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Microbiologie et écologie microbienne

Ce document décrit les caractéristiques des différents types de micro-organismes, notamment les bactéries, les archées, les virus, les algues, les champignons, les protozoaires et les helminthes. Il contient de nombreuses informations sur leur structure, leur classification et leurs relations avec les êtres vivants.

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Microbiologie et écologie microbienne

Ce document décrit les caractéristiques des différents types de micro-organismes, notamment les bactéries, les archées, les virus, les algues, les champignons, les protozoaires et les helminthes. Il contient de nombreuses informations sur leur structure, leur classification et leurs relations avec les êtres vivants.

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HYGIÈNE

INDUSTRIELLE
QHSE ET GESTION DES RISQUES
INDUSTRIELS
Objectifs

Comprendre les bases de la microbiologie et de l’écologie


microbienne

Apprendre à maîtriser l’évaluation du risque biologique.

Décrire les mesures pour assurer l’hygiène et la sécurité sanitaire


d’une entreprise vis-à-vis des dangers
PROGRAMME

• 1. Les microorganismes et le monde vivant


• 2. Notion d’écologie microbienne / pouvoir pathogène
• 3. Méthodes d’élimination des microorganismes
• 4. L’écologie microbienne des aliments
• 5. Hygiène et salubrité alimentaire
• 6. Assurance qualité / Système HACCP
• 7. Le plan de maitrise sanitaire (PMS)
LES MICRO-ORGANISMES ET LE
MONDE VIVANT
Les microorganismes ???
= Microbes = Germes
Des organismes vivants invisible à l’œil nu,
et observables à l’aide d’un microscope
• Le terme de microbe regroupe l’ensemble des micro-organismes qui
sont des êtres microscopiques visibles uniquement au microscope,
ils sont capables de se nourrir, de respirer et de se reproduire de
façon autonome. On les appelle également protistes, ils sont de très
petite taille.
• Les micro-organismes constituent un groupe très diversifié qui
englobe : les virus, les bactéries, les champignons et les parasites.
• La microbiologie (du grec "mikros" = petit, "bios" = vie,"logia"= théorie,
science) est la science qui étudie les micro-organismes (organismes
microscopiques): bactéries (→bactériologie), virus(→virologie), parasites
(→ parasitologie), champignons (→ mycologie)...
• Découverte du microscope par Van Leeuwenhoek à la fin du XVIIème siècle
(loupe constituée d'une lentille biconvexe) qui permit d'observer les micro-
organismes ("animalcules").
• Essor de la microbiologie pendant la 2ème moitié du XIXème siècle avec les
travaux de Louis Pasteur (travaux sur les fermentations, mise au point de la
vaccination...), Robert Koch (postulats de Koch permettant de démontrer
qu'un micro-organisme est responsable d'une maladie), Iwanowski
(découverte des virus en 1892)...
• Utilisation des micro-organismes en génétique (science qui traite des
caractères héréditaires) du fait qu'ils sont faciles à cultiver et qu'ils se
reproduisent rapidement, en biologie moléculaire.
• ==> Essor actuel du génie génétique et des biotechnologies avec
leurs applications pour l'industrie, la santé,
l'environnement (production bactérienne d'hormones, facteur de
coagulation, de nouveaux vaccins, d'additifs alimentaires…)
RELATIONS DES MICRO-ORGANISMES (MO) AVEC LES ETRES VIVANTS

Les micro-organismes établissent des relations étroites avec les êtres


vivants. Seule une très faible proportion de ces M.O.
associés à l'homme ou aux animaux est capable de produire chez eux
des effets pathologiques ou une maladie infectieuse.
On peut alors les classer en 2 catégories:
- M.O. non pathogènes,
- M.O. pathogènes.
- ROLE ECOLOGIQUE DES MICRO-ORGANISMES???
L’ARBRE PHYLOGÉNÉTIQUE DE LA VIE
 Uni ou multicellulaires

 Petite taille : quelques µm  Grande taille jusqu’a100 µm

 Matériel génétique (ADN)  Matériel génétique (ADN)


diffus dans le cytoplasme entouré d’une membrane
nucléique = le noyau

 Absence d’organites  Présence d’organites délimités


par une membrane:

 mitochondrie, chloroplaste …
-Bactéries
-Archaea Procaryotes
-Virus
Structure acellulaire
-Algues
-Champignons Uni ou multicellulaire
-Protozoaires /Eucaryotes
-Helminthes

-PRIONS et VIROIDES
CARACTÉRISTIQUES DES MICRO-
ORGANISMES
• Procaryotes
• Paroi: Peptidoglycane
• Division: scissiparité
• Grande variété
morphologique,
physiologique et
métabolique
formes
Escherichia coli Bacillus thuringiensis

Streptococcus agalactiae Streptococcus pneumoniae


Actinomycètes

Streptomyces
Bactéries

Spore Forme sphérique :


cocci
Forme en bâtonnet

Bacillus Streptococcus

Une bactérie sporulante


Mode de regroupement : en chainette

Spores sont extrêmement résistant au agents


chimiques, à la chaleur et aux radiations
Chromosome
- absence de membrane nucléaire
- filament unique d’ADN bicaténaire,circulaire et surenroulé
- 1000 fois plus long que la bactérie
- protéines fixées dessus: ADN et ARN polymérases
•Membrane cytoplasmique
-nombreuses fonctions
• Responsable des échanges
- transferts passifs : barrière osmotique
- pénétration active et sélective : perméases
- sortie des protéines : systèmes de sécrétion
• Transmission des informations de l’environnement : protéine signal
• Enzymes de la chaîne respiratoire (même rôle que la mitochondrie dans la
cellule eucaryote)
• Cible de substances antibactériennes :
- phénols, antiseptiques cationiques
- antibiotiques polypeptidiques : fixation sur les phospholipides
•Paroi
•enveloppe rigide
•forme (exosquelette)
•protection
•contient la pression osmotique interne
•différente chez les Gram positif et les Gram négatif
•mais comporte un polymère commun, partie la plus interne :
•PEPTIDOGLYCANE = MUREINE = MUCOPEPTIDE: macromolécule (= sac
entourant la bactérie) de structure réticulée : chaines polysaccharidiques reliées par
des chainons peptidiques
Organisation de la paroi bactérienne
Bactérie Gram + Bactérie Gram -
• Procaryotes
• Absence du peptidoglycane
• Environnements extrêmes
• Plusieurs morphologies
• Acellulaire
• Composé de molécules
ADN ou ARN
• Entourées d’une coque de
protéine
• Et parfois d’une enveloppe
lipidique
• Se divisent seulement à
l’intérieur d’une cellule
hôte
• Eucaryotes
• Paroi: Cellulose
• Utilise l’énergie
photosynthétique
• Production d’oxygène et
d’autres composes
organiques: biogaz
• Diversité métabolique
Cyanobactéries

Spirochètes
• Moisissures:
Mycélium et
hyphes
• Levures:
unicellulaire
• Eucaryotes
Trypanosoma
• Utilisent de l’énergie
organique
• Peuvent être mobiles par
pseudopodes, cils, ou
flagelles Plasmodium

• La plus part sont libres


• ++ parasites, pathogenes

Paramecium
• Eucaryotes
• Animaux
multicellulaires
• Vers plats ou vers
rond Parasitaires
• Microscopique
dans certains
stades de cycle de
vie.
VIROIDES

Molécule à ARN dépourvue de capsule, infectieuse, plus petit pathogène


végétal connu. Il existe plus de 25 viroïdes qui varient selon les séquences
nucléotidiques. Le premier viroïde étudié est celui de tubercule de pomme
de terre responsable de pertes importantes dans l’industrie de la pomme de
terre.
Les viroïdes se disséminent par la propagation des plantes à travers les
cultures et par utilisation d’outils contaminés. Aucun traitement contre les
infections viroïdaires / destruction des plantes contaminées.
PRIONS
• La protéine prion scarpie (PrPc) est une protéine physiologique qu’on retrouve de
façon très conservée chez de nombreuses espèces. Son rôle est mal connu, mais la
protéine est présente dans la plupart des compartiments de l’organisme et
pourrait assurer de multiples fonctions cellulaires. Dans les neurones du cerveau, la
protéine prion devient infectieuse et pathogène en changeant sa conformation
tridimensionnelle : elle se replie sur elle-même de façon très serrée, ce qui la rend
hydrophobe, peu soluble et résistante à la dégradation.
• Les PrPsc s’agrègent entre elles et forment des dépôts qui se multiplient à
l’intérieur et à l’extérieur des cellules du cerveau, perturbant leur fonctionnement
et leurs mécanismes de survie. Aliments : viandes et surtout abats contaminés.
• Encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissibles (ESST): maladie de
Creutzfeldt-Jakob chez l’ homme et L'encéphalopathie spongiforme bovine (ESB)
chez l’animal.
-Bactéries
Procaryotes
-Archaea
-Virus structure acellulaire
-Algues
-Champignons
-Protozoaires Uni ou multicellulaire
/Eucaryotes
-Helminthes

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