L A C H I M I E B I O - O R G A N I Q U E

LA CHIMIE BIO-ORGANIQUE

Floris Chevallier
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La chimie bio-organique

Introduction
Molécules bio-organiques
Sucres
Nucléotides
Peptides
Synthèse peptidique
Bibliographie

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Introduction
La chimie bio-organique

Étude de la structure, des interactions et des réactions des composés organiques

dans les systèmes biologiques

À l’interface entre la biochimie et la chimie organique

Notions de biologie, chimie théorique, chimie médicinale, chimie supramoléculaire,

catalyse, chimie analytique…

But : approfondir la compréhension des systèmes biologiques et s’en inspirer

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Introduction
La chimie bio-organique

Nécessité d’avoir une caractérisation détaillée des systèmes bio-organiques au

niveau structural (composition, structure tridimensionnelle, interactions)

→ modification et utilisation de ces systèmes : synthèses à partir de précurseurs

naturels, utilisation d’enzymes

→ imitation de ces systèmes : développement de procédés organiques

biomimétiques, de nouveaux matériaux

→ rationnaliser et optimiser les interactions avec les systèmes biologiques

pour développer de nouveaux médicaments

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Molécules bio-organiques
Sucres, nucléotides, peptides…

Dipeptide constitué d’acide aspartique et de l’ester méthylique de la phénylalanine ?

→ aspartame = édulcorant artificiel avec un pouvoir sucrant 180 fois supérieur

à celui du saccharose (glucose + fructose)

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Molécules bio-organiques
Les sucres
Définitions IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry)

Sucres : terme vague incluant monosaccharides et petits oligosaccharides

Glucides : composés organiques contenant un groupement carbonyle (aldéhyde ou

cétone) et au minimum deux fonctions hydroxyle
historiquement : composés de formule Cn(H2O)n → carbohydrates
Monosaccharides (oses) : aldoses, cétoses et dérivés pouvant être oxydés, désoxygénés,
substitués, alkylés, acylés…

Aldoses : sucres comportant une fonction aldéhyde (polyhydroxyaldéhydes) et leurs

hémiacétals intramoléculaires

Cétoses : sucres comportant une fonction cétone (polyhydroxycétones) et leurs

hémiacétals intramoléculaires
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Molécules bio-organiques
Hémiacétals intramoléculaires
Équilibre entre différentes structures cycliques (furaniques, pyraniques) et acycliques

Ex : D-glucose Mutarotation : variation du pouvoir rotatoire par épimérisation (du carbone hémiacétalique)

~36% ~64%

ppm ppm

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Molécules bio-organiques
Chimie des sucres
Importance des groupements protecteurs : alcools primaires / secondaires / vicinaux
+ oxydations / réductions

Ex : synthèse d’un tétrasaccharide,

motif d’un polysaccharide produit par
une bactérie (Azospirillum brasilense)

Carbohydr. Res. 2015, 406, 65-70.

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Molécules bio-organiques
Chimie des sucres
Les sucres : auxiliaires

Ex : déproto-métallation diastéréosélective d’esters ferrocéniques dérivés de sucres

Eur. J. Org. Chem. 2011, 3715-3718. RSC Adv. 2012, 2, 7030-7032. Tetrahedron 2014, 70, 2102-2117.

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Molécules bio-organiques
Nucléotides
Biomolécule organique élément de base de l’ARN, ADN et ATP/ADP : (sucre + base + phosphate)

→ support à l’information génétique, stockage de l’énergie, messagers cellulaires

acide ribonucléique
ARN : R = OH, polymère, 4 bases
ADN : R = H, polymère, 4 bases

ADP/ATP : R = OH, non polymérique,

2/3 phosphates, base = adénine

adénosine tri(di)phosphate acide désoxyribonucléique

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Molécules bio-organiques
Appariement
Les bases nucléiques adénine et thymine (uracile), cytosine et guanine peuvent s’assembler

purines pyrimidines

→ auto-assemblage des paires canoniques

complémentaires (Watson-Crick)
A-T(U) et C-G par liaisons hydrogène

- liaisons hydrogène entre les brins

- interactions d’empilement (π stacking)
→ structure tridimensionnelle en double
Nature 1953, 171, 737-738. hélice pour deux brins d’ADN
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Molécules bio-organiques
Appariement des bases nucléiques
Application en synthèse : formation de ligands bidentates
Denticité : nombre d’atomes qu’un ligand peut lier à un atome (métal) central

→ contrôle de l’énantiosélectivité

→ contrôle de la régiosélectivité

Supramolecular Catalysis 2008, P. W. N. M. van Leeuwen.

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Molécules bio-organiques
Appariement des bases nucléiques
Application en synthèse : formation de ligands bidentates

m ligands monodentates aminopyridine différents + n ligands monodentates

isoquinolone différents
→ bibliothèque combinatoire de (m x n) ligands bidentates hétérodimériques
auto-assemblés par liaisons hydrogène

Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 6816-6825.

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Molécules bio-organiques
Appariement des bases nucléiques
Application en synthèse : formation de ligands bidentates

Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 1640-1643.

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Molécules bio-organiques
Les protéines
Polymères d’acides α-aminés combinés

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Molécules bio-organiques
Les acides aminés
Acides aminés essentiels : ne peuvent être synthétisés de novo = apport par l’alimentation

8 acides aminés essentiels pour l’être humain :

Les autres sont biosynthétisés :

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Molécules bio-organiques
Biosynthèse des acides aminés

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Molécules bio-organiques
Biosynthèse des acides aminés

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Molécules bio-organiques
Biosynthèse des protéines
ADN → → → protéine

1- Transcription dans le noyau cellulaire = copie de l’ADN bicaténaire en ARN

messager monocaténaire (thymine → uracile, désoxyribose → ribose )

2- L’ARNm traverse les pores nucléaires et gagne le ribosome à travers le cytoplasme

Ribosome = organite ribonucléoprotéique (ARN + protéines)

3- Traduction de l’ARNm en protéine :

- codon (trois nucléotides) d’initiation, généralement adénine-uracile-guanine
- le ribosome parcourt l’ARNm, un codon code pour un acide aminé, la protéine
est synthétisée depuis l’extrémité N-terminale vers l’extrémité C-terminale
- terminaison de la synthèse protéique une fois le codon-stop (UAA, UGA ou UAG) atteint
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Molécules bio-organiques
Biosynthèse des protéines
ADN → → → protéine

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Molécules bio-organiques
Biosynthèse des protéines
Ribosome, trois sites impliqués dans la synthèse protéique :
site P (protéine), site A (acide aminé), site E (exit)

Longévité DVD  50 ans, livre  500 ans, ADN > 5000 ans…
Application du codage de l’ADN :
→ Stockage de données sur des brins d’ADN, théoriquement une capacité de 215 pétaoctets
par gramme d’ADN (P = 1015)… pour l’instant coûts prohibitifs
Science 2017, 355, 950-954.
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Molécules bio-organiques
Synthèse peptidique
Formation d’une liaison peptidique peu favorable → agents de couplage
Sélectivité :

+ tripeptides…

→ utilisation de groupements protecteurs

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Molécules bio-organiques
Synthèse peptidique
Deux grandes familles de synthèse peptique :

- synthèse en phase liquide (classique)

- synthèse sur support solide = synthèse de (R. Bruce) Merrifield, prix Nobel de chimie 1984
Peptide lié de manière covalente à un espaceur fixé sur une résine insoluble
→ facilite la purification et l’automatisation
- polystyrène (+ divinylbenzène pour la réticulation)

résine de Wang résine de Merrifield

- polyéthylène glycol

→ Résines disponibles commercialement avec différents taux de substitution

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Molécules bio-organiques
Synthèse peptidique
Approche itérative, synthèse de l’extrémité C-terminale vers l’extrémité N-terminale

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Molécules bio-organiques
Synthèse peptidique
Les agents de couplage permettent en général d’activer l’acide carboxylique
→ les carbodiimides

Carbodiimides souvent utilisés avec des

hydroxyaryltriazoles pour éviter l’épimérisation

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Molécules bio-organiques
Synthèse peptidique
Les agents de couplage permettent en général d’activer l’acide carboxylique

→ les sels d’uronium

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Molécules bio-organiques
Synthèse peptidique
Réactions secondaires

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Molécules bio-organiques
Synthèse peptidique
Réactions secondaires

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Molécules bio-organiques
Groupements protecteurs
Groupements protecteurs orthogonaux = conditions de déprotection différentes

Les groupements protecteurs usuels pour les acides carboxyliques :

ester méthylique, tert-butylique ou silylé
Les groupements protecteurs usuels pour les amines :
carbamates Boc, Cbz ou Fmoc

→ protéger également les chaînes latérales des acides aminés

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Molécules bio-organiques
Groupements protecteurs des acides carboxyliques
Ester méthylique

Ester tert-butylique

Ester silylé

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Molécules bio-organiques
Groupements protecteurs des amines
tert-Butoxycarbonyle (Boc)

Carboxybenzyle (Cbz ou Z)

Fluorénylméthoxycarbonyle (Fmoc)

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Bibliographie

Dictionary of Carbohydrates - P. M. Collins

The Organic Chemistry of Sugars - D. E. Levy, P. Fügedi
Supramolecular Catalysis - P. W. N. M. van Leeuwen
Amino Acid and Peptide Synthesis - J. Jones
Biochimie - J. Berg, L. Stryer, J. Tymoczko
Chimie Organique - J. Clayden, N. Greeves, S. Warren
Biochimie - D. Voet, J.-G. Voet
Organic Chemistry, Structure and Function - K. P. Vollhardt, N. E. Schore

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