Faculté des Sciences de la Santé – Université de Lomé Année universitaire 2022 - 2023
GENERALITES ET EPIDEMIOLOGIE DES
MALADIES INFECTIEUSES
Objectifs
-Définir : infection, toxi-infection, zoonose, infestation, cluster, maladie
émergente, sérum, vaccin, immunisation.
-Décrire les différents agents infectieux.
-Décrire les domaines d’activité de l’épidémiologie des maladies infectieuses.
-Décrire les mécanismes de contamination.
-Décrire l’évolution des maladies infectieuses.
-Décrire les différents types de vaccins.
-Citer les piliers de prévention des maladies infectieuses en santé publique.
I. Définitions de quelques concepts
I.1 Infection
L’infection est l’ensemble des manifestations cliniques et biologiques
consécutives à la pénétration dans l'organisme d'agents pathogènes
microscopiques et vivants appelés micro-organismes agents infectieux.
I.2 Agents infectieux
Êtres vivants dits pathogènes car susceptibles d’entraîner des infections ou
des toxi-infections.
Les agents infectieux sont des organismes appartenant à l’une des 4 familles
suivantes : bactéries, virus, parasites, champignons microscopiques ou êtres
inanimés (toxines).
I.1.1 Bactéries
Ce sont des micro-organismes formés d’une seule cellule et ils ont la
possibilité de se multiplier de façon spontanée. Les bactéries sont formées
d’ADN et chaque groupe de bactérie à des caractéristiques particulières qui
permettent de les identifier. On différentie la bactérie :
-Selon leur forme : ronde = cocci ou allongée = bacille.
-Selon les caractéristiques de la paroi : les différentes bactéries peuvent être
colorées ou non lors de l’examen au microscope. La coloration la plus utilisée
est la coloration de Gram : Gram positif (paroi et membranes colorées en
violet) ; Gram négatif (paroi et membranes colorées en rose).
-Une bactérie qui a besoin d’oxygène pour se développer est dite aérobie
sinon elle est dite anaérobie.
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Les Bactéries : donnent des maladies bactériennes → on parle
spécifiquement d’infections.
I.1.2 Virus
Ce sont des micro-organismes formés d’ADN ou d’ARN recouvert d’une
enveloppe. Ils n’ont pas la possibilité de se multiplier de façon autonome. Ils
doivent pénétrer à l’intérieur des cellules de l’organisme vivant et se
multiplier. Quand ils sont assez nombreux la cellule est détruite, ce qui libère
une grande quantité de virus qui infectent d’autres cellules.
Les Virus donnent des maladies virales ou viroses → on parle spécifiquement
d’infections.
I.1.3 Parasites
Ils sont formés de plusieurs cellules. Au cours de leur existence ils subissent
un certain nombre de transformations. Ces transformations peuvent
s’effectuer dans le milieu extérieur, chez l’être humain ou chez les animaux.
L’ensemble de ces transformations est nécessaire à la reproduction du
parasite.
Les Parasites donnent des maladies parasitaires ou parasitoses → on parle
d’infestation.
Infestation : envahissement d’un organisme vivant par un parasite non
microbien.
On distingue les ectoparasites et les endoparasites.
Un ectoparasite est un parasite externe qui vit à la surface corporelle d’un
être vivant.
Un endoparasite est un parasite habitant à l’intérieur de son hôte.
I.1.4 Champignons
Les champignons sont des micro-organismes d’origine végétale qui se
multiplient de façon autonome et qui entraîne des pathologies graves
uniquement chez les patients immunodéprimés.
Les Champignons donnent des mycoses → on parle également d’infestation.
I.3 Endémie
Persistance de cas d’une maladie dans un lieu donné pendant une longue
période.
Exemples : tuberculose, paludisme.
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I.4 Épidémie
Apparition d’un nombre anormalement élevé de cas d’une maladie,
concentrés dans le temps et dans l’espace.
I.5 Maladie endémo-épidémique
C’est la persistance de cas d’une maladie dans un lieu donné pendant une
longue période avec des épisodes épidémiques.
I.6 Pandémie
Endémie ou épidémie qui surviennent dans une zone géographique très
étendue telle qu’un continent ou la planète entière.
Exemples : COVID-19, infection à VIH.
I.7 Cluster ou grappe de cas
Agrégat temporo-spatial de cas dont le nombre est perçu comme élevé.
I.8 Maladie émergente
Infection nouvelle ou qui réapparaît ou dont l’incidence a augmenté lors des
2 dernières années ou qui risque d’augmenter dans un futur proche ou
devenue résistante aux anti-infectieux (OMS).
Exemple : COVID-19.
I.9 Définition de cas
Il s’agit des définitions génériques de cas pour la plupart des maladies
endémiques et épidémiques que chaque pays adapte en fonction de ses
priorités.
L’objectif est d’identifier autant de cas que possible, sans inclure de faux cas.
Les cas sont définis du plus sensible au plus spécifique et généralement
formulés comme suit :
- Cas possible : personne suspectée d’avoir la maladie mais sans évidences
fortes ou confirmation de laboratoire (définition la plus sensible, donc
susceptible de générer le moins de faux négatifs).
- Cas probable : cas possible pour qui il y a des circonstances fortes
d’infection (contact avec un cas connu).
- Cas confirmé : personne pour qui il existe des évidences cliniques et/ou
biologiques de l’infection (définition la plus spécifique donc susceptible de
générer le moins de faux positifs).
Les définitions de cas pour la surveillance ne correspondent pas toujours à la
définition de cas utilisée en clinique de routine. Lors d’une investigation, des
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notions de temps (dates de l’épidémie) et d’espace (où se situe l’épidémie)
seront ajoutées aux définitions génériques de cas.
II. Epidémiologie des maladies infectieuses
II-1 Définition
L’épidémiologie est l’étude de la distribution des maladies et de leurs
déterminants dans la population humaine.
Elle permet de connaître l’ampleur et la distribution des phénomènes
morbides, d’identifier des facteurs de risque et de mesurer l’efficacité des
interventions.
II-2 Domaines d’activité de l’épidémiologie
Épidémiologie descriptive
C’est l’approche quantitative des maladies ou la description de la répartition
des maladies dans le temps, dans l’espace au sein d’une population ainsi que
les personnes concernées ou selon l’âge, le sexe, l’activité professionnelle.
L’épidémiologie descriptive dispose de 3 mesures principales :
-La mortalité : renseigne sur la gravité et s’exprime par le taux annuel de
décès dus à une maladie donnée ;
-L’incidence : donne la fréquence et s’exprime par le taux annuel de
nouveaux cas d’une maladie ;
-La prévalence : est le nombre de cas d’une maladie, présents dans la
population à un moment donné ; elle est calculée à partir de l’incidence et de
la survie des malades. Elle mesure l’offre de soins à fournir (prévention,
diagnostic, traitement, suivi) pour contrôler cette maladie.
Tous ces indicateurs sont calculés globalement, mais aussi par genre et par
classe d’âge.
Épidémiologie analytique
L’épidémiologie analytique (épidémiologie explicative ; épidémiologie
étiologique) a pour but d’étudier des
facteurs susceptibles de favoriser la survenue de maladies.
C’est l’étude des causes des phénomènes de santé, des facteurs influençant
l’apparition de ces phénomènes.
Épidémiologie évaluative
Elle s’intéresse à la mesure de l’efficacité des actions de santé menées, sans
omettre les impacts, positifs ou négatifs, non recherchés par les promoteurs
de l’action.
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Elle évalue les résultats des actions et
interventions dans le domaine de la santé.
I.2 Détermination d'une maladie infectieuse
La détermination d’une maladie infectieuse est :
–soit directe: multiplication du germe après pénétration dans l'organisme ;
–soit indirecte par des toxines ou substances toxiques secrétées ou
élaborées par le germe ou micro-organisme ; on parle de toxi-infection.
La toxi-infection est l’état infectieux provoqué par une toxine microbienne
ou substance toxique élaborée par un micro-organisme ou agent infectieux.
Exemples : tétanos, diphtérie, choléra…
Les maladies infectieuses peuvent être transmissible/contagieuse (voie
aérienne, digestive, sexuelle, ...) ou non.
Une maladie transmissible est une maladie pouvant passer d'une personne
infectée à une autre personne non infectée.
II. Mécanismes de contamination ou de transmission des maladies
infectieuses
II.1 Réservoir des germes
Les micro-organismes peuvent se trouver dans le milieu extérieur ou milieu
naturel : l’eau, la terre, l’air. Ils peuvent aussi se trouver chez les animaux,
chez un patient malade et chez un porteur sain, dans le sang et produits
dérivés du sang ou greffons contaminés et le matériel médical contaminé.
II.2 Modes de contamination
La compréhension du mode de transmission des infections permet de
proposer des mesures de protection individuelles et collectives adaptées à la
population réceptive, aux malades et au personnel soignant.
Transmission directe
Elle nécessite un contact entre la personne infectée et la personne saine.
–Voie aérienne ou aéroportée : par l’intermédiaire des aérosols,
gouttelettes de salive, spores.
Exemples : Tuberculose pulmonaire (à microscopie positive+++), peste
pulmonaire, méningite cérébrospinale, diphtérie, coqueluche, fièvre Q,
légionellose, nocardiose, lèpre, SRAS, COVID-19, rougeole, oreillons grippe,
varicelle, infection à rhinovirus, adénovirus, EBV, CMV, VRS, Hantavirus ;
fièvres hémorragiques (Arenaviridae), pneumocystose, aspergillose,
cryptococcose, cocidioïdomycose, histoplasmose, rhinosporidiose.
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–Voie manuportée ou transmission oro-fécale ou digestive : les mains sont
souvent le vecteur, quand les conditions d’hygiène sont précaires, entre la
source fécale et l’ingestion déterminant ainsi les infections entériques.
Exemples : Salmonelloses, shigelloses, yersiniose, infection à Campylobacter
sp., choléra, brucellose, botulisme, listériose, Escherichia coli
entéropathogènes, Helicobacter pylori, Clostridium difficile, virus de
l’hépatite A, virus de l’hépatite E, rotavirus, astrovirus, calicivirus,
coronavirus, virus ECHO et coxsackies ; poliomyélite, amoebose, giardiose,
ascaridiose, trichocéphalose, oxyurose, tæniasis, ankylostomose,
distomatoses, cysticercose, trichinose, dracunculose, cryptosporidiose,
microsporidioses, isosporose.
–Voie sexuelle pour les infections sexuellement transmissibles : Syphilis,
Infection VIH, Hépatite B,…
Exemples : Syphilis, gonococcie, chlamydioses génitales, mycoplasmoses,
chancre mou, donovanose, infection à VIH, HPV, herpès.
–Voie sanguine ou parentérale : le sang est susceptible de transmettre les
virus, des bactéries et des parasites ; à l’occasion d’une transfusion, d’un
accident d’exposition au sang.
Exemples : Syphilis, hépatite virale B, hépatite virale C, VIH, virus T-
lymphotrope humain (HTLV), Cytoméglovirus, fièvres hémorragiques,
maladie de Chagas, paludisme.
–Transmission de l'animal à l'homme : on parle de zoonose.
Les zoonoses sont des infections qui se transmettent des animaux vertébrés
à l’homme, et vice versa.
Les pathogènes peuvent être des bactéries, des virus ou des parasites. La
transmission de ces maladies se fait soit directement, lors d’un contact entre
un animal et un être humain, soit indirectement par voie alimentaire ou par
l’intermédiaire d’un vecteur arthropode.
Exemples : Rage, Peste, Brucellose, Leishmanioses, Leptospirose,
Trypanosomiase Humaine Africaine, Maladie à virus Ebola, Tuberculose
bovine, Fièvre hémorragique à virus de Lassa, Maladie à coronavirus-19,….
Transmission indirecte
Il existe un intermédiaire entre la personne infectée et la personne saine.
L’intermédiaire peut être :
- une autre personne ;
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- l'eau et les aliments contaminés : Amibiase, Choléra, Fièvre typhoïde,
Bilharziose…
- le sol : Ascaridiose, Ankylostomiase,…
– les insectes ou arthropodes (moustiques, mouches, tiques) vecteurs de
plusieurs maladies d’origine humaine (paludisme transmis par l’anophèle) ou
animale (Fièvre jaune transmise par des moustiques), rickettsioses,
borrélioses, bartonelloses, arboviroses, filarioses lymphatiques,
onchocercose, loase, trypanosomose africaine, maladie de Chagas...
Transmission verticale
Elle se fait de la mère à l’enfant par la voie transplacentaire et/ou au moment
de l’accouchement (VIH, Hépatite B, Syphilis, Toxoplasmose,…).
Exemples : Syphilis, bactériémies, rubéole, hépatite virale B, VIH,
Cytomégalovirus, virus herpès simplex, parvovirus B19, listériose,
toxoplasmose, maladie de Chagas, paludisme.
II.3 Portes d'entrées des germes
La porte d’entrée du micro-organisme est la 1ère zone de l’organisme atteinte
par le germe ça peut être la peau, les muqueuses (buccale, ORL, génitale,
pulmonaire, digestive), les plaies et les interventions chirurgicales.
Exemples :
-Peau : Furoncles, Panaris,…
-Bucco-pharyngées : Angine, Cellulite,…
-Oto-Rhino-Laryngologique (ORL) : Otite, Sinusite,…
-Broncho-pulmonaires: Pneumonies, Broncho-pneumonies…
-Digestives : Appendicite, Péritonite,…
-Uro-génitales : Cystites, Salpingite, Endométrite,…
-Iatrogènes : cathéters veineux, sondes vésicales,…
-Les plaies ;
-Les interventions chirurgicales.
III. Evolution et terminaison des maladies infectieuses
III.1 Evolution des maladies infectieuses
-Incubation : période s’écoulant entre la contamination de l’organisme par
un agent pathogène infectieux et l’apparition des premiers signes de la
maladie ou le début de la maladie (absence de symptômes).
-Invasion : période succédant à la phase d’incubation d’une maladie
infectieuse et caractérisant le début de la maladie; souvent les symptômes
sont apparents.
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-Période d'état : présence de tous les signes de la maladie infectieuse :
infection locale, locorégionale, septicémie.
III.2 Terminaison de l’infection
En dehors de l'évolution mortelle, l'organisme peut sortir de l'infection :
– soit, non modifié = guéri, rechute (la maladie n'est pas terminée, mais
reprise clinique et/ou biologique), récidive ;
– soit, modifié = allergie ;
– soit, immunisé (immunisation) = impossibilité de refaire la même maladie.
L’immunisation est l’ensemble des circonstances qui déclenchent, chez un
individu, une réaction immunitaire permettant à l’organisme de se défendre
contre un élément étranger (micro-organisme), nommé antigène.
L’immunité dans les maladies infectieuses est soit :
– naturelle (peu fréquente) lorsque l’organisme est spontanément en
contact avec des agents de l’environnement pénétrant par ingestion, par
inhalation ou par effraction cutanée ou muqueuse ;
– acquise :
active : après avoir fait la maladie infectieuse ou après une vaccination;
passive ;
acquise par la mère pour le nouveau-né.
IV. Traitement des maladies infectieuses
On distingue deux types de traitement ; le traitement curatif et le traitement
préventif.
On parle de traitement curatif pour soigner une personne déjà atteinte de la
maladie.
Le traitement préventif est pour éviter qu’une personne saine développe la
maladie ou pour diminuer la gravité de cette maladie.
Le traitement curatif en général fait appel aux :
Antibiotiques
Les antibiotiques ne sont actifs que sur les bactéries pas sur les virus. Il existe
plusieurs classes d’antibiotiques.
Antiviraux
Ce sont des produits qui doivent détruire les virus sans détruire la cellule
dans laquelle se trouve les virus (+ difficile à la fabrication).
Antifongiques et antiparasitaires.
Sérums
Préparation contenant un anticorps spécifique ou immunoglobulines (Ig)
utilisés en injection et dirigés contre une bactérie, un virus ou une toxine.
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Le traitement préventif fera appel aux :
Sérums
Procurent une immunité passive et de courte durée.
Vaccins (vaccination)
Un vaccin est une préparation antigénique qui a pour but d’induire chez la
personne vaccinée une réponse immunitaire spécifique d’un agent
pathogène capable de le protéger contre l’infection naturelle ou d’en
atténuer les conséquences.
Le but de la vaccination est de faire fabriquer à l’organisme ses propres
anticorps dirigés contre une bactérie un virus ou une toxine.
La vaccination procure une immunité active retardée et de durée prolongée.
Il existe 3 types de vaccins :
Vaccins vivants atténués
Les vaccins vivants atténués sont dérivés d’agents pathogènes à l’origine de
la maladie (virus ou bactéries) qui ont été atténués en laboratoire et rendus
incapables de provoquer la maladie chez un individu aux défenses
immunitaires normales.
Les vaccins vivants atténués ne sont pas utilisés sur un patient
immunodéprimé, ainsi que chez la femme enceinte.
Exemple de vaccin vivant atténué : vaccin antituberculeux (BCG), vaccin anti-
rougeoleux, vaccin antipoliomyélitique oral, vaccin anti rotavirus, vaccin
antiamaril.
Vaccins à germes entiers inactivés ou vaccins tués
Les vaccins inactivés sont composés de microorganismes (virus, bactéries)
qui ont été tués par des processus physiques ou chimiques. Le vaccin est
composé :
-soit de fragments de bactéries ou de virus (sa paroi par exemple) qui
n’entraînent pas de maladie mais qui provoquent la sécrétion
d’immunoglobulines actives sur l’ensemble de la bactérie ou du virus ;
-soit la totalité de l’agent infectieux qui est inactivé ;
-soit une petite partie seulement d’un virus, une protéine ou son acide
nucléique (son ARN ou son ADN) ; technique utilisée pour certains nouveaux
vaccins contre le SRAS-CoV-2.
Exemple : vaccin anticoquelucheux à germes entiers, vaccin
antipoliomyélitique inactivé.
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Vaccins à base d’anatoxine
La toxine à base de protéine est rendue inoffensive (anatoxine) et est
utilisée comme antigène dans le vaccin pour induire l’immunité sur la vraie
toxine.
Exemple : vaccin antitétanique, antidiphtérique.
VI. Prévention des maladies infectieuses en santé publique
VI.1 Programmes de santé publique
Un programme de santé publique est un ensemble cohérant d'actions pour
atteindre des objectifs précis.
C’est est un ensemble d'actions mises au point par un gouvernement dans le
but d'améliorer les conditions de santé de la population.
C’est un ensemble d'actions mises au point par un gouvernement dans le but
d'améliorer les conditions de santé de la population.
Les principaux objectifs des programmes de santé publique sont :
-Améliorer et optimiser la surveillance épidémiologique et la veille sur les
risques sanitaires ;
-Développer et garantir l'efficacité des actions de prévention et de
promotion de la santé ;
- Assurer la préparation et la réponse aux menaces, alertes et crises sanitaire.
Outre ces objectifs, les programmes de santé visent à assurer l’accès de
l’ensemble de la population à un niveau minimum de soins.
Au Togo, les principaux programmes de santé sont : Programme National de
Lutte contre le Paludisme (PNLP), Programme National de Lutte contre la
Tuberculose (PNLT), Programme National de Lutte contre le SIDA (PNLS),
Programme National de Lutte contre les Maladies Tropicales Négligées
(PNLMTN)...
VI.2 Surveillance Intégrée de la Maladie et la Riposte (SIMR)
Depuis plus de 20 ans, le Bureau régional de l’OMS pour l’Afrique et ses
partenaires techniques ont conçu et mis en œuvre des systèmes intégrés de
surveillance de la santé publique et de riposte dans les pays africains.
La surveillance de la santé publique est l’identification, le recueil, le
regroupement, l’analyse et l’interprétation systématiques et continus des
données sur la survenue de la maladie et sur les événements de santé
publique, dans le but de prendre, en temps opportun, des mesures efficaces,
telles que la diffusion aux personnes concernées des informations
pertinentes, en vue d’une action efficace et appropriée.
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L’objectif général de la SIMR est d’améliorer la capacité des pays à détecter,
signaler, confirmer les maladies transmissibles, non transmissibles
hautement prioritaires et les événements et à y riposter efficacement.
Définition des différents types ou approches de surveillance de la santé
publique
Surveillance passive
Système par lequel une institution de santé reçoit les rapports de routine
émanant des établissements de santé, tels que les hôpitaux, les cliniques et
les unités de santé publique, la communauté ou d’autres sources. Il n’y a pas
de recherche active de cas. Il s’agit de la forme de surveillance la plus
courante.
Surveillance active
Il s’agit d’une recherche continue de cas dans la communauté ou dans les
établissements de santé. Par exemple, la recherche active des cas de
rougeole et de poliomyélite, y compris durant les épidémies.
Surveillance intégrée des maladies
Il s’agit d’une approche qui vise à recueillir des données sanitaires pour
plusieurs maladies à l’aide d’outils normalisés. Pour assurer une alerte
efficace et une riposte rapide, le système de recueil et d’analyse des données
s’appuie sur deux principaux canaux d’information : la surveillance basée sur
les indicateurs et la surveillance basée sur les événements.
-Surveillance basée sur les indicateurs : identification, le recueil, le suivi,
l’analyse et l’interprétation systématiques (réguliers) de données
structurées.
-Surveillance des événements : saisie organisée et rapide d’informations sur
des événements qui présentent un risque potentiel pour la santé publique.
L’information est d’abord saisie sous forme d’alerte, considérée par le
système d’alerte précoce et de riposte comme représentant un potentiel
risque aigu pour la santé humaine (telle qu’une épidémie).
VI.3 Règlement Sanitaire International (RSI)
Le Règlement sanitaire international (2005) est un texte juridique
contraignant invitant tous les Etats Membres à renforcer les capacités de
santé publique minimales de base.
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Objet du RSI
L’objet du Règlement sanitaire international (2005) « consiste à prévenir la
propagation internationale des maladies, à s’en protéger, à la maîtriser et à
réagir par une action de santé publique proportionnée et limitée aux risques
qu’elle présente pour la santé publique, en évitant de créer des entraves
inutiles au trafic et au commerce internationaux ».
Portée du RSI
La portée du RSI, initialement limitée à trois maladies (le choléra, la peste et
la fièvre jaune), a été élargie à toutes les situations d’Urgence de Santé
Publique de Portée Internationale. Cela inclut les maladies infectieuses et les
problèmes sanitaires liés aux agents chimiques, aux produits radioactifs et à
la contamination des aliments.
VI.4 Approche « One Health »
Déjà en 1926, un jeune professeur de géographie, Maximilien Sorre a
commencé par énoncer le concept de complexe pathogène publié pour la
première fois en 1933.
Le complexe pathogène repose sur la rencontre d’un Germe, d’un Vecteur,
d’un Milieu naturel (végétal, animal, hydrique, tellurique) avec ses variations
saisonnières ou météorologiques et de l’Homme (hôte ou récepteur) lui-
même mobile dans le milieu.
Le complexe pathogène tropical a précédé le concept One Health développé
à partir des années 2000.
Au décours de la crise engendrée par l’épizootie aviaire à virus H5N1 (grippe
aviaire), trois agences onusiennes (l’Organisation Mondiale de la Santé,
l’Organisation des Nations Unies pour l’Alimentation et l’Organisation
Mondiale de la Santé Animale) ont défini une approche globale en réponse
aux risques représentés par les maladies infectieuses émergentes. C’est ainsi
que le terme One Health est adopté en 2007 pour nommer cette approche.
La stratégie One Health s’applique en particulier aux zoonoses mais a plus
largement vocation à promouvoir une approche pluridisciplinaire et globale
des enjeux sanitaires à l’interface Homme-Animal-Environnement.
La stratégie One Health, fixait initialement 3 priorités (rage, virus influenzae,
résistance aux antibiotiques) et encourageant tous les gouvernements à
promouvoir une démarche coopérative et soutenable entre leurs agences
publiques et les structures privées déjà impliquées dans la problématique
des maladies infectieuses émergentes.
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Le concept One Health (Une seule santé) est une notion intégrant « la santé
humaine et la santé animale qui sont désormais interdépendantes et liées à
la santé des écosystèmes dans lesquels elles coexistent».
L’approche One Health s’applique à l’étude, à la surveillance et au contrôle
de maladies. Elle requiert un décloisonnement entre secteurs de la médecine
humaine, la médecine vétérinaire, la santé publique, la santé animale, santé
des écosystèmes et une interdisciplinarité qui associe microbiologie,
épidémiologie, écologie, sciences humaines et sociales, etc.
L’approche One Health s’applique aux zoonoses, également à
l’antibiorésistance mais plus largement à toutes les questions de santé
reliant Homme-Animal-Environnement comme la sécurité sanitaire des
aliments, la sécurité alimentaire, les maladies à transmission vectorielle, les
contaminations environnementales (l’utilisation de pesticides en agriculture
qui a des conséquences sur l’écosystème, la santé publique et la santé
animale) et d’autres menaces sanitaires communes aux humains, aux
animaux et à l’environnement.
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