COURS DE MICROBIOLOGIE GÉNÉRALE

Préparé par : Pr. Aicha AIT ALLA

Section SV4

Année universitaire : 2014-2015

Recommandations
y Le cours, TD et TP de microbiologie sont complémentaires. Il faut
absolument assister aux TD et aux TP pour compléter les informations
donner en cours.

y Les étudiants doivent prendre des notes au fur et à mesure lors de la

séance de cours (en plus du contenu du polycopié). Lorsque c’est
nécessaire, des planches seront distribuées.

y Les étudiants ayant des questions sur le contenu du cours doivent les
posées à la fin de chaque séance de cours.

y L’évaluation des connaissances sera sous forme de contrôles (examen TP

+ examen écrit à la fin du semestre).

y Les étudiants n’ayant pas validés (10/20) le module microbiologie

générale passent une session de rattrapage.

Plan du Cours
Chap.I. Monde Microbien

[Link]. Taxonomie bactérienne

[Link]. Structure de la cellule procaryote

[Link]. Métabolisme et nutrition bactériens

 Définition de la microbiologie
• La microbiologie est la science qui étudie les

micro-organismes;

• Les micro-organismes constituent un groupe très

diversifié, ils existent à l'état de cellule isolée ou

Champignons
en groupe. Ils sont de petite taille. (Mycologie)

Virus Bactéries
Algues unicellulaires
(Virologie) (Bactériologie)
(Algologie) Protozoaires
(Protozoologie)

Chapitre I

LE MONDE MICROBIEN

Historique du monde microbien

•Antony van Leeuwenhoek (17ème siècle) : était le

premier qui a observé et descrit les microorganismes
sous microscope

* Grossissement (x50 à 300) en 1650 ("animalcules").

Microscope de Leeuwenhoek
 Suite à ces observations se posa la Question suivante :

D’où proviennent ces microorganismes ?

Apparition de 2 théories contradictoires

Théorie 1 Théorie 2
Génération spontanée Biogenèse

Génération spontanée = Idée selon laquelle la vie peut émerger du

non-vivant ou de la décomposition de tissus animaux et végétaux

Biogenèse = Tout organisme vivant provient d’un organisme vivant

préexistant

Au début du 19ième siècle

Plusieurs chercheurs, en se basant sur des expériences,

apportent des preuves en faveur de la biogenèse

1- Expérience de Redi sur la viande en décomposition

Conclusion :

l'apparition des asticots n’est pas due à la viande en décomposition

mais à la présence de mouches (Expérience en faveur de la biogénèse)

 2. Expérience de Spallanzani en 1768.

Croissance
Bouillon chauffé

Conclusion : les microorganismes proviennent de l'air et ils sont tués

par une ébullition.

4. Expérience de Louis Pasteur En 1861En

- flacons à bec de cygne de Pasteur : préparés

par chauffage du goulot des flacons contenant
une solution nutritive
- Flacon à bec intact ouvert aprés ébullition : pas de croissance
- Flacon à bec cassé et ouvert aprés ébullition : croissance
- Inclinaison de la solution nutritive aprés ébullition dans la partie creuse du bec :
Croissance
Conclusion :
- existence de microorganismes dans l’air
- Possiblité de maintenir des solutions nutritives stériles
(ébullition + éviter contact avec l’air)
– expérience en faveur de la biogénèse

Autre expérience
de Pasteur en
faveur de la
biogénèse

- Filtration de l'air à travers un coton et observation du contenu du cotton après ébullition

1)présence de nombreuses particules ressemblant à des spores de végétaux piégées par le

coton (flèche numéro 1).

2)En prenant ce coton et en le déposant sur un milieu nutritif il constate un développement

de micro-organismes (flèche numéro 2) :
 Conclusion : les microorganismes qui se trouvent dans l’air peuvent

être présents sous une forme qui résiste à la chaleur, ce sont les spores

Remarque

En effet, en 1893, George Tyndall a démontré qu'il existait des formes

d'endospores bactériennes résistantes à la chaleur : Bacillus subtilis (bactérie du
foin). Il constata aussi qu'un milieu contenant des bactéries sporogènes peut être
efficacement stérilisé par Tyndallisation encore utilisée de nos jours.

Conclusion générale :

Après les travaux de Pasteur,

la biogenèse devient la théorie acceptée

Autres découvertes de pasteur

Louis Pasteur (1822-1895) : biologiste et chimiste français, a découvert

aussi :

y le rôle des germes dans la propagation des maladies infectieuses,

y la pasteurisation,

y des vaccins contre plusieurs maladies (exemple le vaccin contre la rage)

y la fermentation.

a) Relation microorganismes - fermentation

Toutes les civilisations anciennes ont utilisé des produits de fermentations

(aliments ou boissons) :

- Grecques : Vins provenant de fermentation de fruits

- Chinois : bière chinoise à base de riz
- Chine et Japon : sauces de soja à base de fèves fermentées

Il a fallu attendre les études de Pasteur sur le rôle des microorganismes dans
la fabrication du vin pour comprendre que la fermentation était causée par des
Microorganismes.

- C’est en 1850 que pasteur s’intéressa à la fabrication du vin,

- il montra que les échantillons de vins contenaient différents types de microbes.
- certains microbes dominaient dans les bons échantillons

Il proposa alors de chauffer les jus de fruits à 62,8°C (Pasteurisation) pour

éliminer les souches indésirables, puis de commencer la fermentation par
une culture provenant du bon vin
 Expériences de Pasteur sur la fermentation

Conclusion : Les microorganismes responsables de la fermentation sont soit

les bactéries (production d’acides) soit les levures (production d’alcool)

Différents types de Fermentations étudiés par Pasteur

- Fermentation lactique (1857)

- Fermentation alcoolique (1858)

- Fermentation butyrique – anaérobiose (1861)

- Etudes sur le vinaigre (1861-64)

- Etudes sur le vin (1866)

- Etudes sur la bière (1876)

 b) Relation microorganismes - Maladies

La théorie germinale des maladies était présente avant que Pasteur ne montre
que les microorganismes étaient la cause des maladies.

- en 1546, Fracastoro de Vérone suggérait que les maladies pouvaient être

provoquaient par des êtres vivants.

- en 1762, Von Plenciz de Vienne prétendait que différents microorganismes

provoquaient des maladies différentes

- en 1843, Olivier Wendell Holmes suggérait que la fièvre puerpérale,

infection des femmes après accouchement, était contagieuse et causée par
des microorganismes transportés d’une femme à l’autre par des sages
femmes ou des médecins

- en 1870, Robert Koch (puis Pasteur en 1877) a isolé des bactéries en forme
de batonnets à bouts carrés à partir du sang de moutons atteints de la maladie
du charbon. Plus tard Koch découvrit les bactéries responsables de la
tuberculose et du Choléra.

Bacille du charbon Bacille de Koch Vibrio cholerae

Bacillus anthracis Mucobacterium tuberculosis

Postulats de Koch

Selon Koch, pour démontrer qu’un microorganismes est responsable

d’une maladie, Il faut :

• Qu’il soit retrouvé dans tous les cas de maladies semblables ;

• Qu’il soit isolé en cultures pures ;

• Qu’il reproduise la maladie expérimentalement ;

• Qu’il soit à nouveau isolé à partir d’animaux infectés

expérimentalement
 c) Prévention et traitement des maladies

L’immunisation ou vaccination

En été 1879, Pasteur et ses collaborateurs, Roux et Duclaux, découvrent

que les cultures vieillies du microbe du choléra injectées aux poules ne

déclenchent pas la maladie. De plus, cela permet à ces poules de résister à

de nouvelles infections .

Conclusions
- les bactéries atténuées pouvaient stimuler l’hôte à produire des

anticorps = substances qui protègent contre l’infection contractée à la suite

D’un contact avec l’organisme virulent : c’est une immunisation

- Les cultures atténuées = vaccins

- Vaccination = immunisation obtenue grâce aux cultures atténuées

Remarque : Pasteur appliqua ce principe d’immunisation à d’autres maladies

comme le charbon et la rage
 L’antisepsie
* Sepsie = infection

* Antisepsie = mesures prises pour combattre l’infection

- Technique utilisée par Semmelweis en premier puis par Josef Lister qui

fut le premier à avoir utilisé le phénol comme désinfectant en 1864.

La chimiothérapie
Utilisation de produits chimiques pour soigner les maladies

- Mercure = 1er produit utilisé (1495)

- Paul Ehrlich est le fondateur de la chimiothérapie, il a trouver des

Produits chimiques capables de tuer les microbes sans nuire au malade.

- Parmi les premiers produits utilisés en thérapeutique, les sulfamides

découverts par le scientifique allemand Gerhard Domagk.

- À la même époque apparue aussi la Pénicilline découverte par le

Bactériologiste écossais Alexandre Fleming.

d) Développement des techniques de laboratoire et des

procédés microbiologiques

C’est Robert Koch et ces collègues qui ont mis au point plusieurs techniques
de laboratoire qui ont contribué au développement de la microbiologie à savoir :

* Technique de coloration et de fixation des bactéries : permet de les rendre plus

Facilement visibles.

* Technique de culture des bactérie :utilisation de milieux de culture qui demeurent

fermes et transparents aux températures d’incubation (température favorable à la
Croissance)

* milieux de culture à base de gélatine : insuffisants car ils se liquéfiaient à 37°C

* Milieux de culture à base d’agar-agar ou gélose (extrait d’algue marine)

qui supporte de grands écarts de température

- Les milieux gélosés sont excellents pour séparer les microorganismes présents
dans un mélange.

- Ils permettaient de faire pousser les microorganismes à une certaine distance

Les uns des autres.

- Chaque microorganisme donne naissance à une colonie (masse compacte de

Cellules visible à l’œil nu).

Différents types de colonies bactériennes

Toutes les cellules d’une colonie sont semblables. On suppose qu’elles

sont issues d’une seule cellule mère. C’est ce qu’on appelle une culture pure

Comment préparer une culture pure ?

y But : obtention de colonies

isolées
y Colonie : masse visible à l’œil nu
de bactéries qui proviennent
toutes d’une même cellule mère
(clones)
y Technique la plus courante :
méthode en stries

Méthode des stries

 Technique des stries (sous forme de schéma)

Chapitre II
Taxonomie bactérienne

I. Place des micro-organismes dans le

monde vivant.

Avant la découverte des microorganismes, les organismes vivants

étaient classés en deux règnes

Règne Animal Règne végétal

* Organismes multicellulaires *Organismes multicellulaires

* Pas de paroi cellulaire. * ayant une paroi squelettique.
* Hétérotrophes par ingestion *autotrophes (photosynthèse)
* Pas de chloroplastes *Cellules avec chloroplastes (chlorophyle)
* Capables de se déplacer * Incapables de se déplacer
* Toutes les espèces se
reproduisent sexuellement.
 y Après la découverte des microorganismes, les scientifiques
ont essayé de les classer parmi les deux règnes préxistants.

- Ceux ayant des caractères proches des végétaux

(photosynthétiques, immobiles…) ont été classés dans le
règne végétal

- Ceux ayant des caractères proches des animaux

(non photosynthétiques, mobiles….) ont été classés dans
le règne animal

Rapprochement de certains micro-organismes

des règnes animal et végétal.

Végétaux Groupes Animaux

(Immobiles et contestés (Mobiles et non
photosynthétiques) photosynthétiques)
* Algues - Flagellés * Petits métazoaires :
(photosynthétiques) : Photosynthétiques - Rotifères
- Formes immobiles - Certains nématodes
-Myxomycètes - Certains arthropodes
* Champignons :
- Vrais champignons * Protozoaires :
- Flagellés non
photosynthétiques
- Ciliés
- Amibes

Les groupes contestés sont formés de certains microorganismes qui

Ne ressemblaient ni aux animaux, ni aux végétaux

Exemple 1
• les myxomycètes étaient
considérées comme
champignons par les
botanistes et comme
protozoaires par les
zoologistes.

Comme les champignons, ils

produisent des spores (comparables
aux graines des plantes), mais celles-ci,
une fois germées, deviennent des
sortes d’amibes capables de se
déplacer et de se nourrir.

les myxomycètes ne sont ni des

plantes, ni des animaux, ni des
champignons.
 Exemple 2
• les euglènes étaient considérées
comme algues par les botanistes
car ils ont un chloroplaste et
comme protozoaires par les
zoologistes car ils ont un flagelle

Nécessité de créer un nouveau système de classification

comprenant les microorganismes

II. Taxonomie et nomenclature des

microorganismes
Taxonomie (classification ) = science de classification des
organismes dans des groupes
appelés Taxons.

= Arrangement ordonné d’unités dans des groupes

plus grands.

La taxonomie est essentielle pour l'identification et la

nomenclature des souches bactériennes

Identification = donner une identité à un microorganisme inconnu en

le comparant aux microorganismes connus

Nomenclature : C’est l'ensemble des règles qui président à l'attribution

d'un nom à chaque taxon .

* Le système de nomenclature des organismes utilisé aujourd’hui a

été mis au point en 1735 par Carl von Linné.

* Les noms scientifiques sont en latin parce que, à l’époque de

Linné, c’était la langue employée par les savants.

* Suivant la nomenclature scientifique, l’appellation de chaque

organisme est formée de deux mots : c’est ce qu’on appelle la
Nomenclature binomiale de Linné
 Nomenclature binomiale

* Les microorganismes sont nommés selon les règles du système binomial de

Linné (1750).

* Le nom de chaque microorganismes est formé par deux fragments :

- le premier = le nom du genre, - le second = épithète spécifique =

nom descriptif, sa première lettre en
sa première lettre en majuscule
minuscule

Les deux termes forment le nom scientifique de l’espèce

Il doivent être écrit en Italique ou soulignés

™ Pour parler d’un organisme, on utilise les deux mots, qui sont
soulignés ou écrits en italique.
™ On a l’habitude, après avoir mentionné un nom scientifique une
fois, de l’abréger en écrivant la lettre initiale du genre suivie de
l’épithète spécifique (exemple : Escherichia coli devient E. coli ).
™ Les noms scientifiques peuvent, entre autres choses,
¾ Décrire l’organisme,
¾ rendre hommage à un chercheur ou
¾nommer l’habitat d’une espèce.

Exemple : Escherichia coli

* son nom de genre, Escherichia, a été donné en l’honneur du
scientifique Theodor Escherich,

* son épithète spécifique, coli, nous rappelle qu’E. coli habite

le côlon, ou gros intestin.

III. Classification des micro-organismes

La classification des microorganismes posée donc un problème que
Plusieurs scientifiques ont essayé de résoudre :
III.1. Classification de Haeckel
En 1866, Haeckel proposa la création d’un troisième règne qui
Comprendrait les microorganismes c’est le règne des Protistes

Règnes Animaux Végétaux Protistes

( Algues, Protozoaires,
Champignons et Bactéries)
Multicellulaires, Unicellulaires ou
Propriétés différenciation cellulaire multicellulaires ; avec très
en tissus et organes peu ou pas de
différenciation cellulaire
 ¾ L’invention du microscope électronique a permis l’observation de
l’ultra-structure des protistes.

¾ Cette observation a montré l’existence de certaines différences au sein de

ce règne, ce qui a engendré l’appellation suivante :

Règne des protistes

Protistes inférieurs Protistes supérieurs

= =
Bactéries + Cyanobactéries Algues + mycètes + protozoaires

* Absence de membrane autour * Possèdent un véritable noyau

du matériel nucléaire bien délimité par une membrane

Procaryotes Eucaryotes

III.2. Les principaux règnes et les trois domaines du monde vivant

Tableau avec d’autres classifications

Haeckel Whittaker Woese (1977) Cavalier - Consensus ? Woese (1990)

(1894) (1969) Six règnes Smith (1981) Trois domaines
Trois règnes Cinq règnes 8 règnes
Eubacterie Eubactérie Bactérie Bactérie
Monera (Bacteria)
Protiste
Archéobactérie Archéobactérie Archée Archées Procaryotes
(Archaea)
Archéozoaire
Protiste Protozoaire Protozoaire
Protiste Eucaryote
Chromiste Chromiste
Champignon Eucaryotes
Champignon (Eucarya)
Végétal Champignon Champignon
Végétal Végétal Plante Plante
Animal Animal Animal Animal Animal

Remarque : Il existe une troisième

forme cellulaire, proche des bactéries
par la petite taille, le cytoplasme et Règnes pouvant contenir
l’appareil nucléaire diffus, mais différente des microorganismes
par la composition chimique de la paroi et
de la membrane, entre autres. Il s’agit des
Archéobactéries.

Les systèmes actuels classent les microorganismes en deux grands groupes

Les protistes eucaryotes

= Les protistes procaryotes
Algues + champignons + protozoaires =
Bactéries + Archées

Structure cellulaire complexe Structure cellulaire simple

 Définitions

Procaryote

« pro » = primitif, avant

« karyote » = noyau

Ces organismes n’ont pas de véritable noyau, leur matériel

génétique est organisé sous la forme d’un nucléoïde. Ils se
divisent par fission binaire. Ils partagent d’autres
caractéristiques structurales, génétiques et biologiques.
Les procaryotes comprennent deux règnes :

- les archées : bactéries vivant dans des conditions extrêmes

- les bactéries sensus stricto : la majorité des bactéries qui se
trouvent dans notre environnement

Eucaryote

« eu » = vrai, « karyote » = noyau

Ces organismes possèdent un vrai noyau, c’est-à-dire que leur

matériel génétique est organisé au sein d’un organite
intracellulaire délimité par deux membranes. Ils se divisent par
mitose et souvent aussi par méïose. Ils partagent d’autres
caractéristiques structurales, génétiques et biologiques.
Les eucaryotes comprennent les protozoaires, les algues
(chromistes), les champignons, les animaux et les végétaux.

III.3. Classification biologique contemporaine

Eucaryotes Procaryotes Organismes
non cellulaires

-Plantes :
vasculaires
et Bryophytes - Protistes inférieurs:
Bactéries Virus
- Animaux (métazoaires) +
Cyanobactéries
- Protistes supérieurs :
Algues (sauf
cyanophycées =
cyanobactéries)
+ Protozoaires
+ Champignons
 III.4. Classification des protistes procaryotes
Les procaryotes sont formés d'une cellule unique d'une dizaine de micromètres de
long qui possède un chromosome unique rattaché à la membrane plasmique. La
composition de la membrane détermine deux grands groupes : Les
Archæbactéries et Les Eubactéries

Les Archæbactéries

™ Leur membrane est composée de lipides de types éthers.

™ Leur paroi ne possède pas de peptidoglycane (muréine).
™ Ces bactéries se sont maintenues dans les milieux extrêmes
™ les archées se distinguent des eubactéries et des eucaryotes par leurs
métabolismes particuliers (ils utilisent une plus grande variété de sources d’énergie
que les eucaryotes : composé organique comme les sucres, l’ammoniac, les ions
métalliques et même l’hydrogène gazeux comme nutriments.
™ Trois sous-groupes se sont différenciés :
¾ Les archées méthanogènes : produisent du méthane en réduisant le
CO2 à partir de l'hydrogène moléculaire. Ce sont bactéries anaérobies strictes
¾ Les archées halophiles vivent dans les milieux très salés.
¾ Les archées thermoacidophiles, des milieux chauds et acides,

Les Eubactéries
Se divisent en deux groupes :

- Eubactéries photosynthétiques.
- Eubactéries non photosynthétiques : groupe le plus
important en bactériologie

A. Eubactéries photosynthétiques
- Cyanophycées = algues bleues ou cyanobactéries
Elles sont uni ou pluricellulaires, photosynthétiques.

- Bactéries vertes (Chlorobactéries) et bactéries

pourpres (Rhodobactéries) : utilisent comme source d'électrons
des molécules réduites comme le H2S, le Soufre, l'Hydrogène ou de
la matière organique. En conséquence leur photosynthèse
est anoxygénique.
 B. Eubactéries non photosynthétiques

1- Myxobactéries :
Elles sont toujours unicellulaires et non photosynthétiques ;
elles se déplacent par glissement.

2. Les Spirochètes
:Caractéristiques générales

- Gram -
- Chimiohétérotrophe
Anaérobie, souvent stricte-
Forme cellulaire et Type de mobilité particulier - Le spirochète
- fins, flexibles et doté de filament axial ou Treponema pallidum
endoflagelles leurs conférant cette mobilité typique et
cette forme en spiralle .

- La plupart des Spirochètes vivent seul (dans les sédiments...) ou

associés à des animaux.

genre Spirochaeta : vit en eaux douces et marines

- Ils regroupes 4 genres : genre Treponema : parasite l’homme et les animaux

genre Borrelia : pathogène pour l’Homme et les animaux

genre Leptospira : pathogène pour l’homme

3. Les Actinomycètes = Eubactéries mycéliennes

™ Colonies à aspect compact, sec, lisse rugueux, poudreux et en

choux fleur
™ Largement répartis dans la nature (air, eau, aliments, sol)
™ rôle important dans les grands cycles biologiques
™ producteurs d’antibiotiques et d’enzymes protéolytiques
™ L’ordre des actinomycétales comprend plusieurs genres :
Mycobacterium, Actinomyces, Nocardia, Streptomyces, micromonospora...

Nocardia asteroides

Colonie de streptomyces
 4. Autres groupes :

y Rickettsies : parasites intracellulaires obligatoires (ex.:

l’agent du typhus)

y Chlamydies : parasites intracellulaires obligatoires

n’infectant que les vertébrés (ex: agents de maladies
vénériennes et de conjonctivites)

Inclusion de Chlamydia à l’intérieur d’un

lymphocyte sanguin (voir flèche)

y Mycoplasmes : bactéries dépourvues de paroi.

Il existe différents systèmes de classification

Systèmes de classification
Système de classification Des bactéries
Des animaux
Adopté en 1947 par l’association
Système de classification Internationale des sociétés
Microbiologiques.
Des végétaux C’est le code international de
Nomenclature des bactéries

Les premiers modèles de classification ont été crées par Linné en 1750
* Chaque système de classification présente une unité de base = Espèce

Définition de L’espèce en biologie :

* l’ Espèce = l’unité de base de tout système de classification

= Groupe d’organismes très apparentés (se ressemblent

entre eux), et capables de se croiser entre eux
(inerféondité).

Cette définition n'est pas applicable aux procaryotes (bactéries).

En bactériologie, une espèce est constituée par sa souche type et

par l'ensemble des souches considérées comme suffisamment proches

de la souche type pour être incluses au sein de la même espèce .

La classification des bactéries entre elles repose sur plusieurs types

d'observations et d'études. Les bactéries peuvent ainsi être classées
et donc identifiées en fonction :

* de leur morphologie microscopique (bactérie de type coque,

bacille, vibrion ; isolés, par deux, en chaînettes...)

* de leur morphologie macroscopique (taille, forme, couleur... des

colonies sur milieux de culture gélosés)

* de leur mobilité (mobilité ou immobilité à une température

donnée)

* de la présence de spores (à l'état frais ou après coloration)

* du résultat de la coloration de Gram (coloration de Gram positive

ou négative)

y de la température de croissance (4° C, 20° C, 30° C, 37° C...)

y du type respiratoire (aérobie, anaérobie strict, aéro-anaérobie

facultatif, microaérophile..)

y des besoins nutritionnels (nécessité de substances particulière pour

le développement)

y de la capacité à utiliser certaines sources de carbone ou d’azote (on

parlera de biotypes ou biovars, de zymotypes ou zymovars)

y Une donnée importante pour la classification bactérienne est le

pourcentage en nucléotides G et C (% G + C) de chaque génome.
Ainsi, deux espèces bactériennes proches auront des pourcentage
en G et C voisins.
 Les bactéries peuvent donc être classées selon leurs caractères :

- biochimiques (en biotypes ou biovars),

- pathogéniques (en pathotypes ou pathovars),
- antigéniques (en sérotypes ou sérovars),
- moléculaires (par ex séquençage de l’ARN ribosomal, en ribotypes),
-etc…

Elles peuvent aussi être classées en fonction de leur(s) :

- morphologie,
- comportement vis à vis de la coloration de Gram,
- besoins nutritionnels,
- capacité de photosynthèse,
- exigences en O2,
- etc…

* Un système de classification biologique est aussi basé sur une

hiérarchie taxonomique

Les échelons hiérarchiques sont :

Espèce = groupe de microorganismes présentant en commun le plus

grand nombre de caractéristiques semblables.

Genre = un groupe d’espèces semblables

Famille = un groupe de genres semblables

Ordre = un groupe de familles semblables

Classe = un groupe d’ordres semblables

Embranchement = un groupe de classes semblables

Règne = tous les organismes de cette hiérarchie

Exemple de structure hiérarchique des taxons

Rang Exemple

Règne Bacteria
Embranchement Proteobacteria
Classe γ-Proteobactéries
Ordre Enterobactériales
Famille Enterobacteriaceae
Genre Escherichia
Espèce Escherichia coli
 • Parfois on trouve d’autres subdivisions (Sous-classe , Sous-ordre ,
Sous-famille, Sous-genre , Sous-espèce )

Pseudomonas syringae pathovar Corynebacterium afermentans

Savastanoi sous-espèce lipophilum

Domaine ou empire "Bacteria " "Bacteria "

Phylum ou division "Proteobacteria " "Actinobacteria "
Classe Gammaproteobacteria Actinobacteria
Sous-classe aucune Actinobacteridae
Ordre Pseudomonadales Actinomycetales
Sous-ordre Pseudomonadineae Corynebacterineae
Famille Pseudomonadaceae Corynebacteriaceae
Sous-famille aucune aucune
Genre Pseudomonas Corynebacterium
Sous-genre aucun aucun
Espèce Pseudomonas syringae Corynebacterium afermentans

Sous-espèce aucune Corynebacterium afermentans

subsp .lipophilum
Rang hiérarchique inférieur à la Pseudomonas syringae pv. aucun
sous-espèce Savastanoi

* Ils s’écrivent toujours en italique

Exemple : Escherichia coli

Staphylococcus aureus

* Quand on nomme et on classe un microorganisme, il constitue une référence

* Il existe des collections de microorganismes classés (Bergey’s manual…)

* La taxonomie microbienne est un domaine dynamique et non statique

Les bactéries

Chapitre III. MORPHOLOGIE ET STRUCTURE DE

LA CELLULE BACTERIENNE
 Organisation des cellules eucaryotes et procaryotes
Procaryote Eucaryote
Taille 0,2µm (mycoplasmes)-10 µm – 1 µm (Nanochlorum eukaryotum) - 5 µm (levure) – 100 µm
voire plus chez certaines bactéries (voire de l’ordre du mètre si on pense aux neurones)
géantes (Epulopiscium fishelsoni : 10 à
500 µm selon la phase de croissance ;
Thiomargarita namibiensis de 0,1 à 1
mm)
Organisation Le plus souvent unicellulaire – Uni ou multicellulaire – différenciation sophistiquée
différenciation rudimentaire en tissus et organes chez les eucaryotes supérieurs
Noyau avec membrane Absent Présent
(sauf très rare exception
Matériel génétique 1 nucléoïde (parfois plusieurs) et Plusieurs chromosomes
parfois des plasmides
Matériel génétique dans cytosol
Matériel génétique dans noyau et certains organites
Cytosquelette Pas à proprement parlé Présent (microtubules, filaments d’actine)
(néanmoins protéine FstZ)
Division Fission binaire Mitose (réplication de la cellule) et souvent méïose
(formation de gamètes)
Processus d’endocytose Absent Présent
Ribosomes 70S : 50S (ARN 23S et 5S) + 30S 80S (sauf mitochondrie et chloroplaste) : 60S (ARN
(ARN16S) 25S et 5,8 S et 5S) + 40S (ARN 18S)
Membranes internes Très rare Présentes
(cf. certaines bactéries
photosynthétiques, les méthanotrophes,
les bactéries nitrifiantes…)
Compartiments Absents Présents : compartimentation de la production
internes (= organites) d’énergie (mithochondrie, chloroplaste), des
réactions enzymatiques (péroxysome, lysosome,
cytosol), de la synthèse protéique et sécrétion
(réticulum endoplasmique, appareil de Golgi) –
Quelques eucaryotes « primitifs » tels que Giardia lambdia n’ont
pas de mitochondries ou de réticulum endoplasmique.

Tableau comparatif (suite) :

Procaryotes Eucaryotes
Appareil Présent chez les phototrophes Présent chez les algues et les
photosynthétique plantes au sein d’organites
spécialisés : les chloroplastes
Vacuole à gaz Parfois présente Absente
Endospore Parfois présente Absente
Flagelles, cils Présent (selon espèces) – Présent (selon espèces) – Flagelles
Flagelles constitués de et cils faits de tubuline, entourés
flagelline et non entouré d’une d’une membrane
membrane (le plus souvent)
Paroi Peptidoglycane présent chez la Paroi de cellulose chez les plantes,
plupart des bactéries – Paroi de chitine chez les champignons
absente chez quelques
procaryotes (mycoplasmes,
thermoplasmales) - Paroi
différente présent chez
certaines archées–
Stérols dans les Très rare (exception : Fréquente
membranes mycoplasme,
méthanotrophe…)
Lipides liés par des Présent chez les bactéries Présent
liaisons ester (mais pas les archées)
Lipides liés par des Présent chez les archées (mais Absent
liaisons éthers pas les bactéries)

1- Morphologie générale.
a) Définition d'une bactérie :

* Etre unicellulaire de petite taille (microorganisme, micron) de

morphologie différente qui présente des caractéristiques propres
(Procaryote).

Schéma de la structure
bactérienne
 b) Dimensions

- l’unité de mesure en microbiologie = le micromètre (µm)

- Les dimensions des bactéries sont variables

- Diamètre habituel ≈ 0,5 à 1 µm - Certaines bactéries sont très longues :

- Longueur ≈ 2 à 5 µm (longueur = 100 µm, diamètre = 1 à 2 µm)

Les plus petites bactéries = mycoplasmes (0,1 à 0,3 µm)

c- Forme des bactéries

* La forme des bactéries est un critère permettant de les classer.

* Les bactéries présentent des formes variables :

- Forme sphérique ou ovoïdes = Coques ou Cocci

- Forme allongée droite ou cylindrique = Bacilles

E. coli
Bacille de Koch

- Forme spiralée = Spirilles (rigides ou relachées)

Spiroplasma melliferum
 - Forme incurvée (en virgule) = Vibrions

Vibrio cholerae

- forme ovale (intermédiaire entre coque et bacille) = Coccobacille

Exemple : le genre Brucella

d- Groupement

- Certaines espèces bactériennes présentent des modes de groupement

Cellulaires caractéristiques de l’espèce.

* Pour les cocci, on trouve :

- Streptocoques, cocci en chaînettes ,(a) division

selon un même plan;

- diplocoques, cocci regroupés deux à deux (b)

- en Tétrades ( c ) division selon deux plans

régulièrement

- Sarcines (d) division selon trois plans régulièrement

- Staphylocoques, cocci en amas. (e), division selon

plusieurs plans, irrégulièrement

* Pour les Bacilles, on trouve :

- en chaîne : ex, Lactobacillus

- en palissade : ex, Corynebacterium

- en Y : ex, Bifidobacterium
 Remarque :

Ces groupements peuvent varier selon les circonstances

Sur un frottis de Streptocoques, on peut trouver des amas de deux,

quatre, huit, des grappes et la forme en chaîne caractéristique

e- Ultrastructure de la cellule bactérienne

L’examen de la cellule bactérienne à l’aide des techniques

microscopiques modernes révèle l’existence de deux types de
Structures.

- Structures extérieurs à la paroi cellulaire (flagelles, pili,

capsule…)

- Structures à l’intérieur de la paroi (membrane cytoplasmique,

mésosome, cytoplasme et structures intracytoplasmiques…)

Les bactéries sont formées par des éléments
- obligatoires (présents chez toutes les bactéries)
- facultatifs (présents uniquement chez quelques espèces)

@ Éléments obligatoires

* La Paroi bactérienne :
Capsule

* La paroi se trouve au dessus de la

membrane cytoplasmique et au dessous de
Capsule.

* enveloppe rigide caractéristique de la

cellule procaryote « exosquelette »

* A part les mycoplasmes, toutes les

bactéries possèdent une paroi cellulaire Paroi

* Son épaisseur varie entre 10 et 35 nm Membrane

chez la plupart des bactéries cytoplasmique

a) Rôles de la paroi bactérienne

* Résistance

- Confère à la bactérie sa forme (si on enlève la paroi, on obtient des

cellules sphériques = protoplastes).

- Confère à la cellule sa rigidité et sa résistance aux pressions

(pression osmotique interne des bactéries 5 à 20 atm)

- Assure la protection de la membrane cytoplasmique (membrane interne)

- Est constitué d ’un composé spécifiquement bactérien, le peptidoglycane (ou

muréïne), un polymère d’un dissacharide formé de N-acétyl-glucosamine et

d’acide N-acétyl-muramique (il donne à la cellule sa rigidité)

 * Echanges

- Contrôle la diffusion des molécules en fonction de leur taille, degré

d'hydrophobicité... : rôle de membrane semi-perméable

- Assure le captage des nutriments importants : récepteurs et transporteurs

membranaires spécifiques

- Effectue le rejet des composés nocifs dans le milieu extérieur : pompes

d'efflux

* Adaptation

-Se modifie pour permettre la croissance et la division cellulaire

* Classification

- Est colorable par la méthode de Gram (1884).

Coloration de Gram

Cette coloration permet de diviser les bactéries en deux grands groupes

bactérie à Gram positif bactérie à Gram négatif

Escherichia coli
Staphylococcus aureus

Coloration de Gram

* C'est la coloration de base en bactériologie .

* Cette coloration permet de différencier les bactéries selon deux

critères :

- leur forme ,

- leur affinité pour les colorants .

Pour réaliser cette coloration, on doit d’abord préparer

ce qu’on appelle un frottis fixé

 Étapes de préparation d’un frottis fixé

Principe de la coloration de Gram

- les bactéries sont imprégnées par une première solution colorante, le violet
Cristal.

- puis elles sont fixées par un mordant, la solution de Lugol (solution d'iode dans
l'iodure de potassium)

On fait ensuite agir un décolorant (alcool le plus souvent)

Suivant la composition de leur paroi :

- certaines bactéries résistent à cette décoloration et apparaissent colorées en

violet elles sont dites Gram positif .

- d'autres bactéries ne résistent pas et ne sont plus visibles. On doit donc utiliser
un deuxième colorant de teinte contrastante (fuchsine, ou safranine, colorants
rouges). Ces bactéries apparaissent alors colorées en rose, elles sont dites Gram
négatif.

Coloration de Gram

Développée par le médecin danois Christian Gram en 1884

Coloration au cristal
violet (colorant Augmentation des interactions
basique) colorant-cellule à l’aide d’un
Env. 30’’ mordant (iode/lugol)
Lavage (eau) env. 1’
Env. 2’’ Lavage à l’eau

Contrecoloration
(safranine,
fuschine) Décoloration
env. 30-60’’ (éthanol)
Lavage à l’eau env. 10-30’’
Séchage Lavage à l’eau

Gram +
Gram -
 La distinction entre bactéries à gram positif et bactéries à gram négatif repose

Sur une différence de composition chimique pariétale.

b) Composition chimique de la paroi bactérienne

Bactéries Bactéries
Gram + Gram -
Osamines +++ +
Acides aminés 24 à 35 % 50 %
Acides teichoiques +++ -
Oses 20-60 % 20-60 %
Lipides 1-2,5 % 10-22 %

Les différents composants de la paroi bactérienne

* Osamines

- La N-acétylglucosamine
• Présents chez toutes les bactéries
• Entrent dans la composition du peptidoglycane
- L’acide N-acétylmuramique

- La glycosamine : présente chez quelques espèce seulement en faible proportion

CH2OH
CH2OH
O
O OH
OH

OH HO
HO
-OOCCHCH NH2COCH3
NH2COCH3 3

N-acétylglucosamine (NAG) Acide N-acétylmuramique (NAM)

* Acides aminés
La paroi des bactéries contient trois acides aminés majeurs :

* La D-alanine et la L-alanine (D-ala, L-ala)

* l’acide glutamique (D-glu)

* La lysine (L-lys) ou l’acide diamino-pémilique (DAP)

* Acides teichoïques

- Présents uniquement chez les bactéries Gram + (50 % du poids de la paroi)

- Localisés soit dans la paroi soit dans le feuillet externe de la membrane
Cytoplasmique
- Ont un rôle antigénique
- il existe deux types d’AT :

- le polyribitol-phosphate (localisé dans la paroi

- le polyglycérol-phosphate (localisé dans la membrane)
 * Oses simples

- Nombreux : glucose, galactose, mannose, fructose …..etc

- Leur nature et leur types d’associations confèrent aux antigènes de

Paroi leur spécificité

* Lipides

- Présents en faible quantité (presque totalement absents chez les Gram +)

- entrent dans la composition des lipopolysaccharides des Gram -

c) Structure moléculaire de la paroi bactérienne

- Il existe une nette différence de structure entre les parois des Gram + et

des Gram -

- Paroi épaisse (15 à 80 nm) - Paroi mince (6 à 15 nm)

- aspect homogène - aspect hétérogène

Les deux paroi sont différentes mais comportent un polymère commun,

partie la plus interne :

PEPTIDOGLYCANE = MUREINE = MUCOPEPTIDE = MUCOCOMPLEXE

 * Le peptidoglycane

Comme son nom l'indique, le petidoglycane est constitué :

* d'une partie glucidique : il s'agit d'une alternance de N-Acétyl-

Glucosamine (NAG) et de N-Acétyl-Muramique (NAM) reliés par des liaisons

Glycosidique β 1-4.

* d'une partie peptidique : 4 acides aminés qui sont reliés par une

liaison amidique au niveau de la fonction acide carboxylique du résidu

pyruvate du NAM.

Le peptidoglycane est formé par de longues chaines répétitives montrant une

alternance NAG-NAM

Structure du peptidoglycane (polymère en réseau donne sa rigidité à la cellule

Transglycosilation

Lipide membranaire
 Remarque

* Le peptidoglycane est la cible de nombreux antibiotiques (b-lactamines

comme la pénicilline). inhibition de la synthèse de la paroi

* Le lysosyme est une enzyme (présente dans les larmes, la salive...)

capable d'hydrolyser les liaisons osidiques du peptidoglycane

Protoplastes (bactéries Gram +) Destruction de la paroi

Sphéroplastes (bactéries Gram -)

* Spheroplaste = protoplasme isolé des cellules bactériennes Gram.-

Gram -

* Protoplaste = Cellule bactérienne libérée de sa paroi mucopolysaccharidique

Conclusion des deux expériences

La paroi joue un rôle :

- dans la forme de la cellule

- dans la résistance à la pression interne de la cellule (milieu

Hypertonique empêche la lyse des cellules)

 Comparaison de la paroi des bactéries à Gram positif et des bactéries à Gram négatif

Bactéries à Gram positif Bactéries à Gram négatif

Aspect en microscopie Une couche épaisse et amorphe . Deux couches séparées par
électronique un espace clair .
Présence d'une Non Oui
membrane externe
Présence d'un espace Non Oui
périplasmique
Peptidoglycane Épais (15 à 80 nm), représente Mince (6 à 15 nm),
40 p. cent du poids sec, représente moins de 10 p.
cent du poids sec,
Acides téchoïques Présents Absents
Présence de protéines Possible : liaisons covalentes Fréquente
avec le peptidoglycane, rôle
éventuel dans le pouvoir
pathogène, rôle éventuel
dans l'antigénicité spécifique .
Présence de Possible : antigènes spécifiques Possible
polysaccharides de groupe pour certaines
espèces
Lipopolysaccharides Absents Présents

Autres rôles de la paroi

- La paroi possède des propriétés antigéniques

* Bactéries à Gram + * Bactéries à Gram -

- Acides teichoïques = principaux Ag chez - Polysaccharide O du LPS = Ag

Les staphylocoques
- Chez le genre Streptoccocus

Ag C La classification des Salmonella par

(polyosidiques) Ag M, T, et R Kauffmann et White en groupes
(proteiniques) sérologiques repose sur la diversité des
facteurs O et H (antigènes flagellaires)
À la base de la clasification
antigénique de Lansfield
(groupes sérologiques A,B,C,D,E..)

Autres rôles de la paroi

- Fixation des bactériophages

- Certains constituants de la paroi sont des

sites privilégiés de fixation des
bactériophages (ex : acides teichoïques des
bactéries Gram positif)

- La fixation du virus sur la paroi constitue la

première phase de l'infection virale.

- Celle-ci peut être suivie par la lyse de la

cellule.

- Cette propriété peut être utilisée pour

différencier certaines espèces bactériennes.

- la carte d'identité obtenue est appelée

lysotype .
 * La membrane cytoplasmique

• Membrane ayant un aspect trilamellaire

• Située sous la paroi, interface entre cytoplasme et structures externes

• Composition

- Lipides (30 à 40 %)

- proteines (60 à 70 %)

- Glucides (constituants
mineurs, glucose,
glucosamine)

Absence de cholestérol =
différence avec la cellule
eucaryote

@ Lipides = phospholipides

@ Proteines

- Proteines intrinsèques ou internes, traversent le double feuillet membranaire

- Proteines extrinsèques ou périphériques, apparaissent sur l’une des deux

faces du double feuillet, certaines sont constitutives, d'autres ont un rôle

de transport.
 • Fonctions de la membrane cytoplasmique

– Respiration (fabrication d’énergie)

– Transfert de substances :

• diffusion simple « filtre » (loi de Fick)

• transport actif (perméases)

a) La respiration
* Les chaines respiratoires des bactéries sont semblables à celles des mitochondries

* Dans la respiration aérobie, la réoxydation des coenzymes réduits est assurée par le
transfert des électrons par "voie cytochromique" vers le dioxygène.

* Les cytochromes = hétéroprotéines membranaires fonctionnant comme

transporteur d'électrons .

* Chez les bactéries la composition en cytochromes varie en fonction de l'espèce et

même pour une espèce donnée en fonction des conditions de culture.

b) Transfert de substances
* La membrane cytoplasmique joue le rôle de barrière en empêchant :

- la fuite des composés intra-cytoplasmiques

- la pénétration anarchiques des constituants extra-cellualires

* Elle assure les échanges entre l’intérieur et l’extérieur de la cellule en :

- absorbant les éléments utiles pour le métabolisme

- excrétant d’autres molécules et éliminant les déchets

* Les échanges se font de différentes façons :

- Transport passif ou Diffusion simple passive ou facilitée

- Transport actif
 @ Transports passifs : sans apport énergétique
a) Diffusion simple passive : les petites molécules (02 ,CO2, acides gras, éthanol,…)
peuvent traverser librement la membrane cytoplasmique lorsque leur concentration
dans le milieu extra cellulaire est supérieure à celle du milieu intracellulaire.

b) Pour les molécules de taille plus importante et hydrophiles la diffusion se fait de

deux façons

- diffusion simple par canal proteique

- diffusion facilitée par proteine porteuse

@ Transports actifs

-Se font contre le gradient de concentration

- nécessitent un apport énergétique

a) Transport ionique ou transport
Actif primaire ou uniport

- se fait par des pompes (ex : pompe K+)

b) Transport actif secondaire dit de cotransport

- Cotransport symport : entrée dans le

même sens (entrée de lactose-entrée de H+)

- Cotransport antiport : entrée dans le

Sens opposé (ex : sortie de Ca++/entrée de H+)

Autres fonctions de la membrane cytoplasmique

• Synthèse des lipides membranaires et lipopolysaccharides

• synthèse du peptidoglycane

• assemblage et excrétion des proteines extracytoplasmiques

• Perception des caractéristiques physiques de l’environnement (température,

pH, aw…)
 Mésosomes

* structures membranaire intracytoplasmiques

* une invagination de la membrane plasmique

* leur forme peut être vésiculaire, tubulaires, ou lamellaires

* Ils sont étroitement liés au matériel nucléaire

* On pense qu’ils jouent un rôle dans la division cellulaire

* Cytoplasme et structures intracytoplasmiques

* Hydrogel colloïdal comprenant :

- une phase dispersante (sels minéraux et composés solubles de

nature lipoprotéique)

- une phase dispersée formée de nucléoprotéines et de lipides .

* Son pH est compris entre 7 et 7,2.

* Le cytoplasme contient

- des ARN et ribosomes,

- Chromosome,
- des substances de réserves

- Chromatophores - quelques organites spécialisés.

- Vacuoles à gaz

@ Ribosomes

• Nombreux : ~ 15 000 / bactérie

• Constitution :

comportent 2 sous unités (50S et 30S) (50 S)

constituées de protéines + ARN (23S et 16S)

• siège de la synthèse protéique :

2 sites essentiels

- Site aminoacyl : accueille l’acyl-tARN

- Site peptidyl : accueille la chaîne d’aminoacides

en cours de constitution
 @ les substances de réserves

Les substances accumulées par les bactéries peuvent être organiques

Ou inorganiques :

- amidon

- Glycogène le plus souvent ,

- l'acide hydroxybutirique (Pseudomonas, Vibrio, Micrococcus…)

- des polyphosphates organiques (utilisés dans le diagnostic de

certaines bactéries pathogènes comme Corynebacterium diphterieae)

- des inclusions de soufre, de fer (caractéristiques de bactéries

(Beggiatoa et les Thiothrix)

* chromatophores :

• existent chez les bactéries photosynthétiques,

• jouent le rôle des chloroplastes

• Contiennent des pigments appelés bactériochlorophylle

•Vacuoles à gaz :

- vésicules remplies de gaz présentes chez les bactéries

photosynthétiques (bactéries pourpres et bactéries vertes

- permettent aux bactéries de flotter à la surface de l’eau

@ Chromosome

- Pas de membrane nucléaire

- Filament unique d’ADN

- Bicaténaire

- circulaire
- surenroulé

- 1000 fois plus long que la bactérie (masse ~ 2000MDa)

-Double brin disposé en boucles

- Protéines fixées dessus:

- ADN et ARN polymérases
- topoisomérases

ADN 80%, ARN 10%, protéines 10%

 ADN bactérien

@ Composition chimique et structure

- Un brin d'ADN est une succession de

nucléotides.

- Un nucléotide est formé d'une base azotée,

d’un sucre (le désoxyribose) et d'un
phosphate.

- Les bases azotées sont

* la guanine (G), l'adénine (A) = bases

puriques

* la tymine (T), la cytosine (C) = bases

pyrimidiques.

l'adénine se lie toujours avec la tymine et la

guanine avec la cytosine par des liaisons
faibles . A = T et C = G

- Coefficient de Chargaff

- C’est le rapport A+T / G+C ( s’exprime aussi en GC%)

- Varie selon les espèces bactériennes

- le même dans toutes les souches d’une même espèce

- 50 % E. coli , 30 à 40 % Proteus , 60 à 70 % Pseudomonas

- GC% joue un rôle taxonomique

ADN bactérien

* Le chromosome bactérien est constitué d’un

filament unique, continu et circulaire formé d’une
double chaîne d’ADN

* Cet ADN présente une structure torsadée appelé

super-helice ou forme superenroulée.

* L'ADN d'une bactérie mesure 1,4 mm alors que

celui d'un chromosome humain mesure 2m .

ADN
D’E. coli

Forme superenroulée de l'ADN

 @ Rôle de l’ADN bactérien
1) support de l’information génétique

* Pneumocoque S (Smouth = lisse) , colonies lisses, Virulents, Capsulés

* Pneumocoques R (Rough = rugeux) , colonies rugeuses, non virulents, non capsulés

Expérience de Griffith(1928)

Lots 1 et 2 :la présence de la capsule

détermine la virulence.

Lot 3 :la chaleur détruit la capsule et

supprime la virulence, sans dénaturer le
contenu de la bactérie.

Lot 4 :l'apparition de bactéries S ne peut

s"expliquer que par une transformation des
bactéries R par une substance issue du
contenu des bactéries S tuées, qui ont
libéré un "principe transformant."

En 1944, Avery, Mac Leod et Mac Carthy découvrent le perincipe transformant

de Griffith

Expérience d'Avery, Mac Leod et Mac Carthy (1944)

* Ces expériences démontrent que le pouvoir transformant est détenu par l'ADN
des bactéries: c'est la substance du contenu des bactéries S qui n'a pas été
détruit par la chaleur dans l'expérience de Griffith.

* Il programme la synthèse des polysaccharides de la capsule.

* Les descendantes des cellules R transformées en S sont de type S

donc l'ADN contrôle la multiplication à l'identique.

* une bactérie peut acquérir de nouveaux caractères phénotypiques, de nouvelles

fonctions métaboliques (sécrétion de polysaccharides, virulence ) par l'intermédiaire

d'ADN provenant d'une autre bactérie.

 2) L'ADN intervient également dans le processus de synthèse des protéines .

Transcription Traduction

Chez les bactéries les deux phénomènes se produisent au niveau du cytoplasme.

@ Éléments facultatifs
* Les plasmides
* en microbiologie un plasmide = molécule d'ADN circulaire en double
brin, indépendante de l'ADN chromosomique, capable de réplication
autonome.

* Le terme plasmide fut introduit par le biologiste moléculaire américain

Joshua Lederberg en 1952.

Schéma représentant une bactérie

contenant des plasmides.
1) ADN chromosomique (bactérien)
2) Plasmides .
Plasmide vu au microscope électronique

* Leur transmission d'une cellule à l'autre s'effectue habituellement par

conjugaison (codent pour des pilis sexuels), ou encore transduction ou
transformation, mais souvent sans spécificité d'hôte.

* Ils sont médiateurs de nombreuses propriétés permettant une meilleure

adaptation des bactéries (exemple : résistance aux antibiotiques,
antiseptiques, métaux toxiques, irradiation)
 * Les spores bactériennes

* Certaines bactéries ont la propriété de former des spores

* Une spore = petite unité sphérique douée d'une extraordinaire résistance.

* les spores bactériennes sont des endospores, car elles se forment à l'intérieur
de la cellule bactérienne .

* Les spores se forment au sein de trois genres bactériens principaux :

* Bacillus,

* Clostridium

* Sporosarcina .
* Conditions de formation des spores :

• Milieu pauvre en éléments nutritifs

• Conditions physico-chimiques défavorables

* Les spores se caractérisent par :

- leur faible teneur en eau (15 %) contre 80 % chez les cellules

bactériennes végétatives.

- leur thermorésistance ( les spores de Plectridium caloritolerans

résistent plus de 8 heures à 100° C et 5 minutes à 120°C .

- leur résistance aux attaques des acides, des bases, des antiseptiques,

des rayons UV ou X, des antibiotiques, etc .

* Les actinomycètes produisent aussi des spores, à partir de conidies ou

sporanges. A ne pas confondre avec les spores de résistance des eubactéries .

@ Morphologie et structure des spores

- Chez la bactérie vivante, la spore apparaît comme un espace

clair, réfringent, ovoïde, limité par un contour régulier

- La spore peut déformer ou non le corps microbien

Bacillus subtilis en phase de
- Sa position joue un rôle taxonomique sporulation. La structure ovale,
au centre, correspond à la spore,
forme résistante de la bactérie .
 - La spore bactérienne présente une structure complexe

- La paroi sporale (peptidoglycane) donnera la paroi de la cellule végétative

- Le cortex : couche épaisse (peptidoglycane), sensible Au lysozyme
- Tuniques (interne et externe) : composées de proteine (kératine),
impérmeables, résistantes aux agents chimiques
- Exosporium : couche plus externe (lipoproteique), non essentiel à la survie
de la spore

La sporulation

8 1

2
7

6 3

5 4

Principales étapes de la sporulation

* La capsule

- Elle est formée par des substances

organiques visqueuses élaborées par
la bactérie

- couche plus ou moins compacte qui

entoure la paroi.

- Toutes les bactéries ne produisent

pas de capsule.

- Au sein d'une espèce, certaines

souches en produisent, d'autres pas.

- L'élaboration de la capsule est

influencée par certaines conditions du
milieu. Les glucides jouent un rôle
important dans la présence ou non de
la capsule .
 Aspect des cellules d'Acinetobacter sp.

La coloration à l'encre de chine révèle la

capsule très épaisse qui entoure ces

bactéries, ici sous forme de cocci isolés ou

en chaine .

* Composition chimique de la capsule

- Les constituants capsulaires sont fréquemment des polyholosides,

parfois des polypeptides

- Rôles de la capsule

- rôle important dans la défense des bactéries contre :

* la dessiccation,

* les prédateurs (protozoaires)

* les parasites (les bactériophages sont incapables de se fixer sur une bactérie
capsulée).

- Support de pouvoir infectueux : empêche la phagocytose des bactéries dans l'organisme,

- Support de propriétés physiopathologiques et immunologiques. Ainsi, les pneumocoques

capsulés se révèlent pathogènes, alors que les pneumocoques non capsulés ne le sont pas .

Pneumocoque ou

Streptococcus pneumoniae

* Cils et flagelles
• Les bactéries mobiles se déplacent soit par

- glissement (cyanobactéries),

- rotation autour d'un axe central (spirochètes),

- au moyen de cils ou de flagelles .

* Les cils et les flagelles sont des filaments extrêmement ténus, invisibles
au microscope optique sur les bactéries vivantes et plus longs que la
bactérie elle-même.

* Le point d'insertion des cils et des flagelles se situe dans le cytoplasme,

au contact de la membrane plasmique.

* Cette insertion diffère selon que les bactéries sont Gram positif ou Gram
négatif .
 Chez les bactéries mobiles, il existe différents types flagellaires induisant
des déplacements variables qu'on appellera ciliature :

* un seul flagelle polaire = ciliature monotriche

* plusieurs flagelles polaires = ciliature

lophotriche

* un flagelle à chaque pôle = ciliature

amphitriche

* des flagelles entourant la bactérie = ciliature

péritriche

Le type de ciliature peut être utilisé

dans un but taxonomique

proteus

Spirillum undula Legionella

vibrio cholerae

* Rôle des cils et flagelles Milieu semi-solide

1- Mobilité
* Les cils et les flagelles confèrent une certaine
mobilité aux bactéries qui peuvent se déplacer dans
les milieux liquides ou à la surface des géloses.

* Certaines espèces peuvent même envahir les

milieux de culture, masquant les autres colonies. immobile mobile
C'est le cas des Proteus ou des Pseudomonas .

2- Chimiotactisme
* Certaines bactéries capables de se mouvoir, sont attirées par les nutriments
(sucres, acides aminés) et repoussées par des substances toxiques ou
nuisibles.

3- propriétés antigéniques
* Les flagelles confèrent à la bactérie de nouvelles propriétés antigéniques
 Pili ou fimbriae

Les pili (poils) sont des formations qu'on ne peut observer qu'au microscope
électronique. Surtout présent chez les Gram-

* pili communs ou fimbriae sont courts et cassants. Ils sont utiles

pour l'adhésion des bactéries aux interfaces et aux muqueuses et
sont donc des facteurs de virulence . Ils ont une structure protéique :
la piline

* pili sexuels ,plus longs, relient deux bactéries et sont voies

d'échanges de matériel génétique entre les bactéries. Les bactéries
capables de produire des pili sexuels sont dénommées bactéries
"mâles" à l'opposé des autres qui sont dites "femelles."

Shigella Salmonella
Flagelles plus longs
Que les pili

Chapitre IV. METABOLISME ET NUTRITION

BACTERIENS

A. NUTRITION BACTERIENNE.

Définition

Les bactéries se nourrissent :

* de substances organiques simples (acides aminés, glucides,

acides gras, vitamines, hydrocarbures, ect.) et

* de certaines substances inorganiques (phosphates, soufre,

nitrates, ect.).

* Plusieurs types de bactéries sécrètent des enzymes digestives qui leurs

permettent d'absorber certains constituants alimentaires plus ou moins
complexes .
 Besoins nutritifs des bactéries

• Les bactéries se nourrissent à partir des aliments présents dans les milieux de
culture et dans des conditions physico-chimique bien précises

• les besoins nutritifs des bactéries sont de deux types :

* Besoins élémentaires * Besoins spécifiques

- eau,
- une source d'énergie, - facteurs de croissance
- une source de carbone,
- une source d'azote et
- éléments minéraux .

Besoins communs à toutes Besoins essentiels pour certains

les bactéries types de bactéries

A. Besoins élémentaires
Selon la nature des besoins nutritifs, on définit différentes catégories de
bactéries : ce sont les types trophiques

1) Source d’énergie
- Oxydation d’un
- lumière
Composé chimique

Phototrophes Chimiotrophes

photolitotrophes photoorganotrophes
chimiolitotrophes chimioorganotrophes

donneur d’électrons donneur d’électrons

donneur d’électrons donneur d’électrons
= Composé Minéral = composé organique
= Composé Minéral = composé organique
Ex : bactéries
sulfureuses, Ex : bactéries pourpres Ex : bactéries Ex : bactéries sulfo-
Pourpres et vertes Non sulfureuses nitrifiantes oxydantes

2) Source de carbone
Le carbone est l'élément constitutif le plus abondant chez les bactéries .

Selon la source de carbone on distingue :

Autotrophes hétérotrophes

Se développent en milieu inorganique Exigent des composés organiques

CO2 = seule source de carbone Pour se reproduire
 Diversité de types trophiques

Source d’énergie Source d’électrons Source de carbone

lumineuse chimique inorganique organique inorganique organique

phototrophe chimiotrophe lithotrophe organotrophe autotrophe hétérotrophe

Types majoritaires : photolithoautotrophe, photoorganohétérotrophe,

chimiolithoautotrophe, chimioorganohétérotrophe

Types minoritaires (mixotrophes) : photolithohétérotrophe,

photoorganoautotrophe, chimiolithohétérotrophe, chimioorganoautotrophe

2) Source d’azote
• La synthèse des protéines nécessite des substances azotées .
nodules de Rhizobium
• La source d’azote peut être : sur des racines

* L'azote moléculaire :

- bactéries vivant en symbiose avec

des légumineuses (Rhizobiom)

- bactéries jouant un rôle dans

la fertilisation des sols. (Azotobacter)
Azotobacter

* composés inorganiques (ammoniac, sels d'ammonium, nitrites, nitrates)

* sources organiques (groupements amines des composés organiques

Chez la majorité des bactéries

3) Eléments minéraux

- Le souffre et le phosphore sont particulièrement importants .

* Le souffre est présent dans certains acides aminés (groupement

thiol) et il est incorporé sous forme de sulfate ou de composés

souffrés organiques.

* Le phosphore fait partie des acides nucléiques, de nombreuses

coenzymes et de l'ATP. il est incorporé sous forme de phosphate

inorganique .

- Le sodium, le potassium, le magnésium et le chlore jouent un rôle dans l'équilibre

physico-chimique de la cellule

- le fer, le manganèse, le molybdène, le calcium, le vanadium ou le cobalt sont des

oligoéléments nécessaires à des concentrations très faibles .
 B. Besoins spécifiques = facteurs de croissance

• les bactéries capables de croitre en présence d'eau, d'une source

d'énergie, d'une source de carbone, d'une source d’azote et d'éléments
minéraux sont qualifiées de prototrophes.

• Les bactéries nécessitant, en plus, un ou plusieurs facteurs de croissance

qu'elles sont incapables de synthétiser sont dites auxotrophes

Définition

Un facteur de croissance est un élément indispensable à la croissance

De la bactérie (auxotrophe pour ce facteur). Il doit être présent dans

l'environnement car la bactérie est incapable de le synthétiser .

Nature des facteurs de croissance

Les facteurs de croissance Besoins quantitatifs

10 µg/ml
• des bases puriques ou pyrimidiques,

10 µg/ml
• des acides gras,

• des acides aminés, 10 µg/ml

• des vitamines (coenzymes, précurseurs 1 µg/ml

de coenzymes, groupements prosthétiques

de diverses enzymes)

* Si une bactérie a besoin d’un facteur de croissance, ce dernier doit être

introduit dans le milieu de culture

* Quelques fois les besoins en facteur de croissance d’une espèce

bactérienne peuvent être satisfaits par la présence dans le milieu d’une autre

espèce capable de synthétiser ce facteur : c’est le phénomène de Syntrophie

Exemple : la culture sur la même boite de :

* Haemophilus spp = bactérie auxotrophe au facteur V (NAD)

* Staphyloccoque = bactérie productrice de NAD

Donne une culture en satellite de Haemophilus spp

 Un exemple de syntrophie

C. facteurs physiques
• On appelle facteurs physiques les facteurs qui relèvent de l'environnement

* ces facteurs peuvent favoriser, empêcher ou inhiber la nutrition et la

croissance bactérienne

- Eau
- température
- pH
- oxygène
- pression osmotique

a) Eau :

* représente 80 % des constituants cellulaires,

* indispensable au développement
* solvant des nutriment et agent des réactions d’hydrolyse

b) Température
* Elle influence aussi bien la multiplication que le métabolisme bactérien

* Les différentes espèces bactériennes ont une température

* minimale : à laquelle elles peuvent se développer

* optimale : c'est la meilleure à laquelle elles peuvent se développer
* maximale : au-delà de laquelle elles ne peuvent se développer

Bactérie mésophile

Tmin
Topt Tmax
 Selon leur température optimale, les microorganismes sont dits

* psychrophiles : entre 0 et 15° , (optimum = 10°C) (Pseudomonas, Aeromonas, )

* mésophiles : entre 20 et 40 ° (majorité des bactéries) (optimum : 30-37°C)
* thermophiles: entre 45 et 65 ° , Bacillus et Clostridium
* thermophiles extrêmes : optimum situé vers 70°C

c) Le pH
* Il influence l’équilibre ionique du milieu, les réactions métaboliques
Et l’activité enzymatique

•Les milieux de culture doivent avoir un pH

pH optimum
favorable à la croissance de l'espèce recherchée.
C’est la raison pour laquelle ces derniers contiennent
Généralement des tampons (ex : K2HPO4 , KH2PO4)
* Selon leur pH optimale de croissance on distingue des
bactéries :

- Acidophiles (1– 4)

- Neutrophiles (5,5 – 8,5)

- Basophiles (alcalophiles) (8,5 à 11,5)

d) oxygène
* En fonction de leur exigence en oxygène, on distingue 4 types respiratoires

de bactéries :

- Aérobies stricts : exigent l’oxygène libre pour leur croissance

- Aéro-anaérobies (anaérobies facultatives) : capables de croitre avec

ou sans oxygène libre.

- Anaérobies stricts : ne peuvent pas se multiplier en présence

d’oxygène libre

- Microaérophiles : se multiplient en présence d’une faible

tension d’oxygène
 * Mise en évidence du type respiratoire des bactéries

e) La pression osmotique

* La plupart des bactéries sont insensibles à la pression osmotique

(protégée par la paroi rigide)

* Seules les bactéries marines adaptées à une concentration de 35 g/l de

NaCl sont sensibles aux variations de ce paramètre.

•Selon cette sensibilité on distingue

- les non-halophiles : (NaCl < 0,2 M) (entérobactéries)

- les halophiles : 0,2 <NaCl<5,2 M (Ps. Marina, Halobacterium salinarium)

- Les halotolérants : NaCl élevée (Staphyloccus)

Généralités sur les Milieux

de culture
* La mise au point des milieux de culture est une étape importante
En microbiologie

* C’est grâce aux milieux de culture que l’étude des bactéries

Est passée du simple examen microscopique à l’isolement,

et de là à l’identification de bactéries
 Définition

Le milieu de culture doit apporter à la bactérie un mélange

équilibré de tous les nutriments nécessaires, à des

concentrations qui permettent une croissance optimale, c’est

à dire :

• ni trop faible, sinon le milieu s’appauvrit vite et la bactérie

cultive mal ;

• ni trop forte sinon le milieu devient vite toxique.

* La composition du milieu de culture varie à l’infini.

* Elle est choisie en fonction du but à atteindre et des

besoins requis par la bactérie

* Le milieu peut être liquide ou solidifié par addition d’Agar :

C’est une substance extraite d’algues marines et qui possède

la propriété de fixer une grande quantité d’eau d’où

gélification.

CRITERES DE CLASSIFICATION
DES MILIEUX DE CULTURE

1) Composition chimique
Naturels ou Complexes Semi-synthétiques Synthétiques

- Composition chimique non Milieu synthétique + - Composition chimique

définie Extrait de Levure bien définie

(Extraits de Matière Exemple : Citrate de Exemple :Citrate

Organique + Glucose) Kristensen de Simmons

-Exemples : Gélose nutritive

-Types :
Extraits de Levure
Peptones pepsiques
Peptones trypsiques
Peptones pancréatiques
 2) Consistance

- milieu liquide (ex. bouillon de Clark Lubs)

- milieu solide ou gélosé (ex. gélose Chapman)

- milieu semi-liquide ou faiblement gélosé (ex. milieu-

Mannitol-mobilité).

3) Utilisation

* les milieux usuels ou de base (ex. gélose nutritive , bouillon

nutritif)

* les milieux enrichis (ex. gélose au sang , Bouillon pour

Hémoculture )

* les milieux sélectifs ou électifs (ex. gélose SS)

* les milieux d’identification (ex. milieu TCBS)

* les milieux de conservation

* les milieux de transport

Exemples de milieux de culture

Et
Etude de leur composition
 LES MILIEUX D’D’ISOLEMENT DES COQUES
GRAM
La +
gélose trypticase soja
Composition
Peptone trypsique de caséine 15 g
Source de C et N
Peptone papaïnique de soja 5g

Chlorure de sodium 5g Source minérale

Agar (gélose) 15 g

ED qsp 1 L

pH = 7,2

Milieu d’isolement riche qui convient à tous les microorganismes

Non exigeants

La gélose BEA (bile – esculine – azide de sodium)

Composition Source de C et N

Peptone 20 g Source de C, N, vitamines et

minéraux
Extrait de levure 5g
Bile de bœuf 10 g Inhibiteur de croissance
Chlorure de sodium 5g
Citrate de sodium 1g
Esculine 1g Source glucidique
Citrate de fer ammoniacal 0,5 g Ind des produits d’hydrolyse de
Azide de sodium l’esculine
0,25
Agar (gélose) 13,5 g Inhibiteur de croissance

ED qsp 1 L

pH = 7,1
Milieu d’isolement simple, sélectif et d’orientation
L’azide de sodium empêche la croissance des bactéries Gram – et de tous les
streptocoques sauf ceux du groupe D.
La bile inhibe les bactéries Gram + sauf les streptocoques du groupe D.
L’azide de sodium et la bile sélectionnent la culture des entérocoques et des
streptocoques du groupe D.

Lecture Colonies d’ascpect variable,

sans noircissment du milieu:
ESCULINE –
Orientation vers d’autres
germes différents des
Streptococcus D

Petites colonies translucides

entourées d’un halo noir:
ESCULINE +
Orientation vers les Streotococcus
D dont fait partie le genre
Enterococcus.
 LES MILIEUX SELECTIFS DES ENTEROBACTERIES
Le Milieu SS = milieu Salmonella/Shigella

Composition
Source de C et N

Extrait de viande de boeuf 5g Source de C, N,

Polypeptone 5g
Lactose 10 g Source énergétique de C
Sels biliaires 8,5 g Inhibiteur
Citrate de sodium 10 g Inhibiteur car forte concentration
Thiosulfate de sodium 8,5 g Inhibiteur car forte concentration,
Citrate ferrique 1g source de soufre
Vert brillant 0,00033 g
Rouge neutre 0,03 g Mise en évidence de la formation
d’H2 S
Inhibiteur
Agar (gélose) 13,5 g Indicateur de pH
ED qsp 1 L

pH = 7

Colonies incolores Î le
Lecture pH est neutre ou basique .
Les bactéries ne
fermentent pas le lactose
: LACTOSE -

Colonies rouges Î le pH
est acide .
Les bactéries fermentent le
lactose en produisant des
acides: LACTOSE +
Colonies avec centre
noir Î précipité de
sulfure de fer.
Les bactéries ont
produit de l’H2S : H2S +

Colonie incolore Î le pH est neutre ou

basique
Les bactéries n’utilisent pas le lactose :
LACTOSE –
Absence de centre noir : H2S -

Colonie rose Î le pH est acide .

Les bactéries fermentent le
lactose en produisant des
acides : LACTOSE +
Absence de centre noir : H2S -

Colonie rose Î le pH est acide .

Les bactéries fermentent le lactose en
produisant des acides : LACTOSE +
Absence de centre noir : H2S -

Colonie incolore Î le pH est neutre ou

basique .
Les bactéries n’utilisent pas le lactose :
LACTOSE -
Présence d’un centre noir : H2S +
Suspicion de Salmonella
 LES MILIEUX D’
D’IDENTIFICATION DES VIBRIO
Le Milieu TCBS
Composition Source de C et N

Peptone 10 g Source de C, N, vitamines et

Extrait de levure 5g minéraux
Citrate de sodium 10 g Inhibiteur car forte concentration
Thiosulfate de sodium 10 g Source de S
Chlorure de sodium 10 g Source minérale, inhibiteur
Bile de bœuf 8g
Citrate ferrique 1g Inhibiteur car forte concentration
Saccharose 20 g
Bleu de bromothymol 0,04 g Indicateur des sulfures
Bleu de thymol 0,04 g
Agar (gélose) 13,5 g Source glucidique ©
ED qsp 1 L
Indicateur de pH

pH = 8,6

Colonies vertes Î le pH est neutre ou

basique .
Lecture Les bactéries ne fermentent pas le
saccharose : SACCHAROSE -
Sans centre noir : H2S -
Autres Vibrio

Colonies jaune Î le pH est acide .

Les bactéries fermentent le
saccharose en produisant des
acides, virage de l’indicateur de pH
du vert au jaune: SACCHAROSE +
Sans centre noir : H2S –
Colonies avec centre
Suspicion de Vibrio cholerae
noir Î précipité de
sulfure de fer.
Les bactéries ont
produit de l’H2S : H2S +

B. Métabolisme Bactérien

1. Définitions

Le métabolisme bactérien = ensemble des réactions chimiques•

(cataboliques et anaboliques) qui se produisent au niveau d’une
cellule bactérienne•

* Ces réactions assurent l’élaboration des constituants bactériens et

leur fonctionnement

* L'étude du métabolisme bactérien permet de définir des caractères

d'identification biochimique qui représentent des critères essentiels
dans la classification (ou Taxonomie) bactérienne.
* Les réactions cataboliques permettent à la bactérie de
convertir les aliments mis à sa disposition ( Protéines ,
Lipides , Polysaccharides) en molécules organiques simples
ou en métabolites intermédiaires , avec production d’énergie
sous forme de liaison phosphate (ATP)

* Les réactions anaboliques sont les voies de biosynthèse

que la bactérie emprunte à partir de ces molécules simples
pour synthétiser des macromolécules intervenant dans la
structure et le fonctionnement bactérien . L’énergie (ATP)
utilisée dans ces biosynthèses provient du catabolisme .

2. Enzymes bactériennes

Le déroulement de toutes ces réactions nécessite

l’intervention de catalyseurs appelés Enzymes.
Enzymes exocellulaires ou exoenzymes Enzymes endocellulaires ou endoenzymes

- sont sécrétées dans le milieu - sont en solution dans le cytoplasme

extérieur
- participent au métabolisme intermédiaire de la
- permettent la dégradation des cellule
macromolécules (ex : B-galactosidase, enzymes de la glycolyse,
(ex : amylase, caseinase) etc.).

-responsables du pouvoir pathogène

(coagulase, ADNase, exotoxines)
 3. Métabolisme énergétique
3-1 Généralités
Pour satisfaire leur besoin en énergie, deux voies principales s’offrent aux
bactéries

A. Phototrophie
- C’est la photosynthèse bactérienne (chromatophores avec
bactériochlorophylle)

- Caractérise les bactéries phototrophes (photosynthétiques)

- La différence avec la photosynthèse des végétaux supérieurs :

- ne libère jamais d'oxygène libre,
- les donneurs d'électrons sont soit de l’hydrogène,
soufre, jamais l'eau comme chez les plantes

- Conduit à la libération d'ATP aux dépens d'ADP et de phosphate

inorganique

La réaction caractéristique de ce phénomène est :

Lumière
CO2 + DH2 CH2O + D + H2O

DH2 = donneur d’éléctrons

Selon la nature chimique de DH2 on distingue deux types

trophiques :

- DH2 minéral → photolithotrophie.

- DH2 organique → photoorganotrophie.

B. Chimiotrophie
- La plupart des bactéries sont chimiotrophes.

- L’énergie est tirée de la dégradation d’un composé chimique

(organique ou inorganique)

- Le métabolisme général comporte trois étapes :

* digestion des macromolécules en molécules simples

à l’extérieur de la cellule (glucides Glucose)

* dégradation des molécules simples pour donner des

métabolites intermédiaires (pyruvate, acétylCoA) et de l’énergie (ATP)

* dégradation totale des métabolites intermédiaires en

CO2 et H2O avec une grande production d’énergie (ATP)
 - Les réactions chimiques énergétiques sont essentiellement des réactions
d'oxydo-réduction.

- Un donneur d'hydrogène (DH2) est oxydé en D avec libération

d'énergie, c'est une oxydation.
Oxydation DH2 (donneur d’hydrogène)
- 2H+ Déshydrogénase
- 2e- D (produit oxydé) + Energie

- Un accepteur d'hydrogène A est réduit en AH2,

c'est une réduction.

- ces réactions sont couplées

Nature du donneur d’hydrogène DH2

Le composé organique (DH2) peut être :

• un hydrate de carbone (surtout le glucose) source la

plus importante d’énergie

• un acide aminé

• un acide gras

• un alcane

• une base purique ou pyrimidique

3-2. Voies du métabolisme intermédiaire

Il existe 3 principales voies enzymatiques , à localisation cytoplasmique ,

qui oxydent le glucose en acide pyruvique (= plaque tournante du
métabolisme)

• La voie d’embden-Meyerhof ou voie des Hexoses-Diphosphates ,

voie comparable à la voie de la glycolyse des êtres supérieurs . Elle
aboutit à la production de 2 moles d’ATP par mole de glucose.

• La voie des Hexoses-Monophosphates ou voie des Pentoses-

Phosphates ou Shunt oxydatif ou cycle de Dickens-Horecker . Elle produit
1 mole d’ATP par mole de glucose.

• La voie du 2-céto-3-déoxy-gluconate ou voie d’Entner-Doudoroff est

assez propre aux microorganismes . Elle ne produit pas d’ATP.
 3.3. Types métaboliques

Selon la nature de l’accepteur d’hydrogène, on distingue

2 types métaboliques :
Respiration Fermentation
Respiration aérobie Respiration anaérobie
Si Si
•A = composé inorganique
* A = oxygène oxygéné (nitrates, sulfates, * A= molécule organique
carbonates, etc) fermentescible
(sucre, acides organique, acide
Ou aminé, purine, pyrimidine,
etc)
•A = composé organique
non fermentescible
(fumarate, acétate, etc)

La Respiration
La Respiration est l’ensemble des voies métaboliques au
cours desquelles :

- l’accepteur d’électrons et d’H2 dans les réactions redox est soit l’oxygène
moléculaire (Respiration aérobie) ou des composés oxygénés
inorganiques ou organiques non fermentescibles (Respiration anaérobie).

- Ces voies sont liées à la membrane cytoplasmique de la bactérie

(présence d’une chaine respiratoire membranaire).

- L’énergie est produite par phosphorylation oxydative et libérée par paliers

via une chaîne de transfert d’électrons ;

- Le bilan énergétique est élevé.

 3.3.1. La respiration
Schéma général de la respiration

Glucose
Glycolyse Partie commune à la respiration et la fermentation
Pyruvate

Acetyl COA H20

Remarque

Le Pyruvate est le point d’aboutissement obligé de toutes les

voies de dégradation du Glucose et des voies d’oxydation de
nombreux acides aminés. Il est transformé en Acetyl~CoA par
décarboxylation oxydative.

Le cycle de Krebs

* L’Acetyl~CoA réagit avec l’acide

oxaloacétique pour
former de l’acide citrique .
Il s’en suit une succession de réactions
d’oxydation et de décarboxylation ,
avec réductions de NAD en
NADH2 couplées aux réactions
d’oxydation .

* Du point de vue énergétique , chaque

tour de cycle de Krebs produit une
molécule d'ATP par molécule d'acide
pyruvique oxydée et des coenzymes
réduits supplémentaires (4 NADH+H+ et
1 FADH2).

Devenir des coenzymes réduits produits par le cycle de Krebs

Tous les coenzymes réduits (4 NADH+H+ et 1 FADH2) produits

sont réoxydés au niveau d'une chaîne respiratoire permettant une

production supplémentaire d'ATP par phosphorylation oxydative.

 Phosphorylation oxydative et chaine respiratoire

- C’est un processus essentiel de transfert d’énergie.

- l’énergie est fournie à partir du transfert du flux d’électrons libérés

par les catabolites du métabolisme intermédiaire à l’oxygène.

- L’énergie est fournie par l’oxydation des atomes d’hydrogène (somme

protons plus électrons) récupérés des coenzymes réduits (NADH, H+,

FADH2).

- De l’eau est produite à partir de l’hydrogène et de l’oxygène, au terme

de la chaîne des réactions d’oxydoréduction dénommée chaîne
respiratoire.

Respiration aérobie

Respiration anaérobie

Constituants de la chaine respiratoire

* une chaîne d’oxydoréduction transportant protons et électrons

des coenzymes réduits vers l’oxygène (C’est la chaîne
cytochromique de transfert des électrons)

* un mécanisme de phosphorylation assurant la synthèse

d’ATP à partir de l’ADP catalysé par l’ATP synthétase
 Constituants de la chaîne cytochromique de transfert des
électrons
* NAD : Nicotinamide Adénine Dinucléotide ou Coenzyme I
Coenzyme fonctionnant comme transporteur d’hydrogène
dans de nombreuses réactions redox. La molécule d’H2 est
portée sur le résidu Nicotinamide.
Forme oxydée :NAD+
Forme réduite : NADH + H+
(N.B. NADP= Coenzyme II)

* FP : Ce sont des protéines de haut poids moléculaire.

contenant des flavines comme groupement prosthétique .
Appartiennent aux FP la Flavine mononucléotide (FMN) et
Flavine Adénine dinucléotide (FAD). Ces flavoprotéines ont
pour fonction d’accepter l’H2 qui provient du NADH

* Ubiquinone ou Coenzyme Q : transporteur d’hydrogène ,

non lié à une protéine.

* Cytochromes : Systèmes redox (ce sont des protéines) qui transfèrent

des électrons et ne sont pas capables de transporter de l’hydrogène.

- De nombreux cytochromes ont été décrits chez les bactéries :

Cyta , cyta3, cytb, cytc , cyto.

- Le cytochrome terminal qui joue le rôle d’accepteur final

d’électron est appelé Cytochrome Oxydase.

ATP synthétase

complexe protéique
enzymatique
Son rôle est :
synthétiser l'ATP à partir du gradient
électrochimique de protons entretenu
par la chaîne respiratoire et
d'Adenosine diphosphate ADP, ainsi
que de Phosphate inorganique,
selon la réaction suivante :
ADP + Pi ATP + H2O
Structure de l'ATP synthétase:
- F0 le canal à protons
- la tige rotatrice en bleu,
- F1 chargé de la synthèse en rouge
- la membrane en gris.
La respiration se fait donc en 2 étapes :

1) Le cycle tricarboxylique de Krebs , avec libération de CO2 par

oxydation couplée à la réduction de 3 NAD+ et de 1 FAD+ par tour de

cycle .

2) La chaîne respiratoire avec coenzymes de déshydrogénases ,

Quinones et Cytochromes

Selon l’accepteur final d’électrons et d’H2 , on peut distinguer :

1) Dans la respiration aérobie , l’accepteur final est l’O2

2) Dans la respiration anaérobie , l’accepteur final est un composé

inorganique ou ionique (NO3- , fumarate)

La fermentation
La fermentation a été définie par Pasteur comme la
« vie sans air »;

- C’est une oxydation biologique au cours de laquelle

l’accepteur final d’H2 et d’é = composé organique fermentescible.

- Elle se déroule dans des conditions d’anaérobiose

- Les voies fermentaires se déroulent au sein du cytoplasme bactérien. -

- L’énergie est produite par Phosphorylation au niveau du substrat.

- Le bilan énergétique est réduit.

- la dégradation des molécules nutritives n'est pas aussi poussée que

pour la respiration.

- Il y a moins d'ATP formé dans le cytoplasme.

- Mais par contre il y a apparition de nouveaux produits qui s'accumulent.

- Selon les bactéries, ces produits vont être différents et vont caractériser
des espèces dites "fermentaires".
 Fermentation du Glucose

- La première étape comporte les différentes voies du métabolisme

intermédiaire qui aboutissent au Pyruvate .

- Puis viennent les réactions de réduction du Pyruvate qui différentient

les bactéries fermentaires car elles conduisent à des produits finaux

divers , soit uniques soit plus souvent mélangés .

- selon la nature des produits finaux de fermentation, On distingue

plusieurs types de fermentation :

* la fermentation Acides complexes

C'est le type de fermentation le plus répandu chez les bactéries.

Elle peut se présenter sous 2 formes possibles:

- fermentation Acide Mixte : - fermentation butanédiolique :

caractéristique des Enterobactéries
VP(-)

Caractéristique des Enterobacteries

L'accumulation d'Acides dans le milieu VP+ , Listeria monocytogenes, la
plupart des Vibrio et Aeromonas Ces
de culture aboutit à un pH final bas.
bactéries possèdent, à côté du mode de
fermentation Acides Mixtes, une
voie fermentaire particulière, dite
Butanédiolique ou Butylène glycolique.
 Fermentation lactique

On distingue 3 modèles:

- Fermentation Homolactique : retrouvée chez les Streptocoques : C'est

une fermentation sans production de gaz et s'accompagnant d'une
diminution importante du pH du milieu

- Fermentation Hétérolactique: retrouvée chez les Lactobacilles,

Comprend une production importante de CO2 et un pH bas

- Fermentation Aceto-lactique: retrouvée chez des bactéries du genre

Bifidobacterium , s'accompagne de la production d'un mélange d'acide
lactique et acétique.

Fermentation Alcoolique:

C'est une fermentation retrouvée chez les champignons et les

cellules végétales

Fermentation Butyrique :

Elle aboutit à l'Acetate , le Butyrate, H2 et CO2 et qui est

retrouvée chez les Clostridies dits Saccharolytiques
 Chapitre IV. CROISSANCE BACTERIENNE

1) Définition

* La croissance = développement ordonné des composants d'un

organisme (accroissement de taille et de volume.)

* Chez les bactéries, la croissance se traduit par une augmentation du

nombre d'individus. L'accroissement est donc synonyme de multiplication
cellulaire.

* cet accroissement s’accompagne par :

- une diminution de la quantité de matières nutritives disponibles

- une augmentation des déchets dans le milieu

- modification de certains paramètres du milieu (le pH, le potentiel

d'oxydo-réduction, la conductivité, la pression osmotique,

Donc pour se multiplier, une bactérie doit être cultivée sur

Des Milieux de culture

Cycle cellulaire bactérien

Un cycle cellulaire bactérien se

décompose en trois étapes :

- l'initiation (B),

- la réplication de l'ADN
chromosomique (C)

- la division cellulaire (D)

C ne débute qu'à la fin de la

période B et D ne débute que
lorsque la réplication de l'ADN
chromosomique est terminée .

Chez Escherichia coli ,

* C dure environ 40 min
* D dure environ 20 min.
* B a une durée variable selon
les conditions de culture
 2) Méthodes de mesure de la croissance.

* Les techniques permettant l'étude de la croissance sont nombreuses

ce qui montre qu'aucune n'est parfaite .

* Sur un milieu solide, l'étude de la croissance est rendue difficile en

raison de l'agrégation des cellules les unes aux autres .

* En milieu liquide, les cellules sont dispersées ce qui permet des prises

faciles d'échantillons. La croissance peut alors être appréciée en se

basant sur le nombre de cellules ou sur la biomasse bactérienne .

A. Mesure du nombre de bactéries

1) Lecture au microscope (dénombrement direct)

• Le microscope permet une numération totale des cellules

• Elle ne permet pas de distinguer facilement les cellules vivantes

des cellules mortes.

• Le comptage des cellules se fait en utilisant un hématimètre

(cellules de Thoma, de Malassez…)

Cellule de Malassez

Vue de profil
Vue de face
2) Dénombrement après culture (dénombrement indirect)

• Il permet de compter les bactéries viables et cultivables

* c’est la méthode la plus utilisée, elle se fait de différentes façons

• Culture en boite de Pétri

• Méthode du nombre le plus probable (NPP)

• Méthode de filtration sur membrane

a) La Numération sur Gélose en boite de Pétri

incubation

Après incubation on compte le nombre des colonies (choisir les boites

contenant entre 30 et 300 colonies). Comme une colonie provient d’une seule
cellule ou d’un amas de cellules, on exprime le résultat en UFC/ volume de
l'échantillon. (ne pas oublier le facteur de dilution) .

b) La Numération par la méthode du nombre le plus probable (NPP)

* Ce dénombrement se fait en milieu liquide

• Le calcul du nombre le plus probable utilise des dilutions de

l'échantillon et pour l'interprétation fait appel à des calculs de

probabilité

* La précision de cette méthode est nettement inférieure à la précédente

 c) Méthode de filtration sur membrane

• Méthode classique de dénombrement

• Elle consiste à filtrer un volume déterminé d’une suspension sur

une membrane filtrante de cellulose qui est ensuite déposée sur un

Milieu de culture solide.

1 : entonnoir stérile (250 ml)

2 : membrane (0,45gm de porosité)
3 : support en acier
4 : levier (pour casser le vide)
5 : vanne à vide

Appareil de filtration

Membrane de Appareil de filtration

filtration

Dépôt de la membrane
filtrante sur le support
Stérilisation de la surface de Positionnement de l'entonnoir
en acier de l'appareil de
l'appareil de filtration filtration sur l'appareil de filtration

L'échantillon est versé dans Récupération de Dépôt de la membrane sur un milieu

l'entonnoir La membrane solide
 1 2 3
4

5 6 7

B. Mesure de la biomasse des bactéries

a) Mesure du trouble (ou absorbance)

• Cette méthode consiste à suivre l’évolution de la population bactérienne en

mesurant l’absorbance du milieu de culture grâce à un spectrophotomètre.

• C’est la méthode la plus utilisée pour évaluer la masse microbienne

Principe
C’est une méthode optique fondée sur la propriété que présente toute
suspension de diffracter une partie de l’intensité d’un faisceau de lumière
Qui la traverse en ligne droite.

• Il existe une relation exponentielle entre la quantité de substance

absorbant la lumière et la quantité de lumière absorbée.

• La quantité de substance absorbante dépend de l’épaisseur de la

solution traversée et de la concentration .

* La loi de Beer-Lambert exprime cette relation à travers

la formule suivante:
I0 = intensité de la lumière incidente ;
I = lumière transmise ;
I = I0.10-Klc l = épaisseur traversée (soit souvent 1 cm) ;
K = une constante caractéristique de
la substance
c = la concentration en substance.

On appelle absorbance ou densité optique (DO)

il suffit de mesurer la DO pour en
DO = log(I/ I0) = K’.c déduire la concentration c connaissant
K‘
 b) Mesure du poids sec

• Les bactéries d’une suspension sont récoltées par centrifugation ou par

filtration sur membrane.

• Après le culot ou le filtre est desséché à 100-110°C jusqu’à poids

Constant et on fait une pesée

* Le poids est généralement exprimé en grammes de matière sèche par litre

3) Croissance et expression mathématique de la croissance.

• A partir d'une unique cellule, on obtient deux cellules filles qui vont

chacune donner à leur tour deux autres cellules et ainsi de suite, selon

une progression géométrique :

1 cellule ---> 2 cellules ---> 4 cellules ---> 8 cellules ---> 16 cellules ---> ...

* La croissance d’une bactérie placée dans des conditions favorables

est définie par deux paramètres :

@ Le taux de croissance (µ) = nombre de divisions par unité de

temps µ = n/t = 1/G

@ Le temps de génération (G) = temps qui sépare deux

divisions successives G = t/n

* Expression mathématique de la croissance

- Une population bactérienne qui contient un nombre initial de Bactéries X0

- Après une génération X1 = 2 X0

-Après deux générations X2 = 2 X1 = 2x2 X0 = 22 X0

- Après trois générations X3 = 2 X2 = 2x2x2 X0 = 23 X0

.
.
. n = nombre de
- Après n générations
Xn = 2n X0 divisions

- La forme logarithmique de cette équation est :

log2 Xn = log2 n + log2 X0

 log2 Xn = log2 n + log2 X0

-Le taux de croissance : µ = n/t

-Donc : n = µt

- l’équation devient :

log2 Xn = log2 µt + log2 X0

Ainsi : µ = (log2 Xn - log2 X0) / (t n – t0)

• C’est l’expression mathématique du taux de croissance

• Cette équation permet de déterminer µ expérimentalement

* Courbe de croissance en milieu non renouvelé

a : phase de latence
b : phase d’accélération
c : phase exponentielle,
d : phase de ralentissement,
e : phase stationnaire,
f : phase de déclin.

* Phases de la croissance

Phase de latence :

* le taux de croissance nul (µ = 0).

* Sa durée dépend de l'âge des bactéries, du taux

d’inoculum et de la composition du milieu.

* C'est le temps nécessaire à la bactérie pour

synthétiser les enzymes adaptées au nouveau

substrat (pas de phase de latence si repiquage sur

milieu identique au précédent) .

Phase d'accélération : il se produit une augmentation de la vitesse de
croissance.

Phase exponentielle :

* le taux de croissance atteint un maximum (µ=max). Il est

influencé par certains facteurs appelés paramètres d’action de la

croissance (pH, température, la nature et la concentration des

nutriments)

* Cette phase dure tant que la vitesse de croissance est constante.

* Le temps de doublement des bactéries est le plus court.

* La masse cellulaire est représentée par des cellules viables

(mortalité nulle).

Phase de ralentissement :

* la vitesse de croissance régresse.

* Il y a un épuisement du milieu de culture et une

accumulation des déchets.

* Il existe un début d'autolyse des bactéries.

Phase stationnaire :

* le taux de croissance devient nul (µ = 0).

* Les bactéries qui se multiplient compensent celles

qui meurent.

Phase de déclin :

* le taux de croissance est négatif (µ < 0).

* Toutes les ressources nutritives sont épuisées.

* Il y a accumulation de métabolites toxiques.

* Il se produit une diminution d'organismes viables et une

lyse cellulaire sous l'action des enzymes protéolytiques

endogènes.
 Chapitre V : Les Grands groupes de bactéries

1. Les Spirochètes Le spirochète

Treponema pallidum

Caractéristiques générales :

- Gram -
- Chimiohétérotrophe
- Anaérobie, souvent stricte
-Forme cellulaire et Type de mobilité particulier
- fins, flexibles et doté de filament axial ou endoflagelles leurs
conférant cette mobilité typique et cette forme en spiralle .
- La plupart des Spirochètes vivent seul (dans les sédiments...) ou
associés à des animaux.
genre Spirochaeta : vit en eaux douces et marines
- Ils regroupes 4 genres : genre Treponema : parasite l’homme et les animaux

genre Borrelia : pathogène pour l’Homme et les animaux

genre Leptospira : pathogène pour l’homme

2. Les Actinomycètes

* Bactéries dont la croissance donne lieu à des colonies constituées

d’hyphes (filaments).

• en général, les Actinomycètes sont des hétérotrophes, mais plusieurs

espèces sont chimio-autotrophes.

• Tous Gram positifs

• Colonies à aspect compact, sec, lisse rugueux, poudreux et en choux

fleur

• Largement répartis dans la nature (air, eau, aliments, sol)

• rôle important dans les grands cycles biologiques

• producteurs d’antibiotiques et d’enzymes protéolytiques

• L’ordre des actinomycétales comprend plusieurs genres :

Mycobacterium, Actinomyces, Nocardia, Streptomyces, micromonospora...
 Colonies
d’actinomycètes
Colonie de streptomyces du sol

Nocardia asteroides

Actinomadura madurae Micromonospora

• Les actinomycètes sont

souvent pigmentés

Chapitre VI : La virologie

1) Définition d’un virus

* Un virus = Parasite intracellulaire obligatoire ne pouvant se multiplier qu'à

l'intérieur d'une cellule hôte et utilisant sa machinerie cellulaire.

* Il contient :

- Une information génétique sous forme d'ADN ou d'ARN

- Une structure de protection souvent protéique, compacte, pour
protéger son Acide Nucléique : La Capside

* les virus sont classés en 2 catégories :

- les virus possédant une capside à symétrie icosaédrique (ou encore

hexagonale)
- les virus possédant une capside à symétrie hélicoïdale (comme le
virus de la mosaïque du tabac).

* Le virus prend le pouvoir dans la cellule infectée: tous les systèmes de

la cellule sont canalisés pour fabriquer du virus.
2) Historique (voir planches)

3) Éléments de protection des virus :

* CAPSIDE: - protège le génome du virus.

- formée de brique identiques,les protéines de capside.

- Il existe 2 grands types de structure de capside:

@ les virus à structure hélicoïdale

@ les virus à structure icosaédrique (cubique).

ENVELOPPE
•µ et G varient en fonction du type de micro-organisme
Micro-organisme G µ (h- 1)

Levure 1h 1
Esherischia Coli 20min 3

Lactobacillus 100min 0,6

Clostridium
botulinum Clostridium

Expérience d'Avery, Mac Leod et Mac Carthy

De 1928 à 1944 une technique de transformation du pneumocoque in vitro a été mise au
point, ce qui permet de se passer du passage dans la souris, et simplifie l'expérience. On
cultive des cellules R en présence de S tuées et on récupère des S vivantes. On refait la
même expérience mais en utilisant un extrait acellulaire de cellules S : les cellules R ont
été transformées. L'agent transformant est donc un agent chimique provenant de l'extrait
acellulaire de S. L'intégrité physique de la cellule n'est pas indispensable pour la
transformation. L'extrait acellulaire peut être fractionné, ce qui permet de démontrer que
l'agent transformant est de nature macromoléculaire, qu'il n'est constitué ni de poly
saccharides ni de protéines ni d'acide ribonucléique (ARN). Par contre la fraction
contenant l'acide désoxyribonucléique (ADN) est capable de réaliser la transformation.
Afin d'éliminer la possibilité que cette fraction ait été contaminée par des impuretés, on
prépare un extrait acellulaire que l'on répartit en trois fractions, la première est soumise à
l'action des protéases qui dégradent les protéines, la seconde est soumise à l'action de
l'ARNase qui dégrade l'ARN Figure 1-2. Expérience d'Avery, Mac Leod et Mac Carthy et la
troisième est traitée par l'ADNase qui dégrade l'ADN. Alors que les deux premières
fractions sont encore capables de transformer, la troisième est dépourvue de tout pouvoir
.transformant
vibrio cholerae
 Culture de Clostridium perfringens

Gélose MacConkey
composition

y Peptones
y Lactose ( sucre) : élément
différentiel
y Sels biliaires et cristal violet :
éléments sélectifs
y NaCl
y Agar
y Rouge neutre: indicateur de
pH
y Utilité: isolement et
distinction des bactéries Gram
(-)

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