CAMPUS HENRY CHRISTOPHE DE
LIMONADE (CHCL)
Biochimie Structurale
Module 1
Pegaud BEAUCEJOUR
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Contenu
Définition de la Biochimie
Introduction à la biochimie moderne
Historique : le contexte de son développement
2
Qu’est ce qu’on entend par biochimie ?
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Introduction
▪ Science qui étudie les constituants chimiques des cellules
vivantes ainsi que les réactions et transformations qu’ils
subissent :
▪ Biochimie structurale
▪ Biochimie métabolique
▪ Biochimie moléculaire
▪ Biochimie clinique
▪ Etc….
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Objectifs
▪ La compréhension complète, à l’échelle moléculaire, de tous les
processus chimiques associés aux cellules vivantes.
▪ Aider à comprendre les origines de la vie sur terre et d’intégrer
les connaissances biochimiques dans les efforts de maintien de
la santé, de compréhension des maladies ainsi que de leur
traitement approprié.
5
Importance biomédicale de la biochimie
▪Le traitement médicale repose solidement sur des
connaissances de biochimie ou d’autres sciences
fondamentales
▪Car, la plupart des maladies, sinon toutes ont une base
biochimique
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Contexte de développement de la Biochimie
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INTRODUCTION
▪ Le développement de la biochimie s'est déroulé dans un contexte
historique et scientifique plus vaste, marqué par des avancées majeures
dans plusieurs domaines. Voici quelques éléments clés du contexte du
développement de la biochimie :
1. Chimie du XVIIIe siècle
2. Théorie cellulaire et les découvertes en biochimie structurale (XIXe
siècle)
3. Pasteur et la microbiologie (XIXe siècle)
4. Découverte de l'ADN (XXe siècle)
5. Avancées technologiques (XXe siècle) :
6. Biotechnologie et génomique (fin XXe siècle - début XXIe siècle)
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Quelques découvertes majeures
▪ La découverte de la structure de l’ADN : James Watson et Francis Crick
▪ La découverte de l’Insuline : Frederick Banting et Charles Best
▪ La découverte de l’acétaminophène (Tylénol) : Julius Axelrod
▪ La découverte de la cyclosporine (drogue anti-rejet utilisée en greffe d’organes) : Jean Borel
▪ Les découvertes qui ont mené à l’élaboration d’inhibiteurs de la 5′ phosphodiesterase (Viagra) :
Robert F. Furchgott, Louis J. Ignarro et Ferid Murad
▪ La découverte des prions – un nouveau principe biologique d’infection (cause de la Maladie de la
vache folle) : Stanley B. Prusiner
▪ Les découvertes importantes réalisées dans le domaine du génie génétique par le Dr Michael
Smith, un canadien, qui permettent aujourd’hui la production et l’utilisation de protéines
thérapeutiques. Ces travaux lui ont mérité le prix Nobel de chimie en 1993.
Source : [Link] 9
Composition chimique du vivant
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Introduction
▪Les organismes sont constitués de matière
▪La matière est formée d’éléments
▪2 Types de liaisons :
1. Les liaisons covalentes
2. Les liaisons non covalentes
▪2 grandes catégories de composés ou de molécules :
1. Molécules inorganiques
2. Molécules organiques
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Matière
▪Tout ce qui occupe un espace et possède une masse.
▪La matière existe sous toutes sortes de formes ; les
pierres, les métaux, le pétrole, les gaz et les humains en
sont quelques exemples.
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Éléments chimiques
▪ Substance impossible à décomposer en d’autres substances
plus simples au cours de réactions chimiques.
▪ Les chimistes ont identifié 92 éléments naturels, dont l’or, le
cuivre, le carbone et l’oxygène.
▪ Ils ont attribué à chacun un symbole, le plus souvent
constitué de la première ou des deux premières lettres de
son nom.
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Liaisons covalentes et liaison non-covalentes
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Molécules
▪Est une substance formée de deux ou de plusieurs
éléments combinés dans des proportions définies.
▪Le sel de table, par exemple, est en fait du chlorure de
sodium (NaCl) ; il est constitué des éléments sodium
(Na) et chlore (Cl) dans un rapport de 1 :1.
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Molécules inorganiques
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Molécules organiques
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Autres sources
▪Campbell Biologie, Chapitre 1 : l’organisation chimique
fondamentale de la vie : Pages 31-48
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Les principaux constituants du vivant
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Contenu
1. Les molécules inorganiques
Eau
Sels minéraux
2. Les molécules organiques
Glucides
Composés protidiques
Lipides
Acides nucléiques
Le cas des vitamines 20
Les molécules inorganiques
▪ L’eau
▪ Les sels minéraux
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L’eau
▪ C’est le constituant principal des êtres vivants
▪ Elle représente de 50 à 98 % de la masse corporelle
▪ Plusieurs caractéristiques qui déterminent les propriétés de
l’eau et en font le support de la vie
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Facteurs influençant la teneur des
organismes en eau
▪ L’âge
▪ L’adiposité
▪ Les tissus
▪ Le sexe
▪ L’espèce
▪ L’environnement 23
Teneurs en eau d’êtres vivants
variés
24
Contenu corporel en eau
25
Teneur en eau de quelques tissus
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Compartiments liquidiens
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Besoins en eau
▪ L'apport quotidien d'une certaine quantité d'eau est indispensable à
la vie.
▪ Les besoins sont évalués en fonction de l'élimination
Organismes besoin moyen en eau
Nouveau-né 180 ml/kg
6 mois 125 ml/kg
1 ans 100 ml/kg
Adulte 30ml /kg
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Elimination de l’eau
▪ Élimination digestive
▪ Élimination pulmonaire et cutanée
▪ Élimination urinaire
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Apports d’eau
▪ Ils sont endogènes et exogènes :
1. L'apport endogène naît de réactions métaboliques de
déshydratation de substrats divers et surtout des réactions
d'oxydation au cours de la respiration cellulaire. Ainsi environ
300 ml d'eau sont fournis.
2. L'apport exogène est obligatoire (environ 2 000 ml/24 h) sous
forme d'eau de boisson (500 à 1 000 ml) et sous forme
d'aliments solides (800 à 1 200 ml).
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États de l’eau dans l’organisme
▪ Dans un organisme pluricellulaire, l’eau est présents sous
plusieurs formes :
1. L’eau libre
2. L’eau liée
3. L’eau de constitution
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Rôles de l’eau
▪ Régulateur thermique
▪ Mécanique de transport
▪ Chimique
▪ Physique
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Syndromes de perturbation de l’
équilibre hydrominéral
▪ Hyperhydratation extracellulaire (Oedèmes)
▪ Syndrome de déshydratation (intracellulaire et
extracellulaire)
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L’eau
▪ [Link]
▪ [Link]
au-dois-tu-boire-par-jour
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Les sels minéraux
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Introduction
▪ Présentent sous deux formes dans la matière vivante
▪ Nécessaires en très petites quantités (entre 1 à 2500 mg/j)
▪ Fonctions biologiques multiples chez les êtres vivants
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38
Besoins en sels
▪ Les besoins en sels sont de l'ordre de :
A. 4 à 6 g/24 h pour le sodium et les chlorures
B. 3 à 4 g/24 h pour le potassium
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Apports de sel
▪ Outre le sel utilisé pour la cuisson et l'assaisonnement, l'eau potable
apporte :
1. des sels minéraux alcalins (NaCl, KCl)
2. des sels alcalinoterreux (bicarbonates de Ca et Mg)
3. de l'iode sous forme d’iodures
N.B : En pratique, l'alimentation normale apporte suffisamment de
sel (9 à 15 g/24 h) et il n’est pas nécessaire de saler nos aliments
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Elimination des sels minéraux
▪ Élimination digestive
▪ Élimination cutanée
▪ Élimination urinaire
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Molécules organiques
(biologiques))
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Les glucides
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Introduction
▪ Ce sont les molécules organiques les plus abondantes dans
la nature et ce sont les principales molécules de réserve de
l’organisme vivant
▪ Fonctions multiples au sein d’un organisme vivant
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Classification
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Importance et rôles biologiques
▪ Source énergétique
▪ Réserve
▪ Structural
▪ Reconnaissance et communication
▪ Économique
Les glucides sont très répandus dans la matière vivante. Ils représentent 5% du
poids sec des animaux, et 70% du poids sec des végétaux. 46
Mannitol
▪ Utilisé en médecine comme diurétique osmotique
▪ Particulièrement en cas de trauma crânien
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Besoins quotidiens en glucides
▪ Les besoins en glucides sont fondés à partir de la quantité
minimale moyenne utilisée par le cerveau. Les besoins
quotidiens en glucides sont de 4 g par Kg de poids et par
jour.
▪ 1 gramme de glucide fournit 4 calories ou 17 Kjoules.
▪ les glucides devraient fournir entre 45 et 65% des calories
totales de la journée 48
Apport en glucides
▪ Ils sont endogènes et exogènes
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Sources des glucides
▪ Le Milieu végétal est le principale source des glucides
▪ Les glucides sont trouvés principalement dans les :
1. Fruits
2. Céréales
3. Pain
4. Miel
5. Tubercules
6. Lait, etc… 50
Teneur en glucides de certains
aliments
Pâtes alimentaires (100g = 75g) Jus d’orange (125ml = 15g)
Riz cuit (100g = 30g) Confiture, miel (15ml = 15g)
Épi de maïs (1 = 30g) Lait écrémé (250ml = 13g)
1 tranche de pain (30g = 15g) Légumes frais (125ml = 15g)
1/2 tasse de patate douce en Ananas (80g = 15g)
purée (135g = 30g)
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Quelques exemples
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Les composés protidiques
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Introduction
▪ Constituent 50 % du poids sec des animaux et des bactéries
▪ Assurent des fonctions vitales tant structurales que
dynamiques
▪ Ils réagissent spécifiquement à la réaction du biuret et à la
réaction xanthoprotéique.
▪ Leur hydrolyse libère toujours un mélange de composés à
structure caractéristique : les acides aminés
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Classification
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Classification des acides aminés
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Rôles biologiques
▪ Structure
▪ Défense
▪ Enzymatique
▪ Transport
▪ Transfert d’information
▪ Contraction
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Quelques exemples
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Les lipides
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Introduction
▪ Molécules insolubles dans l’eau mais solubles dans les
solvants organiques
▪ Rôle multiples dans l’organisme
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Classification
▪ Lipides simples = Acylglycérol, Cérides et les Stérides
▪ Lipides complexes = Phospholipides et les Sphingolopides
▪ Lipoïdes = Isoprénoïdes et les Éïcosanoides
▪ Lipides conjugués = Lipoprotéines et les protéines lipidées
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Rôles biologiques
▪ Energétique
▪ Réserve
▪ Structure
▪ Transport
▪ Transfert d’information
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Quelques exemples
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Les acides nucléiques
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Introduction
▪ Polymères de nucléotides
▪ Il en existe deux types :
1. ADN
2. ARN
▪ Rôle multiples dans l’organisme :
1. Contient l’ensemble de l’information génétique nécessaire à la structure
et au fonctionnement de la cellule et de l’organisme
2. Transfert de l’information génétique, participent à la machinerie cellulaire
pour la fabrication de toutes les protéines et participent dans la
régulation de l’expression génétique
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Quelques exemples
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Le cas des vitamines
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Introduction
▪ Molécules organiques qui remplissent diverses fonctions
dans l’organisme
▪ Nécessaires en très petites quantités (0,01 et 100 mg/j)
▪ 2 types :
1. Hydrosolubles
2. Liposolubles 68
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