Rapport du projet Biomedical Engineering

Le cycle respiratoire dans l’acinus

Équipe

DADI Khadija

BOUSSIF Asmae

ET TORI Zakaria

ELBAKKAR ElMahdi

BAMAAROUF Assmaa

Encadré par

Monsieur Marcel FILOCHE

2023/2024

1ère année cycle ingénieur

Semestre n°5

1
Table des matières
1 Remerciements 4

2 Introduction : L’architecture pulmonaire et le transfert de l’O2 : 4

3 Problématique et intérêt du projet 5

4 Représentation du modèle 5
4.1 Hypothèses considérées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
4.2 Formulation du problème : Modélisation mathématique du problème . . . . . . . . . . . . . . . . 5
4.3 Résolution analytique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
4.4 Résolution numérique et simulation informatique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
4.5 Le choix de la finesse du maillage n . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8

5 Analyse et interprétations 9
5.1 Effet de la longueur d’exploration Λ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
5.1.1 Effet sur la concentration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
5.1.2 Effet sur le débit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
5.2 La longueur d’exploration Λ et le périmètre de la surface d’échange Lp . . . . . . . . . . . . . . . 11
5.2.1 Vers d’autres domaines plus complexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
5.2.2 Effet de Lp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

6 Conclusion 14

7 Annexe 14
7.1 Calcul de L . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

8 Bibliographie 15

2
Table des figures
1 Structure des poumons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
2 Modèle étudié du subacinus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
3 Équivalence entre le modèle linéaire et le problème posé . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
4 Résolution numérique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
5 Flux entrant, flux sortant et l’erreur en fonction de n . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
6 Comparaison entre le modèle théorique et les résultats de la simulation pour l’effet
de Λ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
7 Convergence de la concentration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
8 Simulations de l’effet de la longueur d’exploration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
9 Courbe du débit d’oxygène en fonction de Λ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
10 Création de domaines plus complexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

3
1 Remerciements
Nous tenons à exprimer notre sincère gratitude envers Monsieur Marcel Filoche pour son encadrement
indispensable tout au long du projet. Ses remises en question et ses remarques nous ont ouverts grands les yeux
sur nombres de points dont on ignorait l’existence. Ses interventions nous ont appris l’importance de l’esprit
analytique pour un ingénieur mais avant tout pour un être humain. Ce projet est sans doute un ajout de
taille dans notre vie....

-Groupe n°8

2 Introduction : L’architecture pulmonaire et le transfert de l’O2 :

L’appareil respiratoire regorge de merveilles dont Jusqu’à la 14ième génération, la convection
plusieurs mécanismes mis en jeu lors du transport prédomine, suivie d’une zone de convection-
des gaz. Les chefs d’orchestre, les poumons sont diffusion entre les 15ième et 19ième générations.
divisés en lobes : À partir de la 20ième génération jusqu’à la 23ième ,
qui correspond aux acini, la diffusion devient le
— Le poumon droit est composé de trois lobes
principal mode de transfert. C’est dans cette der-
et est légèrement plus large que le poumon
nière région que nous focaliserons notre attention,
gauche.
en particulier sur la diffusion d’oxygène (O2 ).
— Le poumon gauche a deux lobes. Le cœur
Au sein de l’acinus, la diffusion d’O2 se déploie
s’appuie sur l’incisure cardiaque, qui est un
en deux phases distinctes. Tout d’abord, elle
creux dans le lobe inférieur.
s’effectue dans l’air alvéolaire jusqu’à la paroi
membranaire, puis elle se poursuit dans la
membrane alvéolo-capillaire, atteignant fi-
nalement le plasma sanguin. Il est important
de souligner que, du point de vue du transport
de l’oxygène, la membrane alvéolaire peut être
appréhendée comme une structure composée
essentiellement d’eau, présentant ainsi une résis-
tance au passage des molécules par diffusion.

Figure 1 – Structure des poumons Cette organisation soigneusement coordonnée

entre les générations pulmonaires et les processus
de diffusion dans l’acinus dévoile la complexité
Nous cherchons à décortiquer le cycle respi-
harmonieuse du système respiratoire et la manière
ratoire en étudiant de près les voies aériennes,
dont chaque composant contribue à assurer un
une orchestration complexe marquée par une orga-
échange gazeux optimal.
nisation dichotomique. L’arborescence commence
avec la bronche principale (la trachée), qui se
Notons un dernier point important, qui est celui
divise en deux sous-arbres, et chaque sous-arbre
de la distinction entre l’acinus et le subacinus :
poursuit ce schéma jusqu’à atteindre les canaux
le subacinus est l’unité de diffusion. Il constitue
et sacs alvéolaires. Cette structuration arbores-
un huitième de l’acinus en total au cas du re-
cente, définie par des générations successives, dis- 1
pos contre une fraction de 64 de l’acinus lors du
tingue chaque étape du parcours respiratoire. Il
passage à l’exercice.
est essentiel de noter que la nature des échanges
gazeux évolue au fil des générations.

4
3 Problématique et intérêt du projet
Le projet s’inscrit dans le cadre de l’étude du cycle respiratoire dans l’acinus. Notre but principal est
le développement d’un modèle vraisemblable et fiable permettant de simuler la diffusion de l’oxygène dans
l’acinus pulmonaire pour effectuer des analyses à savoir : L’exploration de l’effet de quelques paramètres sur
le cycle respiratoire comme la longueur d’exploration, l’épaisseur de la membrane alvéolaire...
En somme, notre modèle doit approcher le cycle respiratoire pour pouvoir faire des analyses et simuler les
effets de quelques maladies pulmonaires. Plusieurs questions se posent qui vont orienter toute notre étude :

— Comment la diffusion s’opère-t-elle au sein de la cellule diffusionnelle de l’acinus pulmo-

naire ?
— Quels sont les paramètres influençant ce processus ?

4 Représentation du modèle

4.1 Hypothèses considérées

Avant de se lancer dans l’établissement du modèle, on considère un nombre d’hypothèses ayant pour but
la simplification du problème en question :
— On modélise l’acinus et le subacinus par des cubes de morphologie constante dans le temps (rigide).
— On suppose que la vitesse de l’air à l’entrée est constante.
— On considère le cycle de ventilation est symétrique : la durée de l’inspiration est égale à la durée de
l’expiration.
On travaille dans le cadre d’une diffusion stationnaire à deux dimensions avec une géométrie simple. On modélise
le subacinus par un rectangle. La grandeur qu’on va étudier est la concentration de l’oxygène.

4.2 Formulation du problème : Modélisation mathématique du problème

On prend comme modèle de l’acinus un carrée de côté L. On considère 3 conditions aux limites de types :
Dirichlet, Neumann et Robin. La face nord est munie d’une condition de Dirichlet étant une entrée
constante notée Ci , qui est la concentration de l’oxygène à l’entrée. Les faces ouest et est sont munies
∂C
d’une condition de Neumann par laquelle la dérivée par rapport à la normale est nulle : = 0 , qui
∂n
signifie physiquement une surface étanche. La face sud est muni d’une condition de Robin de la forme :
∂C C − Cb
=− qui traduit physiquement une opposition (résistance) au passage de l’oxygène de la part
∂n Λ
de la face perméable. Le problème de diffusion en question s’inscrit dans le cadre des problèmes de diffusion
stationnaire, donc l’équation régissant l’intérieur du domaine s’écrit : ∆C = 0 .

5
 Figure 2 – Modèle étudié du subacinus

Tenant compte du nombre de dimensions du modèle, l’équation s’écrit :

∂2C ∂2C
+ =0 (1)
∂x2 ∂y 2

Rappelons l’ensemble des paramètres mis en jeu dans le problème en question ainsi que leurs différentes
valeurs numériques (1) :

Paramètre Signification Valeur numérique

L Dimension du subasinus (Arête du cube) 3 mm
Ci Concentration de O2 à l’entrée de l’acinus 9.28 mol.m−3
Cb Concentration de O2 dans le sang 4 mol.m−3
D Coefficient de diffusion de O2 dans l’air 1.8×10−5 m2 .s−1
Λ Longueur d’exploration au repos 28 cm
Lp Longueur moyenne d’une coupe de surface du subacinus 30 cm

Table 1 – Signification et valeur numérique de chacun des paramètres mis en jeu

4.3 Résolution analytique

Le profil de diffusion en question, qu’on note P dépend d’une seule variable y, donc le problème en question
est équivalent à un problème unidimensionnelle linéaire qui se formule de la manière suivante :

∂2C
 ∂y2 = 0



(P ) : C(0) = Ci


 ∂C C−Cb

∂y = − Λ

6
 Figure 3 – Équivalence entre le modèle linéaire et le problème posé

Cb − Ci
La résolution de l’équation donne : C(y) = ( ) × y + Ci . Il s’agit d’une fonction en y affine et de
Λ+L
pente négative (Cb < Ci ).

4.4 Résolution numérique et simulation informatique

Pour résoudre l’équation (1), on utilise la méthode des différences finies. Nous discrétisons notre carré en
une grille de n subdivisions suiavant chaque axe (on appelle n la finesse du maillage) avec un pas dx suivant
l’axe horizontal et dy suivant l’axe vertical. Vu l’égalité des deux pas, on définit une seule variable (dx) pour
l’évaluation du pas. À chaque point de coordonnées (i, j), on associe un nouveau indice qu’on note k associé au
couple (i, j) via la bijection : k = (i − 1) × n + j avec k = 1 étant le premier point de la grille dans le nouveau



 Λ, D

système d’indexation. Notons la nouvelle formulation du problème : Ci , Cb


L

n, dx = n−1


Figure 4 – Résolution numérique

Pour la discrétisation des conditions aux limites et de l’équation à l’intérieur du domaine, on trouve :

7
 Dirichlet Ci = C0 , i = n2 − n + 1, ..., n2

Neumann - Bord gauche Ci+1 − Ci = 0

Neumann - Bord droit Ci − Ci−1 = 0

1 1 1 Cb
Robin ( dx + Λ) × Ci − dx × Ci−n = Λ

Intérieur du domaine −4Ci + Ci−1 + Ci+1 + Ci+n + Ci−n = 0

Table 2 – Discrétisation des conditions aux limites et de l’équation à l’intérieur du domaine.

On obtient un système matriciel de la forme : A.C = B qu’on résout pour obtenir la matrice des solutions :
C = A−1 .B

4.5 Le choix de la finesse du maillage n

Le choix de la finesse du maillage ne se fait pas à l’aléatoire vu que la complexité de la discrétisation
dans le cadre stationnaire est quadratique O(n2 ). Dans le mode stationnaire et pour une sortie constante, il
y a conservation du courant, donc égalité du flux entrant et du flux sortant. Le choix de la finesse du
maillage se fait par le biais d’un test de convergence : Une bonne finesse du maillage est une valeur de n
tends vers
à partir de laquelle la différence entre les deux courants tend vers 0 : ε = |Qent − Qsort | −−−−−−−→ 0 . Les
n→∞
courants en question ont pour expressions :

Pn2
Flux entrant Qent = D × i=n2 −n+1 (Ci−n − C0 )
Pn Ci −Cb
Flux sortant Qsort = D × i=n ( Λ )

Table 3 – Expressions des courants

Une bonne finesse assure une simplicité de calculs et une utilisation moins importante de la mémoire ainsi
qu’une meilleure précision en terme de résultats. On trace en fonction de n deux courbes : une dans laquelle
figurent les courants d’entrée et de sortie en fonction de n et une deuxième dans laquelle figure la valeur de
l’erreur ε en fonction de n.

Figure 5 – Flux entrant, flux sortant et l’erreur en fonction de n

On remarque qu’à partir de n = 100, il y a convergence de l’erreur vers 0. Dorénavant, on prendra n = 100 .

8
5 Analyse et interprétations

5.1 Effet de la longueur d’exploration Λ

5.1.1 Effet sur la concentration

On va commencer par explorer l’effet de la longueur d’exploration Λ sur la valeur de la concentration
à la face sud (celle munie de la condition aux limites de type Robin). On procède au tracé de la courbe de la
concentration en fonction de la longueur d’exploration selon le modèle analytique trouvé et les résultats de la
simulation numérique. Considérons le domaine carré en question. Le modèle cubique initiale offre une surface
d’échange de périmètre 4L = 4 × 0.003 = 0.012 m. Pour les tracées, on va varier les valeurs à ces alentours : on
trace par exemple les deux courbes pour des valeurs de l’intervalle [0.001, 0.01]. Notons que plus on augmente
le nombre de points, plus on obtient une meilleure précision. Pour ces tracés, nous avons utilisé 100 points.

Figure 6 – Comparaison entre le modèle théorique et les résultats de la simulation pour l’effet de
Λ

On remarque que :
— La concentration croît avec la croissance de la valeur de Λ et converge vers une valeur limite
proche de la concentration à l’entrée (Celle de la condition aux limites de Dirichlet). Ceci s’explique
par le fait qu’en augmentant Λ, le bord sud tend vers la ressemblance à une surface étanche :
C − Cb tends vers
−−−−−−−→ 0 . Par conséquent, la concentration de l’oxygène dans le subacinus tends à s’uni-
Λ Λ 7→∞
formiser dans tout le domaine.
— Les résultats de la simulation concordent avec le modèle théorique.
— les deux modèles convergent vers une valeur limite : Ci = 9.28 mol.m−3 . Pour le voir visuellement, on
trace pour un intervalle plus large pour plus de points.

9
 Figure 7 – Convergence de la concentration

Passons aux simulations :

Figure 8 – Simulations de l’effet de la longueur d’exploration

Pour une valeur de Λ très élevée (Λ = 0.1m) par rapport à Lp , on remarque que la répartition de la
concentration est uniforme dans tout le domaine et les valeurs avoisinent la valeur de la concentration à
l’entrée (9.28 mol.m−3 ). Notons que Lp pour ce domaine simple vaut 0.003 m. Le résultat de la simulation
pour λ = 0.1 m s’explique par le fait que quand la longueur d’exploration est très supérieure au périmètre de la
surface de l’échange Λ > 30×Lp , la totalité de la surface est utilisée pour l’échange. Dans le cas contraire
(30 × Λ < Lp ), les zones peu accessibles du domaine ne sont pas utilisées totalement pour l’échange (masquage
diffusionnel). L’importance du masquage diminue avec l’augmentation de Λ (2eme cas : Λ = 0.001 m). Pour le
cas Λ = 0.01 m, il y a moins de zones inaccessibles.

10
5.1.2 Effet sur le débit
En lien avec les résultats précédents, la courbe illustre clairement que le débit d’oxygène varie de manière
inverse à l’augmentation de la valeur de Λ. En d’autres termes, plus la longueur d’exploration est grande, plus
D
le débit d’oxygène diminue. Ainsi, il est possible d’interpréter ce résultat en considérant que : Λ = W .Le cas
dans lequel la valeur de lambda pourrait augmenter correspond à une diminution de la perméabilité de la
membrane, qui signifie que cette dernière laisse passer moins de particules vers le sang. Un résultat concordant
avec l’effet sur la concentration. Le caractère étanche des 3 surfaces (ouest, est et sud) lorsque Λ croît permet
une uniformité de la concentration dans le domaine et ainsi une diminution du débit vu la diminution de la
perméabilité W .

Figure 9 – Courbe du débit d’oxygène en fonction de Λ

5.2 La longueur d’exploration Λ et le périmètre de la surface d’échange Lp

5.2.1 Vers d’autres domaines plus complexes

Pour introduire des domaines plus complexes, on considère un algorithme de découpage qui fonctionne
de la sorte (en commençant avec un domaine de forme carrée) :
1. On sélectionne une/plusieurs zones(s) rectangulaire(s) à découper (supprimer du domaine initiale) en
déterminant leurs dimensions (longueur, la largeur se déduit du nombre total de rectangles découpés).
2. On supprime les points à l’intérieur des sous domaines sélectionnés.
3. On affect aux points des bords une condition aux limites de type Robin.
On découpe du domaine des barres rectangulaires, dont on fixe le nombre et les dimensions, histoire d’agran-
dir le périmètre de la surface d’échange Lp tout en gardant la longueur d’exploration Λ constante pour
explorer des phénomènes comme le masquage diffusionnel.

11
 Figure 10 – Création de domaines plus complexes

5.2.2 Effet de Lp
On garde la valeur de Λ constante : (Λ = 0.01 m) en premier et (Λ = 0.001 m) en deuxième lieu, et on
varie l’importance des ramifications : en découpant plus de rectangles et en variant la taille des rectangles
découpés. On commence par découper un seul rectangle dans chaque cas.

On commence par traiter le premier cas Λ = 0.01 m. On ne s’attend pas à un masquage diffusionnel
très important, en effet : pour cette première figure, le périmètre de la surface d’échange Lp vaut 0.00518 m.
Le calcul de Lp se fait en utilisant les données implémentées dans le code (on donne comme entrée une fraction
signifiant la longueur du rectangle découpé) . On ne s’attend pas à un masquage diffusionnel important dans
ce cas aussi (Λ > 1.5 × Lp ), donc on procède à l’augmentation de l’importance des ramifications pour examiner
leurs effets. Pour deux barres découpées (1-ère figure) : Lp = 0.0139 m, la valeur de Λ avoisine celle de Lp
(Lp ≃ Λ), qui est un cas proche de celui du poumon. Le masquage est plus important et on voie des zones
inaccessibles vers la face sud. Remarquons ainsi l’effet de l’augmentation de Lp : plus les ramifications sont
importantes, plus le pourcentage des zones inaccessibles et l’importance du masquage diffusionnel augmentent.

On effectue les mêmes découpages, mais cette fois ci pour une valeur moins élevée de Λ = 0.001 m. On
fait les mêmes remarques, sauf que l’importance du masquage est très notable par rapport à la première situa-
tion. Pour le cas d’un seul découpage, par exemple : Lp > 5 × Λ.

12
 Λ = 0.01m Λ = 0.001m

Lp = 0.00518 m

Lp = 0.0139 m

Lp = 0.022 m

Lp = 0.0302 m

Lp = 0.0684 m
13
6 Conclusion
Lors de cette étude, nous avons eu pour but la réalisation d’un modèle qui simule la diffusion de l’oxy-
gène au sein du subacinus pulmonaire en régime stationnaire. Cette sélection découle de notre intérêt particulier
pour la diffusion d’oxygène à l’état d’équilibre, où le flux entrant d’oxygène est égal au flux sortant. Cette
configuration représente une situation idéale, dépourvue de perturbations inhérentes au cycle respiratoire. Notre
exploration a débuté avec une géométrie élémentaire, modélisant le subacinus sous la forme d’un carré, afin de
faciliter la résolution du problème de diffusion. Nous avons examiné l’influence de la longueur d’exploration,
notée Λ, sur la concentration et le débit d’oxygène, tout en tenant compte de la valeur du périmètre de la surface
d’échange, Lp , établie à 0.003 m dans le contexte de notre modèle. Toutefois, cette représentation géométrique
ne reproduit pas avec exactitude la complexité du subacinus pulmonaire, qui se distingue par une structure
irrégulière et ramifiée. Cette irrégularité peut affecter la distribution de l’oxygène, induisant des zones plus ou
moins accessibles. Dans l’optique de tenir compte de cette complexité tout en demeurant en deux dimensions,
nous avons évolué vers une géométrie plus élaborée, permettant ainsi d’explorer l’influence du périmètre
de la surface d’échange, Lp .

Notre étude n’est pas exemptée de limitations. Nos modèles étaient bidimensionnels, ne saisissant pas inté-
gralement la complexité tridimensionnelle du subacinus pulmonaire et la simplification de la géométrie, en la
modélisant sous forme de carré, pourrait dévier légèrement de la réalité. Malgré ces contraintes, notre travail
érige une assise robuste pour la compréhension de la diffusion d’oxygène dans le subacinus pulmonaire. Nos
résultats mettent en lumière des zones nécessitant une analyse approfondie, incitant ainsi à des investigations
plus poussées dans ce domaine essentiel. Dans une perspective clinique, notre travail offre également la possi-
bilité d’explorer certaines pathologies respiratoires. Les paramètres examinés au cours de notre étude, à savoir
la longueur d’exploration et le périmètre de la surface d’échange, peuvent exercer un impact significatif sur la
fonction respiratoire et la santé pulmonaire. À titre d’exemple, des affections respiratoires telles que la broncho-
pneumopathie chronique obstructive (BPCO) ou l’asthme peuvent induire une réduction du périmètre
de la surface d’échange, attribuable à l’inflammation, à l’obstruction ou à la destruction des alvéoles. Cette
altération peut entraîner une diminution de la capacité d’échange d’oxygène, engendrant ainsi une hypoxémie,
caractérisée par un faible taux d’oxygène dans le sang. Ces considérations soulignent la pertinence de notre
approche dans la compréhension des mécanismes sous-jacents à des conditions pathologiques et suggèrent son
potentiel en tant qu’outil d’investigation pour éclairer les implications cliniques de la diffusion d’oxygène dans
le contexte pulmonaire.

7 Annexe

7.1 Calcul de L
Nous avons pris comme volume pulmonaire Vpulm = 6 L (1). Les poumons comptent 30 000 acini. On
suppose que l’acinus et le subacinus ont une forme cubique constante dans le temps (rigide). Le subacinus en
repos représente un huitième du total de l’acinus. Tout calcul fait on trouve :
r
−3
3 Vpulm × 10
L= = 0.00292 ≃ 0.003 m
30000 × 8

14
8 Bibliographie
(1) : Les valeurs numériques de Ci , Cb , D, Λ et Lp ont été tirées des thèses suivantes (les informations
relatives à la physiologie pulmonaires aussi) :
— Foucquier, Aurélie. (2010). Dynamique du transport et du transfert de l’oxygène au sein de l’acinus
pulmonaire.
— Transports des gaz dans le sang : lien
— Felici M, Filoche M, Straus C, Similowski T, Sapoval B. Diffusional screening in real 3D human acini–a
theoretical study. Respiratory Physiology Neurobiology. 2005 Feb ;145(2-3) :279-293. DOI : 10.1016/[Link].2004.10.012.
PMID : 15705542.

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