Structure de l’ADN et machinerie de
réplication
1. La découverte et la structure de l’ADN
L’Acide Désoxyribonucléique (ADN) est le support matériel de l’hérédité.
Jusqu’au milieu du 20ème siècle, les biologistes croyaient que les protéines,
composées de 20 acides aminés différents, étaient les seules molécules
assez complexes pour stocker l’information génétique. L’ADN, avec ses 4
pauvres nucléotides, semblait trop “stupide”. Les expériences d’Avery,
MacLeod et McCarty (1944) puis de Hershey-Chase (1952) ont prouvé
formellement que l’ADN, et non la protéine, était le principe transformant.
En 1953, James Watson et Francis Crick (s’appuyant très lourdement sur les
clichés de diffraction aux rayons X volés à Rosalind Franklin) publient la
structure de l’ADN : la double hélice. Cette découverte est l’une des plus
grandes avancées de l’histoire des sciences car la structure dicte
immédiatement le mécanisme de la copie génétique.
1.1 L’anatomie d’un nucléotide
L’ADN est un long polymère (polynucléotide). Chaque brique (nucléotide) est
composée de trois éléments : 1. Un sucre : Le désoxyribose (un sucre à 5
carbones, amputé d’un atome d’oxygène sur le carbone 2’, ce qui confère à
l’ADN une énorme stabilité chimique contrairement à l’ARN). 2. Un
groupement phosphate : Il lie le carbone 5’ d’un sucre au carbone 3’ du
sucre suivant, formant le squelette (l’ossature) externe de la molécule. Les
phosphates étant chargés négativement, l’ADN est un acide très fort
(polyanion). 3. Une base azotée (hétérocyclique) : Pointant vers l’intérieur
de l’hélice. Il en existe 4 : l’Adénine (A) et la Guanine (G) (des purines à 2
cycles), la Thymine (T) et la Cytosine (C) (des pyrimidines à 1 cycle).
1.2 La règle de la complémentarité et l’antiparallélisme
La molécule d’ADN n’est pas un seul brin, mais deux brins torsadés. La
caractéristique suprême de l’ADN est la loi de complémentarité des bases
(Règles de Chargaff). À l’intérieur de l’hélice, l’espace physique est
strictement calibré (2 nanomètres de large). Il faut impérativement associer
une “grosse” base (purine) avec une “petite” base (pyrimidine). - L’Adénine
(A) s’associe exclusivement avec la Thymine (T) par 2 liaisons hydrogène.
- La Guanine (G) s’associe exclusivement avec la Cytosine (C) par 3 liaisons
hydrogène.
Pour que ces liaisons hydrogène puissent se former correctement (pour que
les atomes soient en face), les deux brins d’ADN doivent être
antiparallèles. Un brin court dans le sens 5’ vers 3’, tandis que le brin d’en
face court dans le sens inverse 3’ vers 5’.
2. Le mécanisme de la Réplication (Phase S)
Lorsqu’une cellule se divise (mitose), elle doit transmettre une copie
physiquement exacte de son manuel d’instruction (3.2 milliards de lettres
chez l’Homme) à chacune de ses deux cellules filles. C’est la réplication de
l’ADN, un processus qui se déroule pendant la phase S (Synthèse) du cycle
cellulaire.
Dès 1953, Watson et Crick avaient vu le coup de génie de la nature : puisque
A va forcément avec T et G avec C, chaque brin contient l’information
nécessaire pour reconstruire le brin opposé. Si l’on sépare les deux brins
(comme une fermeture éclair), chaque brin “vieux” sert de moule (matrice)
pour recréer un brin “neuf”. C’est le principe de la réplication semi-
conservative (prouvée par l’expérience de Meselson et Stahl en 1958).
La réplication n’est pas un phénomène passif ; c’est une usine nanométrique
d’une violence et d’une précision terrifiantes (le Réplisome), impliquant un
complexe de dizaines d’enzymes.
2.1 L’ouverture de l’hélice (Hélicase et Topoisomérase)
On ne peut pas lire un livre fermé. 1. L’Hélicase : Cette enzyme motrice se
fixe sur l’ADN et s’y déplace à la vitesse vertigineuse de 1000 paires de
bases par seconde en brisant les liaisons hydrogène pour séparer les deux
brins. C’est la charrue qui ouvre l’ADN. 2. La Topoisomérase (Gyrase) : Si
vous tirez brutalement sur les deux fils d’une corde torsadée, la corde va
sur-vriller en aval jusqu’à faire un nœud et bloquer net. L’hélicase fait la
même chose. Pour éviter que l’ADN ne casse sous la torsion, la
topoisomérase se place devant l’hélicase. Elle coupe virtuellement un des
brins de l’ADN pour relâcher la tension de torsion, le laisse tourner sur lui-
même, et le ressoude en une milliseconde.
2.2 La polymérisation (L’ADN Polymérase)
La machine qui fabrique le nouveau brin est l’ADN Polymérase III. Elle
saisit un nucléotide libre dans le noyau, vérifie qu’il est bien complémentaire
de la matrice (un T en face d’un A), et l’accroche à la chaîne en cours de
construction.
Cependant, l’ADN Polymérase souffre de deux handicaps majeurs : 1.
L’exigence d’une amorce : L’ADN Polymérase est incapable de
commencer une chaîne à partir de rien. Elle a besoin qu’une autre enzyme
(la Primase) vienne poser un petit morceau d’ARN temporaire (l’amorce)
pour lui offrir un point d’accroche (un groupement 3’-OH libre). 2. Le sens
unique obligatoire : L’ADN Polymérase est une machine unidirectionnelle.
Elle ne sait construire le nouveau brin que dans le sens 5’ vers 3’ (elle ajoute
le nouveau nucléotide sur le carbone 3’ du précédent).
2.3 Le drame du brin retardé (Les fragments d’Okazaki)
Ce sens unique pose un problème de géométrie insurmontable puisque les
deux brins matrices sont antiparallèles. - Sur l’un des brins matrices (le brin
3’ vers 5’), l’ADN Polymérase peut avancer de façon continue (Brin Précoce
ou Continu), exactement dans le même sens que l’hélicase qui ouvre la
fermeture éclair. Tout va bien. - Sur l’autre brin matrice (le brin 5’ vers 3’),
l’ADN Polymérase devrait théoriquement avancer en marche arrière par
rapport à l’hélicase. C’est physiquement impossible.
La nature a résolu ce problème de façon saccadée sur le “Brin Retardé”
(Lagging strand). L’ADN Polymérase attend que l’hélicase ait ouvert un grand
morceau d’ADN. Elle se fixe et polymérise un petit fragment d’ADN “à
rebrousse-poil” (sens 5’->3’), puis elle saute, se replace plus haut près de
l’hélicase, et recommence un nouveau petit fragment à l’envers. Ces milliers
de petits morceaux d’ADN hachés sont appelés les Fragments d’Okazaki.
Ensuite, une ADN Polymérase I passe derrière, détruit les amorces d’ARN
temporaires de la primase, les remplace par de l’ADN. Enfin, une dernière
enzyme, l’ADN Ligase (le tube de colle), passe pour souder définitivement
tous les fragments d’Okazaki entre eux, créant un brin d’ADN solide et
continu.
Malgré cette infernale complexité et une vitesse de 1000
nucléotides/seconde, l’ADN polymérase fait des erreurs (une sur 100 000).
Heureusement, elle possède une fonction “Proofreading” (Relecture) lui
permettant de reculer pour effacer sa propre erreur, abaissant le taux de
mutation final à 1 erreur pour 1 milliard de bases copiées.