Les mutations génétiques
Dr Jean Pascal Demba DIOP
PharmD, PhD
Plan
Introduction
I Caractéristiques des mutations
1- Définition
2- Classification
II Substitutions
III Délétions et insertions
IV Effets des mutations
V Méthodes d’identification
Conclusion
Introduction
•Les mutations sont source de la variabilité
génétique des populations
•A l’origine de modifications génétiques
responsables des maladies génétiques, des
cancers, de l’apoptose…
Introduction
•Peuvent survenir spontanément ou sont
induites par des facteurs externes
•Peuvent toucher les cellules germinales et
somatiques
Caractéristiques des mutations
•Définition
La mutation est un changement dans la
séquence nucléotidique ou dans
l’arrangement, de l’ADN d’un génome
Caractéristiques des mutations
• Classification
Classes de mutation Mécanisme Exemples
Mutation génomique Mal-ségrégation Aneuploïdies
chromosomique
Mutation chromosomique Réarrangement Translocations
chromosomique
Mutation génique Changement nucléotidique Mutations ponctuelles
Caractéristiques des mutations
• Mutations géniques
• Changement d’un nucléotide
• Substitution = Mutation ponctuelle
• Perte d’un ou de plusieurs nucléotides
• Délétion
• Gain d’un ou de plusieurs nucléotides
• Insertion
Substitution de nucléotides
• Transition
• Purine par purine
• Pyrimidine par pyrimidine
Exemple: A/G ; T/C
• Transversion
• Purine Pyrimidine
Exemple: A/C ; G/T
Substitution de nucléotides
• Mutation faux-sens
• Changement nucléotidique entrainant un
changement d’acide aminé
• A lieu dans la région codante du gène
Exemple:
Mutation du gène Alpha 1 antitrypsine
ADN GAA GTA
Protéine Glu Val
Substitution de nucléotides
• Mutation non-sens
• Changement nucléotidique entrainant la création d’un codon
stop (TAA, TAG, TGA)
• A lieu dans la région codante du gène
• Production d’une protéine tronquée
Exemple:
Mutation du gène NF1 de la neurofibromatose Type I
ADN GAT GAT GCC AAA CGA CAA
Protéine Normal Asp - Asp- Ala - Lys - Arg - Gln
GAT GAT GCC AAA TGA CAA
Protéine NF1 Asp - Asp- Ala - Lys - Stop
Substitution de nucléotides
• Mutation silencieuse
• Changement nucléotidique sans effet sur la
nature de l’acide aminé
• A lieu dans la région codante du gène
• Due à la dégénérescence du code génétique
Exemple:
GTA
GTG Valine
GTC
GTT
Substitution de nucléotides
• Mutation par défaut d’épissage
• Changement nucléotidique au niveau des séquences
consensus d’épissage
• Site donneur d’épissage GT
• Site accepteur d’épissage AG
• A lieu dans la région intronique des gènes
Exemple:
Mutation du gène de l’hexosaminidase A dans la
maladie de Tay- Sachs
Exon Site d’épissage
Allèle Normal CCAGGCTCTGgtaagg
Allèle mutée CCAGGCTCTGctaagg
Absence d’épissage
Substitution de nucléotides
• Mutation dans les régions 5’ et 3’ UTR
• Effet important sur l’expression de la protéine
• A lieu au niveau du promoteur ou des séquences
régulatrices
Exemple:
• Mutation dans le région 5’ UTR du gène codant pour
le facteur IX de la coagulation
• Entraine une diminution de l’expression du gène
• Responsable de l’hémophilie B
Substitution de nucléotides
• Nomenclature
• ADN:
• Numéro du nucléotide impliqué à partir de ATG
• Base normale > Base issue de la mutation
Exemple: Mutation faux-sens du gène N-RAS
dans les leucémies aiguës myéloïdes
c. 35 G>A
Substitution de nucléotides
• Nomenclature
• Protéine:
• Acide aminé normal
• Position sur la protéine
• Acide aminé issue de la mutation (X correspond au
codon stop)
Exemple: Mutation faux-sens du gène N-RAS dans
les leucémies aiguës myéloïdes
p. Gly12Asp ou G12D
Délétions et Insertions
• Dépend du nombre de nucléotides impliqués
• Non multiple de 3
• Décalage du cadre de lecture = Frameshift
• Si multiple de 3
• Absence de décalage du cadre de lecture
Exemple:
• Délétion d’un nucléotide dans le gène ABO codant pour les
groupes sanguins ABO
Allèle ABO A CTC GTG GTG ACC CCT T….
Leu – Val – Val – Thr – Pro - …
Allèle ABO O CTC GTG GT- ACC CCT T….
Leu – Val – Val – Pro – Leu - …
Effets des mutations
Variant pathogène :est remplacé par: variant affectant la
fonction ou variant associé à la maladie
Recommendations de l’American college of medical
Genetics
5 classes
Effets des mutations
• Absence d’effet
• Mutations silencieuses
• Perte de fonction
• Suppression de la fonction du produit du gène
Mutation ponctuelle Délétion totale du gène
• Gain de fonction
• Modification de la fonction du produit du gène
• Nouvelle activité
• Expression anormale (surexpression)
• Effet dominant
Annotation des variants
Tout variant doit être décrit au niveau élémentaire: ADN
Des descriptions au niveau de l’ARN et la protéine peuvent être
ajoutées
Le changement: déterminé expérimentalement
ou théoriquement déduit : les conséquences prévues entre
parenthèses
Caractères et abréviations utilisés
Préfixe : utilisé pour indiquer le type de séquence
de référence
“c.” Pour l’ADN codant
“g.” Pour l’ ADN génomique
“m.” for a mitochondrial DNA reference sequence
“n.” for a non-coding DNA reference sequence
“o.” for a circular genomic reference sequence
“p.” for a protein reference sequence
“r.” for an RNA reference sequence (transcript)
Annotation des variants
• « + » (plus) est utilisé dans la numérotation des
nucléotides ; c.123+45A>G
• « - » (moins) est utilisé dans la numérotation des
nucléotides ; c.124-56C>T
• « * » (astérisque) est utilisé dans la numérotation des
nucléotides et pour indiquer un codon de terminaison de
traduction (arrêt) ; c.*32G>A et p.Trp41*
• « _ » (tiret du 8) est utilisé pour indiquer une
plage ; g.12345_12678del
Caractères et abréviations utilisés
• « > » (supérieur à) indique une substitution
• « del » indique une suppression ; c.76delA
• « dup » indique une duplication ; c.76dupA
• « ins » indique une insertion ; c.76_77insG
• « inv » indique une inversion ; c.76_83inv
• « fs » indique un décalage du cadre de
lecture ; p.Arg456GlyfsTer17 (ou p.Arg456Glyfs*17
Séquence de Référence
Préfixes_ numéro d’accession . numéro de version
• Génomique (nucléotide)
NC_ une séquence de référence génomique basée sur un
chromosome
1-22, Autosomes
23 pour le chromosome X
24 pour le chromosome Y.
Dans NC_000023.10, ce nombre est «23», donc une séquence
de référence du chromosome X
NG_ une séquence de référence génomique basée sur un gène
ou une région génomique
Séquence de Référence
Transcription (ARN, nucléotide)
NM_ une séquence de référence basée sur un ARN codant
protéine (ARNm) Exemple : NM_004006.2
NR_ une séquence de référence basée sur un ARN codant non
protéique
Protéine (acide aminé)
NP_ une séquence de référence basée sur une séquence de protéines
Exemple : NP_003997.1
Règles de la nomenclature
Substitution
ADN:
"préfixe, position nucléotidique , nucléotide de référence ">"nouveau
nucléotide«
• Exemple:
• "préfixe" = séquence de référence utilisée = G.
"position_substituted" = position nucléotide substitué = 123
"reference_nucleotide" = nucléotide à la position de référence = A
">" = type de changement est une substitution =>
"new_nucleotide" = nucléotide substitué = G
Règles de la nomenclature
Substitution
ARN:
"préfixe,
position nucléotidique , nucléotide de référence
">"nouveau nucléotide« . r.123A>G
• “prefix” = reference sequence used = r.
“position_substituted” = position nucleotide sustituted = 123
“reference_nulceotide” = nucleotide at reference position = A
”>” = type of change is a substitution = >
“new_nucleotide” = substituted nucleotide = G
Règles de la nomenclature
Substitution
Protéine:
"préfixe, position acide aminé, Acide aminé de référence
">"nouveau Acide aminé« . p.(Arg54Ser)
• “prefix” = reference sequence used = p.
“amino_acid” = reference amino acid = Arg
“position” = position amino acid subtituted = 54
“new_amino_acid” = new amino acid = Ser
Règles de la nomenclature
• Insertion
ADN:
"préfixe""positions_flanking""ins""séquence_insérée" ,
“préfixe" = séquence de référence utilisée = g.
"positions_flanking" = position deux nucléotides flanquant le site
d'insertion
"ins" = le type de changement est une insertion = ins
"inserted_sequence" = séquence insérée = AGC
Exemple:g.123_124insAGC
Règles de la nomenclature
Insertion
ARN:
“prefix”“positions_flanking”“ins”“inserted_sequence”
“préfixe" = séquence de référence utilisée = r.
"positions_flanking" = position deux nucléotides flanquant le site d'insertion =
123_124
"ins" = le type de changement est une insertion = ins
"inserted_sequence" = séquence insérée = auc
Exemple: r.123_124insauc
Règles de la nomenclature
• Insertion
Proteine:
"préfixe""amino_acids+positions_flanking""ins""inserted_sequence"
préfixe » = séquence de référence utilisée = p.
« amino_acids+positions_flanking » = acides aminés avec position
flanquant le site d'insertion = Lys23_Leu24
« ins » = le type de changement est une insertion = ins
« inserted_sequence » = séquence insérée = ArgSerGln
Exemple: p.(Lys23_Leu24insArgSerGln)
Règles de la nomenclature
Délétion
ADN:
• “Format: “prefix ”“position(s)_deleted”“del”,. “prefix” =
reference sequence used = g.
“position(s)_deleted” = position nucleotide or range of
nucleotides deleted = 123_127
“del” = type of change is a deletion = d
• Exemple: g.123_127del
Règles de la nomenclature
Délétion
ARN:
• “Format: “prefix”“position(s)_deleted”“del”,.
• “prefix” = reference sequence used = r.
“position(s)_deleted” = position nucleotide or range of nucleotides
deleted = 123_127
“del” = type of change is a deletion = del
• Exemple:r.123_127del
Règles de la nomenclature
Délétion
Protéine:
• “Format: “prefix”“amino_acid(s)+position(s)_deleted”“del”,.
“prefix” = reference sequence used = p.
“amino_acid(s)+position(s)_deleted” = amino acid with position or
range (first amino acid with position to last amino acids with position)
deleted = Cys76_Glu79
“del” = type of change is a deletion = del
• Exemple: p.(Cys76_Glu79del)
Règles de la nomenclature
Duplication
ADN:
• “Format: “prefix”“position(s)_duplicated”“dup”,
• “prefix” = reference sequence used = g.
“position(s)_duplicated” = position nucleotide or range of
nucleotides duplicated = 123_345
“dup” = type of change is a duplication = dup
• Exemple:g.123_345dup
Règles de la nomenclature
Duplication
ARN:
“prefix”“position(s)_duplicated”“dup”,
“prefix” = reference sequence used = r.
“position(s)_duplicated” = position nucleotide or range of
nucleotides duplicated = 123_345
“dup” = type of change is a duplication = dup
• Exemple:. r.123_345dup
Règles de la nomenclature
Duplication
Protéine:
• Format: “prefix”“amino_acid(s)+position(s)_duplicated”“dup”,.
“prefix” = reference sequence used = p.
“amino_acid(s)+position(s)_duplicated” = amino acid with
position or range (first amino acid with position to last amino
acid with position) duplicated = Cys76_Glu79
“dup” = type of change is a duplication = dup
• Exemple p.(Cys76_Glu79dup)
Règles de la nomenclature
INVERSION
ADN:
• Format: “prefix”“positions_inverted”“inv”,
• “prefix” = reference sequence used = g.
“positions_inverted” = range of nucleotides inverted = 123_345
“inv” = type of change is an inversion = inv
• Exemple: g.123_345inv
Règles de la nomenclature
INVERSION
ARN:
• Format: “prefix”“positions_inverted”“inv”,
• “prefix” = reference sequence used = r.
“positions_inverted” = range of nucleotides inverted = 123_345
“inv” = type of change is an inversion = inv
• Exemple: r.123_345inv
Règles de la nomenclature
• Délétion-Insertion
ADN:
“prefix”“position(s)_deleted”“delins”“inserted_sequence”,
“prefix” = reference sequence used = g.
“position(s)_deleted” = position nucleotide or range of nucleotides
deleted = 123_127
“delins” = type of change is a deletion-insertion = delins
“inserted_sequence” = description inserted sequence = AG
• Exemple: g.123_127delinsAG
Règles de la nomenclature
Délétion-Insertion
Format: “prefix”“position(s)_deleted”“delins”“inserted_sequenc
e”,
“prefix” = reference sequence used = r.
“position(s)_deleted” = position nucleotide or range of nucleotides
deleted = 123_127
“delins” = type of change is a deletion-insertion = delins
“inserted_sequence” = description inserted sequence = AG
Exemple:r.123_127delinsAG
Règles de la nomenclature
Délétion-Insertion
Protéine:
• : “prefix”“amino_acid(s)+position(s)_deleted”“delins”“inserted_sequ
ence”,.
• “prefix” = reference sequence used = p.
“amino_acid(s)+position(s)_deleted” = position amino acid or range of
amino acids deleted = Arg123_Lys127
“delins” = type of change is a deletion-insertion = delins
“inserted_sequence” = description inserted sequence = SerAsp
• Exemple: p.(Arg123_Lys127delinsSerAsp)
Méthodes d’identification
ADN
Méthodes d’analyse Mutations détectées
Southern Blot Grandes délétions, insertions
Enzymes de restriction Mutations ponctuelles
PCR, PCR-RFLP, RT-PCR Délétions, mutations ponctuelles
Gels dénaturants Mutation ponctuelles, délétions, insertions
PCR-ASO (oligonucléotides allèles spécifiques) Toute mutation connue
Séquençage, Puces ADN Toute mutation
Méthodes d’identification
PROTEINE
• SUR-expression ou perte d’expression
• RT-PCR Puces d’expression
• Immuno-histochimie
Conclusion
• Etude des gènes responsables des maladies
génétiques
• Dissection de la fonction des gènes
• Différents mécanismes de réparation de l’ADN
dans la cellule
• Thérapie génique