Introduction à la Microbiologie

Les microbes = micro-

organismes
 Les microbes :bactéries,
virus,
parasites, levures, champignons
et algues microscopiques etc…)
 sont des êtres vivants, des micro-organismes,
qui échappent à la détection à l’œil nu, leur
dimension étant inférieure à 0,1 mm.
 Les micro-organismes sont
indispensables dans notre
environnement.
 Ils permettent aux cycles du carbone,
de l’oxygène, de l’azote et du soufre de
fonctionner dans les milieux terrestres
et aquatiques ; ils sont à l’origine de
toutes les chaînes alimentaires.
 La microbiologie est à la base de la
biotechnologie moderne
 Peste : Yersinia pestis , transmise par le rat
- responsable de la chute de l’Empire Romain
en 1347
- En 4 ans en Europe 1/3 de la
population était mort soit 25 millions

 SIDA : 1982 due à un rétrovirus HIV

problèmes qui a causé beaucoup de morts
Evolution thérapeutique donne une
meilleure survie
 Découverte des microbes
 l’œuvre d’un Hollandais : Anthonie van Leeuwenhoek
(1632-1723), riche marchand de la petite ville de Delft. Il
observa, au moyen d’un microscope rudimentaire de sa
fabrication, un grand nombre de particules invisibles à l’œil nu,
qu’il appela des « animalcules », parmi lesquels il décrivit des
sphères, des bâtonnets, des spirilles, correspondant aux
principales variétés morphologiques de bactéries.
 Le microscope de Van Leeuwenhoek (dont il fabriqua
plusieurs centaines d’exemplaires au cours de sa vie), était un
instrument à une seule lentille, une loupe de très courte
distance focale.
 Chaque microscope avait un grossissement fixe qui variait entre
50 et 300 fois.
Découverte du Microscope
Anthonie van Leeuwenhoek
(1632-1723)
 Il observa ainsi le premier les globules
rouges du sang (1673),
 les bactéries (1683)
 les protozoaires, les spermatozoïdes
(1677) , les cellules de la levure de bière
(1680) et les capillaires (1689).
 Ses travaux eurent un écho très large et
contribuèrent à la découverte du monde
du vivant.
Microscope de Van
Leeuwenhoek

Observation des globules rouges

Par microscope Van Leeuwenhoek

GR microscopie
électronique
 Van Leeuwenhoek fit des découvertes de première
importance dans tous les domaines de la biologie. Il
découvrit notamment les spermatozoïdes et les
globules rouges.
 Mais sa contribution la plus importante fut la
révélation du monde microbien. Le mot microbe
n’existait pas encore et la terminologie de l’époque
utilisait, comme on la vu plus haut, le terme
« animalcules » pour désigner ce qui était observé
grâce au microscope, c’est-à-dire des protozoaires,
des algues unicellulaires, des levures et des
bactéries.
 Découverte des
rôles des bactéries
 Deux siècles plus tard : rôle des bactéries dans les processus de
fermentation et dans la transmission des maladies a été
découvert et que leur étude a commencé.
 Louis PASTEUR (1822-1895) et Robert KOCH (1843-
1910). L’étude des bactéries au cours de la deuxième moitié du
19ème siècle. Ces micro-organismes furent d’abord classés dans
le règne végétal.
 Haeckel en 1866, qui proposa, à côté des règnes animal et
végétal, le règne des protistes regroupant les organismes
unicellulaires ou pluricellulaires qui ne forment pas de tissus
différenciés.
 CHATTON en 1937 que proposa la subdivision en protistes
eucaryotes et protistes procaryotes
 Découvertes de Louis
Pasteur (1822-1895)

 Fils de fermier, diplômé en physique chimie

 Ses études sur les maladies des vers à soie,
menées de 1865 à 1869
 En 1874, ses recherches sur la fermentation
lui valent la médaille Copley,
 En 1876, Pasteur, la fermentation et les
infections
 Lutté contre la théorie de «génération
spontanée», les microbes se développent à
partir d’un support
 Vaccination contre le
charbon du mouton

 En 1881 , l'équipe de Pasteur met au point le

vaccin contre le charbon des moutons
 En 1888, vaccin contre la rage
 La découverte du vaccin antirabique (1885)
vaudra à Pasteur sa consécration dans le
monde : il recevra de nombreuses
distinctions.L'Académie des sciences propose
la création d'un établissement destiné à
traiter la rage : l'Institut Pasteur naît en 1888.
L’Institut Pasteur de Paris
 Découvertes de Robert
Koch (1843-1910)

 Médecin bactériologiste
 défenseur depuis 1840 de la théorie
microbienne des maladies contagieuses
 Il est le premier en 1876 à réussir la
culture du bacille du charbon découvert
en 1850 par les français Rayer et
Davaine
Culture de [Link] Coloration de Ziehl Nelson

 En 1882, Il isole le bacille de la tuberculose

en mettant au point une méthode de culture
in vitro
 en reproduisant la maladie chez les animaux
avec la souche cultivée, prouvant que le
germe est bien responsable de la maladie et
invalidant la théorie cellulaire de Virchow. Ce
germe lui doit son nom, bacille de Koch
 Cette découverte entraîne l'utilisation des mesures
d'hygiène pour lutter contre la transmission de la
maladie. Koch découvre également la tuberculine,
extrait du bacille, et son rôle pour le diagnostic de la
maladie. Il en fait, à tort, un principe du traitement
de la tuberculose.
 En 1883, au cours d'une expédition en Égypte, il isole
l'agent microbien du choléra (Vibrio cholerae)
 Robert Koch reçoit le Prix Nobel de médecine et de
physiologie en 1905 pour ses travaux sur la
tuberculose
 Découvertes de Ignace-Philippe
Semmelweis (1818-1867)

 Médecin accoucheur Hongrois

 1847-1850 découvre que la fièvre
puerpérale chez les femmes post
accouchées se transmet par les
médecins après dissection


 d’où l’utilisation des

antiseptiques
Taux de mortalité par fièvre puerpérale
avant et après utilisation d'hypochlorite de
calcium
 Découverte
des virus
 1898 : Découverte du virus de la mosaïque du
tabac, alors nommé Contagium vivum fluidum.
Ivanovski démontre en 1892 qu'un extrait de
feuille malade reste infectieux après filtration
à travers un filtre de Chamberland
 1898 à 1901 : Découvertes de premiers virus
impliqués dans des zoonoses et maladies
humaines (Fièvre aphteuse, Fièvre jaune)
 1917 : Premières découvertes de virus dits
bactériophages (infectant des bactéries)
 1931 : Première découverte d'un virus
oncongène (induisant le cancer chez le poulet)
 Découverte des virus

 1939 : Première photographie au microscope

électronique d'un virus
 Cultures cellulaire en 1943
 1983 : Identification du VIH du SIDA
 1989 : Première évaluation du nombre des virus
marins (4 à 10 millions dans chaque 1 ml d'eau)
 2003 : Première découverte d'un virus géant
(mimivirus, dont le génome sera séquence en 2004)
 2008 : Découverte d'un virus encore plus gros, le
Mamavirus, et découverte d'un virus capable
d'infecter un autre virus
 Taille des virus 20 à 250 nm
 Caractères distinctifs entre les
procaryotes et encaryotes
Structure cellulaire eucaryote procaryote
Taille 2 - 20 mm 0,3 - 2,5 µm
Peptidoglycane de la paroi absence présence

Noyau Présence, avec membrane absence

nucléaire et
plusieurs chromosomes un seul
chromosome
Chromosome structure complexe Structure
relativement
simple
Nucléole présence absence
Membrane nucléaire présence absence
Mitochondries présence absence
Lysosomes présence absence
Appareil de Golgi présence absence
Réticulum endoplasmique (RE) présence absence

Ribosomes Présence de deux types Présence d’un

seul type
association au RE rugueux
Division Mitose ou méiose Scissiparité
Classification des organismes
vivants
 Règne animal
 Règne végétal
 Règne des protistes (Haeckel, 1866) =
organisme uni ou pluricellulaire qui ne
forment pas de tissus différenciés
 Protistes supérieurs = eucaryotes
 Protistes inférieurs = procaryotes (pas de
membrane nucléaire, pas de noyau, pas de
chromosome
+ les virus: 1000 fois plus petit, 1 seul type d’acides
nucléiques, parasites obligatoires
ARN 16S
ANATOMIE FONCTIONNELLE DES
BACTÉRIES
Morphologie
Coloration de Gram
 Culture

Les bactéries
 La bactériologie s’occupe de l’étude des
bactéries

Examen direct
Classement des bactéries
 Selon leur forme :
 sphères = cocci
 bâtonnets = bacilles

 Selon leur couleur après coloration

de GRAM
 Gram + = violet
 Gram - = rose
 Classification des virus
Famille Sous-famille Genre Exemple d’espèce Enveloppe

Adenoviridae _ Mastadenovirus Adénovirus _

Alphaherpesvirinae Simplexvirus Herpes virus simplex +

Varicellovirus Varicelle-zona +

Herpesviridae Betaherpesvirinae Cytomegalovirus Cytomégalovirus +

Roseolovirus Herpès virus humain 6 +

Gammaherpesvirinae Lymphocryptovirus Virus Epstein-Barr +

Rhadinovirus Herpèsvirus humain 8 +

Polyomaviridae _ Polyomavirus Virus JC _

Alphapapillomavirus Papillomavirus humain 16 _

Papillomaviridae _
Betapapillomavirus Papillomavirus humain 5 _

Parvoviridae Parvovirinae Erythrovirus Virus B19 _

Dependovirus Virus adénovirus-associé 2 _

Poxviridae Chordopoxvirinae Orthopoxvirus Vaccine +

Parapoxvirus Virus de l’orf +

Molluscipoxvirus Virus du molluscum +

contagiosum
Hepadnaviridae _ Orthohepadnavirus Virus de l’hépatite B +
Les virus

 Quelques dizaines de nm
 Virus ADN / ARN, type de capside
 Virus « nu »
 Résiste dans l’environnement
 Transmission indirecte (mains, aliments…)
 Virus « enveloppé »
 Résiste peu ou pas dans l’environnement
 Variable selon les espèces: VHB > VHC > HIV
 Transmission directe (sang, salive, sexe)
Les virus
 Les virus sont des entités simples, acellulaires, qui consistent en
une ou plusieurs molécules d’ADN ou d’ARN, jamais les deux à
la fois,
 Capsides enfermée dans une coque protéique (avec parfois, en
plus, des lipides et des glucides).
 Enveloppés ou nus
 Ils ne peuvent se reproduire qu’à l’intérieur de cellules
vivantes : Ce sont donc des parasites intracellulaires
obligatoires.
 Les virus sont classés selon la nature de leur génome en virus à
ARN simple brin (ou monocaténaire) de polarité positive et
négative,
 virus à ARN double brin (ou bicaténaire), virus à ADN simple
brin et double brin et virus utilisant la transcriptase inverse
pour leur réplication (ARN/Retroviridae et ADN/Hepadnaviridae).
Les prions
 la découverte, il y a quelques années,
de particules infectieuses dénommées
prion. Les prions ne sont composés que
d'une seule molécule tandis que les
virus (simples ou complexes), virions,
phages et autres particules virales sont
multimoléculaires.
Prion
 ATNC: Agents transmissibles non conventionnels
 Encéphalopathies spongiformes subaiguës
transmissibles (ESST)
 Transmission par un agent infectieux protéique:
accumulation d’une isoforme pathologique (PrPSc)
d’une protéine normale (PrP)
 Maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ), syndrome de
Gerstmann-Sträussler-Scheinker, insomnie familiale
fatale.
 Scrapie ou tremblante du mouton; encéphalopathie
spongiforme bovine (ESB: vache folle) avec épidémie en
1986 UK→ passage à l’homme évoqué en 1996 (vMCJ)
MICRO-ORGANISMES ET
MALADIES INFECTIEUSES
 Maladies étaient provoquées par des forces surnaturelles, des
vapeurs empoisonnées appelées miasmes et des déséquilibres
entre les quatre humeurs, (le sang, le phlegme, la bile jaune et
la bile noire) que l’on croyait présentes dans le corps.
 L’idée que la maladie résultait de ces déséquilibres était
acceptée partout depuis le temps du médecin grec Galien (131-
201).
 Les premières indications concernant une étiologie microbienne
des maladies infectieuses datent du début du 19ème siècle.
 La relation micro-organismes/maladies fut loin d’être évidente et
il fallut des années pour que les scientifiques établissent le lien
entre micro-organismes et développement de maladie. Cette
découverte fut étroitement dépendante des progrès techniques.
Une fois la relation établie, les microbiologistes étudièrent
comment l’hôte se défendait
Intérêts de la
Microbiologie

Industrie Médecine
(biotechnologie)  - Maladies infectieuses
 - «Vaccins alimentaires»
 Production  -Thérapie de Cancers
- de médicaments  (voir exemples)
(Antibiotiques, Insuline …)
 - d’aliments fermentés Environnement
 - d’acides aminés, d’acide  - Epuration de l’eau
 citrique …  - Biorémédiation
 - d’enzyme  - Bioinsectizides
 - de plolysaccharides  (Bacillus thuringiensis)
 - Ethanol
 - Méthane …
Programme d’enseignement
en 3ème année
 Partie bactériologie
- fondamentale
- systématique

 Partie virologie:
- fondamentale
- systématique
Cours de Bactériologie
Fondamentale
Le Monde Microbien
Généralités : classification et structure bactérienne
Physiologie bactérienne
Génétique bactérienne
Relation hôte bactérie, flores normales
Manifestations du conflit hôte bactérie
Les Antibiotiques : Classification
Les Antibiotiques : Les résistances
Rôle du laboratoire dans le suivi du traitement antibiotique.

Antiseptiques, Désinfectants et Stérilisation

 Bactériologie systématique

Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (Cocci Gram

positif : Staphylococcus,Streptococcus et Gram négatif :Neisseria,
Branhamella…)
Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (Bacille à Gram
négatif : Enterobacteries, Pseudomonas, Vibrio, Legionella….)

….Bacilles à Gram négatif(suite) : Haemophilus, Bordetella, Brucella,

Campylobacter, Helicobacter.
Les principaux groupes de germes en pathologie humaine :(Bacilles à Gram
positif : Listeria, Corynebacterium, Bacillus et Mycobacterium)

Les principaux groupes de germes en pathologie humaine :…..Les bactéries

anaérobies, Chlamydiae,Mycoplasma …
Diagnostic bactériologique direct
Diagnostic bactériologique indirect
 Cours de virologie
Les Virus : Définition, Structure et Classification
Multiplication des Virus des Animaux
Physiopathologie des Infections virales
Relation hôte-virus
Virus à ADN Herpesviridae
Autres virus à ADN : Adenoviridae, Papillomaviridae ,
Papovaviridae
Virus à ARN : virus respiratoires, Picornaviridae, Reoviridae,
Caliciviridae
Diagnostic Virologique
Traitement et Prévention des Infections Virales I
Traitement et Prévention des Infections Virales II
 Site de la Société Algérienne de
Microbiologie clinique: SAMIC

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