Bactériologie

et Virologie
pratique
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Nicolas Valeix, Parasitologie – Mycologie, 3e éd.

Adrien Melaye, Victoire Sadowicz, Immunologie
Sarra El Anbassi, Vincent Bianchi, Claire Duployez,
Bactériologie – Virologie, 2e édition
Maud Mehring, Estelle Menu, Toxicologie, 2e édition

Hors collection

Nicolas Picard et Vrob, Pharmacologix

Bactériologie
et Virologie
pratique
4e édition révisée

Camille Chagneau, Pauline Floch

et Christophe Pasquier
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© De Boeck Supérieur s.a., 2022

Rue de Bosquet, 7
B-1348 Louvain-la-Neuve

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manière que ce soit.

Dépôt légal :
Bibliothèque nationale, Paris : mars 2022
Bibliothèque royale de Belgique, Bruxelles : 2022/13647/047
ISBN : 978-2-8073-3941-5
 S ommaire
Abréviations générales 9

Abréviations antibiotiques et antiviraux 12

Prélèvements 15
Sérum 15
Sang : bactériémies et virémies 18
Liquide cérébrospinal (LCS) 24
Liquide de ponction 28
Urines 31
Prélèvements de la sphère ORL 35
Prélèvements de la sphère respiratoire 39
Selles 45
Prélèvements de la sphère génitale 49
Prélèvements périnataux 55
Lésions cutanées et suppurations 58
Recherche d’agents du bioterrorisme 62

Techniques usuelles d’identification et d’étude de la sensibilité 65

Diagnostic direct par culture 65
Diagnostic direct moléculaire 73
Autres diagnostics directs 77
Diagnostic indirect 78
Techniques d’étude de la sensibilité aux antimicrobiens 79

5
Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

Bactéries à Gram positif 83

Coques à Gram + 83
Staphylococcus aureus 83
Staphylocoques à coagulase négative (SCN) 87
Streptococcus pyogenes (groupe A) 89
Streptococcus agalactiae (groupe B) 92
Streptocoques du groupe milleri 95
Streptococcus pneumoniae 97
Enterococcus spp. 101
Bacilles à Gram + 105
Listeria monocytogenes 105
Corynébactéries et apparentées 108
Bacillus cereus et autres espèces non B. anthracis 112
Nocardia spp. 114

Bactéries à Gram négatif 117

Cocci à Gram - 117
Neisseria meningitidis 117
Neisseria gonorrhoeae 120
Bacilles à Gram - 123
Entérobactéries 123
Pseudomonas aeruginosa 133
Acinetobacter baumannii 137
Stenotrophomonas maltophilia 140
Vibrio spp. 142
Haemophilus influenzae 145
HACCEK 148
Moraxella catarrhalis 150
Pasteurella multocida 152
Campylobacter spp. 154
Helicobacter pylori 157
Legionella pneumophila 160
Bordetella pertussis 164

6
 S o mmair e

Bactéries anaérobies 167

Anaérobies généralités 167
Bactéries anaérobies 171
Clostridium spp. 171
Cutibacterium spp. 176

Autres bactéries 179

Mycobacterium spp. 179
Chlamydia spp. 186
Mycoplasma spp. 189
Ureaplasma spp. 189
Bartonella henselae 193
Coxiella burnetii 196
Treponema pallidum 199
Borrelia burgdorferi 203
Leptospira spp. 206
Tropheryma whipplei 209

Virus à ADN 211

Virus herpès simplex (HSV) 211
Virus de la varicelle et du zona (VZV) 215
Virus Epstein-Barr (EBV) 218
Cytomégalovirus (CMV) 221
HHV-6A / 6B / 7 225
HHV-8 227
Adénovirus 229
Virus B19 (B19V) 231
Papillomavirus (HPV) 233
Virus de l’hépatite B (HBV) 236

7
Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

Virus à ARN 241

Virus de l’hépatite A (HAV) 241
Entérovirus 244
Calicivirus 247
Virus de l’hépatite E (HEV) 249
Rotavirus 252
Virus de l’hépatite C (HCV) 254
Virus de la dengue (DENV) 258
Virus West-Nile (WNV) 261
Virus Zika (ZIKV) 263
Virus de l’hépatite D (HDV) 265
SARS-CoV-2 (Coronavirus) 267
Influenzavirus (virus grippaux) 270
Virus respiratoire syncytial (RSV) 273
Virus des oreillons 276
Virus de la rougeole 278
Virus de la rubéole 281
Virus du Chikungunya 284
Virus de l’immuno-déficience humaine (HIV) 286

8
 A bréviations générales
- négatif CMI concentration minimale inhibitrice
+ positif (d’un antibiotique)
Ac anticorps CMV cytomégalovirus (HHV-5)
ADH arginine dihydrolase CNR centre national de référence
ADN acide désoxyribonucléique COAG coagulase
Ag antigène CPAM caisse primaire d’assurance maladie
ALAT alanine aminotransférase CXCR4 un des corécepteurs du HIV-1
ARN acide ribonucléique DENV virus de la dengue
ARA arabinose DNAse désoxyribonucléase
ARS agence régionale de santé DO déclaration obligatoire
AS aérobie strict DPN diagnostic prénatal
ASAT aspartate aminotransférase EBV virus Epstein Barr (HHV-4)
ATU autorisation temporaire d’utilisation ECBC examen cytobactériologique des
crachats
B19V B19 virus
ECBU examen cyto-bactériologique des
BAAR bacille acido-alcoolo résistant urines
BCP gélose lactosée au Pourpre de ECP effet cytopathique
Bromocrésol
EDTA acide éthylène diamine tétraacé-
BCYE Buffered Charcoal Yeast Extract tique
BHRe bactéries hautement résistantes ELISA Enzyme Linked Immunosorbent
émergentes Assay
BK bacille de Koch / M. tuberculosis EIA Enzyme ImmunoAssay
BLSE bêta lactamase à spectre à spectre EM érythème migrant
étendu EN éléments nucléés
BMR bactérie multi-résistante ESC esculine (hydrolyse)
C1G céphalosporine de 1ère génération E-Test epsilomètre (CMI par bandelette)
C2G céphalosporine de 2ème génération FFP2 filtering face piece 2
C3G céphalosporine de 3ème génération GDH glutamate déshydrogénase
CAT catalase GEL gélatinase
CCR5 un des corécepteurs du HIV-1 GGT gamma glutamyl transférase
CI50 concentration inhibitrice 50 GISA Staphylococcus aureus de sensi-
CIT citrate bilité diminuée aux glycopeptides
CLED cystine-lactose-électrolyte déficient GLU glucose
CLIN comité de lutte contre les infections HACCEK Haemophilus aphrophilus/paraphro-
nosocomiales philus/parainfluenzae, Aggregatibacter

9
Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

actinomycetemcomitans, Cardio- LAMP Loop-mediated isothermal amplifi-

bacterium hominis, Capnocytophaga cation
spp., Eikenella corrodens, Kingella LBA liquide de lavage broncho-alvéolaire
kingae LCS liquide cérébro-spinal
HAV/VHA hépatite A (virus) LDC lysine décarboxylase
HBV/VHB hépatite B (virus) LGV lymphogranulomatose vénérienne
HCV/VHC hépatite C (virus) MALDI-TOF Matrix Assisted Laser Desorption
HDV/VHD hépatite D (virus) Ionisation – Time Of Flight
HEV/VHE hépatite E (virus) MAL maltose
HHV-6 Human Herpesvirus 6 MAN mannitol
HHV-8 Human Herpesvirus 8 MGG May Grunwald Giemsa
HIP hydrolyse de l’hippurate MH Mueller-Hinton
HIV/VIH Virus de l’immunodéficience humaine MNI mononucléose infectieuse
HPV Papillomavirus humains NIT nitrate
HSH homme ayant des relations NGS Séquençage de nouvelle généra-
sexuelles avec des hommes tion
HSV Human Herpes Virus 1 (HHV-1 et NO2 réduction des Nitrites
HHV-2) NSB niveau de sécurité microbiologique
HTLV Human T Lymphotropic Virus O129 composé vibriostatique
ICD infection à Clostridioides difficile ODC ornithine décarboxylase
IDR intradermo réaction OMS organisation mondiale de la santé
IF immunofluorescence ONPG ortho-nitro-phényl-galactopyrano-
IFI immunofluorescence indirecte side
Ig immunoglobulines ORL oto-rhino-laryngologie
IgA immunoglobulines de type A OX oxydase
IgG immunoglobulines de type G PCC précautions complémentaires con­
IgM immunoglobulines de type M tact
IGRA interferon γ released assay PCR Polymerase Chain Reaction
IM intra-musculaire PLP protéines liant les pénicillines
IMG interruption médicale de grossesse PNN polynucléaires neutrophiles
IND indole PYRA pyrrolidonyl arylamidase
INFγ interféron γ R résistant
INNTI inhibiteurs non nucléosidiques de RCIU retard de croissance in utero
la transcriptase inverse ROR Rougeole Oreillons Rubéole
INTI inhibiteurs nucléosidiques de la RPR rapid plasma reagin
transcriptase inverse RSV/VRS virus respiratoire syncytial
IP inhibiteurs de Protéase RT-PCR Reverse Transcriptase puis Poly-
ISC injection sous-cutanée merase Chain Reaction
IST infections sexuellement transmis- S sensible
sibles SA semaine d’aménorrhée
IV intra-veineux SAC saccharose
LAC lactose SARM Staphylococcus aureus résistant à
la méticilline

10
 A b r év iat io n s g é né r ale s

SC sous-cutané UCC unité de changement de couleur

SIDA syndrome d’immunodéficience URE urée (hydrolyse de l’)
acquise V variable
SOR sorbitol VCAT vancomycine, colistine, amphoté-
TI Transcriptase Inverse ricine B, triméthoprime (gélose)
TIAC Toxi-infection Alimentaire Collective VDRL Veneral Disease Research Labora-
TK thymidine kinase tory
TMA Transcripted Mediated Assay VP réaction de Voges-Proskauer
TNT test non tréponémique VZV Varicello Zoster Virus (HHV-3)
TROD test rapide d’orientation diagnos- WB Western Blot
tique WNV virus du Nile occidental (west nile)
TT test tréponémique XYL xylose
UFC unité formant une colonie ZIKV virus zika

PRINCIPAUX LOGOS
Aéro-anaérobie facultatif Coque à Gram −

Micro-aérophile Diplocoque à Gram − capsulé

Aérobie strict Bacille à Gram −

Anaérobie strict Bacille à Gram – incurvé

Cultivable en routine Spirille

Culture difficile Intracellulaire obligatoire

Coque à Gram + Déclaration obligatoire

Coque à Gram + amas Symétrie cubique nue

Diplocoque Gram + Symétrie cubique enveloppée

Coque à Gram + chaînettes Symétrie hélicoïdale enveloppée

Bacille à Gram + Génome à ADN

Bacille à Gram + intracellulaire Génome à ARN

11
Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

A bréviations antibiotiques
et antiviraux

β-lactamines Macrolides – Lincosamides –

Streptogramines
P pénicilline G
AM ampicilline E érythromycine
AMX amoxicilline L lincomycine
amoxicilline + CLI clindamycine
AMC
acide clavulanique PT pristinamycine
OX oxacilline
Glycopeptides
TIC ticarcilline VA vancomycine
TCC ticarcilline + acide clavulanique TEC teicoplanine
PIP pipéracilline
PTZ pipéracilline + tazobactam Fluoroquinolones
NAL acide nalidixique
CF céfalotine
OFX ofloxacine
FOX céfoxitine
CIP ciprofloxacine
CTX céfotaxime
LEV lévofloxacine
CRO ceftriaxone
MXF moxifloxacine
CAZ ceftazidime
FEP céfépime Autres antibiotiques
ATM aztréonam RA rifampicine
IMP imipénème FA acide fusidique
ERT ertapénème triméthoprime-sulfaméthoxazole
SXT
ou cotrimoxazole
MER méropénème
FOS fosfomycine
Aminosides TET tétracycline
GM gentamicine DOX doxycyline
TM tobramycine MIN minocycline
K kanamycine FU furanes
AN amikacine DPC daptomycine

12
 Ab r é vi a t io ns ant ib io t iq u es e t an t iv ir aux

Antiviraux
ACV aciclovir
CDV cidofovir
FCV famciclovir
PFA foscarnet

Lecture des tableaux de Sensibilité aux antibiotiques

Les noms des antibiotiques sont écrits avec leur sigle : voir liste
Les antibiotiques S sont surlignés en vert et les antibiotiques R sont en rouge.
Tous les phénotypes de résistance acquise ne sont pas décrits : les phénotypes rares ne
figurent pas.
L’interprétation de l’antibiogramme se fait en fonction des recommandations en vigueur
(CASFM-EUCAST).

13
 P rélèvements
1
Sérum

La sérologie consiste en la mise en évidence (test qualitatif) et/ou le dosage (test quantitatif)
d’anticorps spécifiques d’un agent infectieux donné. Le but est d’évaluer l’immunité vis-à-vis de
ce pathogène.
Les anticorps (Ac) recherchés peuvent être des IgG, des IgM ou plus rarement des IgA. Cer-
taines techniques permettent la détection de toutes les classes d’anticorps (test de dépistage,
à confirmer si positif) ; les résultats seront alors qualitatifs.
Les anticorps sont détectables au minimum 8 à 10 jours après l’infection, en pratique souvent
15 à 21 jours. Pendant ce délai, l’infection est sérologiquement inapparente (fenêtre sérolo-
gique).
1. Les IgG perdurent en général toute la vie ou décroissent très lentement. Elles
signent une immunité protectrice ou pas selon les anticorps étudiés.
2. Les IgM ne sont présentes qu’à proximité de la primo-infection (apparition pré-
coce et transitoire) ou dans certains cas lors d’une réactivation ou d’une réplication
active pour certains virus. Toutefois certaines personnes peuvent avoir des IgM
persistantes.

Les sérologies s’interprètent sur l’apparition (séroconversion), l’ascension ou la décroissance

du taux des anticorps à quelques jours ou semaines d’intervalle. Ainsi une augmentation du taux
des anticorps, notamment des IgG, objective une réinfection récente. Celle-ci doit être franche
(× 2 à × 4 en 15 jours). La conservation en sérothèque légale (–20°C) est de 1 an (3 ans si
diagnostic prénatal). Attention aux sérums ictériques ou hémolytiques.
Nous nous limiterons dans cette fiche à présenter les sérologies classiques.

15
Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

Bactériologie
Tableau 1-1 : Sérologies bactériennes effectuées en pratique courante de laboratoire

Appellations actuelles
Bactérie recherchée Technique(s) courante(s)
(et anciennes)
Treponema pallidum Sérologie syphilitique, ELISA
Ig totales (test tréponémique) VDRL : Agglutination
- VDRL (test non tréponé-
mique)
Brucella spp. Rose Bengale Test, Agglutination (Wright),
sérologie de Wright Antigène tamponné ou Rose
Bengale, IFI
Borrelia burgdorferi Sérologie de la maladie 1ère intention : ELISA
de Lyme 2ème intention : Western Blot
Legionella spp. Sérologie légionellose IFI, ELISA
Chlamydia trachomatis, Sérologie Chlamydia IFI, ELISA
Chlamydophila pneumoniae,
Chlamydophila psittaci
Coxiella spp. Sérologie fièvre Q IFI, ELISA
Mycoplasma pneumoniae Sérologie mycoplasme Fixation du complément,
ELISA
Bartonella spp. Sérologie de la maladie des IFI, ELISA
griffes du chat
Leptospira spp. Sérologie leptospirose Micro-agglutination, ELISA
(sérologie Martin-Pettit)
Francisella spp. Sérologie tularémie Micro-agglutination, IFI, ELISA
Helicobacter pylori Sérologie Helicobacter ELISA, WB

16
 1. P r élèv e me nt s

Virologie
Tableau 1-2 : Recherches d’anticorps et d’antigènes viraux effectuées en pratique courante
de laboratoire

Virus recherché Technique(s) courante(s)

IgG et/ou IgM par ELISA
Cytomégalovirus
Avidité des IgG
ELISA (IgG VCA et EBNA, IgM VCA), hémagglutination,
Epstein Barr Virus
MNI Test (PBD – Paul Bunnel Davidson)
Herpès simplex virus IgG HSV type 1+2 par ELISA
HHV-6, HHV-8 IgG par ELISA, IFI
Hépatite A IgG et/ou IgM par ELISA
IgM ou Ac anti-HBc, Ac anti-HBs, Ac anti-HBe, Ag HBs,
Hépatite B
Ag HBe par ELISA
Hépatite C Dépistage ELISA et test de confirmation
Hépatite D (agent delta) IgG ou IgM par ELISA
Hépatite E IgG et/ou IgM par ELISA
HTLV I et II Dépistage ELISA et test de confirmation
Virus ourlien (des oreillons) IgG et/ou IgM par ELISA
Virus morbilleux (de la rougeole) IgG et/ou IgM par ELISA
Virus de la rubéole IgG et/ou IgM par ELISA
VZV (varicelle zona) IgG et/ou IgM par ELISA
HIV Dépistage par ELISA et test de confirmation
Érythrovirus B19
IgG et/ou IgM par ELISA
(Parvovirus)

17
Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

Sang : bactériémies et virémies

Bactériologie
Les hémocultures sont les prélèvements de choix permettant le diagnostic des bactériémies.
Elles sont fréquemment prescrites en milieu hospitalier notamment en cas de fièvre, mais aussi
en cas de suspicion d’endocardite ou de sepsis.
Devant la gravité potentielle du pronostic tout résultat même partiel doit être transmis au clini-
cien. Ils permettront d’adapter le traitement antibiotique probabiliste.

h Bactéries à rechercher
Le sang est un liquide biologique stérile même s’il peut exister des bactériémies physiologiques
transitoires en période post-prandiale notamment.
Les bactériémies sont le plus souvent mono-microbiennes.
L’interprétation est simple si la bactérie retrouvée n’est jamais commensale de la peau. Si elle
l’est, le microbiologiste doit essayer en collaboration avec le clinicien de distinguer les contami-
nants des bactériémies vraies en tenant compte du contexte clinique et du terrain du patient.

Tableau 1-3 : Micro-organismes fréquemment retrouvés dans les bactériémies

Rôle dans
Remarque /
Micro-organisme Fréquence une éventuelle
attention particulière
contamination
Entérobactéries +++ Jamais
Patients porteurs de cathéters
Staphylocoques coagulase intravasculaires ou autres
+++ Possible
négative* dispositifs implantables
Endocardite
Staphylococcus aureus ++ Endocardite Jamais
Anaérobies stricts ++ Rare
Streptococcus pneumoniae +/− Jamais
Streptocoques
+/- Jamais
β-hémolytiques

18
 1. P r élèv e me nt s

Rôle dans
Remarque /
Micro-organisme Fréquence une éventuelle
attention particulière
contamination
Streptococcus du groupe
+/− Endocardite Possible
viridans
Haemophilus influenzae +/- Jamais
Enterococcus spp. + Endocardite Jamais
Corynebacterium spp. + Fréquent
Bacillus spp. +/− Fréquent
Cutibacterium acnes + Fréquent
Pseudomonas aeruginosa - Patients immunodéprimés Jamais
Listeria monocytogenes - Femmes enceintes, sujet âgé Jamais
Neisseria meningitidis - Meningococcémie gravissime Jamais
Brucella spp. - Endocardite Jamais
Campylobacter spp. - Jamais
HACCEK - Endocardite Rare
Pasteurella spp. - Morsure Jamais
* Les staphylocoques à coagulase négative sont parfois à tort considérés comme des contaminants. Cette interprétation doit tenir
compte du contexte (patient porteur de matériel étranger).

h Prélèvement
Le volume de remplissage des flacons est un élément critique. Chez l’adulte un volume de 8 à
10 mL par flacon est à prélever. Chez le nourrisson, le volume est à adapter au poids (flacon
pédiatrique).
Les hémocultures doivent être prélevées avec certaines précautions. Il faut ainsi effectuer une
détersion de la peau au savon suivie d’une antisepsie rigoureuse.
Il existe plusieurs types de flacons à hémocultures de différents fabricants. Ils contiennent tous
une résine adsorbant les cations ou du charbon activé neutralisant l’action des antibiotiques.
On utilise un jeu de deux flacons aérobie et anaérobie dont la composition est la suivante :
– aérobie : atmosphère ambiante avec différentes quantités de CO2 ajouté
– anaérobie : CO2 + N2
L’ensemencement est effectué directement dans les flacons lors du prélèvement.
Il ne faut pas pré-incuber les hémocultures dans une étuve avant leur transfert dans un auto-
mate d’hémoculture.

19
Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

2 protocoles de prélèvements :
– unique : 4 à 6 flacons en 1 prélèvement
– multiples : 2 à 3 ponctions de 2 flacons en 2 à 3 prélèvements

h Prise en charge de l’échantillon au laboratoire

Les flacons sont placés dans un automate à 35 °C au minimum 5 jours. En cas de suspicion
d’endocardite, l’incubation peut être prolongée à 10-15 jours. Ils possèdent à leur base un
détecteur colorimétrique incorporé. Ce détecteur est sensible à l’abaissement du pH et donc à
la production de CO2 lors de la pousse bactérienne. Le virage de couleur est détecté par
réflectométrie ou fluorescence sur l’automate. Celui-ci effectue plusieurs lectures par heure. En
cas de positivité détectée par l’automate, les étapes suivantes seront effectuées :
Examen direct
Donne une première indication au clinicien et peut orienter le choix des milieux de culture et de
l’atmosphère d’incubation.
Gram : réalisé en systématique. Attention une bactérie peut avoir un aspect déroutant (exposi-
tion aux antibiotiques).
État frais : pour la mobilité de certaines bactéries.
Technique d’ensemencement
Homogénéiser par retournements successifs le flacon puis prélever une goutte de bouillon sous
poste de sécurité microbiologique. Effectuer ensuite une subculture sur
– gélose au sang cuit de type polyvitex® sous CO2 à 35 ± 1 °C
– gélose au sang en anaérobiose à 35 ± 1 °C
– si suspicion de Campylobacter à l’examen direct, une gélose au sang en atmos-
phère microaérobie à 35 ± 1 °C.
L’incubation des boîtes doit être poursuivie pendant 5 jours.
Il existe des protocoles permettant l’identification en spectrométrie de masse directement à
partir du flacon d’hémoculture.
Dans certains cas, un antibiogramme par diffusion peut être réalisé directement à partir des
flacons.

20
 1. P r élèv e me nt s

Tableau 1-4 : Conduite à tenir devant la positivité d’hémoculture(s)

Cas Bactérie Conduite à tenir

Plusieurs hémocul-
tures positives avec Quelle qu’elle soit Bactériémie vraie
une même bactérie
Bactérie n’appartenant
pas à la flore cutanée
Bactériémie vraie
ou aux potentiels
contaminants
Bactérie rarement
retrouvée dans la flore À considérer comme une bactériémie vraie
cutanée ni potentiel après discussion avec le clinicien
Une seule hémo- contaminant
culture positive sur
la série Discussion avec le clinicien
Si la même bactérie est retrouvée au
niveau d’un foyer infectieux ou de la porte
Bactérie d’entrée elle pourra être considérée comme
de la flore cutanée ou responsable
potentiel contaminant
Ex : S. epidermidis sur un cathéter ou sur
autre matériel (valve), sinon évoquer une
contamination
Plusieurs hémocul-
tures positives avec
plusieurs espèces
Toute bactérie Bactériémie vraie
bactériennes. Terrain
de débilité ou foyer
digestif
Absence de bactériémie (bactéries classiques) si les conditions de
prélèvement et de transport ont été optimales
Toutes les hémocul- Bactérie de pousse impossible sur les géloses (Coxiella, Bartonella, …)
tures sont négatives Si le patient était sous antibiotiques, la culture a pu être décapitée.
Si le volume de remplissage des flacons est insuffisant, baisse de la
sensibilité de l’examen.

Cas particulier des suspicions d’infections sur dispositifs intra-vasculaires

La bactériémie peut avoir pour origine un dispositif intravasculaire (cathéter, piccline, chambre
implantable…), colonisé par des bactéries le plus souvent d’origine cutanée. Toutes les bac-
téries peuvent être retrouvées.

21
Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

Les plus fréquentes sont : Staphylocoques à coagulase – ; Staphylococcus aureus, Entérobac-

téries, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter spp.
Les Staphylocoques à coagulase –, par leur capacité à fabriquer du biofilm, peuvent adhérer
sur du matériel.
En plus des hémocultures classiques, différents arguments peuvent orienter le clinicien pour
incriminer le dispositif invasif en plus des signes locaux et de l’absence d’autre foyer :
• la réalisation d’une analyse comparée entre des hémocultures prélevées en péri-
phérie et sur le dispositif positives, au même moment, au même micro-organisme
Un délai de positivité au moins 2 h plus précoce pour les hémocultures prélevées sur le cathé-
ter par rapport aux hémocultures périphériques est en faveur d’une infection originaire du
dispositif. Néanmoins l’interprétation du délai de pousse doit être soumise à précaution car
dépendante de nombreux paramètres pré-analytiques non maîtrisables (volume inoculé, moment
du prélèvement, acheminement trop long…). Il existe des techniques quantitatives mais difficiles
à mettre en place.
• la culture du cathéter, l’écouvillonnage de la loge ou le rinçage de la chambre
implantable…
L’embout du cathéter (5 cm de la partie distale) sera mis dans un flacon stérile et le délai
d’arrivée au laboratoire devra être inférieur à 2 h. Il est mis dans 1 mL de sérum physiologique
et une gélose au sang est ensemencée avec 100 µL. La colonisation est significative si ≥ 103
unités formant colonies (UFC) /mL, à interpréter en fonction de la présence d’une bactériémie
et du contexte clinique.

Virologie
La présence de virus ou d’antigènes viraux dans le sang n’a pas du tout la même signification
pronostique qu’une bactériémie. En effet, beaucoup de virus peuvent se trouver transitoirement
ou non dans la circulation générale en absence de symptomatologie.

h Conditions de prélèvement et techniques de recherche

• Quantification des génomes viraux sur sang total ou plasma +++
Le prélèvement est réalisé sur tube EDTA, acheminé à température ambiante dans les 12 h au
laboratoire. Les recherches s’effectuent selon les cas sur plasma, cellules ou sang total. Les
techniques de PCR ou TMA utilisées sont qualitatives ou quantitatives (charges virales). Elles
permettent ainsi un diagnostic et le suivi de l’évolution de la charge virale en particulier sous
traitement.

22
 1. P r élèv e me nt s

• Isolement viral
Le prélèvement est effectué sur tube hépariné, citraté ou plus rarement EDTA. Le transport
jusqu’au laboratoire doit être à température ambiante rapide et ne pas excéder 2 h.
Le type de culture cellulaire utilisée dépend du virus recherché. Pour les virus présents dans les
cellules mononucléées, il est possible d’augmenter la sensibilité de la recherche en effectuant
une séparation des cellules. Elle s’effectue par centrifugation sur un gradient de densité (type
Ficoll®) qui permet de collecter l’anneau leucocytaire.
• Antigénémies
Les principaux antigènes viraux recherchés dans le sang le sont pour le VHB (Ag HBe ou
Ag HBs).

h Virus recherchés
Tableau 1-5 : Principaux virus recherchés dans le sang et techniques utilisées

Technique de recherche
Virus
PCR Antigénémie Culture cellulaire
Adénovirus Oui (plasma) non possible
Cytomégalovirus Oui (sang total) possible possible
Entérovirus Oui (plasma) non possible
Epstein Barr Virus Oui (sang total) non possible
Virus de l’hépatite B Oui (plasma) oui (Ag HBs et HBe) non
Virus de l’hépatite C Oui (plasma) possible non
Virus de l’hépatite E Oui (plasma) non non
HIV Oui (plasma) oui ± (p24) difficile
Erythrovirus B19 non non
Oui (plasma)
(Parvovirus)
BK/JC Virus Oui (plasma) non non

23
Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

Liquide cérébrospinal (LCS)

En raison de l’engagement du pronostic vital, l’examen cytobactériologique et/ou virologique du

LCS s’impose devant toute suspicion de méningite.

h Bactéries et virus à rechercher

Le LCS est un liquide stérile. Ainsi une présence d’un micro-organisme est anormale quel
qu’il soit.

Tableau 1-6 : Différents micro-organismes responsables de méningites

Jeune Adulte
Enfant
Adulte et enfant Nouveau-né
< 5 ans
> 5 ans
Neisseria meningitidis + +++ ++
Streptococcus
++++ + +
pneumoniae
Streptococcus
++++
agalactiae
+++
Escherichia coli
(souvent K1)
+
Listeria monocytogenes +++
> 60 ans
Haemophilus influenzae ±
HSV-2 + ++
HSV-1 ++ +
Enterovirus ++ +++
Autres bactéries en Borrélia, Syphilis,
fonction du contexte : mycobactéries…
VZV, CMV, HHV-6,
Autres virus, en
HIV, poliovirus, v. Oreillons
fonction du contexte :
rougeole…

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 1. P r élèv e me nt s

Dans le cadre de méningites nosocomiales (liquide de dérivation…) toutes les bactéries

peuvent être retrouvées, y compris celles de la flore cutanée (Staphylocoques, Cutibacterium
acnes…).

h Prélèvement
Le LCS doit parvenir au laboratoire le plus rapidement possible en raison de la fragilité de cer-
tains micro-organismes et de la gravité potentielle du diagnostic.

h Prise en charge de l’échantillon au laboratoire

L’examen doit être réalisé en urgence.
• Cytologie et examen direct
Aspect macroscopique
Eau de roche, clair, eau de riz, trouble, purulent, hématique ou hémolysé
Numération cellulaire
La numération est effectuée immédiatement. Le nombre d’éléments nucléés (EN) est inférieur
à 5 par mm3. Chez le nouveau-né, il peut s’élever jusqu’à 30 EN par mm3. En cas d’anomalie,
il faut effectuer une formule après cytocentrifugation et coloration au MGG. Les résultats et les
orientations diagnostiques sont explicités dans le tableau ci-dessous.
• Examen biochimique du LCS
La glycorachie et la protéinorachie sont utiles en urgence.
La chlorurorachie est comprise entre 120 et 130 mmol/L, la protéinorachie entre 0,15 et
0,30 g/L et la glycorachie entre 2,5 et 3,5 mmol/L. Cette valeur est à comparer avec la gly-
cémie sanguine. On estime que la glycorachie est comprise entre la moitié et les deux tiers de
la glycémie.
L’hypoglycorachie est un signe très spécifique de méningite bactérienne (dont tuberculeuse) ou
mycosique : un taux de glucose inférieur à 50 % de la glycémie ou inférieur à 2,2 mmol/L doit
être considéré comme pathologique.
Les hyperprotéinorachies entre 1 et 5 g/L voire plus, sont habituelles en cas de méningites
bactériennes (y compris la méningite tuberculeuse), en revanche, au cours des méningites
virales ou de diverses affections neurologiques, l’augmentation de la protéinorachie reste sou-
vent modérée (< 1 g/L).

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Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

• Examen direct bactériologique

L’examen direct doit se faire après cytocentrifugation et coloration de Gram.

Tableau 1-7: Interprétation des résultats biologiques sur LCS

Hyper-
Hypo- Examen Orientation
Aspect Cytorachie protéino-
glycorachie direct diagnostique
rachie
Sanguine (envi-
PL traumatique
Hémor- ron 1 EN Proche Proche
– ou hémorragie
ragique pour 1000 sang sang
méningée
hématies)
Listeria,
> 10 EN/mm3
Mycobacterium
Clair à Prédominance
++ + +/− ou méningite
trouble lymphocytaire
bactérienne
ou panachée
débutante
Clair à > 10 EN/mm3
Étiologies virales :
trouble Prédominance - + -
entérovirus, HSV…
lymphocytaire
Étiologies
> 500 EN/mm3 bactériennes : N.
Trouble ou meningitidis
Prédominance +++ ++++ +*
purulent
polynucléaires S. pneumoniae
…
* souvent négatif après traitement antibiotique.

• Examen bactériologique du LCS

Culture
Les géloses suivantes sont ensemencées :
– gélose au sang cuit de type polyvitex® sous CO2 à 35 ± 1 °C
– gélose au sang sous CO2 à 35 ± 1 °C
– bouillon d’enrichissement (cœur-cervelle ou Schaedler) à 35 ± 1 °C
La pousse bactérienne doit être vérifiée quotidiennement et toute colonie suspecte identifiée.
Un antibiogramme doit être systématiquement effectué.
Durée d’incubation : 5 jours, doit être prolongé dans le cas des prélèvements de neuro­
chirurgie.

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 1. P r élèv e me nt s

Recherche d’antigènes dans le LCS

La recherche d’antigènes solubles est possible pour Streptococcus pneumoniae.
Biologie moléculaire
Un diagnostic par biologie moléculaire peut être effectué. Il peut être utile en cas de méningite
décapitée, si antibiothérapie préalable. Il permet également de déterminer rapidement le séro-
groupe de Neisseria meningitidis. Ces techniques sont de plus en plus réalisées en routine, car
elles permettent un rendu de résultat plus rapide qu’une culture classique. Il existe des tech-
niques de PCR multiplex dans le cadre d’approches syndromiques.
Examens complémentaires
Quelle que soit l’étiologie, il est important de réaliser des hémocultures. En cas de méningite à
Neisseria meningitidis accompagnée de lésions de purpura il peut être intéressant de prélever
ces lésions. En effet, ce prélèvement reste généralement positif quelques heures après la
négativation du LCS sous antibiothérapie adaptée.
• Examen virologique du LCS
Le plus souvent, la recherche de virus dans le LCS se fait par biologie moléculaire (PCR, TMA).
Le délai d’acheminement doit être inférieur à 6 h. Un stockage à 4 ± 2 °C voire à – 80 °C
peut être envisagé si le délai de prise en charge est plus long.

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Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

Liquide de ponction

Les liquides de ponction sont stériles. Ainsi tous les micro-organismes retrouvés dans ces
liquides doivent être identifiés.
L’analyse est cytobactériologique et comporte la numération et la formule des éléments nucléés
Les liquides de ponctions qui seront traités sont :
– Liquide pleural
– Liquide d’ascite
– Liquide péricardique
– Liquide péritonéal
– Liquide articulaire

h Bactéries et virus à rechercher

Toutes les bactéries isolées de ces échantillons sont potentiellement pathogènes. Toutefois,
certaines sont plus fréquemment retrouvées.
• Liquide pleural
Noter l’aspect macroscopique (purulent, chyleux, séro-hématique, trouble, citrin), et le taux de
protéines (< 30 g/L : transsudat, > 30 g/L : exsudat, en faveur d’une infection ou d’une patho-
logie tumorale).

Tableau 1-8 : Bactéries responsables de pleurésies

Pleurésies bactériennes
Pleurésies atypiques Pleurésies tuberculeuses
communes
Streptococcus pneumoniae Legionella spp. Mycobacterium tuberculosis
Haemophilus influenzae Chlamydophila spp.
Staphylococcus aureus Mycoplasma spp.
Éventuellement anaérobies
Entérobactéries
Autres streptocoques

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 1. P r élèv e me nt s

• Liquide d’ascite
L’infection du liquide d’ascite est l’une des complications infectieuses les plus fréquentes chez
le cirrhotique surtout lorsque le taux de protéines est < 10 g/L d’ascite.
Une infection du liquide d’ascite est possible pendant la tuberculose.

Tableau 1-9 : Bactéries responsables d’infection du liquide d’ascite

Bactéries fréquemment isolées

Bacilles à Gram négatif (+++) Coques à Gram positif (+)
Entérobactéries Streptococcus spp.
Enterococcus spp.
Staphylococcus spp.
• Liquide péricardique
Les étiologies sont fréquemment virales (entérovirus en particulier).

Tableau 1-10 : Bactéries responsables d’infections du liquide péricardique.

Bactéries fréquemment isolées

Staphylococcus spp.
Streptococcus spp.
Streptococcus pneumoniae
Entérobactéries
Coxiella burnetti

• Liquide péritonéal
Il faut différencier les péritonites primitives des péritonites secondaires à une perforation d’organe,
à un kyste ou un abcès et surtout une intervention chirurgicale.
Bactéries responsables de péritonites : ce sont principalement les bactéries de la flore digestive
(Enterobacteriaceae, Anaérobies, Enterococcus spp.).

• Liquide articulaire
Il faut différencier les arthrites septiques primitives de celles secondaires à une infection sur
prothèse.

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Ba c t ériol ogie et vi r ol ogi e p r a ti q u e

Tableau 1-11 : Bactéries responsables d’infection du liquide articulaire

Arthrites septiques primitives Arthrites septiques secondaires

Staphylococcus aureus Staphyloccocus spp. (souvent multirésistants)
Streptococcus spp. Toutes bactéries possibles
Neisseria gonorrhoeae
Neisseria meningitidis
Kingella kingae (enfant)
Entérobactéries
Mycobacterium spp.
Toutes bactéries possibles

h Prélèvement
Il faut privilégier le prélèvement et le transport dans un flacon hermétique sans bulle d’air ou
ensemencement de flacons d’hémocultures (essentiels pour ascite, pleural, articulaire). Certaines
bactéries qui peuvent être retrouvées dans ces prélèvements sont particulièrement fragiles. Le
transport au laboratoire doit être le plus rapide possible.

h Prise en charge de l’échantillon au laboratoire

• Cytologie et examen direct
Pour ces liquides, un examen cytobactériologique est obligatoire sauf pour les liquides périto-
néaux : numération des éléments nucléés, formule leucocytaire, hématies et recherche de
cristaux (liquide articulaire). Un examen direct par coloration de Gram doit être réalisé après
cytocentrifugation.
• Ensemencement
Les milieux suivants sont ensemencés.
– gélose au sang sous CO2 et en anaérobiose
– gélose au sang cuit de type polyvitex® sous CO2
– mettre l’échantillon, si ce n’est déjà fait, en culture dans des flacons à hémocultures
aérobie et anaérobie
– bouillon d’enrichissement
Incubation : 5 jours, pour les liquides articulaires minimum 15 jours.
Pour les liquides péritonéaux, l’ensemencement de géloses sélectives et/ou chromogènes peut
faciliter l’isolement des pathogènes (prélèvements fréquemment plurimicrobiens).

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Notes
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