2.

-Biosynthèse des protéines

-Le lieu de la synthèse protéique dépend de la destination de la protéine

-Quelque soit la destination de la pr

la synthèse commence dans le cytosol
-Présence ou non du peptide signal
Arrêt de la synthèse ou non
2.1- Les protéines synthétisées dans le RE
a- Les protéines solubles synthétisées par le RE
• Les protéines solubles synthétisées par le RE peuvent avoir 3 destinations :
-la membrane plasmique : les protéines périphériques externes,

-le milieu extracellulaire : les protéines sécrétées en général,

-les autres compartiments du système endomembranaire situés en aval du RE

dans le flux membranaire vectoriel et permanent (Golgi, endosomes et
lysosomes).
Quelque soit la destination:

Ces 3 types de protéines sont véhiculés dans la lumière des cavités du

système endomembranaire par le flux membranaire vectoriel et permanent.
- La synthèse d’une protéine vers le RE se fait grâce à un peptide
signal du RE
-Ce signal d'entrée dans le RE est le signal de traversée de la membrane
d'enveloppe du RE

-Ce signal est une séquence peptidique dite « consensus » puisque retrouvée
dans de très nombreuses protéines sécrétées, lysosomales, membranaires
périphériques externes, virales... On l'appelle « peptide signal ».

-Rôle: le peptide signal interagit avec la SRP (signal recognition particule)

couplée au GTP
-Ce signal d'adressage au RE est situé à l'extrémité N-terminale de la protéine
(suite après à la 1ère méthionine)

-il comporte une vingtaine d'amino-acides hydrophobes = segment transmembranaire

- La SRP est un complexe ribonucléoprotéique constitué de plusieurs

polypeptides et d'un ARN de petite taille (ARN 7SL, 300 nucléotides environ).

- La SRP fonctionne comme une protéine G monomérique : elle fixe le GTP et le

GDP, hydrolyse le GTP en GDP.

- D'autres facteurs cytosoliques participent à ce phénomène de reconnaissance,

dont des molécules Hsp.
Le complexe SRP - signal d'adressage
 -Mécanisme de translocation de protéines solubles dans la lumière du RE
-Le complexe SRP - signal d'adressage au RE se fixe sur la membrane du RE

-le récepteur pour la SRP, fonctionne aussi comme une protéine G monomérique:
-Fixation de GTP

-Le récepteur de la SRP (couplé au GTP) fixe la SRP (couplée au GTP) et

favorise ainsi le rapprochement du ribosome de la membrane d'enveloppe du RE.

-Le ribosome, qui reprend la traduction, se rapproche de la membrane du RE et

se fixe sur un deuxième complexe protéique de la mb du RE, le translocon
-Mécanisme de translocation de protéines solubles dans la lumière du RE
 - La chaîne polypeptidique en cours d'élongation forme une boucle comportant
sur l'un de ses deux côtés le signal d'adressage au RE.

- Le pore du translocon s'ouvre dès que 70 à 80 amino-acides de la protéine sont

sortis du ribosome.
- elle est « poussée » par l'allongement de la chaîne protéique, puisque la
biosynthèse se poursuit,

- elle est aussi « tirée » par des molécules chaperons localisées dans la lumière du
RE (dont BiP qui n'obstrue plus le pore).

-la translocation nécessite l'hydrolyse du GTP à la fois par la SRP et par son
complexe récepteur: induisant leur libération
-A la fin de la synthèse le peptide signal est coupé par une enzyme: la signal
pepditase puis degradé par la signal peptide peptidase

La protéine soluble dans la lumière du RE continue sa glycosylation et son repliement

Quelques notions sur les protéines chaperones

-Role stabilisateur de la forme non repliée des protéines

-Necessaire à la translocation des proteines à travers les

membranes

-Necessaire à la degradation des protéines

-Permettent le repliment correct des protéines

-Permettent la désagregation et désasemblage des proteins: Ex: HSP70

et clatherine
b- Adressage des protéines transmembranaires
- Les protéines membranaires peuvent posséder un seul ou plusieurs domaines
transmembranaires: existence de plusieurs modes d’insertions
Type I
 Type II

Type III
Type IV
-Plusieurs segments TM
- Succession de séquences d’initiation et d’arrêt de transfert
 GPI
transamidase
Conclusion : la translocation des protéines au niveau du RE est
une translocation co-traductionnelle
-Pendant que la protéine en cours de biosynthèse traverse la membrane du RE,
elle subit :des modifications dans la région déjà située dans la lumière du RE

- N glycosylation C glycosylation

- La constitution des ponts disulfures dès que les résidus

cystéine sont passés dans la lumière.

- Des modifications de la conformation tridimensionnelle sous

l'action de chaperons solubles et membranaires
-La N glycosylation se fait grâce au dolichol phosphate
-Le dolichol dérive du farnesyl : un intermédiaire métabolique de
la synthèse du cholestérol
- N glycosylation
 -Rôle des glycosylations

- Les résidus sucrés permettent un repliement correct des protéines et augmentent

leur stabilité (résistance aux protéases).

- Certains sucres interviennent aussi dans l'adressage, comme le mannose 6 P

présent à la surface des hydrolases destinées aux lysosomes.

- Toute les autres fonctions : adhérences, antigènes de surface ……………….

-la calnexine permet
un repliment correct
de la glycoptotéine

-protéine pas
corréctement repliée

-la region hydrophobe

est reconue par une
glycosyltransferase
-Formation des ponts disulfures : intervention de la PDI
(Protein Disulfide Isomerase)
-Etape suivante: exportation vers l’appareil de Golgi
-Transport vésiculaire= flux membranaire vectoriel continue
-Rappel sur l’appareil de Golgi
-Fonctions l’appareil de Golgi: Reçoit , modifie puis exporte

1- O-glycosylation des protéines

2- Modifications des chaines oligosaccharidique des protéines N- ou C-

glycosylées

3- Maturation des certaines protéines par protéolyse

4- Sulfatations des protéines

5- Tri, adressage et exportation de molécules

6- synthèse des sphingolipides du coté luminal
1-O glycosylation
-Comme pour la N glycosylation, les sucres sont activés par liaison à des
nucléotides et la synthèse des précurseurs a lieu dans le cytoplasme.

-La O glycosylation concerne le domaine luminal Glogien des protéines

membranaires.

-Elle est médiée par les O glycosyl transférases qui ne transfèrent qu‘un sucre à
la fois.
- Le précurseur, par exemple UDP – Gal n'entre pas par flip – flop mais par
l'intermédiaire d'une perméase.

- La O glycosylation a lieu sur les OH des Ser et Thr.

O-glycosylation
2- Modifications des chaines oligosaccharidique des protéines N- ou C-
glycosylées

pH neutre

pH acide

lysosome Mb plasmique sécrétion

 3- maturation des protéines par protéolyse.
-La majorité des hormones peptidiques et des neuropeptides sont synthétisées
sous forme de précurseurs inactifs: action de protéase
 4- Sulfatation des protéines

-La sulfatation: ajout d’un groupement sulfate (SO42-) à une tyrosine, serine ou
threonine

-Peut concerner des protéines sécrétées ou fixées à la membrane.

-But de la sulfatation: activation de certaines enzymes. ex: gastrine, l'héparine

-Donneur de groupement sulfate: le PAPS

adénosine 3'-phosphate 5'-phosphosulfate
-Retour des protéines solubles destinées au RE après passage dans le
Golgi: séquence KDEL (Lys-Asp-Glu-Leu) C-terminal
La présence de deux résidus lysine (KK : motif KKXX ou KXKXX) présents en position -3/-4 ou -3/-5 situés à
l'extrémité C-terminale de certaines protéines membranaires au sein des vésicules issues du réticulum
endoplasmique constitue un signal de rétention au réticulum endoplasmique permettant un recyclage permanent
de ces protéines du compartiment intermédiaire vers le réticulum endoplasmique via une interaction avec les
protéines COP I [24].
-Adressage des enzymes vers le lysosome après passage dans le Golgi:
le signal Mannose 6 phosphate
-Présence du signal Patch : phosphorylation du manose en position 6

-La N acétyl glucosamine phosphotransférase est une enzyme

extrêmement distinctive
-Elle n’agit pas sur n’importe quel mannose

-Cette transférase reconnait un motif tridimensionnel présent uniquement dans

les glycoprotéines adressées au lysosome

C’est le Signal Patch

-Adressage des enzymes vers le lysosome après passage dans le Golgi:
le signal Mannose 6 phosphate
-Un exemple de maladie liée a l’absence d’adressage des enzymes
lysosomales

-le gène muté est celui de la Nacétylglucosamine-1-phosphotransférase

(GlcNac-PT).

-Les pathologies liées à cette enzyme sont des mucolipidoses II

-Le déficit de cette enzyme fait que les lysosomes sont dépourvus d’enzymes
solubles
-Syndrome de Hurler
-Mutation de l’alpha-L-iduronidase
-Accumulation de mucopolysaccharides (ou glycoaminoglycanes)
2.2- Les protéines synthétisées dans le cytosol

-Protéines destinées aux cytosol et à la mb plasmique face cytosolique

-Protéines destinées aux noyau et aux organites (mitochondrie et

peroxysome)
-Synthèse cytosolique par des ribosome libres

-Translocation post traductionnelle

 a-Mécanisme d’importation des protéines nucléaires
Complexe
d’importation nucléaire Importine

1
Séquence
NLS
Fixation sur le 2
pore nucléaire

4
Petite pr
3
G = Ran
b-Mécanisme d’importation vers la mitochondrie

-TOM (Translocase of Outer Membrane):

Complexe protéique Formé par des récepteurs de surface, et de pores de

translocation

-TIM (Translocase of Inner Membrane)

Complexe Formé de 9 structures
protéiques
-Mécanisme d’importation vers la mitochondrie
-séquence d’adressage à la mitochondrie:

-Pr soluble Hélice α Nt excisée après adressage et translocation

-Pr mb séquence d’adressage interne non excisée après adressage et

translocation
-Mécanisme d’importation vers la mitochondrie

-Les chaperones comme Tim 9 et Tim 10 permettent aux protéines d'être

transportées dans le milieu aqueux de l’espaces intermembranaire.

-La machinerie SAM (Sorting and Assembling Machinery) traverse la

membrane externe et s’occupe des protéines hydrophobes de la mb externe .

-La machinerie MIA (mitochondrial intermembrane space assembly)

machinerie qui catalyse la formation des ponts disulfures des protéines
b-Mécanisme d’importation vers la mitochondrie
C-Adressage et importation des protéines peroxysomales
 -Les partenaires de l’importation des protéines peroxysomales
1-séquence signal
- PTS1 (Peroxysome Targeting Signal 1), localisé à l'extrémité C-
terminale. C'est un tripeptide, SKL (pour sérine-lysine-leucine).

- PTS2 (Peroxysome Targeting Signal 2), localisé à l'extrémité

N-terminale. Contient une dizaine de résidus d'amino-acides.

2-Des récepteurs cytosoliques de ces signaux: peroxines

3-Deux types de protéines cytosoliques:

-Hsp
-Protéines AAA (ATPase Associated with different cellular Activities)
-Mécanisme d’adressage des protéines peroxysomales matricielles
 -Caractéristiques de l’importation des protéines peroxysomales

-Importation des protéines non dépliées et organisées en oligomères (pas toujours).

Exemple: la thiolase participant à la β-oxydation des acides gras

- La matrice du peroxysome est dépourvue de molécules chaperones

- Les peroxines jouant le rôle de récepteur du PTS1 ou du PTS2 sont importées

dans la matrice avant d'être réexportées dans le cytosol.

- Le signal d'adressage (PTS1 ou PTS2) n'est jamais clivé après l'importation

2.3-Mécanisme de « contrôle de qualité », par lequel le RE autorise ou
non les protéines néosynthétisées à emprunter le flux rnembranaire
vectoriel et permanent
 -les principes du contrôle de qualité

-Si une protéine expose des parties hydrophobes, elle sera retenue dans le RE pour
compléter son repliement et atteindre sa conformation native.

-Elle subira ensuite des contrôles répétitifs jusqu’à ce qu’elle soit correctement
repliée:

-A la fin de chaque contrôle:

-soit la protéine est correctement repliée et pourra être transportée vers

l’appareil de Golgi

-soit elle est identifiée comme définitivement mal/non repliée et sera adressée
vers les voies de dégradation.
 -les systèmes de contrôle qualité

Il existe deux systèmes de contrôle qualité des protéines dans le RE:

-L’un basé sur la reconnaissance des séquences hydrophobes par BiP pour les
protéines glycosylées ou non

-Le deuxième est propre aux glycoprotéines basé à la fois sur la reconnaissance des
séquences hydrophobes par la GT et sur la structure de la chaîne N-glycanique.

Implication de la calnexine
a-Contrôle de qualité des protéines non glycosylées

-Association prolongée de BiP aux protéines non/mal repliées constituerait un

mécanisme de contrôle qualité et d’adressage vers les voies de dégradation.

-Cette association prolongée est due en partie à des co-chaperonnes de BiP:

ERdj3 et ERdj4

-Formation d’un complexe de retro translocation vers le cytosol si dégradation

par la voie ERAD

-Le complexe de rétro-translocation est un complexe multiprotéique organisé à la

membrane du RE, qui implique des protéines transmembranaires, luminales et
cytosoliques
b-Contrôle de qualité des protéines glycosylées
-la calnexine permet
un repliment correct
de la glycoptotéine

-protéine pas
corréctement repliée

-la region hydrophobe

est reconue par une
glycosyltransferase
 -Les voies de dégradation des protéines mal ou non repliées

Il existe 3 voies de dégradation:

-la voie ERAD (dégradation associée au RE)

-la voie autophagie = reticulophagie : formation d’autophagosome et fusion avec le

lysosome

-la voie EDEM : formation de vésicule différente de celle des autophagosomes

 -la voie ERAD (dégradation associée au RE)
-Le système ERAD utilise le système ubiquitine/protéasome
(UPS : Ubiquitin/Proteasome System) afin de dégrader ses substrats.
-Ce système de dégradation est localisé dans le cytoplasme,

-4 étapes :

1. reconnaissance des protéines définitivement mal conformées, les substrats de

l’ERAD.

2. rétrotranslocation des substrats dans le cytosol.

3. poly-ubiquitination du substrat (et déglycosylation pour les glycoprotéines)
4. dégradation par le protéasome
 -l’Ubiquitylation
-Conjugaison covalente d'une ou plusieurs molécules d'ubiquitine (Ub), sur un ou
plusieurs résidus lysine d’une protéine,

-Grace à une cascade enzymatique impliquant 3 types de facteurs:

*Enzyme d'activation de l'ubiquitine (E1)
Formation d’une liaison thiol-ester entre la glycine C-terminale de l'ubiquitine et
le groupement thiol (SH) d'une cystéine de l'E1 (consommation d’1 ATP)

*enzyme de conjugaison de l'ubiquitine (E2)

*ubiquitine-ligase (E3)
Catalyse du transfert de l'ubiquitine de l'E2 vers la pr : formation d'une liaison
amide: entre COOH de la glycine C-terminale de l'ubiquitine et le groupement NH2
de la chaîne latérale de la lysine
Système ubiquitine-protéasome
 -le protéasome

-le substrat ubiquitylé est adressé au protéasome 26S où il est dégradé.

-Le protéasome 26S est un complexe protéolytique d'environ 2500 kDa formé:

*complexe régulateur 19S

*du protéasome 20S (le cœur protéolytique de l'enzyme)

-Le complexe régulateur 19S (900 kDa) assure plusieurs rôles :

1-la reconnaissance des substrats (ubiquitylés ou non);

2-la déubiquitylation des substrats pour recycler l'ubiquitine;

3-la dénaturation des substrats;

4-l'ouverture du canal

5-la translocation des substrats dans le 20S