Structure et propriétés physico-chimique des

aminoacides, peptides et des protéines

2ème année TC SNV
1. Les aminoacides

• Les aminoacides ou les acides aminés ou encore les acides-alpha-aminés sont des
molécules qui possèdent un carbone tétraédrique asymétrique qu'on appel le carbone-
alpha sur le quel est porté une fonction carboxylique (-COOH), une fonction amine primaire
(-NH2)(à l’exception de la proline qui a une fonction amine secondaire), un hydrogène H
et une chaine latérale ou un radical R

• Plus de 300 acides aminés ont été discernés, seulement 20 sont considérés comme
constituants standards des protéines naturelles
classification des 20 acides aminés AA:
1. Selon la structure linéaire ou cyclique de R
• AA aliphatiques (R non cyclique)
• AA aromatiques (R cyclique de type benzénique)
• AA hétérocycliques (R cyclique avec un atome autre que le carbone dans le cycle)

2. Selon la présence ou non dans R d’un groupement pouvant prendre une charge
électrique
• AA neutres
• AA acides (charge potentielle négative)
• AA basiques (charge potentielle basique)
3. Selon la présence ou non dans R d’un groupement polaire
• AA polaires
• AA non polaires
4. Présence ou non d’un groupement fonctionnel dans R
• AA aliphatiques (pas de groupement fonctionnel dans R, chaîne aliphatique ou)
• AA aromatiques (R est un cycle aromatique)
• AA acides (présence d’un groupement acide carboxylique dans R)
• AA amidés (dérivent des précédents par amidification)
• AA hydroxylés (présence d’un groupement alcool ou phénol dans R)
• AA soufrés (présence d’un groupement thiol ou thiol-éther dans R)
• AA basiques (présence d’un groupement azoté, amine ou autre, dans R)
 hydroxylés
amidés

acides basiques

soufrés
aromatiques

aliphatique
1. Propriétés des aminoacides

• Les acides aminés sont des molécules amphotères: Il peuvent agir comme
des acides et comme des bases.
• Au pH physiologique: 7,4 le groupement carboxylique est dissocié, formant ion
carboxylate chargé négativement (–COO- ), et le groupement amine protoné
(–NH3 +).

• l’AA sous cette forme neutre (charge 0) on l’appelle ion mixte ou amphion ou
encore zwitterion

Milieu acide Milieu neutre Milieu basique

2. Les peptides

• Un peptide est une molécule résultant de l’enchainement de deux ou

plusieurs acides aminés liés par des liaisons peptidiques entre la fonction –
COOH du 1er AA et la fonction : –NH2 du 2ème AA avec élimination
d’une molécule d’eau.

On distingue:
• Les oligopeptides: dipeptides (formés par l’union de 2 aminoacides), tripeptides (3
aminoacides).
• Les polypeptides: à partir des tétrapeptides.
• Les protéines : le nombre d’AA est supérieur à 100

 Chaînes peptidiques et leur nomenclature

• les aminoacides qui constituent les peptides et protéines sont appelés résidus.
• Leur nom est celui de l'aminoacide + le suffixe yl: glutamyl--cystényl—lysyl.
• les deux aminoacides aux extrémités de la chaîne sont appelés : N-terminal pour celui
qui a la fonction amine et C-terminal pour celui qui a la fonction carboxyle.
• les résidus sont numéroté de gauche à droite à partir du N-terminal
Détermination de la structure des chaînes peptidiques

Détermination de l’acide aminé en position N-terminale.

Méthodes chimique Méthodes enzymatique

• Sanger par le dinitrofluoro • Amino-peptidase: Enzyme

benzene spécifique qui hydrolyse la
• EDMAN ou méthodes par liaison peptidique impliquant
récurrence par le phényl- l’acide aminé N-terminale
isothiocyanate
• Dansyl ou chlorure de
diméthyl amino 1- sulfonyl
5-naphtalène
 Détermination de l’acide aminé en position C-terminale.

Méthodes chimique Méthodes enzymatique

• La carboxypeptidase A : Elle
• Traitement par LiBH4 ou
coupe les liaisons C-
NaBH4 qui réduit la
terminales sauf celles du
fonction carboxylique en
glycocolle et des acides
fonction alcool primaire
aminés basiques à condition
• Hydrazinolyse
que le (Rn-1) ne soit pas une
proline.
• La carboxypeptidase B : Elle
libère les acides aminés
basiques à condition que (Rn-
1) ne soit pas une proline.
• La pepsine et la papaine :
sont peu spécifiques et sont
surtout utilisés comme
endopeptidase.
Fragmentation des chaines peptidique

• Trypsine: elle coupe spécifiquement les liaisons peptidiques impliquant le – CO– d’un maillon
correspondant à un acide aminé basique.

• Chymotrypsine: elle attaque spécifiquement les liaisons peptidiques impliquant le –CO– d’un
maillon correspondant à un acide aminé aromatique.

• Pepsine : spécificité plus faible, elle coupe la liaison peptidique impliquant le –NH– d’un
maillon correspondant à un acide aminé aromatique.
• Clostripaine: coupe la liaison peptidique impliquant le –CO– de l’Arg
• Protéase staphylococcique Coupe la liaison peptidique impliquant le –CO– des résidus Asp et Glu.
• BrCN: coupe la liaison peptidique impliquant le –CO– d’une Met et transforme le résidu Met en HSL
(homosérine lactone).
• Hydroxylamine: coupe la liaison Asn–Gly.

Séparation de plusieurs chaînes peptidiques

• Les liaisons disulfures sont scindées par des agents oxydants tel que L'acide performique ou des
agents réducteurs tel que le β mercaptoéthanol.
Exemple de peptides d’intérêt biologique

Hormones:
• ocytocine
• Vasopressine
• L’angiotensine II
• Insuline
• glucagon

Glutathion
Peptides antibiotiques
• Tyrocidine A
• Pénicillines
3. Protéines:
• Les protéines sont des polymères de haut poids moléculaire pouvant atteindre 1 000 000 Da,
composés de nombreux acides aminés réunis pour former de longues chaînes polypeptidiques,

• Dans l’organisme vivant les pourcentages les plus élevés de protéines se trouvent dans les
cheveux, les os et d'autres organes et tissus à faible teneur en eau.

• L'importance des protéines n‘est pas liée à leur quantité dans un organisme ou un tissu, mais
plutôt à leur fonction; telles que les enzymes et les hormones, qui sont présentes en très petites
quantités.

• Toutes les enzymes identifiées jusqu'à présent sont des protéines.

• Les hormones d’origine protéiques ont des fonctions régulatrices très importantes telle que
l’insuline.

• Les protéines sont aussi présentes dans l’organisme sous forme d’anticorps pour assurer les
réponses immunitaires ou lysozyme pour défendre contre les infections.

• Hémoglobine pour assurer le transport de l’Oxygène des poumons vers les autres organes
et tissus
3. Protéines:
exemples de protéines

Globuline

Insuline

Lysozyme
 3. Protéines:
Classification des protéines: les protéines se distinguent par leur

composition fonction

Holoprotéine Hétéroprotéines protéines fibreuses protéines globulaires

qui sont formées auxquelles un des molécules de molécules possédant
uniquement groupement non structure (fibres une fonction
d’unité protidique est musculaires) biologique active
polypeptidique. associé: glucidique,
lipidique…

solubilité

Globuline Albumines Protamines Globines Prolamines Scléroprotéines

et histones et glutélines
insoluble soluble soluble insoluble
dans l’eau dans l’eau soluble insoluble
dans l’eau dans l’eau
dans l’eau dans l’eau
3. Protéines:
Les protéines assurent des fonctions très diverses dans l’organisme vivant

Fonctions des protéines

Enzyme Protéines de Protéines de Protéines de

défense transport stockage

Protéines de Protéines Protéines

structure régulatrices contractiles ou
motrices
 3. Protéines:
Structure des protéines: l’enchainement polypeptidique des protéine possède une
organisation tridimensionnelle de 04 niveaux.

Cette organization est assurée par 06 interactions chimiques.

1) liaison covalente: se produit via le partage d’un électron entre des atomes d’électronégativités
voisines (qui veut dire des atomes qui ont presque ou la même capacité d’attirer des électrons
lors des réactions chimiques).

Il en existe 4 types différents:

a) liaison peptidique b) liaison carbone-carbone

est en fait une liaison amide-CO-NH- formée est une interaction entre deux atomes de carbone-
par déshydratation entre le groupement CH-CO qui existe dans les acides aminés composant
amine d’un acide aminé et le groupement la protéine. Elle joue un rôle dans la formation du
carboxyle d’un autre acide aminé. squelette.

Liaison C-C
+

Liaison
peptidique
 c) ponts disulfures d) ponts desmosines

Les liaisons disulfure sont les deuxièmes liaisons Se forme par l'association de trois allysines
covalentes les plus courantes entre les acides (dérivés de lysine) et une lysine via l’action de
aminés. Ce sont des liaisons soufre-soufre (S-S) la lysyl oxidase (cas de l’élastine: protéine
formées au sein d'une protéine lorsque les fibreuse sécrété par les fibroblastes pendant la
groupes thiol (-SH) de deux résidus cystéine sont période de croissance) .
oxydés par l’action de la PDI (protéine disulfure
isomérase) , ce qui entraîne la perte nette de
deux électrons.
cystéine

Pont
disulfure

cystéine
 2) Liaison ionique: lorsqu’un atome cède son électron à un autre
atome, deux ions de charge opposés sont formés et puisque les
charges opposées s'attirent entre elles, les deux ions sont liés l'un à
l'autre, cette liaison se forme entre deux atomes d’électronégativité
très différente.

Transfert
d’électron
NA Cl

Na+Cl-.

schéma représentatif de la liaison ionique entre un atome de sodium (Na) et un

atome de chlore (Cl) pour former le Na+Cl-.
3) Liaison hydrogène: se produit lorsqu’un atome très électronégatif (avec un
ou plusieurs doublets libres) tel que l’azote (qui agit comme accepteur) se
trouve à proximité d’un atome d’hydrogène lié de façon covalente à un autre
atome qui est aussi très électronégatif tel que l’oxygène (qui agit comme
donneur), cette liaison est considéré comme une interaction dipôle dipôle.

schéma représentant la liaison hydrogène entre des molécules d'eau.

4) Liaisons de van der Waals : également appelées forces de dispersion, et forces de London, sont
des liaisons intermoléculaires très faibles qui se produisent à la suite de changements rapides de
la densité électronique au sein d'une molécule. Lorsque, par exemple, la densité électronique se
déplace d'une zone d'une molécule à une autre, la zone d'origine finira par présenter un effet
très léger de charge positive (cela est dû à la densité électronique (négative) qui s'en éloigne). A
ce moment bref, presque instantané, la molécule a une zone de densité légèrement négative et
par conséquent une zone de densité légèrement positive. En présence d’une deuxième
molécule pareille et voisine de la première molécule, la zone de densité négative de la molécule
1 sera attirée par la densité légèrement positive de la molécule 2 et donc les molécules seront
«maintenus» ensemble pendant ce bref instant jusqu'à ce que leurs densités d'électrons
respectives changent..

δ+ δ-
Densité
Densité
positive
Attraction négative
(électrons -)
(Nucléon +)

NB: δ+ et δ- représentent respectivement

les charges partielles positives et négatives
de la liaison
5) Liaisons hydrophobes : les interactions des molécules non polaires avec des
molécules d’eau sont moins favorables que les interactions existant entre les
molécules d’eau elles-mêmes, les molécules d’eau en contact avec ces
molécules non polaires forment alors des cages pour les entourer, devenant
de ce fait moins ordonnées que les molécules d’eau libres en solution.
Cependant quand les molécules non polaire se rapprochent, quelques une
des molécules d’eau sont libérées des cages et de ce fait les molécules non
polaires ont une tendance plus grande de s’associer les unes aux autres dans
l’eau que dans d’autres solvants moins polaires, cette tendance est appelée
effet hydrophobe et les interactions associés sont appelées interactions
hydrophobes.
6) Interactions électrostatiques de type charge-charge entre résidus de charge
inverse (-NH3+ contre COO¯ ). Quand une telle interaction est enfouie dans
une protéine globulaire, à l'abri de l'eau, on dit qu'il s'agit d'un pont de sel (salt
bridge).

Exemple de pont salin entre les acides aminés acide

glutamique et lysine démontrant une interaction
électrostatique
 Les 04 niveaux de l’organisation tridimensionnelle des protéines:

Le comité de nomenclature de l'Union internationale de biochimie (IUB) a défini ces termes comme suit:
• La structure primaire d'une protéine est déterminée par sa séquence d'acides aminés sans aucune
considération pour la disposition de la chaîne peptidique dans l'espace.
• La structure secondaire est déterminée par l'agencement spatial de la chaîne peptidique principale sans
aucune considération pour la conformation des chaînes latérales ou d'autres segments de la chaîne
principale.
• La structure tertiaire est déterminée à la fois par les chaînes latérales et par d'autres segments adjacents
de la chaîne principale, sans tenir compte des chaînes peptidiques voisines.
• La structure quaternaire est utilisé pour l'agencement de sous-unités identiques ou différentes d'une grande
protéine dans laquelle chaque sous-unité est une chaîne peptidique séparée.
 Structure primaire: elle correspond à l’enchainement linéaire des acides aminés de la chaine
peptidique.
 Les acides aminés sont liés entre eux par des liaison peptidique (-CO-NH-).
 Structure secondaire:

• Elle est présente aussi bien dans les protéines fibreuses que dans les protéines globulaires.

• Les atomes d'azote et de carbone d'une chaîne peptidique ne peuvent pas se trouver sur une
ligne droite, en raison de l'amplitude des angles de liaison entre les atomes adjacents de la
chaîne; l'angle de liaison est d'environ 110 °.
• Chacun des atomes d'azote et de carbone peut cependant tourner dans une certaine mesure,
de sorte que la chaîne a une flexibilité limitée.
• Du fait que tous les acides aminés, à l'exception de la glycine, sont des acides L-aminés
asymétriques, la chaîne peptidique a tendance à prendre une forme hélicoïdale asymétrique.
• Cette forme hélicoïdale est assurée par des liaisons hydrogène qui se constituent entre des
groupements C=O et NH distants de 4 acides aminés.
• On distingue en générale deux types principaux de structure secondaire : l’état étiré (feuillets
plissés β) et l’état hélicoïdal (hélice α).
 Etat étiré ou structure en feuillets plissés β Etat hélicoïdal ou hélice α

• L’hélice comporte 3,7 résidus d’aminoacide par tour de

spire. Les liaisons peptidiques forment entre eux un angle
• Ce type de conformation correspond à deux de 80° environ. Les chaines latérales sont dirigées vers
chaînes polypeptidiques qui se replient et se l’extérieur et peuvent réagir entre elles ou avec le milieu
longent et s’unies entre elles par des liaisons • Toutes les protéines ne se trouvent pas entièrement sous
hydrogène interchaînes. forme d’hélice, ceci est dû à la présence de la proline
• On parle de feuillets ß parallèles quand les chaînes qui entraine une courbure de l’hélice.
vont dans le même sens et d'antiparallèles quand
elles vont dans des directions opposées. • Pour la ribonucléase a taux d’hélicité = 18 % et 80 % pour
l’hémoglobine = 80 %).

3,7 résidus
d’aminoacide par
tour de spire
Tours et boucles

Les tours: C'est la structure qui connecte deux brins β antiparallèles. Les tours sont généralement courts
2 à 4 acides aminés en dehors des brins.
Pour les stabilisés, il peut y avoir un pont hydrogène entre le premier et le quatrième acide aminé. Les
acides aminés bons formateurs de coudes sont Gly et Pro.

Les boucles: Les structures des protéines sont souvent des combinaisons d'hélice et de feuillets reliées
par des boucles sont plus longues et comportent plus de 4 acides aminés, tous les aminoacides des
boucles ne participent pas à des liaisons hydrogène intramoléculaires.
On trouve des boucles entre : des hélices α, des hélices α et des brins β, des brins β parallèles ou de
feuillets différents. L.

Tour

Boucle
 Structure tertiaire: correspond à la disposition ou l’assemblage tridimensionnel des structures
secondaires et des chaînes latérales d’une protéine pour former le plus de liaisons possible
(interactions covalentes, ioniques, hydrogène et hydrophobes), pour accroitre leur stabilité,
elle est due au repliement de la chaîne polypeptidique sur elle-même par des.

 Certains assemblages de structures secondaires sont connus sous le nom de superstructures.

Les plus connues sont

• β β : deux feuillets bêta parallèles reliés par une hélice alpha.

• épingle à cheveux : un feuillet bêta antiparallèle formé de chaînes polypeptidiques et relié par
des tournants en épingle à cheveux.
• : deux hélices alpha antiparallèles reliées ensemble ayant un axe incliné afin de favoriser des
interactions.
• Barils β : feuillets ß qui s’enroulent pour former des structures cylindriques.
les interactions impliquées dan la structure tertiaire
Structure quaternaire: La nature de la structure quaternaire est démontrée par la structure de
l'hémoglobine. Chaque molécule d'hémoglobine humaine se compose de quatre chaînes
peptidiques, deux chaînes α et deux chaînes β; c'est-à-dire qu'il s'agit d'un tétramère. Les
quatre sous-unités sont liées les unes aux autres par des liaisons hydrogène et une interaction
hydrophobe. Parce que les quatre sous-unités sont si étroitement liées, le tétramère
d'hémoglobine est appelé une molécule, même si aucune liaison covalente ne se produit
entre les chaînes peptidiques des quatre sous-unités. Chaque chaine est associée à un
groupement prosthétique appelé HEME.
Dans d'autres protéines, les sous-unités sont liées les unes aux autres par des liaisons covalentes
(ponts disulfure).
 Propriétés physico-chimiques des protéines dénaturation

Solubilité • Correspond à la perte de la structure secondaire, tertiaire

et quaternaire de la protéine sans la rupture des liaisons
peptidiques,
• pH: la solubilité d’une protéine est minimale au
• Ceci peut être du à l’action de:
voisinage de son pHi
• la température (irréversible): la chaleur entraîne une
• la force ionique: La solubilité des protéines perturbation des liaisons hydrogène et provoque
dans une solution aqueuse contenant des sels
dépend de deux effets antagonistes liés d'une l’agrégation des protéines
part aux interactions électrostatiques ("salting • le pH (irréversible): perturbe les liaison ionique
in" ou effet dissolvant), et d'autre part aux
interactions hydrophobes (salting out ou effet • la présence d’un agent réducteur (réversible): tel que le β-
relargant) mercaptoéthanol
• La présence d’un détergent (réversible): tel que Sodium-
Dodecyl-Sulfate qui perturbe les liaison ionique
• l'agitation mécanique (irréversible): les ultra sons.
• radiations UV (irréversible): photolyse des ponts
 Propriétés optiques Propriétés ioniques

• Les protéines possèdent de nombreux groupements

• Les protéines absorbent dans l’UV lointain
ionisables libres qui leur confèrent un caractère
(190 nm) à cause des liaisons peptidiques
amphotère (manifeste à la fois le caractère d'une
et à 280 nm si elles contiennent des AA
base et celui d'un acide)
aromatiques en particulier du tryptophane.

• Les protéines sont douées de pouvoir • Lorsque le nombre de groupement chargés

rotatoire. positivement est égal au nombre de ceux chargés
• Les protéines diffusent la lumière, ainsi leurs négativement la protéine est au point isoionique
solutions sont souvent troubles.
 Quelques méthodes d’étude de la structure des
protéines

Cristallographie de rayon X la comparaison

actuellement la plus utilisée, compare le résultat du

Cette méthode fournit les caractéristiques maximum
séquençage (séquences théoriques d'acides aminés et
concernant la structure tertiaire d'une protéine. Des rayons X
pourcentage : 10% d'Ala, 30% de Glu...) avec le
sont réussis par le cristal tournant et les rayons diffractés sont
contenu d'une banque de données de protéines
rassemblés sur un objectif et analysés par les systèmes
connues et ayant un rapport avec celle étudiée. On
automatisés
obtient une homologie supérieure à 50%.

Cette technique est difficile car l'obtention d'un cristal à

partir d'une protéine pure, nécessite une quantité
importante de protéines.
 Méthodes structurelles partielles d'étude
La microscopie de Cryoelectron
• Celles-ci comprennent l'ultracentrifugation, la
• est une variante aux températures à ou en dessous de
spectrométrie de masse et la spectrométrie de
celle de l'azote liquide et peut concevoir des structures
fluorescence, qui peut être employée pour
des protéines très à de haute résolution
compléter d'autres techniques.
Les techniques fondamentales utilisées pour étudier les composés protéiques

 Chromatographie par filtration sur gel

 Chromatographie par échange d’ions

 Chromatographie par interactions hydrophobes

 Chromatographie par affinité

 Electrophorèse