Introduction Console Sources Graphiques Environnement +loin
Introduction à l’interface homme-machine de
RStudio
Pr Jean R. Lobry
Université Claude Bernard Lyon I – France
MathSV [BIO1004L]
[Link] Logiciel R version 3.5.1 (2018-07-02) – Compilé le 2019-11-25
Introduction Console Sources Graphiques Environnement +loin
Table des matières
1 Introduction
2 La sous-fenêtre console
3 La sous-fenêtre des sources
4 La sous-fenêtre des graphiques
5 La sous-fenêtre de l’environnement
6 Pour aller plus loin
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Introduction Console Sources Graphiques Environnement +loin
Introduction
1 Introduction
2 La sous-fenêtre console
3 La sous-fenêtre des sources
4 La sous-fenêtre des graphiques
5 La sous-fenêtre de l’environnement
6 Pour aller plus loin
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Qu’est-ce que R ?
est :
Un logiciel libre dédié aux études
statistiques
Un langage de programmation complet
Un écosystème riche de plus de 10 000
paquets additionnels
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Comment jouer avec R ?
Il existe plusieurs interfaces possibles, par
exemple :
Interface en ligne de commande
Interface avec menus déroulants
RStudio
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Interface en ligne de commande
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Interface avec menus déroulants
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RStudio
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RStudio en TP
C’est RStudio que vous allez utiliser en TP
Il est disponible en libre service dans les
salles du bâtiment Ariane
Vous pouvez l’installer gratuitement chez
vous si vous souhaitez utiliser votre
ordinateur en TP (le faire à l’avance)
Vous l’utiliserez également en TP de bio
statistiques en L2
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Objectif de cette présentation
L’objectif est de vous présenter l’interface
(RStudio) utilisée en TP
L’objectif n’est pas de vous initier au
langage de programmation
L’objectif n’est pas de vous initier au
traitement statistique des données
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Objectif de cette présentation
Mon œil !
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Objectif de cette présentation
Mon œil !
Si, si, la preuve : on vous demande d’apporter votre
calculatrice en TP pour faire les calculs
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Aspect général de l’interface
Un bandeau de menus déroulants en haut
Une fenêtre principale divisée en quatre
sous-fenêtres pouvant comporter des
onglets
Des raccourcis sous forme d’icônes, par
exemple un balai
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Aspect général de l’interface
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Taille des fenêtres
On peut ajuster à la souris la part
occupée par les sous-fenêtres
dans le sens vertical
dans le sens horizontal
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Ajustement dans le sens vertical
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Ajustement dans le sens horizontal
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Contrôle du contenu des sous-fenêtres
On peut, si on le souhaite, contrôler le
contenu des sous-fenêtres
Par défaut, les entrées sont plutôt à
gauche et les sorties plutôt à droite
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Contrôle du contenu des sous-fenêtres
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La sous-fenêtre console
1 Introduction
2 La sous-fenêtre console
3 La sous-fenêtre des sources
4 La sous-fenêtre des graphiques
5 La sous-fenêtre de l’environnement
6 Pour aller plus loin
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La console
C’est la sous-fenêtre
en bas
à gauche
.
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La console
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La console
Dans la console, on utilise en mode
calculatrice :
> 2 + 2
[1] 4
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La console
Le caractère d’invite de commande, >, en
anglais prompt, signifie que est à l’attente
de vos ordres :
> options(prompt = "À vos ordres> ")
À vos ordres> 2 + 2
[1] 4
À vos ordres> options(prompt = "> ")
> 4 + 4
[1] 8
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La console
Le [1], donne le rang du premier élément de
la ligne, c’est utile pour les sorties un peu
longues :
> LETTERS
[1] "A" "B" "C" "D" "E" "F" "G"
[8] "H" "I" "J" "K" "L" "M" "N"
[15] "O" "P" "Q" "R" "S" "T" "U"
[22] "V" "W" "X" "Y" "Z"
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La console
Astuce : quand on tape la flèche du haut
↑ dans la console, cela rappelle les
commandes précédentes
Mais on verra plus loin que l’on peut
facilement accéder à tout l’historique des
commandes précédentes
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La console
Le caractère + signifie que a encore faim :
> toto <- "Bonjour,
+ ^
O monde !"
Astuce :
Si on est bloqué dans le mode +, on peut
utiliser la touche ESC pour en sortir
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La console → autres onglets
La sous-fenêtre de la console peut comporter
d’autres onglets dans un contexte de
programmation qui ne nous intéresse pas ici. Par
exemple, lors de la compilation de ce diaporama :
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La sous-fenêtre des sources
1 Introduction
2 La sous-fenêtre console
3 La sous-fenêtre des sources
4 La sous-fenêtre des graphiques
5 La sous-fenêtre de l’environnement
6 Pour aller plus loin
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La sous-fenêtre des sources
C’est la sous-fenêtre
en haut
à gauche
-
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La sous-fenêtre des sources
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La sous-fenêtre des sources
Remarque :
Il faut qu’il y ait au moins un fichier
d’ouvert pour que cette sous-fenêtre soit
visible
L’aspect de l’interface quand aucun
fichier n’est ouvert est donné dans la
diapositive suivante
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La sous-fenêtre des sources
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La sous-fenêtre des sources
Pour faire apparaı̂tre la sous-fenêtre des
sources :
Faire par exemple dans le menu du haut
File → New File → R Script
L’aspect de l’interface est alors celui de la
diapositive suivante
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La sous-fenêtre des sources
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La sous-fenêtre des sources
On utilise ici comme une calculatrice
programmable
On peut gérer plus d’une commande à la
fois
On peut les sauvegarder dans un fichier
dit R script ayant l’extension .R
On bénéficie d’un éditeur de texte
spécialisé (numérotation des lignes,
coloration syntaxique, etc)
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La sous-fenêtre des sources
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La sous-fenêtre des sources
Il existe des raccourcis clavier ou des icônes
pour :
Exécuter les commandes de la ligne ou
sélection courante
Ré-exécuter les commandes de la ligne ou
sélection courante
Exécuter toutes les commandes du fichier
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La sous-fenêtre des sources → onglets
Les onglets correspondent aux fichiers
ouverts :
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La sous-fenêtre des sources
RStudio est capable de gérer autre chose que
des commandes , la liste des outils
disponibles s’adapte en fonction. Par exemple
avec le fichier source de ce diaporama on a :
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La sous-fenêtre des graphiques
1 Introduction
2 La sous-fenêtre console
3 La sous-fenêtre des sources
4 La sous-fenêtre des graphiques
5 La sous-fenêtre de l’environnement
6 Pour aller plus loin
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La sous-fenêtre des graphiques
C’est la sous-fenêtre
en bas
à droite
&
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La sous-fenêtre des graphiques
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La sous-fenêtre des graphiques → Plots
C’est dans l’onglet Plots que tous les
graphiques produits par sont rangés.
Il y a des outils pour naviguer dans
l’historique, zoomer, exporter, supprimer
un graphique, supprimer tous les
graphiques.
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La sous-fenêtre des graphiques → Plots
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La sous-fenêtre des graphiques → Help
C’est dans l’onglet Help que l’on peut
consulter la documentation de .
Il y a des outils pour naviguer dans
l’historique et des outils de recherche.
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La sous-fenêtre des graphiques → Help
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La sous-fenêtre des graphiques → Packages
C’est dans l’onglet Packages que l’on
peut consulter la liste des paquets
installés.
Il y a des outils pour installer un nouveau
paquet et de recherche des mises à jour
des paquets installés.
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La sous-fenêtre des graphiques → Packages
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La sous-fenêtre des graphiques → Files
L’onglet Files permet de naviguer
dans la hiérarchie de vos fichiers pour en
ouvrir un.
Si vous préférez utiliser l’interface
standard de navigation de votre système
d’exploitation il suffit de passer par le
menu du haut File → Open File .
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La sous-fenêtre des graphiques → Files
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La sous-fenêtre de l’environnement
1 Introduction
2 La sous-fenêtre console
3 La sous-fenêtre des sources
4 La sous-fenêtre des graphiques
5 La sous-fenêtre de l’environnement
6 Pour aller plus loin
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La sous-fenêtre de l’environnement
C’est la sous-fenêtre
en haut
à droite
%
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La sous-fenêtre de l’environnement
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La sous-fenêtre de l’environnement → Environment
L’onglet Environment permet de
visualiser tous les objets définis dans votre
environnement de travail.
Il y a des outils pour inspecter le contenu
des objets complexes.
Il y a un outil d’importation de données
dans différents formats (CSV, Excel,
SPSS, SAS, Stata) dans .
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La sous-fenêtre de l’environnement → Environment
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La sous-fenêtre de l’environnement → History
L’onglet History permet de visualiser
l’historique de toutes les commandes
préalablement utilisées.
Il y a des outils pour les ré-exécuter ou les
incorporer dans un fichier de commandes
.
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La sous-fenêtre de l’environnement → History
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Pour aller plus loin
1 Introduction
2 La sous-fenêtre console
3 La sous-fenêtre des sources
4 La sous-fenêtre des graphiques
5 La sous-fenêtre de l’environnement
6 Pour aller plus loin
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Vidéos francophones
Sur le site [Link] → Accueil → Page
de liens → ressources vidéo francophones.
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Vidéos francophones
Ne pas manquer les nombreuses vidéos de Laurent Garnier.
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