Université de Nouakchott
Faculté de Sciences et Techniques
Département de biologie
PROJET FIN D’ETUDE
Sous Thème
Polymérase Chain Réaction en Temps
Rel(RT-PCR) Covid-19
Ce projet préparé par : Sous- Direction :
Bounana Bowbe Echeikh C17824
Baba Ahmed Sidi Mohamed C19281 Pr: Ahmed El Barra
Mohamed VallMahfoudh Wawah C17246
Ahmed Moctar Soueidatte C17821
Année Universitaire 2022-2023
SOMMAIR
1 INTRODUCTION .............................................................................................................................. 1
[Link] chapitre : Laboratoire d’accueil ........................................................................................... 2
2.1 PRESENTATION ET ORGANISATION DE L’INRSP ......................................................... 3
2.1.1 Création : ................................................................................................................................ 3
2.1.2 Objectif : ................................................................................................................................. 3
2.1.3 Organigramme: ....................................................................................................................... 4
2.2 PRESENTATION LABORATOIRE DE VIROLOGIE ......................................................... 4
2.2.1 Missions : ............................................................................................................................... 4
2.2.2 Organisation : ......................................................................................................................... 4
2.2.3 Locaux: ................................................................................................................................... 5
2.3 Principales techniques réalisées dans le laboratoire de virologie: .......................................... 5
3 deuxime chapitre :Theme .................................................................................................................. 6
3.1 OBJECTIF ET JUSTIFICATION DU CHOIX DU THEME................................................. 7
3.2 Historique Et Définition De RT-PCR :...................................................................................... 7
3.3 Etapes De RT- PCR : .................................................................................................................. 8
3.4 Historique Et Définition DuSARS-Cov-2 :................................................................................ 8
3.5 Phase Pré-Analytique: ................................................................................................................ 9
3.5.1 Prélèvement: ........................................................................................................................... 9
3.5.2 Préparation Des Echantillons : ............................................................................................... 9
3.5.3 Enregistrement Et Identification Des Echantillons : ............................................................ 10
3.5.4 Conservation Des Echantillons : .......................................................................................... 10
3.6 Phase Analytique Thématique ................................................................................................. 11
3.6.1 Analyses De Laboratoire Réalisées ...................................................................................... 11
3.6.2 Materiels,Réactifs/Consommables Utilisé : ......................................................................... 11
3.6.3 Procedure /Mode Operatoire : .............................................................................................. 13
3.6.4 Assurance qualité : ............................................................................................................... 14
3.7 Phase Post-Analytique : ........................................................................................................... 15
3.7.1 Systéme De Vérification De La Fiabilité/Promptitudes Des Resultats ................................ 15
3.7.2 Role Et Responsabilité : ....................................................................................................... 17
3.7.3 Resultast : ............................................................................................................................. 18
3.7.4 Analyse : ............................................................................................................................... 19
3.7.5 Commentaires:...................................................................................................................... 20
3.7.6 Conclusion :.......................................................................................................................... 20
3.7.7 Suggestions :......................................................................................................................... 20
3.8 BIBLIOGRAPHIE .................................................................................................................... 21
DEDICACE
Nous dédions ce travail à :
Nos très chers parents :
Aucun terme ni aucune langue ne pourra exprimer notre amour et notre gratitude envers vous.
Que Dieu seul puisse vous récompenser pour tout ce que vous avez fait pour nous.
Toute notre famille :
Nous les remercions pour l'amour qu'ils nous portent et les encouragements qu'ils nous ont
prodigués tout au long de notre vie.
Nos professeurs :
Si quelqu'un mérite vraiment nos remerciements, c'est bien vous. Merci pour vos efforts
inlassables.
Notre encadrant :
Nous vous exprimons notre reconnaissance pour votre travail et le temps que vous nous avez
consacré. Merci à vous.
Tous nos chers amis :
Nous vous souhaitons une vie emplie de joie et de réussite.
REMERCIEMENTS
Ce stage a été réalisé à l'Institut National de Recherches en Santé Publique (INRSP) de
Nouakchott sous la direction du Professeur Ahmed El Bara, chef du service de laboratoire de
virologie. Nous tenons à remercier chaleureusement le Pr Ahmed El Bara d'avoir accepté de
superviser ce stage, ainsi que l'ensemble du personnel du laboratoire de virologie de l'INRSP
de Nouakchott. Nous exprimons également notre gratitude envers tous les professeurs de la
faculté des sciences et techniques, ainsi que nos collègues étudiants en Analyse Biologique et
Chimique (ABC), pour leur soutien qui témoigne de notre profonde amitié. Nous adressons nos
sincères remerciements aux membres de notre jury pour l'intérêt qu'ils ont porté à notre travail,
en acceptant de l'examiner et de l’enrichir par leurs suggestions.
LISTE DES FIGURE
Fig1: Bâtiment de l’INRSP
Fig2: Organigramme de l'INRSP
Fig3: Prélevèrent
Fig4: Matériel
Fig5:Réactifs
Fig6: Consommables
Fig7: Courbes des Résultats
LISTE D’ABREVIATION
a) PCR: Polymerase Chain Reaction
b) COVID-19: Coronavirus Disease 2019
c) INRSP: Institut National de Recherches en Santé Publique
d) EPA: Établissement public administratif
e) PNDS: Protocole National de Diagnostic et de Soins
f) SAF: Service Administratif Financier
g) DRR: Département de la Recherche et de la Référence
h) DCQEA: Département de Contrôle de Qualité des Eaux et des Aliments
i) VIH: Virus de l'Immunodéficience Humaine
j) NGS: Next-Generation Sequencing
k) RT-PCR: Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
l) BET: Bromure d'Éthidium
m) ACP: Amplification en Chaîne par Polymérase
n) ADN: Acide Désoxyribonucléique
o) ARN: Acide Ribonucléique
p) ADNc: Acide Désoxyribonucléique complémentaire
q) TAQ: ADN polymérase de Thermus aquaticus
r) SARS-CoV: Syndrome Respiratoire Aigu Sévère Coronavirus
s) (HCoV-NL63; HCoV-229E): Humain Coronavirus NL63 ;Humain Coronavirus 229E
t) (HCoV-HKUI): Humain Coronavirus HKUI
u) (MERS-CoV): Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus
v) BL2: Biosafety Level 2
w) Gene ORF1ab: Gene Open Reading Frame 1ab
x) Gene N: Gene Nucleocapside
y) Gene S: Gene Spike
z) MS2 de PCR: Masse Spectrométrie 2
aa) Enzyme ARNase: Enzyme Acide Ribonucléique
bb) CP: Contrôle Positif
cc) CN: Contrôle Négatif
LISTE DE TABLEAUX
Tableau 1 :Préparation du Mix Ou Mélange De RT-PCR
Tableau 2: Interprétation des résultats
Tableau 3: Répartition des échantillons selon le résultat PCR COVID-19
Tableau 4: Répartition des échantillons par sexe
Tableau 5: Répartition des échantillons par âge
Tableau 6: Répartition des échantillons selon l'âge et le résultat PCR
Tableau 7: Répartition des échantillons selon le sexe et le résultat
RESUME
La maladie coronavirus (COVID-19) est une maladie infectieuse due au virus SARS-CoV-2.
La Réaction en Chaîne par Polymérase avec Transcriptase Inverse (RT-PCR) est une
technique largement utilisée pour détecter la présence du virus responsable de la COVID-19.
Cette méthode permet d'amplifier et de détecter l'ARN viral dans les échantillons cliniques,
tels que les prélèvements nasopharyngés.
Au cours de notre stage, nous avons réalisé différents travaux, dont la PCR et la sérologie.
Notre étude était axée sur la PCR pour la détection du COVID-19 chez les voyageurs à
l'INRSP.
Les résultats principaux que nous avons obtenus confirment une prédominance du sexe
masculin parmi les cas positifs et une forte représentation de la tranche d'âge supérieure à 55
ans. De plus, nos données indiquent un faible niveau de circulation du virus au cours de
l'année 2023.
Ces résultats contribuent à une meilleure compréhension de la situation épidémiologique chez
les voyageurs et peuvent aider à orienter les mesures de prévention et de contrôle de la
maladie.
1 INTRODUCTION
L'épidémie mondiale de COVID-19, causée par le virus SARS-CoV-2, a créé un besoin
urgent de tests de diagnostic rapides et fiables pour identifier les individus infectés. La RT-
PCR en temps réel est devenue l'une des méthodes les plus couramment utilisées pour détecter
la présence du virus et confirmer les cas de COVID-19.
La RT-PCR est une technique de biologie moléculaire puissante qui permet d'amplifier et de
détecter spécifiquement l'ARN (acide ribonucléique) viral. Contrairement à la PCR
conventionnelle, la RT-PCR est capable d'amplifier des séquences d'ARN spécifiques plutôt
que de l'ADN. Étant donné que les virus à ARN, tels que le SARS-CoV-2, stockent leur
information génétique sous forme d'ARN, il est essentiel d'utiliser la RT-PCR pour détecter
leur présence.
Le processus de la RT-PCR implique plusieurs étapes clés. Tout d'abord, l'échantillon
biologique, généralement un prélèvement nasopharyngé ou salivaire, est collecté auprès du
patient suspecté d'être infecté par le virus. Ensuite, l'ARN viral est extrait à partir de cet
échantillon à l'aide de techniques de purification. Cela permet d'isoler l'ARN viral du reste des
composants présents dans l'échantillon, Une fois l'ARN viral extrait, il est utilisé comme
matrice pour générer de l'ADN complémentaire (ADNc) grâce à une enzyme appelée
transcriptase inverse. L'ADNc est ensuite utilisé comme modèle pour l'amplification de l'ARN
viral spécifique par la PCR. Cette amplification se fait en utilisant des amorces spécifiques au
génome du virus, qui sont des séquences d'ADN courtes et complémentaires à des régions
spécifiques de l'ARN viral.
La partie "temps réel" de la RT-PCR se réfère à la détection de l'amplification de l'ARN viral
pendant le processus de PCR. Des sondes fluorescentes spéciales sont utilisées pour marquer
l'ADN amplifié pendant la réaction de PCR. Ces sondes émettent de la fluorescence
lorsqu'elles sont excitées par une lumière spécifique. La quantité de fluorescence émise est
mesurée en temps réel à chaque cycle de PCR, permettant ainsi de déterminer si l'ARN viral
était initialement présent dans l'échantillon et à quelle concentration.
En comparant les résultats obtenus avec des échantillons témoins de référence, les laboratoires
peuvent déterminer si un individu est positif ou négatif pour le COVID-19. La RT-PCR en
temps réel offre une grande sensibilité et spécificité, ce qui en fait un outil précieux pour le
diagnostic de l'infection à SARS-CoV-2.
la RT-PCR en temps réel est une méthode essentielle dans la détection du COVID-19. Elle
permet d'amplifier et de détecter spécifiquement.
1
[Link] chapitre :
Laboratoire d’accueil
2
2.1 PRESENTATION ET ORGANISATION DE L’INRSP
Fig1:Bâtiment de l’INRSP
2.1.1 Création :
Institut National de recherches en Santé Publique (INRSP)
• Établissement public à caractère administratif (EPA) créé par décret n°18-2005 en date
du 27 février 2005.
• Établissement spécialisé de référence au niveau national dans les domaines :
✓ Diagnostic biologie
✓ Contrôle de qualité des eaux et aliments
✓ Recherche-action en santé publique
2.1.2 Objectif :
L’INRSP a pour objet :
• D’entreprendre et d’appuyer les recherches visant l’amélioration de la santé des
populations conforment au PNDS
• D’appuyer le département de la santé, les Directions régionales de santé et les
établissements de soins en rendant disponibles son expertise et ses services spécialisés
de laboratoire et de dépistage
3
2.1.3 Organigramme:
Fig2 : organigramme de l’INRSP
2.2 PRESENTATION LABORATOIRE DE VIROLOGIE
2.2.1 Missions :
• Assurer le diagnostic et de la confirmation des maladies virales
• Assurer la surveillance épidémiologique
• Mener les études liées aux maladies virales
• Organiser les contrôles de qualité externes
• Assurer la formation et l’encadrement des étudiants et stagiaires
2.2.2 Organisation :
• Unité de sérologie virale.
• Unitelaboratoire mobile.
• Unité des maladies virales émergentes.
• Unite de BiologieMoléculaire
.
4
2.2.3 Locaux:
• Laboratoire Centrale
• Deux Annexes A et B
• Laboratoired’urgence
2.3 Principales techniques réalisées dans le laboratoire de
virologie:
• TechniquesImmuno-chromatographique
• Techniques Immuno-enzymatiques
• Techniques Immuno-fluorescences
• Techniques moléculaires conventionnelle
• Techniques moléculaires en temps réel
• PCR quantitative
• PCR qualitative
• Sequançage NGS
• Sequançage Nano pore
5
3 .deuxime chapitre :Théme
(Polymérase Chain Réaction en Temps Rel(RT-PCR)
Covid-19)
6
3.1 OBJECTIF ET JUSTIFICATION DU CHOIX DU
THEME
La maladie de la COVID-19 est une maladie qui a touché le monde entier, et la Mauritanie
fait partie des pays affectés. Elle a entraîné des crises économiques et sanitaires, et elle est
devenue le sujet le plus discuté et le titre principal dans le domaine de la recherche. Le test
RT-PCR a été l'une des technologies les plus importantes qui ont grandement contribué à la
détection rapide et précise de cette maladie.
L’INRSP a été désigné comme le laboratoire national de référence pour la covid-19 et autres
virus respiratoires. Dans ce cadre, nous nous sommes intéressés à décrire le déroulement
des tests PCR à partir de la phase pré analytique, analytique et poste analytique.
Compte tenu de tout ce qui précède, nous avons choisi ce titre car il nous touche plus et parce
qu'il est disponible quotidiennement dans le laboratoire de virologie.
3.2 Historique Et Définition De RT-PCR :
L'histoire de la RT-PCR remonte aux années 1980, lorsque Kary Mullis a développé la
technique de la PCR (Polymérase Chain Réaction) qui permet d'amplifier de petites quantités
d'ADN spécifique. La PCR conventionnelle amplifie l'ADN, mais elle ne peut pas être utilisée
directement pour détecter les ARN viraux.
C'est là qu'intervient la RT-PCR, une version modifiée de la PCR qui permet d'amplifier l'ARN
et de le détecter avec précision. La RT-PCR utilise une enzyme appelée transcriptase inverse
pour convertir l'ARN en ADN complémentaire (ADNc), qui peut ensuite être amplifié par PCR.
7
3.3 Etapes De RT- PCR :
A la différence d’une PCR classique, la PCR en temps réel utilise une sonde fluorescente qui
permet la quantification et la caractérisation de l’amplification formé en temps réel
L’étape de dénaturation, est réalisée à environ 95°C
L’étape d’hybridation se fait à une température qui sera définie selon la nature des amorces
(cette température varie de 50 à 60°C).
L’étape de polymérisation est à environ 72°C, température de « travail » de l’ADN
polymérase thermorésistante utilisée.
3.4 Historique Et Définition DuSARS-Cov-2 :
Les coronavirus sont une large famille de virus à ARN à simple brin qui se divisent en quatre
genres : Alpha coronavirus, Beta coronavirus, Gamma coronavirus et Delta coronavirus.
Actuellement, seulement sept coronavirus sont reconnus comme pathogènes chez l’humain,
dont quatre qui typiquement provoquent des symptômes bénins de rhume ou de type grippal
chez des personnes immunocompétentes, soit deux Alpha coronavirus (HCoV-NL63, HCoV-
229E) et deux Beta coronavirus (HCoV-OC43, HCoV-HKUI).
Trois coronavirus causent des infections pouvant être responsables d’une infection sévère et
mortelle. Les deux premiers sont des Beta coronavirus déjà connus : le virus responsable du
syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) apparu en Chine et à l’origine de l’épidémie
de 2002-2003, et le virus responsable du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV)
qui a occasionné l’épidémie de 2012 . Le troisième est le SARS-CoV-2. Il s’agit d’un nouveau
Beta coronavirus isolé en janvier 2020.
-En effet, le 31 décembre 2019, l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a reçu une alerte
concernant l’apparition d’un groupe de cas de pneumonie atypique à Wuhan (Chine). Des
enquêtes ont révélé qu’un nouveau coronavirus apparenté génétiquement au SRAS-CoV«
syndrome respiratoire aigu sévère – coronavirus 2 » circulait et qu’il causait ce que nous
connaissons à présent sous le nom de « maladie à coronavirus 2019 » (COVID-19). La
COVID-19 est une nouvelle maladie causée par le SARS-CoV.
8
3.5 Phase Pré-Analytique:
L’unité covid du laboratoire de virologie de l’INRSP, reçoit et traite 02 types des échantillons :
• Les échantillons des malades envoyés par le centre de tri de la direction de l’information
stratégique et de surveillance épidémiologique.
• Les échantillons des voyageurs prélevés au niveau de l’INRSP
3.5.1 Prélèvement:
1. Insérer l’écouvillon dans la narine jusqu’au Naso-pharynx
2. Laisser en place 3-5 secondes
3. Retirer lentement l’écouvillon avec mouvement de rotation
4. Mettre le bout de l’écouvillon dans le MTV* en cassant le bâton de l’écouvillon
Utilisez un écouvillon en Dacron ou polyester. Pas en bois !
(*MTV = Milieu de Transport Viral)
Fig4 : Prélevements
9
3.5.2 Préparation Des Echantillons :
• Afficher dans le laboratoire les critères de réception (si fiche complète) ou refus (si fiche
incomplète)
• Attribuer une place connue par l’équipe de travail du labo, au cahier de registre des
échantillons ainsi qu’au classeur contenant les fiches qui accompagnent les
prélèvements
• Assurer que la hotte BL2 pour l’extraction est bien propre et que les équipements et
matériels nécessaires (cryotubes, pipettes, cônes, vortex, portoirs) sont à disposition.
3.5.3 Enregistrement Et Identification Des Echantillons :
• Attribuer le numéro d’identification unique (No. INRSP) en commençant par l’année et
puis dans l’ordre d’enregistrement au laboratoire. Ex le No. INRSP 20230001, le No.
INRSP 20230002, etc.
• Remplir les données (toutes) dans le cahier de Registre de Réception
• Reporter dans chaque fiche de surveillance le No. INRSP correspondant
• Garder les fiches de surveillance dans un classeur, dans l’ordre d’arrivée
(enregistrement).
3.5.4 Conservation Des Echantillons :
• Tout échantillon qui arrive à l’INRSP doit être garde a 4°C et aliquoté le jour même si
cela n’est pas possible, placer l’échantillon a -80°C.
10
3.6 Phase Analytique Thématique
.
3.6.1 Analyses De Laboratoire Réalisées
Nous avons réalisé la PCR en temps réel pour la quantification et la détection de l'ARN du virus
du Covid-19. Cette technique consiste à dépister l'ARN du SARS-CoV-2 en utilisant des sondes
fluorescentes et une courbe de standard.
3.6.2 Materiels,Réactifs/Consommables Utilisé :
Materiels :
• Tubes cônes avec filtre
• Hôte de sécurité microbiologie BL2
• Marqueur
• Pipettes
• Tube Eppendorf
• Vortex
• Centrifugeuse
• Tube de collection
Fig5 : Matériels
11
Réactifs :
• Dionised Solution
• Carrier ARN
• Protéinase K
• Lysis Solution
• Eluant
• InhibitorRemover
• Alcool 70%+
• Contrôle Interne
Fig6 : Réactifs
Consommables :
Fig7 : Consommables
• Masque de protectionrespiratoire
• Ecouvillonsstériles à usageunique
• Gants et sur-blouse jetable
• Sacs-poubelles
• Papierabsorbant
• Papier bulle 12
3.6.3 Procedure /Mode Operatoire :
Chaque procedure dextraction depend du protocole ci-joint avec le kit dextraction utilise
et nous nous travaillons sur le protocole de (Kit DAAN GENE)
Protocole d'inactivation et d'extraction
(Kit DAAN GENE)
[Link] Inactivation:
• 200 ul solution de lyse pour Rompre les membranes cellulaires et les structures
cellulaires afin de libérer l’ARN
• 4 ul Carrier RNA +6ul de contrôle internepour faciliter ou améliorer les étapes de
purification ou d'amplification des acides nucléiques.
• 50ul protéinase K pour dégrader les protéines présentes dans l’échantillon
• 200ul échantillons
• Centrifugation pendant 10 secondes et incubation 10 minutes à 72° C.
[Link] Extraction:
• Ajouter 250ul éthanol pour le lavage puis transférer à 12000 t/m.
• Ajouter 500ul inhibatorremover pour éliminer les substances qui pourraient inhiber les
réactions ultérieures, telles que la transcription inverse et l'amplification par PCR puis
centrifuger à 12000 t/mpendant 1m.
• Ajouter 500ul solution dionized pour assurer les conditions optimales pour l'isolation
et la manipulation de l'ARN [Link] centrifuger à 12000t/mpendant 1m.
• Répéterl'étape 3
• Centrifuger sous-vide à 14000 t/m pendant 3 minutes.
• Ajouter 50ul de la solution d’élution préalablement chaufféeà 72° C pour récupérer
l’ARN fixé sur les billes magnétiques
• Incubation pendant 1 m.
• Centrifugation à 14000 t/m pendant 1 m.
Conserver les RNA extraits à + 4°C pour une utilisation immédiate ou à – 80°C pour
utilisation ultérieure. Marquer clairement le tube avec le No unique d’identification (No.
INRSP) ainsi que la date d’extraction
13
[Link] Préparation Du Mix Ou Mélange De RT-PCR
Réactif Volume
Taqpath 1-Step Multiplex Master Mix 7.5ul
Taqpath Covid-19 Assay Multiplex 1ul
Nuclease Free Water 6.5ul
[Link] Ajout de l’ARN
L’ajout de l’ARN des échantillons et des contrôles se fait dans la salle d’extraction en utilisant
le matériel (Pipettes et embouts) disposés dans cette salle.
Il est important de commencer l’ajout de l’ARN par celui des échantillons avant de terminer
par les contrôles positif (respecter l’ordre). L’ajout de l’ARN se fait par colonne pour les
échantillons selon le protocole de la fiche de paillasse (Se référer). Fermer hermétiquement les
tubes ou puits de la plaque, colonne par colonne, une fois le pipetage terminé pour un
échantillon.
Ne pas écrire avec le marqueur au-dessus des tubes ou puits ou sur les couvercles des
(Interférence avec la lecture de la fluorescence)
Si une centrifugeuse des plaques est disponible, centrifuger brièvement la plaque avant
l’amplification. Veuillez à ne pas laisser de bulles d’air au fond des cupules (très important car
ceci perturbe la PCR)
[Link] Lancement
• Démarrage de la machine RT-PCR et du logiciel associé.
• Introduire la plaque d'échantillons dans la machine.
3.6.4 Assurance qualité :
• Un contrôle positif pour chaque type ou sous-type de gêne à tester ou PC
(PositiveContrôle)
• Un contrôle Négatif Mix qui permet de vérifier l’absence de contamination des
réactifs et de l’eau RNase Free par de l’ARN ou NTC (No Template contrôle)
• Un contrôle Négatif de l’extraction qui permet de vérifier l’absence de
contamination croisée lors de l’extraction
14
3.7 Phase Post-Analytique :
3.7.1 Systéme De Vérification De La Fiabilité/Promptitudes Des
Resultats
ORF1ab Gene N Gene S MS2 Statut Résultats
- - - - Non
valide
+ - -
Manipulation à refaire
- + - Equivoqu
+/-
e
- - +
- - - + Négatif pour SARS
COV2
+ + +
- + + Valide
Positif pour SARS
+/-
+ + - COV2 +
+ - +
15
Voici la courbe d'un échantillon positif montrant l'amplification des 3 gènes cibles (gène N,
gène S, gène Orf1b) ainsi que le contrôle interne (MS2).
D ARN
Cycles
Fig8 : Courbes des Résultats
16
3.7.2 Role Et Responsabilité :
➢ Role personnel infirmier
• Phase Pré-analytiques
➢ Role technicien
• Phase Analytique
- Reception
- Traitement des echantilons
- Preperation des reactifs et consommables
- Analyse des echantillon
- Validation techniques
➢ Role biologiste
• Phase Analytique
- Validation des resultat
• Phase post-Analytique
- Verficatioon des resultats
➢ Secretariat
• Phase post-Analytique
- Saisie et remise des resultats
17
3.7.3 Resultast :
Au cours de notre stage, le laboratoire a recu 5960échantillons suspects de la covid -19. Le
tableau I presnte les resultats de PCR covid-19 des echantiollns testes.
Tableau 1 :Repartion des echantillon selon le resultat PCR covid-19
Résultat Effectif %
Négatif 5941 99,68%
Positif 19 0,13%
Total général 5960 100,00%
Tableau 2 :Repartion des echantillon par sexe :
Sexe Effectif %
F 1463 24,55%
M 4497 75,45%
Total 5960 100 %
Tableau 3 Repartion des echantillon par age :
Tranche d’âge effectif %
<15 ans 153 2,57%
15-25 ans 535 8,98%
25-35 ans 1390 23,32%
35-45 ans 1633 27,40%
45-55 ans 1233 20,69%
>55 ans 1016 17,05%
Total 5960 100%
18
Tableau 4 Repartion des echantillon selon l’age et resultat PCR :
Résultats PCR covid-19 <15 15-25 25-35 35-45 45-55 >55 Total
Négatif 153 535 1387 1628 1231 1007 5941
Positif 0 0 3 5 2 9 19
Total général 153 535 1390 1633 1233 1016 5960
Tableau 4 Repartion des echantillon selon le sexeet resultat PCR :
Résultats F M Total
Négatif 1462 4479 5941
Positif 1 18 19
Total 1463 4497 5960
3.7.4 Analyse :
Au total, 5960 échantillons ont été analysés. Le sexe a été dominé par les hommes à 0,18%
contre 0,01% de femmes. Les extrêmes d'âge étaient <15 et >55 ans respectivement, la
tranche d'âge la plus représentée étant >55 ans. La recherche de l'ARN viral était positive chez
19/5960, soit 0,83% de la population totale.
19
3.7.5 Commentaires:
Nos résultats montrent une prédominance du sexe masculin à 0,18%. Cette prédominance
chez les hommes peut s'expliquer par le fait qu'ils sont plus mobiles et qu'ils sont aptes à
voyager pour diverses raisons telles que les études ou les affaires.
Nos résultats montrent également que la tranche d'âge >55 ans est la plus représentée avec
0,02%. Ce résultat peut s'expliquer par le fait que cette tranche d'âge est plus sujette aux
maladies, ce qui la rend plus susceptible d'être infectée par le SARS-CoV-2 par rapport aux
autres tranches d'âge.
Le résultat de la PCR était très faible, avec un pourcentage de 0,83%. Ce résultat confirme la
faible circulation du virus au cours de cette période.
3.7.6 Conclusion :
L'analyse de nos résultats confirme la prédominance du sexe masculin, la forte
représentativité de la tranche d'âge >55 ans et le faible niveau de circulation du virus au cours
de l'année 2023.
3.7.7 Suggestions :
À la lumière de notre étude, nous formulons les suggestions suivantes :
- Étant donné le faible taux de positivité, il serait recommandé d'intégrer la surveillance de la
Covid-19 à la surveillance de la grippe (passage de la surveillance active à la surveillance par
méthode sentinelle sur un échantillon).
- Renforcer la surveillance clinique au niveau des hôpitaux et tester les cas grave
20
3.8 BIBLIOGRAPHIE
1. Agence délassante publique du Canada (ASPC). Signes, symptômes et gravité de la
COVID-19 : Guide à l’intention des cliniciens 2020. Version du 18 septembre
[Link]éré sur:[Link]
nouveau-coronavirus/document-orientation/[Link]
2. Centers for Disease Control and Prevention (CDC).Interim Clinical Guidance for
Management of Patients withConfirmed Coronavirus Disease (COVID-19).2020.
Version du 8 décembre [Link]éré sur:[Link]
ncov/hcp/[Link]
3. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Pregnancy, Breastfeeding, and
Caring for [Link] du 28 December [Link]éré
sur:[Link]
[Link]?CDC_AA_refVal=https%3A%2F%[Link]%2Fcoronavir
us%2F2019-ncov%2Fhcp%[Link]
4. Institut national d’excellence en santé et services sociaux (INESSS). COVID-19 et
Remdésivir. Réponse rapide. 2020. Version du 14 octobre 2020. Repéré sur :
[Link]
19/[Link]
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l'immunisation du Québec sur les caractéristiques des vaccins candidats contre la
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