UE1

BIOLOGIE MOLECULAIRE

LIVRET CM7
Analyses bio-informatiques courantes des génomes
et des protéomes
(TD Alignements de séquences protéiques et prédiction
de variations)
S45 – Cours du 07/11/2024

Année 2024-2025
Cet avant dernier cours complète les CAD – Séquences pathogènes et non pathogènes et Données et outils
in silico.
La mise en pratique et synthèse de l’ensemble sera faite pendant le TD Alignements de séquences
protéiques et prédiction de variations à l’université.

Ces livrets reprennent les notions vues en CM ET en Td.

Il est donc normal que vous n’ayez pas de livrets spécifiques liés aux Td (vous n’en avait eu qu’un ce
semestre).

Vous n’avez pas eu de CM6, c’est normal: son contenu est le même que celui du CAD10.

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 A. Différents niveaux de bio-informatique

Les analyses bio-informatiques sont devenues courantes en biologie et en médecine.

- Rechercher des informations dans les bases de données (serveurs web)
Premier niveau de bio-
- Utilisateur simple : ce que les biologistes et les médecins connaissent et utilisent
informatique
dans le domaine de la biologie et de la génétique moléculaire
- Outils fondamentaux de la bio-informatique moléculaire, bio-informatique des
séquences
Deuxième niveau de bio- - Outil BLAST et outil d’alignement multiple
informatique - Utilisateur avancé
- Annotation, interprétation de la structure des génomes, de leur variation, de leur
évolution recherche de mutations pathogènes (Dry Lab ou biologie sèche)
Troisième niveau de bio- - Acteur
informatique - Création de nouveaux outils, de modèles informatiques (Computational Biology)

Dans ce cours, sera approfondi le deuxième niveau avec un nouveau cas pratique qui fait suite aux quatre
cas pratiques des précédents cours.

B. Identification d’un gène de maladie

Ce sont principalement des travaux effectués par les généticiens.

Vous approfondirez cela en génétique (UE7).

- Dans une communauté

Etude de cas - On a observé une mort subite d’un nourrisson associée à une dysgénésie
testiculaire : syndrome SIDDT (MIM#608800)
- Fait de se marier à l’intérieur de son groupe social
Communauté endogame - Il y a moins de brassage génétique
- Facilite la découverte de la cause des maladies
- Technique pour identifier le gène d’une maladie
- Assez ancienne (2004) : on utilisait une puce qui permettait de détecter 11 555
marqueurs SNP région entre les marqueurs rs1388219 et rs1321370
- Etude des SNP avec une étude statistique en prenant en compte les
connaissances obtenues grâce au projet HapMap
« Tour du génome » - On recherche une variation dans le génome, « on ségrége le génome »
- Détermination de la distance physique de l’intervalle et recherche de gènes
candidats
- On trouve deux SNP, deux marqueurs (dans cette étude ce sont les marqueurs
rs1388219 et rs1321370) entre lesquels se trouve le gène responsable de la
maladie
- Navigateur du génome utilisé : UCSC Génome
- Les scientifiques regardent à quoi correspond cette région
UCSC Génome
- On peut écrire la position que l’on veut afficher
- On peut aussi mettre des marqueurs de SNP

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 - Région assez grande (3.6 millions de pb)
- Se trouve sur le chromosome 6
Marqueurs rs1388219 et
- Contient plusieurs gènes
rs1321370
- On n’a pas encore identifié le gène responsable de la maladie
- En 2004, on n’a pas la capacité de séquencer une région aussi grande
- Les scientifiques ont regardé tous ces gènes
Recherche du gène
- Alignement de séquence
responsable
- Ils ont trouvé deux gènes : TSPYL1 et TSPYL4
- Les scientifiques ont trouvé ces gènes car ils sont homologues (ont plus de 30%
de similarité) avec des gènes présents sur le chromosome Y
- Cela fait penser à une fonction spécifique du caryotype masculin
TSPYL1 et TSPYL4
- Les gènes avec une fonction associée à la différenciation sexuelle sont de bons
candidats car on parle d’une maladie (associée à une dysgénésie testiculaire)
qui touche les hommes
- Insertion décalant le cadre de lecture, à priori pathogène : c457_458insG
- Insertion d’un G entre les positions 457 et 458
Cause de la maladie
- Mutation décalant le cadre de lecture : cela va significativement modifier la
protéine

L’enseignant mentionne le fait qu’il ne faut pas connaitre la maladie.

Si vous voulez en savoir d’avantage, vous pouvez effectuer des recherches dans la base de données
PubMeb. Vous pouvez retrouver l’étude de cas.
Il faut retenir le concept global permettant de trouver la mutation responsable d’une maladie.

Résumé des étapes pour identifier un gène responsable d’une maladie :

Etape 1 On cherche des variations dans le génome grâce au « tour du génome »
Etape 2 On trouve deux marqueurs qui déterminent une région sur un chromosome
Etape 3 On recherche ces deux marqueurs dans le navigateur UCSC Génome
Etape 4 On analyse tous les gènes situés entre ces deux marqueurs
Etape 5 On sélectionne les gènes les plus probables en lien avec la maladie
Etape 6 On analyse le ou les gènes responsables et on détermine la mutation

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 C. Comment savoir si une variation de séquence est pathogène ou non
pathogène ?

Rechercher le variant chez un grand nombre d’individus témoins sains pour voir s’il
est répandu dans la population
 S’il est répandu ➔ Certainement non pathogène
2 Approches
S’il s’agit d’une mutation pathogène -> Prouver la conséquence délétère du variant
Autrement dit, montrer ce que cette mutation provoque sur la protéine, puis
l’organisme
- Nomenclature (HGVS) : Bases de données de variations non pathogènes
(~génomes)
- Bases de données de variations pathogènes centrales ou spécifiques (LSDB)
Outils
- Outils bio-informatiques de prédiction
- Étude familiale/Témoins sains (non abordé)
- Tests fonctionnels (non abordé)
L’enseignant insiste sur ce point :
Dans l’ensemble, c’est l’évaluation de ce faisceau d’éléments qui constituent souvent la difficulté de
l’interprétation des données mutationnelles. Cela ne permet pas toujours d’aboutir à une conclusion
formelle.

1. La nomenclature des variations de séquence (= « mutations »)

La nomenclature des variations de séquence par HGVS doit répondre à des règles, pour faciliter son utilisation
et sa pertinence.

Stable Qui ne change pas

Pour la retenir
Mémorisable
Comprendre sans difficulté
Pas d’ambiguïté
Non équivoque
Une seule manière de décrire une mutation
Pour les retrouver facilement
Significative
Qui décrit bien les choses
Les règles de nomenclatures sont sur le site : Sequence Variant Nomenclature ([Link])

Les grandes étapes sont :

- Référencée par le numéro d’accès de GenBank par rapport à la mutation
Connaitre la séquence de
- Séquence de référence = ADN complémentaire (ADNc ou cDNA) qui représente
référence
le transcrit d’ARNm mature (cependant on écrit des T à la place des U)
Si possible, utiliser la - Séquences non redondantes de GenBank
catégorie RefSeq - Partie la plus fiable et référencée de Genbank
Nommer les mutations - Sélectionner les préfixes « NM_ » : transcrits matures qui ne contiennent pas
avec le transcrit mature de séquences introniques
N° de version - Le numéro de version (« . X ») est essentiel
Choix du transcrit le plus
/
long (en général)
Trouver la séquence de
- Locus-specific databases (LSDB)
référence

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Puis pour coder une mutation avec toutes ses informations :
ADN A, G, C, T ©
(majuscule) « c » devant pour dire que l’on parle de l’ADN complémentaire de l’ARNm mature
ARN
a, g, c, u
(minuscule)
Code d’acide aminé à une/trois lettres
Le plus utilisé a une lettre ©
Coder la
séquence Codon-stop : « * »
Exemple : p.(His78Gln) signifie que
Protéine
l’histidine en position 78 est muté en
glutamine
Aujourd’hui on accède aux séquences
nucléiques et on peut en déduire les protéines. Ainsi on peut prouver la conséquence de
la mutation sur la protéine indiquée en (parenthèses)
Début : le 1 est le A de « ATG »
Avant ce codon c’est codé -X (Ex : -1, -10…)
A partir de ce codon ATG, on note +X (Ex : +1, +10…)
Après le codon stop « *X » (Ex : *1)
A partir du milieu, on part plutôt de l’exon suivant, on écrit « - »
Pas de nucléotide 0
Dans les introns ajoute un « + »

N° de la
séquence
CDS
N° des « coding
résidus - DNA
sequence »
reflet des
exons

Nomenclature des variations de séquence en génétique : applications en génétique

somatique .F. Escande*, E. Rouleau
- Région codant une protéine c.1637A>G (à maîtriser : le A en position
1637 sur la séquence codante devient un G) ©
- Dans un intron (moitié 5′) c.859+12T>C
ADN - Dans un intron (moitié 3′) c.2396-6G>A
Exemples - 5′ de la région codante des protéines (5′ de l’ATG) c.-23C>G
- 3′ de la région codante des protéines (3′ du stop) c.*143A>T
Intron en 5′-UTR (moitié 3′) : c.-89-12T>G
ARN r.957a>u, r.(?), [Link]?
Protéine p.(His78Gln) ©

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 Substitution c.123A>G
Acide nucléique : Désigné par « > »
- ADNc : c.545A>T ou NM_012654.3:c.546A>T (plus complet)
- ARN : r.545a>u
Protéique : Non utilisé au niveau protéique – Nomenclature Acide aminé et position
puis acide aminé substitué
- Protéine : p.(Gln182Leu) en parenthèse car souvent déduis de l’ADN ©
Délétion c.123del
Désigné par « del », intervalle indiquée par « _ »
- c.546del (alternative : c.546delT si on veut indiquer le nucléotide enlevé)
- Peut-être plus complexe mais nomenclature pas à connaitre exemple :
c.(780+1_781-1)_(1392+1_1393-1)del
Duplication c.123dup
« dup », plage indiquée par « _ »
- c.546dup (alternative : c.546dupT)
- c.586_591dup (alternative : c.586_591dupTGGTCA ne pas écrire : c.586_591dup6)
Ne pas décrire comme une insertion
Simple - Peut- être plus complexe mais nomenclature pas à connaitre exemple :
c.(780+1_781-1)_(1392+1_1393-1)dup
Ne pas décrire la duplication comme une insertion !!
L’enseignant insiste bien là-dessus
Insertion c.123_124insC
« ins », plage indiquée par « _ » et Donner la séquence insérée
Les types
- c.546_547insT (ne pas écrire : c.546insT)
de variants
- c.1086_1087insGCGTGA (ne pas écrire : c.1086_1087ins6)
- c.1086_1087insAB567429.2:g.34_12,567
Si grande insertion, la soumettre à une base de données et donner le numéro d’accès
Incertitudes : changements d’exon entiers
- c.424-? _ 631+?del Délétion intragénique
- c.(?_-79) _ 631+?del Délétion incluant l’extrémité 5′
- c.424-? _ (*763_?)del Délétion incluant l’extrémité 3′
- c.(?_-79) _ (*763_?)del Délétion du gène entier
- Décrire ce qui a été réellement test
L’enseignant dit de retenir le cas général : quand on n’est pas sûr, on marque « - ? »
et « + ? ». Il rajoute qu’il ne faut pas s’attarder dessus.
Indel c.123delinsAG
Délétion-insertions (indel) :
- c.1166_1177delinsAGT
Complexe
Si les descriptions deviennent complexes (quand seul un expert comprend la
nomenclature)
Penser à soumettre à une base de données : c.875_941delinsAC111747.1
2 allèles c.[123A>G];[456C>T]
1 par allèle c.[123A>G;456C>T]
Combinaison Indiqué par « [ ] », séparé par « ;»
de variants - 2 changements, 2 allèles : c.[428A>G];[83dupG]
- 1 allèle, plusieurs changements : c.[12C>G;428A>G;983dupG]
- 2 changements, allèle inconnu : c.[428A>G(;)83dupG]

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 Pas de données d’ARN ( ) p.(Trp56*) ©
Non-sens * p.Trp65* (alternative : p.W65*)
Codon-stop rendu codant p.*1054Glnext*31
Protéine absente p.0
Effet attendu, mais difficile à prévoir p.?
Aucun changement n’est attendu p.(=)
« fs »
Les Forme abrégée (suffisante) : p.Arg83fs
variations Long de (plus de détails) : p.Arg83Serfs*15 (arginine en
dans les position 83 devient une sérine puis le décalage du cadre de
protéines lecture modifie les 15 AA suivants avant de faire apparaître
Décalage du cadre de lecture (frame un codon stop *)
shift) Indiquer :
- 1er acide aminé modifié sur la référence
- Position
- 1er acide aminé modifié de remplacement
- Longueur du cadre décalé (du premier changement à *)
- Ne pas décrire del, dup, ins…

2. Codes et caractères

> Substitution
_ Plage
; Changements distincts (allèles)
() Incertitude
[] Allèle
= Correspond à la séquence de référence
? Inconnu
del Délétion
dup Duplication
ins Insertion
inv Inversion
con Conversion
ext Extension
fs Décalage de cadre
Il faut savoir nommer des mutations simples et comprendre une variation de séquence au niveau nucléique ou
protéique.

3. La nomenclature de l’effet de variations de séquence

Organisme de
American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG)
référence
p : Pathogenic/Pathogène
5 qualificatifs :
LP: Likely pathogenic/Probablement pathogène
4 grands
LB : Likely benign/Probablement bénin
niveaux +
B : Benign/Bénin
1 incertain ©
VUS Uncertain significance/Signification incertaine

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 D. Bases de données de variations

Non Certaines bases de données :

- Regroupent environ 100 000 génomes considérés sains
pathogènes
- Donnent la fréquence d’un variant dans la population (considérée saine)
(~génomes) Exemple : gnomAD regroupe des variants non pathogènes gnomAD ([Link])
ClinVar donne pour chaque variation pathogène connue sa classification
- Nom du variant (officiel)
- Interprétation globale du variant basée sur l'agrégation des données
- L'onglet « Variant details » résume les informations relatives au variant qui ont été
interprétés

Pathogène

L'onglet « Conditions » fournit le résumé des différentes interprétations du statut du variant en

fonction de l'indication (contexte de la maladie du patient pour lequel le test moléculaire a été
prescrit)

L'onglet « Genes » fournit un résumé des informations sur chaque gène affecté par le variant.
- La plupart des variants dans ClinVar sont courts et se situent à l'intérieur d'un seul gène.
- Les CNV peuvent affecter plus d'un gène.

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 E. Score : pour la conservation des acides aminés

Conservation au cours de l’évolution :

- Les scores positifs indiquent une conservation
- Les scores négatifs indiquent une évolution rapide
Score phyloP Visible sur Genebank
©

Score logarithmique
Classe un variant par rapport à toutes les substitutions possibles du génome humain (8,6 · 109) –
calcul statistique/ théorique :
- Score > ou égal à 10 : 10 % de substitutions les plus délétères que l’on puisse apporter au
Score CADD
génome humain
(Combined
- Score > ou égal à 20 indique les 1 % les plus délétères
Annotation
Dependent
Depletion) © Visible sur Genebank

Et bien
d’autres scores

Aujourd’hui il y a des sites qui compilent toutes ces informations (payant -> accès compliqués). Ex : varsome ou
franklin.
Selon l’enseignant, il faut seulement retenir que : « aujourd’hui, on commence à utiliser des agrégateurs qui agrège
toutes ces données ».

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 F. Exemples
1. DPYD
Un·e ophtalmologue suspecte une neuropathie optique héréditaire (NOH) chez des individus.
Confirmation par diagnostic moléculaire en explorant un panel de gènes impliqués dans les
NOH :
ACO2, ACOX1, AFG3L2, AGXT, ALG3, ANTXR1, AOX1, ASPA, ATAD3A, ATP1A3, ATXN1,ATXN7, AUH, BOLA3, BTD,
Constat C12orf65, C19orf12, CCDC88A, CISD2, CYP1B1, CYP7B1,DNAJC19, DNM1L, DNMT1, DPYD, FA2H, FDXR, FH, FIS1,
HSD17B10, IBA57, KLC2, LOXL1,LTBP2, MECR, MFF, MFN1, MFN2, MIEF1, MIEF2, MMP19, MTPAP, MYOC, NDUFS2,
NEFH,NMNAT1, NR2F1, OMA1, OPA1, OPA3, OPN1SW, OPTN, PCLO, PDHX, PDSS1, PLAA, PLP1,PMPCA, POLR3A, PRPS1,
RAB3GAP1, RPIA, RTN4IP1, SIX6, SLC19A2, SLC25A46,SLC52A2, SON, SPG7, SSBP1, TBCD, TBCE, TFG, TIMM50, TIMM8,
TMEM126A, TRAPPC12,TSFM, TUBB4A, UCHL1, VPS33A, WARS2, WDR36, WDR73, WFS1, YME1L1, ZNHIT3.
Questions La ou les variations de séquence sont-elles la cause de la maladie ?
Code génétique
Données Code des acides aminés et Notion sur les acides aminés
Séquences de référence des gène (sur les LSDB) : Minuscule non codant ; Majuscule le codant
De la séquence :
Séquence de référence du gène DPYD :
. . . . . . g.476061
gtaagtgtgatttaacatctaaaacaagagaattggcataagttggtgaatgtttattta c.1905+60
. . . . . . g.476121
aacatccaattcataggcttataaatattaatgtgtatattttattaaagaatctgccag c.1905+120

Patient :
. . . . . . g.476061
ataagtgtgatttaacatctaaaacaagagaattggcataagttggtgaatgtttattta c.1905+60
. . . . . . g.476121
aacatccaattcataggcttataaatattaatgtgtatattttattaaagaatctgccag c.1905+120

Analyse
- Nom de la mutation : c.1905+1G>A
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine : p.? (Défaut d’épissage probable car c’est le nucléotide
du début qui est touché et les premiers nucléotides sont importants pour la reconnaissance)
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM DPYD : impliqué dans maladie autosomale récessive
- Dans gnomAD – variation de séquence non pathogène - 0.569% (1,608/282,660 allèles – 9
individus homozygotes)
- Séquence très conservée (Score Phylo P – très élevé
7.43 et score CADD 0.1% - élevé)
- Classification ACMG : Considéré comme pathogène
dans le cas d’une transmission homozygote

Variant d’épissage hétérozygote c.1905+1G>A dans le gène DPYD impliqué dans le déficit en
Interprétation dihydropyrimidine déshydrogénase (MIM# 274270) qui est un syndrome neurologique récessif,
avec une possible atrophie optique, apparaissant sous l’effet toxique du 5-fluorouracile
Négatif
Variant hétérozygote dans un gène récessif : n’explique pas à lui seul la cause de la maladie
Conclusion
(peut-être mais pas sûre)
(si l variant avait été homozygote cela aurait pu l’expliquer)
Il ne faut pas apprendre le code génétique ni le code à une lettre des AA. L’enseignant donne les données à
l’examen.
12
 2. AGXT
Un·e ophtalmologue suspecte une neuropathie optique héréditaire (NOH) chez
des individus.
Confirmation par diagnostic moléculaire en explorant un panel de gènes impliqués dans les
NOH :
Constat ACO2, ACOX1, AFG3L2, AGXT, ALG3, ANTXR1, AOX1, ASPA, ATAD3A, ATP1A3, ATXN1,ATXN7, AUH, BOLA3, BTD,
C12orf65, C19orf12, CCDC88A, CISD2, CYP1B1, CYP7B1,DNAJC19, DNM1L, DNMT1, DPYD, FA2H, FDXR, FH, FIS1,
HSD17B10, IBA57, KLC2, LOXL1,LTBP2, MECR, MFF, MFN1, MFN2, MIEF1, MIEF2, MMP19, MTPAP, MYOC, NDUFS2,
NEFH,NMNAT1, NR2F1, OMA1, OPA1, OPA3, OPN1SW, OPTN, PCLO, PDHX, PDSS1, PLAA, PLP1,PMPCA, POLR3A, PRPS1,
RAB3GAP1, RPIA, RTN4IP1, SIX6, SLC19A2, SLC25A46,SLC52A2, SON, SPG7, SSBP1, TBCD, TBCE, TFG, TIMM50, TIMM8,
TMEM126A, TRAPPC12,TSFM, TUBB4A, UCHL1, VPS33A, WARS2, WDR36, WDR73, WFS1, YME1L1, ZNHIT3.
Questions La ou les variations de séquence sont-elles la cause de la maladie ?
Code génétique
Données Code des acides aminés et Notion sur les acides aminés
Séquences de référence des gène (sur les LSDB) : Minuscule non codant ; Majuscule le codant
Séquence de référence du gène AGXT:

Patient :

Analyse

➔C (avec code génétique)

- Nom de la mutation è c.697C>T
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu ? p.(Arg233Cys) = Mutation faux sens
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM : gène AGXT impliqué dans maladie autosomale récessive
- Dans gnomAD – variation de séquence non pathogène - 0.006% (14/251,410 allèles)
- Séquence peu conservée (Score Phylo P – faible 1.12 et score CADD 1% )
- Classification ACMG (ClinVar) : Considéré comme pathogène dans le cas d’une transmission
récessive
Variant faux-sens hétérozygote c.697C>T dans le gène AGXT impliqué dans l’hyperoxalurie
primaire de type 1 (MIM# 259900), caractérisée par une accumulation d’oxalate de calcium dans
Interprétation
divers tissus de l’organisme, pouvant entraîner une neuropathie optique
Ce variant est considéré pathogène dans ce syndrome
Négatif
Conclusion Variant hétérozygote dans un gène récessif : n’explique pas à lui seul la cause de la maladie
(Mutation hétérozygote dans le cas d’une maladie récessive)

13
 3. WFS1

Un·e ophtalmologue suspecte une neuropathie optique héréditaire (NOH) chez

des individus.
Confirmation par diagnostic moléculaire en explorant un panel de gènes impliqués dans les
NOH :
Constat ACO2, ACOX1, AFG3L2, AGXT, ALG3, ANTXR1, AOX1, ASPA, ATAD3A, ATP1A3, ATXN1,ATXN7, AUH, BOLA3, BTD,
C12orf65, C19orf12, CCDC88A, CISD2, CYP1B1, CYP7B1,DNAJC19, DNM1L, DNMT1, DPYD, FA2H, FDXR, FH, FIS1,
HSD17B10, IBA57, KLC2, LOXL1,LTBP2, MECR, MFF, MFN1, MFN2, MIEF1, MIEF2, MMP19, MTPAP, MYOC, NDUFS2,
NEFH,NMNAT1, NR2F1, OMA1, OPA1, OPA3, OPN1SW, OPTN, PCLO, PDHX, PDSS1, PLAA, PLP1,PMPCA, POLR3A, PRPS1,
RAB3GAP1, RPIA, RTN4IP1, SIX6, SLC19A2, SLC25A46,SLC52A2, SON, SPG7, SSBP1, TBCD, TBCE, TFG, TIMM50, TIMM8,
TMEM126A, TRAPPC12,TSFM, TUBB4A, UCHL1, VPS33A, WARS2, WDR36, WDR73, WFS1, YME1L1, ZNHIT3.
Questions La ou les variations de séquence sont-elles la cause de la maladie ?
Code génétique
Données Code des acides aminés et Notion sur les acides aminés
Séquences de référence des gène (sur les LSDB) : Minuscule non codant ; Majuscule le codant
Séquence de référence du gène WFS1 :

Patient :

➔I
- Nom de la mutation c.2072G>T
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine : p(Ser691Ile)
Analyse
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM maladie autosomale récessive ou dominant (AD/AR)
- Dans gnomAD : pas de donnée (variant rare)
- Séquence très conservée High (4.53) score phyloP et Top 1% (27.7) pour CADD score
- Classification ACMG (ClinVar) : VUS

14
 Séquence de référence du gène L2HGDH:

Patient :

- Nom de la mutation c.1004G>A

- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine : p(Arg335Gln)

Avec les BBD (informations données ici)

- Dans OMIM maladie autosomale récessive (AR)
- Dans gnomAD 0.003% (8/251,424)
- Séquence plutôt conservé Score PhyloP Very High (7.64) et Score CADD 0.1% (32)
- Classification ACMG (ClinVar): VUS

Variant faux-sens hétérozygote c.2072G>T du gène WFS1 impliqué dans les syndromes de
Wolfram (MIM# 222300) et Wolfram-like (MIM# 614296), caractérisés par l’association d’un
diabète sucré, d’une atrophie optique, d’un diabète insipide et d’une surdité.
Ce variant est classé comme VUS mais proche de Likely pathogenic et l’hérédité étant récessive
Interprétation ou dominante, il pourrait expliquer à lui seul la neuropathie optique.
Variant hétérozygote faux-sens c.1004G>A du gène L2HGDH impliqué dans l’acidurie
hydroxyglutarique (MIM# 609584), un syndrome métabolique neurologique pouvant conduire à
une atrophie optique.
Ce variant est classé comme VUS mais proche de probablement pathogène dans ce syndrome.

Positif
Conclusion Forme génétique possible de neuropathie optique dominante due au variant faux-sens
hétérozygote c.2072G>T du gène WFS1 ayant pour conséquence p.(Ser691Ile).

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 L’enseignant ne traite pas cette année les trois exemples qui suivent EN CM: CYP1B1, ACO2 et LOXL1.
4. CYP1B1

- Gène : CYP1B1
- Nom de la mutation c.1147G>A
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine ? p.(Ala383Thr) Exon 3 of 3

Analyse
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM maladie autosomale récessive (AR)
- Dans gnomAD : pas de donnée (variant rare)
- Séquence PhyloP Score : Very High (5.85) CADD Score Top 1% (26.5)
- Classification ACMG (ClinVar) : VUS

Variant de faux-sens hétérozygote c.1147G>A dans le gène CYP1B1 impliqué dans le Glaucome
de type 3A (MIM# 231300).
Interprétation
Ce variant est classé comme VUS mais proche de probablement pathogène et n’a pas été trouvé
auparavant dans la population

Négatif
Conclusion
Variant hétérozygote dans un gène récessif : n’explique pas à lui seul la cause de la maladie

5. ACO2

- Gène : ACO2
- Nom de la mutation c.220C>G
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine ? p.(Leu74Val) Exon 3 of 18

Analyse
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM maladie autosomale récessive (AR)
- Dans gnomAD 0.374% (1,055/282,256; 4 HMZ individuals)
- Séquence assez peu conservée. PhyloP Faible (0.70) Score : CADD Score Top 1% (23.2)
- Classification ACMG (ClinVar): VUS

Variant faux sens hétérozygote c.220C>G dans le gène ACO2 qui est une cause fréquente de
neuropathie optique héréditaire isolée ou syndromique, avec une hérédité récessive. Ce variant
Interprétation
est généralement classé comme VUS proche de Likely benign (LB), mais a été publié à plusieurs
reprises comme Likely pathogenic(LP) avec une hérédité récessive

Négatif
Conclusion
Variant hétérozygote dans un gène récessif : n’explique pas à lui seul la cause de la maladie

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 6. LOXL1

- Gène : LOXL1
- Nom de la mutation c.1468G>A
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine ? p.(Gly490Ser) Exon 4 of 7

Analyse
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM maladie autosomale dominant (AD)
- Dans gnomAD 0.001% (4/282,450)
- Séquence très conservée : Score PhyloP Very High (9.11) Score CADD Score Top 0.1% (31)
- Classification ACMG (ClinVar): VUS
Le variant faux-sens hétérozygote c.1468G>A du gène LOXL1 est associé à la susceptibilité au
syndrome d’exfoliation (MIM# 177650), qui est un trouble commun de la matrice extracellulaire
lié à l’âge et fréquemment associé à un glaucome chronique secondaire sévère à angle ouvert et
Interprétation à une cataracte.
Ce variant est classé comme VUS avec des scores de conservation et de pathogénicité élevés.
La maladie génétique étant dominante, ce variant pourrait à lui seul expliquer la neuropathie
optique
Positif
Conclusion Forme génétique possible de neuropathie optique dominante due au variant faux-sens
hétérozygote c.1468G>A du gène LOXL1 ayant pour conséquence p.(Gly490Ser)

L’enseignant passe directement ici.

7. SPG7

- Gène : SPG7
- Nom de la mutation c.1048C>A
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine ? p.(Pro350Thr) Exon 8 of 10

Analyse
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM maladie autosomale récessive ou dominant (AD/AR)
- Dans gnomAD 0.014% (39/281,528)
- Séquence conservée: PhyloP Very High (7.45) Score : CADD Score Top 1% (24.4)
- Classification ACMG (ClinVar): Pathogenic (dominant/ recessive)
Variant faux-sens hétérozygote c.1048C>A du gène SPG7 impliqué dans la paraplégie spastique
(MIM# 607259) et éventuellement la neuropathie optique.
Ce variant est classé pathogène avec une très grande conservation inter-espèces de l’acide aminé
Interprétation
modifié.
La maladie génétique étant récessive ou dominante, ce variant pourrait à lui seul expliquer la
neuropathie optique
Positif
Conclusion Forme génétique possible de neuropathie optique dominante due au variant faux-sens
hétérozygote c.1048C>A du gène SPG7 ayant pour conséquence p.(Pro350Thr)

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 8. SPG7 + ALG3

Séquence de référence du gène SPG7:

Patient :

➔codon stop
- Nom de la mutation c.1408C>T
Analyse - Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine? p.(Arg470*) Exon 10 of 17
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM maladie autosomale récessive ou dominant (AD/AR)
- Dans gnomAD : 0.001% (2/251,404)
- Séquence peu conservée : Low (1.41) phyloP et Top 0.1% (39) pour CADD score
- Classification ACMG (ClinVar) : pathogène (dominant/ récessif)
+
- Gène : ALG3
- Nom de la mutation c.778C>T
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu ? p.(Arg260Cys) Exon 6 of 9
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM maladie autosomale récessive (AR)
- Dans gnomAD 0.005% (14/279,956)
- Séquence PhyloP Very High (6.56) Score: CADD Score Top 1% (26.4)
- Classification ACMG (ClinVar) : VUS
Variant non-sens hétérozygote c.1408C>T du gène SPG7 impliqué dans la paraplégie spastique
(MIM# 607259) et éventuellement la neuropathie optique.
Ce variant est classé comme pathogène. La maladie génétique étant récessive ou dominante, ce
variant pourrait à lui seul expliquer la neuropathie optique.
Inter-
Variant faux sens hétérozygote c.778C>T dans le gène ALG3 impliqué dans le trouble congénital
prétation
de la glycosylation (MIM# 601110) pouvant conduire à une neuropathie optique.
Ce variant est classé comme VUS mais proche de Likely pathogenic dans ce syndrome avec une
très grande conservation inter-espèces de l’acide aminé modifié et une faible fréquence dans la
population.
Positif
Conclusion Forme génétique possible de neuropathie optique dominante due au variant non-sens
hétérozygote c.1408C>T du gène SPG7 ayant pour conséquence p.(Arg470*)

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 L’enseignant ne traite pas cette année ces quatre exemples ci-dessous EN CM: MMP19, NR2F1, LTBP2 et
FDXR

9. MMP19

- Gène : MMP19
- Nom de la mutation c.173+1G>A
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine? p.(?) Intron 2 of 8

Analyse
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM maladie autosomale dominant (AD)
- Dans gnomAD 0.082% (231/282,876)
- Séquence conservée PhyloP High (4.77) Score: CADD Score Top 0.1% (35)
- Classification ACMG (ClinVar) : VUS
Variant d’épissage hétérozygote c.173+1G>A dans le gène MMP19 impliqué dans les anomalies
du disque optique cavitaire (MIM# 611543) qui peuvent conduire à une neuropathie optique.
Ce variant est classé comme VUS mais proche de Likely pathogenic avec une forte conservation
Interprétation
inter-espèces de l’acide aminé modifié et une forte pathogénicité relative.
La maladie génétique étant dominante, ce variant peut être directement responsable de la
neuropathie optique
Positif
Conclusion Forme génétique possible de neuropathie optique dominante due au variant d’épissage
hétérozygote c.173+1G>A du gène MMP19

10. NR2F1

- Gène : NR2F1
- Nom de la mutation c.883T>C
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine? p.(Phe295Leu) Exon 2 of 3
Analyse
- Dans OMIM maladie autosomale dominant (AD)
- Dans gnomAD : pas de donnée (variant rare)
- Séquence PhyloPVery High (6.03) Score : CADD Score Top 1% (26.3)
- Classification ACMG (ClinVar): VUS
Variant faux-sens hétérozygote c.883T>C du gène NR2F1 impliqué dans le syndrome d’atrophie
optique de Bosch-Boonstra-Schaaf (MIM# 615722).
Ce variant est classé comme VUS avec une grande conservation inter-espèces de l’acide aminé
Interprétation
modifié, et n’a pas été trouvé précédemment dans la population.
La maladie génétique étant dominante, ce variant peut être directement responsable de la
neuropathie optique
Positif
Conclusion Forme génétique possible de neuropathie optique dominante due au variant faux-sens
hétérozygote c.883T>C du gène NR2F1 ayant pour conséquence p.(Phe295Leu)

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 11. LTBP2

- Gène : LTBP2
- Nom de la mutation c.4964A>G
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine? p.(Tyr1655Cys) Exon 34 of 36

Analyse
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM maladie autosomale récessive (AR)
- Dans gnomAD 0.047% (132/282,278)
- Séquence très conservée : PhyloP very High (4.90) Score : CADD Score Top 0.1% (32)
- Classification ACMG (ClinVar): VUS
Variant faux-sens hétérozygote c.4964A>G du gène LTBP2 impliqué dans le Glaucome de type 3
Interprétation
(MIM# 613086). Ce variant est classé comme VUS dans cette maladie
Négatif
Conclusion
Variant hétérozygote dans un gène récessif : n’explique pas à lui seul la cause de la maladie

12. FDXR

- Gène : FDXR
- Nom de la mutation c.916C>T
- Mutation Hétérozygote
- Quel est l’effet prévu sur la protéine? p.(Arg306Cys) Exon 9 of 12

Analyse
Avec les BBD (informations données ici)
- Dans OMIM maladie autosomale récessive (AR)
- Dans gnomAD 0.003% (7/241,968)
- Séquence PhyloP High (4.27)Score : CADD Score Top 1% (24.7)
- Classification ACMG (ClinVar): Likely pathogenic (recessive)
Variant faux-sens hétérozygote c.916C>T du gène FDXR impliqué dans un syndrome de
Interprétation neuropathie auditive et atrophie optique (MIM# 617717). Ce variant est classé comme
probablement pathogène dans ce syndrome
Négatif
Conclusion
Variant hétérozygote dans un gène récessif : n’explique pas à lui seul la cause de la maladie

L’enseignant reprendra ces notions lors du prochain TD.

A savoir :
- Les nouvelles bases de données gnomAD, score PhyloP, CADD et ClinVar
- La nomenclature : savoir nommer des mutations simples (substitution surtout) ©
- Prédire si une variation de séquence est pathogène ou non pathogène ©

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