Introduction:
COPASI est un logiciel utilisé pour la création, la modification, la simulation et
l'analyse informatique de modèles cinétiques dans divers domaines. Il est open source,
disponible pour toutes les principales plates-formes et fournit une interface utilisateur
graphique conviviale, mais il est également contrôlable via la ligne de commande et les
langages de script. Ce sont probablement les raisons de sa large acceptation. Nous
commençons cette revue par une courte introduction décrivant les approches et techniques
générales utilisées dans la modélisation informatique en biosciences. Ensuite, nous présentons
le package COPASI et ses capacités, avant d'examiner les applications typiques de COPASI
en biotechnologie.
On a exemple dans le module réacteur pour faire manipulation dans logiciel COPASI.
Exemple:
Soit la réaction en phase liquide A→ B →C qui se déroule dans un réacteur fermé isotherme
(à température constante). On désire avoir l’évolution du système réactionnelle pour une
durée (temps de séjour) égale à 1 h (3600 s).
1. Déterminer les profils de concentrations par rapport à A, B et C en fonction du temps
pour k1=k2=0.001 s-1
- Interpréter les résultats obtenus,
- Déterminer le temps de séjour optimal pour que la concentration en B soit
maximale. Donner alors les concentrations de A et C correspondantes.
-
2. Si on double la concentration initiale de de A (0.2 M), déterminer alors les profils de
[A], [B] et [C] ainsi que le temps et la concentration optimales de B.
-Quelle différence peut-on déduire en comparant les deux cas de [A]0 (comparaison
par rapport aux profiles et temps optimal).
3. Si on garde [A]0 = 0.1 M, déterminer les profils de concentrations par rapport à A, B
et C en fonction du temps pour :
a. k1= 0.001 s-1 et k2 = 0.0001 s-1.
b. k1= 0.0001 s-1 et k2 = 0.001 s-1.
Interpréter l’effet des constantes de vitesse sur les profils de concentrations de A,
B et C, et ce pour les trois cas étudies.
ETAPES A SUIVRE (TOUJOURS)
1. Ouvrir le logiciel
2. Enregistrer la simulation ( save)
3. Choisir le système d’unité de travail (utiliser le système SI : s, L, mol, m², m3)
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4. Déclarer le système réactionnel (Model → Biochemical→Reaction)
5. Déclarer les concentrations initiales ((Model → Biochemical→Species)
Attention : les concentrations des produits = 0.
6. Tasks → Time course :
- Déclarer le temps de séjours (3600 s) et pe pas 10 s
- Exécuter (Run)
Voir les résultats sous forme de tableau à: Time cours →Resulls
7. Pour afficher les résults sous forme de figure, aller à Output spécifications
Réponse:
1- Déterminer les profils de concentrations par rapport à A, B et C en fonction du temps pour
k1=k2=0.001 s-1
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- le temps de séjour optimal pour que la concentration en B soit maximale :
[B] = 0.0367879 M ts = 1000 s
- - les concentrations de A et C correspondantes :
[A] = 0.0367879 M
[C] = 0.0264241 M
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2-
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Après avoir doublé la concentration initiale A (0.2 M), nous avons trouvé une
modification de la concentration en même temps de séjour dans les deux cas (question 1 et
question 2).
3-a-
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dans premier cas pour la condition concentration [A] 0 = 0.1 M et k1=k2=0.001s-1, la
concentration b optimale est égal 0.035 M mais après on change k2 et fixe k1 concentration
initiale [A]0 on trouve changement la concentration B optimale et égal 0.08M on concluse
quand on change ki de la réaction on a changement de la concentration de produits.
3-b-
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si le même remarque par rapport question 3-a, on a le changement k1=0.001s -1 et fixe
k2 et concentration on a concluse dans ce cas [B] optimale =0.002mole/l c est a dire le
changement dans le condition k1 ,k2 affecte dans la concentration optimale de produit affecte.
Conclusion
Dans cette étude la simulation d’une réaction successive dans un réacteur fermé en phase
liquide isotherme on concluse L’utilisation la simulation COPASI dans l'étude
susmentionnée, afin de connaître l'effet de chaque concentration k sur les réactions, et grâce à
notre étude, nous avons constaté que chaque fois que nous modifions la concentration initiale
et fixons k, les concentrations des produits changent. Et nous avons trouvé la meme
observation lorsque nous avons changé k et fixé la concentration initiale.
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