Génie cellulaire
& moléculaire
Génie cellulaire &
moléculaire UEF1/crédits:
6, Coef:3
Génomique Etude du
Techniques de cultures transcriptome
Génomique appliquée
¢aires animales
Analyse fonctionnelle d’un gène
Cultures Cultures
Quantification de l’expression
Analyse du polymorphisme
bactériennes levuriennes d’un G
Inactivation épigénétique &
Cultures de ¢
applications végétales Etude d’expression différentielle
de Gs
Transgénèse animale Intérêt de l’étude des grands
génomes Cinétique cellulaire
Modification & analyse Etudes du transcriptome chez la
fonctionnelle du génome végétal Génomique appliquée à Introduction de molécules ds la
l’mélioration des plantes levure à l’aide de puces à ADN
¢ de transfection cellulaire
Identification des gènes Introudction de molécules
de susceptibilité ds la ¢
TD: Exposés/posters/ Contrôles
continus+ EF
Génomique
Ch 1: génomique
Plan du cours
• Définitions et généralités.
• Analyse fonctionnelle d’un gène.
• Analyse du polymorphisme.
• Inactivation épigénétique et applications.
• Transgenèse animale.
• Modification et analyse fonctionnelle du génome végétal.
I. Définitions & généralités/Génomique
Du génome, allemand; « Genom »,
combinaison entre gène et Chr
Branche de la biologie moderne
Génomique structurale & fonctionnelle
I. Définitions & généralités/Génomique
Génome (Gn): ensemble des gènes d’1
organisme/ structurellement définie par les Chr
au sein de chaque ¢.
Structure, le contenu & l’évolution des
génomes.
Déterminat° des séquences, analyse de
l’expression & de la fonct° aussi bien des gènes
que des prts.
I. Généralités &
définitions/Génomique F Sanger met au point
Historique le séquençage de
l’ADN
F Sanger établit la
séquence en aa de
l’insuline
1987
Watson & Crick 1977
découvrent la
structure de l’ADN 1956 1er séquenceur
automatisé
1953
I. Généralités &
définitions/ Génomique Annonce du décryptage
Historique du génome humain
Séquençage du 1er
génome E Saccharomyces
cerevisiae (12 Mb) 2001
1996
Séquençage du 1er génome
1995 bactérien Haemophilus influenzae
(1,83 Mb)
II. Génomique structurelle & focntionnelle
Organisat° & posit° Fonction des gènes
des gènes, taille du Gn Analyse globale de
Génomique
Comparaison des Gn l’expression
de différents génétique
organismes Disruption
Séquençage de l’ADN systématique des
et analyse des gènes (Knock-outs)
séquences
Structurelle Fonctionnelle
II. Ex de techniques en génomique
fonctionnelle
KO
Technique basée sur la recombinaison
homologue.
Permet, d’après les conséquences observées, de
proposer un rôle pour le gène en question.
Préalable indispensable
Invalidation d’un gène/KO/Préalable indispensable
Identifier au préalable le gène, sous forme d’1 fragment d’ADN, doit avoir
été cloné; été isolé, conservé, sa séquence nucléotidique déterminée
intégralement.
Disposer de la séquence nucléotidique des fragments d’ADN bordant ce
gène ds le Gn de l’organisme étudié.
Ex de méthode pour invalider un gène
Technique d’invalidation d’1 gène se base sur la recombinaison homologue.
Remplacement du gène complet, présent ds le Gm de l’organisme, par 1e
version suffisamment incomplète du gène pour qu’il ne s’exprime pas, ou
par un autre gène.
1 e étape
A. Création d’un vecteur
Ce vecteur est 1 plasmide bactérien portant le gène lacZ (un ex,
pr remplacer le gène invalidé) avec en amont et en aval des
séquences qui entourent le gène à invalider.
B. Réalisat° de Ȼ ES (embryonic stem cells)modifiées
B. Réalisation de Ȼ ES modifiées’
A. Un vecteur a été réalisé: plasmide portant le gène lacZ.
Ce vecteur est introduit dans des Ȼ ES
B. Ds qq Ȼ ES, 1 évènement de recombinaison homologue a lieu:
grâce à 1e reconnaissance des séquences communes entre le
vecteur et le Gm de la Ȼ, 1e copie du gène A est remplacée par la
construct° portée par le vecteur.
C. La majorité des Ȼ ES n’ont en fait pas réalisé cette recombinaison
homologue. Les qq Ȼ ES qui l’ont réalisée sont sélectionnées,
multipliées, et vont permettre la suite du protocole.
2 e étape
Des Ȼ ES recombinées aux souris mosaïques
Obtent° d’animaux génétiquement modifiés.
Injection de Ȼ ES recombinées ds de très jeunes embryons de
souris permet l’obtent° d’individus mosaïques, dérivant pr partie
de Ȼ non modifiées, et pr partie de Ȼ recombinées.
3 e étape
Obtention de souris hétérozygotes
Croisement entre ces souris et des souris « sauvages » (possédant
l’allèle normal, non modifié).
Il permet d’obtenir des souris hétérozygotes possédant 1 allèle
sauvage et 1 allèle invalidé.
Obtent° de souris KO pour un gène
Le croisement des hétérozygotes obtenus précédemment entre eux
permet l’obtent° d’individus homozygotes (1/4 de la descendance) : ce
sont les individus KO, chez qui le gène a été invalidé.
Résultat final
Invalidation d’un gène par KO consiste donc à remplacer ds le Gm
de l’organisme ce gène par 1e version modifiée ne permettant pas
son expression.