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odt
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Deux grand thèmes :
- interactions moléculaire : chimie => [Link]@[Link]
* il y a des choses qu’il faut apprendre. Il y a des définitions à savoir par coeur .
- fonctionnement cellulaire :

Chapitre d’introduction
Un organisme vivant ne peut fonctionner que grâce à une organisation et une articulation de différent
fonctionnement . Cela implique que il y a une composition chimique, cette chimie doit être fonctionnelle, et
qu’elle soit relativement stable ( sinon sa crée des désordres = pathologie) . Cette notion de stabilité s’appelle
l’homéostasie, elle est vrai pour tout être vivant. Cela s’applique pour les individus et à l’intérieur des individus
( échelle cellulaire ou intracellulaire)
→ individus : équilibre physiologique
→ équilibre hydrique ( important) ( entrée et sortie d’eau d’un tissus à un autre) : cela concerne la quantité
d’eau et sa répartition .
→ équilibre ionique : qui concerne les ions , quantité d’ions , leurs nature et leurs répartition. On va associer
leur nature avec leur fonction, tout les ions n’ont pas la même fonction . A chaque ion on peut associer plusieurs
fonctions. ( ions magnésium et calcium => ils ont plusieurs rôles ( plus que sodium et potassium) .

- eau : élément le plus important dans la nature .

- LIC : liquide intracell .
- dans la cell le plus important est le K+
- P- : protéines , elles sont chargées majoritairement négativement . ( nb attention les protéines peuvent porter
des charges + ou des charges - ) .

* Le sodium : 30 % se retrouve dans les os . Les 70 % sont libre ( c’est-à-dire peuvent se déplacer) = donc il est
diffusible (= se déplacer) .

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* Le potassium : 90 % est libre ( donc diffusible ) . Seul 2 % des 90 % se retrouve dans le liquide cellulaire. Les
10 % restant sont fixés et donc associer à des structures ( = immobilisé , donc ne peuvent pas se balader) .
* Les chlorures : sont libres, donc diffusible .
* Les protéines : difficile de donner concentration , parce que associer à des structures et concentration de
protéines dans les membranes dépend de la nature et de la fonction de la membrane. Il y a aussi des protéines
libres dans les cells, dont les concentrations dépend du compartiment . ( dans les protéines libre il y a beaucoup
d’enzymes) .
( P-)i > (P-)e (plus de protéines à l’intérieur que à l’extérieur) .
( sa à l’air simple mais l’intérieur cellulaire est très dense).
Les concentrations respectives ( nombre de grandeur)
* Sodium (intracell) ( i = intracell ) : 15 à 10 mmol/L
* (Na+)e : 135 à 145 mmol/L
* (K+)e : 2 à 5 mmol/L
* ( K+)i : 110 mmol/L
*(Cl-)i : 53 mmol/L
*(Cl-)e : 70 -100 mmol/L
=> Tout cela amène plusieurs questions :
* Pourquoi une différence de répartition entre le sodium et le potassium ? ( sont des cations monovalents →
même colonne périodique )
* On constate des charges électrique dans le milieu intracell et extracell, comment font les charges pour
cohabiter ?( parce que dense , et les charges sont proches) .
* Les concentrations sont elles susceptible de varier ?
* Si c’est concentrations varient , est ce qu’elles varient de part et d’autre de la limite cellulaire ( est ce que sa
passe au travers de la membrane ? .
* Ces substances sont-elles mobiles ? ( = libre)
* Ces substances ont-elles la même mobilité ( est ce que un ions K+ se déplace plus vite que un Na+ => cela a
des conséquence sur le fonctionnement cellulaire) .
* Si les concentrations varient comment varient-elles ?
* Comment font les substances pour changer de compartiment ?
* Quels sont les événements qui font que les ions vont changer de compartiments ? (événement électrique ,
chimique ? )
* Est ce que ces changements de compartiments sont régie par des lois de la physique ?
* Quelles sont les conséquences physiologique d’un changement de distribution des substances de part et
d’autre de la membrane ?

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Chapitre 2 : Passage au travers d’une membrane biologique

Introduction
→Sa concerne des molécules (toutes les autres molécules en dehors de la molécule d’eau ), ions, des molécules
d’eau .
Ces passages au travers des membranes ont plusieurs fonctions :
- 1) L’entrée de nutriments dans la cellule ( pour apporter de l’énergie) . Une cellule est une entité fonctionnelle
comme tout notre organisme donc :
- 2) La sortie de déchets toxiques de la cellule.
- 3) Le maintien des équilibres hydrique, ioniques, et acido-basique ( le pH doit être maintenu relativement
constant).
- 4) L’apport d’hormones, de vitamines, et de molécules signales ( certaine molécules n’entrent pas dans la cell
nb) .
- 5) La réponse à une agression par un mécanisme de défense .
- 6) L’activité cellulaire telle que la contraction musculaire ou l’influx nerveux .
Différente substances peuvent passer les membranes mais pas toutes les substances. La condition majeur est la
nature de la membrane cela veut dire :
- soit considéré la membrane comme naturelle et biologique, et par opposition membrane artificielle ou
synthétique . En fonction de la nature de la membrane il y a différents procédés .

- Membrane synthétique : il y a des pores, ont peut choisir le diamètre des pores de la membrane. Tout les pores
sont calibrés, il y a que le polymère de synthèse et les pores, donc les substances peuvent passer au travers des
membranes que si la substance est plus petite que la taille des pores. ( on mettra sa en évidence en TP )

- Membrane naturelle : bicouche lipidique, dedans il y a des transporteurs d’ions . Les pompes peuvent
transporter 3 Na et sortir deux K en même temps . Il y a des sites différents , donc la protéine doit être capable
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de différencier le sodium du potassium. ( est ce que la pompe fonctionne en permanence ? A quel moment
fonctionne-t-elle ? ). Pour que la pompe fonctionne il faut que les substances soient mobiles. Il faut qu’il y est la
diffusion ( phénomène physique) . Il faut un passage transmembranaire ( Quelles sont les lois qui régissent le
passage transmembranaire ?)

Principe de la diffusion, mouvement brownien et notion de pression.

Mouvement brownien et entité cinétique.

* 1 solution (vrai ) = 1 solvant + 1 soluté ( plusieurs solutés possible, le soluté doit être comptabile avec le
solvant, sinon c’est une suspension ) . Il faut une compatibilité entre solvant et soluté .
* Si on considère une solution de NaCL = H2O ( en grande quantité) + Na + Cl .
Quand on met dans l’eau solubilisation : NaCl disparaît . Et donc Na et Cl sont des solutés . Ils sont particulier
parce qu’ils portent une charge électrique (une charge nette soit + ou - ) = se sont des ions .
Au dessus de la température du 0 absolue ( - 273 ) toute substances composant une solution à l’état liquide est
animé d’une mouvement aléatoire . C’est un mouvement permanent qu’on appelle donc un mouvement
brownien . Comme sa concerne toute substance, dans la solution de Na CL toutes les molécules ont un
mouvement aléatoire ( dans tout les sens ), plus la température est élevée plus le mouvement est rapide. ( en
biologie c’est entre 20 et 30 degrés) .

Définition :
→ Le mouvement brownien est un déplacement désordonné, aléatoire, de toutes molécules, ou particules de
taille inférieur au micromètre ( µm) et en milieu liquide . La vitesse de déplacement dépend de la nature du
solvant, de la température, de la masse, de l’encombrement de la molécule ou de la particule, et des interactions
entre le solvant et le/les solutés.
Ces substances qui se déplacent ont un nom : ce sont des entités cinétiques. Toutes substances qui peuvent se
déplacer en solution à l’état liquide c’est une entité cinétique . ( dans la solution de NaCl il y a 3 entités
cinétiques : Na , Cl , et H2O )

→ On appelle entité cinétique une particule ou molécule de taille inférieur au micromètre (µm) animé d’un
mouvement brownien.
Une cellule n’est pas une entité cinétique .
Exemple :
H20 : 18 g/mol . A 20° elle se déplace à 2500 km/h .
Glucose : 180 g/mol . A 20° elle ce déplace à 850 km/h
Rque :
1) on en déduit que une molécule plus grosse se déplace moins vite.

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2) Il y a pas de proportionnalité entre la différence de masse et de déplacement ( c’est pas parce que une
molécule est10 fois plus grosse qu’elle va 10 fois moins vite).

La diffusion
→ C’est un phénomène physique .
On considère une solution, toutes les entités sont mobile ( mvmnts brownien), il va y avoir des collisions.
Comme les entités cinétique se déplacent de façon aléatoire elles peuvent se rencontrer et faire des collisions.
Les conséquences de ces collisions : changement de direction. Lorsque les entités cinétique rencontrent une
paroi qui délimite la solution ( membrane, paroi bécher, ect…) . Sa peut aller à des millions de collusions par
seconde ( nombre considérable ) , et ce nombre augmente avec la concentration de soluté et augmente avec la
température.
Le déplacement qui résulte de ces mouvements aléatoire ( collusions comprises) s’appelle la diffusion . La
diffusion est un terme générale.
→ La diffusion est un déplacement d’entités cinétique résultant du mouvement aléatoire du fait de l’agitation
moléculaire ( effet de concentration et de température et des collisions entre entités cinétiques ou collisions
entre entité cinétique et les surface qu’elle rencontre ( paroi d’un bécher in vitro ou membrane biologique in
vivo)) .
Cette diffusion est mesurable / observable :

Diapo 3
- en vert : que les solutés . Au début expérience tout les solutés est concentré à gauche .
- en noir : le solvant
→ si on laisse faire le système : les solutés et solvant sont répartie de façon homogène . La concentration des
deux est à peu près pareil dans tout le compartiment .

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La diffusion conduit à une homogénéisation de la solution ( c’est hyper simpliste, les barreaux électriques
permettent de maintenir homogénéité parce que d’autres choses se superposent )

Pression hydrostatique
Si on considère un compartiment . Les molécules se déplacent avec mouvement brownien et collisions sur la
parois => cela à une conséquence : la molécule exerce une pression à chaque fois qu’elle fait un choc sur la
paroi . Plus il y a des molécules d’eau et plus la pression va être importante. Cette pression est La pression
hydrostatique. Cette pression est proportionnelle au nombre de choc exercer par les molécules d’eau, et donc
elle dépend de la concentration en eau.
* Quand la concentration d’eau monte : pression hydrostatique augmente .
* Eau pure : concentration en eau de 55,555 g/mol → concentration en eau très élevé alors la pression est
forcément élevé .

Pression osmotique
→ La pression osmotique dans un compartiment est la pression exercée sur les parois par le choc des entités
cinétique que sont les solutés animés d’un mouvement aléatoire c’est à dire résultant de la diffusion dans le
solvant.
La pression osmotique ne tiens pas compte du solvant . L’eau exerce une pression hydrostatique et les solutés
pression osmotique . La pression osmotique : grand pi avec en dessous le soluté concerné . Unité : [[Link]^ 3] ou
[Pa] . Cette pression dépend d’une loi physique . Loi de Van t’off :

- Vsolvant : inverse d’une concentration : volume molaire , volume occupé par une mole de solvant.
- fraction du soluté ou fraction en soluté :

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Fraction : veut dire partie d’un tout , ça va être exprimé comme sa :
Fraction en soluté + fraction eau = 1 ou 100 % .
la fraction en soluté est alors :
fsoluté = 1-feau .
La fraction en soluté reflète la concentration en soluté . C’est une autre façon d’exprimer la concentration.

La loi de Van t’off : s’applique à des solution très concentré.

- Concentration osmolaire :
- les pressions peuvent aussi être

Pour information la formule du haut n’est pas à savoir par coeur, c’est la moitié de la diapo en bas à savoir .
Quelles informations donne la formule :
- On a que un produit de grandeur : la pression osmotique est directement proportionnelle à la concentration en
entité cinétique .

Notion d’osmole et de concentration osmolaire

osmole et concentration osmolaire sont des notions utilisées que dans les situations de pression osmotique .
-Pour rappel : 1 mole = N*1 molécule ( N = nombre d’avogadro) . (échelle d’un individu)
-Pour les entités cinétiques : 1 osmole = N*1 entité cinétique ( échelle de la substance)
Il en ressort que la concentration osmolaire c’est le nombre d’osmole par dm³ .
Notation : concentration osmolaire : Cosm

le 31/01/23 ( Cours 2 de la prof )

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Le 100 % c’est 100 % de la matière.

Dans la diapo dans le paragraphe 2 au 5 èmes lignes et autre enlever le A = c’est une faute de frappe.
Dans une même solution, le nombre d’osmoles est additifs.
On regarder la concentration en eau dans des solutions . On fait le postulat suivant ; les solutions sont dilués .
Dans l’eau pure, la concentration en eau est de 55.55 mol.L à 20°C => le fait d’y rajouter des solutés ne va pas
changer beaucoup la concentration en eau . Et on dit que la concentration ne varie pas = c’est une constante .
- Conséquence de cela : on regarde ++ les solutés ainsi que leur nature .

Calcul de pression osmotique

Exemple : une solution de glucose à une mol par décimètre cube = Concentration molaire en glucose. =
Cglucose
Donc le pression osmotique exercé par le glucose est : 8.31 * ( 273,15 + 25 ) *1
Si la concentration molaire du glucose est égale à 2 mol. dm³ = 2 [Link]³.
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Iy a une proportionnalité directe entre la concentration molaire et la pression osmolaire ( je ne sais pas) .

La concentration osmolaire de NaCl est de [Link]³ => car une molécule donne deux entités cinétiques.
Je vais avoir la pression osmotique du NaCl = 8.31(273,15 + 25 ) * 2 .
Autre exemple : Avc Na+ , Cl- , Glucose
Pression osmotique résultante : ensemble des solutés qui exerce une pression sur la paroi .
= Pression Na+ + Pression Cl- + Pression glucose
= Pression NaCl + Pression glucose
= 8.31 ( 273,15 +25 )* ( 2+2+1) = 8.31(273.15 +25 ) *5

Différence de pression de part et d’autre d’une membrane biologique

flux net : bilan des entrée et des sorties .

Différence de valeur : la différence de pression osmotique entre deux compartiments étant différente de 0 , cela
va induire un flux de soluté du compartiments où la pression osmotique totale est la plus élévée vers le
compartiments où la pression osmotique totale est la plus basse , sosu réserve que il n’y pas d’autres facteurs
influençant le flux à travers la membrane perméable aux solutés.
On parle de membrane semi-perméable : des membranes qui laisse passer les molécules de solvant et les
molécules de petits solutés.
Application :
voir la photo dans le tel .
Puisque l’on compare des pressions osmotique entre elles :

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- la pression osmotique du compartiment qui est plus élevée est hypertonique par rapport à l’autre et la pression
la plus basse est hypotonique .
Donc là où le flux va , solution hypotonique est .
- Là où le flux se fait jusqu’à équilibre , pression isotonique sont les solutions. ( équilibre de pression) .
Les doubles flèches représentent les flux net , ( donc ce qu’on pourrait voir à l’oeil ) , mais en fait il y a des flux
dans les deux sens ( le flux net est la résultante des flux qui passe dans les deux sens ) . Quand la fraction
osmolaire
* nb pression hydrostatique : pression exercé par les molécules d’eau. Plus la fraction en eau est basse et plus la
pression hydrostatique est basse = parce que moins de molécules d’eau qui viennent choquer les parois .
* Quand la concentration osmolaire est faibles, donc pression osmotique est faible, cela veut dire que la fraction
en eau est élevé et donc la pression hydrostatique est élevé .
* En faisant le bilan de sa : Quand la pression osmotique est faible , ça veut dire que la fraction en eau est
élevée et donc la pression hydrostatique est élevé .
Conséquence de la différence de la pression hydrostatique : flux de molécules d’eau du compartiment
hydrostatique est la plus élevé vers le compartiment hydrostatique est la plus basse .
Pour cela il faut que la membrane soit perméable . Si la membrane est perméable que aux molécules d’eau on
dit qu’elle est hémiperméable .
Définition : on appelle osmose la diffusion nette d’eau à travers une mb perméable à l’eau, qui résulte des
flux d’eau entre deux compartiments, en respect de la différence de pression hydrostatique .
Une autre def  : on appelle le flux J ( grandeur physique) la vitesse de diffusion d’un soluté à travers une
mb par unité de surface de membrane : cela s’appelle la loi de Fick . On appelle le flux J : Jnet soluté .
On va utiliser une convention de sens : le flux va de 1 → 2 . Ce flux dépend d’une constante D que l’on
appelle constante de diffusion. Chaque soluté à son propre coefficient de diffusion ( dépendant de
plusieurs choses) , et c’est aussi rapporté à l’épaisseur de membrane ( on doit prendre en compte
l’épaisseur de la membrane) .
La vitesse de diffusion d’une soluté à travers une membrane est de 1000 à plusieurs millions de fois plus
faible que dans l’eau pure = une membrane est une barrière biologique.
Cela souligne l’importance de la compartimentation dans les cells eucaryotes .
Dialyse : c’est le phénomène de passage de soluté à travers une membrane

Cours 3 Le 01/02/23 (je suis arrivé en retard)

L’ion porte une charge partielle .
Sa parle des ions .
=> la charge n’explique pas tout : ne garantit pas les même propriétés même si même nombre sur la couche de
valence .
=> On appelle charge nette la différence entre le nombre de protons du noyaux et le nombre d’électrons du
cortège électronique, forcément un nombre entier .
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=> charge q = charge électrique = charge qui doit être un multiple de la charge élémentaire donc porté pzr un
électron. 6,019.10E-19

Le champ électrique

Chaque ions développe autour de lui un champ électrique. Ce champ électrique est mesurable est il dépend de
la distance au centre de l’ion ( du dernier électron) .
On considère un ion I . et on fait un point M dans l’espace . Le champ électrique autour de cet ion doit avoir un
direction qui est imposé par la flèche représenté et un sens , et donc il y a une intensité . C’est donc du point de
vue mathématique un vecteur.
La formule du champ électrique imposé par l’ion qui est donc un vecteur à la distane M . ( voir le diapo pour la
formule ) .
Permittivité du vide : la façon dont un événement peut avoir lieu dans ce vide .
Qu’est ce qui est important dans la formule ?
→ la charge est au numérateur : quand la charge est élevé , le champ électrique est important .

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→ le champ électrique diminue avec le carré de la distance : donc ça va assez vite : à forte distance le champ
électrique décroît beaucoup .
On peut représenter le champ électrique en tout points de l’espace.

Toutes ces ligne de champ on une notation :

- ligne de champ porté un ion positif : +1 est représenté par des lignes centrifuges ( des lignes qui quittent
l’atome ) ( voir point 2 de la fiche) .
- ligne de champ porté par un ion négatif : -1
Dans l’espace il existe des lignes qui relient tout les points de l’espace ayant le même potentiel.
Équipotentiel : même potentiel .
Sur le diapo : en bleu = ligne de champ et en rose = c’est les équipotentiels .
- le long des équipotentiels les potentiels sont les mêmes
- les valeurs de potentiel sont plus élevé à proximité de l’ion .
- Comme il y a une infinité de points dans l’espace on à une infinité d’équipotentiel .

Interaction entre deux ions

Principe universel de l’électroneutralité
-En solution lorsqu’il y a des ions, les ions sont présent en quantité tel que la somme des charges + et égale à la
somme des charges - . ( c’est vrai pour les solides) . Seul bémol = on peut pas s’intéresser au contenu entier de
la solution, donc on focalise sur qql éléments .
- autre chose on des solutions dilués : les ions vont occuper tout l’espace de la solution. Mais il ne faut pas
perdre de vue qu’ils sont mobile, ils s’agitent dans tout les sens . Statistiquement ils sont répartis de façon
homogène. En revanche quand la solution est concentré les ions vont être plus proches les uns des autres que la
concentration en ion est élevé , quand un ion est à proximité d’un autre ion , les champs électriques se
rencontrent ensuite il y a soit de l’attraction ou de la répulsion . L’attraction se produit entre deux ions de signes
opposés.

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Les conséquences : cela crée une déformation électrique du champ porté par les ions.
Cette règle est importante.
* Transformation vecteur → valeur mathématique : on fait le produit scalère
- Il se passe quoi quand deux ions monovalents se rencontrent ?
→ il y a fusion des lignes de champs entre les deux champs. Les lignes de champs convergent vers les ions.
C’est intense quand les deux ions sont proches. Attention les ions ne peuvent pas se toucher . Il restent à une
proximité très grande mais il y a un espace de vide obligatoire.
- Cas de répulsion : entre charge de même signe . Déformation de lignes de champs des ions et ils ne se
touchent jamais . ( dans 2 semaine apporté ordi en td nb ) .

Pourquoi les ions voient leurs champs électrique modifié quand ils s’approchent
l’un de l’autre ?
- les deux ions exercent mutuellement une force l’un sur l’autre ( c’est une force électromagnétique)
- C’est le champ électrique le plus intense qui impose l’effet ( la force) , donc plus lar charge de l’ion est
importante, plus le champ électrique est intense et plus la déformation du champ électrique de l’autre sera
importante.
- Les ions sont soit attirés ou repoussés ( tjrs vrai ) si un ion passe à côté d’une molécule chargé comme l’adn : (
sans histones autours) . L’adn à un champ électrique intense car il porte plusieurs charges ( c’est un poly-
anions ) ou si ce même ion passe à côté d’une protéine il sera soit attiré ou repoussé, et sera attiré soit fortement
ou repoussé fortement. Autour de l’adn on peut avoir beaucoup de cations.
- Conséquence de tout sa : les propriétés des ions en solution dépendent de l’existence de leur champ électrique.
L’existence d’un champ électrique qui est exercé par une molécule sur ion est considéré comme un champ
électrique externe. L’existence du champ électrique externe va induire un déplacement de l’ion . Ce
déplacement se traduit par un rapprochement si il y a une attraction et une distance si il y a une répulsion. Les
ions sont tout le temps mobiles.

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Qu’est ce qu’il se passe à proximité d’une molécule chargée  ?

=> sa bouge tout le temps, même dans les membranes ( dans les membranes il y a des charges) . ( voir le diapo)
- information importante : on que il y a un écrasement au centre des équipotentiels. Cet écrasement on le voit
quand il y a une attraction, = rapprochement = champ électrique qui se tasse .
- les molécules qui sont très chargés attirent facilement des ions de charges opposé , Ex : l’adn attire beaucoup
de cations.
Voir diapo : dans le cas d’ions qui sont pareil est bien il y a une répulsion et un étirement , l’écart augmente
avec l’écart d’intensité.

Dans le cas d’un poly-anions : on lui met un ptit cation autour de lui ; on voit que les lignes de champs autour
du poly-anions ne sont pas très modifié .
Autre schéma : champs électrique qui sont non négligeable dans le repliement des protéines : le repliement des
protéines est possible à un équilibre de structure => répartition des charges = champs électrique qui s’entendent
bien à proximité.
- Les ions qui passent à proximité des protéines ne s’installent par partout, ils vont là où les intéractions
électrique sont favorable et donc stable ( stabilité +++ ) ( on veut le moins de contraintes possibles) .

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- Finalement : les ions à proximité d’autres ions sont attirés ou repoussé selon les charges respectives : selon la
distance et le positionnement relatif. Or comme la température des solutions biologiques est positive : les ions
et les molécules sont en perpétuel mouvement donc en perpétuel déplacement = les interactions peuvent être de
durée super courtes. Dans le cas des poly-ions que sont les protéines ( amphotère ? ) dont le champ le électrique
est intense , les interactions d’attraction-répulsion seront plus forte ( surtout pour l’attraction cela va durer plus
longtemps ( attention tout est relatif)) . Toutes ces différentes interactions participent aux événements cellulaire,
comme le passage transmembranaire qui combine à la fois la probabilité de rencontre de l’ion avec la
membrane et la possibilité de passage . Dans le cas d’interaction avec des structures pour les consolider
( protéines de structures atour de l’adn ou des lipides et des protéines dans la bicouche lipidique que on
constitue une membrane lipidique) . Donc les passages transmembranaire ne vont pas être pareil entre mb
synthétique et biologique : celle synthétique est neutre = si ions à proximité de la mb il y a pas de contrainte
électrique = la diffusion se fait « normalement » ( seule contrainte : est ce que l’ion est assez petit pour passer
au travers de la membrane ) . Il existe des méthodes prédictive pour savoir si des ions passent au travers de la
membrane biologique = approche prédictive

Passage d’ions à travers une membrane

Notion de potentiel chimique
Le principe est le suivant : quand une molécule se déplace ( de la matière) : et ou diffuse à travers une
membrane, elle déplace avec elle quantité d’énergie, ( c’est de l’énergie chimique = énergie faite de chimie) =
on appelle cela le potentiel chimique. C’est une quantité d’énergie qui est se situe dans les liaisons chimiques de
la molécule = énergie chimique = somme de toutes les énergies des liaisons chimique de la molécule . Le
potentiel énergie est en [Link]-1 . Le potentiel chimique se note avec la lettre mu (voir la lettre mu ) . Ce
potentiel chimique est appellé une fonction thermodynamique d’état . Cette fonction sert à produire si un flux
peut avoir lieu ou pas à travers une membrane.
A est égale ce potentiel chimique ? Voir le 4 de la feuille ( cette formule est à savoir)
conditions standard où mu0 0 été déterminé :

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1 ATM à 20° et toutes les concentrations du milieu sont égale à 1 mol/L dont celle de la concentration de la
substance S .

Définitions à apprendre par coeur : Le mouvement brownien, Une entité cinétique, La diffusion, La
pression osmotique, L'osmose, Un flux.

Cours 4 Le 08/02/23
On a fait une application numérique ( voir feuille)
=> diapo avec les formules : nb écrire le signe . Dans quel sens ça va, ect…
=> Le potentiel est directement proportionnel à la température . L’autre variable importante ; différence de
concentration.
=> la diff de potentiel chimique = la diffusion d’un compartiment à un autre dépend du rapport des
concentrations. Dépend du rapport de concentration de la substance considéré .

Suite de l’application : voir feuille

=> le résultat est une grandeur thermodynamique = échange d’énergie = on peut raisonner en échange d’énergie
. => Quand la diff de potentiel chimique est positive : le flux de glucose dans le sens 1 → 2 nécessite de
l’énergie provenant de l’extérieur. Le flux de 1 vers 2 n’est pas possible si il n’y a pas un apport d’énergie, on
dit alors que le flux n’est pas spontané.
A l’inverse quand une différence de potentiel chimique est négative dans le sens considéré, Cela veut dire que la
substance peut traverser la membrane, et que ce flux est spontané.

Retour application = Argumentaire.

Deux remarques
=> les flux sont des flux de molécules globalement neutre , de part et d’autre d’une membrane neutre
=> Ce flux est manifestement possible dans un sens spontané et d’autre non spontané, si le flux est possible
alors il peut avoir lieu jusqu’à atteindre une situation d’équilibre . Quel équilibre ? Celui de l’équilibre de
potentiel chimique .
Une situation d’équilibre chimique : voir feuille .

Cas d’une substance électriquement chargé

=> Rappel : molécule ou atome ayant un ou plusieurs électrons excédentaires sur le cortège électronique ou sur
des groupements chimiques conférant une ou plusieurs charge négative ( anion =1 Charge neg / poly-anion =
plusieurs charges neg ) . Si déficit d’un électrons ou de plusieurs sois dans le cortège électronique dans les
groupements chimiques conférant une ou plusieurs charges positives on parle alors de cations ou de poly-
cations.
=> Quand on parle d’un sel : c’est un solide ( d’abord) :

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Ex : NaCl (solide) → Na + + Cl - => dissociation totale .

DONC NaCl n’existe pas dans l’eau sous forme solide .
Ex : Kcl → K+ + Cl-
Ex : CH3COONa → CH3COO- + Na+
Ex : Na2CO3 ( carbonate de sodium ) → CO3(2-) + 2Na+
Ex : Co(NO3) 2 ( nitrate de cobalt ) → Co2+ + 2(No(3-))
=> Attention faire attention à l’équilibre stœchiométrique .
=> On constate le nombre de charge ; a chaque fois on part d’une molécule : et on nbr de charge - = nb charge +
=> Chaque ion qu’il soit inorganique ou organique quand il se déplace transporte une certaine quantité
d’énergie. Cette énergie est appelé l’énergie chimique ( avant potentiel chimique) qui est lié à sa composition
chimique , mais transporte aussi une quantité de charge, l’énergie associé à sa charge s’appelle le potentiel
électrique et donc :
potentiel chimique + potentiel électrique = potentiel électrochimique
( nb dans le cas molécule neutre = pas de sa) (voir feuiille)
Le potentiel électrique du milieu : c’est le potentiel d’un côté de la membrane . Cela veut dire que y a un autre
potentiel de membrane de l’autre côté que l’on appelle ddp . (voir feuille)
voir application numérique sur la feuille.

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On voit que la différence des potentiels electrochimique dépend du rapport des concentrations, de la charge de
l’ion et de la différence de potentiel de membrane. ( la ddp est exprimé en volt)

=> Remarque : si la mb est électriquement neutre : que vaut sa ddp ? => delta psy vaut 0 .
(voir feuille = voir aussi le diapo)

Si la membrane est électriquement neutre, la différence de potentiel est nul => toute la composante électrique
est égale à 0 ( donc pas decharge ) => il y aura que la composante chimique.
D’autres ions peuvent participer au flux transmembranaire.
Exemple biologique d’une cell intestinale : ( diapo)
- le bol alimentaire , apporte de l’eau et du glucose ainsi que du sodium .
Quand on est à jeun :

Etude d’un milieu biologique complexe

Il s’agit d’un modèle : voir diapo
- la cell est à l’équilibre électrochimique => quand il est égale à 0 . La différence électrochimique totale est
égale à la somme des différence électrochimique des compartiments .
- les cations et les anions sont plus nombreux à l’extérieur.
- Si la charge est non nulle : -z est super important .

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Conclusion :
=> l’existence des réactions chimique aura pour conséquence de modifier la répartition des ions , même si c’est
ions ne sont pas concerné par les réactions chimiques.
=> C’est un modèle bcp trop simple .

Chapitre 4 : Hydratation des ions et molécules

Introduction : généralités
-Les solutés hydrophile sont des solutés qui ont une très forte interaction avec les molécules d’eau, à l’inverse
les solutés qui interagissent faiblement avc l’eau sont hydrophobe. ( cela veut pas dire que y en a pas = elle est
juste faible ) .
-Pour que les solutés soient stables dans l’eau, ils doivent être hydrater : principe physique vrai quelque soit le
solvant . ( le soluté est stable dans un solvant => il doit être solvaté ).

Structure de la molécule d’eau

Structure
- c’est un H20 : 1 oxygène et un hydrogène . 2 liaisons covalentes simples .
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- il y a un espace vide autour de la molécule d’eau qui est délimité par la surface de Van der Walls = c’est la
limite = aucune substance ne peut rentrer dans cette espace . Cette surface n’est pas parfaitement circulaire , elle
est la conjugaison de 3 anneaux : on a le Rayon de Van der Waals . Celui de l’oxygène: 0,958 et de
l’hydrogène :

- l’eau est une molécule globalement neutre. Sa charge nette = 0 . Cependant les e- mis en commun entre l’ox
et l’hydro ne sont pas au centre de la liaison -OH . Les e- vont être à proximité de l’oxygène
( électronégativité). C’est une répartition asymétrique des e-. Conséquence : ox est enrichie en e- pcq il en a
deux rapproché de lui . Alors il est plus négatif que si il était considéré seul, on dit alors que l’oxygène est plus
électronégatif : ce n’est qu’un positionnement d’electron = localement . LL’oxyègne porte donc des charges
partiels. ( δ-). Conséquence de cela : l’ox est électroneg et la liaison -OH est une liaison polaire. C’est à dire
que il y a un pôle électronégatif.
Si la liaison est polaire : au nv de l’hydrogène il y a un deficit en e- ( δ+) => on dit de l’hydrogène qu’il est
électro-positif qui porte une charge partiel positive que l’on écrit δ+ => donc sur la liaison on a deux pôle :
cette liaison est dipolaire.

La charge porté par l’hydrogène : δ+ = 0.41

Rque :
- il faut un + et que c’est inf à 1 => toutes les charges partiels sont inférieur à 1 .
=> donc la molécule d’eau à 2* 0,41 en charge . Et donc l’oxygène reçoit -0.82 dans l’oxygène .
=> Si on fait la somme des charges partiels on a 0 → la charge nette d’une molécule d’eau est nulle.
Entre l’oxygène est l’hydrogène on a un angle de … NB : VSEPR => les charges partiels doivent être dessiné à
hauteur de la liaison .
Cette asymétrie confère 1 pôle électropositif et un pôle électronégatif. La molécule d’eau est un quadrupôle.
Nb : VSEPR ++++ => E2X2 ?
La molécule d’eau est un dipôle électrique . C’est un dipôle électrique permanent ( parce que c’est tout le temps
en délocalisation => y a des dipôles non permanent)

Définition d’un dipôle électrique

=> Un dipôle électrique est une molécule chimiquement hétérogène, polyatomique, sans centre de symétrie , tel
que autour de la liaison A-B un des deux atomes est électronégatif et l’autre est électropositif à une distance d
du centre des atomes. Faut que sa soit une molécule ( il faut une liaison covalente , au moins une )  et
chimiquement hétérogène = deux atomes de nature différente = O2 = molécule mais pas hétérogène donc
pas de dipôle ( la répartition des e- est équi autour liaison) ;
=> si A-B : si A est électronég alors B est électropositif. La liaison covalente entre A et B est une liaison
polarisé .
=> Tout dipôle est caractérisé par un moment dipolaire = μ ( encore) , cette chose est un vecteur , ayant une
direction ( c’est la liaison covalente) , un sens ( il va du δ - → δ+), une intensité ( la longueur est
proportionnelle à l’intensité) .
=> il a pour formule µ = δ * d
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δ = charge partiels
d = longueur
=> unité de µ = C.m-1 ( Coulomb/m) , à l’échelle de la molécule cette unité n’a pas de sens . Alors on va
prendre le Debye = 3,336.10E-30 C.m-1 . ( mètre deviens des angstrom) .
Rque : il y a autant de moment dipolaires que de liaisons covalentes hétéro-atomique.

Molécule d’eau
Dans une molécule à plusieurs liaisons covalente portant des charges δ+ et δ- , on va faire un moment
dipolaire résultant intégrant la totalité des moments dipolaire = ce vecteur est la somme vectoriel de tout les
moments dipolaires constitutif .

(Schéma sur ma feuille) faire la simulation vue en TD pour l’H2O.

Intéraction eau – ions

Cas typique de l’hydratation des ions
La polarité de la molécule d’eau et la charge porté par les ions favorise les intéractions électriques. Les
molécules d’eau sont attiré par l’eau pcq le champs électrique de l’ion est plus intense que celui de l’eau ( l’zu
n’a que des charges partiels alors que l’ion à des charges nette ) . Les deux partenaires se rapprochent jusqu’à
une certaine distance pouvant aller au contact avec la surface de Van der Walls ( VDW) => c’est la distance
minimale de contact entre l’eau et l’ion on parle alors d’hydratation de l’ion . ( Il faut qu’il y est
contact) . L’hydratation de l’ion dépend de la nature de l’ion et les molécules d’eau vont s’orienter sous
l’influence du champ électrique de l’ion.
Voir feuille

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si on a un cation : le pole – de H20 va s’orienter vers le cation .

La disposition des molécules d’eau autour de l’ion est la couche d’hydratation ( fonction des ions elle n’est pas
la même)
B. Calcul du potentiel d’énergie entre l’eau et l’ion
→ On peut pas calculer les moments dipolaires car ils sont non applicable sur les ions.

C. Les ions cosmotropes et chaotropes

→ On a un réseau d’hydratation entre les molécules d’eau et cela crée un réseau d’hydratation
Selon la place des atomes dans le tableau périodique, les ions sont hydratés de manière différente.
Il y a deux couches sucessives de structure d’eau autour d’un ion :
→ Couche primaire : ( dans tous les cas) = molécule d’eau avec ion .
→ Couche B : Densité de la molécule d’eau est différente de l’eau pure
Selon la nature des ions, l’eau est soit organisée en forte densité ou en faible densité ( comparée à l’eau pure).
Densités : Nombre de molécules d’eau dans une unité de volume rapporté au nombre de molécules d’eau dans
le même volume d’eau pure.
Dans l’eau pure la densité = 1

Si le numérateur > dénominateur => eau de forte densité

Si le numérateur < dénominateur => eau de faible densité

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Les ions cosmotropes  :

Les ions autour desquels la densité de l’eau est de forte densité ( dans la couche B )
→ Ils sont fortement hydratés
Les cations cosmotropes :
→ les cations monovalents de petit diamètre : leur diamètre est inférieur à K+
→ Tout les cations de charge supérieur à +1

Les anions cosmotropes :

→ Les anions dont le diamètre est inférieur est inf ou égale à F-
→ Les anions bi et trivalents

Plus un ion est cosmotrope, plus il attire des molécules d’eau dans couche d’hydratation. On peut donc les
classer du moins cosmotrope au plus cosmotrope :
Classement établie par Hofmester : série de Hofmester
→ Quand on a une perte d’électrons, cela réduit le diamètre de l’ion. L’interaction avec l’eau est différente =
caractère de plus en plus cosmotrope quand on perd des électrons.
Les ions chaotropes :
→ Créent des désordres dans la structure de l’eau.
→ Les ions autour desquels la densité de l’eau est de faible densité ( dans la couche B) .
→ Ils sont faiblement hydratés car bcp moins de molécules d’eau dans la couche d’hydratation. Plus le cation
monovalents est gros, plus il est chaotrope.

Les cations chaotropes :

→ Les cations monovalents de grand diamètre : supérieur à K+
→ Tout les cations de charges supérieur à +1

Les anions chaotropes :

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→ Sont les anions de grand diamètre : sup à F-

→ Tous la anions polyatomiques

Donc Na = cosmotrope et K = chaotrope (ils ont des propriétés physico-chimiques et biologique différentes)
=> Antagoniste biologique expliquant leur différence de répartition en partie.
=> On va avoir chevauchement des 2 gradients d’effets cosmotropes et chaotropes
Qd faiblement cosmotrope il est fortement chaotropes.

D. Les conséquences de la différence d’hydratation des ions

a. Solubilité d’une sel
→ NaCl, KCL, CaCL2 sont des sels simples, la soude n’est pas un sel .
→ il y a que du vide entre les atomes composant un sel
Dans l’eau, qq molécules viennent s’accorcher à la surface des ions = dissociations des sels, des atome qui
deviennent des sels .
Le cristal lui, si il reste à l’état solide c’est qu’il n’a pas de contact avec l’au
l’agitation accélère des molécules d’eau avec cristaux .
On a une meilleure solubilité avec des ions cosmotropes (NaCl) que des chaotropes (Kcl).

La solubilité d’un sel dépend du couple anions/cations

Le Chlorure est très soluble mais argent non soluble .

B. Les échanges entre les compartiments biologiques

→ Chez l’homme la [Na+] à peu près égale à [K+], mais les répartitions sont différentes. Tous deux sont
alcalins monovalents mais l’un est cosmotrope et l’autre est chaotrope ce qui implique :
* une différence du réseau d’eau autour de l’ion
* une mobilité différente de l’ion hydraté qui dépend de son diamètre (pompe Na/K)
* une hydratation différente
* Na+ et K+ ne sont pas interchangeables dans une cellule : chacun son rôle.

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* viscosité des solutions

C. La viscosité
Dans un liquide idéal, l’écoulement d’un liquide se fait par glissement de lame de liquide les unes par rapport
aux autre grâce à des forces de cisaillement, mais l’écoulement est contraint par les forces de frottements.
L’eau en contact avec le tube = force de capillarité ( = force de frottement de l’eau / paroi) retiennent les
premières lames de liquide et freine l’écoulement.
Le liquide qui est le plus à distance subit bcp moins les forces de capillarité et donc l’écoulement avec force
d’écoulement max = Ménisque
La facilité à s’écouler pour un liquide est déterminée par sa viscosité, par des forces de cisaillements qui
dépendent de la nature du soluté.
Tous les liquides présentent une viscosité, qui dépend de certains facteurs physiques :
→ La température
→ La composition du liquide
→ le diamètre du tube

Pour les solutions ioniques :

La viscosité dépend de la quantité d’ions, donc de la concentration en ions, du diamètre des ions hydratés =
rayon hydrodynamique = Rayon de Stokes : 1/2 diamètre x du rayon hydraté dépend de la nature de l’ion.
Les différentes façons de mesurer la viscosité :
=> viscosité relative = temps d’écoulement/temps d’écoulement du solvant
=> viscosité spécifique = (temps d’écoulement -temps d’écoulement du solvant)/ temps écoulement solvant
=> viscosité cinématique = viscosité spécifique / concentration en ion (M-1 )
La pente de la droite change avec la température.
T°C aug , Viscosité chute car réduction des forces de frottements et augmentation des forces de cisaillement.
> Sans être proportionnelle mais exponentielles

La viscosité intrinsèque est :

→ indépendante de la température, c’est pour cela que les 3 droites se croisent au même point
→ caractéristique du soluté
Viscosité relative = 1 + A[ions]¨^1/2 ions + B[ions]
A = cst > 0
B = cst (« poids »+ aug ) B : coeff de viscosité, coeff de Jone-Dole[dm^ 3. mol-1]

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=> si B > 0 pour cosmotrope (fortement hydraté)

=> si B < 0 pour chaotropes (faiblement hydratés)
Cosmotropes : aug de la viscosité relative de la solution puisque B est positif, et donc diminution de
l’écoulement.
Chaotrope : dim de la viscosité relative de la solution B est négatif et donc facilitent l’écoulement.
En solution électroneutralité, la viscosité mesurée est la résultante de la présence de chacun des ions.
> Cosmotrope et chaotrope dépend des B, celui qui B le plus fort imposera sont écoulement.
> 2 chaotrope écoulement facile .
Cours interaction moléculaire
La solubilité des protéines :
- si on ajoute des ions à une solution de protéines on peut constater différents phénomènes :
* il y a effet des cosmotropes : sont des ions (pas que les ions qui le sont) : ils ont dans leur couche
d’hydratation une forte densité d’eau = ils captent beaucoup de molécules d’eau. Mais les protéines aussi dans
l’eau sont hydratés. Elles ont aussi un réseau d’eau organisé autour d’elles => c’est pour sa qu’elle sont dissoute
dans l’eau . Les ions cosmotropes captent des molécules d’eau (bcp) pour être dissout dans l’eau et donc il y a
une privation des molécules d’eau autour des protéines. Dans ces cas-là les protéines se regroupent et partagent
le peu de molécules d’eau qu’il reste. Si l’effet n’est pas trop important : les protéines restent en solutions
( restent agrégé ), si l’agrégat devient trop gros ils précipite = si bcp de protéines qui s’agrège = on a un gros
agrégat = précipitation .
On va avoir apparition de deux phase : les ions et le précipité de protéines (si on met le paquet d’ions
cosmotropes)
- démixtion : veut dire que y a apparition de deux phases
- salting out : précipitation des protéines par des ions ( effets des sels cosmotropes sur des protéines) .
Puisque B n’est pas le même pour tout les ions cosmotropes : l’effet salting out n’a pas la même intensité selon
la nature des ions cosmotropes .
- agent précipitant le plus utilisé : le sulfate d’ammonium = deux ions qui ont un gros effet précipitant : permet
d’extraire des protéines .
- Si on regarde NaCl : Na+ est faiblement cosmotrope, et Cl- est chaotropes => donc l’effet de NaCl est très peu
précipitant.
- Pourquoi cet effet précipitant ? Les protéines sont des macromolécules qui sont hydratés dans l’eau.
- l’orientation des molécules d’eau atour des protéines varient en fonction des acides aminés qu’il y a donc il y
a des zones qui sont chargés positivement, ou des zones chargés négativement. NB les aa apolaires sont plutôt
vers l’intérieur de la protéine.
- si deux protéines se rapprochent : cela conduit à expulsion de molécule d’eau d’hydratation.
- le réseau d’eau de la protéine dépend de la composition des protéines en aa , donc à la protéine .

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- les ions vont mobiliser les molécules d’hydratation des protéines. Quand il y a précipitation : plus
suffisamment d’eau d’hydratation et donc l’agrégat n’est plus soluble dans l’eau .
- pour les
- les chaotropes interagissent plutôt avec les charges des protéines et vont produire une augmentation de
solubilité dans l’eau : c’est l’effet de salting in : quel est l’intérêt ? À forte concentration les chaotropes agissent
en agents dénaturants : en rompant les liaisons faibles des protéines => les liaisons de Van der Waals, liaisons
hydrogène, liaisons faible, liaisons
Les ions chaotropes interagissent avec les ions de surface : champ électrique fort : tord la molécule => torsion =
rupture des ions faibles = il y a compétition
les liaisons ioniques induite par les ions chaotropres avc les aa chargés, sont des liaisons plus fortes que les
liaisons faibles à l’intérieur des protéines ; Ces liaisons ioniques induit changement de conformation des
protéines avec rupture des liaisons faible entre chaines lat des aa , rupture qui initialement donnait la
conformation tertiaire des protéines => cela induit une augmentation de la taille de la protéine : augmentation
du volume de la protéine : augmentation du volume hydrodynamique de la protéine . On assimile un effet
gonflant de l’ions chaotrope sur la protéine.
Si le volume hydrodynamique de la protéine augmente alors on a une augmentation de la viscosité. Parce que la
viscosité spécifique dépend du volume dynamique ;
- Volume dynamique : volume occupé par une protéine dans l’eau en tenant compte de sa couche d’hydratation.
- ce volume hydrodynamique peut varier en fonction du sel.
- Dans les laboratoires on peut utiliser le chlorure de guanidinium => fonctionne très bien qql soit la protéine.

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Chapitre 5 ; interactions ion-protéine ou autre molécules

Hydratation des protéines

- les protéines sont composé de aa avec les aa chargés ( asparagine, aspartique, glutamique, glutanime,
histidine)
- on a les aa à chaine lat polaire : ils ont un caractère dipolaire : ils portent des charges partiels sur leurs chaînes
latérales .
- on a aussi les acides aminés apolaire : jouent un rôle négligeable ( aucune charge, ect …)
- les aa qui ont une charge ( plus ou moins) sont plutôt cosmotrope = attirent beaucoup de molécules d’eau .
- ils sont porteur d’un champ électrique de forte intensité = on va alors avoir une eau de forte densité dans leur
environnement.
- les groupement polaire sont plutôt chaotrope : ils attirent peu de molécule d’eau , car ils sont porteur d’un
champ électrique de faible intensité, ce qui conduit à une hydratation totale où on a un raison d’eau à l’extérieur
de la protéine qui varie localement ( réseau d’eau pas le même autour de la protéine ( en fonction de la zone) .

Hydratation des acides aminés chargés

- C’est une interaction de type ion dipôle. Ion = aa et dipôle = molécule d’eau. C’est une liaison de faible
énergie. La molécule d’eau s’oriente en fonction du champ électrique de l’acide aminé. Une chaîne latérale
chargé peut attirer plusieurs molécules d’eau.
- les liaisons faibles entre les aa peut être rompu par une augmentation de la température ou par addition
chaotrope .

Hydratation des acides aminés polaires :

- les acides aminés peuvent interagir avc des molécules d’eau avec une interaction de type dipôle-dipôle .
- exemple avec la tyrosine : on peut donc avoir des interactions des molécules d’eau avec la fonction OH . Les
liaisons mise en jeu dans les interactions dipôle dipôle sont les forces de Keson .
- conditionné par l’accessibilité des chaînes latérales et des molécules d’eau
- dans tout les cas le nbr de molécule d’eau est faible autour de la chaine latéral des acides aminés polaires.
- ce qui montre bien un effet chaotrope de ces chaînes latérales.
- Dans les protéines globulaires : on constate que les acides aminés chargés et les acides aminés polaires sont
plutôt vers l’extérieur de la protéine donc en contact avec le solvant.
- C’est cela qui confère le caractère hydrophile de la protéine, les aa apolaires sont plutôt enfouie à l’intérieur
des protéines.

Hydratation des acides aminés polaires

- ne portent aucune charge négative et positive, ni aucune charge partiel delta.
- donc dans les aa polaires : on a les aliphatique : que ch2 ou ch3 terminale.

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- les molécules d’eaux s’organisent autrement : elles s’organise dans une structure de type glace . En formant un
manchon autour de la chaîne latéral et sa sans établir de liaisons entre les molécules d’eau et la chaine
aliphatique => on a une organisation en clatrate

Interaction dipôle permanent / dipôle permanent : exemple les molécules d’eau. Pareils pour le nombre de
molécules par unité de volume. Glace, liquide, vapeur : ce qui change c’est la densité ainsi que l’organisation
des molécules d’eau entre elles.
Un dipôle permanent est une molécule ou une portion de molécule qui garde son statut de dipôle en permanence
avec des charges delta plus et delta moins.
Les molécules qui ont un caractère polaire sont des dipôles permanent (glucose = molécule neutre , étant un
dipôle permanent)
Les liaisons mise en jeux entre le sucre et les molécules d’eau sont des liaisons hydrogènes : ce sont les liaisons
Kaisen .
Ne se sont pas toutes les mêmes liaisons entre les
La présence simultanée de plusieurs champ électrique portés ou dû aux charges partiels va induire des rapports
de forces et va soit favoriser ou défavoriser la formation de liaison faible.
Pour ce type de liaisons seront conservé CH, CN , SH, NH, OH => liaisons de types dipôle permanent .

Les réaction dipôle permanent / induit

On appelle un dipôle induit une molécule ou groupement d’atomes qui n’est pas un dipôle permanent , qui ne
porte pas de charge partiel, qui n’a aucun caractère dipolaire, mais qui le deviens quand il est a proximité d’un
dipôle permanent ou d’une charges nette ou d’un ion . L’interaction entre ces deux partenaire est de faible
intensité , on la représente avc le même symbole qu’avec les liaisons hydrogène et les forces mise en jeu sont
les forces de Debye .
Un dipole induit est souvent une molécule apolaire.
Exemple du dioxygène : O2 est une molécule apolaire pcq symétrique, donc il ne peut pas y avoir de charge
partiels sur l’O2 . Mais si à proximité il y a un dipole avec A-B ( A est – et B est + ) La proximité avc dipole
permanent et O2 va provoquer une délocalisation des electrons => donc on va avoir un dipole induit => pendant
cette interaction le nouvelle O2 va pouvoir faire des réaction avc d’autres composés.
Du fait de la proximité du dipole permanent l’O2 deviens un dipole induit porteur de charges partiels, le temps
de cet interaction l’O2 peut intéragir avc d’autres dipoles ou des ions .
Cette apparition du dipôle est lié à la dissymétrie des électrons : on parle de polarisation qui est lié à la
délocalisation des électrons = polarisation avec apparition des deux pôles. Cela veut dire aussi que la molécule
d’O2 est polarisable .
Si le dipole permanent est l’eau , alors on va avoir une solubilisation de l’oxygène .
On peut voir aussi ce phénomène dans les protéines . Induction et polarisation de la chaine polaire . Induction
du dipole induit . Liaison entre aa polaire et apolaire peut participer à la consod de la structure secondaire et
tertiaire de la protéine .

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Les intéractions entre les molécules apolaires.

- Cette interaction repose sur le principe suivant : dans une molécule apolaire : les electrons circulent en
permanence tant qu’on est à une température au zéro absolue . La circulation des électrons crée une asymétrie
de répartition des électrons, cette asymétrie est de très courte durée . Cette asymétrie va donc créer
momentanément un dipôle . On appelle donc la molécule un dipôle instantané : très fugace . Ce phénomène ce
produit quand deux molécules ou deux groupements apolaires son à proximité . Elles ont un effet dipôle
instantané l’une sur l’autre favorisant l’attraction de très faibles intensité et de très courte durée .
- les forces mise en jeu sont des forces de Liondon / maindon ???
Ex : deux aa hydrophobes : deux chaînes latérales aliphatique qui sont anti-sens .
Ces liaisons là participent à l’organisation de la protéine.
Le cas des lipides :
Si on a des tags : on a le tag .
On a les chaines aliphatique qui réagissent entre elles au seins des bicouches lipidiques => c’est cela qui
permet d’avoir des bicouches ou des monocouches des membranes.
Quand on a des domaines ionisé :
- les molécules d’eaux s’organisent de différentes façon selon des domaines des molécules .

Petit récap : voir le diapo

Conséquence des interaction

Dans le sens où toutes les molécules biologiques sont complexe, elles peuvent toutes agir avec leur
environnement les mobilité moléculaire favorisent les interactions et les orientation dans l’espace des molécules
les unes par rapport aux autres : on va avoir alors des structures consolidés de type membrane, ou bien structure
consolidé de type transporteur de cholestérols.
Gaines de phospholipides.
Important : toutes ces interactions sont hyper importante .

En conclusion dans un milieu biologique constitué d’eau, de ions, de molécules neutres polaires. Des molécules
neutres apolaires, des macromolécules plus ou moins chargés . Toutes ces molécules doivent cohabiter , assurer
des fonctions biologiques ( structures, métabolisme, transport) cette cohabitation implique des interactions de
nature différentes, d’intensité différentes, de durée de vie différentes , qui peuvent se faire et se défaire
continuellement . Les molécules doivent pouvoir se déplacer , se reconnaître : anticorps antigènes et être
compatibles.

Chapitre 5 ; intéraction ion-protéine ou autre molécules

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Hydratation des protéines

- les protéines sont composé de aa avec les aa chargés ( asparagine, aspartique, glutamique, glutanime,
histidine)
- on a les aa à chaine lat polaire : ils ont un caractère dipolaire : ils portent des charges partiels sur leurs chaînes
latérales .
- on a aussi les acides aminés apolaire : jouent un rôle négligeable ( aucune charge, ect …)
- les aa qui ont une charge ( plus ou moins) sont plutôt cosmotrope = attirent beaucoup de molécules d’eau .
- ils sont porteur d’un champ électrique de forte intensité = on va alors avoir une eau de forte densité dans leur
environnement .
- les groupemement polaire sont plutôt chaotrope : ils attirent peu de molécule d’eau , car ils sont porteur d’un
champ électrique de faible intensité, ce qui conduit à une hydratation totale où on a un raison d’eau à l’extérieur
de la protéine qui varie localement ( réseau d’eau pas le même autour de la protéine ( en fonction de la zone) .

Hydratation des acides aminés chargés

- C’est une interaction de type ion dipôle . Ion = aa et dipole = molécule d’eau. C’est une liaison de faible
énergie . La molécule d’eau s’oriente en fonction du champ électrique de l’acide aminé. Une chaîne latérale
chargé peut attirer plusieurs molécules d’eau.
- les liaisons faibles entre les aa peut être rompu par une augmentation de la température ou par addition
chaotrope .

Hydratation des acides aminés polaires :

- les acides aminés peuvent intèragir avc des molécules d’eau avec une ineraction de type dipôle-dipôle .
- exemple avec la tyrosine : on peut donc avoir des interactions des molécules d’eau avec la fonction OH . Les
liaisons mise en jeu dans les intéraction dipole dipole sont les forces de Keson .
- conditionné par l’acessibilité des chaînes latérales et des molécules d’eau
- dans tout les cas le nbr de molécule d’eau est faible autour de la chaine latéral des acides aminés polaires.
- ce qui montre bien un effet chaotrope de ces chaînes latérales.
- Dans les protéines globulaire : on constate que les acides aminés chargés et les acides aminés polaires sont
plutôt vers l’extérieur de la protéine donc en contact avec le solvant .
- C’est cela qui confère le caractère hydrophile de la protéine , les aa apolaires sont plutôt enfouie à l’intérieur
des protéines.

Hydratation des acides aminés polaires

- ne portent aucune charge négative et positive, ni aucune charge partiel delta .
- donc dans les aa polaires : on a les aliphatique : que ch2 ou ch3 terminale .
- les molécules d’eaux s’organisent autrement : elles s’organise dans une structure de type glace . En formant un
manchon autour de la chaîne latéral et sa sans établir de liaisons entre les molécules d’eau et la chaine
aliphatique => on a une organisation en clatrate

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Interaction dipôle permanent / dipôle permanent : exemple les molécules d’eau . Pareils pour le nombre de
molécules par unité de volume . Glace, liquide, vapeur : ce qui change c’est la densité ainsi que l’organisation
des molécules d’eau entre elles .
Un dipôle permanent est une molécule ou une portion de molécule qui garde son statut de dipôle en permanence
avec des charges delta plus et delta moins .
Les molécules qui ont un caractère polaire sont des dipôles permanent ( glucose = molécule neutre , étant un
dipôle permanent)
Les liaisons mise en jeux entre le sucre et les molécules d’eau sont des liaisons hydrogènes : se sont les liaisons
Kaisen .
Se sont pas toutes les mêmes liaisons entre les
La présence simultané de plusieurs champ électrique portés ou dû aux charges partiels va induire des rapports
de forces et va soit favoriser ou défavoriser la formation de liaison faible.
Pour ce type de liaisons seront conservé CH , CN , SH, NH, OH => liaisons de types dipôle permanent .

Les réaction dipôle permanent / induit

On appelle un dipôle induit une molécule ou groupement d’atomes qui n’est pas un dipôle permanent , qui ne
porte pas de charge partiel, qui n’a aucun caractère dipolaire, mais qui le deviens quand il est a proximité d’un
dipôle permanent ou d’une charges nette ou d’un ion . L’interaction entre ces deux partenaire est de faible
intensité , on la représente avc le même symbole qu’avec les liaisons hydrogène et les forces mise en jeu sont
les forces de Debye .
Un dipole induit est souvent une molécule apolaire.
Exemple du dioxygène : O2 est une molécule apolaire pcq symétrique, donc il ne peut pas y avoir de charge
partiels sur l’O2 . Mais si à proximité il y a un dipole avec A-B ( A est – et B est + ) La proximité avc dipole
permanent et O2 va provoquer une délocalisation des electrons => donc on va avoir un dipole induit => pendant
cette interaction le nouvelle O2 va pouvoir faire des réaction avc d’autres composés.
Du fait de la proximité du dipole permanent l’O2 deviens un dipole induit porteur de charges partiels, le temps
de cet interaction l’O2 peut intéragir avc d’autres dipoles ou des ions .
Cette apparition du dipôle est lié à la dissymétrie des électrons : on parle de polarisation qui est lié à la
délocalisation des électrons = polarisation avec apparition des deux pôles. Cela veut dire aussi que la molécule
d’O2 est polarisable .
Si le dipole permanent est l’eau , alors on va avoir une solubilisation de l’oxygène .
On peut voir aussi ce phénomène dans les protéines . Induction et polarisation de la chaine polaire . Induction
du dipole induit . Liaison entre aa polaire et apolaire peut participer à la consod de la structure secondaire et
tertiaire de la protéine .

Les intéractions entre les molécules apolaires.

- Cette interaction repose sur le principe suivant : dans une molécule apolaire : les electrons circulent en
permanence tant qu’on est à une température au zéro absolue . La circulation des électrons crée une asymétrie
de répartition des électrons, cette asymétrie est de très courte durée . Cette asymétrie va donc créer

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momentanément un dipôle . On appelle donc la molécule un dipôle instantané : très fugace . Ce phénomène ce
produit quand deux molécules ou deux groupements apolaires son à proximité . Elles ont un effet dipôle
instantané l’une sur l’autre favorisant l’attraction de très faibles intensité et de très courte durée .
- les forces mise en jeu sont des forces de Liondon / maindon ???
Ex : deux aa hydrophobes : deux chaînes latérales aliphatique qui sont anti-sens .
Ces liaisons là participent à l’organisation de la protéine.
Le cas des lipides :
Si on a des tags : on a le tag .
On a les chaines aliphatique qui réagissent entre elles au seins des bicouches lipidiques => c’est cela qui
permet d’avoir des bicouches ou des monocouches des membranes.
Quand on a des domaines ionisé :
- les molécules d’eaux s’organisent de différentes façon selon des domaines des molécules .

Petit récap : voir le diapo

Conséquence des interaction

Dans le sens où toutes les molécules biologiques sont complexe, elles peuvent toutes agir avec leur
environnement les mobilité moléculaire favorisent les interactions et les orientation dans l’espace des molécules
les unes par rapport aux autres : on va avoir alors des structures consolidés de type membrane, ou bien structure
consolidé de type transporteur de cholestérols.
Gaines de phospholipides.
Important : toutes ces interactions sont hyper importante .

En conclusion dans un mileu biologique constitué d’eau, de ions, de molécules neutres polaires. Des molécules
neutres apolaires, des macromolécules plus ou moins chargés . Toutes ces molécules doivent cohabiter , assurer
des fonctions biologiques ( structures, métabolisme, transport) cette cohabitation implique des interactions de
nature différentes, d’intensité différentes, de durée de vie différentes , qui peuvent se faire et se défaire
continuellement . Les molécules doivent pouvoir se déplacer , se reconnaître : anticorps antigènes et être
compatibles.
Cours interaction moléculaire
La solubilité des protéines :
- si on ajoute des ions à une solution de protéines on peut constater différents phénomènes :
* il y a effet des cosmotropes : sont des ions (pas que les ions qui le sont) : ils ont dans leur couche
d’hydratation une forte densité d’eau = ils captent beaucoup de molécules d’eau . Mais les protéines aussi dans
l’eau sont hydratés. Elles ont aussi un réseau d’eau organisé autours d’elles => c’est pour sa qu’elle sont
dissoute dans l’eau . Les ions cosmotropes captent des molécules d’eau (bcp ) pour être dissout dans l’eau et
donc il y a une privation des molécules d’eau autour des protéines. Dans ces cas là les protéines se regroupent
et partagent le peu de molécules d’eau qu’il reste . Si l’effet n’est pas trop important : les protéines restent en

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solutions ( restent agrégé ), si l’agrégat devient trop gros ils précipite = si bcp de protéines qui s’agrege = on a
un gros agrégat = précipitation .
On va avoir apparition de deux phase : les ions et le précipité de protéines ( si on met le paquet d’ions
cosmotropes)
- démixion : veut dire que y a apparition de deux phases
- salting out : précipitation des protéines par des ions ( effets des sels cosmotropes sur des protéines) .
Puisque B n’est pas le même pour tout les ions cosmotropes : l’effet salting out n’a pas la même intensité selon
la nature des ions cosmotropes .
- agent précipitant le plus utilisé : le sulfate d’amonium = deux ions qui ont un gros effet précipitant : permet
d’extraire des protéines .
- Si on regarde NaCl : Na+ est faiblement cosmotrope, et Cl- est chaotropes => donc l’effet de NaCl est très peu
précipitant .
- Pourquoi cet effet précipitant ? Les protéines sont des macromolécules qui sont hydratés dans l’eau .
- l’orientation des molécules d’eau atour des protéines varient en fonction des acides aminés qu’il y a donc il y
a des zones qui sont chargés positivement, ou des zones chargés négativement . NB les aa apolaires sont plutôt
vers l’intérieur de la protéine .
- si deux protéines se rapporchent : cela conduit à expulsion de molécule d’eau d’hydratation .
- le réseau d’eau de la protéine dépend de la composition des protéines en aa , donc à la protéine .
- les ions vont mobilisé les molécules d’hydratation des protéines . Quand il y a précipitation : plus suffisament
d’eau d’hydratation et donc l’agrégat n’est plus soluble dans l’eau .
- pour les
- les chaotropes intéragissent plutôt avec les charges des protéines et vont produire une augmentation de
solubilité dans l’eau : c’est l’effet de salting in : quel est l’intérêt ? À forte concentration les chaotropes agissent
en agents dénaturants : en rompant les liaisons faibles des protéines => les liaisons ed Van der Waals, liaisons
hydrogène, liaisons faible, liaisons
Les ions chaotropes interagissent avec les ions de surface : champ electrique fort : tord la molécule => torsion =
rupture des ions faibles = il y a compétition
les liaisons ioniques induite par les ions chaotropres avc les aa chargés, sont des liaisons plus fortes que les
liaisons faible à l’intérieur des protéines ; Ces liaisons ioniques induit changement de conformation des
protéines avec rupture des liaisons faible entre chaines lat des aa , rupture qui initialement donnait la
conformation tertiaire des protéines => cela induit une augmentation de la taille de la protéine : augmentation
du volume de la protéine : augmentation du volume hydrodynamique de la protéine . On assimile un effet
gonflant de l’ions chaotrope sur la protéine .
Si le volume hydrodynamique de la protéine augmente alors on a une augmentation de la viscosité . Parce que
la viscosité spécifique dépend du volumue dynamique ;
- Volume dynamique : volume occupé par une protéine dans l’eau en tenant compte de sa couche d’hydratation .
- ce volume hydrodynamique peut varier en fonction du sel .

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- Dans les laboratoires on peut utiliser le chlorure de guanidinium => fonctionne très bien qql soit la protéine .

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