Prélèvements pathologiques:
ECBU
Ponction lombaire
2ème séance de TP (DCEM1), Section de Microbiologie
Département des Sciences de Base B, Faculté de Médecine de Tunis
Introduction
• Habituellement l’urine est stérile, la cytologie urinaire se limite à
quelques leucocytes
• ECBU diagnostic d’infection urinaire, basé sur 2 critères
▫ Bactériurie significative
▫ Leucocyturie > 104 EB/ml
• Demandé si :
▫ Signes urinaires: brulures mictionnelles, pollakiurie, hématurie…
▫ Signes généraux: fièvre
▫ Systématique: femme enceinte, pré-opératoire (urologique ou
gynécologique)
▫ Contrôle après traitement
Recueil des urines:
• Étape primordiale qui conditionne la qualité des résultats
• Asepsie rigoureuse éviter la contamination par flore commensale
▫ Périnée: flore cutanée ( SCN, corynébactéries) et bactéries du tube digestif
([Link], Klebsiella, Proteus, entérocoques..)
▫ Portion distale de l’urètre: SCN, corynébactéries, streptocoques, Proteus,
entérocoques..
• Il faut avoir une charge bactérienne maximale
▫ Au mieux urines du matin++
▫ Sinon, pas de miction depuis au moins 3 heures
▫ Avant tout traitement antibiotique
• Transport rapide ++ (< 2h à 20°C)
➢Chez l’adulte coopérant non sondé:
• Lavage des mains
• Toilette soigneuse au Dakin avec des compresses stériles
▫ De la région vulvaire chez la femme
▫ Du méat chez l’homme
• Éliminer le premier jet urinaire (10 à 50 ml)
• Recueillir le 2ème jet dans un flacon stérile ouvert juste avant le recueil et
refermé juste après
▫ Ne pas toucher le bouchon de l’intérieur++
➢Chez le nourrisson:
• Lavage des mains (parent ou personnel de santé)
• Désinfection rigoureuse du périnée au Dakin
▫ D’avant en arrière
▫ Sans aller retour
• Rinçage puis séchage
• Mettre un collecteur d’urine autour des organes génitaux de l’enfant
• Changer le collecteur toutes les 20-30mn
➢Malade sondé:
• Ne jamais prélever dans le sac collecteur
• Clamper la sonde sous le site du prélèvement pendant 15mn
• Désinfecter le site de prélèvement à l’alcool iodé
• Ponctionner les urines à l’aide d’une seringue
et transvaser dans un pot stérile
• Déclamper la tubulure et vérifier le bon
écoulement de l‘urine
Analyse au laboratoire:
➢ Examen macroscopique:
• Noter l’aspect des urines:
▫ Clair ou limpide
▫ Trouble
▫ Légèrement trouble
• Noter la couleur
▫ Normale
▫ Hématiques
▫ Ictériques
➢ Culture:
• Anse calibrée (10μl)
• Sur milieux : GO ± autres (GDL, GS)
• Ensemencer en numération:
➢Examen microscopique:
• Homogénéiser les urines
• Placer une lamelle de verre sur la cellule
de Malassez
• Déposer entre 10 et 15 μl d’urines sur la
cellule
• Attendre quelques instants pour que les
cellules sédimentent
• Lire au microscope optique à l’objectif
40
Cellule de Malassez
10 bandes horizontales
10 bandes verticales
Contient 1 mm3
Nombre de leucocytes
dans la cellule = N/mm3
N*1000/ml
➢Examen microscopique:
• Quantifier
▫ Leucocytes++
▫ Hématies
• Apprécier (rares, assez nombreux, nombreux..)
▫ Cellules épithéliales
▫ Cristaux
• Noter la présence de:
▫ Levures
▫ Flore bactérienne
▫ Trichomonas vaginalis
▫ Spermatozoïdes
Les leucocytes
Les hématies
Hématies normales Hématies altérées
Les cellules épithéliales
Les micro-organismes
Levures Trichomonas vaginalis
• Candida ++ • Mobilité ++, flagelles
Interprétation des résultats:
• Lecture se fait après incubation de 24h à 37°C
• Interprétation se fait en tenant compte de:
▫ Leucocyturie
▫ Bactériurie
▫ Contexte clinique
❖ Bactériurie
• Seuil = 105/ml
• Ensemencement de 10 µl 10 * 10-3 ml = 10-2 ml
nb de colonies sur gélose * 102 Nb/ml
• ≥ 1000 colonies = 105 UFC/ml
• Rq: seuil plus bas pour certaines bactéries = 103UFC/ml
▫ [Link]
▫ [Link]
UFC (unité formant colonie): unité permettant de dénombrer les bactéries vivantes. 1 UFC = 1colonie
Seuils de significativité (normes SPILF2014)
Espèces bactériennes Seuil de significativité Sexe
[Link], S. saprophyticus 103 UFC/ml Homme ou femme
103 UFC/ml Homme
Entérobactéries autre qu’[Link],
entérocoque, [Link],
[Link], [Link] 104 UFC/ml Femme
Autres espèces 105 UFC/ml Homme ou femme
Cas n°1:
Leucocyturie Bactériurie
< 104 / ml < 105 / ml
ECBU normal
Résultat négatif
Cas n°2:
Leucocyturie Bactériurie
< 104 / ml > 105 / ml
1 espèce bactérienne 2 espèces bactériennes
Contamination
Infection colonisation
débutante Femme enceinte
Immunodéprimé
Chirurgie urologique
Patient sondé
Infection
Cas n°3:
Leucocyturie Bactériurie
> 104 / ml < 105 / ml
Infection Tuberculose Infection Souillure Leucocyturie
traitée urinaire urétrale vaginale non bactérienne
Recherche de BK Contamination • Médicaments
du 1er jet • Malformations
urologiques
Gonocoque • Maladie
Clamydia trachomatis inflammatoire du rein
Mycoplasme • Leucémie
• Infection virale ou
parasitaire
Cas n°4:
Leucocyturie Bactériurie
> 104 / ml > 105 / ml
1 espèce bactérienne 2 espèces bactériennes
• Malade sondée
Infection urinaire • Confirmée 2 prélèvements
Identification
Antibiogramme
Infection urinaire
Identification
Antibiogramme
Contexte
• Suspicion de méningite bactérienne URGENCE
• Objectifs de l’ECB du LCR
Orienter la Confirmer Adapter TTT Préventive
thérapeutique origine Antibiogramme Déclaration
Résultats bactérienne
Chimioprophylaxie
préliminaires Culture
(cytologie, Gram)
Epidémiologie
• Méningite communautaire ≠ méningite secondaire /nosocomiale
• Méningite communautaire : varie selon l’âge
Epidémiologie
Adulte Enfant < 5
• N. meningitidis • N. meningitidis
• S. pneumoniae • S. pneumoniae
• L. monocytogenes • H. influenzae (non vacciné)
Nouveau né
• Streptocoque B
• E. coli
• L. monocytogenes
Epidémiologie
• Méningite communautaire ≠ méningite secondaire /nosocomiale
• Méningite communautaire : varie selon l’âge
• Méningite secondaire/nosocomiale
▫ S aureus, SCN
▫ S. pneumoniae
▫ Entérobactéries
▫ P. aeruginosa..
Prélèvement
• Ponction lombaire
• Avant toute antibiothérapie++
• Asepsie rigoureuse
• > 2ml de LCR
• 3 tubes (bactério, cyto, biochimie)
• Renseignements cliniques+++
Transport
• Bactéries responsables de méningites exigeantes et
fragiles
• Transport rapide < 30mn
• A température 37° (méningocoque) ++
• Au laboratoire
▫ Ne pas laisser au froid
▫ Examen sans délai
Examen macroscopique
• Noter l’aspect
• Normal :clair, eau de roche
• Pathologique
▫ Trouble eau de riz: bactérienne++
▫ Hémorragique ?
Examen microscopique
• Analyse cytologique quantitative et qualitative
• Numération des leucocytes
▫ Cellule de Nageotte
▫ EB/mm3
▫ Normal : <10, Nné =10 à 30
• Formule leucocytaire
▫ Coloration bleu de méthylène
Examen microscopique
• Examen direct : coloration de Gram
Culture
• Examen de référence
• Avant la cytologie
• Bactéries exigeantes milieux enrichis, préchauffés++
▫ Gélose au sang, gélose au sang cuit, gélose MH (48h)
▫ Milieux d’enrichissement liquide (5j)
• Ensemencement en gouttes
Culture
• Culture positive
▫ Confirme Dg méningite bactérienne
▫ Etiologie
• Identification biochimique de la bactérie
• Identification antigénique: sérotype/sérogroupe
• Sensibilité aux ATB
Autres techniques
• Antigènes solubles
▫ Pneumocoque, Méningocoque, [Link], Strepto B et [Link]
▫ Utilité
Méningite décapitée++
Conforte un examen direct positif
• Diagnostic moléculaire par PCR
▫ Méningocoque, Pneumocoque et [Link]
▫ Dg rapide: < 2h
▫ Indication
Signes de méningites mais ED négatif
Méningite décapitée
Autres techniques
• Analyse biochimique
▫ Glycorachie : Nle 2/3 glycémie
▫ Protéinorachie : Nle 0.4g/l
Interprétation
LCR LCR purulent LCR lymphocytaire LCR panaché LCR
normal hémorragique
Aspect Eau de trouble clair clair hémorragique
roche
Nbe < 5* > 200 10-100 >10 -
EB /mm3
Formule - > 50% PNN >50% lymphocytes PNN=Lymphocytes -
Proteine <0,4 g/l >0,4 g/l >0,4 g/l <0,4g/l -
Glycorachie >60% de la <40% de la >50% de la glycémie >60% de la -
glycémie glycémie glycémie
Traumatisme du
- Etiologie Etiologie virale Listériose, à la ponction /
bactérienne Listéria, BK méningite hémorragie sous
(Glycorachie < 40% purulente ou arachnoïdienne
glycémie) lymphocytaire au épreuve des 3
début, abcès tubes-
cérébral