Introduction

La pathologie végétale, ou phytopathologie ou phytiatrie, est la science qui étudie

les maladies des plantes, qui constituent un maillon indispensable de la chaîne alimentaire.
Elle a comme objectif c’est la production de denrées alimentaires et de fourrages qui
satisfasse aux critères de sécurité et de qualité élevés et aussi la protection de l’environnement
et la durabilité de la production.
Les maladies des plantes soient :
 infectieuses (biotiques) causées par:
champignons, bactéries, virus, viroïdes, phytoplasmes, protozoaires, nématodes et plan
tes parasites.
 No infectieuses causées(abiotiques) par :
Températures trop basses ou trop hautes, manque d’un élément nutritif …
Ces maladies diminuent la valeur sélective des plantes mais aussi leur rendement agricole en
touchant la production et la valeur ajoutée des produits en entrainant une perte économique
considérable
Les champignons phytopathogènes sont la principale cause de maladies chez les plantes qui
peuvent être attaquées avant et après la récolte, ces champignons sont responsables d'environ
70 % des maladies des plantes cultivées ,et qui sont des espèces parasites qui provoquent des
maladies cryptogamiques chez les plantes. Ces champignons appartiennent aux différents
groupes du règne des eumycocètes ou « champignons vrais » : ascomycètes, basidiomycètes,
chytridiomycètes, zygomycètes et deutéromycètes (champignons imparfaits). Les agents
pathogènes responsables de maladies cryptogamiques comprennent aussi des protistes :
plasmodiophoramycètes, dont les genres les plus importants sont Plasmodiophora et
Spongospora, et oomycètes, qui comprennent notamment la famille des Peronosporaceae
(agents des mildious).
L'infection des plantes par un champignon phytopathogène se déroule selon un processus,
appelé « cycle de la maladie », dont la complexité varie selon les espèces, mais qui comprend
toujours un certain nombre d'étapes obligatoires (contamination, pénétration, infection,
incubation, invasion, reproduction, dissémination et conservation). Les champignons
phytopathogènes sont capables d'infecter n'importe quel tissu à n'importe quel stade de
croissance de la plante, en suivant un cycle biologique complexe qui peut comporter des
stades de reproduction sexuée ou asexuée.
La détection et l’identification (la finalité du diagnostic) des agents pathogènes à l’origine
des symptômes observés est un élément essentiel dans la lutte contre les maladies des plantes.
Pour valider les hypothèses qui sont formulées à partir des données visuelles ou orales,il
existe plusieurs techniques de laboratoire qui permettent de valider ces hypothèses
 Méthodes moléculaires
On met en évidence Une à plusieurs séquences nucléiques de l’agent pathogène.
 Méthodes immunologiques
 On met en évidence Un à plusieurs antigènes spécifiques à cet agent pathogène.
 Méthodes biologiques
L’agent pathogène lui-même est :
-Observable directement sur le végétale malade.
-observable après sa mise en culture sur un milieu artificiel.
- l’agent pathogène est non cultivable (parasite obligatoire)

-Lors de ce TP on a travaillé uniquement par les méthodes biologiques

 Postulat de koch

PRINCIPE

Après désinfection (élimination des champignons non pathogènes à la surface des

végétaux), les organes contaminés sont déposés dans une boîte de Petri afin que les micro-
organismes se développent. Une semaine à 10 jours après dépôt, plusieurs colonies de
champignons sont observables. Elles sont mises en culture dans des boîtes de Petri séparées.
Une fois les différentes souches de champignons isolées et purifiées, une observation au
microscope optique est effectuée. La ou les souches suspectes sont alors inoculées sur une
plante saine (la même que la plante infectée) et les symptômes de la maladie sont observés.
Si les symptômes développés par la plante sont les mêmes que les symptômes que
présentait la plante de départ, le champignon est isolé une seconde fois et observé au
microscope optique à nouveau. Si le champignon observé est le même que la souche
suspecte de la première observation, il est déclaré responsable de la maladie et de ses
symptômes.

 Les étapes de postulat de koch

I-isolement de l’agent pathogène

Protocole de prélèvement des échantillons

• les organes végétaux contaminés sont conserver au frais, à 4°C, et envoyer le plus vite possible
(dans les 24h suivant le prélèvement) dans du papier journal afin de les garder au frais et d’éviter
qu’ils soient abimés lors du transport au laboratoire pour réaliser un bon travail.

1-materiels végétales
-Mandarine

Hypothèse : Penicillium digitatum

ou Penicillium italicum

Observation :

Spores de couleur vert c’est Penicillium digitatum

Spores de couleur bleu c’est Penicillium italicum

-Féverole

Hypothèse :Anthracnose causée par :

Ascochyta fabae
Observation :Les semences infectées à leur tour, présentent des taches circulaires
[Link] les lésions les plus âgées, apparaissent, au centre, des pycnides.

- les feuilles de néflier

Hypothèse :Sclerotium coffeicola

Observation : des taches rondes concentriques en forme de cible sur les feuilles contaminées.

-les grains de blé

Hypothèse : Aspergillus ou Alternaria

Observation : une teinte noirâtre au niveau de l’extrémité de la graine
-la banane

Hypothèse : Anthracnose de la banane causée par

Colletotrichum musae

Observation : tâches concaves brun sombre à noires

-les feuilles du blé

Hypothèse : La septoriose du blé causé par :

Septoria tritici
Observation : des tâches parallèles, qui prennent une apparence brune et nécrotique et il y a
des petits points noirs sont des pycnides

2-protocle expérimental
Sous des conditions stériles le protocole a été réalisé l’isolement comme suit :
-pour chaque échantillon on a découper les parties qui présentent les symptômes surtout les
bordures des tâches là où il y a la fructification et le mycélium des champignons bien développés

-dans une Erlenmeyer qui contient 2 / 3 d’eau et 1/3 de l’eau de javel on a posé ces parties
infectées, pour réaliser la désinfection superficielle pendant une minute

-on a rincer successivement ces parties 2 fois dans deux erlens qui contiennent de l’eau distillée
(pour ne pas toucher les spores du champignon)

-le séchage dans le papier Buvard pour éliminer l’excès de l’eau

-les parties sont posées dans le milieu PDA (Potato dextrose agar) pour le développement du
champignon.

-incubation à température ambiante pendant 2 jrs

II-la multiplication
Pour propager l’agent pathogène sur d’autres boites de PDA

Protocole expérimentale
On a continué le travail avec la mandarine quand on a soupçonné qui elle a touchée par le
Penicillium.

Dans des conditions stériles (à côte du bec benzène) on a réalisé les étapes suivantes :

-dans une boite de pétri qui contient la culture pure du penicillium on a ajouté 10 ml de l’eau distillée
pour récupérer les spores de ce champignon à l’aide d’un étaloir

- on a ajouté 10ml de l’échantillon quand na récupérer dans une Erlenmeyer contenant 90ml d’eau
distillée

-on a réalisé une série de dilution dans des tubes stériles :

1ml de l’échantillon

Solution mère 9ml d’eau distillée 9ml d’eau distillée 9ml d’eau distillée 9ml d’eau
1 1 3
distillée 10−¿ ¿ 10−¿ ¿ 2 10−¿ ¿
4
10−¿ ¿
-passage dans le vortex

-on à prélever 1ml de tube de 10−¿3 ¿ et 10−¿ 4 ¿ et on a ensemencer sur le milieu PDA

-incubation

III-inoculation
On prend une mandarine saine et on inocule l’agent pathogène

Si les symptômes développés par ce fruit sont les mêmes que les symptômes que présentait
la mandarine de départ, le champignon est isolé une seconde fois et observé au microscope
optique à nouveau. Si le champignon observé est le même que la souche suspecte de la
première observation, il est déclaré responsable de la maladie et de ses symptômes.

Les maladies de post récolte

-La mauvaise gestion des activités de post-récolte comprenant le nettoyage, le lavage, la

sélection, le tri, la désinfection, le séchage, le conditionnement , le stockage , la récolte elle-
même, la manutention, la transformation, le conditionnement, le transport et
la commercialisation. peuvent donc créer des points d'entrée pour les moisissures et les
bactéries et augmenter les pertes d'eau et accélérer le rythme respiratoire , par conséquent
l’apparition des maladies chez les fruits et les légumes , entrainent des pertes et aussi
un gaspillage de nourriture, mais elles représentent également une perte parallèle d'effort
humain, d'intrants agricoles, de moyens de subsistance, d'investissements et de ressources
rares comme l'eau
Les facteurs environnementaux favorisant le développement des moisissures

 L’humidité
L’eau est le solvant permettant les échanges de substance avec l’environnement. La phase
de germination des moisissures nécessite un apport d’eau plus important par rapport à la
phase de développement ou de croissance. À partir d’une humidité relative de 60-65%1 , il y
a un risque de germination. Une fois la germination enclenchée, le processus de
développement peut se poursuivre à des taux d’humidité relative inférieurs à 60%. La
croissance de la moisissure ralentit aux environs de 30% d’humidité relative. Plus l’air est
chaud, plus il peut retenir de l’eau sous forme de vapeur. Dans cet ordre d’idées la situation
sera, par exemple, plus grave pour 65% HR si la température est à 22°C que si elle est à 15°C.
 La température
La plupart des espèces de moisissures se développent dans une gamme de température
comprise entre 4 et 40°C. La valeur idéale pour leur développement se situe entre 24 et 30°C.
Des températures inférieures à 20°C ralentissent de façon sensible la vitesse de croissance et
à 0°C les réactions biochimiques sont presque toutes arrêtées. Le développement de
moisissures résultera principalement de l’interaction entre une forte humidité et une chaleur
élevée

 Les nutriments :

le Carbone et l’Azote, sous forme de composés organiques

 des ions minéraux tels K et Mg, mais en quantités moindres

L’oxygène

les moisissures nécessite donc la présence de l’oxygène ( aérobies)

 le pH du milieu.

les moisissures peuvent ajuster le pH du milieu

l’optimal pour le développement se situe entre 4 et 8, mais leur minimum est entre 1 et 4 et
leur maximum entre 8 et 14.

 Développement des moisissures

 Les hyphes, appliquées sur le substrat ou parfois immergées dans celui-ci, vont à la recherche
de leur aliments : dégradent le support par émission d'enzymes et d'acides, en transforment
les composants à l'intérieur de la cellule, rejettent les déchets à l'extérieur, ou les stockent

 La colonisation du substrat est réalisée par l’extension et la ramification des hyphes qui
s'effectue par le sommet, ou apex (croissance terminale).

 A l’apex s'effectue l'essentiel des réactions de synthèse et dégradation du métabolisme dit

"primaire", indispensable à la construction de la cellule du champignon.

 Les produits du métabolisme "secondaire" sont plutôt stockés en région subapicale. Les
métabolites secondaires les plus connus sont les pigments, les antibiotiques, les
mycotoxines...

 Ex: l’aflatoxine produite par La moisissure Aspergillus flavus contamine en particulier le maïs
et les arachides, mais aussi d’autres céréales, des graines oléagineuses et des épice.

  cancers du foie, réduit l’absorption de substances nutritives et affaiblit le système

immunitaire et entraîne des troubles du développement et de la croissance chez
l’enfant

-Les pratiques de post-récolte comprennent la gestion et le contrôle de variables telles que la

température et l’humidité relative*, la sélection et l’utilisation de conditionnements* et l’application
de traitements supplémentaires* comme par exemple les [Link] d’éliminer les
éléments indésirables, d’améliorer l’aspect du produit, et d’assurer sa conformité avec les normes de
qualité établies pour les produits frais et transformés.
 Pourriture GRISE DES FRUITS ET LEGUMES
1- Introduction :::::::::
La pourriture grise est une maladie cryptogamique due au champignon Botrytis cinerea

elle a aussi la caractéristique de pouvoir se développer sur de la matière vivante et en

particulier des fleurs (ex : rosier) ou des fruits charnus (ex : la tomate , le pois, le
haricot, , les pivoines, les chrysanthème ,raisin).
Elle se développe essentiellement en situation humide. En situation chaude l'attaque
s'aggrave avec le risque de pourriture acide. Dans ce cas, la pourriture détruis la pectine
des pellicules des fruits, la rendant perméable à l'exterieur
Agent causal :
Botrytis cinerea
Classification
Règne :Fungi
Division : Ascomycota
Classe : Leotiomycètes
Ordre : Helotiales
Famille : Sclerotiniaceae
La forme sexuée : Botryotinia fuckeliana
La forme asexuée :Botrytis cinerea
Conditions de développement :
 la temperature modérée (optimum entre 18 et 20°C)
 l'humidité (périodes pluvieuses, ambiance humide sous serre).
 Une mauvaise aération (culture en milieu confiné, végétation dense).

On travailler sur la tomate

Critère macroscopique :
-se recouvre d'un feutrage brunâtre puis
gris caractéristique.

-les conidies se manifeste par la production

de conidiophores dressés en touffes souvent
étendues, constituant un feutrage intense gris
touffes de conidiophores grisâtres et ramifiés

Critère microscopiques :

le champignon ressemble à une grappe de raisin.

Un grand nombre de conidies arrondies
multinucléés, hyalines à jaune-grise, donnant
l'impression de gris lorsqu'elles sont accumulées
en masse se forment à l'extrémité ramifiée des
 conidiophores longs (jusqu'à 2 mm), raides et dressés

SCLEROTINIOSE POURRITURE BLANCHE DES

FRUITS ET LEGUMES
La sclérotiniose (souvent appelée « pourriture blanche ») est une maladie cryptogamique due à
l'attaque de champignons parasites du genre Sclerotinia (Sclerotinia minor, Sclerotium
cepivorum et Sclerotinia sclerotiorum).
La sclérotiniose est une des pathologies végétales les plus dévastatrices à travers le monde. Les
rendements et la qualité de plus de 29 cultures d’importance économique, dont le tournesol,
la carotte, l'artichaut et l’oignon, peuvent être diminués par cette maladie.
Agent causal:
Sclerotinia sclerotiorum
classification
Règne : Fungi
Division: Ascomycota
Sous Division: Pezizomycotina
Classe: Leotiomycètes
Ordre : Hélotiales
Famille : Sclerotiniaceae
Conditions favorables
 Température optimale : en dessous de 20°C, mais capable de se développer à des
températures comprises entre 4 et 30°C.

Critère macroscopique :

-se caractérise surtout par les sclérotes noirs

qu'il forme sur et dans les organes affectés.
-Les sclérotes germent en formant des apothécies
produisant des ascospores de lareproduction
sexuée

Critère microscopiques
introdu

Les Penicillium
Penicillium expansum
Penicillium digitatum
Penicillium italicum
Classification
Rène Fungi
Division: Ascomycota
Classe : Euascomycètes
Ordre : Eurotiales
Famille: Trichomaceae
1-Penicillium expansum
Les vegeteaux concernees
Pomme ,tomate,ijass

Critres macroscopiques

Pourritures humides de forme généralement circulaire,

de couleur brun
,clair à contours nets.
• Les tissus du fruits sont liquéfiés
• Altération interne, mais ce caractère n'est pas constant.
• Moisissure d'abord blanche puis vert-bleuâtre à la
• surface de la pourriture.
• Des fructifications en forme de coussinets.
• D’abord blanches puis vert bleuâtre ou grisâtres.

Microscopiques
 Les Penicillium des agrumes : moisissure des Agrumes

2-Penicillium digitatum 3-penicillium italicum

Critères • L'altération est de • Au début, les zones atteintes

macroscopiques couleur gris vert avec de l'épiderme s'éclaircissent
une frange blanche légèrement, deviennent
large et diffuse. molles, puis il se développe un
• Odeur d'éther fin mycélium blanc vif, à
(production accroissement régulier et
d'éthylène). circulaire,
• Penicillium digitatum • le centre se couvre de spores
est responsable de " la vertes.
pourriture verte " des • En fin d'évolution, les spores
agrumes, très vertes recouvrent la totalité
fréquente. du fruit
• C'est strictement un • Les spores sont facilement
parasite de blessures, dispersées par le plus petit
ne pouvant pénétrer les mouvement de l'air et
épidermes intacts. colonisent les fruits adjacents
• contamination au blessés.
verger possible. Mais • Tendance à adhérer au papier,
l'essentiel des le fruit se momifie.
infections à la récolte, à • Dès le début de l'infection, le
l'emballage et au cours fruit a une saveur indésirable.
de la •
commercialisation

Critères
microscopiques
 « Anthracnose de la banane »
Introduction

Lagent causale Colletotrichum musae

Classification
Règne : Fungi,
Division: Ascomycota,
Classe: Sordariomycetes,
Oordre: Phyllachorales ,
Famille: Phyllachoraceae

Alterations dues à Rhizopus et Mucor

 Mucor
 Cdlassification:
 Règne: Fungi
 Division Zygomycota
 Sous-division Mucoromycotina
 Ordre Mucorales

1- Les Mucorales

 Ce sont des Zygomycètes

 la plupart des espèces de Mucorales isolées à partir des denrées alimentaires appartiennent
à quatre genres :

 Mucor

 Rhizomucor

 Rhizopus
  Absidia

Rhizopus
Rhizopus stolonifer
Pourriture à Rhizopus sur fruit de tomate
symptômes
 Lésions humides et molles s'étendant rapidement sur les fruits matures essentiellement.
 Les tissus affectés se liquéfient et finissent par s'effondrer, la cuticule se fend .
 Des écoulements de jus peuvent être constatés.
 Le mycélium du champignon envahit les tissus, qu'une moisissure blanchâtre à grisâtre
recouvre: le mycélium, les sporocystophores et les sporocystes
 À terme, de nombreuses fructifications assez aériennes, en « têtes d'épingle noires », se
forment sur les tissus lésés

Critère macroscopiques
colonies à croissance très rapide à 25°C, pouvant atteindre 5 à 8 mm de hauteur,
cotonneuses et blanches mais virent au gris ou au noire selon le degrés de sporulation
Rhizopus critères microscopiques
Mucor
Caractéristiques macroscopiques
Mucor a une croissance rapide.
Colonies cottonneuses.

Les jeunes colonies sont blanches mais virent au gris maron avec l’âge.
Le revers reste blanchâtre
Mucor, Critères microscopiques
Sporocystophore long, dressé, large (60-300 µm de diamètre),
simple ou ramifié.
Collorette à la base de la columelle visible à la libération des spores
Les endospores sont hyalines, grises ou brunes,
globuleuses à ellipsoidales
Lisses ou finnement ornementés
Présence de chlamydospores