Licence 3 & Master 1 Chimie

Mode d’emploi
Gaussian Avogadro

Carine Michel & Stephan Steinmann & Paul Clabaut

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C. M ICHEL , S. S TEINMANN ET P.C LABAUT TP DE M ODÉLISATION - M ODE D ’ EMPLOI

1 Generalités
1.1 Liens utiles et biblio
Nationale Institute of Standards and Technology (Site de données expérimentales en chimie)
[Link]
Worldwide protein data bank (Site de structures cristallographiques validées de protéines)
[Link]
Cambdrige Crystallograph Data Centre (Site de structures cristallographiques validées)
[Link]
Introduction to Computational Chemistry, 3rd edition Frank Jensen
Essentials of Computational Chemistry, 2nd Edition Christopher J. Cramer
A Chemist’s Guide to DFT, 2nd Edition Wolfram Koch & Max C. Holthausen

1.2 Quelques commandes bash utiles

[mkdir #nom#] (MaKeDIRectory) Crée un dossier nommé #nom#
[ls -lrt] LiSte les fichiers dans le dossier où l’on se trouve, les options lrt permettent d’obtenir
plus de détails et de les classer par ordre de modification décroissant.
[cp #file_source# #file_dest#] CoPie #file_source# vers #file_dest# (-r) pour un dossier
[mv #file_source# #file_dest#] (MoVe) Déplace #file_source# vers #file_dest#
[rm #file#] (ReMove) Supprime un fichier (-r) pour un dossier
[cd #chemin#] (Change Directory) Se rend au #chemin# spécifié (relatif ou absolu)
[cd -] Retourne à la destination précédente
[find -name #pattern#] Cherche un fichier correspondant au #pattern# spécifié
[grep #pattern# #fichier#] Imprime les lignes d’un #fichier# contenant le #patern# spécifié
[&] Placé en fin de ligne de commande, effectue la tache de la ligne en arrière plan et laisse
donc le terminal disponible pour d’autres instructions
[top] Donne un grand tableau contenant toute les taches en cours de l’ordinateur, permet de
vérifier qu’un calcul lancé avec & est terminé
Autocomplétion : Utiliser l’autocomplétion (touche "tab") pour les chemins et noms de
fichiers : c’est un gain de temps et un moyen de vérifier que le fichier auquel vous pensez est
bel et bien là.

1.3 Logiciels utilisés et quelques autres

Avogadro (construction et visualisation) : [Link]
Gaussian (calcul quantique) : [Link]
Gedit (Editeur de texte)
Gnumeric (Tableur)
ORCA (calcul quantique) [Link]
MOPAC (calcul semi-empirique) [Link]
CP2K (calcul quantique et classique) [Link]
AMBERTools (calcul classique) [Link]
CHEMSKETCH (construction et visualisation) [Link]
chemsketch/
VMD (Visualisation) [Link]
Jmol (Visualisation) [Link]

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2 Les étapes d’un calcul

2.1 Construire une molécule
Resumé : Construire une molécule, c’est créer sa structure, c’est à dire générer un ensemble de
positions atomiques dans un reférentiel donné avec ou sans informations sur la connectivité
(les liaisons entre atomes).
Outils : Avogadro (alternatifs : CHEMSKETCH, outils de constructions liés à des logiciels de
calcul...)
Mode d’emploi :
Pour construire une structure, vous pouvez partir de fragments pré-existants (Avogadro :
Buil/Insert Fragment...) ou la construire atome par atome (Avogadro : mode dessin : taper
le nom de l’atome souhaité puis cliquer). On peut ajouter des liaisons entre les atomes
(Avogadro : mode dessin : tirer depuis un atome vers l’autre ou bien en cliquant sur la liaison
pour passer d’une liaison simple à double). La position d’un atome ou groupe d’atomes dans
l’espace peut être modifier en mode selection puis mode manipulation. Une fois la molécule
construite "à la main", il est fort probable que les distances, angle etc soient très loin de la
position optimale. Dans Avogadro, il est possible d’effectuer une première optimisation en
utilisant un champs de force, ce qui nécessite de bien définir la connectivité (voir Figure 1).
On note que même au cours de cette optimisation, on peut toujours bouger "à la main" les
atomes, par exemple pour forcer l’optimisation locale d’une certaine conformation. Une fois
la génération de la structure voulue terminée, on peut l’exporter sous différents formats (.xyz
par exemple) qui pourront être lus par de nombreux logiciels de visualisation.

Voir plus d‘options

Les options pour Tourner la molécule Optimiser la géométrie Mesurer
les etiquettes. en pouvant tirer sur les manuellement
Dessiner et choisir les atomes pour changer le
éléments conformer.

Déplacer des atomes

F IGURE 1 – Les commandes les plus utilisées d’Avogadro.

Pour des grands systèmes, on cherchera à favoriser l’importation de structures connues (Avo-
gardo : File/Import/Molecule File...) répertoriées dans des bases de données cristallographiques
(voir 1.1). Les formats les plus usités sont le CIF (Crystallographic Information Files) et le PDB
(Protein Data Bank) pour les structures expérimentales mais de nombreux autres formats
existent (génerallement liés à des logiciels de calcul ou de construction).

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2.2 Préparer le(s) fichier(s) d’entrée

Resumé : Un logiciel de calcul de chimie comme Gaussian prend en général un ou plusieurs
fichiers d’entrée. Ils doivent contenir une géométrie mais également des paramètres pour le
calcul (niveau de calcul, précision, nombre de processeurs utilisés, etc.).
Outils : Avogadro pour Gaussian09 (alternatifs : n’importe quel éditeur de texte)
Mode d’emploi : La règle d’or est d’utiliser le manuel du logiciel choisi. Pour le cas de
Avogadro et Gaussian : une fois la structure construite, nous générerons le fichier d’entrée de
Gaussian dans Avogadro en utilisant Extensions/Gaussian. Nous choisirons ensuite le type de
calcul effectué (Optimisation de géometrie, fréquences ou point d’énergie simple), le niveau
de théorie, etc. Au besoin, nous modifierons le texte affiché. Le bouton "generate" permet
alors de créer le fichier unique d’entrée de Gaussian. Ce fichier (extension en ".com") peut
ensuite être visionné ou modifié par n’importe quel éditeur de texte.
Le fichier d’entrée de Gaussian se présente comme ceci :
— Une ligne optionnelle commençant par %chk= permettant de faire écrire le fichier
checkpoint (affichage OM, re-démarrage d’un calcul).
— Une ligne commençant par # et contenant des mot-clés définissant les options choisies.
— Trois lignes vides, la seconde peut être un titre donné par l’utilisateur mais ne sera pas
lue par le logiciel. Il vous aide juste à vous retrouver.
— Deux chiffres séparés par un espace : la charge et la multiplicité de spin du système.
— Les coordonnées de l’intégralité des atomes du système données en coordonnés
cartésiennes.
— Au moins une ligne vide à ne surtout pas supprimer !
La partie supérieure du fichier est l’en-tête et ne dépend pas de la géométrie du système.
Tous les mot-clés qu’il est possible d’utiliser dans cette partie sont listés dans le manuel en
ligne de Gaussian. La partie "coordonnées" du système peut, elle, être générée par n’importe
quel logiciel de construction de structure.

2.3 Lancer un calcul

Resumé : Lancer le calcul correspond à appeler un logiciel, qui, à partir du fichier d’entré
fourni, va effectuer un calcul (quantique ou classique) selon les options choisies.
Outils : Gaussian09 (alternatifs : beaucoup ! CP2K, AMBER,...)
Mode d’emploi : Un script g09 vous sera fourni pour lancer le calcul que vous sauverez
dans /home/monlogin/. Pour lancer le calcul, il suffit alors d’aller dans le dossier où se situe
votre fichier d’entrée et de taper /home/monlogin/g09, suivi du nom de votre fichier d’entrée.
Gaussian va alors effectuer le calcul et générer un fichier de sortie du même nom que le
fichier d’entrée mais en extension ".log". D’autres fichiers seront éventuellement crées (.chk,
.fchk). La création du fichier est rapide. Il sera rempli au fur et à mesure du calcul. La durée
du calcul dépend du niveau de calcul.
Script en 2019 :

#!/bin/bash\\
umask 022\\
input=‘basename $1 .com‘
if [ ! -e $[Link] ] ; then
echo "$[Link] n’existe pas"
exit

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fi

# Creation du dossier pour tous les jobs

mkdir -p /local/$USER/Gaussian/tmp

# Creation de l’environnement unix pour Gaussian

export g09root=/opt
export GAUSS_SCRDIR=/local/$USER/Gaussian/tmp
. $g09root/g09/bsd/[Link]

# Commande pour lancer le calcul g09

$[Link]
for i in ‘ls *.chk 2>/dev/null‘ ; do
if [ ! -e ‘basename $i .chk‘.fchk ] ; then
/opt/g09/formchk $i 2>/dev/null
fi
done

2.4 Analyser un calcul

Resumé : Retrouver toutes les informations pertinentes d’un calcul : s’il s’est bien déroulé,
l’énergie, la structure finale ou toute autre valeur demandée.
Outils : Ici, GEDIT pour lire le fichier de sortie, mais aussi des outils bash, des feuilles de
calcul, et Avogadro pour visualiser les structures (alternatifs : tout éditeur de texte et tout
logiciel de visualisation).
Mode d’emploi : Extraire des informations d’un calcul exécuté par l’ordinateur est la partie
la plus importante. La première chose à faire est de vérifier que le calcul s’est bien déroulé
comme prévu, ce que Gaussian indique par la phrase finale ’Normal termination of Gaus-
sian...’ dans le fichier .log.
La commande bash grep n’imprime que les lignes du fichier contenant une certaine chaîne de
caractère (ex : grep "SCF Done" [Link]) et permet d’extraire rapidement des données
du fichier de sortie.
En ouvrant le fichier .log avec Avogadro, certaines propriétés de la molécule sont affichées
en cliquant sur View/Properties/Molecule Properties. La dernière géométrie est visible et vous
pouvez aisément mesurer des distances, angles etc. Vous pouvez également visualiser la
trajectoire suivie par Gaussian pendant l’optimisation de la géométrie. Pour cela, vous devez
ouvrir le fichier .log dans Avogadro et puis utiliser Extensions/[Link] aurez peut-
être besoin de fermer et ré-ouvrir ce menu pour que l’animation soit visualisée correctement.

3 Niveau de calcul
Nous distinguerons, par ordre croissant de précision et de coût de calcul
— la mécanique moléculaire
— l’approche semi-empirique
— la méthode HF (Hartree-Fock)
— la DFT (density functional theory)
— les méthodes post-HF

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Dans le cadre des trois dernières, la base utilisée pour optimiser les orbitales doit être précisée.
Les fonctions de base sont des gaussiennes dans Gaussian.

4 Les différents types de calcul

4.1 Point d’énergie simple
L’énergie électronique d’une structure est obtenue en faisant un point d’énergie simple
(mot-clé SP). L’équation de Schrödinger est résolue par une procédure de cycles itératifs
auto-consistants (procédure SCF) qui s’arrête une fois que la variation d’énergie entre un pas
et le suivant est plus petite qu’une valeur seuil. "SCF Done" indique la fin de cette procédure.
L’énergie électronique est alors donnée en Hartree.

4.2 Optimisation de géométrie

La géométrie d’un composé est optimisée pour minimiser l’énergie potentielle quand le mot-
clé opt est utilisé. Les algorithmes d’optimisation se basent sur les géométries, les énergies
et les forces précédentes pour extrapoler la géométrie suivante. Cette procédure itérative
s’arrête quand les critères d’optimisation de géométrie sont atteints. Ils sont au nombre de
quatre dans Gaussian. A chaque pas, Gaussian récapitule si ces critères sont atteints (YES)
ou pas (NO). Une fois l’optimisation finie, Gaussian indique "Optimization completed. –
Stationary point found".

4.3 Spectres infrarouges

Le mot-clé freq permet de calculer les modes normaux et les fréquences associées. Les
intensités infrarouges sont également rapportées. Avogadro permet de visualiser les modes
normaux de vibration, la liste des fréquences et le spectre IR (Extensions/Vibrations...). L’option
Raman permet de calculer les intensités Raman en plus de celles IR.

4.4 Thermochimie
Le mot-clé freq permet également d’obtenir les fonctions de partition vibrationnelles et l’éner-
gie de point-zéro. Pour compléter, Gaussian calcule également les moments d’inertie dans
l’approximation du rotateur rigide pour calculer la fonction de partition rotationnelle et la
masse pour la fonction de partition translationnelle dans l’approximation du gaz parfait. Les
données thermochimiques qui en dérivent sont rapportées dans la partie Thermochemistry.
Le mots-clé SCRF(PCM,solvent=toluene) affecte l’enthalpie libre comme si le système était
immergé dans le solvent spécifié. La température du milieu peut être changée Temperature=300
ainsi que la Pression (en atm, Pressure=1.5).

4.5 Orbitales moléculaires et charges

Dans Gaussian, on utilise la ligne %chk=file (file doit être exactement le nom de votre fichier
d’entrée mais sans l’extension .com), associé à SP pour écrire les informations des OMs
obtenues dans un fichier [Link]. Ce fichier peut ensuite être converti en [Link] en
utilisant l’utilitaire formchk dans le terminal. Cela est fait automatiquement via le script g09
fourni.

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Les charges de Mulliken sont écrites par défaut dans le fichier log. D’autres analyses de
population peuvent être fournies, par exemple en utilisant le mot-clé pop=nbo.

4.6 Spectres UV-vis

Les premières excitations du système peuvent être calculées de manière approximée grace à la
méthode ZINDO (Zerner’s Intermediate Neglect of Differential Overlap). C’est une méthode
semi-empirique mais très rapide pour obtenir des interactions avec des états non fondamen-
taux et donc excités. Cette méthode permet donc de déduire les fréquences absorbées par le
composé.
Dans Gaussian, elle est invoquée par le mot-clé ZINDO(NState=10), par exemple pour les
10 premiers états excités. Les excitations sont à chercher dans le fichier .log, après "Excited
State", en eV et nm.

4.7 Chemin réactionnel et état de transition

Pour obtenir le profil réactionnel d’une étape élémentaire, il faut commencer par optimiser
réactifs et produits. Si il y a par exemple deux réactifs, ils seront optimisés en interaction.
Ensuite, plusieurs étapes sont nécessaires.
— Définir une coordonnée de réaction (une distance, un angle, un dièdre) : déterminer le
"label" des atomes définissant la liaison ou l’angle avec Avogadro, en cochant l’option
"Label" dans l’encadré "Display type", à gauche ; puis en modifiant les paramètres
de cette option (clé à molette) en "Text : Atom number" pour le "Atom Labels" (voir
Figure 2).
— Faire une série d’optimisation contraintes le long de cette coordonnée en partant
soit du réactif soit du produit. Il est plus simple d’allonger une liaison que de la
former. Pour cela, utilisez l’option modredudant du mot-clé opt ( opt=modredundant.
La coordonnée est précisée après le bloc de coordonnées et sera séparée de ce bloc
par une ligne blanche. Elle s’écrit N1 N2 (N3 N4) S steps step-size avec "N1" ,
"N2", etc. sont les labels des atomes. Deux labels définissent la distance N1-N2, trois
définissent un angle N1-N2-N3 et quatre un angle dièdre N1-N2-N3-N4. "steps"
représente le nombre d’optimisations contraintes à faire et "step-size" la taille du pas,
c’est à dire la distance (en angströms) ou l’angle (en degrés), dont doit être modifiée la
liaison ou l’angle entre chaque pas.
— Analyser le profil réactionnel obtenu : chaque optimisation contrainte donne l’énergie
en fonction d’une valeur donnée de la coordonnée de réaction. Raffiner au besoin le
profil dans la zone maximale (proche de l’état de transition)
— Optimiser l’état de transition en partant d’une structure la plus proche possible en uti-
lisant les options opt=(TS,noeigentest,calcfc). Ces options permettent d’optimiser
un point-selle plutôt qu’un minimum de la surface d’énergie potentielle.
— Vérifier la présence d’une et une seule fréquence imaginaire une fois la structure
optimisée.
On peut aussi utiliser d’autres approches pour trouver l’état de transition qui n’utilisent
pas une structure proche de l’état de transition mais plutôt celle des réactifs et produits
(qst2) et éventuellement celle d’une structure intermédiaire (qst3). Pour qst2, la géométrie
du réactif, puis du produit, pour qst3, celle du réactif, celle du produit, puis celle d’une
structure intermédiaire pour l’état de transition (qui peut être obtenue préalablement avec
modredundant ou qst2). Pour ces deux inputs, chaque géometrie est donnée à avec :

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F IGURE 2 – Visualiser les labels

— Une ligne vide

— Son titre
— Une ligne vide
— Ses coordonnées
Et toutes sont données à la suite dans le fichier d’entrée, après la ligne de mot-clés.

5 Commandes ssh
Résumé : En principe, les machines du CBP ne sont accessibles qu’à partir du réseau "interne"
de l’ENS c’est à dire, par exemple, depuis les ordinateur de la salle europe ou tout autre poste
connécté aux bornes wifi de l’ENS. Mais il y a quand même moyen d’accéder à ce réseau
depuis l’exterieur de l’école, via une première commande d’accès à distance (ssh). Il faudra
donc faire deux connections ssh de suite :
Votre machine ——ssh—–> Réseau interne ——ssh——-> Machine du cbp

Accès standard :
· Première commande ssh : ssh -X votrelogin@[Link]
votrelogin est celui du CAS ENS, donc initiale+nom de famille et [Link] est le nom
de la passerelle qui sert d’accès au réseau interne (ne pas changer). L’option -X permet un
export graphique (donc de voir des images et pas seulement un terminal) à travers le tunnel
ssh.
Il vous demande alors un mot de passe qui est celui du CAS ENS.
Si c’est la première fois, on vous demande aussi d’ajouter votre "fingerprint" aux utilisateurs.
On répond "yes".
Une fois arrivé (ou si vous étiez déja sur le réseau interne), on entre la seconde commande
ssh :
· Seconde commande ssh : ssh -X [Link]
Ici, pas besoin du login puisque vous avez déja donné votre identité. Le nom d’une ma-
chine est trouvable sur le site : [Link]
ressources ou directement noté sur les machines physiques.
Pareil, on rentre son mot de passe CAS et éventuellement "yes".

Accès rapide :
Une fois habitué, on peut faire les deux en une seule commande :
ssh -X -oProxyCommand="ssh login@[Link] -W %h:%p" login@[Link]

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En remplacant "login" et "machine" évidemment. Il demande toujours les deux mots de passe
par contre.
Une dernière commande fort utile à utiliser sur votre ordi perso (c’est à dire pas déja connecté
en ssh) pour copier un fichier présent au cbp vers votre ordi :
scp -oProxyCommand="ssh login@[Link] -W %h:%p"
(suite) login@[Link]:#chemin_a# #chemin_b#
Où #chemin_a# est le chemin absolu du fichier au cbp à copier et #chemin_b# l’emplacement
sur votre ordi où copier le fichier (le plus souvent "." pour le copier depuis le répertoire où
vous lancez la commande).Très utile pour ramener son travail chez soit. Par contre, pensez
à ramener tout en un coup, donc dans une archive par exemple (crée par "tar -cf <nom de
l’archive>.tar <nom du dossier à archiver>) pour éviter de taper 42 fois votre mot de passe.
On peut aussi s’en servir dans l’autre sens pour envoyer ses fichiers au cbp (par exemple
parceque vous avez crée votre géométrie sur l’avogadro de votre ordi perso puisque c’est
impossible en ssh au cbp), juste en inversant les deux termes :
scp -oProxyCommand="ssh login@[Link] -W %h:%p"
(suite) #chemin_a# login@[Link]:#chemin_b#

Annexe
La meilleur citation gaussian que j’ai croisé jusque là : EVOLUTION
IN THE BEGINNING GOD MADE MAN.
HE WORKED THE DIRT WITH HIS HANDS.
THEN GOD DECIDED TO GIVE MAN SCIENCE,
MAN SHOULD BE USEFUL (LIKE AN APPLIANCE.)
BUT SOON MAN’S KNOWLEDGE GREW TOO GREAT,
TO THE HEADING SCIENCE HE COULDN’T RELATE
SO GOD SAID "LETS HAVE DIFFERENT FIELDS,
WE’LL DIVIDE THEM UP, SEE WHAT IT YIELDS."
ENTER PHYSICS, CHEMISTRY, BIO
THEY SPRANG UP AROUND THE NILE.
BUT CHEMISTRY SURPASSED THE REST
FAR AND AWAY IT WAS THE BEST.
EXPERIMENT WAS GOD’S DECREE
EXPERIMENT DID CHEMISTS WITH LOTS OF GLEE
BUT SOON THEIR TESTS BEGAN TO BOG,
THEY FOUND THEMSELVES DEEP IN A FOG.
"GIVE US SOME HELP" THEY CRIED TO GOD.
GOD LOOKED AROUND, THEN GAVE THE NOD.
ENTER EINSTEIN, HEISENBERG, BOHR,
REACTION PATHS WERE CLEAR ONCE MORE.
WITH THEORISTS GOD SEND DIRECTION
AND THEN HE STOPPED, HE’D MADE PERFECTION.
– THOMAS A. HOLME, 1981