Fonctions Graphiques avec R

Pr Roch Giorgi
[Link]@[Link]

SESSTIM, Faculté des sciences médicales et paramédicale, Aix-Marseille Université, France

[Link]
Préambule (1)
● Ce diaporama présente, de manière non
exhaustive, certaines fonctions graphiques de R

● Au-delà de la simple utilisation de fonctions,

l’objectif est de faire comprendre l’intérêt de la
production de graphiques adaptés lors de la
réalisation d’une l’analyse statistique

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Préambule (2)

Source : Data Analysis and Graphics Using R: An Example-Based Approach. Cambridge Series
in Statistical and Probabilistic Mathematics. JH Maindonald, WJ Braun. Third edition.

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Préambule (3)

« jittered » « jittered » horizontal

Source : R Graphics Cooking. Practical recipes for visualizing data. W Chang. O’Reilly,
First Edition.

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Préambule (4)

Source : R Graphics Cooking. Practical recipes for visualizing data. W Chang. O’Reilly,
First Edition.

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Préambule (5)

Selon le sexe Selon le sexe

Effet linéaire Effet souple

Source : R Graphics Cooking. Practical recipes for visualizing data. W Chang. O’Reilly,
First Edition.

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Introduction (1)
● Graphique  Visualisation
 des données
 des résultats
● Graphique  Compréhension
 de la structure des données avant leur analyse
 des résultats obtenus suite à l’analyse
● Graphique  Présentation
 simplifiée de messages pouvant être complexes
 esthétique

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Introduction (2)
● Réalisation de graphique(s)
 Une des étapes de toute analyse statistique
● Vaste types de graphiques
 Adaptés au(x) type(s) de données
 Standards et personnels
 Pour représenter au mieux ce que l’on veut
● Graphiques avec R
 Nombreuses fonctions, nombreuses options
 Nombreux packages (graphics, stats, lattice, grid,
ggplot2,…)
 Possibilités de programmer pour obtenir ses propres
graphiques souhaités
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Fenêtre Graphique (1)

> [Link](245) # Pour rendre l'exemple reproductible

> x <- rnorm(n=25, mean=10, sd=10)
> plot(x, x^2)
>
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Fenêtre Graphique (2)
● Exécution d’une commande graphique
 Si aucune fenêtre (ou périphérique) graphique n’est
ouverte
 R ouvre une fenêtre où sera affiché le graphique
 Cette dernière reste active tant qu’elle n’est pas fermée
 L’exécution d’une commande graphique fait afficher le graphique
dans cette fenêtre
Fonction Action
x11() ouverture d’une fenêtre graphique
[Link]() liste des fenêtres (périph.) ouvertes
[Link]() fenêtre (ou périph.) active
[Link](i) activation de la fenêtre (ou périph.) i
[Link](i) fermeture de la fenêtre (ou périph.) i
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Fenêtre Graphique (3)
● Divisée en régions
Fenêtre
Figure
Tracé

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Fonctions Graphiques (1)
● De haut niveau
 Créent un nouveau tracé dans la fenêtre graphique
 plot(), boxplot(),...
● De bas niveau
 Ne créent pas un nouveau tracé
 Permettent de retoucher un graphique déjà existant
 points(), lines(), title(),…
● Liées au format de sortie des graphiques
 Pour ouvrir un nouveau dispositif graphique
 x11(), jpeg(), pdf(),…
● Permettant d’interagir avec les graphiques
 Pour retoucher « à la main » un graphique
 locator(), identify()

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Fonctions Graphiques (2)
● Représentation d’une variable
Fonction Type de graphique
plot() Tracé en ordonné suivant différents
styles (points, lignes, barres,…)
hist() Histogramme
barplot() Barres
Barplot2() Barres avec intervalles
stripchart() Nuage de point à une dimension
boxplot() Boîtes à moustaches
mosaicplot() Mosaïque
qqnorm() Quantile-Quantile plot sur la loi Normale

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Fonctions Graphiques (3)
● Représentation de deux variables
Fonction Type de graphique
plot() Tracé suivant différents styles (points,
lignes, barres,…)
mosaicplot() Mosaïque
qqplot() Quantile-Quantile plot

● Données soumises à la fonction peuvent être de

différentes classes
● Type de graphique produit différent selon le
nombre et la nature des données

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Fonctions Graphiques (4)
● Utilisez la fonction plot avec 1 ou 2 données
> [Link](245) # Pour rendre l'exemple reproductible
> x <- rnorm(n=25, mean=10, sd=10) # Vecteur
> mat1 <- matrix(cbind(x, x^2), ncol=2) # matrice
> fact1 <- factor(x>0) # Facteur
> fact2 <- factor(x^2>100) # Facteur
> tab1 <- table(fact1) # Table
> tab2 <- table(fact2) # Table
> dataf1 <- [Link](cbind(x, x^2, fact1, fact2)) # data frame
> names(dataf1) <- c("x", "x.2", "fact1", "fact2")

> plot(x)
> plot(x, x^2)
> plot(mat1)
> plot(fact1)
> plot(fact1, fact2)
> plot(table(fact1, fact2))
> plot(dataf1$x, dataf1$x.2)
> plot(dataf1$x, dataf1$fact1)
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Arguments Communs de ces Fonctions (1)
Argument Action
xlim= ylim= Limites inférieure et supérieure de l’échelle sur l’axe
xlab= ylab= Légende de l’axe
main Titre du graphique
sub Sous-titre du graphique (en bas de la fenêtre, sous la légende de
l’axe des abscisses
col Couleur de remplissage
cex Valeur numérique indiquant de combien le texte et les symboles
doivent être agrandies par rapport à la valeur par défaut
font Fonte des échelles (non employé pour le titre, légendes des axes,
sous-titre)
bty Type de cadre entourant la région du tracé
pch Type de points tracés

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Arguments Communs de ces Fonctions (2)
Argument Action
[Link] Taille des valeurs pour les échelles des abscisses et des
ordonnées (1 par défaut, la valeur définie étant à multiplier par la
valeur de cex)
[Link] Taille des caractères pour les légendes des abscisses et des
ordonnées (idem que [Link] pour le multiple)
[Link] Taille des caractères du titre (idem que [Link] pour le
multiple)
[Link] Taille des caractères du sous-titre (idem que [Link] pour le
multiple)
[Link] Couleur des échelles des abscisses et des ordonnées
[Link] Couleur des légendes des abscisses et des ordonnées
[Link] Couleur du titre
[Link] Couleur du sous-titre
[Link],… Fonte des échelles (.axis), des légendes (.lab), du titre
(.main), du sous-titre (.sub)
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Fonction Graphique et Arguments (1)
● Comment obtenir ?
> [Link](245) # Pour rendre l'exemple reproductible
> x <- rnorm(n=25, mean=10, sd=10)

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Fonction Graphique et Arguments (2)
> [Link](245) # Pour rendre l'exemple reproductible
> x <- rnorm(n=25, mean=10, sd=10)
> plot(x, x^2, xlim=c(-20, 40), ylim=c(0, 1500),
+ xlab="Variable x", ylab="Variable x au carré",
+ main="Carré des valeurs",
+ [Link]=0.8, [Link]=1.2, [Link]=2,
+ bty="l", pch=16)
>

● Remarque : valeurs pour l’argument bty

 "o" (défaut), "l", "7", "c", "u", or "]" "n"
 La boîte résultante ressemble à la lettre majuscule
correspondante

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Fonction Graphique et Arguments (3)
● Comment obtenir ?
> [Link](245) # Pour rendre l'exemple reproductible
> x <- rnorm(n=25, mean=10, sd=10)

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Fonction Graphique et Arguments (4)
> [Link](245) # Pour rendre l'exemple reproductible
> x <- rnorm(n=25, mean=10, sd=10)
> plot(x, x^2, xlim=c(-20, 40), ylim=c(0, 1500),
+ xlab="Le nom de la variable \n x est écrit à la ligne",
+ ylab="Variable x au carré",
+ main="Carré des valeurs",
+ [Link]=0.8, [Link]=1.2, [Link]=2,
+ bty="l", pch=16)
>

● Remarque : utilisation de \n équivalent de la

touche « Entrée »

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Ajout d’Eléments sur un Graphique (1)
Fonction Action : Ajoute sur le graphique déjà tracé
points() des points
lines() des points reliés par une ligne
abline() une ligne droite sans limite
segments() un segment de droite
arrows() une flèche
rect() un rectangle
polygon() un polygone
legend() une légende
rug() des marques secondaires sur les axes
axis() une échelle sur l’un des côtés du graphique (en cas de suppression)
text() du texte
mtext() du texte dans les marges de la figure ou de la fenêtre graphique
title() du texte dans le titre, le sous-titre, les légendes des axes,…
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Ajout d’Eléments sur un Graphique (2)
● A partir de  comment obtenir  ?

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Ajout d’Eléments sur un Graphique (3)
> [Link](245) # Pour rendre l'exemple reproductible
> x <- rnorm(n=25, mean=10, sd=10)
>
> plot(x, x^2)
>
> lines(x[order(x)], (x^2)[order(x)])
>

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Ajout d’Eléments sur un Graphique (4)
● A partir de  comment obtenir  ?

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Ajout d’Eléments sur un Graphique (5)
> [Link](245) # Pour rendre l'exemple reproductible
> x <- rnorm(n=25, mean=10, sd=10)
>
> plot(x, x^2)
>
> arrows(x0=34, y0=1490, x1=37, y1=1490, length=0.1)
> abline(h=500)
> abline(v=0)
> legend(x=30, y=200, legend="x", pch=1)
> mtext("Texte dans la marge", side=4)
> rug(x)
>

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Paramètres Graphiques (1)
● Fenêtre graphique définie par 72 paramètres
 par()

● 66 étant modifiables
 Amélioration considérable du tracé
 cex, [Link], [Link], [Link], [Link],…
 Voir ?par

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Paramètres Graphiques (2)
● Remarque 1
 Modification des paramètres s’applique à la fenêtre active
 Doit être spécifiée avant le tracé du graphique
 S’appliquera à tout les graphiques exécutés par la suite
dans cette fenêtre

● Remarque 2
 Certains arguments de par() sont acceptés par les
fonctions graphiques
 cex est accepté par plot()
 Le changement s’appliquera alors qu’au tracé

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Paramètres Graphiques (3)
● Sauvegarde / réinitialisation des ou d’une valeur
initiale des paramètres
> # Fermer les fenêtres graphiques
> # Sauvegarde DES paramètres graphiques initiaux
> [Link] <- par([Link]=TRUE)
> # Réinitialisation DES paramètres graphique dans la fenêtre
> par([Link])

> # Fermer les fenêtres graphiques

> # Sauvegarde D’UN paramètre graphique initial
> [Link] <- par(cex=3)
> # Réinitialisation DU paramètre graphique dans la fenêtre
> par([Link])

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Paramètres Graphiques (4)
● Réinitialisation des valeurs initiales des paramètres
 Fermeture de la fenêtre graphique
 Sauvegarde des paramètres initiaux avant exécution

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Polices de Caractères (1)
● Définitions
 Police de caractères : style graphique personnalisé
 Times, Courier, Arial,…
 Fonte : regroupe les caractéristiques communes
appliquées sur les polices
 Normal, italique, gras,…
● Dans R
 19 fontes
 constituées de 7 polices (Arial, Symbol, Times New
Roman, Courier New, Century Gothic, Matisse ITC,
Wingdings)
 et styles associés (normal, gras, italique, gras & italique)

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Polices de Caractères (2)

> plot(x, x^2, xlim=c(-20, 40), ylim=c(0, 1500),

> xlab="Variable x", ylab="Variable x au carré",
> [Link]=2, [Link]=4)
>
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Couleurs (1)

Attribut Description
col Paramètre graphique modifiant la couleur des éléments tracés
colors() Liste de 657 mots (couleurs) utilisables par le paramètre col
palette() Associe des chiffres (1 à 8) à des couleurs utilisables par le paramètre
col
rgb() Fixe la couleur à l’aide des couleurs primaires red, green et blue
gray() Fixe un niveau de gris
grey() Idem
hsv() Fixe la couleur suivant sa teinte, sa saturation et sa valeur (Hue,
Saturation, Value)
rainbow() Permet de choisir n couleurs équidistantes sur le cercle de la
représentation HSV (couleurs de l’arc en ciel), ou sur un arc de cercle

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Couleurs (2)
● Selon la valeur numérique de l’argument col

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Couleurs (3)
● Comment obtenir ?

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Couleurs (4)

> # mot choisi pour l’argument col

> plot(x, x^2, pch=16, col="blueviolet")
>
> # valeurs RGB
> plot(x, x^2, pch=16, col="#8A2BE2")
>
> # numéro de couleur
> palette(colors())
> plot(x, x^2, pch=16, col=31)
>

Voir : [Link]

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Symboles
● Selon la valeur numérique de l’argument pch

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Lignes
● Selon la valeur numérique de l’argument lty

6
5
4
3
2
1
0

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Texte et Equation (1)
● Avec la fonction expression

> plot(x, y, xlab="x (kilogrammes)",

+ ylab=expression("Oxygène ("*[Link]^{-1}*.kg^{-1}*")"))
>
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Texte et Equation (2)
● Avec la fonction expression

> plot(sqrt(x^2), x^2,

+ xlab=expression(sqrt(x^2)), ylab=expression(x^2))
>
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Plusieurs Graphiques dans une Fenêtre (1)
● La fenêtre est alors divisée en plusieurs régions de
figure
● Arguments mfrow ou mfcol de par()
 Découpent la fenêtre graphique en k lignes et c colonnes
 Avec k x c régions de figures identiques (forme, surface)
 Graphique tracé en utilisant les régions
 de gauche à droite et de haut en bas : mfrow
 de haut en bas et de gauche à droite : mfcol

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Plusieurs Graphiques dans une Fenêtre (2)
> par(mfrow=c(3, 2)) > par(mfcol=c(3, 2))
> plot(…) > plot(…)

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Plusieurs Graphiques dans une Fenêtre (3)
● Fonction layout()
 Découpent la fenêtre graphique en k lignes et c colonnes
 Avec k x c régions de figures pouvant être différentes
(forme, surface)
 Graphique tracé en utilisant les chiffres indiqués dans la
matrice

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Plusieurs Graphiques dans une Fenêtre (4)
> zones <- matrix(c(1, 1, 1, 2, 3, 4), ncol=2)
> layout(zones)
> plot(x, x^2);plot(x, x^2);plot(x, x^2);plot(x, x^2)
>

1 3

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Plusieurs Graphiques dans une Fenêtre (5)
● Comment obtenir ?

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Plusieurs Graphiques dans une Fenêtre (6)

> zones <- matrix(c(1, 2, 3, 3, 4, 5), ncol=2, byrow=TRUE)

> layout(zones)
> plot(x, x^2);plot(x, x^2);plot(x, x^2)
> plot(x, x^2);plot(x, x^2)
>

> zones <- matrix(c(1, 0, 2, 2, 0, 3), ncol=2, byrow=TRUE)

> layout(zones)
> plot(x, x^2);plot(x, x^2);plot(x, x^2)
>

Voir ?layout et l’exemple « Create a scatterplot with marginal

histograms » pour le paramétrage des marges des régions de figure

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Plusieurs Graphiques dans une Fenêtre (7)
● Comment obtenir ?

30 %

70 %

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Plusieurs Graphiques dans une Fenêtre (8)
● Argument fig de par()
> par(fig=c(0, 1, 0.70, 1))
> hist(x)
> par(fig=c(0, 1, 0, 0.70), new=TRUE)
> plot(x, x^2)
>

où les valeurs de fig correspondent à xleft, xright, ybottom, ytop

(coordonnées normalisées)

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Plusieurs Figures dans un Graphique (1)
● Package lattice de R : treillis de graphes

Fonction : xyplot
Adapté de : [Link]
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Plusieurs Figures dans un Graphique (2)
● Package lattice de R : treillis de graphes

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Gérer Plusieurs Fenêtres Graphiques
● Ouverture d’une fenêtre graphique automatique
lors de l’exécution d’une fonction graphique
● R ne travaille que dans cette fenêtre
 Chaque nouvelle exécution d’une fonction graphique
écrase le graphique précédent
● Plusieurs fenêtres en même temps
 Voir diapo : Fenêtre Graphique
Fonction Description
x11() ouverture d’une nouvelle fenêtre graphique
windows() ouverture d’une nouvelle fenêtre graphique
[Link]() fermeture de toutes les fenêtres graphiques

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Exporter un Graphique (1)
● Menu de la fenêtre graphique
 Sauver sous…
● Sur la fenêtre graphique
 Clic droit de la souris, Sauver sous…, Copier comme…
● Fonctions
 jpeg(), bmp(), png(), tiff(), pdf(),…
 ?device donne l’ensemble de la liste
 Se gère comme tout périphérique dans R
 Action d’ouverture : NomFonction(file=…)
 Action de fermeture : [Link]()

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Exporter un Graphique (2)
● Fonctions (suite)
 Remarque 1
 Ces fonctions ouvrent une fenêtre graphique virtuelle
 D’où la gestion avec [Link]() et autres fonctions de gestion
graphique
 Le fichier n’est pas accessible tant que la fonction [Link]() n’a
pas été exécutée
 Remarque 2
 Création d’un fichier à l’extension souhaité
 Ecrase sans avertissement tout fichier du même nom, même
extension, même adresse

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Exporter un Graphique (3)

> jpeg(file="c:\\Etude\\Fig\\[Link]")
> plot(x, x^2, xlim=c(-20, 40), ylim=c(0, 1500),
+ xlab="Variable x", ylab="Variable x au carré",
+ main="Carré des valeurs",
+ [Link]=0.8, [Link]=1.2, [Link]=2,
+ bty="l", pch=16)
> [Link]()
>

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Package ggplot2 (1)
● A sa grammaire graphique
 Principe de base
 Séparer les données de la représentation graphique
 Diviser la représentation en éléments de base (courbes, axes,
labels,…)
 Un graphique statistique est donc une représentation, sur
un système de coordonnées, de données ayant des
objets géométriques (points, lignes, barres) et des
attributs esthétiques (couleur, forme, taille)
 Il peut aussi contenir des transformations statistiques
des données, être partitionné
● Augmente certaines performances graphiques

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Package ggplot2 (2)
> [Link](245) # Pour rendre l'exemple reproductible
> x <- rnorm(n=25, mean=10, sd=10)
> mdata <- [Link](x=x, x2=x^2) # Données dans un [Link]
>
> library(ggplot2) # Chargement de la librairie
>
> # Initialisation de l’objet ggplot
> sp <- ggplot(mdata, aes(x=x, y=x2))
>

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Package ggplot2 (3)
sp <- ggplot(mdata, aes(x=x, y=x2))

> sp+geom_point() > sp+geom_line() > sp+geom_point()+

> > + geom_line()
>

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Package ggplot2 (4)
> sp + geom_point(colour="blue") +
+ geom_line(colour="red") +
+ xlab("x") + ylab(expression(x^2))
>

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Package ggplot2 (5)
> sp + xlab("x") + ylab(expression(x^2)) +
+ geom_point(colour="blue") + geom_line(colour="red") +
+ stat_smooth(method=lm, se=FALSE, col="lightslategrey") +
+ stat_smooth(method=loess, se=FALSE, col="darkorange1")
>

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Source
● Introduction à la programmation en R. Vincent Goulet
[Link]

● Data Analysis and Graphics Using R: An Example-Based

Approach. Cambridge Series in Statistical and Probabilistic
Mathematics. JH Maindonald, WJ Braun. Third edition.
● R Graphics Cooking. Practical recipes for visualizing data.
W Chang. O’Reilly, First Edition.
● ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. H Wickham.
Springer-Verlag NY. 2009,

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