ne s’expriment pas dans les cellules somatiques !

3. Cas particulier : la réplication des rétrovirus

Les rétrovirus ont pour génome de l’ARN simple brin. Dans leur cycle de réplication, une fois qu’ils ont
infecté une cellule cible, ils réverse-transcrivent leur génome en ADN double brin grâce à leur réverse-
transcriptase.

Les lentivirus, dont le plus connu est HIV responsable du SIDA, font partie des rétrovirus :
- Ce sont des virus enveloppés : ils présentent des protéines d’enveloppe à la surface du virus
- Ils contiennent une capside
- Génome ARN simple brin

Le HIV n’infecte que les cellules sanguines, les lymphocytes et les macrophages présentant des
récepteurs CD4+ ou CCR5+ ou CXCR4+. Grâce à ses protéines d’enveloppe, il reconnait les cellules qui
expriment ces récepteurs, se fixe, et libère sa capside à l’intérieur de la cellule.

Remarque : les rhinovirus n’appartiennent pas aux rétrovirus.

Remarque bis : les virus n’infectent pas toutes les cellules !

La réverse-transcriptase est une ADN polymérase ARN dépendante, elle a donc besoin, comme toutes les
ADN polymérase, d’une amorce. Une fois qu’elle a réverse-transcrit l’ARN sb en ADN db, cet ADN db
rentre dans le noyau de la cellule hôte et est intégré dans le génome cellulaire grâce à une intégrase. Cet
événement est irréversible et l’individu est alors séropositif. L’ADN viral est alors soit transcrit en entier
(« transcription pleine taille ») soit son ARN subit un épissage alternatif, de façon à reformer une capside
et un virus prêt à être exocyté pour aller infecter d’autres cellules.

L’individu passe par deux phases :

- La phase aigüe = forte transcription = chute de l’immunité (des LT) = individu très infecté
- La phase asymptomatique = le virus est intégré dans le génome, mais il « dort » = très faible
transcription

Remarque : les rétro-transposons de notre génome seraient le vestige d’une infection à un rétrovirus il
y a des millions d’années.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 36

 4. Systèmes de la réplication

PRIMOSOME
RÉPLISOME
spécifique des procaryotes

Initiation
- DnaA - Ø
- Hélicases + DnaC - Hélicases + DnaC (procaryotes)
- SSB - SSB (et RPA)
- Topoisomérases - Topoisomérases
Synthèse
- Primase = DnaG - Primase = DnaG (et ADN pol alpha)
- ADN polymérase III (et ADN pol delta, epsilon,
gamma)
- ADN polymérase I (et ADN pol béta)
- Ligases
- Clamps glissants, appelés complexes béta
(procaryotes) ou PCNA (eucaryotes) : ce sont
des anneaux protéiques qui encerclent l’ADN
et augmentent la processivité des ADN
polymérases. Notamment, la processivité de
l’ADN polymérase III est augmentée par la
sous-unité béta

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 37

 LA RÉPARATION
L’ADN est la seule macromolécule susceptible de réparation. Il y a une analyse quasi-continuelle de
celui-ci et ces processus existent chez les eucaryotes comme chez les procaryotes.

1. Correction directe de la mutation

PHOTORÉACTIVATION DÉMÉTHYLATION DES GUANINES

Une enzyme se fixe au niveau des dimères de Par une enzyme spécifique
thymine intra-brins et l’association ADN-enzyme
absorbe dans l’UV → séparation des thymines

2. Excision-réparation

MISMATCH REPAIR (MMR) BER NER

Endogène Exogène Exogène
Réparation d’une erreur Réparation d’une erreur Réparation d’une altération
survenue au cours de la touchant une seule base. Ex, la plus importante de l’ADN,
réplication et non réparée par le désamination : méthyl-cytosine comme les dimères de
proof-reading → thymine et cytosine → uracile thymines
1. Action d’une endonucléase 1. Glycosylase hydrolyse la Semblable au MMR
sur un site GATC en amont du liaison N-Glycosidique →
mésappariement (le GATC formation d’un site apurique
méthylé = brin parental) ou apyrimidique, le site AP
2. Exonucléase 5’→3’ aggrandit 2. Endonucléase coupe la
la brèche liaison phosphodiester en 5’
3. ADN polymérase comble la du nucléotide abasique
brèche en présence de 3. Exonucléase enlève le
topoïsomérases qui enlèvent nucléotide abasique
les supertours 4. ADN polymérase
4. Ligase 5. Ligase

3. Réparation des cassures double-brin

HOMOLOGUE NON-HOMOLOGUE
Après la phase S, les chromosomes sont constitués Fait directement intervenir des protéines de
de 2 chromatides sœurs, chacune contenant 2 réparation
brins d’ADN. Si cassure d’une des 2 chromatides :
1. Exonucléase qui raccourcit les deux brins
2. La chromatide sœur sert de matrice pour
une ADN polymérase
3. Ligase
PAS D’ENDONUCLÉASE
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 38
 LA TRANSCRIPTION
1. Introduction Brin codant = brin
non transcrit

ADN → ARN fonctionnel.

En QMC, on représente toujours

le brin codant.

ARN
Brin codant = brin sens = 5’ → 3’. ARN polymérase

Le brin codant a la même

Brin matrice = brin
séquence que l’ARN ! (Sauf les T
non-codant
et les U qui changent).

Brin matrice : 3’ → 5’. Il sert de matrice à la synthèse d’ARN. C’est le brin complémentaire et antiparallèle
de l’ARN. Il est différent du brin néo-synthétisé.

Une ARN polymérase ADN dépendante, l’enzyme de la transcription chez les procaryotes et eucaryotes,
transcrit à partir d’un brin matrice soit un ARN directement fonctionnel (ARNt, ARNr, miARN) soit un
ARNm qui sera traduit en protéine. La synthèse se fait de 5’ en 3’.

L’ARN polymérase :
• N’a pas besoin d’amorce, à l’inverse des ADN polymérases. Elle débute sa synthèse au niveau d’un
point d’initiation de la traduction en condensant directement 2 ribonucléosides tri-P. Un des deux
gardera ses trois P et le deuxième n’en gardera qu’un, par exemple : ATP-AMP-GMP...
• Est une holoenzyme (plusieurs sous-unités) qui fait tout, toute seule (c’est la seule enzyme à faire
tout, toute seule) :
o Initiation : elle reconnait le site d’initiation de la transcription.
o Activité hélicase : elle détord l’ADN et initie la transcription. Il faut donc répondre faux à
« la transcription nécessite l’action d’une hélicase ».
o Élongation
o Terminaison
• N’a pas d’activité exonucléasique (l’ARN n’est pas réparé)
• A besoin :
o De l’aide de facteurs de transcription et de topoïsomérases
o D’ADN matrice
o De nucléotides XTP (ATP, GTP…)
o Mg2+

La transcription démarre un peu après un promoteur et se termine au niveau d’un terminateur. Le

promoteur est une séquence d’ADN double-brin qui :
• Permet le démarrage de la transcription.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 39

 • Donne le sens de transcription : la transcription peut être lue dans les deux sens. Dans ce cas, les
deux ARNm résultants sont différents et les protéines issues sont différentes.
• Est propre à un gène ou un opéron (= polycistronique (donnera plusieurs protéines car plusieurs
sites de démarrage) mais transcrit d’un coup, à la chaine, à partir d’un seul promoteur).

Le point +1 de la transcription représente exactement le site d’initiation. Ce point +1 se situe un

nucléotide après le promoteur, quel que soit ce nucléotide.

Une séquence peut être transcrite par plusieurs ARN polymérases.

PROCARYOTE EUCARYOTE
90% de l’ADN procaryote est transcrit 50% de l’ADN eucaryote est transcrit
1 chromosome + plasmides Plusieurs chromosomes
ARN souvent polycistronique ARN monocistronique + polycistronique dans la
Souvent même, opéron (polycistronique lu d’un mitochondrie (car c’est un procaryote selon la
seul coup à partir d’un seul promoteur) théorie endosymbiotique)
Transcription, traduction… etc., couplés Transcription et traduction séparées

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 40

 2. Transcription : mécanisme

PROCARYOTE EUCARYOTE

Au niveau d’un promoteur (pas Au niveau d’un promoteur (pas d’amorce)

d’amorce) en 5’ : en 5’ :
- Ils peuvent être forts (beaucoup - Ils peuvent être forts ou faibles.
de transcription car facilement - Milliers de promoteurs différents,
reconnus par l’ARN polymérase) mais tous ont des séquences
ou faibles communes.
- Centaines de promoteurs
différents, mais tous ont des Idem à la transcription procaryote, mais en
séquences communes. distinguant les machineries spécifiques du
type d’ARN cette fois-ci.
Structure invariable d’un promoteur
(séquences consensus/communes) : Il existe 3 types de promoteurs :
- Promoteur de l’ARN polymérase I
- Boîte TATA ou Pribnow en -10 : - Promoteur de l’ARN polymérase III
INITIATION : permet l’ouverture facile car - Promoteur de l’ARN polymérase II
PROMOTEUR riche en A et T (faible en liaisons (ARNm), composé de :
H). La transcription commence • Boîte TATA en -30 : séquence
10 nucléotides après TATA. ouverture
Chaque gène a un promoteur • Boîte CAAT en -100 : séquence
spécifique dont la séquence régulatrice
varie, mais tous les promoteurs
ont TATA 10 XTP avant la
transcription.

- TTGACA en -35 : séquence

régulatrice qui permet de
ralentir d’ARN polymérase

L’ARN polymérase s’associe à l’ADN sur

une région comprenant et la boite TATA
et la séquence TTGACA, c’est-à-dire sur
le promoteur. Le complexe est stabilisé
par des liaisons hydrogènes.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 41

 1 ARN polymérase : 3 ARN polymérases nucléaires :

Une seule ARN polymérase constituée - ARN polymérase I : ARNr, nucléole

de 5 sous-unités : aabb’s
- ARN polymérase III : ARNt + 3 ARNr
- aabb’ = core enzyme, le cœur (retenir : ARN pol trois, donc ARNt
de l’enzyme. Il sait tout faire sauf et trois ARNr), nucléoplasme
savoir où et quand commencer.
- ARN polymérase II : ARNm,
- s = facteur d’initiation qui nucléoplasme
permet uniquement l’initiation • Bloquée par l’alpha-amanitine
de la transcription par
ÉLONGATION : reconnaissance du promoteur. Attention : les mitochondries ou
ARN En +10, il est enlevé, et il n’y a chloroplastes ont leur propres ARN
POLYMÉRASE plus que l’enzyme cœur qui polymérases ! L’ARN polymérase de la
continue la transcription. En +10, mitochondrie est codée par le génome
perte de s et arrivée de nusA nucléaire. Celle des chloroplastes est codée
(protéine auxiliaire) qui par le génome des chloroplastes.
empêche son retour.
Les ARN polymérases ont nécessairement
L’enzyme n’est entière qu’avec les 5 besoin de plusieurs facteurs de
s.u. transcription (TF), négatifs et positifs, qui
se fixent sur les promoteurs et les attirent.
Bulle de transcription : ADN déroulé sur L’ARN polymérase seule est incapable de
18 nucléotides. se fixer sur le promoteur !

Action de topoïsomérases I et II Comme il y a trois types d’ARN

(puisqu’il y a des supertours). polymérases, il existe aussi trois types de
promoteurs et trois types de facteurs de
transcription (voir plus bas).

La terminaison se fait au niveau de Pour l’ARN polymérase II uniquement, la

terminateurs : terminaison se fait au niveau de sites de
- Sites de pause riches en GC pause riches en GC, situés 1 000 bases
(épingles à cheveux après AAUAA, le site de polyadénylation.
TERMINAISON nombreuses)
- Terminateur Rho dépendant : la Ces séquences de pauses sont souvent des
protéine ATPase rho a des épingles à cheveux (GC).
affinités avec l’ARN simple brin,
s’y fixe et induit le détachement Pas de rho !
de l’ARN polymérase

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 3. Modifications post-transcriptionnelles = maturation

Une fois que l’ARN a été synthétisé, sous forme d’un pré-ARN, aussi appelé transcrit primaire, il subit un
certain nombre de modifications, regroupées sous le nom de maturation de l’ARN. La maturation de l’ARN
est obligatoire et présente autant chez les procaryotes que chez les eucaryotes, car un ARN est toujours
synthétisé sous la forme d’un pré-ARN immature.

La maturation chez les procaryotes est différente de celle des eucaryotes. Chez l’un et chez l’autre, la
maturation d’un ARNm est différente de la maturation des ARNr et ARNt : chez les eucaryotes, l’ARNm
subit l’ajout d’une coiffe, un clivage et l’ajout d’une queue poly A, ainsi qu’un épissage.

PROCARYOTE EUCARYOTE

❶ ARNm ❶ ARNm
Les ARNm
procaryotes ne Un pré-ARNm peut subir 3 modifications dans le noyau :
subissent pas de - L’ajout d’une coiffe en 5’ : obligatoire
maturation ! (Pas - L’ajout d’une queue poly A en 3’ : facultatif mais pour la plupart des
d’épissage car pas ARNm sauf pour les ARNm des histones et certains ARNm viraux !
d’intron). - Épissage : excision des introns, facultatif mais pour la plupart

❷ ARNt et ARNr La maturation des pré-ARNm est un mécanisme co-transcriptionnel et se

Les pré-ARNt et pré- déroule donc dans le noyau (lorsque le précurseur est en cours de transcription).
ARNr subissent une Il n’y a pas d’ordre chronologique dans les modifications que subit un ARNm (en
maturation. La PACES).
maturation des pré-
ARNt se fait par une COIFFE
RNase P (voir
eucaryotes). C’est Les ARN sont très fragiles (ils sont facilement dégradés par des RNAses). Pour ne
une endonucléase pas que l’extrémité 5’ soit dégradée, 30 XTP (nucléotides) après le début de la
et transcription, une coiffe est ajoutée par un mécanisme co-transcriptionnel.
ribonucléoprotéine.
La coiffe est le nucléotide 7-méthyl-guanosine triphosphate.
Parfois, un même
précurseur peut Synthèse :
contenir de l’ARNt - L’extrémité triphosphate du 1er nucléotide de l’ARNm est clivé par une
et de l’ARNr. triphosphatase, ce qui libère un nucléotide 5’ diphosphate.
- Ensuite, une guanylyltransférase forme une liaison covalente 5’-5’
triphosphate entre ce 1er nucléotide diphosphate de l’ARNm et un GTP,
future coiffe. L’hydrolyse du GTP lors de la création de la liaison libère un
pyrophosphate et un GMP.
- Ce GMP est ensuite méthylé en N7, ce qui forme la coiffe 7-méthyl-
guanosine-phosphate.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 43

Les riboses des deux premiers nucléotides de l’ARN peuvent aussi être méthylés
en C2.

Donc : liaison 5’-5’ triphosphate = 1 phosphate de la coiffe et 2 phosphates du

nucléotide.

La coiffe comporte une base substituée (une guanine méthylée) qui se fixe sur
l’extrémité 5’ de l’ARNm, là où il y a les phosphates, grâce à une transférase : ce
n’est pas une réaction de polymérisation !

Particularités de cette coiffe :

- Tous les ARNm ont une coiffe, mais les ARNt et les ARNr n’ont pas de
coiffe (la coiffe en 5’ caractérise les précurseurs d’ARNm)
- Pas de coiffe, pas de traduction !
- 2 liaisons ester et 2 liaisons anhydride d’acide

Rôles :
- Protection et stabilisation : la coiffe bloque l’action des exonucléases
5’→ 3’ et augmente la durée de vie des ARNm
- Reconnaissance par les ribosomes lors de la traduction : la coiffe se lie
au facteur d’initiation de la traduction eIF4E
- Export nucléaire

QUEUE POLY A

Action d’une poly(A) polymérase :

- Elle ne rajoute que des Adénines en 3’: c’est la polyadénylation, qui se
déroule dans le noyau (avant l’épissage, après la transcription)
- Elle n’est ni ARN ni ADN dépendante (elle ne copie rien !)
- Elle utilise l’ATP comme substrat pour allonger l’extrémité 3’ de l’ARN

Chez les eucaryotes, tous les ARNm ont une queue poly-A, à l’exception des
ARNm des histones.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 44

La séquence AAUAA, site de polyadénylation, est situé 30 XTP en amont d’un
site de clivage également site de polymérisation. La poly(A)polymérase se fixe
sur le futur site de polymérisation, après AAUAAA, et des endonucléases
coupent la fin de l’ARNm afin qu’il soit remplacé par la queue poly(A).

Rôle :
- Protection partielle contre les exonucléases
- Transport vers le cytoplasme
- Augmentation de la durée de vie ou demi-vie de l’ARN, sans le protéger
complétement

La queue poly-A est raccourcie dans le cytoplasme par des nucléases.

ÉPISSAGE

L’épissage est, chez les eucaryotes, un processus nucléaire par lequel des
séquences d’ARN sont coupées, et les séquences restantes sont liguées entre
elles. Les séquences conservées sont appelées exons. Les séquences éliminées
sont appelées introns. Ce qui signifie par ailleurs que les gènes (et non les ARNm)
sont constitués d’une suite d’exons et d’introns alternés.

L’épissage en général, correspond à l’excision des introns (ils sont retirés) et

l’épissage des exons (ils sont réunis).

Des mécanismes de contrôles s’assurent que les ARNm ont été correctement
épissés avant de permettre leur exportation hors du noyau, dans le cytoplasme.

L’épissage est catalysé par un ensemble de ribonucléoprotéines, ensemble

appelé spliceosome.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 45

Pour rappel, une ribonucléoprotéine est constituée d’ARN et de protéines. Ces
ribonucléoprotéines sont appelées les petites ribonucléoprotéines nucléaires
ou snRNP. Elles sont composées d’ARNsn, des petits ARN nucléaires non
codants qui s’associent à des protéines :
- La partie ARN se charge de l’hybridation spécifique avec des sites
donneurs et accepteurs d’épissage de l’ARNm
- La partie protéique comporte une activité endonucléase et ligase

Il existe notamment la snRNP U1 qui reconnait le site d’épissage à la jonction 5’

de l’intron, et la snRNP U2 qui reconnait à boite de branchement à l’intérieur
de l’intron, une séquence très importante dans le processus d’épissage. Souvent
les sites d’excision-épissage sont des séquences consensus riches en
pyrimidines. Les introns commencent et terminent par les mêmes séquences :
ils commencent par un site donneur d’épissage GU et se terminent par un site
accepteur d’épissage AG. Ces sites sont dans l’intron ! Le site donneur
d’épissage GU se lie à la boite de branchement A dans un premier temps.

L’épissage des exons correspond à 2 réactions de trans-estérification, sans

consommation d’énergie (car le nombre de liaisons phosphodiester reste le
même).

Remarques :
- Il y a des ARNm matures qui peuvent garder des introns.
- La longueur des exons est inférieure à celle des introns.

L’ÉPISSAGE ALTERNATIF : il existe des ARN, selon le niveau de développement

(embryon ou adulte), qui n’ont pas le même épissage, c’est-à-dire pas la même
élimination d’introns et le même nombre d’exons (certains sont « sautés »).

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 46

L’épissage alternatif crée des ARNm matures avec différentes combinaisons
d’exons, aboutissant à différentes protéines. Ce contrôle de l’épissage est
permis par des répresseurs et des activateurs d’épissage, qui peuvent provoquer
l’ajout ou le saut d’exons.

Cela permet par exemple d’obtenir différentes ribonucléoprotéines (chez

l’embryon, seulement certains types de ribonucléoprotéines, et chez l’adulte,
tous les types de ribonucléoprotéines).

Selon la localisation de la queue poly A, plus en aval ou plus en amont de la

terminaison de l’ARNm, les derniers exons sont éliminés ou conservés, et donc
les 2 ARNm obtenus sont différents : l’épissage alternatif induit une variation
du site de polyadénylation (c’est un titre du poly...).

Attention, l’ordre des exons ne change jamais, un exon est « sauté », ou pas.

L’épissage alternatif augmente le protéome, car hormis les polycistrons

mitochondriaux, un gène eucaryote monocistronique peut donner plusieurs
protéines, selon l’épissage de son ARNm, par le mécanisme d’épissage alternatif.

❷ ARNr
80% des ARN sont représentés par des ARNr, 15% des ARNt, et 2% des ARNm.
Les trois types d’ARN subissent une maturation.
Les ARNr et ARNt sont aussi synthétisés sous la forme de précurseur pré-ARN,
mais ne subissent pas l’ajout de coiffe, de queue poly A ni d’épissage.

La transcription des ARNr et des ribosomes (rappel) :

La synthèse des ribosomes a besoin des 3 ARN polymérases nucléaires :
- ARN pol I : pré-ARNr 47S → ARNr 45S mature, nucléole
• ARNr 28S, 5,8S : grande s.u. ribosomale
• ARNr 18S : petite s.u. ribosomale
- ARN pol III : ARNr 5S de la grande s.u., extra-nucléosomal (nucléoplasme)
- ARN pol II : ARNm des protéines ribosomales

Toujours dans cet ordre sur le pré-ARNr 47S : 18S ● 5,8S ● 28S

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 47

 Les maturations de l’ARNr :
- Il peut être méthylé (on peut trouver des thymines dans les ARNr, mais pas
toujours), alors que la méthylation d’un ARNm est rare
- Il est maturé, sauf le 5S !
- Épissage par des ribonucléoprotéines à activité endonucléase
- Bases modifiées

❸ ARNt
Synthétisé sous la forme d’un pré-ARNt par l’ARN pol III dans le noyau, il subit
une maturation dans le noyau de son extrémité 5’, qui est clivée par la RNase P,
une endonucléase et une ribonucléoprotéine.

Les maturations de l’ARNt :

- Clivage de son extrémité 5’
- Méthylation
- Épissage
- Bases modifiées

Remarque : l’export de macromolécules type ARNt, ARNr, miARN, mais pas les ARNm, nécessite RAN.

4. Régulation de la transcription

La régulation de l’expression des gènes se fait :

- Durant la transcription +++ : régulation transcriptionnelle (facteurs de transcription) dans le
noyau
- Durant la maturation de l’ARN : régulation co-transcriptionnelle dans le noyau
- Durant la traduction : régulation post-transcriptionnelle dans le cytoplasme

Elle permet de moduler, d’accroître ou décroître la quantité d’ARN et/ou de protéines.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 48
 PROCARYOTE EUCARYOTE

La régulation génique chez les procaryotes et les eucaryotes se fait grâce à des facteurs de
transcription :
- Ce sont des protéines
- Ce sont des protéines dites trans-régulateurs qui se fixent sur des séquences d’ADN dites cis-
régulatrices (domaine de liaison à l’ADN), qui peuvent être n’importe où par rapport au
promoteur, proches ou loin, en amont ou en aval (si elles sont loin, les trans-régulateurs les
rapprochent du promoteur et de la zone de transcription)
- Ils sont soit activateurs, soit inhibiteurs de la transcription : si ce sont des activateurs, ils se
fixent à l’ADN au niveau du promoteur et recrutent l’ARN polymérase ; si ce sont des inhibiteurs,
ils se fixent au promoteur et empêchent l’ARN polymérase de s’y fixer
- Ils ont été mis en évidence par expérience de run-on/run-off (inhibition de facteurs de
transcription et observation des conséquences sur la transcription du gène)
- Grâce à eux, tous les gènes sont présents dans toutes les cellules en au moins 2 copies, sauf
dans les chromosomes sexuels (pas en 2 copies), dans les gamètes (hémi-génome) et dans les
hématies (pas d’ADN), mais ne sont pas forcément exprimés (les neurotransmetteurs ne sont
pas transcrits dans le pied ! Mais leur gène est bien présent)
- Les promoteurs des gènes sont des séquences cis-régulatrices

Chez les procaryotes, l’activité des gènes Comme il y a trois types d’ARN polymérases, il existe aussi
dépend du milieu nutritif extérieur et de trois types de promoteurs (voir plus haut) et trois types de
la disponibilité de substrats (exemple : facteurs de transcription :
opéron lactose). - Facteur de transcription TF 1 : ARN polymérase I
- TF 2 : ARN polymérase II
Les gènes d’un même opéron sont - TF 3 : ARN polymérase III
régulés ensemble.
REGULATION GLOBALE
Exemple type : le gène opéron lactose. = différents niveaux de condensation de la chromatine

C’est un gène polycistronique inductible Concerne une grande partie du génome.

par le lactose : on parle d’opéron
inductible (le lactose est l’inducteur). Euchromatine : chromatine décondensée, ADN toujours
transcrit
Mécanisme :
- Un gène régulateur constitutif est ≠ Hétérochromatine :
transcrit et traduit afin de - Hétérochromatine constitutive : chromatine très
produire des facteurs de condensée, ADN jamais transcrit
transcription répresseurs du - Hétérochromatine facultative : chromatine plus ou
gène. moins condensée, ADN parfois transcrit
- En temps normal, le répresseur se
lie au promoteur et empêche

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 49

 l’ARN polymérase d’effectuer la Régulation par les histones -----------------------------------------
transcription du gène opéron
lactose. La régulation transcriptionnelle globale dépend des
- Or, le lactose a une très forte modifications des histones. La chromatine peut être
affinité avec un facteur de condensée et décondensée par acétylation, méthylation et
transcription répresseur du gène. phosphorylation des histones :
En présence de lactose, ce - Acétylation : les histones acétylases ajoutent un
répresseur ne peut alors pas se groupement acétyl sur les histones (ATP)
fixer sur le promoteur et bloquer provoquant l’ouverture de la chromatine et donc la
la transcription du gène de transcription de gènes (à l’inverse, les histones dé-
l’opéron lactose. Le gène est alors acétylases condensent la chromatine (ATP))
transcrit. Il code pour la béta- - La méthylation et la phosphorylation des histones
galactosidase, la perméase et la provoquent généralement la condensation de la
transacétylase, des enzymes qui chromatine et donc l’inactivation de gènes
dégradent le lactose : le lactose
s’autodégrade indirectement, en Régulation par l’ADN -------------------------------------------------
quelque sorte.
L’ADN lui-même peut subir des modifications provoquant
Donc : des variations d’expression de gènes. Il peut notamment
- AVEC lactose : répresseur bloqué être méthylé sur ses cytosines : dans la majorité des cas,
→ transcription cette méthylation inactive des séquences dites « ilots
- SANS lactose : répresseur libre → CpG » associées aux promoteurs. Elle est réalisée par une
pas de transcription ADN-méthyltransférase qui transfère le groupement
méthyle d’une S-adénosyl-méthionine sur l’ADN.
Attention, l’opéron lactose est différent
de l’opéron galactose, pour lequel le Propriétés et conséquences ----------------------------------------
facteur de transcription est positif !
Les modifications des histones et la méthylation de l’ADN
sont transmissibles à la descendance, on parle d’hérédité
épigénétique = modification de l’expression d’un gène,
réversible, non-codé par l’ADN, et transmissible
(transmission d’un profil de méthylation, pas d’une
séquence d’ADN mutée).

Une modification du métabolisme énergétique influe l’état

de la chromatine et donc l’expression des gènes, qui
dépendent de la disponibilité de substrats/nutriments
(groupements acétyl, méthyl...). L’alimentation, par
exemple, influence la méthylation.
On peut donc dire que le phénotype d’un individu dépend
en partie de l’environnement de ses ancêtres.

Le fait qu’un hémi-génome maternel et un hémi-génome

paternel soit méthylés différemment est caractérisé par ce

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 50

 que l’on appelle « les empreintes parentales ». On dit d’un
gène qu’il est soumis à empreinte parentale lorsque la
copie (l’allèle) hérité(e) de la mère et la copie (l’allèle)
hérité(e) du père ne sont pas exprimés de la même
manière. En règle générale, l’un des deux allèles du gène
est totalement éteint et l’autre est actif.
Alors que la plupart des gènes sont actifs ou inactifs de la
même façon pour leurs deux copies, certains nécessitent
que l’une des copies parentales soit réprimée, et l’autre
exprimée. L’empreinte parentale est un cas particulier
d’empreinte génétique, pour laquelle le mode
d’expression de chacune des copies n’est pas aléatoire
mais dépend de leur origine, maternelle ou paternelle.

De ce système d’empreintes parentales, en découle

plusieurs pathologies :

Syndrome de Prader-Willi :
- Symptômes : obésité, hypogonadisme
- Maladie rare génétique
- Normalement, la région 15q11-q13, région soumise
à l’empreinte parentale, du chromosome 15 (bras
long) du père est exprimé.
Or la région est absente du chromosome paternel
chez l’individu présentant l’affection (délétion).

Syndrome d’Angelman :
- Symptômes : troubles graves du développement
neurologique, déficience intellectuelle,
hyperexcitabilité, rires incontrôlables
- Région 15q11-q13 du chromosome maternel
normalement exprimé est absente

Syndrome de Beckwith-Wiedeman :
- Symptômes : croissance excessive du foetus, grosse
langue (macroglossie), omphalocèle, risque élevé
de cancers...
- Dérégulation de l’expression des gènes de la région
11p15, soumise à l’empreinte parentale :
expression des deux allèles du gène IGF2, alors que
normalement seule la copie paternelle est active

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 51

 La lyonisation est un cas particulier de la régulation de la
transcription par méthylation de l’ADN. La méthylation de
l’ADN provoque très souvent, mais pas toujours, une
inhibition de son expression.
Chez les mammifères femelles, un seul X est actif (celui du
père ou celui de la mère, au hasard (50% de chance que ce
soit celui du père, et 50% de chance que ce soit celui de la
mère)) : ce phénomène est appelé lyonisation.

L’autre X, condensé (hétérochromatine constitutive), est

désactivé par méthylation : il prend le nom de corpuscule
de Barr. Toute la descendance cellulaire (divisions) portera
le même chromosome X inactivé. Sinon, les chromosomes
X étant beaucoup plus grands que le chromosome Y, les
individus femelles (et donc les femmes) auraient beaucoup
de matériel génétique que les hommes et traduiraient plus
de protéines.

REGULATION PONCTUELLE
= les facteurs de transcription induisent ou inhibent la
transcription de gènes

Concerne un ou plusieurs gènes. Comme on l’a déjà vu plus

haut, les facteurs de transcription, présents chez les
procaryotes et chez les eucaryotes, sont responsables de la
régulation ponctuelle de la transcription. Ce sont des trans-
régulateurs, des protéines qui se fixent sur de courtes
séquences cis-régulatrices.

Ces séquences cis-régulatrices peuvent être :

- Constantes (position non-modifiable et séquence
spécifique) : séquences activatrices et répressives
dans les régions de promoteurs (TATA box, CAAT
box) et éléments de réponse
• Les séquences activatrices sont absolument
nécessaires : la transcription est à peu près
nulle en absence d’activateur
- Variables : les séquences stimulatrices, les
enhancers ou amplificateurs, et les séquences
inhibitrices

Les facteurs de transcription agissent soit sur l’ARN

polymérase soit sur la structure de l’ADN directement (en

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 52

 recrutant des protéines responsables de l’acétylation des
histones, de la méthylation de l’ADN...).

5 à 10% du génome code pour des facteurs de

transcription !

REGULATION POST-TRANSCRIPTIONNELLE =
RÉGULATION TRADUCTIONNELLE
= les miARN inhibent la traduction des ARNm

Concerne un ou plusieurs ARNm. Parmi les ARN non

codants, on retrouve la famille des ARN interférant. Cette
famille regroupe les micro-ARN chez les procaryotes et les
mi-ARN (ou mi-RNA) chez les eucaryotes, ainsi que les
petits ARN interférant = ARNsi. Ces deux types d’ARN
entrainent l’inhibition de la traduction d’un ARNm en
s’hybridant avec. La principale différence entre les deux,
c’est que les miARN s’apparient imparfaitement avec
l’ARNm, alors que les ARNsi s’hybrident parfaitement. En
PACES, mi-ARN = ARNsi.

Les miARN sont des ARN repliés en épingle à cheveux, dont

la tête et la pointe ont été coupés : on se retrouve avec des
ARN double brin de 22 nucléotides qui résistent aux
RNases. Ce miARN sort ensuite du noyau, attend l’arrivée
de l’ARNm dont il est complémentaire et antiparallèle, afin
d’empêcher sa traduction en le dégradant. Ce phénomène
est appelé interférence ARN.

Action :
- Les miARN sont incorporés dans un complexe
ribonucléasique, le complexe RISC qui guide les
miARN vers l’ARNm cible
- Le brin anti-sens des miARN s’hybride avec l’ARNm
- L’ARNm est clivé par DICER et dégradé

Caractéristiques :
- Physiologiques et naturels : ils sont bénéfiques
pour la santé (un disfonctionnement de miARN peut
être à l’origine de cancers)
- Découverts par hasard par Jorgensen et expliqués
par Fire et Craig

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 53

 - Maturés (coupure de l’épingle à cheveux) et
transcrit sous la forme d’un précurseur qui peut
donner plusieurs miARN
- Des gènes codent des miARN (endogènes)
- Leur transcription peut être régulée (de façon
temps spécifique, tissu spécifique...)

A priori, ce phénomène serait un moyen de défense contre

l’introduction de génomes étrangers (virus) et les
transposons.

5. Autres informations

- Un ARN n’existe pas à l’état libre d’ARN dans la cellule, mais est toujours associé à des protéines,
formant une ribonucléoprotéine, que ce soit dans le noyau ou dans le cytosol.

- Toutes les polymérases sont des holoenzymes !

- Un gène n’est pas toujours transcrit, que ce soit chez les procaryotes ou les eucaryotes

- Remarque sur la traduction d’un ARNm : un ARNm ne sera pas traduit en sa totalité car ses
extrémités sont non codantes (régions non traduites = régions UTR). La partie 5’ et 3’ ne codent
pas pour une protéine, la partie codante centrale est désignée par ORF. La traduction ne
commencera pas à un codon ATG situé en extrémité 5’ de l’ARNm.

- Parmi les gènes solitaires, on identifie :

• Les gènes ubiquitaires = gènes domestiques = gènes constitutifs, toujours exprimés et
dans toutes les cellules
• Les gènes spécifiques (tissus spécifiques, temps spécifiques, température spécifiques,
molécules spécifiques) : ceux-là dépendent fortement des facteurs de transcription

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 54

 LA TRADUCTION
La traduction est la biosynthèse des protéines. L’information génétique est codée dans un ARNm puis
traduite en acides aminés dans une chaine polypeptidique (une protéine).

1. Généralités et acteurs

La traduction démarre par une étape préliminaire, l’activation des acides aminés, puis s’enchainent
initiation, élongation, traduction, et enfin maturation de la chaine polypeptidique (étape co ou post-
traductionnelle, voir Biologie cellulaire).

Les acteurs clés de la traduction sont les ribosomes. Les ribosomes sont des particules
ribonucléoprotéiques constituées d’un ARNr et de protéines ribosomales. Ils sont constitués d’une petite
sous-unité et d’une grande sous-unité, nommées selon leur coefficient de sédimentation (à connaitre) :

Procaryotes Eucaryotes
Petite sous-unité 30S 40S
Grosse sous-unité 50S 60S
Ribosome 70S 80S

L’ARNr est le cœur du système. Il porte une séquence complémentaire et antiparallèle de l’ARNm pour
pouvoir se fixer à l’ARNm. C’est également l’ARNr qui est capable de reconnaître le codon15 d’initiation.
A noter qu’un ARNr n’est jamais traduit !

Pour être traduit, l’ARNm doit porter des structures particulières qui correspondent au point d’entrée
des ribosomes :
• Une séquence Shine Dalgarno pour les procaryotes
• Une coiffe pour les eucaryotes

Piège fréquent : la séquence Shine Dalgarno est spécifique aux procaryotes, la coiffe aux eucaryotes !

Il existe au moins autant d’ARNt que d’acides aminés, donc au moins 20 ARNt. Un ARNt est synthétisé
sous forme simple brin et sert d’adaptateur entre l’ARNm et les acides aminés. C’est un petit ARN (moins
de 100 nucléotides) sur lequel on retrouve des nucléotides inhabituels, portant des bases modifiées
méthylées, dont les plus marquantes sont l’inosine et la thymine.

Structure de l’ARNt :
• L’ARNt se replie sur lui-même pour former une structure particulière en forme de trèfle.
• Il porte un anticodon, c’est-à-dire 3 nucléotides complémentaires et antiparallèles du codon
correspondant sur l’ARNm.

15
Codon = séquence de 3 nucléotides sur un ARNm qui correspond à un acide aminé.
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 55
 • Il se termine toujours par la séquence CCA du côté 3’ (on parle de côté 3’CCA). C’est sur cette
adénine que se branche l’acide aminé ! Sur le côté 3’CCA de l’ARNt, se branche un des 20 acides
aminés du code génétique.
• Son extrémité 5’ est phosphorylée (on parle de côté 5’P)

Piège fréquent : le codon se trouve sur l’ARNm et pas sur l’ARNt !

Les derniers acteurs sont les facteurs protéiques de traduction et les enzymes. Parmi les facteurs
protéiques, on retrouve le facteur d’initiation IF (ou eIF chez les eucaryotes), le facteur d’élongation EF
(ou eEF) et le facteur de libération ou de terminaison RF (ou eRF). Il faut remarquer que pour la
transcription, il n’existait que des facteurs d’initiation. Les facteurs de traduction servent à promouvoir
ou inhiber la traduction. Pas de facteur, pas de traduction ! Quant aux enzymes (qui seront détaillées par
la suite) : aminoacylARNt synthétase (= aminoacylARNt transferase), translocase et peptidyl-transferase.

Piège fréquent : « concernant la traduction, elle nécessite : des ARNt, des enzymes, des acides aminés,
des facteurs protéiques de transcription » (de traduction !).

La traduction nécessite de l’ATP et du GTP.

Localisation de la traduction : pour les eucaryotes, la traduction se déroule dans le cytoplasme (l’ARNm
a migré du noyau au cytoplasme) et pour les procaryotes, la traduction se déroule presque simultanément
à la transcription, donc au même endroit (« tout est lié »). Exception faite pour les protéines
mitochondriales dont la traduction se fait à l’intérieur des mitochondries.

Sens de traduction : lecture de l’ARNt de 5’ en 3’ et allongement de la protéine de NH2 en COOH.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 56

 2. Code génétique

Le code génétique met en relation les codons et leur acide aminé correspondant. Il est universel,
dégénéré et non-chevauchant. L’universalité du code est forte mais incomplète (quelques variations chez
les procaryotes et chez certains ciliés). Le code génétique est dégénéré car il y a plus de possibilités de
codon qu’il y a d’acides aminés. Plusieurs codons codent pour un même acide aminé. De la même façon,
il n’y a pas un ARNt (qui correspond à un acide aminé) pour un codon.

Exemple : supposons qu’on veuille écrire des mots en formant des colliers avec des perles de quatre
couleurs différentes (représentant les quatre nucléotides). On pourrait attribuer une lettre à chaque
couleur, par exemple une bille jaune pour le A, rouge pour le B, verte pour le C et bleue pour le D. Mais
on ne peut pas désigner plus de 4 lettres sur 26, or il y a 20 acides aminés différents et non pas 4. En
regroupant les billes deux à deux, on obtient 16 combinaisons différentes pouvant être associées à 16
lettres (42). Toujours pas 20 ! En regroupant les billes trois à trois, on obtient 64 combinaisons différentes,
pouvant correspondre à 64 lettres, donc les 20 acides aminés peuvent être codés.

Codons à connaître :
• AUG code pour une méthionine = c’est le codon d’initiation de la traduction (généralement, une
protéine commence en N-ter par une méthionine, ce qui stabilise sa structure).
• UAA, UAG et UGA sont trois codons stop. Ils ne codent pour aucun acide aminé (aucun ARNt),
attention, c’est un piège fréquent !

Exemple : le codon 5’ ACG 3’ sera reconnu par un anticodon 3’ UGC 5’, qui sera écrit à l’endroit 5’ CGU 3’.

Le fait que plusieurs codons soient reconnus par le même ARNt se nomme l’effet Wobble. Cela est
permit par un nucléoside sur l’anticodon qui peut former des liaisons avec U, C et A : l’inosine. L’inosine
est un nucléoside dont la base est l’hypoxanthine (même si dans les annales, « l’inosine est une base »
est compté juste…). L’inosine est le nucléoside côté 5’ de l’ARNt : c’est le 1er nucléoside de l’anticodon de
l’ARNt si l’ARNm est dans le sens 3’-5’, et le 3ème nucléoside de
l’anticodon si l’ARNm est dans le sens 5’-3’. Les ARNt ont un
anticodon spécifique du 1er et du 2ème acide aminé de l’ARNm
dans le sens 5’-3, mais pas du 3ème. D’autre part, grâce à l’effet
Wooble, l’ARNt se détache facilement de l’ARNm.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 57

 3. Activation des acides aminés sous forme d’aminoacyl-ARNt

L’activation des aa correspond à leur branchement sur l’ARNt correspondant. Cette fixation est
spécifique (chaque ARNt est spécifique d’un aa) et réalisée par une aminoacylARNt synthétase. Chaque
ARNt a sa propre enzyme (3 codons correspondent à 1 aa, 1 aa correspond à 1 ARNt qui correspond à 1
aminoacylARNt synthétase). Ces enzymes ont une double spécificité : elles reconnaissent à la fois l’acide
aminé et l’ARNt. L’activation des acides aminés est aussi doublement spécifique : reconnaissance codon-
anticodon (entre l’ARNm et l’ARNt) et reconnaissance enzyme-aa-ARNt.

Mécanisme :
• ÉTAPE 1 : un acide aminé se lie par une liaison phosphodiester à de l’ATP grâce à une aminoacyl-
synthétase. Cette réaction libère un pyrophosphate et donne un aminoacyl – AMP. Il y a
consommation d’une liaison riche en énergie (puisque de l’ATP devient de l’AMP, une liaison est
rompue). Ainsi : aa + ATP → aa-AMP + PPi.
• ÉTAPE 2 : l’amino-acyl – AMP obtenu se lie par une liaison ester à un ARNt grâce à une aminoacyl-
synthétase. La liaison ester entre l’acide aminé et l’ARNt (R-O-R) se forme entre le COOH de l’acide
aminé et le OH en 3’ de l’adénosine du CCA de l’ARNt. Comme l’AMP est remplacé par l’ARNt, il y
a consommation d’une deuxième liaison riche en énergie. Ainsi : aa-AMP + ARNt → aa-ARNt +
AMP. L’acide aminé est enfin lié à son ARNt, on dit qu’il est activé.

Piège fréquent : attention, 2 liaisons riches en énergie sont consommées, mais une seule molécule d’ATP
est utilisée !

On nomme le produit obtenu ainsi : acide aminé – ARNt acide aminé.

Aminoacyl-ARNt
synthétase
Acide aminé + ARNt + ATP aminoacyl-ARNt + AMP + PPi

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 58

 4. Traduction chez les procaryotes

Mécanisme général :
• Dissociation du ribosome 70S en sous-unités 30S et 50S
• L’ARNm se fixe sur la petite sous-unité 30S
• L’ARNtfmeth se fixe aussi
• Scan de l’ARNm par le complexe, jusqu’au codon AUG
• Au codon AUG, réassociation de la sous-unité 50S avec le complexe 30S + ARNm + ARNt
• Élongation, production de la protéine
• Au codon stop, les sous-unités se séparent et libèrent l’ARNm et la protéine

A noter qu’un même ribosome peut faire plusieurs fois la traduction.

a. Initiation

La traduction commence à AUG, le codon initiateur qui code pour une méthionine. La méthionine
demandée par ce codon est particulière car elle est formylée par une transformylase : on la note fmet.
Ceci est spécifique des procaryotes ! Et il n’y a que l’ARNt initiateur qui porte une méthionine formylée.
Il se nomme fméthionyl-ARNtfmeth, il n’intervient qu’à l’initiation et il est le seul à être capable de se lier
à la petite sous-unité du ribosome. Cette méthionine formylée sera par la suite excisée.

La petite sous-unité du ribosome et l’ARNt portant la méthionine formylée s’assemblent bien avant AUG,
en 5’ de AUG, puisqu’ils vont scanner l’ARNm jusqu’à trouver ce codon initiateur. L’ARNtfmeth se trouve
sur le site P du ribosome au début de la traduction, une fois arrivé à AUG.

La sélection du bon codon d’initiation se fait par interaction codon-anticodon et grâce à l’appariement de
bases complémentaires entre une zone de l’ARNr de la sous-unité 30S et une région située en 5’ de l’AUG,
qui correpond au site de fixation du ribosome et qui prend le nom de séquence Shine-Dalgarno. C’est
une séquence nucléotidique en 5’ de AUG qui permet l’entrée du ribosome sur l’ARNm. Elle est spécifique
aux procaryotes : contrairement aux eucaryotes, le ribosome ne rentre pas au niveau de l’extrémité 5’
de l’ARNm, mais entre l’extrémité 5’ et le codon AUG, sur la séquence Shine-Dalgarno. Cela signifie que
de 5’ jusqu’à AUG, l’ARNm n’est pas traduit.

Comme l’ARN procaryote peut être polycistronique, il peut y avoir plusieurs séquence SD sur un même
ARNm.

Mécanisme de l’initation de la traduction :

• Le facteur IF-3 se fixe à la sous-unité 30S, ce qui permet la dissociation des deux sous-unités.
• Les facteurs IF-1 et IF-2 se fixent à la sous-unité 30S déjà liée à IF-3 : IF-2 lie le GTP et c’est lui qui
reconnait l’ARNt portant la méthionine formylée, alors que IF-1 facilite le travail des deux autres
facteurs.
• Ensuite, le complexe 30S + IF-1 + IF-2-GTP-fmethARNtfmeth + IF-3 se lie à l’ARNm au niveau de la
séquence Shine Dalgarno.
• IF-3 quitte le navire lors du scan de l’ARNm.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 59

 • Arrivé à AUG, 50S se réassocie (le ribosome est entier). C’est là qu’IF-2-GTP entre en action : il
hydrolyse son GTP en GDP16, ce qui permet le départ d’IF-1 et d’IF2-GDP, ainsi que d’un PPi. Il y a
consommation d’une liaison riche en énergie.

A noter que les facteurs d’initiation se fixent à la petite sous-unité.

Informations du TD : le complexe ternaire de l’initiation procaryote est formé de l’ARNm, de l’ARNtfmeth

et de la sous-unité 30S. Le complexe ternaire de l’initiation eucaryote est formé de eIF2-GTP,
l’ARNtfmeth et de la sous-unité 40S.

b. Élongation

L’élongation correspond à l’arrivée des ARNt portant les acides aminés correspondant aux codons lus par
le ribosome. Le ribosome contient un site actif qui catalyse la liaison peptidique, et deux sites de fixation
des substrats :
• Site P : pour peptidyl, c’est le site où se trouve la chaine peptidique en élongation, liée par une
liaison aminoacyl à l’ARNt du dernier acide aminé ajouté.
• Site A : pour accepteur ou acide aminé, c’est le lieu où arrive l’aminoacyl-ARNt suivant.

Mécanisme général : à la fin de l’initiation, le site A est libre, le site P est occupé par l’ARNt initiateur
(méthionine formylée). Un 2ème ARNt arrive sur le site A, et une liaison peptidique se forme entre le COOH
du 1er acide aminé (ici, la méthionine formylée) et le NH2 du 2ème acide aminé. Cette liaison se fait grâce
à la peptidyl transférase, une ribonucléoprotéine. Puis, le 1er acide aminé se détache de son ARNt, qui
peut s’en aller. Enfin, le 2ème ARNt (portant deux acides aminés attachés) se transloque du site A vers le
site P, et ainsi de suite…

Mécanisme détaillé : la sélection de l’aminoacyl-ARNt correct est assurée par le facteur d’élongation EF-
TU lié au GTP : EF-TU ne déclenche l’hydrolyse de son GTP que s’il y a exactitude d’hybridation codon-

16
GTP/GDP : attention, on dit que le GTP est hydrolysé en GDP, mais un GDP est échangé contre un GTP (et non pas
hydrolysé). C’est un piège fréquent, surtout en Biologie cellulaire.
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 60
anticodon. EF-TU-GTP peut se fixer à tous les aminoacyl-ARNt. L’ensemble EF-TU + ARNt se lie au site A,
et si l’ARNt est correct, il y a appariement, puis :
• Hydrolyse du GTP de EF-TU : consommation d’une première liaison riche en énergie.
• Départ de EF-TU-GDP et recyclage d’EF-TU-GDP en EF-TU-GTP par échange GTP/GDP grâce au
facteur EF-TS
• Formation d’une liaison peptidique en transférant le peptide au niveau du nouvel acide aminé
• Libération et départ de l’ARNt du site P
• Translocation du peptidyl-ARNt sur le site P vide, via le facteur EF-G = facteur d’élongation G =
translocase. EF-G lie un GTP et se fixe au ribosome. C’est l’hydrolyse de son GTP qui fournit
l’énergie nécessaire au déplacement de l’ARNt de A en P. Suite à l’hydrolyse, EF-G-GDP quitte le
ribosome et sera recyclé. Il y a consommation d’une deuxième liaison riche en énergie.

c. Terminaison

La terminaison de la traduction se fait par la présence de codons stop, qui ne correspondent à aucun
ARNt. Ces codons stop sont reconnus par des facteurs de libération, qui permettent le détachement du
ribosome de l’ARNm et la libération du peptide :
• RF-1 reconnait UAA et UAG
• RF-2 reconnait UAA et UGA
• RF-3 lie le GTP et facilite l’action de RF-1 et RF-2

Les trois facteurs de libération facilitent l’hydrolyse de la liaison entre la protéine et le dernier ARNt
ajouté, situé au site P. L’hydrolyse dy GTP lié à RF-3 libère la chaine polypeptidique.

La molécule d’ARNm est le siège d’une traduction simultanée par plusieurs ribosomes, associés en
polysomes ou polyribosomes.

d. Bilan énergétique

La traduction consomme :
• Initiation : 1 GTP, 1 liaison riche en énergie
• Élongation, dont activation : 2 GTP, 2 liaisons riches en énergie + 1 ATP, 2 liaisons riches en
énergie
• Terminaison : 1 GTP, 1 liaison riche en énergie

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 61

Si l’on veut connaître le nombre de liaisons riches en énergie consommées, en connaissant le nombre
d’acides aminés de la protéine :
• Initiation : 1 liaison riche en énergie
• Élongation (dont activation) : (4 liaisons riches en énergie x nombre d’acides aminés) - 1
• Terminaison : 1 liaison riche en énergie

Chaque acide aminé consomme, lors de l’élongation, 4 liaisons riches en énergie, sauf pour le 1er acide
aminé qui est déjà sur le site P et ne nécessite pas de translocation, pour lequel 3 liaisons sont
consommées.

Donc l’élongation consomme : (n acide aminé x 4) – 1 liaisons riches en énergie.

5. Traduction chez les eucaryotes

La biosynthèse des protéines chez les eucaryotes est sensiblement identique à celle des procaryotes, mis
à part la phase d’initiation et la nature et le nombre de facteurs de traduction.

Particularités de l’initiation eucaryote : l’ARNm eucaryote porte une coiffe qui est reconnue par le facteur
eIF-4F = CBP (= Coiffe Binding Protein). Pas de coiffe, pas de traduction eucaryote ! Le démasquage de
l’ARNm, recouvert de protéines, se fait grâce à eLF-4A, eLF-4B et eLF-4F. L’ARNt initiateur se fixe à la petite
sous-unité et les deux vont se fixer sur l’ARNm par reconnaissance de la coiffe à l’extrémité 5’. A noter
qu’ici, la petite sous-unité rentre par l’extrémité 5’, contrairement aux procaryotes.

Les ARNm eucaryotes comprennent plusieurs codons d’initiation AUG, or un seul donne la protéine
concernée. Le codon AUG correct se situe dans un « bon contexte », appelé séquence de M. Kozak :
ACCAUGG. La petite sous-unité entre par la coiffe en 5’, et scanne l’ARNm jusqu’à la séquence de M.
Kozak, où la grande sous-unité vient s’assembler et où la traduction peut commencer.

Piège fréquent : confusion entre la séquence Shine Dalgarno et la séquence de M. Kozak. La séquence
Shine Dalgarno permet l’entrée du ribosome chez les procaryotes, ce qui n’est pas le cas chez les
eucaryotes, où la séquence de M. Kozak n’est pas le point d’entrée du ribosome mais le début de
l’élongation.

L’ARNt initiateur porte une méthionine qui n’est pas formylée : meth-ARNtmeth.

Chez les eucaryotes, l’ARNm d’un génome nucléaire est monocistronique.

Les facteurs d’initation, d’élongation et de terminaison sont légèrement différents de ceux des
procaryotes, mais plus nombreux :

Facteurs Rôles
eIF-3, eIF-4C, eIF-6 Dissociation du ribosome 80S
eIF-2-GTP Formation du complexe ternaire
eIF-4A, eIF-AB, eIF-4F S’associent à la petite sous-unité
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 62
 eIF-5-GTP L’hydrolyse de sont GTP provoque le départ des
autres et l’arrivée de la grande sous-unité
eEF-1-alpha Arrime l’aminoacyl-ARNt au site A, comme EF-TU
eEF-1-béta Assure le recyclage de eEF-1-alpha, comme EF-TS
eEF-2 Translocation, comme EF-G

Le bilan énergétique est le même que chez les procaryotes.

6. Régulation post-transcriptionnelle de la traduction

La régulation de la traduction se fait par la disponibilité des facteurs de traduction. Ces facteurs peuvent
être détruits, en cas d’infection virale par exemple.

La régulation se fait également par la phosphorylation des facteurs de traduction. Un facteur de

traduction est inactif lorsqu’il est lié au GDP, et devient actif lorsqu’il lie un GTP. La phosphorylation d’un
facteur de traduction peut l’activer ou l’inhiber (dit à l’oral).

La régulation de la traduction fait aussi intervenir la stabilité de l’ARNm. Il existe également un contrôle
négatif réalisé par des protéines se liant aux extrémités 5’ et 3’ non traduites (au délà des codons
d’initiation et stop) de l’ARNm.

Par exemple, chez les procaryotes, les protéines se fixant sur la séquence Shine Dalgarno empêchent la
fixation de la petite sous-unité du ribosome par encombrement stérique et empêchent la traduction. Ces
protéines sont appelées des répresseurs traductionnels.

Chez les eucaryotes, une structure en épingle à cheveux peut se dresser entre l’extrémité 5’ et le codon
d’initiation. La petite sous-unité entrée en 5’ au niveau de la coiffe, qui scanne l’ARNm jusqu’à AUG, se
trouve bloquée en amont de la séquence de M. Kozak, par l’épingle à cheveux. Ceci bloque la traduction.
Les épingles à cheveux, qu’elles soient en amont ou en aval (après le codon stop), influencent la
traduction, car en 3’, cela bloque la Rnase. Donc, les deux extrémités ont une influence sur le taux de
traduction.
Exemple de répresseur traductionnel eucaryote : l’aconitase est un facteur trans-régulateur négatif qui
bloque la traduction de l’ARNm de la ferritine (protéine impliquée dans le stockage intracellulaire du fer).
Dans ce cas, lorsqu’il y a peu de fer, l’ARNm est présent mais pas traduit. Lorsqu’il y a un excès de fer dans
le cytoplasme, l’aconitase se détache de l’ARNm et celui-ci peut être traduit.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 63

La régulation de la traduction se fait aussi par choix du codon d’initiation. Lorsqu’un codon est dans « un
bon contexte », mais qu’il ne s’agit pas d’AUG, le ribosome commence la traduction, mais s’arrête
précocement par un codon stop (systématiquement). Il y a donc traduction de petites protéines, dont la
taille et la fonction sont différentes de celles de la protéine attendue. C’est un mécanisme de régulation
négative utilisé par la cellule pour diminuer son taux de traduction, par épuisement des ribosomes.
C’est un piège à ribosome : certains commencent la traduction avant AUG (car présence d’un bon
contexte), ce qui diminue la traduction de la protéine en question.

Enfin, la régulation de la traduction se fait par la présence d’un petit ARN, le très célèbre miARN ou
microARN. La fixation d’une protéine sur une séquence cis-régulatrice provoque la transcription de ces
ARN, qui une fois transcrit, viennent se fixer sur les ARNm par complémentarité et bloquent ainsi leur
traduction. Parfois, cela provoque la destruction de l’ARNm. Depuis 2018, dans le cadre de ce cours, on
peut dire que les miARN sont spécifiques des eucaryotes, et les microARN (ou micARN) sont spécifiques
des procaryotes.

Exemple de microARN : lorsque la pression oncotique augmente, il y a traduction de la protéine ompR.

Celle-ci provoque la transcription du microARN F, un ARN antisens complémentaire de l’ARNm de la
protéine ompF (et pas ompR). Celui-ci se fixe au niveau de l’AUG, ce qui bloque la traduction de l’ARNm
de ompF qui sera détruit par des Rnases. C’est le mécanisme qu’a trouvé la cellule pour qu’ompF, une
protéine de la membrane externe de E. Coli, soit absente lorsque la pression oncotique augmente.

A noter que la transcription des miARN et micARN est elle-même régulée !

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 64

 LES TECHNIQUES ET MÉTHODES D’ÉTUDE DU
GÉNOME
1. Généralités

A. Les différentes pathologies : les maladies génétiques

Héréditaires :
- Toutes les cellules de l’organisme portent l’anomalie (le gène muté est présent), mais l’anomalie
ne s’exprime pas forcément car le gène ne s’exprime pas forcément. L’altération peut s’exprimer
dans certaines cellules et pas dans d’autres, c’est le cas des cellules cancéreuses du sein.
- On peut faire l’analyse sur un prélèvement sanguin

Acquises :
- Correspond à une mutation, une altération de l’ADN à un instant t, dans une cellule précise d’un
organisme auparavant sain. La mutation se transmet aux cellules filles lors de la division, et ainsi
de suite...
- Attention, certes les cellules filles ont la mutation, mais la mutation n’est pas transmise à la
descendance : seules les cellules de l’organe atteint portent la mutation, la mutation n’est pas
présente dans les gamètes cette fois-ci !
- Causes : défaut de réparation, facteurs externes (tabac), infections virales ou bactériennes
- Exemples : cancers, infection à HIV
- On ne peut pas faire l’analyse sur une prise de sang mais sur une biopsie

B. Les différents types de tests génétiques

En France, les tests génétiques ne peuvent se faire qu’avec le consentement du patient, sous la directive
d’un médecin, et avec une justification valable (comme une pathologie recherchée).

La différence entre tous les tests génétiques est la probabilité de développer la maladie.

• Le test diagnostique : un test génétique diagnostic est effectué en cas de symptômes pouvant
évoquer une maladie génétique, chez un adulte, un enfant ou même un foetus. Le test est alors
associé à des examens complémentaires et permet souvent de mettre fin à l’errance diagnostique.
Il sert à confirmer un diagnostic clinique : « oui, le patient est atteint de la maladie », ou « non, le
patient est sain ». Pour les maladies héréditaires, le test diagnostic est réalisé sur toutes les cellules
possibles : il peut se faire via un DPI (sur une cellule embryonnaire), sur le trophoblaste et le liquide
amniotique (diagnostic anténatal), ou même avant la conception. Pour les maladies acquises, le
test diagnostic se fait uniquement par biopsie de l’organe atteint.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 65

 • Le test pré-symptomatique ou prédictif : les tests sont effectués chez des personnes qui ne
présentent aucun symptôme, afin de prédire le risque de développer ultérieurement une
maladie. Le test détermine si une personne est porteuse ou non d’une maladie génétique. Dans
ce cas-là, on est quasi-certain que la personne va être malade, même si elle ne présente encore
aucun symptôme (environs 100% de chance que la personne soit malade).

Parmi eux : les tests de susceptibilité. Le test n’apportera qu’une indication d’un risque d’apparition
d’une maladie au cours de la vie, mais ne constituera pas un indicateur précis car, outre les facteurs
génétiques, des facteurs environnementaux jouent un rôle important. La probabilité de développer la
maladie est inférieure à 20%. Généralement le test est réalisé grâce au sang circulant, sauf pour les
maladies acquises où l’on fait une biopsie.

• Le test de prédisposition : on recherche des gènes impliqués dans les maladies familiales, mais
si la personne a cette mutation familiale, rien ne dit que la maladie se développera ! Généralement
le test est réalisé grâce au sang circulant, sauf pour les maladies acquises où l’on fait une biopsie.

• Le test pharmacogénomique : il vise à déterminer la sensibilité d’un individu à un traitement

spécifique et analyse pour cela les gènes impliqués dans le métabolisme des médicaments. Par
exemple, certaines personnes auront besoin d’un dosage plus important alors que d’autres
pourront subir des effets indésirables avec certains traitements. Généralement le test est réalisé
grâce au sang circulant, sauf pour les maladies acquises où on fait une biopsie.

2. Techniques

a. On peut extraire les acides nucléiques (ADN et ARN)

- D’abord, on récupère les cellules nucléées, généralement des lymphocytes T. Pour cela, on fait
un prélèvement sanguin, suivi d’une purification sur gradient de Ficoll dans un tube contenant
de l’EDTA (anticoagulant chelateur de Ca2+) : les globules rouges stagnent dans le culot, au-dessus
se trouve le Ficoll, puis les lymphocytes T, les monocytes, etc. ... et encore au-dessus, le plasma.
On récupère la fraction de lymphocytes et de monocytes.
- On lyse les cellules grâce à des détergents comme le SDS.
- On fait précipiter les membranes par de l’acétate de potassium.

Ensuite, pour récupérer l’ADN en lui-même à partir de cette soupe de cellules éclatées, soit :
- On fait précipiter les acides nucléiques par de l’alcool
- On centrifuge
- On solubilise dans l’eau

Soit, plus rapide :

- On fait une chromatographie d’affinité sur billes de silice : les acides nucléiques sont retenus par
la plaque car ils ont une grande affinité avec
- On solubilise dans de l’eau

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Précision pour l’extraction de l’ARN : difficile car il y a des RNases partout, donc il faut des inhibiteurs des
RNases et des précautions particulières. On extrait donc soit de l’ADN, soit de l’ARN mais pas les deux
ensembles.
Si l’on récupère de l’ARN, on peut transformer cet ARNm en ADN : on fait une reverse transcription.
1. On hybride une amorce (nécessaire à toutes les ADN polymérases !)
2. On ajoute une reverse transcriptase (ADN polymérase ARN dépendante) et du dXTP qui
synthétise le brin complémentaire d’ADN à partir de l’ARNm
3. L’ARNm est rapidement digéré par une RNase
4. Ensuite, on ajoute une deuxième ADN polymérase et du dXTP, qui synthétise le brin d’ADN qui en
fait remplace l’ARN, à partir du premier brin d’ADN synthétisé : on obtient un ADN double brin
appelé ADNc. C’est un ADN complémentaire double brin issu d’un ARNm et composé uniquement
d’exons et de quelques exons de séquences non-codantes.

b. On peut doser les acides nucléiques

On mesure leur DO : ils absorbent à 260 nm, dans l’UV. Ainsi on évalue la quantité d’ADN qu’on a.
On rappelle du cours d’optique que DO = e x C x l. On rappelle des cours de génome précédents qu’à
cause de l’effet hyperchrome, l’ADN simple brin absorbe plus que l’ADN double brin et que, plus il y a
d’ADN, plus la DO augmente.

c. On peut colorer les acides nucléiques

On peut ainsi les doser et les visualiser, regarder s’ils sont beaux. Le colorant s’intercale entre les bases,
donc pas de marquage sur une base isolée. On utilise :
- BET, Bromure d’éthidium, qui colore en rouge
- SBR, Syber Green, qui colore en vert

d. On peut marquer les acides nucléiques

On va intégrer un nucléotide qui porte :

- Un élément radioactif, c’est une sonde chaude : phosphore 32 et hydrogène 3, émetteurs béta -
- Un élément fluorescent, c’est une sonde froide : fluoresceine, cy5

Comment va-t-on intégrer un élément radioactif ?

Sur un acide nucléique qui existe déjà, on utilise une phosphatase qui enlève le phosphate gamma en
5’OH libre, puis une kinase remet un phosphate mais marqué par 32P gamma, en présence d’ATP.

Si l’acide nucléique n’existe pas et qu’il faut le créer, on va pouvoir en même temps incorporer le
marquage radioactif tout le long : à l’extrémité 5’ OH libre, le 32P gamma, mais sur tout le long de l’acide
nucléique, les phosphates alpha qui relient les nucléotides vont être marqués par du 32P alpha.

Deux techniques de marquage utilisent ce dernier principe de synthèse de novo :

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 - Nick Translation ou déplacement de brèche. Une DNase coupe un des deux brins d’ADN, et une
ADN polymérase synthétise à partir de l’extrémité 3’OH coupée, en utilisant des nucléotides
marqués ! Afin d’équilibrer, une exonucléase élimine les nucléotides de l’extrémité 5’OH coupée.
Cela donne donc une impression de déplacement de la brèche vers la droite. Il y a ainsi
remplacement par des nucléotides marqués. Si on utilise des nucléotides marqués au 32P alpha,
alors on obtient de l’ADN double brin dont certaines portions sont marquées.

- Ramdom priming ou amorçage aléatoire. On chauffe afin de dénaturer l’ADN double brin : on
obtient deux molécules d’ADN simple brin. On ajoute une grande quantité de nucléotides
synthétiques. Ils se fixent au hasard sur les brins et constituent des amorces. Une ADN
polymérase continue ensuite la synthèse des brins complémentaires, à partir de nucléotides du
milieu qui sont radio-marqués.

EXEMPLE DE QCM : soit la séquence en nucléotides suivantes :

5' ACGGTCTA.....TGAGA 3'
3' TGCCAGAT.....ACTCT 5'
Cette séquence est clonée derrière un promoteur et je désire synthétiser une sonde grâce à de l’ARN
polymérase.

C. Je pourrai obtenir une sonde marquée si dans mon milieu réactionnel j'utilise du gamma P32 UTP
(Faux)
D. Je pourrai obtenir une sonde marquée si dans mon milieu réactionnel j'utilise de l’alpha P32 UTP
(Vrai)
E. Je pourrai obtenir une sonde marquée si dans mon milieu réactionnel j'utilise du gamma P32 ATP
(Vrai)

Lorsque l'on marque une séquence avec du gamma 32P XTP, seul le premier ou le dernier nucléotide
de la séquence sera marqué (en effet seuls eux gardent leur trois phosphates alpha, bêta, gamma).
L’ARN polymérase copie le brin matrice 3’ → 5’. Elle synthétise un ARN contenant des A aux
extrémités. Donc, il n’y aura pas de marquage avec un UTP, mais avec ATP, d’où le fait que C soit fausse
et E soit vraie. Pour un marquage visible sur tout le long de la sonde, on utilise des acides nucléiques
avec leur phosphate en alpha radioactif : du coup, on peut tout utiliser a priori. Ici, le milieu du brin est
composé de T, de A, de G, de C, on peut donc bien utiliser de l’alpha 32P UTP (ou alpha 32P ATP, CTP,
TTP ou GTP) : la D est bien vraie.

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e. On peut séparer les acides nucléiques : électrophorèse

Ils sont séparés en fonction de leur masse, pas de leur charge puisqu’elle est négative pour tous !

Les molécules migrent dans un gel sous l’action d’un champ électrique à pH neutre vers l’anode (+). Les
plus petits fragments vont le plus vite !

Il existe plusieurs types de gels :

- Gel d’agarose, horizontal. Il est peu résolutif. Il est utilisé pour la PCR.
- Gel de polyacrylamide, vertical. Il est très résolutif (précision au nucléotide près). Il est utilisé
pour le séquençage.

Ensuite, on colore l’ADN ou l’ARN avec un agent intercalant qui émet dans l’UV ou avec du bleu de
Coomassie.

f. On peut réaliser une hybridation de l’ADN avec une sonde

Principe : l’hybridation est basée sur la complémentarité des bases. On souhaite hybrider un brin
d’acides nucléiques connu (sonde ou amorce) sur des séquences inconnues d’ADN. Pour cela l’ADN
inconnu doit être dénaturé afin d’être simple brin.

La sonde correspond à de l’ADN ou de l’ARN, simple brin, complémentaire et antiparallèle de la séquence

ciblée, et marquée, pour ne pas la perdre de vue. On révèle la sonde radioactive par autoradiographie
ou scintillation liquide ou directement si c’est une sonde fluorescente. L’amorce est seulement de l’ADN
ou de l’ARN simple brin, non marquée. Les deux acides nucléiques sont composés d’au moins 18
nucléotides.

On dénature : on fait fusionner

But : séparer les deux brins d’ADN ou linéariser l’ARN.

La fusion se fait à 100°C : haute température, dit aussi haute stringence. Elle se fait à pH élevé. Elle
dépend : du nombre de liaison hydrogène, de la composition du milieu et du Tm.

Hybridation

Elle se fait à 50°C et à pH diminué. Il n’y a pas d’hybridation lorsque la complémentarité est imparfaite.

Elle se fait soit en milieu solide (l’ADN ou la sonde est fixé sur un support), c’est la chromatographie
d’affinité. Par exemple, afin d’isoler les ARNm des ARNt, on places des TTT sur la paroi fixe et la queue
poly A des ARNm s’y accroche.
Ou soit en milieu liquide :
- Séquençage, hybridation d’une amorce
- PCR, hybridation de deux amorces
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g. MACROLÉSIONS - Technique Fish : hybridation in situ en fluorescence d’ADN

Elle permet d’analyser les macrolésions sur un caryotype : délétions, insertions, chromosome
surnuméraire, translocations, trisomies… etc.

Elle est basée sur l’hybridation d’une sonde

fluorescente. On prépare une sonde qui peut être
marquée par un fluorophore, simple brin. En parallèle on
prépare l’ADN à étudier, on le dénature. Enfin on met la
sonde avec l’ADN et elle s’hybride particulièrement à un
endroit, que l’on peut localiser et identifier en ajoutant
des anticorps marqués par un fluorochrome, anticorps
dirigés contre le marqueur de la sonde.

Remarque : les cellules doivent être vivantes !

On peut utiliser dans ce cas des sondes de peinture

chromosomique : ce sont pleins de sondes qui représentent un chromosome entier et vont permettre
d’identifier un chromosome entier.
h. MICROLÉSIONS – Analyses exomique, génomique, transcriptomique

Dans ce cas, on analyse un seul gène cible. Pour cela, on fait une analyse à différents niveaux et dans un
ordre particulier :
- Analyse exomique : des exons. On recherche une mutation du cadre de lecture ouvert (suite de
codons susceptibles d’être traduits en protéine). Conséquence d’une mutation du cadre de lecture
ouvert : protéine absente, mutée (tronquée).
- Analyse génomique : tout l’ADN. On recherche ensuite une mutation des régulateurs de la
transcription, car s’il y a, on observera une protéine absente, en quantité insuffisante ou
surexprimée.
- Analyse transcriptomique : de l’ARN, s’il est transcrit, et excepté dans le sang. On recherche les
modifications co et post transcriptionnelles de l’ARNm. Conséquence : protéine anormale ou
inexistante. C’est une analyse qualitative et quantitative.

i. On peut faire une PCR

Animation : [Link]

Cela permet d’isoler le gène à étudier. C’est une réaction de polymérisation en chaîne qui amplifie un
gène.
La PCR permet d’obtenir un grand nombre de copies d’une région définie d’un ADN. C’est une réaction
cyclique de polymérisation qui utilise deux amorces et une ADN polymérase thermostable appelée Taq
polymérase.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 70

Dans le mélange réactionnel, en plus
de l’ADN à amplifier, il faut :
- Deux amorces, on a ainsi 240
copies
- Une ADN polymérase
- Des dXTP

Elle utilise le principe d’hybridation

des amorces.

Chaque cycle est une succession de trois étapes :

- Une dénaturation en simple brin de l’ADN : elle est réalisée à haute stringence (100°C). À cette
température, les liaisons hydrogènes, qui maintiennent l’ADN double brin, sont rompues. À la fin
de cette étape, on obtient de l’ADN simple brin, prêt pour l’hybridation avec les amorces.
- L’hybridation des amorces : les séquences des amorces sont choisies pour former les limites de
la séquence ADN qui doit être amplifiée. L’hybridation se fait à 50°C.
- La polymérisation des brins complémentaires des brins matrices : pour réaliser une réaction de
polymérisation en chaîne, l’ADN polymérase utilisée doit pouvoir résister au passage répété à
haute température. La Taq polymérase est particulièrement indiqué pour les réactions PCR.
L’élongation de l’ADN se fait à 72°C. Comme toutes les ADN polymérase, elle effectue la
polymérisation à partir de l’extrémité 3’OH libre d’une amorce dans le sens de synthèse, 5’ vers
3’.

A l’issue du premier cycle de PCR, nous avons deux types de molécules d’ADN partiellement double brin
nouvellement synthétisées. Mais aucun des brins d’ADN ne correspond à la taille attendue. Un nouveau
cycle PCR peut commencer.
A la fin du troisième cycle de PCR nous avons deux molécules du fragment d’ADN double brin de la bonne
taille (pour une molécule d’ADN de départ). Au cours des six cycles suivants il va s’en suivre une
multiplication, une amplification de ces molécules d’ADN qui suit une loi de croissance exponentielle.
On réalise environ 40 cycles.

Ensuite, on fait une détection sur gel d’électrophorèse sur agarose.

Remarque : ce n’est que pour l’ADN ! Pas pour l’ARN !

j. On peut séquencer les acides nucléiques : la méthode de Sanger

Le séquençage de l’ADN consiste à déterminer l’ordre d’enchaînement des nucléotides dans un ADN
inconnu. Aujourd’hui la méthode la plus utilisée est la méthode de Sanger.

Comme d’habitude, hybridation : une, et une seule amorce s’hybride sur une partie du fragment d’ADN
simple brin à séquencer. Ensuite l’élongation de l’amorce est réalisée par une ADN polymérase qui ajoute
des dXTP.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 71

La particularité c’est que l’on ajoute un des quatre ddXTP dans chacun des tubes. Ce sont des poisons
terminateurs de chaînes : une fois incorporés, ils bloquent la synthèse car ils n’ont pas de OH en 3’.

- On prend 4 tubes différents. Dans chaque tube, seront placés le brin ADN inconnu servant de
matrice, des dXTP et une ADN polymérase. Celle-ci synthétise le brin complémentaire du brin
inconnu. On place aussi un ddXTP fluorescent (ddATP ou ddTTP ou ddCTP ou ddGTP).

- Dans chaque tube aura lieu la synthèse du complémentaire à l’ADN inconnu (matrice), puis lorsque
l’ADN polymérase ajoute le ddXTP spécifique du tube, car il s’agit du nucléotide complémentaire
du brin qu’elle copie, l’élongation s’arrête. Par exemple, dans le tube 1 contenant du ddATP,
lorsque l’ADN polymérase arrive en face d’un T (du brin ADN matrice inconnu), elle place un A :
il peut s’agir d’un dATP, ou d’un ddATP. Si elle ajoute un ddATP, l’élongation s’arrête. Selon
qu’elle place du dATP, et qu’elle continue jusqu’au prochain A à placer, ou un ddATP et que
l’élongation s’arrête, on se retrouve donc avec plusieurs fragments différents, qui correspondent
à tous les endroit où se trouve un T sur le brin matrice.

- Les quatre tubes sont déposés sur un gel de polyacrylamide en électrophorèse. Chaque bande
correspond au ddXTP du tube. Par exemple, sur la colonne de migration du tube 1 contenant du
ddATP, sera lu le nucléotide A, qui
correspond au dernier nucléotide
incorporé dans le fragment.

- Cette terminaison se fait donc

spécifiquement au niveau des
nucléotides correspondant au ddXTP.
Puis on lit la séquence du brin
complémentaire et néo-synthétisé, de
bas en haut. Ensuite, pour retrouver le
brin d’origine, la séquence initiale de
l’ADN simple brin qu’on avait mis dans
le tube, on écrit le brin complémentaire
à celui lu sur l’électrophorèse !

k. On peut faire une hybridation de sondes spécifiques et déterminées : ASO

Cela permet de déterminer si la séquence amplifiée (PCR) comporte une mutation connue.
Elle utilise le principe d’hybridation sonde – ADN inconnu, et on a préalablement réalisé une PCR.

Il s’agit tout simplement d’utiliser deux sondes :

- Une qui révèle une partie quelconque de l’ADN (le témoin)
- Une qui révèle la séquence mutée (puisqu’on connait la mutation et que l’on sait où elle est)

On compare ensuite les résultats entre les patients et l’individu normal. Le fait qu’il y ait eu hybridation
ou non se révèle directement grâce aux sondes marquées.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 72

l. On peut faire une PCR nichée, par hybridation de sondes spécifiques et déterminées

Cela permet de déterminer si la séquence amplifiée (PCR) comporte une mutation connue.
C’est une PCR spécifique qui permet de réduire la quantité de produits non voulus, consécutifs à la liaison
des amorces à d’autres endroits inattendus : cette PCR est donc beaucoup plus sensible.

On fait une PCR classique, avec deux amorces, une qui s’hybride sur une séquence quelconque de l’ADN,
et une qui s’hybride au niveau de la mutation, et une Taq polymérase.

Mais contrairement à la technique ASO, on ne fait pas une visualisation par autoradiographie
maintenant, mais une polymérisation suite aux amorces hybridées (alors qu’on s’arrêtait à l’hybridation
avec ASO) puis une deuxième PCR : une pour le produit hybridé par l’amorce de la zone normale, et une
pour le produit hybridé par l’amorce de la zone mutée. En effet, la PCR nichée implique une deuxième
paire d’amorces, qui amplifie une séquence se trouvant au sein du produit de la première PCR. Ainsi en
tout, on utilise quatre amorces !

Réponses : AD (E annulée)
La ligne horizontale du haut est le témoin, c’est l’hybridation de A et A’. Chez le patient normal :
hybridation de B et N, mais pas B et M. Donc la séquence complémentaire à M n’existe pas : le patient
normal ne présente pas la mutation. Pour le patient 1, les amorces B et M et B et N se sont hybridées. Donc
il présente et la mutation, et la séquence normale : il est hétérozygote pour la mutation étudiée. Chez le
patient 2, les amorces B et M se sont hybridées, mais pas B et N. Ce patient présente la mutation sur un
de ses allèles, c’est sûr. Mais on ne peut pas être sûr qu’il est hétérozygote, car il faut tenir compte de
l’échec de la technique : peut-être que la sonde ne s’est pas hybridée correctement, ou au bon endroit, et
donc peut-être que le patient présente la mutation mais qu’elle n’a pas été révélée. Lorsque la case est
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 73
vide, (hormis pour le témoin normal bien sûr), c’est un point d’interrogation : on ne peut pas être sûr que
le patient est hétérozygote ou homozygote, il faut donc répondre faux à « le patient 2 est hétérozygote »,
et vrai à « peut être hétérozygote ».

Remarque : sur cette PCR, on réalise une électrophorèse sur gel d’agarose, pas sur gel d’acrylamide.

m. On peut faire la technique RFLP ou Polymorphisme de Longueur des Fragments de

Restriction

On recherche un polymorphisme (= différence par rapport à une séquence de référence), dans un cas
bien particulier où la mutation se trouve dans un site de restriction. Un site de restriction est une
séquence d’ADN reconnue spécifiquement par une enzyme de restriction (il en existe plus de 200), qui
est une endonucléase, principalement d’origine procaryote, qui coupe l’ADN double-brin en fragments
de restriction. Souvent, elles reconnaissent une séquence semi-palindromique, c’est-à-dire qu’elle est
identique lorsqu’elle est lue dans les deux sens (le brin complémentaire correspond au brin matrice dans
le sens inverse). Cela permet de déterminer si la séquence amplifiée comporte une mutation connue.

Il faut donc que la mutation ait fait apparaître ou disparaître un site de restriction. L’enzyme de
restriction coupe différemment l’ADN sain et l’ADN muté :
- Si la mutation a fait apparaître un site de restriction et que :
• Il y a mutation : on se retrouve avec deux bandes de plus petite taille
• Il n’y a pas mutation : on se trouve avec une seule bande de grande taille
- Si la mutation a fait disparaitre un site de restriction et que :
• Il y mutation : on se retrouve avec une seule bande de grande taille
• Il n’y a pas mutation : on se retrouve avec deux bandes de plus petite taille
- Si l’individu est hétérozygote, que la mutation ait fait apparaître ou disparaitre un site de
restriction, on se retrouvera avec 3 bandes

On fait ensuite une PCR, que l’on pouvait aussi réaliser préalablement, avant la coupure d’ADN (comme
le dit le cours). Les fragments d’ADN ainsi obtenus sont séparés selon leur longueur par électrophorèse
sur gel d’agarose.

n. On peut faire une cartographie à la DNase

Cela permet de déterminer si la séquence amplifiée (PCR) comporte une mutation connue. Comme
d’habitude : on fait une amplification PCR, puis on hybride l’ADN avec une sonde spécifique (qui
reconnait une séquence d'intérêt). Ensuite, on rajoute une endonucléase spécifique des simples brins !
Là 2 solutions :
- Soit il n’y a pas de mutation sur la séquence d'intérêt et la sonde s'hybride parfaitement. On
obtient donc de l'ADN double brin (la sonde s’hybride). Donc pas de coupure par l'endonucléase
: il n’y a qu'un seul fragment sur l’électrophorèse.
- Soit il y a une mutation sur cette séquence. La sonde ne peut pas s'hybrider et on obtient donc
de l'ADN simple brin. L'endonucléase agit alors, et on obtient deux fragments sur
l’électrophorèse !
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 74
o. RT-PCR : analyse transcriptomique de l’ARNm

Principe :
- On extrait les ARN après lyse des cellules
- Ensuite on fait une chromatographie d’affinité, comme décrit un peu avant, avec des colonnes
d’oligopolyT, qui attachent les queues poly A, afin d’isoler les ARNm
- Puis on réalise une reverse transcription des ARNm en ADNc double brin

ANALYSE QUALITATIVE : RT-PCR

SIMPLE RT-PCR SEMI- RT-PCR QUANTITATIF EN TEMPS
QUANTITATIVE REEL

On analyse par électrophorèse la On analyse par On ajoute un agent intercalant qui

présence ou non d’une tâche. électrophorèse sur gel fluoresce.
d’agarose, et on colore en Attention : on n’analyse pas sur
Oui le gène est exprimé, non il ne BET. électrophorèse mais par révélation
l’est pas : c’est la seule de la fluorescence directement !
information donnée par une RT- On compare avec
PCR simple. l’expression d’un gène L’appareil qui s’en charge analyse à
domestique : on ne peut chaque cycle de PCR la fluorescence.
On n’a donc aucune idée de dire que si notre gène Mais il n’est pas assez sensible pour
quantité. d’intérêt est plus ou moins détecter les petites valeurs, il faut
exprimé, ce n’est pas dépasser un certain seuil pour lequel
Remarque : on ne fait pas de quantitatif car on n’a pas l’intensité du signal fluorescent est
transcriptomique sur les cellules de valeur ! supérieure au bruit de fond. Plus il y
où la mutation n’est pas a d’ARN, et plus la valeur du seuil
exprimée. diminue (il est atteint plus vite).

Remarque : une sonde constante On détecte en temps réel un signal

est une sonde qui amplifie un fluorescent dont l’intensité est
gène domestique afin de vérifier proportionnelle à la quantité de
que l’expérience marche, c’est le produit PCR. Cette technique nous
témoin. donne le nombre de copies de
gènes, on peut donc enfin quantifier.

Cette technique permet aussi de

détecter la présence d’un virus.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 75

COMPLÉMENTS D’INFORMATIONS (ANNALES ET TD)

- Le désoxyribose confère aux acides nucléiques une plus grande stabilité : l’élimination de
l’hydroxyle en 2’ du ribose diminue la possibilité d’hydrolyse de la molécule d’un facteur 100

- Attention à la différence entre analogue et dérivé. Une base dérivée est une molécule issue du
métabolisme ou présente dans l’alimentation alors que nous avons associé le mot analogue à celui
d’une molécule synthétique. Par exemple, certains agents tumoraux sont des analogues de
l’uracile.

- Forme lactame d’une base = forme avec « =O », une fonction cétone (en fait, une fonction amide
C=O et NH2, mais il suffit de repérer les =O). On parle de lactime s’il y a un énol (C=C et OH).

- L’AMPc est un nucléoside monophosphate cyclique.

- A propos des nucléotides : par exemple, AMP/ADP/ATP = adénylate = acide adénylique.

- La complémentarité A=T ne se retrouve pas dans l’ARN. Même si la thymine existe dans l’ARNt,
elle est située au niveau des boucles où les bases ne sont pas appariées. En revanche, dans l’ARN
on trouve une complémentarité entre guanine et cytosine comme dans l’ADN.

- La liaison G-C est environ 50% plus forte que la liaison A-T car il y a 3 liaisons H au lieu de 2.

- L’ADN est dénaturé par diminution de la concentration en sels.

- Chauffé, l’ADN présente une augmentation de l’absorption à 260 nm.

- L’ADN est dénaturé mais non dégradé quand il est chauffé à 95°C pendant 5 min.

- L'ADN est beaucoup plus résistant que l'ARN au pH alcalin car il ne porte pas de groupe OH en C2'.

- L'ADN se présente majoritairement sous forme d'une double hélice B comportant 2 chaînes
antiparallèles.

- La compaction maximale du génome nucléaire des cellules eucaryotes a lieu au moment de la

mitose en métaphase.

- Pour les humains, l’ADN comprend 3 milliards de paires de base, soit 6 milliards de nucléotides.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 76

- Chaque chromosome eucaryote non répliqué contient une seule molécule d'ADN linéaire.

- Le génome des virus ne peut pas être strictement non codant : le génome viral contient toujours
une partie codante directement c’est-à-dire sous forme d'ADN ou indirectement c’est-à-dire sous
forme d'ARN.

- Il n'existe pas d'ARNt dans le génome viral. Le virus se sert de la machinerie de traduction de la
cellule infectée.

- Il n’y a pas de chromatine dans l’ADN mitochondrial : l'ADN mitochondrial fait partie du génome
mais pas de la chromatine. La chromatine est nucléaire.

- Les nucléosomes n’existent pas chez les bactéries (chez les procaryotes « tout court », car les
histones n’existent pas chez les procaryotes, ce sont simplement des protéines basiques) : l’ADN
bactérien est compacté par des protéines basiques mais n'a pas de structure en nucléosome.

- Un chromosome comprend entre autres l’ensemble des nucléotides codant les opérons chez les
procaryotes. Les opérons n'existent pas chez les eucaryotes.

- Le génome des virus peut contenir de l'ADN mais ne présentera jamais de structures de type
télomère. Le télomère désigne l'extrémité d'un chromosome uniquement chez les eucaryotes. Il y
a donc 2 télomères par chromosome nucléaire chez les eucaryotes.

- Les rétro-transposons ne peuvent pas infecter une cellule hôte car ils n’ont pas de capsides ou
d’enveloppes leur permettant d’infecter une cellule.

- L’ADN est résistant au pH alcalin.

- Les rétro-transposons possèdent un génome à ADN et non ARN, même s’ils passent par un
intermédiaire d’ARN.

- La réplication est concomitante à la division cellulaire chez les procaryotes. Il n'y a pas de phase
ou de régulation du cycle chez les procaryotes.

- L’ADN ligase crée une liaison phosphodiester entre 2 fragments d’ADN grâce au l'énergie fournie
par de l’ATP, et non le GTP, chez les eucaryotes et du NAD+ chez les procaryotes.

- La séparation des brins ne peut pas être bloquée par les dimères de thymine : les dimères de
thymine peuvent provoquer des mutations mais pas bloquer la séparation des 2 brins.

- Chez les procaryotes, deux hélicases -Rep et dnaB- participent à l’ouverture de la double hélice.

PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 77

- Chez les procaryotes, l’ADN polymérase I est une ADN polymérase ADN dépendante. Elle
synthétise de l’ADN à partir de l’amorce d’ARN, mais le brin matrice qu’elle copie n’est pas
l’amorce mais bien le brin d’ADN complémentaire intact.
• Activité polymérase 5’ → 3’, qui a besoin d'une amorce et d'un brin d'ADN servant de modèle
appelé matrice
• Activité exonucléase 3’ → 5’ proof reading permettant la correction des erreurs de
polymérisation par excision des nucléotides incorrects du point de vue de l'appariement des
bases nucléiques
• Activité exonucléase 5’ → 3’ permettant la réparation de l'ADN
• Activité réverse transcriptase mais vraisemblablement sans signification biologique
importante

- La primase chez les procaryotes synthétise de l'ARN en formant des liaisons phosphodiesters dans
le sens 5’→ 3’ entre des ribonucléotides triphosphates.

- Les télomérases jouent un rôle important dans le maintien de l’intégrité du génome des
eucaryotes uniquement.

- La réplicase est une protéine virale essentielle, dont le rôle est de copier le génome du virus. Elle
peut être ADN polymérase ARN dépendante et former des liaisons phosphodiesters.

- La réparation a lieu dans toutes les phases du cycle cellulaire mais principalement pendant la
phase G2 pour vérifier l'intégrité de l'ADN avant division cellulaire.

- La correction des altérations post-réplicatives nécessite l’intervention de l’ADN polymérase I dans

les processus NER et BER.

- Recombinaison homologue : besoin de protéines appariant les ADN homologues

- Recombinaison non homologue : besoin d’une protéine kinase

- Le BER concerne la réparation d’une base endommagée mais pas la perte d’une base

- La précision globale de la réplication en tenant compte de la réparation des mésappariements et

d’une erreur pour 10^9 nucléotides copiés

- L’ADN ne contient naturellement aucune des bases aberrantes formées par désamination (réparée
par BER)
• Adénine → hypoxanthine
• guanine → xanthine
• cytosine → uracile

- L’uracile diffère de la cytosine par ses propriétés d'appariement de bases. Par contre l’uracile et la
thymine ont les mêmes propriétés d’appariement de base : deux liaisons hydrogène avec
l’adénine.
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 78
- Une dépurination, si elle n'est pas corrigée, peut entraîner une perte d'une paire de nucléotides
car l'absence de base se transmettra lors de la réplication de l'ADN. Une désamination, si elle n’est
pas corrigée, n’entrainera pas une perte de paire de nucléotides (la désamination d'une Cytosine
donne un Uracile, donc si elle n'est pas corrigée, cette lésion entraîne la substitution d'une
Guanine par une Adénine quand l'ADN est répliqué car l'uracile diffère de la cytosine par ses
propriétés d'appariement de bases.)

- Une dépurination et une désamination ne sont pas corrigées par un mécanisme identique :
• Désamination : BER
• Dépurination : NER

- L’expression génique peut être régulée par la présence d’ions métalliques dans la cellule.

- La transcription nécessite un promoteur qui n’est pas forcément situé en amont de la séquence
transcrite. En effet un ribosome peut transcrire une séquence dans les deux sens, donc le
promoteur peut être situé en aval.

- Le promoteur possède une séquence consensus de liaison à l’ADN, et pas aux histones.

- « Les introns correspondent à toutes les séquences qui peuvent être transcrites mais non traduites
en protéines » : FAUX, car les introns ne correspondent pas à TOUTES les séquences transcrites
non traduites. En effet, les introns ne sont pas traduits, mais il y a aussi par exemple tous les ARN
fonctionnels type ARNt, transcrit, mais non traduit !

- « Les exons correspondent à toutes les séquences qui peuvent être transcrites et traduites en
protéines » : FAUX, pour la même raison, pas « toutes ». Certains exons ne sont pas traduits, par
exemple lors de l’épissage alternatif, certains exons de l’ARNm sont excisés et ne seront pas
traduits. Les exons des extrémités de l’ARNm sont aussi des séquences non-codantes.

- Le promoteur est une zone de l’ADN reconnue par l’ARN polymérase et qui dicte le point de départ
de la transcription. Il peut être qualifié de faible ou de fort selon sa régulation par des facteurs de
transcription. Ces facteurs régulateurs, ainsi que des phénomènes épigénétiques régulent
l'expression des gènes de telle sorte que leur promoteur ne soit reconnu par l’ARN polymérase
que dans certains tissus.

- La transcription chez les eucaryotes donne un ARNm non mature.

- Un ARNm ne possède pas toujours des introns.

- La transcription eucaryote peut terminer au niveau de séquences particulières en épingle à

cheveux appelées atténuateurs.

- La méthylation de la coiffe fait partie des modifications post transcriptionnelles.

- Les ARNm sont polyadénylés après clivage (et non épissage) du site de polyadenylation.
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 79
- « La traduction chez les procaryotes est réalisée après épissage des introns des ARNm » : FAUX, il
n’y a pas de maturation = modifications post-transcriptionnelles chez les ARNm procaryotes ! Pas
d’épissage chez les procaryotes !

- Lors l'initiation de la traduction chez les eucaryotes, c'est l'aminoacyl ARNt initiateur qui se fixe en
premier sur la sous-unité légère du ribosome.

- L’initiation de la traduction se fait le plus souvent au niveau de l’AUG mais il y a a des exceptions
qui initie sur des codons CUG ou GUG.

- L'activation des acides aminés est une réaction d'aminoacylation.

- Il existe au moins une aminoacyl ARNt-synthétase pour chacun des acides aminés y compris pour
la N-formyl méthionine.

- « Lors de la traduction chez les eucaryotes, on peut observer le passage du premier acide aminé
activé du site A au site P du ribosome » FAUX, l’ARNt-méthionine est directement sur le site P.

- Des facteurs d’initiation de la traduction interviennent pour la reconnaissance de l’ARNm par la

petite sous-unité des ribosomes.

- Chez les procaryotes et les eucaryotes la structure primaire d’une protéine est définie par la
séquence des codons, triplet de bases non chevauchant portés par le cadre de lecture de l’ARNm.

- « Il existe autant de codons que d’anticodons » : FAUX, certains anticodons tolèrent un

appariement imparfait avec la troisième position du codon, et peuvent donc s’apparier avec 2
voire 3 codons différents. Par conséquent, il existe moins d’anticodons soit moins d’ARNt que de
codons portés par les ARNm.

- Les aminoacyl ARNt-synthétase peuvent lier un acide aminé au dernier nucléotide en 3' du motif
CCA 3'OH des ARNt par une liaison ester. Elle peuvent aussi lier un acide aminé à un nucléotide
par une liaison phosphodiester transitoirement lors de la première étape de l'activation des acides
aminés où l'acide aminé est lié à l'AMP.
- Concernant la PCR, il est possible d’ajouter des sites de restriction aux extrémités ou d’un seul
côté du fragment d’ADN synthétisé. Comme on utilise des amorces oligonucléotidiques de
synthèse, il est possible d’ajouter des séquences dans les régions 5' de chaque amorce. Par
exemple un site de restriction d’un seul coté ou des sites de restriction aux deux extrémités du
fragment d’ADN synthétisé permettront ultérieurement d'assembler le produit PCR dans un
plasmide.

- La technique de PCR permet d’amplifier un fragment d’ADN en utilisant une ADN polymérase
thermorésistante, des dNTP comme substrat, du Mg2+ et des sels. On sépare les brins “matrices”
et les brins néosynthétisés par chauffage (à environ 95°C). Les “primers” ou amorces permettent
de sélectionner la partie de l’ADN qui sera amplifiée en l’encadrant de part et d’autre et en
s’hybridant sur chacun des brins de l’ADN matrice.
PACES – UE 1 – Génome – 2018.2019 – Maraichers – Lisa RECH-DELPHIN 80
- L’analyse de l’ADN génomique par PCR permet de détecter la présence d'une séquence cible par
le choix d'amorces spécifiques. Elle peut donc être utilisée pour diagnostiquer une infection virale,
une altération génique pouvant expliquer une pathologie.

- La PCR peut être utilisée pour réaliser des empreintes génétiques.

- La RT-PCR quantitative ne peut pas détecter une duplication génique, mais elle peut détecter le
nombre de copies d’un génome viral inséré dans un génome.

- Les oligonucléotides de synthèse sont généralement dépourvus de groupement phosphate en 5’

lors de leur synthèse et toujours déphosphorylés avant d’être marqués en 5'.

- Une sonde nucléotidique est toujours marquée mais elle peut être radioactive ou non
(fluorescente). Une sonde, contrairement à une amorce dont la fonction est d’être rallongée, sert
à repérer la présence et l’abondance relative d’une séquence d’intérêt.

- Le séquençage selon Sanger est une technique nécessitant une ADN polymérase telle que le
fragment de Klenow de l’ADN polymérase procaryote, mais peut aussi faire intervenir entre autres
la taq polymérase car elle est très stable. Le principe établi par Sanger fait intervenir l’utilisation
de desoxyribonucléotides et de didésoxyribonucléotides qui provoqueront l’arrêt de la
polymérisation car ils ne possèdent pas de 3’OH. L’expérience s’effectue en réalisant quatre
réactions de synthèses indépendantes et nécessite uniquement l’ADN à séquencer, l’ADN
polymérase, les dNTP, des sels et de l’eau et surtout une amorce et des didésoxyribonucléotides.
Ensuite la réaction de séquence est séparée sans digestion préalable par électrophorèse sur gel
de polyacrylamide avec une résolution au nucléotide près.

- La stringence d’une solution d'ADN influe sur le Tm.

- Un ADNc peut être inséré dans un vecteur plasmidique afin d’être amplifié dans des cellules
bactériennes (et non pas humaines, d’être séquencé, de servir à la préparation de ribonsonde, de
permettre la production de la protéine correspondante dans les cellules hôtes, mais pas d’étudier
le processus d’épissage car un ADNc ne contient pas d’introns.

- La technique FISH peut détecteur un ADN viral inséré dans l’ADN humain et détecter une délétion.
C’est une technique de détection de séquence spécifique d’ADN ou d’ARN dans des cellules ou
tissus. Des oligonucléotides marqués par un fluorophore sont utilisés comme sonde. Ils s'hybrident
avec la séquence recherchée de façon complémentaire et antiparallèle. Ils sont visualisés par
miscroscopie à fluorescence.

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