GENERALITES -STRUCTURES GENERALES DES BACTERIES
ANATOMIE FONCTIONNELLE DES BACTERIES
APPLICATION AU DIAGNOSTIC.
Pr D. YALA
I.P.A
INTRODUCTION:
Les bactéries sont des micro-organismes unicellulaire.
Très diverses :
• écologie
• morphologie
• physiologie.
Bases communes :
•caractères structuraux
•fonctionnelles
•délimiter le monde bactérien
Progrès :
•Structure
•Physiologie
Intérêt :
•Equilibre biologique des espèces
•Outil des généticiens
Structure Fonctions
Résistance Adaptation
HISTORIQUE
Van Leuwenhook 1632-1723
HISTORIQUE
• Deux siècles plus tard est née la microbiologie
grâce aux travaux de Pasteur et Koch
• Fermentations putréfaction (microbe)
• Infections humaines et animales (Vaccins)
• En 1840 Henlé définissait les rapports de
spécificité entre le microbe et la maladie
correspondante
• PLACE DES MICRO-ORGANISMES
DANS LE MONDE VIVANT
• Les protistes supérieurs ou
« EUCARYOTES »
• Les protistes inférieurs ou
« PROCARYOTES »
• Caractères différentiels bact/Virus/Cell
ANATOMIE BACTERIENNE :
MORPHOLOGIE ET STRUCTURE
• MO classification ????
• Structures fines (ME ……)
• Structure fonction
• Morphologie des bactéries Tableau 1
• L’examen à l’état frais (objectif X 4O) ; nous renseigne sur la:
• Mobilité de la bactérie
• Forme de la bactérie
• La présence des spores ( préparation avec l’encre de chine)
• 2 - L’examen des préparations fixées et colorées (objectif X 1OO) par:
• Coloration au bleu de méthylène
• Coloration au Gram
• Coloration au Ziehl Neelsen
• nous renseigne sur l’affinité tinctoriale de la bactérie; la forme de la
bactérie et l’agencement des bactéries.
STRUCTURE BACTERIENNE
• La bactérie est une cellule vivante constituée d’éléments
obligatoires et d’éléments facultatifs.
• Les éléments obligatoires sont :
• * L’appareil nucléaire ou chromosome
• * Le cytoplasme
• * La membrane cytoplasmique
• * La paroi
• Les éléments facultatifs sont :
• * Le glycocalyx
• * Les cils ou flagelles
• * Les pili
• * Les plasmides.
• Une dernière structure bactérienne : La spore qui s’individualise par
le fait qu’elle représente à elle seule une bactérie entière mais sous
un aspect différent.
LES ELEMENTS OBLIGATOIRES
1- L’APPAREIL NUCLEAIRE :
• MO
• PIEKARSKI Robinow (formes variable selon
physiologie)
• ME (absence de Mbrane N. lien mesosome
« noyau Ptive– nucléoplasme »
• ARN structure compacte du noyau.
STRUCTURE DE L’APPAREIL
NUCLEAIRE
•
Un seul chromosome circulaire ADN
bicaténaire en double hélice (figure 1). Il
mesure en général prés de mille fois la
longueur de la bactérie ([Link]). L’appareil
nucléaire constitue le support de
l’information génétique donc de l’hérédité.
Structure de base : selon le schéma de Watson et Crick .
Double hélice de Succession des nucléotides
avec liaisons
L’ADN entre bases complémentaires
et polarité
Inversé des chaines
latérales.
ADN bicaténaire
Parenté entre bactéries : notions d’espèces
• Rapport des bases ou G+C pour 100
– Nombre de couple A-T et G-C
– Pble de séquences ??? et de polarité ????
• Hybridation ADN/ADN
– Une espèce bactérienne est définit par un taux
d’hybridation DNA/DAN de lus de 70%.
– Technique :
– Plus sensible que GC%
– Lien phylogénique
Enzymes de restriction
• Coupent l’ADN au niveau de séquences
nucléotidiques spécifiques.
• 1970, EcoR1 coupe l’ADN entre Guanine et
l’Adénine chaque fois qu’elle
• Rencontre la séquence nucléotidique suivante
G /AATTC
• Fragments de taille différents facilement
analysable
Séquençage
Séquenceur d’ADN
Lecture des séquences
Phylogenie
• - Au niveau génotypique se produit une évolution
permanente et à vitesse constante de manière
indépendante des changements phénotypiques ; une
« horloge moléculaire » qui semble rythmer l’évolution
du génome.
• - Gènes de ARNr; ARN polymérase qui sont des
gènes les plus phylogénitiquement informatifs , et qui
accomplissent des fonctions centrales de la
machinerie cellulaire.
• Arbre phylogénique universel obtenu par comparaison
de séquences 16S ARNr
• REPLICATION DE L’ADN:
– En 1958 Meselson et Stahl
– réplication est un processus semi-
conservatif.
LE CYTOPLASME:
Hyaloplasme
RIBOSOMES
INCLUSIONS
MEMBRANE CYTOPLASMIQUE
• La M.C. bact. est mince délimitant le
cytoplasme.
• ME : triple feuillets: deux feuillets denses
délimitant une couche claire
• Mésosome
Membrane cytoplasmique
Modèle membranaire « en mosaïque
fluide » Singer et Nicolson 1971
• Caractère chimique de la membrane
cytoplasmique des procaryotes
– Absence de stérols exception mycoplasme
Rôle Physiologique 1
• La membrane cytoplasmique joue un rôle essentiel dans
la vie bactérienne.
• C’est une membrane semi-perméable qui règle les
échanges entre le cytoplasme et le milieu extérieur :
• Concentration de substances dans le cytoplasme jusqu’à
500 fois par rapport à la concentration du milieu externe.
• Régulation osmotique permettant à la bactérie de
conserver ses ions essentiels.
• Régulation métabolique grâce à une perméabilité
sélective.
Rôle Physiologique 2
• Certaines molécules diffusent passivement à l’intérieur
de la bactéries, d’autre nécessitent un transport actif
utilisant des enzymes spécifiques appelées Perméase.
Ces dernières assurent l’entrée spécifique et active de
substances déterminées utiles au métabolisme
bactérien.
• Excrétion de diverses substances élaborées par la
bactérie comme les enzymes extra-cellulaires et les
exotoxines libérées par la bactérie. L’excrétion de ces
substances peut intervenir dans le pouvoir pathogène
des bactéries.
• D’autre part, la membrane cytoplasmique est le siège
des enzymes respiratoires apparaissant ainsi comme
l’équivalent fonctionnel des mitochondries des cellules
eucaryotes.
• La fonction d’endocytose et d’exocytose est absente
chez les procaryotes.
LA PAROI BACTERIENNE
• La paroi bactérienne est une structure
rigide retrouvée de manière quasi-
constante.
• Structure :
• Coloration de Gram
• ME
Peptidoglycane
–un polymère composé de chaines
linéaires de N-acétyl-glucosamine
(G) et d’acide N acétyl-
muramique(M).
• Les tretrapeptides :
Peptidoglycane
• CARACTERES PARTICULIERS A LA PAROI
DES BACTERIES A GRAM POSITIF:
– Le peptidoglycane représente 40 à 95% + acide
téchoïques
• CARACTERES PARTICULIERS A LA PAROI
DES BACTERIES A GRAM NEGATIF:
– Le peptidoglycane représente 20%
– Lipopolysaccharides
– Phospholipides et des proteines = Ag Somatique
= Endotoxine
– Régule les échanges entre le milieu ext. et le milieu int.
– Récepteur de bactériophage
Paroi des bactéries à Gram positif
BGP
Bactéries à Gram négatif
BGN
Composition de la ME (outer membran)
LPS + protéines
• 1- le LPS (ag + Toxine)
– Le LPS est une macromolécule complexe formée de
trois parties :
– Un lipide A formé d’acide gras à longues chaines,
– Un core oligosacharidique avec N-acetyl
glucosamine, glucose, galactose, heptose et KDO (2
ceto-3-deesoxyoctonate) molécule qui assure
l’ancrage au lipide A
– Et une chaine polyosidique latérale conférant la
spécificité O constituée d’unités osidiques répétitives.
• Propriétés du LPS
• Résistance aux antibiotiques
• Résistance aux sels biliaires
• Résistance aux lipases et au lysosyme
2- les protéines
• Parmi les protéines ( Outer Membran Protein) (OMP) on
distingue :
• Les protéines majeurs qui représentent 70% des
protéines de la membrane
• Porines :
– Omp C ; OmpD et Omp F (diffusion passive non spécifique des
solutions acqueuses
– Lam B et Tsx (phage λ et phage T6) isolées chez [Link].
Passage spécifique des oligosaccharides dérivés du maltose et
des nucléosides.
– Protéines mineurs impliquées dans le transport spécifique des
petites molécules
• Omp A ??? Recepteur de conjugaison ???
PROTOPLASTES;
SPHEROPLASTES; FORMES L :
• Gram + Protoplaste
• Gram - Sphéroplaste
• Involution bactérienne Forme L
Rôle de la paroi
• La paroi bactérienne joue un rôle
protecteur (protection contre le choc
osmotique et confère aux bactéries leur
forme particulière).
• Antigénique porte l’antigène 0 somatique
• Porte les sites récepteurs de
bactériophages.
PERIPLASME
• On appelle périplasme l’espace situé entre
la membrane cytoplasmique et la paroi
pour les bactéries à Gram positif et entre
la membrane cytoplasmique et la
membrane externe chez les bactéries à
Gram négatif. Cet espace contient un
certain nombre d’enzymes qu’on nomme
enzymes périplasmiques.
LES ELEMENTS FACULTATIFS
Ce sont des éléments qui ne sont pas retrouvées chez
toutes les bactéries ; leur absence n’entraine pas la
mort bactérienne.
• GLYCOCALYX :
• C’est tout composé renferment des polysaccharides et
situé à la surface de la paroi des bactéries à Gram
positif ou situé à la surface de la membrane externe des
bactéries à Gram négatif.
• Les glycocalyx peuvent être subdivisés en deux
catégories :
– Les capsules
– Les slimes
• Les capsules :
• Les Slimes : ( couche muqueuse )
Rôle du glycocalyx:
• Aurait un rôle dans l’adhérence des bactéries
sur un certain nombre de cellules.
• Joue un rôle de protection.
• La capsule représente un facteur de virulence
responsable du pouvoir pathogène de la
bactérie (ex: pneumocoque).
• La capsule est le support de l’antigénicité K (Ag
K) pour l’ientification bactérienne (agglutination
avec des sérums spécifiques).
Capsule
LES FLAGELLES :
• Les flagelles ou cils . Ils présentent un
double intérêt, comme organites
locomoteurs conférant la mobilité d’une
part, comme support de l’antigénicité H
d’autre part.
LES PILI :
• Les pili sont des filaments rigides retrouvés à la surface
de la bactérie. Il existe deux variétés:
• Les pili communs : ou Fimbrae
– Ce sont des courts filaments (0,3 à 1 micron de long sur 7
millimicrons de large). Le nombre de fimbrae par bactérie est
éminemment variable (de quelques-uns à plusieurs milliers).
– Pilline.
– Rôle
– ex: l’adsorption du gonocoque à la surface des cellules
épitheliales urétrales est due à l’affinité des pili communs pour
ces derniers et représente la première étape l’infection
gonococcique).
• Les pili sexuels:
– Ils sont plus longs mesurant jusqu’à 20 microns de long pour 8
à 9 millimicrons de diamètre.
– 1 à 4 par bactérie).
– Codés par un plasmide ( le facteur F) .
Structure des pili
LES PLASMIDES:
Les plasmides sont des fragments d’ADN bicaténaire extra-
chromosomique de taille variable(1 pour 1000 à 1 pour
100 de la taille du chromosome bactérien).
• «surenroulée »
• Plusieurs de spécificité différente dans une même
bactérie.
• «replicons ».
• Transfért conjugaison transduction. érie donatrice à
la bactérie réceptrice.
• Principaux types de plasmides :
– Le facteur F ou facteur sexuel (F+) .
– Les plasmides de résistances aux antibiotiques. :
– Plasmides codant pour la synthèse de toxines
– Plasmides codant pour des fonctions métaboliques (fermentation
de certains sucres, utilisation de certains acides aminés).
La spore
• Propriétés de la spore :
• Thermorésistance :
• La plupart des espèces bactériennes sporulées résistent à 100°C. Il
est nécessaire d’atteindre 170°C en chaleur sèche ( poupinel) durant
20 à 30 minutes pour les détruire. En chaleur humide (autoclavage)
la stérilisation exige une température de 120°C en moyenne
pendant 15 à 20 minutes car l’hydratation rend les spores plus
sensibles à la chaleur.
• - Résistance aux radiations ( X ; UV )
• - Résistance aux antiseptiques aux doses actives sur les
formes végétatives
• - Résistance aux solvants organiques ( Octanol ; Ethanol ;
Chloroforme ).
• - Résistance aux antibiotiques.
• Elles sont par contre sensibles au formol ; à l’oxyde d’ethylène et à
la béta propriolactone.
APPLICATION AU DIAGNOSTIC 1
• Le diagnostic en bactériologie repose sur un certain nombre de
renseignements que fournit la bactérie concernant sa structure, sa
physiologie, son antigénicité, l’élaboration d’enzymes, de toxines.
• L’examen microscopique permet d’apprécier un certain nombre de
paramètres:
• - L’examen dit à « état frais » consiste à observer le produit
pathologique entre lame et lamelle. Il renseigne sur la présence de
bactéries, sur leur forme et sur leur mobilité.
• - L’examen après coloration peut se faire par différentes
techniques, certaines sont simples:
• * Coloration au bleu de méthylène :
• Cette technique permet de voir la forme des bactéries ( coque,
bacille etc....)et leur disposition ,de même qu’elle renseigne sur la
présence et le type de certaines cellules retrouvées au niveau du
foyer infectieux(polynucléaires, lymphocytes).
APPLICATION AU DIAGNOSTIC 2
• D’autres sont dites complexes:
• * Coloration de Gram:
• C’est une technique largement utilisée dans le diagnostic
bactériologique.
• Outre l’aspect morphologique, cette coloration renseigne sur le type
de paroi de la bactérie ce qui représente un argument diagnostique
important dont peut d’écouler l’attitude thérapeutique du praticien
(on ne traite pas de la même manière une infection à Gram positif et
une infection à Gram négatif).
• Enfin, certaines colorations sont dites « spéciales » :
• * Exemple la coloration de Ziehl Neelsen des mycobactéries,
famille dont fait partie le bacille de la tuberculose (Mycobacterium
tuberculosis) et le bacille de la lèpre (Mycobacterium Leprae).
APPLICATION AU DIAGNOSTIC 3
• L’examen microscopique peut dans certains cas suffire
pour poser un diagnostic:
• - La mise en évidence de bacille coloré par la
technique de Ziehl Neelsen dans des expectoration suffit
dans la majorité des cas pour diagnostiquer une
tuberculose pulmonaire.
• - L’examen microscopique d’un pus urétral montrant
la présence de diplocoque en grain de café, à Gram
négatif intra-cellulaire pose à lui seul le diagnostic
d’uretrite gonococcique.
• Mais dans la majorité des cas, cet examen représente la
première étape du diagnostic bactériologique et permet
d’orienter les techniques d’isolement et d’identification
du germe responsable.