Proposition de sujet de thèse 2016

(A remplir par les équipes d'accueil et à retourner à Isabelle HAMMAD : hammad@[Link]

MASTER : OCEANOGRAPHIE
Ordre de priorité de la proposition(1) :

Candidat(e)(1)
Nom - Prénom :
Date de naissance :
Cursus de second cycle (origine, années, mention) :
Mention et classement au Master (Xème sur Y) :

Sujet de doctorat proposé

Intitulé : Etude de l'impact du changement climatique et de l'utilisation des terres (land-use) sur le
fonctionnement des écosystèmes planctoniques marins et de services écosystémiques associés

Descriptif :

Contexte et objectifs de la thèse :

Les défis que le bassin Méditerranéen devra affronter dans les prochaines décennies sont immenses. Ils concernent
notamment l'accroissement de sa population (524 Millions d'habitants attendus d'ici 2025), et la pression qui en résulte sur
les écosystèmes terrestre et marin. Nourrir cette population croissante, tout en tenant compte, dans un contexte de
réchauffement climatique, de l’impact environnemental (en termes d’émission et de séquestration de CO2, de
consommation d’eau,…) des choix qui seront faits pour atteindre cet objectif, constitue certainement l'un de ces défis
majeurs. L'élaboration de scénarios socio-économiques permettant d'assurer cette suffisance alimentaire, et l'étude de leur
impact, conjugué à celui du réchauffement climatique, sur les écosystèmes continentaux et marins, nécessite l'utilisation
de modèles intégrés incluant des composantes d'au moins trois natures: un modèle socio-économique, un modèle
continental d'agrosystèmes, et un modèle des écosystèmes marins. Cette synergie est rendue possible grâce à
l'environnement offert par le labex OT-Med, et notamment par le projet LaSeR-Med (Towards an integrated prediction of
Land & Sea Responses to global change in the Mediterranean Basin) déjà partiellement financé par ce labex et pour
lequel un complément de financement a été demandé cette année. Ce projet s'appuie ainsi sur les compétences multi-
disciplinaires du Labex pour étudier conjointement et de manière cohérente la réponse future des écosystèmes terrestres
(agro-écosystèmes) et marins à des scénarios intégrant (i) un scénario de changement climatique (parmi les scénarios RCP
délivrés par le GIEC), conjugué à (ii) un scénario socio-économique visant à assurer une suffisance alimentaire pour la
population future du bassin méditerranéen. Plusieurs scénarios socio-économiques permettant d'assurer cette suffisance
alimentaire seront explorés, afin d'identifier ceux qui auront l'empreinte écologique la plus faible, à savoir ceux qui
produiront le moins de CO2 tout en favorisant la séquestration de CO2 atmosphérique par les plantes terrestres et le
plancton marin. Il est également envisagé d'étudier d'autres types de critères pour la sélection du «meilleur» scénario, tel
que la quantité d'eau utilisée pour l'irrigation, la qualité et la quantité de zooplancton disponible pour les petits poissons
pélagiques de Méditerranée (sardine, anchois), ou les fréquences de pullulation de la méduse Pelagia Noctiluca,
notamment près des côtes. A notre connaissance, il s'agira de la première étude permettant d'étudier de façon aussi
intégrée et cohérente l'impact de scénarios climatique et socio-économique sur les écosystèmes continental et marin de la
Méditerranée, en recherchant en outre parmi les scénarios socio-économique, celui ayant l'empreinte écologique la plus
faible.

Description détaillée de la thèse

Cette thèse est une étape décisive du projet LaSeR-Med. Elle va bénéficier des précédents travaux réalisés à l'échelle de la
Méditerranée dans le cadre de la thèse d'Arnaud Guyennon (Guyennon, 2016) à l'aide du modèle couplé associant le
modèle d'hydrodynamique marine NEMO-Med12 (Beuvier et al., 2012a, b) au modèle biogéochimique Eco3M-Med
(Alekseenko et al., 2014) . Ces travaux ont permis fournir la première estimation des flux exportés de carbone organique
dissous (DOC) et particulaire (POC) à 100 et 200 m à l'échelle de toute la Méditerranée. Parmi les résultats majeurs, il a
été montré par le modèle que le bassin Est, bien que moi productif, contribuait de façon majoritaire à l'exportation de
carbone organique, et que dans tout le bassin méditerranéen, et en particuliers dans le bassin Est, cette exportation se
faisait essentiellement sous forme dissoute (Guyennon et al., 2015). Cette nouvelle thèse permettrait d'aller plus loin en
permettant d’estimer la part de ce carbone organique exporté qui sera effectivement séquestrée. Les flux exportés à
100 m et 200 m constituent en effet la limite supérieure de ce qui pourra être séquestré, mais une grande partie de ce
carbone organique, reminéralisé en CO2 trop près de la surface, sera potentiellement rééchangé avec l'atmosphère.
L'introduction d'un compartiment explicite de CO2 dans le modèle, et de la chimie des carbonates permettra en outre de
déterminer les régions de Méditerranée constituant les puits de carbone, ainsi que de calculer de manière dynamique le pH
de l'eau.
Au-delà de ce travail technique, chaque scénario d'utilisation et de management des terres qui aura été élaboré par les
économistes sera appliqué au modèle d'agro-système LPJmL qui fournira en retour les apports terrigènes à la mer
Méditerranée (fleuves et ruissellements) en éléments nutritifs (nitrates et phosphates) ainsi qu'en matières organiques
(carbone, azote et phosphore organique). L'objectif scientifique de la thèse est de mesurer l'impact de ces apports
terrigènes sur le fonctionnement du réseau trophique planctonique, ainsi que sur l'absorption de CO2 atmosphérique et sa
séquestration, mais aussi sur d'autres indicateurs écosystémiques pertinents à définir précisément dans le cadre de la thèse,
en lien avec la nourriture pour les poissons (quantité et qualité nutritionnelle), la teneur en oxygène, la structure de la
chaîne alimentaire (rapport autotrophes/hétérotrophes), …

Simulations et scénarios

Dans le cadre de cette thèse, la première simulation du passé récent (1984-2013) forcée par les apports terrigènes produits
par le modèle continental LPJmL (Bondeau et al., 2007, Fader et al., 2015) sera réalisée et analysée, en la comparant
notamment à une simulation identique pour laquelle les apports terrigènes sont fournis par les calculs de Ludwig (2009).
Pour ce faire, le modèle d'agro-écosystèmes LPJmL sera forcé par le même forçage atmosphérique que celui utilisé pour
le modèle marin, et utilisera le «land-use» actuel. L'autre simulation majeure de cette thèse sera celle du premier scénario
climatique réalisé avec l'outil NEMO-Med12/Eco3M-Med. La partie physique (océan-atmosphère) de ces scénarios sera
réalisée par des laboratoires parisiens (LMD-ENSTA-LSCE) avec lesquels nous collaborons, et nous utiliserons les
forçages et les sorties de ces simulations pour faire tourner le modèle d'agro-système continental et celui des écosystèmes
marins. Le scénario climatique (RCP 8.5, le plus défavorable) du GIEC sera le premier à être testé, mais d'autres
pourraient l'être également en fonction de ce qui pourra être disponible. Le fait de ne pas associer dans un premier temps
de scénario socio-économique au scénario climatique permettra de déconvoluer l'effet de ces deux types de forçages sur la
productivité de l'écosystème marin mais aussi d'analyser leurs effets combinés.

Déroulement de la thèse

Les principales étapes de la thèse seront les suivantes :

− Enrichissement du modèle couplé physique-biogéochimique NEMO-MED12/Eco3M-Med pour y inclure une

représentation explicite du carbone minéral (équilibres incluant la représentation du CO2 et du pH de l'eau de
mer),

− Réalisation et analyse de la simulation de référence pour le passé récent (1984-2015) forcée par les apports
continentaux fournis par le modèle continental LPJmL. Cette simulation offrira un état de référence pour la
comparaison avec les scénarios futurs. Elle permettra également de travailler à la définition d'indicateurs
pertinents en lien avec les services écosystémiques rendus par le milieu marin,

− Réalisation et analyse d'un scénario climatique seul, qui servira de référence pour la comparaison aux scénarios
combinant scénario climatique et socio-économique (déconvolution des effets climatiques de ceux liés aux
changements d’utilisation des terres et des pratiques agricoles).

Références bibliographiques

Alekseenko, E., V. Raybaud, B. Espinasse, F. Carlotti, B. Queguiner, B. Thouvenin, P. Garreau, M. Baklouti (2014) Seasonal dynamics and
stoichiometry of the planktonic community in the NW Mediterranean Sea: a 3D modeling approach, Ocean Dynamics, 64:179–207
Beuvier, J., K. Béranger, C. Lebeaupin Brossier, S. Somot, F. Sevault, Y. Drillet, R. Bourdallé-Badie, N. Ferry, F. Lyard (2012a) Spreading of the
Western Mediterranean Deep Water : Time scales and deep cyclone transport , J. Geophys. Res. 117, C07022 DOI: 10.1029/2011JC007679
Beuvier J, C. Lebeaupin Brossier, K. Béranger, T. Arsouze, R. Bourdallé-Badie, C. Deltel, Y. Drillet, P. Drobinski, N. Ferry, F. Lyard, F. Sevault
and S. Somot (2012b) MED12, oceanic component for the modeling of the regional Mediterranean earth system , Mercator Ocean Quaterly
Newsletter #46, Special Issue NEMO-MyOcean, Novembre 2012.
Bondeau A, Smith PC, Zaehle S, Schaphoff S, Lucht W, Cramer W, et al. 2007. Modelling the role of agriculture for the 20th century global
terrestrial carbon balance. Global Change Biology, 13(3):679–706.
Guyennon, A. (2016) Etude de l’exportation de carbone organique à l’échelle de la mer Méditerranée à l’aide de la modélisation couplée
physique/biogéochimie. PhD thesis. Université d'Aix-Marseille.
Guyennon, A., Baklouti, M., Diaz, F., Palmieri, J., Arsouze, T., Beuvier, J., Béranger, K., LeBaupin-Brossier, C., Dutay, J.-C., Moutin, T.(2015)
New insights into the organic carbon export in the Mediterranean Sea from 3-D modeling. Biogeosciences. 12, 7025–7046, doi:10.5194/bg-
12-7025-2015.

Programme finançant la recherche : Projet LaSeR-Med (financement demandé au Labex OT-Med)

obtenu : financement d'un post-doc d'an an (~ 50 k€) + 10 k€ (accompagnement post-doc)
envisagé : 287 020 € (y compris accompagnement de la thèse demandée ici)

Directeur(s) de thèse proposé(s)

(limiter au plus à deux personnes principales, dont au moins une titulaire de l'HDR)

Directeur HDR proposé

Nom - Prénom : BAKLOUTI Melika : encadrement 70%
Corps : Maître de Conférences à l'OSU Institut Pythéas (Université d'Aix-Marseille)
Laboratoire (i.e. formation contractualisée de rattachement, éventuellement équipe au sein de cette formation) : Institut
Méditerranéen d'Océanologie (MIO, équipe CYBELE)
Adresse mail : [Link]@[Link]

Choix de cinq publications récentes (souligner éventuellement les étudiants dirigés co-signataires) :

Gimenez, A., Baklouti, M., Bonnet, S., and Moutin, T. : Biogeochemical fluxes and fate of diazotroph derived nitrogen in the
food web after a phosphate enrichment : Modeling of the VAHINE mesocosms experiment, Biogeosciences Discuss.,
doi:10.5194/bg-2015-611, in review, 2016.
Guyennon, A., M. Baklouti, F. Diaz, J. Palmieri, J. Beuvier, C. Lebaupin-Brossier, T. Arsouze, K. Béranger, J.-C. Dutay, and
T. Moutin (2015) New insights into the organic carbon export in the Mediterranean Sea from 3-D modeling,
Biogeosciences, 12, 7025-7046
Alekseenko, E., V. Raybaud, B. Espinasse, F. Carlotti, B. Queguiner, B. Thouvenin, P. Garreau, M. Baklouti (2014) Seasonal
dynamics and stoichiometry of the planktonic community in the NW Mediterranean Sea: a 3D modeling approach,
Ocean Dynamics, 64:179–207
Poggiale, J.-C., Y. Eynaud, M. Baklouti (2013) Impact of periodic nutrient input rate on trophic chain properties. Ecological
Complexity, 14, 56-63.
Eynaud Y., Nerini D., Baklouti M., Poggiale J.-C. (2012) Towards a simplification of models using regression trees Journal of
the Royal Society Interface, vol. 10 p.20120613

Thèses encadrées ou co-encadrées au cours des quatre dernières années

Nom : GIMENEZ Audrey

Intitulé : Relation entre la production planctonique, son devenir dans l'océan de surface, et la
disponibilité en phosphate dans les eaux du Pacifique Tropical Sud-Ouest (Mission Océanographique
OUTPACE)
Type d'allocation : MRT
Date de début de l'allocation de doctorat : Octobre 2014
Date de soutenance (si la thèse est soutenue) :
Programme finançant la recherche : ANR OUTPACE (2015-2018: 400 k€), LEFE action CyBER, IRD
(Action incitative et GOPS), CNES.
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) :
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50 %

Nom : GUYENNON Arnaud

Intitulé : Etude de l’exportation de carbone organique à l’échelle de la mer Méditerranée à l’aide de la
modélisation couplée physique/biogéochimie
Type d'allocation : Bourse région
Date de début de l'allocation de doctorat : Décembre 2011
Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : 17/12/2015
Programme finançant la recherche : SIMED-1 et SIMED-2 (PIs, K. Béranger/T. Arsouze) financés par le
GMMC (Groupe de Mission Mercator/Coriolis)
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : recherche d'emploi
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 40 % (2 autres co-directeurs
à 30 % chacun)

Nom : EYNAUD Yoan

Intitulé : Contribution à la gestion de la complexité des modèles en sciences de l’environnement
Type d'allocation : MRT
Date de début de l'allocation de doctorat : Octobre 2009
Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : 6 décembre 2012
Programme finançant la recherche :
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue): Post-doctorant (Scripps Institution of Oceanography,
université de Californie)
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50 %

Autre directeur proposé (éventuellement)

Nom - Prénom : Moutin Thierry (HDR) : encadrement 30%
Corps : Pr1 AMU OSU Institut Pythéas
Laboratoire : Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO) ; équipe Cybele
Adresse mail : [Link]@[Link]

Choix de cinq publications récentes (étudiants dirigés co-signataires soulignés) :

Gimenez, A., Baklouti, M., Bonnet, S., and Moutin, T. : Biogeochemical fluxes and fate of diazotroph derived
nitrogen in the food web after a phosphate enrichment : Modeling of the VAHINE mesocosms experiment,
Biogeosciences Discuss., doi:10.5194/bg-2015-611, in review, 2016.

Berthelot H., S. Bonnet, M. Camps, O. Grosso and T. Moutin. Assessment of the dinitrogen released as
ammonium and dissolved organic nitrogen by unicellular and filamentous marine diazotrophic cyanobacteria
grown in culture. Front. Mar. Sci., 2(80), 2015. [Link]

Guyennon, A., Baklouti, M., Diaz, F., Palmieri, J., Beuvier, J., Lebaupin-Brossier, C., Arsouze, T., Béranger,
K., Dutay, J.-C., and Moutin, T. : New insights into the organic carbon export in the Mediterranean Sea from 3-
D modeling, Biogeosciences, 12, 7025-7046, doi:10.5194/bg-12-7025-2015, 2015.

Berthelot, H., T. Moutin, S. L’Helguen, K. Leblanc, S. Hélias, O. Grosso, N. Leblond, B. Charrière, and S.
Bonnet. Dinitrogen fixation and dissolved organic nitrogen fueled primary production and particulate export
during the VAHINE mesocosms experiment (New Caledonia lagoon). Biogeosciences, 12, 4099–4112, 2015.
doi:10.5194/bg-12-4099-2015.

Talarmin, A., Van Wambeke, F., Lebaron, P., and Moutin, T. : Vertical partitioning of phosphate uptake among
picoplankton groups in the low Pi Mediterranean Sea, Biogeosciences, 12, 1237-1247, doi:10.5194/bg-12-
1237-2015, 2015.

Thèses encadrées ou co-encadrées au cours des quatre dernières années

Nom : Caffin Mathieu

Intitulé : Etude de l’exportation de carbone organique à l’échelle de la mer Méditerranée à l’aide de la
modélisation couplée physique/biogéochimie.
Type d'allocation : contrat ANR
Date de début de l'allocation de doctorat : octobre 2015
Date de soutenance : prévue fin 2018
Programme finançant la recherche : ANR OUTPACE (2015-2018 : 400 k€), LEFE action CyBER, IRD
(Action incitative et GOPS), CNES.
Situation actuelle du docteur : thèse en cours
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 40 %

Nom : Gimenez Audrey

Intitulé: Relation entre la production planctonique, son devenir dans l’océan de surface, et la disponibilité
en phosphate dans les eaux du Pacifique tropical SW (Mission océanographique OUTPACE).
Type d'allocation : bourse MENRT
Date de début de l'allocation de doctorat : octobre 2014
Date de soutenance : prévue fin 2017
Programme finançant la recherche : ANR OUTPACE (2015-2018 : 400 k€), LEFE action CyBER, IRD
(Action incitative et GOPS), CNES.
Situation actuelle du docteur : thèse en cours
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50 %

Nom : Berthelot Hugo

Intitulé : Fixation d’azote et son devenir dans l’océan de surface : transfert dans le réseau trophique
planctonique et influence sur les cycles biogéochimiques de l’azote et du carbone.
Type d'allocation : bourse MENRT
Date de début de l'allocation de doctorat : octobre 2012
Date de soutenance : 14 décembre 2015
Programme finançant la recherche : LEFE CYBER programme VAHINE (PI S. Bonnet)
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Recherche de Post Doctorat
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50 %

Nom : Guyennon Arnaud

Intitulé : Etude de l’exportation de carbone organique à l’échelle de la mer Méditerranée à l’aide de la
modélisation couplée physique/biogéochimie.
Type d'allocation : bourse de la région PACA
Date de début de l'allocation de doctorat : novembre 2011
Date de soutenance : 17 décembre 2015
Programme finançant la recherche : SIMED-1 et SIMED-2 (PIs, K. Béranger/T. Arsouze) financés par le
GMMC (Groupe de Mission Mercator/Coriolis)
Situation actuelle du docteur : Recherche d’emploi
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 30 %