TECHNIQUES DE BIOLOGIE
MOLÉCULAIRE ET OUTILS BIO-
INFORMATIQUE
Présentée par : Mme DAHMANI C.A
Année universitaire: 2024-2025
INTRODUCTION
• Intitulé du Master : Biochimie appliquée
• Semestre : 3
• Intitulé de l’UE : Méthodologiques
• Intitulé de la matière: Génie Génétique et outils bio-informatique
• Crédits : 4
• Coefficients : 2
Mots clés
ADN ARN Extraction
PCR Polymérase Electrophorèse
Bases de Lyse
NCBI cellulaire
données
PROGRAMME
COURS
1. Extraction d’ADN :
- Les étapes d’Extraction d’ADN et d’ARN.
- La quantification d’ADN et d’ARN
2. Amplification d’ADN :
- Les différentes phases d’amplification.
- Les applications de la PCR.
3. Séparation des fragments d’ADN par électrophorèse :
- Préparation d’un gel d’agarose.
PROGRAMME
TDs
4. Recherche et Analyse des séquences nucléiques dans une base de données :
- Définitions et bases de données
- Recherche et analyse des séquences nucléiques (ADN ou ARN) dans une base de données.
5. Utilisation de quelques logiciels de bio-informatique :
- Introduction à la bio-informatique :
- Alignement et recherche de similarité
HISTORIQUE EN BREF !
HISTORIQUE
• 1869 : Mise en évidence d’acides nucléiques (dénommés alors nucléine) biologiste suisse
Friedrich Miescher.
• 1920 : biochimiste Phoebus Levene les acides nucléiques sont constitués de nucléotides.
• 1944 : médecin Oswald Avery l’ADN est le support de l’héridité et non les protéines.
• 1953 : La structure de la double hélice par Francis Crick et James Watson qui reçurent le
prix Nobel 1962.
• 1970 : Techniques de manipulation des ADN (Génie génétique).
• 1985 : Mise en évidence de la PCR par Muller qui a reçu le prix Nobel en 1993.
EXTRACTION D’ACIDES
NUCLEIQUES
• Toute étude en biologie moléculaire ou génie génétique implique la
disposition d'échantillons d'acides nucléiques (ADN, ARN).
APPLICATIONS
• L’extraction et la purification des acides nucléiques sont les premières
étapes dans la plupart des études de biologie moléculaire dans :
1. Les techniques d’ADN recombinant.
2. Les applications médicales.
EXTRACTION D’ACIDES
NUCLEIQUES
• L’extraction varie :
• selon le type des acides nucléiques (ADN ou ARN) et
• selon le matériel de départ (cellules, organes,…).
EXTRACTION D’ACIDES
NUCLEIQUES
• Ces applications concernent l'étude de l'ADN :
• Cellules animales (humaines) ou
• Cellules végétales ou encore
• Les bactéries (chromosomes ou plasmides).
EXTRACTION D’ACIDES
NUCLEIQUES
• Toutefois, l'étude des ARN est nécessaire dans certains cas précis :
1. Quantification d'ARN viral,
2. Étude de l'expression de certains gènes dans des tumeurs (cytokines,
récepteurs...)...
EUCARYOTES
PROCARYOTES
Selon la taille ?
EXTRACTION D’ACIDES
NUCLEIQUES
• Pour les études en médecine, l’ADN est extrait à partir des :
→ Leucocytes sanguins : la source majeure d'ADN.
→ Biopsies (biopsie de villosités choriales...)
→ Cultures cellulaires (amniocytes, fibroblastes, lignées lymphoblastiques...).
EXTRACTION D’ADN
Techniques D’extraction
d’ADN
• Dans la grande majorité des cas, la technique d'extraction des
acides nucléiques doit être adaptée à :
→ L'échantillon biologique (sang, tissu…)
→ La nature du génome (nucléaire, plasmidique)
→ Aux méthodes de biologie moléculaire utilisées ultérieurement (PCR-
RFLP, RT-PCR, PCR en temps réel, séquençage...).
Techniques D’extraction
d’ADN
• Différents protocoles pour extraire l'ADN avec même principe :
1. Lyse des cellules
2. Elimination des protéines
3. Elimination des autres acides nucléiques (ARN...)
4. Concentration de l'ADN par précipitation (à l'alcool…)
1. Lyse des cellules
1. Lyse des cellules : Les procédures de lyse courantes sont les suivantes :
La rupture mécanique (broyage ou lyse hypotonique)
Le traitement chimique (lyse détergente, agents chaotropiques, réduction des
thiols)
La digestion enzymatique (protéinase K)
2. Elimination des protéines
L’extraction utilise la solubilité différentielle des molécules (acides
nucléiques /contaminant) entre deux phases non miscibles.
2. Elimination des protéines
Les principaux procédés d'extraction de l’ADN peuvent se classer en trois
principaux types :
1- Les méthodes utilisant des solvants organiques (Phénol-Chloroforme…).
2- Les méthodes utilisant des solvants non organiques (NaCl, kits commerciaux).
3- Les méthodes basées sur l'utilisation de micro-colonnes de résines échangeuses
d'ions (kits commerciaux…).
2. Elimination des protéines
• Kits commerciaux :
✓ Extractions rapides à l'aide de réactifs prêts à l'emploi proposés par un
certain nombre d’industriels
2. Elimination des protéines
Les méthodes utilisant des solvants non organiques (NaCl, kits
commerciaux).
• Le principe consiste à traiter uniquement le lysat cellulaire par une solution saline.
• L'objectif est d'éliminer par précipitation sélective les protéines.
• Différentes solutions salines ont été préconisées : par exemple, NaCl 2,5 M.
• Quelques kits commercialisés par des industriels utilisent ce procédé.
3. Elimination des ARNs
• En utilisant une enzyme RNAase.
4. Précipitation de l’ADN à l’alcool
• En présence d’alcool, les brins d’ADN se regroupent et forme une pelote non
soluble favorisant ainsi l’interaction ADN-Alcool au dépend de l’interaction
ADN-ADN.
EXTRACTION D’ADN DE TOMATE !
Protocol
Protocol
Protocol
EXTRACTION D’ACIDES
NUCLEIQUES
• ADN génomiques ou
• ADN plasmidiques ou
• ARN
• acide nucléique pur
To be continued Ω